4FJ9A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj9A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj9A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj9A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj9A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj9A03
3LALA 1ZBHA 4IFYA 3VQBA 1BCMA 4CJRA 4B9SA 4FYDA 2OZSA 2G8WA 3SUPA 4DU3A 4DF8A 1TGOA 3CFOA 4LY7A 1KTQA 2D0CA 3OYHA 4B9TA 4FM2A 1NOZA 3ULDA 4IFVA 1XHZA 2G8FA 2KFNA 3CFPA 3LP2A 3ZT0A 3OYBA 3V9WA 4AHVA 3PX6A 1WSGA 3AVNA 4F2SA 1KRPA 4Z0UA 4PA1A 3V9XA 1ASUA 2D0BA 1VSIA 5T7BA 1TKDA 3DLEA 4CGIA 1B92A 2ZE2A 1T7PA 4CFDA 5KGWA 3U3YA 5HRPA 3SCXA 1QQCA 1RTJA 4CF2A 1HMVA 2KZMA 3OS2A 1BL3A 4BE2A 3AA4A 5HBMA 3V81A 1IKYA 1WAFA 3V1RA 2XY6A 1LAWA 4CEFA 3DOLA 3F9KA 1EP4A 3L3VA 3WNFA 1ZBIA 2HNYA 2BGGA 4O5BA 1WN7A 4DFKA 2JGUA 3AO2A 3ZSOA 1B9FA 3G0ZA 1TVRA 3VQQA 1LWEA 3NH2A 1IO2A 3NGIA 1VSKA 4FJJA 4FLUA 2RKIA 3VQ5A 3AA5X 4CHPA 5CZ2A 4E19A 4DQPA 4E0DA 4OLAA 1CXUA 4OKKA 3ZT1A 4DU1A 2HNDA 3QIPA 1S9GA 1VRTA 3AO5A 4DSIA 3DRRA 3NFAA 4CEEA 4CEAA 4ELUA 4IKFA 2WOMA 4DTUA 1WNSA 4FLZA 2FBXA 3NF8A 3QEIA 3VN5A 1HYVA 4CESA 2Q3SA 1BQMA 4ZTFA 4B9MA 2BE2A 4CJQA 4AILC 5D3GA 2F96A 1RTDA 1ZBUA 4CHOA 2W42A 1VSDA 4F4KA 2HHTA 2R7YA 3MEEA 4MQ3A 3CG7A 3K57A 3B6PA 4EP4A 1S1TA 3IG1A 1C1BA 3TABA 4FJLA 4CJPA 4DQRA 1N6QA 4KTQA 3D45A 4FLVA 4O55A 2FC0A 3LP3A 1BQNA 4CF1A 4DLGA 5FROA 4KRFA 4KI6A 4CHNA 2WONA 3DLKA 3KLFA 1RBTA 3OYLA 4HUEA 4MFBA 4CEQA 4CF9A 3DOKA 4CF8A 2IS3A 2PYLA 3NBPA 1WSHA 3S3NA 4KV8A 1JLBA 4BWJA 3OYJA 4E1MA 2O4IA 1C6VA 3QNNA 2KTQA 2XY7A 1BGXT 4CJEA 1JXEA 3RWUA 3O4NA 3ASMA 3RMCA 1TKTA 1JLCA 1SL1A 2HHXA 3MXIA 1TAQA 2F8TA 4IG0A 2Z1GA 3VQPA 4FJGA 4Z4CA 5J1EA 4PWDA 4DU4A 5CYMA 2Z1JA 4CJLA 3L3UA 4KPYA 4FJMA 3L8BA 1LW0A 4KTZA 1J53A 4HHTA 4NYNA 1L3VA 3AVMA 3QEWA 4FJ5A 5CY4A 4DTOA 4WE1A 4W5QA 4FLTA 1GOCA 3V9SA 4F3OA 3L2RA 1NKCA 4QOZB 1O1WA 3NCIA 5C24A 4CJKA 1NK7A 4CEBA 1D8YA 4FJIA 1L3TA 4F3TA 1SL0A 1JLGA 1BCOA 1NK9A 2OPQA 4CJ3A 2YKMA 1EKEA 3DLRA 4DFJA 3IRXA 3SUOA 4CK1A 4DWIA 3HO1A 4FW1A 3ISNC 1RT2A 5SZTA 3TAFA 4W5NA 1JLQA 1G15A 1S1XA 4QAGA 4CHQA 