4JRPA

Structure of e. coli exonuclease i in complex with a 5cy-dt13 oligonucleotide
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
469
structure length
460
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEASDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5cy-dT13
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 159
structure length 460
sequence length 469
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4jrpA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4jrpA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jrpA01
4B9TA 2XY7A 4AH9A 2PYJA 1GOBA 3RMAA 3ZSVA 1HJRA 3LZJA 2HHUA 1UOCA 3PUFA 4IFYA 3OJSA 1ZBHA 3T1AA 4BDYA 2E6MA 2HMIA 4DQSA 3AO4A 1NK0A 4I9LA 1J53A 1S9EA 4ZHRA 2OZMA 3ZCMA 3KD1E 1RTDA 2BGGA 1Q8IA 1TK8A 3DLEA 3CM5A 3K59A 3P5JA 4FJIA 3RWUA 3AVIA 3QIPA 1QS4A 5FDLA 4CF1A 1NK9A 3OYAA 4DQPA 3VQ8A 1NK4A 4CK2A 4DU1A 4NCAA 2Z1GA 4Q0BA 4CECA 3MEEA 1IH7A 3TAMA 3L2QA 3WNEA 3L2RA 3L2WA 4B9UA 4CJQA 4HUFA 3AA5X 1LWFA 4CJRA 4J2EA 3S3OA 1YTUA 1RT2A 4CEQA 2Z1IA 2O4IA 3AO3A 4OKJA 2P5OA 3VA0A 4KI6A 4CJTA 2OPPA 3TAFA 1G15A 3KIOA 3LZIA 4M3XA 1XWLA 1XC9A 4F3OA 4ELUA 4W5RA 4NYNA 4B8AB 1XHZA 3DOKA 4DTMA 4PWDA 1RDBA 4LH5A 2FBXA 4DTRA 4ZTFA 4CJFA 4CJVA 4F8RA 3O3FA 3HPHA 3SQ1A 4KPYA 4F2SA 3LWLA 4CK1A 2RPIA 3F73A 4OGCA 1A5VA 1L3SA 3MEGA 1GOCA 2AJQA 4CEFA 4CE9A 4W5QA 1RBUA 4IKFA 3QO9A 4OLAA 1WLJA 3OY9A 1REVA 3KLHA 1RBSA 1W0HA 1WAFA 3AVMA 1TVRA 4EP4A 4ELTA 3B6PA 4FLXA 1Q9YA 1TGOA 2D0BA 1SKSA 3QEWA 4W5NA 3OYIA 3MXJA 1X9MA 3LP2A 1WNSA 2P5GA 2G8HA 3NH2A 4E0DA 2I5JA 4CGHA 3KLFA 4DFJA 4DFMA 5KTQA 3FFIA 4E7HA 1VSDA 3RMCA 2YHBA 4FW1A 3OYHA 3IS9A 4E7KA 3NE6A 3KK2A 4KAZA 3LANA 2KQ2A 4JS5A 1B9FA 3AA4A 4RW6A 5FROA 4CK3A 3EYZA 2ATQA 5HRRA 3VQQA 4CEDA 3SPZA 1CZBA 3MAQA 3ZSXA 3SYZA 4DTUA 1N5YA 1VSMA 1SL0A 2BE2A 1HQUA 2HNZA 2VG6A 1TK0A 1X9SA 4PQUA 1VSKA 1NJXA 3ZSOA 3MEDA 4GW6A 1T7PA 4C8OA 4J2AA 1HQEA 4CERA 4CHYA 1VSJA 