4M3YA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-1 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3yA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3yA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3yA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3yA03
3VQQA 3O3GA 4OVLA 1RT2A 4OLAA 3ITHA 3AO2A 1B9FA 4IDKA 1NJYA 1T03A 4E89A 1GOAA 4J2BA 3CFOA 3O3FA 2ZD1A 3HYFA 4CJPA 3SUQA 3KKSA 2DY4A 4CJ4A 3AA2A 1KRPA 4PQUA 1DTTA 2G8KA 2KQ2A 3SQ2A 3C95A 4E0DA 3OYKA 4Q5VA 2VG6A 3KK3A 4B8AB 2BDPA 2PY5A 3LAMA 2Q3SA 3OY9A 3ALYA 4BDYA 3V9XA 3MXIA 5CZ1A 4CJVA 1N6QA 1SKWA 4RW8A 1S1VA 2E6MA 2X6SA 3TANA 3VQ6A 3KK2A 1BCMA 3CM5A 1HNVA 4FJHA 4CF1A 4EP4A 1W9HA 4ID5A 1B9DA 2YKMA 4JRPA 2LSNA 1NK4A 3PY8A 4B9TA 2GUIA 1ZBFA 1WN7A 3I8DA 1UOCA 1C6VA 4N41A 4KHSA 3IAYA 4CGIA 4K8ZA 3HPGA 1X9MA 1G15A 5DMRA 4ELUA 3QEWA 2HHUA 4OKKA 1VRUA 3NF8A 3LZIA 1RCHA 3NF9A 4H8KA 3VQ9A 2G8IA 2HW3A 1TKZA 4H4OA 3CFPA 1SKSA 4ELVA 2EHGA 4PUOA 1ZBIA 1LW2A 5EU7A 4O44A 1WSGA 1QTMA 3DLEA 4ELTA 1HYSA 4M3ZA 4O5BA 3QEXA 3DOLA 1SV5A 4I9QA 3MEDA 4C8MA 3T19A 1RBSA 1RT4A 4CJFA 3AO3A 4KHYA 4CEBA 3AVAA 4OJRA 3HP9A 1RDDA 3HP6A 3TWHA 3O3HA 3NFAA 4YFUA 4ZTFA 1LWEA 5J2QA 1BHLA 2HB5A 4HCBA 4H4MA 3QEVA 3DOKA 1XC9A 3AO1A 1FK9A 2XY8A 3I0SA 4OKJA 3ZSVA 3VA3A 4KHNA 4E7JA 4FJ9A 1YTAA 2YHBA 3UIQA 1WSIA 4LSLA 4KB0A 4FXDA 2YHAA 4DSJA 1UA0A 3F9KA 2HMIA 4DFMA 3KTQA 4CE9A 4FLTA 3V1OA 3KD1E 4DLGA 4RW6A 4FJ5A 4FW2A 3SUPA 1VSJA 3VQPA 4F2SA 3DM2A 1BI4A 1J53A 4JRQA 3LP2A 1BI4B 3QIOA 1NKCA 4Z4GA 1VK0A 1L3TA 4KO0A 4AILC 3AVHA 2FBVA 4CEOA 3LZJA 4ICLA 2D0BA 3VQEA 1XI1A 1U4BA 4GW6A 1KLNA 1NK9A 4C8NA 2FBYA 1RT6A 2DFFA 3DLKA 4FLZA 1XHXA 4L8RB 3B6OA 4GMJB 4N76A 2HHTA 2BE2A 2D5RA 5CY4A 4FCYA 3PO4A 3H08A 1TL3A 4MQ3A 2G8HA 3C6TA 1HPZA 2OPQA 1KTQA 1L3SA 4FM2A 3CYMA 3WNGA 3TAPA 3KLFA 2G8WA 1RTJA 3NAEA 4OPJA 3VQ4A 4FK0A 4FJ7A 3QETA 1UWBA 1VRTA 2E6LA 3OYJA 4FLYA 1S6QA 2YNHA 3NBPA 4J2AA 1LW0A 4FLWA 1VSEA 3G10A 4LY7A 4CJQA 2PZSA 1NK8A 3RMAA 4KRFA 4B9NA 4DTXA 4DQPA 1NJWA 4DTNA 1RTHA 3JYTA 1QSLA 4FW1A 4Z4EA 1KVBA 2Y1IA 5HRPA 1QSSA 3EYZA 4CFDA 1CLQA 