3SQ4A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite 2ap (gc rich sequence)
Total Genus 318
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
318
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 318
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sq4A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sq4A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sq4A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sq4A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sq4A03
1BI4A 3FFIA 1TAUA 1S1XA 3OY9A 4CF9A 4FYDA 4KI6A 3MEEA 1HYZA 4O0IA 1IH7A 3NHGA 4M3WA 1J9AA 1DTTA 1FK9A 2P1JA 1QE1A 1ASVA 3BGRA 3CM6A 5J2NA 1RTJA 1NKBA 2HMIA 4CJRA 4LH5A 4JS5A 4Z4FA 1UOCA 2KFNA 4DTNA 3NF8A 3LPUA 3T19A 2P5OA 5J1EA 3V9WA 2XY5A 3V9UA 3AVKA 1BQNA 3ZSRA 1S9GA 1C0TA 4HUGA 1T8EA 3DLEA 1A5XA 5FROA 4F2SA 2YNFA 4BDZA 3VA3A 4MQ3A 3L8BA 2G8VA 4BE2A 4FXDA 5I3UA 2XY8A 5K14A 1C0MA 4B9LA 1D5AA 1RDAA 4RG8A 3HPHA 3L2WA 3TAPA 1VSEA 3NGYA 3OYCA 3AVCA 1Z25A 4OKEA 3ZSYA 5HBMA 4W5QA 1LWFA 1RBVA 4CJKA 5CZ2A 1JXEA 1X9SA 2HHWA 1REVA 4CF1A 1LW2A 4FK2A 3VQBA 3B6OA 4J2DA 3G0ZA 4IG0A 1B9FA 4O0JA 4N5SA 4CF2A 3LAKA 1QQCA 4B8CA 5FRNA 4HCBA 1TAQA 4CJLA 1BISA 4HUFA 5CZ1A 3AO5A 4H4MA 3DMJA 3RTVA 3AVHA 4FJNA 2RPIA 3M8PA 4E19A 1RILA 1J5OA 4DSIA 4B9TA 4PUOA 4Z4IA 1QTMA 4AHRA 2KZMA 1RDDA 3D45A 4KO0A 3CYMA 2D5RA 1IKYA 1NK6A 3HM9A 1RT5A 3AVGA 3LPTA 4PA1A 3TAGA 3C94A 3RRHA 2G8WA 4HCCA 3AVJA 4WE1A 4L8RB 4PQUA 4BE0A 2KZZA 3VQ4A 3ZT1A 2GV9A 4CEEA 1HYVA 3H08A 1T03A 2OPPA 3OYJA 4FW2A 1TL3A 4C8NA 4CJPA 2PYJA 3OS1A 4CCHA 2F8TA 3HSTB 4B9UA 4CF0A 4J2BA 4DU1A 3HL8A 4ZHRA 4FZXC 1RBUA 3QO9A 4JRPA 4KTQA 1SV5A 1JLBA 3VN5A 3ZT0A 1XHXA 1NK4A 3DLKA 4BE1A 1RT6A 3S3NA 4B9SA 4DSLA 