4FJLA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/da
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjlA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjlA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjlA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjlA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjlA03
2FBYA 3ASMA 4I7FA 3VN5A 3ZT4A 4CEBA 3SZ2A 1T05A 1Q8IA 1RT2A 2ATQA 1VSMA 4FYDA 3S9HA 3LZJA 1WSIA 1CZBA 4HCCA 3NF9A 4LH5A 3KK2A 4WE1A 4OLBA 2X6SA 3DRRA 5HRPA 3MEEA 3QNNA 1IO2A 4OJRA 4BE2A 3BDPA 1JL2A 4FM0A 3FFIA 1REVA 3M8PA 3QEVA 1DTQA 4Y1DA 3ZSQA 4BE0A 4CJ3A 3CFPA 2B4JA 4CIEA 4I2QA 2PZSA 2OPPA 3ZSYA 2P51A 4ZHRA 2AJQA 1L5UA 2B6AA 4CEQA 1D9DA 4DFJA 1RT7A 3OYGA 1VSDA 3SV4A 4KHWA 3L2RA 2RKIA 4CFDA 4BACA 5FRNA 1L3TA 3NCIA 2A1RA 2Z1IA 3VQ6A 4R5PA 3RRHA 2HHVA 1IKVA 1JL1A 3TWHA 4CJPA 3LDSA 2Y1IA 2IC3A 4CJQA 5HRNA 3ULDA 1HYZA 2WOMA 5CY4A 4EP5A 2Z1HA 3K5MA 3KIOA 4CEAA 3RR7A 1EP4A 3M8QA 3V1QA 3NH1A 2Z1JA 5KI6A 4IG0A 2JLEA 3P5JA 2W42A 4CJTA 5FDLA 1UAXA 1QS4A 5J2NA 4DQIA 3AVHA 3V6DA 1VSEA 4FLYA 4KTWA 3QO9A 3SUPA 5FRMA 1EETA 4ID1A 3VQCA 1LWEA 4IDKA 2OZMA 2VG7A 2QK9A 4OPKA 1W9HA 1YT3A 4DF4A 4CJ5A 1NK5A 1S9GA 1BCMA 4KB1A 2KZMA 1S9EA 4M3RA 4FK4A 4KHYA 2IOCA 3LAKA 3NE6A 2IGIA 4AHTA 3O3FA 1X9WA 1RNHA 1UA1A 1BI4B 3HYFA 1KVCA 4DMNA 4W5OA 3G0ZA 4CHQA 1T8EA 1TKZA 1Z26A 1IH7A 3QEIA 3TANA 2JGUA 3SQ0A 1NK8A 3SNNA 1S6QA 1KLNA 3WNEA 4I2PA 1FK9A 2I5JA 3CM5A 2PY5A 3I0RA 3OYBA 4DLGA 3PX6A 3PX4A 1RTHA 3D45A 4C8MA 3DRPA 1WSGA 2EX3A 3AO3A 4OKKA 4OVLA 4AHVA 3AVJA 2Z1GA 5DMRA 3HP6A 5HROA 4FZYA 3PY8A 2KQ2A 4DS4A 4RW9A 4FLZA 1EX4A 4ID5A 4CGJA 3QEPA 3HL8A 4CJFA 2OPRA 3AA3A 4OGEA 3VQ7A 1HJRA 5KTQA 3AO5A 2XRIA 1RBSA 1RBTA 4E0DA 5CZ1A 4N41A 2F8SA 4FM1A 1I39A 2GUIA 4QCLA 1TAUA 4DTJA 3OVNA 1BIUA 1KFSA 3HSTB 3RWUA 4B9SA 4DU4A 4Z4GA 4QAGA 1BQMA 1KLMA 3KKSA 3V4IA 3QEXA 1HQUA 1TVRA 1BIZA 2FBXA 3V9SA 3NHGA 4PWDA 3WNHA 3TR8A 4UQGA 1U45A 1SUQA 4CESA 1Q9YA 2YHAA 2YNFA 1IKWA 1RT6A 1C0TA 4O44A 3M8SA 3CFRA 1JLAA 4KHSA 1RILA 2D5RA 3NGYA 3ZT2A 4CF0A 1C0MA 3KLIA 2IAJA 1FKPA 3OYNA 1LAWA 1NK6A 1ZBLA 3QNOA 3OYFA 3VQDA 