1IG9A

Structure of the replicating complex of a pol alpha family dna polymerase
Total Genus 305
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
305
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the Replicating Complex of a Pol Alpha Family DNA Polymerase
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords 5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
total genus 305
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1ig9A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1ig9A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ig9A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1ig9A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1ig9A03
4W5QA 4I9LA 4DTRA 3NF7A 4CE9A 1SL1A 2PYJA 1IKYA 1LW0A 4FJHA 1GOBA 1Y97A 3K2PA 1DLOA 3G0ZA 4QOZB 2OYQA 2VWJA 3LDSA 2OA8A 2I5JA 3RR8A 1SL2A 4KB0A 2FC0A 1TL3A 2D0BA 3PUFA 3VN5A 4Z4IA 1XI1A 1BL3A 5HRPA 4FLYA 4FLVA 3FFIA 3CFOA 1JLBA 3MEEA 1C1BA 2WOMA 4H8KA 3HPOA 3K58A 5HROA 3DI6A 3O4QA 4GVMA 1KLMA 4CHOA 4LH5A 3LANA 4CK2A 3L3UA 4N56A 2YHAA 4M3ZA 4FJ8A 3DOLA 5CZ1A 1RBSA 4CHYA 1BCMA 4GW6A 4CEDA 1NK0A 2VG6A 4B3OA 1TAUA 4FJXA 5E41A 4KV8A 5J2PA 1SV5A 4Q0BA 4FZYA 4NYNA 4KI4A 3OYEA 4F8RA 1RDCA 2EX3A 1TKTA 4DU1A 3AV9A 4MFBA 2X78A 2VG5A 5I3UA 1L3SA 2DFHA 3NHGA 4W5NA 3VQQA 4BWMA 3KK1A 4E0DA 2YNIA 4RW8A 1F21A 4M42A 2XY8A 3TABA 2ATQA 4KFBA 1BISA 3VQEA 4KRFA 4LSLA 1NJZA 3LPTA 4KHQA 1TGOA 4FLWA 4N5SA 1RTDA 4M3WA 3UIQA 4OLBA 3DMJA 5FRNA 4Z0UA 3HO1A 5CYMA 2YHBA 1D5AA 3RR7A 1S9GA 2IC3A 2ZQBA 1L3UA 4F3TA 4OKEA 1C6VA 2GBZA 4IBNA 4CJ5A 3PO4A 2HHTA 2RPIA 4FM1A 4DTOA 4M3XA 4KHNA 4HVJA 4PWDA 3HM9A 4CJ3A 1VSMA 1RILA 1VSFA 4KKOA 3O3HA 4CFDA 1CZ9A 3CG7A 1N6QA 5J2MA 3G10A 1KTQA 3VQBA 1JL2A 3V9ZA 3MEGA 1WN7A 4FK4A 3AA4A 