4DTNA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp opposite an abasic site and dda/dt as the penultimate base-pair
Total Genus 334
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
334
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 334
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtnA03
4CK2A 1RTIA 4ICLA 4Z4GA 4DSFA 4LD0A 1VSDA 2RN2A 4OGEA 4CJVA 3ZSRA 1GOAA 1SKWA 2HHXA 3CYMA 4E7HA 1RNHA 1C1CA 4FJJA 1QTMA 1D9FA 4I9QA 1WNSA 1FKPA 4FLUA 1KVAA 2IS3A 3VQQA 4AH9A 3OYEA 1NJZA 4IKFA 2ETJA 4YFUA 4F2RA 1JXBA 3NGYA 3DOLA 4CEAA 1X9WA 4E19A 3NGIA 2O4IA 4E7JA 4GW6A 4NCAA 3AA3A 4C8MA 3P83D 4DTNA 1F21A 3OYNA 3V9ZA 4KTZA 3TANA 4FLWA 4M3TA 3NHGA 1S6QA 4NCGA 4NCBA 4W5QA 2Z1JA 4O44A 3VQCA 4M41A 3TAEA 3H08A 4F2SA 4Z4FA 3AVNA 3DLRA 2YNGA 4JS4A 4DU3A 1RT1A 3AO3A 4Y1CA 1JLAA 1IKVA 3QIOA 5HRRA 2OA8A 3RWUA 3WNFA 4ELTA 3LDSA 4XIUA 3SV4A 5CZ1A 3D45A 3OYGA 2G8WA 4DTXA 1ZBUA 4OLAA 4CEBA 4BE0A 2P1JA 1RTDA 1Q9YA 3RRHA 4DF8A 3M8PA 3AV9A 5K14A 3S3OA 4CJSA 4CJPA 2A1RA 1CLQA 3SUOA 2ZE2A 3AVAA 3TWHA 4DQPA 1Z25A 2XY6A 4F3OA 1DTTA 3PUFA 3VQ7A 3HP9A 3HYFA 4KI6A 2IGIA 3LP0A 4KFBA 4CHZA 5KGXA 3OYCA 2RKIA 3SUNA 1QSYA 3L2VA 2KFNA 2HNDA 2FBXA 4KHNA 1NKBA 4RW6A 2HHVA 2QXFA 3KLFA 3O3HA 1TK0A 1QSSA 3S3MA 3B6OA 3HK2A 3HPGA 2F96A 3ALYA 3DMJA 3KLIA 4FVMA 1DLOA 1KLMA 1NJYA 4M3YA 1A5VA 3HSTB 4DG1A 4W5OA 3OJUA 3K5MA 4LH4A 3AVLA 3KLGA 3KK2A 4CJKA 3LAKA 4DS5A 1S9EA 4DS4A 4DTMA 1HYVA 4RW9A 3VN5A 3CQ8A 5JS2A 4BACA 1NK5A 4FW2A 3DI6A 3O3FA 2HW3A 1W0HA 1LWEA 3AVFA 3MEDA 3AO1A 4LSNA 3THVA 2RF2A 1UOCA 1ASWA 2OZMA 3L3UA 3QLHA 4DFMA 2Z1GA 4DTRA 3PX0A 3PY8A 4K8ZA 3OYJA 5FDLA 4I2QA 4E1MA 3WNGA 1NOYA 3PX6A 3CFOA 1CZBA 4CESA 3KK1A 3DOKA 3VQPA 4CJEA 3TI0A 4F8RA 4CK3A 3AA4A 1RTJA 3U3GA 3VQ5A 3S3NA 3AA2A 3SNNA 2GV9A 1NK4A 1L5UA 2E6LA 4I7FA 5EU7A 4AHSA 2HVHA 4CE9A 3DRPA 4B9UA 1IKWA 3RR8A 4FZXC 3MXMA 4Q0BA 2D0BA 1UAXA 5CYMA 1BHLA 4O4GA 1LAVA 3WNEA 2PYLA 1RT3A 4O0JA 2YKNA 1J54A 2YNIA 3IS9A 3RMAA 1TKXA 4CJRA 4FJ8A 1RDAA 2I5JA 1WSGA 1XHXA 3V9SA 4FZZA 4E3SA 3AA5X 3E01A 4R5PA 1J53A 1KCFA 2P5OA 2ZD1A 3LP3A 3RTVA 1SKRA 3RMDA 1HNIA 1WSIA 4H8KA 