3NHGA

Rb69 dna polymerase (s565g/y567a) ternary complex with dttp opposite dg
Total Genus 313
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
313
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 313
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3nhgA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3nhgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nhgA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3nhgA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3nhgA03
1N5YA 3V9SA 1ZYQA 4B9SA 1XWLA 3NCIA 4DTXA 4NCAA 1CXQA 4E7IA 5KRTA 3RRHA 3VQQA 1KTQA 3CG7A 4KTZA 4PA1A 2DY4A 4E89A 1J53A 4JRQA 4FW1A 4CHZA 2QK9A 3AO3A 4DSKA 3P5JA 3AO2A 4I9LA 5I42A 4B9LA 2F8TA 3PUFA 3HJFA 4J2BA 5K14A 3HK2A 4J2EA 1K6YA 1J5OA 3LPUA 3RMDA 4FZXC 1TAQA 4FM0A 2ZD1A 1HYVA 4IFVA 1VSLA 3MEEA 4FLXA 4JRPA 3L2UA 3KTQA 5J1EA 1I3AA 2D0CA 2E4LA 2YKMA 3AVNA 3C6TA 2VG7A 2B5JA 5HBMA 3NFAA 4AHVA 4CE9A 3RMAA 1NOZA 3SNNA 2OZMA 2RN2A 4E19A 5I3UA 4NYNA 3K57A 3TAMA 4CF2A 1RCHA 3QEVA 5KGXA 3WNHA 3HSTB 5FDLA 3TR8A 4CJFA 3MAQA 3CM5A 4NCGA 3RTVA 2X78A 2VG6A 3K5OA 4CJQA 3HVRA 2G8IA 1IH7A 1UAXA 3QIPA 1NKCA 3IG1A 3I0RA 3DYAA 4DU4A 3KIOA 3HM9A 1SKSA 3NAEA 1TV6A 1XHXA 5DK5A 4OPKA 2HHWA 1C1BA 3SV3A 4M3UA 1EXQA 1CZBA 1HNVA 2VG5A 1T03A 1NJYA 4QAGA 1JLCA 3V1QA 1U45A 4C8NA 1NK8A 4M3RA 4DTOA 4CEDA 4DFMA 1ZBIA 1BHLA 3DRSA 2IDOA 3ZSZA 3ZT3A 3E01A 2A1SA 3I0SA 4IDKA 1VSJA 3SCXA 3SQ2A 1S9EA 1IO2A 1RT5A 4CEEA 2WONA 4CIGA 3JSMA 4FCYA 1Q9XA 4DFPA 2DFFA 4IKFA 3KK1A 1Y97A 2IOCA 1WSGA 1JL2A 3DM2A 4CJVA 2QXFA 4TSXA 4N56A 4W5NA 1ZBLA 3ZSWA 3AA3A 4CEAA 3C6UA 4CEQA 3IS9A 2G8KA 1BI4B 2Y1JA 4KB1A 2HVIA 3AA5X 4KV8A 1A5VA 4E7LA 2B6AA 2YV0X 4RW8A 3DLGA 4KO0A 3HXMA 1KVCA 1O1WA 4CGDA 3ALYA 1KVAA 4G1QA 5DMRA 4CFCA 3S3NA 4BACA 3CQ8A 3HL8A 1NJXA 4Z4EA 4KHNA 1C1AA 3WNGA 1Z25A 1DTQA 5T7BA 2HNYA 1SL1A 4FXDA 2IAJA 5HRSA 4AILC 4CJ4A 1VRTA 