4M41A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-3 of primer/template duplex
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m41A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m41A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m41A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m41A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m41A03
1BQMA 4OKEA 1Y97A 4CGDA 3S3MA 4C8NA 3I0SA 4DWIA 3ULDA 4IFVA 5SZTA 2WOMA 1UA0A 1L3TA 4B8AB 4H4OA 4EP5A 1CXQA 1Q9YA 3MXJA 3ZSXA 4F2SA 3ZSOA 3SPYA 3U6FA 3QNNA 2P5GA 4CFAA 4ELTA 4CEEA 3CYMA 4B9NA 4M3ZA 4FM1A 4OGCA 4CHZA 4HUFA 3V9ZA 4N76A 3CQ8A 1DLOA 1KFDA 1X9SA 3QIPA 3VQ4A 4DTPA 2A1SA 3RWUA 1SV5A 3ZSZA 1RT5A 1VSFA 4KREA 1ZBLA 3NBPA 4CEZA 4M3XA 1RBRA 4DFKA 3S9HA 1BL3A 3NF7A 3RMAA 3K59A 2X78A 1XHXA 1J53A 4DTMA 3DYAA 3MEEA 3VQAA 4DMNA 3LWMA 3F73A 1NKCA 3JSMA 1QQCA 3P83D 2ITGA 3T3FA 4B9UA 4NYNA 2RN2A 3NF9A 5FRNA 5KGXA 4FJ5A 3AO4A 1RBVA 3V9UA 2YNHA 1IO2A 4GVMA 4FJNA 1JLAA 3B6OA 3L2QA 1S5JA 1KTQA 1VSMA 3NFAA 3K5OA 3NF8A 3TANA 2HNZA 4CJ3A 4CCHA 4LH5A 4CJKA 3QLHA 4CHYA 2EX3A 2Z1HA 3VQEA 4CEDA 1TKXA 3FFIA 4CJRA 3KLFA 4W5QA 3V81A 2FBTA 1VSDA 1D9FA 1I3AA 3DLKA 1VSJA 4UQGA 4L8RB 3TR8A 4N56A 2G8KA 1WSGA 2YKNA 4I9QA 1DTQA 3C95A 3MEGA 1WN7A 4O4GA 4J2BA 4ZTFA 1QSYA 3EZ5A 4Z4HA 1R0AA 1KLMA 3RR7A 3VQDA 4BACA 4FJMA 4DSIA 5I3UA 1JLCA 1XI1A 4DF8A 5HBMA 1KCFA 4F4KA 2KW4A 3AVGA 3HP9A 1LW0A 5K14A 3LANA 3ZT1A 4AHUA 4B8CA 4Z4FA 4HTUA 2P51A 1GOAA 4H8KA 3AO5A 3NGIA 2FBYA 3AA3A 3KLIA 4ZHRA 3KK2A 4CHOA 3VA3A 1KSPA 3V1RA 4IKFA 3SQ1A 2XO7A 4CGIA 1NKEA 2G8FA 4RW6A 4WE1A 3AA2A 3NH1A 4M3UA 4FZYA 3OYDA 3SPZA 2KFZA 3PUFA 4DF4A 4CEAA 4DQRA 1LAWA 2D0CA 3ALYA 4FJLA 4DTJA 3MXMA 3LALA 1S6QA 3KD5E 3AA4A 1BI4B 1HJRA 2QXFA 3DI6A 1U47A 3JYTA 4H4MA 1RDDA 1WSJA 4FLXA 4DTSA 4FVMA 4IFYA 1A5VA 1ZYQA 1IKXA 1C1BA 1ITGA 5D3GA 3ZCMA 4CF2A 3O3GA 1TKTA 4CJFA 3AO2A 3HT3A 1T05A 4AHCA 4CIGA 4CF9A 