4DU4A

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp opposite dt with 3-deaza-adenine at the n-3 position of primer strand
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 323
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4du4A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4du4A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4du4A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4du4A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4du4A03
4B8AB 3OYFA 3AA4A 2HHWA 3HL8A 4CHQA 1SKSA 2KFZA 4DFJA 3QLHA 1CLQA 3OY9A 4NYNA 2G8FA 4ID5A 3QO9A 4RW9A 1ZBFA 4Y1DA 1WAFA 4AHSA 1L3UA 4KHSA 4Q5VA 3OYHA 3KJVA 5D3GA 3KTQA 1J9AA 3H08A 2D5RA 2WONA 4M3ZA 2GUIA 3KLHA 4TSXA 2HHXA 1BIUA 1Z25A 4PA1A 1RT1A 3AV9A 1Q8IA 1TKTA 4IG3A 3HVRA 3VA3A 2F96A 1YTAA 3V6DA 1C0MA 3DLKA 1NK0A 3CM6A 2PY5A 3L2QA 3SI6A 3OYAA 4FM2A 4FJXA 3DM2A 3HYFA 5E41A 3IRXA 4WE1A 1U49A 4DU1A 1KLMA 1VSIA 2HHSA 4RW4A 1NK6A 4KB1A 3M8QA 3K5LA 4HCCA 2OYQA 1D9DA 1U4BA 3KD1E 4Z4CA 2YNIA 5T7BA 2HW3A 5HRSA 3AO4A 2E6LA 3OJSA 3LPTA 1T8EA 1SL2A 2EHGA 4O44A 4FJNA 1A5VA 1S1XA 2FC0A 1S9EA 3RRHA 4KTQA 3EYZA 3QEXA 1SL1A 1Q9XA 4FW2A 1KTQA 1ZBUA 1QTMA 4BDYA 4CJEA 3O3FA 1NJWA 1T03A 3KLFA 2YHAA 4C8OA 3TWHA 3BGRA 3V9SA 1NOZA 3TI0A 2GV9A 4DU3A 5C25A 1ZBHA 4IDKA 4FK4A 5JS1A 3AVNA 4LY7A 1LW0A 2D0BA 4W5RA 1LV5A 4Y1CA 3T19A 3DLRA 3K58A 5HROA 1Q9YA 1WSJA 2VG6A 2VG7A 3NFAA 3MAQA 1TAUA 4DTOA 3QEIA 2IGIA 3VQEA 5KGXA 3HT3A 3KK1A 4F8RA 4FLZA 3MEEA 4FK2A 2OZMA 2YHBA 4CEAA 4BACA 3RR7A 1BQMA 1TK0A 3L8BA 2YKMA 1R0AA 4KPYA 4F2RA 3PX4A 1RT6A 3ASMA 3TABA 1XC9A 4CGJA 4O0IA 2BGGA 1U04A 1SV5A 3HP6A 4LH4A 4AHVA 5CZ2A 3OYDA 3LP2A 1RTHA 1S6QA 1W0HA 4IFYA 4F3OA 4F3TA 3MECA 3U3YA 3OVNA 3LP1A 