4M42A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-4 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 327
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m42A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m42A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m42A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m42A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m42A03
4L8RB 4FM0A 1L3VA 4FK4A 1BIZA 1QS4A 1S9EA 1SKRA 1LV5A 4DQPA 4FJ9A 3SNNA 3VQBA 3OYBA 4B9LA 1YTUA 1KVCA 3PO5A 5HRRA 3ASMA 4OKKA 3HSTB 2ZD1A 1F21A 3V9WA 3V9SA 4Z4IA 4CJEA 4W5TA 4YFUA 2FBXA 3I0RA 4FVMA 3V9XA 1L3SA 1HQEA 4F2SA 4E7KA 4KTQA 4C8MA 1T05A 3T19A 4E7LA 4CJRA 4DTUA 1Q9YA 2JLEA 1VSKA 4OLBA 3I0SA 1DTTA 4QOZB 2YNIA 1TKDA 2KZZA 3UIQA 3LWLA 3OYFA 1FXXA 4HVJA 4AHCA 1RDCA 3SUNA 4JLHA 4PA1A 3ZSQA 4CIGA 2QKBA 1RTJA 1NOYA 4DSFA 2Z1IA 3NGIA 3TAFA 2B6AA 4ICLA 4C8KA 1NK7A 2VWJA 3AVJA 3QIOA 3ZSZA 5HLFA 2A1RA 4DFPA 3THVA 3SV4A 2G8UA 4FJMA 1RDAA 1I39A 1S1XA 1A5VA 2BANA 3LALA 3M8QA 4FJXA 4IBNA 2OA8A 5JS2A 4KB1A 1LWCA 4CJ5A 4E1MA 4HUFA 4ZTFA 3V81A 2IAJA 4F3TA 2A1SA 2XRIA 3VQCA 1U4BA 4PUOA 5FRMA 2E6MA 4CFBA 1YVUA 5J2NA 2Y1IA 1JXBA 2HHSA 2RKIA 4Z4FA 1RT1A 1VSLA 3AO4A 2XY6A 4CJKA 1S6QA 1UWBA 1ZBIA 3S9HA 2HNDA 4MFBA 3ZT2A 1RT2A 2XHBA 2OPQA 4AHSA 4CJ3A 3U6FA 1ZBLA 4FZZA 4CGDA 4W5OA 4KREA 4KRFA 4M45A 2DY4A 1RILA 3DLGA 5JS1A 4W5RA 1FKOA 4DTOA 1VSJA 4DFKA 3MXIA 4M41A 5E41A 3HK2A 3OYLA 3NH2A 4CECA 2HHQA 1KLMA 3OYJA 3AV9A 4DU4A 1L5UA 4QCLA 1QHTA 1JLEA 3O4QA 1U47A 1BGXT 4JRQA 3O3GA 3MEDA 3OYGA 1JLQA 1TKXA 1WSJA 3TANA 4NCBA 2XY7A 4M3ZA 3AVHA 3DRSA 1BCMA 4DTSA 1J53A 1JLBA 1KVBA 1VSFA 1YT3A 4B9UA 2G8KA 2RPIA 3AVFA 2XO7A 3CYMA 2D0BA 1S9GA 1XWLA 3DOKA 4FLUA 4FJ7A 4M3RA 2YNGA 3OY9A 1TKZA 3OYKA 1VSHA 5SWMA 4FLXA 5HRPA 3AO5A 3L2QA 3EY1A 1ZYQA 4BDPA 3OYHA 5C25A 4BDZA 4KTZA 1VSDA 4KTWA 