4FJLA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/da
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjlA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjlA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjlA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjlA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjlA03
4M3ZA 2WONA 4E7IA 1GOBA 4XIUA 5SZTA 2HW3A 4JS5A 3S3MA 4CJEA 3SI6A 2RF2A 4DSJA 4E7JA 1IKVA 1D8YA 1N6QA 4FCYA 1TK0A 3OJSA 4AHVA 3TAMA 4Z4CA 2QKBA 4LH5A 3WNFA 3SPZA 3V81A 3TAGA 4OLBA 2D0BA 4CJ4A 3AO3A 4HUEA 4DFKA 4DFJA 3V6DA 4W5RA 3SQ1A 4FM1A 2KFZA 4CF0A 3LPUA 1WSFA 4TSXA 1NKBA 2HB5A 2KZZA 4Z4FA 3NCIA 1X9WA 3RMDA 1NKEA 4FW1A 2OZMA 4HUFA 1RT1A 3DM2A 3QETA 1SKRA 4DTNA 2YHBA 4CIGA 1EX4A 4CEBA 3EYZA 5KRSA 2BDPA 4B9LA 4N47A 4CJRA 1A5XA 2HVIA 3V1RA 5CZ1A 1RBTA 5KGWA 1DTQA 4B9TA 3DYAA 3DLEA 2IS3A 3LP3A 3IAYA 1S5JA 1TKTA 4F3OA 1B9FA 1I3AA 4AH9A 3A2FA 4BWJA 3NGIA 3CYMA 4DTOA 3SQ4A 2HNYA 2GV9A 3VQ4A 3VQ7A 1BIZA 2DTUA 1I39A 3AVFA 4YFUA 1XC9A 3VQQA 4DSLA 3V4IA 4F8RA 2XHBA 4QCLA 4BE1A 1CLQA 4FLUA 5JS1A 1TKXA 1BCOA 1KVBA 3TR8A 1HJRA 1S6QA 1QHTA 1C0TA 3JSMA 2HHVA 3I0RA 3OYJA 1KSPA 4CCHA 4CGDA 4CEAA 4M3WA 4E89A 3PO4A 1ZBFA 4CHYA 1NJWA 5KRTA 1NK0A 4B9UA 3VQCA 2R7YA 1Z26A 4FJIA 3C6UA 3M8QA 3AVKA 4OKKA 4RW8A 2X74A 4DSIA 2PZSA 1LWEA 4KHUA 2YHAA 3NF8A 4H8KA 2HHUA 2KW4A 4E3SA 1S1XA 2G8HA 4CFBA 4JS4A 1LW2A 1EKEA 4Y1CA 2EX3A 1FXXA 3OS1A 4E7HA 4HCBA 1L5UA 3NH1A 3SUNA 3RMCA 4CGFA 3HM9A 5J2PA 1SL1A 4LSNA 5I3UA 3K5MA 1S1VA 2KQ2A 2OPSA 1TKDA 4L8RB 2EHGA 4OPJA 2HHWA 3K57A 2HHXA 4KB1A 4CF8A 4PQUA 3AO4A 3DOKA 2B4JA 1JLCA 3RRGA 4DTPA 1KVAA 3SNNA 1NK6A 4PUOA 4Q0BA 2VWJA 3SUPA 4CFCA 1O1WA 1BQNA 4W5TA 5JS2A 2DFEA 4E19A 4KHSA 3O3HA 3ZT2A 3TARA 4C8MA 4FXDA 3L2VA 2YNHA 5HRNA 2E6MA 1JXEA 4B3OA 1U4BA 4ID1A 3SPYA 4N76A 1BQMA 4DLEA 1ZBIA 4LSLA 