1WSEA 1BISA 2PZSA 3WNHA 2RKIA 4MQ3A 1KRPA 2HHTA 4CEQA 4FK2A 1RDCA 3SUQA 1C0TA 3UIQA 3ITHA 1XHZA 2FBXA 3MECA 3KD1E 4R5PA 3NAEA 2OPSA 3VQ6A 1RT7A 3C6UA 4CF8A 5C25A 3V9XA 1C1AA 1XWLA 1Q9XA 2JLEA 3E01A 4CESA 4CJWA 3TABA 2OYQA 4BDZA 4E3SA 5JS2A 1W9HA 4NCBA 3NCIA 4ELVA 5HRNA 3M8QA 1B9FA 2E6LA 1KVBA 4CIFA 3OYKA 1SL0A 4E0DA 3TAMA 3KKSA 4C8LA 3O3HA 4DFMA 3MEDA 4DU4A 1G15A 3VQQA 4CHNA 2YNIA 1SUQA 4HUEA 4DQIA 2HHVA 1WSFA 2HHXA 4J2EA 4JS5A 2Z1GA 4FW2A 4JRPA 4KTWA 2B6AA 1RILA 2DFFA 4DTUA 4AHRA 4HHTA 3VQ7A 1U49A 1HNIA 2X6NA 4E7LA 3G0ZA 4Z4GA 1VSHA 2HB5A 1U48A 3BDPA 2B5JA 1NOZA 4M41A 3OYBA 4KHQA 2FC0A 4FXDA 4FYDA 1L3SA 4K8XA 3T19A 4Q5VA 3C6TA 3I8DA 4OKKA 4HCBA 3OS2A 5FRMA 2ZQBA 4CERA 3OYIA 4KB0A 3WNFA 2NUBA 3ZT0A 3PX4A 4DU1A 4BWJA 4CJTA 4PQUA 2HHQA 2KZMA 1QE1A 2BGGA 2HHUA 3AO3A 4CJUA 3OYJA 1UA1A 1X9WA 3AVFA 1TKDA 3V9WA 3HSTB 4OPJA 1RT2A 3QIOA 3HK2A 4IG0A 3AVMA 2Q3SA 4KHUA 4QCLA 4CK2A 1QS4A 4XIUA 4CEBA 1T7PA 4YFUA 2YV0X 4Z0UA 3L2RA 5KRSA 1WSIA 4C8OA 1FKOA 3V1QA 3SUPA 4DTOA 1IKYA 4Z4IA 4FLVA 4F3TA 1JLBA 4M3YA 4CJSA 4NCAA 3VQBA 2BANA 3CFPA 3SCXA 4KI4A 3DOKA 1QHTA 3SV3A 3H08A 1C6VA 1RT1A 3ZSYA 4CJQA 4M3RA 4E1MA 4OPKA 5J2QA 2G8WA 3TAEA 1IKVA 3DRPA 2QKKA 4QOZB 1GOBA 3VN5A 3PX0A 3AVCA 4B9TA 4F8RA 4DFPA 4CGJA 1S1WA 4HUGA 4E7IA 3AVJA 3HO1A 2KQ2A 3AVLA 1VSKA 4Y1CA 3V1OA 1JXBA 5KRTA 1TKZA 1TAUA 3SQ4A 3OVNA 5HLFA 3AA5X 4CEFA 1LWFA 4EP4A 3NE6A 1HYVA 2O4IA 4LSNA 2WONA 4W5TA 4ZTJA 4IDKA 4B9MA 1VSEA 3HXMA 3OJSA 4N41A 3V6DA 1RDAA 3KK1A 2QK9A 1CXUA 3TAFA 4FLWA 2QKBA 4CHQA 4FLYA 4BWMA 1WAJA 5FDLA 3PX6A 3VQ8A 3V9SA 4E7HA 1RTIA 1RTDA 4G1QA 4DSFA 1ZBHA 3PO4A 2O4GA 4DG1A 4FZZA 4I9LA 3LAMA 1NKBA 2HVHA 3ZSVA 3WNGA 4BE2A 2F8SA 1BQNA 1BCMA 4ICLA 4DSKA 1NJZA 4N5SA 4B3OA 4B9SA 4PWDA 3O4NA 2R7YA 1LAVA 3QESA 3K5LA 5KGWA 4I2PA 1DTTA 1UWBA 2A1RA 4CJ4A 2Z1IA 4KHNA 3OS1A 1EETA 3LP0A 4OLBA 1Z26A 3OYMA 1RTHA 3MXIA 1VRTA 5CY4A 1WLJA 1SKRA 4BDPA 1RBUA 