3NHGA

Rb69 dna polymerase (s565g/y567a) ternary complex with dttp opposite dg
Total Genus 313
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
313
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 313
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3nhgA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3nhgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nhgA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3nhgA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3nhgA03
3ZSYA 3CM5A 3QEVA 2GV9A 1IKWA 4O44A 5HRNA 2XO7A 1X9SA 1X9MA 3DLBA 3AVNA 2RN2A 1XHZA 3MAQA 1JLAA 2OZSA 2OPPA 4DSJA 4LD0A 4DU3A 3NH0A 4OJRA 4CHOA 2F8SA 1LW2A 4E7HA 4FLVA 3OYEA 4OKJA 4CHPA 4ELUA 1A5WA 3RMCA 2EX3A 3AVAA 1S1UA 3IG1A 3KTQA 3TAPA 3ZSVA 3HXMA 4BE0A 2G8HA 4AHCA 1T7PA 4CE9A 4M42A 1A5XA 4CJUA 3L2QA 2IOCA 3RTVA 1S9EA 4DU1A 4FJKA 3SUOA 1HYVA 4CGGA 4DS5A 3V4IA 4FJHA 1Z26A 2GUIA 5HBMA 4GMJB 4CF1A 1BHLA 2FBYA 3O4QA 1D9DA 1BCMA 2X6SA 4CIFA 3QLHA 1NK7A 2HHUA 3WNHA 1SL1A 3AVIA 1WSGA 1FXXA 4M3RA 3SQ4A 3SYZA 2D0CA 1NOYA 1JLEA 5SWMA 2XRIA 3L2RA 4N41A 4XIUA 4PWDA 2D5RA 2YNIA 4HUGA 1SKWA 1I3AA 3AVKA 2YHAA 5CZ1A 2OPQA 1S6PA 4FJNA 3OYBA 3S9HA 3M8QA 4F3OA 3HJFA 1BGXT 4Z4IA 1N6QA 2XY5A 4AHSA 1HNIA 3SNNA 3BDPA 1C1CA 4OGCA 3NF9A 4CGHA 2OYQA 4NCBA 2G8IA 2HHWA 1L3TA 4QAGA 5E41A 2R7YA 3BGRA 3MEEA 2P5OA 3LP0A 4DFKA 2OA8A 3VQ8A 3AVHA 3MEDA 4B9SA 3VQ9A 1SKSA 5C24A 5SZTA 3HP6A 4H4OA 2P1JA 1IG9A 4CEAA 3K57A 4L8RB 4DLGA 1X1PA 4OVLA 2EHGA 3QEIA 3V1QA 4FJMA 3LPTA 3P1GA 3CFOA 1SKRA 1KSPA 3DLRA 2KFZA 1RT4A 3P5JA 1RTDA 4MQ3A 4CECA 4H4MA 1WSJA 4W5RA 4JRPA 4KHQA 2DFEA 3OYMA 3QEWA 3JSMA 4DMNA 3V6DA 5HLFA 1NK4A 1S5JA 4B9UA 3ZSZA 3HPGA 2OZMA 1G15A 2ETJA 4BDZA 3OS0A 