3CFRA

Structure of the replicating complex of a pol alpha family dna polymerase, ternary complex 2
Total Genus 317
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
317
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA (5'-D(*DTP*DCP*DAP*DAP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DGP*D
publication title Insights into base selectivity from the structures of an RB69 DNA Polymerase triple mutant
rcsb
source organism Bacteriophage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 317
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3cfrA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3cfrA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cfrA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3cfrA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3cfrA03
4CGJA 4W5OA 3OYEA 4W5RA 3V9UA 1Q9XA 3CYMA 4J2EA 4CERA 3F9KA 3HJFA 2IOCA 3SYZA 1L5UA 2LSNA 4EP5A 3AVMA 1B9DA 1SUQA 3T1AA 2GUIA 2XHBA 1BQNA 2XRIA 4DSKA 2D0BA 4TSXA 3QLHA 1ZYQA 4BDPA 4OKEA 1VK0A 1RBSA 4E7LA 4FK2A 4J2AA 1CLQA 4FLTA 3B6PA 1S6QA 4FW1A 1B92A 4CK3A 1VSJA 5KRSA 3OYJA 4ZTJA 1RBUA 3VA0A 1WNSA 3OYFA 1W9HA 2HB5A 3DLGA 3ISNC 3SZ2A 1KFDA 3DLKA 4KHWA 4FLXA 1ITGA 1S1TA 2YHBA 4DQSA 4CHNA 4QAGA 1HQEA 1JKHA 3AVLA 3QNOA 1RT2A 4DS4A 3EZ5A 1NK9A 2BE2A 4KTZA 3AVIA 1IKWA 1ZBFA 2QK9A 3VQBA 4HCBA 3CFPA 3LZIA 3RR7A 3NGZA 2R7YA 1L3TA 3SPYA 4M3TA 1BCOA 2EX3A 1I39A 2DFFA 2KW4A 4WE1A 4CFBA 4CGGA 3QESA 1D5AA 4M42A 1LAWA 1NK8A 1X9MA 1RBRA 3I0RA 4CJKA 4KRFA 2WOMA 4KHNA 4KHUA 1YTAA 1QSYA 3P5JA 4AHUA 4CFAA 3V9XA 4NYFA 4CJ3A 4CJLA 2AJQA 3HK2A 3DRRA 4DSIA 3KLFA 5JS1A 1REVA 5SZTA 4CJUA 3NH0A 3OS1A 1U4BA 1Z26A 4CGFA 4DQPA 2HHWA 3OVNA 3HP6A 5HLFA 4E7KA 2HHQA 2YNIA 1Y97A 4CEZA 4OLBA 1NJXA 4F3TA 2YKMA 1TV6A 2PYJA 3O3HA 3AO2A 3EYZA 4PA1A 2Z1GA 3DOKA 3V1OA 1U04A 1S5JA 1HJRA 4C8NA 1GOAA 1T05A 3LALA 2PY5A 1VSHA 4OGCA 3V9SA 3LPUA 3O3FA 1TL1A 2IC3A 4B8AB 3AVKA 4IDKA 2GBZA 1QHTA 5C42A 2P5GA 3H08A 3OYMA 