3SUQA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dctp opposite 2ap (at rich sequence)
Total Genus 300
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
300
sequence length
897
structure length
897
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 300
structure length 897
sequence length 897
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3suqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3suqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3suqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3suqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3suqA03
1EX4A 3TARA 4YNQA 3CFOA 3QETA 3AVLA 1KRPA 1BIZA 3L3UA 3KKRA 3O3GA 5FRMA 3LDSA 2KTQA 4AHVA 1RDBA 1S1XA 1Q8IA 5J2MA 1HYVA 3AVGA 5CYMA 1S1WA 3A2FA 4IKFA 3RMCA 3K58A 3NGIA 2HHSA 4E7IA 4C8NA 1SKSA 1NKEA 1JXBA 4JS5A 1IO2A 1BQMA 2XY5A 1XC9A 1NK6A 4B9SA 1JLCA 4JS4A 4FW2A 4KPYA 3QIOA 3KK2A 3TANA 4O55A 4KREA 5C24A 4KO0A 3LAKA 4DFPA 3SUPA 4OPKA 3K2PA 4DTXA 2Y1JA 4FJKA 1RBTA 1S1VA 3T1AA 3VQ4A 4BACA 2A1RA 3PY8A 5KRSA 3TAEA 4I7FA 4ZTJA 2F96A 4DU4A 4E3SA 4I2PA 4DFMA 1SL2A 1TVRA 3RR8A 3QLHA 3TR8A 3M8SA 1T7PA 2PYLA 1YVUA 4JLHA 4CF9A 4F2RA 3S9HA 4XIUA 4CGIA 3BGRA 4OGEA 3OYLA 3L2VA 1XI1A 1TK0A 1YTUA 4E7HA 4DSIA 2YHAA 3OYJA 1BI4B 4Z0UA 3HPOA 2JLEA 1ZBLA 4CGJA 2DFFA 3TAPA 4CFBA 3HK2A 4BWMA 2KW4A 1S6QA 1C0UA 4NCBA 4NYFA 3WNHA 4RG8A 3OYIA 4J2DA 5T7BA 3RRGA 3SPYA 4DS5A 1NOYA 1HNVA 4GW6A 4DQIA 1GOBA 4CK1A 4E89A 1KLNA 3HPHA 3VA3A 1Z26A 4CJPA 4M3UA 4FYDA 4KHNA 3SJJA 1TKZA 3V1RA 3JSMA 5SZTA 4FLVA 1RBRA 4E0DA 4RW9A 4KTWA 2G8FA 4Q0BA 4KHQA 4RW7A 1ASUA 1HQUA 4FLUA 2IC3A 3G0ZA 2XY6A 3OYDA 2G8UA 1B9DA 3O3FA 3K5LA 4CEQA 4C8OA 4FK2A 2XHBA 2DY4A 1U4BA 3HO1A 2QKBA 2E6LA 4DTPA 1FK9A 2O4IA 5C42A 3ZT2A 2FC0A 4CEZA 4DU3A 4TSXA 4BE2A 1A5XA 3OYEA 3FFIA 2P5OA 1WSHA 4M3RA 3NH1A 2Z1GA 3HP9A 1Y97A 1VSKA 4N41A 4FJMA 1J54A 3VQ9A 1Q9XA 3DLHA 3B6OA 4RW6A 4IBNA 1BI4A 1JLQA 3QEIA 3U3GA 