4DTUA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp opposite an abasic site and ddc/dg as the penultimate base-pair
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtuA03
1VSLA 4N5SA 4FJ5A 1TAQA 1D9FA 1TK5A 3S3NA 1L3TA 5CZ2A 3LANA 4F4KA 2BGGA 4CEFA 3RMBA 1WNSA 2E6MA 4OKJA 4J2DA 4G1QA 4I2QA 2ZE2A 1SKSA 1Q9XA 3OYLA 3KK2A 1NK0A 1NKBA 4KRFA 4KKOA 3V4IA 1RBUA 1HQUA 1VSDA 4Z4EA 5E41A 5K14A 4YNQA 4H4MA 1Q9YA 3KLEA 1GOAA 3O4NA 4DQSA 3K57A 4CIEA 1JL2A 1IKWA 5SZTA 2X6SA 3DLKA 3SUPA 3KLFA 3AVAA 4N41A 4EP5A 3SV3A 1RT7A 1KVBA 2XY8A 1TK8A 3V9WA 4FM2A 3SJJA 3NF9A 3VQDA 5J2MA 3E01A 2B6AA 3D0PA 3THVA 4CGFA 1NK7A 1NK8A 2G8IA 1C6VA 3OYHA 3VA0A 1BIUA 1WAJA 3HT3A 3JSMA 3AO2A 2PYLA 3PO5A 4NYFA 4CERA 4Z4HA 3DLRA 1BQNA 1X1PA 1HJRA 4OJRA 4CJ5A 3QEIA 2HHSA 2FC0A 3KD1E 1S5JA 1ASUA 4O44A 3OYDA 1RILA 3HM9A 5J2QA 3RR7A 3KLGA 1NKCA 5HLFA 3SQ4A 2HW3A 1F21A 3ZT4A 4B8CA 3NDKA 4E7HA 2KZMA 4O5BA 1NK6A 2O4IA 1JLFA 1LW2A 3ULDA 5EU7A 4CEDA 4CGHA 3CG7A 3D45A 5KGXA 3VQ5A 3V1RA 3PX4A 2RN2A 3TANA 2R7YA 4Y1CA 4LH5A 3TAQA 1NOZA 1ZBFA 4I9LA 1U4BA 4OLBA 4FJNA 1XHXA 1S6PA 4HCBA 1C1BA 3SUQA 4J2AA 4C8KA 3O3HA 1DTTA 4W5TA 4HTUA 1C0UA 2HHTA 4J2BA 3OYCA 3SV4A 4CEEA 4JS4A 2WOMA 3ZSWA 3V9UA 1ZBIA 1DTQA 4I9QA 3O3FA 1U47A 2D0AA 1B9FA 3ZCMA 4CHZA 4DTXA 4CF2A 4BE1A 1GOBA 4B08A 4CJVA 4CHOA 1NKEA 3VQEA 1S9EA 4CF9A 1ASVA 2I5JA 2OPQA 4CEOA 3EY1A 4AHVA 1NJWA 4WE1A 3WNEA 4GMJB 5KTQA 2Q3SA 1HNVA 4H4OA 3ZSRA 4FZYA 1IKXA 4DLEA 1QE1A 1TV6A 4IFYA 4J2EA 3KK1A 1B9DA 3LDSA 4JLHA 5I42A 5I3UA 4IFVA 4F2SA 3L2UA 5HRRA 3C95A 1IKYA 1BISA 2XO7A 1NJZA 4PA1A 4FLTA 3QETA 3CM5A 4LH4A 1EETA 4C8LA 4E7JA 4FJHA 3OY9A 4FXDA 3OJUA 3CYMA 3UIQA 3DLEA 3CFPA 3AA5X 3OYGA 4CJLA 3SCXA 3H08A 4AHRA 1BQMA 4HUGA 5CYMA 3NGIA 3LZIA 1X9MA 3IAYA 1S6QA 3SUNA 4KI6A 1JLAA 1S1WA 5HBMA 3WNFA 1NK9A 2B4JA 4CJ3A 1JLBA 2P1JA 1WSFA 4YFUA 4W5RA 3MAQA 3RRHA 1RT5A 1XHZA 3AVKA 4ELTA 1Z26A 4HCCA 1KFDA 4M3XA 3HSTB 3DLGA 4TSXA 1RTJA 3S9HA 1WN7A 3SQ0A 3RMAA 3DLHA 2QKBA 3VQQA 2QK9A 3WNHA 1BCMA 3TAPA 4CFAA 3KIOA 1WSIA 3ZSZA 3KLHA 1YVUA 1L5UA 4CJPA 4DU1A 4E89A 4FM1A 