4DU4A

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp opposite dt with 3-deaza-adenine at the n-3 position of primer strand
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4du4A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4du4A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4du4A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4du4A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4du4A03
2IS3A 2Y1JA 1JLCA 3OS0A 1VSLA 3K5LA 4E0DA 4G1QA 3AVBA 4J2AA 3SQ2A 1WNSA 3P1GA 4WE1A 1ZYQA 5HROA 1T05A 4C8MA 1HQUA 3CM6A 3DLGA 3DLKA 3WNGA 4CHZA 3L2VA 3L2WA 3QLHA 2BANA 1L3VA 4K8ZA 3WNFA 4CEFA 2GBZA 1TL1A 1BQMA 1RT7A 1JLEA 2YNFA 1I3AA 4BDYA 3KLGA 3NGYA 4AHSA 3B6PA 3AVHA 3CFPA 1NK7A 1HMVA 1RDDA 3QEPA 5C25A 4BE1A 2HHVA 1NOYA 1HYVA 1S6QA 1QSYA 2YNHA 1HPZA 1RBRA 1C1AA 3TANA 4EP4A 3V1RA 3EYZA 2FBVA 3AVIA 3ZSWA 3C6UA 4CJFA 3AO5A 4HHTA 2XY6A 5C42A 1S6PA 4PUOA 1KFSA 3AA2A 4CJ4A 3V9SA 1DTQA 1FXXA 4NCGA 3OJUA 4CGFA 3NE6A 3A2FA 3D45A 2D0BA 1SKSA 4CEAA 3I0SA 3O4QA 3VQPA 4FJNA 1NKCA 4C8KA 4KRFA 3LDSA 3TAMA 1HNVA 3IG1A 2P5GA 2FBXA 3T3FA 2P51A 4OPKA 1C0MA 3PO4A 4Z4EA 4B9UA 3SCXA 4DTMA 3UIQA 3IAYA 3HK2A 1IH7A 1MU2A 3O3FA 3KKRA 3O3GA 4CEBA 5D3GA 4K8XA 3K5OA 3NF8A 2F8TA 2JGUA 3NCIA 3H08A 4DSJA 2VWJA 1WSIA 3RR8A 4CECA 3MEEA 1VSDA 3PV8A 1L3SA 3L3UA 4RW6A 1VSIA 5J2NA 2OPPA 3DLBA 1IKVA 3AVFA 1JXEA 1LAWA 3M8PA 4E7LA 1SL0A 1KRPA 3K5NA 3RMAA 4O4GA 3ZT0A 4CGDA 3KD5E 4CF2A 2RF2A 1FK9A 3AVNA 3HP6A 1A5VA 1CLQA 3T1AA 1ZBLA 3OYLA 1SKRA 4DTRA 3BDPA 3HPGA 3AVLA 3CYMA 1HYZA 1BI4A 3DOKA 3L8BA 4B08A 4FJ7A 2IAJA 4DU3A 4O5BA 2X74A 3AA5X 2YHAA 4QAGA 4FJ5A 5C24A 3OYKA 1NJWA 1JL2A 3LPUA 5I42A 4FJ9A 1C6VA 3AA3A 1XI1A 4W5OA 3JYTA 4FYDA 1TL3A 3VQ4A 3VQ9A 3HT3A 3AVKA 3C94A 4OPJA 3OYAA 3CQ8A 3TAQA 4C8NA 1TKTA 1JL1A 4CEOA 1BHLA 4F4KA 3K2PA 3L2QA 4LH4A 3NGZA 4PWDA 1A5WA 2Z1GA 1LV5A 3AVMA 4B9LA 4CGHA 1IG9A 4GVMA 3VQQA 3ZT1A 3MXIA 1W0HA 1WSJA 3K5MA 4I9QA 1U04A 3QEVA 1LW2A 3MEGA 4FJKA 4DFKA 2HHQA 4M41A 4E3SA 3HM9A 3QNNA 3F9KA 4Z4GA 4NCBA 4E7KA 1UAXA 2WOMA 3PO5A 3SV4A 3O3HA 1NK4A 1RT4A 3V9UA 1FKPA 4AHUA 2RKIA 3SQ0A 1HYSA 3QERA 4KV8A 4DQRA 2BE2A 1Y97A 