4B9SA 1R0AA 2A1RA 3M8PA 4C8OA 5J2NA 4FJLA 4E0DA 2PY5A 4FJ8A 2HHTA 4M3YA 4Z4HA 1JLBA 3MXIA 2OA8A 3SJJA 4OGCA 4CHOA 4IDKA 4DTUA 1VSMA 3DLKA 3M8SA 4B08A 4DWIA 4FLZA 1JLFA 2Z1IA 2FBVA 4OPKA 1T05A 3K2PA 4FYDA 3SUQA 1W9HA 1L3SA 1BCMA 1SUQA 4KHWA 3HVRA 3RMBA 1S6PA 4N41A 3HPGA 3V9WA 1T8EA 1VSJA 1L3VA 1RT4A 3AVJA 4FM0A 2E6LA 3KTQA 4M3TA 5T7BA 2XRIA 3P1GA 3PY8A 3K5NA 2O4IA 2QXFA 4F2SA 4AHUA 5FDLA 3LWMA 1ASUA 3F9KA 4CEDA 3OS0A 1HQEA 1BIUA 1RILA 1RDAA 4KREA 4FLVA 3OJUA 2G8KA 3PX6A 3S3NA 3AA4A 5FROA 3C6TA 3DLGA 3LP2A 3OYDA 3O3FA 4CIEA 3ZT0A 4N5SA 3FFIA 3KLHA 4HUGA 3H08A 1D9DA 2P5GA 1J53A 5KI6A 2Z1HA 3U6FA 5EU7A 2BANA 4CEFA 3HXMA 3HT3A 4GW6A 4CEEA 4FZXC 4CJLA 5CYMA 1KRPA 4W5OA 1RDDA 4DFMA 3MEDA 4EP4A 1GOCA 1LAVA 2D5RA 1SV5A 1UA1A 4KHYA 3BGRA 1QE1A 3RMAA 3MEGA 3OYKA 1S1TA 3OYGA 4LY7A 3ISNC 2IOCA 2OYQA 1RBVA 3AVBA 3KKSA 1JLAA 1NK4A 4I2QA 4CHQA 4BDZA 2B6AA 5C25A 4R5PA 1TGOA 4BWMA 4CK1A 1VK0A 3HP9A 1SKWA 1K6YA 4ZTJA 1L3TA 1J54A 2VG6A 4DS5A 2XY7A 4CGJA 3VQ9A 3L2UA 4DTJA 4DSKA 1WSJA 1QSYA 1RBSA 3LZIA 4JRQA 4J2EA 1HNVA 5HRRA 3OYCA 4CJVA 3L2RA 3V9SA 2G8UA 1NJXA 1WNSA 4CGIA 3AA2A 3AO5A 2HHSA 1YTUA 2DFHA 3AVIA 3O4QA 4EP5A 1ZBHA 4HCCA 1JL1A 3KJVA 3KLIA 3P83D 3WNGA 1TL1A 4FK2A 4KHQA 4AHCA 3AVGA 3PX4A 3AA5X 2NUBA 2HVHA 4HVJA 1VSIA 3V1OA 3SYZA 3NFAA 4O4GA 4CJKA 3DLBA 4KI6A 2LSNA 4CF9A 1HYSA 1YTAA 3RTVA 3DRPA 3NH2A 1U48A 1SL2A 2YV0X 5HBMA 2ZD1A 1FKPA 3DI6A 4ID5A 1BGXT 1RTIA 1CZ9A 1Y97A 3LP0A 2DY4A 3NGZA 2PYJA 1IG9A 1WAJA 1B9DA 3D0PA 1D9FA 4CEZA 2IC3A 1JXBA 4OKEA 4Z4GA 4BE0A 5J1EA 1QQCA 3CG7A 3CFPA 2JGUA 4PY5A 3L8BA 3KK1A 3MAQA 3T3FA 2VG5A 1J5OA 4O55A 3M8RA 3KK3A 1XHZA 1T03A 1D5AA 4DU1A 3RRHA 1IKXA 1HPZA 4FZZA 4J2BA 1MU2A 3KKRA 5J2MA 1CXQA 1JL2A 1G15A 1TAQA 3HSTB 2KTQA 1BI4B 2G8FA 2ETJA 2FBXA 4OGEA 4EZ9A 3KLEA 1QTMA 2VG7A 4BE2A 1ASWA 1KCFA 3K5OA 5KTQA 3OS2A 1SKSA 4JLHA 