3QESA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dgtp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Structural Basis for Differential Insertion Kinetics of dNMPs Opposite a Difluorotoluene Nucleotide Residue.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 322
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qesA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qesA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qesA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qesA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qesA03
3HPGA 3V4IA 3PO4A 3PY8A 3RMCA 1HRHA 3A2FA 4J2EA 4OKKA 4Z0UA 3QNOA 2HHWA 4W5NA 2G8KA 2IGIA 2KTQA 5J2MA 4DS5A 4DQSA 3U3YA 1X1PA 1C0MA 4CJRA 4DQIA 3M8QA 3MEDA 2XRIA 3LAMA 1RDDA 4C8LA 4CJPA 2OPSA 4K8XA 5CYQA 1TGOA 2G8FA 4E3SA 1K6YA 2BANA 3AO1A 4BDZA 5I3UA 4CCHA 1JLGA 3QIOA 1IO2A 1Z26A 3HPOA 1C1BA 4OGEA 3L3UA 4OJRA 3NGZA 1SL2A 1HJRA 5K14A 1J5OA 1QHTA 3SUQA 1S1UA 4E7LA 3AVHA 3IG1A 3K57A 4DQQA 1NK9A 3O3GA 4ELUA 1HYVA 1D8YA 3VQBA 5HROA 1HQEA 1EX4A 1YT3A 3NGYA 4FLXA 3V1OA 3ZT0A 4I9LA 3QERA 2YV0X 4FJMA 4FJKA 3KLIA 1FK9A 4J2BA 1LWEA 3LP3A 3ZT4A 3EZ5A 5I42A 3PX0A 2WOMA 1RBTA 3K5LA 1VSIA 1KFDA 1B9DA 4NCBA 4W5OA 1VSJA 1VSEA 1S5JA 1VSMA 3QEXA 3V1RA 5KRTA 1DLOA 4RW4A 1TAUA 4KREA 1LWFA 3NH2A 1C6VA 1DTTA 2YNGA 1CXUA 4DFPA 1NJXA 3O4QA 3ZSWA 3ZT1A 4CF8A 1UOCA 1KVBA 1CLQA 5HRPA 1NOZA 1T05A 1QSSA 3NF6A 3K59A 2E6LA 1L3SA 1TV6A 4BDYA 3LANA 4BE0A 4AHCA 2DFFA 3SQ1A 1Y97A 4FZYA 4CGJA 3L2QA 4CIFA 1TL3A 1BIZA 4PA1A 3VQPA 4E7HA 3CFOA 1LAWA 2JLEA 2VG6A 4G1QA 2OA8A 5FRNA 3SUPA 2O4GA 2HHUA 4AHRA 1NJWA 3OS1A 1IKXA 4RW6A 4I2PA 4CF0A 4CJLA 3RWUA 4F2RA 4CGHA 1TKXA 3OYCA 1GOBA 1ZBFA 2PYLA 2FC0A 3AVIA 1RBRA 3T19A 4DF4A 