1J9AA 3SQ4A 1XC9A 1QSSA 1RBTA 2HVHA 3PY8A 1LAVA 4FM1A 4FZXC 3DLRA 5KI6A 3I8DA 3PUFA 3ZT3A 4JRQA 2HHTA 4HUGA 3SQ1A 4E7IA 1WSHA 1TKXA 4W5RA 1DTTA 4PY5A 3P83D 1RT1A 1TGOA 1YTUA 1NJYA 2G8FA 1B92A 3OYMA 4OGEA 3HPHA 1G15A 3HPOA 3AVGA 4KTQA 3RRGA 3IRXA 2KQ2A 3LP0A 1VSJA 4I2QA 1KTQA 3SUPA 3WNEA 4CHPA 3VQ8A 1HQEA 3MAQA 2VWKA 3MXJA 4F3OA 2Z1JA 4Q0BA 3VN5A 4DF4A 1JLBA 4GMJB 3LAMA 5JS1A 3KIOA 4KHWA 3VQ5A 4W5QA 4DTUA 4DQQA 3NH0A 3NDKA 1VSHA 4O55A 3M8SA 2XO7A 4CJEA 4M3TA 4FLWA 4E19A 1RBSA 1XHZA 1Z25A 1C0TA 2OPQA 5SWMA 3OYNA 4C8OA 2E6LA 1KSPA 1T8EA 4DU1A 5HP1A 1RBUA 1TK0A 4F2RA 5FRNA 1RILA 3TAGA 2P1JA 4B8CA 3EY1A 5J2QA 2PYJA 1WAJA 3WNHA 4DTJA 4J2DA 1Q9YA 3LP1A 3ASMA 3U6FA 2DFEA 3T19A 2PY5A 1RTHA 1S1XA 1CXUA 3ZSRA 1BISA 3DLHA 2GV9A 1BQNA 1QSLA 2WONA 2D0AA 3RMCA 4AHRA 1ITGA 3KK1A 4KREA 4FLXA 2OPRA 4IBNA 3KLFA 3TARA 1SL2A 2E6MA 4KB1A 4C8LA 3HXMA 3AO1A 2EX3A 2F8SA 1RTIA 3NH2A 4KHYA 3SPZA 3M8RA 4FM0A 2E4LA 4N5SA 2DFFA 3SNNA 4BWJA 1X9MA 2ZD1A 4BE2A 4B9MA 4O0JA 2DY4A 1YT3A 4MFBA 3MXMA 3D0PA 1U45A 1WSGA 4DU4A 2R7YA 1C1BA 3V4IA 4M3XA 3L3VA 4DFJA 3O4NA 4IFVA 4CJLA 5FRMA 4CGJA 2HW3A 1SUQA 4DQPA 4KTWA 2IDOA 3V6DA 3DM2A 4CF8A 4CIEA 2YNGA 4LY7A 4KI6A 1C0UA 1UOCA 5K14A 4EZ9A 1XWLA 4HCCA 3NBPA 4E7JA 2HHUA 2QKBA 1KVAA 2VG5A 2P5OA 2RN2A 1SL1A 3AVCA 3KTQA 4J2EA 1BIUA 1EKEA 1LWFA 1IKYA 2OPSA 3SJJA 1K6YA 1BGXT 1S9GA 3CFOA 3U3GA 2G8UA 3NAEA 4LD0A 4DG1A 1QHTA 4CF1A 3ALYA 1L3UA 3LALA 3OYEA 1N6QA 3SUOA 3LP3A 5EU7A 1GOCA 4DSKA 2FBYA 4CJKA 1BCOA 3M8QA 5KRSA 4DFPA 5FROA 1U48A 2GUIA 2BDPA 3OYJA 4AHCA 1BI4B 3VA0A 4KPYA 3OYHA 1KFDA 4CJWA 4R5PA 1UWBA 3CG7A 4DSIA 1S1VA 1TAQA 4H8KA 5DMRA 3VQ6A 3K59A 3K57A 1U4BA 4FLUA 4FLVA 2Q3SA 4PA1A 3LPTA 4FW2A 3DI6A 1FKOA 2KW4A 2G8VA 4F8RA 4M42A 3KLHA 4CHOA 3ZT4A 1ASVA 4HUFA 1VSFA 1EP4A 1RNHA 1XHXA 3AVAA 4CJ5A 3OYGA 3SZ2A 3LZIA 1RT3A 2OZMA 4KFBA 4TSXA 1ZBHA 4KHSA 4FK0A 2NUBA 4ZHRA 3B6OA 2PZSA 2HVIA 1T7PA 1NKBA 3ZSQA 4GW6A 3HP9A 3TR8A 4CK2A 4CJQA 2W42A 2FC0A 1J54A 3G10A 3FFIA 4O0IA 2KFZA 3TAFA 4DSLA 4H4OA 3QESA 1ASUA 5FDLA 5CYQA 1WN7A 3OJSA 3VQCA 3KD1E 4DMNA 4M3UA 1VSKA 2VG7A 3AO2A 1A5XA 1VRUA 4PQUA 5KGWA 1EXQA 4F2SA 2IOCA 2HHSA 