4FJHA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dc
Total Genus 331
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
331
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 331
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjhA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjhA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjhA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjhA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjhA03
4CHYA 3QERA 4BWMA 1N6QA 3OYBA 4O5BA 1T8EA 1IKWA 1VSDA 4DQPA 2OZMA 4M3YA 3SQ4A 4RW9A 5E41A 2KFNA 1TAQA 3AA4A 3K5OA 3SUPA 4H8KA 4N41A 4B8CA 4DTOA 1B9DA 3OS2A 1TKTA 3LALA 4FJHA 1U45A 1SKWA 4I9LA 3MEDA 2XY5A 5HROA 4RW8A 4CFBA 1S6PA 3AVHA 4CF1A 1REVA 4DU3A 3QEIA 5T7BA 3I8DA 1Z25A 1JLFA 2NUBA 4M3RA 3LDSA 4CJEA 2XY6A 4CGIA 2HHUA 1JLQA 2IS3A 4CHQA 4CCHA 3ZSXA 3CM6A 4DFKA 1C0UA 4OGEA 3KKRA 4E7KA 1ASUA 3MECA 4JRQA 1RDDA 2B4JA 2VG7A 1HPZA 5J2NA 4IG0A 2KQ2A 4DWIA 3O4NA 4AH9A 4FK0A 4E89A 3C6TA 1TKDA 2HW3A 1HNVA 1S1WA 4IDKA 4FLVA 4B9LA 2X6SA 4E0DA 2D5RA 4G1QA 3OYJA 1B9FA 2IC3A 1TKZA 4CECA 4EP4A 4DFPA 3DI6A 1U48A 4CK2A 4W5NA 3PO5A 4PY5A 2F96A 4FW2A 3HL8A 5DK5A 2OPSA 5JS2A 4M3UA 3V4IA 4CEZA 1WSEA 3SV3A 1WSFA 4F2RA 4CEOA 3D0PA 4C8OA 1Z26A 1B92A 4OLAA 2IDOA 2WONA 1XWLA 1LW0A 1A5WA 4GVMA 3I0SA 4B9SA 3SCXA 5EU7A 3ZT1A 1NOZA 2IGIA 3OS1A 4EZ6A 3M8PA 3RMDA 3EY1A 4CJFA 3VA0A 3T1AA 4Q5VA 4DSKA 4W5QA 2P51A 4KB0A 2W42A 1RBRA 3V1OA 3M8QA 2G8HA 2KFZA 2Q3SA 3RR7A 4M45A 1JLCA 2B5JA 5KTQA 3MXIA 3ZSYA 3UIQA 2D0CA 3HP9A 1KLNA 3ZSZA 4F3TA 3VQCA 2DTUA 3NGYA 4DLEA 3AVKA 3CM5A 3K2PA 4N76A 4FYDA 4CHZA 2O4GA 1UOCA 4KHWA 3HSTB 3LP0A 1NJWA 3QIPA 4NCGA 5J1EA 1BCMA 4B3OA 4I7FA 1RBTA 4CJPA 3KLGA 4CIFA 1NK8A 2D0BA 1UA0A 3K5LA 3HO1A 4CFCA 4E7JA 4PA1A 4CJRA 3HK2A 3NF8A 4CJVA 4E7IA 2P5GA 4KI6A 5C24A 1HYSA 3HPOA 4FJGA 4FLXA 4K8ZA 4KHQA 3HPGA 4JS5A 3V6DA 2OPRA 3TAPA 3DLHA 3CFPA 5I3UA 1WSHA 1IKVA 5KRTA 3HXMA 2DFFA 1N5YA 3SZ2A 1L5UA 4E3SA 4HCCA 1NK7A 1NK5A 1HYVA 4DTNA 3DLBA 1T7PA 4QOZB 2X78A 3LPUA 4CIEA 4OPKA 2HHVA 1BGXT 4HUFA 1Y97A 2R7YA 2HHSA 4OLBA 2E6MA 3RTVA 1ZYQA 4FM0A 4OKJA 3L2VA 4IKFA 4M3TA 4FJIA 3DLGA 