3KD1E

Closed binary complex of an rb69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic gmp terminated primer template pair.
Total Genus 305
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
305
sequence length
905
structure length
905
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKWVSQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQMALKVTCNSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Phosphonoformic acid inhibits viral replication by trapping the closed form of the DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C
total genus 305
structure length 905
sequence length 905
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
E PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3kd1E05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3kd1E01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kd1E02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3kd1E06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3kd1E03
2KFZA 1A5XA 1LWCA 5K14A 3KD5E 3KLHA 1NK7A 1YT3A 3PUFA 1VSMA 4M42A 3SQ2A 2LSNA 2WOMA 3RWUA 2Y1IA 4NCAA 3KJVA 2E4LA 4IDKA 4M3UA 4C8MA 4B9SA 4ELUA 4C8KA 4HTUA 3T1AA 4CGFA 3G0ZA 4KI4A 4CIFA 3VQDA 1S9GA 3AVBA 3QO9A 4DFMA 4CIEA 4FZXC 3C6UA 3SCXA 1KVBA 5FRNA 3PO4A 1WSGA 3NFAA 4OKJA 4WE1A 3TAMA 4Z4HA 2KTQA 2Z1JA 3WNGA 2DFFA 2HHWA 4AHVA 4DG1A 2FBTA 3QESA 4KHQA 5HROA 1NK4A 1U45A 1TK0A 4MQ3A 4QAGA 3MAQA 3KLIA 4ELVA 1RT2A 4LH5A 4CJSA 3LANA 1S1UA 3MEEA 1YTUA 4CGJA 3ZSYA 4CEAA 1L5UA 1T7PA 3IS9A 4DLEA 4N41A 1HYVA 3HPHA 2XRIA 3K57A 4OGCA 1EKEA 4E3SA 1FKPA 4DSKA 3SQ0A 3OYMA 2PZSA 3U3YA 4KRFA 4H8KA 4FZYA 1B92A 1RDDA 3EYZA 1W0HA 5FRMA 3SUQA 3KD1E 2EX3A 5KTQA 1SL2A 3UIQA 4FLWA 1IKXA 4OLAA 2F96A 4F3TA 1WSIA 3OY9A 2I5JA 2Y1JA 4DTMA 2OPSA 1NKBA 1NK6A 3TARA 4Z4GA 1FXXA 4CEDA 1LWEA 1TKDA 1L3SA 2HNZA 4K8XA 1A5VA 4OJRA 1GOCA 2JGUA 3OYEA 4B8AB 2ZD1A 3FFIA 3M8PA 4FJHA 1JLGA 4DTPA 4FM2A 1I39A 1RT7A 4OPKA 3BDPA 3HP6A 4BE0A 3SUOA 1NKCA 5DK5A 1MU2A 2DFEA 4FLUA 3F73A 1Q9XA 1SV5A 4CIGA 2X74A 4CESA 1KLMA 3L2VA 1JL1A 3PY8A 2KW4A 3G10A 3HSTB 4FXDA 4BDYA 1C1CA 1D9DA 2D0AA 4FLZA 4CE9A 1RBUA 1RT1A 3VQPA 3L3VA 4PA1A 3L8BA 2OZSA 4KHYA 1EX4A 2ETJA 4EZ9A 4CECA 4W5QA 3AO1A 3V1OA 1S6QA 3C94A 1XC9A 3KK3A 2QKBA 2A1SA 3VQ5A 2E6LA 5CZ1A 