1JL1A 3VQ5A 2VWKA 1EXQA 3KLIA 4BACA 3PX0A 1RNHA 3V9ZA 3K2PA 3O3GA 1VRTA 4NYNA 3NF6A 1IG9A 4W5QA 3PX4A 1JLQA 1ASUA 4M41A 3AO4A 3NHGA 5HBMA 3TR8A 1XI1A 4EZ9A 1KVBA 1VSIA 3HVRA 4CF8A 4HTUA 3ITHA 2W42A 2KZZA 2OYQA 1ZBUA 1C1BA 1WSGA 1D8YA 4BWJA 3ZSZA 3NH2A 4DU4A 1HNIA 2PYLA 3ZT2A 3L3VA 1EP4A 3LP0A 2YNHA 1NJZA 4LSLA 2YV0X 1CZBA 5E41A 4Z4GA 3CM5A 3VN5A 4CIGA 4BE2A 4LY7A 4B9NA 2B4JA 2HVIA 4BE0A 3OYKA 1WLJA 2QXFA 2IS3A 4FJKA 3VQ8A 3CM6A 1S1UA 3TAFA 4AHRA 2IAJA 1N5YA 2QKBA 3L2RA 1S1VA 3NE6A 4CEBA 3LAMA 4CK2A 3SUNA 3BDPA 4ELUA 2O4IA 3JYTA 4M3WA 4DSEA 3CFRA 3HYFA 3VQPA 3OYLA 3NF9A 2D0CA 3K5OA 3ZT1A 1FKOA 4FJ5A 3QEIA 5CYQA 4KB1A 1S9EA 3IRXA 3UIQA 4DFPA 5FROA 1NOYA 2ZE2A 4DSLA 3RWUA 2JLEA 1T8EA 1QE1A 4KI6A 4CEDA 3OYBA 2HHUA 4KREA 1WAFA 1BGXT 2HNZA 4CGIA 1BIUA 2FC0A 3ZSYA 2OZSA 3K59A 1XC9A 1JLCA 3M8PA 1N6QA 2ATQA 2WONA 3PUFA 2DTUA 4HVJA 2Z1JA 2XY8A 4KKOA 3LP2A 2FBXA 3ZCMA 2G8FA 1UOCA 3S3NA 3RRHA 1S1XA 3VQ9A 3CG7A 4CHOA 1KLNA 3LP3A 4FJ9A 3QERA 3QEPA 1RILA 4O5BA 4N56A 3SUPA 4E7IA 4I9LA 4CJEA 4DTPA 3OYIA 4CJ4A 3HPOA 4DTXA 1BIZA 3MXJA 4CF1A 4KAZA 1NOZA 4OKJA 2B6AA 4FLYA 3TARA 4KHQA 2Q3SA 3O4QA 4MFBA 4FJ7A 1GOCA 4HUFA 1LV5A 3S3MA 1TKZA 4FLVA 4AHVA 4CJVA 4M3RA 2ZD1A 4W5TA 4CF2A 5EU7A 4E0DA 4YNQA 1X1PA 3RRGA 4F2SA 1XWLA 3TAMA 1TKTA 1TK5A 1RTIA 3V1QA 3TI0A 2A1RA 2HVHA 2Y1IA 4E1MA 3V4IA 3SV4A 2HNDA 1NK7A 1SKRA 2F8SA 4OLAA 2VG5A 1EKEA 1TKXA 4YFUA 3CFOA 1BHLA 1VSEA 2XO7A 3C94A 1UAXA 1JLFA 3VQDA 3S3OA 2OA8A 2YKNA 3ZSWA 2E6LA 1F21A 5KGXA 4B3OA 2Y1JA 2HHXA 4I2QA 1KTQA 4L8RB 3RMAA 5C24A 1CXQA 3T19A 4CEQA 1UA1A 4FYDA 2KTQA 3OS2A 1C0TA 1C1CA 1Q8IA 4PUOA 2HHTA 4FK4A 1RTJA 4RW9A 4Z4CA 4CFDA 4DTJA 2KZMA 4B9SA 4DTNA 4FLZA 2EHGA 2XY6A 3TAEA 4DSFA 4W5NA 1T03A 2ITGA 2O4GA 2I5JA 3ULDA 3MEDA 3MEEA 4E1NA 3SQ1A 3DM2A 4FZZA 3KTQA 5FDLA 3AA4A 5HRRA 4CHPA 1BQMA 3KK2A 2E6MA 3DLBA 5J2QA 4N76A 4M3UA 2PZSA 4R5PA 3U3YA 2Z1HA 1SL1A 1KSPA 1UWBA 4F4KA 3DOLA 1SKWA 2X6NA 4NCAA 4FZXC 2D0AA 3VQ4A 1SL2A 3WNGA 1L3UA 