The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
193
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sequence length |
581
|
structure length |
568
|
Chain Sequence |
SCVATVDDVIEQVMTYITDPKDRDSASLVCRRWFKIDSETREHVTMALCYTATPDRLSRRFPNLRSLKLKGKPRAAMFNLIPENWGGYVTPWVTEISNNLRQLKSVHFRRMIVSDLDLDRLAKARADDLETLKLDKCSGFTTDGLLSIVTHCRKIKTLLMEESSFSEKDGKWLHELAQHNTSLEVLNFYMTEFAKISPKDLETIARNCRSLVSVKVGDFEILELVGFFKAAANLEEFCGGSLNEDIGMPEKYMNLVFPRKLCRLGLSYMGPNEMPILFPFAAQIRKLDLLYALLETEDHCTLIQKCPNLEVLETRNVIGDRGLEVLAQYCKQLKRLRIERGADEQGMEDEEGLVSQRGLIALAQGCQELEYMAVYVSDITNESLESIGTYLKNLCDFRLVLLDREERITDLPLDNGVRSLLIGCKKLRRFAFYLRQGGLTDLGLSYIGQYSPNVRWMLLGYVGESDEGLMEFSRGCPNLQKLEMRGCCFSERAIAAAVTKLPSLRYLWVQGYRASMTGQDLMQMARPYWNIELIPSRREHPAHILAYYSLAGQRTDCPTTVRVLKEPI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Arabidopsis thaliana
|
| publication title |
Jasmonate perception by inositol-phosphate-potentiated COI1-JAZ co-receptor.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SKP1-like protein 1A
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| total genus |
193
|
| structure length |
568
|
| sequence length |
581
|
| chains with identical sequence |
D, F, H, J, L, N, P
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF18511 | F-box_5 | F-box |
| B | PF18791 | Transp_inhibit | Transport inhibitor response 1 protein domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Monooxygenase | Monooxygenase | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Horseshoe | Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) | Ribonuclease Inhibitor |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4WP6 A; 4CC4 C; 2JE1 A; 2UZX A; 3VQ1 A; 4V2E A; 4LXR A; 2P1O B; 4FS7 A; 2WQW A; 2V9S A; 3CIY A; 4Q3G A; 2WQX A; 1M9S A; 1KOH A; 3WN4 A; 3WPC A; 2E31 A; 4BSU A; 1OTN A; 4Z61 C; 4J0M A; 3ULU A; 2Y5Q A; 1OTM A; 5IJB A; 3UL7 A; 3UL9 A; 4CIL A; 3CIG A; 1ZIW A; 2BEX A; 5AWA A; 2Z64 A; 3RJ0 A; 1XEC A; 3E2J A; 4Y61 B; 4BSS