3QESA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dgtp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Basis for Differential Insertion Kinetics of dNMPs Opposite a Difluorotoluene Nucleotide Residue.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 322
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qesA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qesA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qesA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qesA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qesA03
1UOCA 4OKKA 4I2PA 5HRPA 1CXQA 1KVBA 2D0AA 1D9FA 4CJSA 4QOZB 3KLFA 1TL3A 3EY1A 4ID1A 3RMBA 3L8BA 1C0UA 2G8KA 1EKEA 4HVJA 1GOAA 3KKRA 2AJQA 4AHUA 1RBSA 3ZSVA 3HK2A 5CY4A 1DTTA 3LP1A 2G8FA 4KHNA 1BCOA 4LSNA 1HYZA 4FW1A 2Y1IA 4CEDA 3KK2A 2WONA 4CCHA 3HVRA 2YNGA 4BWMA 4DLGA 3MXMA 1ITGA 3VQ4A 4FJNA 4B8CA 4FJLA 1WN7A 4CK3A 3OYEA 3THVA 1C1CA 4M3YA 4W5QA 3QIPA 1RBVA 4M45A 3HP6A 3MAQA 3V4IA 4Z4GA 1ZBFA 5KGWA 2O4IA 2Z1JA 1LWCA 1S6QA 4WE1A 3ITHA 2HHVA 2ZD1A 4IBNA 3SV4A 4J2BA 3DRPA 1RBRA 1W0HA 3KLGA 4IFYA 1BHLA 2IGIA 3CG7A 4OKJA 1XI1A 1GOCA 3HL8A 3CM6A 1XHXA 2FBVA 4LH4A 4CEOA 4Z4CA 3SPZA 3AVFA 2RN2A 4KV8A 4CEFA 3O4QA 1S1WA 2R7YA 2HB5A 1IKYA 4CK1A 3TARA 3MXJA 5FRNA 1ASVA 3PX4A 3CFRA 1BCMA 1RT3A 4FK0A 1W9HA 2OPSA 4C8OA 4F3OA 2P1JA 1CZBA 3V1RA 4CJUA 3HT3A 3QIOA 5T7BA 1N6QA 4DTSA 1S9GA 1RTJA 4CEZA 2FBYA 3DI6A 4CHNA 3V81A 1SKSA 4KHSA 4FJHA 4ELTA 3QETA 3DM2A 2VWKA 4DMNA 1LAWA 3V1QA 1C0MA 4FJGA 2LSNA 2G8UA 3K2PA 4FLXA 4M3WA 1ASWA 4IG3A 4CEQA 2HNYA 4DF8A 1IG9A 5C25A 4MFBA 1KFDA 1MU2A 1UA0A 4FJJA 1JLCA 4CF0A 1Z26A 2JLEA 1T03A 4DTNA 4N5SA 2B6AA 3OYCA 4CE9A 2B4JA 1NKCA 5HRNA 1J53A 1TKDA 4KI4A 3ALYA 3O4NA 4E7IA 1K6YA 