4FJKA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/da
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjkA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjkA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjkA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjkA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjkA03
5KGWA 3OYKA 4CHQA 3MXMA 1IKYA 1LV5A 4O0IA 4QCLA 3TAFA 3DRPA 4QAGA 3KK3A 4B9SA 1NJZA 3LZIA 3MAQA 2Z1IA 4OKKA 4CEFA 2I5JA 4KKOA 4CGHA 4DTJA 3U3YA 3PO5A 4B9NA 1O1WA 4BDYA 3HO1A 1HRHA 1A5VA 1RT1A 5K14A 5HRPA 3K57A 2DY4A 1BI4B 4M45A 1SUQA 3AVHA 3G0ZA 4I2PA 5JS2A 1ZBIA 3VQ6A 1KLNA 4Z4CA 2Y1JA 4DTXA 4FJ5A 4M3XA 3K58A 1WAFA 3AA4A 4FJHA 3NF9A 4CHZA 2HHVA 1G15A 1VSEA 1WSHA 1RTHA 3DYAA 5HBMA 3QEPA 3QIPA 4KTQA 1TAQA 4JLHA 4FLWA 4F2RA 4AHTA 2OZSA 4DU3A 1RBVA 2D5RA 4CF1A 4CHOA 4NCAA 4OPKA 3C6TA 4M3TA 1BCOA 3G10A 3OYEA 3ZT3A 4HHTA 3V9XA 3AVBA 2QKKA 3SUOA 3TAGA 3QETA 3ZSQA 4CESA 1WAJA 1HJRA 3ZSOA 2AJQA 4BACA 4OVLA 1NKCA 1HPZA 1IKXA 3VQQA 3AVAA 4CFAA 3OYBA 3O3FA 1NJXA 3C94A 5D3GA 2HNYA 4CIFA 3LAMA 2X6NA 1CLQA 1IO2A 1U04A 4JS4A 4DSLA 3RMCA 4OGCA 1RT5A 4AHRA 4CJVA 3V9ZA 4Z4HA 3DLBA 4PA1A 1KFSA 1VSHA 5J2MA 4LSNA 4FLXA 4DTNA 2YNHA 4YFUA 5J2QA 4N5SA 1U48A 4CK3A 4M42A 1NJYA 1ZYQA 1RT4A 4E0DA 4B08A 4GVMA 3HVRA 1LAWA 2P1JA 3L3VA 3ZT2A 2XY7A 1U49A 1RDCA 4E89A 3ZT4A 1HNVA 3M8SA 3AA2A 4FLTA 2QXFA 4CFDA 3V1OA 4CJ4A 4NYFA 3SQ4A 1QTMA 2XY6A 4CJEA 3VQBA 3ZT1A 1BIZA 4FLVA 3F9KA 3D45A 3DRRA 4B9TA 4RW7A 2YKMA 3QNOA 4LD0A 1LW2A 4E7JA 4FZXC 3JSMA 2A1SA 4DU1A 5C25A 4KB0A 4DQQA 4J2DA 3CFOA 2IC3A 3OS2A 4LSLA 3RRGA 4KO0A 1GOCA 3L2VA 4FLYA 3T3FA 3K59A 2Z1HA 3CFPA 3S3NA 1T7PA 3LDSA 1RBUA 4DG1A 3AO4A 3HJFA 4W5QA 2FBTA 3OYDA 2E6LA 2HB5A 3QO9A 1FXXA 4DSFA 4CK1A 1JLGA 3KKRA 1L3UA 4CJTA 4LY7A 4KHSA 4N41A 4FZZA 2GV9A 3SJJA 1BQMA 4FLUA 2FBYA 1C1BA 