2ATQA

Rb69 single-stranded dna binding protein-dna polymerase fusion
Total Genus 223
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
223
sequence length
903
structure length
845
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna binding protein
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Structure and enzymatic properties of a chimeric bacteriophage RB69 DNA polymerase and single-stranded DNA binding protein with increased processivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 223
structure length 845
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2atqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2atqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2atqA02
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2atqA03
1A5XA 4CFDA 4B08A 4KRFA 4FLVA 1KSPA 4FJ5A 4KAZA 3AA3A 4PWDA 2OA8A 3T3FA 3SQ4A 1CZBA 1BIUA 3O4QA 3LZIA 3H08A 2XY6A 3AVAA 4CK2A 5K14A 4OKEA 3AA2A 4FM2A 1KLMA 5CZ1A 1BGXT 5J2NA 3TAFA 4K8ZA 1VRUA 3DI6A 3K2PA 4CJSA 1NJXA 3NCIA 4CGJA 3VQ6A 4AILC 2ZD1A 3SUQA 3SUNA 1FKOA 2YNFA 3PX4A 4FLXA 3E01A 3U3YA 3AVLA 4OLBA 2RKIA 2DY4A 3DRPA 1SUQA 4DSIA 1BISA 3EY1A 5C24A 1XHXA 4M3ZA 1NK4A 4F4KA 1KLNA 1UA0A 4G1QA 3I0RA 4J2AA 3AVIA 1FKPA 5KGXA 3K57A 2BGGA 4FZYA 2VWJA 1RTJA 1HRHA 3D45A 1CLQA 4ICLA 1VRTA 4ZHRA 5C25A 1U48A 3PO5A 3DRRA 3L2UA 1BHLA 3TANA 1HMVA 3AO1A 4DSJA 5KTQA 1JL2A 4FYDA 5JS1A 1RBVA 2YNHA 2ZQBA 2G8KA 4DSEA 2XY5A 4CERA 3ZSXA 1RT5A 4KO0A 4LH5A 2O4IA 4YNQA 4HVJA 2PZSA 1HQUA 3TR8A 1LWFA 1YVUA 1WSGA 4IG3A 4CEEA 1JLBA 4DQQA 1D8YA 4HCBA 3T19A 3HP9A 2F8TA 2G8UA 4F3TA 4MQ3A 1KVAA 4M41A 3OYLA 4DS5A 2XY8A 1WN7A 3SPZA 3L2RA 4FM0A 1NK9A 1JLFA 4J2BA 1J54A 1KVBA 4CF9A 4CEFA 5KI6A 3K5LA 4DFJA 3V9SA 2DFHA 2IS3A 1RT4A 3ASMA 4OJRA 4AHRA 3CFRA 3ZSQA 3SV3A 3LDSA 3NGIA 3HK2A 4E7IA 2IDOA 3TAGA 2X78A 4FXDA 2VG7A 3OYIA 4B9VA 5SWMA 4AHCA 2P1JA 4OKKA 1CZ9A 2X6SA 3V9ZA 4DTUA 3F9KA 4O44A 3EZ5A 1YT3A 4KHUA 4FJIA 1RCHA 3OS0A 4HUEA 3CFPA 1TK8A 1WAJA 1G15A 2Z1JA 2JLEA 