4M42A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-4 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 327
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m42A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m42A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m42A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m42A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m42A03
1J53A 1C0MA 4KO0A 4M3UA 1S1XA 2DFHA 4NCGA 3V1QA 4B9SA 4IFYA 1T03A 1C6VA 3HP6A 5I3UA 1ZBFA 3OY9A 3LPUA 1L3TA 1YVUA 3IG1A 3LANA 2E6LA 3V9XA 4G1QA 3O3HA 1LAVA 4NCAA 3ZSWA 1W9HA 4CCHA 2XHBA 2VG6A 2PYLA 3SQ1A 3NH1A 4CF8A 1C0UA 2Q3SA 1GOCA 1IO2A 1LWCA 1IKWA 2ETJA 4HHTA 2HMIA 4FJKA 4KV8A 4KTZA 3NHGA 1ZBIA 4ZTJA 3O4QA 4UQGA 3JSMA 3DM2A 2DFFA 4LSLA 2G8UA 4KREA 4K8ZA 3SQ2A 3M8RA 1K6YA 3WNEA 4KHWA 3OYKA 4BDYA 1VSLA 1L5UA 3PO5A 4CEQA 3V1RA 1TV6A 3O3GA 3P5JA 3QINA 1I39A 1QTMA 1BIZA 3LPTA 1VSEA 1QE1A 4KHNA 4LH4A 1VSHA 1KTQA 1D9FA 4JS5A 1NKEA 1YTUA 1D5AA 4CJ5A 4Z0UA 4F3OA 3OJUA 4FK2A 4K8XA 1KVBA 2GV9A 3L3VA 3RR7A 4W5RA 2DY4A 2KW4A 2HHSA 1SUQA 2IAJA 4N5SA 4F4KA 3ZT1A 4FJ9A 3HK2A 2NUBA 4O44A 4M3ZA 1Q9YA 1S1VA 1VSFA 5HP1A 3ZSXA 1TGOA 2YNIA 3CG7A 1DTTA 4I2QA 4FJXA 3G10A 3AVIA 1RT2A 4FM2A 3CQ8A 4DSLA 1JXEA 3QESA 3HPOA 4O4GA 1CXQA 2FC0A 1NK8A 4QCLA 4R5PA 3K5NA 2XO7A 4KTQA 1LV5A 3I0RA 1Q8IA 4N41A 2HHWA 4FZYA 4Z4IA 1KVCA 3AVFA 2ZD1A 1RTJA 3ITHA 4CJTA 3TAQA 1BI4B 3DI6A 3NGYA 3P1GA 1HYVA 4CF2A 4HUEA 1ZYQA 4C8KA 4EZ9A 1MU2A 3M8QA 3HVTA 3O4NA 2ATQA 1HNVA 1Z25A 4GVMA 4OJRA 4DU3A 3OS1A 1NJXA 1W0HA 4PWDA 2D0CA 4FYDA 4DQSA 5HRNA 2G8IA 4KHQA 3HXMA 4CGGA 1XC9A 4J2BA 3LP3A 3RMBA 1RT7A 1UWBA 3VQ8A 4HVJA 3SQ4A 3L2UA 1WAJA 1VRUA 1B92A 4CHZA 3F73A 1IH7A 3TAGA 2KQ2A 1LW2A 4FLTA 3K58A 1S1TA 2W42A 3U3YA 3AA3A 3QEPA 3L3UA 4DG1A 3VQPA 4FJIA 1IG9A 1SL2A 4FJNA 2HNZA 3AVHA 4B3OA 2HHUA 4Z4GA 3HVRA 1JKHA 4WE1A 3AVJA 1C1AA 4E7JA 4FZXC 1ASVA 5E41A 4E7HA 3AO4A 4DQQA 