4FJ9A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj9A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj9A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj9A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj9A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj9A03
1S9EA 2VG7A 3VQ7A 3SV3A 4KRFA 1S1UA 1RCHA 1YVUA 3G0ZA 3VQ4A 4YNQA 5JS2A 3D0PA 4FLWA 2G8WA 2W42A 3V9WA 3NAEA 2P51A 4W5NA 2XO7A 3C6UA 1W9HA 2B5JA 4W5RA 1RT4A 4CE9A 3OYAA 4FLUA 1U4BA 1NKCA 1K6YA 1SV5A 1JXEA 1SUQA 1W0HA 1IKWA 2O4GA 5KI6A 4CHZA 1X9SA 1TK8A 5CY4A 3RRGA 4DFJA 4I9LA 1HNVA 3MEDA 4F3OA 2HVIA 1L3VA 4FK0A 4I2QA 3K5MA 3SPZA 5CYMA 4AHRA 3CFOA 4FM0A 1VSHA 1RNHA 1QSYA 4KHWA 1JXBA 1HYZA 1UWBA 4JRQA 2EHGA 2BGGA 3D45A 4HCCA 4N41A 3F73A 4M3YA 4NYNA 1JL1A 3PUFA 1IG9A 3P83D 3ZSZA 1CXUA 3OYBA 4IG0A 3HPHA 4DS4A 1LWCA 1U47A 4FW2A 1KTQA 3U3YA 4HUGA 1UA1A 2X6NA 4E3SA 3QINA 4CERA 4DQSA 3OYIA 2BANA 4CEDA 3VA3A 1RBSA 4F2RA 4FM2A 3LPTA 4CHOA 4DSKA 3BGRA 4C8KA 4CJUA 2WONA 4FJ5A 4Z4HA 1HQUA 2PZSA 1RBVA 5J1EA 4W5TA 4DQPA 1ZBIA 4IFVA 3OJUA 3OS2A 3I0SA 5CZ2A 4LD0A 3S3OA 4AHVA 4FJ7A 1BGXT 4KHUA 4LH4A 3MEGA 2EX3A 4CF0A 1RDAA 4O5BA 4L8RB 4GMJB 4WE1A 1UOCA 1J54A 5SZTA 2HMIA 1BHLA 3NGYA 3OYCA 1G15A 3V1OA 3TAMA 3KTQA 4OLBA 2G8KA 3AVKA 2B4JA 2HVHA 4KI6A 3QIOA 4QAGA 4F4KA 4KHYA 1RT3A 3OJSA 3VQ6A 4DF8A 4KKOA 4CEOA 4DTOA 4IBNA 4CIGA 3FFIA 3TABA 1TL1A 3L2RA 1D8YA 2D0BA 3HL8A 4E7IA 2ZD1A 5D3GA 4CJ3A 4DFPA 3SZ2A 3SUOA 5C25A 4IFYA 3O3GA 4PUOA 3DLGA 3L3UA 3NF8A 1U49A 4CF1A 1BCOA 1CZBA 2HHTA 3SQ4A 4N47A 4N5SA 4W5QA 5FDLA 1S5JA 4M3RA 1ZBFA 4DSJA 1VSIA 4FJXA 1KFDA 3DOLA 4OPJA 1XI1A 1LWEA 1RDCA 3BDPA 3DLBA 1J5OA 3ZSQA 4DQRA 4M3UA 3TANA 4C8LA 1SKSA 4FLYA 2KZMA 4K8XA 4ZTJA 4KB1A 4BE2A 1NK7A 4FM1A 3OYLA 3VQPA 3RTVA 3VQDA 4HUEA 3VQQA 2HB5A 4FZXC 4FLXA 1FXXA 1RT2A 4CF8A 4DF4A 1WSGA 4B9NA 3QNOA 3HT3A 3IG1A 1LWFA 2XY5A 4KHQA 3SJJA 3K5NA 1MU2A 3SI6A 3MXIA 1TL3A 4FJHA 2HNYA 4DTJA 3O3FA 4JS4A 2YKNA 1TV6A 1L3TA 4DSIA 4KI4A 3ZSYA 1FKOA 3CQ8A 4DU1A 3SQ2A 3NCIA 4CHYA 4BACA 1DLOA 4DG1A 3AVGA 3KKSA 1EX4A 1X1PA 3ZSVA 1DTTA 1S9GA 4DS5A 4GW6A 4ELUA 1WAJA 