4M42A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-4 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 327
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m42A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m42A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m42A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m42A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m42A03
1O1WA 4AHSA 4FYDA 4J2DA 3V9SA 4DFJA 2DFHA 3KK3A 2XY7A 1NK5A 5FRMA 4RW8A 4BE0A 4FZXC 4F3TA 3I0SA 4CGHA 1DTTA 2VWKA 1XHXA 4EZ6A 3TAFA 4J2EA 3L2RA 3NHGA 1BCMA 4CJFA 4F3OA 4B3OA 3PO4A 3IRXA 4CJSA 1LW2A 1TKZA 5CYMA 4C8NA 4J2AA 5DMRA 1XWLA 1RTIA 1YT3A 3C6UA 3SQ4A 3K57A 4FJIA 1IKXA 2HNDA 2P51A 3ZSRA 4DQRA 3V4IA 3V9ZA 3HVTA 1T03A 2PYJA 1CZBA 1JKHA 3PO5A 3PY8A 3ZT2A 1DTQA 3QINA 4ID1A 3SQ2A 4M3ZA 1HYZA 4I2PA 3K58A 1VSKA 1N5YA 2RF2A 4Z4HA 1NK6A 1BI4B 3P83D 2D5RA 3S3NA 3TARA 3MXIA 3KLFA 1Q9XA 1JLQA 3OYNA 5HP1A 4OLAA 4FLWA 4CF1A 3C95A 2HHVA 1HNIA 3LWLA 3SCXA 2ZD1A 2I5JA 4CHYA 3VQ4A 1NOZA 3OS2A 4FJLA 2OA8A 1RT6A 1JLAA 4O4GA 3K5MA 3SPZA 2XY5A 3WNEA 4KPYA 3MXMA 2O4GA 4OVLA 1KSPA 4KI4A 2BANA 3HT3A 3SQ1A 4AH9A 4BE2A 1S1VA 2Y1JA 4O0IA 1J54A 1D9DA 4OLBA 1A5XA 4N56A 5JS1A 3VQEA 3ZCMA 1LWFA 4NYFA 2ZE2A 4IBNA 1Z26A 3MAQA 5I3UA 4C8KA 4N76A 1NK8A 2JGUA 1RDDA 2X6SA 1HQEA 2XRIA 2P5OA 4M45A 4W5OA 1BIUA 3THVA 3B6OA 3DRRA 1IH7A 4FJHA 1U4BA 3QLHA 4LH5A 2Z1HA 3MECA 4QAGA 1QS4A 4BACA 2HHWA 4FJMA 3CFOA 1BQMA 2D0AA 1JLCA 1C0TA 1JLBA 3ZSVA 4CF8A 4OPJA 1FK9A 4KHYA 4DQQA 3NGYA 3AVJA 3OYAA 1QQCA 1RT4A 4PY5A 1BQNA 3U6FA 4KV8A 3P1GA 3OYFA 4QCLA 3NH2A 3S9HA 3TAQA 3DLGA 3ZT0A 4DLEA 2GV9A 3AVNA 1J9AA 3V9UA 1XI1A 3PUFA 1U48A 1L3VA 2GBZA 4CJ3A 4CGDA 3SZ2A 1NKBA 1VSHA 4FJNA 4LSLA 3RMDA 4CF0A 4I9LA 2JLEA 1NKEA 4FW1A 1B9FA 3KIOA 4CIGA 4FM2A 3NGZA 1ZBUA 4HCCA 1WLJA 4E0DA 5FDLA 1YTUA 4CJEA 3RMAA 1NJXA 