3CFRA

Structure of the replicating complex of a pol alpha family dna polymerase, ternary complex 2
Total Genus 317
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
317
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA (5'-D(*DTP*DCP*DAP*DAP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DGP*D
publication title Insights into base selectivity from the structures of an RB69 DNA Polymerase triple mutant
rcsb
source organism Bacteriophage rb69
total genus 317
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3cfrA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3cfrA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cfrA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3cfrA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3cfrA03
1JLCA 4JLHA 3I0RA 1ASWA 4NYNA 2ATQA 1BL3A 3HPOA 5JS1A 2EHGA 4EZ9A 2PYLA 3KK3A 1WSJA 4O0JA 2FBTA 4I9LA 4CF9A 1WLJA 1QQCA 3AV9A 4KFBA 4OVLA 4CEDA 2HHTA 4FLZA 3AA3A 4RW4A 2KZMA 5DK5A 1RCHA 3OJSA 1WSFA 5HRRA 4ZTJA 3MXJA 4Z0UA 4IG3A 1U45A 1ZBHA 1UAXA 3KKRA 3LP3A 4OLAA 1KFDA 1VSIA 4M3UA 1XHXA 4CECA 1UA0A 2DTUA 3SNNA 1RILA 4C8OA 1VRTA 3TAPA 3C94A 3DYAA 5EU7A 4M3YA 3ULDA 3ZSQA 3KK1A 4E0DA 4FLYA 4HCBA 5KGXA 5FDLA 2D0BA 2GV9A 4N5SA 4O55A 3SV4A 1TKDA 2VG6A 4EP5A 4AHRA 1TK0A 2G8IA 2X6SA 1JLBA 3CFPA 5C24A 3V1QA 3L2UA 4BDYA 4E19A 5FRMA 3MECA 3TAFA 3TWHA 3QEXA 3HYFA 2XY6A 1BISA 4FJ7A 4JS4A 5KI6A 4BDPA 4DTSA 3JSMA 1QE1A 1EXQA 1I3AA 3D0PA 2Q3SA 3RTVA 3NF6A 2F8TA 1IKVA 1HYVA 4Z4HA 3QETA 2YNGA 3WNFA 4HUFA 3VQEA 1UWBA 4KAZA 1S9GA 1KLMA 4B8AB 2XO7A 3DLKA 1QTMA 2Z1HA 3RRHA 3CM6A 3OYBA 4CJ5A 4ID1A 3DLGA 1EP4A 3ZSXA 1S1UA 3OYJA 5J2QA 4OPJA 2IC3A 4FJNA 3BDPA 4GMJB 3OYLA 4E3SA 1ASUA 2R7YA 1NKCA 1S1WA 3K5MA 2EX3A 3M8PA 4CJUA 4I9QA 2G8WA 4R5PA 1IKWA 1BCOA 