3KD1E

Closed binary complex of an rb69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic gmp terminated primer template pair.
Total Genus 305
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
305
sequence length
905
structure length
905
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKWVSQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQMALKVTCNSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C
publication title Phosphonoformic acid inhibits viral replication by trapping the closed form of the DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 305
structure length 905
sequence length 905
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
E PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3kd1E05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3kd1E01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kd1E02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3kd1E06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3kd1E03
4F3OA 2X6NA 3O3GA 5J2PA 4DTSA 3SQ4A 3SCXA 4CESA 4CF8A 4B9LA 2OZMA 1TV6A 3DYAA 3K57A 3TANA 1QSLA 1RDDA 4BE0A 2B6AA 1BIZA 4CJ5A 3OYAA 4H8KA 4CJSA 4EP4A 4OLAA 3VQAA 1KVAA 1O1WA 4OKKA 4LD0A 3QESA 2LSNA 4CEQA 4DS4A 1U49A 3SUOA 1S6PA 4OKEA 3OYIA 3MAQA 4AHSA 4B9NA 4DQSA 1HYSA 2O4IA 4FVMA 4KFBA 1J53A 3ITHA 3NF6A 3S3OA 5C24A 1N5YA 4HUFA 1HNIA 1KLNA 4RW6A 5I3UA 4FLXA 3DLGA 4DTRA 1S1XA 4B08A 4R5PA 1DTQA 1TAQA 2P1JA 3DLKA 3VQ9A 1C6VA 1WSEA 4DLEA 2G8WA 3HSTB 5FRNA 2HHTA 4BWJA 1TKTA 3L2WA 1RT3A 3PUFA 2RKIA 4CERA 1YTUA 4FK4A 4QAGA 4N56A 2D0AA 1TVRA 3L3UA 1ASVA 3VA3A 4M3WA 1KTQA 2P5GA 1NJWA 1WSJA 1HMVA 4TSXA 3NGZA 3K58A 4JLHA 3ULDA 3VA0A 1NJZA 1J5OA 2D5RA 3AO5A 4LH4A 1L3TA 4C8NA 3RR8A 3S3NA 4M3TA 3K5MA 2FBYA 3LANA 4KTZA 1LW2A 4N5SA 2XRIA 1CLQA 2PY5A 3D45A 1S6QA 3TAMA 4M3UA 