1XHZA 5I3UA 4DQIA 3EYZA 2G8WA 4TSXA 3VQEA 2X74A 1ZBHA 1ZBUA 4Y1CA 3K5NA 4OJRA 4JS5A 4Z4GA 4EP4A 2KZZA 4F3OA 3L2QA 3WNHA 1YVUA 3HP9A 4CECA 4CCHA 5FRMA 4FYDA 4FJJA 2EHGA 4CFCA 1CZBA 1VSMA 4E7KA 3V6DA 1C0UA 5EU7A 1RBRA 2RPIA 4DSIA 3MEDA 1BI4A 3MXJA 2X6SA 1LWEA 4RW6A 4FK2A 3HYFA 4L8RB 4C8NA 5FROA 4C8MA 3OYFA 1D5AA 4M3YA 4DS5A 2VWKA 3LWMA 5FDLA 1VSIA 3CM5A 2KW4A 3TARA 1W0HA 2E4LA 2VWJA 3LWLA 1TKTA 3NGZA 3RTVA 3IG1A 4CGIA 4PY5A 4DTOA 4I2QA 3SV4A 3I0RA 3TANA 3V4IA 4CJ5A 2HNDA 3KLHA 2QK9A 4E19A 4FJKA 1C6VA 1WSFA 4K8XA 2ZE2A 4CGGA 3AVNA 1IH7A 2P5OA 3OYCA 4CEEA 1D9DA 1VSLA 1C0TA 2GBZA 3V9WA 3OYMA 1X9MA 2Z1JA 2P51A 1Z25A 2BE2A 4CHNA 1L3VA 2OZMA 4ID5A 4CEBA 1UA1A 1HMVA 1S1XA 2WONA 4OLBA 3OVNA 3OS1A 3VA0A 4CEZA 1TK0A 2ZD1A 3TAEA 3VN5A 2O4GA 1Y97A 1B92A 1REVA 1DTTA 1FKOA 2B6AA 2FBXA 1LAVA 3ZSXA 3AV9A 2RKIA 3HM9A 3QEVA 4QOZB 1BIUA 1EETA 4FJMA 3SI6A 3NDKA 5E41A 2G8HA 1T03A 4YNQA 5J2PA 1U47A 4N76A 1WSEA 5HROA 5JS1A 4NYNA 2PY5A 3SUNA 2YNGA 3K5LA 2O4IA 1C1CA 4IBNA 3CYMA 2F96A 1S5JA 3DLRA 4KTWA 3ZT0A 1XI1A 3WNFA 3U6FA 4K8ZA 2XO7A 3L2WA 1JLQA 1LW0A 5KGXA 1BQNA 3IRXA 4CK2A 5C24A 1NK7A 2BDPA 2KFNA 1TL1A 4F2SA 1S1TA 4Z4IA 1EP4A 4E1MA 1S1VA 3S3MA 2ATQA 1DTQA 1C0MA 3DLGA 2OA8A 1TV6A 3DM2A 1UA0A 4DU4A 3VQ7A 2FBVA 4BE0A 4DSJA 4W5NA 1W9HA 3QNNA 1VRTA 4DFJA 1TK5A 3LP3A 3MECA 4FJNA 5C42A 3SUPA 4DFPA 4HUFA 1L3SA 2NUBA 1RTJA 4EP5A 2G8UA 1Z26A 2ETJA 2KFZA 1KFDA 3TWHA 4AHUA 3SUQA 1NOZA 3T19A 4ICLA 1KTQA 3VQDA 3OYHA 3SPYA 3KIOA 1L5UA 2G8VA 5KTQA 4KB1A 3K2PA 3HPGA 3NH1A 3BDPA 4KHNA 1T8EA 4BE1A 4BWMA 3VQ4A 4FZYA 4O0JA 4B9UA 4IKFA 2HVHA 4BDZA 1BL3A 1KRPA 3PY8A 4FK0A 3RRHA 1YTAA 4DTRA 3AA5X 4DSEA 4CGJA 2IS3A 4FJ8A 3ZSVA 4CF9A 2KZMA 4CF0A 3RMAA 1GOAA 3ZSZA 1JXEA 4DQPA 3SQ1A 4CIGA 3C95A 3HP6A 3KD5E 4CIEA 1Q8IA 3TAMA 3L3UA 3LP2A 3U3GA 4DF8A 1HYZA 4OKEA 4F8RA 3QINA 1U45A 3PUFA 3AO1A 