4FJHA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dc
Total Genus 331
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
331
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 331
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjhA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjhA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjhA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjhA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjhA03
3O3FA 4DTNA 3K59A 1U49A 4ZTFA 3L3UA 3NH2A 3OS1A 3JYTA 3NF9A 4CECA 1U45A 3VQ5A 1NKBA 2KFNA 4DSFA 3I0RA 4FJ9A 5SZTA 3JSMA 4IG3A 2JGUA 1XWLA 4HUEA 4Q5VA 1N5YA 4CHNA 3TAPA 2ZD1A 1DTQA 1REVA 1TV6A 1IO2A 4CGJA 1Y97A 3I0SA 2IGIA 3L2WA 1XC9A 4FM0A 2D5RA 3C95A 1C0MA 3AO4A 3TARA 3PO5A 4CF1A 2E6MA 1NK8A 2OA8A 1KRPA 5K14A 3CFOA 2PY5A 3LAMA 4C8LA 4DTMA 3G10A 3ZSVA 3SUOA 2EX3A 3BDPA 2QKBA 1CZ9A 4CEQA 4CEFA 4OPKA 3OYAA 3DLKA 3DRRA 5KI6A 4IFVA 2D0BA 3ASMA 4CF2A 5SWMA 3V9SA 4CEEA 3V9ZA 3SQ2A 1VSIA 4KAZA 3M8QA 4W5QA 1IKWA 1S9GA 3LP3A 3NBPA 3TAMA 5KRSA 2HMIA 4N41A 4F3OA 4DSKA 3SUQA 3QNOA 3KTQA 2WOMA 4OGEA 5CZ1A 4DF8A 5J2QA 1NK9A 3T19A 1TK5A 3UIQA 3VQEA 4FJKA 3VQ9A 4FZYA 2GBZA 3HK2A 2FBXA 3LP1A 1I39A 1SKWA 4DQIA 3HM9A 4KHNA 1CZBA 3RMCA 1VSEA 5JS2A 3KD5E 1RTJA 3ISNC 3ZSYA 4OGCA 3AVCA 3QINA 1Z26A 1CXQA 4LD0A 1GOBA 4KHWA 3AO1A 3KK1A 3H08A 4CF9A 1UA1A 1KSPA 2G8WA 4LSNA 1J9AA 4DLGA 3QEXA 4E7HA 1TKZA 1FK9A 3EYZA 3M8SA 1NK4A 4M45A 4KI4A 1VSJA 4CJWA 4FJGA 1NOZA 1BQNA 1WNSA 4DTOA 3SQ1A 1HQUA 3K5LA 3DLGA 2D0AA 4KTZA 4FVMA 4C8KA 5DMRA 1BL3A 3KLGA 3ITHA 3WNHA 2P5OA 4FZXC 4MQ3A 1IKXA 4B9MA 1I3AA 3K5MA 4M41A 1T7PA 4BE0A 4FLUA 5J2MA 4NCBA 5C24A 4DTXA 3O3GA 4BDZA 1BIZA 3IS9A 4G1QA 4FJJA 1S1VA 2FBYA 2D0CA 4RW7A 4B8CA 2YKMA 1Q9XA 3OS2A 2RPIA 1QS4A 4KB0A 1UAXA 1ASUA 4MFBA 5CY4A 1QE1A 2X74A 3QO9A 2W42A 3L2QA 4RW8A 4DSLA 3P83D 2ATQA 1ASWA 4DWIA 2HHXA 1CXUA 1KVBA 4GW6A 3EZ5A 3V6DA 3CQ8A 1IG9A 4PWDA 1LWEA 2XHBA 2OPRA 1IH7A 3OYJA 3VA3A 4BWMA 1XHZA 4DS4A 2Z1JA 1NK6A 4KREA 4M42A 1U04A 1ZBLA 3OYFA 2BANA 3O4QA 2R7YA 2F8SA 2GUIA 1C1CA 3HJFA 4CCHA 4FLZA 3LZJA 4DU1A 1HMVA 2NUBA 4OKJA 1BISA 3V9WA 3L8BA 4M3ZA 