1Q9YA

Crystal structure of enterobacteria phage rb69 gp43 dna polymerase complexed with 8-oxoguanosine containing dna
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
HGSMKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Lesion (in)tolerance reveals insights into DNA replication fidelity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase, replication/dna
molecule keywords 5'-AC(8-OXOGUANOSINE)GGTAAGCAGTCCGCG-3'
total genus 309
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1q9yA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1q9yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1q9yA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1q9yA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1q9yA03
1A5WA 4MQ3A 2Y1JA 2OZSA 4B3OA 1BISA 1VSFA 3SJJA 2LSNA 3CYMA 3DI6A 4O0JA 4Z4IA 4J2AA 3T1AA 3TWHA 4KHUA 4CJQA 2D0BA 4H8KA 4EZ9A 4F8RA 3L2UA 1I39A 2HHQA 1TL3A 1S5JA 4FLUA 1FXXA 2B5JA 1WSEA 1S6QA 4FLYA 2IAJA 3LANA 2YNGA 2XY5A 3LALA 5CYQA 1TL1A 2P5GA 3IS9A 4CJRA 4FJHA 3OY9A 3L8BA 3MXIA 4B9TA 3QEXA 4OVLA 2FBXA 3RMAA 4KFBA 3K5MA 3RTVA 3O3GA 3M8SA 4KPYA 1L5UA 4EZ6A 1REVA 2KQ2A 3HP9A 4CGIA 4CEBA 3B6PA 5SZTA 1XI1A 4YNQA 4DSJA 3SCXA 1GOAA 4J2BA 1NOZA 1GOCA 3HM9A 4CEDA 1QSLA 3HPOA 4FLZA 3ZSYA 3LZJA 2DFHA 3ZSOA 4DSLA 1WN7A 1LV5A 2HVIA 1RTHA 2X78A 4CJVA 3SPYA 1X1PA 4FM2A 3VN5A 1QQCA 4FLTA 1BI4B 4HUEA 1KFDA 3AO5A 3QEVA 3RMBA 4J2EA 4CGFA 1NK4A 4M3XA 2RF2A 3ASMA 3D0PA 2E6MA 3OYKA 4CEOA 3NHGA 1LAVA 4B9UA 1BQNA 1HYVA 1JLFA 4RW4A 3QIOA 1ZBLA 2O4GA 4FM1A 1YTUA 2FBVA 4UQGA 3I0SA 1BCOA 4FZZA 1SL0A 4E19A 4CJPA 3O4NA 4CJKA 1VSHA 4DQPA 1MU2A 2BE2A 1K6YA 1IKXA 3QIPA 3OYCA 3LPTA 1YT3A 3MXMA 1T8EA 1TK0A 3LZIA 3ZSVA 3VQ7A 4OPJA 1KVAA 4IG0A 1JLAA 4B8AB 4DFKA 1LW2A 3OYJA 3SYZA 1FKPA 