3QETA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dttp opposite dt
Total Genus 329
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
329
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 329
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qetA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qetA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qetA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qetA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qetA03
1NOYA 4YNQA 3DLHA 3VQBA 4CGDA 4J2EA 3WNEA 2XO7A 1WAJA 3AA5X 1HMVA 3AVNA 3DLKA 3RTVA 3LANA 3TAQA 1NK4A 3IS9A 1S9EA 3T1AA 3NGYA 2YHBA 2ITGA 3VQAA 1VK0A 3QLHA 3EYZA 3ZSQA 1NK6A 2HHQA 3HPGA 5KRTA 2FBVA 2YNHA 2JGUA 1NKCA 3WNGA 2DFEA 2FBTA 4DF4A 1WNSA 3LPUA 3ZT1A 4CIFA 1RT5A 2FC0A 4E1MA 3OYKA 3OYNA 2F8SA 2KZZA 4ID5A 3QNNA 3RR8A 3K5LA 1BI4B 3OS0A 1LWFA 5CY4A 4NYFA 4DTRA 4FJ5A 1IKWA 3SZ2A 3TAEA 2RKIA 3QNOA 1FK9A 1SV5A 3AVHA 1J53A 2GBZA 3NH0A 3L2UA 4HUGA 1L3UA 4F2SA 3M8SA 3ZT2A 2PYLA 4BDYA 5D3GA 2XHBA 4W5QA 4BE2A 3RR7A 4J2BA 4CGJA 3L2QA 3LP1A 1HQEA 1WSFA 2OPQA 4CECA 3AVBA 4FLXA 3SCXA 3NBPA 3SV3A 4E7JA 5I42A 1U48A 4KTQA 4FYDA 1WSIA 3S9HA 3QINA 1NK0A 4I9QA 4ZTJA 1RBRA 2DFFA 3KLHA 1U49A 2NUBA 4N76A 4E0DA 3F9KA 2HNYA 3DRPA 1Q8IA 1BHLA 4EP5A 3ULDA 4BWMA 4DSEA 4DQIA 3AVMA 4K8XA 1MU2A 1RT4A 3VQ4A 2B4JA 4N56A 3O4QA 4Z4CA 2Z1JA 3WNHA 4O5BA 4JS5A 2Y1JA 4KAZA 1TK0A 4CJSA 3U3GA 4B9NA 2Z1IA 3SQ4A 1TAUA 4E7HA 1NK8A 4CHPA 3AVCA 1DTQA 2Q3SA 4H4MA 1HJRA 3V6DA 4BE0A 5EU7A 2DFHA 4AHVA 3AO5A 4EZ6A 4CHYA 1SUQA 3L3VA 4FK0A 1QQCA 1N5YA 1QSSA 3BDPA 2HW3A 1KLMA 3T19A 4B08A 4CJ3A 3QEXA 4GVMA 3TAMA 4CF2A 1J54A 5HRRA 2G8FA 4DF8A 5SWMA 2GV9A 4B9TA 3UIQA 4WE1A 1Y97A 3PX6A 2VWKA 2IS3A 3HVTA 4O0JA 3VQ9A 1B9FA 3NGZA 2RN2A 2HVIA 3OYDA 4ELTA 3CQ8A 4ELVA 3IRXA 4C8LA 1ZBIA 3SI6A 4CK1A 3NF7A 3EZ5A 4FXDA 2EX3A 4CEZA 1FKPA 2FBXA 4M3UA 1HNVA 3NCIA 3NF9A 1JL2A 3SV4A 2F8TA 3DM2A 2PZSA 4IFYA 4OGCA 