4M41A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-3 of primer/template duplex
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 325
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m41A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m41A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m41A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m41A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m41A03
4CHNA 3AVHA 4FLUA 3L2QA 3LWLA 2XRIA 4KTZA 1RT4A 2HNYA 4Z4CA 1L3SA 3G0ZA 4NCGA 1BCOA 4OVLA 4CJ5A 3NH2A 1X1PA 3V4IA 2Y1JA 3SUOA 4UQGA 4KB1A 2QKKA 2G8WA 5J1EA 4CGHA 4N76A 3SNNA 1TKTA 3TR8A 1NK6A 4KHSA 3E01A 3LZJA 3MECA 4I2PA 3CM6A 4QOZB 2BANA 4PY5A 1VSDA 3P5JA 1NJWA 1ZBUA 1XWLA 3LP0A 3QIPA 4DLEA 4FW1A 1CZBA 3B6OA 5FRNA 3HJFA 3ISNC 1RBRA 1I3AA 4FYDA 3HXMA 3HP9A 1HPZA 4CJTA 1XHZA 4FZXC 1RNHA 2OYQA 4JS4A 3B6PA 3S9HA 3HK2A 3CFRA 3HVRA 4E7IA 2OPSA 1HNIA 3AVIA 3LP2A 3O3FA 1NK5A 3TABA 2DFEA 2XO7A 1IKWA 2NUBA 4CHOA 1JL1A 5HRPA 1VK0A 1NKEA 1SL2A 1HJRA 1S1WA 3OS0A 4FJMA 3DOKA 1BCMA 4FCYA 3LPUA 1SKWA 4BDYA 1N6QA 1IKXA 3QO9A 1A5XA 4ZTFA 4CK3A 5J2PA 3NDKA 2EHGA 4CK2A 4O0JA 3DOLA 1C0TA 1TAQA 3ZT2A 4DG1A 1FKPA 4F4KA 5C42A 2GV9A 3L2WA 1S9GA 3QEVA 2Q3SA 2YNHA 2VWJA 2XHBA 5CZ1A 3TAMA 3VQQA 3WNEA 3ZSOA 4J2EA 4ZHRA 5KGXA 1JKHA 2HVHA 1L3TA 2IS3A 1KSPA 1T8EA 1VSMA 3KLHA 4IG0A 3K58A 4PA1A 3DLEA 4CFCA 4FM0A 1TL3A 4N5SA 4BDPA 2BGGA 1VSIA 1U49A 4F2RA 4CGIA 1NOYA 1RBSA 4Y1CA 3TI0A 3NF7A 4OPJA 3SUNA 1VSJA 4DTUA 3RMBA 2VWKA 3T1AA 2FC0A 3HPGA 4LH4A 4FJGA 3QIOA 4O5BA 5HRSA 4LSNA 3OYNA 3SV3A 3IRXA 1S9EA 1B92A 3K57A 4FLVA 4FLZA 2PYJA 1TKZA 4E1MA 3HVTA 4EZ6A 2X6NA 2PY5A 5FDLA 3C6UA 3VQ8A 3AVGA 3HL8A 5KRSA 4AHSA 4N56A 2D0CA 4CEEA 1GOCA 4KO0A 4OKJA 2R7YA 1R0AA 3HO1A 3V9WA 1RT2A 3WNFA 1BGXT 3O3HA 3DLRA 2AJQA 3NF6A 4HUEA 2ITGA 4B9MA 4FJ7A 4M3YA 2HVIA 4CERA 1ITGA 1BQNA 4CJQA 2QXFA 2G8KA 1NK0A 3MEEA 3ZSRA 3ZSXA 3I0RA 4CIEA 3TWHA 1VSHA 2IGIA 1NK7A 1WNSA 1WLJA 5D3GA 4DSEA 1J5OA 2HHSA 4PQUA 1RDCA 4LH5A 4B9LA 5KI6A 4I9LA 4F8RA 4M3XA 4W5TA 3ZSWA 3ULDA 5CYMA 2A1RA 2Z1GA 4AHUA 4DTJA 3HT3A 2PZSA 3DLBA 4RW4A 1BL3A 4Z4IA 4B3OA 3ZSYA 4CJWA 2FBXA 