4JRPA

Structure of e. coli exonuclease i in complex with a 5cy-dt13 oligonucleotide
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
469
structure length
460
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEASDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5cy-dT13
total genus 159
structure length 460
sequence length 469
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4jrpA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4jrpA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jrpA01
3U3GA 3K5MA 3L3VA 1WAFA 3DOKA 3V1RA 4BACA 3L2QA 2HHSA 1BI4B 1VSKA 3AVAA 1LAVA 5HRRA 4W5RA 3V9WA 3AA4A 3AVFA 4FK2A 4DTUA 5SWMA 3K5OA 2HHUA 3CFRA 1L3TA 1S6PA 1A5VA 5T7BA 3AVHA 1J53A 5KRTA 5KTQA 3OYIA 4O44A 2KW4A 3NF7A 3SQ0A 3SUNA 3KLEA 1ZBFA 1NK6A 4DQPA 1W9HA 1VSJA 3LPUA 3LP1A 2XHBA 1JL1A 4FK0A 2EX3A 2PYLA 1QSSA 4O0JA 1LWFA 1KCFA 3WNFA 3PY8A 3V9UA 2W42A 4LSNA 5KGWA 3L2RA 3SNNA 4M3ZA 4CJPA 2BGGA 4PY5A 4DFJA 2X78A 5DK5A 5HRPA 2HHQA 2WONA 1JLCA 3TAMA 3NDKA 3LAKA 3SQ2A 3L8BA 1R0AA 2IOCA 4F8RA 4CECA 4CF1A 1SV5A 3RMCA 4KRFA 4HUEA 3RRGA 4FZYA 4LSLA 3F9KA 2RKIA 1TKTA 4CJTA 3NGZA 3ITHA 3HXMA 1BISA 1X9SA 1J54A 3K5NA 4CJLA 1L3VA 3C95A 3VN5A 3LP3A 4G1QA 2DFHA 4B9VA 2D5RA 2OZMA 1VK0A 1GOAA 1RT6A 4RW4A 1S1UA 2YV0X 3VQ5A 3ZSWA 2OPSA 4CK1A 4BE0A 4KHSA 4Y1CA 3JSMA 3V9ZA 5C42A 4CJUA 4RW9A 2FBVA 3DOLA 4AHVA 3NH2A 1WNSA 4OKJA 3H08A 3MXJA 4M3RA 3SUPA 3I0SA 4CEBA 4CFCA 4CJ4A 1TVRA 1BGXT 3KKRA 4F2RA 2F8TA 1DTQA 4CJ5A 3RWUA 3QETA 2X6SA 4MFBA 3O4QA 3NF8A 4AHTA 1X1PA 5JS1A 1RDDA 4ZTFA 4ELTA 3L2UA 2OA8A 4PUOA 2FC0A 5FDLA 2XY6A 3VQAA 1WN7A 4RW7A 4ELUA 3ZT1A 3S9HA 4DTPA 1BCOA 4PQUA 2KZMA 1C1BA 4CIFA 3O3GA 3D0PA 4DF8A 1LWCA 3QEIA 3QEPA 1L3SA 1D9FA 1WSJA 1RT1A 1HQUA 1Q8IA 3SJJA 1JKHA 4ELVA 5E41A 2D0AA 4FLXA 4CEDA 3RMBA 4Q5VA 1BQNA 4DSKA 1RNHA 1RT7A 4CJQA 1XHXA 2HHVA 5I3UA 1XWLA 2YNHA 1RTDA 3L2WA 1HYSA 4IDKA 1TL1A 4FJJA 2EHGA 4CHZA 1KRPA 4DQRA 1IKVA 1RBSA 3M8PA 