2ATQA

Rb69 single-stranded dna binding protein-dna polymerase fusion
Total Genus 223
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
223
sequence length
903
structure length
845
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna binding protein
molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure and enzymatic properties of a chimeric bacteriophage RB69 DNA polymerase and single-stranded DNA binding protein with increased processivity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 223
structure length 845
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2atqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2atqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2atqA02
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2atqA03
2WOMA 3WNGA 3TABA 3L3UA 3ALYA 3V1OA 3THVA 1FKOA 4B9SA 2P51A 3NF9A 2Z1HA 1RDCA 3DLRA 1FK9A 3AO5A 3HYFA 3VA3A 2OPSA 2VG7A 2XY5A 3KK1A 2OPRA 3ZSYA 1FXXA 4CGGA 4Z4GA 4NYFA 1RTIA 2AJQA 4CJVA 1S9EA 4CJRA 4GVMA 1D8YA 1VSEA 4Y1CA 5KRTA 3OS0A 3PX4A 3NHGA 4KI4A 1Q8IA 5C25A 3KLEA 1HNVA 5KGWA 3OYNA 1T8EA 3KTQA 4FM0A 5CZ2A 3CYMA 4HHTA 1QSLA 1S9GA 1JKHA 5J2MA 3C95A 1C1CA 1QSYA 3HPOA 2QKKA 1S6PA 1BCMA 3NF8A 4CHPA 3NGIA 4PA1A 1N5YA 2Q3SA 4DMNA 3QEIA 3SUPA 3UIQA 1WSFA 4CJLA 4OJRA 3IAYA 4C8LA 4CIFA 3NGZA 3PO4A 1XI1A 3DRSA 3OS2A 4DTRA 1NOZA 1WN7A 4Z4IA 4LSNA 3ZSZA 4CIGA 4FK4A 1RT5A 3SV4A 4EP4A 4NCAA 1ZBHA 1J54A 4CEQA 4CESA 3L2WA 3V6DA 3RMAA 1XWLA 1NK0A 1IKYA 1ZBIA 4W5TA 2OZMA 3SNNA 4CJ3A 1N6QA 2IS3A 3AVBA 2IGIA 4B9LA 1VSMA 2KQ2A 3CQ8A 1BI4B 3D45A 1DLOA 1RBSA 4KTWA 1F21A 3D0PA 1SL2A 3L3VA 2XY7A 4ELVA 4Z4CA 4CFBA 2BE2A 1IG9A 2DFEA 3C6UA 4OKKA 4JS5A 3TWHA 1NJZA 1JLCA 4I2PA 4ICLA 4OGEA 4C8MA 1HYZA 4EP5A 4DLGA 4L8RB 1VSHA 4CGHA 1D5AA 1YTAA 2RN2A 