2VG5A 4L8RB 1D9FA 4KREA 5CY4A 4OKEA 3U3YA 1TAUA 2YKNA 1SV5A 3PO5A 3QLHA 4CHZA 2P51A 1QSLA 4FJHA 2HNDA 2G8FA 3DRSA 2HHQA 1CLQA 1KFDA 3LALA 1NOZA 3EY1A 4E7KA 4Q0BA 4DU4A 4KTQA 2F96A 1SKRA 4QCLA 3LAKA 3VQBA 3KIOA 4CJSA 4CEZA 1JLBA 2YKMA 1RT1A 1WSJA 3VQ7A 4AHTA 3NE6A 1CZ9A 4KHUA 3M8RA 4PWDA 1KVBA 1YTUA 4OKKA 4CIGA 4CHPA 2KW4A 3NGYA 3QEIA 4CEOA 5SZTA 1S6QA 2ATQA 3NGZA 3RRHA 4JS5A 3V1QA 3AO1A 4LSLA 4OJRA 1RT3A 4CCHA 4DQIA 3KLFA 4M3TA 4Y1DA 3L2VA 4CF9A 1LW0A 3DLGA 3V81A 5FROA 1WAFA 3MXIA 3T19A 3VN5A 3NAEA 3QINA 3MEDA 1SL0A 5T7BA 1CXUA 2E6MA 4O0IA 3EYZA 4FJJA 4CJRA 3L3VA 3A2FA 4H4OA 1ZBFA 1L3UA 3IS9A 3LDSA 1O1WA 2G8HA 4C8KA 2D0BA 4KHWA 4PUOA 2DFFA 4B9UA 3KLIA 2KQ2A 4M41A 3AVAA 4AH9A 3ITHA 1T03A 1KLMA 3ZT0A 4DQQA 3SQ0A 1Q9YA 4DWIA 1UA1A 3VQCA 4CEFA 3PO4A 3S3MA 4ELTA 3JYTA 4NYNA 4NCBA 4B8CA 1EKEA 3SUPA 2I5JA 3VQEA 4E1NA 4FLYA 3QETA 1YVUA 5DMRA 2FBTA 1T05A 4DTNA 2ZD1A 3LPTA 4IDKA 5I3UA 3RRGA 2ZE2A 1WSEA 1XC9A 4ELUA 3WNGA 3ALYA 2IC3A 2HHVA 1HQUA 4W5OA 4WE1A 2RN2A 1FXXA 1GOAA 5E41A 2RKIA 3OYKA 4BE0A 4RW9A 4H8KA 1KLNA 1RBUA 3V9UA 3SZ2A 4M3ZA 4DFMA 4RW7A 1BI4A 3C94A 3KK1A 3D45A 4E7LA 3LANA 3F9KA 4KFBA 3P1GA 1Z26A 4AHVA 1D5AA 1SKSA 3QERA 3MAQA 1D9DA 3DRRA 3NBPA 4CFAA 1QSSA 5K14A 2P1JA 4BACA 1T7PA 3V6DA 4DU1A 2GBZA 3S3NA 1UA0A 3QEPA 1BQMA 4Z4EA 3AO5A 4DTMA 4W5RA 4IFVA 4LY7A 1ZYQA 1C0UA 2PYLA 3AO2A 3DRPA 2JLEA 4FJLA 3ZSVA 4DF4A 2YNIA 4CGFA 3RMDA 2YHAA 1NJXA 1ASUA 1C1AA 3NCIA 1RBVA 2Z1IA 3OYCA 1U47A 3BGRA 4B9TA 2HHXA 3V1RA 5HP1A 3SV4A 4E19A 3TAGA 2YV0X 4CJ4A 4DFKA 4C8LA 1RT7A 2G8VA 2ZQBA 3TARA 1VSFA 3K5OA 4KI6A 3V9XA 1QTMA 4KHYA 1C0MA 4CGJA 5SWMA 4HUFA 1HQEA 3THVA 1SL1A 1LV5A 3PY8A 3LAMA 3VQ9A 3L2UA 4W5QA 4FZYA 2OZMA 3OYAA 4O4GA 3RR7A 3OYIA 1KRPA 3RMCA 4FJXA 4B08A 3T3FA 5J2QA 4ICLA 1BI4B 1U48A 1LW2A 4FJ5A 2LSNA 1NJYA 2GUIA 4KB0A 2P5GA 1EP4A 3HM9A 1ZBIA 4O55A 4R5PA 3AO4A 3K2PA 3PV8A 4C8MA 4M3RA 1BIUA 1NKBA 4B9NA 4I2QA 1LAWA 1TGOA 3AA3A 2HNZA 4FK0A 1Y97A 4DSFA 3O4NA 3AVNA 3HYFA 4CE9A 3FFIA 1TKXA 4EZ9A 1EXQA 3C6TA 4EP5A 3AVKA 2HHTA 4OLAA 2X6SA 3ZT4A 4HVJA 4FZZA 4C8NA 4RW8A 3NGIA 4MFBA 5HBMA 4AHRA 1IG9A 4BWJA 1MU2A 4IBNA 1QHTA 3ZSZA 4O44A 3HP6A 