1LAVA 4JLHA 1WSEA 4KPYA 3TAQA 1ZBHA 3LZJA 4I2PA 4IBNA 4ELVA 1S6PA 3QETA 4HUEA 3SQ2A 3G10A 3B6OA 3HPHA 3AVJA 3NH1A 1L3VA 1HRHA 4RW4A 4C8OA 1HYZA 4DU1A 1A5XA 3QEVA 1J53A 4KTWA 4KHYA 1TVRA 4LH5A 1TK0A 2G8HA 4CJQA 2BDPA 1QS4A 3NF7A 4C8LA 1NK6A 4M3YA 3HT3A 4CK1A 3HP9A 3I8DA 3F73A 3LDSA 5D3GA 4RW7A 3OJUA 4DTMA 1WSHA 4IG3A 3SQ4A 1KVAA 2FBTA 3HPGA 3WNHA 1QTMA 1QSLA 2G8WA 1LWFA 1BI4A 1B9FA 4ZHRA 1DTTA 4CHZA 1RBVA 3HO1A 4M3XA 4FM2A 4CHYA 1C6VA 4CESA 1IKVA 3DMJA 4CJPA 1XHXA 3OYDA 3KLGA 4Q0BA 1TKDA 4CEEA 1A5VA 3IG1A 1BL3A 2RPIA 1U45A 3KD1E 5FRNA 1UA0A 4FJMA 2G8IA 4G1QA 4JRPA 4AHCA 4K8ZA 3OYGA 3V6DA 2VWJA 3L2QA 4JS5A 3M8RA 4Q5VA 3NCIA 4O4GA 3HL8A 1IKYA 4DSJA 4RW8A 1C0MA 4B8CA 1TGOA 4CJ5A 1NK4A 3U6FA 5KTQA 3A2FA 1JLBA 3AVNA 3DLEA 4O55A 4CF9A 2YNFA 3KK1A 1XHZA 2F8TA 2Z1IA 4GW6A 5KGWA 4KFBA 1R0AA 1YTUA 3KD5E 3NFAA 4DTOA 1D9FA 1HYSA 2YHAA 3DLRA 4RW6A 1WN7A 4B9VA 4DFJA 1IO2A 1RCHA 4O0JA 3HM9A 3EY1A 2HHVA 1RT4A 4B9TA 3QIPA 2VG7A 3U3GA 3HSTB 3E01A 4EP4A 2P51A 1FK9A 1RDDA 5J2MA 1RTHA 4FJXA 4CJRA 4LH4A 4BE1A 3SV3A 3VQAA 2OPRA 3AV9A 4CJSA 2QKKA 2RN2A 5I42A 1J5OA 4NCBA 1VSMA 1WSFA 2ETJA 3I0SA 4B9MA 1NJYA 1HMVA 5J1EA 3RMBA 1JLEA 5K14A 4FJGA 5HRPA 1S1WA 4C8MA 4FW2A 3VQEA 1YT3A 3V1RA 3AO3A 1NK5A 3SJJA 3DYAA 1EX4A 2BGGA 4CCHA 1VSKA 4FJLA 1T7PA 5CY4A 1NKEA 4Z4HA 4PY5A 4J2DA 1HNVA 1RTDA 3FFIA 4FJIA 2IDOA 4H8KA 2HW3A 3TABA 1KFSA 4KB0A 1CZ9A 3SUQA 3LWLA 2G8KA 3OYCA 4FLUA 4DQQA 1L3SA 4H4MA 5SWMA 1TAUA 1BCMA 4B08A 4AHSA 3TWHA 4HCCA 1ZBIA 4QCLA 4B9LA 4PWDA 3TAGA 3L3UA 4DF4A 4ID5A 1IH7A 1LW2A 3KLEA 1QQCA 3L2VA 1LWEA 2RKIA 3WNFA 1VSFA 2P5OA 3MXIA 3LAKA 3IS9A 2FBVA 3SQ0A 4H4OA 1DLOA 3JSMA 1I3AA 3SPZA 3RMDA 3P1GA 1TL3A 4DWIA 3QO9A 3AVCA 4DG1A 3QNNA 4GMJB 4FK0A 4IG0A 1BISA 2OPSA 4M45A 1J9AA 4OPJA 4ELTA 4Z4IA 3P83D 4KTQA 1KRPA 2OPPA 3THVA 5KRTA 3K57A 3ASMA 3IAYA 4Z0UA 1WAJA 3K5MA 4F3OA 3BGRA 5CYMA 2FBYA 3TANA 1ASWA 4CFCA 4K8XA 4DS5A 4IFVA 3DRSA 3AO1A 4CECA 5JS2A 4OGEA 3WNEA 2OPQA 4CJWA 4DFKA 2XY7A 