3QESA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dgtp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Basis for Differential Insertion Kinetics of dNMPs Opposite a Difluorotoluene Nucleotide Residue.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 322
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qesA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qesA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qesA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qesA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qesA03
3OYIA 4FJHA 2ATQA 4DMNA 4ICLA 4N47A 4FZXC 1KFSA 3VQDA 4N41A 5CZ2A 4W5QA 4CJTA 4FW2A 2YNHA 3TARA 4FLTA 5HP1A 4GMJB 3UIQA 3KK1A 2QK9A 3QEWA 2OZSA 3NH2A 3QESA 5HROA 1JXBA 4KHUA 1Q8IA 1CLQA 3TWHA 4FJLA 2IC3A 4RW8A 4KO0A 5CYQA 3VQEA 1WSIA 1XI1A 1DLOA 4FVMA 4Z0UA 4H4MA 4FK4A 4NYFA 3HPOA 4F3TA 1SKRA 3SPYA 4OLAA 3O3HA 4KI4A 2F8SA 1LW0A 3AVIA 3VQ7A 3ITHA 1RTDA 3HYFA 4MQ3A 4CJSA 4CJ4A 4FJJA 3F73A 4FJNA 1GOBA 3O4NA 2YHBA 3VQ9A 2Z1GA 1BCMA 1VRUA 3M8QA 4CF8A 4CJEA 5C25A 1HPZA 2HMIA 3QNOA 3MXJA 1D8YA 3SQ4A 2PYLA 4FJKA 5J2QA 3VQBA 3AV9A 1GOCA 3T19A 4N5SA 3QEXA 5FROA 3QERA 4MFBA 4E0DA 4OLBA 2KZMA 1FK9A 1WAJA 3KKRA 1IKWA 4Z4EA 4HCCA 1NJXA 1VSLA 4KHNA 3C6UA 4O5BA 1S6QA 3LANA 4C8MA 3VN5A 2F8TA 3QO9A 1T05A 1NKBA 2HHTA 3HPHA 3MEGA 1WLJA 3OS0A 2FC0A 1RT7A 4F8RA 4FM1A 2XRIA 3K5OA 5C24A 3B6PA 1U04A 5HRRA 1BI4B 4PY5A 4L8RB 3DLGA 3T1AA 3VQPA 3OYDA 2Y1IA 4CGDA 3AVGA 1X9WA 2Q3SA 3HO1A 2HHXA 4IG3A 4EP5A 4LH5A 3FFIA 4ZHRA 1KSPA 4BDPA 1QSSA 3DLBA 2ZQBA 1L3UA 4AHUA 1KVAA 4FJ7A 2X74A 1NK4A 4LH4A 1BHLA 4FW1A 3IAYA 3OYCA 1UA0A 3PO5A 2X78A 3CFRA 4Y1CA 4J2DA 4FLYA 1RBUA 2RKIA 4H8KA 4E89A 4DSKA 4CHOA 4DQSA 4OGEA 1U45A 3AO5A 3EZ5A 5KI6A 4KB0A 2JLEA 3G10A 3K2PA 3PUFA 1CZBA 4OVLA 3VQQA 4CJKA 3LWLA 3TAQA 3TI0A 1QTMA 1EETA 1J53A 5J2PA 3S3NA 4ZTJA 3KTQA 1TL3A 4JS5A 4GW6A 1J9AA 4BDZA 4KHWA 5HBMA 4M3XA 2DFHA 3SV4A 3NBPA 2YHAA 4CEAA 5FDLA 1UOCA 4CEBA 4KTZA 1T03A 4FLZA 1B92A 1BI4A 4B9UA 3SUQA 1Z26A 3H08A 1I3AA 1L3TA 5C42A 3V9WA 3NGIA 4QAGA 3KLGA 2A1RA 4F3OA 4CGIA 1F21A 3D0PA 4NCBA 2DFFA 5HRNA 4CFAA 2B5JA 3RMDA 1BIZA 2P1JA 1WNSA 3LAMA 4LSNA 5SWMA 