3HL8A

Crystal structure of exonuclease i in complex with inhibitor bcbp
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
470
structure length
456
Chain Sequence
KQQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTANAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small-molecule tools for dissecting the roles of SSB/protein interactions in genome maintenance
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 157
structure length 456
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2009-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3hl8A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3hl8A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hl8A01
4QCLA 1X9SA 5HROA 2O4IA 4K8ZA 1HYSA 1KLNA 2F8SA 3OVNA 1NJXA 3VQDA 1S9EA 4HHTA 3V81A 2D0CA 3NGIA 2OPRA 1Z25A 4KO0A 3LP3A 3WNHA 1HYVA 1TKZA 3M8QA 4I2QA 3P83D 2EHGA 4EP5A 4BDYA 3QNOA 4DMNA 3SUPA 2HW3A 4YFUA 1GOBA 4M3XA 1KRPA 3OYIA 5J2PA 3VQCA 4Z4GA 1S6PA 4OLAA 3SQ2A 2YNIA 4H8KA 4FW2A 1QSSA 3RR7A 4NCBA 2G8WA 4O5BA 1WSFA 1VSDA 2HNDA 2X6NA 1HQEA 1QQCA 3OYKA 1DLOA 3HK2A 1RBSA 4CGFA 4CHQA 4FXDA 3DLGA 4IKFA 3AA2A 4B9NA 1TVRA 3MAQA 3DRPA 1S1VA 1XI1A 1FK9A 3AO1A 3KK2A 1RCHA 4Q5VA 3M8SA 3KLHA 4DLGA 1L3VA 3TAMA 1EETA 4PUOA 3NE6A 4CGGA 4GMJB 4Z4IA 3DYAA 2PYJA 2OYQA 3MEGA 4DQSA 5HRRA 1T8EA 4DSKA 2FBXA 1J9AA 4OKJA 2G8KA 4F3TA 1C1BA 4FLUA 3AA4A 3KIOA 3U6FA 2HHUA 2P51A 1HPZA 2B5JA 4ID5A 4IFVA 4CGHA 3KJVA 1CXQA 4Q0BA 4W5TA 1C6VA 4JLHA 4CGDA 3RMDA 1ZBUA 4W5NA 2JGUA 2ETJA 1IG9A 3DM2A 4NCAA 4CJTA 4KREA 1RT4A 4JS4A 3CM5A 4DQRA 3O4NA 1U04A 3KD5E 3PX0A 4NYNA 3LAMA 1SKRA 4CF8A 4JRPA 4FZZA 2G8UA 4DSEA 1YTUA 2ZE2A 1VSFA 3VQ7A 1KSPA 1Q9XA 4W5RA 2OA8A 1WSHA 1UA0A 1N6QA 3RRGA 1XHXA 1SL0A 2O4GA 4FYDA 4B9LA 1ZBHA 4KHSA 