4FJHA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dc
Total Genus 331
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
331
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 331
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjhA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjhA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjhA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjhA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjhA03
2VWJA 2Z1JA 3ZSYA 1NK0A 4MFBA 2IDOA 1BIUA 2G8IA 1LWEA 3SJJA 1A5WA 4FLZA 5HRNA 4GVMA 1ZBIA 2G8WA 4CJ4A 4BDZA 3QO9A 4FLTA 3QERA 3KLEA 4Z4FA 4CF2A 3F9KA 4E7JA 3U3GA 4FYDA 4E1MA 1WSHA 3KK1A 1S9GA 4B9TA 3HO1A 4KTWA 4M3WA 2YHBA 5I3UA 1C0UA 2B4JA 4I7FA 3K57A 4DSLA 4IDKA 2R7YA 3CFOA 3OYLA 3K59A 2D0CA 4CJLA 5DMRA 1HJRA 1DTQA 4DTJA 1RTHA 2XRIA 3K58A 1F21A 1L3SA 2YHAA 3VQBA 3PV8A 4Z4CA 5FRMA 4C8OA 3UIQA 4B9MA 4DMNA 3DRPA 5FROA 4OJRA 4ICLA 3OYKA 3BDPA 1KSPA 4AHTA 4Z4EA 2HHUA 1UWBA 4M3ZA 4FLVA 1BL3A 5C25A 3OYJA 3SV3A 1ZBFA 4B9SA 1L3UA 4Q0BA 2G8FA 2G8VA 4FZZA 3CM5A 3CQ8A 1WNSA 4M3XA 1C6VA 1B9DA 1RTIA 4DU4A 4Z4HA 4WE1A 2RF2A 3HPGA 3I0SA 2E6LA 1VSHA 4OKEA 1BHLA 4CJEA 4CHPA 1KTQA 1HYVA 2QXFA 2X6NA 2GUIA 1IH7A 4LSNA 4OGEA 3OY9A 4KI4A 4AHUA 4W5QA 5HROA 3NH1A 3V6DA 1QS4A 3OS0A 4J2AA 2XY5A 4J2EA 4FLYA 2HVHA 4KB1A 4DQQA 3C6TA 2E4LA 3AVBA 3G10A 3V1QA 3DLGA 4DTRA 1RDBA 4CIGA 1S1UA 4N76A 4DTPA 3LZIA 4HCBA 4PUOA 3HK2A 1RBUA 3PUFA 2HMIA 2WONA 1IG9A 3NE6A 4CJWA 1Z25A 4DSIA 1BQNA 3V81A 5KTQA 4W5OA 1WSIA 4JRQA 4FJ8A 2VG5A 1LV5A 3NDKA 1ZBHA 4HVJA 4CFBA 1TL3A 3DLEA 3K5MA 1T05A 1NK9A 4QCLA 4W5RA 3L2QA 1WLJA 1LAVA 1TKXA 1VRTA 4OGCA 4CHOA 1U45A 1T7PA 3DYAA 3EZ5A 4FCYA 4N47A 3CM6A 4CK1A 2RPIA 1S6PA 4N5SA 3KJVA 2HNDA 4PY5A 1C0TA 3QEIA 1QE1A 4KREA 4BE0A 3DRSA 4XIUA 3ALYA 4HUEA 1X9SA 4CIEA 4EP4A 3SQ0A 1NKBA 3L8BA 1Q9XA 1B9FA 2KW4A 4C8MA 2P51A 3O3HA 2BDPA 2DFEA 2FC0A 4DQSA 1NJWA 1TAUA 1CZBA 3LWLA 3VQDA 1W9HA 3THVA 4CGFA 1J5OA 3DLHA 2DFFA 1XHXA 5C24A 4FJGA 5J1EA 3HSTB 2HHVA 4I9LA 4AILC 1S1VA 3I0RA 1WSFA 1IKWA 1JL2A 2B6AA 3SUNA 3LAMA 3NFAA 4LH5A 3ZSQA 1ZBUA 4CEDA 4DFPA 3TAQA 3S3OA 2EX3A 4CIFA 4DFJA 