4DTUA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp opposite an abasic site and ddc/dg as the penultimate base-pair
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtuA03
4OJRA 2BE2A 3EYZA 4DFJA 3L8BA 1X9WA 1XHXA 1RT5A 3SPZA 1LWFA 4DS5A 1D5AA 4UQGA 5C24A 2G8UA 2Y1JA 4F4KA 1UOCA 1QHTA 1RT2A 3OYHA 3RRHA 5J2MA 1VSHA 2HNDA 2OPPA 3H08A 4G1QA 4CHYA 1KTQA 4F3TA 3TI0A 4CEFA 1BHLA 4RW6A 2HHXA 3DYAA 1K6YA 3KLIA 3KLGA 4FJIA 1VRUA 2E4LA 3K2PA 4M3TA 4EZ6A 1C1BA 3KKRA 3QNOA 3ZSZA 5KGWA 4CF2A 1VK0A 4M3UA 1DTQA 4JS4A 4IFYA 2W42A 3O4QA 1QSSA 1Q9XA 1HMVA 4HCBA 1VSFA 3THVA 4DLGA 1YT3A 3TAEA 4L8RB 1ASWA 3K5MA 2VG7A 4OGEA 4CHNA 3P83D 3V1RA 4CESA 3TARA 1IKXA 4DMNA 3MXIA 3IG1A 2BDPA 4DQQA 1X9MA 1X1PA 2F96A 5HRSA 3RMBA 3CFPA 4CJWA 3TWHA 4B9UA 3VQAA 5CYQA 4BE2A 5J1EA 1KCFA 4J2AA 4B8AB 5KRTA 4B9NA 1RCHA 4CGFA 3DM2A 3KK1A 1TVRA 2A1SA 3AO1A 2G8IA 2HHSA 1ASUA 4DTUA 1L3TA 1QSYA 2XO7A 4N5SA 4FLZA 1RDDA 2DTUA 1C1CA 5CY4A 3QNNA 4M3WA 4FZZA 4ID1A 1S9GA 4C8NA 4CERA 3NH0A 2ETJA 2OPSA 3OYFA 4E7HA 1D9DA 1JLEA 4E3SA 1C6VA 3OYJA 3AO4A 3HYFA 3LALA 1NK6A 3PO4A 4Z4GA 4BDYA 5CYMA 4DQPA 4J2BA 4DSIA 2XY8A 4O4GA 1WSIA 4CGDA 4Z4EA 3MEGA 1CXQA 3KIOA 1J5OA 1ASVA 4IBNA 1IO2A 3RWUA 3VQQA 1CZ9A 4DQRA 3V9SA 5HBMA 1U47A 4AH9A 5JS2A 3I8DA 1SL2A 1VSEA 4OKKA 3SQ2A 4CJEA 2VWJA 4CJ4A 3VQ8A 4ELVA 4FM2A 1TKTA 3ZT4A 4M45A 1RBSA 2B5JA 1N5YA 2HW3A 1HRHA 1CZBA 4CGJA 3HPOA 2FBTA 3KJVA 1W9HA 4JRPA 4JS5A 4OPJA 2PY5A 2QKKA 2XY5A 3ITHA 1BQNA 4CEQA 4FZXC 1X9SA 4O5BA 3RRGA 4BACA 1A5VA 3UIQA 1REVA 2YNIA 3OY9A 2HMIA 3O3GA 3PY8A 1U04A 5DK5A 4FJLA 4LSLA 4FJKA 1ZBLA 1XI1A 4CEAA 3EY1A 4FLTA 1RILA 1BIZA 3NF7A 4H4MA 4CEBA 1KLNA 4CJQA 1BISA 4I2QA 1HQUA 4FJJA 4FW2A 4FW1A 2ZQBA 4Z4CA 4AHTA 1NJZA 4W5OA 3PX4A 4CK3A 4F2SA 1XC9A 1C0MA 3OYMA 2F8TA 4O0IA 3OYAA 2QKBA 5EU7A 1VSIA 2BANA 3HVTA 4MFBA 3ZT1A 5SWMA 3HVRA 4AHUA 1KVAA 2QK9A 1CXUA 4W5NA 1RBVA 2B4JA 2QXFA 5J2PA 4OLAA 4AILC 4B9VA 1D9FA 2HHUA 1BGXT 4Q5VA 2EX3A 1RBUA 3CM6A 3D0PA 4ID5A 3KLHA 4QOZB 3QEXA 2O4IA 1SV5A 2D0AA 1FKPA 3C95A 3JSMA 3NGYA 1HYZA 1SKRA 3CFOA 1Z26A 3KLEA 5C42A 