1IG9A

Structure of the replicating complex of a pol alpha family dna polymerase
Total Genus 305
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
305
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the Replicating Complex of a Pol Alpha Family DNA Polymerase
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords 5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
total genus 305
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1ig9A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1ig9A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ig9A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1ig9A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1ig9A03
3CFOA 3DYAA 3LANA 1WSIA 4LD0A 2Z1HA 3K5NA 2OPQA 3K57A 5HRPA 3V9SA 2G8FA 1KRPA 3RRGA 3VN5A 1TL3A 1WN7A 4W5OA 1VSJA 1YTAA 3OVNA 4AHSA 5J2PA 5J2QA 1U4BA 4HCBA 1FKOA 1RCHA 2YNFA 3LP3A 4CJRA 4AHVA 4CJQA 1F21A 2O4IA 4ICLA 1NK4A 3QLHA 3OS2A 2PY5A 3DLKA 3RMDA 4KTWA 2VG5A 4CJ4A 1IH7A 1HJRA 1C1BA 2HNZA 2OPSA 3QNNA 4E1MA 1WSHA 5J1EA 1VSHA 4O4GA 1KTQA 4KHQA 4IDKA 3VQEA 3ZT4A 1NJZA 4CEAA 2OYQA 1JLCA 4JS4A 1B92A 1HPZA 4Z4EA 1DLOA 3LZIA 1BQMA 3DM2A 5C24A 3VQ8A 3SUQA 3KK2A 2G8WA 3VQDA 4CJKA 4BE1A 4EZ9A 1UWBA 3OYBA 3HP9A 4F8RA 1YT3A 1NK5A 3VQCA 3OYMA 4CF2A 1VSMA 5DK5A 4DQSA 4HVJA 3OYGA 4CEZA 4CEEA 1L3VA 1CXUA 4OPKA 3P1GA 4AHUA 3V1RA 4LSLA 4E7IA 4ZTFA 4C8OA 3U3GA 2KFZA 4OVLA 3O3GA 3MXMA 3QNOA 5D3GA 1QTMA 2KTQA 1LW2A 1I39A 4CFCA 4B3OA 4TSXA 3MECA 1ASVA 3AVAA 3KLGA 4M45A 4CF9A 4DS4A 2A1RA 4M3YA 4ELUA 3U6FA 4AH9A 3MEEA 4E7JA 3C6UA 4W5RA 3QESA 2IAJA 4PA1A 3FFIA 4FJJA 3L3VA 2G8UA 2OZMA 3SQ1A 4FZZA 2HW3A 4E1NA 1TKZA 1ZBHA 1LAWA 1WAFA 2XY8A 2X6NA 4BACA 3HP6A 4O55A 1JKHA 4CJVA 1J54A 2Z1GA 4AHCA 4HCCA 4DTUA 3KLEA 3KD1E 2IOCA 3QEXA 1A5WA 4Z4HA 1TAQA 5FDLA 3ALYA 4FJXA 3AVIA 3U3YA 4HUFA 4KB0A 1IKVA 1XHZA 1ASWA 3DRSA 4ELVA 4RW4A 4FK2A 1NK7A 3LP1A 1JXEA 3O3FA 1X9MA 3DLBA 3BDPA 