2LSNA 2HVIA 3SQ2A 1C1AA 1ASVA 1WLJA 4ID1A 3SCXA 4DTXA 1I3AA 3AVCA 3HVTA 3VQ5A 2HMIA 1S6PA 5DMRA 5J1EA 4N41A 1J53A 1DTQA 3AO1A 4B9MA 2RN2A 5C42A 2F8SA 1UA1A 2BDPA 1ZBIA 2YNGA 4IG0A 4CJRA 1RDAA 2DY4A 1BISA 3ZT1A 4OLAA 4CJ3A 3BDPA 2OPRA 4CHNA 3DOKA 3OYJA 4HUFA 2X74A 3D0PA 4NCGA 1BCMA 3QESA 4O4GA 4EP5A 1Y97A 4RW8A 3SQ1A 3QIOA 3O3GA 3NGYA 4MQ3A 3V9WA 1XHZA 3ZT3A 5I3UA 4CEFA 2Z1JA 2OPPA 1X9SA 4EZ9A 3L3UA 4AILC 4CFBA 3KLIA 1HJRA 3NF9A 3OYNA 3TAFA 5JS2A 1ZBLA 4CJLA 3KK2A 4E89A 3LP0A 4PQUA 1UAXA 1VSEA 5KRSA 1C0UA 1UWBA 4EZ6A 1U48A 1NK4A 3AVHA 4YFUA 2X6NA 3KKSA 4CEEA 1REVA 1QE1A 3SUNA 1LWCA 3NDKA 2WOMA 4AHUA 3K57A 4BDPA 4CEZA 1NK8A 1VSDA 2Z1GA 3TANA 3QIPA 1SUQA 3O4QA 1IKYA 3SUOA 1JXBA 1X1PA 4OKJA 1KLNA 5KTQA 3RMBA 3VQ6A 1CZ9A 1RDBA 4HVJA 4DTMA 3EY1A 4KI4A 1IO2A 1VRTA 3AO2A 4FJ5A 3QEVA 1C1CA 3ULDA 1LAVA 4FLXA 3DOLA 3DYAA 3QERA 3NH1A 1QSSA 1HYVA 3NCIA 3O4NA 3DLBA 1VSMA 2ETJA 1TL3A 3RMDA 3VQBA 4B9SA 4OLBA 1J54A 1K6YA 3F9KA 3K59A 4GMJB 4H8KA 1S1UA 3ALYA 1JLCA 3OJUA 2W42A 3MXIA 2A1SA 2IS3A 5I42A 4CESA 1NKEA 4FJLA 2B4JA 4DS4A 1SKWA 1S1WA 1FKOA 4M41A 2Z1HA 4RW6A 3M8SA 3NH0A 3JSMA 3HPHA 1IG9A 4FJ7A 3WNGA 1RT5A 3NF8A 2KTQA 4AHTA 4AHRA 4B3OA 3VQCA 3IAYA 3CM5A 1VSHA 4CK3A 3P1GA 3L2WA 4KHNA 3DI6A 1WNSA 3MXMA 4NCBA 1BL3A 3MXJA 4PY5A 1VSLA 2G8KA 4J2EA 1WSFA 2XO7A 3AA5X 4J2DA 4FM0A 4GW6A 4DFKA 3QETA 1BQNA 2Z1IA 4E19A 4CF8A 1FK9A 4CIEA 1RT4A 4Z4HA 4F2SA 2HHVA 3G0ZA 3ISNC 2XY5A 5HLFA 4DQPA 4ZTFA 2KQ2A 4OGCA 3EZ5A 4I2QA 5SZTA 3V1RA 3U6FA 1NK9A 4DSLA 3VQQA 3P83D 3TAMA 4W5NA 1B9FA 2P5GA 3B6OA 3K5OA 4CFDA 3SJJA 4NYFA 4FJJA 1BHLA 3NF6A 2IAJA 3HPGA 4CJWA 3T3FA 2ZD1A 4DTUA 1NJZA 3IG1A 4KTZA 2PYJA 4KHUA 2O4IA 3SPYA 4FLTA 5C24A 3RTVA 1JKHA 4DTSA 1VRUA 4O5BA 