4DTNA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp opposite an abasic site and dda/dt as the penultimate base-pair
Total Genus 334
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
334
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 334
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtnA03
3LANA 4CJ3A 3U6FA 1C0UA 4DTXA 2P51A 1HQEA 3OS2A 2HW3A 3PO4A 4CIFA 3EYZA 3U3YA 4CFAA 4NCGA 4N41A 5FRNA 1X1PA 3VQ7A 4J2AA 3OYBA 3SQ2A 4CJRA 1VSJA 2JGUA 1HYZA 3IG1A 1S6QA 3O3HA 1HRHA 3ZSQA 4DF4A 1RBRA 1LWCA 3KIOA 2QXFA 3NH2A 3VQ9A 3LP3A 3CM5A 4IG0A 4KRFA 4M41A 4CJ5A 1UA1A 1ITGA 4BDZA 4DU1A 2G8WA 3NF6A 2BGGA 3K5LA 3ZSOA 2HHWA 4UQGA 4E7JA 4FJ7A 2OPQA 5J2QA 2BDPA 4OGCA 1L3TA 3TAFA 4FJJA 4FZXC 5FDLA 4Y1DA 3V9WA 1BL3A 4KHWA 3M8QA 2HHVA 3V9UA 3OYCA 2ZQBA 4OKKA 1BI4A 3VQPA 4RG8A 4FJXA 3ZT0A 4C8KA 1D9FA 4FW2A 4FZZA 4Z4CA 3S9HA 3LALA 5CZ1A 4PWDA 4CEOA 4CJVA 3LPTA 3TR8A 2B5JA 2QKKA 3ZSWA 4KHQA 3NGYA 1SKWA 2G8IA 2HHUA 4CGJA 1G15A 3OYAA 1VRUA 2FBTA 2Z1JA 1VRTA 3HYFA 3V1OA 4CJTA 4CJPA 3L2QA 3D0PA 1VSKA 1SV5A 4CJWA 2GBZA 3PV8A 4FJGA 1C1BA 1NK8A 4DQRA 3NE6A 2HHXA 1VSIA 1T8EA 3VQAA 4B9LA 3AVLA 3NH1A 4FJIA 2D0AA 3OYLA 4IFVA 4CIGA 1JL2A 4IBNA 3SUPA 1JXBA 1SL2A 3SUQA 4E89A 4HUFA 3PX4A 4B9UA 3KLGA 1K6YA 2PY5A 4PY5A 1RT4A 4CEBA 4JLHA 1F21A 1BISA 4KB0A 1REVA 2QK9A 1CZ9A 4Q5VA 3AVBA 3AVGA 2IGIA 1A5WA 2D0CA 3VN5A 1KCFA 3G10A 5HBMA 2VWKA 1NJZA 2Q3SA 4DFKA 3RMAA 4ELVA 3ZT4A 5JS1A 5KTQA 3PO5A 4B9TA 3TAMA 3ZSYA 4B8AB 3PX6A 1KFSA 5HRSA 3LP0A 1WSJA 4KPYA 4O0IA 1S5JA 1DTTA 4CEQA 1GOAA 1S1VA 4RW9A 4FLXA 3CFOA 3KD1E 4HHTA 2OZMA 3UIQA 3LAKA 3RTVA 2HVIA 2DY4A 3JYTA 4DFPA 3RR8A 4J2EA 1KTQA 1BQNA 4AHUA 4HTUA 1JLEA 3KLIA 1WSEA 4BWJA 4N5SA 1DTQA 1FXXA 1JLBA 4I2PA 4NYNA 4KI6A 2G8UA 1JLGA 1RDDA 2Z1GA 4Z4GA 2F96A 3VA0A 1S9GA 4FLZA 4KFBA 2KTQA 4DSFA 4CEZA 4FJLA 4B08A 4CGIA 2X74A 2XY6A 3OVNA 1BIZA 2VG7A 3AVFA 5SZTA 3SV4A 3SYZA 2GV9A 1S6PA 3P83D 4DS5A 3S3NA 5HLFA 3AVAA 1NKBA 5J1EA 4KHYA 3KJVA 2EX3A 4DFJA 2WONA 4PQUA 4CJLA 4RW8A 1QTMA 3L2VA 3M8RA 3WNGA 4HVJA 1WSFA 3VQ6A 3E01A 2X6NA 4W5NA 1T7PA 4DQPA 2KQ2A 4CJEA 1JLAA 2I5JA 