3KD1E

Closed binary complex of an rb69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic gmp terminated primer template pair.
Total Genus 305
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
305
sequence length
905
structure length
905
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKWVSQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQMALKVTCNSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C
publication title Phosphonoformic acid inhibits viral replication by trapping the closed form of the DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 305
structure length 905
sequence length 905
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
E PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3kd1E05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3kd1E01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kd1E02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3kd1E06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3kd1E03
4DTNA 4CK3A 4OPJA 1JLGA 3LP1A 4E7HA 1XHZA 3SI6A 2Y1IA 1ZBIA 4LH4A 3LPUA 3L2WA 3VN5A 2E6LA 4KB1A 4DTOA 3WNEA 3CFRA 1NK6A 3LDSA 3VQ6A 4EZ9A 1BL3A 2HHXA 4CIGA 3AVGA 3O4QA 4E0DA 1VSIA 3DOLA 4NYFA 4CEZA 2PZSA 4CK2A 3HP6A 4B9NA 1RT1A 3K2PA 1KRPA 3O3GA 4OVLA 4IFYA 3V9XA 4O4GA 3ASMA 3AVNA 4XIUA 2PY5A 3CFPA 1ZBUA 3HPGA 3JYTA 3BDPA 1WSFA 2DFFA 3NGYA 4PY5A 1HPZA 3NHGA 3KK1A 5HP1A 4Q5VA 1J53A 1C0UA 3E01A 4E7JA 1U48A 3M8SA 3WNFA 1BCOA 5D3GA 4OKKA 3OYKA 2D0AA 2IAJA 1NKBA 1VSKA 4H4OA 2X78A 4OJRA 1G15A 5HRNA 3OYMA 4QCLA 4R5PA 4DMNA 3LALA 4GVMA 3QNNA 4CJWA 2KTQA 3K5NA 4DG1A 2KZZA 1U45A 4DLEA 1S1TA 3EZ5A 3TWHA 2HHSA 2HNDA 3AVJA 3P5JA 3TANA 1JXBA 4C8LA 1S1XA 3NF7A 4W5RA 1RBVA 1RDAA 1FKOA 1RNHA 4KI6A 1BIZA 1RT6A 1VRTA 5J2MA 1VSHA 1TK8A 1HYSA 1Y97A 4KV8A 2XHBA 2VG5A 3SNNA 2VWJA 