4AH9A 4B9UA 4DTJA 3DM2A 3AVMA 4E0DA 4CGFA 4E89A 3OJUA 4ID1A 3M8SA 4KHYA 3SUOA 3QNNA 4CJLA 3HM9A 4DSKA 1WSEA 1RT6A 4KTQA 5HRNA 4QOZB 3ULDA 2WONA 3HPHA 2VG6A 3K5NA 3KK2A 4FCYA 1BI4B 3SQ1A 5KRTA 2GV9A 1N6QA 4OPJA 1NK0A 4B9MA 4E1NA 3LP2A 1L3SA 4AHSA 3QESA 2P51A 4CF1A 3P83D 4CJEA 1RILA 4FJKA 4UQGA 2Y1JA 1HYVA 4XIUA 3VQ4A 3VQEA 3G10A 1QTMA 1RT3A 4CK1A 4DFMA 3RTVA 3V9XA 4FLWA 1UOCA 3HYFA 3UIQA 4IDKA 1LW0A 3ZT4A 3IRXA 2HHVA 1CXQA 1B9DA 4O5BA 2PYJA 2X74A 1VSDA 3LALA 3NF7A 3QIOA 3HP6A 3HT3A 4HCCA 4DU3A 1VSKA 3MXMA 1EKEA 1JLGA 3MECA 1JLAA 1S9GA 1T03A 4CGGA 4CF2A 2Y1IA 2EX3A 3TARA 1D9DA 3HPOA 4Z4IA 1IKVA 4W5NA 4RW7A 3C94A 3ITHA 4B9TA 3ZT1A 1D5AA 3NF8A 4EP4A 5I42A 4M42A 2HB5A 3LP0A 3M8RA 3LPTA 3LP3A 4Y1CA 3M8QA 1S1TA 1KTQA 1BQMA 3MEDA 4CJVA 1SKWA 4IBNA 1RBSA 1SV5A 4QCLA 1C6VA 1GOBA 4CEAA 2ATQA 4GVMA 3V81A 4IFYA 3MEGA 4DWIA 2G8WA 1B9FA 3ZCMA 1U47A 2QXFA 4IG0A 3OYBA 1QSLA 2KZZA 1S6PA 1C1CA 1ZBIA 4RW4A 2RPIA 4DU4A 3OYDA 4DTRA 5D3GA 4HUFA 1SKRA 3QLHA 3NH1A 1KFSA 2PYLA 4F8RA 4B3OA 3KKSA 1SL1A 3VQ8A 4CHPA 2A1SA 4FJJA 3DYAA 4CHOA 5I3UA 1DTTA 3NF6A 4BWMA 4CJ3A 4Z4CA 1L5UA 1TVRA 3G0ZA 3VQ5A 4CHQA 3B6OA 3OYCA 4NCAA 3MXJA 1IH7A 1C0MA 2FBXA 2KW4A 4KHQA 5HRRA 4RW6A 1NJYA 4OLAA 3SYZA 3MXIA 4C8KA 1HJRA 4B9SA 2DFEA 4C8NA 2KZMA 3SNNA 4CIEA 3THVA 3AVGA 1QS4A 2YNGA 2D0BA 3DOKA 4BE1A 3QEPA 1C0TA 3V1OA 4FW1A 1BI4A 4CGDA 4CHNA 4BDPA 1L3UA 3WNHA 4C8OA 4OPKA 3OYMA 3VA0A 2DTUA 3ZSOA 3VN5A 3LWMA 4FJMA 1SL2A 2P5OA 1A5WA 4OKJA 3ZSRA 4O0JA 4FJ8A 2HHXA 4HUGA 4CJFA 3SI6A 5CY4A 3PX6A 1JL1A 4BE0A 1S1VA 2QKBA 1JXBA 3AVKA 1ZYQA 2G8HA 2E6LA 1KVCA 3PV8A 3ZT0A 3HO1A 1JLEA 3K5OA 1KRPA 3VQQA 3KTQA 4RW8A 3C6TA 4FVMA 1IG9A 3OYJA 3KK3A 3MAQA 1X9MA 4FZXC 1VSFA 2QK9A 4NYNA 1BQNA 2GUIA 3U6FA 4W5OA 3TAEA 4I2PA 1I39A 4ZTJA 3HXMA 4DTNA 1WSHA 4LD0A 2BANA 4KI6A 4CJTA 3CG7A 4B9LA 4RG8A 3KD1E 1RBRA 2GBZA 3O3HA 1TL3A 3TWHA 4K8XA 3KK1A 2LSNA 1XC9A 1RBTA 2HMIA 4PA1A 4JS4A 5DK5A 4J2EA 3AVFA 4CJKA 4LY7A 4JRQA 4JRPA 1EETA 1U45A 2HVIA 1YTAA 4FJLA 3JSMA 3DLBA 