4FJ9A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj9A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj9A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj9A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj9A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj9A03
3EY1A 4KO0A 3SZ2A 1X9WA 1JL2A 3VQBA 2HNDA 3NH0A 4DU3A 3NDKA 1J54A 4CEFA 2JGUA 3OS1A 2HVHA 5C25A 4OKEA 4KHNA 3RRHA 1A5WA 3TAGA 4EZ6A 3DOLA 4CFBA 2QK9A 3SQ1A 3V81A 1U45A 3ASMA 5DK5A 4B8AB 2ZQBA 4C8KA 3NF7A 3NE6A 4CJ4A 3KLGA 1GOCA 3MAQA 1ZBHA 1TKXA 4PWDA 3HXMA 3DLBA 1NJXA 4E19A 1RBSA 4BE0A 3LAMA 4KTWA 1T8EA 3TR8A 4KFBA 1ZBFA 4W5NA 4CJVA 1XI1A 1J53A 3VQ7A 2HHXA 3SPYA 3HYFA 3OJSA 4M3WA 1LWFA 1B9DA 3QESA 1QE1A 3DOKA 1BIZA 3QEIA 2OZMA 1XWLA 3OYEA 2B6AA 1NKCA 4I2QA 1REVA 3F73A 4KTQA 1C0TA 4ICLA 3NAEA 4K8XA 4KHQA 3P83D 3VQ6A 3M8RA 2QXFA 1RBTA 3AO5A 3O3FA 3HM9A 3DLGA 1NJYA 4J2EA 3OYMA 1RDCA 3NHGA 2O4GA 4CK3A 3KK1A 3S3NA 4Z4HA 4IFYA 4ZTFA 4FJ8A 3U3YA 1NOYA 2PYJA 4DTRA 1KRPA 3JYTA 1IKVA 1BISA 4CIGA 2KZMA 4CIFA 1TV6A 3K5NA 3CFOA 1K6YA 1ASUA 3BGRA 3RMDA 1U48A 3PO5A 3PY8A 4Z4IA 1S1VA 1JL1A 3L2RA 3OYGA 1WSHA 3PUFA 4KPYA 1VSMA 2YKMA 3VA3A 3OS2A 3I8DA 1R0AA 1NKEA 3HT3A 3VQCA 1IG9A 3VQDA 1CZ9A 5C24A 1XHXA 4N56A 4B9VA 1BQMA 5T7BA 1JLFA 4OGCA 4KREA 4B9NA 2G8WA 4Z4CA 2O4IA 1RT6A 1WSIA 2DFEA 4YFUA 2VG5A 2YNHA 1GOAA 2Y1IA 4PQUA 4J2AA 1Y97A 4N41A 3PV8A 4FM1A 4DTOA 1UA0A 2RKIA 1MU2A 3K2PA 2ETJA 3KLFA 1SL1A 4CEDA 4M3ZA 1TGOA 1BHLA 3AA3A 4O5BA 4KHWA 4FLXA 1RDAA 1UA1A 3WNHA 3DRPA 4DSJA 3QEWA 5E41A 4J2DA 2D5RA 5KGWA 4O55A 4CFCA 4FCYA 3HPHA 5HRRA 1RTIA 4DSFA 2PY5A 2IC3A 4FJ7A 4AHVA 4DQQA 3NF8A 3NH1A 4LD0A 3AO1A 1TVRA 3SNNA 4FJMA 3AVLA 3HSTB 3ZT3A 4AH9A 4CECA 3PX6A 3HK2A 3OYLA 1TKDA 2F8SA 2DTUA 3ZCMA 3ZT4A 5HRPA 4ELVA 4IKFA 3PX0A 1VSEA 4RW8A 1Z26A 4RW6A 3K59A 2G8VA 1GOBA 3KK3A 1VK0A 3K5LA 4AHCA 4BDZA 4CF2A 4YNQA 1TKTA 3B6OA 1CZBA 2FBVA 3DMJA 