3T3FA 3LDSA 3ZSRA 3RTVA 2KZZA 3QNOA 4FXDA 1BL3A 1NK0A 4NCBA 3LWLA 4CJSA 4CJUA 4B9VA 4ELUA 4M42A 1QS4A 1HJRA 5C25A 2WOMA 4E7IA 4N76A 2R7YA 3TWHA 4ID5A 2D0AA 2P1JA 2XRIA 1RBTA 4DSJA 2QK9A 5DK5A 3V1OA 4CF9A 4O0IA 3EY1A 3TANA 5EU7A 2BGGA 1WLJA 4CHPA 1RCHA 4M3YA 2XY8A 4O5BA 4XIUA 1FXXA 2E4LA 4CEEA 3QERA 3VA3A 2G8VA 4BDZA 2IGIA 2JLEA 2GBZA 3CYMA 2PYJA 3SI6A 1JXBA 3FFIA 3KTQA 3VQ5A 4F8RA 5KGXA 4CEBA 3NF7A 4FJLA 4RW9A 4LY7A 5J2MA 1UAXA 4DSIA 1RT1A 1JLBA 3L2VA 2KFZA 1F21A 4QAGA 1EKEA 4DFKA 3NF8A 1JLQA 1LWEA 3MECA 4CHQA 1WSIA 2VG5A 3PUFA 2F8SA 3OYIA 4EP5A 2OPPA 4DSEA 1TK0A 1NK6A 3C95A 2BDPA 3VQAA 4CESA 3MXJA 3O3FA 2VWKA 3DLRA 4LH5A 4ZTFA 3SNNA 3KK2A 4B9LA 4KPYA 1BGXT 2HNDA 3S3OA 1ZBHA 4F3TA 3IS9A 4CK3A 4FJJA 1RDAA 3AVCA 2HHVA 3AV9A 1A5VA 4OGCA 1WSJA 1S5JA 4DS4A 1N6QA 3HT3A 3KK1A 4CJFA 1U04A 2YKMA 3TARA 3AVKA 1BCOA 5HBMA 1WSFA 5JS1A 1TAUA 3MAQA 3OYDA 4DTJA 3VQEA 4DWIA 1S6PA 3OYFA 3AO2A 2RN2A 5SZTA 1RILA 4BE2A 1B9DA 2HHTA 4FW1A 4KKOA 3KK3A 2VG7A 4FJ7A 3AVAA 1JLFA 5KI6A 4CGFA 1X9MA 1RDDA 5FRNA 4PY5A 5FRMA 4E7KA 4GW6A 4RW6A 1KSPA 2HHQA 1DTQA 4FLXA 2OYQA 4Z4HA 4OPKA 3RRGA 3RMDA 4DTSA 4Z4FA 3WNGA 3BGRA 4W5NA 3VQBA 3I8DA 4PUOA 1HYSA 3LAKA 3QIOA 1VRTA 4CJLA 4DTOA 4CEZA 1S1UA 3HP9A 3L8BA 1I3AA 3ZSOA 2KFNA 3K2PA 3NE6A 5K14A 4CECA 1NK5A 4DLEA 2HVHA 3NFAA 2O4IA 1TK8A 3ZCMA 1TAQA 3ZT4A 4RW7A 4ELVA 3TAMA 1Z26A 3KJVA 4OLAA 1IKYA 2OZMA 1KVAA 3F9KA 2I5JA 4CJWA 2A1RA 3ZT2A 2B4JA 4BE1A 1SKSA 1T8EA 4FCYA 1RBRA 4DTXA 3PX6A 3QEXA 5HRRA 1Q9XA 1BISA 3OVNA 4W5QA 3V9WA 5FDLA 3KLIA 4E19A 1TK5A 3U3GA 1HNIA 1RBUA 4DTUA 3NF9A 3KKSA 1JLAA 4IG3A 3IAYA 3LWMA 3K5LA 4FK4A 3DLHA 3B6OA 4FLWA 1C1BA 4FJGA 4HUFA 4TSXA 1KFSA 4DTPA 1FKPA 4CJKA 3OJSA 4DFMA 1D9DA 3D0PA 2QKKA 2YNHA 2IS3A 4DF4A 2P5GA 5HLFA 1L3UA 1BQNA 1VSJA 4DFJA 4Q0BA 4CGHA 3AVMA 3AA5X 3S3NA 3L2WA 3DLGA 4FM1A 4KI6A 3S3MA 4M3RA 4PA1A 2RKIA 1KCFA 4AHTA 3OYEA 1O1WA 4BWJA 3ASMA 4CF1A 2XY6A 1QSYA 4CJPA 2B6AA 