4AHUA 5HLFA 3DLHA 1BQMA 4DQIA 1JKHA 1YTUA 2HVIA 4M42A 4CESA 1S1UA 2VG7A 3IAYA 2KW4A 4HTUA 3SZ2A 1JL1A 4KHUA 3AV9A 1I39A 3PY8A 3ZT0A 2YV0X 3KIOA 4YFUA 2VWKA 1QSSA 3VQ7A 1CXUA 2KFZA 4KO0A 3ZT4A 2GV9A 3HL8A 2HHTA 5T7BA 4IFVA 1VRUA 3A2FA 2HHQA 3U6FA 3HXMA 2YHBA 3NFAA 1QS4A 4RW6A 3HPOA 3K5MA 2ZE2A 3RTVA 3DOKA 3MEDA 1D9FA 4FW2A 4W5QA 3MXJA 2XY6A 3SPZA 4MQ3A 4CEFA 4CIEA 1A5VA 3KLHA 3ZSWA 1JLQA 3C94A 3MEGA 3F9KA 1NKEA 1SL0A 1LWFA 1BCMA 1HNIA 4Y1CA 1S6QA 4DU4A 3OYHA 4M3TA 1WLJA 3EY1A 4CJVA 3OY9A 1JLAA 4CJ5A 3NGIA 4Z4IA 4DLGA 1FKPA 3O3HA 3KK3A 4L8RB 3THVA 4LD0A 1JLCA 3DLRA 1RDDA 1C1BA 3VQ5A 1Z25A 1EETA 3LZJA 2YKNA 2EX3A 4O55A 4OGEA 3CFOA 4DTPA 3VQEA 3KLEA 4JS4A 4Z4CA 1EKEA 4DQQA 4DU1A 1SL2A 2E4LA 1REVA 4FLXA 3LP0A 5C24A 4E19A 4PQUA 1KLNA 2OPSA 5KI6A 3CG7A 4OKJA 3VQBA 3NH2A 3PV8A 5J2QA 4PWDA 3TABA 4GW6A 4FYDA 4OGCA 1X9WA 4PUOA 3HPHA 4CJTA 3S3MA 3LAKA 4B9VA 2IS3A 3AVAA 1B9FA 1HNVA 4RW7A 4DF4A 1CLQA 1HYVA 3HK2A 5DK5A 3P1GA 4DTUA 1RBTA 3OYIA 3TAGA 1XWLA 3KTQA 3VQAA 4BDZA 1X1PA 1U4BA 1ITGA 3U3YA 3G10A 3V6DA 1IG9A 1SV5A 1T7PA 3QERA 4CHNA 2Z1GA 3SV4A 1RDCA 3I0RA 3SQ1A 2X74A 3P83D 2QXFA 4WE1A 3VQ8A 4CGHA 4BDPA 2HVHA 5CYMA 3PO4A 3ZSOA 3CQ8A 2P51A 4DQSA 2KFNA 3I0SA 2BE2A 4E7LA 4OLBA 2EHGA 1TAUA 1N5YA 3IRXA 5K14A 1KFDA 3V9ZA 1RT3A 3DRSA 4M41A 1CZBA 2IGIA 3PO5A 1UWBA 4FW1A 1HJRA 1IKXA 2RF2A 2OPPA 3L3VA 1C6VA 1LAWA 1NK7A 1WAJA 4FK0A 2YNFA 4DTJA 4FJHA 3LP3A 3ZSQA 4M3RA 1LWEA 2P5GA 4K8ZA 3AVHA 4IG0A 2Q3SA 3VQCA 1C0MA 4DFMA 4JRQA 1IH7A 2YNHA 4FLTA 3DLKA 2HHVA 1KVBA 3JSMA 4C8MA 3SQ4A 3NCIA 5KTQA 5EU7A 4MFBA 4B9UA 4RW4A 3OYGA 4FLZA 2G8FA 2LSNA 3OYFA 1NK8A 2YNGA 4TSXA 4CJLA 1BISA 4E7KA 2D0CA 4O5BA 1XI1A 1HQEA 2D5RA 3AA5X 3AVFA 4O0JA 1BI4B 1TVRA 4HVJA 1JLEA 4DS4A 2HHWA 1IKWA 4I9QA 1VSEA 4Z4EA 4KPYA 3QIPA 3RR7A 4Y1DA 4FLUA 1DTTA 4CF9A 3SPYA 3QNOA 2G8HA 