4M42A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-4 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m42A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m42A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m42A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m42A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m42A03
2OPSA 3AA5X 3LPTA 4RW8A 4FJMA 3IS9A 4QAGA 4CEFA 2VG6A 1ZBLA 3HPHA 3AVLA 2ZD1A 3LAMA 5CYMA 2O4GA 3MEGA 3ITHA 4M45A 1W0HA 5KRTA 4LSNA 3OS0A 4HTUA 1X9MA 5CZ2A 3V1OA 3UIQA 3AA4A 3EY1A 4FYDA 3LANA 1Q9XA 2D0BA 5CY4A 4R5PA 3V6DA 3TI0A 1RT3A 2IDOA 2XY7A 4B9VA 4FXDA 1HNVA 1VK0A 4B3OA 3AVFA 1XHZA 2QXFA 2YNIA 3RRGA 3L2WA 1A5XA 2RKIA 1NOZA 4E7HA 3ZSRA 5FDLA 4I2PA 4IDKA 5C24A 3U6FA 4CFCA 1BL3A 4DMNA 1J9AA 3QEXA 3SPZA 4FLUA 4CJRA 4IFYA 3KD5E 1S1XA 1BI4B 3QIPA 1K6YA 3LWLA 1UWBA 2XRIA 4B8CA 1C1BA 3CYMA 4J2EA 3HO1A 3C6TA 1SUQA 3PY8A 2OPQA 4HCBA 3OYFA 1KLNA 3LP3A 1NK8A 4BE1A 4W5TA 1J54A 3CM5A 4BACA 3ZT3A 3TAMA 1U48A 4CJKA 4B08A 4KB0A 2GUIA 4I9QA 1KRPA 3QEIA 4ZTJA 2KZZA 3LDSA 3S3MA 1TAUA 4Z4GA 2D0AA 3V9WA 1N5YA 1Q9YA 1IKXA 3NF7A 3K59A 4AILC 1QSSA 2VG7A 2B6AA 1L5UA 1ASWA 3KK3A 1EX4A 4DFMA 1WSIA 1FK9A 1S9EA 2A1SA 4YNQA 4BDYA 4DQIA 4ICLA 3K5NA 2W42A 4F3OA 4LD0A 2DFHA 1QHTA 3DM2A 1U04A 4M3UA 3TAEA 5J2MA 3O4QA 1L3TA 4DTSA 1W9HA 2D5RA 5J1EA 1FKOA 4DQQA 3L2RA 1U45A 1RBSA 3P5JA 3MECA 4EZ6A 5FRMA 3NH0A 4CEAA 4CF1A 4CHQA 1CZ9A 1TK5A 4DF8A 5C42A 4FM2A 1YVUA 4KREA 3AVCA 3DRRA 4FJIA 4ID5A 4RW9A 4JS4A 2ITGA 5JS1A 4KRFA 1I3AA 3KLGA 1QTMA 4DLGA 4BE2A 1NJWA 1RDDA 2DTUA 2FC0A 3QINA 4AHSA 3PO4A 4AHRA 3JYTA 3KTQA 3QIOA 1LV5A 4KPYA 1KSPA 1WSFA 3VQBA 2YNGA 4DSEA 3OJUA 4DTRA 4FJHA 3RRHA 1NK5A 3PX4A 1BIZA 3ZSXA 3M8RA 3ZSWA 3QNOA 4HCCA 1WSJA 2BE2A 3VQ6A 3B6OA 4FLYA 4CGDA 3L2VA 4CHYA 1ZBFA 3TAPA 2YNFA 4CIGA 3KK1A 4MQ3A 4H4MA 1SKRA 1ZBUA 1Z26A 2Z1HA 3T19A 1TK0A 4Z4CA 4E7LA 1F21A 3OYDA 1D8YA 4O55A 4O0JA 4CEZA 3NF8A 1EETA 4O44A 4GMJB 1VSDA 3DRPA 4RG8A 1SKSA 4Z4FA 1QE1A 3AA3A 3OYAA 1U4BA 3RR8A 3S3NA 1IKWA 1XI1A 3VQ5A 4AHUA 4H8KA 2YHBA 3IAYA 3RWUA 2G8VA 4B9NA 4CJLA 2DFFA 1VSEA 1JXBA 4DQSA 3KLIA 2PYLA 