4DTMA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp opposite an abasic site and ddg/dc as the penultimate base-pair
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 323
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtmA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtmA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtmA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtmA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtmA03
3L2RA 4M42A 4E7IA 4DTSA 4LSLA 3LP1A 4CEZA 4F3OA 3QO9A 3OYGA 5HRNA 5FRNA 3O3FA 1A5WA 4DSLA 2Y1JA 1NJYA 4HCCA 3P1GA 3VQ6A 3T1AA 1ASVA 5CZ1A 3V9XA 2A1SA 4FW2A 3L2WA 4HHTA 4AHCA 1JLQA 3KLFA 1U49A 5FRMA 4I2PA 3PV8A 2KZMA 3S9HA 2ETJA 3K2PA 1QSLA 1BHLA 5J2PA 3HM9A 4I9QA 3MAQA 2YNIA 2VWJA 4O44A 4NYFA 4DTPA 4B9TA 1RTJA 3IG1A 3QETA 4ICLA 3VQPA 3L2UA 1WAJA 2DY4A 1A5XA 4CIFA 1NOZA 4L8RB 4TSXA 4M3WA 2FBTA 3MECA 4CJEA 3TAFA 1BIZA 2XY7A 3BDPA 4Z4GA 1SUQA 1TKZA 3LZJA 2FBVA 1T7PA 4K8ZA 1TK8A 4DG1A 3ZSQA 3M8RA 3RMAA 1QQCA 4FZXC 1FK9A 2KW4A 5FROA 1HQUA 1EETA 5KI6A 1KSPA 3CFOA 4OKJA 1VSMA 3DLRA 2G8WA 1HMVA 4DTXA 5KGXA 3VQAA 3NF9A 1NOYA 1QTMA 1TKXA 4KAZA 4CEDA 1EP4A 2YNGA 4DU4A 2E6LA 1KFDA 1KLNA 4O0JA 1WNSA 3LWLA 4HCBA 4KPYA 2QKBA 2HNZA 4DTJA 1SKRA 1HYZA 1TGOA 3NF7A 1VSFA 3ZSVA 4XIUA 3QESA 2G8KA 4DLGA 1Q9YA 1RTIA 1I39A 2IOCA 3VQ8A 4Y1DA 1S5JA 3CM6A 4BWJA 4W5RA 3I8DA 3OY9A 2DFFA 5J2QA 3AVLA 3HYFA 2HB5A 4CGIA 4OGCA 4DQIA 1LV5A 4FLZA 3AA2A 4BWMA 1RTDA 3DRRA 3OYKA 3T3FA 1LW0A 1C6VA 2BE2A 1K6YA 4E89A 3U6FA 4QAGA 4CGFA 4KRFA 3AO1A 4JLHA 4AHUA 4CECA 3OYFA 3NGZA 5J2MA 1WSGA 3O3HA 1GOAA 4FCYA 1C1AA 1BCMA 3VQ7A 4CFCA 5SWMA 1JKHA 1JL2A 3TAEA 1ITGA 4KKOA 4BE0A 1ZBLA 3DLHA 2D0BA 4GW6A 4FJGA 4EP4A 4KB0A 2VWKA 1DTTA 3ZSOA 4DWIA 4WE1A 1VSLA 4RW8A 1U47A 3LPTA 4E7HA 2X6SA 3RMBA 4H4OA 3I0SA 4O5BA 4DMNA 3ZT1A 3CG7A 2HHUA 3ZSRA 4CE9A 4FLTA 1I3AA 4CJQA 