3QO9A 3WNHA 2OPRA 4C8NA 4QOZB 4IG0A 2B5JA 1WSHA 3LANA 4NYFA 2RPIA 1HQUA 4LH4A 4ZHRA 3U3YA 2Y1JA 1UAXA 5C42A 5CY4A 1S1UA 1IO2A 1X9MA 5C24A 3JYTA 5I42A 1NK5A 3LDSA 1Q9XA 4J2AA 1TL3A 4MFBA 1QSSA 1VRUA 4QAGA 1TK5A 1RTDA 4FJ9A 1JLQA 4DF8A 4PA1A 3I8DA 4CJFA 3AVMA 4KAZA 2ITGA 3K59A 2Q3SA 1VSHA 1IH7A 4ELTA 1REVA 2WOMA 4KKOA 5K14A 1UA0A 3OYBA 4ZTFA 4KV8A 4KO0A 1HNIA 3G0ZA 1B92A 3HVTA 4FLXA 3VN5A 2OZSA 3HL8A 1WSGA 1YVUA 3EY1A 4O5BA 4BDYA 4OVLA 1JLGA 1KFDA 2IAJA 3C95A 2JLEA 3OYHA 3V9XA 4FZYA 4RW4A 3O3GA 4CF1A 2FC0A 4IFVA 1TV6A 1WSIA 1A5VA 4DF4A 4OLAA 1VSDA 4CJTA 3UIQA 3TAEA 4F2RA 4CJPA 3OYFA 2HNDA 4FW2A 5DK5A 3T1AA 1RT6A 4CIFA 4B9VA 1VRTA 1LWFA 2E4LA 4I7FA 1RT7A 3PO5A 4CHNA 4Z4EA 1IKWA 1LAWA 1LV5A 1WSEA 4I9QA 4Y1DA 1XWLA 3AVAA 1TKZA 4CJSA 3B6OA 3P5JA 4FJGA 1RT2A 1QS4A 3OYEA 1GOAA 3EZ5A 1ZYQA 4M45A 3QEPA 3OYNA 1KLMA 3ZSOA 1BISA 4KTZA 5HLFA 1VSFA 1RT3A 3T19A 3OYLA 4UQGA 3NE6A 4CJQA 1NKCA 1L3UA 1RBUA 4CERA 4FJ7A 3G10A 4I2PA 3NF6A 4KI4A 3NAEA 4DSFA 2P51A 4K8ZA 1CZBA 4O0IA 5HP1A 2YKNA 4DQPA 3QIPA 2FBYA 5E41A 3WNEA 2HNZA 3HK2A 1FKOA 3ZSWA 3LAKA 5CYQA 4AILC 3VQ8A 3U3GA 4DSEA 1ZBLA 1RCHA 2G8IA 3CM5A 3QEIA 4CHPA 4J2DA 4CE9A 3TI0A 2QKKA 4DTRA 3QEWA 2OPPA 2RKIA 4OJRA 4IFYA 3TANA 4CF2A 5D3GA 3TAQA 1NOYA 4O0JA 3ZSQA 3OVNA 5HRSA 2AJQA 1LW0A 1TAUA 3O4NA 3SV4A 1XHXA 3AVLA 3E01A 3LALA 3LZJA 4FK4A 1NK9A 3AO1A 4E1MA 3I0SA 3LWLA 4F4KA 3OY9A 3VQPA 4AHTA 1Q8IA 4FLTA 1HYVA 1EETA 3VA0A 2P5OA 3DOLA 1U45A 1RDCA 5SWMA 1KTQA 1VSKA 2YNFA 3ZT3A 2X6NA 3QNNA 4ICLA 1C0MA 4Q5VA 4DQIA 4IKFA 4F3TA 3CFOA 3ZT1A 4CK3A 4JRPA 1RTHA 4EZ6A 1UWBA 1C1BA 3OYMA 1HMVA 3RR8A 4DU3A 3KLFA 3IS9A 3MEEA 4H4MA 1ZBUA 3DMJA 3NF7A 3V1QA 5FRMA 3DRRA 3THVA 3K58A 4WE1A 1WAFA 3PV8A 3PUFA 3PX0A 1NJYA 4NCGA 4KPYA 1IKYA 3QINA 3ZSXA 1ASVA 3VQ6A 4CFDA 1N5YA 1S1WA 1VSLA 1UOCA 4DS4A 4IG3A 1A5WA 4RW9A 4DMNA 3ZSRA 4B9NA 