4FJNA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/da
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
900
structure length
900
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 327
structure length 900
sequence length 900
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjnA03
1NK8A 4CK2A 4AHRA 4ELTA 4FJ5A 1S1VA 4CEFA 5KGWA 5HRNA 1S5JA 1JLEA 4FM0A 4ICLA 3K57A 3MXIA 4B3OA 4FJXA 3V9ZA 2VWJA 4C8NA 4AILC 4CGDA 4KHYA 2OPPA 4DQSA 4CHNA 2YNIA 5CY4A 4BWMA 1RT7A 1JLFA 5I3UA 1NJYA 5FDLA 1KFSA 3ZSYA 1IKVA 4HVJA 4C8OA 3L8BA 3L2VA 2BDPA 1XHXA 1SL1A 2YHAA 5D3GA 3LALA 3UIQA 1WSIA 2G8UA 4E1NA 2E4LA 3TAEA 2Z1JA 3OYIA 3V1QA 4CEQA 1ZYQA 3HVTA 4CK3A 1NJZA 2GV9A 3PX4A 4CFDA 4MFBA 3SZ2A 4ID1A 4ID5A 1FXXA 1L3SA 4HCBA 1Q8IA 3ZT2A 2Z1HA 3NH1A 5HP1A 2XO7A 4M3WA 1RCHA 3NBPA 2FBYA 3DRPA 4IFVA 4EZ9A 3V4IA 3LZJA 4DFJA 4Z4CA 3MEEA 1QSSA 2VG6A 3KK2A 4RW8A 1S1TA 4E7LA 2R7YA 2BGGA 4KB0A 1I39A 2LSNA 3VQPA 4DSEA 3V6DA 1QSLA 3HSTB 4M3YA 1RBSA 5HRRA 3VQ4A 4OVLA 3D45A 3L2QA 2RN2A 4CJWA 3OS0A 4CGGA 1WSJA 1YTUA 1WAFA 4B8AB 4B8CA 4DF8A 1VSFA 1WLJA 1DTTA 4F2SA 3HP6A 3DM2A 1VSHA 1WSHA 1RT2A 5T7BA 3TAQA 1RT5A 2P1JA 3CG7A 4JRPA 2HHUA 1C0TA 3L2WA 1EP4A 2DFEA 3DRRA 4W5OA 1EETA 1XC9A 4J2EA 4CJFA 3LZIA 1YVUA 2F96A 2HB5A 3EY1A 4B9NA 3HL8A 3O3HA 1WSEA 1L3UA 5JS1A 4JLHA 5HLFA 3SUPA 4RG8A 4CJSA 1CLQA 3NFAA 1IKYA 1TKTA 2GBZA 2Q3SA 5K14A 4Q5VA 3ZT1A 4FYDA 3HPGA 4FK0A 5FRMA 2E6MA 3MECA 4DTUA 2WONA 4Z0UA 2O4GA 3SV3A 5J2MA 2W42A 3JSMA 2ETJA 4YFUA 1N5YA 1KLNA 4FK2A 3KIOA 4OJRA 4DTPA 1KTQA 1S9EA 3DOLA 4FK4A 2PY5A 4DTJA 3KLIA 4W5RA 3RMBA 1KLMA 1IKXA 1VSIA 4DF4A 1IH7A 2D0BA 3O4NA 2RKIA 3WNHA 2ZD1A 1JKHA 3V9UA 1IO2A 3QINA 3O4QA 4CECA 2QKBA 3HXMA 4PQUA 3DI6A 1T03A 3M8PA 4NCGA 3DLGA 5JS2A 4IFYA 5J1EA 3DLRA 4CJVA 2P5GA 1JLGA 3OYJA 3CM6A 1XI1A 3TAMA 1NOYA 4C8KA 3SYZA 4JS4A 