3AVNA 1RNHA 4NCGA 3OS1A 3OYCA 3NF6A 3NH0A 4KAZA 1NK9A 4HCBA 1HYVA 5HRSA 2IOCA 1BL3A 2E6MA 4E7KA 4M3XA 3T1AA 3VQ6A 1TKDA 1ITGA 1KLMA 4CJQA 2E4LA 3P83D 1NJXA 1DTTA 2HHXA 3LAMA 4FJXA 3CM6A 4I7FA 1NK4A 1BHLA 3I0RA 3C6TA 1X9WA 1Z26A 2X78A 4J2DA 3AVCA 4MQ3A 4W5OA 2P5OA 1RDDA 2A1SA 3LANA 3LP0A 4E89A 4M3TA 3L2UA 1HNIA 3HK2A 3TAFA 2IDOA 2Z1IA 2D5RA 3EY1A 1BQNA 2OYQA 5T7BA 4ZHRA 1CLQA 3OJUA 4CJ5A 3IRXA 3PX0A 4CCHA 3M8PA 5HROA 3B6OA 4FJ7A 3NH1A 3KK3A 3HSTB 3NBPA 3AVIA 4FW1A 3ZCMA 2PY5A 2D0AA 4FJKA 1RT2A 4OVLA 4DSIA 1EP4A 2XHBA 4W5QA 4DS4A 4CEOA 3OYGA 3K58A 5FROA 3ZT4A 4C8OA 1JLQA 4CJPA 4B8AB 2B4JA 2VWKA 4GW6A 4CK1A 1RBVA 3LZIA 4JLHA 1Q9YA 3AVHA 2P1JA 4IG3A 1S6QA 4CJUA 3QIOA 3KJVA 3TI0A 4BDYA 3P1GA 3S3NA 1XHXA 4FJ8A 4B08A 3O4QA 4AHCA 4I9QA 5CYMA 4CEAA 3L2VA 3M8RA 1KVCA 4QCLA 4FK2A 4CEDA 4F3TA 1SKRA 2PZSA 3HVTA 3HO1A 5KTQA 1NK8A 1LV5A 1JL1A 4BE0A 3QEWA 1J9AA 1S1UA 1SUQA 1Y97A 4OGCA 2E6LA 4N56A 3TANA 4O44A 5FRNA 2HHSA 1X9MA 2PYLA 4ELTA 3IG1A 3TAPA 1SKSA 2HMIA 4DTUA 3KD5E 1RBRA 1NKBA 1SKWA 1YT3A 3ZSOA 4CJEA 3QNOA 2FC0A 4HUEA 1KRPA 5HRPA 2VG6A 3QEXA 2YKNA 2ITGA 4PWDA 5J2NA 3LWLA 4N41A 3K57A 2ZD1A 3TARA 3MEEA 3LPTA 3K59A 4FCYA 3AV9A 4AHUA 5JS2A 1RTDA 3RR7A 4CGDA 1U49A 1HPZA 3HXMA 1IKVA 4M3UA 2O4GA 4FZZA 4DQIA 1C1BA 3ZSQA 4E7JA 4HCCA 3O3HA 1LWEA 1S1WA 2ZQBA 4DWIA 3QINA 4M3YA 1WAJA 4J2AA 4KI6A 2BANA 2RKIA 4DLEA 4RG8A 4FLZA 4AHSA 4DSFA 2QKBA 4J2BA 3PUFA 3VQ7A 3U3YA 1L3VA 4KHYA 1NJYA 1KLNA 3AA4A 4YNQA 3BDPA 1T03A 1CZ9A 5E41A 4CFAA 5K14A 4E7LA 2HNYA 3OYIA 1ASVA 3ZSVA 4CJSA 3K5NA 3LPUA 5SZTA 4OPKA 1W9HA 3WNEA 2B6AA 2YNFA 3KIOA 2VG5A 3V9WA 1KSPA 3ASMA 1GOCA 1O1WA 4Z4HA 3SI6A 1NK7A 1HQEA 4FYDA 3AVJA 3QLHA 3CM5A 1C0MA 3SQ0A 1QQCA 1VK0A 3O3GA 2DY4A 4CF1A 4FJLA 3VQ4A 2X74A 1JLEA 1SV5A 2YHAA 3SUNA 4FW2A 4FLTA 