4FJHA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dc
Total Genus 331
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
331
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 331
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjhA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjhA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjhA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjhA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjhA03
3P5JA 1C6VA 2JGUA 3BDPA 4HUEA 4Z4IA 4N47A 1KRPA 3V9WA 4ZTJA 3KK3A 4CF0A 4FXDA 3SPZA 1B92A 1IKWA 3VQBA 1HPZA 3V1QA 4DG1A 2PY5A 4FLYA 1Q8IA 1S1TA 4HCBA 2BANA 4Q5VA 3K57A 2IOCA 3FFIA 3L2WA 1RNHA 1REVA 1WSFA 2FBXA 3MEDA 3VQCA 3L2VA 4B3OA 5KI6A 1JLBA 4CJ3A 4HVJA 2HMIA 4IKFA 3OYLA 4CCHA 1IH7A 2FBYA 3SV3A 4WE1A 3WNGA 4N41A 3O3FA 2HVIA 1EKEA 5I42A 1C1AA 1RT4A 3ZCMA 3OYNA 1SUQA 4IBNA 1TL3A 3C94A 2P51A 4CJEA 1GOBA 3SPYA 4FM0A 4B8AB 2Z1IA 3NF9A 3C6TA 1U49A 5J2PA 3QEIA 3HYFA 2X74A 2YV0X 4JRQA 3DLHA 1TK8A 3CYMA 2G8VA 2HW3A 2E4LA 4DFMA 4I7FA 3LP1A 4B8CA 2RN2A 3VQPA 4CF8A 4C8OA 4DSLA 2O4IA 1CZBA 5HBMA 1ZYQA 1IKYA 1KLMA 3AVKA 3HPOA 3O4QA 2HHSA 3ISNC 4H4OA 3ZT1A 5HLFA 4NCBA 1HMVA 4KB1A 3HO1A 3SQ0A 2E6MA 1KFSA 4NYFA 4M3RA 3RMDA 1JKHA 2ETJA 4E0DA 3NGYA 1L3VA 3L2UA 3QIPA 4QAGA 4FK2A 3ZSZA 3AA4A 1NK9A 1JL1A 4AHUA 3O3HA 3MECA 3DI6A 4FLVA 3LANA 3NF7A 2G8FA 3RR7A 4CIEA 1BI4A 4KTWA 3QEXA 1JXEA 3TAFA 3SCXA 4FJJA 4FLWA 4CECA 4CJQA 3I8DA 1BCMA 4CFAA 4KB0A 2D0AA 2XY8A 4CEOA 4CF9A 3QETA 4Z0UA 4ELUA 1A5VA 3AVIA 1FXXA 4H4MA 1TAUA 3P1GA 2KFZA 3MEGA 4AHSA 3AVCA 5KRTA 4FJNA 1GOCA 2ITGA 2OYQA 3RMBA 1NJZA 3DOKA 2Z1GA 1T8EA 4M41A 4B9UA 5JS1A 3PUFA 4BE1A 3V81A 3NF6A 3LALA 4BACA 3VQDA 1SKRA 4FK4A 1C0MA 1J54A 4HUFA 3ZSYA 4F3TA 5EU7A 3G0ZA 1Y97A 4E7HA 2KZMA 3KK1A 1UA0A 4Z4HA 2KTQA 1XWLA 3DMJA 4F2RA 4M3UA 3TI0A 4HHTA 1RTIA 1J5OA 2VWJA 4EZ9A 4I9LA 1WNSA 1GOAA 1RT1A 2HNZA 3NF8A 4B9TA 5HRRA 3EY1A 4W5TA 4E7IA 3SUQA 3IG1A 3TARA 3AVNA 2Z1JA 2Z1HA 3HM9A 2R7YA 3KD5E 1TGOA 2EHGA 1NK4A 2X6SA 3U3YA 1JXBA 4RW8A 3QNOA 1BGXT 5T7BA 4DTOA 4K8XA 4OVLA 3K2PA 3OYEA 4O0JA 3AVJA 5C25A 1CXUA 3AV9A 4C8NA 3T3FA 1TKDA 4DTNA 5C42A 