4CGGA 3LP3A 1GOAA 4ZHRA 4CJ5A 4JRQA 4FCYA 3K59A 2HVHA 3V9WA 3TAPA 1QSYA 4M3YA 1HRHA 1EETA 1LWCA 4B9VA 3K2PA 5DMRA 1I3AA 1YT3A 3TAFA 3AO4A 1SKWA 4HHTA 4OPJA 4F3TA 4E7KA 4ZTFA 2HHXA 4DU3A 3VQ8A 3ZSRA 1RILA 1CZBA 4BACA 3FFIA 2BDPA 2KFZA 1NKBA 1JLGA 1BISA 4AHUA 1BIZA 4IG0A 1ZBHA 4FLYA 1UOCA 3CFOA 3MEGA 4B8CA 1RBSA 4Z4GA 4AHCA 1NJYA 1VSHA 2D5RA 3RMDA 4ID1A 2R7YA 2DY4A 1A5WA 4E1NA 5HRNA 2O4GA 3AVJA 1IO2A 3OJSA 3NF6A 4CEDA 3SUPA 2IC3A 4LSNA 3S3OA 1UA1A 3SQ0A 1T8EA 4DSLA 3AVKA 3HT3A 3L2VA 1VSDA 2P5GA 5FRNA 4CGIA 2BANA 1TV6A 2G8HA 3EY1A 3QESA 1ASWA 4AHRA 3ZCMA 3TWHA 1ASUA 1RTJA 1TVRA 3S3NA 3MAQA 1ZBUA 5FDLA 1C0MA 3ITHA 3E01A 2AJQA 4N5SA 3KLGA 1RBUA 3ISNC 4Q0BA 2JLEA 3AA3A 2XY6A 1EXQA 3LWMA 2XY8A 2EHGA 1R0AA 4DQPA 4OLBA 3AVGA 4CEBA 3JSMA 4CGHA 3OYJA 3P1GA 4RW7A 1HQUA 4KRFA 1S6QA 4E3SA 3KLIA 4FJNA 3IG1A 1Q9XA 1VRTA 2P5OA 4BDPA 4FM2A 4CJEA 4BE1A 2OPPA 1SL0A 3PX4A 5DK5A 3QEPA 5FROA 1D5AA 4Y1DA 3ZSVA 1IG9A 3IAYA 1U4BA 3DOKA 3MEEA 3DOLA 3NE6A 1GOCA 3NH1A 4KHQA 2KTQA 4DMNA 2HHUA 1TGOA 2IOCA 3TARA 4DTPA 1RTHA 1VSIA 3OYAA 4JS4A 4FZYA 3I0RA 5KGWA 4FJXA 4H8KA 3PY8A 1FKOA 1KCFA 4B3OA 2BE2A 3MXMA 3NHGA 2RPIA 3CYMA 3OYCA 1NK9A 4CGFA 3QEIA 3KK2A 3C6UA 1C6VA 1IH7A 3LZJA 4FLTA 1JLAA 3OYEA 4FM1A 1VSKA 3VQ7A 3F73A 3TANA 4CJVA 3SQ2A 4N47A 4F3OA 1F21A 1KVAA 4Z4FA 1BCOA 2YV0X 3C6TA 5CZ1A 4CF8A 3HJFA 5CYMA 1BQNA 2VG5A 3SUOA 1FXXA 5HRPA 1ZYQA 4FK2A 3DI6A 1X9MA 4CCHA 4Z0UA 4OKEA 1I39A 4GMJB 4OKJA 3S3MA 3O4NA 4OJRA 3M8RA 3QERA 1U04A 3DRRA 4KB0A 4KV8A 3SNNA 1CLQA 4CFDA 3K5OA 1X1PA 1EX4A 3DLGA 4IG3A 1IKXA 4LH5A 3TABA 3V1OA 3VQQA 3THVA 4I2PA 5CZ2A 4M3ZA 4CERA 1TK8A 1S1XA 2A1SA 2IGIA 4KHWA 3OYHA 1B92A 4EZ9A 4E19A 4DWIA 1NJXA 1D9DA 4R5PA 4QCLA 3T3FA 3HPHA 4Q5VA 1NOZA 4E7LA 1QTMA 3AA2A 3AO2A 4CEAA 1LW2A 4IKFA 4FLWA 1YTUA 5HBMA 2HHSA 2X78A 1N6QA 4CEOA 1UA0A 1SKSA 4MFBA 1SKRA 1J9AA 3AO3A 1RDDA 1JXBA 4H4OA 1S1VA 4E89A 5C25A 4KKOA 3BGRA 5E41A 1KLNA 3NGIA 1KFDA 3ZT4A 3NAEA 1TK5A 