3LALA 4CHPA 3DLBA 4OLAA 3K5LA 4FJMA 2PY5A 2PYJA 2HHQA 4FJLA 4CIFA 2DY4A 3AA4A 4CHQA 4HHTA 1LWFA 4DS5A 4DFMA 1L3VA 3OYIA 2Z1IA 2G8FA 4Q0BA 1SL0A 4DU3A 4KI4A 2G8WA 1TK0A 4FM0A 4M3YA 2OYQA 3ITHA 1Q8IA 3C94A 4KHNA 1TGOA 3PUFA 3AV9A 3RMCA 1UAXA 4DQRA 1J9AA 1RBVA 1U04A 1K6YA 2RKIA 3K5MA 3SQ2A 1KVAA 3K5NA 4DTJA 4DTMA 4E1NA 2X6NA 3HVRA 4ZTJA 1KRPA 1VRTA 2KZZA 1HPZA 4FCYA 1REVA 3TR8A 3S3OA 4O0JA 5C25A 4HVJA 1L3UA 1WSGA 3SZ2A 3LP3A 4DSLA 2IS3A 4E1MA 3DRRA 3F73A 4DS4A 1TKZA 2YHBA 2ETJA 5KRTA 2VG7A 2YV0X 3ASMA 4AHCA 5C24A 4CF8A 4E7LA 2IDOA 4Z4FA 3AA2A 4FYDA 1TKXA 4KTZA 1J53A 3G10A 3WNGA 1VSEA 4CJWA 2G8UA 3M8RA 1RT1A 1SUQA 1D9DA 4CGJA 1HMVA 2EHGA 3IS9A 4CJEA 4CFBA 4DU4A 4CFDA 4MQ3A 3VQ8A 4BE0A 1QSYA 4W5NA 4IG3A 3NCIA 1Z25A 3P1GA 4FVMA 4E0DA 2F96A 2B5JA 2A1SA 4CFCA 3T3FA 4CF1A 3PY8A 3LP0A 3NAEA 2G8KA 2JGUA 1TAUA 3QEXA 1YT3A 1VSFA 3SPZA 3KLIA 3K59A 1FKPA 4BDYA 2YNHA 3HL8A 3NF6A 1W0HA 4AHTA 1MU2A 4DSIA 4AHUA 4F2RA 3OYBA 2D0CA 1ASWA 1RTIA 1VSIA 5D3GA 2W42A 2XY7A 4FK0A 3LPTA 4LSLA 1QS4A 4KPYA 1VSMA 1QHTA 1TKTA 4OVLA 1LAVA 1SL1A 1LW0A 4KREA 4IBNA 2XHBA 4DFKA 4CE9A 3TAMA 1FXXA 3A2FA 4AILC 2DFFA 2YNGA 2P5GA 3NFAA 2HHXA 3HPOA 3VA3A 4EZ6A 2VWJA 3AO3A 5JS1A 3TI0A 3QEPA 1B92A 1R0AA 4FZZA 4E7IA 1KTQA 3V1QA 2HMIA 4O55A 3DMJA 3L3VA 3VQ7A 2X74A 1QSSA 3B6PA 3ZT2A 3AVFA 4FJGA 3AVNA 3AVMA 3HP9A 4Z0UA 2E6LA 1ZBLA 1NJXA 4FLWA 4N47A 3B6OA 4RW4A 3KKRA 4FJ8A 3NE6A 1ITGA 4M45A 4CEBA 4E7KA 3KTQA 4KHWA 3QLHA 3OYNA 4K8ZA 4FLXA 3ALYA 3K58A 1N6QA 2LSNA 4B9SA 1L3SA 2OZSA 4ZHRA 1N5YA 2BDPA 2VG5A 5CZ1A 3L2RA 1WSHA 1LAWA 1QTMA 4BDPA 1C1AA 1WLJA 5CYQA 3MEDA 1RDBA 3BDPA 4B9UA 1JLGA 1ZBUA 3LP2A 1CLQA 3PX0A 4ID1A 3DRPA 1NOYA 1HNIA 3L3UA 1D8YA 4KB1A 4CIGA 3T1AA 1S9GA 3SI6A 3SQ1A 1CXQA 2HB5A 4M41A 3V9SA 4DF8A 2F8TA 2IGIA 4CEAA 3VQPA 5DK5A 4ELUA 1CXUA 4QCLA 3LAMA 2D0BA 3I0SA 5KRSA 2KFZA 3RR8A 4BACA 1HYSA 4EZ9A 4DTNA 2IC3A 1C0TA 4DTPA 5HRPA 1QSLA 4DTUA 1SKWA 4NCAA 2VWKA 1NJYA 3NF8A 1X9WA 2XY6A 4FJ9A 4R5PA 3M8SA 3P5JA 3OYKA 1UA1A 4M3RA 1TVRA 2QXFA 3OVNA 3VQCA 3OS2A 2PZSA 2XY5A 3NH1A 3F9KA 4W5QA 1EX4A 4PY5A 1RBTA 