4B9LA 5DMRA 2DFHA 4EZ6A 3OYGA 1S6PA 3KJVA 3SYZA 4KRFA 3HPOA 4DLEA 1CZBA 3K5MA 2XY6A 1D5AA 4OLAA 1VRUA 3LAKA 3SQ2A 3A2FA 1KVAA 4RW4A 4NYFA 3VQPA 5HROA 4J2AA 1ZBFA 4E89A 4FLZA 4FLUA 3P5JA 4W5RA 1TVRA 3AVAA 1NK7A 4DS4A 4KAZA 3CG7A 1FK9A 3I0RA 4KFBA 4FK0A 4FJXA 1EX4A 4CE9A 3QERA 3AVKA 3OS0A 1HQEA 3L2WA 4FM0A 2EHGA 2X74A 2DFEA 3ISNC 3B6PA 4RW8A 4FJIA 2P1JA 1NJWA 4KTZA 3CFRA 3OYAA 1X9MA 4FZXC 3DLGA 5CZ1A 4ID1A 2KFNA 2GBZA 3DRSA 3ZSRA 4W5OA 2G8HA 4YNQA 3DLRA 4FJ8A 3K2PA 3O3FA 1TAQA 1K6YA 2AJQA 2Y1JA 3T1AA 3SZ2A 4FCYA 1S1XA 4NCGA 4IG3A 2VG7A 4M3WA 3QEXA 2IDOA 2YNGA 4W5NA 3NH2A 1F21A 3HM9A 3NHGA 3ZSQA 1JKHA 2DTUA 1LW2A 4DTRA 3THVA 3KKRA 1RT6A 1ZBUA 2YKMA 4M45A 4OVLA 4AHVA 3SQ0A 4DTNA 3S3NA 1D8YA 3QETA 3CFOA 1MU2A 1KFSA 3LP3A 3QEPA 3IG1A 4CJPA 1QSSA 3HL8A 4CJLA 4CGGA 1RNHA 1HQUA 1I39A 3TWHA 2I5JA 1GOCA 1U4BA 2E6MA 3HP6A 2BE2A 4CGFA 1S1VA 4KTQA 5KTQA 5CYQA 2VWJA 4IBNA 3V4IA 3TAQA 5I42A 3G10A 5DK5A 3KLHA 4BE0A 3LP1A 5T7BA 5C42A 1RT4A 1WSHA 4DU3A 3SUOA 1FXXA 3OYNA 1SL2A 4DLGA 4AH9A 2G8IA 1SKWA 1NK0A 2D0BA 2F96A 2IS3A 2XHBA 3IAYA 3LP2A 1RT3A 3VQ5A 4DSJA 2OZMA 4OJRA 1N6QA 4LD0A 4KKOA 5C24A 1S9GA 1A5WA 3SV4A 1TK8A 3AVBA 3C94A 3SNNA 1YT3A 1HPZA 1U04A 4Z4EA 2KZZA 4PY5A 2FBVA 4KV8A 1YVUA 1B92A 1CZ9A 3QEVA 4ID5A 3ZT2A 5E41A 3NDKA 2D5RA 2RPIA 2OPRA 2HNYA 3LZIA 3NGYA 2G8VA 2XRIA 4KHYA 4FJGA 3EYZA 2IAJA 4CJ5A 3HVRA 4E1NA 4CJEA 1RBSA 3M8SA 4BDYA 3HPGA 1VSLA 1Z25A 3PV8A 1HRHA 1HNVA 1J54A 3DLEA 3TAPA 2X6SA 5J2NA 4AHSA 4CK3A 2XY5A 1NK6A 1QTMA 3QNOA 1YTUA 5JS1A 5CZ2A 3S3OA 4KPYA 2HNDA 1ASWA 3LZJA 3LWLA 3TARA 2DY4A 1TK5A 3OY9A 1ASUA 4CECA 4DS5A 4E7JA 4OGEA 4CGHA 4JLHA 1JL2A 1KLNA 4I7FA 1HMVA 4O0IA 3OJUA 2JGUA 4DQQA 4O44A 4FJ7A 2PYJA 3CM5A 2XY7A 1D9DA 3U3YA 1JLGA 1QSLA 3SJJA 1JLFA 2W42A 1NK5A 5EU7A 3LDSA 4FJKA 3DLBA 3AO1A 1CLQA 1NOYA 1TGOA 2GUIA 4FW1A 4Y1DA 3IRXA 1N5YA 3ZT4A 3KTQA 4M42A 3ASMA 4LY7A 4B9VA 2E4LA 1WNSA 4JS4A 2GV9A 