4FJHA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dc
Total Genus 331
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
331
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 331
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjhA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjhA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjhA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjhA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjhA03
2YKNA 4DTUA 1RILA 3V81A 4B08A 4F8RA 4KHYA 1LWFA 2Z1JA 4G1QA 3HT3A 2E4LA 4FJ5A 4AHTA 3AA4A 1TKZA 1UOCA 1ITGA 5HRSA 3RR8A 3DLHA 4F2RA 4KV8A 4N47A 3BGRA 2YNGA 1LW0A 4CFAA 2IGIA 3K57A 1T03A 2G8KA 3ZT2A 4CHPA 4IG0A 1B9FA 4DF8A 2YV0X 3PO5A 1QSYA 5DK5A 4DSLA 3ZT0A 1QQCA 2VG5A 4HHTA 4CHZA 1SL2A 3LPTA 3C6UA 4RW7A 3SNNA 4M3XA 1KFDA 4JS4A 1JXEA 5HRNA 4OKEA 3AVLA 5JS1A 5J2MA 2XO7A 4CHQA 3QNOA 4M42A 4DSEA 1JLQA 4M3RA 4LD0A 3AO3A 3OVNA 4NYFA 3L2RA 3NE6A 4C8LA 4FLYA 4CGDA 3OS0A 4FK0A 4XIUA 3SCXA 5FROA 4B9UA 3K5LA 3QEIA 3AVAA 3KLGA 4CJLA 3G10A 4Y1CA 3VQCA 5KRTA 1XI1A 1X9SA 4FLZA 3ULDA 4AILC 3LP3A 3P83D 3WNHA 1NK4A 4CGHA 4FZYA 1KVCA 3NGZA 4Q0BA 1VRTA 2EHGA 3LAMA 2XRIA 4KB1A 4CF9A 1NJZA 1NOYA 4BE1A 4HUGA 4C8NA 3V1RA 3V4IA 4M45A 1WSHA 3ZSQA 2HHQA 1L5UA 2DY4A 1UAXA 3I8DA 4NCAA 4FJHA 3O4QA 3HO1A 3SYZA 4N5SA 3K2PA 1HMVA 3PV8A 4KTQA 3C6TA 3TI0A 2OYQA 1JLFA 4CFBA 3ZSOA 4IBNA 1L3TA 2R7YA 1RTJA 4F3OA 4HUEA 1WNSA 3ZT3A 5HRPA 5KGXA 2D0BA 2NUBA 3T1AA 2XHBA 4YNQA 4LSLA 3DRSA 5FRMA 1GOCA 1XWLA 1BQNA 1LV5A 1RCHA 3LZIA 2BDPA 2E6MA 3OYEA 2RN2A 4RG8A 4FM2A 2OZMA 1HQUA 1WLJA 1XHZA 2D0AA 4O0JA 3SQ1A 1S6PA 1FK9A 3S9HA 1C6VA 3DLEA 4CE9A 1RBSA 3DI6A 5I3UA 1ZBUA 3VN5A 3LP0A 5SZTA 1SL0A 5J2NA 4FZZA 1C0TA 1TK8A 4GMJB 1F21A 1IKYA 1CXUA 4OGEA 4DG1A 3RWUA 2P51A 4CJRA 4DLEA 4WE1A 2G8HA 1VSMA 3V1QA 3OJSA 3MXIA 4Q5VA 3MEDA 3D45A 3V9ZA 5KTQA 3SJJA 4RW9A 