1RBRA 4B9MA 2ATQA 3SQ0A 3SQ2A 4BACA 3ZCMA 3HPOA 4DQSA 2XY5A 4KB0A 2VWKA 4E7KA 1RDBA 3KD5E 3NF9A 5DMRA 2YNGA 2F96A 4CFAA 4DTXA 3D45A 3HJFA 1ITGA 4FK0A 3QESA 4DG1A 3V9ZA 4DFPA 1WN7A 3KD1E 1BHLA 4FLWA 1J9AA 1JKHA 4BDPA 1NOZA 1Z25A 1C1CA 4B8AB 4Z4IA 4CGHA 2QK9A 1S9EA 3ALYA 3TAPA 3S9HA 3AVHA 2XO7A 3B6PA 4M3RA 3AV9A 3HP6A 1C1AA 3HPHA 4PWDA 4FLYA 3QLHA 4NYNA 4LD0A 3AO2A 3ZT4A 2Z1GA 4FJ5A 2OPQA 3KLGA 4G1QA 3F73A 1RT5A 2W42A 3ULDA 4DTMA 1S9GA 5CZ2A 4KTQA 3VQEA 1HYZA 4CESA 4AHRA 4DLGA 2YKMA 3V9UA 1XI1A 2G8WA 1WLJA 5FRNA 2G8VA 2KZMA 3SUOA 3HYFA 3AVNA 4FJMA 3BDPA 4RG8A 3MXJA 4CGGA 4M41A 3TWHA 3ITHA 3L3VA 1TK8A 4Z0UA 3K5LA 4RW7A 3SV3A 4C8KA 3QIOA 1NK7A 3VQAA 1VSEA 4KTWA 1DTTA 1BI4A 4NCAA 3OYIA 4M42A 3L2WA 2IDOA 3QERA 3RWUA 3VQDA 1JLEA 3SCXA 1C6VA 2D0AA 3NDKA 2F8SA 3IG1A 4K8XA 1YT3A 2FBTA 3CQ8A 1X9SA 4ELVA 4M3UA 2P1JA 1SL0A 1C0UA 4E7LA 3RR7A 1X1PA 2KFNA 4CJ3A 1RNHA 2XY8A 4OKJA 3NHGA 4FJKA 4M3XA 4KRFA 2F8TA 1U04A 2D0CA 4FJJA 4H4OA 4FM2A 3DLHA 2GBZA 4KHNA 1Q9YA 1EP4A 4RW6A 1U49A 4ELUA 2BE2A 4CK2A 4GVMA 4E1NA 3AVCA 3LAMA 3HO1A 1KVCA 2DFFA 3DRSA 3IRXA 4DQRA 5HROA 4O44A 2HMIA 4W5NA 3AA3A 3NGYA 4AHSA 2XY6A 5J2QA 4N56A 2HHQA 2X6SA 3QEXA 4HHTA 3QEVA 1HRHA 4CJ5A 1CXUA 3MXMA 2O4GA 4CECA 3TABA 2I5JA 4CEQA 4W5QA 3CFRA 4FJHA 3LPTA 3CM6A 1KFSA 3NBPA 1EXQA 2YNIA 2BGGA 3VA3A 2ZQBA 3DLRA 4DU4A 5KGXA 1QSLA 1NK8A 4YNQA 4C8LA 4MQ3A 4KFBA 3OYAA 3L2QA 2Z1JA 3ZSYA 1DLOA 3LP1A 3TAFA 3MECA 2PYLA 1RTJA 4FJNA 4CJWA 4FJXA 4HTUA 4GMJB 1BL3A 4I9LA 1FK9A 3VQ5A 1F21A 4B8CA 4CEOA 4CHZA 2IGIA 3KK2A 2Y1IA 1T7PA 4DTSA 2X78A 1TVRA 2A1SA 2RN2A 4IBNA 5HRPA 4DQQA 3L3UA 4CJUA 4NCBA 3ZSZA 1W0HA 2ZE2A 3VQBA 3SZ2A 2GUIA 3S3OA 1U47A 1NJZA 3KIOA 1LWCA 4FVMA 3NH0A 3QNOA 3ZSVA 1KLNA 3ASMA 3C94A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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