4CJLA 4DMNA 4CFDA 4I2QA 4XIUA 1SL1A 3AVCA 3V81A 4I9LA 4DTXA 3O4QA 2FBTA 5HRPA 4Z4FA 3PO5A 4OKKA 4DTJA 3FFIA 2WOMA 1RBRA 3NF6A 3M8PA 3OYHA 1VSIA 4JRPA 3U6FA 1RT4A 1NK9A 1Q9YA 4LD0A 2VG5A 3SPZA 4FLVA 4E3SA 3AVKA 4JLHA 3V9WA 2ATQA 2Z1HA 4KTZA 3MEGA 1ITGA 1TV6A 3IG1A 3OYMA 3DLHA 4PA1A 1HYSA 1B92A 4DQIA 1X9SA 5C42A 4FJIA 4Z4HA 1ZBUA 1NKBA 3TAPA 1RBSA 4BE0A 1SKSA 3L3VA 4CEEA 2XO7A 2G8IA 4LH4A 1SKWA 1TAQA 2HVHA 3U3YA 1S1XA 4OPKA 3V1OA 2PZSA 3A2FA 3LP2A 1HQEA 3S3MA 4BDPA 5C24A 3TANA 5HBMA 2HHSA 1JLGA 1RT2A 3SZ2A 1B9DA 3UIQA 3AA5X 2Z1GA 1C6VA 4OLAA 1GOBA 3F9KA 3H08A 3AVIA 2HHXA 3AVNA 1JL1A 1WAJA 4NCGA 1D9FA 5FRMA 1KLMA 1TK8A 1WSGA 3AVAA 4E7LA 5J1EA 1UWBA 3DM2A 4NYFA 2YV0X 4KREA 4DSKA 2FC0A 3AVLA 4GVMA 1BI4A 3RR8A 1VSLA 4N47A 3NGZA 5KRTA 1SKRA 4AHSA 4HCBA 3C95A 4OKEA 4R5PA 1RTJA 4ELTA 4FJ9A 4K8XA 4FJXA 1KCFA 4FW1A 3VQCA 4CJWA 2Y1IA 4N76A 4FXDA 5CY4A 4BWMA 3TR8A 1LWCA 5EU7A 4KHWA 4FLXA 1DTTA 3AA2A 4CFAA 4E1NA 4CERA 4DS4A 3HPHA 2HB5A 2YNFA 1HQUA 3S3NA 4KHSA 4B9NA 1NJWA 4Z0UA 3KK2A 3LAKA 4RW8A 3OYAA 3SQ4A 3QNOA 3VQQA 2AJQA 1HRHA 1RNHA 1EETA 1S1TA 2OPQA 5J2PA 4AILC 3RMDA 4JS5A 3ZSQA 2W42A 4DU4A 3VQBA 1L3SA 3S9HA 4CJUA 3KLEA 3CFOA 1RDBA 3ZSWA 3VQAA 4DSEA 4LSLA 1O1WA 4E7JA 4KKOA 4EP5A 4CHZA 4DQSA 3DRPA 4M3RA 4CECA 2XY8A 4FJJA 4FK0A 4CGJA 4FCYA 3OS2A 2P1JA 4IFVA 1XHXA 1D9DA 1X9MA 3K2PA 3THVA 3PV8A 4GMJB 4ELVA 1TKXA 3SUOA 5FROA 4KV8A 5I42A 4B9VA 3VQDA 3WNHA 4CGHA 4B9LA 1IKWA 4CEFA 2G8UA 4AH9A 1QSYA 4CFCA 3V9ZA 1N6QA 4CK1A 4PWDA 1ASVA 3EZ5A 4O44A 5I3UA 1ZYQA 3K58A 3VQ9A 1HNIA 4FJKA 4DSIA 1NK6A 3QEIA 1J5OA 4HCCA 4DTNA 4RW6A 4FYDA 4ELUA 1S1UA 2HHTA 3SNNA 4B9SA 3JYTA 4CIEA 1T7PA 3B6OA 5K14A 3DRSA 4DTPA 1ZBIA 4FK4A 2QK9A 1SV5A 4CEQA 1C0MA 3SV3A 3HVTA 3VQ8A 4KHNA 3DMJA 4E89A 2XHBA 1KTQA 4BE2A 2FBYA 