4JRQA 1TKZA 1HYVA 4K8XA 2DTUA 1LAVA 2XY7A 3OYBA 4W5TA 1YTAA 2QKKA 5FRNA 2WOMA 4I2PA 4H4OA 3K5LA 4IG0A 4M45A 1NOZA 4E1NA 4HHTA 1VSJA 1WSHA 4OPJA 1NK0A 1IKVA 2VG6A 3OS2A 1JLAA 4B9SA 3ZT1A 4FM2A 4DFJA 4HUFA 4E7IA 3LWMA 1IG9A 2OPRA 1TAQA 4CIFA 2QXFA 5T7BA 1C1AA 1KCFA 3SYZA 3DLRA 2HNDA 4OJRA 3AVFA 3C6TA 4CEFA 1BQNA 3OYKA 3MXIA 2HHQA 5JS1A 3VA3A 3DOKA 1HQEA 4F4KA 3OJUA 1VSHA 1XHXA 1HNIA 1N5YA 4N56A 3HJFA 1S1XA 2PZSA 4DU1A 3KD5E 1HMVA 2B4JA 3LAKA 3K58A 4HUGA 4E7HA 4KKOA 2XHBA 4RW4A 1L3VA 1RDCA 1VSEA 1Q9YA 3THVA 3PY8A 1X9SA 4E7JA 1UAXA 4M41A 2KFZA 3ZSOA 2R7YA 1SL1A 3AO2A 3RMAA 3K5MA 3ZSYA 4CIEA 2FBVA 2GBZA 4KAZA 3V4IA 1WSGA 1U49A 4DTNA 3NDKA 2KQ2A 4DLGA 4CFCA 1VRTA 2XY5A 2PYJA 2OZMA 3ZSZA 2G8IA 3WNHA 4KV8A 1SUQA 3DLEA 1DTTA 3DMJA 3V1RA 3MECA 4DSIA 3DLHA 3DRSA 3P1GA 3I0SA 3QIOA 1LW2A 5I3UA 4FK0A 2YV0X 2JGUA 3TAGA 5HRPA 3SUPA 1YVUA 3LPTA 1VSMA 1ZYQA 3SCXA 3EYZA 4ID1A 3KK2A 1ZBHA 1W9HA 3LZJA 3NAEA 4KI6A 1KLMA 4Q0BA 2KZZA 4AH9A 5CYMA 5J2MA 5KTQA 5CZ1A 5KGXA 4FJMA 1R0AA 3PO4A 4M3YA 4FJIA 3ZT4A 4C8KA 3C95A 2F96A 4AHTA 3T3FA 1ITGA 4GVMA 3P83D 1I39A 4CF0A 4BE0A 3DOLA 1A5WA 4CJVA 4Z4FA 4G1QA 1IKYA 4AHVA 5KRSA 2X6SA 4RW7A 3KIOA 2FBYA 1X1PA 3KD1E 2X6NA 2FBXA 3SPZA 4IDKA 1S5JA 4C8LA 3VQ5A 4CE9A 2DY4A 1IKXA 2BDPA 1TAUA 1NJYA 4NCGA 2LSNA 3OYGA 4DQPA 4FXDA 1SL2A 2XY8A 1KVBA 1TKXA 4CF2A 1HRHA 4O4GA 5J1EA 3NF9A 1J54A 1WSEA 1XC9A 3M8RA 4Z4GA 3SUOA 3PX4A 4W5NA 3DRPA 1Y97A 4CF9A 4QCLA 2PY5A 4FCYA 4E3SA 4I2QA 3QINA 1K6YA 4FLWA 4IFVA 2BE2A 3AA5X 3IS9A 3LP0A 3U3GA 4CEEA 4DU3A 4DFPA 1Z25A 4RW9A 4OPKA 1C0MA 3ZSVA 3KKSA 4IFYA 4M3RA 3SJJA 2EHGA 1RT4A 4CGJA 4DTPA 1WAFA 3AVNA 4DU4A 4FJ9A 3O3FA 2XO7A 4E7LA 1UA1A 4CK1A 3L2RA 1SL0A 3RRGA 4B9VA 2Z1HA 1JL1A 2E4LA 3LP3A 4JS4A 1JLQA 1VSFA 3V1QA 3QETA 1SKSA 1HJRA 3HVTA 1MU2A 1L3SA 4KHSA 3OYMA 2KFNA 3LZIA 3CG7A 3DYAA 2AJQA 3SQ1A 1XHZA 3NF7A 4DTOA 3LP2A 4LY7A 5JS2A 4CHYA 4CCHA 1A5XA 5HRSA 4KREA 3TAMA 4FZZA 2KW4A 3EY1A 3OYFA 2Y1JA 2YNFA 4M3UA 1HNVA 4RG8A 2XY6A 1T7PA 3WNFA 3VQCA 1RBRA 4WE1A 3HM9A 5I42A 2G8UA 1QS4A 3JSMA 4FLXA 1RILA 3PX6A 4DSJA 1HYSA 4KPYA 1X9MA 3NFAA 2OPSA 4DS4A 3E01A 4LSLA 1NKCA 3AO1A 3CFOA 4CHNA 1L5UA 2A1SA 2IAJA 3CM5A 3DLKA 4Z4HA 