2FC0A 3ZT2A 2O4IA 3WNGA 1T7PA 1REVA 1NOYA 3DI6A 1GOAA 1Z25A 4M3XA 4DU4A 4CJQA 4CFBA 1BQMA 1WNSA 4KFBA 2OPRA 2YV0X 2Y1IA 1TKTA 3DYAA 1QSSA 1QTMA 5DK5A 4FJLA 4B3OA 2IC3A 4J2AA 4RG8A 4FJNA 3VQ9A 1Z26A 2OA8A 3QO9A 2XY8A 4KO0A 2X6SA 4DTNA 1BIZA 1SKRA 1NKEA 3EY1A 4OGCA 3H08A 4CJWA 3RMCA 3RMAA 4ICLA 4CFCA 1S6PA 3NF6A 3U6FA 1R0AA 4FJ9A 2ZQBA 1XC9A 2PYLA 4H4MA 4RW9A 2X74A 4JRPA 3S9HA 1HNIA 2VG5A 4I7FA 1NK9A 4N76A 2G8IA 4CJ4A 3AVCA 3AO4A 3OS1A 3UIQA 1VSJA 4PY5A 5E41A 1YTUA 1RTJA 1VSFA 2YNIA 1KSPA 1HJRA 4NCBA 2HHWA 4BDYA 2DFHA 3E01A 3KLHA 4JS5A 5HRRA 3TAQA 2QKBA 3L2VA 2RPIA 3HYFA 4BE0A 1I39A 4CF9A 4IKFA 4Y1DA 4B8CA 3V1QA 1NK8A 1TAUA 3PO4A 3DLRA 3OYGA 3CM5A 1Q9XA 4E7HA 4HCBA 3C94A 1ASWA 4F8RA 1NK6A 1X9MA 1ZYQA 4XIUA 1WSIA 4G1QA 1B9DA 3CFPA 4DTMA 3NH2A 5JS1A 1VSLA 4O0JA 3AA2A 3ITHA 5HP1A 4E7KA 3NGIA 3M8QA 2G8VA 1RDDA 2GUIA 3O4NA 4MFBA 3JYTA 5FRMA 1WLJA 1SL2A 3P5JA 3AA5X 1L5UA 4E0DA 1JKHA 1TGOA 2GV9A 1BCMA 4CK2A 4Z0UA 2XY7A 3RRHA 4IDKA 1U45A 1QS4A 4FCYA 1VSEA 1TK5A 4B9MA 1JL2A 2JLEA 3TAGA 2AJQA 4KHNA 4OJRA 2B6AA 3SPYA 2GBZA 4KB0A 3LP0A 3OYEA 2XY6A 2P5GA 3V9SA 3AVHA 3VN5A 3S3MA 2OPSA 3AVMA 3P1GA 4CJEA 1QHTA 3K5LA 3HVRA 2F8SA 3OYNA 4RW4A 1YTAA 4HTUA 1CXQA 1RT7A 2YNGA 4OPKA 3VQCA 3RR8A 2QXFA 2ZE2A 3K5OA 5SWMA 1C1AA 3SQ1A 1C6VA 2FBVA 1QQCA 4Q0BA 5I3UA 2YNFA 3IRXA 2YKMA 4TSXA 4M3ZA 1RBTA 4HVJA 3TAPA 1ASUA 4CGDA 3CM6A 4H4OA 1NK5A 1T05A 2ETJA 4FJIA 3HPGA 1DTQA 2IS3A 1IKXA 1KLMA 4RW8A 4CEQA 4CJ5A 3SV4A 4DQQA 3V6DA 4K8ZA 2FBYA 1HYVA 4NCGA 3OYHA 3HP6A 4KHSA 2HW3A 2KFNA 3M8RA 3VQBA 4CEBA 4ID5A 5HBMA 3PY8A 3KLFA 1VK0A 4OKEA 5T7BA 3LALA 1RBRA 3NE6A 1Q8IA 3LZIA 3CYMA 5HRNA 3V81A 4CJKA 1EKEA 4OGEA 4W5OA 5FRNA 3KLGA 3HSTB 4CEEA 4DTXA 2OYQA 3ZT1A 4CHNA 3L2UA 4B9LA 4J2EA 3L2WA 4CFAA 4CEFA 4Z4CA 3RR7A 1A5WA 3THVA 3O4QA 3KLIA 3ZT4A 4LY7A 2F96A 4AHTA 1LAVA 3RWUA 2KTQA 3V9ZA 4YFUA 4KPYA 3VQ5A 4AHSA 5J2NA 1JLFA 1I3AA 5I42A 1JLBA 4ZHRA 4NYFA 2ITGA 2QKKA 4CK1A 4FJKA 3MXJA 3KK1A 2JGUA 1ZBHA 1BISA 3K58A 1WSFA 1WSJA 3VQAA 5DMRA 4CCHA 3HK2A 3LAKA 4CJTA 4EP5A 3DLHA 3QESA 4CEAA 1LV5A 1FKPA 2IAJA 4EP4A 4Z4GA 4Q5VA 3DM2A 1BI4B 1IO2A 