3U3GA 4CHZA 4CERA 3RMDA 2HVIA 1JXEA 4OLBA 2HNYA 4O0IA 4R5PA 1IKVA 3TAGA 1RBRA 4FZYA 1C0UA 4I2QA 4AHUA 2HHVA 4KTQA 1U45A 1TK0A 4FM1A 2IOCA 4AHVA 1NK6A 1LV5A 2BGGA 2AJQA 3FFIA 4N5SA 3CM6A 4Z4FA 1U47A 3HM9A 1WLJA 3U3YA 2KTQA 1EKEA 1FKOA 3VQBA 3OYBA 1YTUA 4CHOA 4BACA 3VQCA 1JL1A 5T7BA 4WE1A 3TABA 3THVA 2YKNA 4DQSA 1NOYA 1D9FA 1L3VA 3SPYA 4BE2A 4DTJA 4EZ9A 3MEEA 4F3OA 2Z1HA 4C8LA 5KGXA 2XY7A 3PUFA 3E01A 4Q0BA 3MXMA 2Z1IA 2FC0A 4KI4A 3D0PA 1NJXA 3DLGA 5HROA 4Z4HA 4F2RA 4RW4A 2QK9A 4LD0A 3SCXA 4XIUA 3HPOA 1RT5A 4KTWA 5JS2A 2XRIA 4IG3A 3V1RA 3S3OA 3AVMA 4OKEA 1X9SA 3ZSXA 2QXFA 3CG7A 1BIUA 1J9AA 1KCFA 2ATQA 4HUEA 3MAQA 1S9GA 3KLIA 5DK5A 3ZSQA 3AVCA 4DF4A 3U6FA 1S9EA 4BDPA 1JLFA 4B9UA 1XWLA 3A2FA 3M8QA 3IRXA 4CHQA 2F96A 1KFSA 3DYAA 2KZMA 4CJTA 1JLCA 2Z1JA 3T3FA 3K58A 1MU2A 3OYDA 1BISA 3P5JA 1QSYA 2PYJA 5K14A 2VG7A 3OYGA 5JS1A 4QOZB 1U04A 4LH4A 4PWDA 3AVFA 1TGOA 1QE1A 3K5NA 4FJ8A 3AA4A 3O4QA 1J54A 3KD5E 3QINA 4GVMA 3NH2A 4CFCA 3S9HA 4CF0A 3TR8A 3OS1A 4BE0A 5D3GA 3NE6A 4AHCA 2YNFA 5SZTA 4KHUA 1B92A 4MFBA 1EETA 4DS5A 2G8FA 1C1BA 3C6UA 1X1PA 4F3TA 4FK4A 1T7PA 2HHQA 2IAJA 3F73A 3L2QA 4E1NA 5FDLA 3QEIA 4DFPA 4B9SA 2D0CA 4O55A 1EXQA 4CFBA 4W5QA 1YVUA 3HK2A 1BGXT 3HT3A 4Y1DA 4Z4IA 2QKKA 4FJIA 1ITGA 2ZQBA 3KLEA 5CYMA 3ZSOA 2GV9A 3RR7A 3L2UA 4KAZA 2FBTA 1X9WA 3M8SA 1VSFA 1T05A 3P1GA 4DF8A 1S1TA 5HP1A 3NCIA 2OYQA 4CJWA 5C24A 2F8TA 3ZSRA 1A5WA 4DTMA 4RG8A 5FROA 5E41A 3IG1A 4W5RA 3NDKA 3S3MA 4C8KA 4JS4A 1EX4A 3ZT1A 2B6AA 1LWCA 4NYFA 3OYLA 1ZBHA 1RNHA 3HJFA 1O1WA 1Z26A 4O4GA 3RTVA 1D9DA 3ZT2A 4KV8A 1BIZA 5KRSA 3SV4A 3KLGA 3RMBA 3VQ7A 1JLEA 3VA0A 1TK8A 2OZSA 4HCCA 3QO9A 2XO7A 3OYCA 1QQCA 4FJMA 1W0HA 3ZT3A 4E7IA 3PV8A 3I0RA 3VQ8A 3RR8A 3WNEA 3HVTA 3M8PA 1TKXA 2OZMA 4IFVA 4E3SA 3AVIA 3TAQA 2Y1JA 3BGRA 1UA1A 3LAKA 3TI0A 1TL1A 4CJKA 1WSJA 3PX0A 2XY6A 4FYDA 3QESA 5HRNA 5I3UA 3AO4A 3SQ0A 3V9UA 3OYIA 4DTOA 1EP4A 1BL3A 2JLEA 1IG9A 2WONA 1SL0A 3HXMA 1I3AA 4CESA 2P5OA 4FJKA 3B6PA 2IC3A 1KFDA 1RT7A 1S1XA 1JKHA 4CEQA 1HMVA 5C25A 3PX4A 5FRMA 4DWIA 2DTUA 1TAQA 1SL1A 2I5JA 4W5NA 4M42A 4DU1A 4Y1CA 1CZ9A 3DI6A 