4M3YA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-1 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3yA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3yA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3yA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3yA03
4B9LA 4BWJA 4DMNA 3DRSA 1VRUA 1JL1A 2RPIA 1JXEA 1TVRA 4LH4A 5C42A 3OYAA 2G8VA 3K5NA 2B4JA 4FW1A 2YNIA 3RMCA 3BDPA 4O4GA 4IFVA 1XHXA 3M8RA 4B8AB 2P5GA 4FVMA 1BL3A 1WSFA 4LSLA 4CJFA 1QQCA 4E7JA 4NCBA 1HJRA 5CY4A 4FZYA 3ALYA 2KQ2A 3AVJA 4EP5A 4KHQA 4O0JA 2KFNA 4DTRA 4NCGA 3G0ZA 4AH9A 3ZT2A 1JLQA 4F8RA 2FBYA 4E1MA 3QEXA 4CJVA 3VQ8A 3PV8A 3DOLA 1JLBA 3AVLA 4RW9A 3SV3A 4DQQA 1ZBHA 1QTMA 1LAVA 4YNQA 4C8MA 3SCXA 1HRHA 4H8KA 4DTXA 2Z1GA 3O3FA 3OYDA 1SL2A 1NJXA 1J53A 1HQUA 2OYQA 4PQUA 4CJ3A 1RT4A 3G10A 3LPTA 4RW4A 4CHQA 3L2VA 3PUFA 3OY9A 3DLHA 1SKRA 1RNHA 4DG1A 1F21A 3TAGA 4DTPA 2F8TA 4DSJA 3KKRA 3NGYA 1RBUA 1NOYA 4AILC 4KAZA 2ETJA 3NBPA 3NCIA 2E6MA 4CESA 3T3FA 3O4QA 3DOKA 1RCHA 5HBMA 3VQ4A 3TAPA 2G8WA 4O44A 3P5JA 1L3SA 1JLEA 3AVNA 2FC0A 4Y1CA 3RTVA 4KFBA 3KIOA 3OYFA 4FW2A 2Q3SA 3LDSA 1RBRA 4K8ZA 4DSKA 2DFFA 3S3MA 1JL2A 3K57A 2OA8A 1RTHA 4OGCA 3ZSZA 3CM6A 3V9UA 1L3UA 3RRHA 4JS4A 4JRPA 4CCHA 3ZSVA 1O1WA 4E0DA 4J2EA 2LSNA 2HVHA 1VSEA 1C0TA 4CF0A 4CJTA 1D8YA 4CECA 3QIOA 2O4IA 3OYEA 4DQRA 2P1JA 4CHPA 3SPZA 4IKFA 4KHUA 4CGGA 4RW8A 4CK3A 3S3OA 3SUOA 3RRGA 1C0MA 1IO2A 5SWMA 1BIUA 4DTOA 4FJ5A 2HW3A 3NGZA 1S1WA 1TL3A 5HLFA 2PZSA 4DLEA 1SKWA 3NAEA 4CK1A 4CJLA 3V6DA 3KD5E 4Z4GA 1Q8IA 2HNYA 1S1VA 2RN2A 5J2MA 1WSHA 3HPHA 3RMDA 4FLYA 4BDYA 3QEVA 2X78A 1S1TA 3MEGA 2HVIA 2HMIA 1NJYA 3AVKA 2OPQA 5JS2A 4FYDA 3QNNA 1RDAA 4FJMA 3TAMA 3VQDA 3B6OA 2A1SA 2JGUA 4BWMA 3OJSA 4DFMA 4FXDA 3C94A 5FDLA 1KLMA 3VQCA 4QOZB 3NF9A 1RT5A 3U6FA 4KI6A 3L2WA 3V9SA 1TV6A 4ELUA 2B6AA 4B9SA 4W5NA 1C1BA 1RILA 4CGHA 1YVUA 1SUQA 3JSMA 5SZTA 2G8FA 5HROA 1TKZA 4KRFA 3WNHA 1G15A 1NK7A 4PY5A 3L3VA 1MU2A 3WNFA 1ZBLA 3LWLA 2G8UA 1KVAA 4KI4A 4NYFA 3NHGA 3TAEA 1JLFA 1NK6A 1RT3A 3FFIA 4MFBA 4CGDA 3ISNC 4CGFA 5J2QA 4C8KA 3C6UA 1NK0A 4N47A 2Z1HA 3AVHA 3OYNA 1VK0A 