A; 4GLP A; 4LSX C; 3ZYJ A; 4Q62 A; 5LFN A; 4KXF B; 2R9U A; 4HQ1 A; 1FS1 A; 4P8S A; 3REZ A; 1H6T A; 1K5D C; 5IYX C; 3W3G A; 1OZN A; 4TZH A; 3RFE A; 4H09 A; 5CMP A; 4G8A A; 4AW4 A; 2E32 A; 1D0B A; 2Z7X B; 4ARR A; 2ELL A; 2OMV A; 3E4G A; 4CC4 A; 2AST B; 4ARN A; 1OTO A; 1FS2 A; 1M10 B; 3G39 A; 4M7E C; 4QBZ A; 1SQ0 B; 2WFH A; 4QXE A; 4CNM A; 1W8A A; 3WPH A; 1XEU A; 3OJA A; 1YRG A; 1PGV A; 2BNH A; 3WPD A; 1LTX A; 4BSR A; 5B0T A; 3TSR E; 4AY9 X; 4PEQ B; 3V7D B; 5CMN A; 4K17 A; 4Z8G A; 4KNG A; 5B4P A; 3G3B A; 5HZL B; 3FXI A; 3RW7 A; 1IO0 A; 2RR6 A; 2P1P B; 4PKI G; 4LSA A; 4R07 A; 2P1N B; 4XSQ A; 2OMX A; 1P8T A; 1DS9 A; 4LXS A; 2Z82 A; 4LSX A; 1M9L A; 2WQV A; 5IJD A; 4NKG A; 3PMH G; 4CP6 A; 4V2C A; 4PER A; 3A79 B; 2JE0 A; 1FT8 A; 4V2D A; 2P1Q B; 2Z65 A; 4R6J A; 1XKU A; 4R6A A; 4C2B B; 4R08 A; 1OGQ A; 2V9T B; 4UFR A; 3DZE A; 4R58 A; 3WPG A; 1G9U A; 4BV4 R; 4I6J B; 3RW6 A; 2OMW A; 3W3M A; 3OGM B; 3RGX A; 3RIZ A; 4FCG A; 1OOK G; 2OVQ B; 1H6U A; 3KJ4 A; 3WSO A; 1P22 A; 3RFJ A; 1QYY A; 3JB9 j; 4FMZ A; 3ZYN A; 2ASS B; 4U08 A; 4FDW A; 4GT6 A; 3W3K A; 4C2A B; 4WYK A; 3UL8 A; 1O6T A; 4MN8 B; 3L2O B; 4XOS A; 3ZYO A; 4PQ8 A; 5AWD A; 5HDH A; 4XGO A; 3E3Z A; 2O6Q A; 4Z94 G; 4L3A A; 3W3L A; 2OMY A; 2OVP B; 1JL5 A; 4YEB B; 2OMZ A; 1P8V A; 4Z79 A; 2O6S A; 2Z63 A; 4LSC A; 2Z81 A; 1WWL A; 5AWB A; 3C6O B; 3P72 A; 1LDK E; 3WPB A; 3M18 A; 2V70 A; 3OGK B; 3WPI A; 4R6F A; 5GMF A; 3OJA B; 5AZ5 A; 3G04 C; 2XWT C; 3O53 A; 4P91 A; 2OMT A; 1XWD C; 1FO1 A; 1A9N A; 3ULV A; 4B8C D; 3CVR A; 2WQU A; 1KOO A; 4R6G A; 2Z66 A; 4FHO A; 5GMG A; 4IM6 A; 2O6R A; 5A5C A; 2OMU A; 2UZY A; 4M7E A; 1FQV A; 5GQR K; 3MKS B; 3W3N A; 2JQD A; 3M19 A; 4EZG A; 1P9A G; 4RCW A; 4FD0 A; 2Q4G W; 4LI1 A; 4U09 A; 4R0A A; 3E6J A; 1Z7X W; 4R09 A; 4QC0 A; 3SB4 A; 4J4L A; 2Z7X A; 3BZ5 A; 4L3F A; 4MQW X; 1U0N D; 3ULA A; 4R5C A; 4KT1 A; 4ECO A; 2XOT A; 2ID5 A; 1M0Z A; 4LI2 A; 5GS2 B; 4RWT C; 5FTT B; 3WPF A; 3VQ2 A; 3O6N A; 4R5D A; 2RA8 A; 5B0N A; 4ECN A; 3G06 A; 1XCD A; 3RFS