2R7YA 2HHTA 3A2FA 2B5JA 4I9QA 2DFFA 3AVBA 4Z4FA 1IKVA 3NF7A 4H4OA 1EXQA 4FW1A 3VQAA 3ZSXA 4OKKA 1A5XA 2G8VA 2QKKA 5CYMA 4F4KA 4FLWA 1A5WA 5HRPA 3NE6A 4AH9A 3HXMA 4CJ4A 3PO5A 1MU2A 1BIZA 4ZHRA 3U3GA 3L2RA 4FJMA 3AVFA 1RBRA 2KZMA 4CJTA 3ZSYA 4Z4GA 2QKBA 2HB5A 2KFNA 4KB0A 3V9XA 4CERA 4J2AA 1TKZA 2E6MA 4CGHA 4RW7A 1DTTA 3V1QA 2G8IA 4M3UA 1RT3A 1X9MA 4HUGA 4E7KA 1TGOA 2PZSA 4FJ9A 3QNNA 1D9FA 3RRGA 4MFBA 4CIFA 3AO3A 3E01A 5SWMA 4O0JA 1KVAA 3CG7A 2XY8A 3MEGA 2BE2A 3ZSQA 4KHYA 1CXQA 1BGXT 1EKEA 1S9GA 3M8PA 3TAQA 1T05A 2GBZA 4DSJA 4CJPA 3NGZA 2FBYA 1XHXA 3I0SA 4FJ8A 2VG5A 3LWLA 4FK0A 1ASUA 4DQIA 3VQ8A 1NK7A 1NOYA 4DTPA 1JLBA 1L3VA 4CGDA 1WAJA 1TV6A 4BDZA 2A1RA 3JYTA 2KW4A 4DWIA 3ZSWA 1L3SA 2KZZA 2OPSA 1BCOA 4GVMA 4ZTJA 3F73A 3SZ2A 4DS5A 4DLEA 3WNFA 1J5OA 1RT2A 1RTDA 3NH2A 4JS4A 3OS1A 1S1VA 3OYLA 4XIUA 3RMCA 1TK5A 1XWLA 4DU4A 3P5JA 3MEDA 1LWEA 5J2MA 3NBPA 3HPOA 4B9VA 2XRIA 3KK3A 4FVMA 5KI6A 4CEDA 4DFMA 3LAMA 4BE0A 2BANA 4R5PA 3AVIA 3OYBA 3WNEA 4Z0UA 3RR8A 1FKPA 1FXXA 3G10A 4K8ZA 2HNDA 2XHBA 5EU7A 2JGUA 4CHZA 4CHPA 3QNOA 3V9UA 4I2PA 1S5JA 2FBTA 4M45A 2ITGA 4CF1A 4DQSA 4ELTA 4HCBA 2X78A 3LDSA 4FJHA 4OPKA 2G8UA 4CCHA 4M42A 4ELUA 2OPQA 4E3SA 2IC3A 5FROA 3ZSRA 4M3YA 4B9NA 1JXEA 1JLEA 1TVRA 3HM9A 1RBTA 1RILA 1L5UA 3V1OA 3O3HA 3L2VA 1C1BA 3ZSOA 1WN7A 4E7JA 2QK9A 1SKRA 5HRRA 4JRQA 5HP1A 3C6TA 4DFPA 3THVA 4E7LA 5HRNA 3VA0A 1XI1A 1NKBA 4FYDA 4QAGA 3NGIA 1RDCA 4FZXC 2FBXA 3OYGA 1W9HA 3PUFA 4FXDA 4G1QA 4CJSA 3ZT0A 1ZYQA 1HYZA 1NJXA 3AA2A 2G8HA 2OZSA 3PX0A 3RMAA 1B9DA 3AVLA 1TKDA 4IBNA 4NCAA 4DSIA 1VSFA 3SUQA 1SL0A 1WSIA 1RDDA 2IDOA 3SQ0A 4CGIA 3DLEA 4LSLA 3TARA 1D5AA 4CF2A 1IKWA 3ZT2A 4DF4A 3PY8A 3I0RA 1NK5A 3HO1A 3V4IA 3OYKA 4B9LA 4O55A 3UIQA 