3KD5E 4I2QA 4HUEA 3ZT3A 2D0AA 3AO3A 2PYJA 3CM5A 4CHPA 1WAFA 1WSIA 1IO2A 4K8XA 2KZZA 2X78A 5KTQA 2WONA 1XHZA 2W42A 1UAXA 1WLJA 3SQ1A 3SV4A 3HPHA 4DSJA 3V1RA 3AO5A 4FM2A 4J2BA 1F21A 3KK3A 3LWMA 4M3XA 1U04A 2KQ2A 3HPGA 5CYQA 1L3VA 3RRGA 3PX4A 3SYZA 3KIOA 4KHQA 3VQQA 4HUFA 4EZ6A 1JLEA 4M3RA 1J53A 3I0RA 4CF8A 4ZHRA 4DQQA 2XY5A 2P1JA 1CZ9A 1B92A 4Z4IA 3HL8A 1HRHA 4CJ5A 3SPZA 4B9LA 1JLFA 1FXXA 2OZSA 1BIUA 2Z1HA 4AH9A 3V4IA 4DSKA 1N6QA 4KHSA 3ALYA 3HSTB 5CY4A 3ZT4A 4IFVA 4E1NA 1MU2A 2KFNA 4KO0A 2YHBA 5HRRA 3ASMA 1J54A 4BE2A 4DFPA 1HNVA 2GBZA 3P83D 1X9WA 3MEGA 1RDDA 2RKIA 5CYMA 1T05A 1Q8IA 3D0PA 1VK0A 2O4GA 4FXDA 4PWDA 2HHWA 3OYJA 1X9MA 2PY5A 4OVLA 4FW1A 4CF9A 2YKMA 1S1VA 3DOLA 3O4NA 5K14A 4FJIA 4FJKA 3HJFA 4CK3A 5EU7A 4PUOA 1BGXT 2G8UA 3QEIA 3PX6A 1LWEA 3QINA 3RWUA 3L2VA 1TK5A 1CLQA 3SQ2A 3CQ8A 4DTOA 3OYDA 1U4BA 2FBYA 4B9MA 4QOZB 4OPJA 3NH2A 2XHBA 3KLHA 3OYNA 4CK2A 1ASUA 1G15A 2I5JA 1DLOA 1O1WA 1YTAA 4CGGA 3V9ZA 3RR7A 4FLWA 4BDYA 2HNDA 4ID5A 3OYIA 3EY1A 1NJWA 4Q0BA 3MEEA 3OYLA 4OKKA 3OYEA 1NKBA 4FZZA 3LDSA 3VQBA 5KRTA 1TAUA 3TAPA 1BL3A 3HP6A 2O4IA 4DTMA 4KHUA 3C6TA 3LANA 4KI6A 4Z4CA 2G8HA 4DS4A 1D9DA 2IDOA 1NJXA 3FFIA 4FJLA 1BQMA 1VRTA 3TAQA 1QS4A 1QSSA 1KRPA 4FJHA 4DSEA 2EX3A 4OJRA 4FJ5A 4C8LA 2Q3SA 3THVA 3ZSWA 3VA3A 1ZBIA 3PY8A 4IG3A 5C25A 4N5SA 1L5UA 1RT4A 2ITGA 3JSMA 4B9SA 1Z25A 1NK7A 1RT5A 1S1XA 4GVMA 3PO5A 2HW3A 3MXMA 1KVCA 4F4KA 4KHWA 1D8YA 1HYSA 3SQ0A 1EKEA 3NGIA 4E3SA 2DTUA 3OJSA 4OLAA 1XWLA 2IAJA 4CJSA 4FJMA 3AVHA 1Y97A 4CJUA 3NH1A 3HXMA 4KB1A 2HNYA 1RT7A 3SI6A 4DFMA 4DF4A 3KD1E 2VG6A 4N47A 3AO2A 3WNGA 1KVAA 2B4JA 1SKSA 3LZIA 1RBRA 3G0ZA 4RW6A 4BE1A 5HRPA 3O4QA 3SPYA 3DI6A 1RDCA 1IKVA 1YT3A 3A2FA 3AVCA 3AVMA 3VQCA 1YVUA 4CGDA 1XHXA 3SQ4A 3MXJA 4DS5A 2AJQA 1LW2A 5D3GA 1T8EA 1VSJA 3KKRA 3QLHA 5HBMA 3KLGA 4M3UA 3IAYA 2YNHA 4FJNA 1C1CA 4YNQA 4LSNA 4Z4HA 4B9VA 4PY5A 3DRPA 