4OVLA 5E41A 4N56A 3KLFA 1RDAA 2VG5A 1FKOA 3F9KA 3LPUA 4EZ6A 1VSLA 1KRPA 1L3SA 4FJKA 4GMJB 4CK2A 2G8VA 2ITGA 1EP4A 4CESA 4BE2A 4NCAA 4MQ3A 3ZCMA 1N5YA 4CJFA 4ELTA 2O4IA 4IFYA 4FM2A 3AVIA 4OKJA 4OKEA 3QEIA 4M3WA 4CGDA 1ASUA 4FLYA 3VA3A 1S9EA 4J2BA 4M3YA 1JLCA 2HNZA 4IDKA 5KI6A 3MAQA 1TGOA 4HCBA 1C1AA 4HUEA 1R0AA 1U4BA 1RCHA 4ICLA 4E1NA 3PUFA 4DSIA 2BANA 4CF8A 4CFBA 1BQMA 5KGXA 1LV5A 1N6QA 5DMRA 4H8KA 3RMDA 4K8XA 2P5GA 1IKVA 4CFCA 4ZHRA 4JRQA 4W5QA 4NYFA 3KK1A 3QEPA 3AO4A 3RR7A 1HPZA 3SI6A 3NCIA 5K14A 3TI0A 2BE2A 2PYLA 1HMVA 3QO9A 1KFDA 1NK9A 4E7HA 1SKSA 4ELUA 1HNIA 3HXMA 1D9DA 4BE0A 3AVNA 1S1WA 1D8YA 3NF7A 3VQ8A 4FYDA 4DTUA 2JLEA 2P1JA 1WLJA 1JXEA 3OYEA 1XC9A 2D0BA 1YVUA 4DWIA 4W5OA 1QHTA 2E6LA 3HO1A 3HT3A 1RTDA 4E19A 3OYNA 4ID5A 4CGGA 3QEXA 4AILC 1IKYA 2YHBA 2OPSA 2YNFA 3NGZA 3SCXA 3OYMA 3F73A 4MFBA 3NH0A 2ETJA 3TANA 2G8KA 3HK2A 4OGEA 5KRSA 3V9ZA 1EX4A 1EETA 2E6MA 3MXMA 1TAQA 5HRNA 5SWMA 1RBTA 3NBPA 1S1XA 3SNNA 1W9HA 3KKRA 4CK1A 4KHSA 3OJSA 1XWLA 3HP6A 4E1MA 4RW6A 4M3TA 3WNEA 1X9MA 4KO0A 1IO2A 3QNOA 3C95A 2HHTA 4F4KA 3DMJA 3VQCA 4M3UA 2YNHA 3L3UA 3RMBA 3CYMA 1TL3A 1SL0A 1RTJA 3DRSA 3AA2A 2XRIA 4CIEA 3V4IA 1QQCA 1GOBA 1TK8A 2EHGA 3DLRA 4CHYA 3KK3A 4CHQA 1JKHA 3AV9A 5J2MA 4M3ZA 3KKSA 3DOLA 4W5RA 5FROA 4Z4HA 4DU3A 3NF9A 4CECA 1SL1A 4CJUA 3T1AA 4BWMA 4LY7A 1WN7A 2KZZA 4J2DA 1J54A 1LW2A 4ZTJA 2HHQA 4B8CA 1JLQA 4DSJA 2F8TA 4AHCA 1S1TA 3U3GA 1NJWA 4DTSA 5HRPA 3K2PA 1NK6A 4E0DA 1BGXT 1B9FA 4DU4A 3HSTB 3K5OA 3LWMA 3L3VA 3SUNA 4TSXA 3QNNA 1ZBFA 4NCBA 4CJSA 1A5XA 3HM9A 1KVCA 3L8BA 1UOCA 2D5RA 3ISNC 4EZ9A 3OYJA 1TKXA 3AO5A 4FM0A 1BHLA 1QSSA 1HJRA 2G8FA 3CFRA 4KHNA 2FBVA 3V9SA 1NKEA 3VQ4A 4DLEA 3ZT2A 5HROA 2ZE2A 3THVA 3RRGA 4I9QA 4CJQA 3AO1A 1B92A 3P1GA 1Q8IA 1C6VA 1EKEA 3OYDA 2B4JA 4LD0A 3DI6A 3QLHA 5C24A 3ZT1A 3C94A 3MECA 4BDYA 4CJKA 3L2WA 4O44A 2XY8A 1WAJA 3T3FA 1JL1A 1WSHA 3WNFA 3IAYA 1KLNA 1TAUA 2QKBA 4KV8A 1U45A 2XHBA 3KD5E 3C6TA 1U49A 3QETA 4LH4A 3QIOA 3P5JA 4IG3A 3T19A 4QOZB 1IKWA 1J9AA 3K59A 2Z1IA 2IS3A 4LH5A 4M3XA 4YNQA 3O3FA 1O1WA 2KW4A 4JS5A 3TAQA 3RMCA 4FW1A 4XIUA 4CEEA 1NKCA 1L3VA 4BDPA 