1KLMA 2VG7A 1WN7A 3PX4A 1D9FA 3VQ7A 3L2WA 1TK5A 4FJHA 3M8QA 3AVCA 3JYTA 3NF9A 2Y1JA 1S5JA 4K8ZA 1VSMA 1NOZA 4FLXA 4CF8A 2X78A 1EX4A 3P5JA 4E89A 4YNQA 1RCHA 4E7LA 4E19A 1WSEA 1RDDA 3NGIA 3V1RA 3RMCA 1CLQA 1IKXA 1BGXT 4YFUA 4HUGA 3L3UA 1N5YA 3E01A 1D8YA 3P83D 3AVLA 4AHSA 4CGGA 3S3NA 3NF6A 3HPOA 4CK2A 3CYMA 3AVAA 1G15A 3QETA 1GOAA 1I39A 4ID5A 4F3OA 5CYMA 1X1PA 3IG1A 3V4IA 4KB0A 1WSGA 1N6QA 4O0IA 2OPQA 1U04A 3OYMA 4JS5A 1U49A 5EU7A 4DTUA 3L2RA 3HYFA 3NBPA 1RBRA 3P1GA 4AHVA 3QNOA 4O44A 1NJZA 3AO1A 4ELTA 5SZTA 3LWMA 4KPYA 3SQ1A 3ZT4A 4IFYA 2DTUA 4BE2A 4F2SA 1SKRA 2IC3A 4B9UA 4F4KA 2ATQA 4CE9A 3OYHA 3ZT2A 5JS2A 5HRSA 3TABA 1Z26A 1ASVA 4FJNA 1O1WA 4M45A 1JLGA 3OYAA 1NK6A 3V9WA 3SUPA 3HP6A 3SNNA 4I2QA 3I8DA 3RWUA 1TAQA 3WNFA 3KK2A 4DFKA 5SWMA 1W0HA 4MQ3A 3MXJA 3IAYA 3DOKA 3K5NA 4TSXA 4KO0A 4C8LA 1R0AA 4KHQA 3CFPA 1A5VA 4KHUA 3QESA 1LW0A 2XY8A 1RTDA 3SV4A 4B9LA 1LWCA 3OYNA 3OS1A 4AHRA 5J2NA 4KHYA 4FK0A 3T19A 3MXIA 1SL1A 3C94A 1KFDA 1D5AA 4I2PA 2G8KA 4CGDA 1U4BA 2KZMA 2YNIA 3EY1A 4DS4A 1FKPA 1LWFA 5C42A 1SL2A 3L3VA 1EETA 3VQ8A 3EYZA 4FK4A 4DSFA 2HNZA 1J54A 3ZCMA 2IOCA 4N41A 3DOLA 3RMBA 4M3RA 3F73A 4Z4GA 4CECA 2I5JA 4W5NA 3G0ZA 4L8RB 1EP4A 3O4QA 3ZT0A 4DG1A 3RR8A 3SI6A 2VWKA 3AVFA 4QOZB 1CZ9A 2GBZA 5J2QA 2IAJA 4DLEA 4LSLA 2ZE2A 1KVBA 3SQ4A 1XC9A 4DF4A 1YTAA 4CEFA 3LPTA 3QINA 4CJFA 5HRRA 4E7IA 1ZBLA 3PO4A 4OKKA 3AO2A 5KRTA 4FZYA 3ZT1A 3NCIA 4CHQA 5J2MA 4KHNA 4EZ9A 3NH2A 1T8EA 1XHZA 1I3AA 4ZTFA 2Z1GA 4M42A 2HHTA 3NF7A 1IO2A 3PX0A 4CF9A 4BWJA 1RTJA 3NGZA 2W42A 1XI1A 3DLBA 3DMJA 1VK0A 4FJLA 4BACA 4IBNA 1WAFA 2P5OA 1WSJA 3CG7A 3MECA 4O5BA 1HYSA 1SKSA 4CJTA 4CEZA 4B9NA 4Z0UA 4J2DA 2X74A 4DQRA 4ELUA 4IG0A 3BGRA 1SKWA 1LAWA 3TAFA 3RRHA 4Y1DA 3LDSA 1XWLA 1HRHA 1L5UA 4EZ6A 4I9QA 4CEQA 3OJUA 3AO4A 3ZSRA 3RTVA 1TGOA 3VA3A 2FBTA 3K2PA 1RT7A 4OVLA 1UA0A 3U3YA 1JLQA 1KCFA 4GMJB 1KLNA 4CJ3A 5CZ2A 3AVJA 3LANA 3AA2A 1CXUA 2F96A 1YVUA 1QSSA 3MEEA 3SUOA 3LP0A 3IRXA 3NAEA 2FBVA 3AVMA 4NCGA 3VQ5A 3ZSXA 2HHQA 2HHWA 3V1OA 3V9ZA 2P1JA 1YT3A 3S9HA 1Q8IA 1BQMA 3O3GA 1C1AA 1MU2A 1JLFA 3AO3A 1JLEA 2ZD1A 4RW6A 3AVHA 4B9VA 5KRSA 4H4MA 1NK5A 3HPHA 3O4NA 4LH4A 2KFZA 2OZSA 