4W5OA 3L8BA 3KLFA 4DQRA 4CJPA 1J5OA 2IDOA 3ZT3A 4B08A 3AA2A 3G0ZA 2O4GA 2VG5A 3S3OA 3OYLA 4FYDA 4DWIA 1JLCA 4ELTA 1JLBA 4B9LA 3M8SA 2G8KA 3P5JA 4PWDA 3MXMA 1LWCA 4DG1A 1NKEA 3OJSA 1IH7A 3ZT0A 1S9GA 4E1MA 2HW3A 3AVJA 4R5PA 1D9FA 4Y1DA 4ELVA 4DTSA 2P5GA 1JXEA 4CHQA 3NGZA 3D45A 2ZD1A 3O3GA 1JLGA 1S9EA 1RTHA 1WN7A 5E41A 2OYQA 1S1TA 1TL1A 3OY9A 3S3MA 4Z4CA 3RWUA 2QKBA 1LWEA 3V9ZA 3TANA 3HL8A 3AVKA 1RBTA 4FJGA 4O55A 3OS1A 1BCOA 1XWLA 4FJ5A 3S9HA 4AILC 4BDYA 4C8OA 2ZE2A 3NE6A 4I9LA 1VSKA 2YNGA 1CXQA 1ASVA 4CEOA 4DSLA 2KTQA 2RPIA 5KGWA 1WSJA 4AHSA 4B8CA 4CK3A 3JYTA 4HCBA 3VQ4A 4HTUA 1NK5A 1G15A 3MAQA 3NH0A 4CJWA 1JL2A 3IG1A 3OYNA 2B6AA 3QEVA 4M3WA 3AVLA 2OPPA 4F2SA 1ASUA 1B9FA 4DQQA 4N76A 3MEEA 4DF8A 1VSDA 4CJLA 3QEPA 1BISA 1C0TA 2HNZA 3M8PA 1S6PA 4UQGA 2OPQA 1EKEA 3OYAA 4PA1A 4FJ8A 3KLIA 4CESA 3V9SA 2YKNA 1TKDA 3KLEA 1C1BA 3SQ0A 1FXXA 1U4BA 4B9TA 4XIUA 2WONA 4DTRA 2EX3A 2RN2A 4HVJA 1ASWA 4IBNA 4BE1A 1NK7A 4CFBA 5EU7A 2Z1JA 2ITGA 4YNQA 1FKOA 1HQUA 2D0CA 3CQ8A 4CJRA 4ID5A 1QQCA 4NYNA 4O0IA 4KTQA 4CJ5A 4Q5VA 3TAFA 3NF6A 3RMBA 3U3YA 3CFPA 1KRPA 3V9XA 2HNYA 3OYHA 4DTXA 1NJZA 3SZ2A 4OKJA 2HHVA 4DTUA 3L3UA 3IRXA 3LPUA 3RRHA 3VQ6A 3TAPA 1SKWA 2G8FA 2ETJA 1RTJA 3V81A 4KFBA 4LD0A 3V1OA 1FKPA 3AVMA 4CERA 4Z4IA 1RDAA 4KHQA 3HK2A 4CGFA 2IS3A 5HLFA 1C6VA 3ULDA 1WSFA 2RF2A 3NF8A 4BE2A 3ISNC 5SZTA 1YTUA 1CXUA 1D5AA 3QLHA 3ZT2A 4CF1A 3RR7A 3AVCA 1RDBA 2HHWA 4E7KA 4CJ3A 1RCHA 3NH1A 1NK9A 1BQMA 1JLFA 4JLHA 4M3ZA 5CY4A 1RT5A 1CZ9A 4EP4A 4W5RA 1KLNA 4PUOA 4E19A 1KVCA 4KTWA 1LAWA 4CEQA 3F9KA 4KB1A 3SQ2A 4CJFA 4I9QA 3HP6A 2P51A 3ALYA 4EZ6A 2YNIA 3LP1A 4OGCA 1TK5A 1QSYA 4PQUA 2HHUA 4DTMA 1RTIA 4B8AB 3L2UA 4YFUA 1YT3A 1EX4A 4FK2A 2GUIA 4CGHA 4CK2A 3HSTB 3ZSXA 3ZCMA 4IKFA 1JLEA 3RTVA 4F2RA 4O44A 2D0AA 3C94A 1RBSA 3RMCA 4ELUA 2GV9A 4M3TA 3HXMA 4KRFA 3SUNA 2I5JA 3V9UA 1U47A 1ZBIA 3NHGA 4CEDA 1NK8A 3U6FA 1T8EA 1Q9XA 3I0RA 4FM0A 1VSIA 2BANA 3VA0A 2VWJA 2VWKA 3MEDA 5DMRA 4HUEA 3K5NA 4BWMA 3VQAA 3O4QA 3KLHA 3L2VA 1U48A 3KJVA 3K59A 3K57A 2NUBA 4CEZA 3ZSRA 4B9NA 1RT3A 4B3OA 1NJWA 1ZBLA 1C0UA 4DS5A 2HB5A 4CHPA 3HT3A 5J2NA 4C8NA 1LWFA 4TSXA 3HP9A 1TVRA 4CFDA 2G8WA 3OVNA 3HPGA 1RT2A 3L2QA 