2YNIA 4DQSA 2G8IA 4O55A 2Z1GA 1RDBA 1EXQA 1LWEA 3QERA 3AVLA 1FXXA 3JYTA 4FK2A 4Q5VA 1QSLA 1SL1A 1BGXT 5SZTA 2Z1IA 4OKJA 3KLHA 2HHQA 1EKEA 2DTUA 1RDAA 4CJLA 3H08A 3RR8A 2YNHA 3IG1A 1CXQA 4FXDA 3DLHA 1RTHA 3V9WA 4FK0A 1S6QA 1F21A 3ITHA 2RN2A 1C0UA 4CHPA 4CK1A 4Y1DA 4BWJA 4CEFA 5J2MA 3O3GA 4DTPA 4E89A 4F8RA 4FLVA 4KI6A 4ID5A 1BIZA 2B5JA 4M42A 2HB5A 3OYIA 4DF8A 1T7PA 1U04A 3MEGA 4Z4CA 4DLGA 4PUOA 2NUBA 2YV0X 5HBMA 3OYCA 1U47A 2HHXA 1KRPA 3V6DA 4CERA 1VRTA 2DFFA 1RBUA 5HRSA 4TSXA 3TABA 4M3XA 1RT7A 4DFMA 4NCBA 2W42A 3LPUA 3AA5X 1IKYA 4CHOA 1KVBA 2FC0A 3PV8A 4C8OA 1HQUA 1L3SA 3AVHA 2B6AA 3ASMA 3VQ6A 1KLMA 3OS1A 2HMIA 4E1NA 3DMJA 4E7LA 1TVRA 3RRHA 3ZSXA 2KZMA 1VSMA 4JS4A 1UAXA 4IKFA 4DSKA 1HYVA 3DRSA 1HRHA 1WSFA 1QE1A 1NJYA 4DTSA 4DQPA 3T1AA 4H8KA 3AA4A 1TAUA 1NKCA 1HNVA 2R7YA 1Y97A 2PZSA 1TV6A 2XY8A 1SV5A 4JS5A 5HROA 3LALA 1IKWA 5CZ2A 4CEOA 5HRPA 4CFCA 1T8EA 3SPYA 3CQ8A 1BL3A 3BGRA 4DTNA 1C1AA 4C8MA 4CJ5A 4DFKA 3TAPA 4DSJA 4CJUA 4CEEA 3K59A 3SUNA 4F2SA 1SKWA 4NCAA 4BWMA 3O3FA 4OPKA 3SI6A 4DG1A 4W5TA 3JSMA 2QKKA 1TKXA 1ZBHA 4DTRA 4B9SA 2E6MA 1X9SA 3AO3A 4CEQA 4CEAA 2QKBA 3WNFA 4FK4A 4CJPA 3HJFA 1LW0A 3TWHA 2KZZA 2PY5A 1FKPA 3LP3A 4KAZA 1JL1A 4AHRA 2VWJA 3EYZA 4DTJA 3D45A 3VA3A 1CXUA 3OYEA 3HXMA 3WNHA 4MFBA 4DMNA 3T3FA 2OZSA 2IDOA 3TAGA 4KTZA 3SJJA 4B9UA 4G1QA 3U3YA 1SL2A 1RTDA 1NOYA 3V1RA 3RR7A 4KHUA 3DRPA 3HK2A 2P5GA 1U49A 4F4KA 3OJSA 3PX0A 4CJKA 1Q8IA 1WAFA 3LPTA 4B9MA 4LSNA 3V1OA 3I8DA 4FJKA 3AVAA 4F2RA 3CFPA 3QEIA 1RTJA 3C94A 1RT5A 3DLEA 3LP0A 3OYMA 5HRRA 3OYDA 3OYHA 3SYZA 3VQ9A 1ASWA 3L3VA 1GOCA 2OPQA 4AHUA 2A1RA 4CESA 1L5UA 5C24A 4HHTA 1U45A 3O4NA 1GOAA 3SUOA 4FLYA 3VQ8A 3L2WA 2ETJA 1EETA 3K5LA 4ZTFA 4FJ5A 4CGGA 1D9FA 1KFSA 4AHVA 2HVIA 3TI0A 3OYKA 1J53A 4KB0A 1RT2A 1KTQA 1WSHA 3RMCA 3ZSQA 4CK3A 3TAMA 4ELUA 2IOCA 3QETA 1X1PA 4O0JA 2DFEA 3M8RA 3S3MA 3ULDA 4B9NA 