3LP2A 3ZT4A 4E3SA 1QQCA 4FJLA 4Q0BA 4FLYA 4QCLA 4CIEA 4CESA 3DLBA 4OVLA 4FJ9A 3VQ9A 3VQ7A 3KK3A 2GUIA 3CFOA 4B9MA 1RT5A 4NCBA 3PO4A 3TABA 1IH7A 4BE2A 1WSHA 3KD5E 4WE1A 4BWMA 4CHOA 1YT3A 4KTZA 4I9LA 3OYBA 3DI6A 2VG7A 1Q9XA 2KQ2A 2DFFA 1BL3A 4E19A 3NH0A 3OJSA 3L2VA 4E7KA 4DS5A 1QE1A 2WOMA 1GOBA 2E4LA 5HRSA 1TV6A 2Z1HA 3ZCMA 4Z4HA 5FRMA 2GBZA 2HHXA 4E7JA 1S9GA 3PX6A 4JRPA 3RR7A 4LH5A 4DG1A 1VRUA 4CHYA 1JLFA 2HMIA 4DU3A 1XI1A 3OYFA 4DLEA 1NKCA 4Z4EA 2G8HA 3PX0A 2YHBA 1QTMA 2Y1JA 4KO0A 3TR8A 1EX4A 2FBYA 4KTWA 4FJNA 4OGCA 4AHSA 4J2EA 1WSFA 3OYKA 1UOCA 3CFPA 4IFYA 4LY7A 3OYDA 4B3OA 3HO1A 1T8EA 4DQIA 1KVCA 5KGXA 5CYQA 3EYZA 4DU4A 3K59A 4FM2A 3ZT2A 3QESA 3NGIA 1IKWA 4BE1A 4F4KA 3ZSYA 3OYGA 2IGIA 4PA1A 4C8MA 2HNZA 4KB0A 4DTNA 2OPPA 4CJFA 3THVA 3HP6A 1NK4A 3DRPA 2XY8A 1I3AA 1WSIA 3IRXA 2HW3A 4OPJA 4IBNA 1IKYA 3AA3A 5CYMA 1JL2A 5HROA 3O4NA 4OPKA 3ALYA 1JLBA 1RBRA 4DS4A 3P83D 4M45A 5KI6A 1N5YA 3VA3A 2HVHA 4BDPA 2KFNA 3OS1A 1WLJA 3DLEA 4AH9A 5HP1A 4FLWA 1BIZA 1NJYA 1JLGA 2BANA 1BCMA 3OY9A 1SL1A 4HHTA 1U48A 3VA0A 4FJMA 5D3GA 1KVAA 1NJZA 4TSXA 4CJKA 3LWMA 4CGHA 3RMAA 3OYAA 3AVLA 4JLHA 2YNFA 1NK5A 1TK5A 2OYQA 4PWDA 3AVMA 3JYTA 4DSLA 3S3OA 3OS0A 2YNIA 4EP4A 3AVBA 4M3XA 1ZBHA 1CZBA 3CYMA 2Z1JA 1FXXA 3KLHA 1KFSA 3CM6A 3QIOA 3OYEA 3VQBA 4HUFA 4J2BA 4NYNA 3IS9A 3MECA 4CK3A 2D0BA 2XY7A 2QKBA 2RN2A 4AHCA 4B08A 4DTXA 3AO4A 4CGGA 4CEOA 4W5NA 1RT4A 3KLFA 4KTQA 3HPGA 3SYZA 3KTQA 3TAQA 4O5BA 5J2QA 1HMVA 3PO5A 1B92A 4OJRA 3OS2A 4I9QA 4Z4GA 2YNGA 4H4MA 3NHGA 1UAXA 4KI4A 3RTVA 4CE9A 5HLFA 1BQMA 3LP0A 2A1RA 3SPYA 1NJXA 4CJVA 4FLVA 3K2PA 3PX4A 3ASMA 4O0IA 1C0TA 3HL8A 3NH1A 4FM0A 2VWKA 4CJRA 3TANA 4DQSA 4CHNA 1TKXA 3L3UA 3OVNA 4E7LA 5FROA 3AVCA 1U47A 1KTQA 3CM5A 4JRQA 3BDPA 1CLQA 2HNYA 1N6QA 4N5SA 3HSTB 1W0HA 4W5OA 4E1NA 1BI4A 1NK7A 3RRHA 4KHQA 2O4IA 2AJQA 3QEXA 1TGOA 4OLBA 4H8KA 2P5OA 4K8ZA 4CCHA 4NCAA 3ZT3A 3ZSVA 1B9FA 3T19A 2HVIA 2X74A 4CGFA 3C94A 4CF9A 2D0CA 2FBXA 1RILA 