1KVAA 1NJWA 4EZ9A 3QERA 3CYMA 3BDPA 2X6NA 3KLHA 3VQCA 4NYFA 5E41A 3VA3A 1T7PA 5HLFA 4DF4A 1KVCA 2ETJA 3SQ1A 1WAFA 4DFJA 3TAGA 1WSJA 4DQRA 3RR8A 3QESA 3QLHA 3HVTA 4DSKA 2ITGA 3ZSOA 1EETA 1VSEA 3VQ6A 3DLRA 3ZT1A 3OYDA 1S1VA 3M8SA 1A5VA 3DRSA 2HHTA 4ELVA 2GV9A 4EP5A 3NBPA 3TAPA 4G1QA 4CJQA 5C42A 5FDLA 3OYIA 3O3HA 2HMIA 1DLOA 4F2SA 4FZXC 4O55A 3NGIA 1NOZA 3ZSQA 3LALA 2HNDA 1NJYA 4IFVA 4B3OA 4E7LA 3RMAA 3P5JA 3OYJA 2YKMA 3SUNA 4PA1A 1G15A 3ZT2A 4CGDA 3P1GA 2XY6A 5J2PA 2RKIA 3NGZA 2HHUA 4E3SA 4FK4A 3AVNA 1VSKA 1U47A 4B9LA 1NKBA 2F96A 1VRTA 2VWJA 3IS9A 4KKOA 3VA0A 1Y97A 5JS2A 1I39A 4DLEA 3PO5A 3C6TA 1RT1A 2KW4A 4M41A 1BI4A 1C1BA 3AVHA 3V9XA 4C8LA 3FFIA 4CGHA 1B9DA 4CHPA 1SL2A 2YNFA 4NYNA 4N41A 3HO1A 3CQ8A 1VSHA 4JLHA 3LAKA 3JSMA 4B9TA 4O0IA 3DMJA 4Y1DA 2X74A 2HW3A 4RW4A 4M3ZA 3VN5A 3SQ4A 1NJZA 3O3GA 2BDPA 4PY5A 2B5JA 1VK0A 3WNEA 4FJKA 2KZMA 3AVCA 3PV8A 4NCBA 1ZYQA 3P83D 4H4MA 4C8NA 4CGFA 4KHUA 2XY8A 4CIGA 3LZJA 4HTUA 3VQEA 3ZSXA 1QE1A 2Q3SA 4DTJA 1L3VA 5HBMA 4MQ3A 4M42A 4ZTFA 1RNHA 3VQ5A 5JS1A 1LWEA 2KQ2A 2FBXA 2ZQBA 4H8KA 1ZBIA 3E01A 5CZ2A 3SUOA 1CLQA 5CYQA 2DTUA 3OS1A 3S3NA 4ZTJA 2E6LA 4Q5VA 4M3RA 3NHGA 3MXIA 4C8KA 4OJRA 3OJSA 1QSSA 3V9WA 4R5PA 4EP4A 4DTRA 2E6MA 3I8DA 3AVIA 4CFDA 1QTMA 4O4GA 3OJUA 1SKRA 2BE2A 1UA1A 3LP2A 3ZSZA 2PY5A 4CF2A 3RTVA 4AHSA 1SUQA 2GBZA 3SQ0A 3T3FA 4KHQA 4KTWA 2HHSA 1A5XA 5DMRA 1HMVA 3RMDA 4BE0A 2VG7A 2VG6A 2KZZA 4KTQA 4E7JA 4OKEA 3HM9A 2D5RA 1X9WA 4HCBA 1RDDA 2DY4A 4NCAA 2GUIA 1BQNA 4B08A 1RDAA 4CEEA 1Q9XA 2YKNA 4FXDA 3T1AA 4NCGA 1JLFA 4M3UA 1WSEA 1BIZA 3AO5A 3OYMA 4N76A 2HHXA 4O0JA 1VSLA 1X9MA 1TK8A 5EU7A 4DS4A 4B9VA 4AHVA 1D5AA 2IC3A 2OPQA 1TKTA 2WOMA 3DLHA 3ASMA 3DYAA 1QS4A 4FLWA 1NK5A 3AVBA 4FLYA 1RDBA 3KK3A 3PX0A 