4HCCA 4NCAA 3V9WA 3HO1A 3H08A 4DFMA 3LPUA 2KZZA 3HM9A 4CJQA 4CK2A 4DQQA 4FLXA 2FBTA 4FYDA 5HRSA 3THVA 1J9AA 1U47A 4FVMA 2YNFA 3ITHA 3O3GA 1CZ9A 1LV5A 2HHTA 1HJRA 2OPRA 2KFNA 3PO4A 5KRSA 3K59A 4E7KA 5KGXA 1C1AA 1RBSA 4CJLA 1WSFA 1TK5A 3M8SA 4MFBA 5DK5A 4DTPA 2X6NA 3U3GA 2P51A 4C8NA 2VWJA 1S1XA 5DMRA 5J2NA 3NHGA 3LALA 3O3HA 1U4BA 4YNQA 2ITGA 2YNGA 3OYJA 4CJVA 4JLHA 5KI6A 3RMDA 4IFVA 3ULDA 3AVFA 1KCFA 3I0SA 4FLYA 1B92A 4FJ9A 4Z4HA 4FJGA 4AILC 3PUFA 2B5JA 4Q0BA 1B9DA 3LAKA 4ZTFA 1BI4A 1NOZA 3MXMA 2HHQA 1IKXA 1TAQA 4J2AA 1S1TA 2HNZA 2VG5A 1NJXA 3NF6A 4N76A 1NJWA 4CFCA 3HK2A 1NKCA 3ALYA 1HMVA 4J2DA 4CHYA 4DFPA 4DTSA 1HPZA 3HP9A 4FM2A 4KKOA 4ID1A 4DF8A 5EU7A 4OPKA 1VSJA 2P5GA 3KK2A 4BACA 1DTTA 4NYFA 4OKKA 3HPOA 3JYTA 3TABA 1TKZA 5FDLA 1JLQA 1QS4A 1Q8IA 3B6OA 4FK0A 2VWKA 4GW6A 3C6TA 3RR8A 4OPJA 4E19A 2BGGA 2VG7A 4RG8A 4CGFA 4PUOA 2O4GA 4W5OA 3I0RA 1QSSA 1CLQA 3RWUA 1BCOA 2FBVA 3MEGA 3PX4A 1B9FA 5K14A 1D5AA 2DFFA 1VSKA 5D3GA 4ELTA 4E7IA 2KW4A 1C1BA 4JS5A 4K8XA 1LAWA 1T8EA 2AJQA 3V9SA 4FM0A 3OYCA 3OJSA 3ZSXA 4ZTJA 4PY5A 2F96A 4DSEA 3ZT0A 4LH4A 3VQ5A 1VSIA 4FJ5A 4CHZA 1TKTA 4FJXA 1RNHA 1UOCA 5CY4A 2VG6A 3KKRA 3QERA 3IS9A 1VSFA 3C6UA 4B9NA 4O5BA 4W5TA 2HB5A 4O55A 2Z1HA 3O3FA 2QKBA 2G8WA 2HVHA 1TAUA 1JKHA 1GOCA 2Z1IA 4CJWA 4KHYA 1XI1A 3TANA 2ZE2A 3SZ2A 1DLOA 3VA3A 1X9WA 4FW2A 1GOBA 1UWBA 3KD1E 4B3OA 1FK9A 1EETA 2WOMA 3AO2A 4RW9A 4B9LA 4E3SA 1VSEA 3EZ5A 1BQNA 2B4JA 3L2VA 4ICLA 4DWIA 4FK2A 3NBPA 3V1RA 4E1NA 3U6FA 4B8AB 1KVBA 1Y97A 3NGZA 4KAZA 4B9MA 5HP1A 2RKIA 1UA0A 1KVCA 4Q5VA 1ZYQA 1NJYA 3CQ8A 2Z1JA 1LWFA 4CJ3A 3KLHA 1XWLA 3G0ZA 3OYNA 3OYLA 1BQMA 3FFIA 4YFUA 4O0IA 4DQSA 3VQBA 4FZYA 3TR8A 4N5SA 4OKEA 1WNSA 3DYAA 4DTXA 3F9KA 4TSXA 1ZBFA 4E7JA 