4M41A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-3 of primer/template duplex
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m41A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m41A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m41A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m41A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m41A03
1WAJA 1KCFA 3ZCMA 1VK0A 3AO2A 5EU7A 3OYGA 2YV0X 1ZBFA 3L3VA 3HVTA 1NK6A 2W42A 3VQPA 1Z25A 2F8SA 1LWFA 1HNVA 4LH4A 1FXXA 2KTQA 2BANA 3V1RA 3NH0A 3L2VA 4BE1A 3DYAA 3LAKA 2IC3A 3PO4A 1NJWA 4L8RB 4FW2A 3VQCA 2QXFA 1ZBIA 4JS5A 4FJ7A 3OYEA 3CQ8A 5T7BA 3OYCA 3AVAA 1BQNA 1C6VA 1J9AA 1JXBA 1LW0A 3IRXA 3NF6A 1S9EA 5C25A 1UAXA 5HLFA 2BDPA 3SV4A 2HHSA 3AVLA 3QEXA 2PY5A 1LAWA 1TKTA 4DG1A 1L3VA 4KB1A 3NH2A 4CJEA 3OYDA 3I0RA 3C94A 4DSLA 3LWMA 2VG6A 4QOZB 4CF1A 3OYKA 2QKBA 1WSHA 3MXMA 1RCHA 1S1UA 2GV9A 4H8KA 4AH9A 4CESA 4UQGA 1U47A 5CYQA 3QESA 3LWLA 3KK1A 1N6QA 4DSJA 3QETA 1XWLA 4G1QA 1GOCA 4RW9A 3KLFA 3TAFA 3SJJA 1VSDA 4HHTA 4DTSA 3NFAA 3VQ8A 4Z4FA 1JL2A 4N41A 2Z1HA 3F9KA 3SQ4A 1QS4A 3LZIA 2DFEA 2ITGA 4ZHRA 4BWJA 3ZSYA 3F73A 1ASWA 1NKCA 1SKRA 4FYDA 4N56A 4QAGA 2KFZA 1ZBHA 5J2NA 2FC0A 1U4BA 4FLWA 4K8ZA 1Z26A 4FJ9A 2IDOA 3RRGA 3P1GA 1NK9A 4DTOA 4KFBA 1BI4A 2RPIA 1WSFA 3OJSA 3AO5A 5HROA 3ZSZA 3L2WA 2FBXA 3AA2A 2R7YA 1T7PA 4CJLA 1RT2A 4DLGA 3TAGA 1RBUA 3S3MA 5HRNA 4AHTA 3LANA 2HHUA 1JLFA 3KK3A 3DLBA 4KREA 4FCYA 3QEPA 1RDDA 4E19A 4Y1DA 1X9SA 1C0UA 4KHWA 1BCOA 3AVJA 3L3UA 3ULDA 4AHCA 1BIZA 4CERA 1UA1A 2IGIA 3AA5X 2O4GA 4AHSA 1QSYA 4CK2A 3O3FA 1NJXA 4CHPA 2YKNA 3OYIA 3HO1A 2KFNA 4FJ8A 2Z1GA 3AA3A 2OPQA 2RKIA 4CFBA 4BDPA 1VRUA 1QHTA 2EHGA 3OS2A 4JLHA 4EP5A 1BGXT 4RG8A 1NKEA 4CEDA 3RR8A 3QINA 1RDAA 1J54A 1BQMA 4FJJA 1LW2A 4BWMA 4FLVA 3WNGA 2HNZA 1NK8A 1TK0A 1U48A 1XHXA 4J2BA 3NAEA 3ZT2A 4PA1A 4HUGA 2F8TA 2X6NA 4CGHA 4DTXA 3M8SA 4M3UA 4EP4A 1FKOA 3SQ1A 2IS3A 