1IG9A

Structure of the replicating complex of a pol alpha family dna polymerase
Total Genus 305
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
305
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords 5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structure of the Replicating Complex of a Pol Alpha Family DNA Polymerase
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 305
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1ig9A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1ig9A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ig9A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1ig9A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1ig9A03
3NE6A 4CF8A 4CJ3A 2QXFA 1BIZA 4RW4A 3CFOA 4CE9A 3PX4A 3SUOA 3ZSYA 1RT4A 1NJZA 4FYDA 3V81A 1U45A 3ULDA 4E1NA 1NJYA 4EP4A 4Z4EA 1S1TA 3ZSVA 4HTUA 3VQ7A 3AVGA 4KFBA 1Q9XA 1BI4B 1EP4A 2JLEA 3MEDA 4OGEA 3K59A 3NAEA 1TVRA 4CJQA 3ISNC 4PWDA 2OPQA 3ASMA 4F4KA 1ZBLA 3PX0A 3PY8A 4F2SA 4E3SA 3LDSA 3LPUA 3AA4A 3VN5A 3QINA 3AVFA 3I0SA 1KLNA 4F8RA 4CK3A 3OJUA 1VSKA 1RILA 1HMVA 1LWCA 3KLEA 4CEAA 1SL0A 4ELVA 1FXXA 1UWBA 2B4JA 3SQ4A 3VQCA 3VQEA 4DMNA 4FK0A 4JRQA 3QIOA 1U47A 4BDYA 3K5OA 3ZT1A 3PO5A 3L8BA 1JL2A 4KHUA 1JKHA 2FBVA 1IG9A 4FLVA 3SNNA 1WSIA 5HP1A 3LZIA 3DLBA 3PX6A 1JL1A 4DSJA 4CJTA 4LY7A 2XY5A 4FJLA 3TAMA 1A5VA 4CJFA 5SWMA 3T1AA 4CJRA 3HP9A 3LWMA 2E6MA 1Z26A 3K5LA 5C42A 3OYIA 3EZ5A 1B9FA 4GW6A 1S1VA 1JLQA 4OGCA 3OYMA 2PYJA 3NH1A 2OZMA 2DFFA 3LPTA 4DS4A 2VWJA 2ITGA 4FJNA 3DM2A 1EETA 3CFRA 3LANA 1TKTA 4CGJA 3VQ9A 5CZ1A 4DTOA 1WSJA 2HVHA 4O5BA 3HJFA 2B6AA 3AVIA 4CJEA 4N56A 2KW4A 4AHRA 3TABA 1J54A 1Z25A 1HYZA 3L3UA 2HHQA 4PUOA 4W5QA 3AO1A 4QAGA 2KFZA 1SKWA 4ICLA 4HCBA 4CJ5A 4FJXA 1SKSA 3QEVA 4O0IA 4B3OA 4M3RA 3L2VA 2WONA 3LP0A 3ZSWA 1ASUA 1BCOA 2WOMA 3TAEA 3NF6A 1NJWA 4KAZA 4NYNA 1DTQA 4CERA 2G8HA 4HCCA 4LD0A 1QSSA 4OLBA 5J2PA 1LW2A 4M3ZA 1JLGA 2HNDA 4I2PA 