1N6QA 1BCMA 3MAQA 4E7IA 1DLOA 3IRXA 4Y1DA 1BCOA 3LZJA 4B9UA 1RBVA 4CIEA 4Z0UA 5CYQA 3DLKA 4E1NA 2E6LA 4OLBA 3SV4A 4J2DA 4KHYA 4CFAA 1J5OA 3L3UA 2I5JA 1NJZA 1Z25A 3ASMA 1QSLA 1RT6A 3SV3A 4OGEA 1TKXA 1S9GA 1EKEA 2X78A 5KI6A 5C25A 3OVNA 3HPOA 4KHNA 2ZQBA 1JKHA 1HJRA 2P51A 3DLRA 4TSXA 3WNHA 1WSGA 3TAFA 3HVTA 3VA0A 4DF4A 1SL2A 1NK4A 4AHVA 1IH7A 2OZMA 2WOMA 5J2PA 4ELTA 3WNGA 4F2RA 2HHSA 1RBUA 4XIUA 4LH5A 3TABA 3I0SA 4FVMA 1UA1A 4IBNA 4OKKA 3P83D 1T05A 1MU2A 3AVHA 4IG3A 2IGIA 4BDZA 1ASVA 1HYVA 4CFDA 4FM1A 1KCFA 4OVLA 1LAVA 4FK4A 3MEEA 1DTTA 1JLAA 2A1RA 1NK7A 3BDPA 3HXMA 4B9TA 1L3UA 5JS2A 1NOYA 4KKOA 4DFKA 4CEDA 1DTQA 2G8HA 4FJKA 2FBVA 5HLFA 3HM9A 2G8IA 3AV9A 3O3HA 3HT3A 1KVCA 4AHTA 4CGIA 1IO2A 1S6PA 4KB1A 3AO5A 4W5RA 4DTJA 3OYKA 3TARA 3SQ4A 1VSIA 4E1MA 3RMAA 3SUQA 1G15A 2X74A 3VN5A 4CF0A 4CEQA 4N5SA 5CZ1A 3AVNA 3KJVA 4E7JA 4CJPA 3ZSZA 4FZZA 4C8KA 5DK5A 3VQ4A 5KTQA 3VQPA 1XHXA 4BWJA 3T3FA 4CEOA 1UOCA 3KK2A 3C6UA 4BDPA 2E4LA 4PA1A 2EX3A 4DWIA 2Y1JA 3AO3A 3RR7A 3QLHA 3M8SA 1S1UA 1R0AA 1L3SA 3AVBA 4CCHA 1KLMA 4G1QA 2IOCA 3D45A 1WAJA 2RPIA 3CM6A 4OPKA 4FW2A 4B9SA 4I9LA 4FZXC 1I39A 1TGOA 1LAWA 2PZSA 3VQ9A 3QESA 1VRUA 1T8EA 1D9DA 3DLBA 2VWJA 2P1JA 3CFRA 3FFIA 4DQRA 4OGCA 2KTQA 1S1VA 2HB5A 4E89A 3OYNA 5KGXA 1C0UA 3I8DA 2XY6A 2QK9A 3SCXA 2VG5A 3QERA 1RT4A 3QEVA 1BQNA 3HJFA 2KFZA 4PUOA 1B92A 3K5LA 1LWEA 4M3TA 4YFUA 4CJQA 5SWMA 1TK8A 3OY9A 3CG7A 2G8FA 3LP0A 1RCHA 4Z4EA 4RW4A 3T1AA 4FLVA 3HK2A 2HHVA 4ZTFA 3SUNA 1VSMA 1RTIA 1NK6A 3DOLA 2P5OA 1FKPA 1C1AA 3DYAA 3AVGA 3L2QA 3L8BA 3ISNC 3CFPA 3IG1A 3ZSOA 3SQ2A 4HVJA 1X9WA 1T03A 2DY4A 4BE0A 1EP4A 1KVAA 4JS5A 1D5AA 4CJ5A 4ELUA 1KVBA 2PYJA 3TWHA 4KTQA 2HVHA 1KTQA 5J2NA 4KAZA 2HVIA 4Q5VA 1C6VA 4CFBA 2KW4A 3V1RA 2AJQA 4NYNA 4DTXA 1ASUA 5HRPA 4K8XA 3NH2A 4WE1A 1SL1A 1QSYA 1RTHA 4DFPA 4PQUA 5D3GA 4LH4A 4OKJA 1BGXT 1HYZA 1JLEA 2YKNA 4CGFA 3HP9A 2X6SA 3LPUA 3NFAA 4I7FA 3OS1A 4H4OA 4FJLA 3AVIA 4E3SA 4N56A 4KO0A 2XO7A 2Y1IA 4B8AB 1TKDA 3QEWA 1BISA 3U3YA 2OA8A 3K57A 1JLCA 4CJWA 4CF2A 3O4NA 1TL1A 1L3VA 1Y97A 4C8NA 1WSHA 3SJJA 1FXXA 3HVRA 1U49A 2HNZA 2E6MA 1HPZA 2JLEA 2HHTA 4PY5A 4DSJA 