4DTUA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp opposite an abasic site and ddc/dg as the penultimate base-pair
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtuA03
4CK2A 1ZYQA 3NF8A 4E7IA 2HB5A 3V4IA 4HCCA 2RF2A 1S6PA 2EX3A 1UA0A 4K8ZA 4DU1A 1RT2A 4RW9A 4ELVA 2Y1IA 4Z4IA 1VSJA 3QEVA 4MFBA 3OS1A 1JLCA 3ITHA 4FJXA 3I0SA 1RT6A 4HUFA 5DMRA 4IBNA 1KTQA 3ASMA 4DF8A 3RR8A 2XY8A 1IO2A 1WSFA 2X74A 1LV5A 3NDKA 3G0ZA 2XY7A 2IDOA 4C8LA 3LAKA 2FBVA 3EY1A 1TGOA 4KHWA 4IG3A 3VN5A 4O0IA 4RW8A 1RDBA 3NHGA 3K5LA 3MXJA 1NOZA 4W5NA 2ATQA 4CJWA 4KRFA 1JLQA 1RTHA 5HRPA 4KI6A 1JLEA 3KJVA 3QINA 4BWJA 3ZSXA 3V6DA 1VSEA 3S3NA 1Q9XA 2O4IA 5CYMA 1X9MA 3ZSVA 3OS2A 3CYMA 3IG1A 4B9LA 3KLGA 2I5JA 4Y1DA 1HNIA 3FFIA 4NYNA 4DTJA 1G15A 1ZBFA 4HCBA 3AVBA 3NGYA 4M3TA 4CF1A 3HT3A 1U48A 3VQ5A 1J9AA 5DK5A 2HMIA 3RMAA 1HYSA 2EHGA 4LH5A 3QERA 1RDAA 3AV9A 1S1UA 2E6LA 2YNIA 1ASUA 4Y1CA 3ZSQA 3HVRA 3U6FA 1L3SA 1XC9A 4FLXA 1QE1A 3C6UA 4FJ8A 3ZSOA 1T03A 4Z4GA 2BE2A 3OYBA 1CLQA 3NGZA 1Z25A 2Z1GA 3AVAA 4KTWA 4BE0A 1RBVA 4DFMA 3KK3A 1SL2A 4ZTFA 1XHXA 4RW4A 4OKJA 4CJFA 1QSSA 3OVNA 3OY9A 4FK4A 1TVRA 3SV4A 4B9MA 4BACA 4E3SA 3LP2A 4CEZA 2G8KA 1WN7A 1JLGA 4CJVA 2XRIA 1T7PA 3HK2A 4DSFA 2OZMA 1RBUA 1SUQA 1WSJA 2HVIA 4PUOA 4IFVA 3T19A 1NK5A 4M3XA 1CXUA 1EETA 3PX4A 4I9QA 3HSTB 3ISNC 1HMVA 1HRHA 1LWFA 4DMNA 3OYDA 5D3GA 5J1EA 3TAFA 4DTXA 5CZ2A 3LANA 3SCXA 4W5TA 4HHTA 4M3UA 1NOYA 1RILA 4DSIA 4KHQA 4B8AB 4LD0A 3G10A 4AHTA 3SYZA 4F3TA 5I42A 3NAEA 3SNNA 5J2QA 3DMJA 4DQPA 4M3ZA 1Q8IA 3AO1A 3C94A 3OYKA 3K57A 4FYDA 3OYIA 3SQ1A 2XO7A 3ZSRA 4JS4A 4GVMA 3MAQA 1NJXA 4FJMA 3ZSYA 1S9EA 2W42A 3V9SA 4E7LA 4AHVA 4CJ5A 2Y1JA 3SI6A 1L5UA 1SL1A 1NK9A 1LAVA 2ETJA 1I3AA 4CEQA 3K5NA 4FJIA 4HTUA 4IG0A 5J2MA 3AA5X 4PQUA 2PY5A 1D9FA 4CIEA 4RG8A 4Q5VA 5C42A 3V9UA 