4M3YA 4MQ3A 1QSYA 2EHGA 4CJLA 2G8VA 4JRQA 2X74A 3H08A 3NGYA 3AA4A 3ZSYA 4RW9A 1W9HA 1X1PA 3TABA 1SV5A 1KLMA 1TL1A 1ASWA 4F2SA 4DTNA 3TR8A 3VQ5A 4I7FA 4CJ3A 4EP5A 4F3TA 4IDKA 3AV9A 3F9KA 3CYMA 4J2AA 4CEAA 3OS2A 3ULDA 3CFRA 1L3UA 3NCIA 4PA1A 1RTHA 3NBPA 3IRXA 1S1UA 1S6QA 3QEVA 4NCAA 1EXQA 3WNHA 3NAEA 1N5YA 1YTUA 2PZSA 3DMJA 2BGGA 3U3YA 4CF0A 3K5OA 5JS2A 2LSNA 3QIOA 2GV9A 3NDKA 1J5OA 3KK1A 2P5OA 3VQDA 3OJUA 4CEEA 3C6UA 2OPSA 5KRSA 3KJVA 4NCGA 4OKEA 4BDPA 4PQUA 2RPIA 1TL3A 4O55A 4RW4A 3DLEA 4KHNA 3HK2A 4W5TA 5J2NA 1X9SA 4FJJA 3AVFA 4KTQA 1UA0A 4KTZA 3L3VA 3NHGA 5I3UA 4FJ9A 1J9AA 2QK9A 3MXIA 4DF8A 4Z4FA 2XRIA 1R0AA 4CFDA 3OYAA 1B9FA 3P5JA 3U3GA 4R5PA 4CHNA 4Z4EA 3QEWA 4FK4A 1FKPA 4Y1CA 4CGJA 3PX0A 1KCFA 3SUNA 1S6PA 3HVRA 4J2DA 3M8SA 2ZD1A 4CJTA 3T19A 3K58A 1RILA 1UA1A 3AVBA 2YNFA 3NF6A 4B9NA 2HVHA 1A5VA 1RDBA 2XO7A 3SZ2A 2ZQBA 2D5RA 4AHRA 4AHSA 3NF8A 4I9LA 1JXEA 4DU3A 3KKSA 3L2QA 4CEOA 4B8AB 3QNNA 4E7LA 1S1WA 2WOMA 3LP3A 3L3UA 3DYAA 1IKXA 2HHQA 2G8FA 4E19A 4KTWA 3K5MA 3ISNC 4CHYA 1NK8A 4DQRA 4CK1A 3HPOA 4FLVA 1UOCA 3EYZA 4CF1A 4CEQA 1VSKA 3AA3A 3NE6A 1IKWA 2P5GA 2RF2A 3OVNA 1KVBA 5HROA 2D0CA 1NK4A 1RBUA 3DLGA 3V9WA 1TK0A 4E0DA 4HTUA 2KTQA 3QEPA 2B5JA 4IKFA 2HHTA 3PUFA 1UWBA 5I42A 4B08A 2G8IA 3QERA 1IH7A 4H4MA 4CFBA 1QE1A 3KLIA 5CZ2A 3V1OA 2OPRA 3VN5A 1RBSA 1L3TA 4KHYA 1TVRA 2RN2A 4LD0A 4CCHA 3EZ5A 3TI0A 1JLAA 4F2RA 3K5NA 1NK6A 4FZYA 1VSEA 4C8NA 4FM0A 4B3OA 1CZBA 4MFBA 5KGWA 4KREA 3TARA 4DSFA 2Z1IA 1NK9A 3TAGA 4CHQA 5JS1A 2OPPA 1HJRA 5HP1A 4CIGA 4JRPA 4FJ8A 1EX4A 2DFEA 4AHVA 3AVIA 3SUPA 2B6AA 4J2EA 1REVA 4W5QA 3ZCMA 4KI4A 1NKEA 1LAVA 1TKTA 4CJFA 4BACA 1RBVA 2ATQA 1KFSA 4CHOA 4F8RA 1IKYA 5C42A 4YFUA 4M3ZA 3QNOA 4CHZA 1NKCA 1C0UA 3ITHA 1WSHA 4UQGA 2GUIA 5J1EA 4NCBA 3V1QA 5HRSA 1RNHA 4FLXA 4NYNA 4CJ4A 4CESA 2R7YA 1KTQA 3F73A 1CXQA 4OGEA 4G1QA 2YHAA 4CEBA 3LALA 1GOCA 4O4GA 3WNFA 