1REVA 3HVTA 3SUOA 1O1WA 4E1MA 3WNFA 2RKIA 3CM5A 3AA4A 4IG3A 4CJFA 4CJQA 4GMJB 1RCHA 4J2DA 3VQ6A 2Y1JA 4CK3A 4FJ5A 1XI1A 3VQDA 3TAQA 2BGGA 2ZD1A 1HMVA 3F9KA 4DTOA 3LP0A 4Z4CA 3SPZA 1VSKA 2KQ2A 5E41A 3AVMA 4DFMA 2G8UA 1JKHA 2PZSA 1RT1A 3P83D 4M41A 4M3WA 2YHAA 4BACA 3SV4A 1QSLA 2B6AA 3OYHA 2PYJA 3JYTA 4E19A 4KKOA 1C0TA 4ELVA 3K5NA 1DTQA 3K5MA 2VG5A 3AVAA 2EHGA 3NAEA 4AHTA 4LY7A 3L2VA 3OYAA 3AVBA 5JS2A 4CEBA 3M8SA 1NK4A 3M8PA 1N5YA 1EP4A 1KCFA 4CF9A 1RDCA 4OGCA 3LALA 4CEQA 2VWKA 4W5QA 4BWMA 4AILC 3TWHA 1TK0A 4FM0A 3RRGA 2HHXA 2HVIA 1VSHA 2FBTA 3QETA 2DTUA 4DU3A 1RTJA 3U6FA 3RMBA 4DTUA 1ZBUA 3HXMA 1JL2A 5FROA 1RT2A 2KZZA 4KRFA 2Q3SA 4FM1A 1C1CA 2GV9A 2P5GA 3AVNA 2F8SA 2IDOA 3SNNA 1LV5A 3MEEA 4HCCA 1T7PA 1VK0A 2I5JA 3V9ZA 3IAYA 1KTQA 4HUFA 2NUBA 1SKWA 2P1JA 1NKEA 2W42A 2ZE2A 1SKRA 3RMAA 4XIUA 4KB0A 3AVCA 3SV3A 2GBZA 2Z1IA 4BWJA 4ID1A 3L2RA 2D0AA 4E89A 5JS1A 4PWDA 3RR7A 1RDBA 4DS4A 3NHGA 1LAVA 1YVUA 2RPIA 4M42A 1VSDA 4F8RA 1JLQA 3PO5A 3I0RA 4LH5A 4O44A 5CY4A 4CJ3A 4DTSA 4CGIA 4FJXA 3B6OA 4IDKA 4N5SA 3HP6A 2B5JA 3G0ZA 4LSNA 3T1AA 4UQGA 2XY6A 3HSTB 1TKTA 4E1NA 4H4OA 4RW9A 4OLAA 3SYZA 3ISNC 3ASMA 3TR8A 3MXIA 2JGUA 4CF1A 3OYGA 5FDLA 1TVRA 1L3VA 1EKEA 5HRRA 4RW7A 3LP1A 4R5PA 3KD1E 1KVAA 1W0HA 1XHZA 2YNIA 3DLRA 2X6SA 1G15A 4DTPA 3QEVA 3UIQA 3S3MA 4NYFA 1ZYQA 4CJWA 4E7IA 3OVNA 4DF8A 1KVCA 4HUGA 4DSLA 3ITHA 4FJ8A 4CFBA 3AO2A 1U45A 4DTJA 1FKPA 2VWJA 1VRTA 4IKFA 1D9FA 1S6QA 1BGXT 4DSEA 4LSLA 3NFAA 3ZSOA 4FXDA 2HMIA 1CZBA 3ZCMA 4CEAA 1RT3A 1IH7A 3V81A 1SL0A 3E01A 1WAJA 1X9WA 4Z4EA 3LDSA 4FVMA 3AA5X 3NH1A 3S3NA 3HM9A 4DLEA 2HHTA 4LH4A 4FJ9A 5HRNA 2OYQA 4FJGA 3PX6A 3NF9A 1J9AA 3F73A 4KFBA 3K5OA 3CFRA 1Q9XA 4F2SA 1RNHA 1WSIA 2OZMA 1QTMA 4FJJA 1BI4B 2RF2A 4J2AA 