3L8BA 4E3SA 1ASVA 4Y1DA 2DY4A 3OYNA 1X9WA 4GVMA 3V81A 4FVMA 4AILC 4KO0A 4DLEA 4IFYA 1LWCA 2OZMA 3QINA 2BANA 3DLHA 4EZ6A 4CEOA 3AVBA 5HROA 4AHTA 5HP1A 4Y1CA 2X74A 3T3FA 3C6TA 5HRNA 4ICLA 1RT1A 1C0UA 1VSLA 3O4NA 4O0IA 2G8VA 4CJFA 4M3ZA 3ZSVA 2RF2A 1DTQA 1BI4B 3NGYA 4OJRA 5FRMA 3AVFA 4CF0A 3MXMA 4B9UA 4FXDA 1K6YA 3ZSOA 1A5WA 3QEWA 4CGDA 3MECA 4CEAA 4CJTA 4DTSA 3OY9A 4DF8A 1YVUA 4N47A 2P1JA 1GOBA 2ZQBA 3ZSXA 1C1AA 1RDAA 1RT3A 4KI4A 4RG8A 4E19A 3AVAA 1HQUA 1X9SA 2DFEA 4MQ3A 4DFMA 4I7FA 3VQ6A 4E7JA 4ZTFA 1NKBA 2NUBA 5CZ1A 4F2RA 3NDKA 3AA5X 3L2WA 1D9DA 3QEXA 4DTUA 3AO5A 4BDYA 1U48A 4FM0A 3NAEA 1W0HA 4CGHA 1WSJA 3AVGA 1Z25A 4NCGA 4DQRA 1KVCA 1U49A 3C95A 4FLWA 1RT5A 4KV8A 3PO5A 3KJVA 2B5JA 3ZSRA 3ZT3A 1VSDA 5C25A 4FJ8A 5DMRA 1SV5A 3VQCA 4FCYA 1SKSA 3CQ8A 4FZYA 3LPTA 3AA2A 3ZSQA 2X78A 1FXXA 4CE9A 4FJNA 3OYAA 2VG6A 1JLGA 4FJJA 1S9GA 4E7HA 1SL0A 4DU3A 2A1SA 3D45A 4UQGA 2D5RA 3OS0A 3LWMA 3K5LA 1NJWA 4Z4EA 2KFNA 3LP1A 4FJHA 3SCXA 1CXUA 1JXEA 3AVHA 3NBPA 3C6UA 4N41A 1LW0A 3AA3A 3SNNA 1G15A 5KI6A 2HHSA 2YNGA 3D0PA 4I9QA 2XY5A 5HRSA 4QOZB 3KK3A 4O44A 4KHSA 2X6SA 3HXMA 3OYHA 2JGUA 4DLGA 3KIOA 1HYVA 1RBTA 1Q9YA 3TAPA 4DQIA 3PO4A 4OKKA 2DFHA 1O1WA 1HPZA 3KKSA 4Z4FA 1RT7A 2KFZA 4PQUA 1JXBA 3G0ZA 3RMCA 3NF8A 4DTRA 5CZ2A 3S9HA 4FM1A 4OPKA 4CEFA 1VRUA 3M8SA 5J2NA 1U47A 3PY8A 4C8KA 4ID1A 1RDCA 1IKXA 4J2BA 3NGIA 1JLAA 3SI6A 1ZBLA 3SUOA 2E4LA 3MEGA 3ZT0A 3MAQA 1NKCA 1JL2A 2GV9A 3PV8A 3LANA 1RDBA 3K58A 4JS4A 1RT6A 1NK0A 3PX6A 3KLHA 4N5SA 2KQ2A 4F8RA 3RTVA 4E89A 1WSIA 3DI6A 4XIUA 5T7BA 3ALYA 4OVLA 1TK8A 4HUGA 2HNYA 3VA3A 4JRQA 1FKPA 4LD0A 5I3UA 4CHQA 3OJSA 2F96A 3ZT4A 2G8UA 3M8QA 3KKRA 3DRPA 5DK5A 1KLMA 4DMNA 1TAQA 1KCFA 4CIEA 3K5NA 4HHTA 3RR8A 4LSNA 4IKFA 4CIFA 3VQQA 2HMIA 3V9WA 3L2UA 3QIOA 4AH9A 1J54A 1MU2A 3HVTA 1QSSA 1EETA 4BDZA 5J2PA 2IGIA 4BWMA 3VQ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1JXB A;  3G0Z A;  3RMC A;  3NF8 A;  4DTR A;  5CZ2 A;  3S9H A;  4FM1 A;  4OPK A;  