3HVRA 4CHNA 2VWJA 5I42A 1XHXA 3TAEA 1WAFA 1HNVA 3CM6A 3KTQA 4DTRA 3K5NA 3B6PA 2Z1HA 1VSMA 4DTOA 3PX0A 4KAZA 3MEEA 3ALYA 5JS2A 2P5OA 3QESA 3V1RA 4EP5A 1NK0A 3AVJA 1CXUA 2HNYA 4E7IA 5CYMA 3ZSVA 3LZJA 3HPGA 4G1QA 3QERA 4FJNA 1RNHA 3TWHA 1RT1A 4FK2A 4K8ZA 1RT6A 1NK4A 4FK4A 2FBXA 3AVMA 3ITHA 4GVMA 1RDCA 5I3UA 3SPYA 1SKRA 3I0RA 1KSPA 3DLBA 1U04A 3M8PA 1L5UA 4F8RA 2KFZA 1RTIA 3H08A 4N47A 2YHAA 4O4GA 4AHTA 3OYGA 4PUOA 1I39A 3BDPA 3QEVA 4FJ9A 1S1UA 2VG6A 3SPZA 4FJMA 4CJ4A 3AA4A 3DYAA 3ASMA 4CF1A 4DG1A 4KB1A 1TK5A 3NAEA 2OPRA 3TAPA 2FBYA 1RBUA 4PA1A 4CGHA 4KTWA 5C42A 2ZD1A 2DFHA 1ZBLA 1SUQA 3G0ZA 4FJHA 2WOMA 4O0JA 5C25A 4FLWA 1YTUA 1LWEA 3HPHA 4FK0A 4CFDA 3SQ0A 3MEDA 4DF8A 4Z4FA 3ZT3A 4KKOA 1FK9A 4HUGA 4I9LA 3IS9A 4O5BA 4CF2A 4BE1A 4FLTA 2O4GA 2OA8A 3VQQA 3M8SA 4RW4A 2X78A 4DMNA 1Y97A 2YKNA 3DLKA 3DLHA 1GOCA 1VSEA 4FZYA 3S3OA 4WE1A 3MXIA 3LZIA 3IRXA 4KI4A 5J2PA 2X6SA 4IKFA 1ZYQA 3BGRA 4CE9A 3HP9A 1ASWA 3LP2A 4DTNA 4FJ8A 3OJUA 1KVAA 3EY1A 3B6OA 4DSEA 4N76A 4DQSA 3NFAA 1IG9A 2AJQA 1RBVA 4B9VA 4BACA 3NHGA 3PY8A 2E4LA 1T03A 1BCOA 3ZSZA 2OZSA 1CXQA 1NOYA 2RN2A 3K5MA 2PZSA 3K58A 3KLEA 4F2SA 4W5TA 1CLQA 3O4QA 2HHSA 1JLFA 1TL1A 4AHSA 4FVMA 3ULDA 1TKTA 1A5VA 5CZ2A 4C8MA 1ZBUA 1C1CA 2OPPA 4DLGA 4F3OA 4B9NA 4JRPA 5HP1A 4CCHA 1KLMA 3MXJA 3SUOA 1C0TA 4E3SA 4FLVA 1LAVA 4C8NA 3OYKA 2B6AA 1U48A 4EP4A 1TK0A 4I2QA 3VQBA 4CK3A 3HPOA 3LAMA 1T05A 5J2NA 1QSYA 4Z4EA 3DRRA 4CHZA 3C6UA 5D3GA 1LW0A 1I3AA 1WSGA 3CQ8A 3QIPA 4KHUA 4FXDA 4AH9A 1UWBA 1ASVA 4CEFA 1LWFA 2Y1JA 2OYQA 3HVTA 2Y1IA 4F2RA 3OYFA 2ATQA 3SJJA 3O4NA 3NDKA 4B9SA 1RT7A 3AA3A 3FFIA 4CGFA 3LP1A 3I8DA 1Q9XA 5CY4A 1U47A 4DTMA 3AVCA 1VSFA 3V9XA 1BI4B 4DTJA 3DLEA 1UA0A 1RT2A 3QINA 1VK0A 1NJXA 2PYJA 4QCLA 3TABA 5CYQA 3AO2A 4GW6A 2W42A 4Q0BA 1BIUA 1QSLA 3MEGA 4LSNA 3I0SA 5T7BA 4DTPA 2DTUA 1RBSA 3QEWA 3TAGA 1Z26A 4I7FA 2IAJA 3VQ5A 2R7YA 3VQDA 4C8OA 4JS4A 3SV3A 1XHZA 3LDSA 2HNDA 4R5PA 2A1RA 1TKDA 1UAXA 1CZBA 3V1QA 3LWLA 2IOCA 2HB5A 1TVRA 4CF0A 4HCCA 1BCMA 1MU2A 4CEAA 3OS1A 2HVHA 3JSMA 3DRPA 1ZBHA 5DK5A 2XY5A 1Q9YA 1RILA 4DQQA 2F8SA 2A1SA 3DLGA 1IKXA 5KRTA 4KREA 1NK7A 