2ITGA 2QXFA 4CEFA 3OS0A 4O0IA 4FLTA 4PQUA 4M3YA 3DOLA 1UA0A 3VQQA 4EZ9A 1Q9YA 1IG9A 4QCLA 3EY1A 4C8MA 4JS4A 4E7JA 3H08A 3WNEA 3L2UA 2R7YA 3LPUA 3TABA 4DTXA 3TAEA 3OYJA 4Y1CA 4B9SA 3KKRA 3G10A 3HYFA 3PV8A 3QEIA 3K2PA 5KI6A 1NKBA 2AJQA 3ZT2A 3MXMA 3KKSA 4MFBA 1WSJA 1U47A 3SQ0A 4CIEA 3T3FA 1NJYA 1KLNA 2G8HA 4DG1A 4N76A 1U48A 2HNYA 3VA3A 5HBMA 1B92A 1U04A 4O55A 3V6DA 1I39A 1T8EA 1EXQA 2YHBA 3NE6A 1WSGA 1A5XA 5KRSA 2EX3A 3OY9A 4DFJA 3TI0A 3CG7A 3MXJA 4DSJA 3VQ4A 3SQ4A 3VQCA 1BQNA 4CJTA 2ATQA 3MAQA 2OPQA 3AVFA 3D0PA 4CJVA 4Z4FA 4KI6A 4GVMA 3RMDA 1S1XA 1TAQA 4YNQA 2BDPA 2F8TA 5J2PA 3SUNA 5DMRA 1RBVA 3L8BA 4KTZA 4DQRA 1U49A 4E7KA 4B9UA 3QESA 2FBYA 4JS5A 2F96A 3SJJA 3LWMA 3P5JA 5C24A 3HJFA 1HPZA 4N47A 1RT4A 3K58A 1NJZA 4DLGA 1JLCA 1YTUA 1VRUA 4DSKA 3M8RA 4CHQA 3ULDA 1S1TA 1J53A 2OPPA 2YNFA 1S9EA 1Z25A 4LD0A 5J1EA 4CHPA 3BGRA 3KLHA 3TAFA 2HB5A 3CM6A 1D5AA 1NK0A 1J54A 2IC3A 3DLGA 4B9LA 4F3TA 1KLMA 4ICLA 4FJLA 4QOZB 1T03A 1ASVA 3LZJA 1TK5A 3L3VA 4C8OA 3OYMA 4O0JA 1WNSA 4Z4GA 2HHQA 5HLFA 4FLYA 3OYKA 1TKZA 3HP9A 1BCMA 3LZIA 1ZBLA 2GUIA 4KAZA 4FZZA 5KGWA 1LW0A 3QIPA 3U3GA 3KLGA 3D45A 1B9FA 2HHVA 3SI6A 1VSLA 3OYEA 3AVGA 4KHSA 3LWLA 4Z4HA 4HHTA 3KLEA 1U4BA 1RT5A 3NF7A 3OYBA 4AHUA 4E0DA 1C0UA 4OKEA 4K8ZA 3LAKA 3DOKA 5C25A 4H4MA 1SUQA 1ZBIA 4M3UA 3O4NA 4F4KA 1JXEA 5KTQA 2IS3A 3C95A 4BE1A 1RDAA 3AO3A 4B9MA 1WLJA 4DWIA 3IS9A 1XHXA 4CK2A 5J2NA 2A1RA 4CFAA 1XC9A 3DLBA 4CGGA 1ASWA 4FYDA 2B4JA 4CHNA 2KZMA 4FJIA 4FW2A 4AHVA 4FLWA 4O5BA 2XY8A 4AH9A 3HVRA 1KSPA 1NKCA 4NCGA 3KK1A 5EU7A 3TAGA 4FK2A 3OYLA 2RN2A 1JLFA 2YKNA 1BIUA 4HUEA 3V9XA 2G8IA 1BQMA 1EETA 3V1QA 1XWLA 4HTUA 3OS2A 4B9TA 2OPRA 3P1GA 1IKVA 1BCOA 4JLHA 3HPHA 4KV8A 1W9HA 2ZQBA 3DRRA 3SPYA 5CZ2A 1SL1A 1FKOA 4FLVA 1X9MA 3CFPA 3O3HA 3KIOA 4CEZA 2HVHA 1RTDA 3DRPA 4KB1A 3DI6A 3QINA 2KFNA 4KHUA 1CZ9A 3SZ2A 1QSYA 3OYIA 4IFVA 1RTHA 3NBPA 4DQPA 3VQ9A 4ZTJA 1ITGA 2DY4A 4KTQA 3NF8A 2D5RA 2ETJA 2LSNA 1HQUA 4CFDA 5FRMA 4IFYA 4ZTFA 1HNVA 1X9SA 4CE9A 4FK4A 3HO1A 4CJ4A 3I8DA 1RT7A 3ZT3A 4EP5A 4JRQA 4M45A 3DLHA 3VQEA 3ZSYA 4RG8A 4Y1DA 1NK7A 2QK9A 2P5OA 3VQ8A 3WNHA 2QKKA 4PUOA 3IRXA 3AA2A 1BL3A 3I0SA 4Q5VA 4KI4A 1VSFA 4YFUA 3AO5A 4FZXC 2KW4A 1GOCA 2A1SA 4CJEA 5D3GA 4KHYA 4H8KA 2P51A 4DTNA 1QE1A 1JL1A 3NDKA 2XY7A 4ID5A 4PY5A 2D0CA 4KTWA 4FCYA 5HRSA 4FJHA 2XHBA 5J2QA 3TAMA 3HT3A 4CHZA 4TSXA 5SWMA 2IOCA 3NH0A 4N41A 3SCXA 1NOYA 2XO7A 4CJUA 1NK6A 4DTMA 4B08A 4CESA 3C6UA 4BE2A 1IKYA 1TL1A 4CF2A 3TANA 1L3UA 3OYNA 4F3OA 4KPYA 1S6PA 1IKWA 3RRHA 2XY5A 4CHYA 4KHQA 1UA1A 3DLKA 3DYAA 2HHSA 4KHNA 4FJNA 3LP2A 3VA0A 1R0AA 1NK5A 3QLHA 3O3FA 1TK8A 4I2QA 3L2WA 4W5RA 4CEDA 3KTQA 3PX4A 1WN7A 4MQ3A 3MECA 3DMJA 3KLFA 4DMNA 4DU4A 2Y1IA 1BI4A 4I7FA 3QNNA 1KRPA 4ZHRA 3DLEA 1A5WA 4CEOA 1QS4A 4QAGA 3OYFA 4NYNA 3TAPA 2E4LA 4FLUA 1Q8IA 4HVJA 4M3TA 3BDPA 1JXBA 1F21A 4CJKA 4EZ6A 2FBXA 2DFEA 4KO0A 4HCBA 4EP4A 1RTIA 4CEEA 3PUFA 2WONA 4M3XA 4IG0A 1WSEA 3MEGA 4O4GA 5SZTA 4CGFA 1S1VA 3ZSXA 3RR8A 3SQ2A 4CJSA 1JLEA 4FJ7A 3ZSVA 5HP1A 4FM2A 1HNIA 1LWCA 3VN5A 1MU2A 2G8VA 3LPTA 4C8KA 4FW1A 4N56A 1GOAA 4DTRA 3ZSZA 3B6PA 1S1WA 4OPJA 1WSHA 4DFKA 4B9NA 4FK0A 5DK5A 5T7BA 3QEPA 2QKBA 4DU1A 3AVJA 5KGXA 3AA3A 3AVLA 3ZSRA 1WSFA 1TKDA 4KHWA 3HL8A 3V9UA 4B3OA 2X6NA 1D9DA 2BE2A 4Z4IA 4OKJA 4Q0BA 1RBUA 3JSMA 1QQCA 4DSFA 2D0BA 1KFSA 4FLZA 1CXQA 2HNZA 2IAJA 3AVKA 2FBVA 3ZSQA 4I9QA 3VQAA 4M3ZA 1ASUA 1BISA 2VG7A 4RW8A 3RTVA 2HW3A 1A5VA 4GW6A 1HYZA 3KK2A 2O4IA 2KFZA 2X78A 1NK8A 4C8NA 4CHOA 4CK1A 4BDPA 1JLAA 3DRSA 4NCAA 4W5TA 