4M3YA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-1 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3yA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3yA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3yA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3yA03
4CJTA 1SKWA 1UA0A 1LAVA 4F8RA 4DTUA 3AVGA 2OYQA 3K57A 3RR8A 4CIEA 3VQCA 2HHTA 1Z26A 4E7LA 1EETA 1BGXT 1RTJA 2B5JA 4H4MA 1KVCA 3DLGA 3LPUA 4KTZA 1HQUA 3OYBA 3DRPA 3LP0A 4CEDA 4RW6A 4AHRA 4DTJA 5EU7A 2PY5A 2G8VA 1RDCA 3AVBA 2VG6A 3AVAA 2HMIA 3D45A 4RG8A 4RW4A 4ELUA 2G8HA 2VG5A 1QE1A 1HYZA 4E89A 4BWMA 1VSJA 4MQ3A 4KFBA 4Q0BA 2KFZA 3C95A 3QEVA 3WNEA 4DWIA 2G8IA 4LSNA 4NYNA 3ZSWA 2XY8A 3TR8A 5J2NA 2G8WA 5FRNA 4DTPA 4NCAA 2X74A 5FRMA 1YTAA 1NKEA 1O1WA 3DOKA 2A1SA 1VSKA 4CERA 1T05A 3LZJA 4FJJA 3TAMA 2ZQBA 3LANA 4O4GA 3O3FA 2X78A 1BQNA 4AHVA 3CFPA 4CJWA 1JLGA 4GVMA 3NBPA 3TAFA 3EZ5A 1U45A 2G8UA 4CJVA 3OJUA 2XY6A 3TWHA 4M3ZA 3SJJA 1F21A 1VSDA 4CK2A 5HRNA 4DSKA 4CJEA 3DLHA 1NK6A 3VQEA 3NDKA 1CXUA 1D8YA 4BDPA 4BE1A 4ELVA 3MEGA 4DG1A 1D5AA 4OPJA 3PX6A 4LH4A 4FLUA 1A5XA 4N56A 3NF7A 1B9DA 4DSFA 1NK5A 3SUNA 3SNNA 1NJXA 5J2MA 1HYSA 3SPYA 4FLXA 4LY7A 2HNZA 2YKNA 3LAMA 4BWJA 4CHNA 4FZYA 2X6SA 2D0CA 3AA5X 4UQGA 4E7JA 1KTQA 4FJIA 1UAXA 3P5JA 4Z4GA 3AA3A 4AHTA 2O4IA 3L2QA 3DRRA 1RT7A 3U6FA 1S6QA 1CXQA 1D9FA 3AVCA 2F8SA 3IRXA 4G1QA 4OKEA 3SCXA 4FJ9A 2Q3SA 4CJQA 1LV5A 3ZSYA 4M3XA 3ZT3A 3AO5A 4OGEA 1L3SA 1WSHA 2VWKA 3HVRA 3TARA 3HM9A 2RPIA 3EY1A 5KGXA 2DFEA 4JLHA 2GUIA 3VA3A 1RT1A 1VSEA 4O44A 4NCGA 1ASVA 1RT3A 3K2PA 4I2PA 1L3VA 3BDPA 4F4KA 2HNYA 3LP3A 4ID1A 3RMDA 2XHBA 1TGOA 1D9DA 1G15A 3PO5A 3HK2A 2P1JA 2WOMA 1S1VA 4CEFA 4C8KA 4I2QA 2FBVA 3AVLA 1BL3A 3G10A 4FZZA 3PO4A 3PY8A 4M45A 2B4JA 3S9HA 1RDDA 4DSJA 4FK4A 2BGGA 1IG9A 4Z4EA 1RCHA 2AJQA 1TAUA 3M8RA 2DTUA 3ITHA 1LW2A 5CYQA 3ZSQA 4F2RA 4B9VA 4JRQA 3L2VA 3HL8A 4DU3A 3V1RA 4DU1A 1SUQA 3PUFA 2F8TA 4HUEA 3I0SA 4KHYA 1S9GA 1TV6A 3QIPA 3QEWA 1SKRA 3C6TA 1ZBIA 1QHTA 3NHGA 1N5YA 3ZSRA 3CM6A 1RTIA 3RMAA 1IKWA 3LDSA 2OPQA 4OPKA 4FLWA 4H4OA 5J1EA 1FKPA 1NJZA 4N47A 1BCMA 4M3TA 3TANA 