4MFBA 3K5OA 2EHGA 4K8ZA 3HPGA 4CF9A 4Q0BA 3DMJA 1XC9A 3WNEA 3DRSA 3F73A 3ULDA 3NGZA 4CJ3A 1RT7A 3KLFA 1BHLA 4FK2A 2XHBA 2Q3SA 3MEDA 4CGHA 1VRTA 4DU4A 4OKEA 4E7KA 1ITGA 3S9HA 1WN7A 3KLEA 4KV8A 3D0PA 1NJYA 4CK3A 4Z4HA 4CJTA 4DSKA 1RT2A 2IAJA 4ELVA 3V9SA 3QETA 1S1WA 3DLEA 1GOCA 1UAXA 3ZSVA 4DFJA 4FLZA 1NJXA 2QKBA 1Q8IA 4CJVA 4QCLA 5I42A 1SKWA 2G8WA 2F8TA 1TL3A 4FLTA 4F3TA 4QOZB 1YTAA 1KFSA 2QKKA 2Z1JA 3U3GA 5SZTA 4DG1A 5HROA 4M41A 4N76A 4W5QA 1TVRA 4HUFA 1YTUA 4J2BA 1S1TA 3H08A 4JRPA 1VSFA 4CK1A 3ZT2A 1ZBHA 3NF9A 1NK9A 2HHQA 4AHCA 2VWKA 4N47A 1C0MA 2G8KA 1NKCA 4FM0A 1WAFA 4M3YA 1RT5A 2NUBA 3AA2A 4ID1A 4HUEA 1HNIA 1B9DA 1JLQA 4CK2A 1CLQA 3LZIA 1VSLA 1X1PA 3NHGA 3VQQA 3OS2A 3OYEA 1SL0A 4NCAA 3DOKA 4KTZA 3V9UA 1LWFA 5T7BA 1X9SA 3TANA 4CHPA 1T7PA 3OYGA 1IG9A 1XWLA 3KIOA 1HRHA 3NCIA 3G10A 4W5OA 3SQ1A 4B9MA 1RILA 4F4KA 4KHQA 4BWMA 1JL2A 3OYLA 3TAQA 4CGGA 4IG0A 3PX6A 4N41A 4M3RA 3SYZA 3G0ZA 1RNHA 3EYZA 3F9KA 3MXJA 1A5VA 3DI6A 5HRSA 3CFOA 3QNNA 4CJSA 3SUPA 2D0CA 2DFEA 3A2FA 3HYFA 3K2PA 5K14A 4CJ4A 3B6PA 1A5WA 1NK0A 4OPJA 3NGIA 3LAKA 4DS5A 4DSIA 1JLBA 2KFNA 3JSMA 1HQEA 3NH1A 4CERA 2BGGA 4O4GA 3VA3A 4CGJA 2IC3A 3OYBA 4E0DA 4DTMA 4FJ7A 4FK0A 4FJGA 4FLWA 1JLFA 3HL8A 3MXIA 3MXMA 1NKEA 4FJNA 2O4IA 1QS4A 2Z1IA 1RTDA 3L3VA 1JXEA 2RF2A 4CEEA 3WNFA 1J53A 3VQEA 3V4IA 3KD1E 5KRSA 3BGRA 3VQ7A 3ZCMA 4FJJA 3PUFA 3PO5A 3SNNA 3NBPA 4IFVA 3RMDA 4OJRA 2HNYA 3QO9A 4RW6A 2B5JA 2FBTA 3LP1A 4CIFA 1SV5A 4DS4A 5I3UA 1ZYQA 3VQCA 2ETJA 4RW7A 3LWMA 4FZYA 3ZSYA 3AO4A 2YHAA 1IKYA 4NCBA 1D9FA 2BDPA 4ZHRA 2JGUA 2XY8A 3I0RA 1GOAA 5EU7A 3C94A 3HSTB 2XY5A 2X6NA 3SUOA 1C1CA 1B9FA 1C0TA 4KI6A 2OPRA 4KTWA 2KZMA 1KFDA 4LY7A 1LW2A 4CECA 4CE9A 3OYCA 2G8UA 4L8RB 1WSEA 2ATQA 3TAGA 4CJUA 1S5JA 4DLEA 4KFBA 2F8SA 3RMCA 4M3WA 1LW0A 3AVMA 3SQ0A 5KGWA 4AH9A 4EP5A 4O0IA 2ZE2A 3EZ5A 2HHUA 3V81A 2YKMA 1BI4A 3AVJA 3P1GA 3PX0A 4HHTA 4Z4IA 4KI4A 1EXQA 5J2QA 4I2QA 4DQPA 3M8QA 4J2AA 3KKRA 3THVA 3AVKA 1RDAA 3NGYA 1REVA 5HRRA 2HHWA 4M3ZA 4CEBA 5HRNA 2Z1GA 1GOBA 1VSKA 4OLAA 4JLHA 4LSLA 4HUGA 2GV9A 1TKZA 4FJ9A 4C8MA 4W5NA 3K5MA 3DLGA 4EP4A 4DTPA 4CESA 3C95A 4F8RA 