3S9HA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a dideoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3s9hA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3s9hA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3s9hA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3s9hA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3s9hA03
4DTNA 3V1OA 3O3GA 3OYFA 2E6MA 3TR8A 4FZZA 1HQEA 5J1EA 4BDYA 2ITGA 3CM6A 3DM2A 3SPYA 3VQBA 3ZSOA 2HHXA 4DU4A 4DTMA 3SV4A 4M3RA 3UIQA 1X9MA 4GW6A 1LAWA 1NK9A 2XHBA 1YTAA 3L3UA 4CE9A 4CF8A 3ZSQA 1D5AA 1JLGA 2XY7A 2VWKA 1RILA 5C24A 3OYEA 1XC9A 1WSHA 4CJPA 2FC0A 3PX4A 4CJQA 1KCFA 2FBVA 4CJTA 3KLFA 3D0PA 4B3OA 1QQCA 3MAQA 3NAEA 3QNOA 1REVA 3AVNA 4O55A 3F73A 1SL0A 1JL2A 1NJYA 3SYZA 2G8KA 4C8LA 4DTPA 5HP1A 3PV8A 1SKSA 1VSHA 4CGGA 4N5SA 2DFFA 4Z0UA 4FJHA 4AHSA 4KKOA 3ULDA 3VA3A 2AJQA 4AH9A 2ETJA 3V1RA 4FZYA 4FM1A 4CJ3A 4UQGA 4BDPA 1ASUA 2Z1HA 1K6YA 1JLAA 3HL8A 3ITHA 2IOCA 3CM5A 4LY7A 3LWMA 1LWCA 4Q5VA 4E3SA 2BDPA 1EXQA 5HRRA 4H8KA 1TK8A 4ELTA 5HROA 4L8RB 2YKNA 3NGZA 4DS5A 4DSJA 5CY4A 4DG1A 4W5QA 4CEDA 5J2QA 3HYFA 4CHOA 1RDAA 2PY5A 3AV9A 3B6OA 1SKRA 2QKBA 2B4JA 3LPTA 2DFHA 4CF9A 4DFPA 1TAQA 4LSLA 1C0TA 1KLNA 4RG8A 1D8YA 3QO9A 2R7YA 4PQUA 1VSFA 3IRXA 1VSMA 2P5GA 4QAGA 4DFKA 1XI1A 2G8UA 2HW3A 3V9SA 1HNIA 3HXMA 4BE2A 3HVRA 3KLIA 4FJNA 1A5VA 3AA2A 4H4OA 3VQ9A 2YV0X 1KTQA 3AVMA 2YNFA 3OS0A 1LV5A 4GMJB 4C8KA 5HBMA 3ZSWA 1UA0A 5CYQA 1B9FA 3THVA 1BL3A 1FXXA 3QEVA 1YTUA 1HRHA 2OPSA 3S3NA 3SQ4A 4CEQA 4F4KA 1BHLA 4FJ9A 1RT1A 1TGOA 3LZJA 2Y1IA 2HHTA 1QS4A 1C1CA 5KGWA 3AVHA 2D0BA 4OGCA 1DTTA 1KRPA 1F21A 4CJ5A 4HVJA 1N6QA 1KVBA 4BE1A 1ZYQA 3P83D 4ICLA 4PA1A 3RMDA 3V9XA 4OKKA 4ZTJA 3L3VA 1S1VA 4CHYA 1RTHA 3OVNA 4CK3A 4ZTFA 1IKWA 1JLCA 4WE1A 3V6DA 5HRNA 5KI6A 3DLEA 4ID1A 3LANA 4KTZA 4KB1A 4ELUA 3QINA 1KSPA 3LP3A 2NUBA 