3NF9A 3VQBA 1A5XA 2Z1IA 1VRUA 2IAJA 3QEIA 1UWBA 2QXFA 4GVMA 3AA3A 4W5QA 1VSEA 4L8RB 1BHLA 3NAEA 1D9FA 3ZT0A 4WE1A 1SL1A 4M3YA 2JGUA 5KRTA 4HUEA 1NK7A 4FJ5A 4CEEA 4CF9A 3SI6A 3HXMA 5HRPA 4C8LA 2X78A 4Z4CA 4CJVA 3OYGA 4F4KA 3AVIA 4BDZA 1HQEA 1HYZA 1GOAA 2FC0A 2Q3SA 1WLJA 2DFHA 3F9KA 4IBNA 3V1OA 3PX4A 3KIOA 2EHGA 3QEPA 3E01A 2Z1HA 2FBTA 4KHYA 1S9GA 3CQ8A 1JL1A 3NF7A 4CJTA 4E0DA 4HVJA 4BACA 4B9VA 2IDOA 4FLTA 2YNFA 1Y97A 4IFVA 4CEOA 4DTMA 4OPJA 3JYTA 2JLEA 1KFSA 3IS9A 1KVBA 4C8MA 3G0ZA 5C42A 1TK8A 4RW4A 4FLVA 3LZJA 3WNGA 3K59A 4E7HA 4I2PA 3DI6A 3AVNA 2RN2A 2XY8A 4KKOA 4PA1A 4CGFA 1T03A 1SKWA 4HTUA 4KPYA 4CK1A 2KQ2A 3RR7A 4AHVA 5C25A 2XY5A 4E7LA 3LDSA 3IRXA 4DTJA 3AVHA 4N41A 2VWJA 4AHRA 2HNZA 1TK5A 1VSHA 2XO7A 3VQ6A 1IKWA 4KB0A 3CFPA 4AHUA 1TKDA 3TAQA 1HNVA 1XWLA 2HNYA 3SV4A 1BCMA 2E6LA 1ZBLA 4FJ7A 3ASMA 4LSNA 4OPKA 4IKFA 3OYHA 3AA2A 3HP6A 1L3VA 2KZMA 1ASUA 1LAWA 3NH0A 3TWHA 3B6OA 1W0HA 5FROA 2XHBA 1NK5A 3HO1A 2YKNA 3UIQA 1W9HA 5JS2A 1NJXA 1L5UA 3TARA 1LWFA 1RDCA 4NCGA 1X9WA 3SJJA 2A1SA 2PZSA 1LWCA 4PY5A 1QQCA 5KRSA 3OYFA 3L2UA 5J2QA 4FJNA 5HBMA 3WNEA 3O4NA 3U6FA 4NYFA 3VQCA 3AO4A 1LWEA 1BL3A 3EYZA 4FJ9A 2NUBA 2ZD1A 4FLYA 4KV8A 1JXEA 1VSLA 2YHAA 4H4OA 3LAMA 3VQDA 1IO2A 4CFDA 1X9MA 3KKRA 1F21A 4AH9A 1TL3A 4KHQA 4CJRA 4W5OA 2Z1GA 4KHSA 4Z4EA 1S5JA 3V9WA 5FRMA 4KTQA 2OPRA 4M3RA 3DLRA 4Y1DA 4KAZA 1IH7A 1D9DA 2AJQA 3V9XA 4DSKA 3C95A 3MXMA 3LALA 4HCBA 2KTQA 3SNNA 1ZBUA 3LP1A 3RRHA 3HPOA 4FJGA 4RG8A 1RTDA 4CHZA 4CJQA 1SL2A 3D0PA 2IC3A 4EZ9A 1T7PA 1RCHA 1QTMA 5CZ1A 2HVIA 1TGOA 4B8AB 3RMBA 3EZ5A 4CK3A 4DF4A 4JS4A 3L3VA 4ICLA 1DLOA 3PV8A 1J9AA 3ZT3A 3AVGA 4LH5A 3O4QA 1HRHA 3ZSWA 4CEZA 4CJKA 4YNQA 3SPYA 4HHTA 2VG6A 3P5JA 4DF8A 2XY6A 1UA1A 3S9HA 1N6QA 1YTAA 1B92A 2BE2A 1FKPA 4FK2A 5HP1A 3V9SA 2YNHA 1NK0A 4CGJA 1KCFA 3AVKA 3DMJA 3TR8A 4DQPA 