3SQ4A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite 2ap (gc rich sequence)
Total Genus 318
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
318
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 318
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sq4A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sq4A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sq4A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sq4A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sq4A03
3M8QA 1YTAA 2IOCA 1IKVA 1JLQA 1BI4B 1HRHA 3G10A 4CEQA 1NJWA 3MEGA 2DFEA 1Z25A 4FJKA 1VSKA 4W5QA 1IKXA 1I39A 1I3AA 1BI4A 2XO7A 4C8MA 4Z4IA 3AVFA 3DLKA 2JGUA 1BHLA 3P5JA 3HVRA 3AA3A 4E7KA 1ITGA 1UOCA 1XI1A 3OYJA 1TL3A 1DTTA 3VQ5A 5HRSA 3HXMA 3MECA 4CJLA 5D3GA 4Z0UA 4E7LA 3VQPA 1TK5A 4CEDA 4PY5A 5CYQA 5C24A 3AVKA 3VQAA 4N76A 3V9ZA 1YVUA 1D9FA 1C1BA 4IFVA 3ZT4A 3LZIA 4CFCA 3LAKA 5KTQA 3CYMA 3OJSA 2PZSA 2Z1GA 1VSIA 2G8IA 1WSIA 1FXXA 3L3VA 2E6MA 2PYJA 2I5JA 4B9SA 1VSFA 4DTJA 3AVNA 1IH7A 3QEXA 4K8ZA 1BCMA 3V9UA 1MU2A 1KRPA 3KK2A 2P5GA 1C6VA 4CIFA 1RDAA 2XY8A 5J2MA 3F9KA 3VQQA 4CIGA 5SWMA 4LSNA 3KLGA 4AH9A 4DTPA 4FZYA 3RRHA 1SUQA 4FM2A 1NJZA 4OKJA 1BIZA 2YHBA 3VQEA 3SPZA 1LWCA 4BWJA 1D8YA 4F4KA 1W0HA 4FJ5A 4CFDA 2RKIA 4Z4CA 1L3SA 2P1JA 3O3GA 1SKSA 1S1VA 1EX4A 2GUIA 2ZD1A 3HP6A 3PX6A 4Q5VA 4DSLA 2W42A 1NK8A 4GVMA 4DTNA 1HJRA 3VQ8A 4ID1A 3L8BA 4DLGA 4B9LA 1A5WA 2HHVA 1JLAA 4DS5A 5HBMA 1NOZA 5C42A 1W9HA 3DLEA 5KGXA 1TKZA 3ISNC 3DI6A 2Y1IA 5HP1A 1KFDA 2HNDA 2HHWA 4KHNA 4FVMA 1DLOA 4B9TA 3L3UA 3KK1A 1O1WA 4O5BA 1R0AA 2DY4A 1J5OA 2JLEA 4N47A 3HJFA 3OJUA 1DTQA 3KJVA 1C0MA 5E41A 4BDYA 2DFFA 2OZMA 1X9MA 4O0JA 2GV9A 3QO9A 3V9SA 3LPUA 1B9FA 4MFBA 2HB5A 4YNQA 2FBVA 1A5XA 1CZBA 2F8TA 3DRRA 4UQGA 4W5NA 4E7IA 1NK9A 5CYMA 2XRIA 1G15A 3NF8A 4AHUA 4CF0A 3VA0A 1HNVA 3CQ8A 3SZ2A 4B8AB 4J2BA 2KFNA 4CEBA 4NCAA 5T7BA 3V4IA 3MEEA 4B9UA 3SQ2A 1ASWA 4JLHA 4AHCA 4IBNA 2VG7A 2X6SA 3TWHA 1HPZA 3ITHA 2KFZA 1JXEA 1ASUA 3KD5E 1JLFA 1TL1A 3VQ6A 3L2WA 4BDZA 5HROA 4DU3A 3SNNA 1J54A 1CXUA 4KKOA 2QKBA 1RDDA 1T03A 3NGIA 3B6PA 1KLMA 1J9AA 1F21A 4JS4A 3LWLA 4C8NA 3ZT1A 4CGJA 4DQSA 1NKBA 