3S9HA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a dideoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
total genus 324
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3s9hA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3s9hA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3s9hA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3s9hA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3s9hA03
1BL3A 3AVKA 1Y97A 5I3UA 4HTUA 4JRPA 4KTQA 2PZSA 1S1VA 4H4MA 1KTQA 3T19A 1JLBA 4OPJA 4FJ5A 1TVRA 5HRNA 3DLBA 4LSNA 1K6YA 4DF8A 3KKRA 4NYFA 2OA8A 2E4LA 4KRFA 1TK8A 1T03A 3PV8A 3OYGA 4GMJB 3AV9A 3ZSWA 1Q8IA 1TGOA 3CFRA 4RW7A 4ELUA 2G8UA 4KHUA 1EX4A 1ITGA 1LW2A 3NF9A 4FZXC 3VQPA 5D3GA 4CEEA 5E41A 1N5YA 3AO4A 3DOKA 4NCGA 3THVA 2IAJA 2YKMA 3AVGA 3HM9A 4DSJA 2E6LA 2IOCA 3LAKA 4FJIA 4FW2A 5EU7A 1VSDA 3RTVA 4CK2A 1QS4A 2KW4A 2HHQA 3L8BA 3DLEA 3NH2A 3K58A 3PX6A 1BI4B 3DRPA 1CXQA 1S9GA 2YNIA 4DTPA 3DLRA 5CZ2A 1S6QA 4CK3A 3KK3A 2HB5A 1RDAA 4IFYA 4BWJA 4IDKA 3PX4A 3AA3A 4M3YA 3NGIA 1JLQA 1WSIA 2I5JA 2RKIA 2PYJA 1L3SA 3QEWA 1A5VA 1FXXA 1FK9A 2XY6A 4FJ8A 4FVMA 4KHNA 4FJMA 3VN5A 4Z4FA 3TAEA 2HMIA 1W9HA 4CJVA 1LAWA 1CXUA 1IKVA 1D9DA 3HT3A 1CZBA 4E7KA 4O5BA 4BE0A 4KREA 1L3VA 2YV0X 4ID5A 3VQ7A 1U48A 3VQCA 4W5QA 3KLGA 1JLEA 1ZYQA 5HRSA 1RILA 1HYZA 3ZT1A 2GV9A 1J54A 1CZ9A 2JGUA 5KRTA 4BACA 3K57A 1TK0A 1D9FA 3ULDA 5I42A 4I9LA 2ETJA 5HBMA 3OYBA 1Q9YA 1NK6A 4F8RA 1WLJA 3RR8A 4IG3A 3V81A 3KTQA 2ZD1A 5T7BA 1J5OA 3O4QA 4CJPA 2LSNA 5C25A 3QNOA 4E7HA 1I39A 1UWBA 1QSSA 3ALYA 1RBTA 4KV8A 4LH4A 4CGJA 4OPKA 3AA2A 1KFDA 3M8RA 1RNHA 3QEIA 1ZBHA 1JXBA 4CFDA 1IG9A 1LW0A 3L2VA 1TK5A 4FW1A 4Q5VA 1RDCA 2YHBA 2Z1JA 3AO3A 4DFPA 2KFNA 3ZSQA 2OZMA 3EYZA 1NJZA 1RTDA 4CIEA 1GOAA 1HRHA 1JXEA 2D5RA 2VWKA 4RW9A 4DLGA 1G15A 2BE2A 1NK4A 4F3TA 3QINA 1NK8A 1WSHA 4DSIA 1VRUA 5SWMA 1KFSA 4QCLA 