4FLZA 1LAWA 4ZTJA 3HP6A 3V9XA 1MU2A 4Z4GA 1J5OA 4CGJA 4KHNA 5KGWA 5C42A 4DSEA 3HSTB 4M3YA 2YHAA 3VN5A 3AVIA 4GMJB 3VQCA 2A1SA 4GVMA 2P1JA 1VSJA 1B9DA 3LANA 3HO1A 3T19A 3QEXA 2ATQA 3OJUA 4LD0A 4FZZA 1RDCA 5C25A 1TK8A 2WOMA 1CLQA 3QO9A 1TL1A 1SKRA 1ZBIA 3IS9A 4K8XA 3AO1A 1TK0A 4N47A 1ITGA 3CYMA 4EP5A 3KLGA 2X74A 3KD1E 2BGGA 2HHTA 2FBXA 1S9EA 3FFIA 4RW4A 4ZHRA 4DTUA 2KTQA 1T05A 3DOLA 5HRNA 3AVFA 4B9VA 2BE2A 4DS4A 2HW3A 2GUIA 2OPSA 3HP9A 4E7KA 4KO0A 3L2VA 3NGIA 4ELVA 2X78A 4PWDA 3S3OA 3EY1A 1RCHA 1JL2A 4FLUA 3QNNA 3K2PA 2Z1JA 4ICLA 1ZYQA 2G8WA 4JRQA 4FJXA 5T7BA 3V81A 2YNGA 3M8QA 1KFDA 3CG7A 1LWCA 1S9GA 4E7HA 4O5BA 1I39A 4NYNA 4B9TA 4CE9A 3QIPA 3ISNC 2YHBA 4RW7A 1K6YA 4LH4A 5DK5A 4BDYA 2OPPA 1W0HA 4Q0BA 2FBVA 4J2BA 3G0ZA 1BISA 3NH1A 3K5NA 4DSFA 3DLBA 3OYJA 4CJTA 1X9WA 3D0PA 4AILC 1TKDA 4FJ9A 3KTQA 1WSIA 3HPGA 4M3TA 2DY4A 5CYQA 4IG3A 5J1EA 1NK4A 2HHSA 1QHTA 1WNSA 3KLIA 1RT1A 2B4JA 3CM5A 4I9QA 3G10A 2YKMA 4M3WA 4CHQA 1JLFA 1KVCA 2G8VA 3TR8A 2ZQBA 2G8UA 3AO4A 1TGOA 4N41A 1HYSA 3LZIA 1GOBA 3PX6A 4I7FA 2IGIA 2HVHA 1L3TA 4CHNA 5D3GA 4RW9A 4IFVA 3BDPA 3OYLA 1QSSA 4IFYA 1UA0A 3VQ5A 3SNNA 3KJVA 4OGCA 2Y1IA 4DSIA 2D0BA 1XC9A 3O4QA 4B08A 1WAJA 4M41A 3L8BA 4FLXA 2X6NA 3DM2A 3HYFA 4AHCA 3HPHA 4E19A 4M3RA 1IKVA 1S6PA 3AVMA 4B8CA 1QTMA 5HLFA 2HHUA 3DOKA 2RKIA 1BCOA 4H4OA 1VSIA 1W9HA 4CJWA 3DLRA 3IAYA 4N5SA 3HVRA 2AJQA 3P5JA 4WE1A 3PX4A 2EX3A 4K8ZA 4CGIA 1SKSA 4FVMA 4AHTA 1C1BA 4FJJA 4XIUA 4E7IA 1DLOA 5J2NA 1A5WA 3ZSZA 3LWMA 3QEVA 3NF9A 2ITGA 1NK9A 1RBRA 4DTMA 4DS5A 4CCHA 3DYAA 3NF8A 4OJRA 3OYGA 3K5OA 3ZSWA 4CFDA 3VA0A 1ASVA 3CM6A 4CIEA 4KKOA 4KTQA 1C0MA 3O3HA 2OPRA 1SL0A 1WSJA 1WSGA 3WNGA 5J2PA 2O4IA 4CFAA 4Y1CA 4KFBA 4CGFA 1Q9YA 3AA3A 1RNHA 3VQ7A 1JXBA 3DLKA 4YNQA 4Z4EA 1YTAA 3AO2A 2OZMA 1FKOA 4O44A 2E4LA 5KI6A 4CHZA 4CF9A 1EP4A 1TAQA 3NF7A 3QEWA 2KFNA 4DQIA 3KKSA 2RPIA 