1BIZA 4CFDA 4CHNA 3I8DA 3A2FA 4DTMA 4WE1A 4DU4A 3OJUA 4OLBA 4G1QA 1W0HA 3K5LA 1JLGA 3G10A 3AO5A 1ASUA 4W5QA 3AVGA 3NAEA 3D0PA 3KIOA 3DRPA 4OGEA 3QIPA 3OS2A 1NK9A 5I42A 1ASWA 5CYMA 1C0MA 3AVBA 2W42A 1L5UA 1ASVA 1U04A 2YKNA 3KK1A 2PZSA 1WSIA 4EP5A 3K2PA 1S6QA 4BWJA 2YKMA 4CK3A 1NKBA 1BIUA 5FROA 3HT3A 4CGIA 3T3FA 4HHTA 3ZCMA 4BDPA 4QOZB 1JLBA 1TV6A 3NDKA 1CZBA 4CERA 3OY9A 1KTQA 1RBUA 1S1WA 3DLKA 3HPHA 3AVCA 3OYIA 4CFBA 3SV3A 1D8YA 1JXEA 3SUNA 3VQ6A 3ZSRA 2G8UA 3PY8A 1RDBA 1RILA 1RT3A 3T19A 2F8TA 4FM1A 1SL0A 4DSLA 4Z4GA 1EP4A 4JS4A 4KPYA 4FW1A 2PYJA 4O4GA 3MXIA 1KRPA 3QEPA 4CJEA 3TAFA 4KTZA 3KLFA 3L2WA 1YTUA 3AA3A 3CFRA 1WN7A 3TARA 4FJLA 4DQRA 4M3TA 4I9QA 4CCHA 3CFPA 2OPSA 3PX0A 1J54A 4AHRA 1S1VA 3PO5A 3AO1A 3LWMA 4NYNA 3VQDA 3LZIA 4FJ7A 3OS1A 3TAMA 2IS3A 4EZ9A 1RTIA 3DLHA 2YNHA 5JS1A 5JS2A 3V1OA 3NF8A 4DTOA 4FJJA 2E4LA 3HSTB 4H8KA 4Y1DA 5T7BA 2E6MA 5C25A 4IBNA 1Q9XA 1WLJA 3TAEA 3IAYA 1BI4B 1Q9YA 3MECA 1HYZA 2XY8A 3OYKA 4I2QA 3VQAA 1VK0A 4LSNA 4KTQA 4B9VA 4M3ZA 1TL3A 3KK3A 4E0DA 4CF0A 4CJKA 1XHXA 2HMIA 4CGDA 5CYQA 2G8VA 1U48A 3SPYA 3EYZA 3ZT2A 2JLEA 1RBVA 1C0TA 5C42A 2DY4A 3TWHA 4CJ5A 2D0BA 4DG1A 2QKKA 4EP4A 3L2UA 3B6PA 2XY6A 3NFAA 4M41A 1C0UA 3VQPA 4RW7A 3AA4A 3PV8A 3WNGA 1KLNA 1SL2A 3S3NA 3SCXA 3LP1A 5HRRA 3VQCA 4CHQA 4JRQA 3SV4A 4E1MA 4ELVA 4C8LA 4IG0A 4E89A 4IFYA 4DSIA 4KFBA 3EY1A 1RCHA 4FJ8A 1RT2A 2IGIA 3AVMA 3QNOA 1C6VA 4UQGA 2Z1GA 3OYGA 4DQPA 3F73A 3LDSA 2DTUA 3RRGA 4DS4A 2Q3SA 3DRSA 3DRRA 3E01A 3AO3A 4BE1A 3AA2A 4CF2A 4LH5A 4C8OA 3S3OA 3SJJA 1WAFA 2LSNA 3NGIA 1VRUA 1EX4A 3NGYA 1QSLA 4CEBA 4M3YA 4Z4FA 1QTMA 2KTQA 3RMAA 4M3UA 2G8KA 4KHNA 2Y1IA 4Z4EA 4FK4A 5HROA 1I39A 4OLAA 2YHBA 3L3VA 3WNEA 1A5VA 1JL1A 3AO4A 3HVTA 4KHUA 1KFSA 