1JLGA 3QEWA 3SUOA 2KW4A 2RN2A 3CYMA 3MECA 4DTOA 4W5RA 3TANA 3SUNA 1UA0A 4DTSA 2I5JA 1L3VA 1N6QA 4ELTA 1WAFA 4E7KA 4FJXA 4DS4A 2E6LA 2ZD1A 4CJSA 1RDCA 4C8KA 4M41A 2ITGA 4LSNA 4F8RA 3OYLA 1KLMA 4O55A 3K5LA 3V9UA 2DY4A 1TKDA 4IG0A 2JGUA 3NF9A 3M8RA 4RW9A 2AJQA 2KZZA 3NAEA 4KHYA 3MEEA 3TAQA 3ZSVA 1NK8A 4B9LA 4BWJA 1WLJA 3VA3A 2KZMA 3AVIA 3VQDA 3OYIA 1IKWA 3KK2A 3RMCA 4K8XA 4DU3A 1UWBA 2YNFA 3PX0A 2B6AA 1HYVA 1WN7A 4B9TA 2A1RA 2DFFA 1TL1A 3AVLA 4DF8A 4RW7A 1NK5A 1CLQA 1RTJA 4YNQA 1JLAA 3VQCA 4CGIA 4M3XA 1L3UA 3TABA 3OJUA 2VG5A 4DFMA 2NUBA 4F2RA 2HB5A 5KTQA 1WSFA 4B9SA 3JYTA 4C8LA 4OPKA 3NF8A 1J54A 1HNIA 1WSGA 3OYEA 4E7JA 4QCLA 1WSHA 4HUGA 3RTVA 1NOZA 3AA5X 5CZ2A 4CIFA 4KPYA 4N56A 4IG3A 4ICLA 4ZTFA 3ZSQA 4KHSA 4KI6A 1VRTA 3DLGA 3L2VA 2JLEA 3NH1A 1S1WA 3LWLA 2Y1IA 2X74A 4ZHRA 1B92A 3G0ZA 4M3RA 1S5JA 4QAGA 3K58A 4PQUA 1TAUA 4GVMA 2YV0X 1BI4A 3VQ5A 4M3ZA 4FJNA 2YKNA 4I9LA 3KD1E 1F21A 4B08A 5KRSA 3SV4A 2KTQA 3HL8A 3SUQA 3HP9A 1B9FA 1ITGA 3AO5A 3DOLA 4BE0A 4B3OA 1LAWA 2P5OA 4RG8A 5D3GA 4CGGA 4FXDA 4AHSA 5HROA 3VA0A 4KHQA 4NYNA 2P1JA 4CJ5A 1VSKA 3AVJA 1XHZA 4CIGA 3F9KA 2G8FA 3KK3A 2D0CA 2O4GA 1NKBA 1LV5A 3C6UA 1KVCA 5I42A 1SKSA 3T3FA 3L2WA 4FZYA 4KI4A 2YHBA 3CG7A 3ZSWA 4M3YA 3NDKA 3AVHA 4Z0UA 4HUFA 2IDOA 4Z4HA 4LD0A 3SJJA 1JLCA 4CEDA 4CEZA 3K57A 2YKMA 4CJRA 3AA2A 4FLWA 1FKOA 3NBPA 1YTUA 3S3MA 4CK1A 4CIEA 1TK5A 4N47A 3ZSXA 2RPIA 5DMRA 4FK4A 1WSEA 3V81A 4CJKA 2HHTA 3O4NA 1WNSA 4CFCA 3OJSA 4KB0A 3O3HA 3ZSOA 4CFDA 3BGRA 5J2QA 1SUQA 3M8SA 2OPRA 3K5OA 3TAGA 4E7LA 5FRMA 3MEDA 4DSKA 2P5GA 3QO9A 4OVLA 1JXBA 2D0BA 3AVFA 3QINA 1S1TA 4NYFA 4OKEA 3F73A 4CE9A 4R5PA 5HRNA 3RR7A 3AO2A 3V1QA 1IKVA 3ZCMA 3HM9A 3SQ0A 4CHOA 4ZTJA 1JXEA 4LY7A 2KFZA 4PWDA 4E0DA 4E1MA 3QERA 3HJFA 2OZSA 3DMJA 4GW6A 4CF1A 4KV8A 1RBRA 4HUEA 4CJFA 1RTDA 3CFRA 3V9ZA 1KSPA 1IKYA 4IDKA 4CF0A 3I0SA 1RT1A 2Z1JA 4I2PA 2OZMA 3P1GA 4E19A 4KTQA 4DSJA 4DQSA 4FJHA 1VSJA 4YFUA 3IS9A 4EP5A 3OYDA 4DSEA 3SNNA 5CZ1A 1KFSA 5I3UA 4MQ3A 1VSDA 2PYLA 2IGIA 3QIPA 2KQ2A 3M8PA 1B9DA 3WNHA 4W5QA 3NGZA 2X78A 1A5XA 1LWEA 3MAQA 1QTMA 4KAZA 