3O4NA 5KGWA 2IOCA 3VQ6A 3P83D 1XHZA 2OZSA 1LWEA 4O0JA 3S3MA 3V9ZA 4LSLA 4H8KA 4PQUA 1Q9XA 2ITGA 4KPYA 5D3GA 4M3YA 1C1CA 1BI4A 3CM5A 4IDKA 5HRRA 3OYKA 3NH1A 3NF9A 4FW1A 1MU2A 3T3FA 4W5TA 4GW6A 4FJGA 3AV9A 3LALA 2BE2A 1EP4A 2RF2A 3T19A 3F9KA 4DTSA 4B8CA 4CHYA 4I9QA 4E7IA 3U3GA 3TAEA 4E7KA 1J5OA 4FM1A 3OJSA 3SI6A 4LD0A 3U3YA 4PUOA 4HCCA 2ATQA 3AVKA 1ZBUA 4FJMA 3VQ4A 3PX0A 1LWFA 1VSHA 4Y1CA 3CFOA 3VQ9A 4KHQA 3NH0A 5DMRA 3D0PA 3LWLA 1JL2A 3OYEA 1XI1A 4FJHA 1UWBA 2EX3A 4O5BA 1RT6A 3KLGA 3FFIA 3SQ4A 1EKEA 1RT2A 4KO0A 4CE9A 3TI0A 2HHSA 1BCOA 1HJRA 4CFCA 1JKHA 1T7PA 2KZMA 5I3UA 4DLEA 2I5JA 4BE0A 4PA1A 2FC0A 2YHAA 3KK2A 2R7YA 3V9UA 4E7HA 4DSLA 1YVUA 4Y1DA 1W0HA 3C94A 3KLIA 5CYMA 3CYMA 4HUFA 4C8MA 2D0AA 3HT3A 3ASMA 2HHXA 1TAQA 4CIGA 4IFYA 4CGIA 4J2DA 5J2QA 1HMVA 1RNHA 4C8LA 4DQPA 2KQ2A 4KI4A 4DFJA 3L3VA 3ZSOA 1VRTA 4KKOA 1SV5A 3KTQA 1Q8IA 1ZBFA 3K5OA 4E1NA 2XY7A 3TABA 1GOCA 1KLMA 3M8PA 2VG7A 3KKRA 4OKJA 1S9EA 3DLEA 4FJLA 4CGJA 4CFDA 5C42A 3DM2A 3SV3A 1HPZA 3QO9A 3MXJA 4DTMA 1RDBA 1RTDA 3LZIA 2JLEA 4J2AA 4KV8A 3MXIA 1NOYA 3NF6A 1RBSA 1WLJA 3S3OA 1TK8A 4M3UA 2OA8A 4B9MA 1IO2A 2P51A 3L3UA 1S1UA 2Z1GA 1KFSA 1KFDA 2IS3A 4I7FA 1WN7A 3IAYA 1BQMA 2ZE2A 4B9TA 2PYLA 2X6NA 2NUBA 1U04A 2GV9A 4FJKA 1BISA 3LP1A 3OYLA 4J2BA 1BI4B 2RKIA 3RWUA 3G0ZA 4CEOA 1RBUA 1B9FA 3ZSVA 4BDZA 3QNNA 4DQQA 5FDLA 3OYDA 4CGGA 3A2FA 4Q5VA 4KTQA 3THVA 2QKBA 4EZ6A 4EZ9A 2Z1JA 2B6AA 3P1GA 1WAJA 4FM0A 2JGUA 2BANA 4O0IA 4DS5A 4DF8A 4ID5A 4KRFA 1NK9A 1C0TA 1DTTA 1Z25A 4CEZA 3JSMA 2YV0X 2E6LA 1JLQA 2FBTA 1S6PA 4B08A 4KHWA 1QS4A 2YNIA 2HHVA 3AO1A 4DQSA 1KSPA 1S5JA 2YHBA 1JXEA 1BIUA 5CY4A 1EX4A 1YTUA 2Y1IA 4FW2A 4CHPA 4BDYA 1U47A 3SQ2A 4DMNA 3K58A 4CESA 3DOLA 4CEAA 1TL3A 4RW7A 1TL1A 1XC9A 4DF4A 4DU4A 2HHWA 3OS1A 1CLQA 1CZ9A 3OS2A 5HRPA 5KTQA 4HUGA 2YNGA 2P5OA 4DFKA 1C6VA 3QERA 1ASWA 1JLEA 3O3HA 3OS0A 5HROA 2QK9A 4HVJA 1C0UA 2IC3A 4OVLA 1L3TA 2G8KA 3QETA 3ZSZA 4DQIA 3QEPA 4L8RB 3B6PA 3MECA 3OYAA 3RR7A 5DK5A 1WSIA 3HP6A 4JS4A 4CHQA 4NCBA 4FZXC 3NGIA 4DSEA 1WSEA 2OPSA 4R5PA 3QNOA 3I0RA 5K14A 4OGCA 3ZT1A 4DTNA 1UOCA 3ZCMA 3OYGA 2Z1HA 4HCBA 3AVNA 