4KKOA 2YNHA 3OYCA 2XO7A 1R0AA 2KZMA 4HHTA 1S1UA 1CLQA 1ZBIA 3PUFA 1S1XA 4FJKA 1EKEA 3AVFA 1ZBFA 3VQ8A 4AHVA 4CF1A 3NAEA 4HCBA 3AO1A 3LAMA 3CFPA 1VSMA 2P1JA 5CZ1A 3DMJA 5FDLA 1SL1A 4CEBA 3ZT3A 3LP3A 4K8XA 4CJTA 3LP0A 4DG1A 1VK0A 1C0UA 2KFZA 3OYNA 4TSXA 2G8IA 3DLKA 3QLHA 4CJ3A 2GBZA 3QEVA 3WNFA 3SQ0A 3LANA 5HRRA 4DS5A 3LP2A 1QTMA 4FLUA 1LWCA 3ZT0A 3K5LA 4AHSA 3U3YA 1TAUA 1JLGA 5SZTA 4YFUA 4AILC 3HSTB 4KHSA 4DTNA 3SUQA 1C0TA 3MXMA 5J2PA 3JYTA 1T8EA 3DRRA 1BHLA 4FJNA 3I0SA 2DFHA 4B8CA 4M3ZA 3VA0A 3UIQA 4KHYA 1SV5A 4JS4A 1RT6A 3CYMA 4C8OA 3A2FA 4F4KA 2HVHA 3ZT2A 4BE2A 1EETA 1YTAA 5KRSA 3AVBA 1C6VA 3O3HA 2XRIA 1JLFA 2ATQA 1RBVA 1SUQA 4CHQA 4DTRA 4Z4HA 3VQAA 4CIFA 2OZSA 1NK5A 1BIUA 4CEQA 3DLGA 3VQ4A 2F8SA 4DTJA 1MU2A 1WN7A 3V9SA 3QETA 3DOLA 5K14A 1NJXA 4KTWA 4Z0UA 4DTSA 2G8FA 3HPHA 4PA1A 3LWLA 4R5PA 2X6SA 4B3OA 2NUBA 3HXMA 3S3OA 3OYJA 3ZSYA 1Q9XA 4AHUA 4B9MA 1S1WA 3AVIA 1NKCA 4AHTA 2VWJA 1HYVA 1LAVA 3HPGA 3CM6A 1TV6A 4CEAA 2ITGA 4W5RA 3QO9A 1WAJA 4BWMA 4E19A 3HVRA 1GOCA 4CJWA 2YHAA 1RDBA 1X9WA 4FJJA 4LY7A 4FLZA 4N76A 1JLCA 2B4JA 2R7YA 4MQ3A 3D45A 5JS1A 2QKBA 4CESA 3C95A 4CFAA 3AVMA 1KCFA 2D0CA 3G10A 4ID1A 4CF2A 3SPZA 4WE1A 3MEEA 1JKHA 3VQ5A 1HQEA 3EZ5A 4Z4CA 3NBPA 3V4IA 1SL0A 1SKWA 4FJ7A 5KGWA 3H08A 4FZYA 3KLIA 4F2SA 3HO1A 2BGGA 4FLVA 1RT5A 4ZTFA 4KO0A 3SYZA 1IO2A 4PUOA 1X1PA 2A1RA 4KTZA 3K5MA 4I2QA 4CE9A 1TKDA 4DTOA 4CCHA 4CERA 1WSEA 2Z1IA 3L2QA 3L2WA 1TL3A 4Y1CA 3VQEA 1XC9A 4JRQA 1NJYA 3B6PA 3L2UA 1C0MA 4E7IA 4I9QA 1HJRA 1NK7A 3K2PA 2QK9A 2IGIA 4CF8A 4O55A 1KSPA 2YNGA 1BQMA 1SKRA 3RR7A 5DK5A 3M8QA 1RBRA 4AH9A 4HVJA 2EX3A 3HVTA 1Z26A 4FLTA 4LD0A 1LV5A 4B9LA 4F3OA 2O4IA 2FBYA 3PO4A 3VQ6A 5FROA 4O0IA 1QQCA 4RW6A 1N6QA 3S3MA 1VSHA 2Z1HA 3BDPA 4K8ZA 4DSLA 3JSMA 3NH1A 5HROA 3IG1A 1S5JA 3WNHA 4CJRA 4N56A 3O3FA 4EZ6A 4W5NA 3RMBA 1VSJA 1WAFA 2HNYA 1NOZA 4OKEA 1B9FA 1TKZA 