4Q5VA 3O3GA 2OYQA 4HCCA 4FYDA 4CECA 2QKBA 2R7YA 1RT6A 3RR7A 1T8EA 1RDDA 2A1SA 3QEXA 3VQ9A 4FJGA 3I0SA 3VQBA 1T05A 4OJRA 2IAJA 3JYTA 4ELVA 2EX3A 4JRPA 4DU1A 4N56A 3V9WA 3K57A 4J2DA 1VSJA 1B92A 1L3UA 3K5LA 1NJWA 1D8YA 3RRGA 3QNNA 4C8NA 2PYJA 2QK9A 4I9LA 5HP1A 1BIUA 1BQNA 4DQRA 4PY5A 4KTQA 4J2AA 4FJ9A 1BQMA 3AVGA 3M8SA 3LWLA 5J2QA 2G8FA 3KLEA 3KTQA 4HUGA 4DSLA 1RCHA 1TKDA 4EZ9A 1G15A 2VG5A 3CFRA 2EHGA 3VQ6A 3C6TA 2X78A 4CCHA 2HNZA 3G10A 2HHSA 3LZIA 4FJMA 4E7KA 2KTQA 4B8AB 3UIQA 3L2UA 4KPYA 5I3UA 3OYDA 5T7BA 1ZBLA 4PWDA 1VSLA 5DK5A 1JLEA 3V1RA 4WE1A 3AVIA 3TR8A 3ZSQA 2BANA 4DF4A 5SWMA 4PUOA 2AJQA 2Y1IA 5SZTA 3QERA 1NJXA 3ZSZA 5FRMA 2IOCA 4OPKA 3KD5E 1HYSA 1EETA 1S1XA 3SI6A 3TABA 2DFHA 2XRIA 1TAUA 4HUFA 4DSEA 1IKYA 4KI4A 3L3VA 4IDKA 5C25A 4FJ7A 1BI4A 4BDYA 1QHTA 1YTAA 3SQ0A 3BGRA 4FJXA 5KI6A 3OYIA 2KFZA 4OKKA 1U4BA 3IRXA 1C0UA 4GMJB 2G8VA 4M3RA 4KHQA 1WLJA 2QKKA 4HVJA 4KHUA 4C8OA 3OVNA 3SPZA 3NH0A 1WSHA 4B9VA 3CG7A 3NCIA 3NAEA 1EXQA 1WN7A 1NK7A 3D0PA 3NH1A 3LZJA 3I8DA 4M42A 5KGWA 1DTQA 3ITHA 3QIPA 3MEEA 4JRQA 3L2WA 4G1QA 4DSIA 1YT3A 4CJFA 2YNHA 4RW8A 1N6QA 4DSKA 4E7IA 1S1TA 3VQ4A 1VK0A 5C24A 2NUBA 1JLCA 4B9LA 2FC0A 2HVIA 3ZT0A 1WSFA 3HT3A 3AVMA 4DQSA 3IG1A 4B9MA 3QEIA 4FLTA 3KIOA 4BDPA 3VA0A 3SUQA 4IG0A 4AHTA 1NKEA 3ZSWA 2YKMA 4AHRA 3OYMA 4M3ZA 1X9MA 2YHAA 1BIZA 4ZTFA 1QS4A 1J5OA 4M45A 4HCBA 4FM0A 4E7LA 4EZ6A 4DLGA 1S6PA 1JL1A 4CFDA 1RT4A 1LW0A 4CERA 4OVLA 4TSXA 1XC9A 2P5GA 3AVHA 1ITGA 4FJHA 3KLHA 4LSLA 2X74A 4CK1A 1Y97A 3WNHA 1T03A 2BGGA 3F73A 4IBNA 3QEVA 4FJ5A 2BDPA 1JKHA 3P1GA 3DLHA 4RW7A 1RBUA 2KW4A 3LWMA 3SV3A 3CFPA 1JXEA 1D5AA 4Z4CA 3L2QA 4CEEA 3K59A 1BL3A 3AVJA 1S1UA 1MU2A 3HP6A 3BDPA 5JS1A 1S1VA 3QO9A 1RDCA 2D0AA 1LAWA 3NGZA 4E89A 3DM2A 3I0RA 4W5NA 4CF1A 4C8LA 4IFVA 1UA1A 4N47A 3K58A 4CGJA 1C6VA 4CEQA 2YV0X 5J2MA 3M8QA 1BISA 4E1NA 5HRSA 2XO7A 1NK6A 1QQCA 4CGDA 2D0CA 4FM1A 1B9FA 4OLBA 1RBRA 1S1WA 1ZBIA 4Z4HA 4M3WA 1TL3A 3KKSA 4IG3A 2F8TA 4Z4EA 2JLEA 3OS0A 1RBTA 3AO4A 4CF8A 4CGFA 4AHCA 4KB0A 1SUQA 2XY7A 4UQGA 1T7PA 1NK8A 4C8KA 1XHZA 1HJRA 3T1AA 3ZCMA 4DQQA 3AO2A 1W9HA 2O4GA 2XY8A 1KVCA 