2O4IA 4KHNA 4CFBA 3PO5A 5C24A 3PV8A 4AHCA 3WNEA 2OZMA 4DS5A 2HHTA 1T7PA 1ZBIA 2XY7A 4CERA 2F8SA 1L5UA 4DLGA 3K5OA 3DLBA 1DTQA 3DLRA 4FJXA 3NFAA 3AVBA 1KFSA 3QINA 1RBSA 1JLAA 4CJQA 3HXMA 2G8FA 3RMAA 2RN2A 3SQ4A 3TAEA 2HHSA 1G15A 2PYLA 2DFHA 4DF4A 1SKSA 4FJHA 4W5OA 4DTPA 3SV4A 3HO1A 4O55A 3ZT2A 1KLMA 4CK1A 1VSLA 2IC3A 2Z1IA 2P5GA 3NH1A 4E7JA 4FVMA 3LAMA 2XRIA 4BDYA 3ITHA 3U3YA 5I42A 3NF6A 1ASUA 5KI6A 3ZSOA 3HT3A 1S6QA 2QXFA 4AHSA 3EZ5A 3SUQA 1B9DA 1F21A 1QSYA 4E3SA 4LH4A 5JS1A 2IOCA 1U47A 1WSGA 2YHAA 2VWKA 1W9HA 4M42A 3IG1A 1KFDA 3HPGA 4GMJB 1JLCA 3HVTA 2HVHA 4FLYA 3AV9A 4BWMA 4AH9A 5D3GA 4CJEA 3CG7A 1XI1A 3OYDA 3V9ZA 1A5WA 3A2FA 4CJ5A 4C8LA 2HVIA 3O3HA 1YTAA 3KD5E 3LWLA 3IRXA 4FLUA 2YNIA 1CXUA 2G8IA 1SKWA 1VRUA 1KVBA 1RTHA 3AO3A 4E89A 1NKCA 3KIOA 1CZ9A 1VSFA 1XC9A 4KV8A 3KJVA 1WSIA 1NJYA 4CHYA 1J54A 1QSLA 1L3TA 4DG1A 4KTWA 3KK2A 3QEVA 3PY8A 4K8ZA 1JLGA 3SPZA 3MECA 1SL1A 4E1MA 4CHOA 3OYMA 4CFDA 1WSEA 2XY6A 3SUOA 2Z1HA 1BCOA 2IGIA 4CJ3A 4EP4A 4OPKA 4B08A 2YKMA 3SI6A 5T7BA 4B9VA 2YV0X 3K58A 5JS2A 4FLTA 4E1NA 1TKTA 3V1QA 1CLQA 3AVFA 4HHTA 3OYLA 3SZ2A 4DFPA 4FJLA 1RT7A 4KHSA 2D0BA 1JLFA 1HYSA 3M8RA 4M3ZA 2BANA 1TK8A 4W5NA 1VSMA 1VSHA 3V9SA 3KK3A 4FZZA 4CIEA 3K57A 1BGXT 2DFFA 3NGZA 3KTQA 4CECA 1RCHA 3AA3A 5HRSA 1EETA 3ALYA 4CEOA 4KFBA 4UQGA 3KLHA 3SYZA 1KSPA 2QKKA 1C1BA 3OYAA 3LP1A 5HRNA 4OPJA 4DSFA 4FJ8A 3IS9A 4HTUA 4DQIA 4DTXA 3MEGA 3VQ5A 1K6YA 3KLEA 4I9LA 4CE9A 4FJ5A 2WONA 2KFZA 1JXBA 4DFMA 4DFJA 1HQEA 4KKOA 4KHYA 4OVLA 3RR8A 3JSMA 4QCLA 2OPRA 4CJUA 1TGOA 4HVJA 2I5JA 4JLHA 2ZQBA 2ITGA 3NCIA 3O4QA 3AVIA 3LDSA 5SWMA 3QEPA 4ELUA 4LY7A 4OKJA 3VQPA 4O44A 1VSKA 4M41A 4QOZB 4M3XA 1BL3A 1XWLA 2E4LA 2ZE2A 1ZBFA 2HNYA 2DTUA 4IDKA 3V1OA 1EKEA 