3C95A 3HP9A 5C24A 3ZT2A 2OA8A 5FDLA 2HMIA 4B9UA 4FLYA 4HUGA 1C0TA 3OS0A 3SNNA 3SUQA 2YKNA 1W0HA 3BGRA 1Z26A 3K57A 3S3OA 2F96A 2E4LA 2NUBA 5T7BA 3SCXA 4ID1A 4H8KA 4DTUA 2HHXA 4KFBA 2VG5A 2KFZA 1L3SA 4M3TA 2A1RA 3V6DA 3M8PA 3AVNA 4BDZA 1SL1A 4EZ9A 1RT2A 3AVGA 4C8OA 1ZBUA 1TAQA 1GOBA 4ZTFA 5E41A 1T03A 4ELTA 2HVIA 3RTVA 1NK0A 4Z0UA 2Z1GA 4OLBA 1VRUA 2OZMA 1Q9XA 3SV3A 4C8MA 4CJKA 1WSEA 4FM1A 3DOKA 4IFYA 2JGUA 3CFPA 4RW7A 3S3NA 1RT6A 4M41A 4HVJA 4FK2A 1RDAA 4FVMA 4N76A 3OYBA 1NK5A 4E1MA 1NJZA 1RBTA 3AVKA 3K5LA 2Y1IA 2HHSA 4W5NA 4IG0A 4FJ7A 2IC3A 3DM2A 4LH5A 4CEFA 1FKOA 1ZBFA 4IBNA 3TAMA 1ZBHA 3S3MA 1BISA 3ZSXA 3HO1A 4CIEA 4CJWA 3JYTA 1U48A 4N41A 3RRHA 3G10A 3ZSZA 1LWFA 1SL0A 2F8SA 4CGHA 1XC9A 3K59A 5SZTA 2X6NA 4JS4A 4DLEA 3DLKA 4AHTA 2YV0X 3VA0A 3M8QA 1TKDA 1C0MA 4RG8A 1WSJA 5DMRA 1HNIA 4GMJB 3DLBA 3TWHA 1BCOA 2FBXA 5DK5A 2OYQA 1JLBA 3SUOA 3AA5X 4FK0A 3RMCA 1C1BA 1S1TA 4FLUA 4CERA 2VG7A 3KK2A 4E7JA 4DQPA 3O3GA 3NH0A 4CJRA 2QKKA 3MEDA 4LY7A 1JL1A 4B8CA 4DU1A 3LP2A 3AVAA 1SL2A 1HYVA 3V81A 1LAWA 4CJVA 4LH4A 1HPZA 4Q5VA 3WNEA 4E7KA 3QEXA 1RT3A 2BANA 3OYHA 1JXBA 3QIPA 3HVTA 3E01A 1SKWA 2F8TA 1CXUA 3D45A 2XY6A 3TANA 4DFJA 1WSFA 4ZTJA 4FYDA 2HHVA 1D9FA 3PO4A 1ZYQA 1TV6A 1HQEA 1BQNA 1JLCA 4FJXA 4CFAA 4OPKA 1IG9A 1BI4B 1VSIA 1JLGA 1RCHA 2E6MA 1QHTA 3B6OA 2P51A 4DFKA 5HLFA 3IS9A 3LAKA 2PYLA 2IGIA 3V9SA 3RR8A 3V9UA 4QCLA 2BDPA 3UIQA 3L8BA 3B6PA 4ELUA 2DFHA 1RT1A 2OPQA 1U45A 4CJPA 2FC0A 3OYCA 3SJJA 4ELVA 4DSIA 2ZE2A 4DTRA 3RMDA 3VQ9A 4N56A 2QXFA 4KV8A 3LAMA 3LPUA 4C8KA 1VSDA 1B9DA 1S9EA 1VSHA 3OS1A 3HT3A 2JLEA 4AILC 3AVJA 2Z1JA 1BI4A 3AO4A 4W5OA 3VQEA 1DTQA 2IS3A 4JS5A 4M45A 3LP0A 3VQ4A 1XI1A 3KTQA 3DRSA 3KLEA 1D5AA 4DQSA 4CF2A 1LWCA 3ZT0A 3OYMA 1WN7A 3NFAA 3C94A 2XY8A 1S9GA 4O0IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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