3TANA 1NOZA 4CJ4A 4BE2A 4J2BA 4C8OA 1VRTA 2JLEA 3VQ9A 3HSTB 4RW7A 4N41A 3RMBA 1HQUA 3RMAA 1BHLA 1RT5A 3M8PA 3C95A 4DF4A 3NDKA 2DTUA 3AVGA 3ULDA 3U6FA 1RTIA 3V9WA 3MXIA 1U45A 1DTQA 1I39A 3NFAA 1JKHA 3U3GA 4Z4CA 1C0MA 5KRTA 4F4KA 3LP3A 4CF2A 1BQNA 1TAQA 4CJRA 3AO4A 3KLFA 1SKWA 1KFSA 2G8UA 2OPPA 1J5OA 4O44A 2PZSA 4J2EA 3SV3A 1Q8IA 4KREA 1UA0A 4OPKA 1EKEA 5I42A 4CEBA 3KK2A 3QNNA 4W5RA 3V9UA 3V9SA 2OPSA 3H08A 2LSNA 4E7JA 2YKNA 4DSEA 4FZXC 1CXQA 4PA1A 3K57A 2O4IA 1KVBA 1SUQA 2Y1IA 3QIOA 5SWMA 4AILC 5CZ2A 1FKPA 2OPRA 2ZE2A 4I9QA 3MEDA 4ELTA 1Z25A 4E3SA 2P5GA 4KO0A 4CK1A 4B9MA 4CCHA 4CFCA 4CJFA 1XHXA 3MXMA 3DLHA 4DSLA 2E6MA 3TR8A 5KRSA 2Y1JA 5KGWA 3RRHA 3ZCMA 3ZSYA 4FJ7A 2F96A 4M3RA 1RT7A 2Z1IA 3M8RA 4CJPA 3K5LA 3TAFA 3LP0A 1JLQA 3DRPA 4WE1A 1RBRA 4RW9A 3VA0A 4BE0A 3OS2A 1S1VA 1WNSA 3L2RA 3IRXA 1IO2A 1DTTA 4FVMA 1U49A 3NGZA 3I0SA 4HCCA 1RTJA 3AVCA 3ZT1A 3E01A 2D0CA 3D0PA 5HP1A 2VG7A 1B92A 2G8FA 4F3OA 3SUNA 1R0AA 4DFJA 1UOCA 4B8AB 2OZSA 4O4GA 4CF0A 1RT4A 3K5NA 1I3AA 3TAPA 4ZTJA 1ZBHA 3NH2A 1L3VA 4I2QA 4IDKA 2KFZA 2XHBA 4CJLA 3CFRA 1S9EA 2GV9A 4FK0A 3HPGA 3IS9A 3P1GA 2W42A 3LWMA 4DSKA 3VQDA 3HL8A 4CEZA 1XHZA 4EZ9A 2YNFA 3SQ1A 3OYHA 5HRNA 4M3YA 1ZYQA 4CJTA 1VSDA 4RG8A 2HHQA 1NKBA 3P83D 1RT6A 3OJSA 3ALYA 1L3TA 4IKFA 2IDOA 1RTHA 4M3UA 2YKMA 4DTUA 3WNFA 4ELUA 1FK9A 3B6OA 4I2PA 1A5XA 4BE1A 1EP4A 3ZT4A 3AVIA 5HLFA 1X9SA 3DOKA 3HVTA 3IG1A 1QE1A 1NJXA 4DSJA 2QK9A 1BIZA 4OKKA 1QS4A 4DQIA 1HMVA 4G1QA 3MECA 4CHPA 2QKKA 1YTAA 1XC9A 1J54A 4Q5VA 4QCLA 2KZZA 4JRPA 4DU4A 1U48A 3NF6A 4L8RB 1MU2A 4FLUA 3CFPA 3SPYA 2IS3A 3ITHA 3V1OA 4C8NA 2HMIA 4KTQA 4YNQA 3VA3A 3ZT3A 1WSJA 4UQGA 1UAXA 3NBPA 2ITGA 3ASMA 4H4OA 3ISNC 3PX0A 4BDZA 4CESA 1SKRA 1CXUA 1QSYA 3QEIA 3M8QA 4CJSA 1C0UA 3AVKA 3PY8A 4IG3A 