5CZ1A 4R5PA 3NBPA 3HPOA 4FJGA 4M3UA 1KVAA 1VSFA 1Z25A 2Q3SA 4B8AB 4CJ4A 3CFRA 2LSNA 3E01A 2VG6A 1RT3A 3B6PA 2F8SA 1RBVA 4OKKA 4HTUA 1X9MA 4E3SA 1TL3A 2FBYA 4CEZA 4JRPA 3ZSYA 4CF2A 3NCIA 1S1UA 4BE1A 4LY7A 1L3UA 4FJ8A 2XHBA 1D5AA 4PQUA 4CJQA 4HUFA 3ZT1A 3KK1A 1HMVA 3TANA 1S5JA 4HVJA 3MXJA 4DWIA 4Z4IA 2QK9A 3AVKA 1UOCA 5CY4A 2HNZA 1RILA 4DU1A 3QESA 4FLTA 1D8YA 3F9KA 3OVNA 3RMBA 1WN7A 1VSLA 2YKNA 3HL8A 2KFZA 4DU4A 1CZ9A 1I3AA 4CEDA 5K14A 4KHWA 3LP1A 3KD5E 4JLHA 4EP4A 3NH0A 4W5NA 2FBTA 1LAVA 3MEEA 1NJWA 4CFBA 2KQ2A 3U3GA 1R0AA 3UIQA 3C6TA 1NK0A 3RRGA 1BI4A 1JLEA 1C1CA 4Z0UA 4DF4A 3AO5A 2E6LA 4H4MA 4E7JA 1REVA 2G8FA 4EZ9A 1ZBFA 4E1MA 4W5QA 3I0RA 1IG9A 3QEPA 3LP2A 3L2QA 2KW4A 4QOZB 2G8HA 1TK5A 1RBSA 4CK2A 2F96A 3LAMA 3TAEA 4RW6A 2IC3A 1ZBLA 1XHZA 5I42A 2VG7A 2XO7A 1N6QA 2BDPA 3OYBA 2YNFA 3SV4A 3ZT3A 4DTXA 4FW2A 3NDKA 3LAKA 3MEDA 1TKTA 5KGXA 1B92A 3NFAA 2IS3A 4CEBA 4C8LA 1YVUA 4IDKA 4CIFA 1JXEA 3HM9A 1BHLA 3VQPA 3NE6A 1S1XA 4HUEA 4OKEA 2EHGA 1NJZA 4YFUA 4FJ7A 4KTWA 5J2QA 1SUQA 4RG8A 3V1QA 4I2QA 4UQGA 1LV5A 5FROA 2VG5A 4KHSA 3RWUA 1EX4A 1JLGA 4OGEA 3KKRA 3NF6A 3AVBA 3AA2A 4KREA 2OYQA 1G15A 3M8PA 3OY9A 3L3UA 4MQ3A 5KRSA 4BDPA 1HPZA 3AV9A 2WONA 4W5RA 3VQAA 4KHQA 3VQDA 1HJRA 1WSEA 3SUQA 5JS2A 2PYLA 1A5VA 4DU3A 1RBTA 4HUGA 4KB1A 5EU7A 2HNYA 1S1WA 3KK2A 3M8SA 2G8KA 3LDSA 4DSLA 1VRUA 3DI6A 2IAJA 3A2FA 3ZSOA 5SWMA 4HCBA 3ZT4A 3EZ5A 3VQQA 2XY6A 1VK0A 5E41A 4FCYA 4KRFA 3KLEA 1ASUA 3L2UA 4Z4FA 4CECA 4GW6A 3SV3A 4DFPA 3NAEA 2D0CA 5FRNA 3ALYA 4NCGA 3VQBA 4FM0A 4FM1A 1IO2A 4FZYA 1C6VA 3AVGA 1UA1A 1VSEA 3AVCA 4B9LA 1KCFA 2F8TA 4PA1A 3QIOA 1UWBA 2QXFA 1KLNA 3LZJA 3QNOA 3F73A 1NK7A 1S1TA 4BDZA 4CJVA 3SUPA 5KTQA 4IG0A 3SQ0A 1QSYA 5KRTA 4ELTA 4CJRA 4L8RB 3OS0A 4DTOA 1VSDA 3RTVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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