4F2RA 3U3GA 3QNOA 1XHXA 3T1AA 4B3OA 3AVGA 4CJSA 4C8MA 4CFAA 4AHTA 1W0HA 4KO0A 4JRQA 4NCAA 1LWFA 4OGEA 3RRGA 1T8EA 3AVHA 4M45A 2LSNA 4XIUA 2BANA 3HPOA 2HB5A 3UIQA 4DTMA 1RT6A 4EZ9A 4FJKA 3NHGA 3AVCA 4K8ZA 4KTWA 4FM0A 3KK3A 4DF4A 3DLBA 4B9UA 4YFUA 1Y97A 4FK0A 3SPZA 5KGXA 3DYAA 3M8PA 5J2NA 3TAQA 1X9MA 4W5TA 4N56A 2HHUA 3BDPA 3O4QA 2X6NA 3C95A 1VSHA 1Q9XA 3LWLA 1NJYA 4RW8A 1S9EA 4DQSA 1L3SA 3VQ9A 2YNIA 3SYZA 1HYZA 3AO1A 3F73A 3LAMA 1U45A 4I2QA 1U4BA 2B5JA 3OS0A 2G8HA 1TAUA 1UWBA 3TAMA 3TAPA 3LDSA 3KK1A 4KI4A 4DFMA 1RDAA 3PY8A 1D5AA 3P1GA 1HNVA 4W5RA 2D0AA 2P5GA 1ASVA 3OYIA 1A5XA 4FZZA 2VG7A 3TAEA 4RG8A 2E6LA 2F8SA 3I0SA 4J2EA 1WSIA 4ZTJA 1NJZA 4C8KA 4DSLA 4Z4GA 1RNHA 3PO5A 2FBTA 2VWKA 1F21A 3OYCA 1RBVA 3NF6A 3A2FA 4B08A 1NJWA 3PUFA 1KFSA 2X74A 2HHVA 3K58A 4CJ4A 4FJ8A 2XHBA 1VRUA 2ZD1A 1RILA 3LAKA 3L2QA 1BIZA 4OPJA 2BDPA 3DLHA 2B4JA 2KQ2A 2E4LA 4DS4A 3VQ7A 4KHUA 1YVUA 4I7FA 1RT7A 1ZYQA 1RT1A 5J2MA 3DMJA 4ELTA 3QIOA 4LH5A 1IKVA 4DTXA 1LW2A 1VSJA 3OYNA 2Y1IA 5HROA 3SQ0A 4I9LA 3OYMA 1UOCA 2DFHA 4CERA 3HYFA 2JLEA 5E41A 5FRMA 4DSJA 3B6OA 1FKPA 4M3UA 4E7IA 5KI6A 1WSEA 4F8RA 2OZMA 1S5JA 3WNEA 3HP9A 4JLHA 3V4IA 1BHLA 4KB0A 4Z4EA 3ZT3A 3OYGA 4M3XA 4QCLA 3KKRA 1SUQA 1MU2A 5JS1A 1LWCA 3TANA 3MEGA 3IS9A 3V9UA 4LSNA 2HW3A 4O44A 5HLFA 3S9HA 3ALYA 3QETA 4FK4A 1BI4A 4TSXA 4N47A 4CECA 3K59A 5EU7A 1DTQA 1REVA 1VSFA 3ITHA 4OGCA 3T3FA 2A1RA 1TK0A 4PY5A 3SUNA 5DMRA 3KJVA 3RRHA 3WNGA 1TKZA 3SV4A 3VQ6A 4R5PA 4M3RA 3L2UA 1DTTA 3SQ1A 1KCFA 3SI6A 3V6DA 4CHZA 4FCYA 3V1QA 3KIOA 1IH7A 1Z25A 3FFIA 1T03A 4Q0BA 3P83D 3EYZA 4OPKA 1LV5A 3BGRA 4LSLA 4ZHRA 2YNFA 1NK0A 3PX4A 3H08A 1RCHA 3VA3A 1X9SA 2KW4A 1TL1A 3SV3A 3HXMA 5J2QA 1LAVA 2HNZA 3OYAA 1TV6A 4J2BA 5KTQA 1JLEA 4NCGA 4RW4A 2YHBA 1C0TA 1RDBA 2XRIA 3LANA 4H4OA 1JLFA 3KLHA 1W9HA 3KLEA 1Q9YA 2FBYA 1QE1A 2YV0X 4DFPA 1S1VA 1SKSA 4O0JA 4CEOA 4DQIA 1JXBA 4FXDA 3AVIA 1KLNA 1RT4A 1RBUA 1S6PA 4GW6A 4I2PA 5CYQA 1L3UA 4E7KA 4OVLA 1JLAA 1I3AA 4CJUA 2XY8A 1QSSA 4KAZA 3T19A 3MXMA 1RT5A 2QKBA 1FKOA 1KVBA 2B6AA 1HNIA 2ZQBA 4BWMA 1HRHA 1XC9A 4CGJA 3QEXA 3OY9A 1U48A 3CYMA 1ZBLA 5I42A 