4EP5A 3SUNA 4IG0A 1C0TA 2PYJA 4C8KA 3K57A 4EZ6A 1Z25A 1RDCA 3V9XA 4CIGA 4DWIA 4DF8A 3CYMA 1TL1A 3KJVA 3QERA 3DOKA 4KB1A 1L5UA 3AVKA 1KFSA 4K8XA 2XY8A 2ZD1A 3QESA 3PX6A 2BDPA 2P5GA 3V9ZA 4O0JA 4DLGA 1TK8A 4KHUA 3KIOA 2ZE2A 1JLFA 1SKRA 3C6UA 1BHLA 4B9LA 4FK0A 2G8IA 1RT2A 4ID5A 4CJRA 4OPJA 3KD1E 3AVNA 3SQ2A 2VWJA 5HROA 4M3XA 4FVMA 1TV6A 3VQ5A 5E41A 4HHTA 2KZZA 3M8QA 4CGHA 1VK0A 4FJJA 1DTTA 4DTNA 2OPRA 3MEGA 3F9KA 2IDOA 1CZBA 5CYQA 2WONA 3ZT3A 5HRSA 1N5YA 1LWFA 4IDKA 1KSPA 3LZJA 3NF7A 1RT4A 3QEVA 3TABA 1CXUA 1RT7A 4NCGA 4CF0A 1LV5A 3AA4A 2FBVA 3LAMA 3ZSWA 4CJFA 4Z4GA 2B4JA 4EP4A 5DMRA 4CJTA 4B9MA 3OS1A 4BE1A 3HSTB 3ZSYA 4I9QA 4F8RA 1XHZA 1D8YA 3DM2A 2YHBA 1ZBUA 3LP3A 4CHZA 3K5OA 3NH2A 3LWLA 4GMJB 3QEXA 2XRIA 3P5JA 3VA0A 1WSEA 2AJQA 4KHSA 4FLXA 2OPSA 2VG7A 1U48A 4OVLA 2X6SA 1NJXA 3AVIA 3PV8A 3QIPA 4CJ3A 1RT3A 4F2SA 3MXIA 4E1NA 2YV0X 4BE0A 1UA0A 3TAGA 1JLAA 4Z4CA 3F73A 1TKTA 3MEDA 4HUFA 1HYSA 3L2UA 3AVHA 1RT1A 2OPQA 1RDAA 3K59A 3DLGA 2OYQA 4FK4A 3KLGA 1QSLA 1RTDA 4KRFA 5J2NA 3DLBA 1S9GA 4CECA 1T03A 1I39A 1RBSA 1KTQA 2HHWA 4KI6A 1W0HA 4B8AB 3OYGA 1U04A 1A5VA 2QXFA 4PA1A 1QTMA 1BISA 3DI6A 4AHRA 3PO5A 4ELUA 1IG9A 4W5QA 4FM1A 3AV9A 1RTJA 4IG3A 5HRPA 1X9WA 3AO4A 3DLEA 1ASVA 1Q9YA 1QQCA 3KK3A 4CGDA 3OYFA 3TI0A 4H4OA 4ID1A 2KZMA 4DTSA 4CJVA 2I5JA 1JL1A 2ITGA 1HPZA 4E19A 4O5BA 1U45A 2HVHA 3G10A 3VQCA 1TKXA 4RW4A 3PUFA 1C1BA 1QSYA 1U47A 3RMBA 1GOAA 4PWDA 2Z1HA 4FJXA 1NK7A 2VWKA 2FBTA 5KRTA 1TK5A 3VN5A 4CFCA 1S1TA 3B6PA 4DLEA 3QEWA 1LAVA 4CCHA 2KQ2A 5CY4A 3OYHA 3RWUA 3NHGA 4BWJA 4AH9A 5FRNA 4B9NA 1B92A 3VQ8A 3P83D 4N56A 4UQGA 4R5PA 2PY5A 2HNDA 4ELVA 2D0BA 2RKIA 4J2AA 4CE9A 1BQNA 2ETJA 3NF9A 1WNSA 1JLBA 3O4NA 4DS4A 2BANA 2YKMA 4QAGA 4HCCA 3AO3A 1UOCA 2P51A 4WE1A 2HVIA 4F3TA 4QCLA 2LSNA 1QS4A 4DSLA 1D9DA 1LWEA 1VSLA 2F8SA 4FJ5A 3ALYA 5K14A 3VQQA 3LP0A 1VSIA 3LP2A 4FM0A 4DFKA 4KHWA 2IS3A 4IFVA 3PX0A 3MXMA 3QINA 1JXEA 3IAYA 1ZYQA 3NFAA 