1ZBFA 4CECA 1B9DA 2YKMA 4DSEA 2E6MA 2DFEA 2W42A 3LDSA 1TV6A 2D5RA 5DK5A 2E6LA 3NCIA 1TKTA 3ZSQA 3I8DA 3KK3A 4FLVA 1C1CA 3WNGA 1QE1A 1REVA 3CM6A 4CIGA 2HVIA 2IGIA 4AHRA 3AO3A 2Z1IA 4CHZA 3AVHA 3TR8A 3SNNA 4CGGA 1N6QA 5K14A 4I7FA 4FLUA 3PX0A 4AHCA 2P5OA 4DQIA 4BACA 2O4IA 1A5VA 1KFDA 2VG7A 1BGXT 2D0BA 3LALA 4JRPA 4EZ9A 1RNHA 3HVRA 3ASMA 3L3VA 3QIPA 1D9DA 4DFMA 3PV8A 4OKEA 1EP4A 1UWBA 4DLEA 1IO2A 4NCAA 1LV5A 3QNNA 4J2BA 3CYMA 4DTJA 1TK8A 1RDDA 3DRRA 5FRMA 4CJQA 2HHSA 4CJUA 3RR8A 4KHYA 1EXQA 1VK0A 1ZBUA 1KTQA 1RBVA 1S1UA 3BGRA 3DM2A 4BWJA 3WNEA 3AA3A 1S1WA 3A2FA 1GOAA 1RT1A 1S1VA 4FZYA 1HYZA 2HVHA 3QEIA 1RT6A 3ZSWA 2G8HA 4DF4A 3TAEA 4FJXA 2G8VA 1W0HA 3OYEA 3SI6A 1JKHA 2OA8A 3AVBA 3NGYA 2BGGA 3V6DA 4J2AA 3DI6A 3AO4A 3OYJA 5D3GA 3BDPA 2FBTA 3AVAA 4RW6A 2IOCA 4QOZB 4DSFA 1TK0A 1QSLA 1TGOA 1BIUA 4K8ZA 4J2EA 1QHTA 3SV3A 4OKKA 1SV5A 1BL3A 1NOYA 5KRTA 4ZTFA 1NK6A 4M42A 4B9MA 3AA4A 3TABA 3B6OA 4DFKA 1DTQA 3L2WA 1O1WA 4O0JA 3VQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AGR A;  4Y0W A;  3G6E N;  4IOC L;  4HTL A;  4N41 A;  2PFU A;  4CBU A;  2WBN A;  3DXK B;  5BR8 K;  3WQT A;  3QES A;  4AI6 A;  1JXB A;  1Q8I A;  2P9P B;  3B8A X;  1CLQ A;  3SVI A;  3EEQ A;  3OW2 M;  4JV5 K;  1U2V A;  3VQE A;  5CYQ A;  5BPM A;  2OVR B;  4FVM A;  1DLO A;  1MA9 B;  2FSN A;  1BA1 A;  5F1X A;  3ZET A;  4CI6 A;  3T1Y K;  1LW0 A;  2UXB K;  1XMF E;  4MQ3 A;  3SAH A;  1IBK K;  4H0X B;  3F73 A;  3O4N A;  5C25 A;  2Z1G A;  1VRU A;  1XUP O;  1YJN N;  3QNO A;  3MXJ A;  3SQ4 A;  1T6D A;  3CQX A;  3P38 A;  1E4G T;  3T19 A;  1P22 A;  3AAR A;  3QEX A;  4E0D A;  4OLB A;  1NU0 A;  3CPE A;  1FK9 A;  1OVQ A;  1IKW A;  4EP9 A;  3E1Y A;  4UY8 O;  2HHT A;  3H3O B;  2FC0 A;  1RT7 A;  2W6K A;  4F8R A;  3B6P A;  1U04 A;  4L8R B;  2VQF K;  3T1A A;  2FW3 A;  3OYD A;  2Y1I A;  2GTD A;  4OX9 K;  4IG3 A;  1NGB A;  4EP5 A;  4LH4 A;  4FW1 A;  2X78 A;  4H5N A;  1VQP N;  2RKI A;  3AAQ A;  4DUY K;  4XH4 A;  3OGK B;  3LWL A;  1HNZ K;  1MWM A;  1QTM A;  3BY5 A;  3TI0 A;  4ZTJ A;  3MMV A;  3VEW A;  4C23 A;  4GW6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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