4DMNA 1LWEA 2GUIA 5J2QA 4CJUA 4IBNA 4E7LA 1YT3A 1IKXA 1XI1A 4HUEA 4DQRA 1IH7A 4ICLA 5C42A 3QEPA 1RDDA 1HNIA 2ZQBA 4CJLA 1ASVA 1XHXA 1U04A 3AVAA 3VQBA 4O4GA 1WSFA 3VQDA 3ZSVA 4KFBA 4DQQA 2Y1IA 3OYHA 4M3RA 2WONA 5KGXA 5J2MA 3TARA 2PY5A 3IRXA 3PX0A 4ELTA 4G1QA 2PYLA 4OGEA 2KZZA 4Q0BA 3LZIA 3U6FA 4DU3A 4J2EA 5CY4A 3DRSA 4KI4A 3KJVA 3OS1A 4I2PA 2VG7A 4DSEA 4DLEA 4IKFA 4B08A 4RG8A 1U47A 4DF4A 4DQIA 1FKOA 4OVLA 3FFIA 3KIOA 2QKKA 5FRNA 1L3TA 1BCMA 3C6UA 1A5XA 3KLEA 1SL2A 1KRPA 2HHXA 4ZTJA 2WOMA 1D8YA 2HHUA 2Z1GA 4FJ9A 1B9DA 4N47A 1HMVA 1VSIA 4Z4IA 3SCXA 3ASMA 3CFOA 2FC0A 3NE6A 1QE1A 4E3SA 5CYMA 3K5OA 1T05A 1UAXA 4M3WA 4HUGA 4B9SA 1QHTA 3CM5A 1B92A 4CGHA 3OYLA 1ASWA 4FK0A 4M3TA 4O44A 3SUPA 1SKSA 4EZ9A 5DMRA 4H8KA 1UA1A 4CJ5A 4DTXA 2HNDA 1I3AA 1HNVA 1QSYA 3TAPA 2IS3A 2VG5A 1C1CA 3P1GA 4GVMA 4CJQA 3OJUA 2BDPA 4PWDA 4DQSA 3ISNC 2Q3SA 3DI6A 2OPPA 4MFBA 4EP5A 3OS2A 4ELVA 3LPTA 1S6PA 1VSLA 1X9SA 1HYSA 3O4NA 1RTHA 1D5AA 3NF8A 3CQ8A 3NF6A 1J53A 2W42A 3SV3A 4UQGA 5JS2A 3AVNA 2OPQA 4E89A 3CG7A 1YVUA 3MAQA 4W5TA 4CIGA 4FYDA 2HW3A 1S9EA 3RWUA 1KVCA 1BISA 4DTUA 1ZBUA 4LSLA 1RTJA 3QERA 4AHCA 3KD1E 3BGRA 1DTTA 1O1WA 1RBUA 3ZSOA 4CHZA 4OGCA 2B5JA 3VA3A 3RRHA 2FBTA 4DFJA 1EP4A 3KK1A 2HVIA 3DYAA 3ZCMA 4J2AA 3ZSRA 4E1MA 1VSFA 4FCYA 3L3UA 2HHTA 3QNNA 3TABA 1WSGA 2RF2A 3L3VA 2OPSA 4B9UA 4DU1A 3V9ZA 4Z4EA 3I0RA 4FJHA 4C8MA 1X9MA 1JLAA 1NKBA 3OYMA 4Y1DA 3MXIA 3AVCA 2KTQA 4F2RA 3SZ2A 1JL1A 3OVNA 5FRMA 3KLHA 4BDYA 2QXFA 3OYIA 4AHRA 1C1BA 3O3GA 4B9NA 4CFCA 4DWIA 4ZHRA 4CHNA 3KD5E 1DTQA 1RT2A 3HL8A 4OLBA 4IFVA 4DTMA 4FK4A 4CGDA 3MECA 4CHOA 4HUFA 2Y1JA 2G8KA 2AJQA 4CHYA 1JL2A 4C8LA 4FK2A 1RBSA 4CF9A 2OPRA 4B8AB 2X6NA 5KI6A 3LPUA 4CFBA 3RMDA 1KLNA 3VQQA 2O4GA 1UOCA 1EXQA 1HPZA 4QAGA 3KKSA 3PO5A 4L8RB 3OYAA 3S9HA 2D0BA 4OLAA 3WNGA 1VSKA 3U3GA 5J1EA 3HJFA 1KLMA 1IKYA 1XWLA 1BIZA 3E01A 3AA4A 2FBXA 