3SCXA 4FLXA 3I0RA 4DSKA 2HHVA 4C8KA 3OYNA 4DFKA 4M3YA 3D0PA 1EX4A 4KHUA 2IAJA 4DWIA 2B4JA 2GBZA 2KQ2A 1DLOA 4Y1CA 2VG5A 4IFVA 4IG3A 5DK5A 4CIGA 5FRMA 2Y1IA 3VQ9A 4XIUA 3K5MA 3ISNC 3S3MA 4DU3A 1ZBLA 3V6DA 4Z4EA 4I9QA 3AO2A 4DF8A 1NOZA 3P1GA 2Z1GA 1KTQA 4CF8A 2KW4A 4E7KA 1JLQA 1HPZA 3DOKA 4CHPA 1LAWA 2IDOA 2OYQA 1CZBA 4ZTJA 1N5YA 1Y97A 3VQ6A 3HP6A 3HVRA 3ZT3A 4AHVA 2ETJA 4RW6A 3P83D 3OYHA 4JRQA 3CFPA 4E7LA 2OA8A 4CHQA 3LP2A 3LWMA 3LZIA 1GOAA 3OS0A 3LANA 1VK0A 2Q3SA 3VQQA 4Z4CA 3HYFA 3V81A 3CFRA 1LW0A 3SUNA 2HNZA 4KHWA 1LAVA 3RMCA 1RNHA 5HROA 4M45A 1U48A 1WAJA 1EXQA 3AVNA 3LP3A 1TK0A 1N6QA 2G8UA 4NCBA 3NH2A 3CM5A 3AVAA 4W5TA 3TANA 3SQ2A 1UA1A 4DQRA 5HP1A 4E7IA 3QEWA 3NDKA 2HW3A 3O3FA 4CJWA 3TAMA 3B6PA 1SL0A 3T1AA 4HUEA 4DTUA 1D8YA 2FBTA 4DTRA 3NE6A 1L3VA 1I39A 3SNNA 3TWHA 3IAYA 3U6FA 2XO7A 1U49A 4CK2A 3VQCA 4FJGA 3ZSQA 3CFOA 1WSHA 4FJIA 4OLAA 1X1PA 1NK0A 1C1CA 4CEAA 1RT4A 1WN7A 3NGIA 3MEDA 4FJKA 1RTIA 2X74A 4CEQA 3ASMA 3LZJA 1S1TA 1IKWA 3M8SA 4B9MA 1S9EA 1LV5A 1U45A 1D9FA 4PY5A 3VQ7A 3SUPA 4E7HA 4MFBA 1BCMA 2IS3A 4NCGA 4DTJA 1VRTA 1TL1A 5DMRA 4RW7A 1HRHA 4DSEA 3DLHA 1B92A 3MXMA 3K2PA 3K5NA 4F4KA 2A1RA 4N41A 3TI0A 3CQ8A 3RMBA 1C1AA 3L2UA 4KB0A 3VQEA 1KCFA 3QIPA 4M3UA 1Z26A 2OPSA 2OPQA 3PUFA 1KVCA 3WNHA 3JYTA 4CEZA 2ATQA 1T05A 4NYFA 2VG6A 2EX3A 4LSNA 3MXIA 3V1RA 3TARA 5HLFA 2DY4A 4Z4HA 1NJZA 2BDPA 1XHZA 2DFEA 3TAFA 3SQ0A 4CJVA 5KRSA 4OJRA 1I3AA 1HNVA 1YVUA 3RR7A 2FBXA 1SL2A 4F2RA 4ID5A 5E41A 3V4IA 4EZ6A 2VG7A 2E6LA 4QAGA 1MU2A 4I7FA 4B8AB 4AHUA 3L3VA 3S9HA 3ZSXA 3DI6A 3NBPA 3K5LA 3AA4A 1FXXA 4FJ7A 1RT2A 2YKNA 3U3GA 1U4BA 3M8QA 3SPYA 4OLBA 2VWJA 5HRRA 4E0DA 2FC0A 1L3UA 4I2QA 5C42A 2YNGA 4BACA 4C8OA 3NH0A 2HNDA 3ZSVA 3LP0A 4CGJA 4FLVA 