1A5VA 5C42A 4DFKA 1SL0A 1EXQA 1ZBHA 4M41A 2DTUA 4AHUA 1TK0A 5J2PA 1SKWA 1ZBIA 4FVMA 3S3OA 4DTOA 1LWCA 3QEWA 4CGHA 1CXQA 2E6LA 3IS9A 1VSHA 3KLGA 4C8KA 5DK5A 3T19A 3IAYA 3NGZA 1UOCA 3RR8A 3DLKA 1RDCA 3S3MA 3HPHA 4H4OA 2P5GA 3PO4A 3HP9A 4Z0UA 1JLBA 3LANA 4OGCA 1JXBA 4FJ8A 1RBVA 2Q3SA 3SYZA 2KFNA 1X9SA 1TK8A 3CQ8A 3DYAA 3MXJA 1YVUA 1ZBFA 2OPQA 4DSKA 3DLGA 3VQBA 4CHPA 3O3HA 4O4GA 5SZTA 3SV3A 3RMDA 4C8OA 3CM6A 3AVGA 3I8DA 1TL3A 2IDOA 4FM2A 4FJGA 4CJVA 4AHSA 3KK3A 4CF8A 2HHXA 3AVAA 1L3UA 3L2WA 1VRUA 2VG5A 3DMJA 4O0IA 4C8LA 4EZ6A 3TAGA 3V1OA 4IKFA 4FJNA 1RDDA 2X6NA 4RW4A 3OYMA 3OYIA 1XC9A 4Q0BA 2XY6A 4RW6A 1RBUA 1J5OA 4DTUA 5JS1A 4CGDA 4KHNA 3QINA 4FJ7A 3V9XA 3HO1A 4W5NA 3K59A 3OYAA 3KKRA 4CK2A 2G8IA 5J2QA 1RCHA 1S6PA 4CFAA 1BCOA 1C1CA 3OYHA 4KREA 3NH2A 4E7JA 4KHUA 1C0UA 5FROA 4DU3A 4IG3A 2HMIA 3MEDA 3K5OA 1QTMA 1XHZA 4E3SA 1S1UA 4JRQA 3VQPA 3SJJA 1J54A 2OPSA 5HP1A 1FKOA 1U04A 4BE1A 3SI6A 2GV9A 1TL1A 1XI1A 1JLQA 4FK0A 1JLGA 4E1NA 2RN2A 3VQ4A 4ICLA 4HHTA 3TABA 3KLHA 1JLCA 4CHOA 3HXMA 3AVFA 3OS0A 1JKHA 1BL3A 3TAPA 5CYMA 1RT4A 1QSLA 3THVA 3DRSA 4TSXA 1RT1A 1TKDA 3C6TA 4M45A 1VRTA 1RBRA 2PYJA 4LH4A 3AA2A 4B3OA 3NGIA 1CZ9A 1JLFA 3SUOA 4DSEA 2G8FA 4CEDA 1L3VA 1ZBUA 4FLVA 1WSFA 1QE1A 4J2BA 4C8NA 4I9LA 2BANA 2HNYA 3AO2A 3QIOA 5HRRA 1D5AA 1RDAA 4IFYA 3F9KA 2E4LA 5CZ2A 3VQ8A 3EY1A 3DLBA 4F4KA 4W5TA 4JRPA 3AVKA 4B9LA 3L8BA 1GOBA 3P83D 1KVAA 4YNQA 3OYEA 4Z4IA 4DFPA 4NYFA 1ZYQA 4B9UA 4KRFA 4PUOA 1TK5A 1ASUA 1BISA 5J2MA 4HUFA 4NCBA 4CJRA 4DS5A 2XY7A 4DSLA 1FXXA 3E01A 1W0HA 3KD5E 3AVBA 4FJKA 3ISNC 4BDZA 4XIUA 1NK7A 3DOKA 2VWKA 3RMAA 3TAMA 1CLQA 4KI4A 1LW0A 1JXEA 4CF1A 2Y1JA 1DTTA 1XWLA 3LWMA 4CGIA 3LP1A 3T1AA 4CJWA 4CJSA 1BI4A 4HVJA 2HHWA 3QLHA 5I42A 4Z4EA 1VSLA 2D0BA 2DY4A 5CYQA 4CCHA 2D0AA 3AVCA 3ZT0A 1D9FA 2QKBA 4FJLA 2BGGA 4FLTA 2G8KA 4E19A 1NKCA 4F3OA 1HNVA 3P1GA 4ZTJA 4LD0A 3LP3A 4IBNA 3K5LA 4DQPA 4FJIA 4CK3A 3K5NA 3TAEA 1IKXA 4F2RA 2VG6A 4RG8A 5JS2A 2IS3A 3BGRA 2BE2A 3VQ5A 2OYQA 1C6VA 1WLJA 2G8WA 2ETJA 3EZ5A 4JS4A 1WSJA 4H8KA 1N6QA 4O0JA 1F21A 3CG7A 4QOZB 3U6FA 4LY7A 1U47A 3A2FA 4DF8A 4KTQA 3PUFA 1U4BA 1TAQA 