4HUGA 1S1VA 3MXMA 4FLWA 3DLHA 2JLEA 4KB0A 3TAGA 1A5VA 3SQ4A 1TV6A 4FLVA 4CEZA 3ZT3A 1U47A 2IC3A 4O5BA 3K5OA 3TAEA 1UWBA 3KLGA 1TK5A 2KTQA 3AA5X 3QEVA 4FJMA 3G10A 4CERA 3I8DA 4J2EA 4CJFA 4CHQA 5HRRA 1TVRA 3PO5A 4I9LA 1JLFA 1NJWA 3RMDA 3PX6A 3QIPA 1L3SA 4F8RA 1RT4A 1BISA 3KKSA 5DK5A 3E01A 3HVRA 3HPGA 3VQ8A 1NK5A 3MAQA 3NDKA 2NUBA 2YHBA 1KCFA 4O0JA 3C94A 1JLAA 5EU7A 4FJNA 3ZT1A 2B5JA 3TAMA 3RRHA 1S1TA 1JLGA 1L3UA 4AILC 1T05A 2QXFA 2Z1JA 3NE6A 1VSIA 4E1NA 1WAFA 3SPZA 1TAQA 4CHZA 3LAKA 3RTVA 4DFJA 2G8WA 1X1PA 1TAUA 4QAGA 4IFVA 2GUIA 2HVHA 4BE1A 3HP6A 4RW9A 3AO4A 3S3MA 2DFHA 4N76A 3NF7A 1VSFA 1X9SA 4KFBA 1UAXA 1ASWA 1RT3A 3KLHA 4B9UA 4FLXA 3T3FA 3KLIA 3SUOA 1WNSA 2GV9A 2FBYA 2YNGA 1Q9XA 3LWMA 1NK6A 2G8UA 3PV8A 2OZSA 4OLAA 4DTXA 4FJIA 2BDPA 3HJFA 1EKEA 3VQAA 5HBMA 4ELUA 4CIEA 1QSSA 1T7PA 1JL2A 2X6NA 3K5LA 3DLKA 4FVMA 1GOAA 4ZTJA 3SPYA 1TGOA 1CZBA 4K8ZA 4W5RA 5CY4A 1UA1A 4KTZA 3KKRA 3OYJA 3HL8A 3DOLA 3AA3A 3ITHA 1R0AA 4E19A 1RBUA 2OPQA 3TR8A 1RT6A 4CFCA 3KD1E 3SV3A 3V4IA 3AVGA 4AHVA 3V9ZA 4M45A 4EZ9A 2BGGA 4NYNA 2VWJA 4LH4A 3RMBA 3M8QA 4JRPA 1ZYQA 4FJGA 4DSKA 1BIZA 4PUOA 4DTJA 2XRIA 4Z0UA 4QOZB 3L8BA 1VRUA 4FK0A 4FM1A 4NCBA 1WLJA 3V1QA 1A5XA 3AVKA 1BIUA 1RT7A 3VQDA 2HHWA 4DU1A 5HLFA 4CEEA 2P5GA 4RW7A 3JYTA 1NKCA 3PY8A 1D9FA 4LY7A 1NKEA 1L5UA 1A5WA 3F9KA 3M8SA 4KREA 1VSDA 2ETJA 1C0TA 3EYZA 2G8HA 1SL0A 5CZ1A 5KGXA 1I39A 3LZJA 4W5NA 4M3ZA 1WSGA 1BGXT 4BDZA 4JRQA 3OYMA 2FBTA 2HNDA 1LW2A 4IBNA 4ID5A 1GOBA 4DFMA 3VQ9A 4B8CA 1TL3A 4UQGA 2YV0X 3EZ5A 4E0DA 4FM2A 3HPHA 1JLBA 3LP2A 4CF2A 1LAVA 4PY5A 4BWJA 4DQRA 1YTUA 2EX3A 4FJHA 4CGJA 3NGYA 1IO2A 2F8SA 2KFNA 4C8NA 1IH7A 3AO2A 3V1RA 4E7IA 1U4BA 4LH5A 4FJ5A 1U48A 4M41A 3O4NA 2HHTA 4JS4A 4H4OA 3RMCA 3WNHA 2KW4A 3NFAA 4DTOA 5J1EA 1L3TA 4OLBA 2F96A 1LWCA 