3S9HA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a dideoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
total genus 324
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3s9hA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3s9hA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3s9hA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3s9hA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3s9hA03
3AVLA 4CIEA 1RNHA 1XWLA 2D0CA 2AJQA 4M3ZA 3PUFA 5FDLA 1BGXT 3AVNA 4CFDA 4DLGA 4M41A 3V9WA 3PY8A 1IKXA 5FRMA 2PY5A 3HPOA 1D9FA 3RWUA 2BANA 4KHWA 1T8EA 3OS0A 1G15A 4L8RB 4DU4A 3QEXA 2D5RA 4I2QA 2OPPA 3OYGA 4KTQA 3V1OA 1HNIA 4CJPA 1J5OA 1U49A 1KFDA 1NOZA 1JLFA 4CERA 2P5GA 3ALYA 4Q5VA 1TL3A 3LDSA 3DRRA 5CZ1A 4AHCA 3VQBA 4CJ3A 1RCHA 3PX6A 1IH7A 1QHTA 3V1QA 3OYFA 3OJSA 4ZTFA 2YNIA 1RT4A 3KD1E 1RTIA 1UOCA 1YT3A 3AVGA 4BWJA 3HK2A 4PWDA 1L3VA 3L8BA 2EHGA 4O0IA 3VA0A 2IC3A 3M8SA 4HTUA 1T7PA 3RR7A 1LAWA 4DF4A 2HB5A 3E01A 3M8QA 1L3SA 1RBVA 2HNYA 3PX0A 2HNZA 1HNVA 2HHSA 3HSTB 3LWMA 4KAZA 4Z4CA 4FW1A 1BCOA 1BIZA 4CGGA 4C8MA 3V9XA 4CCHA 4BE2A 1L3TA 1SKRA 4ELTA 4R5PA 4JS4A 3SYZA 4M3XA 3MECA 4FW2A 1JLGA 2WONA 2OZSA 2X6NA 4B8AB 5KRSA 2F96A 3V81A 2KZMA 1Q9YA 1TL1A 1QS4A 4FJLA 1DTQA 4QAGA 3VA3A 1R0AA 2IGIA 4OGEA 2IAJA 4ZHRA 3F73A 4N41A 2HHTA 4DQRA 4B9TA 4O4GA 1FK9A 3CG7A 1ASWA 3I0SA 3SUNA 3V1RA 1C0TA 3OYNA 1NOYA 4O0JA 4B8CA 3NDKA 4W5TA 3JYTA 2OZMA 1BI4A 4FCYA 1N6QA 3RRGA 1HQEA 3DLGA 3MEEA 4E7KA 3G0ZA 4NYFA 2YNHA 4AHVA 4DMNA 3L2WA 3C6TA 4BE0A 4E1MA 2VWJA 4KB0A 1RILA 3QNOA 5CY4A 1YTAA 3DYAA 3KLGA 3SUPA 1BQMA 3TABA 5CYQA 2KQ2A 4DSFA 1KLNA 3I8DA 4JRQA 2BDPA 3IRXA 3NF7A 2G8WA 3L3VA 3OY9A 2HVIA 4F2SA 3ULDA 2X6SA 3KK1A 3RMCA 3AVIA 3VQCA 4C8LA 3QESA 4J2EA 4KHUA 4MQ3A 3NBPA 4IFVA 1GOAA 1TKTA 4AHUA 1ZYQA 2P51A 4CIFA 3K5OA 4KO0A 4IG0A 2EX3A 4RW7A 3VQ5A 4CEFA 4DSKA 2Z1HA 3ZSZA 3LP0A 4Z4FA 3S9HA 1GOCA 4JRPA 3I0RA 3TAQA 2F8SA 4Z4HA 2ITGA 3VQ6A 3DLBA 1JLQA 1RT6A 2D0BA 2YHBA 4B9MA 4CF0A 1K6YA 4B9UA 3SQ4A 4FLXA 1C6VA 3L3UA 2YV0X 3OS2A 3LWLA 2KFZA 3AA5X 1A5WA 3K5LA 2D0AA 4CEQA 2YKMA 1HYZA 3S3OA 3AVKA 4HCBA 1VSMA 5KI6A 1TAUA 