1LAWA 2FBXA 3LP0A 3K57A 4OKKA 5J2NA 1ZBUA 2G8WA 1S6QA 2RF2A 4I7FA 5KRSA 3THVA 4CJQA 1WSGA 2IDOA 4CJ3A 1J54A 4Z4CA 4E1MA 2FBYA 1GOBA 3CM6A 3SYZA 4NYNA 2XY7A 3VQ6A 3K5OA 3K59A 1G15A 3RMCA 5J2PA 3QEWA 3DRRA 1NOYA 3BDPA 1WSHA 1VSMA 1HPZA 5T7BA 4Q5VA 5KRTA 3MXIA 3K5MA 1EP4A 4MFBA 4CJEA 3SJJA 3NDKA 3V81A 1RT3A 3DMJA 4C8MA 1BHLA 4J2AA 4DQRA 2Y1IA 1Y97A 2EHGA 4L8RB 4CK2A 3AA4A 2BE2A 3V4IA 1VSIA 5CYQA 4ID1A 1KRPA 2IC3A 4B08A 4KB0A 5HRPA 3VQQA 1ZBLA 3TAEA 1TL1A 2G8FA 1UA0A 1HQUA 2ZE2A 3VA0A 1RDCA 4CGJA 4J2EA 4HTUA 3OYMA 3KLEA 3DOKA 1TVRA 3NH2A 4BDPA 3PV8A 3PO4A 2WONA 2E6MA 1BI4A 3QIPA 1TL3A 3DLEA 3L2QA 3DRPA 2P5OA 2G8HA 4DF8A 4I9QA 1T05A 4CFBA 3SUNA 3ULDA 2VWJA 1KLMA 3DLKA 3SUQA 1REVA 3VQCA 3MEDA 2HVIA 4AH9A 2PY5A 5CYMA 3SV4A 4HCBA 3HJFA 1A5WA 5SWMA 2X6NA 1EX4A 3NAEA 3SUOA 3RR8A 1EETA 4O0JA 2YHBA 3SZ2A 1XHXA 3CFPA 1HQEA 4DSKA 1C1CA 1SV5A 3DOLA 4CJVA 2EX3A 3AVLA 1CLQA 3V9SA 4FLVA 3G0ZA 4FLZA 3UIQA 2QKBA 4IBNA 1TKDA 4FM0A 4FJHA 2YKNA 3IRXA 2Y1JA 4YFUA 1RBVA 1RNHA 2Z1JA 2Z1HA 3AO5A 3V9UA 5I42A 3DLBA 2OZSA 4CERA 4KI4A 1RT6A 4H4MA 2OPRA 5CY4A 2X74A 2ITGA 2X78A 3OS2A 1X9WA 4Z4EA 4IKFA 4J2DA 3QNNA 4M3WA 1ASWA 1RTHA 1TKTA 2OPQA 3VQDA 3ZSZA 5HRSA 2G8KA 3TI0A 4OPJA 5C24A 5HROA 5KTQA 4KHUA 1BIUA 4FW2A 2KTQA 1RT5A 3CFRA 4PQUA 4CGIA 1NJYA 4N47A 1NJZA 5C42A 4N56A 3C6TA 3NF6A 4JLHA 4EP4A 2PZSA 4IDKA 1JLEA 3TR8A 4CEFA 4LD0A 5FROA 1U47A 4OKEA 1SL1A 1NKBA 3SPZA 4H8KA 1UOCA 4W5OA 3U6FA 4AHCA 3HYFA 3QLHA 4CK1A 1HMVA 3ZT3A 2HW3A 1C0TA 3M8SA 3QEIA 4DU4A 3LZIA 4B8AB 4OVLA 2Z1GA 3M8PA 1QHTA 4C8OA 1LWFA 4M41A 3AA2A 3C6UA 4IFVA 4DSFA 4DQPA 2F96A 1HYZA 2D5RA 4C8NA 1SL0A 4OGEA 4RW4A 3DRSA 3LP2A 5CZ1A 3OYLA 3KIOA 1RBSA 1HRHA 4FJ8A 4KHYA 1QSLA 2JGUA 3B6PA 3PX4A 4B8CA 3EZ5A 1VK0A 1TKXA 4I9LA 1QSSA 3KLFA 1FKOA 3AO1A 3KLGA 2HHXA 4I2PA 3P83D 4KTWA 3KLHA 4M3TA 4E1NA 3CFOA 3L2RA 3AVGA 4BE0A 1SKWA 4DFPA 3OYJA 4BWMA 3ZT0A 3PX0A 1NOZA 3LAMA 1WAFA 3MXMA 2XY5A 1NKCA 