1NOZA 4DU1A 4O0IA 2HW3A 2X74A 4IKFA 4IG3A 1VSEA 1UA0A 3AVFA 4CJ4A 4J2DA 3LPTA 1IKWA 4Z4IA 4BWJA 1HRHA 3KLEA 4FZZA 1ASVA 4QOZB 4LY7A 1JLAA 3K59A 3K5OA 3QETA 4M42A 2YKMA 4BACA 5J2PA 4DTOA 4UQGA 4O0JA 4QAGA 3VQ9A 3ZSXA 4W5QA 3TWHA 1HJRA 2BANA 4FJMA 3P1GA 3T19A 3WNFA 4OPJA 3KKRA 1YTAA 3AVCA 4DLEA 3JYTA 4CESA 2G8FA 3VN5A 4CFAA 1BCOA 2OA8A 3MEDA 1CZ9A 3DYAA 3PY8A 1JL1A 1U48A 4M3ZA 3AO1A 4O44A 4B9MA 4FJKA 3V9XA 3KLFA 1UAXA 3V9SA 1TGOA 1NK0A 3AO2A 4FZYA 1BCMA 3NDKA 3QNOA 2WOMA 4NYNA 3KLHA 3QESA 4O55A 4LSNA 1K6YA 3KK3A 1KCFA 2XRIA 4FJIA 2DTUA 1VSKA 1L5UA 4CEEA 3ZSQA 3EYZA 1X9WA 1GOBA 4BDZA 1D9FA 4CHQA 3VQAA 1BIZA 3V1RA 2QXFA 3NGIA 2F8SA 1A5XA 1C6VA 1RTHA 4NCAA 3C6UA 4DU4A 3QEPA 1C0UA 4FJ9A 3HJFA 2YNHA 2DFHA 1DLOA 2XY6A 4E0DA 3TABA 3OYAA 2XY5A 1NK9A 4ZTJA 1JLBA 2BE2A 1S1UA 4OKJA 4CGJA 1QQCA 4JS5A 1ZBHA 4FLVA 3ZSOA 3OVNA 3LAKA 3QLHA 4N41A 3VA0A 4L8RB 4PUOA 4C8MA 4CJ5A 5C24A 3QEVA 1HPZA 1NK5A 1SL2A 1U45A 1RT6A 4IG0A 4I9LA 1ASUA 4DQIA 3RR8A 3TANA 5KGXA 3ZCMA 1T8EA 3VQEA 2OPRA 4DTRA 3QNNA 1Q9YA 3K5LA 1Y97A 2O4IA 1T7PA 1VSMA 3NGZA 2OZMA 4CHYA 3PX6A 1I3AA 1QTMA 1F21A 1KFDA 1J5OA 4HHTA 3HPHA 4CJKA 2IOCA 2GUIA 2JLEA 1LWCA 3QO9A 4CF8A 4FVMA 1BIUA 3SNNA 4E3SA 4G1QA 1BI4A 4DU3A 1TV6A 3H08A 3M8QA 3ZSZA 4F3TA 3L2RA 1ZBUA 4GW6A 1GOAA 4F2RA 1O1WA 4GVMA 4ELUA 1A5VA 2FBTA 4CF0A 2G8VA 3CQ8A 4CEZA 4CJTA 1HQUA 3C95A 2KTQA 2QK9A 1NK4A 4DSKA 1RNHA 4IBNA 4NCBA 3NF7A 4W5TA 1SKWA 4E19A 1W0HA 2IS3A 1TVRA 3AVGA 3ZT4A 4CJ3A 3G0ZA 3DLBA 2X6SA 4CK1A 2OZSA 4DG1A 5J2NA 4Q0BA 2VWKA 5SZTA 3NH2A 4IDKA 1RTIA 1JXEA 2DY4A 4RW9A 1HMVA 3TR8A 3QEWA 1QHTA 3WNEA 4E1MA 1TAUA 2A1SA 2AJQA 2FBXA 3CFOA 4BDPA 3VQBA 1NKBA 1VSLA 2XY8A 4CF9A 3PUFA 1LW2A 3AO5A 4DSLA 1RDCA 3RR7A 1SUQA 3VA3A 2Y1IA 4PWDA 3D0PA 4WE1A 4DSIA 1J53A 4FLUA 3T3FA 2HHVA 3OYHA 4CGIA 2G8WA 1N6QA 1WSGA 4OKEA 4CIEA 1TAQA 