4B8CA 3RMAA 3CM6A 3OS1A 4DTXA 3AVMA 1RBUA 3LZIA 2YKMA 4Z0UA 1D8YA 3P1GA 4XIUA 4Z4GA 1RTJA 3B6PA 2QKBA 3KLIA 3LP2A 4OVLA 1GOBA 3SUNA 3C94A 1TL1A 1JLAA 4FJJA 3THVA 4DU4A 1FKOA 2YNIA 2ZE2A 1TK0A 3JSMA 4B9MA 4Z4IA 3DRRA 2OZSA 4FYDA 3MXJA 4DMNA 1JLBA 3ZT2A 3M8QA 4ELTA 4FLZA 3PX6A 3IAYA 3QINA 4CJPA 3FFIA 3AVFA 3CFRA 3OYKA 5K14A 2BDPA 1VSIA 4OGCA 3EY1A 4DFJA 2OA8A 3ZCMA 1WNSA 5HLFA 1NKEA 2E4LA 1RTHA 4CHQA 2ETJA 4E1NA 1BIUA 2HMIA 2IGIA 4N76A 4W5TA 3QNNA 4DFPA 3MEDA 3V6DA 1C0MA 3OS2A 3O3FA 3ISNC 5KI6A 3VQ4A 2P51A 3AVJA 4DTOA 4E7IA 4W5RA 1YT3A 4H4MA 4CJWA 1ZBFA 1VSDA 3L8BA 3I0RA 4FM2A 1S1TA 1BI4A 3AO3A 4CJLA 1FXXA 5CZ2A 3OJUA 5KTQA 3L2VA 1QSYA 4DLGA 4DTUA 1TKXA 4FJXA 1S9EA 2RPIA 3K5OA 1C1BA 3T3FA 4J2AA 1X1PA 3RWUA 2O4GA 4CE9A 1WSGA 4UQGA 4C8KA 2VG7A 3P83D 4PUOA 2FBVA 4ZTJA 2VWKA 4CCHA 2DTUA 1C0UA 2FBXA 4M3XA 4ID1A 3NH2A 3TAEA 1HYVA 2OPPA 1Q9YA 4CGGA 1WAFA 1RT6A 1RBTA 2RF2A 4YFUA 4FK0A 3QERA 1BQNA 4FW2A 3ZSQA 4E3SA 1G15A 1I3AA 4DS5A 1RBVA 4O55A 3KLFA 2KFZA 3RTVA 2E6MA 1GOCA 1JLFA 2HW3A 2KFNA 4DTNA 2EX3A 1NK4A 4KHNA 2HB5A 4KRFA 3MEGA 1NKCA 4ELVA 2P5OA 3HK2A 4AHCA 1A5VA 4I9QA 4J2DA 3CG7A 3NBPA 4Y1CA 4DWIA 3LP0A 1WSFA 4HUGA 3VQ5A 3ALYA 3ZT1A 5EU7A 3U3YA 3M8PA 4E7JA 3V9UA 3DLBA 3QIPA 4FZYA 1RT5A 3DM2A 1RT4A 3ZSXA 4CGIA 4EP5A 4DSJA 2G8IA 1C0TA 3ZT4A 1BGXT 3MECA 1IKXA 3OYJA 3M8RA 1S1UA 3WNFA 4JRQA 1XHZA 3S3MA 4F3TA 3KLHA 3KLGA 2F8SA 1J54A 1U4BA 1SV5A 1SUQA 3LP3A 4CGHA 4O5BA 3F73A 5KGXA 2WONA 3NHGA 4CHYA 1UA0A 3I0SA 1EETA 4BWMA 1RT2A 2OPQA 1FK9A 3OJSA 2G8KA 4FJ8A 2GUIA 3DRSA 4RW7A 1REVA 2YV0X 4B9TA 4FM1A 2BGGA 1L3UA 4E19A 5CYQA 3AVAA 3OY9A 1K6YA 3TAGA 4F2SA 2W42A 1NOYA 4QOZB 4EZ6A 1CXUA 2HHUA 1Z25A 1U04A 3SQ1A 3NH1A 3KK2A 4HCCA 3HPHA 3KK1A 4E89A 4ID5A 3LWLA 1LV5A 1UOCA 1S1WA 4CGDA 3SQ0A 3NGIA 3AVLA 3K5LA 2G8UA 2G8HA 4FW1A 4CFAA 3OYBA 4FJHA 