2A1RA 1QTMA 4FXDA 4FM0A 4FJ8A 1U04A 3M8QA 3NGYA 3TWHA 4CF2A 3VA3A 1QQCA 1VSMA 3MEGA 1U49A 4B9UA 4N41A 1RT6A 1A5WA 4IKFA 2KZZA 3SUNA 1TAQA 3TAPA 4J2DA 1LWEA 3C6UA 3HP6A 3DLGA 2OYQA 4OVLA 3QEWA 1TL1A 1VRTA 1JXBA 2FBXA 4CF1A 3V9XA 3RR7A 3ZSQA 3ZT3A 4KB1A 4OJRA 4NYFA 4CF9A 4HHTA 1WLJA 3ZT4A 4DF8A 1SL1A 3DLEA 2QKKA 3AVAA 1NKBA 1VSEA 2IDOA 2O4GA 4TSXA 4EZ9A 1UA0A 3V9SA 3MECA 1ZYQA 2G8UA 1YTAA 4CK2A 1CZ9A 4DTRA 1UOCA 4DFMA 4DSIA 4FZZA 1DLOA 4XIUA 2P5OA 4BDZA 4AILC 4KO0A 1RT2A 3O4NA 3KD5E 1NOYA 4R5PA 2KTQA 1WSFA 3TI0A 4N5SA 2YNGA 2F8TA 4YNQA 4BE1A 4RW6A 2OPPA 4JRPA 1KLMA 2G8FA 1RNHA 1TGOA 1TK0A 4Z0UA 3ZSRA 1FKOA 4EP5A 2AJQA 3SQ2A 4E7LA 4DTNA 4KI4A 3OYJA 4H4OA 3U3YA 1U48A 4Z4HA 3OJSA 2FBYA 3V6DA 4J2EA 1KVAA 3ZSXA 4Z4IA 3RRGA 2P5GA 3OS2A 4C8MA 4I7FA 1TKDA 4FZXC 5HRNA 3RMBA 3DRSA 4ID1A 3L2WA 2F8SA 3DYAA 2VG6A 4N76A 2XHBA 3LZJA 3PUFA 3HPHA 2DFHA 3QO9A 4IFYA 1FKPA 2HHTA 4KHSA 1KVBA 3L2UA 4LSNA 1UAXA 4LH5A 4NCGA 2YNFA 3RTVA 2D0BA 2XY8A 3P83D 4CEBA 3P5JA 2P51A 4FCYA 3VQPA 2W42A 1CLQA 1L5UA 2Z1JA 4FJIA 3LALA 4KTZA 5E41A 3V1RA 3SV4A 3DRPA 2X74A 3G0ZA 3HSTB 4CEFA 4DLEA 4FVMA 5CZ2A 3V4IA 5DK5A 2YHBA 2PZSA 3A2FA 1R0AA 3K2PA 3BDPA 4F2RA 1S1WA 4B08A 1RBUA 4DSFA 4FLZA 4M3TA 1CXUA 3S3MA 3AA5X 5CY4A 3RRHA 3DLKA 3V9ZA 4FJ7A 1BCMA 3AV9A 3VQ4A 4CJVA 4E1MA 2LSNA 5J2NA 4IG3A 3NDKA 3DRRA 3F73A 1QE1A 3HYFA 5HLFA 3RMAA 4ID5A 1C1CA 1C0UA 2HHXA 1WAJA 3CQ8A 2RPIA 3OVNA 3P1GA 1ZBHA 2IAJA 1QS4A 2NUBA 2HNYA 3TAFA 4OKKA 3NCIA 1JLFA 1S6QA 5HRPA 5I3UA 4M3XA 4CGDA 5D3GA 3ZCMA 3TAQA 1KFDA 1J9AA 3OYFA 3SI6A 1WAFA 4FW1A 5CYQA 3ZSZA 3AVHA 4CFDA 1NJXA 4DQPA 4QOZB 2ZE2A 3NF8A 2DTUA 2RN2A 4RW8A 4CIFA 3ZT0A 1I3AA 3UIQA 1BISA 3O4QA 4DQSA 3QEXA 1NOZA 1RT1A 1WSGA 2YNHA 3DMJA 4AHCA 3VQ8A 3NF9A 1S1XA 2Q3SA 2X78A 3OYKA 4JS4A 3SYZA 4DU4A 4O4GA 2G8IA 2XRIA 2HHWA 3JYTA 4F3OA 4DTJA 4E7KA 4C8OA 2YV0X 4B9SA 1IKXA 1VSDA 1HYVA 3VQBA 3VQQA 3CFPA 3HK2A 1RDCA 1NK8A 1XHXA 3VA0A 5T7BA 2GV9A 