3NE6A

Rb69 dna polymerase (s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 322
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3ne6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3ne6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ne6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3ne6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3ne6A03
3O3HA 1VSMA 1WSHA 3O4NA 4J2DA 1YTAA 1TVRA 3C6UA 1KVCA 2D0CA 4OJRA 4CJ4A 4C8OA 1RTHA 1VRTA 1ZBUA 3OYNA 4M3UA 2FBYA 3NDKA 4E7KA 2KZMA 4N47A 4CE9A 3AVFA 1JL1A 3AVJA 4AHTA 3OYCA 2G8KA 2G8VA 4FLXA 3OJSA 5FRNA 4CIEA 3THVA 3SUNA 1RILA 3M8PA 4N76A 1BIUA 5C42A 4ZTJA 3KLFA 1QSLA 2KFZA 2DY4A 1NK4A 3KTQA 4KI6A 3OYJA 2HHSA 4CJTA 3OYFA 2IOCA 1RDCA 1F21A 1HQUA 2X78A 2YHBA 4HUFA 1NKBA 4W5NA 3E01A 1RBTA 5CY4A 4OKJA 4C8MA 4NCGA 5J1EA 4FK0A 1KLMA 2IAJA 3VQ7A 4B9TA 4DSIA 2HMIA 4H4MA 1KCFA 3C95A 2R7YA 3AA4A 2A1SA 2RN2A 3TANA 1BCOA 1SL0A 1ASVA 1NK6A 1CZ9A 3PO4A 3TABA 3HPGA 2Y1IA 1QSYA 1SUQA 3L8BA 3G10A 3AO2A 3CYMA 3AO5A 3L2WA 1TKDA 4ZHRA 2LSNA 2IS3A 1A5WA 1S9EA 2RKIA 3HXMA 4CEQA 4DSKA 1BGXT 3NGIA 3PO5A 3VQEA 3S3OA 4B9UA 1T8EA 1SL1A 4FYDA 4HUEA 2P5OA 4DTNA 4KHUA 1RT7A 2FBXA 3AVGA 1KSPA 2E6LA 3L3VA 5E41A 3O3GA 3TAEA 3K5OA 4HCBA 2OPRA 1UOCA 3KD1E 1RCHA 1U45A 2ZD1A 4Z4IA 1LAVA 4B9LA 3U6FA 1X9MA 4B9MA 3WNFA 4Z0UA 4DQSA 4EP4A 4HCCA 3AVKA 1Q8IA 1WSEA 1RT3A 4FW1A 3AVMA 4CIGA 3KK2A 1U48A 1JLQA 1CLQA 4OVLA 4FLYA 1NJXA 5KTQA 1TV6A 1TL1A 1JLEA 3AVHA 1GOCA 5CYMA 1VSIA 4JRPA 4KB0A 1DTTA 4OGEA 3ASMA 3RWUA 4RW9A 4DTJA 3AVNA 2G8HA 3SPZA 5HROA 1HYZA 1KRPA 4CK2A 4CEBA 1TK0A 4KHNA 4O0IA 2Q3SA 3VQCA 3SJJA 1S9GA 5EU7A 1N5YA 4FW2A 4DLGA 3V1RA 3AVAA 4M3XA 1U49A 1NKEA 3P83D 4GMJB 4BWMA 3MEDA 3DLBA 4AHRA 4H4OA 4E3SA 1YTUA 3SUOA 4CGHA 3LPTA 4AHUA 1NKCA 4M3TA 3QEVA 5KI6A 3IAYA 1NJZA 4KRFA 2HHTA 1VK0A 4DFKA 1T05A 4FXDA 3TR8A 4CJSA 4JLHA 4IKFA 5J2NA 