2OZSA 3QIOA 4I2QA 4BWJA 1RT5A 4FLWA 1VSJA 1ZBFA 4BDYA 3ZSVA 4M45A 1ZBHA 4KHSA 2OYQA 2RN2A 3L2QA 2PYLA 1NJXA 4IBNA 3F73A 3HO1A 4E7IA 4CHZA 4I9LA 3HSTB 4KFBA 4CFCA 4CJQA 2BDPA 2OZMA 4EZ6A 2B5JA 3U3GA 3KKRA 3KD5E 4CFDA 1NK5A 3TAMA 1WSJA 4B08A 4ZHRA 3WNGA 3DLBA 4KB0A 1VK0A 3V9WA 4LY7A 4CJRA 3SQ0A 1XHXA 2KZMA 5HRSA 3RMDA 3LWLA 1KFSA 1MU2A 3TR8A 3D45A 4HCCA 1UA1A 2FBTA 3LPTA 4E1MA 4DSJA 4CJPA 2GBZA 4Z4GA 4DQRA 4NCBA 4B8CA 1D9DA 5C25A 4CJFA 4F8RA 3SYZA 4ELUA 2HW3A 2FC0A 4KAZA 4JLHA 2Z1IA 4CF1A 3OYEA 4F2RA 3AA3A 4F4KA 3B6PA 3I8DA 2BGGA 4W5NA 2QKBA 3KKSA 1L3TA 4FJ5A 3K59A 1C1CA 1CXQA 3SUOA 2XO7A 2QKKA 4B3OA 3L3UA 5C42A 3KLIA 4O0IA 1B92A 4W5TA 3RMCA 4W5OA 1QE1A 3DRPA 4AH9A 2R7YA 4ID1A 3C6UA 1T03A 4JRPA 4FJ7A 1KTQA 4ELTA 3DYAA 4DTMA 4J2AA 3IS9A 1RTHA 4LH5A 4N47A 3OVNA 4FJ8A 3ALYA 4FCYA 2ZD1A 5I42A 1HRHA 4NCGA 2W42A 1T05A 3QEVA 1CZ9A 5JS2A 3T19A 3AVBA 4CF8A 3TAPA 4N41A 2YHAA 3HVTA 3RRHA 1SKRA 4BACA 1QSYA 3TAQA 3V4IA 2ATQA 1TV6A 4CERA 4FK4A 4O44A 4I2PA 4CE9A 1N6QA 2B4JA 4FJNA 4FLYA 1L5UA 4YNQA 3OYDA 3MECA 4F3OA 5DMRA 1YT3A 3SV3A 2G8KA 2YKMA 4EP5A 4F3TA 3CM6A 4M3WA 3DRRA 4NYNA 3OYNA 3OYAA 2G8UA 4AILC 5I3UA 2FBYA 1S1VA 3NF9A 5HRRA 3KLFA 3L8BA 4KHYA 4IKFA 5HROA 1BI4A 1K6YA 3ZT1A 1JLFA 4CHOA 4K8XA 2IDOA 3NBPA 1XC9A 1VSDA 4KRFA 4BE2A 1IKVA 4KTQA 3AA4A 1FK9A 4CF2A 3HM9A 3DLEA 3OJUA 4DSFA 4E89A 4DS5A 5J2PA 4J2BA 4B9SA 3PX0A 3SUQA 4CEAA 1GOBA 3OS1A 1HYZA 3D0PA 3QETA 1IO2A 4CEDA 1W0HA 4M3ZA 4GMJB 4CHQA 4DTXA 1F21A 1RBSA 3VQ4A 1S9EA 3HYFA 5CZ2A 2F8TA 4JS5A 4C8KA 1WSIA 3RMBA 2DFHA 3T3FA 2PYJA 3PX4A 1A5XA 3NGZA 4CFBA 3AA2A 3CM5A 3G0ZA 1GOCA 1U04A 1WAFA 4C8NA 3V1OA 4M3YA 2WOMA 3VQDA 4C8OA 3KK2A 4HHTA 3RMAA 1TKZA 3AO2A 3LAMA 4RW9A 2VG6A 5J1EA 3V9UA 3QO9A 4B9LA 1SL1A 1A5WA 3S9HA 4DF8A 5CYQA 3M8PA 3ZCMA 3AVMA 4CGIA 5J2NA 3BGRA 4LSLA 4AHTA 3VQPA 4HUFA 