3DRRA 2P5OA 1RT5A 3OVNA 5CY4A 3CFOA 1FK9A 3O3GA 3IAYA 4OGCA 3I0SA 1T03A 4CJ4A 3ITHA 3ZSWA 3OYFA 5SZTA 1WNSA 1Y97A 3QNOA 1BISA 4PWDA 2G8FA 4OLBA 3QERA 3LPUA 3NBPA 3HM9A 1SKWA 4FZZA 1EX4A 3AO4A 5KGWA 4CE9A 1S5JA 2Y1IA 2Z1IA 4CFDA 2FBVA 1REVA 4C8OA 2XRIA 3HPOA 3HJFA 3V4IA 1HYSA 4ELTA 3CG7A 4F4KA 1KLMA 2G8HA 3LALA 3SUQA 4ID5A 4DTNA 1BI4B 2DFHA 1D9DA 1RBRA 5I3UA 3AV9A 4CJ3A 3HSTB 4E7IA 2PYJA 1X1PA 2YNHA 3TI0A 4B08A 4E1MA 4IFVA 4KHYA 1RT6A 4XIUA 3LPTA 3M8PA 4Z0UA 4ID1A 3ZSOA 1NOZA 1FKPA 3QEWA 4DU1A 3UIQA 2B4JA 4HUFA 4R5PA 3NDKA 1VSKA 4ZTJA 2D0CA 4KTZA 3OY9A 3KLIA 1T05A 4DSFA 3PUFA 4KTQA 4B9NA 4FJHA 4FLYA 3VQAA 4MQ3A 2FBTA 1B9DA 1S1TA 4OJRA 1RBTA 3EZ5A 3PX4A 2FBYA 2AJQA 2RN2A 4KB0A 3IG1A 1TKXA 3FFIA 4DSIA 4C8MA 2IOCA 3HXMA 3ZSVA 4ZTFA 4FJMA 2NUBA 1LV5A 1W9HA 1GOBA 4J2AA 3SYZA 3AO1A 3T3FA 4CGFA 4CJKA 3C6TA 3MAQA 3RR7A 1RT7A 1YTAA 4FLTA 3P5JA 1SKSA 4CJUA 3TAPA 1JLEA 2X78A 3PY8A 4E0DA 4K8XA 4FJKA 3MXIA 4KV8A 4FM2A 1ITGA 1KVCA 1D8YA 1WLJA 3PV8A 1C0MA 4OKEA 1EETA 1WSJA 4FW1A 4RW7A 3K5NA 3KLGA 3ALYA 3RMDA 3VQ6A 4DFMA 4CGGA 1YTUA 4Z4HA 4FK0A 1T8EA 1WSEA 4CHQA 2P1JA 4W5TA 4CF2A 1ZYQA 4E1NA 1VSJA 1TKZA 1Q9XA 4DTMA 4Y1CA 3KLEA 3U3GA 3VQEA 4KPYA 3V1OA 1TL1A 3SZ2A 1BL3A 1XHZA 4FZYA 4Z4IA 4FJXA 3TARA 1EXQA 3ASMA 1NKBA 4M3XA 1D5AA 3SQ2A 1CZBA 1DLOA 1HNIA 1JLGA 1TAQA 3SV3A 3D45A 4CIEA 4KRFA 3WNEA 4CGIA 4DQPA 3A2FA 3KLHA 3MEEA 3DLHA 1R0AA 4B9VA 1TVRA 1UWBA 3WNHA 3QLHA 1NK0A 2OYQA 3CM6A 4GVMA 4CIGA 5E41A 3S9HA 1L5UA 1CXUA 1HQEA 4M3WA 4FJNA 4DS4A 4FJLA 4TSXA 3B6OA 2OPSA 2D0AA 1TL3A 2ZQBA 2Z1JA 3CFRA 4HTUA 3H08A 4KHSA 1HYVA 2G8KA 4EZ6A 4BACA 2D5RA 4ELVA 4CJSA 4DTUA 4JRPA 3SUPA 4DMNA 2VG7A 3NF8A 4O55A 2HHWA 4PUOA 2KZZA 1IKXA 1S1WA 4IDKA 1X9MA 3V9SA 4CJFA 3CFPA 5KRTA 2D0BA 1VSEA 3OYMA 3AVFA 4RW4A 3MXJA 4CEOA 3U3YA 4DU3A 4N47A 4J2EA 5HRSA 1IO2A 1J53A 3AVBA 1VSHA 3EYZA 3OYBA 3NHGA 5KGXA 3K59A 3DMJA 3K2PA 3L2UA 1DTTA 4W5OA 2QK9A 