3S9HA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a dideoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3s9hA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3s9hA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3s9hA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3s9hA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3s9hA03
3NCIA 4CJFA 4CJSA 5J2NA 3SCXA 3MECA 1U47A 1RDDA 1D9DA 3S3NA 4ZTFA 5KRTA 1RT2A 4BACA 3AA5X 3HPHA 1RDCA 1CZBA 2B5JA 4DG1A 4M3WA 2KZZA 1YT3A 1SV5A 4O5BA 2Y1JA 2OZMA 2X78A 3O4QA 1KLMA 1QS4A 3ZSZA 4E1MA 4FJLA 2X6NA 3L3UA 3KIOA 3CFPA 4Y1DA 4H4OA 1I3AA 2O4GA 1HRHA 2FBTA 1WAFA 1C1CA 4C8OA 4B9UA 4E89A 4FJNA 3RMCA 3VQ5A 3OJSA 3ITHA 4CFDA 4E7KA 2G8FA 1J53A 4FCYA 1Y97A 1JKHA 3KKRA 3KLEA 4DTPA 4KV8A 2ITGA 2HNYA 1RTIA 3HXMA 2OYQA 1JLGA 3LAMA 4CIEA 1C1AA 1WSGA 3HSTB 3OYDA 4N5SA 4YNQA 3T3FA 4OKJA 2Z1IA 2AJQA 4EP5A 3HYFA 3KLIA 4FW2A 3RRGA 4ELVA 3RTVA 2E6MA 2YNGA 2G8VA 1BIZA 1DLOA 3HO1A 1SUQA 4C8LA 1TAQA 3AVBA 3HM9A 4BDYA 4KHWA 1NOYA 4I9LA 1LAVA 1BL3A 3SZ2A 3TAFA 4W5TA 3JYTA 4DFJA 4M3YA 1GOAA 5HRSA 2P51A 4DSLA 1X9MA 1KCFA 2ETJA 2ZE2A 1D8YA 4CJLA 1VK0A 1G15A 4N41A 3WNGA 3SUPA 4RW9A 5CYQA 4O44A 3DRSA 3VQDA 4HTUA 1EX4A 2YKMA 3V9WA 3V1OA 3L2UA 1RILA 1KRPA 4DMNA 1T03A 4BDPA 3HPGA 4DSIA 1A5WA 4K8XA 1CXQA 2GUIA 2IDOA 3VQ6A 5SWMA 2XY6A 4C8KA 4OGEA 3ULDA 3U3YA 3NFAA 3VQ9A 5KTQA 2YHAA 3NF6A 3M8RA 2G8WA 1SKRA 4N56A 3NH2A 1X9WA 3K5NA 5J2QA 4CJ4A 4FJIA 4AHCA 3RR7A 1T7PA 3RMBA 4DU4A 4KHSA 4BE0A 4DWIA 4DTXA 4KI6A 4FK4A 1ITGA 2DFHA 3EYZA 3NDKA 2D0CA 1VSMA 3AO2A 3EZ5A 4B9NA 3QIOA 1C1BA 5I3UA 1X9SA 1ZBIA 4DTJA 1HNVA 1TL1A 1NK6A 3OYHA 3TAEA 5CZ2A 2X6SA 1TGOA 3HVRA 4JS5A 4M45A 3F9KA 3OYBA 2R7YA 1NK9A 1VSJA 4QCLA 3OS2A 4DFKA 4FM0A 4DTNA 2EX3A 2QKBA 3MEEA 1Q8IA 4KREA 1C0TA 4ZTJA 3LPTA 3PY8A 3ZSWA 3MXIA 4FLYA 1Z25A 3QEIA 3OYIA 3K57A 5HROA 3JSMA 3QIPA 4B9LA 3S9HA 1RT1A 3ZSYA 4B9VA 1ASUA 3OY9A 3KK3A 1NJXA 2HNDA 3P5JA 3SI6A 4DTSA 4CHOA 1RDBA 4IDKA 3OYFA 4MFBA 1S6PA 4FJXA 2PY5A 3NH0A 5HLFA 3EY1A 3B6OA 4J2EA 4J2AA 3BGRA 2RKIA 3SV3A 3LZIA 3ZSOA 4CEBA 3HP6A 3LPUA 3SQ0A 2VWKA 1FK9A 4GVMA 5EU7A 