4FJLA 2BANA 2FC0A 3KD1E 1WSFA 4M3YA 2IS3A 2YKNA 3V81A 1RBSA 4O44A 5CZ2A 4CHPA 3TAGA 1TK8A 3SQ4A 3VQDA 4ID5A 2OPRA 1BI4A 3L2RA 4I9QA 1HYSA 1RBUA 2GBZA 2XRIA 3ISNC 4KTWA 3MXIA 2A1RA 1VSIA 3NF8A 4DMNA 5J2QA 4YFUA 3AVBA 3AVJA 1VK0A 3K5NA 4HUEA 4DTRA 3PX6A 4OKKA 2YNFA 3LP1A 3LAMA 4CJLA 2DTUA 1B92A 3AA2A 4RW9A 1L3UA 3OYHA 4AHSA 4FZYA 2X6NA 4H4MA 2KZMA 4DFJA 1ASVA 2HHSA 3OS0A 4AH9A 4BE0A 3G10A 4ZHRA 4N47A 1X9WA 3QETA 1NKEA 3NDKA 1Q9YA 5JS2A 4E7HA 2D0BA 1SKWA 3WNEA 4HHTA 3TAEA 1TK5A 1NK9A 4FJGA 3HPHA 2X6SA 3ZSOA 4O0JA 4Z4CA 1D9FA 2IGIA 1T7PA 1S5JA 1EETA 3CM6A 3FFIA 1MU2A 2P51A 3VA3A 3U6FA 1U49A 4O55A 4B3OA 1RBRA 4FJMA 2ITGA 1RBVA 3AVKA 3B6OA 2EX3A 4CEOA 2YNHA 4CGHA 3OYAA 4DTJA 4NCBA 1JLFA 1BIZA 5KTQA 2AJQA 4O5BA 4CJ3A 1DTTA 1QTMA 3AVLA 1VRUA 3AA4A 4DTSA 3VQBA 1LV5A 2XHBA 3ZSYA 1RT6A 3NHGA 3HP9A 5KRSA 2DFHA 3SUNA 3K5LA 4DSIA 3AVAA 1KLMA 4DFKA 1W0HA 3ZT2A 3V4IA 1TL1A 3OYDA 4JS5A 1JXEA 1NK5A 3OYCA 3TAQA 3LZJA 2HB5A 1IG9A 4LSNA 4E0DA 4CJEA 2PYLA 4RW6A 4CJKA 4UQGA 1ITGA 2Z1GA 3HP6A 4DS4A 4CERA 4N5SA 1XC9A 3RRGA 4I2QA 3OY9A 1NK0A 3KLGA 4M42A 1WSIA 3MEGA 4LH5A 2P5OA 1D5AA 3OJSA 1U04A 2GUIA 2P1JA 1NK4A 2G8HA 1RT1A 1NJWA 1S9GA 2X74A 1WSJA 2ZQBA 3DOLA 3HYFA 1QE1A 4DWIA 3H08A 2Z1JA 4CGJA 1CXUA 1UWBA 4BWMA 3ASMA 4FLVA 4DQSA 1LW0A 1VSMA 1D8YA 4B9MA 3M8SA 4AHRA 3IRXA 3OS2A 4OPJA 3NH0A 4KHWA 3NGIA 1BISA 4HUFA 1HRHA 1KFDA 1REVA 3U3YA 3TWHA 3QNOA 3VQ5A 4CGFA 2KTQA 3SQ1A 1KSPA 4FLWA 4RW4A 2HHXA 1HYZA 4W5OA 1ASWA 1DLOA 1RBTA 4FJXA 4OGEA 4Q5VA 3LP3A 3AVMA 4HUGA 4F2SA 3AVHA 3SV4A 4CCHA 3T19A 3OYEA 4KRFA 5KI6A 1B9DA 1TAUA 1BQMA 2Z1IA 3DMJA 2JGUA 4RG8A 3EY1A 3VQ8A 2RF2A 3MEDA 1S6QA 3ZT1A 3DLKA 4CHOA 2QKKA 2HHVA 4IG3A 4FK2A 4FM1A 5HRPA 4DQPA 2QKBA 4CHYA 1UA1A 1XI1A 3OYBA 1W9HA 4K8ZA 3BDPA 1JKHA 2O4GA 3M8QA 4CF9A 2G8UA 2D5RA 2HHTA 1NK6A 3SI6A 3MECA 1BQNA 3QO9A 3SUQA 4DSJA 4OGCA 2RKIA 3TAPA 4KHSA 5FRNA 1ASUA 