4KHSA 3MAQA 3VA0A 3O4QA 4O0JA 4DQSA 2HVIA 1S1UA 1L3UA 1C0MA 3D45A 4DFJA 3L3VA 4CHPA 4MFBA 2ZE2A 3HJFA 3RRGA 1JLQA 2IC3A 4N47A 1C1CA 3SI6A 1EKEA 3NH0A 4RG8A 3OYHA 1NK4A 1NJYA 1C0UA 2LSNA 4KB1A 1TK0A 3OYEA 1U45A 4FJ9A 1X1PA 3KIOA 3QO9A 2PYLA 4EZ9A 3SUNA 4J2DA 1LWCA 2XY8A 4LSLA 1TL3A 1NJXA 1BIUA 1REVA 2Z1JA 4CEOA 4C8KA 3TAGA 1VSIA 2VG6A 2ZD1A 2KTQA 2Y1IA 1L5UA 3RMBA 1IH7A 1IKWA 1BIZA 3IS9A 4O5BA 3NGZA 1TV6A 2YHAA 3RMCA 2ETJA 2YNFA 4O55A 1S1TA 1J5OA 1JL1A 2VWKA 5J2PA 3NF6A 4DSLA 1RBTA 5KI6A 5HRPA 1IG9A 4GW6A 4AILC 3L3UA 4CF0A 3LPUA 3M8PA 4I2QA 3RTVA 3PY8A 3CM6A 4FK4A 3DOLA 4GMJB 4QAGA 5HRRA 4E7KA 2HHSA 3L8BA 4FJJA 5HRSA 2D0AA 3AVIA 2BDPA 4FM2A 4DTXA 3KK3A 5J2MA 3RR8A 3BGRA 1RCHA 2VG5A 3VQCA 3L2UA 1HYZA 1BI4A 3OYFA 3K5NA 1SKSA 5CYMA 1HYSA 1RTJA 1S9EA 5HP1A 1BHLA 2OA8A 4Q0BA 3LPTA 3ZT3A 1NK8A 1EP4A 1A5XA 4CFBA 3KLEA 1YTAA 3KLGA 1BGXT 4HVJA 3RRHA 1RDBA 1ZBIA 1UOCA 2HW3A 3HYFA 2IOCA 3ZSWA 4CK1A 3K57A 2OPQA 4CFDA 2OPPA 1XC9A 3D0PA 4LH4A 1JLEA 3DLHA 4BE1A 1Q8IA 4KHWA 3OYLA 3QEWA 3DMJA 1BCOA 4K8ZA 2IGIA 4TSXA 2HHWA 1UAXA 1W0HA 4HCCA 3HPHA 4CFCA 1LV5A 3F9KA 2ATQA 1WAFA 2B4JA 3DM2A 3K58A 4PA1A 1NK9A 4CJVA 3U3GA 1SL1A 4RW7A 3RMDA 5SWMA 1J9AA 2OZSA 2PY5A 2YHBA 3QINA 3TI0A 2P5OA 5FROA 3M8RA 4C8MA 3AVNA 1EXQA 4CIEA 3L2VA 1T8EA 1KVCA 3DRRA 3HVTA 4ELUA 4OKJA 4F3OA 4RW9A 4JRQA 2G8UA 1L3VA 2F8TA 4Z4CA 1JXEA 3EY1A 1FKPA 4FLTA 3P1GA 1O1WA 4AHTA 5J1EA 1T03A 4CF1A 4F2RA 1LWEA 4KO0A 4E19A 3AV9A 2HMIA 3PO5A 3QEIA 3AVHA 4B08A 4PUOA 4DQPA 4M3TA 3OYCA 1TL1A 1B9DA 1VK0A 3VQ9A 2RF2A 4FJHA 4DSEA 1ASVA 4KI6A 3WNEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OKEA 1TUUA 4CGDA 4JKFA 4C8NA 3I0SA 2IVNA 3C7NB 1XNQK 4JD2B 4FVUA 1CXQA 3U9DA 3ZSOA 3SPYA 3SMPA 5LJWA 3VF6A 2JHCA 4BGAA 4B9NA 4FM1A 4OGCA 4CHZA 4HUFA 2WTUA 1YHQN 3C6AA 1SV5A 1RT5A 4FO0A 3NBPA 1FZ8E 4LFBK 4A2BA 3MX5A 4M3XA 1KC8O 5M1QA 3EN9A 3VQAA 4DTMA 1NKCA 2B7MA 4BRAA 2ITGA 