4CHYA 4YNQA 4E7LA 2HNYA 4CIEA 1CZ9A 1JL1A 2A1SA 4MQ3A 1WSEA 3OYBA 3OYAA 3JYTA 1U48A 1YTAA 4KB1A 3DYAA 2FBVA 1EXQA 1D8YA 4AHSA 3TAPA 1XI1A 1NK7A 3V6DA 1A5XA 4CE9A 3MEGA 4FJMA 3ZSVA 2ZQBA 4CFAA 3CM5A 3T1AA 3SCXA 2LSNA 3RMAA 3A2FA 1IKXA 5CZ2A 3RWUA 4FJ5A 1L3VA 1J5OA 3KD1E 4KFBA 2YV0X 2BANA 3D45A 4CHNA 5J1EA 4M3XA 4EZ6A 1B9FA 1SKRA 1L3SA 4FLUA 3WNHA 2OA8A 2DFEA 4FLYA 4B9NA 1CXUA 1N5YA 1CZBA 1KFDA 4CHOA 4FZZA 5D3GA 1VSDA 3SUPA 3RRHA 2D0BA 2X6SA 1R0AA 4QOZB 1FK9A 1X9SA 4CGDA 1NK9A 4C8LA 3KD5E 3QO9A 2AJQA 4KHSA 3EYZA 2YHAA 4KAZA 4OKJA 1IKVA 4CEAA 2IOCA 3LZJA 1U45A 4OLBA 1QQCA 3ZSYA 3LALA 4RW8A 1RTDA 2F8TA 1NK4A 5KGWA 1J9AA 3KKRA 3C94A 3SV3A 1X1PA 3WNFA 4AHUA 4CEOA 1WNSA 1WN7A 4JS4A 1TKZA 1KLNA 4E3SA 4B9UA 3NGZA 3HPGA 4DMNA 3OYHA 4CIFA 4FK0A 4E89A 3OYCA 1ITGA 1JLGA 2B5JA 3MEEA 1RT4A 3V9ZA 5J2QA 3ZSQA 1GOAA 4CEDA 1UA1A 4LSNA 1S1WA 4M45A 3HPHA 3AO3A 4F2SA 4AILC 1S9GA 2YNGA 4HUGA 2YNFA 1RDBA 4FVMA 1JL2A 4GMJB 4ZHRA 1S9EA 4W5TA 4CIGA 2RPIA 2KZMA 3H08A 3HO1A 4DU1A 2P51A 1LW0A 3QETA 3OS0A 3S9HA 1XWLA 3VQ7A 3VQ9A 4JRPA 3SPYA 3VQ4A 3TABA 4H4OA 1ASUA 1NJWA 4HCCA 4AHRA 4DTNA 3AVBA 4CJ4A 1XHZA 1VSKA 3AVNA 4B9MA 4IG0A 4DLGA 3HSTB 2DTUA 4F2RA 2GUIA 4O55A 2Z1IA 5DMRA 4B9TA 4CF0A 3NH0A 4CFCA 4KRFA 4ELTA 4CFDA 4CJRA 3LP1A 4NYFA 3OYNA 2HB5A 3PY8A 4JRQA 2OPSA 3NBPA 4DS5A 4DQIA 1BQMA 3T19A 4ICLA 4DTMA 1BCMA 1RTIA 3VN5A 4DTRA 4AHVA 3OYGA 4BACA 3ISNC 3NGIA 3ALYA 3HM9A 1JLCA 3I0SA 1U4BA 3SQ0A 4Y1DA 1YT3A 2QXFA 3HL8A 5JS2A 2O4GA 4E0DA 3QEVA 4Y1CA 2FBTA 3NCIA 1DLOA 3E01A 4RG8A 1T7PA 1U49A 3TAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3ZETA 3MWTA 4FPBA 2OPPA 3VQAA 3MXJA 2VWKA 4JD2A 1GLFO 4LH5A 4KPYA 3L0MA 4CK3A 4FJJA 1RDAA 3OGLB 3AV9A 2Q31A 3L4IA 1QVFM 1N6QA 3HT3A 4MLHA 2YKMA 3SAGA 4YOYA 1WBDA 1BCOA 5HBMA 1NGCA 3MAQA 1TAUA 3HM8A 4DTJA 4CVNE 2EWSA 2ZWHA 5AQOA 4KHPK 5GIOA 4BE2A 3ZX0A 3C6OB 3KK3A 5KI6A 3AVAA 1JLFA 1RDDA 4GW6A 2P9PB 3UO2A 2VIXA 