3B6PA 3ASMA 3PO5A 4F8RA 4C8LA 3KJVA 4FJ8A 4XIUA 1S9GA 3DLEA 1TKDA 5J2QA 1ITGA 3CYMA 3MXJA 4KKOA 5EU7A 5HRSA 3HVRA 1A5WA 3AVHA 4BE2A 4CHZA 1X9SA 4Y1DA 1RTDA 4DFPA 3LP3A 3V81A 4M41A 1VK0A 4OLBA 4Z4EA 1LAVA 4M3RA 4KFBA 3DRSA 5E41A 4FM2A 4M3TA 3DLHA 1W9HA 3OYDA 2IC3A 1VRTA 3LDSA 3RTVA 3AVIA 4FLZA 4DTXA 2YNGA 4FJNA 1ASWA 1SV5A 5SWMA 1S1WA 3HO1A 3IS9A 4MQ3A 1TKXA 2ITGA 5KTQA 3CM5A 3AVJA 2HVHA 1FKPA 3AVLA 1JLQA 4H4MA 4RW6A 4DTNA 1CZBA 3S3OA 3L3VA 1LW0A 1RT3A 4RW4A 4FJHA 3SJJA 1S6QA 3ZSRA 1C1BA 2KZZA 2D0CA 4OGEA 2RPIA 1U47A 2XHBA 2Y1JA 4W5NA 4KTQA 2F8TA 4CHPA 4K8ZA 3TAPA 3LAMA 3NF8A 3RMDA 3K2PA 3OJUA 3ULDA 4FLYA 2B6AA 2HHXA 3NHGA 2JGUA 1VSDA 1C1CA 1JLCA 1HNIA 1QS4A 4KI4A 1XWLA 4LH5A 4CERA 1BGXT 1KRPA 4DQPA 1HYSA 4N5SA 3QIOA 1RBRA 4OLAA 1C0MA 4N76A 4E7KA 1RDDA 4FXDA 3K5MA 4CEOA 2KFZA 4KHSA 4PA1A 4KREA 1HQEA 1UOCA 2B5JA 3LWMA 4J2BA 3AVNA 3ZSWA 4B9SA 3RMCA 3SI6A 4N47A 1D9DA 2YKNA 5KRTA 1LAWA 4B9UA 3AA3A 4FLWA 3DMJA 3CFRA 1DTQA 1CXQA 3F73A 3T1AA 3RRGA 3ALYA 3LP1A 1IG9A 1SKSA 4FLXA 3TAFA 1EKEA 4E7HA 3F9KA 3HT3A 3OS2A 4FLTA 2I5JA 5CYMA 1U49A 3AVBA 4LH4A 3OYCA 3V1OA 4HCCA 4KHQA 4OKKA 4CEDA 2VG5A 4CJEA 3VQDA 3SUNA 4DMNA 4E7IA 4YNQA 4Y1CA 3SPZA 4KPYA 2HMIA 1TL3A 4AHUA 4N56A 4HUFA 4BE0A 3QEIA 3ZSVA 4CFBA 3P5JA 2HHSA 1ZBIA 3CFPA 2P5OA 4F3OA 2HHWA 1JL2A 3L3UA 5FROA 2QKKA 4CJQA 1HYZA 1REVA 3S9HA 4FJLA 1BISA 2HNYA 3VQ5A 4CHOA 3AVMA 2YNFA 3O3GA 3NCIA 1KSPA 5C25A 3K58A 1BL3A 1JXBA 1SL0A 1WSFA 3I0SA 2KQ2A 5FRNA 3HP9A 4CGHA 1TL1A 1Z25A 1C1AA 3QEXA 1KVBA 5DK5A 4CIFA 3SUQA 4R5PA 4CF2A 3IAYA 1TKZA 2HNDA 4DQQA 1QE1A 2IDOA 1ZBLA 3NE6A 2HNZA 2Z1GA 3NH0A 3THVA 2HVIA 2YHBA 2ZE2A 4AHTA 3KLGA 3MEGA 3E01A 4DTMA 3AA4A 3L2UA 3RWUA 3OYEA 4E7JA 4DTSA 1Q9XA 2X78A 1NKEA 4J2AA 1B92A 3S3NA 1SKRA 1WN7A 3AVKA 3LP2A 2XY7A 3NGYA 3VQ7A 3AO3A 3WNGA 4CFCA 4CE9A 3AVAA 4ZTFA 1QSYA 