5SWMA 1RT3A 4DQQA 1BIZA 1HMVA 1TK8A 3OJSA 4OKJA 4CFDA 3VQBA 3AVNA 3SV3A 2ZE2A 3ZSWA 4WE1A 1C6VA 2Y1JA 1VK0A 3M8QA 3LPUA 4BWJA 1GOBA 3ITHA 3IG1A 4OGCA 5KRSA 1TK5A 2YNIA 1QSLA 1REVA 4YNQA 3RR8A 3LP0A 3P83D 4BE0A 1WSJA 2D5RA 1QHTA 4ELTA 4OGEA 4B9VA 4FJ5A 3M8SA 2XY5A 4C8NA 1KFDA 4KB1A 1EETA 5I3UA 4F2SA 4E19A 4FLWA 3KD5E 1RBVA 1JLQA 3TAGA 4CE9A 1ZBFA 4GVMA 3T19A 4NCAA 3EYZA 5CY4A 3SQ4A 1U48A 3TWHA 4I2QA 5C42A 3SJJA 1Y97A 4Z4GA 5KRTA 4FLUA 2LSNA 3PX0A 4IG3A 1JLBA 3V9XA 2E4LA 1EXQA 3PO4A 3VQQA 4CJLA 2QXFA 3DOKA 4E7HA 4KRFA 3ZSYA 4DTJA 3TAQA 5SZTA 1SL1A 3OS0A 1L5UA 1RT5A 4O0IA 1CXQA 3K59A 4FJ9A 1VSKA 1RBUA 3AVBA 4CECA 4DSLA 1RT7A 4H4OA 3S3NA 3QEIA 1BGXT 3NGIA 2A1SA 1LV5A 1D8YA 3DLHA 1NOZA 4KI4A 3DOLA 1UA1A 4Z0UA 4FJMA 1I3AA 5T7BA 1HNIA 3CQ8A 3NE6A 3QEWA 3I0SA 1BISA 4JS5A 3MAQA 1CZ9A 1KCFA 4DTMA 4KHWA 1W0HA 3KKRA 4CERA 4FJLA 3PX4A 3PO5A 3L8BA 3DRRA 2HHXA 4CK2A 3LAKA 1Q9XA 3AVCA 3I8DA 2HNDA 2EHGA 2NUBA 1RNHA 5KI6A 2Z1JA 2OA8A 1SKWA 2RKIA 1RT2A 3TAEA 4NYFA 2F8TA 4KHYA 3THVA 4DQRA 3IRXA 1FK9A 1XWLA 5KGXA 4CJWA 2IS3A 1C0UA 3KK3A 2RN2A 4OLAA 1BCMA 2IDOA 4N41A 4FYDA 3ZSOA 3OJUA 5JS1A 3SQ2A 3PUFA 3QIPA 4B9UA 3TANA 1DTTA 1SL0A 2P5OA 2FC0A 3MXJA 4CJ5A 4DU1A 3SPZA 2HB5A 1IG9A 1C1CA 3I0RA 4B08A 4B9TA 4CJTA 2BANA 3KKSA 1ASUA 3DLGA 3SI6A 1IO2A 2YKNA 4FJNA 1QE1A 1K6YA 4G1QA 4OKKA 4CHPA 4UQGA 3HPHA 4E0DA 2HVIA 3LZJA 4FLZA 1JLEA 1KFSA 3TR8A 1LWFA 4CGIA 4I9QA 1TKXA 4LY7A 5HRSA 4J2EA 3CYMA 3K5OA 1WSGA 3S3OA 4K8XA 4FLYA 2ATQA 1C1AA 5FROA 4CJUA 4NYNA 4CESA 2D0AA 3A2FA 4KPYA 1NKBA 2KFNA 1JLGA 2DFFA 2DY4A 3AA4A 4M42A 3DRPA 3T3FA 3VQ5A 1NJYA 2BDPA 4AHTA 4FLTA 4CIFA 4E3SA 2XO7A 4E89A 3KLFA 4FZXC 3VQPA 2RF2A 1RBRA 4HUEA 4Z4IA 4RW7A 1XI1A 4DQPA 4F4KA 5CZ2A 4F2RA 4CFBA 3HPGA 1N5YA 1S1TA 4R5PA 3AVHA 3KLHA 1FXXA 4CHYA 2AJQA 1TK0A 2QKBA 4BWMA 3ZT1A 3QETA 5HROA 1TGOA 1S5JA 3AVFA 3K2PA 5HRNA 4FCYA 1T05A 3RR7A 2FBTA 4CJSA 4CEOA 4ZHRA 3SYZA 4B9SA 1BI4A 1X9SA 4DSKA 