4E19A 2FBVA 3U6FA 1KSPA 1RT5A 1RBSA 1YVUA 4QOZB 1IH7A 4ELUA 3VQEA 4KB1A 4CIFA 1BIUA 3C94A 4E7JA 3OS0A 2F8SA 1JLBA 3TAPA 3QNOA 3AVJA 4FVMA 4JS4A 5CY4A 3P83D 1HMVA 4GMJB 4Q0BA 1JLFA 4Y1CA 2BDPA 1IKYA 1TV6A 5K14A 3TWHA 2HHWA 3LP1A 4FZXC 3SPZA 3IRXA 4LSLA 2HHXA 2HVHA 2G8HA 4FZZA 4IG0A 1RBTA 4IFYA 3OYEA 4CJQA 5KRSA 1ZYQA 2XY8A 4RW4A 3ZCMA 1JXBA 3AO1A 4WE1A 1QSLA 3V1RA 4AHSA 1BISA 3A2FA 2A1SA 5FRNA 4CFCA 4B08A 4JRQA 4KTWA 1EP4A 3DI6A 3VQCA 3AV9A 4KKOA 2ZQBA 1JL2A 3NHGA 4CJRA 1N6QA 2G8IA 2BANA 3V9SA 1R0AA 4CHPA 1K6YA 1RT4A 4AHTA 4CHYA 4W5RA 3SUQA 4OPKA 3L3VA 3K5MA 1B9FA 4BDZA 3ZSQA 1KVCA 1HNIA 4OGCA 4DSKA 1SKWA 1YTUA 3KK1A 4F4KA 1NK4A 4RG8A 4FJMA 4B8CA 2F8TA 3I8DA 3U3GA 2OPQA 2FC0A 4N47A 3MAQA 2PYLA 3PX6A 4IFVA 3ZSXA 3PO5A 4HUFA 2A1RA 4KI4A 5CZ1A 3K5OA 4M42A 3SUNA 4CEDA 1KLNA 3QNNA 3VQAA 3ZSRA 4AH9A 2PYJA 4B9TA 2XO7A 4FLUA 4CK1A 3O4NA 1N5YA 3CFOA 2HHQA 2FBXA 4IG3A 1S1TA 2ATQA 1D5AA 4FW1A 3OS1A 1L3UA 3C6UA 2G8KA 1TKZA 2HNZA 4KO0A 4ELTA 1JL1A 4Z4IA 3PUFA 3VQQA 4E7LA 1NK8A 4CGHA 3NGZA 1SL2A 5DK5A 4CHNA 3DLEA 4MQ3A 4CJ3A 3S3OA 3MXJA 4RW6A 3NH1A 4EZ6A 4CEQA 1ZBFA 2D5RA 4KPYA 4CEAA 2OA8A 3V9ZA 4I2PA 3L2VA 3DMJA 3HL8A 1A5VA 3KTQA 2LSNA 1TKDA 4E1NA 1W0HA 4CCHA 1Z26A 3VQPA 3VN5A 3TABA 4LH5A 3V6DA 1EKEA 1JXEA 4C8NA 1WAJA 4CFAA 5J1EA 4DSEA 5E41A 1QTMA 4FJ7A 4FK0A 4HVJA 3HP9A 4W5QA 1FXXA 4M3RA 3AO4A 2OPPA 4DF4A 2RN2A 4CGGA 1SL1A 4FJKA 1J9AA 3HJFA 5J2MA 3AA4A 4DSJA 4LD0A 2Z1GA 4CJPA 1FKOA 4Z4GA 1WSHA 5T7BA 3NF7A 1NK5A 2BGGA 4KHNA 4KHUA 1VSKA 4RW7A 4NYFA 3QEVA 3O3HA 3DLRA 4DS5A 1S1VA 3QINA 3L2RA 4ID1A 2FBYA 5KI6A 1QHTA 2WONA 4PUOA 3TAQA 4DQIA 3SJJA 1TKXA 1BI4B 4FJHA 4E7HA 4DSFA 4PY5A 3I0SA 4J2BA 3SPYA 3LP0A 1IKXA 1KVAA 4CF0A 1L5UA 2XHBA 2QKKA 1TAUA 1JLAA 3HK2A 4CFBA 2XRIA 3C6TA 4CGJA 4CECA 3VQBA 4FLWA 2EHGA 1VRTA 3V9XA 2ZD1A 3DLHA 1RT7A 1U4BA 4AHUA 1JLQA 4DTRA 1ZBUA 3NF8A 3H08A 5CYMA 3DLBA 1YTAA 3V9UA 1ASWA 1D9FA 1NKCA 4JRPA 5KGWA 4NYNA 4BWMA 3VA3A 3T19A 2HVIA 1MU2A 3P1GA 4CGFA 4NCBA 2KFZA 1UA1A 1DTQA 2IOCA 1NJYA 3SQ2A 2XY7A 1LWEA 4KTQA 3NGIA 4OPJA 4PWDA 1BHLA 1LW2A 3LP3A 3DM2A 4KTZA 4CGIA 4E0DA 4O0IA 4EZ9A 4FLZA 4CK2A 