4KFBA 1IH7A 1BQNA 1TKTA 1XHXA 3RTVA 1WLJA 4DSEA 3NE6A 1C1AA 1HNVA 1VRTA 5KRSA 4Z4IA 1L3TA 4NCBA 3LALA 4CK1A 4CJQA 1VSHA 3NCIA 3IRXA 4R5PA 1TL1A 3KLGA 4G1QA 4M41A 1RDAA 3QIPA 4CHYA 1RDCA 3THVA 1L3UA 3RR7A 4EZ6A 1QSLA 3QNOA 1ASWA 2HW3A 4DTNA 3TI0A 5CYQA 3B6PA 4DU3A 2YNIA 3DLRA 3LP1A 4N47A 4W5RA 2G8WA 1J5OA 2HNYA 4RW6A 1IKWA 4OVLA 4CF9A 2ITGA 3OS2A 3HPOA 4FK4A 3VA0A 2VG5A 3QEXA 4DMNA 3DLEA 3I8DA 4DTUA 3VN5A 4CFDA 2R7YA 3TWHA 5I3UA 4CGGA 1NK8A 3HK2A 2BGGA 3VQAA 3AA5X 4FJLA 4I2QA 4K8ZA 3C95A 3S9HA 1LAVA 4CJVA 1EXQA 3RRGA 3F9KA 4GMJB 4CEZA 1HYZA 2GV9A 4O4GA 1S1WA 4C8NA 4FLYA 1QTMA 4FJIA 1XWLA 1RDBA 1U47A 4JLHA 4RW4A 3VQ7A 3ZCMA 1NKEA 3V9WA 5T7BA 4DS5A 4E7IA 4DTXA 3NF8A 4CFCA 2RF2A 1BQMA 3T19A 4M3RA 1HMVA 4OKEA 2O4IA 2HHUA 1RBTA 3AO5A 1LAWA 3AVNA 4E0DA 4CEFA 1Z26A 3QEWA 2VG6A 3ZSWA 3SI6A 3JYTA 4DFKA 4M3YA 3DRSA 3TABA 3KLFA 2JLEA 1RT6A 4FCYA 4KTQA 3V6DA 1N6QA 4PY5A 1IKYA 4AHTA 3PX6A 4Y1CA 4E89A 2D5RA 2P5OA 2DFHA 2G8UA 3RR8A 1FK9A 3OVNA 3QLHA 2ZQBA 1IKVA 1VRUA 3V9XA 2A1RA 4EP4A 3SJJA 1D5AA 1NJWA 4Z4CA 2F8TA 4FJKA 1JXEA 3SV4A 1TK5A 4DSFA 3AO2A 1VSDA 4CHNA 5C24A 1YVUA 2AJQA 4DQQA 1HQEA 3AVKA 3CQ8A 1HRHA 2RPIA 3ZSRA 3KK2A 1J9AA 4JS4A 5HLFA 1D8YA 3LZIA 1BL3A 4CJPA 4F2SA 1U49A 3SUPA 1QSYA 4DQRA 1TK8A 3AVFA 3BGRA 4LD0A 3ZSOA 3OYHA 3TAQA 1T05A 3RMAA 1VSKA 5JS2A 4B9MA 2F8SA 1HQUA 4H4MA 3KIOA 3NF6A 3HVRA 4B9UA 3ZSQA 4FVMA 1KLNA 4CJKA 2QXFA 3ZT2A 2FBVA 3OS0A 4PWDA 2FBYA 2P5GA 1BGXT 3AV9A 4HHTA 4KV8A 4B9LA 2IGIA 3TAPA 1TAUA 1WAFA 4DF4A 1GOBA 3OYCA 3O4QA 3OYAA 4N56A 3SZ2A 2G8KA 2HNDA 4L8RB 1NOYA 1WN7A 3WNHA 4CF1A 1CZBA 4CJ5A 4CJEA 1HPZA 3QEPA 3AO3A 3U6FA 4KPYA 4KB0A 3HYFA 4F4KA 3AVCA 3OYIA 2FC0A 4Z0UA 3ZT0A 1BCOA 1DTTA 3A2FA 2G8VA 1KSPA 1WNSA 5J2QA 3D0PA 4OPJA 4FZZA 2HHVA 1I3AA 3P83D 1Y97A 3NAEA 1LW0A 4B8CA 1VSFA 1CZ9A 3L2RA 3O3GA 2X6NA 1R0AA 1TV6A 1Q8IA 4AHCA 1QQCA 2Q3SA 1X9WA 1KRPA 4PUOA 4FYDA 3DRPA 1KVCA 4AH9A 4CHPA 3CFPA 1CXUA 3TAEA 4O55A 4OKKA 4CEOA 5KRTA 1BI4A 2G8FA 4IG3A 4DS4A 1CXQA 3AVJA 1QE1A 3QEIA 4CF0A 3LWMA 1SKWA 4RG8A 3NH0A 1ZBIA 5FROA 1ASUA 1J53A 3RRHA 4O0JA 4ELTA 2ZE2A 4CJWA 2Z1HA 2PYJA 4XIUA 1HJRA 4CJRA 4KHUA 1IO2A 4I9LA 1ZBLA 4CGIA 4H4OA 4KAZA 2KQ2A 3CFRA 4FJMA 5CYMA 4DWIA 1J54A 1S6PA 3I0RA 4HUEA 3L2WA 5SWMA 4FJNA 1RTHA 2HB5A 4AHUA 3SYZA 