5DMRA 4B9LA 3RTVA 3QEPA 4IKFA 3NAEA 4EZ9A 3SZ2A 3ZT0A 4PWDA 2FBXA 3AO2A 4CJFA 4FCYA 2PY5A 1BQMA 3ZT4A 3OJSA 5HP1A 1TKTA 5FROA 3NE6A 4KHWA 2R7YA 4CHZA 3L2UA 3OYIA 1YT3A 1ZBIA 1WLJA 3NDKA 1O1WA 3LP2A 2GBZA 4DSLA 3NF6A 1TAQA 5HBMA 1U47A 1JL1A 1VSJA 1VSHA 3KKSA 3O3FA 3S3OA 2OYQA 4E19A 3OYJA 2WONA 4FW1A 3SI6A 2LSNA 3E01A 3V9ZA 4NYFA 4C8LA 1HYSA 2OZSA 2OPPA 4M42A 4Y1CA 3CQ8A 3OYMA 3ALYA 1CZBA 4KHUA 4FJ5A 3M8PA 3ZT1A 1UA0A 4FJ8A 3V9XA 4DU1A 2KQ2A 3AVAA 4C8OA 5FRNA 4F2SA 2HHXA 2YV0X 4GVMA 4DTUA 1IKVA 3LALA 4CF8A 4FJXA 1NKBA 3DLHA 2FBYA 1WNSA 2BANA 2B4JA 1LWCA 1RDBA 3O3GA 4JRQA 3PV8A 4DTOA 2RN2A 2YNHA 4DSFA 4CHNA 3K58A 4UQGA 1RT1A 4DU3A 2IS3A 4KHSA 3HP6A 3RMBA 4CHOA 1CXUA 1S6QA 1CXQA 1JLGA 1QQCA 3V1QA 3TR8A 4GW6A 4NCGA 1TV6A 1RBTA 2P5GA 2HNDA 3AO1A 4O5BA 1HMVA 1RBRA 3ZSQA 5E41A 1RTJA 3SPYA 3VQ8A 3KLHA 3VQDA 4DTNA 3VQAA 4CJEA 1HQUA 2HW3A 2HMIA 1BIUA 4M3XA 2F96A 1RDCA 4FLXA 3OYHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2FF6A 2X78A 3OVNA 3WXLA 4KHNA 1JKHA 2DEBA 4TSXA 5AQZA 4H0XB 3TAFA 2FF3B 2OVRB 4XEIA 3LDLA 1XNQK 3MN9A 4XIUA 3TABA 4OKKA 4BDZA 3RSEA 2E32A 1DTTA 3UKUA 5A2QO 4FLXA 3HXMA 4B9TA 4DFKA 2HMPA 3CXCM 4FJKA 2FBVA 3SLCA 3HM9A 3VERA 3O3HA 1IO2A 4H5VA 3OYKA 3SQ4A 4CEQA 1FZ5E 1XL3C 2NRWA 2JQTA 4CJPA 3VQ4A 3EEQA 3TU5A 3T3FA 3C6UA 4PA1A 2EX3A 4DWIA 2Y1JA 4WFBL 2ASPA 3ID6A 1MMOG 1KLMA 4G1QA 2IOCA 1WAJA 2RPIA 4FW2A 4I9LA 1LAWA 2PZSA 1VRUA 4E1JA 5FPMA 3DLBA 5IT9O 1BO5O 3UO3A 4DQ8A 1YF5L 3FFIA 4OGCA 3VMFB 3I8DA 3CPEA 3RSEB 1P8ZA 2QWNA 1I94K 1XVDE 2P1OB 4JK9A 3CMEN 2W6LA 1LWEA 3R3LA 2FSNA 3OY9A 4A2AA 3CG7A 1FZHE 3LP0A 4H5WA 2D1KA 3HK2A 4ZTFA 1FZ8E 3O9UA 5AQGA 1SQKA 4DB3A 3AVGA 3CFPA 3SQ2A 4JS5A 3R1XA 1D5AA 4CJ5A 5EY4A 1KVBA 3C6PB 3TWHA 1BA0A 4KTQA 4KAZA 4WFAL 2HVIA 4Q5VA 1C6VA 3IMXA 1ILYA 2KW4A 4K8XA 1SL1A 4WE1A 5C10A 1RTHA 4H03B 4DFPA 5D3GA 4OKJA 1J6ZA 1HYZA 4KH6A 4CZGA 4LF4K 3HP9A 5MLCQ 1HJOA 3AVIA 4E3SA 3WQUA 4KO0A 5AQKA 1TKDA 2OA8A 3U3YA 3K57A 4CJWA 5LJWA 4C23A 2NRZA 4A61A 1U49A 1DT9A 4IOCL 2JLEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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