4W5NA 4CJ4A 1C1BA 1QQCA 1VSJA 1NJWA 3AO3A 3BDPA 2FBYA 3HL8A 4DTOA 1VK0A 2PYLA 1BISA 4CEAA 1NKEA 3K58A 2OA8A 4KI4A 4DG1A 1KRPA 3VQPA 3L2UA 1RDAA 4N56A 4M3YA 2G8VA 4OKKA 3OYEA 4HVJA 3SZ2A 4DLEA 4AHSA 4W5OA 4OKEA 1A5XA 4CGHA 1TAQA 1D5AA 1A5VA 1S1UA 2JGUA 4CHQA 1WN7A 3DMJA 4IDKA 1SKSA 3HYFA 4FZZA 1ZBIA 1J9AA 2F8TA 3A2FA 3ASMA 3OYLA 4GMJB 4BDPA 3OS1A 4DFJA 1LWEA 3U3YA 4Z4GA 3QNNA 4BACA 2R7YA 3HP9A 3V9SA 4M42A 1S1WA 1RBTA 3RMDA 1KVBA 3LANA 4CGDA 2A1RA 1UA0A 3LPTA 2KZZA 1RBRA 3OYAA 1X1PA 1CXUA 4J2AA 2IDOA 3LALA 4ELVA 5DMRA 1Z25A 4NYNA 1VSLA 3K2PA 4JLHA 4E89A 3FFIA 3S3NA 3QETA 3HO1A 3SI6A 1RBSA 1JL2A 4E7LA 5SZTA 1RT7A 2GUIA 4RW6A 3B6OA 2XY5A 4E7HA 4BE1A 1RDCA 1I39A 1TVRA 1LWFA 4FK2A 2PZSA 3SUQA 4J2BA 3NF8A 3ZSVA 5C42A 3NH1A 4DQIA 5C25A 1IKYA 2XY7A 1Q8IA 3MEDA 3AVAA 1CZ9A 2XHBA 1W0HA 3QO9A 4CJQA 4DTMA 4BDYA 4C8OA 4DSJA 1EETA 3QIOA 1NJYA 1Z26A 3LPUA 4OVLA 2VWKA 3SQ1A 4FLWA 3AVJA 2KW4A 2DY4A 3ZSQA 4DSEA 3QEIA 2G8FA 4KTWA 1JL1A 4KHSA 3THVA 2GV9A 4B08A 1XHXA 1CZBA 4FJHA 1LW0A 3PX4A 4AH9A 4HCCA 4LY7A 1XHZA 1O1WA 1WLJA 1RT2A 3EY1A 3K57A 3NE6A 3KK3A 5D3GA 3G10A 2YKNA 4Y1DA 4LH5A 1WSIA 3MEGA 4DTSA 3ZSOA 1YVUA 3TWHA 5FRNA 3KKRA 3KIOA 5T7BA 3VQAA 3NGIA 4DTPA 4DU1A 1LW2A 3TR8A 3ZSRA 5HRPA 5JS2A 1S5JA 1I3AA 4E1NA 2HW3A 4DQQA 3AA2A 4CF8A 5J2QA 3DLKA 1VSIA 3O3HA 3K5NA 4B9LA 2YNFA 4FLTA 3AO2A 3HVRA 2OPRA 4CJEA 3RRHA 5J2NA 1IG9A 3OJUA 3OYIA 4KPYA 4KHQA 4OGCA 5K14A 3T3FA 3O3FA 2KFNA 3V9UA 1HYVA 3O3GA 4DFPA 3SPYA 2HHXA 1VSHA 1KLMA 4CJWA 2DFHA 3SPZA 2HHUA 3TAEA 4OKJA 4Z4IA 3AVBA 4XIUA 4IBNA 4PY5A 1WAJA 1DLOA 3LZJA 4E19A 4LD0A 3SQ2A 5E41A 4CF2A 1JLAA 3PO4A 4CGIA 3RMBA 2FBXA 3NAEA 3NF9A 4DSIA 1ASUA 4PA1A 4OJRA 4B9NA 4Q0BA 4RW9A 3QERA 1VRUA 2RKIA 1NJXA 2OPSA 1SL0A 4CEZA 4E7JA 2QK9A 5JS1A 3ZT2A 3KLIA 4I9QA 1D9DA 1U48A 2B4JA 4OLBA 4TSXA 1WSGA 1RTJA 2XRIA 3T1AA 4DTXA 4O44A 4CGFA 1NJZA 1T05A 5CZ2A 4C8NA 3IAYA 1LAVA 3L2RA 5KGXA 2O4IA 4ICLA 1XC9A 3SQ0A 2P5OA 3CYMA 3OYDA 3WNEA 1ITGA 4HUFA 2P1JA 5J1EA 4DF8A 5I3UA 4CEOA 1WSJA 1L3UA 2O4GA 3AVCA 4YFUA 4CJVA 1TKZA 2I5JA 1C0MA 1L5UA 2OYQA 1TK0A 4FJMA 3K5MA 4DQPA 5C24A 1EX4A 4I7FA 1HYSA 3OYHA 5HRNA 