1X9WA 4CFCA 4CEFA 3QO9A 4CE9A 2OPRA 4DTOA 1RT1A 3L8BA 3QLHA 4DTPA 3IRXA 5EU7A 4CGDA 3HPGA 1L3VA 3TAQA 2OYQA 4CJPA 2Z1IA 1LAWA 4N5SA 3NFAA 4AHCA 1W0HA 3HM9A 4DTNA 4I9LA 2JLEA 4FLUA 1Z26A 1KFDA 3WNEA 4JLHA 5FRMA 3VQEA 3SQ0A 5CY4A 4KFBA 1B9DA 1LWEA 1JXBA 3QEPA 3AVMA 4E0DA 1VSLA 4FVMA 3RMCA 4DSJA 3OYFA 5FDLA 1U47A 3OYEA 1DTTA 4YNQA 1VSMA 2X78A 1WSIA 3NCIA 4ID1A 3CFOA 3TAPA 1UA1A 1S9GA 3PUFA 1BI4B 4CESA 3OJUA 1SKSA 5C24A 4BWMA 4E89A 4FJGA 4E1NA 3DI6A 3I0RA 1TAQA 4DTRA 3CM6A 2WONA 4OLBA 3KLHA 3SUQA 3LDSA 1O1WA 4MQ3A 4AHRA 4BE1A 3L3UA 4LY7A 1NK7A 3AVLA 3DLHA 3RTVA 1YTUA 3DLBA 4Z4FA 4OPKA 1FXXA 4N76A 1NJZA 3LP0A 3ALYA 3ZT2A 1X1PA 4KAZA 3WNGA 2IAJA 4CGJA 3F73A 3HVTA 3M8RA 4L8RB 4KREA 1W9HA 3IAYA 3DOLA 1TV6A 4OPJA 2XY5A 3AVHA 4I7FA 4O55A 3U3GA 1NK0A 4FLWA 4Q0BA 1RT4A 3ZT1A 2P1JA 3PX6A 4BDPA 4EZ6A 4CJ4A 1CXQA 4M45A 1D5AA 3CG7A 1ZBLA 1SL0A 3VQ7A 3IS9A 2QKBA 2YV0X 4N47A 2HNZA 4F2SA 2X6NA 2RPIA 2G8WA 1TK5A 1FKOA 3D45A 5HROA 1TK0A 1U04A 5C25A 4O0JA 4EP5A 3NF7A 4IFYA 3L2VA 3C6TA 2DFEA 1ZBIA 3S3MA 4CK3A 3ZT3A 2ITGA 3QIPA 4CJTA 1JL1A 1ASVA 3B6PA 1KVCA 1EKEA 3HYFA 3V9XA 3SUPA 4DWIA 4GW6A 4CEOA 1BISA 2LSNA 3KIOA 3P83D 1S6QA 3LPTA 1BIZA 3O3FA 4CGFA 1NKEA 1JLBA 3ZT0A 4W5QA 3KD5E 2KW4A 2Z1JA 3S9HA 1KVAA 3PX0A 4B3OA 4I2QA 3LAMA 2YHAA 3TWHA 4FJHA 3SJJA 1UAXA 2PYLA 4TSXA 2OZSA 5HRRA 2KFZA 1FK9A 2ZE2A 3NF6A 4CJLA 1WLJA 3WNHA 3HP6A 2RKIA 4FK0A 4ELUA 3AA2A 2B4JA 2IOCA 3T3FA 3LP1A 2FC0A 1JLAA 4CFBA 3OJSA 1YVUA 5KGXA 3TARA 4FCYA 3AVCA 4CJUA 1TL1A 3OYAA 1C1CA 1IKXA 1S1VA 1A5XA 3CM5A 3DLGA 4FZXC 1WSHA 2VWKA 2VG6A 2OPSA 4AH9A 3TANA 1RTDA 2YNFA 4ZTJA 4CGIA 3SUNA 1JL2A 2IS3A 3JSMA 4N41A 3L2QA 4FLZA 1LW0A 1KLMA 4CECA 4CJSA 1F21A 4BDZA 4O44A 1KRPA 3TAMA 1A5WA 5FRNA 4C8OA 4J2EA 3PY8A 4FK2A 1DLOA 2A1SA 5JS1A 1GOCA 1WSEA 1Q9YA 2E6MA 4LH4A 