4OPKA 1TKDA 4FJ7A 5HROA 4CEQA 1QHTA 1DLOA 5C24A 4CEEA 4O44A 3K58A 4M3ZA 4CJ3A 4ZTFA 4F2SA 2XY5A 4M3TA 4FLVA 3TWHA 4B9TA 3VQEA 1TAQA 1HYZA 4LY7A 3S3OA 4CECA 1JLCA 1TV6A 2B6AA 3EYZA 3VA3A 1C1BA 4DFMA 2PYJA 4BE2A 1RDDA 4E3SA 3SPZA 2B5JA 3AV9A 4J2DA 3DLKA 3ASMA 3LP1A 3NF9A 4M41A 4I2PA 4RW8A 3CG7A 3EZ5A 1D9DA 4E0DA 1HNIA 3RMBA 3LAKA 1R0AA 1WN7A 3KKRA 1QSLA 1RBUA 2XY6A 4DTPA 4KHUA 3WNGA 4FLXA 3ZSYA 1RNHA 3V9XA 3QEPA 1T8EA 1RBRA 4PWDA 5E41A 4FK4A 3KLHA 4LH5A 2ZQBA 4KHQA 4HVJA 4E1NA 1VK0A 3PO4A 1VSFA 4CF2A 3TAQA 2HHVA 4K8ZA 1B92A 4O0IA 1LAWA 1SV5A 1U45A 3CFOA 4LSNA 2ITGA 1C1CA 2IAJA 3LP2A 4KO0A 4AHUA 4AH9A 4E19A 4DSKA 3K59A 5HBMA 1TAUA 4O5BA 3TAFA 3VQ6A 3VQPA 3NHGA 1JKHA 3DMJA 4CFCA 3DLGA 1C0UA 1KSPA 2RF2A 2DFEA 2OPSA 1JL1A 3RRHA 3QLHA 5CYMA 4DTMA 1NK9A 4DTNA 4W5QA 4DLGA 1A5WA 1SL1A 2IOCA 1TK0A 1NJXA 3NH0A 2PZSA 5DMRA 5D3GA 2GV9A 3M8SA 3MAQA 1LWEA 2PYLA 3V1OA 3KLFA 3U3YA 1QSSA 3B6PA 4CJSA 3SV3A 2OPRA 2Y1JA 2ETJA 1HYVA 3PX0A 1J54A 4W5TA 1Z25A 2YKMA 3AVKA 4GVMA 4CJVA 4DQSA 2XY7A 1SKSA 4E7LA 1Q8IA 1RT2A 1JXBA 4CF1A 2LSNA 1TL3A 2EX3A 4CEAA 3V6DA 4B9VA 4OLBA 3L2UA 2RPIA 3HSTB 3ZSVA 1TL1A 3OJUA 3JSMA 1BCOA 4OGCA 3AVFA 4E89A 4AHVA 2FBXA 3OYDA 3CYMA 3RR7A 3P1GA 4OKKA 4HCBA 4I9LA 4QOZB 4E7JA 1WSEA 3SQ0A 1JLAA 4KTWA 4CGGA 5KI6A 3QEVA 1BCMA 1RDAA 1HYSA 4ZTJA 4R5PA 3RRGA 3LDSA 4CFDA 3IRXA 2HW3A 2WOMA 2HHSA 4CEFA 5J1EA 3VA0A 2HHTA 4I9QA 1Q9XA 1KRPA 4DTRA 4KI4A 1JL2A 1S5JA 1N6QA 3TANA 1S1WA 4FJIA 3DOKA 1IH7A 1HNVA 1U4BA 4N41A 1LAVA 4CHYA 1KCFA 4DTJA 3C95A 3V9SA 1UA1A 1N5YA 4Z4IA 2KFNA 4CJUA 4DSJA 3OYGA 2WONA 3L2WA 2VG6A 2HHWA 1VSIA 4CGJA 1KFSA 3F73A 4J2EA 4KHSA 3QERA 4GW6A 3IAYA 3HM9A 3SUPA 2D5RA 2PY5A 1VSLA 1CXQA 4IG3A 1SKWA 4YFUA 2HHUA 3LWMA 1UA0A 1TKXA 1QS4A 1NJWA 5KRSA 2B4JA 5JS2A 4OKJA 2RKIA 4E1MA 5K14A 4CJWA 3PX6A 4KFBA 4DU4A 2Q3SA 3QEWA 4CJ4A 1I3AA 1Q9YA 4MQ3A 3ZT4A 1REVA 3AVNA 3ZT1A 