2Q3SA 4AH9A 3AA4A 4KV8A 3JSMA 4HHTA 3SYZA 4CHNA 3M8RA 4JRPA 1D9DA 3K5OA 3T1AA 4R5PA 3TR8A 3LP3A 3VN5A 1VSLA 1EXQA 3QIOA 3OYGA 4JLHA 4OKJA 1UA1A 4CGIA 4C8NA 4FM0A 4RW4A 4KI6A 4B08A 1JXEA 1TKZA 2A1SA 4KHWA 3SQ2A 1VSDA 3FFIA 3NH0A 4C8KA 3IS9A 4FJ9A 2PZSA 4F3TA 2AJQA 4BE1A 3WNGA 3OYDA 4HUFA 1JLAA 2LSNA 2G8HA 1BI4B 3K5LA 3ULDA 2HNYA 1HPZA 4E3SA 3AO5A 4CEOA 3DRRA 3D0PA 2E6MA 4CJSA 4ZTJA 3T3FA 1QQCA 3M8SA 3OYFA 4CHYA 3QNNA 4ID1A 4CF0A 4FJXA 4CFAA 5HRPA 1IKYA 4ZHRA 3KLGA 4HCCA 4EP5A 4FM1A 1RDCA 3VQPA 5T7BA 3DI6A 4FZXC 2F8TA 4FLUA 3ZSZA 4CEBA 1HYZA 1UAXA 2FBYA 4O4GA 3QEPA 4PWDA 1QTMA 2OPSA 4FW2A 3VQ4A 3MEGA 1BCOA 2Z1HA 1VSKA 1RT3A 1EKEA 3SPZA 2BANA 3TANA 1NJYA 4KTQA 1GOBA 3ITHA 4M3YA 2YNFA 1J53A 3AVKA 5CZ1A 4RW9A 4CJ5A 1BISA 2B5JA 3OYBA 2D0AA 3V9UA 1ZYQA 3ZSOA 4BWMA 4HTUA 3LP2A 4KTZA 1NOYA 1VRUA 1BIZA 4RW8A 5CYQA 3VA0A 1X9MA 3RMDA 3OYIA 2DFHA 4NCBA 2RN2A 4LY7A 2IGIA 5HBMA 1RT1A 4OPJA 4CGHA 1REVA 3D45A 1CXQA 4H4OA 3QEXA 4N56A 4DTNA 3OJSA 4FW1A 4Q5VA 1L3TA 1SL0A 4K8XA 2A1RA 1RILA 2KQ2A 2OPPA 4JS4A 2EHGA 3PY8A 1DLOA 4PQUA 3NGYA 1KFSA 1S1WA 3LPUA 3NHGA 1TKTA 2Z1IA 3OYEA 1ASWA 1RT5A 1NK4A 3C95A 3VQCA 4E7HA 4BDPA 1KVAA 2PYJA 4FXDA 1Y97A 3V9SA 4FJMA 4W5TA 1QSYA 1WAJA 2NUBA 2OZMA 1FK9A 4H8KA 4NYNA 4FJJA 3RR7A 2D0BA 4BDYA 5K14A 1ITGA 2DY4A 4CJPA 2QKBA 2O4IA 3AVIA 5FRNA 4CJRA 2QK9A 3SCXA 4CERA 5J2PA 2IS3A 4ELVA 4F8RA 2OPRA 3TAGA 3A2FA 1UOCA 3L2UA 1U47A 3QEVA 3RMAA 4O55A 1VSEA 3TWHA 1NK7A 3HXMA 5D3GA 3PX6A 1TL1A 1C1BA 2YNGA 5DK5A 1RT6A 3SZ2A 1SV5A 4CJUA 4FLWA 4IKFA 3HM9A 5E41A 1KVCA 3RRGA 2HB5A 1RNHA 1DTTA 3KLIA 3HVRA 3HJFA 3HL8A 2FBXA 3WNEA 2YKMA 1C0MA 2YKNA 4CFDA 4M3UA 4FK2A 1SUQA 4CJKA 4KAZA 2KZZA 3SPYA 4IFVA 1KRPA 4G1QA 3C6UA 3VQQA 4E7KA 4UQGA 1S6QA 1JKHA 2XHBA 2YV0X 1TVRA 3LAKA 3AA3A 3TAPA 5HLFA 2O4GA 1RDAA 2PY5A 4E0DA 1JLCA 3KKRA 4FVMA 1U48A 4DQIA 4KKOA 2XY7A 4FJ7A 3CFRA 3U6FA 3KTQA 2HHXA 2HVIA 4KHSA 1K6YA 3HVTA 2BE2A 3NF8A 3AV9A 4CF1A 4FM2A 4DTOA 1S9EA 4DTMA 3B6PA 2HW3A 3KLHA 5I42A 1NKCA 4CCHA 2WOMA 4OLAA 4B8AB 1S1TA 4DU1A 3L2VA 4OPKA 3TI0A 1FKOA 3VQ9A 3VQEA 5JS1A 1RBSA 3DLKA 4CEEA 4RW7A 1NK8A 2ITGA 5FDLA 3M8PA 1Q9YA 4OLBA 4M3TA 2P5GA 3LP1A 