4B9SA 3OY9A 4DSKA 4HTUA 1EKEA 5KTQA 3HP9A 3VN5A 1BCMA 4KO0A 4M41A 4DTUA 2GUIA 1REVA 4RG8A 1LAWA 3M8QA 4CEFA 1HPZA 4YFUA 4DFJA 1HYSA 5J2QA 3AVLA 4DFPA 4CJTA 4Z4EA 4CJWA 4LH4A 4KFBA 4DS4A 4K8ZA 2QKBA 4LD0A 4CF1A 2G8VA 4J2AA 4AILC 1UWBA 2IAJA 2YNIA 2Z1HA 5SZTA 3VQ6A 2OPSA 1TKZA 4FJGA 4FJ8A 4NCBA 1RTIA 3L2WA 1RT1A 2ZQBA 1IKYA 1JLBA 2YKMA 2IDOA 3HSTB 4DQQA 3ZT0A 1BIUA 5HRSA 3MXIA 1VRUA 4RW6A 4DQRA 1T03A 1LV5A 3OS1A 3K57A 4DLEA 3D0PA 1G15A 3KIOA 3PX0A 1QSLA 1HYZA 1WSJA 1L5UA 2F96A 5CYQA 3KJVA 4OKKA 2QK9A 4C8MA 5JS2A 3ZT3A 3DYAA 3SYZA 3ZSYA 3AVFA 3L2RA 2VG7A 5J2PA 1S5JA 5FRMA 2B6AA 3HO1A 3K58A 3VQEA 4CHNA 5JS1A 3DMJA 4QAGA 3VA3A 4FJIA 3LPTA 1RBTA 1VSEA 3MXJA 3PUFA 3LWLA 5I3UA 4FJLA 1D9FA 2G8UA 2BGGA 1TKTA 2OA8A 4RW4A 1SL2A 3VQPA 2D0AA 2X74A 4O4GA 2ZE2A 2X6SA 3VQDA 4FJJA 2VG6A 3NF8A 1C0UA 5KRSA 4PWDA 1JLFA 4CK3A 3K5MA 3O3HA 4EP4A 4RW9A 3DLRA 1DLOA 1YVUA 4BWJA 4DSIA 4CFCA 4KPYA 4E7IA 2D0BA 1QE1A 3OYLA 4O55A 1BGXT 4Z4IA 3AVAA 1NJWA 4HUEA 4XIUA 4DTXA 1ASVA 4ICLA 1EP4A 4CFAA 4I2QA 3VQCA 4KB1A 4ELUA 1RDBA 1QS4A 3NDKA 1C1CA 4DFKA 4B8AB 3CFPA 5C42A 4B9LA 3P83D 2P51A 1W0HA 1TL1A 2OYQA 4CK2A 3DRSA 3OYFA 2PY5A 3M8PA 2HMIA 2G8WA 1LWEA 2G8IA 2YKNA 4OVLA 5HROA 1KVBA 2A1RA 3ZSZA 3AO1A 4M3WA 3KLFA 1RDAA 4FLUA 3C95A 3P5JA 3SJJA 1A5XA 1HYVA 4CEQA 3U3YA 1NK7A 4PUOA 1HNIA 3G0ZA 4M3RA 4DG1A 3SUQA 1S6PA 3U6FA 4KHNA 1VSLA 1RTDA 4DSFA 4MQ3A 3I8DA 3TI0A 4FJHA 3HYFA 1KTQA 3C94A 1BI4A 4AH9A 3OJUA 3QIPA 5HP1A 1T7PA 4NCAA 4CJQA 4DTSA 4CJUA 4M3TA 4DTOA 4FK4A 3NFAA 3ZSOA 5J1EA 3O3GA 3DLBA 4OLAA 2LSNA 3CFRA 3V1QA 2HB5A 1XI1A 4FVMA 4FZZA 3PV8A 2O4IA 1RT7A 3O3FA 2HHWA 1RNHA 4NYNA 1B9DA 4KHUA 2E6MA 2KQ2A 3L3UA 4OGEA 4KHSA 1KFSA 2HHTA 2E4LA 1KVCA 2Y1IA 1XHZA 4C8OA 1XWLA 3QEVA 4HUFA 2OZSA 3QETA 1BQMA 4JRPA 4DTMA 2XY5A 3KD1E 4CF0A 4FM0A 1K6YA 1UAXA 2W42A 1S1WA 4AHSA 3MEDA 1KRPA 1T05A 2KZMA 3CG7A 3TR8A 3D45A 2VWJA 4CF9A 4OPKA 1VSJA 3AA4A 4CJ4A 2E6LA 3VA0A 1ITGA 4CE9A 4KREA 3TAGA 