4CJSA 3U3GA 3AVJA 4JS5A 4B08A 5J2NA 1NK0A 4CJUA 4RW7A 2P1JA 4CF0A 4OKJA 1NJZA 4CK1A 2G8KA 3WNFA 3SUPA 4KKOA 3V9UA 4CJEA 3C95A 2G8FA 1ZYQA 2RPIA 1N6QA 1U47A 4B9UA 4DTNA 4FJ5A 1NK9A 1BCOA 1S6PA 1W9HA 4EZ9A 1XC9A 4OLAA 4FJ9A 2IDOA 1T7PA 3IG1A 4CHNA 4F3TA 3KLHA 3OS0A 3TAPA 2E6LA 3V1OA 4CGIA 4UQGA 5I42A 3HL8A 4CHYA 1J9AA 1QHTA 1SKWA 4DQRA 2YKNA 2YHAA 3V9WA 3NGIA 4CE9A 4DQPA 3KD5E 4PY5A 3LZJA 3SUQA 4CJLA 3L2WA 3V4IA 1B92A 1RTDA 4ELUA 3AO4A 3QEXA 1S9EA 4TSXA 1IH7A 4FK2A 2Z1IA 4KAZA 4Z4GA 5KTQA 2FBXA 2QKBA 1YTAA 4NCGA 4W5RA 1FKPA 3DLEA 5DMRA 4CHOA 4BE2A 4CJQA 3CM6A 4PUOA 4WE1A 4E7LA 1KVCA 3MXJA 4FK4A 3OYHA 4FM2A 4K8ZA 3KKSA 1U04A 1X9MA 3QINA 2YNIA 3TAMA 3KKRA 1RNHA 1S5JA 2YNGA 2ZD1A 1HPZA 3CG7A 3ZSYA 4IG0A 2BANA 3C6UA 4JRQA 4HCCA 1VSDA 1HNIA 1TAQA 3AVHA 4M3TA 3SI6A 2DY4A 3AO2A 1RT7A 4CESA 3E01A 1A5VA 4FJIA 4CJKA 2BE2A 3QNOA 1KVBA 4E7KA 3TARA 2OA8A 3RMCA 4W5OA 1O1WA 4Z0UA 1KLMA 1FKOA 3THVA 4B9MA 4NCBA 3FFIA 4N5SA 4FK0A 1LAVA 2IAJA 4C8LA 4DWIA 4DTSA 4BDPA 3KLEA 2E6MA 2R7YA 5J2PA 4MFBA 3SYZA 3VQ8A 1NK8A 4ZTJA 4O0IA 3RTVA 3TAQA 3NBPA 4E7IA 3C6TA 4DMNA 4FJHA 3LWLA 5KI6A 1RT5A 1N5YA 1KFSA 3DLKA 3LDSA 4FM0A 1VSHA 1LV5A 4Z4FA 4E0DA 1ASWA 3TAEA 3RRGA 4AHRA 4I2PA 1WSEA 4NYNA 2XHBA 4M3XA 1BCMA 1DTTA 3V1RA 1L5UA 1HMVA 1VRTA 1HQEA 1LWCA 3ZSZA 4HUFA 4DF8A 1JXBA 4CEBA 4LH5A 1WAFA 1T05A 1RT4A 3KTQA 2HW3A 1HYVA 2VG7A 4DFMA 1TL3A 1JLGA 2OPRA 4DU4A 3QEVA 1I39A 2FBTA 2HNYA 2IOCA 5FROA 3ZSQA 3MEDA 4W5TA 4FJXA 3SPZA 2YNFA 1QSSA 2HMIA 1BI4B 4DS5A 4CF8A 4KI6A 3HP6A 3RWUA 4KHYA 3DI6A 1WSJA 4DTPA 2EX3A 2QKKA 3H08A 1Q9YA 2GV9A 1FXXA 1Q8IA 3VN5A 1J5OA 4FZYA 1HYSA 1S6QA 3KD1E 1VSIA 3DRSA 3I0RA 3LANA 4W5QA 1NKBA 1QSYA 2G8UA 3U6FA 4CEZA 1BIUA 1U49A 4DQIA 4ZHRA 4DSIA 2HHUA 4CF1A 3AVIA 3QO9A 4IG3A 3TAFA 1VSFA 4AHUA 4CJWA 4BDYA 2PZSA 1CLQA 2P5OA 3AVKA 4B3OA 3T19A 3O4NA 3LPTA 4CEQA 4CFDA 2HHQA 3PO4A 1SUQA 4FJNA 1SV5A 2IS3A 3O3HA 2YHBA 