3THVA 1A5XA 1RTHA 3M8PA 5SZTA 3HL8A 1N6QA 4E7IA 3KK3A 1W9HA 3DLRA 4B9MA 3RWUA 5J1EA 5HBMA 3D0PA 3LP2A 1YVUA 3AO5A 1G15A 2ZQBA 3O3HA 4DTUA 4MQ3A 2GUIA 1KRPA 4FK4A 1REVA 2OPSA 4CEDA 1TKZA 4ELTA 4IFVA 1WNSA 1FK9A 1KVCA 1TK5A 4CJPA 1ITGA 2KQ2A 3T3FA 4YFUA 3I0RA 4PY5A 1VSJA 2Z1HA 3SUPA 3AO4A 4CHNA 3QNNA 4ELUA 4Q0BA 3LWLA 4B9LA 4L8RB 4ZTJA 2D0CA 1D9DA 3O3FA 3NHGA 3NFAA 3QIPA 3F9KA 4Y1CA 4FJ9A 1QSYA 2HW3A 4QCLA 3CG7A 3FFIA 4H8KA 4BE2A 3LAMA 2YKMA 3S9HA 4NCBA 1JXEA 4KREA 2ATQA 1VSIA 1RDAA 3V1OA 3KIOA 3S3NA 5J2MA 4DTSA 4KHYA 3OYLA 3SV3A 4CEEA 1BHLA 1MU2A 3DOLA 4Y1DA 4DG1A 3I8DA 3K5MA 3L2QA 4E7HA 2Y1IA 3S3OA 4C8LA 1SUQA 4BACA 1RTIA 4DTPA 2VWKA 1CZBA 1ZBFA 3IS9A 1T8EA 3L3VA 2P1JA 4AHUA 3CYMA 4HUFA 3HPGA 2BE2A 4KTWA 1HJRA 3WNFA 4AHVA 3OYGA 4KI6A 5I42A 1B92A 3KK2A 4KPYA 1ZBUA 4OPKA 1HNIA 3OS1A 1C1BA 1NK9A 5K14A 2X6SA 5KI6A 4FLUA 3OYBA 4DWIA 3SQ1A 3KLIA 4LH4A 1KTQA 4OKJA 2HHUA 2IC3A 3KK1A 2HHVA 4LSLA 4Z4CA 4K8ZA 1ASWA 2X6NA 5JS2A 3JSMA 3HPOA 4ZHRA 1XWLA 2D0AA 4DSLA 1HRHA 3KKSA 5KRTA 3VQ5A 1C0MA 1NK4A 1GOAA 3K58A 2IS3A 5FROA 1X1PA 1CXQA 4HVJA 1RTJA 4M41A 4DTXA 4M42A 4J2BA 2ZD1A 3NBPA 4J2AA 4CHZA 4M3WA 4IBNA 5EU7A 1RT3A 2BDPA 5HRRA 1RT7A 4UQGA 3U3GA 2OA8A 4BDPA 3VQAA 1NK7A 4OPJA 1IKVA 4O0JA 1Y97A 3WNEA 3AVJA 3OYEA 4DS5A 3LP1A 3KLFA 3KTQA 4W5RA 3MAQA 3U6FA 1HYSA 1U4BA 3NGZA 3KD1E 4DU3A 2VG5A 4CFBA 1N5YA 4CEQA 1L3SA 5HROA 3HO1A 4JS5A 4DSKA 4CGHA 3RMDA 4FJGA 3C6TA 2YHAA 4AH9A 2PYLA 3ITHA 2KZMA 4G1QA 2YNIA 3SZ2A 4CF0A 1TV6A 2HB5A 5KTQA 2IOCA 4DFKA 3SQ0A 1X9WA 4KHNA 1DTTA 4OKEA 1HPZA 4RW9A 5C25A 1XI1A 4FLXA 3EY1A 1L3TA 3AVMA 4FM1A 5C24A 4FJ5A 1C6VA 1IKWA 1T7PA 4DU1A 1WSHA 3ZT2A 4CEOA 1NK6A 2E6LA 4CHYA 3V9WA 4E89A 4FM2A 1LW0A 3DOKA 1ZBIA 4E0DA 1J5OA 4BE0A 3OY9A 1QSLA 5CYMA 1D5AA 3QETA 3RMCA 2YKNA 3H08A 3OYNA 3EYZA 3OYAA 1X9MA 1RBRA 1KCFA 3M8RA 4CJ4A 3CM6A 4DQRA 2G8WA 3PO4A 3AO3A 3AVKA 1EXQA 3QNOA 4FK2A 4B8AB 1C0TA 4KTQA 2HVIA 4DTMA 2A1SA 2Z1GA 