4DS4A 4G1QA 3DLHA 1DTTA 2XY6A 3CG7A 1GOBA 5HLFA 4HHTA 1KFSA 1HRHA 3OJSA 3V9ZA 3VQ4A 3KKSA 3WNHA 3KJVA 1X9SA 1BHLA 1TV6A 4KV8A 3AA5X 3H08A 3AO3A 1JLCA 1S1UA 4Z0UA 5FRMA 1IKYA 3K5NA 1C1CA 1KVCA 5I42A 1JXEA 1J54A 3DM2A 2E6LA 4JLHA 3MXJA 4CHYA 2DTUA 2YNFA 2KTQA 4KPYA 3IAYA 4CJUA 1RT5A 1QSYA 5KGWA 2O4GA 3OS1A 1I39A 2RPIA 3CFPA 3CQ8A 1REVA 2W42A 3CFOA 1JLAA 5JS2A 1EETA 4N41A 3VA0A 4DLGA 1KVAA 2HW3A 3LZIA 2A1SA 1WAJA 3ZT3A 3K5LA 4DMNA 4M3UA 3BDPA 2HB5A 5CZ2A 4OLBA 4DQSA 1FKOA 2EX3A 1NK8A 4M3WA 1LWCA 5HRRA 4KRFA 1A5WA 1RTHA 1WSIA 1FK9A 3PUFA 3PX6A 1C1BA 4M42A 1XHXA 3QESA 4DU3A 1Z25A 3MEGA 4E89A 3OYDA 3K59A 3OVNA 1TVRA 3F73A 3AVFA 4F2SA 1QS4A 4CJ3A 1RTIA 4J2BA 2FBVA 3SQ2A 2P5OA 4B9SA 1JLQA 3KLGA 3AVMA 3LP1A 4KHQA 2OPRA 4BE1A 2B6AA 2OPQA 3L8BA 5J2MA 3DMJA 2KFZA 4E7HA 3SJJA 4FLWA 2F8TA 3SUQA 1KTQA 4K8XA 3OYGA 4CJEA 1RDBA 1VSLA 3CM5A 5KRTA 3VQ5A 1RILA 3QNOA 3TAEA 1QQCA 2DFHA 1X9WA 3QEWA 4J2AA 3AVCA 3OYEA 3O4QA 1YT3A 4AHCA 1NK4A 1XI1A 4E3SA 3IG1A 4BDZA 2D5RA 4CFBA 1SUQA 4FM1A 4B8AB 2VG7A 2Z1HA 1Q8IA 1NJZA 1U4BA 4I7FA 4FJ8A 1ASVA 3L3UA 1J9AA 2E4LA 4FW2A 1B9FA 4YFUA 1ZBHA 1IO2A 2G8IA 4CJLA 2D0AA 3ZSQA 1NKCA 4FJ9A 1HYVA 1S6PA 1RCHA 3M8QA 2FBYA 3S3OA 3OJUA 1UOCA 4CJFA 3OYBA 4FVMA 3KLEA 1X9MA 1RBTA 1RDAA 3TANA 3P83D 3VQPA 4JRQA 1S1VA 3I8DA 1D8YA 1LAVA 1JXBA 1VSEA 4DTPA 2ETJA 1N5YA 2IDOA 4BWMA 5HRNA 3D0PA 4Z4FA 4FK2A 1TL1A 1WSHA 4CJPA 1IKVA 4CF0A 4HCBA 4ZTJA 4CF1A 3V9SA 4CF8A 5C25A 3SPYA 4FJIA 2WONA 4OGCA 4DTOA 2KFNA 4CJKA 1F21A 3DI6A 4GVMA 3VA3A 4FK4A 1YTAA 2KZMA 4IFYA 1RT6A 4CGGA 2B4JA 4OPKA 4DF8A 5KTQA 1DLOA 3AVBA 3LP3A 3RTVA 1BIZA 3O3GA 1W9HA 3SQ1A 3TAFA 3DLKA 1A5VA 2DY4A 3DYAA 1B9DA 4C8OA 4F3TA 4DTRA 2X74A 3OYFA 2VG6A 3RWUA 3VQ6A 1TK0A 3ZT1A 2KZZA 4NCAA 4DFJA 4BE2A 3L2RA 2G8UA 4AILC 5CYQA 2Z1JA 3V1OA 1RDDA 1VSKA 4OGEA 4TSXA 4CEAA 4E7JA 3U6FA 2XY5A 2OZSA 2BDPA 1TKDA 4DTSA 4RW6A 4HTUA 3VQAA 4Z4GA 3QNNA 2XY7A 1L5UA 4HUGA 2F8SA 1KCFA 4FLTA 1NK9A 3NF9A 2Y1IA 4F3OA 2OPPA 4CECA 1JLEA 3HSTB 5DK5A 4IG3A 2IAJA 2YNGA 4GMJB 4N47A 3EZ5A 3OS2A 1WSGA 1S1TA 2WOMA 3OYJA 4CHQA 2HHUA 4KHNA 3RMAA 3NF8A 3ZCMA 4FM2A 3NFAA 4M45A 3U3GA 1WSFA 4ID1A 3KKRA 