3QETA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dttp opposite dt
Total Genus 329
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
329
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 329
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qetA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qetA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qetA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qetA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qetA03
3V1QA 1EXQA 1SL2A 4CCHA 4FLUA 3LWMA 4ELUA 4OLBA 4CJEA 2HHQA 3HM9A 5CYMA 1C1BA 4IDKA 4GMJB 3V1RA 3ZSWA 1O1WA 4CK2A 5KI6A 3IS9A 1BCOA 3OYFA 3G0ZA 1JLGA 2YV0X 3OYEA 3MXIA 4PY5A 1C6VA 3DOKA 1GOBA 1NOYA 4DTNA 2X74A 3LP0A 1D9DA 3K59A 2PYLA 4FK4A 2F96A 4CJUA 1ASWA 1Z25A 4FM1A 1B9DA 1LW0A 1LAVA 3FFIA 3RMBA 4Y1CA 3VQPA 3D45A 1RT7A 3OYJA 4M41A 4DF4A 3PX0A 4CF0A 3OY9A 4DF8A 1HYZA 1VSKA 4Z0UA 3AVBA 4DLEA 3OYLA 3MAQA 3QNNA 1HQUA 1WSFA 4LY7A 4AILC 3L3VA 4LH5A 1VSMA 1JLAA 1WSIA 1WSHA 2EX3A 3CYMA 3KD1E 3NBPA 1UOCA 5J2PA 3S3NA 3HT3A 4JLHA 3TAGA 4J2EA 3HSTB 4H8KA 4CGJA 2BGGA 3KK2A 3NF6A 3KIOA 4M3WA 3AO1A 3OYKA 3RR8A 4FXDA 3RMAA 1RT1A 2P51A 4PUOA 4FW2A 2FC0A 1RT2A 1UAXA 3HP6A 4CJVA 5KGXA 3OYIA 4DFJA 4CEQA 1JLEA 4HHTA 2IDOA 1BIZA 4OKEA 3AVNA 1S9EA 4FJKA 4C8NA 2E6MA 3NF8A 1U49A 1W0HA 3T1AA 3S3MA 5FRNA 1VSIA 3HPHA 4DSIA 3LP1A 4LH4A 2Y1JA 1I3AA 4M3RA 3TWHA 4HVJA 4K8XA 3DRRA 4JS5A 1D8YA 4FK2A 3TAEA 1WN7A 4KHQA 2GV9A 2D0AA 4LSLA 2VWKA 4FJ8A 4O4GA 2YNGA 3LPUA 2IGIA 1U47A 3C95A 1NK8A 4E0DA 4B9LA 3NAEA 3LDSA 1NOZA 4AH9A 4CJWA 4HTUA 1XWLA 2G8IA 3RMCA 3OS1A 4Z4FA 1WSEA 5EU7A 4N41A 4M3UA 3T3FA 4DQQA 5CYQA 5J1EA 2PY5A 1JXBA 3HP9A 3AO3A 4F2RA 1Q9YA 3NHGA 3AO5A 4E7JA 2BDPA 2B5JA 1NKBA 1FXXA 1Q9XA 1VSJA 3AVMA 3P83D 2G8VA 4ID5A 3RWUA 4FJMA 3OYDA 4BWMA 1NK6A 4EZ9A 1JXEA 3SYZA 1EETA 5KGWA 1X9MA 3QEIA 2XHBA 3HYFA 4DFPA 3PUFA 5T7BA 4O0JA 1BISA 1WSJA 4Y1DA 4CIGA 4CJSA 3LALA 5C42A 3V9UA 4DU3A 1UA0A 1EKEA 1JLQA 3AA5X 4CIFA 3CM5A 1TGOA 1CXUA 4C8KA 2X78A 3NGIA 4CFBA 1T7PA 4CEFA 4OGEA 4CEOA 5JS2A 2OZSA 4KTWA 5FDLA 5DK5A 4B3OA 4DSEA 4DQIA 3M8RA 1IKXA 4E89A 4I9LA 4FVMA 1HYSA 1NKCA 4CJ3A 4E3SA 