1X1PA 4DSJA 4CEAA 3KD1E 1MU2A 2OPQA 3SQ2A 4AHCA 3P83D 5HBMA 3OYFA 1KVCA 3G10A 3OYLA 4EZ6A 3AO4A 3OYBA 3TARA 3IRXA 1NJWA 2X6NA 3NF6A 4CIGA 2ZQBA 3HM9A 2RF2A 3HYFA 1G15A 3DOKA 4CJPA 1S1XA 4NYFA 4CJUA 1EXQA 3M8SA 4JRQA 2EX3A 4B9LA 3OYNA 4EP4A 2OYQA 1LV5A 4OGCA 2KZMA 3RRHA 2G8IA 3B6OA 4FW2A 1TK8A 2P51A 3OS1A 1TK5A 2PZSA 4GMJB 3HK2A 5KI6A 3ZT3A 2D0AA 1L3TA 4DFKA 2PYLA 4KB1A 1R0AA 1J54A 4KV8A 4TSXA 4I2PA 3VQ6A 4HUEA 3VQQA 1T05A 4DSFA 1HNVA 4FM1A 4KTZA 1VSJA 3LP0A 4M45A 4KTWA 4H8KA 4CEBA 1BHLA 4BE1A 4DLGA 4AHVA 1U4BA 1Z26A 3QERA 1GOCA 4FJ7A 3SQ4A 2ATQA 4HTUA 1RTJA 3NAEA 2IGIA 3FFIA 1J9AA 1ZBFA 4AH9A 1RDAA 3PO4A 3U6FA 4KHNA 4LSLA 3ITHA 2A1RA 1YT3A 3S3MA 2FC0A 3OYGA 1D8YA 3IG1A 4Z4HA 1BQMA 3SQ0A 1CXUA 4DS5A 3C6TA 3C94A 4H4OA 3U3GA 5C42A 4KHWA 2OPSA 2VG7A 3V9WA 4ZHRA 1S6PA 1RT4A 1EX4A 3SCXA 4I9QA 3AA5X 5HRPA 3QIPA 4PY5A 3HPOA 3M8RA 3NF9A 3OYKA 4QCLA 1U04A 4O5BA 4F4KA 2B4JA 1UWBA 4BDYA 3A2FA 4B9VA 2EHGA 3U3YA 4B9TA 4Z4GA 4CCHA 4CGFA 2DFFA 3MAQA 3I0RA 2D5RA 5I42A 4CJRA 3OY9A 5HROA 2G8HA 3LANA 3DLKA 3ZT0A 4DFMA 4M3XA 2IAJA 4ELVA 3SV4A 4EP5A 1NKCA 3PV8A 5DMRA 2HHQA 1D5AA 4K8XA 1FK9A 4O4GA 4LD0A 4HUGA 2KFNA 3LWLA 1XHZA 4AHSA 4FJGA 4KAZA 3KD5E 4OPKA 1WAJA 3PX0A 3K5NA 1RILA 1B9FA 1TK0A 2HHTA 1NJXA 2Z1IA 4E89A 1BI4B 1RBVA 3LPUA 2E6LA 4FZXC 3KTQA 1FKOA 1VRUA 4DWIA 4FJJA 1RDBA 2YV0X 4KO0A 4KHUA 1X9MA 3OJSA 4I2QA 5CZ1A 3O3FA 3OYMA 1RT1A 3TAGA 4RW7A 4M3UA 5KRSA 3KK1A 3I8DA 1NK7A 3BDPA 1WNSA 3ISNC 3SUOA 2G8KA 2FBVA 3KKSA 2PYJA 4FW1A 3SPYA 2NUBA 5CYQA 1LWEA 3SQ1A 1LWFA 4CJLA 3VQCA 4I7FA 3TI0A 1HYVA 3BGRA 3VQ8A 3RMAA 4DQRA 4KRFA 1RBTA 1RBUA 3AA2A 1UA1A 5CZ2A 3AV9A 4KI6A 4FCYA 1B9DA 4DS4A 3MXMA 1NK6A 4Z4FA 1BQNA 4CF1A 4B08A 3EZ5A 2KW4A 1L3VA 1KVAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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