3NH0A 3MEGA 5KGWA 4KHNA 1C1BA 3AVIA 4CEBA 2DFFA 3OYJA 4KHSA 4JS5A 1QTMA 1IG9A 2B5JA 4DFJA 4FXDA 1KLNA 1IH7A 3QEXA 4GMJB 4CHYA 3DLRA 3JYTA 3HXMA 3RRGA 1NK6A 2DTUA 3VQ8A 3DLEA 2HNDA 2JGUA 3OYMA 1KSPA 1L3UA 1BGXT 1ASWA 5KTQA 2D5RA 2FBTA 4FM0A 2D0AA 5SZTA 2DFHA 3LWMA 2PYJA 3AO3A 4KB0A 1BQNA 4CF0A 2YKMA 4RW6A 4IKFA 4M3RA 3KD1E 4FM1A 4FW2A 4CJRA 4R5PA 3I8DA 3OYLA 4DU4A 3HJFA 3NE6A 1REVA 5HBMA 2KZMA 1YTAA 4FLYA 4CF8A 4KI4A 3MXIA 4B9TA 1UWBA 4M41A 3MECA 2AJQA 1RBSA 3VQCA 3MEDA 3K58A 2KFNA 3TI0A 4M3WA 4FLVA 3KKRA 5CYQA 5K14A 4C8NA 1U45A 4FJ9A 3HO1A 3V1RA 4EP4A 4O5BA 1QHTA 3ZT4A 5HRNA 3K59A 2ZQBA 3SUOA 1C0UA 3V9ZA 4Z4HA 4FZYA 4CFAA 1CZ9A 3HL8A 2G8IA 3KLEA 1X9SA 3O3GA 1KCFA 5KRTA 3THVA 4KTZA 1NJWA 1BHLA 3QEIA 3WNFA 2G8FA 4OGEA 4CHQA 4DLEA 4NCAA 1JXEA 3DRSA 3AA4A 2IC3A 4HUEA 4DS5A 1ZBUA 4KV8A 2G8VA 4ID5A 3NGIA 4M3YA 4OLAA 1CZBA 4OJRA 3QNOA 2OA8A 4KHUA 4HUGA 2GUIA 1U49A 4OKKA 4CEDA 1QSLA 4OKEA 1N6QA 3BGRA 4JRPA 3O4QA 2G8HA 2F8TA 2HNYA 4O4GA 2XY6A 3OYGA 4NCBA 1WAFA 4B9UA 4DSKA 4J2AA 1RT3A 4NCGA 4CGHA 4NYFA 4XIUA 4CJQA 3VQPA 1GOBA 3L2WA 3D0PA 4EZ9A 1HYZA 1NKCA 4CHNA 1A5VA 3M8PA 3ULDA 2HHQA 4DTMA 2GV9A 3DLKA 3ZSZA 1XI1A 2FBYA 1TKDA 3VQDA 1J53A 1RTIA 2KQ2A 1D8YA 1RDCA 4DSEA 3AVFA 4DQRA 2F96A 1QSYA 3DOKA 4LSNA 1GOAA 1L3TA 4IDKA 1RNHA 1RBTA 4WE1A 3VA0A 4CCHA 2IGIA 2P5OA 2Z1HA 1RT5A 1SKWA 3NF9A 3DYAA 4Z0UA 3K2PA 1JLFA 4YFUA 2DY4A 4CGGA 1B9FA 2R7YA 4DFPA 3AO2A 4CERA 2YKNA 4FJ5A 3UIQA 4ZHRA 1N5YA 1LW2A 2B6AA 3AVJA 4Z4CA 3KK1A 1EXQA 1J5OA 1D9DA 4DSLA 4F2RA 1C1AA 4M42A 2YHBA 5E41A 1IKYA 3O3HA 2FBXA 1TKZA 5J2NA 1KVBA 1WAJA 1HPZA 3HPOA 2Q3SA 2OPQA 5J2PA 4LSLA 2X6SA 1Y97A 3NH2A 5HP1A 3EZ5A 3ZSWA 3SPYA 4CJKA 1RBRA 2YNHA 3QESA 3KLIA 4CHPA 4CFDA 4FW1A 3L3VA 1J54A 4KPYA 1BIUA 4FJNA 3VQ6A 3SV3A 3QETA 3S3OA 4AHSA 3KKSA 1VSIA 4RW7A 