4CHNA 2HMIA 3CQ8A 5FDLA 1XHXA 2JLEA 2BGGA 2JGUA 2G8FA 2ATQA 1VSHA 3RMDA 3K5NA 4BDPA 4CERA 3DRPA 3AA2A 3OS2A 1LWCA 4FJLA 2DFFA 1ASWA 3VQBA 4CJFA 1HRHA 3KD5E 1EKEA 3OYFA 3A2FA 3ZSRA 3VQ8A 3ZSWA 4KHWA 1L3VA 5C42A 3HK2A 3OYBA 4FVMA 2OA8A 3HPGA 3SUNA 4JLHA 1NK0A 1RT7A 3AVCA 3SUOA 3MXMA 4CEZA 3AO5A 3L2VA 3AVBA 3ISNC 1EX4A 2KW4A 2YHBA 1U48A 4CF0A 3K5OA 4F4KA 4FW2A 2F8TA 2G8WA 3UIQA 5C25A 3HL8A 3OYLA 5I42A 1RT4A 3AVGA 5CY4A 1J53A 1KVBA 1VSEA 3CM5A 3ZCMA 4CJTA 3RTVA 1XC9A 4EZ9A 1U49A 3S3NA 3HYFA 4DSFA 3NCIA 2VWJA 3SPYA 1X1PA 3C94A 4CIGA 4O4GA 2BANA 3NGYA 4CCHA 4AHRA 1BIUA 5CZ2A 3L8BA 4DTSA 3AO1A 3KLIA 3QETA 1S6QA 4DMNA 1NK5A 2QKKA 4W5NA 4KREA 3VQ7A 1QTMA 1NK6A 2Z1HA 4E7HA 2HHXA 4KHNA 1BGXT 4ELTA 4I2QA 4KRFA 2HVHA 1VSJA 2YHAA 3SI6A 1C1AA 3SQ2A 2OZSA 1S1VA 1T05A 1IKWA 1KLMA 2YNFA 4Z4FA 1S1UA 2Z1IA 1BI4B 4CJPA 2YNHA 4FJGA 1FKOA 1S1XA 2X6NA 3HPOA 4KI6A 1NKEA 1D8YA 4H4OA 3TAEA 4FLTA 1EP4A 2IS3A 4B8AB 4CGIA 3KK2A 3SQ4A 1DTQA 3LALA 3AA5X 4RW4A 3KLEA 4CJ5A 4FCYA 4DQQA 4UQGA 4B9LA 2BE2A 1WSIA 2GUIA 3DOLA 3ITHA 4OJRA 4FZXC 1BIZA 2P5OA 5CYQA 3TAMA 1IO2A 3U3GA 1ZBIA 4DS4A 4NYNA 3KK3A 2OPPA 4FM0A 4IKFA 3DM2A 1WAFA 3VQ4A 4CIEA 1W9HA 4NCGA 3WNEA 4IFVA 4FM1A 3THVA 1NKCA 4ELVA 1U47A 2QXFA 4DU1A 1UWBA 2DFHA 1ZYQA 3AVIA 4N56A 4PQUA 4DQRA 3MEEA 1HQEA 4ELUA 4E7IA 4N76A 2HB5A 1G15A 2O4GA 3I0SA 3DLRA 3QIOA 4PUOA 3OYMA 2G8IA 2D0CA 1GOBA 1WSFA 4B9SA 3F9KA 4C8KA 4IDKA 3VQDA 4KB0A 3OYIA 1RDBA 1GOAA 1RTIA 1S9GA 4C8MA 4BWMA 4CK2A 3DRRA 3KD1E 4NCBA 3T3FA 1JLEA 3M8QA 3NDKA 1VSDA 1TK5A 4Y1DA 3D0PA 1X9MA 2VWKA 4IFYA 4L8RB 3KK1A 3TARA 1L3UA 3SZ2A 4FXDA 1RT6A 3QESA 2ZD1A 4E7KA 3FFIA 3VQ5A 4M3YA 3V9WA 4Z4GA 5J2PA 2X74A 3SUQA 2HNYA 4AHCA 1S9EA 4CHOA 4B9MA 1FXXA 3M8RA 4HTUA 1HJRA 3KTQA 1RTHA 4RW6A 2GBZA 3S3MA 4CK3A 4B3OA 1ZBLA 1A5VA 1RDCA 5HP1A 3NH2A 1WSJA 4FJXA 3MEGA 1WAJA 4CJEA 4Z4EA 3HVTA 1KTQA 3BDPA 4BDZA 2W42A 