4FJ8A 4CK2A 4ELUA 4DFKA 2ZE2A 1J53A 3HXMA 2HHWA 3TAMA 2DFEA 3M8PA 3AO1A 3NH0A 1LWCA 1EXQA 1S1XA 3QIPA 4GW6A 3AVMA 2E6LA 1TGOA 3QEWA 3AVHA 4DSLA 1U04A 4FM0A 4CHNA 1RT1A 2HMIA 1SV5A 3C95A 4Z0UA 4KKOA 3LAKA 1B9FA 4FLUA 1UAXA 3CM5A 4N47A 3L2VA 4LH4A 2OPQA 4CIGA 3QLHA 4DTRA 2Z1IA 4FJ7A 4CF9A 4K8XA 1TK8A 1KVCA 1RTDA 3K59A 3RTVA 4C8KA 2VG7A 4FM1A 1KVAA 4EP5A 4CE9A 3OYJA 2B5JA 3AV9A 3IG1A 1NK7A 4N76A 2A1SA 4RW8A 1JLEA 3CFRA 2DFFA 4N5SA 3KD5E 2E6MA 4I9LA 1QTMA 1WSHA 1QE1A 1TK5A 3CQ8A 3AO5A 3WNGA 2RF2A 4W5QA 2G8UA 4B9SA 3RR8A 4I2PA 3SNNA 4CEDA 3NGZA 3V4IA 4DS4A 3NCIA 3LP3A 4B3OA 1UWBA 4B9VA 3BGRA 4KFBA 1GOBA 4DQSA 3CFPA 1U4BA 1JKHA 1VSKA 3O4QA 3NGYA 3C94A 3KLEA 3PV8A 3LZIA 1S9GA 1X9MA 1D8YA 2BGGA 1XI1A 1SL1A 4CHPA 3HP6A 2WOMA 2W42A 1IKVA 5J2PA 2VG5A 5KGWA 2G8KA 1NK6A 5HBMA 3VQ9A 3ZT3A 4CJFA 2YNGA 1HPZA 3VQDA 1RT5A 4LSLA 4CJRA 3NHGA 3ZSXA 3WNHA 4F3TA 3HVTA 4PQUA 1BCMA 1S6QA 2RPIA 4FLZA 3AA4A 5KTQA 4JS5A 4E0DA 4FVMA 5HRRA 2ETJA 1J54A 4IFYA 3VQ7A 2X78A 4FLYA 4FJJA 1WSFA 3KK2A 2FBVA 2ZQBA 4AHTA 2XO7A 3U6FA 1QSYA 1TV6A 4CHOA 2KTQA 3ISNC 1REVA 4ID1A 1LV5A 4NCBA 3TAPA 3NFAA 2IS3A 3M8RA 4CK1A 1WAFA 1CXQA 1RT3A 2PYJA 1FKOA 1NK5A 1X9WA 2QXFA 2LSNA 4IG3A 3KLFA 3DLHA 1KCFA 3WNFA 4FLVA 4CJ5A 3MAQA 3PO5A 4Z4EA 2Z1JA 4CESA 4EZ9A 1X9SA 1S1VA 2YHAA 2HHQA 4LSNA 1ZBUA 3DM2A 4O5BA 3UIQA 3SV4A 2GBZA 3ZT1A 1B92A 4BWMA 3DRPA 4F3OA 1RDBA 4F8RA 3CM6A 1Q9XA 4DS5A 1IO2A 4KHYA 4G1QA 1KFSA 2QKKA 2Y1JA 1YTUA 3TAGA 1NKCA 2Y1IA 1S1TA 4RG8A 4QOZB 2ATQA 2VG6A 4OPKA 1KSPA 3NH2A 5J2MA 4CF1A 3EZ5A 1NK0A 5I42A 1BIUA 3P83D 4FJ9A 4QCLA 1ZBFA 3ZCMA 4Y1CA 2XY8A 4CGJA 3MXIA 3P5JA 3HPGA 3DI6A 3ZSWA 4FJ5A 4H8KA 1NK9A 4CECA 3O4NA 2IOCA 3AA3A 3H08A 4OPJA 2HNDA 4GVMA 1MU2A 4DWIA 2HHVA 3HPHA 1C1AA 1FXXA 1NK4A 1IKWA 1ASVA 1BL3A 3KKSA 1T03A 4CJUA 1N5YA 3EYZA 3QINA 5KRTA 1NKBA 3OVNA 1C1CA 3VQ8A 5HROA 3KLHA 5HLFA 4ID5A 4EZ6A 1HQUA 4FJNA 1RTHA 4M3RA 2NUBA 3OYBA 5HP1A 1NK8A 3CFOA 4E7IA 3F9KA 4AILC 2BE2A 1F21A 1JLBA 4MFBA 4H4MA 4EP4A 4HUGA 2ZD1A 4FZXC 4OLAA 1QSSA 3LAMA 4FJXA 3HT3A 4KTZA 1JLCA 4FZYA 4NCAA 1SUQA 1CLQA 1HMVA 4CJTA 3DOKA 4BDZA 1U47A 1QSLA 2X74A 3P1GA 4O55A 