3F73A 3TAQA 1TVRA 3I0RA 4DTMA 3KD1E 4LH4A 2BGGA 3AVMA 3HYFA 2P1JA 3BGRA 4O55A 1RBUA 4OLAA 1SKSA 3OYMA 4FCYA 3VQ5A 3KLEA 1FXXA 4KHYA 5JS2A 4CJWA 3AO1A 1J53A 3F9KA 3DLKA 3NGYA 1BCOA 3DRRA 1NK5A 4FJNA 3WNEA 4EP4A 4DTSA 5FROA 4CJKA 3LWLA 3O3FA 3SQ0A 3LZJA 4Z4HA 1HYVA 1A5WA 5HRRA 4CF1A 1NK6A 4CGFA 4IG0A 1A5VA 1NOYA 1RBVA 1RDAA 5DK5A 3JYTA 3AO2A 4CGIA 2JGUA 3CYMA 4F2SA 5EU7A 3VQ8A 3TARA 4AHTA 3V6DA 1KSPA 1QHTA 1BIUA 4FZZA 3NH0A 5D3GA 4B9LA 4DTJA 2VWKA 2D0AA 2HB5A 3B6PA 1IH7A 4DTPA 3O4NA 3AO5A 4DFMA 1LWCA 5C42A 4B9TA 2YNHA 3M8SA 2EHGA 4KPYA 3L2VA 1X9WA 1RT1A 2HHWA 1C1AA 2X6SA 1NJYA 3RRGA 5C25A 4NYFA 3ZSWA 4CHQA 1HQEA 4E1MA 4HHTA 3A2FA 2FBVA 1HYSA 3PX4A 5FRMA 2E6LA 1LW2A 1U4BA 1WSEA 3OJUA 3QNOA 1D9DA 4E7IA 4CF8A 3KK3A 1YTUA 1IKXA 1KCFA 4O0JA 5SZTA 3HVRA 3ZT2A 4O0IA 3OYGA 4DWIA 1LAWA 1TV6A 3QINA 4C8KA 4ZTFA 1RBTA 4DQSA 4FXDA 3VQPA 1JLEA 1RT2A 1VRUA 1WSGA 1T03A 4E7HA 3KLIA 4MQ3A 1RDBA 3HP6A 4CHZA 3V1QA 1QQCA 1RCHA 2F8TA 4PY5A 3QETA 1HRHA 2X6NA 4LD0A 1JLFA 3SCXA 1S6QA 3L2QA 4HTUA 1NJWA 4IFVA 3OVNA 1BQMA 3ZSQA 2XY5A 3O3GA 4FJMA 2XY6A 4C8LA 4M41A 3HK2A 1LAVA 1LWEA 4AHCA 1VSIA 1TK0A 3V81A 4KI6A 3OS1A 4W5TA 2XO7A 1T7PA 3HJFA 4KTWA 4Z4FA 5HBMA 2YV0X 2ETJA 4OGCA 1KVCA 2PY5A 3LAMA 4B9SA 1KLNA 2B4JA 4OJRA 2FBTA 4LY7A 2AJQA 1TL1A 1ASVA 1S1TA 4FJJA 3K5OA 3WNHA 4CIFA 4FK2A 4AHUA 3EY1A 4KB1A 4RW4A 2HHSA 3QERA 4Y1DA 3S9HA 3SNNA 3IAYA 2BANA 3AA2A 4F2RA 1J9AA 4EZ6A 3D45A 4BDYA 4CIGA 2R7YA 2HVHA 1C0TA 5FDLA 1ASWA 3TAMA 4DF8A 2HW3A 4O5BA 4RW6A 4FW1A 4FYDA 3SUPA 3VQ4A 3V1RA 4KHUA 4NCAA 4M45A 2P5OA 1KVAA 4FJKA 1JXBA 1HJRA 4CEEA 1HYZA 1N5YA 3DLGA 1RNHA 4N47A 4CJUA 3K59A 3AVBA 3VQAA 1HNVA 3THVA 4DTXA 4DQPA 4Z4GA 2HHUA 4FLXA 3KKRA 4DLGA 3U3YA 3T19A 4J2DA 4TSXA 1ZBLA 3OY9A 5J2QA 3QESA 4E89A 4CHNA 