4CJRA 1NK7A 4M3YA 1RT1A 3RRGA 1QHTA 3O4NA 4CHYA 1L3UA 1WSFA 3NGZA 1JLQA 3MEGA 4TSXA 3L8BA 4FZZA 2XHBA 4AHRA 4KTZA 1FKPA 3TARA 1U48A 4B3OA 1KVAA 4W5OA 4F4KA 4FJXA 4B08A 2ETJA 3TAMA 4HTUA 3ULDA 2KW4A 1VSLA 5CYQA 1BQMA 4ZHRA 1QS4A 2RN2A 1Q9XA 4DTUA 1S6PA 3LWMA 1N5YA 4LSNA 3OS0A 2RPIA 1D5AA 1VSIA 1NKEA 5SWMA 4DMNA 1VSKA 4OGEA 1A5VA 2IGIA 4E19A 4JLHA 4CIEA 3C94A 1TK5A 4CIFA 4G1QA 4M41A 4Z0UA 2O4IA 2ZE2A 3SNNA 2A1SA 4O0JA 4FJGA 4W5TA 4NCAA 3CFRA 4NCBA 1S1WA 3G0ZA 4KKOA 1S5JA 5HRSA 3HL8A 3WNHA 1F21A 4LH5A 1WSEA 4FZXC 3P83D 3SYZA 3NF7A 3V9SA 1TKTA 2PYLA 3SI6A 1RTDA 3RMCA 1Y97A 3SUNA 3NHGA 4CEFA 4CGJA 1R0AA 1TV6A 2HHWA 1NK5A 4DTRA 3L2WA 4KREA 4CJUA 1HRHA 3HPHA 3M8RA 2OPRA 5KTQA 4DSKA 2W42A 1ASUA 2O4GA 1ASVA 4EZ6A 4DQQA 4DFKA 1RBUA 3SPZA 5KRTA 3SJJA 4B9VA 3AVBA 1Z25A 4CGHA 4CECA 1HYZA 4FLXA 3QNNA 3QEPA 4E7HA 4DQRA 4QCLA 4RW9A 3V9ZA 4B8CA 3SV3A 3QERA 1Q9YA 1ZBUA 4CJLA 2HNZA 3S3NA 4CCHA 1SKRA 3EY1A 2HHXA 4M3XA 3OS2A 3OYAA 3K5LA 5HBMA 3VQDA 1CXUA 4KFBA 1WNSA 1T8EA 4KB1A 2WOMA 1CXQA 3ASMA 3QNOA 1RT3A 1C0MA 3QIPA 1BQNA 5CZ2A 4JS5A 4CJSA 4FVMA 3LALA 4PA1A 1JLAA 1RILA 1XHZA 4CIGA 3K5MA 1TAUA 1WSHA 3AVLA 3OVNA 4DLEA 1SUQA 1REVA 4B9LA 3V81A 1RTIA 5HRRA 3BDPA 1RDCA 3MXJA 3WNFA 2HHSA 3OYEA 2VG5A 4YNQA 3EZ5A 2RF2A 4HUFA 2VWJA 2X74A 3SQ4A 3ISNC 4DSEA 2G8UA 3OYMA 4CEAA 1DLOA 3JSMA 2P1JA 1S1UA 2F8SA 4DU3A 3AVJA 2G8VA 4IKFA 3SQ1A 3K59A 3K57A 4AH9A 4KHQA 2NUBA 3LPUA 4CK2A 3V1QA 3OJSA 3DLHA 1BCOA 4CK3A 3IS9A 1SL2A 4FLUA 3DLBA 3L2VA 4CK1A 2XY5A 4J2DA 3KJVA 4K8XA 5KGWA 3OJUA 1RBTA 4DU4A 5KI6A 4Z4CA 1IKYA 1RBVA 3HVRA 4CJ5A 3HO1A 4I7FA 3AO5A 1K6YA 4CJEA 4DG1A 1VSDA 2B5JA 3VN5A 4CEEA 1TKDA 4HVJA 4CF9A 2OPPA 2R7YA 4DSFA 1IO2A 4DTSA 1LAWA 4ID1A 5J1EA 2JGUA 2KFNA 3ZT0A 3VQ5A 3ZSZA 4CGFA 3SZ2A 3AA3A 2GBZA 2ITGA 4KPYA 2EX3A 3ZSWA 3KK1A 3PX6A 2D0AA 3L2RA 2OA8A 4CHPA 3ZT4A 4I9LA 4FJNA 1HQEA 4CF8A 1NKBA 1HJRA 4UQGA 2DFHA 2DFEA 3L3VA 3LP3A 1TVRA 4OGCA 4M3WA 1VSMA 4CHNA 3K5OA 3KLHA 3ZCMA 3PO5A 5FRNA 3K2PA 4NCGA 2OPSA 1JLBA 2X6NA 2YV0X 4BWMA 3KKRA 4FJJA 3OYHA 4CGGA 4CEZA 3AV9A 4BE1A 4M45A 3LP1A 3TAEA 2P51A 5I42A 4DQIA 