1F21A 3VQ9A 2XO7A 2KW4A 3SPYA 4JS4A 4C8OA 5HROA 3SQ0A 1RDDA 3RR7A 3G0ZA 4CJ5A 3SUOA 3OYKA 1TK0A 1J9AA 3ZT4A 4F3OA 4KREA 2Q3SA 1GOBA 3AO5A 3BGRA 4WE1A 4GMJB 1UOCA 1HJRA 1RDCA 2Z1HA 3B6PA 1IKYA 3L3UA 1JLBA 1YVUA 3QINA 3QEPA 1KLNA 4Z0UA 3RR8A 3F73A 4M3TA 4EP5A 2VWKA 1EKEA 3HO1A 3AVCA 3OYIA 4DQIA 4DF8A 3D45A 3EYZA 1NKBA 3NGZA 1VSFA 2PY5A 4F3TA 1HQUA 4O0IA 1SL0A 1YTUA 4W5QA 3DOKA 3KLIA 1J54A 1RTIA 3K58A 4I7FA 3IAYA 3QERA 1BGXT 4DQRA 3PV8A 2EHGA 4EZ9A 3ZSVA 3KKSA 2D0AA 3NF9A 4FJNA 4M45A 2JLEA 3ITHA 4CF1A 4CJWA 1N6QA 1WLJA 4DG1A 3HPOA 3D0PA 1FKOA 4DSEA 4C8MA 3AVGA 4OLAA 1TKZA 5CZ1A 4QCLA 1KFSA 4BWJA 4KI4A 2GV9A 3PO4A 2FBVA 3CYMA 2OPPA 3LALA 4E1MA 3KLHA 4ELTA 2G8FA 4MQ3A 1L5UA 3VQAA 1RT2A 3HPGA 1L3SA 4FYDA 4CGIA 4K8XA 1RILA 3AVIA 4FW2A 1VSKA 4LH4A 3KK3A 3OJUA 4IBNA 4EP4A 4KB0A 3L2WA 4FJJA 1GOAA 4KAZA 4FK4A 3MXMA 1C0UA 2HNZA 3T3FA 4DSLA 3CFPA 1HPZA 3LAKA 4CGGA 1BIUA 5C42A 4B8AB 1C0MA 1JXBA 1SUQA 4CK1A 4CIFA 2G8VA 4KTQA 3CFOA 3DRRA 3V1RA 4DS5A 3SZ2A 2OA8A 1CLQA 1GOCA 2ATQA 4M3ZA 2ETJA 2YNIA 4W5RA 1R0AA 4CEFA 1IKXA 1JLQA 3NBPA 3PX4A 3O3HA 1SL2A 5CYQA 4CF8A 3QIOA 3NF6A 5J2NA 4CJTA 1FK9A 3NH2A 1FXXA 3M8PA 3OYGA 4OKJA 1LW2A 4ZTJA 2KFZA 4DU1A 1RDAA 2WOMA 3DRPA 2E6LA 3LP2A 3QEXA 4FLTA 3L2VA 3PX0A 1ZBUA 4HTUA 1U47A 2KQ2A 2I5JA 1C1CA 3AV9A 5C24A 5SWMA 3NF7A 2HVHA 4LD0A 4H8KA 3NH1A 2OPQA 2E6MA 5J2PA 3LANA 3U3GA 1RTDA 1HNIA 4BE1A 3OYFA 1RNHA 4FJHA 5EU7A 1VSHA 3S3OA 2HHUA 3QEWA 3VQCA 4M41A 1L3VA 3P83D 1S6PA 3KD5E 3T1AA 1BL3A 3KLFA 3KK2A 1JLGA 1TKXA 5KGWA 3DLRA 1C0TA 4DLGA 2G8WA 4AHUA 1X1PA 3VQ4A 3HT3A 2YHBA 1EP4A 4DF4A 2R7YA 3S3MA 3KJVA 4FLYA 3P1GA 4W5TA 2KZZA 4ICLA 3DLBA 4O4GA 4Z4IA 4AHCA 3HVTA 2YNGA 1T05A 4YNQA 5SZTA 3NE6A 3K2PA 3TABA 4DQQA 3O3FA 3SJJA 4B9TA 5C25A 3ZSRA 4L8RB 1VSEA 4ID1A 1JLAA 4E3SA 2YHAA 4AHTA 3I8DA 2W42A 4BDYA 4OVLA 2OYQA 4DTNA 4FJ5A 3THVA 1YTAA 5HP1A 1QS4A 1WSHA 3S9HA 3L8BA 