3KTQA 4FJKA 4TSXA 3L3UA 3ZSOA 4DTPA 3E01A 1JLCA 1JLEA 2QXFA 3KJVA 2B5JA 3O4NA 2DTUA 3LWMA 3DRRA 1I3AA 2PYLA 1NKEA 3PO4A 2HNYA 1NK6A 3SUOA 3U3GA 4IDKA 4B9MA 2OPQA 4NCAA 1ZBUA 4J2AA 3TAMA 4KV8A 4CK3A 1RBSA 3LPTA 1ASUA 4GVMA 4KHYA 3NBPA 1RDAA 3CQ8A 4CE9A 3HVRA 4E7KA 4EZ6A 3AVAA 4KI4A 3SI6A 1A5XA 3ZSXA 1R0AA 3V9ZA 2IC3A 1TAQA 1LAVA 4KI6A 1HNVA 5I3UA 1BI4B 1JLFA 3DLEA 4C8LA 3DLGA 2HHUA 3V1RA 1SL2A 3PY8A 3F9KA 3TR8A 3LPUA 2YKMA 3L3VA 3O3GA 3SUPA 1RCHA 3SJJA 3CFPA 4M3ZA 2PZSA 1DTQA 3AVFA 3AA2A 1XHXA 1BIUA 1C1CA 5CZ2A 5E41A 3RMAA 4FJGA 3IRXA 2B6AA 4RG8A 4M3TA 4CGGA 3KLEA 4DSEA 5C24A 4F4KA 1VSEA 1U04A 2ZQBA 4FM2A 2P1JA 3V9SA 1EETA 2PYJA 2HHVA 3OYGA 1C1BA 3VQAA 3D0PA 2OA8A 3F73A 2F8SA 5HRNA 3AO4A 4DTRA 3QEWA 2WOMA 4CGJA 4FJIA 4ELTA 4KHWA 1RDDA 1NJWA 1DTTA 4CJ5A 1VSHA 4CF2A 4CJFA 4CIFA 4DU1A 5KTQA 2VWKA 1IO2A 4IFYA 3M8SA 1KVAA 4BE2A 4ZHRA 1QSYA 3KLGA 1I39A 2GUIA 1VSJA 2XY5A 1SKSA 3NE6A 4M3WA 3SUNA 4DQRA 4JRPA 1VK0A 4Y1CA 4CERA 4RW6A 1WAJA 1VSLA 1RTJA 1ZBFA 4FLTA 3LAKA 1TKTA 1UOCA 4BE0A 4DTMA 2RPIA 2A1RA 2XO7A 4B9NA 3V9XA 3B6PA 4FM1A 3THVA 1Z26A 4KRFA 4CHZA 2KZZA 1TL1A 1F21A 3RR8A 3AVHA 1NK8A 2GV9A 1HRHA 3QESA 3PV8A 2HB5A 4CGDA 3L2RA 4CJKA 1NK0A 4UQGA 4FZZA 4E1NA 4PA1A 5KGXA 1Z25A 4CF1A 1X9WA 3NGIA 1RDCA 1LW0A 1RT5A 4DS4A 4DQIA 3TAGA 1LWEA 2RF2A 4DF4A 3UIQA 3KD1E 2OPRA 3QLHA 4FJXA 3DLRA 1N5YA 1BQMA 1LV5A 2OZSA 4PQUA 3LP3A 3IS9A 4BWJA 4DQSA 1SV5A 3TAQA 1VRTA 3QIOA 4LSLA 2HHXA 4CFDA 3QERA 3CM6A 4YNQA 1DLOA 5J2MA 2D0CA 4O44A 4E7JA 1G15A 3TABA 3ZT2A 3ZT4A 1D9DA 4I9QA 1FKOA 4K8ZA 4W5RA 2F8TA 3AVLA 3PX4A 4FJMA 4CJVA 1WN7A 4CHPA 2EX3A 4DQQA 3CFRA 3ZSVA 1TVRA 4KTZA 3MXIA 4DSIA 4O4GA 3TAPA 1WSIA 3OJUA 3M8RA 1EP4A 2Y1JA 4PY5A 3DOLA 1IKVA 3DRPA 4CJLA 4CEQA 1D9FA 5CZ1A 1EX4A 3OYKA 5CY4A 1RTDA 2AJQA 4AHTA 1L3UA 3AO5A 5CYQA 3V6DA 4CEDA 3ULDA 4AHCA 4FLXA 2YNIA 4Z4CA 4OLAA 1N6QA 3QNNA 4JS4A 5KRSA 4CEEA 1BHLA 3OVNA 4RW9A 4GMJB 1NK7A 3HJFA 4Z4FA 4CJSA 4FVMA 3OJSA 4NYNA 3OS1A 1NOZA 3QO9A 1VRUA 4N5SA 3OYMA 1U45A 4KTQA 4N76A 1UAXA 4R5PA 4KHNA 1C0TA 2IAJA 3OYAA 4DFPA 4OKEA 3LZIA 2IS3A 5HROA 3DLBA 2HHWA 1YT3A 3WNFA 3K5MA 1T05A 1LWFA 1RBRA 2DFHA 2Y1IA 1K6YA 4E19A 