A; 3C6P B; 4Z64 C; 5IBK B; 1O6V A; 1GWB A; 4CNC A; 1A4Y A; 4OQT A; 4PSJ A; 4Q3I A; 3RGZ A; 3UN9 A; 3C6N B; 3ZYI A; 3G3A A; 3GOZ A; 2A0Z A; 1K5G C; 3OGL B; 4NKH A; 4U7L A; 2CA6 A; 3W3J A; 1NEX B; 2Z62 A; 4RCA B; 5AWC A; 2FT3 A; 5IJC A; 2IFG A; 1DCE A; 3WPE A; 5GS0 A; 5D3I A; 5GMH A; 4U06 A; 2OVR B; 1DFJ I; 1O6S A; 2P1M B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WP6 A; 4CC4 C; 2JE1 A; 2UZX A; 3VQ1 A; 3HL8 A; 3LD8 A; 4V2E A; 4M3X A; 4LXR A; 2P1O B; 4FS7 A; 2WQW A; 2HD0 A; 2V9S A; 3CIY A; 3RMC A; 4FJM A; 1FPO A; 4Q3G A; 2K5S A; 1XVC E; 2WQX A; 4E3S A; 2ATQ A; 1M9S A; 1KOH A; 3WN4 A; 3QEV A; 3WPC A; 2E31 A; 3SPZ A; 4BSU A; 1OTN A; 4Z61 C; 4J0M A; 3ULU A; 3HGK E; 2Y5Q A; 1OTM A; 3QEW A; 5IJB A; 3NHG A; 3UL7 A; 3UL9 A; 3QNN A; 4CIL A; 3CIG A; 1FZ7 E; 1ZIW A; 2BEX A; 4J2E A; 5AWA A; 1MHY G; 3CFP A; 2RCU A; 2Z64 A; 3RJ0 A; 4QND A; 1XEC A; 3TAG A; 4DTR A; 3E2J A; 4Y61 B; 3NDK A; 1XVG E; 4BSS A; 4DU3 A; 2MMB A; 4GLP A; 4LSX C; 3ZYJ A; 4Q62 A; 4X5N A; 5LFN A; 4KXF B; 2R9U A; 4HQ1 A; 1FS1 A; 3KD5 E; 4P8S A; 3REZ A; 1H6T A; 1K5D C; 5IYX C; 3W3G A; 1OZN A; 4TZH A; 4DTX A; 1WAJ A; 4KHY A; 4FJ7 A; 3RFE A; 4H09 A; 5CMP A; 2JHC A; 2OZS A; 4G8A A; 4AW4 A; 2E32 A; 1D0B A; 2Z7X B; 3TAB A; 4ARR A; 2ELL A; 2OMV A; 3E4G A; 4CC4 A; 4FJ5 A; 2AST B; 4ARN A; 2VJ4 A; 1OTO A; 1FS2 A; 1M10 B; 3J2P A; 3G39 A; 3J27 A; 4M7E C; 4QBZ A; 3QEX A; 1SQ0 B; 3SQ2 A; 4RL5 A; 2WFH A; 4QXE A; 4CNM A; 1W8A A; 3WPH A; 1XEU A; 3RWU A; 3OJA A; 1YRG A; 4ADN A; 2DEB A; 1PGV A; 2BNH A; 4KHU A; 3NCI A; 3WPD A; 1LTX A; 4BSR A; 5B0T A; 2JH8 A; 3TSR E; 4AY9 X; 4PEQ B; 3V7D B; 5CMN A; 3LDB A; 2DY4 A; 3L8B A; 4K17 A; 4EP9 A; 3SJJ A; 4Z8G A; 3SPY A; 4AI6 A; 4KNG A; 3G3B A; 5B4P A; 5HZL B; 2JH9 A; 3FXI A; 3RW7 A; 1IO0 A; 2RR6 A; 2P1P B; 1XVB E; 4PKI G; 3CFR A; 4LSA A; 4R07 A; 4HCC A; 1XMG E; 1XVE E; 2P1N B; 4XSQ A; 2OMX A; 4JRQ A; 1P8T A; 1DS9 A; 4LXS A; 2Z82 A; 4LSX A; 1M9L A; 2WQV A; 3C95 A; 4KHW A; 5IJD A; 4NKG A; 3PMH G; 4CP6 A; 4V2C A; 4PER A; 