2Z1JA 4H8KA 4ELTA 4CJFA 5CY4A 3OS2A 1LWEA 1SUQA 3AO4A 4FZYA 4J2EA 4OGCA 3E01A 3KD1E 1NKEA 3OJUA 1C6VA 3VQDA 3O3GA 3KK1A 2YNHA 3HPOA 4JS4A 4DQSA 4IKFA 4DTMA 1WSJA 2JGUA 1YT3A 2P51A 4RW8A 1GOBA 3OYBA 3KLFA 5FDLA 4FK4A 4NYNA 5CYMA 2B6AA 3PX6A 4K8XA 1Q9XA 4CK3A 2F96A 1LWCA 1FKOA 1KLNA 4FLWA 3KLGA 5KGXA 4YNQA 1C0UA 1UA0A 4FJ9A 1QS4A 4CJSA 4OKKA 4KB1A 3DRRA 3QNNA 4CGFA 3T3FA 4DSJA 5EU7A 3QERA 1RDCA 4CEDA 2KTQA 3TABA 1TK5A 4ELVA 4FK0A 3PX0A 1CXQA 3RMDA 2B5JA 1HJRA 1S6PA 2A1SA 3KKRA 3C6UA 1NK5A 1IKVA 4CJ4A 1KVAA 4NCAA 1D9DA 4CGDA 1BIZA 4CHZA 1S1WA 4KAZA 1IKXA 2D0AA 2ZD1A 4KPYA 4CEFA 3QEIA 3KKSA 1FKPA 1ZBUA 2PY5A 4PWDA 1KRPA 1BQMA 3AVLA 4F8RA 2D0CA 3QLHA 4CGHA 1HQUA 4ICLA 4DQQA 1JLEA 3F9KA 4M3TA 1HMVA 1X9WA 4FW1A 3ZSWA 3DLGA 4O4GA 1U04A 3AO1A 5J2MA 2X6SA 4KREA 2FBYA 1RBTA 1J53A 3NF7A 4FM0A 1W0HA 1NK7A 1NJWA 3LALA 1TVRA 4FLZA 3QETA 3VA0A 1QHTA 4G1QA 1RTDA 3V9XA 2HHQA 1WNSA 3C95A 1NK9A 4O5BA 1TKDA 5CYQA 4CHNA 2R7YA 1TKZA 3ZT4A 4KI4A 4GW6A 3OJSA 1S5JA 1ASWA 4BDPA 3AVMA 2LSNA 1JL2A 4CEBA 4M3RA 2NUBA 4CFCA 3F73A 3QESA 2HHXA 3AA5X 3UIQA 1RBRA 3EYZA 1O1WA 3AA2A 4EP5A 5KRTA 2YHBA 4RW9A 4Y1DA 4TSXA 1NJXA 1ITGA 4ZTFA 3SQ1A 3DOLA 3L2QA 2RF2A 1S1VA 4CGIA 4AHTA 3HP9A 3K59A 4F3OA 4DTOA 4CJTA 2AJQA 2FBVA 2O4GA 3SJJA 3PO4A 3RRGA 4ID1A 4B9NA 1JKHA 1NK8A 2G8HA 2QKBA 4DS4A 3OYIA 1VSIA 3TAQA 4C8MA 3BDPA 3P5JA 4BWJA 4KHQA 3VQAA 4B3OA 1Q9YA 3L2RA 1EP4A 4FM1A 3ZCMA 3WNGA 3DYAA 3HK2A 4KRFA 2EHGA 2PZSA 1WAFA 1QSSA 2XHBA 4IBNA 2BE2A 4N47A 1RT3A 3QNOA 2Y1JA 1ZBHA 3MAQA 3OYKA 4CFAA 3OVNA 3S3OA 3DRSA 1NOYA 1TKXA 2JLEA 1BIUA 2WOMA 4FM2A 4FJJA 3NF9A 1WLJA 3QEXA 1A5VA 4GVMA 2W42A 3THVA 4EZ9A 5C25A 2QK9A 1VSDA 1YTUA 4DMNA 5J2PA 4N76A 1Q8IA 4LSLA 4YFUA 1UAXA 4DLEA 1TV6A 