3RMAA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to dna containing thymine glycol
Total Genus 296
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
296
sequence length
903
structure length
894
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title A crystallographic study of the role of sequence context in thymine glycol bypass by a replicative DNA polymerase serendipitously sheds light on the exonuclease complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 296
structure length 894
sequence length 903
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rmaA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rmaA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rmaA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rmaA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rmaA03
3L3UA 2YV0X 4UQGA 1LWEA 3IS9A 4EP4A 4OPJA 4FJ5A 2VG6A 3LPUA 1BCMA 2ZQBA 2A1RA 1RT5A 4J2BA 4Y1DA 4CGFA 3QEIA 5K14A 2R7YA 3RMBA 2X78A 1KSPA 1T03A 2F96A 4DQQA 3QO9A 3SV3A 1G15A 4QCLA 3VQPA 4FLZA 1IH7A 4KKOA 3L2VA 4W5RA 4M3ZA 4CJVA 3A2FA 3FFIA 4NCGA 2HNZA 3LP3A 4O4GA 3MEDA 5CZ1A 1ASUA 4CJEA 2G8FA 4CJKA 2IDOA 4H8KA 3SNNA 3RR8A 2KZMA 4F2RA 1VRUA 3KKRA 1HPZA 3S9HA 3SPYA 1O1WA 4M3RA 2HB5A 3TAGA 2OPQA 4GVMA 1TKDA 3DLBA 1S1XA 4DWIA 2QKBA 3RWUA 1RBSA 3TAEA 5KGWA 4GW6A 3OS0A 1BIZA 3OVNA 3TAMA 1D5AA 2E6MA 4CGIA 5HROA 1XI1A 4KPYA 3IAYA 5I3UA 4YFUA 3K5LA 3K5NA 3VQQA 1TK5A 5KRSA 4ICLA 3DRPA 3IG1A 4RW4A 3K59A 5J2QA 3AVHA 4NCAA 4DSLA 3OYIA 3LZIA 4EZ6A 2B5JA 1RBTA 3QERA 2JLEA 2Z1IA 3G10A 3D45A 3VQ6A 3TR8A 5HP1A 3O3FA 4O55A 4CF2A 1SL1A 1Z25A 3HK2A 1Z26A 3QLHA 4KRFA 4KV8A 4MFBA 1NK8A 3NF6A 3AVJA 3NHGA 1I39A 3ZSXA 4JS5A 1S1UA 1VSHA 1TKZA 3ITHA 3AVAA 3AVCA 4QOZB 4FJ9A 3KK1A 1HYVA 4G1QA 4HHTA 2OA8A 2QKKA 1CZBA 