4CJ5A 3CQ8A 3EYZA 1RILA 2Z1HA 1LW2A 4CIGA 3OYDA 4JRPA 1ZBHA 1UWBA 3AV9A 1SKSA 3KD5E 3V9SA 3QEWA 1L5UA 1C1AA 1WAFA 1I3AA 1JLBA 2DFHA 3OJUA 2PY5A 4M3RA 5CZ1A 4OLBA 3THVA 4WE1A 3S3OA 1RBSA 3TARA 4L8RB 4IBNA 2E6MA 4OVLA 3FFIA 4CECA 1L3TA 1BHLA 2X74A 3DM2A 3WNGA 3OJSA 3V9WA 2YNHA 4AHSA 1N6QA 2Z1GA 3CYMA 3AO4A 5C42A 2OZSA 1HYSA 4B9VA 3C94A 2Z1JA 4B8CA 3KJVA 1YTAA 2G8WA 2HNDA 4OPKA 4ELTA 3QO9A 4CERA 5CYMA 4DSIA 3VQ5A 4B8AB 1S9GA 4CGDA 3HK2A 3S9HA 3NGIA 3C6TA 4CFCA 3VQ7A 3NCIA 1RT6A 2YKMA 3KK3A 1FXXA 3ALYA 1SV5A 1UAXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4HUFA 2NUBA 1NKEA 2ZE2A 2JHAA 4XIUA 1ATNA 4BWJA 4PHTX 2YB5A 3RR7A 2RPIA 3QFUA 3THWB 4LH5A 5BN9A 3T1AA 2XY6A 4E1NA 1TKTA 4IOCL 3SYZA 3MXIA 2JGUA 3OYGA 1L3VA 1WUAA 3BUZB 3QFPA 3LD8A 4DR1K 1XHZA 2YNIA 4BRHA 3OHRA 4DTPA 3ULEB 1R59O 2GWJA 4HUGA 4DSLA 4FJ8A 4V19S 4DTJA 3O4WA 2VWJA 4IKFA 4CZMA 4GKKK 1S6QA 3ZSOA 2UUAK 3M1FA 1WB9A 1RT3A 2V51B 3FR0A 1E4GT 3E01A 1X9WA 4Z4EA 1RFQA 4FVMA 2RKHA 1KAYA 3NH1A 5BPLA 2HHTA 4FJ9A 4A2AA 3CFRA 1FZ9E 1RNHA 4ISFA 2RF2A 4FOIA 4ICGC 1YXQA 2OVPB 5BREA 4PQUA 1O13A 2FLOA 4FWQA 3VQQA 3U9ZA 1XMFE 3CJAA 4C8MA 4PKHA 3CD6N 3TABA 2A41A 4B9SA 2YHXA 3KKRA 3G10A 3HYFA 3K2PA 1NKBA 3B8AX 2AJQA 4DV7K 1T44A 5HBMA 1NGGA 4DHYA 1T6CA 2YHBA 4DR5K 1WSGA 3O08A 1A5XA 3TI0A 3CERA 3MXJA 3VQ4A 2ATQA 2OPQA 3ID8A 4NLBA 4KI6A 3RMDA 5TKYA 1TAQA 2PAVA 4YNQA 2F8TA 3IFRA 4HWIA 4GY2B 1JCFA 2FBYA 3HJFA 1HPZA 4MO4A 4JV5K 2O8BB 1J53A 3KWGA 1Z25A 5J1EA 3BGRA 3FZMA 2P1PB 2IC3A 4F3TA 1T03A 3L3VA 3DAWA 4FVUA 1WNSA 5GADP 3HP9A 3LZIA 1EWQA 5KGWA 3QIPA 2HHVA 3SI6A 1BOTO 4HHTA 4K43A 4F9OA 2ZM6K 4DKWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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