3SQ4A 4IG3A 1S1UA 3KLFA 3S3NA 3T19A 4CJUA 3TANA 5I3UA 1R0AA 3VQ5A 4CJPA 2FBTA 1X9SA 1X9WA 3RR7A 3PO5A 4TSXA 3OYBA 2FBVA 2HHUA 2YNFA 4FM0A 4CF8A 1Q9XA 3QEWA 4CJ5A 1HNVA 1BHLA 4C8NA 1RT1A 2KFZA 1WLJA 1JLAA 1ASUA 4DSIA 3SJJA 1RTIA 1LWFA 4DQSA 2F96A 3AVFA 5CZ2A 3I0RA 1GOAA 4KO0A 3MXMA 1TK5A 5T7BA 2YV0X 4FJHA 4Y1DA 3CQ8A 1CZBA 2HHTA 4GW6A 3I8DA 3MXIA 4CF1A 4BE2A 1DTTA 4ZTJA 3HK2A 3ULDA 4DU4A 2DTUA 3SZ2A 3ZT3A 2E4LA 1KVCA 2D0BA 1EXQA 4DU3A 2P51A 4KKOA 4DSEA 1L3TA 3DLEA 3HL8A 1WAJA 4J2BA 1C1AA 4E3SA 5HRNA 1ASWA 4F3TA 5CYQA 5J2PA 4M42A 3H08A 4DTNA 4DTJA 1XI1A 3VQPA 4J2AA 1RT2A 1KTQA 3MEDA 1U04A 1ZBFA 4DS5A 2Z1JA 3HVTA 4E7HA 3ZSWA 4CEDA 2QKKA 2G8IA 3NFAA 2HHXA 3HT3A 1HYZA 4KHSA 2NUBA 1U45A 1HPZA 1LWCA 1S1XA 2GUIA 4AHRA 3DRPA 3C6TA 1Y97A 5CYMA 2HHWA 5EU7A 1UWBA 4QAGA 4DFJA 4CGJA 2KTQA 3QINA 2E6LA 3U3GA 1BCMA 2YHBA 4CJRA 2P5OA 2OPSA 4NYNA 3VQQA 3A2FA 2PYJA 3QERA 1Z26A 1JXBA 5E41A 4G1QA 3O3HA 3HP6A 2BDPA 2GBZA 1B92A 4L8RB 3AVAA 5HRRA 4N41A 4E89A 4ELTA 3HPOA 1NJWA 4CIFA 3HXMA 1TK8A 1VSKA 2VG7A 1TL1A 2VG5A 4CEOA 3TAQA 4QCLA 3QIPA 1TGOA 1WSEA 4W5QA 4JRQA 1WSGA 4FLWA 3LAKA 1S5JA 4CFBA 2JLEA 2DFEA 4AHTA 3AO5A 3ZT1A 1YT3A 3VQEA 3CFPA 1DLOA 4O5BA 3HVRA 4HUEA 5D3GA 1I39A 5FRMA 3HJFA 4M3WA 2XO7A 4DF8A 3CFRA 1YTAA 3NF7A 4DQPA 5HP1A 1S9EA 4CEBA 1FK9A 3SUNA 3F9KA 4E7LA 1GOCA 1CZ9A 2VG6A 4E19A 3OYIA 1TKXA 4PWDA 4J2DA 1A5VA 4W5RA 4Z4IA 4CJWA 1BISA 4BE1A 1HNIA 2DFHA 3OVNA 1BQNA 3NF8A 4FK4A 4KHWA 1RT7A 1QS4A 2I5JA 5C24A 3KTQA 4FM2A 4B9TA 4Q5VA 4NCAA 4FJNA 3ZCMA 1HYVA 3VA0A 2YKMA 3TWHA 3QESA 3LZIA 1JLGA 3TI0A 4CEQA 1ZYQA 1SL1A 1T05A 3O3GA 1L3VA 3NF6A 1T7PA 4H4OA 4FLVA 1EKEA 3K5MA 4KV8A 2X6NA 1LW0A 2OZMA 1QE1A 4CEZA 3AA4A 1KSPA 1NK8A 4DTMA 1D9DA 2G8HA 3ITHA 4CIGA 3OYLA 4B08A 4IFYA 3ZT0A 3ZSQA 3ZSRA 3P1GA 4DWIA 4M3TA 1S6QA 1VRTA 3DYAA 1U47A 4BACA 1EETA 1LAWA 3DRRA 4LH5A 3VQ6A 2XHBA 2ZQBA 4CEAA 1RT6A 4ICLA 3NH2A 5J2NA 1UA0A 4B9MA 3C95A 4R5PA 3OYCA 3AO3A 5KI6A 1U49A 1RBTA 2QXFA 2XY7A 1LWEA 4IBNA 1X9MA 4Q0BA 1CXUA 4DF4A 5FRNA 3L2UA 3EYZA 2IS3A 1FKPA 1QSYA 4N56A 2PYLA 4I9QA 2BGGA 4CK2A 2IOCA 4N5SA 4F3OA 2IDOA 3L2RA 