4ELTA 4Q5VA 4DSIA 3V9UA 1NJZA 2ZQBA 3L2UA 2DFHA 1RDBA 5KGWA 4AHCA 1U49A 1NK9A 4CJKA 2G8VA 4CJUA 4G1QA 4EZ9A 1KVBA 3SPYA 4KPYA 3K58A 3O3GA 4Z4FA 2LSNA 4B9VA 3V1RA 4W5RA 2R7YA 1LW2A 3QERA 1WNSA 2HHSA 4J2AA 2DFFA 4AHRA 5C24A 2HVIA 3L3VA 3B6PA 3MXMA 4BWJA 1UWBA 4CFCA 1RTDA 4KV8A 1KTQA 1YTAA 5KGXA 3HT3A 1O1WA 3ZCMA 1XHXA 4FLXA 4M3UA 2YKMA 4DTNA 1J53A 3NF6A 3AA5X 3RRGA 2F8TA 4KI6A 3LALA 1WN7A 1NKEA 1D8YA 1NJWA 2YNIA 1MU2A 4DQQA 2BDPA 3TAQA 4M3YA 4LSLA 4OPJA 1B9FA 1BGXT 2B5JA 2HB5A 4RW7A 4CFBA 1IKYA 3C95A 5SWMA 4PQUA 4DG1A 3HPGA 1S1TA 4CGGA 2G8UA 3NBPA 2VWJA 4N47A 2RPIA 3WNGA 1S1WA 1S1XA 3DM2A 3ZSOA 1NJXA 1S1VA 4CGFA 4CHYA 4H4MA 2O4IA 1HYVA 1SL2A 4DU1A 3MXIA 4KFBA 1LV5A 2F96A 1HYSA 4JLHA 3DI6A 2YNGA 3ZSZA 5I3UA 4GW6A 1TKTA 2YV0X 1KRPA 3WNFA 3VA3A 4DTRA 3C6UA 4CJLA 3T3FA 1IG9A 3ITHA 4M3TA 4FJ9A 4KB0A 1C1BA 3HVRA 3QETA 3CYMA 1R0AA 4M3WA 2D0CA 3SUNA 3AO1A 3L2VA 4ELVA 5D3GA 2OZSA 3SQ1A 4F3TA 3AVLA 3DOLA 3DLHA 4FLWA 5J1EA 2YNHA 1RTJA 3K2PA 4FJXA 5HLFA 1T7PA 2KZZA 1NOYA 4DWIA 4KKOA 3OYDA 1Z25A 1UA0A 2YHBA 5E41A 1NJYA 4ELUA 3SQ4A 3ALYA 4Z4HA 4L8RB 3PO5A 4M42A 3JYTA 3B6OA 3OS1A 1K6YA 1TV6A 1DLOA 3NF7A 4GVMA 4B8AB 4N56A 2ZE2A 2KW4A 4B9TA 3AO4A 4O55A 1ITGA 4CF9A 1WAJA 2NUBA 5K14A 3SUQA 3RMCA 3OJUA 4CEEA 1GOCA 1CXUA 3ZSXA 4O5BA 1J9AA 3AV9A 4K8ZA 4B08A 3D0PA 2P1JA 4RW8A 3KD1E 3PV8A 1G15A 2HNZA 4CHNA 3RTVA 1JLEA 1BQNA 4NCAA 4CE9A 4CEOA 1LAVA 1QQCA 1X1PA 4EP4A 1Y97A 3TI0A 4BDPA 2A1SA 3QIPA 2HW3A 2FBVA 3AVMA 4KTZA 3NF8A 4M3ZA 1VK0A 3M8RA 1TGOA 1RTIA 3V9WA 1SKRA 2WONA 3IG1A 4IFVA 4NCGA 2HVHA 2HHTA 3G10A 1ASWA 1WAFA 4CECA 2G8HA 1NK4A 2HNDA 5C25A 3ZT3A 4E7HA 4N5SA 4DTMA 1QHTA 3NFAA 1T03A 3VQEA 4DQSA 4E1MA 4FZXC 4N76A 4YFUA 3V81A 1RT5A 2EHGA 2RF2A 4DFMA 1HRHA 3AVNA 3U3YA 1NKBA 4K8XA 3LP2A 3SPZA 3MAQA 3CFOA 4AILC 1SL1A 1HQEA 3AA4A 2HHUA 3QESA 1KFDA 4CIFA 4CEZA 1SV5A 3I0SA 2QXFA 1KCFA 3OYLA 4CF2A 2KTQA 4GMJB 2DFEA 3PX0A 3KTQA 1HNIA 3OJSA 1Q9XA 3H08A 4DTXA 1TKXA 3SQ2A 2FBTA 4HTUA 1KSPA 3ZSRA 4DSJA 3NDKA 3EYZA 3U3GA 1S5JA 1X9MA 4FJ5A 4E7LA 3K57A 4FK2A 4HUEA 4KAZA 4FXDA 3O4NA 4J2DA 4ZTFA 3LPTA 4NYNA 4CIGA 4FLUA 3VQAA 3OYKA 