4M3RA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-1 of primer/template duplex
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3rA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3rA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3rA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3rA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3rA03
2VWKA 4F3TA 4DF4A 3OYHA 4K8XA 2YNIA 1HJRA 4NYFA 2ATQA 3AO2A 3AVBA 4DTUA 2E4LA 4CEBA 4C8MA 4DSJA 1RT5A 3I0RA 3VQEA 4DQPA 3O4QA 3NH1A 4C8OA 5C25A 4OPJA 4FM0A 1B9DA 4R5PA 1YTUA 2IAJA 4LSNA 1WSFA 3QERA 3OYLA 1KSPA 2EHGA 4RW8A 1C1AA 2B4JA 4W5TA 1U4BA 1NK6A 2Z1GA 2AJQA 1ASWA 4UQGA 2HNYA 3O3FA 4DFJA 4E1MA 4CHQA 2QKKA 1SUQA 3LAMA 3BGRA 3KD5E 2LSNA 2YV0X 4DWIA 4KKOA 5JS1A 1B92A 2Q3SA 3RMAA 5I3UA 3VQBA 3HSTB 1L3TA 1LV5A 1U45A 2HHSA 4AH9A 3OYJA 2GV9A 4F4KA 1I3AA 2HVHA 4DLGA 3PX4A 5HP1A 4CJFA 2GUIA 2D5RA 3KLIA 2RF2A 3SUPA 1HPZA 3AA5X 1TKDA 2HHWA 5HROA 3B6PA 3IRXA 4W5QA 1L3SA 4OLBA 3S9HA 2JGUA 2GBZA 3RMBA 3WNFA 3KK3A 4QOZB 4J2BA 1I39A 1JXEA 3HP9A 3LP3A 5SWMA 4DFMA 4FJHA 3MAQA 4QCLA 1EETA 1HYSA 2X6SA 3NF9A 4G1QA 4M45A 4PA1A 1O1WA 5HRRA 1TK0A 1X9WA 2PYLA 1CLQA 4CGDA 3OS1A 2HNZA 3NGZA 1FXXA 4HUEA 2PYJA 1VSHA 3G0ZA 2KZZA 1W9HA 4E0DA 3VQ4A 1BQMA 3V1RA 3CYMA 1BISA 1TK8A 1RDBA 3I0SA 1RT4A 3AA3A 3PX6A 1NKEA 1J53A 1U47A 3OJSA 2P5OA 1WSHA 4OGCA 4CJ4A 3FFIA 3SI6A 3VQ7A 3HJFA 3QEIA 2VG7A 2YHBA 4FLVA 1S1TA 4CJTA 4CJKA 4KREA 3L2UA 2WOMA 1LAVA 1SKWA 1LW2A 4ELVA 3SUNA 3BDPA 4KPYA 1RILA 1HQEA 3CFPA 1S9EA 2QXFA 5KTQA 1JLAA 3OVNA 3DLBA 3HPOA 1TKZA 1C0UA 1LW0A 1UA0A 3PY8A 4Z4CA 4B9UA 2ZE2A 1NJXA 4C8LA 3TAGA 2YNHA 3O3HA 3AO5A 4CHZA 4CHNA 3QETA 4FJJA 3QNNA 4ZHRA 3V9UA 1R0AA 3ZSOA 3HPHA 1X9SA 3MXMA 4FLXA 3AVAA 1UOCA 4KO0A 2HMIA 4CEOA 3DLKA 1ZBHA 1VRUA 3P5JA 3K5LA 3U3GA 1C0MA 4GMJB 3ZT1A 1RNHA 1NKBA 4FZYA 4DTJA 4KRFA 2FBTA 4C8KA 4DU1A 3VN5A 2KZMA 4OKKA 2W42A 1D5AA 4B08A 3DYAA 3TWHA 4CJSA 4FJKA 1RT2A 4LH4A 3VQ6A 3K59A 4K8ZA 2YHAA 1WNSA 3LPTA 4JS5A 4HVJA 3HYFA 3TABA 3ZSRA 4BACA 3V9WA 1HYVA 2VG5A 1ZBLA 3VQ8A 3VQAA 3NGYA 2Y1IA 3AO4A 3DLGA 3D0PA 3L3UA 4N47A 3LANA 3M8SA 4FW1A 4FM2A 