3A2FA 4ELTA 3BDPA 1R0AA 3LZJA 4DTUA 4KHYA 1IKWA 1C0TA 3TR8A 3QNNA 4FJLA 3L2UA 3U3YA 1HYVA 3VQ4A 1S1XA 1T8EA 1VSHA 5CZ1A 3OYHA 2HHXA 4CF9A 1RDDA 4CJEA 3TABA 1BQMA 2VG5A 3HPHA 4N56A 2ZD1A 1I39A 1HNVA 4CEAA 3KTQA 3K5OA 3PV8A 2F8SA 4DLGA 1KFSA 4C8MA 4E7HA 2P5GA 3DRPA 2E4LA 4B8CA 3F9KA 4DU3A 1TL3A 3DM2A 1FKPA 1RCHA 1MU2A 3C95A 3TAGA 3LP3A 2HHSA 3TAEA 2HHTA 3V1QA 4AILC 3OYCA 3OS0A 4KTQA 1NKBA 4AHUA 2G8UA 1TKXA 4FJ7A 1S1TA 3SPZA 2P51A 3AO4A 3NBPA 1RTJA 3MEEA 1NK4A 3PO5A 4E1MA 5KI6A 4DG1A 2HW3A 3M8SA 1VRTA 4J2BA 4CHZA 3OYNA 1K6YA 4BDYA 3E01A 4DF4A 2D0BA 1YT3A 4W5RA 4E7KA 4BE2A 4ICLA 4FJKA 1WSGA 3VQAA 1EX4A 3KK2A 3VA3A 1NJYA 3RRHA 4H4OA 2QXFA 3AVGA 3ZCMA 4FZZA 4OVLA 2KZZA 2OPPA 5T7BA 3SQ4A 1HJRA 2BANA 4CF2A 5HLFA 1SKRA 3M8QA 1XHZA 1BCOA 5HRSA 1TK8A 3V9WA 3KLFA 5KRSA 1ZBHA 1BL3A 4C8KA 2RN2A 1EP4A 1TKTA 4OGCA 4QCLA 4CIGA 4G1QA 3RWUA 1QS4A 4CJ3A 3V81A 4CK1A 3P1GA 3V1OA 4FLTA 1IKVA 3SZ2A 4PY5A 4E7JA 2VWJA 3QIOA 1S5JA 3T1AA 4JRQA 2QK9A 1C6VA 4E19A 1NK8A 4F3OA 2D0CA 4DS4A 1ITGA 4J2DA 1LWCA 4HVJA 3PO4A 3SQ2A 2BGGA 4CEEA 3VQ9A 3LPUA 3LWLA 1VK0A 2GBZA 1QQCA 1BCMA 4FM2A 3RMBA 5FROA 3L2RA 5SWMA 3RR7A 3AVNA 4Z4EA 4DTSA 2YNGA 3NH1A 4QOZB 4KKOA 3VQBA 1SV5A 2NUBA 3AVKA 1HQEA 4H4MA 2XHBA 3B6OA 4I2PA 1S1WA 1VSKA 4PA1A 4H8KA 5JS2A 2BDPA 3DRRA 4B9NA 4PWDA 2HHWA 3RMDA 1XWLA 4KB1A 3HP9A 1JKHA 4W5OA 1HQUA 3H08A 4F8RA 3LZIA 3K5MA 4KO0A 4B9VA 1RT7A 2HHVA 2HVHA 2HHUA 1VRUA 1U4BA 3EYZA 2WOMA 2O4GA 4DFKA 2KTQA 4CHOA 1DTQA 2A1RA 4UQGA 2QKKA 3CFRA 1BI4A 3QEWA 3AO5A 3LALA 3P5JA 2VG7A 4QAGA 2PZSA 1C0MA 3O4NA 4B08A 1WNSA 1VSFA 4CIFA 1T05A 3CQ8A 4DQQA 3VQQA 1B92A 3MXMA 3CFPA 3AA3A 5I3UA 4K8XA 4B9SA 4F4KA 4FJJA 1VSDA 4DQIA 1UOCA 4DQSA 1TAUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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