3OYIA 4M3TA 3MXJA 3OYDA 4JRQA 1X9MA 1QSLA 3C6TA 1LV5A 3ZSZA 2IAJA 3CM5A 3HXMA 4DS4A 3SUOA 4FJ9A 3QLHA 3KLHA 1KRPA 2HHXA 2KZMA 3KIOA 1T05A 3ZSOA 2X74A 2BE2A 3TAEA 3LALA 4CJVA 1VSKA 3K5MA 1U47A 4AHVA 4DS5A 4B9VA 1NKEA 4BDPA 3SV4A 3AVLA 4FW2A 3TI0A 1WSIA 1GOAA 3KLGA 3SZ2A 3VQCA 3HP9A 4FJ5A 3AVHA 3HPHA 4CGJA 5KGXA 2P51A 4CEAA 1D8YA 4N76A 1IKVA 2FBXA 2ZD1A 2KQ2A 3AVFA 2GUIA 4AH9A 4CJEA 3V4IA 3TAGA 2E4LA 4W5OA 2RN2A 3ZT0A 1K6YA 1JLCA 4CIEA 1IG9A 1BI4A 1ZBUA 1VSHA 4DFPA 3AVJA 3PO5A 2FBYA 3LAKA 4FJLA 2XRIA 4J2AA 3ZSRA 1TKXA 1WLJA 1Z26A 3NH1A 3DLBA 4C8MA 1ASUA 3KKSA 3RMDA 3SI6A 2HNYA 1YVUA 5JS1A 3SUQA 3QIPA 3QEWA 1WSFA 2IOCA 1NK7A 1NK8A 2IGIA 4JS5A 4XIUA 3CM6A 3S3OA 1S5JA 5CYQA 1TKDA 4CERA 4ELVA 1U04A 2A1RA 4FLTA 4ID5A 2Z1HA 3NF8A 4JLHA 4YFUA 1Q9YA 1B9DA 4NCBA 5C24A 3AVNA 5J1EA 3PX6A 4QAGA 4E7LA 4DQQA 3KD5E 4OKJA 3S3NA 3QEVA 3OYKA 1L5UA 1QSSA 3P5JA 2QXFA 3NF9A 1RT3A 3OYAA 3KTQA 2BDPA 2KW4A 1WAFA 3RMCA 1JLAA 3C94A 4PUOA 2PYLA 4CEOA 1B9FA 4H4MA 1G15A 4JS4A 4R5PA 4DTNA 4BWJA 1KFDA 4CJQA 1ITGA 3L2WA 1YT3A 1W9HA 1UWBA 4FLZA 1WAJA 3NGIA 3AO3A 4DQRA 4B9NA 3WNGA 1BGXT 1C1CA 1VSLA 1W0HA 3DRSA 5J2NA 1WSHA 4DG1A 2RF2A 3SJJA 3VQ7A 2G8VA 3OYFA 3SQ4A 4EP5A 2RKIA 1IKWA 3S3MA 1TK5A 3LP1A 3EZ5A 3SYZA 3QEPA 1ZBFA 2B5JA 2O4GA 3L3VA 1Q9XA 2G8WA 1S1UA 3DM2A 1VSEA 3OYCA 1TKZA 3L8BA 4KTZA 4CGGA 4K8XA 3CQ8A 1RDDA 4NCGA 2A1SA 3JSMA 4B08A 2KFNA 4DMNA 1JLGA 2HNZA 2HNDA 2Z1GA 3VQ6A 4B8CA 3NE6A 3LP2A 4CGHA 1NK4A 4PQUA 2DFFA 3OYJA 1HPZA 1T8EA 1NK9A 4HUFA 1EXQA 4I7FA 4FJIA 4CFAA 4FM2A 2B6AA 2OZMA 1S1XA 4OPJA 4DSFA 3T3FA 3RWUA 4E19A 3ZSXA 1VK0A 2DY4A 1HNIA 2NUBA 4FM0A 4ZHRA 1JL1A 1D9FA 2G8IA 2Z1JA 3T1AA 4GMJB 4Z4EA 3QO9A 4KHWA 4KHSA 3AA5X 3SPZA 4AHSA 5KTQA 1ZBIA 4OGEA 4CK3A 4HCBA 3L2UA 4CGDA 4FJGA 2HHVA 5CY4A 