3SUQA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dctp opposite 2ap (at rich sequence)
Total Genus 300
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
300
sequence length
897
structure length
897
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 300
structure length 897
sequence length 897
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3suqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3suqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3suqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3suqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3suqA03
4DQQA 3WNFA 1VSHA 3TARA 5D3GA 1A5XA 3VQ6A 1C1AA 3MXJA 4DTOA 3NGIA 1WSFA 2LSNA 2PYJA 4B9VA 3O4QA 1U45A 3VQQA 3CM5A 3OYJA 2E6LA 4CF9A 1R0AA 3S3OA 3S3MA 4O0JA 4CJRA 3OS0A 1QSYA 2RKIA 5C25A 1UA0A 3L8BA 1NK5A 3IAYA 2X78A 4NYFA 3DLKA 4CECA 5T7BA 2YNHA 4DF4A 4KREA 5J2PA 1SL0A 4BDPA 1WAFA 4JRPA 4FLUA 5DK5A 1CZ9A 4LH4A 4QOZB 4W5OA 4FJKA 3RTVA 1S6PA 3K5OA 3KKRA 4DQIA 4Z0UA 2Z1IA 1ASWA 1ZBUA 3SUQA 3TAFA 3AA5X 1L5UA 3SV3A 4FLVA 4H4OA 4DSEA 1VRTA 4OKEA 1BL3A 2HVIA 4FK0A 2GUIA 2YNFA 1HQEA 2HHVA 1TKDA 1J53A 1WSEA 1T8EA 5DMRA 3LP2A 1XWLA 1JKHA 4CK1A 4EZ9A 3HJFA 4DTUA 4DSIA 4N41A 1FK9A 4KB0A 1REVA 2O4GA 4FLWA 1VSLA 3AVFA 4RW4A 1NKBA 3ZT0A 4Q0BA 4O44A 1U48A 3I0RA 1RILA 4FJ8A 4W5QA 3SV4A 3SQ1A 1SL2A 1JLAA 4MFBA 1ASUA 4BACA 4EZ6A 3O3HA 4J2BA 3O3FA 1RBVA 4DLGA 4QCLA 2YNIA 3ZT4A 4CHNA 4CHYA 4J2AA 3P1GA 3RMDA 4PA1A 4EP4A 3C95A 3M8RA 4H4MA 1LV5A 3DRRA 1JXBA 5KTQA 4F4KA 1TKZA 3AV9A 2BANA 3VQ4A 4RG8A 4CIEA 3O4NA 5CZ2A 1FXXA 2VG6A 1O1WA 1BQNA 4DFMA 1J5OA 4DLEA 3ZT2A 3QNNA 1RDBA 4DSFA 4B8CA 2HNYA 3AA4A 1ZYQA 3V9SA 1LWCA 3WNEA 4AHVA 1NK9A 1I3AA 4CFAA 3QESA 4ICLA 1ZBHA 3H08A 4OVLA 4R5PA 