4DSFA 4CFAA 1ITGA 1VSHA 1YTAA 1SV5A 2GBZA 3P83D 4CIEA 1L3UA 4HUFA 1U49A 1KFDA 1IH7A 3SI6A 1CXQA 1VSLA 3K5OA 3NH1A 2E6LA 4FLTA 2Y1JA 1HQEA 1WSHA 4FZXC 1CXUA 4AHTA 4CJ4A 4F2RA 4N47A 4CIGA 3CM6A 3LZJA 2PYLA 3MXJA 2BDPA 1T05A 4CJRA 4IKFA 1W9HA 1RBTA 2HNYA 3WNFA 3HL8A 3QEXA 4Z4CA 1RTHA 4EZ6A 1HNVA 1VSMA 3ZSOA 4KV8A 4KI4A 4M3WA 1KLMA 3DOLA 4GVMA 1LWEA 3KJVA 5J2QA 4I2PA 3V9UA 5KGWA 5J2PA 4NCGA 5I3UA 3V9XA 1XC9A 5FRNA 3RMBA 1TGOA 2IAJA 1RT6A 3SQ2A 3ZSWA 2KZMA 4KHSA 1K6YA 4PQUA 2PY5A 1L3SA 1UA1A 1BISA 1GOAA 2RPIA 4CK1A 1TVRA 1RDAA 1YVUA 3SQ0A 2FBXA 4BWMA 4AHVA 2HVIA 4FLWA 2QXFA 1TL1A 1T03A 3VQ4A 4DQIA 4CESA 4CEZA 1LWCA 1QHTA 4PA1A 1ZBIA 4CJTA 3VQ7A 1TK8A 2G8FA 4FJIA 1RT5A 3AVLA 3L3UA 4CF9A 3QETA 5KRTA 3VN5A 1REVA 3ASMA 3K5MA 4BE2A 1TK0A 4I7FA 3NH2A 3OYFA 1NJZA 1R0AA 3KLEA 4C8MA 3PX6A 2X78A 4AH9A 5FRMA 4HUEA 3IRXA 4DLEA 4LY7A 1IO2A 4DSKA 5HRPA 1VSDA 1QSYA 2HHVA 1RDCA 5J1EA 1TKDA 3HYFA 2IDOA 3LP2A 3LAMA 4ZHRA 4O0JA 1MU2A 3ZSQA 1RBRA 1LAVA 1UAXA 2XHBA 4FLZA 4M45A 1VRTA 2RF2A 2X74A 3V9ZA 4W5NA 4IG3A 5KTQA 2HW3A 2ZD1A 1ZBLA 3VA0A 1WSEA 2ATQA 4E7LA 4RW6A 4FLUA 3NE6A 1JLFA 4DTUA 1JLCA 2A1SA 3O4NA 4CEDA 1RTJA 4F8RA 4F2SA 1F21A 1D9FA 2BE2A 3AVJA 1O1WA 4CEQA 2DFHA 1IKYA 3AV9A 4B8CA 3TI0A 1NKEA 4M3XA 1Z25A 4DF4A 4FXDA 3C94A 2B6AA 1ZBHA 3OYHA 3KLGA 1HYSA 4Y1CA 4HCBA 3DMJA 3RR7A 2JGUA 2WONA 4HVJA 3VQQA 4CEEA 4HTUA 1YT3A 3UIQA 3SPZA 3M8PA 4B08A 4CJSA 1FKOA 3QINA 3U3YA 1KVAA 3RRHA 4CGJA 4KRFA 3CG7A 4CJPA 1U45A 4K8ZA 3OVNA 1ZBUA 3DI6A 3DM2A 5CZ2A 2NUBA 3DLGA 1RDDA 1HRHA 2ZQBA 1QQCA 4AHUA 3DLEA 1QE1A 2BANA 4KHWA 4ID5A 4IDKA 4DTJA 2KQ2A 3L8BA 3D45A 5J2MA 1NK0A 3QO9A 3OYAA 3SQ1A 1NK6A 3C95A 1RT7A 1LW0A 1NK8A 3NCIA 3TAGA 4KTWA 1JL2A 3V81A 3DOKA 4KI6A 1RT1A 