3IG1A 3OYAA 3TAEA 2YKMA 3SI6A 1NK4A 1ZBUA 4DTMA 4RW7A 1RNHA 1TKDA 2HVIA 4FW1A 4L8RB 3SUOA 5DMRA 1KCFA 1S9EA 3SQ1A 4CF2A 3TARA 3RMDA 1ASVA 4CHZA 4CGFA 5HLFA 4FLVA 3NF9A 2YHAA 4CEOA 4CHNA 4IKFA 1QTMA 4KI4A 4M3RA 1BISA 1Q9XA 1QHTA 4DQPA 2B6AA 3IRXA 3HL8A 5J2NA 1NJXA 1JLGA 4M42A 4KV8A 3AVJA 3HPHA 4CEEA 2YNGA 2D0AA 2HHQA 4CJSA 4CJ4A 3KK3A 4ELVA 4DU4A 1NOYA 4HCBA 3L2VA 3VQ9A 1NK5A 3AVBA 4DSFA 1QE1A 1S6PA 2LSNA 3QNOA 3NHGA 2KQ2A 4FW2A 4FM0A 2A1SA 3HPOA 3M8PA 4CJVA 3CM6A 4FJLA 1U4BA 4QOZB 1T05A 3NAEA 4KHWA 5EU7A 3D45A 4AHSA 3V1RA 4B9NA 4HCCA 1TVRA 4FK4A 4MQ3A 3K59A 4NCBA 4YFUA 1S1XA 3HT3A 2QK9A 1RT3A 4CHPA 3DRSA 1QSSA 1C0TA 4B3OA 4PWDA 4CEFA 4CCHA 3QIOA 3TAPA 1QQCA 2AJQA 1U49A 2XHBA 4DFJA 4FZXC 3KLFA 2VWJA 3QEVA 3PUFA 1GOBA 2Z1JA 1BCOA 3VA3A 5J1EA 1HYSA 4E7HA 1X9WA 1NK0A 2NUBA 4DU1A 3EZ5A 3IS9A 4CESA 3HP9A 3MXIA 3WNEA 3I0RA 4F3TA 4OGCA 1RTDA 3OYKA 3QINA 3NBPA 3V1QA 1KVBA 1TKTA 4EZ9A 4OKEA 4BE1A 4KFBA 1CXQA 3L2QA 1FKPA 3SV4A 4FLYA 3SV3A 5J2QA 4DS4A 3H08A 2YNFA 4CK3A 3DM2A 1JLBA 1LW0A 3RR8A 3SUQA 4JRPA 2HW3A 1WSHA 4FYDA 3U3YA 4CJFA 3AO2A 1KVCA 3OYFA 2X74A 3LPTA 1KVAA 3OY9A 1RTHA 3LALA 3NH1A 3S3NA 2FBYA 5JS2A 4CF8A 4FJIA 2IC3A 3AA4A 4E89A 4W5OA 3OYIA 5CZ1A 4J2AA 1C1AA 1RBUA 3DLGA 3DRPA 4F8RA 2HHSA 1WSFA 3LZJA 4KO0A 4I7FA 3AVIA 1L3TA 4FK2A 3DLRA 3MEDA 4R5PA 2YNHA 2X78A 4FCYA 3ALYA 4H4OA 4DQQA 4CIEA 1L3UA 3ZSQA 4ELUA 3AO1A 2RPIA 2BDPA 2HNZA 4OPJA 1LWFA 4LD0A 4CEZA 2OZSA 1KFSA 2FC0A 3KKRA 5CY4A 4NYFA 3L2RA 1RBVA 1ZBLA 4B08A 4DTXA 1HYVA 2IDOA 4E3SA 3P83D 4M3XA 4OJRA 4H8KA 3D0PA 1K6YA 4KHYA 4EP5A 1NKCA 2RN2A 4M3TA 3DLHA 1RBSA 2EHGA 3AVLA 3JSMA 3PY8A 1RCHA 4LH5A 4FJMA 2FBTA 1VSEA 5K14A 2WOMA 1VSDA 3K58A 3CFRA 3LP3A 1UA0A 4CJEA 4Z4FA 4Z4GA 3VQBA 1HQUA 1J53A 3ZCMA 3ZT3A 3KKSA 4FLZA 1XWLA 3V81A 3KTQA 3LANA 3O3FA 2O4GA 4CK1A 4O4GA 4ZTJA 3RWUA 1WAFA 2O4IA 1JXBA 1HNIA 3P1GA 4G1QA 5CZ2A 2VWKA 2OPPA 3K2PA 4DLEA 3HYFA 1JL1A 3M8RA 1UA1A 4BDPA 3ULDA 4RG8A 1XC9A 3ASMA 4I2QA 1BL3A 1S1TA 3OS1A 4E0DA 5SZTA 4FM1A 4ELTA 3A2FA 3MXMA 3HK2A 1Z26A 2G8WA 4CHYA 4N56A 1IKYA 1REVA 1ZBHA 5C25A 4DTRA 2HNYA 4CGHA 4EP4A 4HUEA 4BACA 1L3VA 3KLHA 1VSMA 3DOLA 4Y1CA 2D0CA 3V9XA 4FLUA 