2A1SA 2GBZA 1HJRA 3K5OA 4DMNA 4B9SA 2FC0A 3NAEA 1S9EA 4GW6A 1LW2A 4J2DA 4KHSA 2LSNA 3T19A 4CEZA 4IG0A 4BWMA 2XRIA 1BISA 3VQQA 4CHQA 1QSSA 4CFCA 1D8YA 4IG3A 5SZTA 2BDPA 1CLQA 4CK1A 4AHRA 2YNFA 4DLEA 1LWCA 4Z4GA 3K5LA 1ZBLA 3PX6A 4DQPA 4AH9A 3K5NA 3S9HA 2G8IA 1RT7A 3HVTA 4FW2A 1L5UA 4L8RB 1JLQA 4LH4A 3MAQA 3C95A 3PO5A 1BL3A 2X78A 3S3MA 1QQCA 2O4GA 5DMRA 1T03A 4F2SA 4ELVA 1QE1A 3HP6A 3AVGA 3VQ5A 4LD0A 3L2QA 3CG7A 4CEBA 4B9LA 3EYZA 4CEFA 1UWBA 2BE2A 2IDOA 1KVBA 1ZBIA 4JLHA 4KPYA 4DTSA 3AA5X 3VQ8A 3SQ1A 4AILC 1TKZA 3TWHA 4C8KA 1TV6A 3HXMA 4O5BA 4OLBA 2P5OA 2W42A 1JL2A 2JLEA 4BDPA 4CJRA 1XC9A 4CGFA 3NCIA 1MU2A 2OZMA 1RBUA 4G1QA 4CIGA 1S1WA 1HNIA 5HP1A 1LAWA 2G8KA 1WSHA 5KGWA 4KHUA 2YNGA 5K14A 3HPHA 4N56A 3NGZA 3SYZA 3RRHA 1ASVA 4CGIA 3OS0A 3U6FA 1L3TA 3S3OA 1UA1A 4Q0BA 1SL1A 1O1WA 2RKIA 2ZE2A 4E1MA 4DTXA 4QOZB 2FBTA 1W0HA 4J2BA 4BDZA 3VQEA 4FK0A 3HP9A 2HHQA 4CJUA 2IGIA 2E6LA 3WNEA 3NH1A 4KHQA 1QS4A 4OPJA 1IG9A 4M45A 1FK9A 5FRMA 3ZT0A 2XY6A 1TK5A 1YTUA 4DS5A 4CJWA 4B08A 4YFUA 4B9VA 3LDSA 2YHBA 3ZSRA 2KW4A 4QCLA 3OY9A 2HHTA 4FJ9A 3OYDA 3KKRA 4CGHA 4AHVA 3P83D 4RW4A 4CFBA 3LWLA 2QKBA 5HRPA 3LAMA 1S1VA 1U4BA 4J2EA 4KAZA 3ZSWA 4CHYA 4DSFA 4DTJA 3VQ9A 3A2FA 3AO3A 1QSLA 1X9MA 3AVMA 1WLJA 1FKPA 1B9FA 1KTQA 3OYJA 1RT3A 1BIZA 1WAFA 4E3SA 2WONA 1HQUA 1S9GA 4MFBA 5DK5A 2X6NA 3SV4A 3MXMA 5JS2A 4FW1A 3AO2A 2DFEA 2DY4A 3VQ7A 4OGEA 5J2QA 3HT3A 5J2NA 4CJ4A 1QHTA 5SWMA 4ICLA 4O55A 2VG6A 5FRNA 1X1PA 3HSTB 1HYZA 1RBVA 2D0BA 2OPSA 3KIOA 1S1UA 3LP2A 4RW7A 1XI1A 3NFAA 1ZBHA 1RT2A 3NH0A 1NJYA 1Q9XA 1S6QA 1YVUA 3JSMA 2D5RA 2G8UA 4KO0A 4W5NA 4E7LA 3AVBA 1VSFA 1U47A 2YHAA 4MQ3A 1D5AA 4I2QA 4ID5A 3NH2A 1NKCA 3KLHA 3S3NA 2VG5A 1X9SA 3M8QA 3SZ2A 4FZXC 1VSMA 4JS5A 4DFJA 4FYDA 4HTUA 3LZJA 1ASWA 1JLGA 4CEAA 4Z4EA 3WNHA 2Q3SA 1J9AA 1KLNA 4FJHA 1VSDA 1HYVA 3ALYA 1WSGA 3OYCA 3AA3A 1T7PA 1S6PA 2B4JA 3ASMA 3CM5A 1QTMA 4CESA 1S5JA 3VN5A 3DM2A 5CYMA 2I5JA 2XHBA 3OYIA 1SL0A 3NDKA 4I2PA 4DWIA 3MEEA 4KFBA 3BGRA 4IFVA 2NUBA 4LH5A 1RTHA 3QINA 4KREA 1BQNA 4CJTA 3TANA 1S1XA 1NOYA 1ITGA 4OPKA 2OPPA 3DRSA 2ATQA 4DFKA 4DTUA 1RDBA 4HCCA 3ZT3A 3SNNA 1L3SA 4O0IA 3K59A 3SQ2A 4DSJA 4Y1DA 