4B08A 1RTDA 4R5PA 3EY1A 1I39A 1FKPA 2QXFA 2D0CA 4M3XA 3ZT0A 3EZ5A 4E1NA 2XY7A 2HNZA 3QESA 3KKRA 3CFOA 1RTJA 3CM6A 3O3FA 4N5SA 4Z4HA 4FLTA 1RBUA 1WNSA 1IKYA 2RN2A 3AVLA 3KKSA 1K6YA 1T8EA 2QKBA 3QNOA 4CGFA 3QEPA 3S3OA 1S5JA 2GUIA 3HXMA 2KQ2A 3I0RA 4CHOA 4KHYA 1HJRA 4KRFA 1NJZA 2AJQA 4CHNA 5DMRA 4ICLA 5KRSA 4QCLA 3VQ6A 1S1TA 3TANA 1NJYA 4BE0A 1ITGA 3OYBA 4DS5A 1QSLA 2QK9A 3DLEA 1EP4A 4DTPA 4DTRA 4CJ5A 4DTJA 4QOZB 2YHAA 4FJNA 2YHBA 3HPGA 4E7IA 2FBTA 4CGGA 2G8HA 1HNIA 1HQEA 2DFEA 4DWIA 5D3GA 2KFZA 2IOCA 3B6PA 2R7YA 1RTHA 1ZBFA 4KO0A 3L2UA 4Q0BA 4OJRA 2GBZA 3VQDA 2FBVA 3DRSA 4W5OA 4F3OA 3NF7A 3KLEA 2A1RA 4BDPA 4OVLA 1HMVA 1XHZA 1CXQA 2QKKA 4AHCA 4Z4IA 2D0BA 4CHQA 3HVTA 3RTVA 3AA2A 4ELTA 4OKJA 4B9TA 1VRUA 4FM2A 1C0MA 5CY4A 3PX4A 1B92A 1QTMA 3MEDA 1BQMA 3QO9A 4C8OA 1NK9A 4M42A 2HHSA 1HNVA 3I8DA 2DFFA 4LSNA 3TAQA 4IG3A 4FLZA 3AVKA 1RTIA 3SUNA 2JGUA 1L3SA 2X6NA 1TK8A 3IRXA 4OPKA 4O5BA 4CJ4A 4CEEA 1B9FA 3PX6A 1N5YA 3ISNC 4PQUA 3KLIA 4FJ9A 5C24A 4I7FA 4JRPA 4BWJA 3SI6A 4CECA 3WNHA 1S6QA 3AO4A 4F3TA 3KLFA 4RW6A 4KB0A 4CESA 3D0PA 3LANA 1DTTA 1UWBA 4BDYA 1KRPA 3PO4A 4HUFA 4RW7A 1KTQA 4O44A 4OKKA 5HROA 4CGIA 4FW1A 4M3YA 4AHSA 2ETJA 3A2FA 2XRIA 3BGRA 2YKNA 4EZ6A 4DU4A 3ULDA 1TV6A 1BIUA 3O4QA 2HHXA 3ZSOA 1TVRA 3IAYA 1BHLA 1WAJA 3C94A 2WOMA 1VSLA 3P1GA 3RMDA 4IFVA 4KTQA 3LZIA 4KTZA 4FZYA 1LW2A 1VSDA 3QETA 1JL2A 1RT5A 3SV3A 2KW4A 1NK4A 1L5UA 2E4LA 4Q5VA 3SV4A 4F2SA 3IG1A 2G8UA 3LPTA 4CEDA 1ZYQA 3S9HA 3P5JA 4CIEA 5I3UA 3K5MA 1WAFA 1GOAA 4DLGA 3V9WA 2XY6A 2KFNA 1VSFA 4FLYA 4CGHA 2G8WA 3C6TA 4HCCA 3AVAA 2Z1GA 3BDPA 2A1SA 3RRGA 3ZSYA 3OYAA 1U04A 4O55A 4KHWA 2XY5A 3TI0A 3VQBA 3OYCA 4H4OA 4CERA 3ASMA 3U3GA 4DSKA 3SZ2A 3OJUA 3L8BA 3H08A 5HP1A 4KI4A 2BANA 3PO5A 2ITGA 3F9KA 3MEEA 1S1VA 3F73A 3DLGA 3VN5A 4AHVA 2KTQA 3AVHA 1YVUA 3OYNA 3VQ8A 3HPOA 1J9AA 3KJVA 3T19A 4J2DA 1S1WA 4KHSA 3AA4A 4N56A 4E7KA 3THVA 3KTQA 2F8TA 4WE1A 4F4KA 4FJGA 5HRNA 1QQCA 3K5NA 1LWCA 2HHTA 4NCBA 1C0UA 3NF9A 4PWDA 4XIUA 2XO7A 1SL0A 5CZ1A 4AHRA 4CJQA 4CEBA 4FK0A 4DSJA 3VQ9A 3OYGA 5I42A 4AHUA 4BE2A 3WNFA 2O4IA 2Q3SA 5SWMA 4B8CA 3V9SA 3QEWA 4PA1A 1NK0A 3NH1A 1A5VA 1W9HA 4EP4A 3NGYA 3M8QA 1J54A 