4M41A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-3 of primer/template duplex
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 325
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m41A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m41A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m41A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m41A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m41A03
3RRGA 1MU2A 4KHSA 3QIOA 1Y97A 4N5SA 1I3AA 2G8KA 1DTTA 3AVJA 2HHTA 1WAJA 1GOAA 4DSKA 4CJTA 1L3VA 1CXUA 1FKPA 4KV8A 3VQ5A 3I8DA 1Q9XA 2RKIA 3PUFA 4CJ3A 3MAQA 3SUPA 1BL3A 1JXBA 2OPSA 3OVNA 1LV5A 4W5NA 4DS4A 4HUEA 1RTHA 4CERA 3VQ6A 1JLAA 2X6SA 1YVUA 3OYBA 1UWBA 2G8FA 3AVLA 3KKSA 4AH9A 2YNFA 4I2QA 3L2WA 4FJHA 3HJFA 1O1WA 2HVIA 3HPHA 2HNYA 5HP1A 4LY7A 4O0JA 5KGXA 5KRTA 2FBXA 5E41A 4CF1A 1T7PA 3OYLA 4GVMA 3TAFA 3VQ4A 1VSIA 3LAKA 4DLGA 4FJNA 1KVAA 3SUOA 3KD1E 1C0UA 2XY8A 4OPKA 2A1RA 1ASUA 4KO0A 5CZ1A 3V9XA 3OY9A 1NK4A 2ITGA 4CF8A 1EKEA 1RT1A 2RPIA 2YKMA 4RW7A 3K5LA 4IDKA 3NGZA 1XHZA 4KI6A 4E7KA 1NJXA 3KLHA 3MEEA 3LWMA 4KHUA 4CJWA 4FCYA 4FJ5A 2YHBA 1RDAA 1ZBUA 3OS2A 3THVA 3NGIA 3ZSYA 3RMBA 1QQCA 1GOBA 2ZD1A 1KVBA 3T19A 4YFUA 3NBPA 3ZSOA 2KZZA 4M3UA 1U48A 3AVFA 1LWCA 3PX6A 3TAPA 1RTJA 4F2SA 2O4GA 3NF6A 4OKJA 2EHGA 3SQ1A 3L3UA 4RG8A 3K5MA 3TAQA 3MXIA 4FZZA 1ZBHA 2QK9A 1IG9A 4ICLA 4FJLA 1S1TA 4CE9A 3KKRA 4LSNA 4F8RA 3V1RA 3NFAA 1L3TA 1C0TA 3OYNA 3C95A 5CYMA 5FRNA 2P5GA 4ID5A 4NYNA 4HVJA 4DQQA 4IFVA 1TKZA 3CG7A 1BIZA 1BQNA 1TKDA 3AO3A 1HNVA 4DQIA 1TL1A 1JXEA 1LAWA 3OYHA 1VSEA 1XHXA 3PX0A 3TABA 4FK4A 1GOCA 1LAVA 3SQ2A 4NYFA 3LANA 3VQPA 4CEDA 4CEFA 4CK1A 4HTUA 2OPPA 2YNHA 3HVTA 3PO5A 4J2DA 4IG0A 5HBMA 3NE6A 1I39A 1S1UA 3HYFA 1RBTA 2VG6A 1QSLA 4KHYA 3TI0A 4IBNA 1HNIA 1HJRA 4Y1CA 3RRHA 4ELVA 4JS5A 4FVMA 4C8KA 3V9UA 3EZ5A 1VSLA 2YNGA 1TK5A 3C94A 2HHWA 3SPYA 2F8TA 1RT3A 4ZHRA 2HHXA 2KFZA 3T3FA 3D0PA 3DRRA 4B9LA 3H08A 1VSDA 4CGHA 2HHSA 4B9TA 3K5NA 4CJSA 2BE2A 2E4LA 1HYSA 3OYEA 3QEPA 4N56A 4ZTJA 3RMDA 4B3OA 1RT5A 1FK9A 3ZT3A 3UIQA 4AHSA 5J2NA 2FBTA 1QSSA 3WNEA 4DQPA 1ITGA 1QHTA 3WNHA 3MXJA 3AVKA 1SKWA 3SV4A 2LSNA 