3DOLA 5KRTA 4FLYA 4DQQA 2R7YA 3NAEA 1U49A 3U3YA 3RR8A 3F9KA 3AVFA 1RBRA 4AHTA 2D0CA 3E01A 3KLEA 3SV4A 4FJIA 3MECA 5CY4A 1ITGA 2A1SA 3AVNA 4LY7A 1VRTA 3IS9A 4CF1A 4B9SA 3K5OA 1IH7A 3V4IA 4DU3A 1RT1A 2X6NA 4IDKA 4KHSA 1YVUA 2ITGA 2XY6A 1ZYQA 4CCHA 3I8DA 4PWDA 1SL1A 4M3XA 4DTSA 1F21A 1S1VA 3MXJA 3O3GA 1WAJA 1IKYA 1JLBA 4GW6A 3T1AA 2O4GA 5HLFA 3JSMA 5FROA 1HRHA 4YNQA 4NCGA 3VQPA 1IKVA 4EZ9A 3AA2A 1FKOA 2ETJA 1TAQA 1VSFA 2Z1IA 2EX3A 4E1NA 4BE0A 2YNGA 5FDLA 2B6AA 3V9XA 1QSYA 1QTMA 3DM2A 5I42A 5KGWA 4I2PA 3QEWA 1JL2A 1TKXA 3AVHA 2XRIA 3IG1A 3NFAA 3ZSXA 4CGFA 3SCXA 3B6OA 3C6UA 3LAKA 4OKJA 5CYQA 3HK2A 3LALA 1A5WA 1BI4B 3KD1E 2G8IA 4HUGA 4PQUA 4W5OA 3PX0A 4E89A 4M3RA 3OYBA 3KKRA 3OYMA 4EP5A 3NF7A 2ZD1A 3LP0A 1LWFA 4OKEA 3V1QA 3RMCA 4CEDA 1U48A 4DSKA 4M3ZA 1TVRA 1L5UA 1TL1A 1C1CA 3ITHA 2F96A 3TR8A 1A5VA 4DMNA 2BE2A 4M3YA 2FBXA 5SZTA 2F8TA 4KTQA 2HVIA 1SL2A 1VSJA 4ICLA 3HP6A 4ZTFA 3L2VA 4DTMA 2G8UA 3IAYA 5E41A 3M8PA 3OYGA 4LSLA 1GOCA 4FCYA 3V81A 2XY7A 1RTIA 2P1JA 4IBNA 1NK9A 2OZMA 1DTQA 2DY4A 2O4IA 5J2PA 4TSXA 4N41A 4DSLA 4CGHA 3ZT4A 4I9LA 3SZ2A 4JRPA 4CEEA 3F73A 3ZSQA 1BQNA 2X78A 4MFBA 4B9MA 4KHNA 3T3FA 2HHXA 4Q0BA 1KRPA 2HHVA 1NKCA 3QLHA 4AHVA 4Z4HA 1ZBIA 3VA3A 1UA1A 3H08A 1JLFA 2XHBA 2OPRA 3DLRA 3K2PA 2XO7A 3HM9A 1SL0A 3PO5A 1B9FA 4JLHA 4Y1CA 3RRGA 1HMVA 2RKIA 1VSKA 4HCBA 1Q9XA 1RBSA 1YT3A 4N5SA 4W5RA 3OYDA 1KLNA 1RT7A 4RW9A 1ASUA 1Y97A 3AV9A 4RW7A 5C24A 3AVCA 3M8QA 4B9NA 4DG1A 1S1XA 1RT3A 3ZSWA 3OYFA 1C0TA 4AHUA 4RW6A 3ISNC 4CGJA 4KB0A 2IDOA 1EKEA 1KTQA 1RCHA 3K5MA 2KFZA 3AVJA 3TAFA 4DTOA 1GOAA 4C8NA 3VA0A 4E7IA 3V9SA 2F8SA 1TV6A 3DI6A 3S3MA 3OS0A 4J2EA 5JS2A 2IGIA 3ZT0A 4CF2A 4FLWA 3KLGA 2DFFA 1IKXA 4HHTA 4DS4A 1EX4A 5J2NA 1JLGA 2PZSA 4GVMA 4Z4FA 4M3UA 1BCOA 1LWEA 3WNHA 3OYCA 2YKMA 4FYDA 2VG6A 3SPZA 4M3WA 4FJGA 2B5JA 4AHRA 4B8CA 3EYZA 1D9FA 3LP1A 3ULDA 4O4GA 4BE2A 5HRPA 4XIUA 3LPUA 4KHWA 1N6QA 4B9TA 4M41A 3NE6A 3U6FA 3QO9A 3CG7A 1WSIA 3RRHA 1UAXA 1JKHA 1J9AA 4Q5VA 4KI4A 1KFSA 4CERA 4CJWA 3LDSA 3EY1A 3LWLA 1T7PA 1NJYA 4PY5A 2FBYA 1SKSA 3PUFA 3AO1A 3OYNA 2Z1JA 2G8WA 3SQ4A 2OA8A 4DQRA 3MEDA 3DMJA 1VSEA 3QNOA 5DMRA 