2O4IA 1J53A 2ATQA 4I2PA 1BQNA 1VSHA 3HPOA 4FLWA 3KK3A 1W0HA 4K8ZA 1NOZA 3RMDA 3ULDA 3HVTA 3VQ8A 4CGIA 4M42A 4M3ZA 2KQ2A 4Q0BA 3OYLA 1WSFA 4IG3A 4R5PA 4KB1A 4E1NA 1Y97A 4FVMA 1VSFA 3KKRA 4CEAA 4BE2A 4LSNA 4CHNA 4JRQA 3NF9A 2RPIA 2HHVA 4DWIA 2F8SA 3AVIA 5J2MA 5J2PA 3KLIA 4KAZA 2GUIA 4CJKA 4KHYA 4PA1A 4NCBA 1I3AA 1Q9YA 3OJUA 1KFSA 3O4QA 3ZSQA 2F8TA 1TKTA 4CGGA 1JLBA 3ZT4A 3QEXA 2YNGA 4IFVA 4DFPA 4CK3A 4YNQA 1QQCA 1NK7A 4FJHA 2OPSA 2DFEA 4LH5A 4DTOA 3SZ2A 4FJGA 4OLBA 1ZBHA 2XY8A 4MQ3A 2HVHA 5K14A 4I9QA 1EKEA 1JKHA 2Z1HA 3NFAA 3LAMA 3S3NA 4F2SA 3I0RA 2FC0A 2HVIA 2HHWA 1BQMA 1J9AA 2VWJA 5SZTA 3K5NA 3ZT2A 4CHZA 2D0BA 3SQ2A 4OKKA 3VQ9A 1HYSA 4CF1A 1RDDA 5I3UA 4CJUA 4AILC 3LP3A 4KV8A 4IDKA 1TL3A 4B8AB 2YNIA 2F96A 3OYGA 1XHZA 4GVMA 1C1AA 2XO7A 4KPYA 2HHXA 4CESA 3AO4A 3NHGA 4DSFA 1X1PA 3F73A 4FJMA 2OPQA 4QAGA 5FRMA 4CF0A 1ASWA 4OKEA 4W5RA 1ZBLA 2G8WA 1RT1A 3I8DA 2PZSA 3MXMA 2XHBA 1C1CA 3DRPA 1IH7A 4GW6A 4QOZB 1S1VA 4FLTA 1NK5A 4B08A 1HJRA 1IG9A 2ZE2A 1EX4A 4RW6A 1S6QA 3VQ4A 4OPKA 3NH2A 4RW7A 3L2RA 1NJYA 4UQGA 3LANA 3CQ8A 1HMVA 4PWDA 3ZT0A 4JS4A 1BL3A 1RBSA 1VSEA 2B6AA 2P51A 3MEGA 3HP6A 4HTUA 1D9FA 4CFDA 4FZZA 3B6PA 3OYEA 3LP1A 3OYMA 4E7LA 2VG7A 3AA3A 4Y1DA 4FK2A 4DQPA 4QCLA 4Y1CA 1WSJA 1RT5A 1XWLA 4PQUA 3OYIA 3QEIA 4J2AA 1C0UA 4I7FA 1HPZA 2Z1JA 3IRXA 2X6NA 2EHGA 4XIUA 1RBVA 3AV9A 4ELVA 3SQ4A 4PUOA 1C0MA 2OPPA 1XC9A 3K58A 4BACA 3V9XA 3VQ6A 1WAJA 4KREA 4O55A 1ZBFA 2QXFA 3M8SA 4DU1A 1LW2A 1L3SA 4C8NA 3ZSYA 4BWJA 2JLEA 3QEWA 3V1QA 4CHQA 1TK8A 2HNZA 5HRRA 2P1JA 2XRIA 3H08A 1NOYA 1U04A 1J54A 3OS0A 3HSTB 3HJFA 1QHTA 3TAMA 3AO3A 1WSGA 3VQPA 4N56A 3L2VA 4CHYA 4CJEA 2JGUA 5JS1A 4BDPA 3P1GA 4DTSA 4IG0A 1KVAA 1VSJA 2DFHA 4Q5VA 2KFNA 4CFCA 3TI0A 4FJXA 3ZSZA 1SKSA 4L8RB 4FJ9A 4DU3A 3DLRA 3AVCA 3F9KA 4BE1A 4Z4EA 1ITGA 2G8IA 4M3WA 4E89A 1RDBA 4CJPA 4CF2A 1T03A 3DOKA 4NYFA 3CM5A 4CIFA 2DFFA 