1TAQA 3NAEA 3IG1A 4W5QA 1GOCA 5KRSA 3QO9A 2YKMA 4M41A 4XIUA 3SUOA 2G8IA 4FCYA 4NCGA 4F2SA 3K57A 3HPOA 4B8CA 1S1WA 1S1XA 3NGYA 1G15A 1VSFA 4C8NA 3WNEA 4E7HA 4DQQA 3S3NA 4RW6A 4L8RB 4BWJA 1LW0A 5C25A 1D8YA 3WNGA 4DMNA 3TAFA 1B9DA 2RPIA 1VSLA 2PZSA 1VSHA 5HBMA 1ZBIA 1U49A 3QIPA 1VSEA 1RT3A 4UQGA 3DRSA 4Z4CA 1L5UA 2YKNA 4W5TA 3LWLA 1RT2A 3TI0A 3TWHA 1A5XA 2ETJA 4FW1A 4FLZA 3IAYA 2YHAA 2G8KA 3QEWA 3KLGA 3VQ4A 2F8SA 1DTTA 2I5JA 4IKFA 1HYZA 1Y97A 4EP5A 5FRNA 4DSEA 4I7FA 1LV5A 4IFVA 3QLHA 3V9SA 3ISNC 1QSYA 5CY4A 3NFAA 4E89A 3ZT0A 1XHZA 1NKEA 2QKKA 1KSPA 4FJ8A 3OYMA 1X9MA 4N76A 4RW8A 2PYJA 3OYCA 2QK9A 5J2PA 1U4BA 4CEZA 4CEFA 2XRIA 1RTJA 1SUQA 3AA5X 3AO3A 4CGIA 1VSDA 4CJEA 3LZIA 4DTJA 3AVJA 2DTUA 4KHNA 4CEEA 3M8QA 4CFAA 3VQ8A 3V1QA 1HYVA 2ITGA 3HYFA 3LANA 4DTRA 3SCXA 3D45A 3LALA 4BDZA 3T3FA 1HQEA 4CGJA 3F73A 4AILC 3CG7A 4M3WA 3AO2A 2VG5A 4I2QA 5EU7A 5J1EA 4HCBA 1RDCA 2PY5A 3TAPA 1ASWA 1IKXA 1LWEA 1UA1A 3BGRA 3LZJA 4FM1A 3AV9A 3V81A 3G0ZA 3V4IA 1Q9YA 1SKRA 4FZXC 3HVTA 4GW6A 1CXQA 1F21A 3KKSA 2RF2A 4FW2A 1NK0A 4C8LA 4AHUA 1MU2A 4Z4IA 3NF9A 2LSNA 3VQEA 3MEEA 1S6QA 2Z1GA 1NK8A 1T05A 4FJGA 1RTIA 4E7IA 1KFDA 4OKEA 3DM2A 4HUGA 4BDYA 2Y1IA 1Z25A 3EZ5A 1TK0A 1HRHA 4FLUA 4YNQA 1JXBA 1WSEA 4B9UA 5CZ1A 3FFIA 3AO5A 2P51A 4CF8A 4DU1A 4B9NA 1HNIA 3KD1E 3RMDA 3UIQA 3O3HA 1ZYQA 3VQ6A 3TARA 1QS4A 1J9AA 2JGUA 1D9DA 1DLOA 1KLNA 2P5GA 1RDBA 4CHQA 1CXUA 1LAWA 1NOZA 1L3UA 4DWIA 1C0MA 4DLGA 1CZ9A 4KFBA 5DMRA 4O55A 4HVJA 2G8UA 2X6NA 3NCIA 3V9XA 1TKZA 1TKDA 3VQDA 3LAMA 3MXIA 1WSGA 4KB1A 1YTUA 1VSIA 1YTAA 2GV9A 3WNHA 3V1OA 1KLMA 1SL2A 1QSLA 3P5JA 2BE2A 4QOZB 2A1SA 4CK2A 4ZHRA 4CIGA 1BHLA 4OGEA 5JS2A 5I42A 2BDPA 1JLEA 3SQ4A 3NE6A 2HB5A 1FK9A 1XC9A 4DFPA 3KLIA 3NF6A 3ULDA 3ZSZA 4O4GA 1T03A 5HRNA 1RBUA 1HNVA 1S5JA 1EP4A 4FXDA 2Z1IA 1K6YA 2JLEA 4E1MA 4FJXA 3VQQA 4CGDA 1D5AA 3HT3A 4Y1DA 3VQPA 3OJUA 4DSIA 2OPQA 1LW2A 4FJ7A 4KHYA 1HPZA 3DYAA 4IG0A 4DTMA 2OZSA 5CZ2A 4Z4FA 1SL0A 