4CERA 1ITGA 3OYNA 2D0CA 4OPKA 4KV8A 1T7PA 2HHUA 3AVBA 2JGUA 3AVAA 3ZT0A 1QE1A 3NF6A 5FROA 4HUGA 3QIPA 1JLBA 1XHXA 2OPPA 3AO1A 4CGHA 4W5RA 2KFNA 2PYLA 1KVAA 4B9LA 2KZMA 3SNNA 2D0AA 4MQ3A 4CCHA 4OKJA 4OLAA 1BISA 1G15A 2IGIA 4B9TA 3TAQA 1KFDA 3VQ5A 4DS4A 4CIGA 3TABA 4E89A 3RRGA 4RW9A 3ASMA 1RBUA 3V9ZA 2VG7A 5J2PA 3QERA 3SUPA 1MU2A 4CJ4A 1Q9YA 1NJWA 4MFBA 3K5OA 3L2WA 3OYLA 1U4BA 1S1UA 1WN7A 2KQ2A 4KREA 3BDPA 4Z4IA 3K59A 4DSKA 3RMBA 4CEFA 3HP9A 3AVFA 4CF2A 2IAJA 3PX6A 2YHBA 3MEGA 4Z4EA 4E7LA 5SWMA 4KFBA 3K58A 3EZ5A 3HVTA 4FLUA 1RT7A 4E7KA 3M8RA 3OYHA 4W5OA 4FLVA 3OYBA 3ZSXA 1L3SA 3P5JA 4HTUA 1Z26A 4C8MA 3V9WA 3DLBA 4CJLA 3SPZA 1WSJA 4CHPA 1C0UA 2G8HA 1S6QA 3VQPA 2BGGA 3HK2A 2HNZA 3T19A 4I2PA 4B9NA 2HHWA 4KHUA 4J2BA 3DOLA 1X9SA 1Z25A 1C1BA 1Q8IA 3OYMA 4DU3A 3KK3A 1KLMA 4FCYA 3O3FA 1DTQA 1RT4A 1CLQA 3ZT4A 2Z1JA 4CHNA 5FRNA 5K14A 3LZIA 3DLGA 4OLBA 3OS1A 1J53A 3MECA 1S9EA 4RW8A 4KRFA 1IH7A 4EZ6A 1BIUA 1VSEA 3K57A 4QCLA 1WSEA 2DFEA 1SL2A 4AHVA 4QOZB 1O1WA 3I8DA 2RN2A 3V1QA 3SV3A 3C95A 2VG5A 4LH5A 2WONA 4IG3A 4DLEA 2LSNA 3B6PA 3RWUA 4J2AA 1IKYA 1SUQA 4CFAA 1NK4A 1A5WA 4DTXA 1WSFA 1BGXT 3DYAA 4HUEA 4DFJA 2HVIA 3EYZA 3IS9A 3O4QA 1VK0A 3SZ2A 1RDBA 3P1GA 4CF0A 4OPJA 3ZCMA 1WAJA 3NHGA 1C0MA 4FLWA 3M8PA 1U49A 4DQQA 3NE6A 2D5RA 4BDZA 4FJLA 3OS2A 4XIUA 2HMIA 4N76A 3OYCA 2QXFA 3KTQA 3QNNA 4HCBA 4FLTA 4CHZA 4E1MA 2RPIA 4IKFA 1RDDA 3SQ0A 4YNQA 4Z4FA 3NF9A 4KB0A 2QK9A 2HVHA 4E0DA 3LWLA 3ZT1A 3KKRA 1BI4A 2OPRA 3D45A 4CF1A 4EP5A 2DY4A 2KFZA 4OJRA 1NK5A 3O4NA 3TARA 2Z1IA 4K8XA 4CEEA 3U3GA 4M3XA 2HHSA 1UOCA 3KIOA 4CEOA 3OYJA 3HM9A 2OYQA 3HT3A 4CECA 2XY6A 1EKEA 1Y97A 1HYSA 1TKZA 1NJZA 3CYMA 4PUOA 4W5TA 3AVKA 1JLQA 4DTUA 1U47A 2G8VA 1HYVA 1C6VA 3G10A 4Y1DA 3AO5A 1S6PA 4DQSA 3AVJA 1BQNA 4C8OA 1N5YA 3AO2A 1JLFA 2GV9A 4CFBA 3CFRA 5C42A 3K5NA 4AHUA 4M42A 1NKBA 3LP0A 1U48A 