1LAWA 3NAEA 2QXFA 3CG7A 1NKEA 4KHYA 3QEWA 4PQUA 1UA0A 4KAZA 4DF8A 1LWCA 1I39A 1X1PA 3G10A 2NUBA 3IS9A 3QLHA 3HVTA 4W5OA 3SYZA 4JLHA 4ID5A 1C6VA 1VSHA 5JS2A 3MEGA 1QQCA 3AVHA 2RPIA 1QSYA 3V81A 3DOKA 3ZT2A 4CJKA 3AVCA 1KVBA 3IG1A 2YHBA 4CJVA 4LH4A 1SKSA 4OKEA 1BQMA 4C8MA 1RT6A 1NK0A 4IKFA 2HHVA 4KB0A 3WNFA 3OYMA 2HB5A 3SQ4A 4AHVA 3TI0A 1Q9YA 4HHTA 1C0UA 4DQSA 4O55A 4DFPA 1EETA 2D0BA 3D45A 3VQ8A 1REVA 1L3TA 3ISNC 4CHZA 1CXUA 3QETA 1A5XA 4CESA 3L8BA 4DLEA 1S9EA 4CEOA 3AVAA 3DYAA 1T8EA 3QEXA 4CIGA 1J54A 4DU1A 1QE1A 1RCHA 2VG6A 2YNFA 3C95A 4CHQA 4DQRA 4DTOA 4DTUA 5KGXA 4AILC 4CJTA 3F73A 4OLBA 2JLEA 1CZ9A 4NCGA 4CEFA 5FROA 4J2DA 1RTJA 3TANA 4HUGA 3ZT3A 3KK2A 1UWBA 2OPRA 3LWMA 3LP2A 3QEPA 2WOMA 3CQ8A 2KZMA 1BI4A 1QSSA 3O3FA 3SV4A 2KQ2A 4FK2A 3DLGA 4CF8A 3LANA 2DFFA 4Z4HA 3KLFA 4K8ZA 1J5OA 3AVKA 3RMDA 1XI1A 4BWJA 4KFBA 1XC9A 1L3VA 4NCAA 2I5JA 3QERA 1S1UA 4KRFA 1RBUA 2IAJA 1RBRA 3CFRA 1VSLA 1S6QA 2IGIA 3FFIA 1HQUA 4H8KA 3LWLA 4CEZA 1CLQA 3NF9A 4N76A 3CYMA 2YKNA 3M8QA 2P1JA 1U49A 1TKTA 1EXQA 3KKSA 3T1AA 3PX4A 5FRMA 5HRNA 1RTDA 4F2SA 3RWUA 2DY4A 2YV0X 4F2RA 2IS3A 2BE2A 3RMAA 4FJ8A 1WSIA 3PX0A 1XHZA 1S5JA 1UOCA 3OYKA 4B9MA 2RF2A 4DQPA 3CM5A 3ZT1A 1WSJA 3ZT4A 4CF1A 4F8RA 4OVLA 3OYJA 4M3ZA 3AO5A 3RRHA 1RT3A 1HYVA 4HCCA 2KTQA 2D0AA 2PZSA 4LSNA 1O1WA 3MXMA 3G0ZA 2E6LA 3V1QA 2YNIA 3LDSA 5I42A 4AHRA 4Z4FA 3QO9A 4Z4CA 4E7IA 5C42A 1BCOA 2Z1JA 3VQ7A 1VSFA 3VA0A 4UQGA 1ASVA 1TK0A 2JGUA 3L2WA 2IC3A 4FLTA 3AVFA 4CK3A 4L8RB 4FM2A 5J2PA 3M8SA 1TK5A 3AO3A 4FLXA 3TR8A 4CERA 1GOBA 1VRUA 2VWJA 3DLKA 4BE1A 1VSEA 4CEEA 2W42A 4DQQA 1T05A 4OLAA 4B8AB 3BDPA 4B3OA 3OYNA 3NGYA 3PO4A 4BE2A 3O3GA 3WNEA 3K5LA 5DMRA 5JS1A 4I2QA 2DFEA 2E4LA 3KLGA 3OJUA 3S3MA 4FJ5A 1HJRA 3AVNA 2X74A 4Z4EA 4FYDA 4DU3A 3NBPA 4M3TA 1HQEA 1HPZA 3ASMA 5HP1A 1L3SA 1RTHA 4W5NA 1RBVA 3I0RA 1ZBHA 5HBMA 3PV8A 3LALA 1DTTA 2HHTA 4G1QA 2KW4A 3SNNA 4I9QA 3CM6A 3ZT0A 4M3XA 4IBNA 4QAGA 4CJEA 4B9SA 1NJZA 4M41A 1KTQA 3KD1E 2Y1IA 4O4GA 2VG5A 1ZBLA 4CF9A 4M3UA 3OYAA 3K59A 3LZJA 1FKPA 1TVRA 1VSDA 4YFUA 3THVA 1HYSA 2HMIA 1WSFA 4CJUA 1JLCA 4CGDA 4HUEA 1Q9XA 3SUOA 1U45A 1S1WA 2P5OA 