2OA8A 4B9NA 3HJFA 4FJMA 1EKEA 1A5WA 3LZIA 4CJ4A 1RT3A 3DLRA 1L3SA 1N5YA 1WSEA 4HCBA 2QKKA 3MEGA 3IRXA 4CHZA 3HM9A 3KLFA 2PYLA 4BWMA 5HBMA 3KLEA 1C1AA 1QSSA 4F8RA 2FC0A 4MQ3A 1HMVA 3VQQA 3NAEA 4MFBA 5KRSA 1VSJA 1VSIA 4HUGA 4F2SA 1VSFA 3MECA 3C94A 3LPUA 3L2QA 4BDYA 3HPOA 3VA0A 5T7BA 1YTUA 4DQRA 4KO0A 4FW2A 3V9ZA 4Y1CA 4E7IA 1GOAA 3SCXA 4PA1A 4B8CA 3UIQA 3JSMA 1I3AA 3HVTA 3ZSWA 3TARA 3ZT1A 4OKEA 4CERA 3KK1A 2ZD1A 3L3UA 2XO7A 4FCYA 4B9MA 1HPZA 4Z4CA 3VQ9A 2YKNA 4LSNA 4FJJA 4AH9A 3O4QA 2X74A 3S3NA 4DTSA 4I9QA 1ASVA 3LP0A 3DLEA 3OS2A 3KJVA 2P5OA 4OKJA 4CEFA 4CK1A 1A5XA 2HHQA 2O4GA 1WSHA 2ITGA 2E6MA 5EU7A 1U48A 3TAFA 5KRTA 2X78A 3ZSVA 2GBZA 3NH0A 3OY9A 4JS5A 1NOZA 3F73A 5HRSA 3AVIA 2XY5A 4J2EA 3LWLA 1QSYA 3LAMA 4FJHA 4CJEA 3OYCA 4E7KA 4DSFA 1LWFA 2XHBA 4E89A 2KFZA 4DLEA 4KHQA 1B9DA 4OLAA 2XY8A 1NK0A 4FW1A 4DTPA 1B92A 3HK2A 4PY5A 4FZZA 3OYJA 4W5QA 1SKSA 4M3XA 1VSKA 3RMBA 1BHLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4B1VA 4EYWA 4IXCA 3DYAA 3MXJA 1J5EK 1RFQA 3CJBA 3O3HA 4B3RK 5SZTA 4FOEA 5H37A 5AZIA 1XMHE 2QI2A 2D0OA 3AVAA 3L6QA 1L3UA 1VQ4N 1NGHA 1VRUA 3OYMA 2FSKA 1J5OA 4DTUA 1SAZA 3A8YA 4CGDA 4KHNA 4MLEA 3HO1A 3OYAA 2G8IA 1S6PA 1E3MA 1DKGD 2IIRA 3OYHA 4KREA 3NH2A 1C0UA 4DU3A 3K9KA 4DR1K 2IVNA 3SJJA 4DCHA 1U04A 4DV1K 3G25A 2A3ZA 3EKUA 3VQ4A 4ICLA 3TABA 3KLHA 3UKRA 1BL3A 3TAPA 2D4WA 4TSXA 3TU5A 2PFVA 2PYJA 3BEXA 4LH4A 5GAHP 3AA2A 3C7NA 3NGIA 4DSEA 1QQOA 3PIOL 1L3VA 3LDOA 1QE1A 4C8NA 4JI1K 1NGBA 3VQ8A 3HRGA 5CZ2A 3EY1A 3J8AA 3DLBA 4B9LA 4YOTA 4BRPA 3OYEA 4I6MB 2CGJA 2HF4A 3QICA 1ASUA 4A61A 3TJYA 4HUFA 2JHAA 4DS5A 4DSLA 1FXXA 3ID8A 2HHHK 3AVBA 4FJKA 3ISNC 1MWKA 4M7YA 3RMAA 2IVOA 3PLAA 3NVKA 1OH6A 4U67L 4Z94A 4CJWA 1BI4A 4HVJA 1XVCE 2DY4A 5CYQA 4BRDA 4EAHD 1VQON 4GV9A 3TL8B 4E19A 4JKFA 2WTUA 4CD3A 3UE5A 1NG9A 3CXCM 4IBNA 3K5LA 4DQPA 3I56N 3K5NA 1IKXA 2VG6A 5JS2A 1C6VA 1NGJA 4JS4A 4LF8K 4H8KA 1MMOG 1NBWA 4BVPA 1U4BA 2E8AA 2JHPA 3CIPA 1T6CA 2JWLA 5BRFA 3FZFA 5C12A 5M1QA 4G1QA 5EY4A 1E4FT 4Y0WA 4B9VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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