4I7FA 4M41A 4J2DA 4IFYA 3ZSZA 4O44A 3VQ6A 2IDOA 4N56A 4DWIA 2VG5A 1DTTA 1J5OA 1KVAA 2IGIA 4R5PA 1CLQA 4DTUA 4AH9A 2GV9A 2VWJA 1L5UA 1A5WA 3AA3A 5DMRA 2OPPA 1S5JA 3C6UA 1BL3A 1NJYA 1VSIA 1L3SA 1LV5A 3WNEA 3HPGA 4CJ3A 3HP9A 1NJZA 3V9ZA 3DI6A 3TABA 1RDAA 4DQIA 1KLMA 2BE2A 1Q8IA 1SKSA 2HNZA 1RBVA 4AILC 4FM0A 2ITGA 4CK3A 3HPHA 4CJUA 3HT3A 4KAZA 3IG1A 1UAXA 4BDZA 3V9WA 5I3UA 1T05A 4CEAA 3OYMA 3K58A 1WAJA 5C24A 3PX6A 1TAUA 2IAJA 2A1SA 4ZHRA 3DLHA 3S3OA 4IDKA 1S9GA 2B6AA 1WNSA 4M3RA 5J2QA 1EXQA 1HNVA 4OPJA 3RMCA 4Y1DA 3MEDA 1VSHA 4J2EA 1LAWA 2YKNA 1WSGA 3OYDA 4XIUA 5C25A 3VQ4A 4CEFA 3VQ9A 4CJ5A 1JL2A 3LWLA 4M3TA 2KZMA 1C0UA 4Y1CA 3RR8A 1TL1A 1TAQA 4JS5A 4H4OA 3TANA 4W5OA 4F2SA 1S1XA 4DTXA 1LW0A 2RPIA 4FK2A 4OPKA 2W42A 3C94A 1JLAA 3DLKA 2HHWA 4OKKA 4ZTFA 1JL1A 1L3UA 4OVLA 3K59A 1BHLA 1RDDA 1ASWA 1KVCA 2Z1GA 4ICLA 4GW6A 4B08A 3OY9A 4HUGA 2G8VA 3DLBA 3AVJA 4CJRA 1U4BA 4FJHA 4FW1A 3WNGA 2Y1JA 1GOCA 3OS2A 4ELVA 1EP4A 2FBYA 4E1NA 2GBZA 2PY5A 4M3UA 4KFBA 1D9FA 2ZD1A 4HUFA 4BE2A 2XRIA 1U49A 2YHAA 1X1PA 3LP1A 1J53A 3O3GA 1TL3A 3L2QA 2DTUA 4CHNA 3EZ5A 3OS0A 3K5MA 4NYFA 3V6DA 3D45A 3A2FA 2F96A 2YNGA 3AO3A 3NF9A 5J2MA 1NK7A 3OYAA 4FM1A 1BQNA 3NAEA 4KPYA 1J54A 3IRXA 1A5XA 1BISA 5FDLA 3V9SA 4B9TA 1NJWA 3AVMA 4CK1A 4M3YA 4CEZA 4CJKA 3U3GA 3VA0A 3TAFA 4KHQA 3ITHA 3QEWA 4E7JA 2QXFA 3ZSYA 1UOCA 3NCIA 2IOCA 3SV3A 4KHNA 1U48A 1W0HA 1B9DA 1RILA 2E6LA 3ASMA 1U45A 3PO5A 1ZBIA 4OJRA 4FK0A 3VQEA 3LZIA 3LANA 3C6TA 3QIPA 2YKMA 2ZQBA 4EZ9A 5FRMA 4CJEA 1N5YA 3OS1A 5KGWA 2QK9A 2KFNA 4FVMA 5CZ2A 4OGEA 3SPZA 2P5OA 4DSLA 5EU7A 1L3TA 2BANA 3CQ8A 2EX3A 3KKRA 2DFFA 4G1QA 4LD0A 3KK3A 4DFKA 4B8AB 4C8LA 1D8YA 2KQ2A 3MXJA 1NK0A 3SJJA 5HP1A 1JLCA 3G0ZA 2FBTA 2XY5A 4Z4FA 2HNYA 4B9SA 4BWJA 3VQAA 3LP0A 2HHXA 3SNNA 