1KSPA 2QKKA 1TKXA 4M42A 2YKNA 4C8MA 4W5QA 1J53A 3OYHA 4DU4A 3QEVA 4W5OA 4FLUA 3KKSA 4CHNA 4CHOA 2FBVA 1HQEA 1NJXA 3T1AA 2ZD1A 1KCFA 3TAEA 1CXQA 1RBTA 4FZYA 3B6OA 3V4IA 4FLZA 4EP5A 3ITHA 3LP0A 1HYSA 1C0UA 3V9UA 4FJ5A 4DSKA 3QEPA 4OKJA 1RT6A 4FJLA 4FJ7A 4M3YA 4LSNA 2G8HA 4DLGA 4F8RA 3VA0A 1CZ9A 1SKWA 1WSEA 4EP4A 3VQ6A 3L8BA 1KFDA 3I0RA 1VSIA 1A5WA 4DU3A 2KQ2A 2BGGA 2P5GA 1NKBA 3K58A 4OGCA 3KLIA 2G8WA 1WSJA 4BDYA 2YNHA 3DLKA 1JLAA 1KVCA 2KFNA 3OS2A 3RRGA 3RMCA 1B9DA 3AO1A 1U48A 1EXQA 1IKXA 2HVHA 2DFFA 3JYTA 4H8KA 3KK2A 3HPGA 1YTAA 4ID1A 3VA3A 5J1EA 4ZTFA 4DF8A 3IAYA 3M8PA 3KLFA 4FCYA 3I0SA 5HRSA 3DYAA 3VQ4A 4F3OA 1TK0A 1XHZA 4HUGA 2QK9A 4M3XA 4CK2A 4XIUA 3HK2A 5FDLA 3D45A 4CJPA 5D3GA 5FROA 4PUOA 4NCGA 4PWDA 2HNDA 3H08A 3SQ4A 3G10A 3ZSQA 4FJ8A 3OYBA 2XY7A 4E89A 4OJRA 3C6UA 3HL8A 1W9HA 3V1OA 1RILA 3MXJA 3OYFA 3PX0A 4LY7A 1NK5A 4KKOA 3EZ5A 3CFOA 3NHGA 3RTVA 3RWUA 1VSKA 2F96A 1BCOA 1Q9YA 4OKKA 2VG7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2JGU A;  4G9Z A;  4ZTJ A;  3KK3 A;  3HI0 A;  1ILY A;  1IKW A;  2PBD A;  3V1Q A;  3ZX0 A;  4Q5V A;  1REV A;  1WSF A;  5GIN A;  3MED A;  2HBJ A;  3O9Q A;  4FWM A;  4IKF A;  4BRH A;  4CCH A;  1IH7 A;  4WE1 A;  1KD1 O;  4ILH A;  1RT4 A;  2ZGY A;  3M3Z A;  2QM1 A;  5AQN A;  1FZI E;  1U49 A;  2Q97 A;  5J2P A;  4BR2 A;  2YV0 X;  4JRQ A;  1J6Z A;  3DLH A;  5IZ7 A;  2HW3 A;  4DFM A;  4B8C A;  2RN2 A;  3EE8 A;  4IWV A;  3VQP A;  5E84 A;  3E9L A;  3ZT1 A;  2Q31 A;  4KB1 A;  2E6M A;  3P4I A;  1JKH A;  4YOU A;  4K41 A;  3L2U A;  3DXM A;  3AA4 A;  1NK9 A;  3H45 C;  3G4S N;  4FWP A;  3DI6 A;  2G8F A;  1BUP A;  1YIT N;  3RR7 A;  4KTW A;  4CEC A;  4FLW A;  3I8D A;  2RCU A;  4CFA A;  3GG4 A;  1TYQ B;  4CF9 A;  2E20 A;  2V7Y A;  3QET A;  1A5V A;  2Q0R A;  3J7A P;  3AVI A;  3M5R A;  1FXX A;  4H4M A;  3D6R A;  1GOC A;  3P31 A;  4BY9 C;  4BE1 A;  3V81 A;  1KAY A;  1ZXO A;  3VQD A;  1ATS A;  4FK4 A;  5EU7 A;  3L4I A;  1Y97 A;  4E7H A;  4EP9 A;  4Z4H A;  2IVP A;  3DMJ A;  2P9U A;  1U6Z A;  2Q2R A;  4PL8 A;  4I9L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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