4DTMA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp opposite an abasic site and ddg/dc as the penultimate base-pair
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 323
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtmA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtmA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtmA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtmA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtmA03
1GOAA 3SI6A 5KGWA 4DQRA 1SKSA 3HO1A 1QS4A 1IH7A 1JLEA 1TL1A 1BIUA 4KHUA 2B4JA 4B9MA 4CHYA 3BDPA 4E7JA 2Z1JA 4KAZA 1RT5A 2B5JA 2F96A 1XWLA 4DFMA 3AA3A 3S9HA 4DFKA 3LPTA 4J2BA 1BI4B 3VQEA 1NK0A 2EHGA 4B3OA 3CFOA 3C94A 3OS1A 3M8QA 3SZ2A 3DLBA 3AVKA 3DLKA 4CIEA 4W5RA 1NKEA 2F8TA 1CZBA 1NJXA 3AO5A 4Z4FA 4EZ9A 4M3RA 2O4GA 3D45A 4CGFA 1GOCA 4QCLA 3B6OA 1QSLA 3PO4A 2P1JA 3NDKA 3SUOA 1LWCA 2O4IA 1RT1A 3V1RA 3CYMA 3LWLA 2VWJA 3OYJA 4BE1A 2KW4A 4IFVA 1C1AA 3HPHA 2HHUA 1N6QA 1S1VA 4FVMA 4CHZA 4FJ7A 4CJ5A 4EP4A 4DMNA 4NCGA 2XHBA 3UIQA 3VQCA 1EKEA 2GBZA 1EXQA 4RW9A 4CEDA 4DSKA 4DLGA 1LAVA 4H4OA 4CGHA 1G15A 3BGRA 4J2DA 3DI6A 4W5OA 1UOCA 1UA1A 5J2MA 3K5NA 1QHTA 4CEZA 3U3GA 1WN7A 4HTUA 3TAMA 4FJNA 2DFEA 4RW8A 1SKRA 1TKTA 3ZSVA 4FYDA 5K14A 2HMIA 3AVJA 3NF8A 4J2AA 4PY5A 1IKXA 4CFCA 4JRPA 3SPYA 3TR8A 4IKFA 1U47A 4O5BA 3DLHA 3P5JA 3AVCA 4CJEA 1F21A 2LSNA 2YNFA 3O4NA 1X9MA 2G8IA 3AVIA 3ZSOA 1WAFA 3OYLA 3HJFA 3VA3A 4DU4A 3QESA 1DTQA 3C95A 3AA2A 3QEPA 3WNGA 2IS3A 4BDZA 2KFNA 1BQNA 3KIOA 3OVNA 4B9TA 1JLCA 4Z4HA 5JS2A 4RW6A 4Z0UA 4DSJA 2RF2A 4DTOA 1KRPA 1ZBFA 1RNHA 2HNYA 2QKBA 4AHRA 3QERA 3A2FA 3L2QA 3KLFA 4I9QA 1RILA 3ISNC 1HNIA 2X78A 4E1NA 2ZD1A 1L3VA 5HRPA 4M3XA 2X6SA 4E7LA 2QXFA 3IG1A 2ZE2A 4DWIA 4JS5A 4BE2A 3QNNA 2HHXA 1NJZA 4M3WA 5C42A 3K58A 3O4QA 2XY7A 4N5SA 5CYMA 1CZ9A 4N47A 4OPKA 4CJWA 5J2QA 2HHTA 4CFAA 1FK9A 5KRSA 4DTMA 4M41A 4FW2A 3NH0A 3KD5E 4FK4A 1BCOA 3K5LA 2HNDA 4KTQA 3WNFA 4AILC 4M3UA 2XY8A 4KHWA 3MXMA 3CFPA 3AVHA 3IS9A 3VQPA 4FLVA 3LZJA 4G1QA 4CJ3A 2KFZA 1TGOA 3DM2A 5EU7A 1ASWA 2G8UA 4OLBA 3QLHA 3ZT3A 3PY8A 3QEXA 2RKIA 4CECA 5C24A 4ZHRA 4CF2A 4BDPA 3I0RA 4DTNA 2HHVA 4IFYA 2OYQA 