3O4QA 4CFDA 3TAFA 4ZTFA 3DLHA 4E7KA 1RT3A 1S1TA 4BDPA 1BCOA 2HMIA 1IKWA 2NUBA 4DTPA 1TL3A 2B4JA 1KVBA 2HW3A 4FLUA 4FJ7A 2DFEA 1QQCA 5HRRA 1CZ9A 1XHZA 4FLZA 4OJRA 4PY5A 1A5XA 3PY8A 4DTUA 4CFBA 3VQEA 1T8EA 4EZ6A 1C6VA 4HCBA 2BGGA 3K5MA 2FBTA 3VQ7A 4FM2A 1WAFA 4NYFA 3V9UA 2HHQA 3ZT0A 1TKTA 3MXJA 3QNNA 1WSEA 5J2MA 3ULDA 3TANA 3WNFA 3OS1A 2RPIA 4CEBA 3VQ6A 3VQPA 3JYTA 4B9NA 5JS1A 4FZZA 1WNSA 5HLFA 3M8RA 1BCMA 1X9MA 4IFYA 2HNDA 1A5WA 4R5PA 4XIUA 3OYLA 3DI6A 4HVJA 1X9SA 3LDSA 2LSNA 3RMCA 3CFRA 2OPSA 3LPTA 4PWDA 3V1OA 4N41A 4DTMA 1U48A 3LWMA 4OLBA 5FROA 1QHTA 1RDBA 4F8RA 4Z4HA 3ZCMA 4FK0A 4DLEA 4N76A 4BDZA 2XY7A 4M3XA 5CYMA 1ZBFA 4Z4GA 1LAWA 3TARA 2KFNA 3C95A 4E1NA 4CECA 1Z26A 2IC3A 3K59A 4M3WA 1B9FA 4FJ9A 1TVRA 2XY5A 1UA0A 1JLEA 1QSSA 4KHQA 3O3GA 1S1VA 3ZSQA 3OYMA 3RMBA 3L3VA 1NK7A 1SKRA 1NOYA 4CJUA 1FKPA 4B9UA 1WN7A 4FJ8A 1LWCA 2FBYA 3O4NA 4ELUA 3UIQA 1TKDA 1RTHA 1S1WA 1D9DA 1Q8IA 4CESA 4KKOA 4RW7A 1TGOA 3A2FA 1LAVA 4LSLA 3ZSXA 4Z4FA 4PQUA 4Q0BA 2XY6A 2XY8A 4MFBA 3VN5A 3VA0A 5D3GA 1WAJA 1IKVA 4F2RA 3RWUA 3V9WA 3QEIA 1KCFA 4GVMA 4ELVA 2OZSA 3NGYA 1S1XA 2VWJA 3L2QA 3AO1A 4CJSA 3SYZA 1QSYA 3OVNA 5CY4A 4DU3A 4CK3A 4B9VA 5FRMA 3LWLA 2F8SA 1KRPA 4J2AA 4I2PA 3EZ5A 4CJRA 1L3TA 4F4KA 3SPZA 3TI0A 4HCCA 1VSDA 2O4IA 2FBXA 1ZBHA 2Y1IA 5HRNA 4J2DA 1LWEA 2P5GA 4IG0A 4OKEA 3V9ZA 4CK2A 2PYJA 1LWFA 4KPYA 4LY7A 3V6DA 3PO5A 4KI6A 1S1UA 3C94A 3SUPA 4B8CA 3KLEA 1NJZA 4CF0A 1RTJA 3V9XA 4B08A 2BE2A 4CJPA 3QESA 1I39A 3AO4A 4CIEA 3OYNA 4CHNA 1HQEA 3OYJA 4CEZA 4KHYA 2F96A 4JLHA 3LZIA 4Y1CA 3DLEA 4PUOA 4DSFA 4CFAA 4QOZB 4FJKA 2BDPA 1YT3A 4KFBA 1SV5A 3QLHA 4FVMA 4Y1DA 3LP0A 1EX4A 4E7JA 4BE2A 4C8LA 1U4BA 1JL1A 1RT7A 3F9KA 1G15A 4H4OA 3KKRA 1RT4A 4KHUA 3AVFA 4CHQA 5E41A 1HMVA 4GW6A 2ZE2A 4FJIA 1QSLA 4C8KA 2PZSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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