2FC0A 3AA5X 2A1RA 1JXBA 4KO0A 4LSLA 3NF7A 3ISNC 2HNDA 3KKSA 4F3TA 4CEOA 1TKXA 3VQEA 3ZT4A 3SUQA 4KB1A 4CEFA 2XY7A 4J2EA 3T1AA 1J53A 2D0AA 3LWLA 1FKPA 1L3VA 4FCYA 4KB0A 2YV0X 3HVRA 4FZZA 2IC3A 4R5PA 1N5YA 2O4IA 2HHSA 4DTNA 1BL3A 1SUQA 4DFJA 4QCLA 4I9LA 3M8RA 4RW8A 4F4KA 3CYMA 3OYDA 4CF8A 2I5JA 3ZT1A 3K5NA 3ZT3A 3S3MA 3QNNA 4KREA 4C8KA 1WAJA 3SUPA 3LANA 4Z0UA 3LP3A 4N56A 1HQUA 1EKEA 4RW4A 4BDYA 3TAQA 1IKVA 2QK9A 3QIOA 2HHXA 4DTRA 4CJFA 1EXQA 4B9TA 3KLIA 3KD5E 4J2BA 1DTQA 1NK5A 1J5OA 3QESA 1S9GA 3K58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GV9A 4O44A 1X9SA 4CBWA 4FSVA 3TTCA 2YB5A 1JLAA 5AQIA 4KH6A 1M90O 4ELUA 3C7NB 4CJUA 3L2QA 3KWGA 4DV6K 5AQKA 4FJHA 4GMJB 5M1QA 3SAHA 4FWOA 1BHLA 2FBYA 3O4QA 5EOYA 2X6SA 4CIFA 1NK7A 2HHUA 3ZETB 3QICA 3SYZA 1WSGA 1FXXA 4KREA 2D0CA 1JLEA 3L2RA 3CD6N 2PBDA 1YJ9N 3AVKA 3UE5A 3CXCM 2OPQA 4PKHA 3BZKA 3GG4A 3O9UA 3OYBA 1QZ6A 4X66K 2QXLA 1ZC6A 5BPLA 4DV4K 1HNIA 4BVOA 4PKGA 2PFVA 5LL6Z 4NCBA 1L3TA 4H0VB 2R7YA 2P5OA 4DFKA 1FW6A 2QWRA 3VQ8A 3AVHA 3MEDA 3WUHA 5CE3A 4NXNK 5SZTA 4H4OA 4QNDA 2P1JA 1IG9A 1MHZG 3U9DA 4JI4K 4CZGA 2KFZA 4CECA 4W5RA 4JRPA 1LCUA 3CPWM 2O8CA 3H3OB 1MWKA 1NK4A 3FZMA 4MO5A 4B9UA 1G15A 2ETJA 3K9KA 3OS0A 3LPUA 3A5OC 2W41A 1JCEA 4X62K 3QFUA 3LDLA 2FBTA 3LDPA 1J9AA 1U47A 1C0GA 2KFNA 3K59A 5KGXA 4IOAL 1TK5A 1XVGE 4MFBA 2P51A 4C8NA 5AR0A 4IEEA 3LALA 5GIPA 4YNQA 4JLHA 4JI0K 4A62A 4FLYA 2UXCK 4DR6K 2E8AA 3PUFA 3I33A 4WQ4A 1IKXA 1TAQA 1S1TA 4PHTX 2P9KA 4CFCA 3D2FA 3SAGA 1H1VA 4ID1A 4JHDA 3AAPA 5EU7A 4OPKA 1GLDG 3S41A 4BACA 3HPOA 4OKKA 3VEOA 3TABA 1S22A 5FDLA 1JLQA 1QS4A 2QA4N 4H0YB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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