4HUFA 3KTQA 3P1GA 3QIOA 4DSIA 4FJXA 4DTSA 4FJ8A 4FM0A 4DU1A 2YHBA 3NGYA 1WSJA 4NCBA 4IG3A 1WSGA 3SV3A 3RTVA 4R5PA 1JL2A 3RRGA 1IO2A 1CLQA 1RBRA 4WE1A 2D5RA 3OYGA 3ZT1A 3U3YA 1BQMA 4FZZA 3SQ0A 4BDYA 4CJLA 4DQSA 1S6PA 1NK4A 3HK2A 4QAGA 5JS1A 3AVLA 4FJ5A 4J2EA 2DFHA 4DF8A 1Q9XA 3RWUA 3DRSA 1TK0A 2XRIA 1HYVA 1HYSA 3DLEA 4B9VA 4K8XA 1EP4A 3LP2A 1NOZA 4KTZA 1RT4A 3SQ1A 3KKSA 4FLZA 1HMVA 1Z26A 3VQQA 4I2PA 4Q5VA 1C0UA 4FLYA 4CEFA 3LAKA 1UWBA 3G0ZA 3AO4A 4KV8A 5HRRA 4LD0A 1UA0A 2BGGA 3KKRA 4BE0A 1XHZA 4O44A 4KTWA 2G8FA 1T7PA 2PY5A 2ZQBA 1T05A 2EX3A 3AA4A 4E89A 3OS0A 4HVJA 3MAQA 1L3SA 1ASUA 3ZT0A 3LP1A 1GOBA 1JLFA 1U45A 2PZSA 4M3YA 3OYDA 4JRQA 1EX4A 4XIUA 3AVNA 4IDKA 1RBTA 1S6QA 4K8ZA 4FM2A 1W0HA 4Y1DA 3VQ4A 4B08A 3SUQA 3HT3A 3MXIA 3THVA 1TK5A 1LAWA 3FFIA 4O4GA 5E41A 4RW7A 3OYCA 4DFPA 3V6DA 5HLFA 4KKOA 4I7FA 3KD1E 1U49A 3OJUA 1KTQA 3O3HA 4O0IA 3RMCA 3QIPA 3IAYA 1O1WA 1KFDA 3WNHA 4DQQA 4ID5A 2X74A 3SCXA 3VQAA 4CESA 4KI6A 4CK3A 2D0CA 1X1PA 3HSTB 3OYIA 3MEDA 4FLXA 1QE1A 4IG0A 3TAEA 4F2RA 4CHQA 1BISA 4FJLA 1JLGA 1U4BA 1RTIA 1VRTA 4W5QA 1S1TA 3SUPA 1HYZA 3TANA 4OKEA 2HHWA 4AHCA 4CJRA 4HHTA 5KGXA 4EZ6A 4E0DA 3CM5A 2DFFA 1SL0A 3C6UA 3LALA 2YV0X 2PYJA 3V81A 1VSHA 2ITGA 3MXJA 4DSEA 1NKBA 1SL2A 4PUOA 4W5TA 2ETJA 4HUGA 2Y1IA 2GV9A 1KLMA 1HNVA 3JYTA 4HCBA 2HHSA 1IKVA 3L2VA 4FJJA 1RBUA 1DTTA 3L2RA 1JLQA 2VG7A 3ZT4A 5KRTA 3HM9A 1VRUA 2BE2A 4EP5A 1X9WA 1VSJA 1SKWA 4B9NA 4NYNA 2YNHA 4Z4GA 2OPQA 1EETA 4CF8A 1J53A 4CHNA 4M3TA 1L5UA 4DQIA 3K59A 4KO0A 3G10A 3V1QA 1QSYA 1T8EA 1S1XA 3PO5A 3KLIA 1HQEA 4ELUA 3CG7A 1W9HA 3H08A 4M45A 4OGEA 3V9WA 3V4IA 4QOZB 1FXXA 2D0AA 5CYQA 3OYHA 3TAGA 4B9UA 1WNSA 5HROA 3LZIA 1WSFA 1A5WA 1K6YA 4B8CA 1Y97A 3U6FA 3NH2A 2OA8A 4Z4EA 4DS5A 3I0SA 1A5VA 4OKKA 1XHXA 5FROA 4MQ3A 1QTMA 2G8WA 4DSLA 4AHVA 3ULDA 1TVRA 1Q9YA 3PUFA 4KHYA 3MECA 4C8NA 2XY6A 1J54A 4FLUA 3PX4A 1IG9A 1Z25A 4RW4A 3TAQA 3SQ2A 1A5XA 4PA1A 1RCHA 2W42A 4FZXC 1B92A 1FKOA 1ZBIA 1NK7A 1J9AA 1JL1A 1S5JA 4CEOA 4CJFA 3HXMA 1VSIA 1WSIA 4Q0BA 1TKDA 4FLTA 4CFBA 5CY4A 4ZTFA 1R0AA 4FCYA 3LP3A 1WAJA 4CJTA 1NK9A 2HB5A 4ICLA 4RG8A 2AJQA 2FBXA 1KCFA 3OY9A 4N56A 4PWDA 1VSLA 3L3UA 