1GOCA 3B6PA 4AHTA 4E19A 3SJJA 3WNGA 4CHQA 3IG1A 2JGUA 3HVRA 4MFBA 2DY4A 4O44A 3KJVA 4ZTFA 1NKEA 3VQ6A 1BIUA 3QERA 2Z1IA 2EX3A 4KHQA 1LAWA 2BANA 3NH2A 2VG7A 4IDKA 1S5JA 2F96A 1JLBA 5FDLA 1D9FA 1RDBA 4H4MA 4HUEA 4CHPA 4W5TA 3OS0A 1LAVA 1L3VA 1TL3A 3K5NA 1RTDA 3D45A 4B9NA 1Q8IA 2GBZA 3LAKA 2E4LA 4DSEA 1IKYA 3MXJA 2RF2A 3KKRA 3MXMA 4M3YA 1ASVA 3AA2A 2XO7A 4BWMA 1T03A 1I39A 3M8SA 3HXMA 4B9TA 3E01A 1TKXA 4EZ6A 3AA3A 1W0HA 3CM5A 4W5NA 3WNHA 4FLYA 1LV5A 3G10A 3MXIA 3K57A 1QHTA 3PV8A 4CHOA 3RR8A 4B8CA 3BGRA 1BQNA 3SCXA 1JLCA 4M3UA 4RW7A 1BI4A 3C94A 5KGWA 5KGXA 4DF4A 4JLHA 4FJHA 1VSFA 4CCHA 4FZYA 3AVCA 3TR8A 3TAGA 4W5OA 3IAYA 1GOBA 1JLAA 1SV5A 3DI6A 3L2RA 1RBVA 4Q5VA 4OLAA 4AHSA 2FC0A 1RBTA 4FLWA 1L3UA 1IO2A 4CFCA 1EX4A 1EKEA 1HQUA 1RT5A 4CIGA 4I2QA 4FLTA 3DLHA 1VK0A 4DFJA 3LP3A 3V9UA 2HMIA 1IH7A 3HVTA 2PY5A 2BGGA 3QEPA 3V1QA 4CJUA 3TARA 2EHGA 4CGFA 5KRSA 1VSHA 3QESA 1BL3A 1O1WA 2O4IA 3O3GA 1X9SA 2QKBA 1NKCA 1HNVA 4FJKA 1YTUA 1JLEA 1RCHA 4CJLA 1VSLA 2OZSA 5J2QA 1D8YA 4DFPA 4HUGA 1LWFA 3NGIA 1S6PA 4CJWA 4DLGA 1TK8A 1VRUA 1B9DA 1KFSA 1BGXT 4B9VA 3OYHA 2DFEA 1SKRA 4RG8A 2RKIA 1KSPA 4N47A 3OYDA 3OYCA 3AVLA 4KRFA 1J53A 1K6YA 1RDDA 4I9LA 4KV8A 1F21A 4E7JA 4F3TA 4CGIA 3AO2A 4KHWA 4C8NA 2HHSA 1WSEA 3IRXA 4CEZA 2OPRA 3C95A 2KFNA 4Z4FA 2XY7A 1BQMA 3NF7A 4FW2A 4CJSA 1S9EA 2B5JA 2HNZA 3AVBA 3KLHA 2Y1JA 5FRNA 1WN7A 5JS1A 4DQQA 2I5JA 1S9GA 1HQEA 4PQUA 2G8KA 4Z4GA 4FJJA 1C1AA 4CECA 3SPZA 4IG0A 2QK9A 1XC9A 3AVNA 3MEEA 4CK1A 4NCAA 3QLHA 2FBTA 3QEIA 1NK5A 4C8KA 4M45A 3B6OA 2G8VA 2ETJA 4WE1A 1SL2A 4CGGA 1T05A 2IGIA 4BWJA 3NH0A 3KLGA 5HRSA 4CFAA 3HT3A 3TANA 1Q9YA 1YT3A 5DMRA 1NK0A 1S1UA 1XHZA 2D5RA 4KB0A 1TAUA 4CIEA 4O55A 1RBSA 3SPYA 4GMJB 3HM9A 4CJKA 4I9QA 2XY6A 4CESA 4KKOA 4PA1A 4FJMA 3ZSOA 3VQDA 3T19A 4DQIA 3SUQA 2R7YA 4K8XA 3ALYA 5FRMA 4GVMA 1UA1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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