5HBMA 1EKEA 2KW4A 1ZBFA 3TWHA 5K14A 1CZBA 1SKWA 3KLIA 3DLEA 1NKBA 2OZMA 1LW2A 1RT1A 1IO2A 1S6QA 1C0TA 4FLTA 2OPSA 3QNNA 4N76A 4AHUA 4CFBA 4KKOA 4CJVA 1FKPA 1RBUA 4KB1A 2KTQA 3P1GA 4DTMA 2IS3A 4E7LA 1YT3A 3LWMA 4I2PA 3AVAA 1C1CA 3KLGA 1QS4A 3F9KA 1YTAA 3KK1A 3AVLA 3CM6A 4I9LA 1VSKA 4N47A 1WLJA 3ALYA 4AHTA 2DFEA 3AO5A 4WE1A 4CEDA 1I39A 3L8BA 3LPTA 5CZ1A 3ZSVA 4CHOA 1TV6A 3AO4A 4CHZA 2OZSA 3K2PA 1LWCA 3QO9A 1CXUA 1RNHA 4DSFA 3TAQA 1NKCA 2HHSA 1TK0A 3NDKA 3ZSQA 3VQ8A 4FLYA 3QIOA 1IH7A 2HHQA 4FCYA 4RW7A 3KD1E 1O1WA 1VSJA 1NK9A 1KFDA 1BI4B 4CF2A 4W5QA 4F4KA 3HO1A 5D3GA 1TKTA 1B9FA 1K6YA 3NGZA 3RWUA 2FC0A 1HNIA 2XY8A 4BDPA 3IS9A 4DTSA 1D9DA 3AVFA 2DFHA 3ZT3A 4KHYA 2GUIA 4BACA 1T7PA 5I42A 5KI6A 4M45A 3L2WA 1BGXT 4AHSA 3HPOA 3T3FA 1HMVA 1WSJA 3JYTA 3H08A 1ZBLA 3FFIA 3SCXA 3QERA 3TR8A 1VRTA 3SZ2A 1BIZA 1VK0A 3WNFA 5CYMA 4J2AA 3OYFA 2OPQA 1A5VA 1VRUA 3QEVA 1HQUA 4DS5A 2LSNA 4CCHA 1JXBA 3ZT1A 4CE9A 4AHRA 1YVUA 4KV8A 1RT6A 4CEOA 1KFSA 1HRHA 4CFAA 3LPUA 4C8OA 1WAFA 4CF9A 3ZT0A 4B9VA 4CJPA 1IKXA 3JSMA 3V9UA 3MXIA 3QETA 2PYLA 3AVKA 4CERA 2XHBA 3NBPA 4PA1A 3I8DA 3I0RA 3SI6A 4OGCA 4DTNA 1WSIA 3AVGA 3KKSA 3RRHA 3SQ4A 1SL1A 5KTQA 3RMAA 3EYZA 4M3WA 4H4MA 4CESA 2I5JA 3U3YA 2Z1IA 2R7YA 2G8FA 3AV9A 5JS1A 3L2UA 4QOZB 4K8XA 5CY4A 1RTJA 3DLRA 3OYJA 4DFJA 4B9UA 4DFPA 4BE1A 4KRFA 1X9MA 3V1QA 4L8RB 4FJGA 3V1OA 3HYFA 2VWKA 4FJ8A 4RW6A 2WOMA 4BE0A 1IKWA 4CJLA 4CGJA 3TAPA 4Z4CA 3NFAA 4GVMA 3ZT2A 3B6OA 3ULDA 3S3MA 1RBTA 3OYCA 4O0IA 2PZSA 4FZYA 4J2BA 3ZSWA 3K5LA 1ASUA 2D0AA 1ITGA 3ZCMA 3OYGA 3PV8A 3SUNA 4FJ5A 1ASVA 4PWDA 2HHTA 2P1JA 2NUBA 4ELUA 3AA5X 1MU2A 1REVA 3MXMA 3VN5A 1CZ9A 1TKDA 1QSYA 3SQ0A 5KRTA 1NOYA 1HYZA 3VQQA 4O0JA 4PY5A 1HJRA 3TI0A 3CFOA 2P5GA 4FJNA 4AHCA 4C8NA 5JS2A 2XO7A 4MQ3A 2HMIA 