1VK0A 1JKHA 3QLHA 4DMNA 4CHNA 3NF7A 3KLFA 2O4IA 1IKYA 4F2SA 3KJVA 5CZ2A 2XHBA 1QS4A 4OPJA 1C1BA 2PYLA 3OYDA 4JS4A 3K59A 4CEFA 3NE6A 1A5VA 2QKKA 2PYJA 4DQRA 1SKSA 5D3GA 4O44A 4FJMA 3TAQA 3OYIA 4BE0A 1RT5A 4HVJA 1J9AA 4W5RA 3NH2A 3TAEA 3QNOA 3MXJA 3K5NA 4KPYA 5KGWA 1C6VA 1LWFA 4I2QA 4CESA 5HRNA 2VWJA 1NOYA 1Q8IA 1KFDA 2KZMA 4CE9A 3QESA 4C8LA 1GOBA 4OVLA 3T19A 3TR8A 1RTHA 3L3UA 2P1JA 4CK3A 1Q9XA 4WE1A 3TWHA 3U3YA 2P5OA 2XRIA 3HYFA 1TK8A 3CQ8A 1ASVA 1YVUA 1UA1A 4J2EA 1LWEA 4DU4A 1VRUA 3L8BA 1WSJA 1S1TA 2Z1JA 4R5PA 5KRSA 3PY8A 4BACA 1BL3A 3M8SA 4FK4A 1ASWA 1C0TA 1VRTA 1LAWA 3CFRA 2B6AA 3A2FA 3AVFA 4RW7A 4FJ5A 4B9UA 4NCBA 2FBXA 2FBVA 3BDPA 1FXXA 1IG9A 3MXMA 4EZ9A 3AA3A 4KTQA 3K58A 1ZBLA 3EZ5A 3SPYA 5HBMA 1RT6A 4DSFA 4FZZA 4YFUA 4CJUA 1J54A 2Z1HA 1Q9YA 3WNFA 3U3GA 2IOCA 3OVNA 4CJ4A 1IH7A 3AVBA 3E01A 1RTIA 1NK6A 3OJUA 2FBYA 1WSGA 1EETA 1LWCA 3IS9A 1YT3A 2DY4A 3ITHA 5SWMA 2DFEA 3OYNA 2YKMA 3QO9A 3K57A 3KLEA 2HNZA 4DTPA 1S5JA 5I42A 2QXFA 3ZT3A 3T3FA 2G8FA 1I39A 4J2BA 1RILA 3ZSWA 4GW6A 3PX0A 1QTMA 1ZBIA 1S1XA 4I2PA 1RTDA 3KTQA 2LSNA 4CK1A 4KHNA 3MAQA 3DLRA 3LP1A 2JLEA 1MU2A 3NH1A 1VSKA 4CJQA 1U47A 1G15A 3S3NA 3SQ0A 1D5AA 3B6OA 4CEAA 1VSHA 4BDPA 3RWUA 1HRHA 2BE2A 1TAUA 1JLBA 1FKOA 1CLQA 3AA2A 5C25A 4DLGA 4HCBA 4AHUA 1JXBA 2YV0X 3NH0A 5FRMA 4CHPA 2HMIA 4B9MA 4B9TA 4FJLA 2VWKA 1S9EA 1CZ9A 3AVNA 3DRPA 2DFHA 3NHGA 1NJZA 5FRNA 1NKCA 2HVHA 1T03A 1L3VA 4Z4GA 4DS4A 4CGJA 1ZBHA 1O1WA 2EX3A 3LANA 4ID1A 3THVA 4CFAA 4DTJA 3ASMA 4RW4A 1D8YA 4LY7A 4M42A 2OPQA 3QETA 1W9HA 4KFBA 1KVAA 3CYMA 2YHBA 1VSLA 4KTZA 2XO7A 5HP1A 5HRRA 1EKEA 4CGHA 1C1AA 1JL2A 2RPIA 4HUEA 3DMJA 5K14A 2XY8A 4CEEA 1QE1A 3O4QA 3C6UA 3SNNA 3S3OA 1TL3A 4L8RB 3CFOA 2JGUA 1T05A 4O0JA 3HM9A 3SJJA 4KAZA 2QK9A 3ALYA 4PWDA 2E6LA 1SL1A 4BDZA 1IO2A 3P1GA 4K8XA 2HHXA 4FJXA 1BIUA 4DSJA 1S1UA 4BE2A 2WOMA 3ZSOA 3OYFA 3U6FA 3QEWA 2ZQBA 1SL0A 3PO4A 3H08A 4GMJB 1KSPA 3TAGA 3AVAA 4J2AA 3QIOA 3VQAA 3VQ9A 4AHVA 4NYFA 4DFJA 4M3WA 1DTTA 1XHXA 1SL2A 2HB5A 1I3AA 4KV8A 4MQ3A 2Y1JA 4KHYA 4IG3A 3SYZA 3JSMA 5HRPA 3WNEA 2GBZA 1HMVA 4I9QA 4CERA 2RN2A 3O3FA 3RMAA 3NBPA 4DQQA 1WNSA 1VSJA 1X1PA 4LSLA 3TAFA 3ZSQA 4DTXA 