1YTAA 3NF9A 4C8NA 3TAGA 3S3NA 3I8DA 1U04A 3QETA 1BGXT 3IRXA 2HNDA 4FJ8A 1RT7A 4H4OA 4CHOA 1RILA 3NH1A 1SKWA 3LP0A 4CJSA 4OPKA 1UAXA 3VQDA 5J1EA 4UQGA 5J2NA 5JS2A 2HHWA 2OPQA 4RW8A 4AHRA 4DQQA 1A5WA 3T19A 3I0SA 3OS2A 4BE1A 1L3VA 4J2BA 1IO2A 1UA1A 3CYMA 3G10A 3CFPA 4F4KA 4IDKA 4AHUA 4J2DA 1C1CA 1D9FA 1EKEA 3PV8A 1I3AA 4LH4A 4Z0UA 1KLNA 4ID5A 3M8RA 3THVA 1RTHA 1S9GA 4CHZA 4F2RA 2XO7A 1LWCA 5SWMA 1U48A 4ID1A 2D0AA 2YNFA 1YT3A 2G8VA 4OKEA 3HPOA 4FLUA 4KHQA 3F9KA 1QSSA 3CG7A 1C1BA 1VSHA 3AVNA 4LD0A 1JLCA 3NDKA 4DLGA 4DTNA 3PX6A 1NJWA 4BDPA 1SL1A 3VQEA 4OKKA 2HHTA 2IS3A 1L3TA 1O1WA 2Q3SA 3OYFA 3AA2A 1JLEA 2ZD1A 1S1WA 3KJVA 2A1RA 3VA3A 4EZ6A 2ITGA 4QAGA 4HTUA 3QEVA 4BDZA 2DFHA 4CEEA 2XY8A 2YNIA 2BDPA 3M8PA 4JS4A 2Y1JA 3K57A 3TWHA 3E01A 4DSKA 4PY5A 4RW9A 1SUQA 1TV6A 4FJKA 1JLAA 3U6FA 3LALA 3DM2A 4CJ5A 2RF2A 3EZ5A 3SQ2A 4Z4FA 4FLYA 1EX4A 3HVTA 4FJGA 1X1PA 3O3GA 2D5RA 1IKYA 3OS1A 3K5LA 1VRTA 1TKDA 3PO5A 4IFVA 3NGYA 1BIZA 3PY8A 1FKOA 3AO5A 4HUGA 4FJ9A 5CYMA 2IOCA 4CGDA 2GUIA 3C6UA 3P1GA 3D0PA 3HO1A 4Z4HA 5HLFA 1KFSA 3KLEA 1KLMA 4MFBA 4FM0A 4CF0A 1QTMA 4KHYA 3DRSA 3NCIA 4FZYA 4KI4A 1NKCA 2HHSA 1WAJA 2DFEA 2Z1HA 5K14A 4CEBA 1CXUA 3LAMA 3ZT4A 4N41A 1C0TA 1U45A 1JLFA 4O4GA 1T05A 3LPUA 4O0IA 4B8CA 5SZTA 2HNYA 3OYEA 2XRIA 2XY6A 1S6QA 3ZT0A 4FJNA 1BQNA 4DTOA 1QHTA 2PYLA 4DF4A 3VQBA 1S1VA 2KZZA 3HYFA 1BCMA 2IGIA 1LW2A 4IG0A 3V1QA 1W9HA 3AVBA 4FLVA 3C94A 3VQ4A 3NHGA 1NK5A 3DLBA 4JRQA 4DSIA 1X9WA 2BANA 3WNGA 3ZSRA 4KHSA 4CJ4A 1FXXA 4DLEA 2IC3A 3L3VA 4OVLA 4TSXA 3L2VA 4CHPA 3QNNA 1NJYA 1ZBUA 3DLHA 4OGEA 2QK9A 5JS1A 3OYBA 1UA0A 3HVRA 5FRNA 2ZE2A 1JLGA 1LWEA 2DFFA 4O0JA 5C24A 4O44A 1ASVA 1TL1A 4KV8A 3OYLA 3ZSQA 1XI1A 1B9DA 1KVBA 1RBVA 4QCLA 4IBNA 4FJ5A 1WSFA 2YKNA 3SV4A 3V4IA 4I9QA 4FK4A 4KTQA 1VRUA 4DFKA 1J5OA 4OLBA 2GV9A 2D0CA 2F96A 2OPRA 5HP1A 4W5TA 1ZBIA 3H08A 2FBTA 3LWMA 1KSPA 4H8KA 4CFDA 4KHUA 1VK0A 3ISNC 1HNIA 4HUEA 3KTQA 1ITGA 3ZSWA 1J9AA 