3PSFA 1X3NA 1RBVA 3V9UA 2YNHA 1JLAA 3B6OA 4CD1A 2A40A 3NFAA 1Q82O 3J81O 3NF8A 3TANA 4CI6A 4CHYA 2EX3A 2Z1HA 2P9IB 4CEDA 4CJRA 5TKWA 2FBTA 5FPEA 1VSDA 1D9FA 4JI5K 3WEEB 4UQGA 3MEGA 1QSYA 4O4GA 3BZKA 4JEPA 3EZ5A 2DPNA 4FWKA 2FSJA 4DUYK 3G25A 5BRDA 4B3MK 5AQYA 5I3UA 1XI1A 5HBMA 5EVZA 1KCFA 4F4KA 2YI1A 5K14A 2V52B 3GBTA 4K42A 3SBTA 4HTUA 2P51A 1GOAA 3NGIA 3A0IX 3D2EB 3SQ1A 3E66A 4CW7B 4JV5K 1BO5O 1GLCG 3PUFA 4L8RB 4JKAA 1SZ2A 4I6MA 3DI6A 3UE5A 2HHHK 3RSEA 1X3MA 1ZYQA 1A5VA 5AZIA 1VQ8N 5D3GA 3ZCMA 3O3GA 1TKTA 5JLHA 5M1NA 3HT3A 1QVGM 2YJFA 1KD1O 5ELZA 3WNHA 4B3RK 2O8DA 1K73O 1RDCA 3MECA 1RT7A 1C1AA 3U4LA 1XWLA 3TABA 2OYQA 4KH6A 4E3SA 5HRNA 3M8QA 1B9FA 4CIFA 3F2KA 3OYKA 1SL0A 2NRRA 3EL2A 4BVOA 4C8LA 3TTCA 3O3HA 4DFMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OKE A;  1TUU A;  4CGD A;  4JKF A;  4C8N A;  3I0S A;  2IVN A;  3C7N B;  1XNQ K;  4JD2 B;  4FVU A;  1CXQ A;  3U9D A;  3ZSO A;  3SPY A;  3SMP A;  5LJW A;  3VF6 A;  2JHC A;  4BGA A;  4B9N A;  4FM1 A;  4OGC A;  4CHZ A;  4HUF A;  2WTU A;  1YHQ N;  3C6A A;  1SV5 A;  1RT5 A;  4FO0 A;  3NBP A;  1FZ8 E;  4LFB K;  4A2B A;  3MX5 A;  4M3X A;  1KC8 O;  5M1Q A;  3EN9 A;  3VQA A;  4DTM A;  1NKC A;  2B7M A;  4BRA A;  2ITG A;  3PSF A;  1X3N A;  1RBV A;  3V9U A;  2YNH A;  1JLA A;  3B6O A;  4CD1 A;  2A40 A;  3NFA A;  1Q82 O;  3J81 O;  3NF8 A;  3TAN A;  4CI6 A;  4CHY A;  2EX3 A;  2Z1H A;  2P9I B;  4CED A;  4CJR A;  5TKW A;  2FBT A;  5FPE A;  1VSD A;  1D9F A;  4JI5 K;  3WEE B;  4UQG A;  3MEG A;  1QSY A;  4O4G A;  3BZK A;  4JEP A;  3EZ5 A;  2DPN A;  4FWK A;  2FSJ A;  4DUY K;  3G25 A;  5BRD A;  4B3M K;  5AQY A;  5I3U A;  1XI1 A;  5HBM A;  5EVZ A;  1KCF A;  4F4K A;  2YI1 A;  5K14 A;  2V52 B;  3GBT A;  4K42 A;  3SBT A;  4HTU A;  2P51 A;  1GOA A;  3NGI A;  3A0I X;  3D2E B;  3SQ1 A;  3E66 A;  4CW7 B;  4JV5 K;  1BO5 O; 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