3KLGA 5K14A 2DTUA 2Y1IA 3AVKA 2B6AA 3C95A 1N5YA 4QOZB 4DMNA 1QHTA 4N56A 4W5OA 3LWMA 3TAPA 4I9LA 1VSKA 1VSJA 4CK1A 2PYLA 1RBVA 4FM1A 3IS9A 4OJRA 4PUOA 2VWJA 2JLEA 2O4GA 1CXUA 3OYEA 3OS0A 3SV4A 2D0AA 4C8NA 4B9UA 4E0DA 2QXFA 1QQCA 2HNZA 4KRFA 3ZSZA 2Y1JA 3L2UA 3C94A 4CJVA 3SPZA 2P51A 5FRMA 1VK0A 3VQ7A 2XY7A 1D8YA 4CJ5A 4E7IA 4OGEA 2XY6A 3KKRA 4ELVA 4FLVA 4CF0A 3DRSA 4LD0A 1I39A 4W5QA 1NJYA 1YVUA 4KTWA 3LZIA 3FFIA 4H4MA 3ZSVA 3HK2A 4LH5A 4DSKA 4CJQA 3AVMA 1QSYA 3NHGA 1LW2A 3OYMA 3SYZA 4M3TA 4CEOA 1WSHA 4KI6A 4CGFA 1BI4B 3TR8A 3PV8A 4PWDA 5J2QA 4E1NA 1C6VA 2P5OA 1LWFA 2NUBA 3T1AA 4CK2A 2OA8A 4OVLA 2EX3A 4CJKA 4FZZA 3SNNA 3TAGA 4BE2A 1HNVA 3VQ9A 1HRHA 4KREA 3DMJA 1YT3A 4OKEA 5J2PA 2VWKA 4W5TA 1EX4A 3C6UA 3LALA 2RF2A 1C0TA 3ITHA 5CZ1A 5FDLA 4AHCA 4CE9A 1ITGA 1HNIA 2RKIA 3AA3A 4CEQA 4C8MA 4CJFA 4FCYA 1RNHA 3SV3A 4E1MA 3PO4A 1HYSA 2HHUA 3OYIA 3RWUA 1ASWA 3QINA 2YV0X 3LZJA 1JL1A 1N6QA 4BE1A 1TL1A 3QEWA 1RCHA 1U45A 4B8CA 1KVCA 4JLHA 3NAEA 1YTUA 1S1TA 4FLYA 4C8KA 1RTJA 1KFDA 2YNFA 5CYQA 3DLGA 4DF8A 4N76A 3CFPA 1HQEA 2I5JA 3VN5A 3ZT4A 4N47A 2D0CA 1EETA 4KFBA 4KKOA 3LP3A 3AVAA 1RBUA 4KHQA 4Z4IA 2E4LA 4CECA 3VQ4A 1U47A 4YNQA 1RBSA 1TAQA 3QEPA 5KGWA 3VQDA 4HUEA 3S3NA 5FRNA 3AVGA 3DRPA 4DSFA 4QCLA 2YNHA 1HQUA 4EP4A 3I8DA 1KRPA 1IH7A 1JLQA 1WSEA 4UQGA 3S3MA 4CIGA 1UOCA 4B08A 3TAEA 5CY4A 4JS5A 3SUPA 4LSNA 4KHWA 3LPUA 5KRTA 4CFCA 4JRPA 4FZYA 1KSPA 2YKNA 3OYCA 4IKFA 4FLUA 1Z26A 3S3OA 1L3TA 2IOCA 1O1WA 4IFVA 4CFAA 1QSLA 4FJKA 3SQ4A 2AJQA 3K5MA 1JLAA 1JLGA 5DK5A 1TK8A 2F8TA 3D45A 2DFHA 3AVJA 4B9TA 4BWJA 1GOAA 4CHOA 1F21A 4DLGA 1BI4A 1JLFA 3LAKA 3CFRA 4DTJA 3M8RA 4BWMA 4CEBA 4L8RB 4DTNA 3KIOA 2DFEA 1X9WA 1LAWA 3CYMA 4KO0A 4CJUA 1HPZA 3K2PA 2ATQA 3LANA 