1LAVA 4Q5VA 4MQ3A 2DY4A 4FLTA 1JL1A 1NK8A 4DFPA 4L8RB 1KCFA 1WSJA 1JXEA 4B08A 1XHXA 4YFUA 3RRHA 4M3UA 3QNOA 1F21A 4AHCA 3TAEA 3O4QA 4DSJA 3VQ9A 5D3GA 1BHLA 1WSEA 4JLHA 4BWJA 1HYZA 3AVCA 4YNQA 3OYGA 1DTTA 1EP4A 4CGIA 3KLGA 3NAEA 4FJLA 3QLHA 3TAQA 2YKMA 4OJRA 4HHTA 2Y1IA 1ZBLA 5HRPA 4CJLA 1B92A 3HXMA 5KI6A 3RR7A 3AVLA 3QINA 3AVGA 4FJHA 3CM6A 1HMVA 3U3YA 4M3WA 1C6VA 4K8ZA 5HRNA 4BE2A 5C42A 1HRHA 3LP3A 4B9SA 1YVUA 3S3MA 1CZ9A 4GMJB 4GVMA 1TK5A 3M8QA 4R5PA 4CF2A 1RT3A 3TI0A 4FXDA 3VQ6A 4RG8A 4N47A 3ALYA 3BDPA 2VG5A 3VQ5A 3MXIA 4B9VA 4I2QA 3MECA 4KKOA 3V9ZA 5J2PA 3V9UA 3TABA 2VWJA 4HCBA 1RDDA 1RT4A 4DQRA 3SJJA 4KRFA 4FJJA 3A2FA 4E1MA 1VSEA 1VSIA 4OPJA 4BE0A 3HJFA 4FM2A 3RMDA 4AHVA 1U49A 3SZ2A 3DRPA 4CEZA 3ZT2A 3SUPA 2RKIA 4G1QA 3P83D 2EHGA 1KRPA 1BI4B 4B9NA 2E6LA 4DS5A 1L5UA 1JLBA 2IDOA 3QEPA 4FJ7A 1WSIA 3V1RA 2KZMA 4CJPA 3KKSA 3SQ4A 4Z4CA 1CXQA 1RTJA 1RT5A 1N6QA 4ZTJA 3NGZA 4I2PA 2FC0A 2JLEA 2KW4A 4CFCA 4N5SA 4DQIA 2OZSA 3HP6A 5E41A 1GOAA 3D45A 4B9LA 1DLOA 4KTZA 4DTSA 3PO4A 4FJXA 2B4JA 4FM1A 1BL3A 3V6DA 3AVJA 4CESA 4CIEA 3AVKA 4Z4GA 1ZBFA 1D8YA 3ITHA 2O4GA 3QERA 4CF8A 4FK2A 2W42A 3VQ7A 5J2QA 5FRMA 1MU2A 3AO2A 1RT6A 4C8MA 4N76A 3CFOA 4WE1A 3QEIA 3QIOA 2DTUA 5HBMA 1RDAA 4O5BA 2F8TA 2FBYA 3K2PA 3IG1A 3NF7A 4KO0A 2G8UA 1QSYA 3ASMA 4DSFA 1QSLA 1NK6A 2VWKA 4DTPA 1UWBA 3CQ8A 3OYDA 3TANA 2HB5A 3S9HA 1JL2A 1VSFA 4FK0A 3WNHA 4AHTA 3RTVA 4M42A 1D9DA 3T3FA 1FKPA 3WNFA 3AA3A 3PX0A 3C95A 1SL2A 3K5OA 4F3TA 2HHVA 3O3HA 1L3UA 1J54A 2G8KA 4CHQA 2F8SA 2YNGA 3EY1A 2A1SA 3RRGA 4NYFA 1TAUA 1NOYA 4M3RA 3KLIA 5C25A 2QKBA 1WSHA 1BIUA 3AV9A 1Z26A 4CFBA 3SPYA 4E1NA 4I7FA 3ZSZA 3SQ0A 5KRTA 4FZXC 3SI6A 3V9SA 2GBZA 4IG3A 4DSEA 2NUBA 3OYMA 1S1XA 3OJUA 4FLZA 4E7LA 4KHWA 2HHQA 1JXBA 4H4MA 3DLKA 1S6PA 4O55A 4CHNA 2ZQBA 4DSLA 3NBPA 1CLQA 1ASWA 1WSGA 4Z4IA 1SV5A 2QXFA 4KTWA 1SKRA 4B3OA 1WN7A 4PUOA 3HP9A 4W5OA 5KRSA 1RBRA 2YHAA 1HYVA 1KVCA 1A5XA 3QESA 4KB1A 