1TV6A 2I5JA 3CFRA 3SI6A 2RN2A 3RR7A 1NKEA 3JSMA 3RMDA 4BDZA 2Y1IA 1ZBHA 2OPSA 1JLQA 1NK5A 1JLEA 2RPIA 4CHOA 4N56A 1VRTA 4BE2A 3AVLA 4CEEA 5JS2A 3KLFA 4CHQA 1WAFA 3L2QA 3KK3A 1XHXA 4PY5A 4DTSA 3RMAA 2YNFA 5KGXA 3LWMA 4B9NA 2JGUA 2ZE2A 3TAQA 1YTAA 5C42A 2GBZA 3K57A 3C95A 3NCIA 2DY4A 1KVAA 1NJWA 1IO2A 1SL0A 3NBPA 1IKXA 2GV9A 3ZSVA 4PA1A 4CJLA 4CK1A 2HHSA 2KFZA 4OGCA 1TK0A 4CHNA 4Z4FA 4CFCA 1RDDA 1TGOA 1TAUA 2NUBA 3SQ2A 2XO7A 2FBTA 1JXEA 1NK0A 1EX4A 4IG3A 1QQCA 2YHBA 5DK5A 3AV9A 2FC0A 4Z4HA 3QEXA 3M8SA 3HVRA 1I3AA 4CIEA 1VSEA 1XC9A 3CM6A 3CFPA 3TABA 3K5OA 1REVA 1HYZA 2QK9A 3B6PA 4E7IA 1TK8A 1Q9YA 1U4BA 2X74A 1L3SA 1GOCA 3AA5X 2HHQA 1WSIA 4FJKA 4KHSA 4CHZA 2A1SA 3AO2A 4CHPA 1RDCA 1TVRA 4KI6A 4W5NA 4KHWA 1WLJA 1JLFA 4LH4A 1RT6A 1S1TA 1IG9A 2P5OA 2D0BA 3EYZA 1R0AA 1Q8IA 1RT1A 4FLXA 3VQ7A 4OPKA 3OYEA 3SQ1A 4FK2A 4FM2A 3CG7A 4OKJA 1U48A 2PYJA 3VQDA 3B6OA 2G8VA 1SKSA 3AO5A 1HNIA 3ZCMA 5C24A 4BACA 3C94A 4DU3A 3V1RA 2IAJA 1KLMA 2VWKA 4AHVA 4CEZA 4BE1A 4J2AA 4M45A 4CFBA 3AVGA 1QSLA 4C8NA 3KK2A 4BWJA 1A5VA 5FRNA 1KLNA 4LD0A 3DLKA 4ZTFA 1UA0A 3O4NA 4HTUA 2IOCA 3DI6A 2E6LA 4TSXA 1DTTA 4BE0A 2G8UA 1NK4A 1ZBFA 4CJQA 3NF9A 1BHLA 1BI4B 1J5OA 5FDLA 3ZSRA 4ID1A 3V4IA 3NDKA 3OJUA 3K5MA 2G8KA 4OKKA 4O44A 4FJMA 1RT2A 1VSKA 1WSFA 3ZSZA 1B92A 4CFDA 2Z1JA 4I9LA 1L3UA 2XY7A 1XHZA 3LAMA 3TWHA 1C0UA 1TAQA 3VQEA 4C8OA 3QIPA 3V81A 1L3VA 4E0DA 2XRIA 1U04A 2YHAA 4E7KA 4IG0A 1TKTA 4B9MA 1BI4A 5J2PA 2D5RA 3T1AA 3ZT2A 1C0MA 1JLCA 1RTHA 4E7LA 4I9QA 4HUEA 3P5JA 3RRHA 4C8MA 5HBMA 3NGZA 3RMCA 1BCOA 1KVBA 5HLFA 4KB0A 3S3MA 1S1VA 1ZBUA 1BQMA 4FJHA 2P51A 2HNYA 1RTIA 3AA3A 3VQ4A 3VQCA 1JLAA 4CJRA 3V9SA 5J2MA 4Z4GA 4AHCA 1U49A 3ULDA 4M3TA 3OYNA 4IKFA 1QE1A 2HHXA 4FW1A 1RBRA 3MEGA 3JYTA 4ZTJA 4FLVA 4FJXA 4ZHRA 1C6VA 3PX4A 2PYLA 3HO1A 3U6FA 