3F9KA 3NFAA 1U04A 1XC9A 2KTQA 3AO2A 2YNGA 1NOYA 3WNEA 4FJGA 1D9FA 4H4MA 1HPZA 5J1EA 2R7YA 4JLHA 3OYEA 3AVBA 3PV8A 3PX6A 4DSFA 3NGIA 4KFBA 4CJVA 1BI4A 1RTDA 3SUNA 2OPRA 4ELVA 4DTRA 1L3TA 3L2UA 3OJSA 2HW3A 3E01A 4OGCA 4LH4A 3AV9A 1YTUA 2G8HA 3KJVA 4FLWA 3KK3A 3RMAA 2OZSA 2YKMA 3OYNA 1C0MA 3T3FA 4FM1A 4L8RB 4F3TA 1VSFA 3QO9A 4CJKA 2HVIA 5DMRA 2A1SA 3KLHA 3I8DA 1J5OA 4CHPA 4CHOA 2FBTA 4O55A 5C25A 1TAUA 4C8MA 5CZ1A 3RR7A 2B6AA 4ELTA 1VSEA 3AVMA 3K2PA 4KPYA 3LANA 4CJUA 4DLEA 3SV4A 4ID1A 1HJRA 5HRSA 4I9LA 4CJQA 1C1BA 2D0BA 1T03A 1YVUA 2KZZA 2JLEA 1WSHA 4CF9A 4LH5A 1Q8IA 3ZSYA 2OPSA 3NAEA 1KVBA 4ZTJA 3ZCMA 4GMJB 3TABA 3VQ6A 1ASVA 4OKJA 3ZSZA 3OYBA 4F4KA 3NF7A 1RDDA 1ZBUA 3LP0A 4BWJA 4E19A 3F73A 3SJJA 4TSXA 4DFJA 1L3UA 3V9XA 2G8KA 1RTHA 4M42A 1XI1A 3VQ5A 4DTUA 2XO7A 4UQGA 2I5JA 3L2WA 1TL3A 2VG6A 5J2PA 1U48A 3RR8A 3QEIA 1RBVA 2P5GA 3LWMA 3JSMA 4CGIA 1LW0A 3O3GA 1SL1A 3NCIA 1IKYA 2VG5A 3AA5X 4I2QA 5FDLA 1NK8A 2HNZA 1QSSA 4E3SA 3HL8A 3VQ7A 1JKHA 5SWMA 1YTAA 5KTQA 5SZTA 3TAPA 1ZYQA 4CF1A 4FJ9A 1TAQA 4FJHA 2IOCA 3ALYA 1B9FA 3MEEA 5HBMA 4KB1A 2QK9A 4B9LA 3T1AA 3K57A 3KLGA 2Y1JA 1LWEA 3S3MA 4OJRA 3VN5A 1ZBHA 3EYZA 3HP6A 3IRXA 2XY5A 2YHAA 1RDCA 3NHGA 2P51A 4CGGA 4CEBA 4E7IA 4OPJA 3DMJA 4H8KA 3LAMA 3M8PA 4CGJA 2FBVA 4KHQA 4AHTA 4CK2A 2P5OA 4NCAA 3TI0A 4LY7A 3O3FA 4E7KA 1LV5A 2IDOA 4HUEA 3SQ4A 2Z1HA 1BIZA 3HYFA 3NE6A 1JXBA 1X9SA 1HRHA 4B9SA 4C8KA 4W5NA 4M3ZA 1S1UA 5FRMA 4FK0A 4F2SA 1S1WA 3KLEA 3DOLA 1DLOA 4KHNA 3LDSA 4KHSA 3DLGA 4FK2A 2JGUA 2IGIA 2RPIA 4DTJA 1RT2A 2X6NA 3SPZA 3ZT2A 3P83D 2KZMA 3QEWA 2VWKA 4O0JA 2ATQA 1TKZA 4E7HA 1RT7A 3VQ8A 3K5MA 4N76A 1BL3A 1NKCA 1RT6A 4AHSA 1MU2A 4CK1A 5J2NA 3NBPA 1RDAA 3QEVA 3AVGA 4N41A 1D8YA 2IAJA 4E1MA 3V9ZA 2A1RA 4F3OA 4CJSA 4DS4A 3C6TA 2QKKA 2RN2A 4CGDA 4CE9A 1KFSA 1S9EA 4CFDA 1JLBA 4FW1A 1S9GA 3NF9A 4CERA 4KI4A 1C0TA 3OYAA 4KB0A 2OZMA 3V9SA 3RMDA 1IKWA 3DRRA 1N5YA 4FJMA 3AO1A 2GUIA 4DU3A 3AVFA 1C1CA 4CEQA 1KVCA 2Z1GA 4GVMA 4DTXA 2WONA 4F8RA 2WOMA 4CIGA 1NJYA 4FZYA 3CQ8A 1WLJA 1VSDA 4BWMA 4AHUA 4BACA 1BHLA 4KREA 1KSPA 3KK2A 2DTUA 4CEEA 3QINA 3HVRA 1D5AA 3CFRA 3VQ9A 1KVAA 1I3AA 4FJKA 3HVTA 3NF6A 1YT3A 