5JS1A 3KD1E 1BISA 1HNVA 1VRTA 4Z4HA 1RTDA 1W0HA 3SI6A 1UWBA 4QAGA 3NH1A 4B9VA 4NYFA 3NH0A 4I9QA 4DS5A 3OYHA 4XIUA 3I0SA 1TK8A 2JGUA 1LWFA 4HCCA 3TAQA 1VRUA 1G15A 4DSLA 3RR8A 4CESA 3G10A 1JLFA 4W5NA 4CF2A 3UIQA 3AVLA 4GW6A 1CXQA 4EP4A 3KK2A 4DQRA 1JL2A 2BE2A 4CEBA 4LD0A 4Q5VA 3KK3A 4KTWA 1UAXA 3LWMA 2HHWA 4H4MA 5HROA 3AV9A 3AA2A 1DTQA 4E0DA 1ASWA 4IKFA 1U04A 2RF2A 4ID5A 3PX0A 3QEXA 3JSMA 2X78A 3SQ4A 1HMVA 4CFDA 5J2NA 4RG8A 4DSIA 3PX4A 1J53A 3SYZA 1RTJA 1S1XA 2IOCA 1QE1A 5C24A 4CIFA 1IH7A 3M8PA 1L3VA 2OA8A 4CK1A 4DFPA 1ZBLA 4KKOA 3HPHA 3NHGA 4FXDA 3CYMA 4CEQA 4CJVA 4FJKA 2QK9A 2HMIA 4DSJA 2O4IA 3ASMA 3TAPA 1TK5A 3OYMA 3KD5E 1EX4A 2XY8A 4J2DA 4ELVA 2QKBA 1HYZA 2B5JA 4MQ3A 1S5JA 3AVJA 4K8ZA 4YNQA 1LWEA 1WN7A 2YHBA 4CEDA 3OYLA 4CGDA 3HPOA 3SCXA 4DSKA 4FJNA 4FLXA 4KI4A 3AA4A 3OY9A 4JRPA 1JLGA 4DQPA 4KAZA 3MXMA 1K6YA 3KTQA 4DTXA 1C6VA 3K5MA 1U45A 3C95A 1Q9XA 5EU7A 3VQDA 1HYSA 3M8SA 3SPZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TSU A;  3L2Q A;  5IRE A;  4KTZ A;  4H0O A;  4Z4C A;  3NH2 A;  4OVL A;  2Y1J A;  4KB1 A;  3WT0 A;  3PLA A;  5J1E A;  3SNN A;  1QZ6 A;  4H0Y B;  4IEI A;  1OH6 A;  3GBT A;  3CM6 A;  1NGD A;  2BAN A;  4IO9 L;  4PY5 A;  3MCP A;  2RHK A;  4CD3 A;  1NMD A;  3LP0 A;  3QIP A;  4FW1 A;  5JVH L;  3GOI A;  3G25 A;  1CZB A;  5M1K A;  5FRN A;  1I3A A;  3HXM A;  3CCQ N;  1HPZ A;  1XHZ A;  2JWL A;  2OYQ A;  1XVF E;  4L3Q A;  3O3F A;  3IFR A;  5AQS A;  2DFE A;  2XO7 A;  3O9S A;  4AM6 A;  4X65 K;  3O9T A;  5HRP A;  2HD0 A;  3CQX A;  3U4L A;  1P90 A;  1HNW K;  1MWK A;  1BCM A;  1DEJ A;  5EX5 A;  1Q18 A;  4LF5 K;  2BUP A;  1IKX A;  3VF4 A;  1A5X A;  1YI2 N;  1VHX A;  4CK2 A;  4O0J A;  3DOL A;  5FPE A;  1C0T A;  4B3T K;  1TAQ A;  3M1F A;  4GV3 A;  2NNW A;  2QA4 N;  2GV9 A;  4DHY A;  2YNH A;  2VWJ A;  2XHB A;  3VQQ A;  3CJ7 A;  4RNG A;  4B9Q A;  1T8E A;  3SJH A;  1VSM A;  3DLE A;  5TKY A;  1VSI A;  1U49 A;  5LMU K;  1XC3 A;  1EO1 A;  3JS6 A;  3HSC A;  3PSF A;  4DTU A;  1BU6 O;  3T1A A;  2FC0 A;  3L6Q A;  5LMN K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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