1ZBLA 3AVNA 3LANA 3T1AA 1YT3A 3SUOA 1CZBA 4CFAA 3D45A 3L3UA 2KZZA 1IKXA 3AVKA 3NGYA 3DLRA 2B4JA 4N56A 1HNIA 1A5XA 3DRSA 3KIOA 3DMJA 3LP0A 4E1MA 5C42A 4EP5A 1D8YA 1L5UA 4C8OA 4FK2A 1LAVA 2RKIA 2Z1GA 3AVGA 3V4IA 3LPTA 3OYNA 1C1CA 5J2PA 4CGDA 4DFJA 1HQUA 1Q8IA 2KFZA 3NH1A 1JLGA 4E7KA 3CQ8A 1U49A 1KLMA 1NJZA 2YNIA 1JXBA 1GOBA 4IFYA 4N47A 1J5OA 4CF2A 1HYVA 1JL2A 3AA5X 2HNDA 2QKBA 4J2EA 4M3TA 3ZSYA 3RRHA 5HLFA 4M3RA 2P5GA 1FXXA 2FBXA 4DS4A 3NGIA 3RWUA 4AHSA 4KHWA 2BANA 1KSPA 2A1RA 4HUGA 3VQAA 3TAFA 4KI6A 4FJLA 1ASWA 1UAXA 4IBNA 4IG0A 4FM0A 4NYNA 4PY5A 1VSHA 3DRRA 1IH7A 5J2NA 4I2PA 4BDZA 4AHTA 2X78A 3DRPA 1C1AA 3QLHA 1WAJA 3NF6A 4CEDA 4ZTJA 4F8RA 1C0TA 1KVCA 1ZYQA 2YNGA 2IS3A 1LWFA 4QAGA 3MECA 4B9MA 4FLVA 4DSLA 4HHTA 1DTQA 3OYFA 3LWLA 1GOCA 2HVHA 1RDBA 2VWKA 1IKWA 4CJ3A 4OPKA 3V6DA 1NK0A 1I39A 4E7LA 1RDAA 4BWJA 4RW7A 1WAFA 2IDOA 3HSTB 3NH0A 3V9WA 5J2MA 2E4LA 4DSIA 3LDSA 4DTPA 1NOZA 4M3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OVL A;  4OLA A;  2Q0R A;  1B9F A;  1TYQ A;  1JW2 A;  2B7M A;  3HYF A;  5C12 A;  3SUQ A;  4PQU A;  4C23 A;  3SQ2 A;  3IFR A;  3QBX A;  3TTC A;  2ASO A;  2BDP A;  3LAM A;  3OY9 A;  5AQG A;  4BDY A;  3V9X A;  4CJV A;  4U67 L;  2I7N A;  2E6M A;  4JHD B;  1WBB A;  4I6J B;  5BN9 A;  1BCM A;  4FL9 A;  4BRO A;  2JQT A;  4EP4 A;  3I33 A;  3CCE N;  3L4I A;  3GOI A;  4JRP A;  1NK4 A;  4B9T A;  1NMN A;  1S22 A;  2MMB A;  1ZBF A;  1WN7 A;  1J6Z A;  1UOC A;  1C6V A;  4CGI A;  2A5X A;  3HPG A;  2HST A;  3VET A;  5DMR A;  4GKK K;  4B3R K;  4H8K A;  2G8I A;  3LZI A;  3NF9 A;  3VQ9 A;  5BR9 A;  2O8F A;  4H4O A;  2EHG A;  4I6M A;  4O44 A;  1QTM A;  4M3Z A;  1SV5 A;  4I9Q A;  3T19 A;  1RBS A;  4CJF A;  4CEB A;  3NFA A;  4ZTF A;  1BHL A;  2FSN A;  1XC9 A;  3DOK A;  2NRV A;  4OKJ A;  5JVH L;  3VA3 A;  3HTV A;  2NRT A;  4FXD A;  2E5L K;  2ZJQ L;  3Q7C A;  4DFM A;  3U4L A;  4CE9 A;  3CER A;  4CW7 B;  5LMN K;  4FJ5 A;  1VSJ A;  1ZXO A;  3CJA A;  3AAQ A;  1J53 A;  5BPM A;  3LP2 A;  4Z4G A;  1VK0 A;  4DV7 K;  1QSS A; 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