3VQBA 1NOYA 1UWBA 2DFFA 2XHBA 4DTJA 4FJIA 5DMRA 4AH9A 2HHTA 4CJTA 4FJLA 3OYLA 4F8RA 4LSLA 1TL1A 1CXQA 2LSNA 4DFJA 3PX0A 4PUOA 1A5WA 1EETA 2D0AA 3SUNA 3ISNC 4RW9A 4DMNA 4LSNA 4FJGA 4KI4A 3PO4A 2B4JA 2X6NA 4DTOA 3F9KA 2HHWA 1C1CA 4CJWA 3ZT3A 1SKWA 3AVNA 2XY6A 3QNNA 5CZ2A 1ZYQA 3V9WA 1NKBA 3DOKA 3NF7A 1RT3A 3DLRA 3LPTA 4KTZA 1WSHA 1U47A 2F8SA 3KLIA 2B6AA 3VQ9A 4FJJA 1WSJA 4CHYA 3EY1A 5FROA 4RW8A 3SZ2A 4DSFA 4DQRA 1NJYA 1LWCA 1UAXA 4B3OA 4K8XA 3NAEA 3SCXA 3DLHA 4DFKA 3RTVA 4HCCA 4IBNA 2DTUA 3DRRA 2XY8A 4PWDA 2DFEA 4LY7A 4Q5VA 4CF9A 3OYDA 4BDYA 3THVA 4CF0A 3OYKA 4CK2A 3S3NA 4DG1A 3U3YA 2O4IA 2QXFA 3C6TA 2EX3A 2HW3A 1JL2A 1RILA 3AO4A 4OKEA 1D9FA 1CXUA 3NH1A 1SKRA 3ZSQA 4FZZA 2ETJA 3HL8A 1SL2A 3AA4A 4XIUA 3QEPA 4M42A 1X9WA 2RF2A 1J9AA 1JL1A 1ITGA 3NFAA 4AHUA 5CYQA 3HYFA 3G0ZA 3HVTA 4I2PA 3WNGA 3OYHA 2W42A 2GUIA 4JRQA 1U45A 4CEBA 3LWLA 4DFMA 1FK9A 2PY5A 3WNEA 1JLBA 1BQNA 3OS1A 3QEVA 2OYQA 3VQ5A 4CEDA 3OY9A 2O4GA 3U3GA 3VA0A 1RDBA 4FW2A 4O0IA 1S9GA 3I8DA 3V9ZA 2F8TA 4FLTA 1N5YA 2OZSA 3QIOA 1UOCA 3SPZA 3DRSA 2BDPA 4B8AB 3DOLA 3BDPA 4FVMA 4QAGA 3WNHA 4CJ4A 5SWMA 3SJJA 1T8EA 4DU4A 5E41A 5JS1A 3KTQA 2VG7A 2HNDA 2E4LA 2VG5A 1VSMA 1CZ9A 1F21A 2G8HA 1A5XA 4DF4A 4HUFA 1ZBLA 1L5UA 3P83D 2YKMA 5KTQA 1GOBA 4CJFA 3OYBA 4CF1A 1W0HA 1S5JA 3M8PA 4IFYA 3KIOA 3LP1A 3HSTB 5I42A 3V1OA 1NK9A 3EZ5A 1S6QA 2Y1JA 4KREA 4FYDA 4EP5A 3NF8A 5EU7A 3TAFA 4GMJB 3OYMA 3SUPA 1RT7A 4MQ3A 4O0JA 4HUGA 4M3YA 3ZSOA 4AILC 4H4OA 3KLHA 2BGGA 2YNHA 4CECA 3NGIA 4N5SA 1LAWA 3SV4A 2HMIA 2AJQA 2P1JA 4KTQA 3OJSA 3QINA 4FLUA 4CESA 1KVCA 4DU1A 2FBXA 4CEAA 4I7FA 1EKEA 3HPOA 4IDKA 4CJ5A 4E1MA 4CFAA 3K58A 3HXMA 4CGGA 3RRGA 1W9HA 2HVHA 3HJFA 1J54A 3VN5A 3CM5A 1RTDA 3V6DA 3L3VA 3ZT4A 4CEQA 1XWLA 4KTWA 1ZBIA 2RKIA 4Z4IA 4DFPA 4JS4A 4DQSA 1ASWA 1EP4A 