4GMJB 3KLGA 1RBRA 3S3OA 4C8NA 3ZSVA 3CQ8A 3I8DA 4AHCA 3C94A 2DFFA 3V9ZA 4CGHA 2GBZA 3RMBA 1VK0A 3M8SA 4OJRA 2X6SA 1UAXA 2E6MA 3U6FA 4Y1DA 1RDCA 4I9QA 4CF0A 3K5LA 3CFRA 4ELVA 3ZT4A 1U04A 2P51A 3M8QA 4CK2A 2VWJA 3L2VA 1A5WA 1NK6A 2PZSA 4DTRA 5HP1A 3VQDA 3RR8A 4CCHA 2YNHA 4FJXA 3AV9A 4FLYA 3DRSA 4FW2A 3WNHA 4Z4FA 4RW7A 3TR8A 2YHAA 4KHYA 3SPYA 2KFZA 3S3MA 2Z1HA 3QO9A 3VQCA 2VG5A 3I0RA 3TWHA 5HRRA 4AHSA 2QKKA 2HHQA 2VG6A 1X9WA 1S1UA 1NK8A 1QSYA 3IAYA 1TKXA 2RN2A 1SKRA 1CZ9A 4FZYA 1S1WA 1CXQA 3ZSZA 4Z4IA 4KFBA 3AVKA 4BE1A 4EZ6A 2EHGA 4DSFA 1FXXA 2IGIA 2ITGA 3LP1A 3ZSRA 4ID5A 4G1QA 1HYSA 3CM6A 2GV9A 3VQ4A 4BDYA 5C25A 4FJ9A 4OKEA 3VQAA 3O3FA 3OYKA 3K5MA 1I39A 2NUBA 3VQEA 5HRSA 2G8VA 2X78A 2QXFA 4IBNA 4CIFA 5FRNA 3JYTA 3NF7A 3OS1A 3SZ2A 3HVRA 4CJFA 3NE6A 3SUQA 2IAJA 4CFBA 1KVAA 4E1NA 5I3UA 4LD0A 1UA0A 3CM5A 2OYQA 1YTAA 1XWLA 3ZCMA 4W5OA 3LWMA 1NJXA 3C6UA 4CJVA 4YNQA 1HQEA 3OYEA 2Z1IA 3DM2A 3LZJA 3AVLA 3RTVA 3K5OA 2ATQA 3HPHA 3HL8A 2I5JA 4B8AB 3TARA 1U49A 4M3TA 1U47A 2QK9A 4N76A 3G10A 3DI6A 1ASWA 4E7LA 4ID1A 1QS4A 4B9VA 4FM1A 2P1JA 1CLQA 1HJRA 2IOCA 1TL3A 1ITGA 4KKOA 3SQ2A 3JSMA 2DFEA 4HTUA 3VA0A 2G8UA 3ZSWA 4Q5VA 1L5UA 3SQ4A 1QHTA 1WSJA 3HP6A 1Z26A 4HUFA 3HJFA 4EP5A 1WLJA 1A5VA 3MEDA 3TAGA 4J2AA 1BISA 4CIEA 1NKBA 1EX4A 1YTUA 4H8KA 3P5JA 2FBVA 5CZ1A 5JS2A 2DY4A 1FK9A 3D0PA 1DLOA 3AO4A 5C42A 3PX0A 1D9FA 3DLGA 4OLBA 3OYFA 4UQGA 1NK4A 1NOYA 4CE9A 1UA1A 3MXJA 4BE0A 4IG3A 1EETA 1HPZA 3OVNA 3C6TA 3LZIA 1IKWA 3M8RA 2Y1JA 1NK5A 3LPTA 4CJWA 4NCBA 3O3GA 1RDDA 3VQ8A 4FK2A 4B9LA 1C0MA 3DRPA 1RT3A 4HCCA 3THVA 4E89A 4CHYA 3NDKA 4E3SA 4KHSA 1VSEA 4DQQA 1C1AA 4CGGA 2IC3A 2GUIA 4DS5A 4L8RB 4RW9A 4KHQA 2PY5A 3PO4A 4DG1A 1S6QA 1D9DA 4O0IA 1J5OA 2G8IA 3HT3A 2OPRA 4HCBA 1RBSA 4BDZA 3KTQA 3MECA 3RMAA 4FJHA 1KFDA 3AO3A 3E01A 3HVTA 4FVMA 4LH4A 4AH9A 4GVMA 4RW6A 1JL2A 3RMDA 2OPSA 3HSTB 4M41A 4NYFA 3OJUA 4PUOA 4DTJA 5FDLA 2AJQA 4IDKA 3ZSXA 4N41A 1HQUA 3NF9A 1EXQA 1VSMA 1XI1A 3PV8A 3QERA 3KD1E 3NH1A 2DTUA 4KHNA 1QSLA 4CIGA 2HHWA 4HUGA 3EZ5A 3QESA 4M3ZA 4CJTA 3KD5E 4DTSA 4CEDA 4KREA 3ZSQA 5SWMA 5DK5A 3MAQA 3TI0A 2OPPA 