3NH2A 2HHTA 4DTMA 4YFUA 3K58A 4W5RA 2B4JA 1WSFA 3DRSA 4DQRA 3V6DA 2X6NA 1TV6A 5FRMA 1NOYA 4CEDA 3S3NA 3VA3A 4DG1A 2KTQA 1RNHA 1W9HA 4W5QA 3LWLA 3OS2A 1W0HA 3WNEA 1TK5A 3D0PA 2EHGA 4ZTFA 4FK0A 3OJSA 4CF0A 4E7JA 2HHQA 3NAEA 4LH4A 4LSNA 3HPGA 4CE9A 1QQCA 3LANA 4M3TA 3AVHA 4B9NA 3NE6A 2OYQA 3RMBA 3RMAA 4KTZA 3NH0A 4DSFA 1NKEA 4F2SA 4FJ7A 4KFBA 3U3GA 3OYNA 4DU1A 3SQ0A 4FLTA 1HNVA 1X1PA 4H8KA 3M8PA 1B92A 4AHTA 1RDAA 4Z4EA 1GOAA 1UAXA 4E1MA 1LW2A 1TAQA 4Y1DA 3V1QA 4CGHA 4FZZA 3AA5X 2W42A 1BCMA 4CJ5A 3VQAA 3L8BA 2YKMA 4BWJA 2AJQA 2OPPA 4IFVA 5J2PA 2ETJA 4FK4A 5HBMA 3BDPA 1UA1A 3FFIA 4Q0BA 4W5TA 4I7FA 3SZ2A 4M45A 1JXEA 1JKHA 3VQDA 3WNFA 2DFFA 4O4GA 3DLGA 1S1XA 1RTIA 1UWBA 4CF8A 1RT1A 4KB0A 2QKKA 3ALYA 1ZBUA 3SCXA 1LWCA 3O3FA 2G8VA 4NYFA 3F73A 1TKDA 3RMCA 4FJGA 1WLJA 3OYGA 5SZTA 3C95A 2R7YA 5DMRA 5T7BA 1C1BA 1QE1A 3AO2A 4DFPA 4KHNA 3NF9A 1X9SA 4PQUA 2XHBA 1VSIA 2IOCA 4I2QA 4CEOA 2YKNA 1U49A 2IC3A 4FJHA 3HSTB 4QAGA 4DTPA 2HHUA 4KHSA 1VSMA 4MFBA 1R0AA 3PUFA 4DQSA 2Z1HA 4KHWA 3SV4A 3S3OA 3KLIA 4F3OA 1T8EA 1IKWA 1RT7A 3CFOA 3BGRA 4GW6A 3QETA 2NUBA 3AVNA 1ASUA 4TSXA 3OY9A 4CEQA 3IAYA 3L2VA 2RF2A 3L3UA 4E7LA 1U04A 4FJNA 4NCGA 1EX4A 3QO9A 1Q8IA 3KLGA 1BCOA 2PY5A 3QEWA 1TAUA 3WNGA 3AA4A 4ID5A 1QHTA 5CYQA 2O4GA 1D9FA 1JLCA 1YTUA 2G8IA 1TL1A 1A5VA 1X9WA 1RBUA 4FW2A 1XHZA 1C1AA 3KD5E 4OGCA 4N47A 1FXXA 4CHYA 4R5PA 4N76A 3OVNA 3P5JA 2ITGA 2FBTA 1NKCA 1XI1A 3PY8A 4CEZA 3VQBA 2HNDA 5FROA 1NK6A 3SJJA 1GOCA 2IGIA 4B8CA 3NGZA 4JS5A 4FLZA 1T7PA 2YNIA 5J2MA 4IKFA 3T1AA 4NCBA 3LP1A 3NGYA 3OS1A 3RWUA 4C8MA 5J2QA 5HP1A 1Q9XA 3VQPA 1MU2A 4CGIA 2HHSA 3DOLA 3L2WA 2VG5A 4FJXA 3K59A 4CJUA 2OPRA 3LPUA 1RDBA 4GMJB 3TAPA 2YHBA 5HROA 4JLHA 5HLFA 3SQ2A 2G8FA 2B5JA 4CJWA 4ELUA 4EP5A 2KQ2A 4DMNA 1I3AA 4DQIA 3AO5A 2D0AA 3NFAA 1RTHA 1SKSA 4KPYA 2FBVA 1EP4A 4AHUA 4KV8A 3SUPA 3SPYA 1TKXA 2FBYA 4E7HA 4FM1A 3CM5A 3ZSWA 3KJVA 3DLKA 3HVTA 3TAMA 4CK3A 2HVHA 2JGUA 3O3GA 1BIZA 1HYSA 1K6YA 4J2DA 1J9AA 3KKRA 4OVLA 3OYKA 2KFZA 3I8DA 1XWLA 4HHTA 