1RILA 4KI6A 4CJVA 5I42A 3O4NA 4B9UA 2O4IA 4DQRA 4CF8A 4O44A 2XY8A 2XY7A 1TKDA 4M41A 3K5MA 1Q8IA 4M45A 3CM5A 1XI1A 1G15A 4E7LA 4B9SA 3QEVA 4FXDA 3VQQA 3HK2A 3DOKA 4O5BA 3O3HA 4O4GA 1NJZA 2G8UA 2OPPA 3DRSA 1NK5A 1RTHA 5SWMA 4DFJA 3P83D 1EKEA 3AVCA 4H4MA 4LH5A 1F21A 3BGRA 3NGYA 1S6QA 1K6YA 2ETJA 2P5GA 4DU4A 4B9LA 1JLCA 1I39A 4HCCA 1YVUA 3TR8A 1LWCA 1JKHA 4FVMA 3NH1A 4CEFA 4IFYA 4FM0A 5C24A 2RF2A 5CYMA 3DI6A 2X6SA 4DWIA 1LAVA 3G0ZA 3DRPA 3EY1A 2KZMA 2EX3A 1NK4A 4DSKA 2VG5A 3RRHA 1UA0A 1X9WA 4EZ9A 4IG0A 3T1AA 4E7KA 4FJGA 4W5RA 4KO0A 2YNGA 1TAUA 3AVMA 4H4OA 4I9LA 4Q0BA 2HVHA 4DTJA 3TAQA 2BGGA 4BE0A 4N76A 3TWHA 5CZ2A 2OZMA 1C1BA 1QE1A 1S1VA 3ZT0A 4CFCA 4CK3A 2A1SA 3E01A 5CZ1A 2X74A 3T19A 1ZBLA 3DLKA 4M3RA 4KHQA 3OYJA 3OS0A 2PYLA 1BIUA 4C8KA 5HP1A 1ASVA 1Q9YA 2DFFA 2PZSA 1SUQA 4Z4EA 1RNHA 3AVIA 4LSLA 4GW6A 3OJUA 1LWEA 1C1AA 5FDLA 3OYNA 2GBZA 1CXQA 3VN5A 4E89A 1KSPA 1BCMA 3HT3A 3HP6A 1HQUA 1U45A 4LSNA 1S9GA 3DLEA 2XHBA 1KTQA 1QTMA 4GMJB 3SNNA 2WONA 1L3TA 1B9FA 3QO9A 4ICLA 3ZSXA 4CHOA 3OYAA 3V9XA 1BHLA 1IKYA 4FJ5A 4Z4GA 3B6PA 5KI6A 1RTDA 4F8RA 3C95A 3V6DA 4OKJA 1VSMA 4KHNA 3VQ9A 4W5QA 4FLUA 3KJVA 4KAZA 1VSLA 4F2RA 4CJTA 3NE6A 1RTJA 4OVLA 3RTVA 1B92A 5HBMA 4DQIA 3KIOA 1KVAA 4HVJA 2DY4A 2HHVA 3RMBA 4B8CA 4CK1A 1D9FA 2QKKA 4CHYA 3SPYA 4FJIA 2VWJA 4YFUA 4CJRA 5K14A 2HVIA 1S6PA 3QIOA 3MEGA 3NCIA 5J2MA 4I9QA 3DM2A 4WE1A 1IG9A 5FROA 2HNDA 4C8LA 3TANA 4E3SA 1RDBA 3LP3A 2DTUA 3L2QA 4DQQA 4BE2A 3LZJA 3AVHA 4F3OA 5J2QA 3S3OA 1C0TA 1U49A 3V9ZA 3VQDA 4DFPA 4RW6A 3HL8A 4CEBA 4LY7A 4OPJA 1C1CA 4KTWA 2ATQA 3LP1A 1HPZA 1ZBUA 4CEEA 3SPZA 3OYLA 4I2PA 4I2QA 4E7HA 1TK8A 4ELUA 1KFDA 1RT3A 1WSIA 4CHZA 3I8DA 4IKFA 1RDCA 1O1WA 1IKWA 3TAMA 5J2PA 2E6MA 1SV5A 3ZT4A 3PX0A 1IH7A 1JLQA 3SUNA 1U04A 3LP0A 3VQ4A 3K5LA 2P51A 4DF4A 1VRTA 1ASUA 2LSNA 3HPGA 4DS5A 3HPHA 3ZSQA 3HVRA 4DF8A 3BDPA 4CEZA 3VA0A 3SCXA 2HW3A 3S3NA 2G8IA 4M3YA 4IBNA 2YNIA 