2YKNA 5K14A 1HRHA 3VA3A 5D3GA 3OVNA 1XC9A 3RMAA 3P1GA 4DQPA 3SZ2A 4ICLA 3IG1A 1UA1A 2PZSA 4QCLA 3K2PA 4F3TA 3RR7A 4H4MA 1IKYA 3TI0A 2Z1IA 3C95A 4J2BA 2DFEA 3AO3A 3P83D 4HTUA 5CY4A 1VSDA 4ELUA 1RNHA 2OPQA 3BGRA 1C0UA 3QEIA 1Q9XA 1ASVA 3ZT3A 4CK3A 4Z4GA 1YTAA 3V9UA 2YHAA 3AVAA 3AVKA 3DOKA 4KHNA 3QO9A 4LH4A 5CYMA 4FJ5A 4H8KA 2YHBA 1S1XA 1XWLA 2HNDA 3SUPA 1ZBFA 1RBTA 3AVLA 3KKSA 2OPPA 3WNGA 4JRPA 2Y1IA 3O4QA 4IFYA 3NF9A 3F9KA 5T7BA 3RWUA 3HJFA 4FJJA 3NGIA 2DFFA 1G15A 4CJWA 3DMJA 1T05A 1MU2A 3SUOA 5J1EA 2XHBA 2WONA 3PX4A 3OYIA 4QOZB 4I2PA 3OYGA 1S1TA 2ZQBA 4DTUA 4KHWA 4EP4A 3C6TA 4IG0A 4W5OA 4B9TA 4IBNA 2RKIA 1IKXA 2YV0X 1REVA 3OYHA 4FLUA 4FXDA 2XY8A 1NK7A 1NK4A 4LD0A 1VSMA 2D0CA 3I8DA 3QERA 4KKOA 4Q5VA 1X1PA 4M3ZA 4E7HA 3UIQA 3PX0A 5HBMA 1KRPA 4KO0A 3CM5A 4CK2A 3IS9A 1NKBA 1LAVA 3V9XA 3NF8A 4B9NA 1D5AA 2YNFA 3AVFA 3KD1E 1JL2A 4CHYA 3SUQA 4OGEA 4RW6A 4OLBA 5CYQA 1FK9A 2OPSA 4E7KA 4FK2A 1QSYA 3DLHA 1U04A 3AVJA 2AJQA 1LW0A 4O0IA 3MEDA 4M45A 4DTMA 1C1AA 3SQ0A 1RBRA 3M8QA 1LWFA 4BE2A 2KFZA 4CJVA 4CIGA 5KRSA 3S3NA 3E01A 3KJVA 3K58A 3S3OA 3LWLA 1TKXA 3CG7A 1RDDA 1NKEA 4B9VA 1XHZA 3NHGA 1A5WA 2G8FA 4M42A 3DLRA 4WE1A 3KLIA 2HHSA 4ZTFA 3H08A 1X9MA 3D45A 5FRNA 2W42A 3S3MA 1J54A 2F8SA 3LANA 4HVJA 1U49A 4MFBA 4AHVA 3AVIA 1B92A 1EETA 3QIOA 4CGDA 4HUGA 4CEOA 3L2RA 4BACA 1GOCA 4CIEA 4AHTA 3O3GA 3MEGA 1LV5A 3VQQA 1Q9YA 4CJ4A 4CIFA 4CJRA 1T03A 3AO2A 1O1WA 4CHZA 2VG7A 4CJ3A 4CF2A 4Z4FA 4IFVA 4B9SA 3VQBA 2G8VA 3VA0A 2QKKA 2IGIA 3I0SA 4GVMA 3SYZA 4I2QA 4AHSA 3VQPA 2B6AA 3C6UA 4N76A 3NH2A 5HLFA 1KVCA 3QIPA 4FLWA 4CGIA 1NK9A 3RRGA 4FYDA 3EZ5A 1IO2A 4DG1A 4PA1A 1TKZA 4Z4EA 3KLEA 1R0AA 3AO4A 5J2MA 4NCBA 2ETJA 1HQEA 3ISNC 1TV6A 3RMBA 1HYZA 3K5NA 1RT4A 3U3GA 2QKBA 3HT3A 3OYMA 3KTQA 4CCHA 3VQ7A 3S9HA 1VSEA 4FM0A 