3ZSVA 1X9SA 4FJMA 1NK6A 4F2RA 1ASWA 1TAUA 4DSLA 2ITGA 3SV3A 3G10A 3AO1A 4DSEA 4CHPA 1ZBIA 3KK3A 1QHTA 4CEBA 3IG1A 4LY7A 1DTTA 3TABA 1SKRA 1RTIA 1VSKA 1EX4A 4FLWA 1C1CA 4O44A 2DY4A 3KLEA 4KHWA 3ZSZA 3I8DA 1I39A 5CY4A 4FXDA 3HP9A 4NCBA 3KD1E 4FJKA 1QS4A 3VN5A 4W5NA 4K8ZA 1ZYQA 4LSLA 4N47A 1Z26A 4DG1A 1NKBA 4O0JA 3ZSOA 1UAXA 4OLBA 3NF8A 3HYFA 5J2MA 4FZZA 3VQPA 1WN7A 4PQUA 4BE1A 4QCLA 2YNGA 1JLGA 1RT1A 1HQUA 3CFOA 2HHVA 1QSSA 3HL8A 4CFCA 3HT3A 3NCIA 4GMJB 3K5NA 1LAVA 2KZZA 3VQ8A 1RBRA 3M8SA 1A5WA 1WSIA 5J2NA 2OYQA 3PY8A 4PWDA 3VQEA 5T7BA 3VQ7A 3NGYA 4M45A 1VSFA 3PX0A 4DU3A 1XC9A 4C8OA 5D3GA 2VG5A 4B3OA 3KD5E 1RBSA 1MU2A 3DOKA 4JRPA 3TAFA 4CHNA 3QEVA 3QEWA 5CYMA 3QNOA 4CF2A 1Q9XA 4G1QA 4O0IA 1LW0A 4FZXC 3LWMA 3BGRA 1KLMA 1CZ9A 3K2PA 3OVNA 1IKYA 1CZBA 4M41A 4J2EA 4CEFA 1RDAA 4CK2A 3OYMA 4ZTFA 4JS5A 2A1RA 1VRTA 3SZ2A 2QKKA 4KREA 4CJ4A 3QETA 2Y1IA 1RT7A 4M3ZA 4CECA 2HNDA 1WSHA 3RMDA 3AV9A 1B9DA 3L2RA 4DU1A 4RW9A 4KI4A 1KVCA 1VSMA 3LPTA 3VQQA 1U47A 1JLCA 2YHBA 4AHTA 3OS0A 3BDPA 3OYCA 3A2FA 5SWMA 4CJFA 3RMCA 3NFAA 3V81A 1KFDA 3NE6A 3ZSRA 3AA5X 3NDKA 4KHUA 1JKHA 4Z4HA 4BE2A 1T05A 2Z1JA 4ZHRA 1EP4A 5DK5A 1C1AA 4I2QA 2QK9A 1BI4B 4DSIA 1RNHA 4CJ3A 2WOMA 4M42A 4DFKA 2IOCA 4B9SA 2D0CA 4DQIA 4ELUA 3V1QA 2F96A 3HPGA 2ATQA 2GV9A 1BCOA 1BQMA 2X74A 4CEDA 1VK0A 1IKVA 1CXQA 4CFBA 3OYEA 1ZBHA 3RRGA 3CYMA 3QO9A 1KRPA 3PO5A 3AA4A 4B9UA 2GBZA 2F8TA 2HHSA 1RILA 3LAKA 5KGWA 3TI0A 5HRRA 5SZTA 4Q5VA 2IS3A 1KSPA 4K8XA 1JLQA 4CJUA 1BISA 4DTPA 1NK9A 3OYDA 1L3SA 1R0AA 1XI1A 3SQ2A 1WAJA 2X6SA 1SL0A 4IG0A 3SUQA 1S1VA 2B4JA 1VSJA 4I7FA 3ZSYA 2BANA 2DFEA 4BDPA 5FDLA 1NJYA 2PYLA 2KW4A 4KTWA 4OJRA 4FJIA 3V1RA 4IG3A 5E41A 3DRPA 2B5JA 4F8RA 5JS1A 4DSFA 3QLHA 3AVBA 3LPUA 4IFYA 4OKJA 4CHOA 5DMRA 1IG9A 2I5JA 3AO2A 3KKSA 3O3HA 3TAPA 2XY7A 3MXIA 3T1AA 1SKSA 3L2QA 5HRNA 