2G8VA 3RMCA 1S1XA 3D0PA 3OYHA 2XO7A 3VA3A 3AVKA 4W5NA 4CECA 4DTPA 4LD0A 1HYZA 3THVA 3LP2A 4CF9A 4C8NA 4CHNA 2B6AA 4NCAA 4YNQA 3AVNA 3SI6A 4CIFA 3MECA 3CYMA 4CJPA 1CZ9A 2XY5A 2XY6A 3QNNA 2ZD1A 3AA4A 4HUEA 1W0HA 3U6FA 3IS9A 2IAJA 4AHRA 3NF9A 3PX6A 4HCBA 3C6UA 3KKSA 4MFBA 1NJYA 4E7JA 4PY5A 3AO3A 3JYTA 1L3UA 2HMIA 2KW4A 4F3TA 3HP9A 3V9WA 4F2SA 2WOMA 4OPKA 3KD5E 3LAMA 4J2DA 4AHUA 1NK7A 3NGZA 3SQ0A 3M8QA 4O0JA 3RWUA 1L3SA 4RW8A 4B9TA 4KKOA 1QSLA 3QIPA 3MEDA 5D3GA 1NOYA 1JLBA 5DMRA 2YKMA 4M3ZA 3JSMA 1CLQA 3NGIA 2G8WA 2OPRA 4FLXA 2YHAA 3HYFA 1JL1A 5HRRA 4BDZA 4CEQA 3V81A 4KHUA 4CCHA 2GUIA 1YT3A 4DQSA 4FK4A 4NYNA 2E6LA 1JLAA 3RMAA 1KVBA 2BE2A 3WNFA 2Y1JA 1SL2A 2JGUA 4CJ5A 3KKRA 1HRHA 5FRMA 1IKVA 4CGDA 5HRPA 2Q3SA 4IG3A 3AVGA 4BDYA 3LDSA 3M8RA 4CJQA 3QEIA 3VQ5A 3K5OA 3PO5A 2E4LA 2OZSA 4FLZA 4KI4A 3TABA 4AHVA 2F96A 1TGOA 3VQBA 3L8BA 1A5XA 1RTIA 1KLNA 2JLEA 4PQUA 4M3TA 3K57A 3ISNC 2YHBA 2HHTA 3SUOA 3OS1A 4CFAA 2HB5A 1SL1A 1KRPA 1A5VA 4NCBA 1GOAA 1MU2A 1DTQA 2I5JA 1RT4A 3DLRA 1RBVA 4DTRA 1EP4A 1JXEA 3ZSRA 3KK2A 3L2RA 4JRQA 1HJRA 3ZT1A 2A1RA 1J5OA 1QQCA 1HMVA 1WN7A 5KTQA 3V1QA 3O4QA 1RT1A 1XC9A 1WAFA 5KRSA 4DSEA 1TK5A 4NYFA 5FRNA 4FK2A 4CGJA 2KQ2A 3NF7A 4FM1A 3K58A 4OGEA 1VSIA 4N5SA 2ZE2A 4M42A 1I3AA 4AILC 1N5YA 4OKKA 4B9MA 5JS1A 1TV6A 3V9UA 2B5JA 4QCLA 2YNFA 4CEAA 4DFKA 2HHXA 3KTQA 1KFSA 5JS2A 4B8AB 2VWKA 4O0IA 1RBSA 4DLEA 3VQ7A 2OA8A 3ZT3A 1VSFA 4FZXC 4Q5VA 4B3OA 5C42A 1WSGA 3G10A 3DLGA 1A5WA 1QSSA 2HHQA 4CF0A 3DOLA 3KD1E 4OLAA 4I7FA 5DK5A 4CJWA 4NCGA 1UOCA 5J1EA 2HNYA 1SL0A 4JS4A 3TAEA 4Z4CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A61A 3E9OA 3WEEB 4H5RA 1ZBFA 2P9UA 3HVTA 3VQPA 2F8SA 1HNVA 4LH4A 2KTQA 1G99A 4OPHA 1NGEA 3L2VA 3BZCA 1NJWA 1HKCA 2Q1NA 2QXFA 1N34K 1SZ2A 3OYEA 3CQ8A 1RGIA 3VOVA 2HF3A 1NNEA 3NF6A 1S9EA 2IVPA 4DV5K 4JYAK 2PY5A 3MKSB 1TKTA 4CJEA 4QOZB 5C10A 2QKBA 2W40A 4A2AA 4DSJA 3WXLA 4G1QA 