4CEF A;  1VRU A;  3M8S A;  5J2N A;  1U47 A;  3PY8 A;  4C8K A;  4ID1 A;  1RDC A;  1IKX A;  4J2B A;  3NGI A;  1JLA A;  3SI6 A;  1ZBL A;  3SUO A;  2E4L A;  3MEG A;  3ZT0 A;  3MAQ A;  1NKC A;  1JL2 A;  2GV9 A;  3PV8 A;  3LAN A;  1RDB A;  3K58 A;  4JS4 A;  1RT6 A;  1NK0 A;  3PX6 A;  3KLH A;  4N5S A;  2KQ2 A;  4F8R A;  3RTV A;  4E89 A;  1WSI A;  3DI6 A;  4XIU A;  5T7B A;  3ALY A;  4OVL A;  1TK8 A;  4HUG A;  2HNY A;  3VA3 A;  4JRQ A;  1FKP A;  4LD0 A;  5I3U A;  4CHQ A;  3OJS A;  2F96 A;  3ZT4 A;  2G8U A;  3M8Q A;  3KKR A;  3DRP A;  5DK5 A;  1KLM A;  4DMN A;  1TAQ A;  1KCF A;  4CIE A;  3K5N A;  4HHT A;  3RR8 A;  4LSN A;  4IKF A;  4CIF A;  3VQQ A;  2HMI A;  3V9W A;  3L2U A;  3QIO A;  4AH9 A;  1J54 A;  1MU2 A;  3HVT A;  1QSS A;  1EET A;  4BDZ A;  5J2P A;  2IGI A;  4BWM A;  3VQ7 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W5O A;  2YJF A;  1XL3 C;  1W7A A;  4J2E A;  4QNC A;  4DV5 K;  3F9K A;  3HJF A;  3M1F A;  2V51 B;  4GKJ K;  4EP5 A;  4JD2 B;  1B9D A;  1SUQ A;  2O8E B;  4ADN A;  5EY4 A;  4DSK A;  1BQN A;  4JK7 A;  1NU0 A;  3IFR A;  3D2E B;  1ZYQ A;  4PHT X;  4FLT A;  4CK3 A;  1O13 A;  1K8K A;  1NJZ A;  3K9J A;  4ZTJ A;  1VSJ A;  1E4G T;  3VA0 A;  1FZI E;  1W9H A;  3ISN C;  4FLX A;  1ITG A;  2YHB A;  4DQS A;  4CHN A;  3AVL A;  3FE1 A;  1U2V B;  3ZYY X;  3R9P A;  1NK9 A;  2O8B B;  3AVI A;  3CFP A;  3JS6 A;  1XVF E;  3SPY A;  3VEX A;  1BCO A;  2KW4 A;  1K8A O;  1X9M A;  1D5A A;  2D0O A;  2WOM A;  1YTA A;  4J8F A;  1QSY A;  4CJ3 A;  4RCH A;  4F9O A;  3DRR A;  2IIR A;  5JS1 A;  5DM6 L;  4BC2 A;  4BRE A;  2UXD K;  4E1J A;  3J7A P;  2HHQ A;  1FZ5 E;  1Y97 A;  4OLB A;  1YJW N;  2YKM A;  3AO2 A;  4FOE A;  1U04 A;  3CPE A;  4C8N A;  1T05 A;  3LAL A;  4JKA A;  4OGC A;  1MA9 B;  3MN7 A;  1TL1 A;  3G25 A;  3O5B A;  3AVK A;  1NGB A;  2GBZ A;  1QHT A;  4CZM A;  3BEX A;  3PX0 A;  3TJY A;  3CJ7 A;  3A5O C;  3O3G A;  1XNR K; 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