4AHUA 2BDPA 1Z26A 4FW2A 3K59A 3HP9A 3ZSVA 3K5LA 1KLNA 1GOBA 3DM2A 5J2PA 3V9WA 4LSLA 1YT3A 1L3UA 2X6NA 3V9SA 1RTHA 1TAQA 3TARA 1SL0A 1BQMA 4DQSA 4C8NA 3V9ZA 3OJUA 4BDZA 2HMIA 3OYDA 3M8SA 1NOYA 4FLVA 1N5YA 2DY4A 5I42A 5HRSA 3HVTA 4TSXA 4DSFA 3V81A 5HROA 4F4KA 1CZBA 5C25A 5HP1A 1KFSA 3O4NA 4CJEA 5I3UA 1WAJA 3T3FA 3SQ1A 3NAEA 3LAMA 1GOAA 3AVBA 4CJTA 2GBZA 2P1JA 3PO4A 3SJJA 2E4LA 3L3VA 3AO1A 2G8KA 4FLXA 3FFIA 4FCYA 4CHQA 3OYNA 4KHSA 1RT2A 1DLOA 4DTRA 4M3XA 1VSFA 3QLHA 2HVHA 3ZT0A 4E7JA 1S9EA 2HHVA 2NUBA 3HSTB 3V1RA 4CEEA 1TKTA 4C8MA 3OS1A 2A1RA 2A1SA 3THVA 3O3HA 2IOCA 4KREA 3T19A 1HMVA 1EX4A 3CYMA 4CJPA 4B9LA 5E41A 1A5XA 3V1OA 1IH7A 4CGJA 3NH1A 1S6PA 2OA8A 1A5VA 2FBVA 4DU1A 2VWKA 1HNIA 4CJFA 3NE6A 4I7FA 2XRIA 3KLFA 3DOLA 2DFHA 2KQ2A 3LP2A 1ZYQA 3QESA 2P51A 4FJGA 3VN5A 4J2AA 2XY7A 3IRXA 5KRTA 4CHPA 2OYQA 2KZZA 4NCGA 1RTIA 4KHUA 4W5QA 3SCXA 4DQRA 1WSEA 3ALYA 4F2SA 3TANA 2VWJA 3DLEA 2FBXA 3V6DA 3K5OA 4DU4A 4H4OA 3MEEA 3O3FA 1TL1A 2E6MA 3MXIA 4CERA 2PY5A 4GW6A 1I39A 3OYAA 4C8KA 1JXBA 4FJHA 4EZ6A 2RN2A 3PX6A 4XIUA 4DSIA 4NCAA 3DRPA 1RBVA 2IS3A 1JLGA 4HUEA 4FVMA 3L2QA 4W5NA 2RPIA 4O5BA 4CEBA 2P5GA 4DSJA 4DS5A 1W0HA 4ELVA 2QK9A 4DTXA 4FM2A 1VK0A 3G10A 4B8CA 4F8RA 3ZT2A 1TK8A 4BWMA 3EYZA 1JLEA 1N6QA 2I5JA 1CZ9A 3NFAA 1RT3A 4K8ZA 3CFOA 4KV8A 4FW1A 3OYFA 1SKRA 1U47A 2ITGA 1YTUA 1J5OA 3KLHA 1HPZA 2B4JA 1WAFA 3AO5A 1RBSA 4CJLA 1K6YA 3TR8A 3ZSWA 3OS0A 1BHLA 4MQ3A 3AA5X 3OYEA 2OZSA 1TGOA 2HNYA 1TAUA 1DTTA 3VQAA 4KHYA 3AVCA 4KPYA 1S6QA 4DF4A 3ZT4A 4B9MA 1VRUA 1FKPA 3SPYA 3ZT1A 3AVNA 2Z1JA 4Z4CA 4LSNA 4O44A 3B6OA 1L3SA 2KTQA 1Z25A 5HRPA 3PO5A 2RF2A 1C1BA 4BE1A 1D9FA 4CJKA 4CEFA 4CJQA 1X9WA 2HW3A 2Y1JA 4LY7A 1LWCA 3ASMA 4CHOA 4PQUA 1J53A 1RT5A 1NJYA 3HVRA 3V4IA 3ITHA 1XI1A 2G8HA 1JL1A 3OY9A 2KW4A 