4CF0A 2GBZA 1QE1A 4DTMA 3AVFA 3O3HA 4DTSA 4LY7A 3SI6A 1C1CA 2YNIA 3HYFA 3ISNC 3T19A 3K57A 4CHPA 2HMIA 1JLBA 3NF7A 2G8FA 2KFZA 4E1MA 1NKEA 4DG1A 2OZMA 3TAQA 3DOKA 2YKNA 3L2RA 4OGEA 4CHQA 4CIGA 3HSTB 3KTQA 3QEPA 5DMRA 4KAZA 2DFFA 5KTQA 4FW2A 5CZ2A 2OPRA 2WONA 3KIOA 2G8WA 1G15A 1KVBA 2Z1JA 4DLEA 1FKOA 1JL2A 3RWUA 3DOLA 1IKYA 4B8CA 5J2NA 2OPSA 1LWEA 3AVBA 4TSXA 3QNNA 3K5NA 2EX3A 1NK7A 1KRPA 1BHLA 3TAEA 2RN2A 3VA3A 2KZZA 1WSFA 3SQ1A 4BWJA 3OYIA 4DTOA 1R0AA 3CFRA 1F21A 4CF8A 4KTQA 3OYNA 4CJEA 2F96A 2XRIA 4NYNA 3NF9A 1UAXA 4ZHRA 3CFPA 1J53A 4I2PA 3KLHA 1J54A 1RCHA 1WLJA 1VRUA 2KW4A 2P51A 2Q3SA 3HL8A 3VQPA 4W5OA 4E7KA 3RRHA 1W9HA 1Y97A 4Z4EA 1C0UA 1JLEA 1S9EA 4KB1A 1NK5A 4OGCA 2BDPA 3MXJA 3VQEA 2DY4A 1D5AA 1T05A 3AVGA 4IBNA 2VG7A 3AO4A 4BACA 1T03A 2ZQBA 1U48A 1KSPA 3KK3A 1QHTA 4FVMA 1JXBA 3LAMA 3BDPA 4Z4CA 4CJSA 4FJ7A 3SQ0A 3HPGA 5DK5A 1Z26A 4DQQA 4OJRA 5HP1A 1L3UA 4HUGA 4EP4A 1U04A 2ZE2A 4O5BA 2VWJA 3CQ8A 3PX4A 2ITGA 3QEWA 3BGRA 1RT6A 1SUQA 1JXEA 1C0TA 5C25A 5HRSA 2XY6A 4FZXC 1ZBHA 4H4MA 3U3GA 5CYMA 3L2QA 4DSFA 1XC9A 1EKEA 4ID1A 5HRNA 2ZD1A 3KKRA 4FJGA 3K5OA 2E6LA 4CJTA 1WSIA 4K8ZA 3F73A 2KTQA 4C8KA 3I8DA 4Q5VA 4CGGA 2YHAA 3OYLA 4E7HA 1U49A 1NKCA 2HHWA 1KVCA 4H4OA 3OVNA 1VSDA 2A1SA 4YFUA 3QO9A 1LAWA 3NDKA 1RILA 3AVHA 5SWMA 3QETA 3O3FA 4LSNA 3RMCA 3ZSXA 1UA0A 2Z1IA 1HYZA 2DTUA 3P83D 2F8TA 4PQUA 4AHCA 1ASUA 1RT1A 3V9XA 5FDLA 4DFJA 4C8LA 1TGOA 1BL3A 1YTAA 1NK0A 3KKSA 3PY8A 3OYFA 1VSKA 3MAQA 3OS1A 3HXMA 1FK9A 3QESA 3AV9A 3CM6A 4N41A 3ZSRA 3PUFA 3AVJA 3HP6A 1TKDA 3HO1A 4IG3A 3VQ4A 1BQMA 1A5VA 3IAYA 2NUBA 1RDCA 3P1GA 3NH1A 3OYGA 2VG6A 5JS2A 1KFSA 2IC3A 3KLFA 1HMVA 2IOCA 3C6UA 1QSSA 2OA8A 1BGXT 4B9MA 3IRXA 1UOCA 4OKJA 1A5XA 4DU1A 1IO2A 4CHOA 2PYJA 3PO4A 2DFEA 3V4IA 4FZYA 3K5LA 3VA0A 