1LW2A 1KLNA 1LWEA 3KKSA 4Q0BA 2QXFA 4W5QA 4DSLA 1XHXA 4ELUA 3DRRA 1Z25A 3AA2A 3S3MA 4I9QA 1JL1A 3SQ1A 1SUQA 4FLVA 1N5YA 1NKCA 1JLAA 4FJIA 2Z1GA 4YNQA 4C8OA 1BISA 1BI4A 4FJKA 1IKVA 3ZT0A 1RBVA 4G1QA 4CJVA 3VQQA 1RTDA 4CK3A 4CEEA 3DI6A 4AHRA 3C6UA 4CGGA 1NK0A 4B3OA 1W9HA 1IKYA 3CQ8A 1X9SA 1XHZA 4DU3A 4C8LA 3SQ4A 1NK8A 1C1CA 2E6LA 3D45A 3AVBA 1REVA 3SQ2A 5CY4A 3BDPA 3VQ5A 3AVAA 4CHNA 4UQGA 4H4OA 3OYIA 3AVNA 4K8ZA 3PO4A 3K57A 1VRTA 1HJRA 2YV0X 3QLHA 4Z4GA 1Z26A 3SPZA 3S3NA 4DF4A 1TL3A 3TABA 3QERA 1CXQA 2E4LA 2DTUA 3C95A 5CZ1A 3TR8A 3C94A 3SUPA 3U3GA 3K5MA 1RBTA 4Z0UA 1CXUA 1JLFA 1BI4B 2DFFA 4MQ3A 3L3UA 1SL0A 1FK9A 4BE0A 2XY5A 3V1QA 3V1OA 3KLEA 4O55A 5I42A 3SV3A 3I8DA 2OYQA 4HUGA 1T8EA 3RR7A 5FRNA 2NUBA 1SL1A 2HMIA 2YHBA 4FJLA 3JYTA 3VQEA 1RDDA 4FLTA 3O3FA 3OJSA 4DF8A 3L3VA 3NH1A 3DLEA 4I7FA 1NJZA 3P1GA 4Z4HA 5T7BA 3HO1A 1ITGA 1HPZA 4DWIA 3C6TA 1RT6A 4M3TA 2GV9A 1BHLA 3F9KA 1JXEA 4FZYA 5HP1A 1I3AA 2BGGA 3SUQA 4I2PA 1RTHA 3NF7A 2P5GA 1RT3A 3CFRA 5J1EA 3KLGA 1S1TA 1JKHA 3NGZA 3LWMA 3LP0A 4DSEA 4CF1A 3M8SA 2KQ2A 4IDKA 4KHYA 1KCFA 4B8AB 4ELVA 2W42A 3ZT4A 1JLGA 1B9FA 3RMBA 3TAEA 3QEWA 4K8XA 1U04A 2OPPA 1CZ9A 4E19A 4FLZA 4LH4A 3MXJA 3NDKA 3SZ2A 1T7PA 4J2DA 4Y1DA 2G8WA 1UAXA 2GUIA 3QEXA 4N41A 3V9ZA 3CM5A 3MECA 3NF6A 4O4GA 1TK0A 1IH7A 3O4NA 3QINA 4DTJA 3L8BA 3TAQA 1TK5A 1NK6A 3DLBA 4LSNA 3P5JA 3OS2A 3RRGA 3E01A 1SL2A 4OKEA 4FJHA 1G15A 1U49A 1C1AA 2Z1JA 1IG9A 1A5XA 4KV8A 5HRNA 3MXMA 5FDLA 2I5JA 1YTAA 2OPRA 1NOZA 2ATQA 1HRHA 1S1VA 3AO3A 1NJWA 1QSSA 1LWFA 2G8FA 3LZJA 4HHTA 4B9NA 2KFZA 3SQ0A 5HROA 3NGYA 3A2FA 1D5AA 3ZSVA 3NH0A 2Q3SA 4CF0A 3ZCMA 2Y1JA 4ID1A 5KGXA 2VG5A 4CJPA 3EYZA 4H4MA 2XY8A 3K59A 4OGEA 3L2VA 1HYZA 1QTMA 4OLAA 1TKTA 3EZ5A 3NF9A 2F8SA 1TAQA 2ETJA 1RT5A 3M8RA 2HNYA 5C24A 4HUEA 3SUOA 3V9UA 4M42A 4DSJA 1K6YA 3B6OA 3JSMA 3LDSA 3K5NA 4BE1A 1QSLA 4HCBA 1RCHA 1UA1A 