2YKMA 1QS4A 2HW3A 4KKOA 2R7YA 3ZSRA 3MEGA 1HQUA 2XO7A 3A2FA 1U45A 1I3AA 3AVMA 1BCOA 4H4MA 4I2QA 4FJJA 3ZT2A 3SYZA 3SQ2A 5J2PA 3DYAA 4CJ4A 3MEDA 3BGRA 1HMVA 2G8IA 3ZT0A 2LSNA 3DMJA 4DF4A 3O3FA 4H8KA 1HYSA 4CHOA 4N47A 3AO1A 4CEFA 4O0IA 4Q5VA 3F73A 4DF8A 3V81A 2A1RA 5SWMA 1ZBLA 1JXBA 4CHYA 3DLGA 1FKPA 3OJSA 4G1QA 3QNNA 1HJRA 5CYQA 2RF2A 1RILA 3AA2A 3ZSWA 4FZXC 4CF8A 2Y1JA 3DI6A 3DM2A 4HUFA 3NCIA 2HHUA 4BACA 4OPJA 2PYJA 1VSKA 4M3RA 4Y1DA 3OYAA 3L2RA 5C24A 4BE2A 4E1MA 1TK8A 3CG7A 2HHVA 4Q0BA 4K8XA 4DU4A 1KVBA 4GMJB 4KV8A 1EXQA 4CE9A 1VSLA 3L2QA 3HM9A 3TAQA 1RCHA 1VRTA 5C42A 2HB5A 1EETA 5KRSA 2X6SA 4B9VA 3OYEA 3DLBA 3MECA 4EZ6A 2ZE2A 3G0ZA 3SQ1A 4O4GA 3VQ5A 4DQQA 3LALA 2G8KA 4B9NA 3DRPA 3U6FA 3VQBA 4DTSA 3CFRA 3QETA 4YFUA 4ZTFA 4DQPA 4KRFA 2XY8A 4MFBA 3OYKA 2QK9A 3OYFA 4Z4EA 1RT1A 4DTPA 5FRMA 3H08A 3OYBA 4TSXA 1B92A 3K5MA 4KHNA 5KI6A 1TK0A 4AHTA 1IKXA 4F3OA 3P5JA 2Y1IA 4WE1A 1JXEA 3MXIA 1ASUA 3ISNC 3OVNA 4RW4A 4FZYA 3FFIA 1DTQA 4DSEA 4KPYA 1NOYA 5DMRA 4DFPA 4FJ9A 2RPIA 3IS9A 4CJTA 3KK2A 3NAEA 2IAJA 4IKFA 1WSJA 1SL1A 4PQUA 3DRRA 1IKWA 3VQCA 3VN5A 1J53A 3OYDA 4DS5A 4F4KA 4CK2A 3AO3A 4IG0A 3QO9A 4C8KA 3T19A 1K6YA 3V9UA 3CFPA 4M42A 4Z4FA 1VSJA 4XIUA 3V9XA 3RWUA 1TKZA 3AVLA 3MXJA 4CJWA 1S1XA 3OY9A 1YVUA 4ID1A 3U3GA 4DU3A 3AVAA 2FBVA 2D0CA 3RR8A 4FXDA 1WSIA 4IFYA 4DFKA 1G15A 2FBXA 2YNIA 3DLEA 1D9DA 3LP1A 2EHGA 1KVAA 1CXUA 4CGFA 4BWMA 1RTJA 4DG1A 3NH2A 3ZSXA 1RBTA 3S3OA 3KLFA 4HTUA 5I42A 2DFFA 3JSMA 3ULDA 1TKXA 3K2PA 4M3WA 1BI4A 3SCXA 4LSLA 3V9SA 1B9DA 3VQEA 4CFDA 4E3SA 2ATQA 2OA8A 3AVFA 3HP9A 1U04A 4KB1A 2KZZA 3QERA 2KFZA 1RDAA 1Z25A 4CHNA 2XY6A 1KTQA 3QEPA 1UA0A 4R5PA 4B9TA 1WSHA 4OKEA 4HVJA 1RDBA 4KHSA 1C6VA 1EX4A 1W0HA 1ZBUA 4CEBA 1XHZA 1KFSA 4BDPA 4F2SA 1LAWA 2KZMA 4AHRA 1QE1A 2HVIA 3QESA 