2YNHA 4M3TA 3U6FA 3LP1A 4KO0A 2XRIA 5KTQA 4DSIA 3SUNA 2FBTA 3NF8A 3QEXA 3ZT3A 3NGIA 4NCBA 1YT3A 3KLHA 1W9HA 4CGIA 1BCMA 3AVLA 2G8WA 4DSEA 1QHTA 4I9QA 5KGXA 3TWHA 3ZSRA 3TAPA 4FW1A 2ZD1A 4DF4A 2B5JA 3MEEA 4O0JA 4CJSA 2A1SA 3SUOA 4FJMA 4KI6A 2YNIA 1EP4A 1JKHA 1RTJA 4DQPA 3VQ7A 3ZSVA 3PO5A 4CGFA 3O3HA 4EZ9A 4BE0A 3V4IA 4E7IA 3MXIA 1RCHA 1RT2A 1L3UA 3OJUA 4I2QA 5FDLA 1WAFA 4J2EA 2FBYA 3SI6A 4O44A 3VQ4A 5HLFA 3T3FA 4FJKA 1JXBA 1RBTA 1IKVA 1W0HA 2X74A 3VQEA 4CJUA 3JSMA 1QSYA 3LPUA 1XWLA 3OYAA 3KK1A 3L2UA 4CGDA 4F2RA 3CQ8A 4FW2A 3DLKA 3ISNC 3RR8A 1VSLA 1U45A 1TV6A 3DOKA 4ZHRA 1CXQA 3NH1A 1NKCA 4M41A 4NYFA 4F8RA 4LD0A 3PX0A 1IO2A 3NH2A 4KHWA 2XO7A 2PZSA 2HNYA 3AVIA 3VQ8A 2EX3A 4I9LA 1L3TA 4CK1A 3NDKA 4DQIA 2HHQA 4CEAA 3RRHA 1T05A 4NCAA 3VN5A 4RW7A 3RTVA 4Z4CA 1HQUA 3EY1A 4M3ZA 1QSSA 4FJ7A 3NBPA 2P51A 2OPQA 1S1WA 1JXEA 1RT6A 4KTWA 4FM0A 1R0AA 4O5BA 2GBZA 4KHYA 3QLHA 1GOBA 3LAMA 4DWIA 4PWDA 3VQ6A 1HMVA 3PO4A 4GVMA 3L2QA 4E1NA 4LSNA 4FYDA 3AVCA 3HO1A 3KK2A 2G8FA 3JYTA 3HSTB 4W5NA 2IS3A 3NH0A 3CFPA 1JL1A 1J9AA 3M8QA 4M3UA 4E19A 2F8SA 4FXDA 1XHZA 3IAYA 4TSXA 5T7BA 3K5LA 2KW4A 4EP4A 4KHNA 3ALYA 4H4MA 1SKWA 4O4GA 4FLZA 1ZBLA 5E41A 2F96A 3DI6A 1TKXA 5CYMA 1L3VA 3CG7A 3S9HA 1GOAA 4Q0BA 5DK5A 5HRPA 4ELVA 2OZSA 1FK9A 4DSFA 3TANA 1WNSA 1TAUA 3OY9A 2ZQBA 2F8TA 1RDCA 3NGYA 4M3YA 4CJKA 4JLHA 2KTQA 4IFVA 5HRSA 4DFMA 1UA1A 3H08A 3DRRA 4DMNA 2OA8A 2XY5A 3KD1E 3VQQA 3WNEA 1RNHA 2YNGA 2IC3A 3WNGA 4N41A 3ZSZA 3AVGA 2ATQA 3SQ1A 4CFDA 3KJVA 1EETA 1TL1A 3QETA 1KVCA 4AHCA 3FFIA 3IG1A 4IBNA 1X1PA 3SUQA 1LAVA 5J2NA 3RMCA 3V9UA 4AHRA 4DTJA 5J2MA 1B9DA 2HNDA 1I3AA 3PUFA 1HPZA 2X6SA 4IG0A 2G8IA 1S9GA 4CJFA 3G0ZA 4KTQA 2DTUA 2P1JA 3DMJA 3U3YA 4OVLA 4PY5A 3K5MA 3AO4A 4JS5A 3L2RA 1L5UA 4R5PA 3QIOA 3PY8A 4FK4A 3C6TA 1ASVA 4HCCA 4CJVA 5KRTA 4KHSA 4CEBA 3TAGA 1TVRA 1CZBA 3VQAA 1ZBIA 