3M8SA 1NJWA 2B4JA 2DTUA 2FBYA 4BDZA 1D9FA 2PZSA 2W42A 3U6FA 4L8RB 4FJJA 1JKHA 1C1AA 1SUQA 2YNFA 3K5OA 2E6LA 4NCGA 4HCBA 1X9SA 5SZTA 4F8RA 2BE2A 2B6AA 4JRQA 4I2PA 3O4NA 2F8SA 2LSNA 3AO2A 2KZZA 3O3GA 3DOLA 3U3YA 3L3UA 3SUOA 3QIOA 1QS4A 3B6OA 4E19A 1CZBA 3SPYA 4RG8A 4CF1A 2Y1IA 1BQNA 3LP3A 1XC9A 4TSXA 3K5LA 1YTUA 3V9XA 1YT3A 1VRTA 4FZXC 1S9GA 1TKZA 3TARA 3DMJA 3QEVA 1JLBA 1S1XA 1X9WA 3LZJA 4Z4EA 1KVAA 3TABA 2VG6A 3HL8A 2WONA 1QSYA 4B9MA 3LAMA 3VA0A 3DLBA 4H4MA 1RDCA 2HB5A 1NK5A 3NCIA 4Z4CA 3KLHA 4KFBA 3SUQA 3HO1A 1A5XA 1RBRA 1RT3A 2OZMA 1KVCA 1WSGA 3HVRA 1LWFA 3SCXA 2VG7A 3L2VA 2HVHA 4M45A 4DTMA 1VSHA 4YFUA 1KCFA 4DQPA 5J2QA 4IFYA 3VQEA 3V4IA 1VK0A 3AV9A 3AVJA 2PYJA 4LD0A 1KLNA 4W5TA 4C8LA 1SKRA 3HJFA 4FLWA 1FKOA 3SQ0A 4W5RA 3L2WA 2XY8A 3SNNA 4N47A 2IS3A 3MEGA 3AA3A 2IAJA 2HMIA 1RDAA 4NCAA 2ZE2A 3EYZA 4FJHA 2HHWA 4M3ZA 5KRTA 3JSMA 4FJ7A 4CHPA 1U4BA 1IKVA 1BCMA 5E41A 4CEAA 1FK9A 2P5GA 4CFCA 3CQ8A 3VQCA 3V1OA 4B8AB 1R0AA 1CZ9A 1QSSA 4K8ZA 3PY8A 2HW3A 2JLEA 2OYQA 3RRHA 1TKTA 4B9VA 1Y97A 1IO2A 3ITHA 4CE9A 3O3HA 4DS4A 5JS1A 3CG7A 1IKWA 3AVCA 2YNIA 2RF2A 3OVNA 3ZCMA 3NH2A 2Z1IA 5FRMA 4KAZA 1NKEA 2HNYA 4HUGA 3I0SA 1BL3A 2OPSA 2OPQA 2ZQBA 4KHNA 4NYFA 3OYHA 1SL1A 1RNHA 2YKMA 2X6SA 4CF2A 4CHZA 1L3TA 1T05A 1TK5A 4IKFA 3SQ2A 3LP2A 1KVBA 1RBVA 3WNEA 3TR8A 4CHYA 4NYNA 3KK3A 4GVMA 4KV8A 2D5RA 5KTQA 4DU1A 3VQQA 4FYDA 1RT4A 1KFDA 4FJXA 1TAQA 2RPIA 3ZSRA 4QAGA 3LAKA 4YNQA 4E7LA 2IC3A 4B9NA 3CFRA 1QE1A 3OYMA 1JLFA 1TKXA 2Z1JA 1SKSA 3KD5E 4FCYA 1TK0A 1SKWA 4KI6A 2OPRA 1TL3A 3C6UA 4DMNA 4FJIA 2VG5A 3QINA 4CJLA 4W5NA 3ZSQA 4ELVA 3OS2A 1Q8IA 3AVIA 1RDBA 4DQRA 1YTAA 1RBTA 1LV5A 4FJLA 2FBXA 4O0IA 1ASVA 4ZTJA 3ZSVA 3SJJA 4MQ3A 1WLJA 3UIQA 3MXJA 2OA8A 2G8FA 4IG0A 3DLKA 3ZT4A 3WNGA 1L3VA 3QERA 1QHTA 4CF8A 1DLOA 4CJRA 5HLFA 4CF9A 5J2NA 1RT6A 3TAMA 3PV8A 3SPZA 4CFAA 3VQAA 1G15A 4DTOA 3SUPA 4E7HA 4OLAA 3G10A 4B9UA 1LWEA 2Z1HA 4CJKA 3K58A 1U45A 1L3UA 3DI6A 3OJSA 1F21A 4OPJA 1NJXA 4CJFA 2G8KA 3DLHA 1BGXT 2VWJA 3AVGA 3DM2A 5HRSA 1KFSA 1U48A 4DQSA 3SQ1A 1C1CA 1J53A 4MFBA 3VQ4A 3ZT3A 4M3TA 4KPYA 3QEXA 1N6QA 5HRRA 2HNDA 4DFMA 3MXMA 3NE6A 2O4GA 3ALYA 1XHXA 4CK1A 4N76A 