1JL2A 4DFMA 1JXBA 3HM9A 4I9LA 2D0BA 4BDYA 2OPSA 1YVUA 3OYNA 1ITGA 3MEEA 2R7YA 3SYZA 2PYJA 1NK8A 4KB1A 1RDBA 4Z4FA 1QE1A 4O4GA 1HPZA 4CF1A 4OGEA 3SUPA 3U3GA 3QEXA 4FM0A 3C6TA 4NYNA 4KI6A 2HHQA 1T8EA 3HVRA 5J1EA 2HHXA 3WNHA 4E1MA 3SPZA 3KJVA 1Q8IA 4DQQA 1XHXA 2DFFA 1B9FA 1TKZA 3HJFA 4GW6A 1D5AA 4FLUA 4CF0A 3PO4A 1JLEA 3DOLA 2ZQBA 3DLEA 1U45A 1NOZA 4E7KA 1EKEA 4MFBA 3OYLA 4CIFA 3AVCA 4NCAA 3V4IA 3C6UA 3DLHA 4CIGA 4FJLA 3HVTA 4DQRA 2HVHA 4IDKA 5HRSA 4Q0BA 4CIEA 2G8VA 3CM5A 4RW8A 2G8FA 2HHWA 4KO0A 1EXQA 5HROA 4AILC 3T19A 4CJEA 3H08A 3V9ZA 4CEAA 4J2BA 2Y1JA 1U48A 3KTQA 3QIOA 4FCYA 1HJRA 4MQ3A 5I42A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5J2QA 2J4RA 3DAWA 3U6FA 4NYFA 3OBYA 4BRKA 1BL3A 4FJ9A 2NUBA 2YI1A 4FLYA 2ZD1A 4KV8A 1VSLA 2YHAA 4CFDA 3F5TA 3KKRA 3TTCA 4AH9A 3DXMA 1RFQA 3MKSB 1Z6RA 4Z4EA 2OPRA 3J8AA 4KAZA 2AJQA 4WFAL 3MXMA 4HCBA 3LALA 1M1KO 3QB0A 3CCJN 3SNNA 3CXCM 3O9SA 4CHZA 1SL2A 3D0PA 2QWQA 1QTMA 4AM7A 5AZIB 2HVIA 3EN9A 1TGOA 5EY4A 3RMBA 4B8AB 4EFHA 3L3VA 1DLOA 1GLDG 4CJKA 4E0DA 4RCHA 2XY6A 3CPWM 3CCLN 3AVKA 3DMJA 4IOCL 3CM6A 3L4QA 1OH7A 3ULEB 4B3RK 1D8YA 3P1GA 3C6OB 3SUNA 3C94A 1TL1A 4ISGA 1FKOA 2ZE2A 3ATUA 4Z4IA 3DRRA 3R3LA 3ZT2A 2FSNA 4ELTA 1P90A 3QINA 1N36K 4OGCA 4J8FA 2W40A 2ETJA 4E1NA 4OPAA 4CZKA 3QNNA 3MWPA 1TUUA 5AQKA 3K2OA 5F0XA 3E9LA 4DTOA 4BR5A 4FM2A 3OJUA 4CJLA 3CC4N 1X1PA 3RVCA 3RWUA 2O4GA 2JHPA 2FBVA 3ATVA 1QZ5A 5AQNA 1XQSC 1Q9YA 1WAFA 5M1NA 1G15A 3SAGA 1RBVA 2F7TA 1XVBE 3FZHA 3C0BA 4KHNA 1NK4A 1HJOA 3MEGA 2P5OA 4AHCA 4A2BA 4HUGA 3VQ5A 5EU7A 4JAXA 3DLBA 4FZYA 2E20A 1RT5A 1RT4A 4CGIA 1EQYA 5AQUA 1C0FA 1IKXA 3OYJA 1S1UA 4EHTA 3KLGA 2AA4A 1SV5A 4O5BA 2FYOA 3F73A 4ADNA 4CHYA 1NGCA 2GUIA 3DRSA 4RW7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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