3G0ZA 4KKOA 5KRSA 4FK4A 3SQ4A 4FZZA 1EXQA 4LSNA 3T19A 4HHTA 2HHSA 3RR8A 1WSGA 4G1QA 4CJSA 1SUQA 2DTUA 4DG1A 4CIFA 3JYTA 4KHYA 3CFOA 1HMVA 4JS5A 4FK2A 2KTQA 1NK4A 4L8RB 4NYNA 3QEVA 4UQGA 2XY7A 5JS1A 3V9XA 4C8LA 1TKTA 3ULDA 2VG5A 4M3TA 3VQPA 3ZSYA 1BHLA 2X6SA 5FROA 3JSMA 2FBTA 4JRQA 5J2QA 1D9DA 1JL2A 3OYMA 4CJFA 1G15A 3I8DA 2IDOA 3CM6A 1NK8A 5J1EA 2HNZA 4CEFA 1YTAA 3DRSA 3KLIA 4KTWA 4E7KA 4M3WA 4DTJA 1C1CA 3IS9A 3OYNA 1RCHA 1C6VA 2WONA 3L2VA 1RT4A 1L3UA 2QKKA 5KRTA 1RT5A 3B6PA 3HYFA 4CJQA 3VA3A 2KQ2A 3VQDA 4CJEA 1HNIA 3VQ9A 4Q5VA 4C8OA 3NF6A 4TSXA 1TAQA 3K5NA 1JL1A 4I9LA 1VSDA 2A1RA 3AO4A 5HRRA 3RRHA 3OY9A 1NKCA 2F8TA 3AVAA 5SZTA 3ASMA 3NBPA 1S9EA 1N5YA 3DLGA 4O5BA 3RMCA 4AH9A 3CYMA 5I42A 1U49A 1D8YA 1HNVA 2ZE2A 4KRFA 4CHPA 2ZQBA 2YKMA 2IGIA 5E41A 4B9UA 3M8SA 4K8ZA 4FJ9A 4M41A 1S1TA 4OKKA 4CJ5A 1S1UA 2HVHA 3MXIA 3NCIA 3HPHA 4I9QA 1L3SA 4QAGA 1S9GA 3NGYA 3AVHA 5FRNA 4F8RA 1NK6A 3S9HA 3NF9A 4FJJA 4LY7A 3LDSA 3ZSWA 2OPPA 5HRNA 3C6TA 3ZSQA 3EY1A 3A2FA 1XI1A 4DS5A 3KLEA 3NHGA 4KHNA 1ITGA 1Z26A 2QK9A 2DY4A 3MECA 4ELVA 2B5JA 3AO1A 4CEEA 4HUEA 5HLFA 2KFZA 4FJHA 1HPZA 4AHSA 4KTQA 1LAVA 1C0TA 2VG7A 5JS2A 3L2WA 2NUBA 2HHTA 3AA2A 2Z1GA 3PO4A 3QNOA 3AVGA 1EETA 4KI4A 1L3TA 2QKBA 1WSHA 1LWEA 2ETJA 1KSPA 4M42A 4PWDA 3NH1A 3LANA 3VQEA 1KRPA 1TK0A 4E19A 2OPSA 4DU4A 2E6MA 1QHTA 2EX3A 1KLMA 1X9SA 3UIQA 3C94A 4GW6A 1S1VA 4CJVA 1HRHA 2HHQA 1XHXA 1RT1A 1JXEA 3ZSXA 1KLNA 3KLFA 1FKPA 2RF2A 3BGRA 3L2UA 1NJXA 3AVLA 1T03A 2B4JA 3HPGA 1X9WA 2RPIA 5CYQA 4BWMA 4KFBA 3LZIA 4DMNA 4RW8A 3K2PA 4DTXA 4FJXA 3DOKA 3NGZA 3K58A 4CESA 2I5JA 3OYHA 3HPOA 4DFKA 1BIUA 1BCMA 2JLEA 1SL1A 4E7LA 2G8UA 4FJNA 4DSKA 4ID1A 1CXQA 4CJUA 3AO5A 2OZMA 4FCYA 3HP6A 3T1AA 4M45A 4DTSA 2F96A 3PO5A 1BI4B 4N5SA 3OJSA 