2GV9A 1ZYQA 1RBRA 3OJSA 2A1RA 3HJFA 1HYZA 2HVHA 2KFNA 1SL2A 2WONA 3V6DA 5DMRA 4CJRA 1XI1A 1I3AA 2BE2A 3V9XA 3AVHA 3LPUA 4GVMA 1JXBA 3TAEA 1BI4B 1JKHA 1RTDA 4DWIA 2HNDA 1BGXT 3AVCA 1KLMA 3K2PA 1EP4A 3NH0A 3DYAA 1J5OA 3S3MA 5FRNA 1VSHA 1SV5A 1G15A 1T7PA 4RW6A 4CHYA 4B9NA 3HK2A 3LZJA 3QIOA 3SYZA 3RTVA 2Z1GA 4LSNA 3RMDA 3HVTA 4CEQA 3AVGA 3QEVA 4B8AB 4XIUA 1JXEA 1IG9A 3HP6A 2GUIA 4DQPA 1RDAA 2HHUA 4DSFA 1X9SA 4BWMA 4CJKA 2G8HA 4M3TA 5J1EA 3CFRA 3KKSA 4CECA 4O4GA 4M3WA 3O4QA 4IKFA 3ZSQA 1C1CA 4FJIA 4FLZA 4CHNA 3MXJA 3QEWA 4CF0A 4OPJA 2QKKA 2D5RA 2FBXA 2IOCA 1DLOA 5JS2A 4C8OA 1RT4A 2OPSA 1C0MA 4IG0A 4CESA 4CJSA 3VQ9A 1RTHA 2RPIA 3QESA 3CM6A 3VQAA 2DTUA 1EKEA 4AHSA 3KJVA 3MXIA 5SWMA 3DRSA 3OYJA 4B9VA 3QERA 1S1VA 1LWEA 1UWBA 3AA3A 1A5XA 1S1TA 3SPYA 3U6FA 1KLNA 4FK2A 3SUOA 1VRUA 3ZSVA 1S1UA 1VK0A 4CGGA 3NGYA 3AVJA 2ATQA 4BE2A 1FK9A 4LD0A 3DM2A 3LAKA 1NK5A 1JL1A 2DFHA 2Z1JA 1RCHA 4DLGA 4FJKA 3VQBA 3HPHA 4FJXA 3U3YA 4Y1DA 2E4LA 5HRSA 4KHSA 4OGEA 5C42A 4FLYA 1U49A 1QQCA 4DFPA 4GW6A 4Z4CA 4B3OA 2ZQBA 3AO5A 5KI6A 2KTQA 4I7FA 3QO9A 1RT3A 3V9ZA 2ZD1A 3O3GA 4FJ7A 1IH7A 3L2VA 3LWMA 2HHWA 3K5OA 4E19A 4ZTFA 1XWLA 1KFSA 3DI6A 4DQIA 4FZXC 3NHGA 4KHYA 3MEEA 4O0IA 4DTRA 2OA8A 1TKDA 3AVIA 2HNZA 1WSEA 4OGCA 1A5VA 2YKNA 4PUOA 1ZBHA 3NGZA 4DSKA 4AH9A 4Z4GA 4LY7A 4OKEA 4W5OA 4C8MA 4KFBA 4CJQA 5HRNA 4E3SA 4CJFA 1XC9A 5KGWA 3M8PA 3IG1A 1KVCA 3MXMA 4CGIA 3L8BA 4FLVA 3C6UA 3OS0A 2P51A 3OYAA 1NK4A 2GBZA 3BGRA 4KAZA 2JLEA 4CK3A 3KK3A 3HYFA 4CJTA 3VN5A 3ZT1A 1IO2A 1LV5A 1RBSA 1CZBA 1LWCA 3VQ6A 2FBTA 4OPKA 1J54A 3RWUA 1GOCA 4PQUA 1Y97A 1RNHA 3NF7A 4DMNA 4OKKA 3EYZA 1HRHA 3MECA 1RDCA 4Q5VA 4F3TA 3MEGA 1HYVA 1U45A 4DF4A 1T8EA 4CJ4A 5FRMA 3AVLA 4ID5A 4ICLA 4NYNA 4B9MA 3LWLA 5T7BA 2OZMA 1IKVA 2HNYA 4QAGA 3QNNA 2BANA 4HUEA 3RRGA 2VG6A 5FROA 4NCGA 3TABA 1S1XA 4RW9A 4KTWA 3HO1A 3TAGA 1YTAA 4H8KA 3NBPA 4FLUA 4Z4IA 3AVBA 3PO4A 4DTSA 4B9LA 4M42A 1EXQA 4DTOA 1FKOA 4DG1A 2O4GA 4DQQA 1BCOA 1UOCA 3AO1A 3CQ8A 4M3UA 4CEZA 3ZT3A 4RW8A 4N76A 1RT6A 2P5OA 4KHQA 4RW7A 3PV8A 2FBYA 1D5AA 1YTUA 2YNIA 2RF2A 4K8XA 