4CHYA 5KRSA 1CZBA 3NE6A 1NJZA 1XHZA 4CHNA 3JSMA 3VQ5A 1Q8IA 4AHUA 1J9AA 4CESA 1RT7A 4FJ8A 2BANA 4Y1CA 3ZT2A 2X6SA 4CFBA 3AA3A 3HJFA 4W5NA 3HK2A 2GV9A 3ULDA 2B6AA 2IDOA 1BIUA 3ZT1A 1RTDA 3NF8A 4KB0A 3AO1A 3V6DA 1YVUA 2D5RA 3HVRA 4M41A 3C94A 4C8OA 3VQ6A 1JLCA 3DYAA 3OJSA 4CF2A 4M3UA 3ZT3A 4AHRA 3EY1A 4L8RB 3DLEA 4FM0A 4DU3A 3TARA 5HLFA 1EP4A 1LWFA 2I5JA 1CXUA 5KGXA 1I3AA 4N56A 3K59A 5J2MA 4RW9A 3MECA 1CLQA 4HVJA 3RRGA 1RBVA 3I0RA 1S6PA 1VK0A 4HHTA 3DLKA 3M8RA 3LDSA 3MEDA 4CIFA 4DQRA 1L3VA 4O0IA 3EYZA 1TKZA 4CCHA 3NFAA 2QKBA 1WAFA 4Q0BA 2JGUA 3LP0A 3D45A 1RTIA 1LW0A 5E41A 1EXQA 4HTUA 1NJYA 1RDAA 1TVRA 4F3OA 1BCMA 3QLHA 4E7IA 3M8QA 4JRQA 4Z4GA 2OPPA 1NOYA 1JLQA 1HJRA 1DLOA 4ZTFA 2D0AA 4DF4A 4RW7A 1ASWA 2G8VA 3TAFA 2RKIA 4M3ZA 1RDDA 1W0HA 3KD5E 3G0ZA 1BIZA 4MFBA 4DF8A 1X9WA 1RT5A 4FLWA 1S9GA 4E0DA 4F2SA 1KLNA 4CEAA 2ETJA 3AA4A 4CF1A 5HRRA 4BE1A 2BGGA 1EX4A 3OYEA 4F2RA 4M3TA 3KLGA 2HNYA 4ZTJA 4NCAA 1IH7A 1N5YA 3WNEA 4F3TA 1VSEA 4KI6A 1VSMA 3AO2A 4CK3A 3LPUA 3QINA 3V9UA 4CJ3A 3AVMA 1B9FA 1CXQA 2YKMA 4QAGA 1Q9XA 4GW6A 1QTMA 4W5RA 4KHYA 3ZCMA 4RG8A 3DLBA 4PY5A 1RBTA 4CE9A 1RBUA 2QKKA 2IS3A 4FJMA 4ICLA 3OYBA 1TK5A 3NGYA 1UA1A 1XWLA 3TI0A 2G8HA 4CF9A 4CJ5A 3KK1A 2KFNA 3L2VA 3V1QA 1WSJA 4KTWA 2X6NA 4AHVA 3V9SA 2XY7A 4DLGA 4IDKA 4KHQA 1WNSA 4C8MA 4BDYA 3WNGA 2PY5A 1HNVA 3T3FA 1S1VA 1SL2A 1TAUA 1RT3A 3MEEA 5JS1A 3P5JA 4WE1A 1ZBFA 5HROA 4CK2A 4CEZA 3QERA 2P5OA 2X74A 4CGDA 2A1RA 4O4GA 4ID5A 2JLEA 4JS4A 4IKFA 4M3WA 2HNZA 3NGIA 3NAEA 2R7YA 2HW3A 3ITHA 2PYLA 3G10A 4CJ4A 4HUFA 3SUNA 2YHBA 1WSHA 5CZ1A 3OYDA 3OJUA 4KO0A 4FJLA 2D0CA 3S3OA 3L3UA 4NCBA 2O4IA 1C1BA 4W5TA 3SV4A 3PX0A 4DFMA 1NJXA 3HT3A 4DTUA 4I7FA 4W5QA 4KRFA 3L2WA 1JKHA 3WNFA 2IGIA 1U4BA 2B4JA 4I9QA 4DFPA 1TKTA 3LP3A 4N5SA 3NBPA 3OS0A 