3DRRA 3KLFA 4E7KA 1JKHA 4C8MA 4EZ6A 3OYEA 4HVJA 4DQPA 4FJLA 5HRPA 4FJ9A 4DTRA 2G8HA 1KCFA 5C42A 4FLZA 4DSIA 3V9XA 4HUEA 1QTMA 1JLGA 3B6PA 3ZSRA 3AO2A 5DK5A 4B8CA 1Z26A 3L2RA 1BQMA 2JLEA 4RW4A 1UA1A 1BI4A 1XC9A 4DF8A 1UWBA 4I9QA 3NH0A 1SL2A 1I3AA 4KHUA 4FZXC 1RT2A 1NK8A 1S1TA 4FJKA 5KRSA 3EY1A 3TAGA 1U47A 1RTHA 4KHWA 2X78A 3KTQA 4E89A 1JLQA 3ZSOA 4DU3A 3LALA 4DU1A 1RDCA 4DTJA 4FM2A 4FJXA 4CGIA 2RKIA 2BGGA 3SPYA 3HSTB 1RBRA 2YHBA 4ZTJA 3DMJA 2E6MA 2Z1HA 2Z1JA 1LWEA 3QEXA 3CYMA 1KTQA 1RTIA 3V4IA 1D5AA 1R0AA 3S3NA 1FKOA 3T1AA 2BDPA 2RF2A 5KGXA 3I0SA 1QE1A 1F21A 4UQGA 4CECA 1XHZA 2E4LA 1JLFA 2KZZA 5SZTA 3UIQA 4DS4A 4F2RA 2G8IA 3AVBA 2YNFA 1VSEA 3OJSA 3K57A 4FJIA 3QEPA 5FRNA 5SWMA 3E01A 2Q3SA 3NGYA 2QKBA 4OLBA 3HL8A 1SUQA 1QSLA 3PUFA 2YNHA 4Z4HA 4RW8A 3OYBA 3TAEA 4ELTA 4KTQA 1SV5A 5T7BA 4DF4A 2HHVA 4CJSA 1XWLA 1JLEA 1JXEA 4EP4A 3OYHA 3HVRA 4KTZA 4KI4A 3MECA 4AHVA 1B92A 2ATQA 1NKEA 3SYZA 4HCCA 4CEBA 4KTWA 1RT3A 1S1UA 4QAGA 4CEQA 4FJJA 3AVNA 1BIUA 3O4QA 5CYQA 3OJUA 3NF7A 3QEIA 4ID1A 5HLFA 2XY7A 1BCMA 3BGRA 1RTDA 3F73A 1ZYQA 4DSJA 3QLHA 1VSLA 3OYLA 1G15A 1IKYA 3L3VA 4O4GA 2A1RA 4DTPA 3HP6A 3HVTA 4CF0A 1LAVA 1TGOA 4F3OA 2DY4A 3LZJA 3ZSXA 1C1AA 2HVIA 3DRSA 3PY8A 3NH2A 3L3UA 4B9MA 1TK5A 3M8RA 3S9HA 4IG0A 4O55A 4CJFA 1TK8A 1Y97A 2HB5A 1RDBA 1DTQA 4E7HA 1JLBA 3OYNA 1X9WA 4FJMA 4FK4A 2WONA 3G10A 3VQ5A 5E41A 4CHPA 4LSLA 1VSMA 3MEEA 4LH4A 4HTUA 2B4JA 4MFBA 4CK2A 5HRNA 2X6SA 1T03A 1FXXA 3O3HA 4CFDA 3NF8A 1EX4A 3O3FA 3SV4A 4CF1A 4KI6A 3CG7A 3LAKA 2YV0X 4CHYA 3IAYA 4DFMA 1NK4A 3QESA 3KLEA 1LWFA 4E19A 4CJWA 2QKKA 1WSEA 1IKVA 2KFZA 3CFPA 4LY7A 2RN2A 1RT5A 2HVHA 3LDSA 4E0DA 5J1EA 4M3ZA 2XY6A 3VQBA 4YNQA 4RG8A 3HXMA 3M8PA 2F8TA 3K5OA 4CEEA 3ISNC 3AVCA 3NF6A 4LSNA 1Q9YA 4DLEA 1GOAA 2AJQA 2VG7A 