4B9NA 4KTWA 4RW8A 1N6QA 3HVTA 4M3WA 3MEDA 3NFAA 3KIOA 4CJKA 4CJLA 1Q9YA 1HNVA 1JLBA 4F2SA 3AO4A 1RDAA 3IG1A 5E41A 2Z1IA 5SWMA 3MEEA 3AA4A 1KLNA 4PWDA 3OY9A 3HXMA 4IG0A 2LSNA 4FLVA 4K8XA 1IKVA 3LP2A 3ZT4A 1TKDA 3NF8A 4FVMA 2OZMA 1WSFA 5KI6A 1X9WA 2W42A 2FBYA 4C8NA 4CF0A 4RW9A 4B9UA 1RBTA 2EHGA 3HP9A 3SQ1A 1VSLA 3ZT2A 1I39A 4CK1A 1X1PA 3OYJA 1UA1A 4QAGA 4DQRA 1RBRA 3NCIA 4FLYA 3NE6A 3RMBA 3HYFA 3IS9A 3KD5E 1WNSA 2DY4A 3HPGA 3KK3A 4BACA 4QOZB 1VSFA 3OYFA 1WAFA 3DI6A 3KKSA 3O4QA 1K6YA 3KJVA 3KK1A 3SV4A 1NKCA 3VQPA 4Z4HA 4E3SA 3HSTB 1ITGA 4Z0UA 4FM2A 5I42A 4OLAA 4CHZA 4ZTFA 3K59A 3M8SA 1LWCA 3WNGA 3QEXA 3AVMA 1NJWA 2KTQA 4FJ5A 2F96A 1KVAA 4AHSA 3KLFA 2ETJA 3K5NA 2P5GA 1KCFA 1LW0A 3I8DA 4CHOA 4KAZA 2KZZA 4E19A 4DTOA 3PX4A 1JLCA 5T7BA 3QESA 3TAQA 4ZHRA 2XO7A 1JLAA 4CJUA 2HVIA 3ZT0A 3V9WA 3OYMA 4DFMA 5HP1A 1RILA 3SPZA 3ALYA 1RT5A 2OPPA 1BIZA 4NYFA 4FJNA 2KW4A 1QSLA 1HQEA 1XHXA 3SZ2A 4W5RA 3OYCA 2A1RA 1NK4A 3RRHA 1KVBA 4B9LA 1EXQA 4Z4CA 4KREA 4QCLA 1W9HA 4N76A 1NK8A 5KRTA 1SL1A 1IH7A 3V9SA 3VQQA 1J54A 3F73A 3MXMA 4EP5A 2HHUA 2E4LA 3QINA 4YNQA 3C6UA 4YFUA 4PY5A 4WE1A 1REVA 1HNIA 1ZBHA 3AVFA 1VK0A 4CEQA 3DLKA 1QTMA 3O3GA 3LAKA 4CF9A 1JL1A 1SL2A 4O55A 4CJ4A 2Y1JA 4DSIA 4FK2A 3NGYA 1SL0A 3UIQA 4AH9A 4IFVA 1A5WA 3VQ8A 4CF8A 3CG7A 3SQ0A 3AA2A 1J53A 3QIOA 1C0MA 4IG3A 4CJSA 3RMCA 4EP4A 3DYAA 4M41A 3AVHA 5HBMA 3OYHA 3K5MA 3RTVA 4CEEA 1X9SA 3PV8A 3NAEA 1GOAA 4KHNA 4GMJB 4OJRA 2GBZA 2DFFA 4CEBA 3V81A 3HJFA 4I9LA 1XWLA 4XIUA 4W5OA 4ICLA 4M3RA 2E6MA 3H08A 1QSSA 2G8FA 4DLGA 4DS4A 4FCYA 3LWMA 3L2WA 2KFNA 2OPRA 3L8BA 4FLTA 2XY5A 1S1XA 2QKKA 4HTUA 2IAJA 5HRSA 1B92A 1HYVA 5CZ2A 5C25A 2YKMA 1NJYA 4CCHA 3EYZA 4KB0A 1RTHA 3VN5A 2RN2A 4LH5A 3ZSXA 3WNHA 3DLBA 4MFBA 1YT3A 1CZBA 2D0BA 4FYDA 3VA0A 3K5LA 3V1OA 4B9SA 2D5RA 4CGHA 4AHUA 4F3TA 4FJ8A 3RRGA 1GOBA 1A5VA 2DFHA 3S3NA 4CGDA 1S1TA 1VRUA 3DMJA 3SYZA 3VQ5A 2YNHA 4TSXA 3V4IA 1FKOA 1IKYA 3KD1E 1VSIA 3AVJA 1DTQA 1JXBA 2ZD1A 3SUPA 4N41A 2PZSA 1BHLA 3ULDA 2QXFA 3V1QA 4CF2A 4CK3A 3NGZA 4ELTA 4CJFA 1ZBLA 3HPHA 1U49A 2WONA 1T03A 4F3OA 4C8OA 5J2PA 4JRPA 4FK0A 1NK7A 1U4BA 