1BQMA 1SL0A 3OYGA 3G10A 3CQ8A 1XWLA 4Z4FA 1C1AA 1FXXA 4KFBA 1RNHA 3ZSYA 4ELUA 1T8EA 3NH2A 1BL3A 1W0HA 1RTHA 2X6SA 3ISNC 4FVMA 2GUIA 1TKZA 3TAMA 3ULDA 3AV9A 3ZT3A 4DFKA 3MXJA 3ASMA 2F8SA 4DG1A 1S1VA 5T7BA 4F3OA 3QESA 3E01A 1IG9A 4Y1CA 3NCIA 1RTIA 3HXMA 3DLEA 4CFBA 4EZ9A 2VG6A 4CFAA 4JRQA 4DQIA 1C0TA 1I39A 2GV9A 4BE1A 3LZIA 3AVCA 3PV8A 1NKEA 4C8OA 3QEIA 1J53A 1C0UA 4HHTA 3K5NA 4DSFA 3DLBA 3NHGA 1RDBA 3SQ4A 3HO1A 3P5JA 2G8WA 3OYCA 4FK2A 4O44A 3LWMA 4BDZA 3WNGA 4FLXA 1T03A 4KB1A 1I3AA 2FC0A 1NK7A 1DTTA 3ZT2A 4HVJA 1YVUA 4KO0A 3AVBA 4E1NA 5HP1A 3A2FA 1UAXA 3PUFA 3S3NA 4GMJB 5E41A 3SV3A 1EP4A 4OKJA 2IS3A 3SQ1A 1QSLA 3LP3A 4KHNA 2HVIA 2GBZA 1S9EA 3TR8A 4FYDA 1JLFA 4M42A 3VQ6A 4CEOA 1QE1A 2RKIA 4FM1A 2EHGA 1TAQA 3IRXA 3NFAA 4CHPA 3QETA 3NGIA 4NCAA 4Z4IA 2HNYA 2HHVA 1KVBA 2IC3A 1NOYA 1Z25A 4CECA 4IKFA 4FJ9A 1YTAA 3C94A 1G15A 1LW2A 3DRRA 3LP0A 2HHQA 4CK2A 1JLQA 4FJMA 3KD5E 4CJPA 4FCYA 3V4IA 3VQ7A 3TAPA 4E89A 2KFNA 3L2UA 4H4OA 4DWIA 2X6NA 4CHQA 4J2DA 3VQEA 4DTRA 5FDLA 1S6PA 1TKXA 3V9XA 1FK9A 4OGCA 3RR8A 5K14A 4AHCA 1QQCA 5FROA 3V9WA 4KTWA 4DTPA 3OVNA 4NCBA 1J9AA 5HRPA 3AO3A 1WSJA 3KKSA 1GOAA 4DLEA 1WAJA 1R0AA 4C8MA 4N41A 3LZJA 1Q9YA 3SUPA 4KHUA 3KTQA 4H8KA 5FRNA 1ZBFA 3QEVA 4RW4A 1JL1A 2WONA 3D45A 1UA1A 3NE6A 2YNHA 1HJRA 4AHRA 4FJ7A 1RT7A 3BDPA 3U3GA 3WNFA 3HSTB 3LP1A 1EX4A 3NF6A 1NJXA 3DI6A 1U49A 4CHZA 4WE1A 1HPZA 4DF4A 2HHWA 4XIUA 3DOKA 1U45A 3LAMA 4PUOA 1VSLA 3AA3A 2DFEA 1LAVA 3I0RA 4DTXA 1TV6A 2FBXA 3DLHA 4DTNA 2HNZA 3QLHA 4TSXA 2WOMA 4HTUA 5HRRA 1T7PA 4CCHA 2RF2A 3PO5A 1GOCA 2IAJA 4CF8A 1Y97A 4DU1A 4K8ZA 1BCOA 3L3VA 3SZ2A 3SYZA 5KGXA 1U4BA 3DLRA 3T19A 2XHBA 2Q3SA 4CEEA 1IH7A 2Z1IA 4CF9A 1SL1A 2XY7A 3ZSRA 1BCMA 3SI6A 2Z1GA 4KHWA 3FFIA 3LP2A 4CJTA 1T05A 1RDAA 3SCXA 4J2EA 3AVAA 5J2NA 3VN5A 1NJYA 3U3YA 2G8KA 4KREA 2E6MA 3RMDA 2G8VA 1MU2A 3AA4A 1TL3A 3LAKA 3O3FA 1RT6A 5KI6A 4PY5A 4KTZA 1JL2A 3DRPA 3VQ4A 4CJVA 2Z1HA 3IAYA 4FJ8A 3HPGA 4Y1DA 1EETA 4DTMA 1ZBUA 4E7IA 1RT4A 1RT3A 3V1OA 3VQPA 4FK0A 4JLHA 4FM0A 3QEPA 3V6DA 1S1XA 3VQBA 2XY6A 2G8HA 4Q0BA 2FBYA 4DFPA 1HYSA 2FBVA 