3NF9A 4CJFA 1JLAA 4CHPA 3IS9A 2E4LA 4O0JA 1BQNA 4CEAA 3QIOA 1WAJA 1TK0A 4AHSA 5CY4A 3DYAA 5SZTA 3IAYA 4M3UA 3KLIA 3RMBA 3HPGA 5J1EA 3LZIA 3S3MA 3TWHA 3K5MA 4E89A 5KRSA 1A5XA 1RTJA 1YVUA 1KLNA 3OYFA 4BWMA 4F3OA 2EHGA 4J2BA 1RT3A 3AVCA 3B6PA 1LWEA 2DFHA 5HROA 4F8RA 1WNSA 1S1TA 3P1GA 3EZ5A 2HHSA 3OYBA 3ITHA 4DG1A 3OVNA 4EP4A 1VSKA 2LSNA 1UOCA 1NK7A 3L8BA 1RILA 4IDKA 4CGGA 3K5OA 3AA2A 2KFNA 4B9LA 3NFAA 4JRPA 3AVBA 3QNNA 3DRRA 4RW9A 3VA0A 2Y1JA 1NK6A 4QAGA 4GVMA 3I0SA 3HO1A 2FBYA 4H8KA 1RDBA 4DTMA 2BDPA 2WONA 3EYZA 4IFVA 2KZZA 3VQPA 2IGIA 1WLJA 2XO7A 2RF2A 2KW4A 3AA5X 4M42A 3T1AA 4FW2A 5HRNA 3ZT1A 5JS2A 3AVGA 3MXMA 2HHWA 1ASVA 2Z1JA 4GMJB 1C0UA 4PA1A 3HVTA 1L3SA 5CZ2A 2JLEA 5C42A 2PYLA 4ELTA 3LWMA 4JLHA 4FLVA 1C1AA 1WSGA 4M3YA 3V9XA 5D3GA 1RT2A 3L3VA 3NCIA 1NK5A 1X1PA 1ITGA 2D0AA 3KIOA 4XIUA 2XY7A 2X6NA 1D9DA 4CJRA 3SV3A 1RDDA 4RW4A 1FK9A 3ZSVA 1RBUA 2BGGA 2WOMA 4IBNA 4DSKA 4FLTA 4FZXC 3CQ8A 4NCAA 3SQ2A 4DFKA 4DQSA 4M41A 4KI4A 4KHUA 3LAKA 3NF6A 2GBZA 1UAXA 4CEEA 2KTQA 5CZ1A 4Y1DA 1RT1A 3V6DA 1C0MA 3AVNA 4OPKA 3CYMA 4CERA 1LW2A 3AV9A 4Y1CA 5HLFA 3TABA 2GUIA 2A1SA 5K14A 1CXQA 4FLWA 1S9GA 2D0BA 1EXQA 2W42A 4CHZA 4LH4A 2XY5A 3ZSWA 1SL0A 3ZSOA 4KHSA 3UIQA 3K58A 1EP4A 2OYQA 3WNGA 3MXIA 3TANA 1ZBLA 3SUNA 3SJJA 2ZE2A 4FJKA 4DLEA 1Z25A 4E7JA 1TK8A 4CCHA 4QCLA 4OKKA 2P51A 3SUOA 2P5GA 4FLYA 4G1QA 3VQ9A 4OGEA 4DS4A 3JSMA 1HRHA 3C94A 5KGXA 3KJVA 5J2MA 1L3UA 1G15A 1CXUA 4FW1A 4CJ5A 2G8IA 1TAUA 2F96A 2OZSA 4CJ3A 3SQ4A 5FRMA 2X6SA 4FLUA 3TI0A 2VG6A 4AHTA 3RMAA 3AVMA 3OYIA 1EETA 1U4BA 1JLCA 1EX4A 1ZBUA 2XRIA 4E1NA 4DSLA 2OPSA 2X78A 3OYCA 4LSLA 1HQUA 4ID1A 1IKWA 2KQ2A 3OYJA 2VWKA 1TK5A 4M3RA 2D0CA 4HTUA 1KSPA 4C8MA 4CGDA 2F8TA 4CIEA 4LSNA 1QSLA 4DLGA 2I5JA 3V1QA 3AO3A 3AA4A 3SQ0A 1Q9XA 1JKHA 3D45A 2A1RA 3O3GA 3ISNC 3OYDA 1NJWA 3ULDA 5HP1A 3ZSRA 1ZBIA 3ALYA 4FLZA 4CF9A 3OYNA 2OPPA 3L2UA 3OYAA 4E3SA 2YV0X 1BL3A 4CJTA 