2PYLA 3KJVA 4B8CA 1FKPA 2ZQBA 1NJXA 1RBSA 1WAJA 5DMRA 3NAEA 4DTXA 1NK9A 5J2QA 2IOCA 4DTMA 1RBRA 3V1RA 3OYCA 3LAKA 2HVIA 3PX6A 4DG1A 4I9LA 1SV5A 4DS4A 2B5JA 3TAMA 3WNEA 4PWDA 4KI6A 3ZSXA 5HBMA 2OPSA 1VRUA 3SPYA 4CGHA 4FCYA 4B9VA 3LAMA 1XC9A 4GMJB 4O44A 2PYJA 3RTVA 3QEPA 4EZ6A 4KFBA 4F8RA 4M3YA 1C1BA 1U48A 1EX4A 5KI6A 2FBTA 4J2EA 4CEBA 1D8YA 5I3UA 4LSLA 4ZHRA 2KTQA 2D0CA 3CG7A 3ITHA 1D9DA 2PY5A 4FJJA 4CJTA 2JGUA 2KZMA 4OGCA 3NHGA 3LPTA 4DS5A 4DFJA 3HPHA 4DQIA 2QK9A 1WSIA 4Z4EA 2D0AA 2G8HA 4FM1A 2FBYA 2LSNA 3DOLA 4CK1A 4DFMA 4DSKA 3LZIA 1J5OA 4KHWA 3QIPA 2RF2A 3ZSYA 3FFIA 3OS1A 2VG7A 1LAVA 3TARA 3VQ7A 2IDOA 1NJYA 2WOMA 4CGIA 3KTQA 1KFDA 1XI1A 4KHUA 3QEVA 3RMDA 1BCOA 1A5WA 4DLEA 3L2UA 4KHSA 3VA3A 4DLGA 3QETA 4BWMA 4NCGA 4NCAA 4JS4A 3OYMA 4ID5A 4FK0A 3OYDA 2X74A 2VG6A 3G10A 3K58A 2RN2A 4KAZA 2HVHA 1J9AA 2X6NA 4R5PA 4BE2A 2P1JA 3AVMA 3SCXA 4EP4A 4WE1A 3VQ9A 4CCHA 4CHPA 1EKEA 2FBVA 1J54A 3RMAA 4RW7A 3U3YA 1DTQA 1C0MA 3KK2A 3HM9A 5DK5A 4CEFA 1R0AA 3TWHA 4B9MA 4RG8A 2HHTA 5HRSA 2F96A 4DTPA 1C6VA 1RT7A 4Q5VA 4HCCA 4DQRA 1RT4A 5KTQA 1TL1A 4QAGA 5CYMA 4GVMA 4B9TA 3HPOA 2HHUA 3QESA 3NF8A 3OVNA 3S3OA 3HP9A 1N6QA 1WN7A 2OZSA 2HNZA 4BDYA 1U45A 1TV6A 1WSFA 4CF2A 4LH5A 3OS0A 1L3TA 4NYNA 1HYSA 1ASVA 4CESA 1NKBA 1W0HA 3ZT3A 3SYZA 1Q8IA 3RWUA 4FW2A 1QQCA 3HL8A 4NYFA 2O4GA 1HQUA 1ASUA 4M3WA 4H8KA 5KRSA 4CF9A 4OPKA 3QNOA 1WSHA 1EP4A 3DLKA 3CFPA 4TSXA 1D9FA 4PQUA 4KB0A 3KD5E 4CHYA 4KPYA 3VA0A 3VQAA 4FLWA 1S1UA 4AHTA 2O4IA 1T03A 1B9DA 2BE2A 4CK2A 4J2BA 2IC3A 3BGRA 3AA5X 5D3GA 3AA4A 3CFOA 3KLFA 3DM2A 4F4KA 3KLIA 2HB5A 4OKJA 4CF8A 3HJFA 3AA3A 3RMCA 3KKRA 1UOCA 4KI4A 2DFHA 4FJGA 3LPUA 4FYDA 2Z1HA 1ZBHA 2G8IA 3HPGA 3PUFA 1KTQA 4DSIA 2P51A 3KK1A 3AVIA 4AHUA 3DMJA 4CEZA 3NCIA 2G8VA 4W5NA 2QKKA 4O0IA 1CLQA 2GBZA 3AVCA 4KO0A 4B08A 1C0UA 4CJ4A 3IAYA 2PZSA 4EP5A 3PY8A 4N47A 2EX3A 3IRXA 