3WNEA 3AVMA 1BI4B 4PA1A 4CJLA 4W5TA 4FLVA 4CJUA 2YNGA 3HK2A 3ALYA 3VQ9A 1U48A 1RBTA 1BIUA 1O1WA 4DTJA 3B6OA 3AVKA 4KRFA 1ZBIA 4B9MA 4N76A 4I9QA 1LWCA 3OYKA 2BGGA 4DU4A 1LW0A 3T1AA 4CJ3A 4BWMA 1DLOA 2OA8A 3HP6A 1QS4A 4NCGA 3SPYA 4FJGA 4LH4A 1NK0A 1KRPA 1ZYQA 4DSLA 4FLUA 1JLBA 3HT3A 3TAFA 2VWKA 3AVGA 3DRSA 4KKOA 4AHVA 3L2QA 3OS2A 1L5UA 3LPUA 5C25A 2LSNA 3B6PA 1HNVA 4O0JA 3DLKA 4B8CA 1VSMA 3ZT0A 3OS0A 3OS1A 1SKWA 1L3SA 1S6QA 4LH5A 4HCCA 2ATQA 3LDSA 3OYNA 2ZE2A 3LPTA 3S3OA 1NK9A 3AVNA 3S9HA 4FJ5A 5JS1A 5SZTA 3C6TA 3M8QA 3KLFA 1GOBA 1NK4A 4BDPA 1S1UA 3HPHA 3EZ5A 1NKCA 2PZSA 4EP4A 1Q8IA 1HQEA 1KFDA 3L2RA 1TK8A 4OLBA 2DFHA 3CM5A 4FLYA 3LANA 1ZBHA 2XRIA 4CGHA 3OYBA 2D5RA 3L3UA 3K59A 2P51A 2IOCA 2PYJA 2OYQA 2OPQA 2R7YA 1EXQA 1NJWA 4IFVA 1JKHA 4RW8A 3MXMA 4I7FA 3RMAA 2HVHA 1EKEA 5HLFA 1TGOA 1D8YA 2YHAA 3PX6A 3U6FA 1TK0A 1A5WA 3QIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FW6 A;  3EYZ A;  3L8B A;  1IG8 A;  4DCH A;  1X9W A;  1LWF A;  4DS5 A;  2W41 A;  1NJI O;  3OBY A;  1RT2 A;  3OYH A;  2DEB A;  1VSH A;  3ENO A;  1KTQ A;  4JKC A;  4CEF A;  2HHX A;  3LDO A;  2JH9 A;  4FWR A;  4FJI A;  3K2P A;  3R9P A;  3BEX A;  3UE5 A;  4EZ6 A;  2UXC K;  4JS4 A;  3CPE A;  4HCB A;  3THV A;  2CH6 A;  4YY3 K;  4H0O A;  3J7Y P;  3O1B A;  1M90 O;  3MXI A;  3J27 A;  2MMB A;  2BDP A;  1CZA N;  4DQQ A;  1X9M A;  3RMB A;  1GLJ O;  4CJW A;  4BE2 A;  1IBM K;  3VTI A;  3SBG A;  4B8A B;  4BGA A;  5KRT A;  3M1F A;  2YHX A;  2HHS A;  5LMU K;  3THX B;  2QWR A;  2E32 A;  1C1C A;  1RDD A;  3FGU A;  4M3W A;  3M3Z A;  4C8N A;  2ETJ A;  2OPS A;  4E3S A;  3HYF A;  4DB3 A;  4Z4G A;  5CYM A;  4DQP A;  4J2B A;  4O4G A;  1WSI A;  3MEG A;  3KIO A;  1ASV A;  1IO2 A;  3RWU A;  1CZ9 A;  3K9J A;  3K0S A;  4PL7 A;  2YHW A;  4LF4 K;  2ASP A;  5JS2 A;  5AQQ A;  1SL2 A;  1VSE A;  3R6M A;  4CJE A;  3UO2 A;  1RBS A;  5KQD A;  1CZB A;  1N33 K;  3HPO A;  4JS5 A;  1W9H A;  2LF6 A;  4A2B A;  5KPZ A;  4OPJ A;  4CEQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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