4CEAA 2ZQBA 1NJXA 3KD1E 4DSJA 3MEDA 1TK0A 1A5XA 1LW2A 2JLEA 3ISNC 3HT3A 1QSLA 1FXXA 4B8CA 2KFNA 3ZT3A 1HMVA 4CJVA 1L3VA 3V9XA 3LZJA 3TAEA 4QAGA 4CJQA 3PO5A 4FJKA 4PA1A 4CHZA 3ZSWA 4DF8A 1HQEA 5KI6A 3SUQA 2OA8A 1HNIA 3QEWA 1RT2A 1VSFA 1JL1A 3DLRA 1TV6A 4KFBA 1NKEA 4DQPA 4GW6A 1TKDA 3KD5E 1JLBA 5KGWA 2Y1IA 4Z4IA 2D5RA 4M41A 3TAMA 5HP1A 3S3MA 2KTQA 4CESA 4NYFA 4O0JA 1IKVA 3KLFA 1T03A 3OYCA 3MXMA 4DSKA 3KK3A 3OS2A 4DU3A 1JXBA 2QKKA 4AHCA 4F2RA 2RKIA 3ZSVA 1S1XA 1VSIA 3O3FA 4DFMA 1C1CA 1BCMA 3HP9A 1VSJA 1ASUA 1J9AA 4DTXA 3LALA 3DM2A 5CY4A 4RG8A 2X6SA 3AA5X 1B92A 4LD0A 2GV9A 3QLHA 3VQ6A 1RBTA 2VG6A 1HQUA 2G8UA 1HNVA 4DSEA 3AVNA 3QIPA 4Y1CA 2XY6A 4J2BA 2HHSA 4CK3A 1YTUA 3KKSA 4IG3A 2PYLA 3WNHA 3MAQA 1X9WA 4KRFA 2F8SA 1RBVA 5KGXA 3H08A 2BGGA 3AVGA 4DS5A 3KIOA 2JGUA 4DLGA 2ETJA 1QHTA 2YNHA 1TK8A 2XO7A 3TARA 4B3OA 4FJ5A 4CFCA 4NCAA 4CGJA 1RT4A 4E1NA 1GOCA 3B6OA 3VQAA 4DTSA 2OYQA 3OVNA 3ASMA 4FJIA 4DWIA 1BI4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5AQKA 3IUCA 1I39A 3DXMA 5CYMA 4KB0A 1N6QA 3E1YA 3SAHA 4O0IA 5AQPA 4LF5K 4DTUA 3BZCA 1XMHE 3NBPA 3P1GA 4AHVA 4CZGA 4EAHD 4ELTA 3LWMA 3HI0A 1SKRA 2E2QA 5AQYA 2ATQA 1Q86O 3I56N 1K9MO 1ASVA 4CZJA 3OYAA 5AQZA 3I33A 1VQKN 3DOKA 1SS6A 2JHPA 3UKRB 4C8LA 1R0AA 3H1VX 1A5VA 4B9LA 1LW0A 1NLVA 3SV4A 4CZKA 4QNCA 4KHYA 1ZBSA 3NVMA 4JI6K 4DV2K 3EKUA 1KFDA 4CBWA 4BR7A 3EY1A 2QI2A 2I7PA 1SL2A 3VQ8A 1EETA 3EYZA 4X62K 3Q7CA 4I6MA 1D4XA 4QNDA 4CECA 2I5JA 3SMPA 4L8RB 4DG1A 2HBKA 3HOSA 3AVFA 4OPHA 2GBZA 3RVCA 2NLXA 2IAJA 4LSLA 3R8EA 1XC9A 3D2EB 1OKJA 3LPTA 3QINA 1X9JA 3AO2A 3TTCA 1VQLN 3ZT1A 3NH2A 1XHZA 1I3AA 2JHCA 4ZTFA 2Z1GA 4M42A 1OH7A 4ISFA 3PX0A 1XVDE 2NRTA 1RTJA 1VK0A 2VJ5A 1WAFA 3FR0A 3MN9A 3GE1A 2E8AA 4JKDA 1SKSA 3TTDA 4CJTA 1HRHA 4E1JA 1L5UA 4EZ6A 4BRFA 3AO4A 2FBTA 3CQYA 1RT7A 1UA0A 2YJFA 1Z05A 3L0QA 4FO0A 1KLNA 3O8MA 3AA2A 1CXUA 2E2OA 3LP0A 3IRXA 3VQ5A 3ZSXA 2HHQA 1NMDA 3V1OA 4G9ZA 3V9ZA 3S9HA 1Q8IA 3WUHA 3O3GA 1C1AA 3AVHA 4X5MA 3VENA 4H4MA 3U4LA 1BDGA 3ZLJA 4BQZA 3AA4A 4JEPA 1BUPA 4JRPA 4CJ7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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