4NCGA 2Y1IA 4E3SA 1NK5A 1TKXA 4IBNA 1C0MA 2D0BA 3RMBA 4OKEA 3THVA 3PO4A 1W9HA 1WN7A 4DTOA 3C95A 1RT7A 2VG6A 3CFRA 3P5JA 4CIGA 1S1WA 4N41A 4F8RA 2IC3A 4HCBA 4FLXA 3DOKA 4N5SA 4M42A 1NOZA 2D5RA 1BCOA 3T19A 4CJ4A 4Z0UA 4LH5A 4DG1A 3NH1A 4Z4EA 2X74A 3HJFA 5J2NA 3NHGA 3LP2A 3ZT4A 4FLVA 4IG3A 3HM9A 4FLWA 3DOLA 3K5NA 1QHTA 3L2VA 4DQQA 3BDPA 3QINA 4E1MA 4TSXA 3V1RA 4DU4A 3SUQA 3SUOA 4B3OA 4E7IA 4JRQA 4BWMA 3SQ1A 4C8KA 4PQUA 4CIFA 3PX4A 4FJ7A 4CJQA 3AVIA 3VA3A 3D0PA 3AVHA 5FROA 3RTVA 3TARA 4RW9A 3VQPA 2FBVA 4CFCA 5HRSA 1NK6A 1KVBA 4CIEA 4KB0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C6PB 5CAIA 5F2RA 2JXBA 3T9NA 1IHWA 2ZGZA 1MUZA 5GMKh 4FYYB 1K0XA 4WYBA 3NGIA 3ZBDA 4J9BA 1KD1O 3WNHA 4A62A 5JLHA 1VQ8A 3P83D 3QNOA 1X43A 4HVVA 4M75A 4BDYA 4DMNA 2O8CB 1J6ZA 1GOBA 3OYIA 2F9TA 3VQCA 2VXEA 1QSSA 4PKGA 3RR7A 1EO1A 2PBDA 2J6FA 2OTJN 1BOTO 4O5BA 3HSCA 4DR7K 3UATA 2X6NA 2R57A 3PVLA 3VKIA 4LDUA 1SF9A 3FB9A 3OYKA 4PJOA 4DV1K 4EMGA 4FXDA 2ZPGB 5I2MA 3R8EA 1YITN 1OH6A 2JPNA 3FJPA 3C65A 3DJCA 1NZ9A 3DRPA 3REAB 2E2OA 4RWTA 1XI1A 4XK8E 4HCZA 3RSEA 3M8SA 1RCHA 4BVPA 4DLGA 3KLHA 3NTIA 2B1EA 2YUOA 3TAMA 2NNWA 4JKHA 1L3VA 3NE6A 3A0IX 3DYAA 4DQSA 2COZA 3GLXA 1Q81R 2P9UA 2KRNA 1KJWA 4DSKA 2YJFA 4JZ4A 4F7UF 1C1BA 4IUPA 3CD6Q 2E8AA 3O9SA 3CJAA 2HHUA 4C92D 4ID5A 4IFVA 4LF4K 3T1YK 2HCKA 2QASA 4Q0BA 2BKDN 2CT3A 1C6VA 1NU0A 4CGDA 1W2BM 2VXFA 4JJNK 1K73C 2HQEA 3GF5A 4LE9A 3CJ7A 3DM2A 7AT1B 3CCQT 5AQZA 4CJTA 2DK3A 1RDUA 4YDUC 4KREA 4M7DE 1M2VA 1XQHA 3E4WA 1JB0E 2LQKA 2RPNA 3RESA 3OTOK 2NLXA 3M4GA 3LYIA 1VQ6Q 1M1GA 4KUDK 5KQDA 2VUBA 1DGKN 2NRTA 1XHXA 2OANA 4FYDA 3EH2A 3VS7A 1TG0A 1NPPA 4MO4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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