4CIEA 3OJUA 3D0PA 3ALYA 3QEPA 2G8IA 4FJ7A 3CM5A 4BE2A 3MEEA 1NJZA 3AVBA 3DRSA 4HVJA 3DRPA 4HCBA 3P5JA 4EP5A 1J5OA 2IOCA 4CJ5A 3LALA 1QSSA 2E6LA 4AHSA 1T8EA 1KCFA 2RF2A 3QLHA 3ZT0A 1W0HA 4H4OA 4HHTA 2BDPA 3C6TA 3L2UA 4CE9A 3RR7A 3NF7A 1CLQA 1RT2A 2OZMA 1D5AA 3SQ0A 1IKYA 4TSXA 4FW1A 3TAEA 4AHUA 1SUQA 3HPGA 4CJPA 4FLVA 1RDAA 1VK0A 2P51A 3SCXA 2HHTA 3P1GA 2IAJA 3OY9A 2DY4A 4B9VA 1TVRA 1HNVA 1TKDA 1D9FA 4LY7A 4EP4A 1X1PA 4Z0UA 4CGGA 1U48A 3TANA 1ZBIA 1S6QA 3L2RA 4ZHRA 2KZMA 4RW9A 4KO0A 2HHQA 4KPYA 3CG7A 3OYIA 3DLHA 1JLAA 3O3HA 5HLFA 2YNGA 3MXMA 2BE2A 4OLAA 2YNFA 3HPHA 3L2VA 4M3XA 1A5WA 3MXJA 4W5TA 3EY1A 1XHXA 3V9XA 3TWHA 4EZ6A 2KTQA 3VQDA 3HT3A 1UWBA 1ZYQA 2VWJA 1RDCA 2HNZA 1L5UA 1JL2A 1LW2A 4DQRA 3AVFA 3VQPA 3ULDA 5I3UA 1JXBA 3OS0A 4F3TA 3LAKA 4CERA 4CF8A 1MU2A 5KGXA 2HB5A 4DSEA 4Y1CA 1DTTA 1HRHA 4HUFA 4KTWA 1RCHA 3V4IA 2FBTA 3ZT1A 1JXEA 3KKSA 3SUPA 1LW0A 4ICLA 1WSHA 4CJVA 5J2NA 4KHSA 2FC0A 1T05A 4B9LA 5FRNA 1FXXA 3QERA 3ZSZA 4IKFA 1SV5A 3ZT2A 1BIUA 4Z4GA 2A1SA 1TK8A 4LSLA 3OYGA 1NKEA 4CGDA 1S1TA 4DTUA 1HJRA 3HPOA 1HYSA 1WSFA 2B5JA 1RILA 1QSYA 1S6PA 3RTVA 2HVHA 4N76A 5CZ2A 5CYQA 4KV8A 4ELTA 3F73A 4CJQA 3DLEA 1WSGA 3NH0A 4DTSA 4W5RA 2P1JA 3QEWA 4H4MA 2I5JA 3KKRA 4I2QA 1VSDA 1KVAA 5HRNA 4IDKA 3QIPA 2B4JA 2AJQA 1HQEA 3AVGA 4AHRA 4AH9A 2F8TA 4ID1A 3RMAA 3OYNA 4HTUA 3DLRA 1NK7A 1JLFA 3PX4A 1F21A 1JKHA 1HYVA 2DFHA 1JLGA 4J2EA 4E1NA 4B8AB 2LSNA 4JS4A 3IAYA 1RT4A 4NYFA 3VQ8A 2QKKA 3DOKA 2X78A 4J2AA 4FLXA 2YHAA 3S3OA 2OPQA 3NGYA 2VWKA 5FDLA 3SPZA 5EU7A 4BWJA 3ZT4A 2OPSA 3NAEA 4KHUA 3SQ4A 3TAFA 4J2BA 2E4LA 4CEZA 3WNGA 3RRHA 4C8OA 1BHLA 2X6NA 3B6PA 2OZSA 3NCIA 4FJIA 2PYJA 5J2PA 3AVHA 4CK2A 4E0DA 2O4GA 1S1WA 5FROA 4I9LA 3G0ZA 3HL8A 3QIOA 1TAUA 1G15A 1BI4A 3RWUA 4QOZB 3ZCMA 4CF0A 4L8RB 2YV0X 2Z1HA 4XIUA 4DFKA 1X9WA 4AHTA 4DF4A 4BDPA 1VSHA 1T03A 4FLWA 1RT1A 1L3VA 3QNNA 3DM2A 4CIGA 4JS5A 4N5SA 4B9SA 4FYDA 3NHGA 4IBNA 3PX6A 3PO4A 4CFCA 1EKEA 2IDOA 4O44A 1HNIA 2A1RA 4ID5A 2OYQA 4O55A 3KLIA 1C1BA 3SV4A 4Z4CA 3QETA 3KIOA 4CEBA 3VQ4A 5T7BA 5HRRA 2QXFA 1LAWA 1O1WA 4BE1A 4E7LA 4FJMA 1QQCA 3V1RA 3ZSWA 4CHOA 4UQGA 5D3GA 3VQAA 4LH4A 3TI0A 2XY6A 2ITGA 1JLQA 