4CHOA 4QCLA 2OZMA 1S5JA 4IG0A 1XI1A 3CG7A 4NYNA 2OPQA 1TVRA 1SUQA 4KHWA 4HVJA 3I0SA 3VA3A 5C25A 4CJTA 4CFAA 4W5NA 2YKNA 1KTQA 4N5SA 3V81A 3QERA 1JXBA 1KFDA 1WSFA 2PYLA 3ZT4A 1NJXA 1RBSA 1F21A 5SZTA 1C6VA 4FJJA 3HVTA 4Z4EA 3AVIA 1LW2A 4E1NA 4CHZA 1S9EA 4HCCA 1VK0A 1U48A 3OYNA 1RT5A 2RKIA 2VWJA 2X78A 4DFPA 3ASMA 2P1JA 3DM2A 3QIOA 3S3NA 1JLQA 1RTJA 3HO1A 3AVGA 2YNFA 4HUGA 3DI6A 4I7FA 5KI6A 4FJGA 2G8IA 4KO0A 4IKFA 1A5WA 4FM0A 1RT4A 4BWMA 1BCMA 3TAFA 3AA4A 5J2MA 2QK9A 1ZBUA 2XO7A 2IOCA 3L2QA 1C1BA 3PX4A 3K5NA 4E7LA 2PY5A 4F3OA 3C6TA 2XY8A 2X6SA 4LY7A 1B9DA 5EU7A 4O44A 1HYSA 2HVHA 3ZSVA 4B3OA 1C0TA 4DQSA 4FJ7A 3EZ5A 3MXMA 3OYGA 2IDOA 4C8LA 2RN2A 1KCFA 3V9SA 3LDSA 4OLBA 3KKRA 3OYKA 3DLGA 4N76A 3QETA 4J2AA 2IC3A 3NGZA 4FJ9A 3P5JA 3U3GA 4FM1A 3K5LA 1DLOA 4RW7A 1ZYQA 4BE2A 3S3OA 3NHGA 2YKMA 1NJZA 1FKOA 4Y1DA 2YV0X 4FK2A 4IBNA 3VQ9A 1Q9YA 3HPGA 3KLEA 4UQGA 3DRRA 3NF9A 1T8EA 2G8HA 1K6YA 4W5OA 3O4NA 2YHBA 4W5TA 3M8SA 1ITGA 2OPRA 5HBMA 4CK2A 3OS1A 5J2NA 4FW1A 4E7KA 4QOZB 4DTOA 3CYMA 1BISA 3AVAA 3D45A 3QINA 3NGIA 3PX0A 1EETA 2OPPA 3AA3A 3K2PA 3M8QA 3PV8A 3MXIA 1SKSA 5JS1A 3HP9A 3AO4A 4CERA 4DTSA 3QEVA 1U04A 1ASVA 2HHSA 5FDLA 3ZT1A 1G15A 1GOAA 1JLEA 1TAQA 3B6OA 4IFYA 4DTRA 2IAJA 4CJUA 1TGOA 4DF8A 1ZBHA 2HHQA 3CFOA 3DLHA 1C0MA 1JLBA 1RT3A 3ALYA 4M3ZA 3P1GA 4CK3A 1BHLA 3OYDA 2OYQA 4CJFA 4CHQA 3QNNA 2D0BA 2YHAA 1VSLA 4DSLA 1KFSA 1WSEA 4KKOA 3V1RA 3LAKA 2DY4A 1VSEA 1B9FA 3MXJA 3NH2A 1REVA 3H08A 3V9UA 2DTUA 3ISNC 4O0IA 1Z25A 4FLTA 3NH1A 4BACA 5HRRA 5J1EA 1X1PA 3LWLA 3ZSXA 1QHTA 4JRQA 4Z4FA 4FLVA 2BE2A 3LAMA 2KFNA 3V9ZA 2B5JA 4M45A 5KGXA 2HHTA 3OYJA 1RBVA 1W9HA 4E7HA 1BI4B 4F2RA 2KZZA 2GBZA 4CFBA 3O3FA 1U4BA 1NJYA 3RMCA 3TANA 4J2EA 2HHXA 2NUBA 3HM9A 4M3XA 3KKSA 1RTDA 4AHRA 4CCHA 4HCBA 3VQ6A 1UAXA 2HVIA 1CLQA 1N5YA 3K59A 1EP4A 3L3UA 4ZTJA 3DLKA 2D0CA 1WSHA 3HT3A 3K5MA 4I2PA 3VQQA 4DSIA 4DQIA 4EP5A 2QKKA 4B9VA 4IFVA 2IS3A 3SQ4A 4ID1A 4FJ5A 4LH4A 1JKHA 1UWBA 1SL1A 3RMDA 5E41A 1XHZA 2XY5A 3LZJA 3NGYA 1NK0A 4AILC 2O4GA 3T3FA 4O5BA 4KHNA 4FJ8A 4CGDA 2YNHA 1NK9A 1VSJA 4FW2A 4C8OA 4ICLA 1TL3A 1RILA 4MFBA 4HUFA 4YNQA 4RW8A 3OJUA 3ULDA 4DU1A 4I9QA 5HRSA 4M3WA 3VQ4A 3M8RA 3RMBA 4TSXA 1WSJA 4B08A 3KTQA 2B4JA 4BDPA 3LPTA 3V4IA 4DLGA 1JL2A 3MEDA 4CF8A 2HMIA 3IAYA 4KHSA 1UA0A 