3NH1A 3M8RA 3TWHA 1ZBLA 1UAXA 2E4LA 3VQDA 1LW2A 2DY4A 1QQCA 2YNIA 3DLRA 3OYMA 2BDPA 2NUBA 2HVHA 4PQUA 3TARA 5T7BA 1REVA 3PX0A 3LPUA 5KI6A 2PYLA 4OVLA 4C8LA 2FBYA 5I3UA 4DQPA 3D0PA 4Y1CA 2FC0A 3MEGA 4GW6A 4JS4A 4C8OA 3TAFA 1FKPA 2F8SA 1BGXT 1BCMA 3VQBA 3V1OA 5HRNA 4MFBA 1TV6A 3K5OA 1VSMA 3HP9A 3ASMA 4CCHA 2Q3SA 5I42A 1JLAA 1WSEA 3AVAA 3M8SA 3B6PA 4LSLA 3L8BA 1NK6A 3S3NA 1D9DA 5D3GA 4DF4A 4Z4CA 1LWFA 4KRFA 3OYFA 2HHQA 3ZSRA 3EZ5A 2G8VA 2Z1IA 3OYKA 2YKNA 1NJWA 4YNQA 3QNOA 1RBSA 5HP1A 3DOKA 3EY1A 1RT3A 2IC3A 3DRPA 4LSNA 1RDBA 1VSKA 5DK5A 4FXDA 3ZSQA 3CM6A 3OS2A 1TK8A 3HPGA 1CXQA 3HPOA 3SNNA 2OPPA 1TKXA 4CF0A 3VA0A 3ZSWA 3RMBA 4FJIA 3AO3A 3RRHA 5FRNA 1RTJA 4CEAA 1ITGA 3S3OA 4OLAA 4YFUA 4CJPA 1KLNA 3ITHA 3V9UA 4NYFA 4DTPA 1HQUA 1I39A 2BANA 4AH9A 3NGZA 1C6VA 1SUQA 4CJ4A 1CXUA 1B9DA 1NK5A 5CZ2A 3QETA 1JXEA 1VK0A 1SV5A 2E6LA 2E6MA 3DYAA 4B8AB 3L3VA 3SYZA 3T19A 3KK1A 4HCCA 3ZSXA 4IBNA 4Z4IA 2KQ2A 4CIFA 4DG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X5MA 1SKSA 2JPNA 5KGWA 3HO1A 1IH7A 2P9NA 1DT9A 1BIUA 1JJ2M 2V51B 2B4JA 5FPNA 4CHYA 5CE3A 4E7JA 2Z1JA 3HM8A 4KAZA 4DFMA 5GAHP 3AA3A 1EO1A 3VQEA 1BI4B 2EHGA 4OO1J 3K9JA 1HNZK 2IVNA 2F8TA 2B7MA 1CZBA 2VGMA 4EZ9A 4M3RA 3D45A 3NMUA 3NDKA 2O4IA 1RT1A 3V1RA 3O08A 3FZFA 4BE1A 4IFVA 3E9PA 2HHUA 1N6QA 4AKGA 2ZJQL 4CJ5A 4EP4A 4NCGA 5M1OA 1YHQN 4CBXA 4CGHA 3JAMO 5J2MA 4NLCA 3CJBA 4ISFA 4B1YB 5K14A 4J2AA 4U7BA 4PY5A 4CFCA 3UKRB 3DLHA 3P5JA 3J80O 5EY4A 4I6JB 1XVDE 1WAFA 3VA3A 3WNGA 4YORA 2P9UB 4RW6A 3U9ZA 3A2FA 4I9QA 1RILA 1HNIA 3OGLB 2QWQA 3EE9A 5HRPA 2X6SA 2BH1A 4ISEA 2JHCA 3SK3A 4DR3K 4M3WA 2AA4A 4MLEA 2ASMA 1CZ9A 4N47A 2E88A 4YY3K 1K8AO 4CFAA 3VEZA 5AQSA 4B1VA 1YJWN 2HNDA 4KTQA 3A8YA 4BC4A 3WNFA 4OPHA 4KHWA 4CBWA 4A2AA 4U67L 4CJ3A 3KZBA 4K43A 5EU7A 4CW7B 4OLBA 3QLHA 3VTIA 4CF2A 4ZHRA 3I0RA 4DTNA 3KTQA 2OYQA 3DWLA 4FJXA 3DXKA 1ZXOA 3L4QA 5E26A 4R5PA 3RRGA 3THYA 1CLQA 1RBRA 4DCHA 3U3YA 3SQ0A 3QDKA 3HGKE 4JI0K 4CJLA 1NK4A 1SQKA 2KKZA 4QAGA 3E1YA 1Q9XA 1Q82O 5AQKA 1HYVA 3CCUN 3F9MA 4B9VA 4L3QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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