4M3TA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-2 of primer/template duplex
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3tA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3tA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3tA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3tA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3tA03
2G8KA 4L8RB 2QKKA 1SL0A 4FJMA 3QNOA 3OYNA 1LW0A 5HLFA 1LAWA 4C8NA 1R0AA 3AVAA 4CFDA 2YHAA 1TV6A 1KLNA 2D0BA 5HRPA 3IS9A 1C1BA 4IG0A 4O44A 4Z4GA 4G1QA 2Z1IA 1B92A 2FBVA 3ASMA 4CGDA 3SV4A 2X78A 4ID5A 2ITGA 3PX4A 4PQUA 3OYLA 4BE2A 3PUFA 1RDBA 1S9GA 4N41A 2JGUA 3AA5X 4CF2A 4E19A 5FROA 4W5NA 1S1XA 3LAMA 1BIUA 4CJQA 1D5AA 1U45A 1FKPA 1RILA 2YNFA 3F9KA 3V81A 1UA1A 4CHNA 1S1TA 1UOCA 4Z4EA 1ZBLA 1JLGA 2PYJA 4HCBA 3SPYA 3ZSOA 1SKSA 2IOCA 4FJNA 1MU2A 3C6TA 4DTRA 4FK0A 1HJRA 1RT5A 4RW4A 1HNIA 5CZ1A 3JYTA 4CGJA 1T8EA 3AVIA 1T05A 2E6MA 2OPRA 1L3VA 2G8HA 2P1JA 2FC0A 1SL2A 3LP1A 3ZT2A 4Y1CA 2D5RA 1XHXA 4CJUA 2LSNA 2W42A 3F73A 4CJKA 1B9FA 4CHQA 4PUOA 3NHGA 1A5WA 4CEDA 1RT4A 2ETJA 1N6QA 4HUEA 4RW7A 1S1VA 1NJWA 3OYFA 1U48A 1X1PA 4B08A 4E1MA 3QIPA 4RW9A 3CFRA 3V9ZA 1NK7A 3ZSVA 1RBVA 4OGCA 3VQ7A 5D3GA 4KV8A 1CZBA 4KKOA 1NJZA 1CXQA 4EZ6A 1KLMA 1XI1A 3ZSZA 3LPUA 4CF8A 4CHOA 3KLFA 4PWDA 3E01A 3T1AA 5K14A 4Z4HA 4KTQA 4HVJA 3ZCMA 1KVAA 3WNEA 2KW4A 3L2VA 3THVA 2FBXA 3OYGA 4KHYA 4J2AA 2XRIA 3VN5A 5J2MA 1JLFA 1Q9XA 1B9DA 4AHSA 3L2UA 3SV3A 4NCBA 3NF6A 3NH2A 2BDPA 3KTQA 4CHYA 3CM6A 3HXMA 1J53A 3O4QA 4KI6A 4O0JA 1WAFA 1IKWA 3ZT4A 3K57A 1IKYA 4FCYA 4CERA 1RT6A 3QLHA 4KHNA 1RTIA 1VSDA 3AO1A 2JLEA 3LWLA 3DRRA 5I42A 4AHVA 3M8PA 5JS2A 1CLQA 3NE6A 1C6VA 2YNGA 1A5XA 2ZD1A 3NF7A 4AHTA 5J2PA 3C6UA 4H4OA 3AVMA 3SYZA 4PA1A 3DLBA 4OJRA 4F2SA 3TAFA 1VSFA 3SJJA 3RMCA 1O1WA 3VQPA 4KB1A 1YTAA 2QK9A 4CEQA 3TAPA 4CGFA 1DLOA 3NFAA 3OYKA 3S3NA 2GBZA 4EZ9A 4OKEA 1HQEA 1WSIA 4CJVA 2YV0X 2YHBA 3P1GA 4M3WA 2XHBA 4OLBA 1WSFA 1HYZA 2AJQA 4O4GA 3OYJA 3AVCA 4PY5A 4KAZA 4CJSA 4IBNA 3IG1A 4FLUA 1C0UA 2WONA 2HHSA 3ZT0A 3S3OA 3VQ8A 4JRQA 3VA3A 2F8SA 5CYQA 5DMRA 4ELUA 1BQNA 1LAVA 1BI4A 3QESA 4AHCA 3HYFA 