2XY6A 2BANA 4ZTFA 3ZSZA 3KK1A 5HRPA 4FJXA 3VQEA 3AVHA 1JLFA 1HNIA 1UOCA 1VSIA 1BIZA 3VQ8A 4CJ3A 4NCGA 3PO5A 3LPUA 1D9FA 3DOKA 3SNNA 4M3TA 3AA2A 3WNFA 5HRNA 1S1TA 3O3HA 3OYLA 1RBRA 4YFUA 2VG7A 2VWKA 4E7JA 3S3MA 4JRPA 4KB1A 4JS5A 4E1MA 2KZMA 3OYFA 2W42A 3HXMA 4BDZA 3MEGA 1QS4A 1SKRA 1L3VA 1T03A 4PQUA 1IG9A 3AVLA 1LV5A 4KI6A 3E01A 5DMRA 3WNEA 4OGEA 4Q5VA 3K58A 3SV3A 5C42A 1JLAA 4ZHRA 4DSJA 3SPYA 1RCHA 1LWFA 1RTIA 3CM5A 3K5OA 3SUNA 1TKXA 3OYBA 4NYFA 1DTQA 2YNGA 1WAJA 3SQ1A 1NOZA 1TKZA 4CJ4A 1SL0A 2BDPA 4B9NA 2Z1IA 1X9SA 2ATQA 1S1XA 2GUIA 3CM6A 3DOLA 2XY7A 3VQBA 4CEBA 1S1VA 4LSLA 4KTZA 2EHGA 5J2PA 1QSSA 1KVAA 3NDKA 4E19A 3DLBA 3TAGA 3ITHA 4DQPA 3OJSA 4Q0BA 4J2BA 3HL8A 4J2DA 3ZT3A 4GVMA 4FLXA 3JSMA 4DTJA 2Z1GA 3AVMA 4CGHA 4CJLA 5I42A 4B9TA 4GW6A 1RNHA 3NBPA 4F8RA 1YTAA 1UA1A 3TR8A 1ZBFA 2OA8A 4KREA 2FBXA 4LSNA 4BWJA 4CF2A 3V1QA 3HJFA 2B6AA 3DYAA 5CY4A 1X9MA 3SPZA 5D3GA 2E6MA 3LP3A 3LP2A 4BE1A 5HP1A 5CZ2A 4DFJA 4CEQA 3MECA 1JLCA 1NK5A 3DMJA 2P51A 3L2UA 2XHBA 5KGWA 4FK0A 3IG1A 3NF7A 3EY1A 1C0UA 4DU4A 2WONA 1BIUA 4RW9A 4AHSA 3LP0A 4KTWA 3VQCA 4CEEA 4ID5A 1O1WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1A5X A;  5K14 A;  3TSP A;  3KD5 E;  3D2F A;  3LDP A;  3PUF A;  3SQ2 A;  2WOM A;  4NCA A;  2GWK A;  4IJN A;  4JNE A;  3O6W A;  4IDK A;  4B9S A;  1FZ2 E;  1MMO G;  3BF3 A;  4KI4 A;  5BN9 A;  2E8A A;  2JPN A;  3CET A;  3SAF A;  3MMV A;  4O8U A;  4FZX C;  3SCX A;  4HWI A;  2Z1J A;  2HD0 A;  5HRO A;  3FZF A;  1QZ5 A;  3ZET B;  3PLA A;  4PL8 A;  1U45 A;  1NK4 A;  4QAG A;  3GE1 A;  1RT2 A;  1S1U A;  1YTU A;  3IS9 A;  4N41 A;  1HYV A;  2XRI A;  3K57 A;  4OGC A;  5IT9 O;  4JKH A;  1VQ6 N;  3M5R A;  1QVG M;  4H8K A;  1RDD A;  1XVE E;  3QDK A;  3KD1 E;  4C1N K;  4FLW A;  4BRA A;  4GV9 A;  2F96 A;  4AM7 A;  2I5J A;  2Y1J A;  4DTM A;  2OPS A;  1NK6 A;  3AAR A;  3TAR A;  4Z4G A;  1FXX A;  1L3S A;  1SZ2 A;  5ADX A;  4WYB A;  4JHD A;  2JGU A;  5KQ8 A;  2ZD1 A;  3H3O B;  4OPK A;  1DEJ A;  4C1N I;  1NKC A;  4ILG B;  5DK5 A;  1MU2 A;  3VEZ A;  4CZL A;  4CIG A;  2X74 A;  2Q1N A;  1KLM A;  1JL1 A;  3HST B;  1OH5 A;  4JI2 K;  2UUA K;  1RT1 A;  2FYO A;  2P1O B;  1EX4 A;  2ETJ A;  4AI6 A;  4CEC A;  4W5Q A;  3V1O A; 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