3SQ4A 1DLOA 2YV0X 4H4MA 1B9DA 1ZBIA 4DFMA 2KZMA 4M45A 4CERA 3WNHA 4DSLA 1WNSA 4ZTFA 3OYIA 3OS0A 4KTQA 2RKIA 1X9SA 4CHOA 1YT3A 4OLBA 4OLAA 2DFEA 3SZ2A 4DS4A 3RRHA 4AHRA 2IDOA 3DM2A 4Y1CA 3OY9A 4M42A 4QAGA 2KFNA 3AA5X 2NUBA 3EZ5A 1L3UA 4Z4IA 1QS4A 1RT3A 3TARA 2YKMA 2XY7A 2IC3A 3D45A 4OPKA 1RT5A 3K57A 4FJ5A 3L2RA 4DQIA 4C8LA 1RDBA 5HRRA 4DSKA 2XO7A 1TV6A 2FC0A 3AO3A 3O3GA 3HJFA 1NK5A 3AVHA 4LSLA 4FM1A 1VSHA 4KTZA 3ZSRA 4L8RB 3KK2A 2DFFA 1TKZA 1NOZA 4B3OA 1QE1A 3OYHA 3NGIA 4AHVA 2YNGA 4OJRA 2G8HA 1Z25A 4B9MA 1RTHA 3KLHA 1HQUA 3VQEA 3RWUA 1WSIA 1J5OA 1C0MA 3A2FA 1W0HA 3HL8A 3NF8A 4E7KA 4CF9A 4FCYA 2HMIA 4H4OA 5FRMA 1X9WA 1KVBA 3ZSXA 4O55A 1FKPA 3S3MA 1HYSA 3CG7A 5EU7A 2RPIA 4Z0UA 1EXQA 2RF2A 3DOKA 4RW7A 3AVKA 1NJYA 1IH7A 1HYVA 1XI1A 2YNIA 4E7LA 3V81A 4FLUA 2LSNA 3L2UA 4CHPA 4F3TA 1VSDA 3CFPA 1YTAA 2GUIA 4ID1A 1D5AA 4YFUA 4OPJA 4M3RA 1LAWA 4CEDA 3V6DA 5KGWA 1J53A 3SQ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJ3A 1NGBA 1C0UA 2FSJA 3OS2A 3HZ6A 3PO4A 4CIFA 3U3YA 2A6AA 4CFAA 4X5NA 5FRNA 1HUXA 4IEEA 1VHXA 1X1PA 3SQ2A 3R1XA 2JGUA 1HYZA 3TPQA 3UKRA 3KZBA 1VQON 1LWCA 3PLAA 1OKJA 4NO7A 1UA1A 2YX6A 3ZSOA 4UQGA 5J2QA 2JH9A 4IO8A 2BDPA 3TAFA 3SJHA 2ZQBA 1E4GT 4B3TK 4FW2A 3VEWA 3S9HA 3LALA 3O1WA 4CJVA 2YHYA 2JH8A 5TKYA 4JHDB 1VRUA 3HYFA 1T8EA 3L2QA 4AQYK 4QS9A 1VSIA 3WXJA 3J7ZO 4X66K 4FJIA 1KAXA 2UXBK 3MKSB 5M1PA 1JL2A 5AZIA 5MLCQ 3SUQA 4CBWA 3KLGA 4JKDA 2PY5A 1YJNN 4U7BA 3FFKB 4YOTA 4KB0A 4DKWA 5BPNA 2YJEA 3C6PB 4KH5A 3KVGA 2KHOA 3VENA 4DUZK 4O0IA 1DTTA 2RE2A 2HVIA 3CFOA 3CQXA 4WQ5A 2DY4A 3L4QA 3MN9A 1ATRA 3RR8A 4J2EA 4BWJA 4N5SA 1JLBA 3HBTA 1FW6A 5JLHA 3TTFA 4JKBA 3VMFB 4AM6A 2Z1GA 4B1VA 1MDUB 4KFBA 4LC9B 1Z6RA 4EIAA 3VPZA 2X74A 3MDQA 3CERA 1ILYA 3OVNA 3AVFA 4DS5A 3S3NA 2GV9A 1S6PA 2QW9A 4X5MA 1NKBA 3VERA 3KWIA 2WONA 2HOEA 1W7AA 4YY3K 4WQ4C 3CI5A 2O8FB 4DQPA 2I5JA 4OVLA 3KLFA 3VESA 3OGKB 4FWSA 1RDAA 4H5TA 2VGMA 3F9KA 2BH1A 4FJKA 4CK2A 4FOEA 1K9MO 4ELTA 3VTHA 4IFYA 3AVIA 4OKEA 3VA3A 4FLYA 2RCUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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