3ZSWA 3MAQA 4DTMA 2P5GA 4CCHA 1BGXT 3CQ8A 4RG8A 3DMJA 4DTNA 4KHUA 4WE1A 3PUFA 4JRPA 1NJXA 4FZYA 4B08A 4AHRA 4FJ8A 4DS4A 2KTQA 3AVIA 4JLHA 3NH0A 4CJSA 1VSFA 4DSEA 1HRHA 1RCHA 3MXIA 4C8LA 1LW2A 5J1EA 3F73A 2X6SA 5FRMA 1WNSA 1S1WA 3PX6A 4OJRA 4M3XA 5T7BA 1QS4A 2IS3A 3O4QA 2ATQA 4DS5A 1X9SA 4B9UA 1HJRA 4J2EA 3SQ0A 1GOAA 1FXXA 3AVMA 3DLEA 4DQIA 1IKYA 1KFSA 4OLBA 4B9SA 2WOMA 3MECA 4F2SA 1RDAA 4KFBA 2OPPA 1QSSA 1YT3A 3QESA 1K6YA 1TKXA 4FM0A 3L8BA 1JLGA 1JXBA 5CY4A 3AA2A 4DLEA 4ELUA 4FK4A 4F4KA 5D3GA 2G8IA 4Q0BA 4DLGA 4M41A 3VA3A 1Y97A 2BE2A 1RBVA 1VK0A 3E01A 4NYNA 4AHTA 3V9UA 1N6QA 2G8WA 1YTUA 3BGRA 3M8RA 5KRTA 3TI0A 2VWJA 1QSYA 3QEWA 3PY8A 3DLGA 4FJNA 1VSJA 3LP0A 1ASVA 3DYAA 3VQ8A 3KKSA 2WONA 4KAZA 3MXJA 1HQEA 4IFVA 3T19A 4CERA 3QNOA 3UIQA 3T3FA 4DQPA 4E3SA 3ZSYA 4DSJA 3OYJA 1C1BA 3V1QA 1B9DA 4R5PA 3I0RA 3L2RA 1D8YA 3HM9A 4B9LA 4EZ9A 4F3OA 4Y1CA 4M3UA 4CGJA 4E1NA 3KD5E 3MEEA 5KI6A 2PZSA 3PO5A 1RT4A 3AVFA 2EHGA 3SYZA 2D0CA 3SUOA 4OGEA 3ASMA 4LH5A 5CYMA 4AHSA 3ZT0A 4CK3A 4FCYA 1NKCA 1J53A 1WSGA 4N47A 4O5BA 4C8KA 2KQ2A 1KTQA 1VSLA 1KCFA 1VSDA 4CJUA 1KFDA 4FZXC 2XY5A 1Q9XA 1BISA 1TL3A 1VSIA 4HVJA 1YVUA 4DSIA 4B9TA 3LP2A 3O3HA 4CIGA 4I2QA 2Z1HA 4Z4CA 4FLYA 4J2DA 3NH2A 4RW6A 3O3GA 4DTPA 3LALA 3TARA 2FBVA 4CGHA 2HHUA 4DSKA 3I0SA 4OVLA 4N41A 1KRPA 3CFOA 4BDPA 3LANA 1UA1A 4FK0A 4N76A 4FLWA 1NK7A 4B9VA 1WN7A 2Z1GA 1WSEA 2YKNA 4W5OA 4W5TA 3AO1A 1EXQA 1X1PA 5HRPA 3OYCA 1QTMA 2KFNA 3TAPA 2HVIA 4KB1A 4BWMA 2KZZA 2Q3SA 4NCBA 3WNFA 3L2UA 4KHQA 1MU2A 4Z0UA 4CE9A 4DF8A 3K2PA 1JKHA 3LAKA 3P1GA 1L3TA 4FXDA 2OZMA 4F3TA 1FKPA 5HRNA 4E7HA 1IKWA 4Z4EA 4CIFA 4FM1A 4KO0A 4CF8A 1C1AA 2HHVA 5SZTA 4ELVA 4PQUA 4CJPA 4FJ7A 3KJVA 2IGIA 4DTXA 1HNVA 3AVKA 4KHNA 1S9EA 4RW7A 5C25A 4HCBA 3D0PA 3L2WA 1LW0A 1X9MA 3CYMA 3OS2A 4H4MA 