1JL1A 2IDOA 1YT3A 1TK8A 1SKWA 2HMIA 5HRNA 4C8LA 4K8XA 1N5YA 3KLIA 2RF2A 1GOAA 4FLXA 1KSPA 1VSLA 3QINA 3AVJA 3RR7A 2A1SA 4CFCA 4E7HA 4KHWA 3NH0A 3LPUA 3LP0A 4FJ7A 1IKXA 4J2DA 3QLHA 4CJ5A 3L2WA 3KKSA 1TK5A 4B8CA 4B9NA 3K2PA 4H4MA 1WAJA 2ETJA 1C1CA 1K6YA 3NGYA 2D5RA 1WSFA 4JS4A 1RTHA 1BI4B 1R0AA 2PYJA 1RTIA 4Z4HA 2RPIA 2KZZA 3QEVA 4DTNA 1SV5A 4JRPA 5KRSA 4N5SA 3HPGA 4HVJA 1KLMA 2G8KA 4M3WA 3HK2A 4C8OA 3OJSA 1QTMA 1BIUA 5K14A 2HVIA 3QEPA 1Q8IA 4FLWA 2YKNA 1GOBA 2O4GA 4O4GA 1X1PA 3ZSYA 4JS5A 4KB1A 1NKEA 1B9DA 1CZBA 3O3HA 4M42A 4CGFA 3OYDA 2P5OA 1KVCA 4DSEA 1JKHA 4PQUA 2HVHA 1C0UA 4OKJA 4BDPA 5KRTA 3SJJA 2XY5A 3HM9A 3AVBA 1SL2A 3AA3A 4FZXC 4DSKA 1IG9A 4DLEA 3AVFA 1T05A 1J54A 1J9AA 4M3YA 4AHRA 1ZBFA 4AHUA 4CEZA 2EX3A 3V1OA 4FJNA 4E7JA 2YNGA 3K5NA 4BACA 2XO7A 4Y1CA 2OA8A 3AVAA 4ICLA 4DMNA 2HHSA 4DTPA 3ZT2A 4CK3A 3EY1A 4CGDA 3KK2A 3NGZA 3SNNA 5J2PA 3AA2A 3NAEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4CJ3A 1EKEA 3DLRA 4DFJA 4DWIA 3HO1A 2V51B 5I9EB 4FPAA 1TUUA 4W5NA 2ZM6K 5AZJB 1GLBG 3QNOA 4B3OA 4KO0A 1NGBA 1LWFA 1FZ2E 1N1CA 2QWRA 5AQLA 3CJBA 1VQMN 4FJKA 1YF5L 2HSTA 4DF4A 1NWKA 4B3TK 1X9MA 4FK0A 3TAQA 3DYAA 2HHUA 4X5NA 4KH5A 2JHAA 4X5MA 1NJYA 1VHXA 1HKGA 1L3SA 3SYZA 1HYZA 2RHKA 1BG3A 4I2QA 3OS0A 1QQOA 3OA9A 3TAPA 4JI7K 3PY8A 1ATSA 3CCVN 2D0AA 1U2VB 1NGJA 3T7ZA 2VG7A 2E6LA 3I0SA 4J2EA 4ZTJA 4DV6K 5GAGP 3SLCA 2OVQB 2P9NB 4B08A 1NJWA 1KFSA 2X74A 3K58A 2ZD1A 3A8YA 2BDPA 3DLHA 4KHUA 1YVUA 1RT7A 5LL6Z 3DMJA 4BR5A 3O1WA 3QIOA 2Y1IA 2O8EA 1LW2A 5E84A 3SQ0A 3OYMA 4A62A 3E4YA 3F2KA 4CERA 4BRDA 3B6OA 3THYB 1FKPA 1WSEA 3THWB 3NMUA 4JLHA 3ZT3A 5KPZA 3OYGA 5F0XA 1LWCA 3TANA 2Q31A 3EO3A 3HSCA 4RWTA 1EWQA 3B8AX 3ALYA 4N47A 4CECA 4DV4K 1ZXOA 1REVA 3ITHA 4OGCA 4E4BA 3SUNA 1Q82O 2LF6A 3SV4A 4M3RA 3VMFB 1Z25A 3P83D 1LV5A 3EZWA 1KAZA 2YNFA 3VPZA 1NK0A 3VETA 3H08A 4BRKA 3P38A 4BGAA 4LF5K 3BUZB 4FO0A 4NXNK 2HNZA 4J2BA 1X3NA 1TUYA 5FPMA 2AP1A 2YHBA 1C0TA 4JKBA 2XRIA 1XMQK 3CF5L 1R59O 3ID8A 4Z94A 2FBYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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