4GVMA 4DU1A 1S5JA 1IKYA 3KIOA 1IKWA 3LAMA 2KZMA 4DF8A 4HCCA 3DLRA 3U3GA 3HSTB 3EZ5A 3VN5A 2OPQA 4CE9A 3HT3A 3OYBA 3O3GA 4KAZA 2DFEA 5CYMA 3RMAA 1RDAA 5HRSA 1TAUA 1BQMA 2D0AA 4FW2A 3B6OA 3NF7A 4B8AB 4Z4GA 1Q8IA 3HK2A 2KW4A 5HRPA 2R7YA 4FJ5A 1JLBA 4DTPA 3SPZA 3D45A 2BGGA 4E1MA 1T7PA 1WSIA 2VWJA 2O4IA 1NOYA 4I2QA 4CEBA 3OS1A 3VQBA 4Y1DA 4CF0A 3LP0A 2OPRA 1RNHA 4N76A 1LW2A 2IS3A 3LP1A 4CERA 2G8IA 1S1WA 3M8PA 3LPUA 4HCBA 3PX4A 4CGGA 2X74A 1RTIA 1U04A 1B9FA 4LH5A 4CJPA 1LAWA 3SUOA 2Z1JA 1UWBA 1NOZA 2B6AA 1KVAA 3HP9A 4CEDA 1JLCA 2P5OA 4KHSA 2D0BA 1TV6A 4F2RA 3S3NA 4FM0A 3ALYA 3KK1A 1BI4A 2HW3A 1LWFA 1RT3A 3F9KA 4FLXA 3OS2A 2P5GA 4OPJA 2HMIA 3AVBA 1DTTA 4NCGA 1F21A 1RTJA 3MEEA 1WNSA 3DOLA 3V1RA 3HVTA 4CJ4A 4M3YA 1HQUA 3AO2A 3K5MA 1QS4A 1Y97A 3NAEA 3NH0A 1JLFA 3DLBA 4XIUA 4DSJA 1W9HA 1B9DA 3LZJA 1BGXT 1TL1A 2YHBA 2XRIA 3QETA 2IC3A 2HHUA 4EP5A 1KFDA 5FDLA 4M3XA 4CFBA 2E4LA 3DYAA 3K59A 4E3SA 4CJTA 3TANA 4C8KA 2HHXA 2AJQA 4FJ7A 4F3OA 3M8QA 3G10A 1TVRA 5CZ1A 1SKRA 4KB1A 1HYSA 4PUOA 4KHQA 4W5RA 3PV8A 1CXUA 4DQRA 5EU7A 3NDKA 1QE1A 1QTMA 1RTDA 4BE1A 1NJZA 4HUGA 4N47A 4FLTA 4IBNA 3HXMA 4FZXC 2HB5A 3KLHA 4I2PA 2PZSA 3QO9A 1VSJA 2Z1HA 1S1XA 1BISA 2KZZA 4FM1A 3TWHA 2ATQA 1BCOA 4JS4A 4AHCA 1D5AA 2YKNA 3OYFA 1IH7A 3LWMA 1UAXA 1DLOA 1KCFA 4KHUA 1RT7A 2Q3SA 4FJLA 1KFSA 4DSLA 4CF8A 3CFRA 4Z4EA 3VQ8A 4CFCA 1HYVA 3QEXA 4CHQA 5FRMA 3OYDA 4CJLA 4B9MA 1L3VA 3SUNA 1VK0A 4RW7A 3QINA 1HJRA 1U4BA 4BDYA 4CJKA 2PYLA 3K5LA 3HM9A 1VSMA 1X9MA 4Z4FA 4KI6A 1GOBA 4F2SA 2G8VA 4J2DA 1RT2A 3P5JA 3RR7A 4DQSA 4KO0A 1QQCA 4OKJA 3EYZA 2FBYA 3DLEA 1K6YA 4IDKA 3ZSVA 4CGJA 3QERA 5I3UA 4DQPA 4NCAA 4M3ZA 1JLGA 3IG1A 3VQ7A 4CEAA 1Q9XA 4ELUA 4OJRA 1Z25A 4BE0A 4KPYA 1C1BA 1N6QA 1EX4A 3FFIA 2VWKA 3KK2A 