3DLRA 3DYAA 4AHRA 2YNGA 1S6PA 2DFEA 3QEXA 1TK8A 5HRSA 4LSNA 2KTQA 3EYZA 1REVA 3PV8A 1GOCA 2QKBA 4DSIA 5KI6A 1EETA 5K14A 4HUGA 4CEFA 4B9UA 3NCIA 3I8DA 3HT3A 1CZBA 1BI4B 4OVLA 4Y1CA 1UA1A 4K8ZA 3C6UA 2F8SA 1VSJA 4CEQA 3AA3A 3SQ2A 4CFBA 3MAQA 3BDPA 1O1WA 3LPUA 5T7BA 3OS0A 1JXEA 3KJVA 4DU3A 3LZIA 2Q3SA 4ID1A 1LWFA 3ZSVA 3OYNA 4E7KA 4DFKA 4IFYA 3NAEA 1X1PA 4CECA 4KAZA 4DLEA 1CLQA 3TWHA 4CF9A 2G8HA 1EX4A 2WONA 2G8KA 1FKOA 2OPQA 3RTVA 2HVIA 3DLEA 3V9XA 2XY7A 1NKCA 1QTMA 2D5RA 3AVAA 3OYBA 3OYLA 5DMRA 4BACA 4ICLA 4E1NA 4HUEA 1S1WA 1XWLA 1SL0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4JKBA 3HPGA 4B9QA 3LWMA 4DSKA 2P9UA 4CEZA 3OYHA 4U7BA 4JKAA 1HJOA 3ALYA 1YJNN 3SBGA 2P9LA 3B6OA 1EP4A 5B8HA 3DOKA 3HVTA 3IG1A 1NJXA 3WEEB 1JW2A 1HMVA 2FLOA 4CHPA 1XC9A 3R1XA 4JRPA 1U48A 1KAZA 3V1OA 1JJ2M 3VA3A 2PFVA 2YB5A 5BR9A 5KPTA 3ISNC 1CXUA 3EKSA 1QSYA 3M8QA 4CJSA 3F73A 2AA4A 3CJ9A 3LDQA 3TAQA 3I0RA 4PKIA 3GG4A 2OANA 1M90O 3HYFA 4M63C 1YITN 4KHYA 3AO1A 1DKGD 1BCOA 1RDUA 4JKGA 4EP4A 4DTSA 5AQQA 5FROA 3BEXA 3LZJA 4CF1A 4CGFA 1RDAA 2B8IA 2QW9A 3MCAB 4RCHA 1VQKN 4FO0A 2QWMA 3C0BA 1BIUA 4FZZA 4DB3A 2QA4N 4BRDA 4B9TA 5C42A 2EHGA 4KPYA 1MTYG 5LJVA 3RRGA 5C25A 3ZSWA 1HQEA 1FZ3E 2FBVA 2VCPA 1U4BA 4QNCA 1W97L 1D9DA 2QM1A 3O9UA 1YF5L 2IVOA 4DWIA 1LAWA 1TV6A 3QINA 5LJWA 5M1KA 1G99A 4X64K 3QMLA 2UUBK 4MQ3A 3CCSN 3HP6A 2O8DB 2PFTA 1FW6A 4FWMA 2QWRA 4FWOA 3OVNA 4FPAA 3J7AP 1BQMA 4JHDA 3ATUA 3SAFA 3HK2A 3LDLA 1E3MA 1LAVA 1LWEA 4AHCA 1VSIA 1TK0A 3V81A 2W41A 1NMDA 1Y64A 3HOSA 3VTHA 3G6EN 3HJFA 2AP1A 2YV0X 3Q7CA 4OGCA 1OVQA 3LDNA 3L0QA 4A59A 2PY5A 4B9SA 2B4JA 3RSEB 2AJQA 1ASVA 1S1TA 4QS9A 4XH4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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