4E7HA 3DOKA 3SUQA 4DTMA 3SZ2A 4FLUA 1TL1A 5HP1A 1B9FA 3VQQA 3LP3A 4KO0A 1KFDA 4DSJA 1BQMA 2I5JA 4OKJA 4CECA 3OYLA 5HRNA 5J2QA 4B9MA 4KTQA 4CF0A 1QTMA 2G8FA 4RW6A 2JGUA 1XC9A 2OPPA 1ZBFA 4O55A 1LW0A 3B6PA 3CFOA 4LD0A 2WONA 2Z1GA 4IDKA 1CXQA 3RRGA 2F8TA 2DTUA 4KHQA 4KHWA 1C1AA 4CF9A 1MU2A 5D3GA 3VA0A 1RTHA 3WNFA 1S5JA 1HRHA 2W42A 1QHTA 2O4IA 3SJJA 2YNHA 4CGIA 5I3UA 4DSLA 4KHUA 3VQPA 2GBZA 4CK3A 4RW8A 1TKTA 4N5SA 3S9HA 3I0SA 1LWFA 1UOCA 3HT3A 4CJKA 1C0UA 2HHQA 3LDSA 4B3OA 4DTNA 3OYHA 5JS1A 1REVA 4F2RA 2HNZA 2D0BA 5FDLA 4DQSA 2G8VA 4AH9A 1WSEA 1J5OA 4FLYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WNGA 1XU3E 3L3UA 4QS9A 2P51A 2Z1HA 1JCFA 1RDCA 3DLRA 3AO5A 4YOXA 3VA3A 2OPSA 1ATRA 4Y0WA 1XVBE 4CGGA 3BY5A 4CJVA 1KAZA 4CJRA 3RVCA 2P1OB 3OS0A 3PX4A 3KLEA 4FWLA 1T8EA 1W7AA 4FM0A 1QSLA 3MWPA 3NF8A 2QEXN 3NGIA 4PA1A 3SMPA 4FOIA 3UIQA 3M5RA 3O5BA 3IAYA 4C8LA 3PO4A 1MHZG 1IV0A 4JAXA 1NOZA 4Z4IA 1XNRK 5LJVA 4CIGA 2JWLA 4BRHA 4DR7K 5M1PA 1BOTO 4YDUA 1RT5A 1BG3A 4CEQA 1V4SA 1XWLA 1IKYA 1ZBIA 3IUCA 3SNNA 5GINA 2IS3A 4B9LA 1NWKA 3CQ8A 2P9KA 1YVNA 2D0PA 1DLOA 1RBSA 3D45A 4KTWA 4R79A 1Q86O 1SL2A 3L3VA 3OTOK 2XY7A 2WTUA 3C6UA 3EEQA 3TWHA 4DLGA 4LC9B 2VYPA 4GVEA 1VQPN 3AVNA 4BQLA 5EX5A 3NH0A 2B8IA 3P4IA 1BL3A 1ITGA 1KLMA 4CJQA 2E4LA 1NJXA 2F4VK 4BRFA 3CM6A 4I7FA 5AQLA 1NK4A 1BHLA 4X62K 1Z26A 1Z6RA 3AVCA 5FPEA 1JW2A 2Z1IA 3EY1A 4ZHRA 3OJUA 4B1XB 3R8EA 2Q1NA 3NBPA 3AVIA 1XQSC 3DXKB 3H6EA 1FYZE 1XC3A 4FW1A 1FZ7E 1T3VA 3T69A 1EP4A 5KQ8A 4DS4A 1RGIA 3K58A 4YOVA 1MMOG 4CJPA 2ZJQL 3TSQA 2VWKA 3OBYA 2F9TA 2ZGYA 3AVHA 3TI0A 3QIOA 3S3NA 4F3TA 4ISGA 3L2VA 4AHCA 4I9QA 4BR5A 4CEAA 3CMAN 3VGMA 1TYQA 1S1UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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