4OLAA 4DWIA 2Z1GA 1TKTA 3LANA 3PY8A 3TR8A 1NOZA 3NFAA 2XY8A 4DS5A 1Z26A 1NK7A 1CZBA 4Z4HA 3DLBA 3ZSXA 3OYCA 3IG1A 3VQ9A 3JYTA 2G8UA 3OYNA 4DFPA 1JLBA 1B9DA 5HRRA 3RMAA 1JLGA 3AVJA 2OPQA 3QIPA 4CESA 4FW1A 4ZHRA 3HP6A 1SKRA 3OYJA 3OYHA 3EY1A 4FYDA 3IS9A 1BISA 1U04A 1ASVA 1RBTA 1KVAA 3U6FA 2O4IA 2KZMA 4DTXA 3NF7A 3KJVA 4PY5A 1S1TA 2KZZA 1VSKA 4BWJA 1RTDA 4PA1A 3O3FA 1J5OA 4KPYA 1NKBA 3AVHA 3NF6A 4MFBA 1NK8A 4B8CA 1T7PA 3CM6A 1FKPA 4FJKA 4JS5A 1EXQA 3I0RA 3QO9A 1RT3A 4FLUA 1RT1A 4KKOA 3NH1A 5T7BA 1TGOA 4FJJA 3HP9A 3OYAA 3WNFA 3PX4A 1BHLA 4CEBA 4FJNA 5SWMA 2I5JA 1TVRA 3NAEA 2YNIA 4ICLA 3QEXA 5HLFA 3KIOA 4CEDA 4CEOA 3M8PA 4CK1A 4H4MA 1IKVA 2IDOA 1ZBHA 1HPZA 3HXMA 5CZ1A 5EU7A 1YVUA 2A1SA 1KLNA 1BL3A 3VQAA 4W5OA 3HVRA 3HJFA 1ZBFA 3P5JA 1ASUA 3AVMA 4BDYA 2QKBA 3L3UA 5J2QA 2G8VA 2VG7A 4DF4A 4FLWA 3MECA 4KTZA 4CJKA 3NGIA 4C8OA 1W0HA 4TSXA 3AO4A 3HPHA 4OPJA 1VRUA 4Z0UA 3L2QA 4JRQA 4EP5A 4CIFA 4FJMA 3G0ZA 2A1RA 4OVLA 2QK9A 4FJ9A 4F3TA 3CFRA 2KFZA 3AA3A 4J2BA 3MXJA 4QCLA 2FC0A 3T19A 4CF8A 3TAPA 1D5AA 4ID1A 4K8XA 4EP4A 1C0MA 2ZE2A 2HNZA 1YT3A 3B6OA 4H8KA 3OS1A 4M3UA 3K5MA 1L3SA 1J9AA 2FBTA 4EZ6A 4BE0A 3SV4A 5FRNA 3AO2A 1YTUA 2IC3A 2DTUA 2F8SA 3OYKA 3RMCA 3DYAA 4LH4A 3QINA 4FJ8A 4DQPA 4ID5A 4HCCA 2X78A 4W5RA 4BACA 1BI4A 2FBYA 3CFPA 4DQIA 3QNNA 2KQ2A 2X6SA 2P5GA 4I7FA 4Z4CA 3NBPA 3E01A 4J2AA 5KGWA 1WSGA 4CGFA 1A5XA 4DFKA 3O4NA 4DSIA 4DFJA 4DTOA 2AJQA 3PUFA 1Y97A 4QAGA 4M3WA 4B9NA 1RBVA 1EETA 2P1JA 4KAZA 3LZJA 1LW2A 2HVIA 3O3GA 4O55A 1DTTA 3TABA 4JRPA 2FBVA 1O1WA 3L3VA 3NF8A 3VQQA 1BQMA 1IG9A 4HUFA 1MU2A 3TAGA 1QE1A 3LWLA 1K6YA 2E6LA 3O3HA 4FK2A 1IKXA 4CJQA 2Y1IA 2KTQA 1NJYA 1YTAA 3OY9A 3ZSZA 2F96A 3ALYA 3H08A 4AHSA 1X9WA 3KKSA 1D9FA 1CLQA 3LPUA 3V9UA 1RT5A 1CZ9A 4DU3A 1SUQA 1I39A 2HNDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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