4HTUA 1J5OA 4CJ3A 2QK9A 2XY5A 3LWMA 1NK7A 3S3NA 1QSSA 1XI1A 4FLZA 2KTQA 3LP2A 3TAPA 1WAFA 3VQ5A 4OLAA 3V1OA 1JLQA 3QESA 1IG9A 3SJJA 3AVLA 2HHTA 3ASMA 4O0IA 3L2QA 4CJUA 3SPYA 2NUBA 3KTQA 1ZBUA 2DFEA 2KW4A 1RBTA 2G8KA 2WONA 1NJZA 3NBPA 1RDAA 4FZXC 4DSIA 2VWJA 1TGOA 5FRMA 3P1GA 4CK2A 3AVIA 2FBVA 4E7KA 4DSFA 3ZT2A 4HCCA 3QEPA 1CZBA 1GOBA 4CFDA 4BWMA 3MXIA 4KHYA 1QE1A 4DTXA 4CIEA 3AO3A 3OYAA 3JYTA 1IKWA 1XWLA 2IOCA 2G8HA 4FXDA 4FW2A 2IS3A 3NCIA 3NF6A 3S3OA 4I9QA 1KVCA 1Z25A 3A2FA 1TAUA 4M3TA 4JRQA 3QINA 4FJXA 2DFHA 4FLTA 3OS2A 4CECA 1K6YA 2D0BA 4LH5A 3L2WA 1WLJA 4FJLA 4CHYA 4KV8A 3LZJA 2OPSA 1D8YA 4IG0A 3HPGA 4OGEA 1NOYA 2BDPA 3RR7A 1TKTA 2BANA 4E7HA 5J1EA 4O0JA 1WSEA 4AHSA 5HBMA 2DTUA 3SQ0A 5T7BA 2X74A 4ID5A 2OPQA 3DLEA 3TAEA 3QIPA 4DLEA 1RBUA 1S5JA 1HYZA 4Y1DA 4Z4IA 1JLCA 4KAZA 1KLMA 4H4OA 2OZSA 1T03A 4B9VA 5D3GA 4I7FA 1WN7A 1U04A 4CFAA 2D0AA 3CFOA 1QHTA 1RDCA 4KFBA 4PUOA 2RN2A 4I2QA 3CM5A 3MEEA 2A1RA 1S1WA 4E7JA 4QAGA 2HHUA 1RTHA 2KFNA 2G8VA 4O5BA 3VQDA 4DSEA 1VSDA 1VK0A 3LZIA 2E6LA 3HVRA 3AVMA 4Z4EA 5CYMA 3QEXA 4N56A 4EP4A 3DOKA 5CZ1A 3OJUA 4FZZA 4IFVA 3RMDA 1CXQA 3ZCMA 1D9DA 4O44A 4DQIA 1C1BA 5K14A 4AHCA 4CK3A 5J2MA 4MQ3A 4CE9A 2PY5A 2E6MA 2HHQA 3AVGA 1S6PA 3RTVA 1KFDA 3OYIA 1JL1A 5J2QA 3CM6A 1NK5A 1BCMA 1XC9A 3HL8A 1IO2A 1Q9YA 4LD0A 4EZ6A 4J2DA 2KQ2A 4F3OA 3AA4A 3O4NA 4BDYA 3G10A 4FJ8A 3NF8A 2JLEA 2RPIA 5HRNA 4FJ5A 1QSLA 3DLHA 1JXBA 3P83D 4Z0UA 3KK1A 4H4MA 4OJRA 1T8EA 4N76A 4IKFA 1A5XA 1RT6A 2HB5A 1BHLA 3KIOA 4L8RB 2YNFA 4DTNA 5EU7A 3HXMA 3DRRA 4IFYA 2Y1JA 2HW3A 3RWUA 5HRSA 4FJNA 1ASVA 4M42A 1QS4A 1Z26A 2P51A 1NK0A 3PO4A 1TL3A 3DRSA 2P5GA 4BWJA 4CEFA 1KCFA 1J54A 4CEAA 4DS5A 4AILC 3K57A 5KI6A 3ZSVA 4DFPA 1RTDA 4WE1A 1HNVA 5KGXA 1W0HA 3NDKA 4CESA 2XY8A 4KTZA 3OY9A 4FVMA 1LAWA 4CF0A 4E3SA 3NH0A 3THVA 3OYKA 4FJ9A 4FK4A 1XHZA 4BDPA 4O55A 1EP4A 3QEVA 1YTAA 4DQSA 3QIOA 4CFCA 1JLEA 3HVTA 1NJWA 5FRNA 3VQ9A 4F8RA 3PV8A 3CQ8A 4CF9A 2BGGA 4DTRA 3KLFA 1LWCA 2ZQBA 3WNGA 4KTWA 1VSIA 4E7LA 3TARA 1WSJA 2Z1HA 4E19A 1DTTA 1BI4A 1S1UA 1ZBFA 2IC3A 3EZ5A 4HUFA 3V9ZA 1FKPA 4DF8A 1S6QA 4KB1A 3OYEA 4FM1A 4FJ7A 1BIZA 4CIFA 2OPPA 