5CYQA 4AHRA 3OYFA 4BWMA 3HXMA 5J2PA 2G8UA 3EYZA 3IG1A 4NCAA 1CZ9A 3I0RA 4AILC 1HQEA 1HRHA 5FROA 4DSFA 3DMJA 3QINA 3NH0A 3VQ7A 3F9KA 4M3YA 4GMJB 4B9VA 2JLEA 3OJUA 3V81A 4FJIA 3ZSWA 2ATQA 3DLBA 3ULDA 2KW4A 3PY8A 3WNFA 3QIPA 3V4IA 3NAEA 4CJKA 4FZYA 3OS0A 1S5JA 3ISNC 3A2FA 3TAMA 4DTJA 2XHBA 3NH2A 1NK6A 5KGWA 4CIFA 3KD5E 2VWKA 2XRIA 3AO5A 4CFCA 3TARA 4E7LA 4CHNA 3CFPA 1ZBFA 4AHTA 4DS5A 3RR7A 4H4OA 2ETJA 3V9WA 1QSYA 2FBVA 4CGDA 4FJ9A 4DU1A 3M8QA 1LW0A 3JSMA 4CJFA 4CEAA 4Z4FA 4HUFA 2OYQA 1NK0A 4CFDA 4OGCA 1BI4A 1J53A 2DFEA 3HL8A 4MQ3A 2EX3A 1VRTA 4WE1A 2B4JA 5HROA 4DFPA 3B6OA 1KSPA 1NOYA 3RR8A 4W5TA 4B9MA 4ID1A 3AVCA 2G8WA 3O4NA 4E7HA 1S9GA 2OPQA 4FW1A 3TAEA 3VQ8A 4F2RA 3CFOA 1RDDA 3O3FA 1C6VA 2YV0X 3B6PA 1J5OA 4H8KA 3T1AA 3OYMA 1RCHA 3HK2A 4M45A 3NF7A 5DMRA 4B8AB 2GUIA 1JLQA 4E1MA 1CXQA 4FJMA 3L2RA 1WSGA 4LSLA 4KHQA 4KKOA 1X9WA 3PO4A 3OYDA 3IS9A 3VQDA 2RF2A 3U3GA 4DLEA 4CESA 2PZSA 4B9NA 3SNNA 4DF4A 2BANA 1Z25A 4PWDA 3OYGA 2OA8A 2OZMA 3QESA 4DFKA 4QAGA 1BGXT 2FC0A 3LP2A 3S3NA 1XI1A 4FXDA 3VQQA 4IFYA 4CGJA 2NUBA 4CJUA 4FLWA 4OJRA 3CM5A 3OJSA 2KTQA 1BQMA 3ITHA 5SZTA 4Z4GA 1U49A 2GBZA 3O3GA 4N47A 1DTQA 5HRSA 4BDZA 3V9ZA 2DFHA 3AVHA 3SQ4A 1TK0A 3DRSA 4KREA 3P1GA 5D3GA 3HP9A 1YTAA 4I9LA 1S6QA 2P51A 3AA5X 2KZMA 3NDKA 1UAXA 2F8SA 1C1BA 2JGUA 4FYDA 4C8LA 4CJEA 1J9AA 1NOZA 5J1EA 4JS4A 1NK7A 4BDYA 5J2QA 4CK2A 1X9MA 4N76A 3C6TA 2HNZA 4FK0A 3KTQA 3LZIA 4LH5A 1VSFA 2HHQA 2D5RA 4CJ5A 3HPGA 3LAMA 4I7FA 2PYJA 1QE1A 1WN7A 3OYIA 1RBVA 2F96A 3KIOA 4E0DA 1BI4B 1KLNA 2DTUA 2PYLA 4KB0A 4RW9A 4B9UA 3QEXA 3VQBA 2YKNA 4E3SA 4L8RB 1TKXA 3TANA 1RT4A 4HCCA 1WSEA 4BACA 3DLKA 3O4QA 4J2AA 1T03A 4CF0A 3L2VA 3ZSXA 4FJGA 1SV5A 4FW2A 3AA4A 2XY6A 2RN2A 3SQ0A 4QCLA 3E01A 3SCXA 2IGIA 3OYJA 1S9EA 3ZSVA 3G0ZA 5KI6A 1N6QA 3KK3A 4DU4A 2GV9A 4FM1A 2DFFA 1TL3A 5C42A 4CEQA 3TAGA 4CJLA 4FLXA 3ALYA 1A5WA 3F73A 1R0AA 3SYZA 4E7IA 1VSJA 4MFBA 3DI6A 2QKBA 3HP6A 4FJ8A 4W5OA 2HHVA 4W5RA 3VA3A 1QS4A 1BHLA 1WNSA 1RILA 1HQUA 5K14A 3VQEA 4CEBA 1RNHA 1TAQA 4CF2A 4CJRA 5DK5A 4M3XA 1JLBA 2I5JA 3AVMA 3SZ2A 3U6FA 1U47A 1JLEA 3ZT4A 4CHQA 3LZJA 2ZE2A 4Z0UA 4DSEA 3OYKA 3AVGA 5C24A 1KRPA 