3AO3A 1RTJA 1SKWA 4PA1A 3VA0A 4ZTJA 4KREA 4CCHA 2WONA 1VSFA 4BE1A 4KHQA 4CJ4A 4NCAA 5FRNA 4KHNA 4FLVA 4KKOA 1B9DA 3AO5A 4CEQA 1QQCA 1T8EA 1NK0A 4FXDA 2D0BA 3RRGA 1HMVA 2IC3A 1EP4A 3NE6A 2XY5A 3PUFA 4Z4HA 1NKCA 1TKXA 3SJJA 4KHWA 1W9HA 2HB5A 3K58A 1BIUA 3K5OA 3ULDA 3NDKA 3SUPA 1BQNA 1RBUA 1UOCA 1IKYA 3NH1A 1RTDA 1DTQA 4OKEA 3NF6A 1ZBLA 4CGJA 3TI0A 1D8YA 3AVKA 1EXQA 1D5AA 1KCFA 2Z1HA 3HT3A 4FJMA 4HCBA 3RR8A 2RPIA 4BE0A 4KTWA 1Q9XA 3NF8A 5E41A 4HUEA 1NK4A 4HUGA 1JLBA 4E1NA 4DQPA 1S5JA 3LANA 4H8KA 1TKTA 1Q9YA 1RILA 3LP2A 1SUQA 4CJKA 3QINA 4DFKA 4BWMA 1TAQA 4FM2A 1X9MA 3QEPA 4UQGA 5KRTA 4FK2A 3OYBA 1LV5A 1QTMA 1C1AA 4FZYA 3AVIA 2A1SA 2HNZA 2XRIA 5KGWA 3K57A 4ICLA 2F8SA 2HHUA 3M8QA 1GOAA 1L3SA 4DSLA 1NJYA 1HQUA 3HP9A 4AHCA 3ISNC 5FDLA 1ASWA 3ZT3A 1WN7A 1X9SA 4RG8A 4AHSA 4CJSA 3DMJA 5FRMA 4CJ3A 3AVCA 3DM2A 4CEBA 1TL3A 4DFPA 2A1RA 1U47A 1NOYA 3LZIA 4CFAA 2X6NA 5JS1A 3L2RA 4CGDA 4H4MA 3QEXA 2NUBA 2FBXA 1ASVA 1J54A 1EX4A 3KLGA 1JXEA 1QHTA 1YTAA 4CJUA 2B6AA 4FZXC 1L3UA 3RWUA 1O1WA 4M3XA 1LW2A 1WSEA 3OS0A 3H08A 2YNIA 2OA8A 3VQQA 4EP4A 2G8WA 3T1AA 3V1QA 3WNHA 4CK1A 3V81A 1TKDA 4CHYA 4Z0UA 3C6TA 1TK0A 4FJIA 4DTRA 1L3VA 1S9GA 4DSIA 4FZZA 2P5OA 1RT7A 1DLOA 2OPRA 4IDKA 1U49A 4FVMA 1JL2A 3SCXA 4RW8A 3UIQA 1FXXA 4CHPA 3EYZA 4DTSA 2Z1JA 1S6PA 3ITHA 3OJSA 2DTUA 1Q8IA 3CYMA 1UA0A 1BGXT 4F2SA 3SUNA 5CY4A 3OYLA 1WSHA 3AVLA 3HVRA 1R0AA 1KVCA 4J2DA 1LW0A 1RTIA 1TGOA 3QLHA 4I7FA 3TARA 1KVAA 4LSNA 2E6MA 4QOZB 3OS2A 3IG1A 1RCHA 1RT4A 3QESA 4FJXA 1KLMA 2DY4A 3VA3A 4DU3A 1ZYQA 3O4NA 4ZTFA 4B9MA 3MXMA 2ETJA 1NK9A 3FFIA 4CGFA 2XY7A 4N76A 3S3NA 2JLEA 3QEWA 2HMIA 2GUIA 2OPQA 2P1JA 2JGUA 4CJEA 3L2VA 3MAQA 5KGXA 4OPKA 1SKSA 1J5OA 4B9TA 4N56A 2G8VA 4B8AB 3OYJA 2F96A 3ZSXA 1TK5A 4CF0A 3AO4A 4E3SA 2I5JA 2RKIA 4KI4A 2IOCA 4KTZA 3NH0A 5CZ1A 3ZSRA 4CEEA 3O3FA 3M8RA 