1NKBA 1Q9YA 4KREA 3NDKA 3KLEA 3V4IA 1TK0A 1L3VA 1S5JA 1NK5A 2IAJA 4F2RA 1S9EA 3P1GA 4PY5A 1ZBFA 2OZSA 4M3RA 1KFDA 3C6UA 3TI0A 4CECA 4Q5VA 1ASWA 4DLGA 3CM6A 3OYAA 1WSJA 3RR7A 4ELTA 3PX0A 4E7KA 3LZJA 4O0IA 4DTSA 3VQCA 3CQ8A 4CEBA 3RR8A 4FJ9A 1S1UA 4DFKA 1WSIA 1HQEA 2A1RA 4ELVA 2BE2A 3AO3A 2Z1GA 2VWKA 2XY7A 3QNOA 1TGOA 4I9LA 4KB1A 3AVJA 4FLYA 5HRSA 3V9UA 3OYEA 5FRNA 4CFAA 1QSYA 1VK0A 1NJZA 4DSLA 1CXUA 1J53A 4CJRA 3S9HA 1IKYA 1BL3A 3RRHA 1NK8A 1RDCA 1RDDA 3RMDA 3AVBA 5J1EA 3ZSZA 4CESA 4BE2A 4CCHA 1C0UA 2HNZA 1RT2A 5E41A 3JYTA 1ZBHA 1DLOA 4L8RB 1TKTA 1F21A 2Q3SA 1N5YA 4HTUA 1Z25A 4O55A 1Z26A 5KGWA 4E19A 2F96A 3MEEA 4I9QA 1EXQA 2ZE2A 3RRGA 4CHZA 3HVRA 1REVA 5KRSA 1RTDA 3LAKA 3TAQA 2XRIA 2XO7A 1SL0A 1NOZA 2RN2A 3QINA 1T05A 1LV5A 1KCFA 5HRPA 2YV0X 4CFCA 1Y97A 3KLHA 3O4NA 4DQPA 4EZ6A 4OGEA 4KKOA 4H4MA 3QERA 5EU7A 3DLEA 3ZT2A 1HYZA 3CYMA 4DF8A 4M3YA 2WOMA 3KLFA 1WAFA 4KI4A 1ITGA 1LAVA 1IKXA 1FK9A 1LWEA 2E6MA 2HNYA 3IS9A 4LSLA 1ASVA 5C42A 1VSHA 3AV9A 2D5RA 3HL8A 2HHWA 1VSEA 1HPZA 4CJ4A 2B6AA 4DLEA 2OZMA 4RW9A 3I0SA 3DLRA 4BDYA 1TKZA 2I5JA 2OPSA 3TABA 4Z0UA 3VQ9A 4Z4GA 5CYMA 3IG1A 2HW3A 1VSLA 2D0CA 4CIFA 1O1WA 4Z4HA 3KIOA 3V1RA 4B8AB 3AVCA 4CJPA 3NBPA 4DTOA 5JS2A 2F8SA 3OYFA 5FDLA 4M3XA 1VSJA 4BDZA 3QIPA 3L2QA 4DF4A 3S3MA 2KFNA 4EZ9A 3QEXA 4CFBA 2YHAA 5CZ2A 1LAWA 3ZSVA 3L3VA 2P5GA 1S1WA 1WNSA 3V9WA 4KTWA 1NK7A 1S6QA 3DMJA 3OYHA 2BDPA 3QEVA 1J5OA 3A2FA 4CJQA 3DLHA 4N41A 4AHVA 3K5MA 4N56A 4M3UA 1QSSA 3QEIA 1DTQA 1JLQA 2FC0A 2OPQA 4C8LA 4FLUA 4PUOA 3AO4A 1U4BA 3VQ7A 3B6PA 3ISNC 3ZT3A 1ZBLA 4CIGA 3LAMA 3PO4A 4DS4A 1HNIA 2Z1IA 4N5SA 3HJFA 4DTXA 3EYZA 1IO2A 3NHGA 3ZSYA 4WE1A 4H4OA 4M3WA 4FK2A 4E3SA 4BACA 4Z4FA 2E4LA 1NJWA 1L3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1ATNA 4IWVA 1GLFO 3LPTA 3S41A 3VPZA 2UUCK 1S1TA 4DR3K 2JQTA 4DKWA 1Q18A 1RBSA 4QCLA 4GVMA 4U7BA 3MEGA 1EWQA 2VGMA 1U47A 3OYBA 2P9IA 3G25A 3BVOA 2RCUA 4DU4A 4B1ZA 2HMPA 4ILHA 4DTRA 1SKRA 2PYLA 1KFSA 3KKSA 3NF6A 4XEIA 1TVRA 3G0ZA 3OYCA 