4M42A 3NCIA 4BDZA 4DTRA 4M45A 1S1WA 3PX6A 4OLBA 5FRNA 2KZMA 1U47A 5KGWA 2G8KA 1DTQA 3SUPA 1C1AA 1L3TA 4PUOA 3CG7A 1VRTA 3E01A 4AHTA 3KLIA 3NH0A 3RR7A 4FJ5A 3DLRA 3C6TA 3KD1E 3TAGA 2GUIA 5KI6A 1U45A 1NK8A 4DWIA 4F4KA 3KJVA 2YNHA 1Z25A 4IFYA 3CM5A 3V1RA 4O55A 2E4LA 3LP1A 4C8NA 3LWLA 3SQ2A 4DS5A 5J2QA 1VSJA 2HHUA 3ZSZA 1D8YA 3ALYA 1IKVA 1HPZA 3DLGA 2RPIA 3SUQA 4KI4A 2VWKA 2F8SA 4FK2A 4QCLA 4M3YA 4B08A 3AO3A 1CZ9A 3DRRA 3TABA 2HNDA 5T7BA 4LH5A 4QOZB 3LWMA 3ZT4A 3ZT0A 5D3GA 4CJFA 3TAMA 1IG9A 4J2DA 3NH2A 4G1QA 4Y1DA 1QS4A 2HHVA 2OYQA 4FJNA 2QXFA 2EHGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1D4XA 4JEPA 1J5EK 3UKUB 1ATRA 3VQBA 3I33A 4X62K 2QM1A 3S9HA 3D2EB 3ZSWA 3VQAA 5LY3A 1VQON 4E7JA 4KKOA 4DQSA 1BU6O 4CHZA 3ID8A 4JHDA 4BGAA 4CECA 4CGJA 3F5TA 4ADNA 1XHXA 1D9DA 1X9MA 4IT5A 3C6PB 3THVA 4ELVA 5FROA 2FSKA 3MCAB 3VQDA 4GAMC 4AH9A 3E9LA 2OTLN 4CFCA 1FZ6E 1KD1O 4PWDA 1ASVA 2VIXA 1ZYQA 1NBWA 3SNNA 1SAZA 3V7DB 3B6OA 5K14A 2QK9A 4DTPA 4JD2A 1SV5A 1C0MA 2D4WA 2PFUA 3DMJA 4E89A 2P9LA 4L3QA 2GBZA 4H03B 4BRPA 3AVFA 3O3HA 3WXJA 3SBTA 4FWOA 3T19A 4FL9A 4CHPA 3NF7A 5GAGP 4C1NK 4E1MA 4JKFA 3R9PA 4DR6K 2D0OA 4CIGA 4JV5K 2G8WA 2ASPA 4H5TA 2Z1JA 4DLEA 3K5NA 2EX3A 1NK7A 2RN2A 1XQSC 4BWJA 3TPQA 5HL7L 1V4SA 2Q0UA 3OYNA 4CJEA 2FXUA 1W7AA 4ZHRA 3KLHA 3LDPA 4BR9A 1WLJA 2Q3SA 3WUHA 2P51A 4E7KA 4Z4EA 4OGCA 3MXJA 2DY4A 1E4GT 3AGKA 4O5FA 4IBNA 2VG7A 1U48A 4FVMA 3PSFA 1NGCA 4JAXA 4FOEA 1XMHE 2KHOA 4FJ7A 1Z26A 4OJRA 4HUGA 4EP4A 2VWJA 4YDUC 4GKJK 3CQ8A 4KBOA 1RT6A 2WFBA 4PKHA 1C0TA 5HRSA 1BOTO 5CYMA 3L2QA 1EKEA 3KZBA 5HRNA 2JH9A 3KKRA 4JK7A 4CZLA 4FJGA 2E6LA 3PIOL 5C15A 4C8KA 3I8DA 2HHWA 1U49A 4E7HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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