2HHQA 3AO1A 1QSSA 4IDKA 1UOCA 3MECA 4FK0A 1NJZA 3O4NA 3AV9A 3S9HA 1D9FA 4KPYA 1Z25A 2QKBA 3CFOA 3OYMA 2D0AA 4XIUA 4B9NA 4E7IA 3K58A 4DQIA 2B5JA 1RDCA 4W5OA 3D45A 3IS9A 1JLCA 3SNNA 1JKHA 1BQMA 5C25A 3NH0A 3JYTA 4ID1A 3HP9A 4N76A 5KGXA 3K5OA 1FKOA 2X74A 3LAMA 3HYFA 4Z4EA 3TR8A 3V9XA 3IRXA 3TAFA 1A5WA 2RF2A 5KTQA 3TARA 4B9VA 4AHUA 4F4KA 2F8SA 4EZ9A 3RR8A 4M45A 1ZBUA 1QSLA 4ZTFA 4FJKA 3OS0A 3OS1A 4KTQA 3THVA 1WSJA 4DSLA 1C0UA 2D5RA 1VSMA 1VSHA 2OZSA 3LANA 4OKJA 2IGIA 4ZHRA 4OKEA 3V81A 1K6YA 2XY6A 2AJQA 4LSNA 4CGIA 3OYKA 1FXXA 4YFUA 3WNEA 4FLUA 3BGRA 1TAQA 5DMRA 3VQ7A 4M41A 2W42A 4DSFA 2PY5A 4AHCA 1BGXT 1VSIA 4HUFA 2R7YA 3KLIA 1BI4B 3K5LA 4HCBA 2HB5A 4CHNA 2O4GA 3AA5X 3L2QA 4F2SA 5KGWA 4HTUA 4FLXA 1VSFA 1VSLA 3DMJA 3SYZA 3QEIA 4RG8A 1SV5A 4CFCA 4OVLA 4DS4A 1XC9A 3U3YA 4ID5A 1NK5A 1BCOA 1IH7A 3SUQA 4FK2A 2VWKA 1W0HA 3VA3A 4ELVA 4M3XA 2A1RA 1NKEA 3KLEA 1CXQA 1ASVA 3KK3A 4KTZA 3ZSOA 3V1QA 3L3UA 3OJUA 2GV9A 4KB0A 2FBXA 3IG1A 3KKSA 4CEEA 3V9WA 3QEPA 4CERA 3SV4A 2WOMA 3SQ0A 1N5YA 4FJJA 4M3ZA 1QHTA 3L8BA 3NDKA 3QETA 3NGIA 5KRSA 3AVMA 4F2RA 2BANA 1KVBA 3VQ9A 4JS5A 1U48A 4HCCA 3SI6A 1RBVA 1ITGA 1X1PA 3HO1A 3SQ2A 1YTUA 1KRPA 1W9HA 4GMJB 1J9AA 2WONA 4H4MA 4Z4FA 3DLBA 3LP3A 5CZ1A 4KHYA 1HYSA 1RDDA 4E1NA 4FJGA 2DY4A 1EX4A 3EY1A 4FJ8A 3LP1A 1T03A 1TK0A 1KLNA 1S9GA 1B9DA 3CYMA 3E01A 4PA1A 2KZMA 3LALA 3OYHA 2YNGA 1VSJA 3CM5A 3AO4A 4PUOA 3DI6A 5K14A 3V1RA 3RMBA 4DTUA 4CJ4A 1XWLA 2YHAA 4OPKA 4OKKA 3PX6A 4FJIA 4O0IA 4CHZA 3V4IA 1RTJA 4E7KA 3UIQA 2Z1IA 3I0SA 3LPUA 2XY8A 3ZSYA 1KFDA 4EP4A 1I3AA 3ZT4A 4C8LA 4C8OA 2EX3A 4I2QA 4I2PA 4K8XA 4LD0A 4HVJA 3RMAA 4CF2A 4FZZA 3SPYA 3HSTB 3V9ZA 1L5UA 4OLBA 4DFKA 1GOBA 4LY7A 3KLHA 4BDPA 1XHZA 3AVBA 4CJSA 4Z0UA 3AVCA 4KHNA 3D0PA 4CFDA 3QNOA 3KJVA 3PY8A 2HHVA 3KLGA 3CG7A 1EP4A 5HRPA 1CLQA 3VQAA 1TKDA 3EZ5A 1T8EA 4CJQA 5DK5A 4CJEA 3M8PA 1B9FA 1NKBA 1NK4A 1WAFA 4MQ3A 4DU1A 2ITGA 1SKSA 1IKYA 2KW4A 2ATQA 1C6VA 4JLHA 1IKWA 3SQ1A 4CFAA 1KFSA 4RW6A 4DLGA 4FJ7A 5FROA 2YNHA 4KTWA 3LZJA 5JS1A 3QLHA 4Z4CA 3PO4A 3AO2A 4CIEA 3KK1A 4IG0A 3KK2A 2ZE2A 3MAQA 1RTDA 3M8QA 1SL0A 4DFPA 2BE2A 