1QSSA 4OJRA 1K6YA 4LH4A 3OYCA 4AHUA 3OY9A 3L8BA 5J2QA 4C8LA 2IGIA 1IKWA 3SQ4A 1KFDA 3C94A 1S9EA 5SWMA 3V4IA 4LSNA 4FLYA 3ASMA 4DF4A 3HP6A 3ZT0A 1TL3A 3AVAA 4KKOA 3M8RA 3TAQA 1QE1A 1REVA 1RT6A 3ZSRA 4DQSA 4CJWA 3V6DA 2YNGA 3QEPA 2DFEA 2Q3SA 5CZ2A 4K8ZA 1HNIA 3NF8A 3ZCMA 3TAMA 1IKXA 4CHOA 2BGGA 1HRHA 3DLKA 1YT3A 1J53A 4M3TA 3BDPA 4FW1A 2Z1JA 3CG7A 4CJUA 4CJ5A 4CESA 3DMJA 3HL8A 4JRPA 3NGYA 4AHTA 4I2QA 3AVMA 4MFBA 3VQ7A 4CF2A 4G1QA 3O4QA 1NK5A 2ZQBA 3I0SA 4CEDA 3RRHA 1N6QA 4KI4A 2EX3A 4FM2A 1S5JA 1JKHA 3HVRA 2D0CA 3MEEA 4J2EA 4CFAA 1RBUA 4QOZB 3OYKA 2F8TA 4DSKA 3EZ5A 1TAQA 4OKEA 3OYAA 5DK5A 3U6FA 1WSGA 4E7JA 1O1WA 3RMDA 5HRRA 1BGXT 4W5TA 4DQQA 2XY7A 2YNHA 5J1EA 3HPGA 2QK9A 3KK1A 4CHYA 4CHNA 1C0MA 4CJKA 3PO4A 2HHVA 4DSFA 4Z4FA 3NE6A 4L8RB 1UAXA 1NOZA 2OZMA 1MU2A 4B08A 2HHTA 3HM9A 3I8DA 2Z1IA 3DOLA 5JS2A 1YTAA 4M45A 3AVFA 3D0PA 2OPPA 3DYAA 3LWMA 1EXQA 1T05A 1RBVA 3K5NA 1LWCA 3CFRA 1IKVA 1ITGA 4CJQA 4CJSA 3U3YA 3DRSA 2PZSA 2O4GA 1CLQA 1NK8A 2W42A 3CM6A 4FJ8A 3LALA 2G8KA 4BDPA 2RN2A 4AHCA 3SV3A 2WOMA 3ZSOA 2HMIA 3D45A 4KAZA 4OLAA 4FJIA 3ISNC 4OKKA 1X1PA 5HBMA 4EZ9A 1KVAA 1RNHA 4M3ZA 2DFHA 4CJEA 1HQEA 4I9LA 4LSLA 1ZBFA 1WSIA 3OJSA 4JRQA 2X6NA 4CF1A 3L3VA 1VRTA 2D0AA 4E7LA 5J2PA 3RTVA 3WNEA 2A1SA 4CHPA 4DG1A 4FLTA 2GBZA 4LD0A 4HCBA 2B5JA 1C1CA 4CERA 2GUIA 3KLEA 3DLRA 4N76A 4FJGA 2ATQA 2VG5A 1UA1A 1T8EA 4CEFA 1HMVA 3V1OA 4F3OA 3NF6A 3JYTA 2RF2A 3DRPA 4KV8A 1KVBA 3KLHA 4W5NA 1NKBA 4NCAA 4Y1CA 2G8HA 4DQPA 4ZTFA 4FZYA 4CIEA 2FBYA 4CF8A 2OZSA 4BDZA 2E4LA 3SV4A 5JS1A 1RDDA 1KLMA 1VSJA 1NKCA 3IS9A 1VRUA 4M42A 1X9SA 3OJUA 1FKPA 3NDKA 3C95A 1TGOA 3SPZA 3IRXA 1BL3A 3C6TA 3KTQA 1KVCA 1BCOA 4DTUA 4Z4HA 1VSFA 3SNNA 4CIFA 3L2RA 1L3VA 4FJHA 4KHYA 1C6VA 3HT3A 3HXMA 3LZIA 2KFNA 3OYMA 1RCHA 4O4GA 3VQ6A 4M41A 5HP1A 3OS2A 3K5MA 1VSHA 2D5RA 2NUBA 4B8CA 3VQAA 4CFDA 4HUEA 4AHSA 2RPIA 3LPUA 3TWHA 2HHQA 2VG6A 4E1MA 3OS0A 1NJWA 3V9SA 1JL2A 5KTQA 3V9WA 