4I7FA 1EETA 1LWEA 4JRPA 3V9WA 4CK2A 4DSJA 3K5OA 1WN7A 4RG8A 3AO4A 4CIGA 1EX4A 4E0DA 3QNNA 4I2QA 4CEEA 1LWFA 4DU1A 3QO9A 4DTMA 3K5LA 4DFMA 1TK0A 2G8UA 4E1NA 4DF4A 2PZSA 3SUQA 3ULDA 1J9AA 1KSPA 3T3FA 2G8VA 3OS1A 1RDCA 4AHUA 4DMNA 3NGYA 2I5JA 3DLGA 2HHUA 1QS4A 2X74A 1S9EA 2QXFA 3DYAA 4C8OA 2HNYA 2YKMA 4DQRA 4CIEA 4DFPA 1RBTA 2HMIA 4YFUA 3SI6A 3KKSA 3MXIA 1GOCA 1KVCA 4B8CA 1ZBFA 3AA3A 1CXUA 3M8RA 4LSNA 1JL1A 4WE1A 2OPSA 4E7HA 2FBTA 2Y1IA 3V6DA 4F3OA 3AA2A 4M45A 4CEFA 4H4MA 3I0RA 5FRMA 4FJ5A 4NCGA 4OLAA 4MQ3A 3SQ4A 1JL2A 1L5UA 1K6YA 1KFDA 2VG7A 2G8FA 4B3OA 3LZIA 3G10A 5HROA 1NJXA 1ZBHA 3KLHA 3PO4A 3OS2A 3OYBA 3C94A 4MFBA 3HVTA 1VSEA 3V1QA 4LD0A 4DTJA 1JLEA 3OYIA 4FM2A 3DLHA 4HTUA 4B9TA 1IG9A 2IC3A 2RPIA 2RKIA 3SCXA 1BI4B 1NK8A 4E89A 3ZT1A 4DS4A 3SUOA 3DMJA 2DFEA 1S6PA 1RBRA 4B9UA 1C1CA 2PY5A 4B8AB 1NKCA 2E4LA 4KRFA 1Q8IA 1TL3A 3VQCA 2WOMA 3KK1A 3L3UA 2HHVA 1LV5A 1HRHA 2KFZA 1YVUA 4C8KA 4LH5A 5SWMA 3OVNA 1ASWA 3DLEA 2HVIA 4FW1A 3QEVA 1WNSA 3AO3A 2YNIA 4CFCA 1F21A 3K58A 1TAQA 3HP9A 3D0PA 4KI4A 1U47A 3AVJA 1DTTA 3AVNA 4DWIA 3VQQA 1TAUA 3NDKA 5J1EA 1TKDA 1HNVA 3I0SA 4FLVA 3VQAA 4C8LA 1KRPA 1VSKA 2HB5A 3NBPA 4DTUA 4FJ9A 4KHWA 1LWCA 1Z26A 3OJUA 4E7IA 4FYDA 3NH1A 2O4IA 1NOZA 3LP3A 4KHSA 2D0AA 1VRTA 2VG5A 2XO7A 5J2QA 2OYQA 4CJEA 4CJFA 2YNHA 2HHTA 3KLIA 3VQ6A 4NYFA 1VSJA 4HHTA 1NKBA 4K8XA 2HHQA 3KJVA 1JLQA 1ZBUA 2HHXA 4W5RA 1RBSA 3CG7A 1BGXT 3AVGA 4CJRA 1UA0A 3QERA 4M41A 1RNHA 3RMDA 3MECA 3MEGA 1GOBA 4CF1A 3O3FA 3NF8A 5T7BA 4JS5A 4AILC 1NJYA 3L2RA 3U3YA 3KD5E 3TR8A 1QSLA 4FJXA 2GUIA 3QEXA 1GOAA 4CJ4A 1J54A 4BDPA 3RMAA 1BIZA 1REVA 2OA8A 1VSIA 4IFVA 4RW6A 3G0ZA 1IKVA 3DOKA 4N5SA 5I3UA 1NK0A 4CJLA 3NF9A 1X9SA 2E6LA 2KFNA 1EP4A 1TKZA 2EX3A 3VA0A 3V1RA 5CYMA 1NK4A 2GV9A 4UQGA 3O4NA 4FJIA 3KK3A 3A2FA 3RMBA 1S6QA 3OYMA 3M8QA 3ITHA 3AVBA 3CYMA 4W5TA 4Z0UA 2XY5A 3QINA 2HNZA 1RTDA 2BE2A 2IGIA 3D45A 2RN2A 3DI6A 4ID1A 3QEPA 4ELTA 1EXQA 1BQMA 1BHLA 1T03A 3RR7A 4NCAA 4CGHA 4N56A 3L2QA 4ELVA 5CZ2A 4XIUA 2F96A 1HPZA 3HPHA 4F3TA 4CHPA 4CFAA 3EYZA 4CJ5A 3WNHA 3AVLA 1IKXA 5FDLA 3L8BA 4O5BA 1ASVA 1U49A 1X9WA 2QKBA 3HJFA 4Z4CA 1SKWA 