5I3UA 3ZSWA 1X9SA 4CJRA 1A5VA 2F8SA 2IGIA 1JLCA 1RT4A 2XY6A 3TAGA 3VQCA 4DFPA 4E1NA 1SKWA 1CLQA 2BE2A 2YNIA 5FROA 3ZT0A 3QLHA 3S3MA 1UWBA 4FLTA 1EETA 1YT3A 3VQ7A 4AHRA 4CJWA 4OKKA 3VN5A 3T1AA 4NCGA 3LP1A 3OYGA 3AVHA 4F2SA 2BANA 4KHUA 1S1WA 4CFAA 3NCIA 1RT2A 1VSLA 3F73A 3UIQA 3WNFA 3RMBA 3PX4A 1B9DA 1S1UA 5FRMA 1U04A 1RTJA 3TI0A 3MXJA 1SL2A 3RMCA 3V1OA 1NK6A 4OLAA 4CERA 2Z1HA 4RW4A 3AV9A 3HVTA 4DTSA 2OPQA 4KREA 1NK7A 4C8OA 1RILA 5KRTA 4FJ7A 4GW6A 3NFAA 4KI6A 1ZBIA 2ITGA 4ID5A 4K8XA 1S9GA 4CECA 3AO5A 1RT7A 3AVGA 1VK0A 1N6QA 4DWIA 4M3UA 4TSXA 4KPYA 3EYZA 2G8UA 5FRNA 3HPGA 4CGIA 3RMAA 1VRUA 4I9QA 4DQRA 2D5RA 3ZT2A 4H4MA 3PO4A 2XY5A 3E01A 3OYCA 2G8KA 1CZ9A 4CJQA 4DTOA 4B9MA 3PX0A 5KRSA 4QCLA 1GOAA 1LAWA 1U48A 2IAJA 3OS2A 3LWMA 2HVHA 4O44A 4OLBA 4FZZA 2XY7A 2A1RA 3K5NA 3SCXA 4M3YA 3K57A 1U47A 4W5RA 3K5OA 1WSEA 3T19A 4AHVA 1WSGA 2OYQA 4KTWA 3T3FA 3O4QA 3QEPA 3QETA 1ZYQA 4ICLA 5HRPA 1JKHA 1X1PA 3NH2A 1D9DA 3SJJA 4EZ6A 4KRFA 4DTUA 1ZBFA 4DF8A 3HO1A 1KSPA 3NDKA 4HTUA 4FJ8A 4N41A 1IG9A 1TK8A 2HMIA 2ETJA 4BE0A 4E19A 3PV8A 4KB0A 3CFOA 3NE6A 3DOKA 4FK0A 4LSLA 3TAFA 4FLWA 2VG5A 1RT6A 4KTZA 2Y1JA 3OYHA 1KLNA 1NJYA 2PYLA 2HHXA 1RT1A 1HMVA 4I2PA 3HM9A 3ZSZA 2KTQA 4DMNA 4AILC 4WE1A 3O3HA 3G0ZA 3QIPA 4CF1A 4CK2A 1T8EA 4CHOA 4KTQA 3EY1A 3MAQA 2DFHA 5FDLA 1RBTA 1TV6A 3PO5A 2YV0X 3ZSRA 3NH0A 3JYTA 3TAQA 3QNNA 4CE9A 3OYEA 3CFPA 2DTUA 3C6TA 4I9LA 3AVAA 5JS1A 1U45A 3KLIA 4FJ9A 5J2PA 3LAMA 3SQ0A 3ZSOA 2E4LA 4KAZA 1EXQA 1TAQA 1Y97A 2OPSA 4DSEA 1YTUA 3LP0A 2QXFA 3NF7A 4QAGA 5DK5A 1Q8IA 3KD1E 3U6FA 3S9HA 4DFKA 3QEWA 5I42A 4DFMA 2G8VA 4FJXA 3K5LA 4JS5A 4KB1A 4BE2A 1D5AA 4CJPA 1TKXA 4ZTFA 2ATQA 1SV5A 3V9WA 1SL1A 2B5JA 2WONA 3SYZA 1VSHA 5HRNA 4C8LA 3TR8A 4LH4A 1BIUA 4M3ZA 1SKRA 4Z4EA 2PY5A 3B6OA 4ZHRA 3SQ4A 3C6UA 1KTQA 1EKEA 3SPYA 1S6QA 4IDKA 2D0BA 2Q3SA 4PA1A 4F3OA 3TANA 3DLBA 1TK0A 4DSJA 1TAUA 4O0IA 4M45A 3AO4A 3AO3A 3SUNA 3AVCA 3CM5A 3VQDA 4W5TA 3DYAA 3C95A 3BGRA 2KW4A 4RW9A 5KI6A 2F96A 2B4JA 4OGEA 1C1CA 2YKNA 4B9VA 2E6LA 4B8CA 1RDBA 4RW8A 3ZSVA 5HRRA 1TGOA 1RT5A 3I8DA 4IG3A 3M8SA 3BDPA 3RRGA 4DSIA 2HHUA 3SUPA 1NKEA 3OYMA 3LP2A 3I0SA 2ZQBA 4M3WA 3U3GA 3KLEA 2R7YA 1BQMA 