4KRFA 4M3TA 5FROA 3ZSYA 4CJSA 3B6PA 4M3UA 4HUEA 1FKPA 3DLEA 1VRTA 3U3GA 3V6DA 3QEPA 3TANA 1SL2A 4FJIA 2DTUA 4CK3A 3OYCA 3OYKA 1EP4A 1JXBA 1HJRA 4CJLA 1ZBHA 4J2DA 3KJVA 2XY6A 4DU3A 3JSMA 1HRHA 2Q3SA 2E4LA 1WSEA 4WE1A 1TKDA 3IS9A 3KTQA 3DRSA 2HVHA 3MXJA 4ZTJA 4FK0A 1VSEA 2QKBA 5SWMA 5EU7A 1Y97A 3VQEA 4YNQA 3V9ZA 5DK5A 4FXDA 2JLEA 4KHNA 3LP1A 4KREA 1RDDA 1W9HA 1WNSA 3D45A 1S6PA 4M3WA 3NF6A 4DTJA 3MXMA 3HJFA 4M45A 4PUOA 4F2RA 1BI4B 1DTTA 5CYMA 4HHTA 3RMAA 3LP2A 1S9EA 3DOLA 4CEEA 3AO4A 5HRSA 4DFMA 3C6UA 3OYMA 3TARA 3SUOA 4F4KA 1VSDA 4NCGA 1ZBLA 3VQ4A 3DLRA 4RW4A 4CHZA 4AHRA 2G8IA 4W5RA 1SKWA 2FC0A 1RBUA 1TKXA 4CFAA 1UA1A 3VN5A 4FK4A 4FJKA 3ZT0A 1C0UA 3ITHA 4FJGA 3HM9A 1U45A 3S3MA 3T19A 4KV8A 3SJJA 1B9DA 3ZT4A 1BHLA 4CFBA 3TI0A 1JXEA 4FM2A 4FYDA 4UQGA 3D0PA 4KB1A 4KI6A 2B6AA 3SV3A 1EKEA 2FBTA 4K8ZA 4CJKA 2Z1GA 1BQNA 1VSFA 2G8HA 4CHYA 4DTNA 3L2QA 2RN2A 4IKFA 1KTQA 3QEVA 3TAFA 3AVFA 4H4OA 4DTUA 3VQQA 4CEBA 4CFCA 4E3SA 3SCXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CJB A;  3VET A;  1XWL A;  3J8A A;  3QFU A;  5FDL A;  3PY8 A;  1N36 K;  1JCG A;  5FRM A;  1VQ6 N;  4JI7 K;  2PY5 A;  3HPO A;  2RE2 A;  3RWU A;  3W3D A;  4KHW A;  5BR9 A;  1T8E A;  3OS0 A;  4L8R B;  4DU4 A;  1FZH E;  1OVY A;  2P9I A;  3VTH A;  1J5O A;  3OBY A;  1KFD A;  1JLF A;  3M3Z A;  2P5G A;  2UUB K;  1TL3 A;  4IOA L;  4ADO A;  3TSQ A;  4AHC A;  3OYF A;  4ZTF A;  3AAP A;  1HNW K;  1XU3 E;  1T7P A;  3WXJ A;  2HF3 A;  3M8S A;  4JKF A;  2HB5 A;  4PHT X;  2HNZ A;  2HHS A;  3HST B;  3LWM A;  1YAG A;  1OH6 A;  2P9P A;  4GV9 A;  3V9X A;  1TYQ A;  2NRR A;  1SKR A;  4H0Y B;  4KHP K;  3MEC A;  3VGM A;  3GL1 A;  1JLG A;  4B8A B;  2KZM A;  2F96 A;  2ZF5 O;  1ZBS A;  3VTI A;  3WXL A;  2O8B B;  1TL1 A;  3AGR A;  1R0A A;  3CCL N;  2IGI A;  4OGE A;  4ZHR A;  4JD2 A;  3F73 A;  2YI1 A;  3D2F A;  1KAZ A;  4DQR A;  4B9T A;  3I0S A;  3V1R A;  5JLH A;  3SUN A;  4HCB A;  3JYT A;  3NDK A;  4W5T A;  3FZL A;  4E1M A;  4JV5 K;  1RIL A;  1YTA A;  3KLG A;  1FZ8 E;  3SUP A;  5CYQ A;  1VQ7 N;  4LF8 K;  2BDP A;  3NF7 A; 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