2ASOA 2YHYA 3ATUA 2FBXA 5HRRA 1NJYA 1HJRA 4BROA 4CIEA 1NNEA 2YNGA 3QEPA 1C0TA 4FZZA 4FW1A 4I6MB 1L3UA 3OYMA 5DM6L 3ZSOA 1LDKE 4BG8A 1XVFE 3ZSRA 2HHXA 4RCHA 1XNRK 5CY4A 4X5NA 3CMAN 2HSTA 4DR5K 4O5FA 4Y0WA 2O8CA 3PV8A 1BDGA 2V52B 3KTQA 3M5RA 3C6TA 4BGAA 3OYJA 1VSFA 2ITMA 4NYNA 1Y64A 4ZTJA 1MWMA 4DV2K 3T1HK 3KD1E 3MDQA 4K8XA 4IJAA 3AVFA 4LY7A 3H3OB 3O08A 4IEEA 2HHTA 1KC8O 3DLBA 4DTMA 3K58A 4BRAA 4W5RA 3FZMA 3VOVA 1TV6A 2VJ4A 3K0SA 3K2OA 3ID6A 3OS2A 3D0PA 4ZTFA 4CF0A 2HHQA 3NAEA 2GEMA 1E3MA 3AVHA 4B9NA 3NE6A 2OYQA 1X3MA 2QWNA 3DLLL 3RMAA 5GIOA 4DU1A 1HNVA 4A59A 3M3ZA 1UAXA 3HBTA 4OO1J 2W42A 3J80O 2HF3A 5J2PA 5HBMA 4C23A 4Q0BA 3FFIA 2JHAA 3F5TA 1JXEA 1NBWA 3GE1A 2HBJA 4FOEA 1XVGE 1RT1A 1WOQA 3QB0A 3SCXA 1LWCA 2G8VA 4NYFA 1TKDA 3RMCA 3OYGA 4KH5A 3D2FB 4A5BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1A5X A;  1RDU A;  4GVE A;  4FLV A;  4KAZ A;  3ZEU B;  3T3F A;  3SQ4 A;  1BIU A;  4OKE A;  3O9R A;  1BGX T;  4K8Z A;  4PHT X;  4CJS A;  3L0M A;  3WXI A;  5AFU A;  1NJX A;  4DCH A;  3TJY A;  5EXW A;  3WT0 A;  2ZD1 A;  1DT9 A;  3SAG A;  4EIA A;  4XH4 A;  4OLB A;  5IBK B;  4CW7 B;  2E1Z A;  5C24 A;  1HR0 K;  1JCF A;  4NXM K;  1C0G A;  1UA0 A;  1RTJ A;  3D45 A;  3SMP A;  4EFH A;  3O1W A;  4B3T K;  5AQW A;  3Q7B A;  2YNH A;  2ZQB A;  1HQU A;  4IG3 A;  3R6M A;  3MKS B;  1HJO A;  3M6G A;  1HKC A;  3L1N A;  3R3L A;  4A62 A;  1FPO A;  1FYZ E;  1C0F A;  2XY8 A;  1ATR A;  5FPE A;  1J54 A;  1KVB A;  4DFJ A;  3K5L A;  4UY8 O;  2NNW A;  2P9I B;  4OJR A;  5ELZ A;  3SV3 A;  3QFU A;  4G9Z A;  4EYW A;  2IDO A;  3TAG A;  3TTF A;  4BRI A;  3V9Z A;  2PFU A;  5E84 A;  1RCH A;  3OS0 A;  3VF4 A;  1G15 A;  3BZK A;  2Z1J A;  3ZEU A;  3CCQ N;  4PKH A;  1XVB E;  2WBN A;  3V7D B;  4B1U B;  3AVM A;  4CGF A;  3OJU A;  3GDQ A;  4KHY A;  3VEX A;  2NRH A;  4CJL A;  4KTQ A;  4DUY K;  2WON A;  3WXJ A;  3QML A;  3IFR A;  1N6Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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