2KFZA 1I39A 2IC3A 2G8WA 3QINA 3ZSQA 1U04A 3AVKA 3I0RA 3VQCA 1ASUA 4Z0UA 4B8AB 3HM9A 2VWJA 4B9SA 4F3TA 2ZE2A 4CERA 4ID5A 3M8SA 2IS3A 2ATQA 1RCHA 2Q3SA 3C6UA 2OPRA 4CFBA 3MAQA 3U6FA 1C1CA 1RDAA 1S1VA 4CHPA 3MXMA 2FBTA 1O1WA 4DF4A 4NYFA 4KI6A 3G10A 2HNDA 1C6VA 1REVA 3E01A 2NUBA 3KIOA 4R5PA 1C1AA 3K58A 4DTSA 3SV4A 3SUQA 3HJFA 4FK4A 4KREA 3KK1A 3PV8A 1NOYA 3K5LA 5C24A 1RBTA 3DLGA 2XY5A 2B4JA 2ZQBA 1SKSA 4DSFA 4M42A 1WAJA 1ZBLA 3QERA 3CQ8A 3HPHA 2DFEA 2ZD1A 4CJ3A 1X9WA 3A2FA 3AVNA 4M3YA 4QAGA 2KZZA 3OYJA 4KHWA 2B6AA 4CEAA 3SV3A 1JXEA 3QNOA 1FKPA 4KKOA 4JS5A 1ASVA 3V6DA 2XO7A 1EETA 4J2DA 5SZTA 4E0DA 4KPYA 2R7YA 3I8DA 3DRRA 3TAEA 4K8XA 4FJIA 4FZZA 2F96A 3O3FA 1FKOA 2P1JA 3QNNA 4RG8A 4DFKA 4M3UA 1RBVA 3LPTA 3NBPA 1JLAA 3HK2A 3DLKA 1S1TA 3DLRA 3KK2A 4CJWA 3HVRA 4DSJA 1YVUA 2O4GA 2E6MA 1J5OA 3LDSA 5K14A 4N56A 4JS4A 3T1AA 3DMJA 4FLTA 5J2NA 1KVBA 1UA0A 4FJHA 1QHTA 1VRTA 1SKWA 3DLHA 4FJ5A 4OLAA 2HHWA 4YFUA 3AA2A 4DTOA 3ZSOA 4MQ3A 2VG6A 1C0UA 3ZSXA 2HHTA 2IAJA 4LH4A 1NKBA 4EZ6A 4CJSA 4M3TA 3SI6A 4J2AA 3SZ2A 5J2MA 3B6PA 1S9EA 4FJKA 3P1GA 2E6LA 4AHRA 4CEQA 2G8VA 4KHUA 4HTUA 1IG9A 2B5JA 3M8RA 4B9LA 4FVMA 1ITGA 3MEGA 3OYNA 3U3YA 4GMJB 4GVMA 4IG3A 2DY4A 3AVGA 1UWBA 3ZSRA 3TAGA 4F3OA 4FYDA 1IO2A 1ZBUA 3MEDA 4ICLA 4CFDA 3OYHA 2G8FA 3EY1A 4C8KA 2KTQA 1VSMA 4LD0A 4CF0A 4ZTJA 4DFMA 4B9TA 2IDOA 1RTHA 1EKEA 4ID1A 4KV8A 1HJRA 3RR8A 1TAUA 4HCCA 2QXFA 4KAZA 3SPZA 4H4OA 4CF2A 1JLQA 3QEVA 1TK8A 3C6TA 4N47A 3AO1A 1NJWA 3S3MA 1U45A 4C8OA 3HP9A 1BIUA 3AVIA 3SQ1A 4OKKA 1NK9A 3OYLA 1Z26A 4EZ9A 4I2PA 3B6OA 4N41A 1A5WA 1TL3A 1EXQA 3KJVA 3PUFA 1T7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U3GA 3L3VA 2NUTB 3JCMh 4BACA 1BI4B 3V9WA 4QQ6A 3FZKA 1RAEB 4YOXA 2DPNA 3I56A 3CMAQ 2DL3A 2DTIA 1S6PA 1L3TA 2VGMA 1DT9A 4A4EA 4RL5A 2WSEE 3AVHA 3OYIA 4O44A 4KRTA 3SQ0A 4JI6K 4A2AA 3SUNA 1NK6A 4DQPA 4FWMA 4FOEA 4DV4K 2FPFA 1QQJA 4FK0A 4YORA 5CKFA 5L23A 1LWFA 4E4BA 1BIBA 3CMAA 1KCFA 4HA8A 