4E0DA 2XY8A 3DRPA 3I0SA 3TAQA 1U47A 3LP3A 4BE2A 4K8XA 4CGHA 3U3YA 4FXDA 3SJJA 3KLGA 3LWLA 1QSLA 2G8WA 5CY4A 3PY8A 3KKSA 4BDZA 3BDPA 1MU2A 4O55A 5KI6A 4CEZA 3CQ8A 3AVCA 3TR8A 3L2QA 4PQUA 1WLJA 2IAJA 4CGIA 4ELTA 1RBTA 4NCBA 4B9TA 4OLAA 3SQ0A 4AILC 3AVJA 1CZBA 3KJVA 4DTRA 4IFYA 2HHWA 4O0IA 1GOAA 1YT3A 3DMJA 2OYQA 3IRXA 5KGXA 3THVA 1ZBFA 1TK5A 3V1QA 1T05A 1YVUA 2FBXA 3RWUA 3TAMA 3D0PA 1IKXA 4B9NA 3OYIA 3HVRA 1QSSA 3AA3A 4FLZA 3F73A 1YTUA 3AVNA 4I7FA 4RW6A 3RMBA 3KD5E 5C42A 4FVMA 3L2RA 1RDCA 4CJWA 3OJUA 4LSLA 4AHRA 4DTNA 4FJIA 1EKEA 2YHAA 1C0UA 4GMJB 3SZ2A 4CHZA 4WE1A 2KFNA 4IG0A 3K57A 1EP4A 3OVNA 3VQ5A 4IKFA 4HUFA 3WNGA 3QIOA 4N56A 4DFPA 1XC9A 4OPKA 3PX6A 3WNHA 3AVIA 3MEDA 3ZT3A 3RRGA 1IG9A 1RT6A 2A1SA 4CK3A 2Y1IA 1ASVA 4FYDA 1TKXA 2GBZA 2YV0X 4CJ3A 3QIPA 4E7HA 2D5RA 5C24A 1TGOA 4HVJA 2BDPA 2WOMA 1SV5A 2DFFA 3KTQA 3LALA 4ZTFA 2XY5A 3TAGA 4J2EA 4FM2A 4OGEA 4CGDA 3SCXA 3TAPA 1VSFA 3E01A 3V9ZA 1GOCA 2ZD1A 3QEIA 1UA1A 3PX0A 3DLHA 4Z4IA 3QEWA 4C8MA 3L3VA 5HROA 4MQ3A 4OGCA 3ZSRA 3QLHA 4DFJA 1NJWA 1ZBIA 2FC0A 4Z4CA 2PY5A 3MEGA 4YFUA 2JGUA 2D0CA 1J9AA 4LD0A 1NKEA 4RW9A 3CG7A 3LAKA 4B9LA 1BIZA 4HTUA 3V9WA 3VA0A 1JLEA 1NK7A 4BWJA 4B3OA 1SKWA 1SKSA 3TI0A 1TK8A 4CK2A 5SWMA 4KHWA 1IKVA 3MAQA 1RTHA 3HL8A 1Q9YA 1HYZA 1W0HA 1RBSA 3CFPA 2ITGA 3C6UA 3ITHA 3V9UA 4E7IA 3U6FA 4CHOA 5HP1A 3NH2A 1TL3A 4F3TA 4DS4A 2XO7A 3V1OA 1X1PA 3NE6A 1NJYA 4H8KA 1NK0A 3OYGA 4YNQA 4W5NA 2HNDA 4CEOA 3SUPA 3DM2A 1WSJA 3OYAA 2XY6A 4KTZA 3NF8A 4B08A 1KTQA 2BE2A 3SI6A 4O4GA 4E89A 4KV8A 4E7JA 4FJMA 3OYCA 2W42A 1D9FA 4B9SA 4JLHA 4AHTA 2Y1JA 2RN2A 4OLBA 2YNGA 3L3UA 1I39A 3DI6A 3VQCA 1CLQA 4E1NA 1VSEA 4ID5A 4AHUA 3OYEA 2GV9A 4Z4HA 4CF1A 2F8SA 1C0MA 3SYZA 2P1JA 1A5VA 4CGFA 4CCHA 1B92A 5J2MA 1VSKA 