4C8MA 4C8NA 3L2UA 4O4GA 1U45A 1D8YA 3BDPA 1LWFA 1EX4A 1KCFA 1WSJA 2KQ2A 3DOKA 2HVHA 3S9HA 3IRXA 2Z1HA 4LD0A 4CEEA 4CJQA 4KB1A 1NJWA 4OVLA 1BISA 4GW6A 1SKRA 3KLIA 4Z4EA 1EP4A 2IS3A 3HT3A 2XY7A 4RW4A 3QEIA 2VWJA 2O4IA 4KI4A 4TSXA 1WLJA 4KHWA 1C0MA 2OPRA 4LH4A 4M3TA 3AA3A 1NJZA 3SUQA 1ZBIA 1BCOA 3HPOA 3HO1A 4KHNA 5KTQA 4EZ6A 3ZCMA 4DTNA 4O44A 3V1QA 2R7YA 4O55A 4DTSA 3CQ8A 3QNNA 1KFDA 3HSTB 4Y1DA 3KK1A 3NF8A 4BE2A 1C1AA 1A5VA 2BDPA 1BCMA 2X78A 3QNOA 1SUQA 2Q3SA 2IDOA 3MXMA 1EETA 4DTUA 2E6LA 2A1SA 1IKXA 2HNDA 1VSHA 3QETA 4FJJA 2X6NA 1Q9YA 2YHAA 2D0BA 4Z4CA 3VQ9A 3K59A 2G8IA 1K6YA 3K5OA 4OKKA 1SL2A 4DWIA 1D9FA 1D5AA 4JRPA 1VK0A 3TR8A 4CGIA 3KK2A 3VA0A 5J2MA 4IKFA 4PUOA 3AV9A 4M3RA 1FKOA 4DQSA 1B9DA 4B9SA 4Q0BA 3LALA 3L3VA 1NJYA 4ELUA 1RT6A 3RMAA 3VN5A 2PY5A 1YT3A 1KLMA 4CJ4A 4DQRA 4DG1A 1WSHA 1IH7A 4FLYA 3PX4A 1SL0A 3FFIA 4BE1A 1WSFA 4CHYA 1S6PA 1WSIA 2Z1IA 3DYAA 4XIUA 3KLGA 1L5UA 1D9DA 1NK8A 4ZTFA 3SI6A 3ZT2A 3M8PA 3L8BA 1VRUA 3BGRA 3ZSQA 4I9QA 1QTMA 4PA1A 5FDLA 1S1WA 2VG5A 3OYCA 1ZYQA 1HPZA 4CF9A 1NKEA 2YNIA 4KTWA 4DSLA 1SL1A 4E89A 4BWJA 3LWLA 1VSKA 4AHUA 3NCIA 4FK2A 3MEGA 3HVRA 3V9SA 4W5QA 3S3OA 1NK5A 5I42A 1CZBA 1EXQA 2HW3A 3AVBA 3VQCA 3P5JA 3LP1A 1FXXA 4DMNA 4CFBA 3M8SA 4BDPA 3G10A 4B08A 4B8CA 1RBSA 4KRFA 1C1CA 1ASVA 4FJKA 5HRRA 2VG7A 4DFJA 4KTZA 1G15A 2QXFA 3NF9A 2D0CA 3AO4A 4CHPA 3EY1A 4JLHA 4YNQA 4HHTA 3CFRA 1IKYA 2XO7A 1RT7A 3LPUA 3D45A 1HYVA 2Z1JA 3AVNA 4E1NA 4EP5A 4PY5A 3QEWA 4J2EA 3RMCA 1LWEA 3I0SA 3RTVA 3LP3A 4RW6A 4CHOA 4H4MA 3CM6A 2D0AA 4M3WA 4CJPA 1S1XA 4CJVA 1X1PA 1T8EA 4DU3A 1IO2A 1RBRA 1WAFA 3OYAA 1U4BA 4F3OA 4CHZA 3LDSA 1KFSA 4DTMA 3VQAA 5HRNA 1F21A 1NK9A 1YTUA 4CIGA 4Q5VA 4UQGA 3JYTA 3ZSZA 3S3MA 4PQUA 3C6UA 4EP4A 2KFNA 4FM0A 1L3SA 3DOLA 3DRPA 4F3TA 4CEOA 1VSMA 5JS2A 4K8ZA 4DTPA 4E19A 3DLHA 5CZ2A 1U04A 3SJJA 4F4KA 3DM2A 1L3UA 1JLGA 3SPZA 1N5YA 1W9HA 3AVAA 3P83D 1JKHA 1DLOA 4HUGA 1TGOA 3V1OA 1Q8IA 1NKCA 4FLZA 1B92A 1S1VA 2FBYA 3IAYA 4G1QA 3PV8A 3AA2A 4M41A 1JLFA 3QLHA 4FM2A 3NGYA 3ZT0A 4CEZA 5I3UA 1IKVA 5SWMA 3ZSRA 3KLFA 1XC9A 1KTQA 1A5XA 3QERA 1HYZA 1TAUA 1RT2A 4R5PA 4O5BA 3LPTA 2IAJA 4N41A 3DLRA 4DTOA 