5CZ1A 1L3TA 3H08A 2F8SA 4E3SA 1HNIA 1UWBA 4O5BA 5HLFA 5CYMA 5J2NA 3AO5A 1SKSA 4NCBA 4DFMA 1HQEA 1S1WA 4FVMA 4Q0BA 1QS4A 4B8CA 2VG6A 2P5GA 1NK9A 2YNFA 1RBTA 2HHUA 3IS9A 3PV8A 3VQAA 4IG3A 1FKPA 3AVLA 5J1EA 3I0SA 1UAXA 4IFYA 1J9AA 1RNHA 4ELUA 1RBSA 3OJUA 4ZTJA 5T7BA 3M8PA 4H4MA 1ITGA 4W5OA 4HUEA 1VSJA 4FJIA 2Z1GA 2JGUA 1RT7A 3MXIA 3WNGA 2XRIA 2XHBA 3T1AA 3JYTA 5CZ2A 1NK4A 4OLAA 1X1PA 3ISNC 1ZBFA 5KRTA 4Z4FA 2DFFA 4NCGA 1SL2A 1NJWA 4W5RA 1RDAA 3PX0A 1RTDA 3BGRA 1XC9A 3HK2A 4KHWA 1JKHA 4KTZA 1X9WA 4BE2A 3NAEA 4E7LA 4ELVA 3K5OA 2HHTA 3SQ0A 1J53A 1B9FA 3CG7A 3OYIA 1JLAA 3NF7A 3QEXA 3TAPA 4DLEA 4HCBA 4DTUA 3DOLA 1HQUA 1XHXA 4FM0A 4LH4A 4O4GA 4B8AB 4CJLA 2BGGA 4B3OA 4CJUA 4AH9A 3CQ8A 4M41A 4KHQA 3KKSA 4O55A 3AO2A 5FRNA 2VG7A 2OYQA 4E7IA 3ZSWA 1RTIA 1LWCA 1K6YA 5HRNA 2GUIA 3HL8A 3KJVA 3EZ5A 3MEGA 5HRRA 3PO4A 4Z0UA 3DI6A 2RF2A 3RMBA 3AVJA 2HNZA 4ID1A 1UOCA 3V81A 4AILC 1RILA 4RW9A 4CJRA 2OPSA 1RT2A 2FC0A 2Q3SA 3AVIA 2HHXA 4DTMA 4H8KA 2HHSA 1YTUA 3LALA 1B9DA 4B9VA 1NK8A 4N56A 3SPZA 1N5YA 4B9LA 4DSKA 1QSYA 2YNIA 4CF8A 3NFAA 1HYVA 3RR7A 4J2AA 1TVRA 1NK0A 3L8BA 3DLHA 4CE9A 3KK1A 3P5JA 4FW1A 2XY8A 2HHWA 1BHLA 2G8KA 3O3GA 4IFVA 3VQ9A 3M8QA 1NK5A 4MQ3A 4CFBA 1F21A 3HXMA 3DLEA 5HP1A 1R0AA 4C8LA 4CHYA 4M3UA 1YT3A 2OPQA 3A2FA 5DK5A 3QEWA 2G8IA 4KI4A 1EXQA 4HTUA 4KREA 1JL1A 3B6PA 1WSGA 2JLEA 3DMJA 3NGYA 1WLJA 4CGDA 3PX6A 4IG0A 1TL3A 3FFIA 3SQ2A 1CXUA 3AVCA 3HVTA 2PYJA 4C8KA 4KAZA 1RDBA 4WE1A 3OYJA 4HUGA 4M3ZA 1JLBA 2OPPA 3ZSYA 1TKXA 4W5TA 3IAYA 3L2UA 1A5WA 1S6QA 3K5MA 4CF2A 4F3TA 4FK4A 3OYLA 4JRQA 3PX4A 2G8FA 3DRSA 3LZJA 3ZSRA 1KSPA 4LH5A 3MEEA 4CERA 3NH2A 4HVJA 2HW3A 4FJ9A 3L2RA 3OYGA 3V1QA 3KLEA 1TAUA 3TABA 1WSIA 3TR8A 3OS0A 1S9GA 3NBPA 1DLOA 1RT6A 1IKWA 4KHUA 3C6UA 1N6QA 2ZQBA 1BGXT 1FK9A 4AHSA 5SZTA 4OPJA 4CJSA 2IGIA 1I3AA 2Y1IA 3QERA 3OJSA 2ITGA 1VK0A 4DFKA 