3NF6A 5KTQA 3DRSA 2B6AA 3HM9A 2JGUA 1VRTA 4DTPA 5KRTA 3AVCA 5FROA 3DLKA 4CJ3A 3DYAA 4CGHA 2ITGA 3V4IA 1NK0A 3OS1A 3QINA 5CYQA 3ZSOA 4B08A 1U48A 4KB1A 1BCMA 4JS5A 1C1AA 2G8UA 3MAQA 1GOCA 1SKSA 2HMIA 4FXDA 1O1WA 1L3SA 3MXJA 1KVBA 3KK3A 4MFBA 1TKTA 3OY9A 1HPZA 3ZSVA 3SUPA 4CHQA 1ASUA 3KKRA 1TVRA 4Z0UA 3QEPA 2X6SA 4K8XA 4Z4IA 3F9KA 1JLGA 1S5JA 1ZYQA 4ELUA 3L8BA 4FZYA 4CFAA 4L8RB 1CXUA 4N5SA 1TAQA 3OS2A 4BE2A 1FXXA 2GUIA 3OYLA 2E6MA 2PZSA 4ID5A 4O0IA 1SL0A 4ZHRA 1D9DA 3AO5A 2OPQA 4HTUA 1I39A 4KO0A 1TL1A 3PV8A 4B9SA 3VA3A 1RT7A 5J2NA 3QEWA 4FK4A 1RBVA 3K2PA 3VQEA 4M3XA 3JSMA 4B3OA 1KFDA 1HMVA 4CFCA 5FRNA 3P5JA 3DLBA 3OYFA 3SQ2A 4FK2A 2HHQA 1SL1A 2YNFA 3ZSXA 3ZT4A 1NKCA 4QCLA 1JLBA 1LV5A 4M3UA 3A2FA 3ZSYA 1Z26A 5HLFA 1U47A 4DMNA 1XI1A 4KRFA 2HHWA 3QNOA 3NDKA 3IAYA 1FKOA 1IG9A 5E41A 1XWLA 3T19A 4NYNA 1HNVA 1EKEA 2LSNA 4PA1A 1RBSA 1A5WA 4CIEA 3KJVA 4CF0A 4F4KA 4N41A 4CGGA 2IDOA 1SV5A 3U3YA 3HO1A 4ID1A 1Q8IA 3V1QA 2ATQA 3NFAA 1X9SA 4KTWA 1K6YA 2G8IA 4HHTA 1HYZA 3OYAA 3FFIA 1KTQA 4DSJA 4DU4A 5J1EA 3OYHA 3NBPA 4CJLA 2BE2A 2HB5A 4F3TA 3PX4A 4KHWA 3TARA 1CZ9A 1C0MA 4NYFA 1WSJA 2KQ2A 4EP4A 4DLEA 1RILA 2IC3A 4CJ4A 1FK9A 4W5RA 3MEGA 4DFJA 3ZT1A 4DWIA 3K5NA 4FJLA 4DTOA 4CGIA 5CY4A 2Z1HA 1IH7A 3ASMA 4O5BA 4CJQA 5KRSA 3L2RA 4CJUA 3HJFA 3OYBA 4FJNA 2Z1IA 1KFSA 4MQ3A 4B9NA 3C94A 1RDBA 1NK9A 1VSHA 2OZSA 5HRPA 2DFFA 5C42A 1SL2A 1KLNA 4RG8A 1TKZA 2KZMA 1RT2A 4GVMA 1X1PA 2DFEA 2X6NA 3HPHA 3LAMA 2G8HA 4CHYA 4DFKA 2OPSA 1VSKA 3G0ZA 4CIGA 3O4NA 5HRNA 5J2PA 1C0TA 4KREA 2DTUA 2HHUA 1EX4A 3CM6A 3QESA 3DLEA 1VSEA 3SQ4A 1RT5A 1REVA 1TV6A 3HVTA 3V6DA 2VG6A 3LPTA 4LY7A 1LWCA 3AVBA 1WAFA 3C6UA 4CEFA 4EP5A 3EZ5A 4BDZA 1YTUA 1UWBA 4CEZA 3MXIA 4CIFA 3V9UA 5I42A 4O55A 4FLXA 1ASVA 2WOMA 4QAGA 3SZ2A 4CEOA 1VSIA 4CHOA 3SQ1A 4CJ5A 3HXMA 4B9TA 2DY4A 1S9GA 4AILC 1C1BA 1UA0A 2HNYA 4KV8A 2KZZA 2OPRA 2B4JA 4FJKA 3VQDA 4H4MA 1TK5A 4QOZB 1BCOA 1CXQA 1JL2A 4RW4A 5D3GA 2XHBA 3M8RA 5DMRA 4FLVA 3SCXA 3O4QA 4J2BA 3NF8A 4CF2A 1U45A 4FCYA 4YNQA 1KSPA 4E0DA 3HVRA 1EP4A 1QSLA 3S9HA 2F8SA 4KHSA 1VRUA 1VSMA 3VQ8A 4AHVA 4KKOA 4BWMA 4DFPA 3NF7A 4KAZA 1JLFA 