4C8MA 4JRPA 1UA0A 1NK9A 4DTNA 3AO2A 3ZSRA 2X6SA 3NF8A 3VQ7A 3ISNC 3TAFA 3ZT2A 4O44A 5CZ1A 3JYTA 4YFUA 1KSPA 2VG6A 4CGGA 5CYQA 4QAGA 4MFBA 4KAZA 3VQ9A 1NK0A 1TV6A 4QCLA 2IGIA 4CJ3A 4JLHA 3L2WA 1VSDA 1SKSA 4FVMA 1BQNA 1T8EA 3L2VA 4CEQA 4IFVA 2WONA 4B8CA 1CLQA 3K5LA 4FLXA 1ZBUA 1U04A 3KLIA 1L3UA 2P1JA 3ZT3A 3NF7A 3BGRA 3PV8A 3HSTB 1MU2A 1YVUA 4J2DA 1TKDA 5JS2A 1RTJA 4ZTJA 1NKCA 4AILC 1HYZA 1D9DA 2HHUA 2GV9A 1LWCA 4GW6A 4HUGA 1BHLA 5CYMA 2O4GA 4IKFA 3NDKA 2P51A 1B9DA 4IFYA 2HNYA 4GMJB 1WSFA 3TABA 2D0BA 3V4IA 3OYDA 3C95A 3OYCA 1U47A 2F8SA 4DFPA 2PZSA 2YHAA 1C0TA 1ZYQA 3ZSQA 2OPRA 2G8HA 1J53A 3G0ZA 3E01A 4CJPA 3QO9A 4W5QA 4FJKA 1TVRA 1LW0A 3SUOA 3WNFA 4CEFA 4CF1A 3OS1A 3ULDA 4OJRA 4M3TA 4CF0A 2W42A 2XHBA 1JL2A 1RBTA 1VRTA 2ETJA 3OYEA 2ZD1A 2DTUA 1HQEA 3P5JA 3L2UA 3CFRA 1RT1A 1SUQA 4BDZA 4FJGA 3RRHA 3V9WA 3AVJA 4DSEA 4DTOA 1GOAA 4DTRA 1S1XA 5FRMA 4FM1A 2YKMA 3AVKA 3O3HA 4DWIA 4FM2A 3QERA 2B4JA 3LAMA 4Y1DA 3L3UA 2D0CA 3KTQA 1JLAA 4PQUA 1D9FA 2Y1IA 1S6QA 4O0JA 4Q5VA 3OY9A 1RTHA 3RWUA 3MXIA 1NOYA 5KTQA 3OYFA 3IAYA 1HYSA 2JLEA 4CHNA 1IKXA 3HJFA 1NJWA 1Q8IA 1S6PA 1IKYA 3AA5X 3MEGA 1EX4A 2DFHA 3CG7A 2RPIA 1BL3A 2JGUA 2VG7A 3AA3A 3NF9A 1YTUA 4FJIA 3HVTA 3LPTA 3OYIA 4F3OA 4L8RB 4KREA 3K58A 4HHTA 2G8IA 4FZYA 1FKPA 2I5JA 3OYKA 2VWJA 3VA0A 2KW4A 3HL8A 3NBPA 3ZSXA 1RTIA 1QQCA 4KFBA 4LH4A 3O4NA 1RDCA 1HNVA 4CK3A 3NH0A 4DFKA 3SCXA 1U49A 4DFJA 4C8KA 1LAVA 4MQ3A 2YNGA 5HRRA 3VQ4A 4Y1CA 1WNSA 3D45A 4QOZB 4LSNA 4CEBA 1KLMA 1JXBA 3JSMA 1B9FA 3TAPA 3CFPA 1RDAA 2XY6A 4DLGA 4W5NA 3WNHA 3D0PA 4M3ZA 4RW9A 2HMIA 1JL1A 1NKEA 4CJFA 2HHQA 3ASMA 2YV0X 4FLVA 3AO3A 1TAUA 3AVMA 2YHBA 4XIUA 2B5JA 1X9WA 2HHWA 1EP4A 2ITGA 2G8VA 2KQ2A 3K5MA 2KZMA 3PY8A 3QEVA 5EU7A 1G15A 3DLRA 4OPJA 1T03A 4FJ8A 3OYHA 4M3UA 1KVAA 3KJVA 3M8RA 4E7LA 1ZBLA 3NFAA 3UIQA 2DFEA 1XC9A 1VRUA 3WNGA 3F73A 1KVCA 3DI6A 2HHVA 2HVHA 5C25A 3C94A 3AO4A 3L2QA 3VQ6A 1Z25A 1TL1A 2IC3A 2E6LA 3F9KA 3LDSA 