4N5SA 2KTQA 2HHWA 3S3MA 4AILC 3SUOA 1TK5A 4B9VA 4FJNA 3MEEA 2KW4A 3MEGA 1U49A 1BCOA 3DOLA 1WAFA 4LH5A 3QEXA 4ELTA 1BHLA 4CJKA 3CG7A 4B8AB 1RT2A 4DFMA 2BDPA 4Y1DA 1C1CA 4E7HA 4IBNA 4FZYA 1RT3A 1S1VA 3DYAA 2F8TA 3BGRA 4CGFA 4Z4HA 3OYHA 1VSMA 4JLHA 1WSIA 1BI4B 1C0MA 3JYTA 3SUQA 5JS1A 4DTRA 3DLKA 5KI6A 4CJSA 3AO3A 4CF8A 5FROA 1NK0A 1LW2A 4M3ZA 3VN5A 3WNHA 4DSIA 3OYEA 1RDCA 3OY9A 1BQNA 3SQ1A 1JLGA 2GV9A 3RMBA 3OYKA 4PQUA 4OJRA 4MFBA 4XIUA 4CGDA 3HP6A 2OPPA 1RCHA 3B6PA 3K5MA 2G8VA 3QEVA 1QQCA 2X74A 3LP2A 4DS5A 3S9HA 4FLZA 2YNHA 4N47A 3OYCA 1YTAA 3VQ8A 3RRHA 4J2DA 5KGXA 3P83D 3TABA 3F9KA 4FW1A 1QSLA 4OKEA 3PUFA 3KD1E 3LAKA 4N56A 4DQSA 1NK9A 1DLOA 1RT1A 1HNIA 1WLJA 3NF9A 3V1QA 4KB1A 3V1RA 4QCLA 2D0AA 3KLIA 4LSNA 3KK1A 2G8UA 4BWJA 4BE1A 3VQQA 4CJTA 2Y1IA 1L3UA 1NKBA 3ZCMA 3SPZA 3AO5A 4B08A 4EP5A 4B9NA 3OJSA 4DU1A 5J2QA 2G8WA 3HJFA 4DTUA 3OYGA 2OA8A 1DTQA 4KHUA 2ETJA 2EHGA 3V9SA 1EX4A 2VG5A 3ZT0A 1KLMA 3PV8A 1A5XA 1VSIA 1FKPA 4CJ3A 4FVMA 4ZTFA 4AHTA 4AHRA 3ZSVA 3HPHA 1RDBA 4ZHRA 2YKNA 4UQGA 2ITGA 1S9GA 3OYAA 1SUQA 3TANA 4ELUA 3AVGA 4FZXC 2HVIA 1TKXA 1WN7A 1L3TA 4CJLA 5CY4A 1ZBFA 3HT3A 1NKEA 2G8KA 1BQMA 3ISNC 1J5OA 3VQ6A 1GOCA 3KKSA 1RBVA 1RBSA 4Q0BA 4KHSA 1VSEA 4BDYA 1TV6A 1JLEA 1HYZA 2OYQA 1KTQA 1HQEA 3AVCA 3AA5X 3WNGA 1TVRA 3OYLA 1TK0A 3D45A 4F3OA 2GUIA 1SV5A 3L3VA 1QSSA 1QHTA 3VQ5A 4KREA 3O3HA 2ZD1A 2AJQA 2KZZA 2YNGA 1R0AA 4KO0A 3VQBA 2BGGA 3TAMA 3VQEA 2X6NA 3AVIA 4DG1A 4AHCA 1CXQA 1FK9A 3QINA 1XHZA 3ULDA 2G8IA 4ID5A 4OGCA 3QNNA 4FM2A 1QSYA 1KRPA 1KFSA 3VQDA 1EXQA 4HTUA 5HLFA 4O4GA 4Z4CA 4FJKA 3V81A 4FLYA 1U4BA 3QEPA 1TL1A 4CEQA 1WAJA 2VG6A 1RBUA 1KVCA 3KLHA 3P5JA 5J2MA 2OZSA 3VQ4A 5SZTA 3L2RA 1XI1A 3DM2A 3OS0A 3AO1A 5CZ1A 3NDKA 2Z1IA 1XC9A 1TGOA 1NJXA 1F21A 3I0RA 3KD5E 3LP3A 5CYMA 1CXUA 4YNQA 3NF6A 2PY5A 1RT7A 5CYQA 4KRFA 1K6YA 1CZBA 2BANA 3NGIA 4E19A 2E4LA 4FJ9A 2RKIA 1ZBUA 3KK2A 3V9XA 4E7LA 1RNHA 2YNIA 3DOKA 4FLUA 4NCAA 3LPTA 3PX4A 4F8RA 1UWBA 2YNFA 1RDAA 1LAVA 4KI4A 3AO2A 1RTJA 4DF4A 4CFDA 4DSLA 3SQ2A 3ZT2A 3PX6A 4CJ5A 1W0HA 1GOAA 4O55A 1SKRA 2QKBA 3ZT4A 4W5TA 4C8MA 4Z0UA 3IAYA 3AV9A 4CF9A 3M8RA 3SI6A 4KTWA 1NK4A 4DF8A 4CF2A 3NGZA 