3ULDA 3U6FA 3AVKA 3RMBA 1NOZA 4FM2A 3LP1A 4JLHA 4LH5A 3EYZA 1ZBHA 3TAGA 3V1OA 4CF9A 3TAPA 1U49A 3V81A 4FJIA 2RPIA 4BE1A 2PY5A 5HROA 3TAFA 1WSEA 4OGCA 4CJWA 4CFBA 1HRHA 1LW2A 2GBZA 1RTHA 3B6PA 2WONA 1J9AA 3LANA 2XY5A 1A5XA 3ISNC 4PQUA 4DQIA 4DTJA 3PO4A 3LP2A 3EY1A 1BGXT 1GOBA 3ZT2A 1L3VA 4OPJA 4I2PA 4OKJA 5HBMA 3T3FA 1QE1A 3OJSA 4DTUA 3LALA 1HQEA 3NE6A 3QETA 1LWFA 3SYZA 2W42A 4BWJA 2VWKA 1TK8A 2D5RA 3HL8A 4AHUA 3DLGA 4J2EA 3TAMA 4W5TA 3NH2A 3VQAA 2YHBA 2E4LA 1JLQA 1WAJA 4DTSA 4OKEA 2VWJA 4B8CA 4CEDA 3LPUA 1N5YA 2VG7A 2P51A 1IO2A 1YVUA 2OPPA 1I3AA 3MECA 1HQUA 2Q3SA 4CHPA 3V9XA 1B9DA 2FBYA 3KD1E 4CJTA 3SPYA 3CM5A 1L3TA 3SJJA 4KHYA 2Y1JA 3C95A 4H4OA 4IFYA 2ZQBA 1U04A 3RMCA 3OYKA 4FLYA 1R0AA 4FW1A 4HUEA 4Y1DA 2FBVA 1KRPA 2B5JA 1IKXA 1VSFA 2HHTA 2G8KA 1TGOA 4N76A 1BI4B 3NF9A 1Q9XA 4FK0A 2FBTA 3PO5A 3ZT3A 5CZ2A 3K5OA 3HPOA 4CHNA 3TAQA 1ZBFA 3DRRA 4FLZA 4ZTJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CK2 A;  2YX6 A;  3OA9 A;  1RNH A;  1KAZ A;  4FJJ A;  1D9F A;  4FLU A;  1N1C A;  3OYE A;  3HGK E;  4IKF A;  1JXB A;  4BC4 A;  3NGY A;  3DOL A;  5AR0 A;  4FPA A;  4GW6 A;  4NCA A;  3ZET A;  3AA3 A;  1F21 A;  5AFU A;  2RKH A;  3CMA N;  4KTZ A;  4NO7 A;  4M3T A;  1FZ1 E;  1S6Q A;  2H4T A;  4W5Q A;  3OGK B;  4O44 A;  4B3M K;  3AVN A;  3VER A;  3OHR A;  1NGA A;  4BR2 A;  3RWU A;  4ELT A;  3GL1 A;  2WTU A;  4CEB A;  3AGK A;  4IO8 A;  5FPD A;  1GLF O;  3VGL A;  4CJS A;  1XU3 E;  3TWH A;  4F3O A;  1Z25 A;  3VQ7 A;  3UKR B;  5KGX A;  3CC4 N;  1VQO N;  2JQT A;  4FPB A;  3L2V A;  2A40 A;  1HNX K;  2KFN A;  2MMB A;  1GLE G;  2ASM A;  3KLF A;  3O3H A;  5BRF A;  3WEE A;  2F4V K;  4GAM C;  3QB0 A;  3ALY A;  3DMJ A;  2HHX A;  4M3Y A;  3LDN A;  1BOT O;  3CC7 N;  2YCH A;  4LF8 K;  1S9E A;  4DTM A;  4BAC A;  3CQ8 A;  4FW2 A;  2KKZ A;  3DI6 A;  3ULE A;  3CD6 N;  3AO1 A;  3SBG A;  3THV A;  2RF2 A;  1UOC A;  1ASW A;  2OZM A;  4DFM A;  4H0T B;  4DTR A;  4KBO A;  1P22 A;  2P9I B;  5FDL A;  3LDL A;  3QFP A;  3P39 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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