3VQAA 1SV5A 4E89A 3LZJA 1T7PA 3HPHA 3HP9A 1RBUA 4OLAA 2YNIA 4KHYA 2IC3A 1IKVA 1FKOA 1S6PA 3NGYA 4CEOA 3LDSA 4M3WA 4W5QA 3KLEA 3SUQA 3ZT1A 1LWFA 3C6UA 3HPGA 1HMVA 3DM2A 3OYGA 1RTJA 3MXMA 3NE6A 1BIUA 4NYFA 3KD1E 5J2NA 4E7JA 3AO3A 2BANA 1CLQA 3AVBA 1BL3A 4CGDA 2ITGA 3OYAA 4L8RB 4K8ZA 3TANA 1C0TA 4E19A 3H08A 5HRSA 1DLOA 4YNQA 1D9DA 4DTRA 1SUQA 4ID5A 3HT3A 2KW4A 3ALYA 2OPRA 1LV5A 3IRXA 3HP6A 3QETA 1DTQA 3SQ4A 3OYFA 3V9XA 1RNHA 4CJ3A 1LAVA 3KLGA 4CEFA 3S3OA 5HRRA 2DFHA 2ZD1A 1NJZA 1T05A 4DTUA 2FBYA 3PV8A 4B8CA 1NOZA 1B9FA 1NK6A 1HYSA 2YNGA 1QHTA 4ELTA 1HQUA 1WAJA 3M8QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4BVOA 3O4NA 1XQSC 1NWKA 1DTTA 4U67L 3CIPA 1YF5L 3TTFA 1BHLA 5AZJB 1VQ6N 1J5OA 1OH5A 5FDLA 4ID1A 3MWPA 4IO9L 5TKYA 3A5MC 4FJMA 4BR2A 1VSKA 1B92A 4I9LA 3WT0A 1XMHE 3VQEA 4OPAA 3T7ZA 1MMOG 1L3VA 3H45C 3DXKA 2O8FA 1JCGA 2YHAA 4IG0A 4XH5A 4K25A 1RTHA 2A6AA 4H0XB 3EKSA 2AA4A 5GAHP 5KQ8A 3NGZA 2I7PA 1LDKE 3S3MA 3UB5A 1ZBUA 2WUSA 2HNYA 1JLAA 4BR7A 1XU3E 3CPEA 4IKFA 1I94K 1QE1A 4FW1A 2RKHA 2WBNA 3L1NA 1NGEA 2H4TA 3HO1A 3L0MA 4A2BA 3U6FA 1NOYA 1UWBA 3IUCA 5AZIA 5DMRA 1VQNN 3QB0A 4GNIA 1JJ2M 1TL1A 1CXQA 3PX0A 3T69A 3SUNA 3HOTA 4YDUC 2B4JA 3MMVA 3F9KA 3AVNA 3E66A 3V9WA 5JLHA 2YI1A 3NF7A 4KTZA 3VQ9A 4DQRA 4B3OA 3NVMA 2O8DB 1EQYA 5FPMA 2XY8A 4ILGB 2DFEA 2V7YA 1HKCA 4BDYA 1NNEA 3THVA 4DG1A 1MTYG 2E31A 3AO4A 3THWB 3NH1A 2ETJA 1XVCE 1JL1A 3VEZA 2CGJA 4DB3A 1YVNA 4WFBL 1T3VA 3IDHA 4I2PA 1QZ6A 3FZFA 1FK9A 2PY5A 1BQNA 3QEVA 2OYQA 3C6HA 3VQ5A 4CZJA 3VA0A 4NXNK 4FW2A 3I8DA 3BVOA 3JXUA 4J8FA 1N5YA 5HL7L 2BDPA 3DAWA 3WNHA 1H1VA 3VETA 3SJJA 1U2VB 3LDQA 4JI2K 4ADOA 2VG5A 1CZ9A 1A5XA 4DF4A 3P83D 4CJFA 3OYBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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