1QSLA 1EX4A 1S5JA 1VRUA 2YKMA 1ZBFA 3CFOA 3AO3A 2Q3SA 1IKXA 1TK0A 4DSLA 3BGRA 3ZSYA 3HP6A 1D9FA 4AILC 2Z1GA 3DRPA 1VSKA 1YVUA 3QEPA 3S3OA 1SL1A 4RW4A 1NJXA 3VQDA 4Z4GA 2HHVA 1TK5A 1T03A 3TAEA 3NFAA 4B9VA 3KKSA 4FLYA 3L8BA 1ASWA 3OYGA 3TI0A 1HYZA 2HB5A 2IDOA 4E7HA 3SJJA 2X78A 5I3UA 4F2SA 5D3GA 4FJ8A 3C94A 5EU7A 3A2FA 1T8EA 1BI4B 1LWEA 5JS2A 4CGJA 4CIFA 3VQCA 3KLGA 2XY8A 4CJRA 1ZBHA 2Y1JA 4OGEA 4KI4A 4FJIA 3AA5X 4BWJA 1NKEA 3MXMA 3MXJA 1TL3A 4G1QA 1X9WA 3TAMA 2O4IA 3C6UA 3LP2A 1HNVA 3QEIA 3DRSA 3SQ2A 1J54A 4OKEA 3MEDA 1CXUA 3AA4A 4M3WA 4FK2A 1VSDA 1BIZA 1B92A 3K2PA 4N47A 4C8NA 1VSJA 3T1AA 4YFUA 1U04A 3OJSA 4E7JA 4FK0A 4HUFA 4J2DA 1RBRA 1WSIA 1SV5A 1TKDA 1RTDA 3DLHA 1QTMA 5JS1A 1LW0A 1A5XA 1RTIA 1DLOA 1TKTA 1WSGA 2EHGA 4JRPA 4BACA 5DMRA 3WNFA 4KHQA 1I39A 4KAZA 5FRMA 4DU1A 3LDSA 3F9KA 3LALA 1CZ9A 2JLEA 1LWFA 4RW6A 4FM2A 4FLXA 4FJ5A 3NF7A 2PYJA 1NK0A 2RKIA 4CJWA 1HJRA 4I7FA 3AA3A 5SZTA 3OYDA 2A1RA 2P5OA 4IFYA 4B8CA 1RBVA 3DLRA 3I0SA 5KRSA 2I5JA 1NK7A 4B9MA 4DTRA 1S1TA 2KZZA 4FJXA 2VWJA 5I42A 1BCOA 4ID5A 3HPOA 3SCXA 3HPHA 1RT3A 1NK8A 3KLEA 4B8AB 3L2VA 2E4LA 2E6LA 2VG6A 1VSIA 1Q9XA 1C1AA 4FVMA 4KPYA 2RF2A 2X6NA 4NCGA 2GUIA 4IDKA 1NOZA 4B9UA 4JRQA 4B9SA 4DLGA 2ZE2A 4NYNA 3OYKA 1S1XA 3S3MA 3KD5E 3RMAA 1ZBUA 4CK2A 1NK6A 1FKPA 5C25A 4CEZA 1FKOA 4N56A 3OYIA 3E01A 4CFCA 4FJGA 4CIEA 3LAKA 2W42A 2QKKA 3RR7A 2BANA 5CZ2A 4M45A 2O4GA 4LH4A 3NCIA 3ZT2A 1J5OA 4BWMA 4Y1CA 4FJJA 4F3OA 3HJFA 1RBSA 4HHTA 2B6AA 4Z4HA 2YHAA 4DF8A 3TAFA 3M8SA 4F3TA 1VRTA 4AHTA 3V81A 4FZXC 4O0IA 1KFSA 1GOCA 2OZMA 5CZ1A 3QEWA 1RT5A 2FBXA 3WNHA 4K8ZA 1BQMA 1UWBA 3HPGA 4DTSA 3VA0A 4CHQA 2WOMA 3QESA 1LW2A 4JS4A 2BE2A 1WLJA 4B08A 3I0RA 4DTOA 4DQRA 1D9DA 1NOYA 4CESA 1IG9A 4CJEA 1JLEA 1UAXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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