1UWBA 1SKWA 1BL3A 3L2VA 1JLQA 1ZBLA 4CJEA 3K5OA 1S1UA 1JLEA 4LSLA 3TAQA 4RW9A 1D9DA 2IOCA 4I9QA 1RDCA 4BE2A 4DS5A 3VQQA 3SI6A 3SCXA 4B9MA 1R0AA 4FK2A 2A1SA 3VQBA 3K58A 2G8IA 4AHCA 3C95A 3G10A 3OYKA 3TWHA 3QO9A 2NUBA 3HPOA 2BANA 3HP9A 1HQUA 5KRTA 1RBUA 2KFNA 1KCFA 1KLNA 1U45A 1FK9A 3I0SA 3L2RA 2G8VA 3SZ2A 2JGUA 3V9SA 3AA2A 4JRQA 2E4LA 4HUFA 4FCYA 4DQSA 5C24A 4OGEA 4KREA 4KAZA 4ELUA 1WSFA 5KI6A 1HJRA 2QXFA 3ULDA 3PO4A 1JL1A 3ZCMA 3QNOA 3MECA 1Q9YA 4LH5A 1VSFA 4CF9A 4XIUA 1L3UA 3U6FA 3LZIA 4FLVA 1NOYA 2RF2A 3AA3A 3OYFA 4CHZA 4CFBA 1U04A 4Z4IA 4FJ5A 4IG0A 3ZSRA 1QHTA 2OPPA 4OGCA 4B9NA 4Q0BA 4ICLA 4CHOA 4BDPA 3SJJA 2FC0A 3AV9A 3D0PA 4J2EA 1T05A 2ATQA 4OPJA 3DLBA 3MEEA 3U3GA 4BDYA 3VQ8A 5J1EA 4BE1A 3TR8A 1HNIA 4CK2A 1TAUA 5HP1A 4DG1A 4B9SA 1CXUA 3S9HA 4I9LA 3L3VA 3WNGA 3WNHA 4CECA 3ISNC 4YNQA 2G8HA 1KTQA 5DK5A 2IS3A 1RT4A 5SZTA 4DSFA 1HNVA 1HYVA 1X1PA 4JS5A 3HJFA 4CHQA 3AVAA 3QEXA 3DOLA 3V1OA 3ZSWA 3KJVA 2XHBA 4K8ZA 1QSYA 2F8SA 3C94A 1UAXA 4IDKA 1RT7A 4DFKA 4CJ4A 3NE6A 4CJFA 4F3TA 3LDSA 4W5OA 4CF8A 3MEGA 1EXQA 1IKXA 1LW2A 3AVGA 3ZT4A 2XRIA 3HXMA 1T8EA 1RT6A 3AO2A 4Z4EA 4OPKA 5D3GA 4AILC 4UQGA 5J2MA 1WNSA 1DTQA 2ZE2A 4FJ8A 4CJTA 3IAYA 1HQEA 3DRRA 2YHBA 1RTDA 2G8WA 1SL0A 2XO7A 1CZ9A 3QEIA 3ZT3A 1SV5A 2Z1HA 3V6DA 4CHYA 3NF9A 3DLGA 1C6VA 4DSIA 3AA4A 3LANA 4CJVA 4AHRA 1IO2A 3CM5A 3OY9A 4BACA 4DQIA 4CJRA 4CEBA 4RG8A 1TK5A 2F8TA 1HPZA 4C8MA 1VSMA 1NKEA 4QAGA 2IDOA 3KIOA 2Z1GA 3F9KA 3PY8A 3AA5X 1S5JA 3SUQA 3QINA 1ZBUA 1RTIA 3NDKA 4FLTA 4RW6A 2QKBA 3PX6A 3NH2A 3M8QA 1NK8A 4E89A 5HRSA 3SV3A 3VQ7A 3G0ZA 4E1MA 1BGXT 2YNHA 3SNNA 3TABA 4M3XA 3I0RA 4CJPA 2DFEA 2BGGA 4CEAA 3DLKA 2OZMA 2KTQA 3A2FA 3NCIA 1U4BA 3LWMA 1Z25A 5HRRA 3EYZA 1C0TA 2HHQA 4DU4A 3QEWA 