3IAYA 1W9HA 4ZHRA 2F96A 1JLEA 4XIUA 2HHUA 3E01A 1B9DA 1F21A 3QESA 2DTUA 4RW8A 3MEDA 2GV9A 1RDAA 4EP4A 3TARA 2OZSA 2HW3A 4FM1A 1NOZA 3ALYA 2O4IA 4DFMA 1IG9A 1VSIA 3OYLA 4DTMA 1U04A 5HRPA 4PA1A 1BGXT 4FZYA 2KFNA 3UIQA 3KLHA 3AVGA 4OKKA 4OJRA 5D3GA 2GBZA 1NJWA 3HT3A 3V4IA 1TK8A 4O0JA 3D0PA 2B6AA 3OYGA 4ICLA 1TL3A 2Z1HA 1SL0A 4DLGA 1WLJA 3AA2A 3M8PA 3LAKA 1LWFA 5HRRA 1NKBA 1C0MA 3TAMA 1LV5A 1UAXA 1B92A 4E3SA 1HYZA 1XWLA 5C25A 4DS4A 3RR8A 1KFDA 4LY7A 2QK9A 5FDLA 3VQ4A 3KJVA 3TAGA 2P5GA 2G8UA 1BCMA 2YNHA 3SQ1A 3DRPA 1GOCA 4H4MA 4R5PA 4FJ9A 2OPSA 3WNHA 1IO2A 4CJWA 4HCBA 1XHXA 3ZSVA 1U48A 3NE6A 1WSEA 4I7FA 4F3OA 4FXDA 3AA3A 3AVMA 1RNHA 4GW6A 3B6PA 3KD5E 3K58A 4CE9A 3L2QA 2VG7A 5SZTA 2XY5A 3K2PA 3OYCA 1LW0A 4FJGA 4F3TA 4CF2A 3HPOA 1NK7A 4FJJA 3DOLA 1WNSA 1WN7A 3AVLA 2Q3SA 4CJ5A 1KFSA 3AVIA 5C24A 1S9GA 1IKWA 4Z0UA 3DRRA 4Q5VA 2HHSA 2B4JA 4TSXA 4KHQA 4FLVA 1BQNA 1S1XA 1IKVA 3OVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5GAGP 3LDNA 1FZ5E 2QEXN 4EAHD 1S72N 3THXB 3VTHA 3FZKA 4JS4A 4FPAA 4JI8K 1SAZA 4Y1CA 3J2PA 3L0QA 4BRGA 4IOXA 5AZIB 3SPZA 1XMOK 3ZX2A 4LSLA 4AKGA 4FZZA 4GVEA 4IG0A 3MN6A 4CJQA 5KRSA 4YY3K 4RW4A 1QSLA 1JXBA 5FRNA 1EP4A 3DI6A 3O5BA 3L0MA 2VGNA 4JI3K 2G8IA 2ZWHA 4JI5K 1QZ6A 1XQSC 3VERA 3AGKA 2LF6A 5HOOA 1K6YA 1ATNA 2FW3A 4OPKA 1VQ9N 3Q7BA 4BDZA 1HNIA 4F4KA 4AKIA 2YHYA 3O1BA 3I8DA 2OPQA 4LF6K 3PX6A 2V51B 3N1EA 3ZSXA 4HUFA 3OTOK 5M1NA 4KI4A 2UUAK 4CEDA 1OKJA 2BH1A 3ZSRA 4B9TA 1BUPA 5CHIA 1N5YA 3CFOA 3J27A 2GWKA 4MLHA 4BRAA 1S1TA 2WTUA 1D5AA 1C0FA 1TKZA 4ELTA 3MX2A 1JL1A 1U2VA 4Z4IA 2B7MA 1YJWN 3P4IA 3MCPA 4ICGC 1BOTO 1SL2A 4CHNA 2HBJA 4MQ3A 2CH6A 4EZ6A 4OX9K 3VEVA 3V9ZA 4I2PA 3LL3A 3VF6A 3HL8A 4JI6K 4BREA 1C0GA 4WYBA 3I56N 1TKDA 1W0HA 4JKCA 4CCHA 3R1XA 4EFHA 3AY9A 1VAZA 4X65K 1FXXA 4M3RA 3AO4A 1KQSM 2RE2A 4CGGA 3NMUA 5J2MA 2KLAA 3C0BA 4CJPA 4Z4GA 5T7BA 1NJIO 5AQLA 2P9IA 2BGGA 1FYZE 3QINA 5IWAK 5KI6A 4PUOA 3E9OA 4DQIA 4FJHA 4DSFA 3LP0A 1IKXA 1KVAA 1L5UA 2QKKA 2XHBA 5KPRA 4IFEA 3A8YA 4BC3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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