1LW2A 4DTXA 2Y1IA 4DF8A 1ZBLA 4FLUA 2E6MA 2HB5A 1IKWA 3KLEA 1RBUA 2XY5A 1ASWA 5HRPA 1J54A 3MECA 4BE0A 4CGFA 3LP0A 1B9FA 4KAZA 3QEVA 4CIEA 4NCBA 5EU7A 3CYMA 4NCGA 3DLGA 3WNGA 4DSJA 4DTRA 3DLEA 4FZXC 3RWUA 4FLTA 3KJVA 4AHCA 3SUNA 2WOMA 3K58A 2B5JA 2Z1GA 5C25A 2AJQA 1TK8A 1UOCA 2WONA 2IC3A 1TKTA 1JL1A 4RW8A 1BIUA 4CGGA 3QO9A 3O3HA 4DFMA 4OGEA 2G8HA 2G8VA 4Z4IA 3M8RA 4K8XA 1REVA 2P5OA 4IG3A 2HHUA 4FJXA 2OZSA 4M3ZA 1TVRA 4CFAA 3MEDA 4CK3A 5KRSA 1X9SA 4C8OA 1NKBA 3TWHA 1RDCA 2DY4A 5CY4A 4OLBA 1TV6A 4DSIA 4OLAA 5FRMA 5T7BA 2Y1JA 1KVCA 4KTQA 4FJ7A 3K2PA 1RDBA 2ZQBA 4CCHA 3NH1A 4QOZB 1CLQA 1RTIA 4JRQA 3U3YA 4HCBA 4OKEA 3L2QA 4E7JA 2W42A 2B6AA 2P1JA 4OPJA 1Z26A 3SV3A 1JLCA 3OS1A 4M42A 1HMVA 4FLVA 3AVIA 2BGGA 4Z4HA 4EZ9A 2IOCA 4CECA 1UA0A 4KPYA 4I2PA 1JL2A 4ELTA 2X74A 3K57A 4AHVA 3V6DA 1XWLA 3NHGA 3AO2A 3HM9A 1UA1A 4KFBA 3AO1A 1SKSA 1T05A 1RTDA 2QKKA 5JS1A 3ZT1A 4J2BA 2HMIA 4O0IA 3ASMA 5HLFA 1W0HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4GMJB 3ZX0A 3E4WA 1NM1A 4JKEA 3V81A 2ATQA 3DLBA 3PY8A 3GOIA 3H3OB 3RVCA 1NLVA 5E84A 3QIPA 3TAMA 1NK6A 5KGWA 4ICGC 3ZYYX 4JKDA 4CHNA 3CFPA 4I6JB 4DS5A 3V9WA 4CGDA 4DU1A 4CEAA 4HUFA 4O5FA 1BI4A 2HF4A 5DM7L 3E4YA 4WE1A 3B6OA 4B9MA 4GKKK 3CCEN 2O8CB 5TKWA 3VQ8A 1J5EK 1J5OA 3OYMA 2NRTA 4FOIA 5AQVA 1WSGA 3BUZB 2WFBA 1GLFO 4KKOA 1QVGM 3PO4A 3IS9A 5E26A 4PWDA 1NG9A 2W6KA 4A2BA 3OYGA 2OA8A 3GG4A 3H3NO 3LP2A 4NLCA 3VQQA 4CGJA 4CJUA 4AQYK 5AQYA 3G25A 1K8KB 3ITHA 5SZTA 4Z4GA 5BN8A 1U49A 1MA9B 4H0XB 3O9UA 1RDUA 3CC7N 3MMVA 2DFHA 1TK0A 3DRSA 4JI8K 2HBJA 3P1GA 3HP9A 1YTAA 3O8MA 3NDKA 2F8SA 2OTLN 2KZMA 3BY5A 1XL3C 4JV5K 1V4SA 3LZIA 1QQMA 4H5WA 1RBVA 3P31A 3GL1A 3CCSN 5BR8K 5FPMA 5LJVA 3LD8A 2VQFK 4PKIA 4B9UA 2YKNA 4E3SA 4DQ8A 1TKXA 3TANA 4BACA 4J2AA 1T03A 5LY3A 4CF0A 3OTOK 2XY6A 1SV5A 3UKUA 3SBGA 4BRFA 3D2EA 1VQ6N 4YORA 1S9EA 3KK3A 2VYPA 4FM1A 3FZFA 4CEQA 3GE1A 1R0AA 4MFBA 2QKBA 3C65A 5EX5A 4W5RA 1N8RO 5K14A 1XC3A 1RNHA 4M3XA 3AVMA 5GAHP 3LZJA 4Z0UA 3L0QA 3OYKA 4CZGA 3D6RA 1YXQA 2HBKA 3BDPA 2UUCK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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