4LY7A 3O4NA 4NYNA 1EP4A 3DMJA 4O55A 4OVLA 3TAMA 4HVJA 2KZMA 4CEAA 4FJHA 1BQNA 4FJGA 4F2RA 4CHQA 4FLXA 1C0UA 5KGWA 1GOCA 1WSJA 3QESA 1QS4A 3NF6A 1HQEA 1SL0A 1L5UA 2FBXA 4J2DA 4DSKA 2X6NA 4CJTA 3NGYA 4HUGA 3AVMA 4XIUA 4FJNA 3HSTB 3RR7A 2G8HA 1B92A 1FKOA 4CJ5A 1LV5A 3QERA 4GMJB 3LDSA 3V6DA 1XHXA 3OVNA 4E7JA 3S3OA 3AA5X 1N5YA 2GBZA 4CJ3A 2RF2A 3ZSXA 1T7PA 4Q0BA 3QEIA 3OYNA 3NGZA 4JRQA 4AHTA 4J2EA 4RW6A 4HHTA 4N5SA 2KZZA 1LAVA 3OYDA 4E1MA 3ZSYA 1IKWA 1XHZA 3TABA 1LW2A 1VSJA 1QSYA 3WNGA 1HYZA 1LWEA 2VG6A 3WNHA 1UAXA 2ZE2A 3FFIA 4IFYA 1RDCA 4DG1A 3OYBA 1WAJA 4KHQA 3CG7A 2QKKA 4FJJA 1WLJA 2Z1IA 1VRTA 4OPKA 4FXDA 1BGXT 3L2UA 4DF4A 2EX3A 3KIOA 2OPRA 4Y1DA 3OS0A 4C8KA 4CGDA 1FK9A 2IS3A 4CFBA 2BGGA 4PUOA 1RTIA 2HHTA 4BWMA 2P51A 4IG0A 3C94A 4CF9A 1S5JA 4KHSA 4M41A 3IAYA 4Z4HA 2G8FA 1JLEA 3OYLA 2P5OA 1JL2A 1WN7A 3AA2A 1WNSA 4HUFA 1RBRA 3RTVA 3VQ4A 4CGGA 2OA8A 4DQIA 4PQUA 1Q9YA 3THVA 1QSLA 4CJKA 3K5MA 1IO2A 4CJUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KWI A;  4BC5 A;  3E4W A;  3MN6 A;  1Q81 O;  1IKV A;  2JQT A;  1Z25 A;  3HOS A;  1VSK A;  2OTJ N;  1E4F T;  4IOA L;  3DLK A;  2JGU A;  3HVR A;  3AA3 A;  4X66 K;  4E7K A;  1SAZ A;  1XI1 A;  1HNW K;  3EO3 A;  1DTT A;  5BRF A;  3HXM A;  2QM1 A;  3ENH A;  4O5F A;  1T3V A;  4N76 A;  2P9P B;  4CFC A;  3KHY A;  3LAK A;  3CYM A;  4JD2 B;  3OHR A;  1VSF A;  5EX5 A;  5IBK B;  1IH7 A;  3QEX A;  4YOR A;  4LF5 K;  1C6V A;  4CIF A;  2V52 B;  3J80 O;  2UUA K;  3TU5 A;  3K9K A;  1ESV A;  4CIG A;  3KLG A;  4AH9 A;  3RRH A;  1SUQ A;  5AQQ A;  1NJZ A;  2ITM A;  1M1K O;  4F4K A;  1OH5 A;  3R9P A;  4Z4C A;  1L3S A;  3CD6 N;  1D4X A;  4JK8 A;  4DV2 K;  4EFH A;  3WXK A;  3J27 A;  5BPM A;  2GUI A;  1K8K B;  3PX6 A;  4DSL A;  4GVM A;  3H1V X;  3C0B A;  2OCE A;  3ULE B;  5HBM A;  4DS5 A;  5IRE A;  1W9H A;  4H5N A;  5JLF A;  1Q82 O;  4B3M K;  4B3R K;  1NGI A;  3L3U A;  1O1W A;  3ULE A;  3OJU A;  4OPH A;  3KJV A;  1C0M A;  1X9M A;  3QO9 A;  3LPU A;  1B9F A;  2HB5 A;  4UQG A;  4W5N A;  5CYM A;  3LDB A;  5C15 A;  3VA0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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