1J53A 4FZYA 1TKXA 1S1VA 1EXQA 1U04A 3DRRA 3NGZA 4DLGA 5J2MA 4J2BA 2HNDA 3ZT3A 1S1WA 3K59A 3T3FA 3C95A 1C1CA 1CLQA 3SUPA 3NF7A 2XHBA 3LPUA 3WNHA 3QLHA 4CJPA 4C8NA 5HROA 5KGXA 3DMJA 4AILC 3OVNA 4MQ3A 4C8MA 1HRHA 3NH1A 4FK2A 3ASMA 3OY9A 1D9FA 3M8SA 4HHTA 1F21A 3HXMA 2XRIA 3SNNA 1YT3A 4LSNA 2PY5A 1KVCA 1SL1A 2P5OA 4BWMA 3LZJA 4CEZA 3L2QA 1RILA 2Z1GA 1BI4A 4B9VA 1J9AA 4B8AB 3NBPA 4UQGA 1IH7A 4M3WA 3AVJA 2YNHA 1UAXA 3SCXA 3ALYA 1TK0A 2KZZA 1S6QA 1JLCA 1LAWA 1VRTA 2G8FA 3WNFA 1NKBA 3MECA 3M8PA 4E89A 3SQ0A 2VG6A 4I2PA 3ZCMA 3I8DA 2QK9A 3F9KA 4DSFA 3VA0A 1XHZA 4KAZA 3QIPA 4CJSA 3QERA 4KREA 3TAEA 2X78A 3DRSA 1U48A 3HJFA 4AHUA 2VWJA 5KTQA 3ZSWA 1EETA 4CK3A 1ITGA 2BDPA 2KQ2A 4CJFA 3HPOA 4BDPA 4M42A 3AVBA 3OYMA 4CF2A 3AA3A 4OKKA 3JSMA 1VRUA 3NFAA 4LH5A 1T8EA 4KTQA 3K2PA 3AO1A 2G8HA 1RDBA 1RTDA 3C6TA 4CJLA 1TAQA 4CESA 3V9XA 1FK9A 2NUBA 1TKZA 3B6PA 3HP9A 3KJVA 5HLFA 1C1BA 2OPPA 4CGHA 4BWJA 3AV9A 1O1WA 4CIEA 2R7YA 1WSEA 1BIUA 3LDSA 1ZBLA 4FLVA 4QCLA 1GOBA 3AVIA 3PX0A 4FK4A 2Y1JA 1C0UA 3AO5A 2IGIA 3OS0A 3AO3A 4ELTA 4M3TA 4KTZA 1EP4A 4Y1CA 2DFEA 3ZSOA 3HO1A 3NH0A 1CZ9A 4FYDA 2HHXA 4N56A 5FROA 2ATQA 3OYFA 3MAQA 3SYZA 4KTWA 4B08A 2D0CA 4JLHA 3KIOA 4HUFA 3LP2A 3MXMA 2Q3SA 1KFSA 1B92A 1NJXA 4M41A 5HRSA 1TVRA 4AH9A 5KRTA 1RTHA 3NDKA 4FVMA 4PQUA 4M45A 5EU7A 3K57A 3OYJA 3KD1E 1A5XA 4OVLA 3RMDA 4DSEA 4AHCA 1VSDA 2KW4A 1SKWA 4CIFA 1RTIA 4Z4FA 4J2DA 3KD5E 1TKDA 1KVBA 3PX4A 1ASVA 1C0MA 3DOKA 5C24A 3KK2A 1Y97A 4E1MA 4QOZB 2LSNA 5KRSA 4CFDA 3I0RA 1S1XA 2OZMA 2YHAA 3AA4A 2RN2A 4BE1A 4E1NA 1JLEA 2Z1HA 2D0AA 4RW6A 4F3TA 1KLNA 4DSLA 4BDZA 4FJ8A 3EYZA 1T03A 4O55A 4B9SA 4DMNA 1VSMA 2FBTA 3PV8A 4OKJA 2OZSA 4O44A 3PX6A 3QEVA 3S3NA 1UA0A 1HMVA 4O4GA 3ZT0A 4NCAA 2RF2A 4LSLA 4CGGA 4FJGA 3DLEA 5J2PA 1NK4A 3V1RA 4CHPA 2PYJA 3HM9A 2YHBA 3DLKA 4E7JA 1KCFA 4ZTFA 4FW1A 1RT6A 4GVMA 1NJYA 3TARA 4OLAA 4Z4IA 2IOCA 4KV8A 2RKIA 4CJRA 1WAFA 4DFKA 4PWDA 1IKYA 3QEPA 3NHGA 3O3HA 3AVNA 5CYQA 3LWMA 3G10A 1JLQA 4DTUA 1VSKA 1Q9YA 3QEXA 3IAYA 3NF9A 1NOZA 3A2FA 3T19A 3VQEA 4DWIA 4IG3A 4FLTA 3MEEA 3SUNA 1N6QA 1S1TA 2HNZA 3RMBA 4RW7A 3V9UA 4CJVA 