1IKWA 4CJLA 1J54A 4I2QA 1JLAA 4AH9A 2DFFA 4CGJA 1QSLA 2EX3A 1Q8IA 3VQ9A 3K5MA 3AVJA 4KTZA 4DWIA 3NFAA 1NK6A 2PYLA 1YTAA 3L2UA 3JYTA 2A1RA 1TKZA 3OS0A 1XHZA 4FW2A 4CJ3A 4DTUA 4CIFA 3OYBA 4HUEA 1TKXA 3S3MA 4OLAA 4W5RA 2P5GA 3B6OA 1F21A 4YFUA 3L2QA 1BQMA 3OYLA 1O1WA 3T19A 3WNFA 2IAJA 4BWJA 3HPGA 4E1NA 3OYHA 1YT3A 5KTQA 1N5YA 3ZT0A 5KRSA 4LY7A 4LD0A 3L2WA 1JKHA 4KO0A 3NGYA 4TSXA 4DFPA 1FKPA 4FJMA 4L8RB 4W5NA 3DOKA 1LWFA 1VSJA 1REVA 3AVLA 1TVRA 3MEDA 3IG1A 3CFPA 3AO3A 3DLEA 3K59A 3TI0A 4I7FA 3U3YA 1ZBHA 5FRMA 4DFMA 3OS2A 3RRHA 4PQUA 4CJKA 4FM1A 1TV6A 2VG5A 3IRXA 3KD1E 4M3TA 1C1AA 5SWMA 1J9AA 4GVMA 1L3TA 1QQCA 1NK0A 4IKFA 4KHWA 1RT2A 1S1TA 4FLUA 5FROA 3CFOA 3RWUA 4DSEA 3S3OA 1BISA 3NF8A 3QEVA 1TL1A 1IKVA 4Y1CA 1VSIA 4DTOA 3LP3A 2P5OA 2HVIA 4QCLA 1TAQA 2Z1IA 4E7KA 1TK0A 1HYSA 4DTMA 3EZ5A 3K57A 3SPYA 3RMCA 3HYFA 3HPHA 4J2DA 1KSPA 1S6PA 4B8AB 4J2AA 2FBTA 3KD5E 4KI6A 2O4GA 3LPTA 3LAMA 4FZZA 1GOBA 1XC9A 4FJXA 4F8RA 4N56A 1BIUA 1X9SA 3HSTB 1WSIA 3V9ZA 3QEPA 4N47A 3ZSYA 1S1XA 3BGRA 2D0CA 1KLMA 2HHWA 4FM0A 1B9FA 4CFAA 3V9UA 1WSGA 4FJ9A 4B9UA 1ASUA 2OYQA 4W5TA 5I3UA 4KB0A 3NF6A 3UIQA 3SQ2A 5CZ1A 1IH7A 4DU1A 3RRGA 1RTHA 1EX4A 2I5JA 1RCHA 1KFSA 3PUFA 4RW8A 4DQPA 4E19A 3H08A 1U49A 3RR7A 3NH0A 2EHGA 4O5BA 3AVKA 3KLEA 4CJ5A 4CJWA 4FJIA 4ZHRA 3LPUA 3OYNA 4CIEA 4JRPA 1J5OA 1WAJA 3KK1A 4GW6A 4H4OA 1HRHA 2P51A 4Z0UA 3SYZA 3NH1A 4KRFA 1YVUA 4O44A 4HUGA 4BDZA 4E0DA 5I42A 4DTXA 1JLGA 1WSHA 3NF7A 4Z4HA 1LW0A 3OYGA 3K5NA 1NJXA 2DFHA 4KFBA 4DSLA 4DU3A 1BI4B 1JL2A 1VRUA 3KLIA 2OA8A 1FXXA 5HROA 1XWLA 3L3UA 4OVLA 2XY5A 2W42A 4HHTA 2YNIA 2QKKA 4Z4FA 1U48A 4CGIA 1L3SA 4E7HA 4FYDA 3D45A 2XY7A 1JXEA 2OZSA 3M8PA 4PUOA 4CGGA 3LWLA 4CF1A 4CESA 4AHTA 2RPIA 4KPYA 1I3AA 2YV0X 4ID5A 