3TAQA 1BCMA 4Y1DA 3OYEA 3O3GA 4FM0A 4IG3A 1TK8A 2VG6A 1Y97A 2BGGA 4DQQA 3SQ2A 4FLZA 1G15A 1TVRA 3DRPA 4FXDA 2G8WA 1VSLA 4KB0A 4BE1A 4CIFA 4QCLA 3UIQA 3U6FA 4DQSA 2OZMA 4FK2A 4FLWA 2VWKA 3DRSA 1RTJA 4DTNA 1TKXA 5KTQA 4EP4A 1I39A 4I9LA 2P51A 1RT3A 5KGXA 4DLGA 1QHTA 3FFIA 3DM2A 4CJTA 4FZXC 3OYAA 4DTPA 4M3TA 2Q3SA 1TL1A 3T19A 4CJWA 3V9SA 4DF8A 4N76A 3LP2A 4Z4IA 5JS1A 1YTUA 3C95A 3ZSXA 4FJHA 4Q0BA 1UAXA 3QETA 4BDZA 3SQ0A 4DTOA 1BL3A 4Q5VA 4CK1A 3PV8A 1JKHA 1KVBA 1WSEA 3LAKA 1ASUA 1YT3A 3AO5A 3DOLA 1JXBA 1RTHA 2EHGA 3ALYA 1S5JA 1XWLA 3LANA 3VQBA 4FJLA 4M3ZA 4I2PA 1WSGA 3AVKA 2ZE2A 3TANA 2VWJA 3O3HA 2OPPA 3ZSYA 1D9FA 3DLKA 3LDSA 3CFPA 1Q9YA 4CECA 4QAGA 4JS4A 3HL8A 3HK2A 1RCHA 4DS5A 3SUPA 4M3UA 3TABA 2Z1GA 1C1AA 5HBMA 3LP0A 3WNFA 4DFJA 4ICLA 3OJSA 2Y1JA 1D9DA 1DTQA 1IO2A 1RT1A 1RBUA 2NUBA 4CGGA 3NAEA 1ZBIA 3PX6A 2X6SA 3HPGA 2FBYA 1SV5A 4GMJB 4LH4A 4ZHRA 3U3GA 2KTQA 2ZQBA 3H08A 2F8TA 5HRSA 2DY4A 4CF0A 3EZ5A 1D8YA 3P5JA 4FZYA 1A5VA 4KTWA 1HMVA 5HP1A 1SKRA 1BISA 4ZTFA 1HYSA 4DG1A 3HM9A 3S3MA 4CEZA 3CQ8A 4KHQA 4BWMA 2XY6A 1C0MA 2B5JA 4B9LA 3MXMA 3V9UA 5E41A 5KRTA 3BGRA 3TARA 4KREA 4FJKA 4CJ3A 4DSLA 3VQ9A 2DTUA 5C24A 2XY8A 2DFHA 2X6NA 1U04A 1WSHA 1VK0A 3AA4A 3SPZA 5J2NA 1EKEA 1NKEA 5C42A 3LWMA 4E7KA 4M42A 3IAYA 2KZMA 4R5PA 1Z25A 2HHWA 4DU3A 3VQ4A 2YKNA 3VQEA 4FVMA 4IDKA 1ZYQA 3L2WA 4FLTA 1WLJA 1VSHA 1NK9A 3K5NA 3HO1A 1JLAA 3OYDA 4I9QA 4M3YA 1ITGA 1J5OA 1RT2A 3V9XA 3EY1A 1IH7A 3MXJA 3CM5A 3AVFA 4F8RA 5CY4A 3K5MA 4F4KA 4DSIA 3AO2A 1KFSA 2HVHA 3SUNA 3LZJA 3S9HA 3MEDA 4OGEA 3SQ1A 3RRHA 1WSJA 2OPQA 1L3SA 4LY7A 2B6AA 1JLBA 3VQDA 3TAGA 4DTXA 1BCOA 3ZSRA 1JXEA 4OPJA 3WNGA 2OZSA 1XHZA 1WAJA 4FW2A 1I3AA 1T7PA 4F2RA 3LPTA 1NK5A 4AH9A 2XY7A 4HUFA 4DFKA 2IDOA 1RDDA 3PY8A 4GW6A 4YNQA 1N5YA 3B6PA 1QQCA 3JSMA 2G8IA 1LW2A 4TSXA 5KRSA 4DLEA 3ZSQA 3QEWA 2HW3A 3KLGA 4DTSA 1FK9A 3HP6A 3PO5A 3OS0A 4Z4FA 3TWHA 1QTMA 3P83D 4DSKA 2IS3A 3MAQA 1XC9A 4KTZA 2KQ2A 5HRNA 4CEOA 4NYNA 4CFBA 4FM1A 2O4GA 1FXXA 4KHUA 1CZ9A 4OKJA 3CFOA 4H8KA 3BDPA 2KZZA 2P5OA 1FKOA 1KTQA 4AHRA 3HSTB 3TAEA 3MEEA 3PX0A 3ZSWA 3HPOA 4CHZA 1C0TA 5SZTA 1L3TA 4ZTJA 3HVRA 