4WQ4A 3WNGA 3BGRA 4K43A 4PUOA 3QIOA 3DXMB 4DTOA 3HP9A 4B1UB 4CZFA 5K14A 4H5TA 2HVHA 4O8UA 1HPMA 3KJVA 4FOIA 1IKYA 4CJWA 5LJVA 1BOTO 1T8EA 4DCHA 1RBRA 3QEXA 4B1YB 4EFHA 1HNIA 1JLAA 3CCLN 3B6OA 1C1BA 4HUFA 4TSXA 1KFSA 4RNGA 3HRGA 1FKPA 3LM9A 3D0PA 4DHYA 4DF4A 5HLFA 5DM7L 3P39A 2VWBA 1BQNA 2GEMA 4CZEA 3CJ1A 1NWKA 1O1WA 4CF1A 2XY6A 4JI0K 4GKJK 1N36K 1LAWA 2E2NA 1FZ0E 4EYWA 1S6QA 4I7FA 1HR0K 4CJQA 4DV3K 1HKGA 2FBYA 1HKCA 3WSOA 2Q0UA 2XY7A 4PKIA 3RMCA 2QWMA 4GY2B 1WSHA 4YOTA 1VSMA 3MXIA 1EP4A 1U2VB 3UKRB 4CJEA 3V81A 4B3TK 2Y1IA 3AAQA 3A0IX 1XUPO 5CYQA 5AQUA 5H1SQ 3CCJN 4ID1A 5FLXO 1ZBSA 2G8FA 2I7PA 3VA0A 4CGJA 3VMFB 4HTUA 3DOKA 1TVRA 3PO4A 2E6MA 1BI4A 2P5OA 1LDKE 2PBDA 3ULEA 3DLKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VET A;  1S1X A;  3V1Q A;  4IFY A;  1T03 A;  3HP6 A;  1ZBF A;  4R79 A;  3LPU A;  2FXU A;  2YB5 A;  4H03 B;  3LAN A;  3TSQ A;  2VQE K;  5KPR A;  3ZSW A;  4I6M A;  3ATU A;  1GOC A;  4B1X B;  2ETJ A;  4HHT A;  4KV8 A;  4KTZ A;  4PHT X;  3T69 A;  4UQG A;  2G8U A;  1NGB A;  4LFA K;  3M8R A;  3HOS A;  2P9I A;  1ATS A;  1VSL A;  1E4F T;  3R9P A;  4CD1 A;  4O5F A;  3H6E A;  1M90 O;  3L0Q A;  4LH4 A;  4KHN A;  1D9F A;  2Q2R A;  3ENB A;  2GV9 A;  2HBJ A;  3L3V A;  3R6M A;  4W5R A;  2HHS A;  5A2Q O;  4N5S A;  3ZT1 A;  2CGK A;  1S1V A;  3A5M C;  5C15 A;  1RT2 A;  4FM2 A;  2ITM A;  1TYQ A;  3QES A;  2KHO A;  3LL3 A;  1VQN N;  4R5P A;  5AQG A;  3TJY A;  2F4V K;  4AKG A;  2HHW A;  1JJ2 M;  4Z4I A;  1RDU A;  3AVF A;  4FWS A;  3TAQ A;  3P1G A;  1ZYQ A;  3HVT A;  4OJR A;  5BPL A;  4DU3 A;  3OS1 A;  3VEN A;  2ZM6 K;  4LF5 K;  3KK7 A;  5HRN A;  3VEX A;  4JI5 K;  2ZJR L;  4CGG A;  4J2B A;  3A8Y A;  3QBX A;  4GKK K;  4HVJ A;  5AZI A;  2B1E A;  4B1Z A;  3TAG A;  3LD8 A;  1LW2 A;  1XMF E;  1S1T A;  1WUA A;  1K73 O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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