1S6PA 4HTUA 1F21A 4PQUA 3MXJA 4DFJA 5EU7A 5FROA 1HYZA 1LAWA 1RILA 4DU1A 4O44A 3ZT4A 3KLFA 4E7KA 1SUQA 3S3OA 4B3OA 1EKEA 4CEBA 1ZBIA 3NAEA 4ICLA 3QNOA 1VSDA 3IG1A 2IAJA 3EY1A 2HNZA 3RMAA 3OYNA 4CGGA 1EP4A 1NK9A 1FKOA 3SUOA 3ZSVA 4DMNA 3T19A 4Q5VA 3NH0A 3V1QA 3LP1A 2YNIA 3AA2A 4KB0A 1J5OA 3NGZA 4DTOA 3QNNA 1LW2A 3ZSZA 4Y1DA 1NJYA 2YKNA 3M8PA 1VSEA 4DTJA 3OYBA 3THVA 1UWBA 5KI6A 1IH7A 3ULDA 1W9HA 5I42A 3S3MA 1D9FA 3LANA 1U49A 4PY5A 4W5RA 3SCXA 1S1UA 4Z4IA 1GOCA 4H8KA 2P1JA 1C1AA 3AVJA 1L3TA 1LW0A 2YNFA 4C8MA 1NK0A 4FZXC 1L3SA 2JGUA 1G15A 1EETA 3H08A 1WSFA 3SI6A 1X9MA 3AO1A 3CFPA 3KD5E 3EYZA 3L2WA 4FJNA 3ZSQA 2QKKA 4CJ4A 1WAJA 4CEOA 4FCYA 1WN7A 5D3GA 4DQRA 4IFYA 1BIUA 4KTZA 3SZ2A 2Y1IA 1KCFA 3NBPA 4BDYA 3S3NA 1DTQA 5FDLA 1ZBHA 2DTUA 1SL0A 4ZHRA 3ITHA 4AILC 3HYFA 2OA8A 3LPTA 1BCMA 5KGWA 4DSEA 4CK3A 4N47A 5C25A 4CEEA 1RTHA 3AO5A 1NK4A 4CEAA 3RR7A 1D5AA 1WSJA 2EHGA 4Z4EA 2B6AA 1JLEA 2HHXA 2BE2A 4H4MA 1B9FA 3DRRA 4FJ7A 4CHQA 3AVBA 2HNYA 4NYNA 3ZSXA 1L3UA 4MQ3A 3VQEA 4FZZA 3P1GA 3L2QA 1CZ9A 3SQ1A 1SV5A 1RTIA 3V9UA 3NCIA 1R0AA 4B9TA 3KKSA 3VQDA 4DSJA 3I0RA 1SKWA 3SUQA 4M3YA 3SYZA 4CJLA 4F4KA 3HJFA 4KTQA 3AA3A 1WAFA 3AA5X 3TAFA 4OGCA 4B9VA 2KFZA 1CXQA 1IKYA 3CQ8A 4M3WA 5CZ1A 4W5OA 3O3HA 3V81A 3QO9A 1DLOA 3OVNA 4LY7A 4HVJA 3MECA 4FXDA 4DTRA 1JLGA 3HVTA 2X74A 4CGFA 3WNGA 4FLWA 4J2BA 3SQ0A 1ASWA 3VQBA 1FXXA 4ELTA 4PUOA 1RT5A 4DTMA 2R7YA 2HB5A 2GV9A 3AO2A 4N5SA 4FJ9A 2X78A 5KGXA 4CK2A 4OLBA 1TAUA 1SL1A 2HW3A 4FLZA 3T3FA 1VSMA 3PX4A 4B9UA 4GVMA 5HLFA 3CM5A 4OKJA 4RW8A 3MAQA 1NJZA 3UIQA 1XHXA 2HHUA 5HRNA 1QHTA 1XWLA 4KFBA 2FBXA 4LH5A 1TKDA 2E6MA 1WLJA 4FJLA 3E01A 3AVCA 3KLIA 3WNFA 2IOCA 2XO7A 4HUGA 1HJRA 4O0IA 3ZT1A 3VQPA 1J9AA 2G8VA 4YFUA 1I3AA 1A5WA 5I3UA 2G8WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3HJF A;  4KTQ A;  3AA3 A;  1WAF A;  3AA5 X;  3TAF A;  4OGC A;  4B9V A;  2KFZ A;  1CXQ A;  1IKY A;  3CQ8 A;  4M3W A;  5CZ1 