4CECA 4FM0A 4DWIA 4Z4FA 2G8IA 1Z26A 4M3UA 2ZQBA 3OYCA 4ELVA 3V1RA 1VSMA 3B6OA 4ID5A 1ASUA 4FJKA 5SWMA 3L2UA 1LWCA 1WSGA 2FBVA 1UAXA 4G1QA 1BHLA 5KRSA 4OLAA 1TL1A 2HNYA 4CIFA 5HRPA 2Y1JA 3S3OA 4IG3A 2QK9A 3KD1E 2X6SA 1NJWA 5FROA 4FJLA 1C0TA 2BANA 3SQ2A 1I3AA 5HBMA 3ZT2A 4AHVA 2O4IA 3V9SA 1RT2A 3KJVA 4DFJA 4DSKA 3DLGA 3TAFA 5SZTA 2AJQA 3NAEA 2KQ2A 3VQ9A 1LAVA 3LWMA 1WNSA 3MEEA 4DSEA 1RBRA 3K5LA 3PX6A 1KSPA 3MXIA 4Q0BA 2O4GA 4CGGA 3DI6A 4QAGA 3HJFA 3QEIA 1QSLA 1NJZA 1VSLA 3TAEA 4FJ9A 4FJJA 4FM1A 1RDBA 2XY8A 3ZSYA 4N5SA 4J2EA 3AO1A 3C95A 4CEOA 4AHRA 2ITGA 2DFEA 1NOZA 1S1WA 3ZSZA 1YVUA 4FJGA 1J9AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2IS3A 1HNVA 1HYVA 1JW2A 4H5TA 4CW7B 4B1VA 1X1PA 1U4BA 3V6DA 2DEBA 5BPNA 2V51B 4DCHA 3SQ1A 2X74A 1VQ7N 3MX5A 3P83D 1K8AO 2RKHA 4WE1A 3VQ8A 4BDPA 2P1NB 3M5RA 3TTCA 4FWLA 3CQ8A 2P51A 4IOXA 2BE2A 4E7LA 2QTDA 2EHGA 3UKUA 4QS9A 3GL1A 5K14A 1KFDA 4M41A 1CZBA 3W3DA 1T6DA 4FW1A 5E84A 2OPPA 1WAJA 3G4SN 4M3RA 4K8ZA 4IG0A 2D0PA 2I7NA 1C0MA 3G6EN 2NRHA 2VGNA 3SQ4A 1H1VA 5KTQA 2UUBK 2YHYA 3SMPA 1NK8A 4CBUA 4O5BA 3MWPA 2LF6A 5AQQA 1BI4B 4HVJA 3TTDA 4DS4A 1IKWA 2VJ5A 5MLCQ 3RR7A 2FSJA 3C6NB 3QNOA 2G8HA 4IO9L 1P90A 5TKWA 1RT5A 3MN5A 3M1FA 4BDYA 1MDUB 1NJXA 4IBNA 4GV3A 3F73A 4E7IA 4KFBA 2E2OA 4E4BA 3N1BA 3MN6A 2OZMA 1HR0K 2E20A 4LY7A 2P9SA 1XHXA 3A8YA 3WQUA 3LWLA 3D45A 3DXMA 1DEJA 3BZCA 4E1MA 2D1KA 4CJPA 2GBZA 1CZAN 4DQRA 3ZEUA 1D9DA 4ELUA 2HHHK 3L1NA 2Z1IA 5JICA 4CF1A 3OYEA 1YI2N 2WBNA 4BR9A 4F2RA 5AQFA 1JJ2M 2ZGZA 3I8DA 1ZXOA 1L3TA 4FJ5A 3K59A 4JI1K 4FPAA 2O8DA 1CXQA 2QKKA 3L3UA 5C42A 1B92A 4W5TA 1QE1A 3J8AA 2W6LA 2ZM6K 2YHXA 3UB5A 4FJ7A 3I55N 3DYAA 4DTMA 1G99A 3OVNA 3WXMB 3A0IX 4NCGA 3AVBA 3CIPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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