2B5JA 3RMAA 3WNFA 4CIGA 5K14A 4PA1A 4CESA 4DFMA 2WOMA 4I7FA 2HNZA 2KW4A 1X9SA 1RT2A 1C1AA 4FJ7A 3QEWA 1RDCA 1LW0A 4G1QA 3OYGA 4Y1CA 3V9XA 1U45A 2QKKA 3OS2A 4L8RB 1RBVA 4FJMA 4CJLA 1Q9YA 3KKSA 4BDZA 1A5VA 3G10A 3V9SA 4GW6A 2HHVA 4FLZA 4CIEA 4FW1A 3LP0A 4CHOA 3H08A 4IBNA 4JLHA 1RCHA 1WAFA 3RWUA 1S9GA 1BL3A 2D0CA 3B6PA 3SUNA 4CFBA 1GOBA 2WONA 4RW8A 2I5JA 2OZMA 4M42A 5J2NA 4N41A 5KGXA 4HCBA 3PO5A 1S1UA 3SPYA 1JKHA 4QOZB 1YTAA 3SQ1A 1NJZA 3QO9A 4IDKA 2ATQA 2OPRA 2DTUA 3ZSXA 2KFNA 4FJ9A 1TAQA 3LAMA 2ETJA 4UQGA 3OVNA 1CXQA 2RF2A 5C24A 2XRIA 3OYBA 4W5OA 3JYTA 3DLEA 4CHQA 3RRGA 4M3XA 4FLVA 1W9HA 3V9UA 4I9LA 1S1TA 1JLQA 3AVIA 1TKDA 4DTNA 3LZIA 3LALA 4PY5A 3V4IA 4J2DA 1QHTA 3KKRA 1Z25A 3OYIA 3RRHA 3HL8A 4C8KA 4C8NA 3HPOA 2FBYA 4AHTA 1WSEA 1TKXA 4DQSA 3QIOA 4FJKA 4CJPA 3I0SA 1SL1A 2P1JA 3LDSA 1NK5A 3ALYA 3KK1A 5T7BA 4DTJA 1WN7A 3B6OA 2YNGA 1J5OA 1KSPA 4CJKA 3HVRA 4DSJA 3K5NA 4IFVA 4FW2A 1ZBFA 4W5RA 2HNDA 2XY7A 2Z1GA 3A2FA 3KLEA 4DU4A 4DU1A 4KTZA 3V9ZA 4TSXA 4F8RA 1JLEA 3KK3A 1ZBLA 1L3SA 4KHYA 4PQUA 1C1BA 1X9WA 2X6NA 4CEEA 3V1RA 4DLGA 4KI6A 1O1WA 4CJFA 1CXUA 1CZ9A 4O0IA 4KI4A 4DS5A 1L3VA 2PYJA 5KI6A 4B9UA 3CM6A 1WSGA 2YNFA 3VQ5A 3CM5A 1XHXA 1LAVA 1VSFA 4Z4HA 3HK2A 4B9MA 1RT3A 1RT6A 2G8KA 4CHZA 3NH2A 3OYMA 1Z26A 2YHAA 3PO4A 3RMCA 4NCGA 3V81A 3RMBA 2ZD1A 4F4KA 5HLFA 1DTTA 1TL3A 1WLJA 4O44A 1JXEA 1D8YA 3ZSWA 3HM9A 1U47A 1WSHA 4HVJA 3HP6A 1VSMA 4M45A 3KD5E 1IKVA 4CJRA 4F2RA 3LP2A 4FZXC 3MECA 1NKEA 4KTWA 3SPZA 4LSLA 1XC9A 1L3TA 3KTQA 2QXFA 4W5TA 3ASMA 5J2MA 3L8BA 1C0TA 4HCCA 4W5NA 4LY7A 3AV9A 3HXMA 3LAKA 1JLCA 1JL1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2GUPA 3AVJA 1FS1A 3VOVA 2NRVA 3CERA 3SUPA 2IC3A 4LSNA 3DLLL 1U2VB 1KAXA 5LMUK 4EHUA 4LFBK 4CGIA 5LJVA 3EY1A 4AHRA 3ZCMA 1RTJA 2QXLA 4U7BA 1TVRA 2AA4A 1ZBUA 2FSNA 5FDLA 1YF5L 2CGLA 4N5SA 3KLGA 4IDHA 2XY6A 3U9DA 1EXQA 3LWMA 2EHGA 3VEXA 1R0AA 3AVGA 1KD1O 3UO2A 1JCFA 4E3SA 5AQUA 3CIPA 4CBXA 4BE1A 