1NOZA 4Z4FA 3CQ8A 2VWJA 4IKFA 2PYJA 3B6OA 4AILC 1I3AA 3T1AA 4IBNA 2HNDA 2O4GA 5JS1A 3SUOA 5KRSA 4CJRA 4KI6A 4KHSA 3WNFA 3AO3A 1RT4A 5SZTA 2HW3A 4CFAA 2HHQA 4KB1A 3OYNA 3VQDA 3VQAA 1VSMA 3E01A 4CFBA 3M8QA 1TVRA 3VQBA 3OYIA 5HLFA 1ASUA 1ZYQA 3TAGA 3V9XA 4AHCA 4BE2A 1R0AA 1TKTA 5JS2A 1WSJA 1L3UA 3DLRA 4CIFA 1QQCA 4K8ZA 1Y97A 4E1MA 4DTXA 4N5SA 1LAWA 4B8AB 1FXXA 1HRHA 4CJ5A 4HHTA 3AVIA 3L2UA 3CFRA 4W5QA 5CZ1A 4FLZA 4JS5A 4M42A 1X9MA 4CGFA 3KLEA 4CJ3A 1U48A 2BDPA 4DTRA 1J9AA 3KLHA 4E0DA 4KHUA 3DRSA 4FXDA 4W5NA 4CJPA 1TK5A 3VQ7A 3TAPA 1JLFA 3AO2A 1TKZA 1FK9A 3NH2A 1SKSA 1T8EA 1IKXA 1NK0A 1C1AA 1QSYA 3V6DA 4OKKA 5C24A 1L5UA 1KRPA 1C1BA 1WSGA 2YNFA 3HPOA 3QEIA 1TKXA 3OVNA 2XRIA 1DLOA 5FROA 3JYTA 3L2RA 4ZTJA 1S1WA 4FJ7A 3QLHA 2IGIA 2FBXA 3SUQA 3ISNC 4J2EA 3LPTA 4Z4IA 4CECA 1RBVA 2IDOA 4OLBA 4FJXA 4CF1A 2HB5A 1NKBA 2HVHA 3MAQA 4B3OA 3HO1A 3BGRA 4DFPA 1TK0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LAV A;  5C2D A;  4DTU A;  3K57 A;  3MN5 A;  4CIE A;  3VQC A;  5IWA K;  4L3Q A;  3SMS A;  4B1X B;  4ISG A;  2B5J A;  3LPU A;  1HQU A;  4RCH A;  4RWT A;  4CVN E;  3SK3 A;  4CBW A;  4DV2 K;  3AVA A;  3D45 A;  4JK8 A;  3JAM O;  4E89 A;  2JQT A;  3CC4 N;  4KFB A;  4I6M B;  2P9K A;  4Q0B A;  2KFZ A;  3EKS A;  2RCU A;  3C95 A;  1FZ1 E;  4DWI A;  4EHU A;  2G8I A;  4LSN A;  4NYN A;  1ESV A;  2G8W A;  3TR8 A;  5FRN A;  4DTP A;  1XQS C;  5FRM A;  3LDP A;  1NU0 A;  1O1W A;  5AQK A;  1CZA N;  2UUA K;  1VSK A;  3D2E B;  4CER A;  3LZJ A;  3TAM A;  4BC5 A;  2ZQB A;  4AQY K;  5KQD A;  1KD1 O;  3N1B A;  1BQN A;  3LDO A;  3SBT A;  2B1E A;  1F21 A;  3NVM A;  1VSD A;  4CK2 A;  3E9L A;  4WFA L;  3NDK A;  1D8Y A;  3JXU A;  4ELV A;  3PX6 A;  4OPJ A;  3MKS B;  2VCP A;  1A5X A;  2IVN A;  1NK5 A;  1B9D A;  2O8E B;  1RDU A;  1HYS A;  1YHQ N;  4FLX A;  4LY7 A;  2HNZ A;  3ULE A;  3AA5 X;  4K43 A;  5DM6 L;  5BR8 K;  1UAX A;  3P5J A;  4B1V A;  1E3M A;  5KQ8 A;  1TUY A;  1VQM N;  1RT7 A;  1Z05 A;  3AVC A;  3MMV A;  3F9M A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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