1ZBIA 3TAPA 1SV5A 5HBMA 4KHUA 1A5WA 1S1UA 1JL1A 4ZTFA 2HHVA 2P1JA 4E1MA 1ZBHA 2ATQA 1TAUA 4I9QA 5J2MA 2P5OA 3E01A 3TAFA 3QIPA 4BACA 4FLXA 1MU2A 4DSFA 4I2QA 4AHTA 3M8PA 3HK2A 1GOCA 1VSEA 1HPZA 2OPPA 1CLQA 5HRPA 4JS4A 3V6DA 1X1PA 4J2AA 1ZBUA 4FJ5A 3OS0A 2HVIA 4RW4A 4B9SA 1S6PA 4DG1A 1T03A 4DTSA 1BI4B 1KLMA 4UQGA 3L2RA 4KREA 2DFHA 3VQ5A 4EP5A 3MECA 3DYAA 4RW9A 1RCHA 1J5OA 3SQ4A 1IG9A 1TL1A 4FM0A 1BI4A 3K57A 4G1QA 5C25A 3KLGA 3K2PA 1UA1A 4BE1A 2ZD1A 2NUBA 3AVFA 1XI1A 4KB1A 4ID1A 5K14A 4DFKA 4KKOA 1EX4A 3CFPA 1ASUA 3DLRA 1HRHA 1RBSA 1HYVA 4ZHRA 4FLVA 4CJPA 3KK1A 2I5JA 4Z4GA 4C8MA 3RR7A 1TKDA 3VA3A 3NDKA 3V81A 3ZSZA 1KSPA 1JLCA 3LWLA 1RDDA 2DY4A 3QLHA 4GW6A 4OGCA 3ZSXA 1Z26A 3ZT2A 3ZT1A 2EHGA 4W5QA 1D5AA 4DTUA 4DSLA 1RILA 1C0TA 3V9ZA 1REVA 3NGZA 4CFDA 5FROA 3JYTA 4CEZA 2YNHA 3DRPA 1IH7A 1LAWA 3NH0A 1ZBLA 1DTQA 4CJTA 4FZZA 2KZMA 1NK7A 4RW8A 5CZ2A 4IBNA 4CK3A 3VQ7A 2HHUA 3NFAA 4CGDA 4DTXA 2RKIA 4J2BA 4HUEA 3L2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2AJQA 3NMUA 1S1TA 1QSLA 4DS5A 1EP4A 4LF6K 4QOZB 4FJNA 1NGAA 4BQLA 5D3GA 2QWNA 2DFEA 4DWIA 3HGKE 2IOCA 1ZBFA 4KO0A 3E4WA 4IOCL 2D1KA 3D2EA 4GVEA 2FBVA 3DRSA 3VQDA 4W5OA 4F3OA 3NF7A 3THYB 2A1RA 2MMBA 1XHZA 4PKGA 4CHQA 3AA2A 4FM2A 2Q97A 4BR5A 3CETA 1NK9A 4M42A 4O8UA 5HL7L 3MX2A 2JGUA 4JKFA 1OVQA 3T7ZA 2D0OA 1L3SA 1TK8A 3IRXA 4CJ4A 3J80O 4CEEA 3ISNC 4PQUA 3KLIA 5C24A 4I7FA 3SI6A 1YI2N 4F3TA 3CIPA 2E8AA 3LDLA 4KB0A 3LANA 1IBKK 1KRPA 5H37A 3WXMB 4HUFA 4RW7A 4FW1A 2OTLN 2W40A 3OTOK 4DV3K 2YKNA 4ILHA 5EX5A 5E26A 2IVOA 2HHXA 1TVRA 1BHLA 1WAJA 5M1KA 3KVGA 3LZIA 3N4PA 1L5UA 1JL2A 1NK4A 2E4LA 1KC8O 3LPTA 1ZYQA 2ZGZA 5LJWA 3ZEUB 1VQ9N 1WAFA 3QDKA 4CJ7A 4FLYA 1VQPN 2G8WA 3C6TA 4MLEA 2VGMA 3OYAA 3E4YA 3U3GA 1KXPA 5HP1A 3RVCA 3OGMB 4KI4A 2BANA 1NM1A 2ITGA 2UUCK 3O9TA 3BY5A 3DLGA 3OHRA 4B1VA 1XNQK 3GBTA 3VQ8A 2JHAA 3T19A 4BRCA 4WE1A 4IO8A 3CCMN 4FJGA 4RL5A 3K5NA 1LWCA 2HHTA 2FLOA 1SL0A 4AHRA 4CJQA 4CEBA 1XVDE 1JCEA 3DXMA 3VQ9A 1LOTB 3WNFA 5SWMA 4ISFA 3H1VX 4PA1A 1A5VA 4M63C 5ADXH 3O08A 4BRNA 5MLCQ 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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