3LPTA 2XRIA 3NFAA 3U3YA 4DSJA 3DLBA 2FBVA 4E3SA 1JLBA 4CHQA 1RT3A 3CYMA 1SL0A 1WAFA 1J54A 2OPPA 5DK5A 1VRTA 4CJ3A 3RRGA 4F4KA 4DFJA 4K8ZA 1RTIA 5HBMA 2KW4A 2YHBA 3DI6A 3AO2A 4M3YA 1GOCA 3AO3A 1L3SA 1RBSA 5E41A 3K5NA 2G8HA 4FLYA 3D45A 4I2PA 1D9DA 3AA2A 3TR8A 1Q9YA 1JLCA 4FJXA 2VG7A 2Z1GA 4E7KA 3S9HA 3VQ6A 3AA4A 3ZSQA 2XY7A 3U3GA 4B3OA 1BCOA 3OYEA 3QEIA 1KLNA 3B6OA 4GVMA 4DU3A 4AILC 4ELUA 3AVKA 3KK3A 4FJ8A 4FM1A 4CFDA 1R0AA 2DFEA 1D8YA 4RG8A 3HVRA 3SYZA 1NJXA 2RN2A 4DU4A 4F2SA 4OLBA 1NKCA 2Z1IA 4YNQA 2IC3A 1RT7A 3OYMA 1U47A 1RBRA 4OKKA 1RBVA 4F2RA 2Q3SA 4KKOA 1S1XA 1NK0A 1WSIA 4CHZA 4YFUA 3NGIA 4DQPA 4KI6A 4CJFA 2ZQBA 1B92A 2RKIA 3ZT3A 4I9QA 3ZSXA 3SZ2A 4JRPA 1YVUA 1EETA 5C25A 5KTQA 4M3UA 3T3FA 4Z4EA 3MECA 2EHGA 2B6AA 4FXDA 3LWMA 3OYBA 1NJWA 2BGGA 2KFZA 4E89A 1WLJA 4JRQA 4CK3A 4CESA 1KVCA 4QCLA 2HHSA 4CGHA 1W9HA 4DLEA 3T1AA 5C42A 3A2FA 4B9UA 2P5GA 4FK0A 1NK5A 4CJTA 3OYCA 1A5VA 3ZSOA 1L3TA 1S1UA 4BACA 4ZTJA 3V81A 3AVNA 1YTAA 3O4NA 2HW3A 4DSIA 3NDKA 3CFRA 4DQSA 5HP1A 1DLOA 4C8MA 4FJNA 1YT3A 1RT6A 4FJLA 1C0TA 2GV9A 4LH5A 1SKSA 5I42A 1SKRA 4NCAA 3S3MA 3K2PA 3RR8A 3THVA 1VSLA 3OVNA 4O5BA 2XY5A 5J1EA 2VG5A 1BQMA 4W5OA 3F9KA 3M8RA 3HP9A 3V1OA 2XY8A 3MEGA 5KGWA 3VA0A 2IS3A 1HPZA 1GOAA 3LPUA 3WNEA 1U4BA 3LZIA 1KLMA 3LWLA 4BDYA 1NJYA 4OKEA 4KRFA 4AHVA 3M8PA 1WAJA 1WN7A 1RDDA 3AV9A 3PX0A 4DTJA 1RDBA 3AA3A 3NF6A 4CEOA 4CJRA 5HRSA 4CJKA 2KQ2A 2G8UA 4M3TA 3FFIA 4JLHA 4Z4FA 4CK1A 3AVJA 1BI4B 4DFPA 1K6YA 4CFBA 1LWFA 4NCGA 4E19A 3K57A 1RTDA 3LDSA 1BGXT 1C0UA 1NOYA 4FJHA 1B9FA 3DMJA 1J53A 3WNFA 3RMDA 1RBTA 1RNHA 3HSTB 3VQBA 4B9NA 3NE6A 3TABA 4B08A 1BCMA 4PA1A 2YKNA 4FLTA 1Q8IA 1TGOA 1XI1A 4Z4IA 3V1QA 3SI6A 4R5PA 2VG6A 4N47A 3SUNA 4I7FA 4Q0BA 5JS1A 4CHYA 3OYKA 3IRXA 4W5NA 4CJLA 4WE1A 4PUOA 4AHCA 1ZBHA 3NGZA 3E01A 4E7JA 2HNYA 3OYLA 2HNDA 3I8DA 3TAGA 1RT5A 3KLEA 1JL1A 4HUGA 4PQUA 2F96A 1L3UA 3CM6A 4EZ9A 1LV5A 5FRMA 1QHTA 2HVIA 1B9DA 4FK2A 4FM2A 4CGFA 4KB1A 4KFBA 1JLEA 5HRPA 1TL3A 3MEDA 3AA5X 1QSLA 1SL2A 4HCCA 4CJEA 1TAQA 4Y1DA 4O0JA 3PV8A 3QESA 2QK9A 3NF8A 4DMNA 3MXIA 4CHPA 1FKPA 4PY5A 3KD1E 3C6UA 1C6VA 2DFFA 4OJRA 2HHVA 4DQQA 3AVLA 1UOCA 3TAQA 3U6FA 