2JGUA 4PA1A 4NCBA 1BCOA 3RMBA 4FYDA 4M3TA 2PY5A 3SUNA 1ASUA 4RW7A 5I42A 4E19A 5HRSA 3SV3A 3CFRA 3MXMA 1NKEA 4CCHA 3DOLA 2WONA 3SCXA 2G8IA 3NF8A 3OYKA 4KB0A 4FLWA 1RBTA 2B5JA 3TR8A 1LV5A 4M3YA 3NF6A 1EXQA 4CGJA 3OVNA 1Q9XA 1JKHA 4K8XA 2R7YA 1D5AA 5I3UA 5DMRA 1FK9A 3TARA 1LW0A 3PX4A 1VSLA 1NKBA 4CEAA 4CGFA 1HNVA 1NJZA 3AO1A 3HL8A 2HW3A 3V9WA 4CJEA 4M41A 3G0ZA 3ULDA 4FZZA 2HVIA 3LDSA 4BACA 1DTQA 4RW4A 4BWMA 2X78A 3LAKA 2FBVA 3L8BA 4FW2A 4CGGA 3HSTB 2QKKA 1QE1A 1U47A 2KTQA 1IKWA 1BI4A 2P51A 3JSMA 3DLRA 4DF8A 3UIQA 1T03A 3TAPA 1IG9A 5CZ2A 1TAQA 4LY7A 4M3ZA 4C8LA 2E4LA 2HHXA 3VQCA 4LSNA 4QOZB 4FCYA 1Y97A 4AILC 4HCCA 1HPZA 4E7JA 3QEXA 2LSNA 4B9MA 3VQAA 3DLGA 3U3GA 3NH0A 2RN2A 3B6OA 4E7IA 2G8FA 4KHNA 1T8EA 4EP5A 3K58A 2Z1JA 2OA8A 1C0MA 1NK7A 2KFNA 3HPGA 3RR8A 3DRRA 2VG7A 4M45A 1Z25A 3L2UA 4FJMA 1ZYQA 3ZT1A 5T7BA 1C1AA 4Z4EA 3OS0A 3VQPA 4CFAA 2IAJA 1KTQA 3L3UA 5KGWA 2XY5A 4CJKA 3DMJA 5CZ1A 2P1JA 3OYNA 4JRPA 5CYQA 3ZT3A 3I0RA 4CIFA 2XHBA 1RTIA 4FVMA 2EX3A 1IKXA 2X74A 2KFZA 2ETJA 1EETA 5J2MA 1BQMA 2WOMA 1QQCA 4DU4A 4ICLA 3KK3A 1RT1A 2OPSA 3OYJA 5CY4A 1K6YA 4DTXA 3HM9A 1TKXA 1TKZA 4Y1DA 4CJUA 3DI6A 4LSLA 3AVHA 3KD5E 3VN5A 3JYTA 4KREA 1BISA 1TL3A 3ZSYA 1HYSA 3KKRA 4AHSA 1TKTA 4CJ3A 3HT3A 4NCGA 4EZ9A 4ELVA 2HVHA 3KK1A 3SUQA 3LP1A 1KVAA 4CEOA 3DYAA 5HROA 4KFBA 2G8WA 1LAWA 1S1TA 3K5NA 4DS4A 3O4NA 2B6AA 3V81A 4DU3A 2OYQA 4DTJA 4XIUA 1RCHA 1C0UA 3BGRA 3M8SA 4DG1A 5DK5A 4E89A 1S5JA 3AVAA 2YNHA 4Y1CA 1RDCA 4E3SA 4DWIA 3V9XA 4HVJA 4CIGA 1KFDA 3OYCA 3K5MA 3SUOA 1I39A 5EU7A 2PZSA 3SNNA 4N56A 4C8KA 1NOZA 1RNHA 2X6SA 1S1UA 3LPTA 3NFAA 3C6TA 4CF9A 1U4BA 3IAYA 1IKVA 2YV0X 3HK2A 3AVFA 3NGIA 4CJWA 5KGXA 4DMNA 1R0AA 3V1OA 1JLQA 2X6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ATCB 4AH9A 2KROA 3U23A 3LH5A 3ZSVA 3MX2A 1UOCA 4IFYA 1ZBHA 4BDYA 2E6MA 2HKQB 3VF6A 1MTYG 3EGDB 3A5OC 3VS3A 4DQSA 3PIOL 4I9LA 1S9EA 5EG2A 4ZHRA 3ZCMA 2BGGA 4J9GA 4EP9A 