3HL8A 1HQUA 4QAGA 2IAJA 4CEZA 3LPTA 1ZBLA 1B9FA 4CHNA 2D5RA 3VQDA 1WSIA 1SV5A 5HRNA 1RDCA 4DF8A 1SKWA 5KGWA 3EY1A 1JLFA 4LH5A 1D9DA 2QXFA 3DLBA 4FJIA 4IDKA 2HVIA 2Z1GA 4UQGA 2HHXA 4O4GA 3AVMA 1BIZA 3M8RA 3HO1A 1TL3A 3VQ8A 4Y1DA 3WNEA 3HP6A 3G0ZA 4DSKA 1BGXT 1C1CA 4M3WA 1Q8IA 4FK0A 3TAEA 4FJ8A 4AILC 2WOMA 3LALA 3K57A 4Q0BA 4OPKA 3U6FA 4E1MA 4KTWA 4E89A 1JKHA 2YKMA 4F2RA 4CFCA 1WNSA 4DFMA 4Y1CA 2ZD1A 4DQQA 1NK6A 3PV8A 2PYJA 4HCCA 4Z4IA 2BGGA 3OS2A 4DQIA 4DFKA 4FJXA 3ZSOA 1B9DA 2LSNA 4J2EA 1BQNA 2OPRA 4CF1A 3OYKA 3QEWA 1BCMA 2ZE2A 2JLEA 3B6PA 3T1AA 1NJZA 3RMCA 3U3YA 3SQ2A 1QSLA 4PY5A 1J9AA 3HPGA 4BWJA 4CK1A 3CQ8A 3QINA 4KI4A 1RT6A 3OYCA 1SL1A 4CF0A 3NBPA 4FJLA 3AVHA 4ZHRA 1CXQA 1KVAA 1UOCA 3TAMA 2P5OA 4PWDA 4RW7A 4FM1A 3DRRA 2BANA 4CFDA 1VSJA 4PUOA 4N56A 2OZMA 3AVGA 1L3VA 3MAQA 4FJ9A 3RMDA 2O4GA 3PUFA 3QEVA 4ID5A 4W5RA 1NJXA 3HK2A 5CZ2A 3LWMA 1JXEA 5J2NA 3KLGA 4E7IA 1LAWA 1L3TA 3CFRA 2VG5A 1KSPA 1QSSA 4CF8A 4B9UA 4AH9A 4ELTA 3TABA 3VQCA 3DI6A 1RT7A 3LAKA 4RW8A 4W5TA 1C6VA 4DLGA 2XY5A 4CFBA 3MXMA 2E6LA 4NYFA 1U48A 4CGFA 4DFPA 1SL2A 1TVRA 4FJKA 3SV3A 4M3TA 1VSKA 3SPZA 1VSHA 1VSLA 1KVBA 2B5JA 2HHUA 4KI6A 4CGHA 4IKFA 3KK2A 3L2VA 1NK0A 1QS4A 1C0TA 2IDOA 3NF7A 3SI6A 3QNNA 4G1QA 4OGCA 2X74A 4J2DA 1W9HA 3SQ4A 1T7PA 4DLEA 5SWMA 3NDKA 3NGYA 3VQ6A 4OJRA 4DSEA 1T8EA 1S1VA 4DFJA 3WNHA 3LZIA 4M3RA 3RR8A 4C8LA 2O4IA 2YNHA 4CGGA 4JRQA 2X78A 3TAQA 5DMRA 2GUIA 3ZSYA 4F3OA 3LDSA 1CXUA 4CE9A 4DTJA 4KRFA 1CLQA 1BI4B 2YNIA 4B08A 1FKOA 1YVUA 3LPUA 4E1NA 3IAYA 4KB1A 4E7LA 3HXMA 1NK5A 3AA4A 5CZ1A 4L8RB 2FC0A 4FK4A 1FXXA 4DTNA 5FROA 1L5UA 4DWIA 1BI4A 1X9SA 1U4BA 1ZBIA 3VQ9A 4DTOA 4YFUA 4K8XA 4KB0A 2HNZA 3L2WA 1QHTA 2F96A 1BIUA 4M41A 3LP0A 1LWEA 1NJWA 3HM9A 1F21A 1Y97A 4OKKA 3VQ4A 3AA2A 4DU3A 3L8BA 2D0AA 4FLTA 