4IFVA 3ZSOA 3V81A 1A5WA 1UOCA 3ZT1A 3HO1A 3TAEA 1WAJA 3V6DA 2IOCA 3KD1E 3AVMA 1LW0A 1KVBA 4ZHRA 3SNNA 4IG3A 1VSIA 1DTQA 3V4IA 1WN7A 3OYLA 4DWIA 2DFHA 4DU3A 4CEQA 3T3FA 2QXFA 1XHZA 3TABA 4M3RA 5KGWA 2G8FA 3NFAA 2G8HA 1VRUA 2X6NA 2EHGA 3LPTA 3PUFA 1S6QA 5HBMA 2OZSA 3KK3A 3SPYA 2G8KA 3SQ2A 4C8NA 1KVCA 4CF2A 1J54A 1IO2A 1RBUA 3ZCMA 3OYKA 2FBVA 2P51A 3AO3A 4FW1A 4Y1CA 4M3UA 5J2NA 4CIGA 4DTMA 3ZSZA 3MXMA 3AVKA 4FJGA 3VQAA 4PY5A 3QEPA 3P83D 2OA8A 3ISNC 4FLYA 4CFDA 1RBRA 4ZTJA 4FZYA 5K14A 2XHBA 1FKOA 4W5TA 1RDDA 1ZBLA 1JLQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1ZXOA 2A1RA 3AO4A 5HRRA 1NKCA 2F8TA 3AVAA 3H3NO 3C6PB 4X65K 3ZLJA 2HMPA 1N5YA 4O5BA 2ZE2A 3O80A 2ZQBA 2YKMA 2IGIA 4FJ9A 1FZ1E 4M41A 1S1TA 4OKKA 4CJ5A 3HPHA 3O5BA 1FZ8E 1S9GA 5JICA 4FWMA 5FRNA 3S9HA 1T6CA 4LY7A 5BR9A 2O8CB 2YJEA 3C6TA 4B1UB 2NRXA 1Z26A 3MECA 1EWRA 4CEEA 5ADXA 1HPZA 3DWLA 3TSUA 3BVOA 1N8RO 2HHTA 3AA2A 3ZX0A 3QNOA 2QKBA 1LWEA 1KSPA 2VQFK 2F9TA 4M42A 5AQOA 3VQEA 1TK0A 2OPSA 2E6MA 1X9SA 5KQDA 3K9JA 3C94A 1HRHA 1W2BM 2HHQA 1JXEA 3ZSXA 5GAGP 3AVLA 4X5MA 2RPIA 3UKUB 1M1KO 3DXMA 1HNZK 4MDAA 4DTXA 4EFHA 3CI5A 2NRZA 4E7LA 4ID1A 3AO5A 2OZMA 4FCYA 4DTSA 1BI4B 1FZ6E 5BPNA 4DU1A 1S5JA 3LAMA 1IKWA 3U3GA 3VN5A 2MW2A 2OPQA 4CE9A 3O3GA 2DFEA 1RDAA 2D0AA 4FW2A 4Z4GA 2KW4A 3MX2A 5C12A 1JLBA 3B8AX 2VIXA 1HPMA 1VQNN 3SPZA 3LDQA 1CZAN 4IO8A 4E1MA 1T7PA 4N76A 2OVPB 4Y1DA 4CF0A 3LP0A 2OPRA 2IS3A 3VGKA 2G8IA 3LPUA 4HCBA 1HKGA 1YIJN 3GL1A 2B6AA 3VTHA 1ATNA 1JLCA 2GX9A 1TV6A 1NJIO 4F2RA 4H5VA 3ALYA 3KK1A 1BA0A 2P5GA 1DTTA 1P22A 3MEEA 2V52B 1WNSA 4IXCA 4BRFA 1HQUA 3AO2A 1W97L 1QS4A 3T1HK 3NH0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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