1D5AA 2Z1IA 3HO1A 3NHGA 4KHSA 2FBYA 1NK6A 3V9ZA 4CK1A 1RDDA 4H8KA 3NGZA 4FXDA 4LH5A 4DU3A 4IBNA 3AV9A 4RG8A 1BIUA 3HPOA 3V6DA 1TKTA 4CHQA 4RW6A 3AVGA 1RTDA 4DLEA 2HHSA 4EZ6A 3QINA 4JRQA 3SV4A 3LWLA 3VA3A 4KTQA 3OYJA 3NF6A 3SZ2A 3TAMA 3O4QA 4M41A 3DLEA 4CGJA 2B6AA 4EP5A 3AO5A 5DMRA 3QEPA 3S9HA 1CZBA 4CGHA 4I2PA 1NK8A 1O1WA 3H08A 1BCOA 4AHRA 1HYVA 1Q9YA 3SQ0A 4M3XA 3RMBA 3KIOA 4FW2A 2FBVA 4H4MA 1EKEA 5K14A 3V1OA 4DS5A 1BI4B 4KTZA 1KLNA 4OKEA 4B9LA 1A5XA 5HP1A 4CCHA 4CGFA 1W9HA 3G10A 3ZSZA 2XRIA 3C6TA 2FBXA 4B9MA 4CEDA 4CIEA 1L3SA 4PY5A 3NAEA 4Z4CA 4J2BA 4E7KA 1NJXA 1T7PA 1VSIA 4FW1A 4DF4A 3PX6A 1S1WA 1IKWA 3OYAA 4DSIA 4M3RA 4FJHA 3AO1A 3V9UA 3RTVA 3TARA 2QKKA 1Z26A 3AVLA 3WNEA 4CF8A 1XHXA 3SPYA 4M3WA 1L3TA 2OPPA 2G8KA 3HYFA 4DTSA 2X78A 4DF8A 3EY1A 2PYLA 4ID1A 1SKRA 2OZSA 4FJ7A 1VSLA 1RILA 1RT6A 3V1QA 4CFAA 4KHUA 3HM9A 1A5VA 2WOMA 3M8PA 3TI0A 1S9EA 3MEDA 2YNHA 4IG0A 4C8LA 4PUOA 4DU4A 4DSJA 3VQAA 3HVRA 4DG1A 1KVBA 3EZ5A 2GUIA 1S1VA 4O5BA 4N5SA 4CGDA 1VSFA 2EX3A 3T1AA 2BE2A 3OYNA 4K8ZA 2QK9A 1QSYA 3SUPA 1RBSA 4DTXA 2GBZA 4DMNA 5J2MA 2E6MA 3RMAA 4FK4A 1HQUA 4PWDA 3NGYA 1JLFA 4N47A 3HT3A 3LALA 4B9NA 4FK0A 2VWKA 5KGWA 4OLBA 5FRNA 1SL2A 5J2NA 3RMCA 1VSEA 4DQIA 2P5GA 4CHOA 3B6PA 4CJEA 3CM5A 5I42A 4BDPA 1X1PA 4W5TA 4KV8A 4KKOA 3B6OA 1DTQA 1J5OA 4CIGA 2XY7A 5HBMA 1UOCA 3ZSVA 3ZCMA 4ID5A 4CHZA 5E41A 1R0AA 4F3TA 2ZQBA 4N56A 4KO0A 1QS4A 3L2RA 4DSFA 4Q0BA 1WAJA 4KI6A 1RDBA 2Q3SA 2KZZA 3NCIA 1HRHA 3HXMA 4BDYA 4DFMA 3SNNA 1J9AA 3OYLA 3KK1A 3LWMA 4KHNA 1S9GA 5HLFA 4N76A 1GOCA 4BE2A 1U45A 4FM0A 4B8AB 3LP2A 4J2AA 3AA2A 2HHTA 4EP4A 1RT4A 4DTPA 3QIOA 3S3MA 4I7FA 2X74A 2F96A 1WLJA 3ZT0A 3NH2A 3V81A 3CM6A 4NCGA 4HTUA 2R7YA 3HK2A 1QSSA 2PYJA 4I9LA 1ZBIA 1C0MA 4NCBA 1LWEA 3NH1A 3DMJA 1ITGA 1SV5A 4RW8A 1N6QA 1S1UA 1UAXA 3IS9A 4Z4FA 1WSEA 3SUNA 2BGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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