1WN7A 1HYSA 1D8YA 1JLQA 1RT1A 1NK8A 3NGZA 4KHQA 4RG8A 3KIOA 3F73A 4DTPA 2KFNA 3ZCMA 4HHTA 4N41A 3JYTA 3QEPA 1HJRA 1IG9A 4JS5A 1TK5A 3DRSA 1C0MA 3QNOA 1RDBA 1EKEA 2FBYA 4CJSA 3ZSRA 3TAGA 4KTQA 1S5JA 1WSGA 4OKJA 4YNQA 2HB5A 1HNVA 1SUQA 1WSHA 4FZYA 1DTQA 3SUNA 4DMNA 2HHWA 1SKSA 3A2FA 4AHCA 5JS2A 1JLAA 4N47A 1LW2A 4KTZA 1NOZA 4FZXC 1RBUA 3LZJA 3P5JA 4CESA 4CEQA 3LP1A 3PY8A 4B3OA 2HHQA 3NCIA 3NH0A 1RTJA 1ITGA 4OKEA 3VQ5A 5KTQA 4DS4A 1RTDA 2G8UA 4FJMA 5SZTA 4BE0A 1ZBUA 4CEAA 4FZZA 1RDAA 3L3UA 3HPHA 4RW9A 4CFAA 1KCFA 4DSLA 5C42A 1KTQA 2BE2A 2JGUA 3KD5E 3ZSZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3C65A 3TSPA 1LAVA 3V9XA 2P9LA 1NKBA 3NF8A 5IT9O 2E8AA 4Z94A 1KXPA 1T6CA 5CYQA 1VQ4N 3DLHA 1U04A 3R1XA 3MEDA 1C1AA 5AQMA 2P9NA 3BY5A 3BZCA 3CERA 3S3OA 3CG7A 4B9VA 1A5WA 3AGKA 3DXKA 4M42A 4DV3K 1ATNA 4ZTFA 1FZ9E 4A2BA 2W42A 5AJ3K 1EWQA 1FZHE 4B1VA 1U49A 2Q0UA 4HUGA 3K9JA 4ISFA 3L2RA 5KPRA 2O8CA 4CZFA 3SMSA 4CZMA 4CJ4A 4Z4FA 3CJ1A 4CHZA 4CJ3A 1XMQK 3H6EA 4IFVA 4ISGA 5F0XA 2V51B 4GVMA 3VQPA 4LF6K 1X9JA 3KWGA 5HLFA 1KVCA 4CGIA 4FYDA 2UUCK 5AQRA 1VQON 2NNWA 1IO2A 5BR8K 3JXUA 4B1YB 2JWLA 1R0AA 4FWRA 4OO1J 2ETJA 4LF9K 4DV4K 1HYZA 3EO3A 2QKBA 3U3GA 3C0BA 3IDHA 2ZWHA 1XNRK 2P9IA 1NBWA 3O9UA 1Z26A 1GOBA 1YT3A 2QM1A 1NGIA 3BF3A 1RTHA 3L4QA 4U67L 3V9SA 3TARA 1SL0A 2ASPA 3WQTA 4NLCA 4BDZA 1BWFO 3ID8A 2E31A 3OYDA 1N5YA 4RTFD 2MMBA 5HRSA 4TSXA 4JI5K 2CGKA 2CH6A 3CCSN 1O13A 2P9KB 2E4LA 2G8KA 4KHSA 1DLOA 5AQZA 5ADXH 3ZT0A 1S9EA 1DEJA 4QS8A 3O1BA 1TKTA 5BPLA 5BR9A 4C8MA 3THVA 2QWQA 4KREA 4CZHA 3CYMA 4BRLA 4B9LA 2F7TA 4AM6A 1S6PA 1A5VA 2FBVA 3FZKA 3LM9A 2ZJQL 4J2AA 5KRTA 1SQKA 4DQRA 3SCXA 4EYWA 2HF3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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