2XRIA 2HMIA 4W5NA 4FJLA 1J53A 2G8IA 1TK5A 4FM2A 3OYCA 2HNYA 4CHNA 4FJMA 2XHBA 4IFYA 4CJ3A 4UQGA 3BGRA 1B9DA 3RR7A 3VQDA 1F21A 3OVNA 4CEQA 1LWEA 5CY4A 1Q9XA 2XY7A 4Y1CA 4IKFA 2QK9A 4OLAA 1C1CA 2YV0X 1VSMA 1VRTA 4ID5A 3KKSA 5HRRA 3ZSXA 4E89A 3V81A 1TK8A 4ELTA 2LSNA 4CFBA 4RW9A 4CHYA 1RT6A 3NF7A 2ATQA 4KHUA 4Q5VA 1SV5A 3DRRA 1T03A 2HB5A 4M3RA 1TKDA 1ZBFA 2X6NA 3OYDA 1RTDA 4O44A 1SKWA 1J5OA 1HRHA 3L2RA 3LZJA 1BCMA 4AHTA 4CK3A 3RTVA 3QO9A 5J1EA 4E1NA 3S9HA 5KRTA 3V1OA 4DSEA 4L8RB 4N41A 2YNIA 4FLYA 3DLEA 5JS2A 3EZ5A 2KZZA 4KKOA 3QEXA 2IC3A 4DTSA 2HNZA 4CGIA 1S9EA 1TKZA 4CE9A 4FJIA 3VQBA 3KK3A 4JRPA 4CGGA 4CJTA 3U3YA 4FZYA 1JLAA 1RTJA 2DFHA 3F73A 3MEDA 3HSTB 1KLNA 4IG0A 1WAFA 4OVLA 3SUNA 4N56A 3QETA 3AA4A 3V1QA 4BWMA 4FK2A 3TI0A 3SYZA 4B9SA 4FLZA 2A1SA 4B9TA 1L5UA 3HL8A 1YVUA 3VQAA 1QTMA 3AV9A 3VA3A 4XIUA 3S3NA 4B9NA 1RCHA 4EZ6A 4N76A 3SI6A 1TAUA 4DTPA 4E7HA 3DRPA 2ITGA 5DK5A 3QEIA 5HBMA 3TAPA 4FCYA 4CJRA 4CCHA 4YFUA 4CJUA 4M45A 4DTNA 2EHGA 4DF8A 4M3YA 4CFAA 4JLHA 4CFCA 4LH5A 4FJGA 1S1UA 4OGCA 3ULDA 4IDKA 1LW0A 3QIOA 4RW4A 2G8HA 4B3OA 3V9XA 1ZBUA 1Z26A 4ZTJA 1WLJA 4CHQA 2B6AA 3S3OA 4ELVA 4Z4IA 2AJQA 4FW1A 1NK0A 4OLBA 1U47A 3NGIA 3QNOA 3IS9A 1RDAA 1R0AA 3RWUA 1TVRA 1NK6A 2D0CA 4FJ8A 4FJHA 3C6TA 4CESA 4W5TA 4BE0A 4DQIA 3ZSZA 3QINA 1X1PA 4FK4A 2FBTA 2QKKA 1D5AA 1QS4A 4I7FA 4RW8A 2KTQA 2HHXA 2IGIA 2YHBA 4DLEA 4CEDA 3NF9A 3DOLA 4KI4A 2OZSA 2ETJA 3ZT2A 5E41A 4DWIA 3HVRA 4ICLA 2OYQA 4RW7A 4CEZA 4CFDA 5HRPA 5KGXA 4Z4CA 4QOZB 1RBVA 1EX4A 3C95A 4CJSA 2G8KA 3V9ZA 3P5JA 4AILC 3OS1A 2YKMA 2XY8A 1W9HA 2X6SA 3NH1A 4QCLA 1WSFA 1ASWA 3V9WA 3I0RA 2O4GA 2B5JA 3LWMA 4HCBA 3RMDA 3SPYA 2KZMA 4JS4A 3CM5A 4MQ3A 3PX0A 4FXDA 4B8AB 3QIPA 2I5JA 4I2PA 4ZTFA 2A1RA 1RT2A 4BACA 1REVA 4Z4HA 1S5JA 4DQSA 1NKEA 3HVTA 3SUQA 1KVCA 4OJRA 2KFNA 3HYFA 1NJXA 3OYFA 2PYLA 1KCFA 2YKNA 2ZQBA 4ELUA 1BL3A 3PX4A 1JLGA 2OA8A 3ISNC 4AHVA 4HVJA 4M3WA 3ZSVA 4OKEA 3LWLA 3KJVA 3DMJA 2HHWA 3LP2A 3SV3A 3HJFA 5HRNA 1ZBIA 3RMBA 4CJVA 1VSEA 4EP5A 3TWHA 1NK8A 3AO4A 4KB0A 3LAKA 4CF0A 1JKHA 4FLTA 1BIZA 2VG6A 4DFMA 1JXBA 1RDBA 1NK9A 4J2BA 4OKKA 2X78A 1X9WA 2F96A 2JLEA 3AVJA 3NFAA 3OS2A 