5JS1A 4FVMA 4H4MA 4GW6A 4JS4A 3QERA 3LP0A 1WSFA 1UWBA 3S9HA 3DLHA 4KB1A 3HJFA 4DFJA 3VQQA 3HP9A 4DTUA 1JLQA 4DU1A 2ITGA 3A2FA 3IRXA 4OJRA 3L2VA 3SV4A 4C8OA 1BI4A 4CFAA 4O44A 3NH2A 1T03A 1S1XA 1X9SA 4OLBA 1VSLA 2HB5A 3G0ZA 1KTQA 1B9FA 4E7HA 1BGXT 3AVAA 3LP3A 1S1WA 2HNZA 3M8SA 3P5JA 4BWJA 1JLEA 3HPOA 1RTHA 4B9TA 3QEPA 1JLBA 2HHTA 3PX4A 1D9FA 3T3FA 2B4JA 4Q0BA 4F2SA 1TKZA 2HHVA 5FRNA 3CFPA 3LPUA 3MEEA 4I7FA 1F21A 1S1UA 2RN2A 4KV8A 3O4QA 4OVLA 4BACA 2G8HA 3QIPA 4KTZA 3S3OA 3HVRA 1HNVA 4DTJA 5I3UA 3ZSXA 4C8NA 4N47A 1IKYA 5SWMA 4L8RB 4CGHA 3V9ZA 4ID5A 1LAWA 1YT3A 3VQEA 4OPJA 4CGFA 1QTMA 2OPQA 4HHTA 3M8PA 4DTXA 2DFFA 4FJLA 1KCFA 3NGZA 3VQAA 3L3UA 1XHZA 3NGYA 4HCBA 4DSEA 1QS4A 1QQCA 2X74A 1RBRA 3V9SA 4M45A 1VSJA 4EP5A 3RR8A 4HUGA 4DFPA 3WNEA 4CJPA 1JXEA 4FXDA 5HRSA 3D0PA 1YTUA 3CFRA 3MECA 4DF4A 4Q5VA 1L3TA 1L3VA 1RCHA 5KRTA 4MQ3A 4FJGA 4FJJA 2Z1HA 1C1BA 3VQ4A 3OY9A 1KVAA 1IO2A 3M8QA 3LP1A 1D5AA 4RG8A 2KFZA 1HJRA 3LALA 2XY6A 4NYFA 4O4GA 4R5PA 3L2QA 4I9LA 4AILC 2B5JA 1HYZA 2XY8A 5FDLA 2HVIA 4E1MA 3ZT2A 3F9KA 3CM5A 3QETA 1SKSA 1D8YA 3VQ5A 5CYMA 1C6VA 1SL2A 4QOZB 3G10A 1W0HA 4KB0A 3OJUA 2NUBA 1RBVA 3K57A 2FC0A 2Q3SA 5CYQA 1DTQA 1EKEA 1NOZA 4N76A 1I3AA 4BE1A 5EU7A 3AVFA 4CK2A 3MEGA 4CHQA 3KK2A 4CGJA 4B9SA 4KRFA 1DLOA 1TL1A 1IKXA 3LP2A 3RR7A 3DLRA 3SCXA 4LY7A 4FZZA 1KFDA 3OYKA 4F2RA 4B8CA 4H4OA 3QLHA 1NK4A 4FYDA 3DM2A 4CEOA 1SKRA 2Z1GA 3BDPA 2AJQA 2VWJA 1C1CA 5J2QA 4HVJA 1WN7A 3ZT0A 4HUEA 4F4KA 4Z4EA 1LW0A 5HBMA 2ATQA 4I9QA 1VRUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4LF8K 4EZ9A 3OS0A 3TAPA 3IDHA 4CGIA 5I42A 1J9AA 3SUQA 4WFBL 3WEEA 5I9EB 4FK2A 5KTQA 2FBXA 1YTAA 4W5RA 3ATUA 5DMRA 2QWLA 3CJ9A 4J8FA 4E7LA 3OYHA 3MXJA 4K41A 4FM2A 3KKSA 1U04A 2FYOA 4BC3A 4JRQA 3AGKA 1HPZA 4YOWA 1TAQA 3Q7CA 2IVOA 3D2FA 4CJKA 1RFQA 4YOXA 4W5OA 3THVA 1W97L 4YOYA 4B9MA 1U6ZA 3BZCA 3FFIA 4N5SA 4FK0A 1YF5L 1BG3A 2E6MA 