3G10A 4RG8A 4CEBA 1X9MA 3NCIA 4AHSA 4FM1A 3DLEA 2I5JA 4CGGA 1X9SA 3RRGA 4H4OA 4E1NA 3SV4A 3F73A 2PZSA 3C94A 4CHOA 3HVTA 1NJYA 1D9DA 3L2WA 3V9ZA 4IFVA 1JXEA 4NYNA 2HHTA 3FFIA 1KCFA 3AO4A 1HJRA 3C95A 3VA3A 3TI0A 2ZE2A 4IFYA 4KKOA 4CEDA 3SUNA 4FLWA 4ELVA 4HUGA 3LWLA 3LZJA 5FDLA 3RMCA 3HVRA 3LAMA 4QAGA 3ZSRA 1BIZA 4Y1CA 2Z1GA 1BI4A 4C8NA 3AVMA 5J2PA 4O0IA 1HQUA 4FK2A 4PUOA 3VQ7A 3LWMA 4OKKA 4RW6A 5C42A 2XY7A 3KIOA 2YHAA 3VQPA 1ITGA 3KK3A 3IG1A 2ATQA 3V9WA 4DSEA 4H4MA 1J53A 1LV5A 4Z4FA 3G0ZA 2F8SA 4DTSA 4ICLA 2RF2A 1VSFA 4CIGA 3L2QA 3OYMA 4ZTJA 3LZIA 1KVBA 1YTUA 1JL1A 1IKXA 2HNYA 2HNDA 2A1RA 4FCYA 3IRXA 4W5OA 1EP4A 4LH4A 3RR8A 4Z4IA 2HHQA 1BISA 4FJ8A 5DMRA 3V9UA 5HRSA 4F4KA 4LD0A 4Z4EA 3AVJA 3NFAA 1U04A 2A1SA 4CF0A 1S6QA 4CJWA 4JRPA 4DTMA 4TSXA 3O3GA 1X9WA 4C8KA 1UAXA 2IAJA 3DRSA 1D9FA 4FXDA 4M41A 1RT4A 4HHTA 3DRRA 4E1MA 2FC0A 4M3XA 1JLAA 3L2UA 3EYZA 1L3SA 4DQIA 2FBTA 4FJJA 4FLTA 3AVLA 3TARA 4FJ7A 3NAEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4BRPA 3KWIA 4JK8A 1NEXB 4B1UB 4CBUA 1CZAN 4YOWA 4RW7A 2JWLA 4FJ5A 3BDPA 1FXXA 1IG9A 3LDPA 3K58A 1BA0A 5HBMA 3TJYA 4KH6A 4ICGC 2Z1HA 4DV4K 3THWA 4MDAA 3H6EA 1XU5E 1NK6A 3OJUA 1XMFE 2FF6A 2E2OA 4DV0K 2YCHA 4JD2B 2JHAA 2QWMA 5I42A 4BVPA 3WXKA 2RHKA 2UUAK 2LSNA 1YF5L 4GV3A 2VIXA 2JLEA 3HTVA 3GOIA 5CR4A 1FZ3E 1G15A 5I9EB 3A8YA 3RWUA 1HRHA 2P9PB 1VQNN 1CLQA 4DLGA 1ZC6A 3SK3A 3C65A 4J8FA 3VGKA 3QB0A 1S3XA 4JKDA 2I7PA 1CZ9A 3DRPA 3HOTA 2DFHA 1QHAA 1NKCA 4IOAL 3FFKB 3H3NO 4IZ9A 3C6OB 1WBDA 4IEEA 5DM6L 4GKKK 1EKEA 2VGNA 4CGHA 4LF7K 4CZEA 1BU6O 5K14A 2P1MB 1TL3A 2JGUA 2W41A 1QQNA 4PWDA 3ALYA 3P1GA 2KHOA 4K8XA 4WQ5A 3VERA 3ZLJA 2HHXA 4FJXA 3U9ZA 4DR2K 4BC2A 1S1UA 3ZSOA 3OYFA 3U6FA 3QEWA 3MCPA 3M1FA 1KSPA 1VHXA 4QNCA 4J2AA 5AR0A 1SL2A 1XHXA 4MQ3A 4BRIA 3ATUA 2GBZA 1HMVA 4CERA 3NBPA 2ZJQL 1X1PA 4B9QA 3ZEUA 3CJ7A 4PKGA 3OTOK 3F9MA 3MEGA 3G71N 3DOLA 4QS9A 4CJKA 4B8AB 4BQZA 3H45C 2QW9A 2YHWA 3CC2N 4Y1DA 4E7HA 1NGHA 4FZYA 3M3ZA 3DYAA 2UUCK 4DTRA 4DR6K 1ILYA 4CF8A 3N1BA 1LW2A 4M3ZA 2NLXA 2QTDA 3TTDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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