1NU0A 2QWNA 2OPPA 4H5WA 3QEPA 3IAYA 1U4BA 1J6ZA 3E4YA 4HTLA 2WUSA 3HOSA 1VHXA 4KHQA 2VIXA 3PIOL 3OYAA 1XUPO 1XVEE 3PY8A 2Q97A 2BE2A 2RPIA 3FZMA 1K73O 2CH5A 3TTCA 3LZJA 4FLTA 4KH5A 4BRDA 1VSKA 3F73A 3SQ2A 4N47A 1QVFM 2A6AA 2QTDA 1KVAA 1ESVA 5BR8K 1BCOA 2JWKA 2YJFA 4CF8A 4ILJA 5CYMA 1ZYQA 4DB3A 1TUUA 3DI6A 4CCHA 4OKEA 4OKJA 1NGJA 3QERA 4KV8A 3SNNA 2B7MA 3K5OA 1BG3A 4LH5A 4JK8A 3AGRA 4JKDA 3TABA 3THVA 1VQ7N 3CJBA 4A62A 5CZ2A 2OVPB 4CERA 1TK8A 1S1XA 2IGIA 4WCEL 4QNDA 3BF3A 1HNWK 4WF9L 1D9DA 4R5PA 3E9OA 4E7LA 3NVMA 4CEAA 3AO2A 4FLWA 2HBJA 5HBMA 3VERA 2FLOA 1UA0A 1J9AA 5FRNA 3Q7BA 4ISFA 1S1VA 5E41A 1BDGA 4B9SA 3ZX2A 5KTQA 1S3XA 4DTUA 5I9EB 4YFUA 1P90A 3M8QA 2YHWA 1I94K 2F7TA 4LH4A 3CCQN 2QKBA 1MA9B 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EE8 A;  2XO7 A;  1WAJ A;  1HMV A;  3BZC A;  3DLK A;  3LAN A;  3NGY A;  2O8B A;  4I6M A;  1VK0 A;  3O9R A;  4DCH A;  3MCP A;  3HPG A;  2UUB K;  2FBV A;  2JGU A;  2DFE A;  1W97 L;  4JD2 A;  3LPU A;  4BRH A;  2JHP A;  2F8S A;  3E1Y A;  2O8B B;  4KHP K;  3WXJ A;  3K5L A;  1FZ6 E;  5CY4 A;  3SMS A;  4DTR A;  1IKW A;  4JD2 B;  5IBK B;  5AQZ A;  3U8X A;  2RKH A;  3AVH A;  1J53 A;  1L3U A;  3M8S A;  2PYL A;  5JMV A;  4BE2 A;  4CGJ A;  4CJ7 A;  3LP1 A;  1HQE A;  3L2Q A;  2OPQ A;  3AVB A;  3SCX A;  3KHY A;  3HRG A;  3VEV A;  3S9H A;  2D0P A;  4ZTJ A;  1ILY A;  4DHY A;  1NGG A;  2DFF A;  1T6C A;  2NUB A;  1XU3 E;  3F9K A;  4DSE A;  4WFA L;  4DQI A;  1MU2 A;  2B4J A;  4Z4C A;  2Z1J A;  3WNH A;  1GLF O;  1HKG A;  1TK0 A;  4B9N A;  1N36 K;  4LF8 K;  4CHP A;  5E26 A;  3AVC A;  2Q3S A;  4H4M A;  5EU7 A;  3H1Q A;  2A42 A;  1SUQ A;  3L3V A;  2OVQ B;  1QQC A;  1WUA A;  3BDP A;  2HW3 A;  2PFU A;  3T19 A;  1XMF E;  3T69 A;  3TAM A;  3FZH A;  3HM8 A;  3QFU A;  2G8F A;  4DF8 A;  4CVN E;  2GV9 A;  4B9T A;  1BOT O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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