1EX4A 1S6PA 2E6MA 1WSJA 3KD1E 2YV0X 1NKBA 3DOKA 1ASWA 4DQSA 1J54A 4ZTFA 3SV3A 4OKJA 3HT3A 1QHTA 2IAJA 1VSDA 1I39A 3AO3A 2HHQA 4J2EA 1S9EA 2QKBA 3ULDA 3RMDA 2PZSA 1GOBA 3TAQA 2KTQA 4KPYA 3AVKA 3NF6A 2X78A 2WOMA 3NF8A 3P83D 2B4JA 3KLIA 4J2BA 5KI6A 4CEDA 4EZ6A 3D0PA 4I7FA 4DF4A 2IDOA 3LAKA 4CJPA 4PQUA 3I8DA 1TKDA 3M8RA 4XIUA 2HVIA 4KI6A 1S1UA 4O44A 5KRSA 2A1RA 2DFHA 2OPRA 4CEOA 4E1NA 4KRFA 4DMNA 2BANA 1NOYA 3ITHA 3LPTA 3KK2A 1J5OA 3NE6A 4BWJA 1JL2A 4CEAA 4CJFA 3OY9A 3O4NA 1HYSA 1TK8A 2D0AA 4I9LA 1KVBA 1KLMA 1SV5A 4FW2A 4RG8A 3O3HA 3AVMA 4PUOA 2VG5A 4MFBA 3NH0A 3VA3A 1T05A 4CHPA 4GMJB 4UQGA 3S3OA 4H4OA 3VQPA 3VQCA 4PWDA 4FJGA 1WN7A 3NHGA 3ZCMA 2XY5A 1VRUA 3KLFA 1VSKA 4IDKA 1JLEA 3OYNA 3P1GA 1NK6A 1WNSA 3NCIA 1RDDA 3THVA 3EY1A 1IKVA 2EX3A 4KFBA 4CJQA 1QSSA 4CJWA 4DS4A 1ZBLA 1LWFA 2W42A 1MU2A 4FJ7A 4FXDA 1EKEA 4FCYA 1RT3A 3VQ5A 4RW4A 2D0BA 4CEQA 3ASMA 5DMRA 1RCHA 4CJ3A 3VQ8A 4Q5VA 3KLGA 1SL0A 3WNEA 4F4KA 3RR8A 4DLGA 2YHBA 4I9QA 1JLFA 4JRPA 4EZ9A 1XWLA 1JXBA 3HSTB 4C8OA 3OYAA 4CGFA 1NKEA 1ASVA 3AVFA 3RWUA 1Q9YA 3E01A 1Q9XA 1BCMA 1D8YA 3QIOA 4OGEA 3CM6A 4ELTA 1A5XA 2DFEA 3HPHA 1QQCA 1JLCA 3S9HA 1KVCA 3LP1A 5I42A 1TGOA 3O4QA 2IOCA 1SKWA 4ZHRA 3NGIA 4KHYA 1C1AA 4N47A 3QLHA 4FM2A 3V1RA 4AHVA 3V9UA 2F8TA 3SCXA 2D0CA 3AA3A 3KTQA 4BDPA 3CFRA 2HMIA 4FJXA 2RN2A 1KVAA 2DTUA 2YKNA 4R5PA 3DLKA 2PYLA 4DWIA 3V9SA 4HCCA 4FLZA 1KCFA 5CY4A 1BISA 2R7YA 4M3WA 1SL1A 4DTSA 1TKZA 3QEIA 3LP0A 4G1QA 2B5JA 3B6OA 4Y1DA 3SYZA 4Z4EA 1X9SA 1D9FA 4AHCA 1QSLA 1VSFA 1ASUA 3AVGA 2YHAA 4E7HA 3SNNA 3LPUA 4DTPA 1IG9A 3LANA 4DQRA 3UIQA 3HPOA 3QESA 1CXQA 4CJKA 5HRSA 4B9MA 5CYQA 1CZ9A 2KQ2A 3SZ2A 1U4BA 3ALYA 1SKRA 1QE1A 4FJLA 4FM1A 3TI0A 4M3RA 2LSNA 4RW8A 4KV8A 3F73A 4GW6A 5SWMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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