3SUPA 3F73A 1IG9A 4W5TA 3AVGA 2HNZA 2IAJA 1IKXA 4FLZA 3T1AA 2G8KA 2Y1IA 4GVMA 3OYGA 3AA3A 3AVIA 1UA1A 4KB1A 4CF9A 1D5AA 1WSIA 1HMVA 3NH1A 4WE1A 4FJXA 4FCYA 4KREA 1TKTA 1IKVA 4FLTA 2OPRA 3DLKA 3QO9A 3M8SA 3K59A 3P83D 4AHVA 1J54A 3HPGA 2HHSA 4CJKA 3VQBA 5KRTA 1Q9YA 1NOZA 3KD1E 1RBSA 1WN7A 2XRIA 3DLRA 3MEEA 4RW7A 4M3UA 4FM1A 4CEFA 3OYJA 2ZD1A 3HM9A 4BDZA 4O55A 3RWUA 2KZZA 4BE0A 1WNSA 2XY5A 3PX0A 2D0CA 4OLAA 1NKCA 1LW2A 4AHSA 1A5XA 2HNDA 4DTSA 1KCFA 2X6SA 3NE6A 3AA2A 1ZBIA 3V1OA 2RKIA 4I7FA 4OJRA 5J1EA 2EHGA 2IC3A 3PX4A 5I42A 1NK9A 2OPPA 1HQEA 3TABA 2VWJA 3WNGA 2Y1JA 4I9LA 3ZSXA 4CE9A 1BIZA 3OS2A 4B9UA 1UAXA 1DTQA 1TAUA 3LWMA 1RDBA 1REVA 1LV5A 4M3RA 3ASMA 3IAYA 4Z4HA 4UQGA 4FZXC 4OGEA 4B3OA 2YKNA 3MXJA 4CHOA 4B8CA 4FJ9A 1U4BA 3VN5A 4M3YA 1BI4A 5HRSA 1N6QA 3DM2A 4HHTA 3DLGA 3LP2A 3LP0A 4HUGA 1VSDA 2QK9A 4CHYA 3K2PA 3B6PA 1S6PA 4OPJA 1C1CA 4FJLA 4EZ6A 1J5OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2CH5A 4AM7A 4DQSA 3AVFA 1XVFE 1GOAA 4KO0A 3MXMA 4BR9A 4MLEA 2O8DA 1DTTA 1XMHE 1TYQB 3ZX2A 2P51A 4KKOA 2P9UA 3DLEA 4J2BA 4H0TB 3VENA 5HRNA 1VQKN 3E4YA 3H08A 5AQIA 3DWLA 4DTNA 4DTJA 3VF6A 1RT2A 3VTIA 4JKDA 2GTDA 2Z1JA 3SVIA 4E7HA 3ZEUB 3ZSWA 4CEDA 2G8IA 3SAFA 4DUZK 3UKUB 4YDUC 1IBLK 2NUBA 1S1XA 3L0MA 3LDNA 1UWBA 4YHHK 2YHBA 5AQRA 2P5OA 2OPSA 3I33A 3VQQA 2BDPA 1JXBA 3O3HA 5HRRA 4E89A 4M63C 4I6JB 3HXMA 3K9JA 3TAQA 2VG7A 2VG5A 4BRFA 1TGOA 4W5QA 3LAKA 3D2FB 3JAMO 2JLEA 4AHTA 4H5NA 1RDUA 5HL7L 3CFPA 2VJ4A 4L3QA 3HVRA 5D3GA 3A5MC 2FSNA 4M3WA 4JKEA 1YTAA 2O8EB 1S9EA 1GLCG 4CEBA 3F9KA 3SUNA 3FZKA 3OYIA 4J8FA 1EWQA 4PWDA 1A5VA 2IIRA 4JAXA 4FWLA 4CJWA 1BISA 4CZFA 2DFHA 5HOOA 4W5RA 4DR5K 3MX5A 3BY5A 2ZGZA 1FZ1E 1KAXA 3VA0A 4A5BA 1W97L 2NRWA 3B8AX 3TI0A 4CJ7A 3THYA 1SL1A 3GOIA 3J81O 3O3GA 1L3VA 4H4OA 1E3MA 4KV8A 1LW0A 2E2NA 3AA4A 1NK8A 4EFHA 3V7DB 3OYLA 4IFYA 1NGIA 5FPMA 3ZSRA 3P1GA 2RKHA 3E9OA 4BACA 3VQ6A 1K8AO 5J2NA 3NH2A 4ILGB 3OYCA 2QXFA 1FYZE 4H0XB 4Z94A 1CXUA 4BGBA 4JI6K 3CCQN 4I9QA 4CK2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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