3SNNA 4FJMA 3V6DA 1KVBA 4CF8A 3TANA 3K5NA 4CIGA 1G15A 3NH2A 1CXUA 4CGIA 3WNEA 3L2RA 4BE1A 4DTPA 3ALYA 3DRPA 4OVLA 4ID1A 4CJRA 4NCAA 3M8RA 3C94A 2I5JA 4RW4A 4ELTA 4RG8A 1NK4A 4CGGA 4FK2A 3D45A 1RBVA 3SUOA 1X1PA 1CZ9A 2HNDA 4CJ5A 3L8BA 3SYZA 4DU4A 4B3OA 3KJVA 1T05A 2QKBA 3NGIA 4FK0A 3NHGA 3SQ2A 4ELUA 4OPKA 1QQCA 1N5YA 1EXQA 1HQUA 4NYNA 1NK8A 1L3VA 4CJPA 3VQQA 3AVKA 4CEQA 4H8KA 2YKNA 3TAQA 4FLUA 1VSLA 3ZSZA 4YFUA 1C6VA 4KHUA 1HNIA 4CJEA 1BL3A 3HT3A 4JS4A 3SV3A 1SV5A 3ZSYA 4ZTJA 3TAMA 4F2RA 4CHOA 3K58A 1RDDA 1FK9A 2FC0A 1XHXA 4W5NA 3KK2A 1L3UA 4NCBA 1Q8IA 3ZT3A 1UWBA 1TK5A 4IG3A 1BIUA 4CK1A 2OYQA 3MEGA 1NOZA 5DK5A 1WSGA 3KLHA 3T19A 5CZ2A 3C95A 3C6TA 4CEZA 1RTJA 1KVAA 3CFRA 4CHPA 1X9MA 3L3VA 4F2SA 4Z4GA 1VSMA 4KHQA 3UIQA 1REVA 4B8AB 4CFBA 4DFKA 3TI0A 4CJQA 1SKRA 1DLOA 3KKSA 1BGXT 4BDZA 3HO1A 4KI6A 3VQCA 3SQ1A 4CJLA 2G8FA 3SUQA 4B9LA 4J2AA 4CJVA 5KRSA 5C42A 1S9GA 1MU2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2VGN A;  4K8X A;  3AO2 A;  3AVB A;  4AM7 A;  4C8M A;  4BRL A;  4DQP A;  2JQT A;  3ZX2 A;  3NH1 A;  4OPJ A;  1B9D A;  2IAJ A;  4H0V B;  3OYL A;  4WFN L;  1C1A A;  2B4J A;  4W5T A;  2AJQ A;  1NGB A;  4UQG A;  2E32 A;  5EY4 A;  4DFJ A;  2NRV A;  4LF5 K;  3LAM A;  3BGR A;  5LY3 A;  4IO9 L;  3G6E N;  1B92 A;  3E9L A;  3THW B;  2Q3S A;  2PFT A;  2GEM A;  1LV5 A;  1U45 A;  2DEB A;  1YVN A;  3THX A;  4IT5 A;  4MLH A;  3UKU B;  1OH5 A;  4B3S K;  1I3A A;  1N32 K;  4DV1 K;  5JVH L;  4X65 K;  2RF2 A;  1YJW N;  1TKD A;  3B6P A;  5GAG P;  4W5Q A;  3CCE N;  2JGU A;  3KK3 A;  1I39 A;  1JXE A;  3LP3 A;  5C15 A;  4FJH A;  3TJY A;  4G1Q A;  4PA1 A;  5HRR A;  1MTY G;  4WQ5 C;  1CLQ A;  2HNZ A;  2PYJ A;  3TSQ A;  3CJC A;  4E0D A;  2GWJ A;  3VQ4 A;  1BQM A;  1BIS A;  3H45 C;  2IIR A;  2MMB A;  2P9L A;  4H5V A;  4OGC A;  3T69 A;  3WXI A;  2ZGZ A;  3VQ7 A;  3D2F A;  2VG7 A;  2YHB A;  4KRE A;  2OAN A;  1LW2 A;  5BRF A;  2NRR A;  5LL6 Z;  3BDP A;  3CFP A;  1S9E A;  3J81 O;  2UYT A;  1JLA A;  3BF1 A;  3DLB A;  1LW0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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