4H4OA 4Z0UA 1GOCA 4IFYA 3VQ8A 4CGGA 3I0SA 4Q5VA 1IO2A 2G8KA 1IG9A 4AILC 3ZSZA 4I2PA 2E6MA 3KLIA 5HRPA 4N56A 3C6TA 2GUIA 4CIFA 4W5RA 3EY1A 4FCYA 3OYFA 3RWUA 3L2VA 4DQPA 3HJFA 3QIOA 4F3TA 2X78A 1VSJA 1RDBA 2RKIA 1ZYQA 1UWBA 2HB5A 3O4NA 4LD0A 3TR8A 3ULDA 3G10A 2BGGA 1BHLA 1JL1A 5J2QA 2OZSA 4R5PA 1RT1A 4DTSA 1X9MA 4DU4A 1BI4B 4KTZA 3WNFA 5KTQA 3OYGA 3SV3A 5SZTA 3PX4A 1L3SA 3MXJA 1WSFA 4OGEA 5KGWA 3I8DA 4CESA 2X6NA 2HHUA 1HNIA 1S1UA 4Z4GA 3OYEA 3DRPA 1SKRA 4J2AA 3L3UA 3NAEA 1R0AA 4RW4A 4Q0BA 4FJMA 3DM2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CJ1A 1TAUA 3OY9A 2PFVA 3MEEA 3SAFA 4M3WA 2P1JA 5J2NA 2E1YA 3M1FA 2HMIA 3J80O 1MWKA 3V9WA 4DUYK 1BQNA 1C0TA 5FROA 4BDZA 3EEQA 4AM6A 4FXDA 1C0MA 1Q82O 4JV5K 1VQ4N 2CGKA 1XMFE 1RBVA 4J8FA 4O5FA 5CZ2A 4BR7A 3QMLA 4ILGB 2DPNA 3LAKA 4B8CA 4CZMA 4HCBA 1TAQA 5C2DA 3LDOA 3DMJA 4E19A 4PUOA 3C6PB 4ADNA 3C6NB 2KZMA 4AHRA 1NGFA 3CYMA 2D5RA 1EWQA 3G71N 3C94A 4HCCA 4IT5A 4PQUA 3AVJA 3PIOL 4BE0A 3VEXA 4NO7A 1YF5L 4BY9C 3THWA 4ICGC 3GG4A 4CCHA 2F8TA 3ZEUA 2E2OA 2F9WA 4JRPA 1RBUA 3QO9A 1SV5A 5M1OA 1JLBA 3O4WA 4PKIA 1K73O 4LFCK 5AQYA 1NK4A 1VAZA 3DLKA 4BE1A 3I56N 2NRTA 4YOVA 3S3NA 4B9SA 3PO5A 4CFBA 3EE9A 4AHCA 5EVZA 3CERA 4C23A 3AVBA 4CJQA 2G8FA 1FYZE 2LF6A 3TAEA 3JS6A 3JAMO 4H0VB 2PYLA 4H5NA 5C15A 3VOVA 3E9LA 3SV4A 4CBUA 3HO1A 1VSLA 2P5GA 4E7JA 3LAMA 4BDYA 1ASUA 3HT3A 3N4QA 4A57A 1QSYA 4LH4A 1IBKK 5JS1A 1U47A 2YHAA 2VWKA 2QM1A 1KAYA 1KFDA 3HVTA 4WQ5C 3AV9A 1XMQK 3MWPA 3MKSB 3V9ZA 1A5WA 2JHPA 4H0YB 3O3HA 3J2PA 3EL2A 1KVBA 4MDAA 5AZIB 2Q31A 4ADOA 4WQ4A 3KJVA 2LF3A 2P1MB 4K8ZA 2Z1HA 5FPDA 1BCOA 5BN8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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