1TOVA 1ZUUA 2H3GX 3PY8A 3SNNA 2HBLA 5KGWA 3THWB 2XIDA 4M77E 2DXCA 2EGEA 3TTFA 3PMIA 2VXEA 3G71Q 2O31A 1R0AA 1AZGB 4CF1A 4QNCA 4HUEA 4IO8A 2K2MA 2BIVA 4RMOA 4LSLA 4JKFA 3VMFB 3ZX3A 2YHXA 1J6ZA 5A0GA 4FO0A 3I5RA 4AFUC 4B1ZA 3K5NA 1L3VA 4BY6B 3LP3A 5FU6C 2DFHA 2W6LA 1LCKA 2D5RA 2OZMA 2E20A 1KHIA 2HBJA 3QEWA 2LCCA 1NYGA 1RT6A 2YV0X 1N36K 4KHSA 3CCQA 4AT1B 4YOVA 4IOXA 4BR2A 1SPKA 4HTLA 2EFIA 1WHHA 3TSQA 4M7AG 1NGFA 3J2PA 2FBVA 3DOLA 4CF8A 4E6RA 3V8LA 3NH2A 3EFSA 2P1OB 4ISGA 3SUPA 1NPRA 2QYZA 4F2RA 2HBKA 3CD6Q 3QJYA 1WBDA 5HOOA 1S72Q 3RWUA 4C0DC 2DPPB 3QETA 4MFBA 4AHTA 1QVGS 4M7DB 4QKUA 5JS1A 3H1QA 2OA8A 1VQ7N 4LFCK 4M77G 2FZCB 5HK0A 3SB2A 2YHWA 3CQYA 5FDLA 2XY6A 1WN7A 3Q7BA 1BI0A 4ELUA 4B3MK 3A98A 2FF6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2EFI A;  1WHH A;  3TSQ A;  4M7A G;  1NGF A;  3J2P A;  2FBV A;  3DOL A;  4CF8 A;  4E6R A;  3V8L A;  3NH2 A;  3EFS A;  2P1O B;  4ISG A;  3SUP A;  1NPR A;  2QYZ A;  4F2R A;  2HBK A;  3CD6 Q;  3QJY A;  1WBD A;  5HOO A;  1S72 Q;  3RWU A;  4C0D C;  2DPP B;  3QET A;  4MFB A;  4AHT A;  1QVG S;  4M7D B;  4QKU A;  5JS1 A;  3H1Q A;  2OA8 A;  1VQ7 N;  4LFC K;  4M77 G;  2FZC B;  5HK0 A;  3SB2 A;  2YHW A;  3CQY A;  5FDL A;  2XY6 A;  1WN7 A;  3Q7B A;  1BI0 A;  4ELU A;  4B3M K;  3A98 A;  2FF6 A;  4WQ5 A;  1B7T A;  3JCM J;  4RTX A;  1C1B A;  4DEY A;  3D0P A;  3QEP A;  4PQU A;  4J83 A;  5AQI A;  1H3Z A;  1ZBX A;  1RT1 A;  5IWA K;  4IOC L;  2NUZ A;  2COZ A;  5KYW B;  2HBP A;  3EG2 A;  1QQM A;  1XC3 A;  3MDQ A;  4FLX A;  3PTA A;  3RMB A;  1DJ7 B;  1BQN A;  4DSK A;  2NRV A;  1NMN A;  1XHX A;  4M75 F;  5I3U A;  2RHX A;  3EH1 A;  1NEB A;  5GAM j;  2YNH A;  4K11 A;  4C92 G;  2JNG A;  1VQ6 A;  2COY A;  4X5M A;  3MKD A;  5GAN e;  1WYX A;  2KRS A;  3L0M A;  1GFD A;  2A40 A;  4FJL A;  4E3S A;  1RBS A;  2YJF A;  2LVM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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