2R7YA 4MFBA 3VTIA 3C6AA 1NK8A 5AQXA 3TAQA 3MK6A 4B1XB 4M7YA 4E7IA 3LWLA 5KI6A 4I6MB 4DV6K 3THYA 1HX1A 1KFSA 3C6HA 3CCQN 5BN8A 3RRGA 4BROA 4I2PA 3AAPA 1GLDG 4NYNA 5IT9O 1BCMA 4JKFA 3V1RA 1L5UA 4BQZA 1LWCA 4HUFA 2A5XA 4DF8A 4JI3K 1I39A 3THXB 2IOCA 3MEDA 5AZJA 3VESA 1BI4B 3HZ6A 3VERA 4CF8A 4KI6A 3FR0A 3RWUA 4KHYA 3GBTA 2QKKA 1VHXA 4IOCL 5JLHA 2E1YA 3EEQA 1S6QA 4GVEA 5MLCQ 1VSIA 3SBTA 4W5QA 3LANA 1QSYA 1U49A 3CCVN 2P1OB 4CF1A 3QO9A 4WQ5C 4BDYA 2PBDA 5M1PA 2A42A 3VEOA 4B3OA 4CFDA 2RCUA 1JLAA 3QDKA 2E4LA 4O0JA 3HM8A 2Q0RA 5C2FA 4CZJA 1YJNN 4M3UA 3KLIA 1N8RO 2ZJRL 3SK3A 1YVUA 1M90O 3OYFA 1KLNA 2EHGA 4YOTA 3TL8B 3P31A 1YHQN 3AVCA 3I56N 4F8RA 3OYBA 4B1YB 2JHCA 3OVNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NGJ A;  1JL2 A;  2UUB K;  4CEF A;  4M63 C;  3OS1 A;  4KHN A;  3VF6 A;  3RRH A;  5M1K A;  1K8A O;  2O8C A;  4NLC A;  3V81 A;  3HSC A;  4EAH D;  3MAQ A;  2E31 A;  3RVC A;  1OVQ A;  2O8D A;  3E4W A;  3DLB A;  1NJX A;  4KFB A;  4W5N A;  2ZGZ A;  4QCL A;  1J53 A;  1XVF E;  3A5N C;  1FZ4 E;  1NMD A;  4EP9 A;  2NLX A;  3QEI A;  2OZM A;  2O8E B;  5AQW A;  1C0T A;  4JI0 K;  1RBT A;  2ZWH A;  3OYM A;  3R6M A;  3HOT A;  2O4G A;  4CK3 A;  3KK1 A;  2E8A A;  5AZI B;  4DR7 K;  4DTR A;  3GOI A;  1IKV A;  1TV6 A;  1ASU A;  3BGR A;  3SAH A;  4Z4I A;  5GAE P;  4DV2 K;  3PUF A;  3JXU A;  2FF6 A;  3VQD A;  5C24 A;  4CZK A;  4B9V A;  1JLF A;  4OGC A;  4KRE A;  4B9N A;  1G99 A;  3CCR N;  2O4I A;  1RT6 A;  2YNH A;  4PQU A;  2Q0U A;  4LF9 K;  3PV8 A;  5F0X A;  5DM6 L;  3TSU A;  4DTO A;  1XC3 A;  1UA0 A;  2O8B B;  4JEP A;  4K42 A;  3KLF A;  1SL1 A;  1TGO A;  1FPO A;  1BHL A;  2GUP A;  4EIA A;  1BA0 A;  3DRP A;  3WT0 A;  4EHT A;  3QEW A;  4J2D A;  2KKZ A;  3C7N A;  3HPH A;  4FJ7 A;  4DQQ A;  3NF8 A;  1TVR A;  4FJM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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