4FJGA 1HQUA 3NGIA 2DFFA 4BDYA 4KPYA 1QSSA 4IKFA 4HCCA 3ZT3A 4CESA 1RDAA 4CEAA 3RR8A 4KO0A 4DSEA 4W5QA 4LSLA 2HNDA 3TAMA 4DSFA 1S1WA 3KKRA 4K8ZA 4J2BA 1L3UA 4B9VA 4CJPA 4QOZB 3LALA 4BACA 4M3RA 1W9HA 5HRRA 4M3XA 3K2PA 2BANA 4J2EA 1VSMA 4B9SA 5C25A 3NGZA 3KD1E 3NCIA 1JLCA 3VQ5A 4E3SA 2RF2A 2A1SA 1VRUA 4CGIA 4FJ7A 2D0CA 2R7YA 3TI0A 4B9NA 4J2DA 4FJ8A 2P5GA 3DLRA 3RRGA 2ATQA 4DQIA 4W5OA 5DK5A 4GVMA 4E7LA 1SL1A 1RT7A 4RW8A 3V1OA 3QIOA 4HUGA 4B9MA 3QEIA 1NOYA 3NH0A 4BWJA 4FZZA 1SUQA 3OYCA 3I8DA 4O55A 5EU7A 4CE9A 1HYVA 5KGWA 4FJJA 4C8MA 4OKKA 2B4JA 4KFBA 4DU4A 1TKTA 2Z1HA 4EP5A 4OVLA 4CEBA 1NK6A 3OYHA 3K59A 4OPKA 3SZ2A 1KCFA 1QSYA 3HT3A 1TK5A 4E7JA 4CK3A 3RTVA 3ISNC 3L3VA 3AVHA 5FRNA 1X9MA 5KI6A 4FK4A 4DQPA 3KLEA 4N47A 4BE0A 1S1UA 1TGOA 3OY9A 1W0HA 3RWUA 4FLXA 3AV9A 3B6OA 3IRXA 2PYLA 2A1RA 1QE1A 3M8SA 4IFYA 4FLYA 1U4BA 1UWBA 4CCHA 4O0IA 3KK2A 4JLHA 4CF9A 3KIOA 2IAJA 2Z1JA 3SNNA 3V4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3SI6A 4IO9L 1KVCA 3C6HA 3OBYA 1YHQN 3M8RA 4LSNA 3OBWA 4CZJA 5AFUH 1BWFO 2FBTA 2B8IA 3FZFA 1X3MA 4F3OA 4EYWA 3ZX2A 4M45A 5M1PA 4H4MA 4NCGA 1TYQB 3E9LA 2HF3A 3ULEB 2NRRA 2VG7A 2WFBA 4ILGB 3VOVA 3KLHA 3PO4A 3OYBA 1U6ZA 3C94A 3O9QA 2A6AA 3KHYA 3VTIA 3HVTA 4EIAA 1WBBA 2CH6A 4BRKA 1K8KA 4LD0A 1XQSC 3DLHA 3FFKB 2RKIA 2NRTA 3S41A 3VGLA 3EKSA 1FZ4E 2DFEA 4OPHA 1YI2N 2P9UA 3MN5A 3K0SA 3H6EA 4B8AB 5AQSA 2B1EA 2OCEA 2OTJN 2W6LA 1Q8IA 1TL3A 3VQCA 2HHVA 3L3UA 5KPTA 3LDLA 3OVNA 1ASWA 2HVIA 4DV4K 3TSQA 4GV9A 3LDOA 5AQUA 1XMFE 2HSTA 3HTVA 4GVEA 4CZKA 3K58A 3U9ZA 4X66K 3D0PA 3ATUA 3AVJA 3AVNA 5AJ3K 3SAGA 2W40A 3Q7CA 1SQKA 1Q7YO 4DUZK 1VSKA 1X9JA 1FZ3E 4DR2K 3NH1A 2VYPA 2XO7A 2OYQA 4CJFA 2YI1A 4HHTA 4K8XA 4OX9K 2HHXA 3LDBA 2YHXA 1VQON 3CG7A 4IT5A 1MMOG 1UA0A 4YOXA 3QERA 3O3FA 5JVHL 1GOBA 3NF8A 5AZJA 3TPQA 1NJYA 3U3YA 3KD5E 4AM7A 4CJ4A 1GOAA 4C1NI 3RMAA 1REVA 1K8KB 1VSIA 4RW6A 3CERA 3V1RA 3WSOA 2GV9A 4IJNA 4UQGA 1ESVA 2PAVA 1S6QA 2P9UB 4CBUA 2F4VK 3ITHA 3CYMA 4W5TA 3L4QA 3THYA 1NBWA 2HNZA 2BE2A 4ID1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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