1HQEA 2X78A 3DOLA 1I39A 4BWJA 3VQ4A 2KQ2A 4FW1A 3V81A 4F8RA 3QIPA 2KW4A 4DSEA 3I0RA 3OYEA 4CGDA 3ZSYA 3JYTA 1BIZA 3NH2A 2ITGA 1UA0A 3KD5E 3TARA 3OS1A 2HVIA 2HHVA 2OPPA 3HPGA 3U3GA 3OYMA 1A5WA 2Y1JA 3ZSXA 4KB0A 4MFBA 3L2QA 4C8NA 4KTQA 1TL1A 1T03A 3ISNC 3AO4A 2OPRA 3EZ5A 1SKRA 3I8DA 3V1OA 4CK1A 1KSPA 3ZT0A 3DOKA 2Y1IA 1JLEA 1JLCA 5HROA 5FDLA 1U48A 4FW2A 1VSJA 3M8QA 2XRIA 4HUFA 4B9TA 3SNNA 3G0ZA 4IDKA 4JRPA 3QNOA 3T19A 2NUBA 4NCBA 4FJJA 1KCFA 3ZSOA 4CCHA 5J2PA 3P83D 5J2NA 4PWDA 1T05A 2EX3A 3TWHA 2YHAA 1W9HA 4QOZB 2F8SA 4CJUA 3IRXA 3PX6A 1RT2A 3FFIA 4CK2A 1CZ9A 4F3OA 4RG8A 4UQGA 4I2PA 4BDZA 2G8VA 3L2WA 1TL3A 1RDDA 2YNFA 4DFJA 4DSJA 4ELVA 3C6TA 5HP1A 4KO0A 1BHLA 2YKMA 4M3ZA 2FBVA 2IAJA 4JS5A 4JRQA 5CY4A 1O1WA 4EP4A 3CFOA 1BL3A 2AJQA 2DFEA 2Z1HA 1WSJA 3LP1A 1JLQA 4KV8A 1WAFA 4L8RB 3TAFA 3QINA 1BI4A 1VSKA 4KHUA 4FK4A 4N56A 3HXMA 3OYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3OYIA 5AQLA 3N4PA 3QICA 2FLOA 4KHNA 3LDPA 3PUFA 4BR0A 1UAXA 1RBVA 1KVAA 4DTMA 2X6NA 4MLEA 4ZTJA 1EWQA 1K8KA 1VRTA 4JI8K 2KZZA 3BEXA 1GLAG 4O0JA 4HVJA 3TU5A 5AQXA 5C12A 4QNDA 4DS4A 4E7LA 4C8OA 2YV0X 1TKXA 3PSIA 3O4WA 4CGJA 2O8BA 1HMVA 4CJEA 4CFBA 1QSYA 1N32K 4YOWA 4BE0A 4DB3A 1KD1O 2O8CB 4E0DA 2F96A 1FZ1E 3LP0A 1VSFA 3SPZA 3KLIA 3BUZB 2D0CA 1MHZG 2HHHK 2XY7A 4FK0A 2V52B 1MWKA 4KPYA 1VSMA 2YHWA 3CCRN 1NGHA 1LAVA 4DV5K 1SL1A 4CZMA 1FZ0E 3TAMA 2DFFA 3MKSB 4BRAA 3VA3A 3AO3A 1FZIE 1B92A 1BOTO 3G25A 2PBDA 3ZT2A 3AVNA 3HP9A 3AVMA 1ZBLA 2E6LA 5JLFA 3KKRA 2YHXA 4XEIA 4FJ8A 1ITGA 2FF3B 2NRZA 3CPEA 5AQTA 3O9UA 3OYNA 4K8ZA 2D0PA 4ZHRA 4EAHD 1WLJA 4CZLA 5F1XA 4B9UA 3FZKA 1QZ6A 4ID1A 4WYBA 5LMNK 4IFEA 3KHYA 3TPQA 1D8YA 3VERA 4CIGA 2HB5A 4DV4K 4BC4A 4RWTA 4U7BA 3HBTA 1QVFM 2IC3A 4DTPA 5HRPA 4DTUA 5BR8K 4FWMA 2NNWA 1ESVA 3M8SA 4B1WB 3DXKB 4JEPA 1TVRA 2JHPA 4W5QA 2QTDA 4JKEA 1HYZA 1FPOA 2Q36A 3QBXA 4CJRA 4ISGA 2FSKA 3CHWA 3T1YK 1I3AA 2BE2A 1WB9A 1VQ7N 3LPUA 1RTDA 1BI4B 4DWIA 3DYAA 3THXB 1G15A 4GVEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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