3KLFA 3VQ7A 3OJSA 4CFAA 4J2DA 1LWCA 1IKVA 3DYAA 1TL1A 3HP6A 1SL1A 4O0IA 3PUFA 4OPJA 1VSMA 3SV3A 4K8XA 3IG1A 4IG0A 3LANA 3KK2A 3AVAA 2G8FA 1YTUA 3QEVA 3S3NA 2G8KA 4CJUA 3AVIA 4CJSA 4DG1A 4OVLA 2HHWA 4ELVA 4GMJB 4Z4HA 3PY8A 1KFDA 2O4IA 1VSFA 1WSJA 3CFPA 3DOLA 4C8NA 3KLHA 1N6QA 4F8RA 4DTRA 2DTUA 2YNHA 4CEDA 4IFYA 4CJ4A 2WONA 2ETJA 3K5OA 3OYDA 3SPYA 3K58A 1HYZA 1QTMA 1ITGA 3KJVA 4N56A 3V9UA 4FK4A 3LP0A 3VQCA 1ZBUA 5CYMA 3AO5A 4DS5A 1C1AA 4KTQA 3LP2A 1Z25A 4QAGA 1TK0A 1TKXA 1KFSA 3C94A 4FZZA 4FJ5A 3L3VA 1EXQA 2Y1JA 5HROA 1X9SA 4RW4A 3HO1A 1WSEA 2XO7A 2HHUA 1FKOA 3HYFA 1EX4A 2PZSA 4KHYA 1LAVA 1RTHA 2YNIA 3HVTA 3ZSRA 4CEAA 4RW6A 4M3WA 4E1MA 3NH1A 4CGIA 4FW2A 3SNNA 1RBUA 1TKTA 3SJJA 2Y1IA 4O4GA 1A5XA 2X6SA 4M3RA 4NYNA 1VSKA 4DFMA 2G8VA 3VQQA 2PYLA 4DTPA 5KRTA 3HXMA 4CIFA 3RMBA 4KHQA 1ASVA 1KTQA 1VRUA 3OYHA 3VN5A 4E7IA 3BGRA 3AVMA 4H8KA 1UA0A 4FCYA 1S9EA 2JLEA 1ZBFA 1EP4A 1X9MA 3MAQA 1S5JA 4B9TA 2ZE2A 2KZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3EN9A 1CLQA 1IKYA 3NVMA 3SQ0A 3CCUN 3F2KA 3TAEA 3ID8A 1RDAA 1VK0A 2P51A 3P1GA 3R6MA 2VQEK 4EP4A 1U48A 1ZBIA 1S6QA 3L2RA 4CBXA 3QBWA 2HHQA 4X5MA 4KPYA 3CG7A 4JKCA 3OYIA 3DLHA 2E2PA 2P9UB 3VF2A 2QA4N 3L2VA 5HOOA 3EY1A 5AQGA 3TWHA 3QFUA 2VWJA 1VQ8N 4DQRA 3WXLA 4LF7K 3OS0A 4JKBA 2E32A 4C1NK 2HB5A 1DTTA 4JNEA 2FBTA 2FXUA 3C65A 4LF4K 1JXEA 3KKSA 4DQ8A 3C7NB 3SUPA 4K25A 1XL3C 3QERA 4DKWA 1TK8A 3OYGA 2ZJRL 4YDUC 1HYSA 1NBWA 3TL8B 3PIPL 4JKHA 2JH8A 5CYQA 5BN9A 3GL1A 1WSGA 3WQTA 4W5RA 3QEWA 2I5JA 4I2QA 3CD6N 4X65K 4DCHA 4IDKA 2B4JA 3AVGA 2O8EB 3MX5A 3DLRA 1JLFA 3PX4A 4B8AB 1XVCE 3IAYA 3VQ8A 4FWPA 2QW9A 4J2AA 3S3OA 2YHYA 2VWKA 3CCRN 4FWNA 1D4XA 3E66A 2B8IA 4KHUA 3TAFA 3RRHA 4C8OA 1BHLA 3L2OB 4IOAL 2OZSA 3VPZA 5J2PA 4JI6K 1S1WA 3G0ZA 1VQKN 2ZGZA 3O08A 4K41A 4QOZB 2YV0X 1VHXA 1X9WA 2QWOA 1RT1A 1XVDE 2HD0A 4CIGA 1I94K 4DR4K 4H5RA 4B9SA 4FYDA 3KVGA 4CFCA 4BC2A 4WFBL 3TJYA 3KIOA 2Q2RA 2RCUA 1O1WA 5KQ8A 3ENHA 4BE1A 4FJMA 3V1RA 4CHOA 4UQGA 4KBOA 3VQAA 5A2QO 3U3YA 2XRIA 1SZ2A 4E3SA 1JLBA 1GLLO 4CHQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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