4RW9A 3KLFA 3VQ8A 3C65A 3SQ4A 2MW2A 2ZF5O 2P1QB 2Q36A 4FPBA 3O5BA 1NGAA 3ENBA 4FLWA 2YCHA 1Z26A 3QBWA 3CJAA 3SVIA 2D4WA 4PHTX 4KFBA 1YJ9N 2RPIA 3DXMA 2HBMA 2FBXA 1XMHE 3S3MA 2W41A 3DXKB 5HRNA 4KREA 3DLBA 1RDDA 4E19A 4Y1DA 3AVJA 3ULDA 4BRDA 4AHCA 1BIZA 2P9PA 4CERA 1UA1A 4QS9A 3K9KA 2UUCK 3O3FA 5AQMA 1MHZG 1VQ9N 3AA3A 1V4TA 4CFBA 4RNGA 4JKFA 3A5NC 2CGJA 4JLHA 1BGXT 2VJ5A 4EP5A 4JI3K 1CZAN 3H46O 4YDUC 1RDAA 1BQMA 1IBKK 4FJJA 1LW2A 3ENHA 3WNGA 1NK8A 1U48A 1XHXA 4J2BA 4HUGA 4FWRA 3TJYA 3M8SA 2W6KA 1NLVA 2V52B 3M3ZA 3CFOA 1FK9A 4M63C 4YY3K 3OYFA 3QNOA 1BISA 3VESA 4OLBA 4IXCA 4B1VA 3P39A 5KGWA 2Z1IA 4CFDA 2FBVA 2XRIA 1NEXB 4ELTA 3CG7A 3OGMB 1OH7A 4H0YB 3LALA 1FZ9E 3SUQA 4IT5A 1BI4B 1RBRA 5I3UA 1K9MO 3HSTB 5M1QA 1X1PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4A61 A;  3E9O A;  3WEE B;  4H5R A;  1ZBF A;  2P9U A;  3HVT A;  3VQP A;  2F8S A;  1HNV A;  4LH4 A;  2KTQ A;  1G99 A;  4OPH A;  1NGE A;  3L2V A;  3BZC A;  1NJW A;  1HKC A;  2Q1N A;  2QXF A;  1N34 K;  1SZ2 A;  3OYE A;  3CQ8 A;  1RGI A;  3VOV A;  2HF3 A;  1NNE A;  3NF6 A;  1S9E A;  2IVP A;  4DV5 K;  4JYA K;  2PY5 A;  3MKS B;  1TKT A;  4CJE A;  4QOZ B;  5C10 A;  2QKB A;  2W40 A;  4A2A A;  4DSJ A;  3WXL A;  4G1Q A;  4RW9 A;  3KLF A;  3VQ8 A;  3C65 A;  3SQ4 A;  2MW2 A;  2ZF5 O;  2P1Q B;  2Q36 A;  4FPB A;  3O5B A;  1NGA A;  3ENB A;  4FLW A;  2YCH A;  1Z26 A;  3QBW A;  3CJA A;  3SVI A;  2D4W A;  4PHT X;  4KFB A;  1YJ9 N;  2RPI A;  3DXM A;  2HBM A;  2FBX A;  1XMH E;  3S3M A;  2W41 A;  3DXK B;  5HRN A;  4KRE A;  3DLB A;  1RDD A;  4E19 A;  4Y1D A;  3AVJ A;  3ULD A;  4BRD A;  4AHC A;  1BIZ A;  2P9P A;  4CER A;  1UA1 A;  4QS9 A;  3K9K A;  2UUC K;  3O3F A;  5AQM A;  1MHZ G;  1VQ9 N;  3AA3 A;  1V4T A;  4CFB A;  4RNG A;  4JKF A;  3A5N C;  2CGJ A;  4JLH A;  1BGX T;  2VJ5 A;  4EP5 A;  4JI3 K;  1CZA N;  3H46 O; 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