2ZE2A 3MEGA 4I2QA 1NKEA 1VSIA 3VQ4A 4XIUA 3OYEA 1IKWA 3SI6A 2HW3A 3ALYA 1KSPA 1ZBFA 3DRPA 3KLHA 1KVAA 2KFNA 1MU2A 2FC0A 4LY7A 4FM2A 3K5LA 3D0PA 1L3UA 1DLOA 1VK0A 4DQQA 1SKSA 3T1AA 1UA0A 1KRPA 3HXMA 1LW0A 4E7HA 3AVGA 1C0TA 3QO9A 3WNGA 2IS3A 1BIUA 4DMNA 4FK2A 4KHQA 3DYAA 4E89A 3MAQA 4CFDA 5FROA 1VSEA 4O5BA 3ZSOA 3ZSWA 3L2WA 2VWKA 4JS5A 2OZMA 3NFAA 1TAUA 1BQMA 2WONA 4AH9A 4F3OA 3LP2A 4CEAA 3SJJA 1LAWA 1S1WA 4CJLA 4BACA 1X9MA 4CJFA 1X1PA 1ZBUA 1WAFA 4E3SA 4E1NA 4EZ9A 1Y97A 2B4JA 3HT3A 1O1WA 4IG3A 3NE6A 4IFVA 4CEOA 3WNFA 4AILC 3PX0A 4N76A 3QNNA 2YNFA 4C8NA 3K2PA 1IKXA 4E0DA 3OJUA 4OJRA 4B9SA 4ZTJA 2HHVA 3PX4A 1JLCA 3PV8A 4FW1A 1S6PA 4O0JA 3TI0A 5C42A 5KRTA 1HMVA 4OVLA 3CM6A 4E7IA 3KK3A 2YNHA 5J2MA 1KFSA 1SKWA 4RW8A 3AVLA 2X6SA 3F73A 1Q9XA 4M3UA 3RR8A 2KW4A 1HNIA 2IGIA 4DQSA 4RW9A 1NK5A 3HYFA 3KD1E 4DTRA 4IG0A 4CIFA 3B6PA 4IKFA 2D5RA 3HP6A 4CJWA 3T3FA 1RBUA 1GOAA 4N5SA 3ZSRA 4BWJA 3RRHA 3AO1A 3ULDA 4J2AA 4FJNA 2YKMA 5KGWA 4RW6A 1TK8A 1RNHA 4FZXC 1VSMA 4AHVA 4Y1CA 3ZT1A 4CJUA 4CIEA 4CHQA 1JL2A 4CGJA 3TAGA 3VQ6A 4IFYA 1S5JA 3HVTA 4PY5A 2BDPA 1GOCA 4HTUA 3WNHA 4DU1A 3H08A 2YKNA 3IG1A 3OYAA 1RTIA 3DLRA 3LANA 3M8PA 1HYVA 3MEEA 5CZ2A 1B92A 4OPJA 1EETA 2EHGA 5CYQA 4M3XA 1BL3A 3VN5A 2F8TA 1BQNA 1IO2A 1GOBA 3IS9A 4DTNA 4KHNA 1WNSA 3K5OA 4LD0A 3G0ZA 3VQPA 4CHOA 3OYNA 3HVRA 2ITGA 3VQ8A 3O3HA 1HNVA 3LP3A 5EU7A 4CFAA 2X78A 2R7YA 1WSEA 4GW6A 4CHZA 4CGFA 3AO2A 1TVRA 2YHAA 4E7JA 1QE1A 3V4IA 5SZTA 1X9WA 2HHXA 3TAPA 3DLHA 3QEIA 4F2RA 3V6DA 1CZBA 3LP1A 4ELTA 4FXDA 1EXQA 1QSYA 1WLJA 2P5OA 4N56A 4FJ5A 3KIOA 2DFEA 4KKOA 4CEQA 1NK4A 2HHWA 3L2RA 5J2PA 3P83D 1RDBA 3AVKA 4CE9A 4CERA 4CJQA 2AJQA 4RW4A 5K14A 4CJSA 4JRPA 1TGOA 4Z4CA 4FJ8A 1WSGA 3ISNC 1ASWA 4CEDA 3NBPA 3VQDA 4CFCA 4FLYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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