A;  4W5O A;  3O3H A;  3V81 A;  3QO9 A;  1DLO A;  3OVN A;  4LY7 A;  4HVJ A;  3MEC A;  4FXD A;  4DTR A;  1JLG A;  3HVT A;  2X74 A;  4CGF A;  3WNG A;  4FLW A;  4J2B A;  3SQ0 A;  1ASW A;  3VQB A;  1FXX A;  4ELT A;  4PUO A;  1RT5 A;  4DTM A;  2R7Y A;  2HB5 A;  2GV9 A;  3AO2 A;  4N5S A;  4FJ9 A;  2X78 A;  5KGX A;  4CK2 A;  4OLB A;  1TAU A;  1SL1 A;  2HW3 A;  4FLZ A;  3T3F A;  1VSM A;  3PX4 A;  4B9U A;  4GVM A;  5HLF A;  3CM5 A;  4OKJ A;  4RW8 A;  3MAQ A;  1NJZ A;  3UIQ A;  1XHX A;  2HHU A;  5HRN A;  1QHT A;  1XWL A;  4KFB A;  2FBX A;  4LH5 A;  1TKD A;  2E6M A;  1WLJ A;  4FJL A;  3E01 A;  3AVC A;  3KLI A;  3WNF A;  2IOC A;  2XO7 A;  4HUG A;  1HJR A;  4O0I A;  3ZT1 A;  3VQP A;  1J9A A;  2G8V A;  4YFU A;  1I3A A;  1A5W A;  5I3U A;  2G8W A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G4S N;  3CFO A;  1KRP A;  3VGM A;  3O3G A;  5DM7 L;  5FRM A;  2P1Q B;  1Q8I A;  5J2M A;  3ATU A;  4O8K A;  3CD6 N;  4QS9 A;  5FLX O;  3NGI A;  1NKE A;  4JS5 A;  2YB5 A;  4JS4 A;  1JLC A;  1Y64 A;  3EE8 A;  4DR4 K;  3UKR A;  3KK2 A;  4KRE A;  4O55 A;  3THW B;  4FJK A;  3VQ4 A;  4BAC A;  4JK8 A;  3T1A A;  1VAZ A;  4PKH A;  5KRS A;  1XMH E;  2F96 A;  4X66 K;  3G71 N;  3QLH A;  3TR8 A;  2D4W A;  2PYL A;  1YVU A;  4CF9 A;  3E9P A;  3WXK A;  2NRV A;  3H3N O;  3OYL A;  4PKG A;  2OVP B;  3L2V A;  5M1N A;  1TK0 A;  1YTU A;  1T44 A;  1YVN A;  2H3G X;  2KHO A;  3DXM B;  4CFB A;  4B1Y B;  4NYF A;  5T7B A;  2NRW A;  1KLN A;  4M3U A;  4FWK A;  5SZT A;  3T7Z A;  2QWP A;  4M7Y A;  3CCQ N;  2G8F A;  4Q0B A;  4KHQ A;  1CZA N;  3VGL A;  1ASU A;  1WUA A;  4FLU A;  4AM6 A;  2HF4 A;  3VEZ A;  2G8U A;  1YJ9 N;  2E32 A;  3H46 O;  3QFP A;  1NLV A;  4FK2 A;  5LL6 Z;  4C8O A;  2KLA A;  3HO1 A;  2QKB A;  1EWR A;  3AGR A;  1FK9 A;  3CCJ N;  5C42 A;  2O4I A;  4TSX A;  1IBK K;  4NLB A;  3OHR A;  4LFA K;  3RSE A;  4N41 A; 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