4CGGA 1KCFA 1JL2A 4OPJA 1UA0A 2X6SA 4M3XA 1B92A 4N5SA 3V9ZA 4KV8A 1G15A 1WSGA 3DRRA 2G8WA 4DG1A 4ICLA 4DQQA 1GOCA 2Q3SA 4KAZA 3HJFA 1CZBA 3CFOA 4HTUA 3L3VA 4J2BA 1NKCA 1RTIA 3DLHA 4Q0BA 1IKXA 3KD5E 1RT7A 4Z4EA 3K5NA 2HVHA 1TKXA 2ZE2A 3ZCMA 4E7HA 4CHYA 1QS4A 4DQRA 3PX6A 3OS2A 4DSEA 3S9HA 3B6PA 3WNHA 4M3RA 4HHTA 2HNYA 4I7FA 4DTRA 4C8LA 1KVBA 3KLEA 5HBMA 1EP4A 3CQ8A 1HMVA 2P1JA 5J2NA 1T7PA 1DLOA 4FJIA 3HP9A 2HHQA 4CF9A 1KFSA 2RPIA 4M3WA 4RG8A 2FBVA 4FJGA 3AO5A 4K8XA 1GOBA 3HSTB 3V81A 3VQPA 2ZQBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4B9SA 5AQFA 1K6YA 3RSEA 3HGLA 4GMJB 1JLCA 2JH8A 3PSIA 2W42A 1G99A 1M1KO 1YJ9N 1MWMA 1FKOA 1YHQN 3I56N 3M8SA 3NH0A 3JSMA 4FJ7A 3WNGA 3FZHA 5EX5A 3CC7N 3LDNA 2KTQA 4AHTA 2ASOA 3VQCA 1IJJA 3CM5A 3P1GA 4KHNA 3DI6A 3CJ7A 1XMQK 4NCBA 4PY5A 4LF6K 4NXMK 1WSFA 3A8YA 3UO3A 1QQNA 4CBXA 2KQ2A 4CZJA 3WEEA 3V1RA 1NK9A 1FZ1E 3HRGA 4BG9A 2E1ZA 3MCAB 5BPLA 3L1NA 3HPGA 5FPEA 4KH6A 2ZD1A 3PIOL 5KPRA 2O4IA 3SPYA 5BN8A 2PBDA 1KAYA 2HHTA 2DFFA 4I9QA 4E4BA 5AZJA 4Z4FA 1IKVA 4H4OA 1OH7A 1EXQA 3VQAA 3ZSXA 2JPNA 3NE6A 4AH9A 3HXMA 1IBMK 5AQLA 3THYA 3L2RA 4FJMA 5C0YA 4Z4GA 2QKBA 3D2EB 2CGLA 4CERA 1DTTA 4X66K 3JS6A 2B1EA 2P9NB 4YHHK 3RRGA 1EWQA 2E32A 4CIFA 3L0QA 1KVAA 1T05A 1EKEA 2HF4A 3TAQA 2GX9A 3NGZA 1XHXA 3C6NB 2YJFA 4DQIA 2P9IB 1ASUA 3VQ8A 1NK7A 1JLBA 1L3VA 4CGDA 1TV6A 4BDZA 1N8RO 1L3SA 1GLCG 4O8KA 3F73A 1YJNN 3UE5A 1LOTB 4DLEA 4DS5A 5C10A 1RTDA 2GTDA 3THXB 1MHZG 1TK5A 1XWLA 3IMXA 4B3TK 3NBPA 4FVMA 4CEDA 3LAMA 4BE0A 3OW2M 3O1BA 2BANA 3OYBA 3AVIA 3WNEA 4WQ4A 3CPWM 3G10A 2HNDA 3V9UA 3K9KA 4CHPA 1S5JA 3P38A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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