5J2NA 5K14A 4EZ6A 1WLJA 1NK9A 4OLBA 3VQPA 1L5UA 4CERA 3LP0A 4FJ7A 1JXBA 1EP4A 1NK7A 1B92A 4FZYA 3TAMA 3OYAA 2KFZA 3KTQA 1S9EA 1D8YA 2D0BA 5CYMA 5J2QA 2HNZA 1TGOA 4KB1A 2PZSA 3F73A 4FVMA 4PWDA 3QNNA 3TAEA 4JS4A 3AO4A 2PYJA 4HCCA 3VQAA 1RBTA 4FLZA 1LV5A 1A5WA 2YHAA 3VQDA 1VSDA 5KGXA 4FM2A 3B6PA 4F2RA 3TAFA 1FKOA 1LAVA 4RW7A 3AVMA 1SL1A 1YTUA 3K5LA 4GMJB 2QK9A 1NK4A 3SUPA 4KHYA 1KRPA 4DSJA 1RT5A 4F4KA 3AO1A 3OVNA 3M8RA 3NAEA 3TANA 4DTPA 4CFCA 2HVHA 4K8XA 3KKSA 1JLBA 2OPRA 4DQQA 1RILA 2Y1JA 3O3FA 2X6SA 3C6UA 2X78A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4GAMC 1LWEA 2KQ2A 2FBXA 5IBKB 5CZ2A 3SUOA 3OS1A 1XU5E 3L4IA 4PL7A 2E1ZA 1QSSA 4DTRA 2E6MA 3BF3A 5JICA 1SKRA 2BE2A 3ZSZA 2PY5A 1WBDA 4DV2K 4BR4A 1QVFM 5DMRA 3RMDA 3WQUA 3E1YA 3HM9A 4JKBA 2VWBA 1XMFE 1BQNA 1FZ9E 1IG8A 3T69A 4LFAK 3OYMA 1BIZA 1VSLA 3U9ZA 1X9MA 3M5RA 4A61A 4AHVA 1TKTA 2WOMA 2HMPA 4CI6A 3AVBA 3BZCA 3KK3A 3T7ZA 1UWBA 3VOVA 1SKWA 3L2VA 2RCUA 3F5TA 3FZFA 4RW9A 4DS5A 5F1XA 3H1VX 3W3DA 3LDPA 4AHCA 4ISFA 3WQTA 4A2AA 3OYKA 2NUBA 3JAMO 2Q0RA 5BR8K 1V4TA 3A5NC 1GLBG 4DR3K 3I0SA 3L2RA 3VPZA 3V9SA 4JRQA 4FCYA 4DQSA 4KREA 4RL5A 3DLLL 1XNRK 1HJRA 2W40A 3O8MA 3PO4A 1JL1A 3SK3A 5E84A 3LZIA 4FLVA 2QWNA 3OYFA 3D7EO 4CHZA 4Z4IA 1QHTA 2OPPA 4BRDA 1NMDA 4BDPA 4C1NI 3SJJA 4PKHA 1VQLN 3LDQA 3D0PA 4J2EA 3U3GA 4BE1A 4DG1A 3TPQA 3WXMB 3L3VA 2P9KA 1KC8O 3ISNC 4IOAL 1FJGK 5AQQA 5DK5A 1RT4A 4DSFA 4JS5A 3AVAA 3H3OB 3DOLA 3ZSWA 3KJVA 2UU9K 3AGKA 5AQZA 4LF6K 2P1OB 4GV9A 1IKXA 2XRIA 4Z4EA 5D3GA 4AILC 1DTQA 3KWGA 2V52B 5DM7L 3IAYA 4BRQA 3E4YA 4X64K 4WF9L 3EKUA 1X9JA 1SV5A 2Z1HA 3V6DA 2RE2A 3N4PA 3OBYA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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