3A79 B; 2JE0 A; 1FT8 A; 4V2D A; 2P1Q B; 4AKI A; 2Z65 A; 2PFV A; 4R6J A; 4DU1 A; 1XKU A; 1FZ8 E; 4QNC A; 4C2B B; 4R6A A; 4R08 A; 3BVO A; 1OGQ A; 2LF3 A; 2V9T B; 1FZ6 E; 4UFR A; 4EYW A; 3DZE A; 4R58 A; 3HGL A; 3WPG A; 4DTN A; 4FJJ A; 1G9U A; 3E4W A; 4BV4 R; 4I6J B; 1FYZ E; 3RMD A; 3RW6 A; 3CQ8 A; 2OMW A; 2P5O A; 4M3Z A; 1Q9Y A; 4AKH A; 3OGM B; 3W3M A; 4FJI A; 3SQ1 A; 3RGX A; 3SNN A; 3RIZ A; 4B08 A; 4HCB A; 4FCG A; 3UO3 A; 1OOK G; 2OVQ B; 4X5M A; 4M3Y A; 2B1E A; 1H6U A; 3LZJ A; 2RKH A; 3WSO A; 3KJ4 A; 1P22 A; 3RFJ A; 1QYY A; 3JB9 j; 1XMH E; 4I9Q A; 2OYQ A; 4FMZ A; 3UO2 A; 4DU4 A; 3ZYN A; 2ASS B; 4U08 A; 4FDW A; 4GT6 A; 3W3K A; 4C2A B; 4WYK A; 3UL8 A; 1O6T A; 4MN8 B; 4FK2 A; 3L2O B; 4XOS A; 5IRE A; 3ZYO A; 4PQ8 A; 3QET A; 5AWD A; 4JS4 A; 2MW2 A; 3N1B A; 5HDH A; 4XGO A; 3E3Z A; 2O6Q A; 4Z94 G; 2P5G A; 4KHS A; 4M3U A; 3TAE A; 4L3A A; 3W3L A; 3SQ0 A; 2OMY A; 2OVP B; 3TL8 B; 4FJN A; 4AKG A; 1JL5 A; 2B7M A; 4YEB B; 4M42 A; 2OMZ A; 3S9H A; 3C94 A; 3RMB A; 2MZW B; 1P8V A; 4Z79 A; 4FJH A; 3LDS A; 4RNG A; 4DTO A; 3SUO A; 2O6S A; 2Z63 A; 4M3R A; 4LSC A; 2Z81 A; 1WWL A; 5AWB A; 3E4Y A; 4M45 A; 4E4B A; 3NGI A; 3C6O B; 4DTU A; 1XMF E; 3SCX A; 3P72 A; 1LDK E; 3WPB A; 3L0M A; 3QNO A; 3LZI A; 3M18 A; 2V70 A; 3OGK B; 3WPI A; 4R6F A; 5IZ7 A; 5GMF A; 3OJA B; 2FW3 A; 5AZ5 A; 3HP9 A; 2PFT A; 3G04 C; 1MHZ G; 3TJY A; 4DTP A; 4FJ9 A; 2XWT C; 3O53 A; 1FZ3 E; 1FZ2 E; 4P91 A; 2OMT A; 1XWD C; 4FJG A; 4FK0 A; 1XL3 C; 1FO1 A; 1A9N A; 3ULV A; 4B8C D; 3CVR A; 2WQU A; 1KOO A; 4R6G A; 2Z66 A; 4FHO A; 3TAF A; 3SQ4 A; 4J2D A; 1XVF E; 4J2A A; 5GMG A; 4ICG C; 2JPN A; 4IM6 A; 2O6R A; 2B8I A; 4M3W A; 5A5C A; 2OMU A; 1N1C A; 1FZ0 E; 4KHN A; 3KD1 E; 2UZY A; 4M7E A; 1FQV A; 1FZH E; 3RMA A; 5GQR K; 4I9L A; 4KHQ A; 3MKS B; 3W3N A; 2JQD A; 1FZI E; 3M19 A; 4EZG A; 1P9A G; 4RCW A; 4FD0 A; 1FZ1 E; 2Q4G W; 4M41 A; 2OZM A; 1Q9X A; 4LI1 A; 3SUP A; 4U09 A; 2VIX A; 1JW2 A; 4R0A A; 3E6J A; 1Z7X W; 4R09 A; 4QC0 A; 3SB4 A; 4J4L A; 2JHP A; 1FZ4 E; 2Z7X A; 3UIQ A; 3BZ5 A; 3CFO A; 4L3F A; 4MQW X; 1IH7 A; 4JS5 A; 1U0N D; 4NZT M; 3ULA A; 4R5C A; 1XVD E; 4KT1 A; 4ECO A; 2XOT A; 3SI6 A; 2ID5 A; 1MMO G; 1MTY G; 1M0Z A; 4LI2 A; 2JHA A; 5GS2 B; 4RWT C; 4FJK A; 2LF6 A; 5FTT B; 4NZR M; 4FK4 A; 2YB5 A; 3WPF A; 1IG9 A; 3VQ2 A; 4FJ8 A; 3O6N A; 2RA8 A; 4R5D A; 5B0N A; 4ADO A; 4ECN A; 4DTJ A; 3G06 A; 1XCD A; 1XU3 E; 3RFS A; 3C6P B; 4Z64 C; 5IBK B; 1O6V A; 1GWB A; 5H37 A; 1FZ5 E; 4CNC A; 2JQT A; 1A4Y A; 2DTU A; 1XU5 E; 4OQT A; 4PSJ A; 4Q3I A; 3RGZ A; 3UN9 A; 3C6N B; 2H4T A; 4JRP A; 1WAF A; 4FVM A; 4KI4 A; 3ZYI A; 3G3A A; 3GOZ A; 2A0Z A; 3L1N A; 1K5G C; 3OGL B; 4IT5 A; 4NKH A; 4U7L A; 3SUN A; 4EPH A; 2CA6 A; 4DTM A; 3W3J A; 3QES A; 1NEX B; 2VJ5 A; 4M3T A; 4J2B A; 2Z62 A; 3QER A; 3NAE A; 3SUQ A; 4RCA B; 2QXF A; 3NE6 A; 3K2O A; 5AWC A; 2FT3 A; 4KI6 A; 5IJC A; 2IFG A; 4FJL A; 1DCE A; 3WPE A; 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2Z7X B; 3TAB A; 4ARR A; 2ELL A; 2OMV A; 3E4G A; 4CC4 A; 4FJ5 A; 2AST B; 4ARN A; 2VJ4 A; 1OTO A; 1FS2 A; 1M10 B; 3J2P A; 3G39 A; 3J27 A; 4M7E C; 4QBZ A; 3QEX A; 1SQ0 B; 3SQ2 A; 4RL5 A; 2WFH A; 4QXE A; 4CNM A; 1W8A A; 3WPH A; 1XEU A; 3RWU A; 3OJA A; 1YRG A; 4ADN A; 2DEB A; 1PGV A; 2BNH A; 4KHU A; 3NCI A; 3WPD A; 1LTX A; 4BSR A; 5B0T A; 2JH8 A; 3TSR E; 4AY9 X; 4PEQ B; 3V7D B; 5CMN A; 3LDB A; 2DY4 A; 3L8B A; 4K17 A; 4EP9 A; 3SJJ A; 4Z8G A; 3SPY A; 4AI6 A; 4KNG A; 3G3B A; 5B4P A; 5HZL B; 2JH9 A; 3FXI A; 3RW7 A; 1IO0 A; 2RR6 A; 2P1P B; 1XVB E; 4PKI G; 3CFR A; 4LSA A; 4R07 A; 4HCC A; 1XMG E; 1XVE E; 2P1N B; 4XSQ A; 2OMX A; 4JRQ A; 1P8T A; 1DS9 A; 4LXS A; 2Z82 A; 4LSX A; 1M9L A; 2WQV A; 3C95 A; 4KHW A; 5IJD A; 4NKG A; 3PMH G; 4CP6 A; 4V2C A; 4PER A; 3A79 B; 2JE0 A; 1FT8 A; 4V2D A; 2P1Q B; 4AKI A; 2Z65 A; 2PFV A; 4R6J A; 4DU1 A; 1XKU A; 1FZ8 E; 4QNC A; 4C2B B; 4R6A A; 4R08 A; 1OGQ A; 2LF3 A; 2V9T B; 1FZ6 E; 4UFR A; 4EYW A; 3DZE A; 4R58 A; 3HGL A; 3WPG A; 4DTN A; 4FJJ A; 1G9U A; 3E4W A; 4BV4 R; 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