4J6YA 4KGZB 1Q86U 5DLOA 2AKKA 3GNGA 2OTJA 3AVIA 3O9RA 4DEXA 3OA6A 1KC8R 2P9KB 2ECZA 2VGMA 2RHKA 4FM4B 4QVCA 4Q0BA 4II1A 4CECA 2HCKA 1VA7A 3TAMA 4FYWB 3L2QA 1SRLA 1NPPA 3OS5A 1YITA 4AM6A 5KPTA 3A5MC 3G4SN 3CMEQ 3EGXA 1R0BG 1LWFA 3EFSA 4CEQA 4OMPA 4XH1A 4B1YB 3AO3A 3VA0A 4KI6A 4EPCA 1KJWA 3KIOA 4C0ZA 3CCJN 2ZGYA 1TG0A 4BR2A 5FW9A 1IZ6A 1Q18A 2NLXA 2MAMA 1M90R 1QCNA 3HRUA 4H0YB 4DTMA 2JTEA 4BRDA 1XHZA 1RDBA 3V8JA 3SEMA 4LH5A 4DTRA 5KE3A 1VQ8A 4CJFA 2DXUA 2JVVA 3SQ1A 1I07A 3CCVQ 2EIFA 4KPYA 2LX9A 2UUCK 1M27C 1G8XA 1RAAB 5H1SQ 4LDUA 4CZMA 1A5VA 1L3SA 5JVGL 4H03B 4QNCA 1B7TA 1QWFA 2RHUA 3A0IX 4JYAK 1Y96A 1WLJA 3OY9A 4ELTA 4OVAA 4FLXA 1K8KA 4PJOA 1TGOA 1N1CA 4RTVA 1Q86C 3M0RA 3ATUA 3CPWM 1X9MA 3LP2A 4ILGB 2QA4N 2UUAK 4J9IA 1WHMA 2V8IA 4IT5A 4IEIA 3BDLA 1YJNT 2UU9K 3VRZA 3PMTA 1VSDA 3V7CA 3WXLA 2AZSA 4PJJA 2L3RA 5CHIA 1M2VA 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 1K6Y A;  4DTX A;  3HM9 A;  1TKX A;  1TKZ A;  4Y1D A;  4CJU A;  3DI6 A;  4LSL A;  3AVH A;  3KD5 E;  3VN5 A;  3JYT A;  4KRE A;  1BIS A;  1TL3 A;  3ZSY A;  1HYS A;  3KKR A;  4AHS A;  1TKT A;  4CJ3 A;  3HT3 A;  4NCG A;  4EZ9 A;  4ELV A;  2HVH A;  3KK1 A;  3SUQ A;  3LP1 A;  1KVA A;  4CEO A;  3DYA A;  5HRO A;  4KFB A;  2G8W A;  1LAW A;  1S1T A;  3K5N A;  4DS4 A;  3O4N A;  2B6A A;  3V81 A;  4DU3 A;  2OYQ A;  4DTJ A;  4XIU A;  1RCH A;  1C0U A;  3BGR A;  3M8S A;  4DG1 A;  5DK5 A;  4E89 A;  1S5J A;  3AVA A;  2YNH A;  4Y1C A;  1RDC A;  4E3S A;  4DWI A;  3V9X A;  4HVJ A;  4CIG A;  1KFD A;  3OYC A;  3K5M A;  3SUO A;  1I39 A;  5EU7 A;  2PZS A;  3SNN A;  4N56 A;  4C8K A;  1NOZ A;  1RNH A;  2X6S A;  1S1U A;  3LPT A;  3NFA A;  3C6T A;  4CF9 A;  1U4B A;  3IAY A;  1IKV A;  2YV0 X;  3HK2 A;  3AVF A;  3NGI A;  4CJW A;  5KGX A;  4DMN A;  1R0A A;  3V1O A;  1JLQ A;  2X6N A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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