3KLEA 4F2SA 2HHSA 4FLZA 1NJZA 4EZ6A 2E6LA 1QE1A 1JLGA 3SUQA 2HHQA 3T1AA 3L3VA 2BE2A 1WN7A 1XHXA 1GOCA 3OYKA 4CECA 3PO5A 2DTUA 1RT5A 4R5PA 4H8KA 4CGIA 3QNNA 3QEWA 1LW2A 5CZ1A 3ZSXA 4DTPA 2P1JA 3WNEA 2Z1IA 1L3SA 4B9TA 4C8OA 3QETA 2I5JA 2Z1JA 1RT1A 2DFFA 3CG7A 3EZ5A 1NK0A 4E7LA 1HYSA 5K14A 3LP3A 3ZSRA 3ULDA 4DLEA 4CGFA 4CHQA 3KK3A 4Z4EA 4O0IA 4PA1A 4E19A 1SL0A 1N5YA 2FBXA 1WSHA 5HRPA 5J2QA 1X9WA 4DTRA 4I9QA 1BQNA 1XWLA 1ZBUA 2VWKA 3QEIA 1C0TA 1IKVA 3HVTA 5KGWA 5C42A 1L3UA 2HHUA 3AVAA 4DTSA 3DRPA 4FXDA 3CFRA 1D5AA 1JLAA 2HHVA 4CGJA 4DQIA 2IDOA 3TWHA 1BL3A 2G8UA 3LANA 3LP1A 2E4LA 1QSLA 4FJJA 1D9DA 2E6MA 2D5RA 2F8TA 3U3GA 4ELVA 3ISNC 2DY4A 1HQEA 3AVFA 3B6OA 3KKRA 3IS9A 3TI0A 3AVLA 3LWLA 2WOMA 3OYDA 3AO2A 1KRPA 3L8BA 1LW0A 4DFMA 2KFZA 3V4IA 3VQ8A 4FZZA 1B9FA 1RBUA 4ID1A 1NJWA 1HPZA 4DU3A 2OPQA 3LAMA 4B9UA 4FJMA 3TR8A 3TAFA 2A1RA 4EZ9A 1KVAA 1A5VA 2A1SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1S9E A;  4KRF A;  1XVE E;  1S1U A;  4DR1 K;  1IV0 A;  4FLW A;  5B8H A;  1FW6 A;  3V9W A;  1FZ8 E;  3FZL A;  3JXU A;  2KHO A;  2O4G A;  1JXE A;  1X9S A;  1TK8 A;  4BG9 A;  4LFA K;  2QWL A;  5AFU A;  4LF4 K;  1XVG E;  5CYM A;  4AHR A;  1H1V A;  4FM0 A;  5C12 A;  3FGU A;  3QBX A;  1JXB A;  1UWB A;  2EHG A;  4QS9 A;  4H5T A;  4A2A A;  4RWT A;  2CH5 A;  2LF3 A;  1KAX A;  1JL1 A;  4AKH A;  1XMF E;  3ZSZ A;  3OYB A;  4IG0 A;  3HPH A;  1LWC A;  4FW2 A;  3U3Y A;  1UA1 A;  4CZJ A;  4DQS A;  2VJ4 A;  3WXI A;  1RBS A;  2GEM A;  3LPT A;  2ASM A;  3PIO L;  3BGR A;  1NGI A;  1RBV A;  4R79 A;  4CBX A;  3S3O A;  3DXK B;  2UXC K;  3L0M A;  4FJ7 A;  1BGX T;  3EKU A;  4LH4 A;  4MLE A;  2YJF A;  4GMJ B;  1UOC A;  4OX9 K;  3OYC A;  3NGY A;  3TAM A;  2G8K A;  4YDU C;  3QIO A;  4QAG A;  4F4K A;  2H3G X;  3OJS A;  3VQ6 A;  1MMO G;  3LM2 A;  3TAB A;  1NGH A;  1NGJ A;  4BR0 A;  3P38 A;  4DFP A;  5C25 A;  4IT5 A;  3L3U A;  4BRG A;  3DXK A;  1BCO A;  3TSP A;  4CF1 A;  4N47 A;  2PFV A;  3WT0 A;  2E2N A;  4DQR A;  1J5O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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