2HNDA 1VK0A 2RPIA 3KK2A 4Z4FA 4NCAA 3QEWA 1TV6A 1S1TA 4H4MA 4CIGA 1RDCA 1IKXA 1DLOA 1YTAA 4AH9A 4ID1A 4B9VA 1D9DA 4CF9A 4FZZA 1RT5A 5KTQA 3K58A 1KLMA 4KTZA 4NYFA 4RG8A 1I39A 1KVBA 4DTOA 4DTXA 1JLQA 1O1WA 1JLFA 3E01A 3KLIA 3NF6A 4KHQA 5SZTA 4CEEA 3ITHA 1NJZA 4IG3A 2B4JA 4I9LA 1EETA 3JSMA 3VQEA 3DRSA 4DS5A 3DYAA 4BDZA 5J2MA 1NK5A 1D8YA 4FJJA 4F3TA 3KLEA 4FVMA 4CERA 3TAEA 5CZ2A 5CYMA 3ZSOA 4HTUA 4OKJA 1IKWA 3LANA 1D9FA 3RRHA 5HRSA 3OY9A 3NHGA 2DTUA 1HJRA 4YNQA 4BDPA 4N47A 3OYBA 3ZCMA 1L3TA 4HUEA 1IO2A 2BGGA 5HLFA 1B9FA 1Q8IA 4LSNA 4DSFA 1QQCA 3S3MA 1CZBA 2G8WA 4KO0A 4CJPA 2Y1IA 4JS5A 5I3UA 3ZSYA 2Z1IA 5CZ1A 3VQ7A 2O4IA 5J2PA 4KHNA 1U49A 1UA1A 5T7BA 3HO1A 4DLGA 3THVA 3CFRA 1LWCA 3AO3A 1GOBA 2D5RA 4CK1A 1UA0A 4Z0UA 3TABA 3OYIA 4LSLA 1CZ9A 4CIFA 2ZE2A 4NYNA 4Y1DA 3MECA 4M3ZA 1QE1A 1CXQA 4E1MA 4FJXA 2XY5A 4DS4A 1N5YA 3G0ZA 2QXFA 3L2UA 1GOAA 2Z1HA 3PX6A 1X9SA 4KAZA 1WSEA 1S1WA 1HNIA 1NOZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2IS3 A;  2Y1J A;  3OS0 A;  4G1Q A;  4K43 A;  4BRC A;  2JH8 A;  1QHA A;  1T05 A;  4C8M A;  3DLG A;  4LF6 K;  1L3V A;  4K0K K;  3A5M C;  1RT7 A;  2YNF A;  4IOX A;  4A61 A;  1I3A A;  3KLG A;  4AHS A;  4JKG B;  1NK7 A;  3CFP A;  3O5B A;  1HMV A;  3QEP A;  4BE1 A;  1GLL O;  1NOY A;  3SVI A;  4KH4 A;  1HPZ A;  2HST A;  4FWQ A;  1DGK N;  3AVI A;  4CJF A;  1LDK E;  3AO5 A;  1IV0 A;  2XY6 A;  1S6P A;  3AA2 A;  3TL8 B;  2NRZ A;  3L0M A;  3DJC A;  3V9S A;  2HHH K;  1GLB G;  1FXX A;  3OJU A;  1TYQ A;  5AZI B;  3AAR A;  3I0S A;  3T1Y K;  4B1Y B;  3LDS A;  1HNV A;  3IG1 A;  5IT9 O;  2P5G A;  3L4Q A;  3T3F A;  2P51 A;  1HKG A;  1NGI A;  3PO4 A;  3TSU A;  2D1K A;  1IH7 A;  3O3G A;  4K8X A;  2VWJ A;  1VSD A;  4WQ5 C;  3R8E A;  5J2N A;  1IKV A;  3AVF A;  4V19 S;  5LMN K;  4E7L A;  3K5N A;  4O4G A;  3ZT0 A;  4BRN A;  3KD5 E;  5FLX O;  2RF2 A;  5KQD A;  1CLQ A;  1ZBL A;  5AQN A;  1JCF A;  4DTR A;  5AQU A;  4BC5 A;  3BF3 A;  1HYZ A;  2A42 A;  1BU6 O;  4JK7 A;  4BDZ A;  3QDK A;  3AA5 X;  4FSV A;  2YHA A;  3OYK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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