3LDSA 1W0HA 3RMAA 2YNFA 3ZSXA 3M8SA 3TAQA 4E1NA 4KB1A 3QIPA 2IDOA 4DSKA 1KVBA 2B6AA 3NGZA 3TI0A 3NFAA 2HHSA 2FBVA 4H4OA 1F21A 4DU4A 1UA0A 3M8PA 3OYFA 3ITHA 3HPOA 4OKKA 2OYQA 3SQ1A 1VSEA 3V1OA 1VRTA 3SJJA 4DFMA 1NKEA 5HP1A 3HYFA 4DFKA 3KK2A 3V9WA 4N5SA 4FLXA 3TANA 4B9VA 2D0AA 2HNZA 4C8NA 3HP9A 1U45A 3RMCA 3C6TA 4FJXA 3HP6A 1BQNA 3AVHA 3F73A 2F8TA 4FJGA 1WNSA 2BANA 3SPYA 3OJSA 2XY8A 1ZBLA 4FLWA 4CJ4A 3ZSZA 4M3XA 3C94A 1WSJA 3MEDA 2IC3A 4CGGA 4RW8A 4NCBA 1RCHA 4B9TA 3KLFA 4CEZA 2G8VA 1YTUA 4KI6A 3NCIA 4FXDA 3LP1A 3AO5A 4E0DA 3SV4A 4DQPA 2X74A 3AVJA 3OYEA 3I8DA 3P5JA 1RTIA 4FJLA 4CEOA 1DLOA 3IAYA 4CK1A 2P5OA 2DFEA 2KQ2A 2EHGA 1LWFA 4KHQA 1IKWA 4PQUA 2DFFA 3TAMA 4DSFA 2RPIA 4J2BA 4IG0A 4CEDA 3V9UA 3DM2A 3SUOA 3V9XA 1TL1A 4CGIA 1L3UA 2G8HA 2JLEA 3AA5X 4E7JA 4HCCA 3EY1A 1L5UA 4FM2A 4CECA 2P51A 2X78A 4Z4GA 3TAGA 5HLFA 3V1QA 3B6OA 3NH0A 2HHWA 4CEFA 1QSLA 4NCAA 4BDPA 2DTUA 1FKPA 4CHPA 4GW6A 1BCOA 2VG6A 3QIOA 4OJRA 4M42A 5HRPA 2XHBA 4YNQA 3AO2A 4N41A 3T1AA 4JLHA 2F96A 3NGYA 3WNEA 2HHVA 2RN2A 4CGFA 4BDZA 4W5OA 2XY7A 3F9KA 3LALA 3OY9A 1A5WA 1C1AA 3NDKA 3MXJA 4RW4A 4KAZA 4M41A 3SUNA 4EP4A 3VQ9A 3RRGA 1RT4A 4JS5A 4DS4A 4FM1A 3QEXA 1NK9A 4NYNA 4FM0A 1U4BA 3L2RA 1BI4A 4J2DA 1HQUA 1U49A 3G0ZA 1RT1A 3OYKA 1Z25A 4FLYA 3V6DA 3MEGA 1GOBA 2P5GA 2YKNA 3TR8A 4CJKA 4CJFA 3QESA 3SQ2A 3SQ4A 4KHWA 3AVLA 3PY8A 4I7FA 4BE1A 1NK0A 1TKXA 3HK2A 4O0JA 2DY4A 4M3UA 1KVAA 3T3FA 4OKJA 3S3NA 4M45A 4KB0A 3LWMA 3TWHA 4XIUA 3NHGA 4C8KA 3OS0A 3P83D 3K59A 1BGXT 1RT3A 5J2NA 2XY5A 4QOZB 3SI6A 1RT7A 3V1RA 3IS9A 5CYQA 3TAFA 1TKTA 2A1SA 4LH5A 1ASUA 4PY5A 5C24A 3ZT4A 3OYDA 1XHZA 3LZJA 3K5NA 2E6MA 4KPYA 1TAQA 1T7PA 4FZZA 1REVA 3SNNA 1S1TA 4CJSA 5KTQA 3NF7A 2G8WA 4CF0A 4CJEA 1NJWA 1J9AA 2ZE2A 3DLHA 1NOYA 3D0PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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