4FLUA 1VSDA 1LWCA 3KKSA 3NBPA 4NYNA 3CM6A 4AHSA 1B9DA 3DM2A 4CJQA 4FJJA 4J2BA 3HL8A 3VA3A 1KLNA 2GV9A 2B4JA 4FM0A 3ZSRA 3PX0A 2PYLA 3RR8A 3V9ZA 1UWBA 2Z1IA 4KHWA 3NGYA 4CEDA 5HRSA 4F4KA 4AHCA 1I39A 1DTQA 3QINA 2QK9A 1IKWA 1SKWA 4E0DA 3SQ1A 4MFBA 1QE1A 3C6TA 1D8YA 2E4LA 4E1MA 1S1TA 5C24A 4CCHA 3B6OA 3JYTA 3HT3A 3SUPA 1WLJA 3M8RA 3ZSXA 4CJLA 4YFUA 4Z4HA 1J5OA 3CG7A 2OA8A 1JL2A 3OYKA 5CZ1A 3TAQA 1QS4A 5CZ2A 1DLOA 2B5JA 2GBZA 3KIOA 4CEFA 4CF8A 3OYHA 3RMBA 3C94A 4DTXA 3AVLA 4CFBA 4CEEA 4CJFA 4RW4A 2X74A 3TWHA 2G8FA 3MXJA 4F2RA 1BISA 3K2PA 3D45A 4M3RA 2DTUA 1B9FA 4CGDA 2P5GA 3HO1A 3OYAA 3RMCA 4FZXC 4FJIA 5SWMA 3NF7A 1CZBA 3ISNC 1VRUA 1TKXA 4KTWA 2BDPA 4B9SA 1A5XA 2XY7A 4B9NA 1RTDA 4FJ7A 1HNIA 3TAPA 3VQQA 4RW8A 3ZSOA 1SL2A 1FKPA 2G8UA 2KW4A 1C6VA 1W9HA 2XY5A 1EETA 4G1QA 4DU4A 1NK0A 2OZSA 1YVUA 4KI4A 1FKOA 4RG8A 3VN5A 2VG6A 4KTQA 1IO2A 4B3OA 3G0ZA 2WONA 1GOBA 3LPUA 4DMNA 1C0TA 4B8CA 3TARA 4ZTFA 4FJNA 2RF2A 4F3TA 3EZ5A 2X6SA 1KVBA 2EX3A 3O3FA 3QETA 3AVBA 1RT2A 4ELUA 4O4GA 3LZJA 4DTUA 3ZSWA 4NCAA 1RT4A 3LP2A 3QO9A 4FCYA 1LAWA 4LD0A 5JS2A 4CJRA 1LV5A 3DRRA 5DMRA 4CGFA 2YNHA 1QTMA 1C1BA 3QIOA 5KRTA 3SCXA 3V9SA 4Z4CA 1RTJA 4H8KA 3V9WA 5C25A 1FXXA 4LSLA 1S1XA 4DQRA 4ELTA 3OVNA 5DK5A 4PY5A 1A5VA 3AA2A 3LALA 1ZYQA 3NAEA 3IG1A 3SV3A 4FJ8A 3A2FA 1JLCA 2WOMA 3NCIA 2HB5A 3IS9A 1XI1A 1R0AA 3QNOA 3HVRA 3LP0A 3SUQA 3NGZA 4IFYA 2OYQA 4CEOA 2A1RA 1QSSA 1D5AA 4FK4A 4FM1A 3NF8A 4OLAA 4CJWA 3V1OA 4ID1A 3KD5E 1JLFA 3T1AA 2XY6A 3S3MA 2NUBA 2VG5A 5KGXA 1D9DA 4O5BA 4M45A 3LWMA 3QNNA 3DLKA 3DRSA 2W42A 3ALYA 1TAQA 5CYQA 1NK9A 4FJ5A 4BDZA 2QKBA 3ZT3A 2FBTA 3EYZA 4DS4A 2IGIA 3KLEA 1S1WA 3K57A 4W5OA 3PX6A 1BI4B 1REVA 1RDAA 1G15A 3DI6A 3DLGA 3KLHA 2ETJA 1U47A 3NH1A 4JS5A 1TK5A 3T3FA 1CXQA 3P5JA 4KKOA 4AHVA 2PY5A 3JSMA 3U3YA 1RNHA 3QERA 4AH9A 4DTPA 1CXUA 2E6MA 1L5UA 4DTMA 3DLHA 4EZ6A 4DTRA 4CEZA 1HNVA 1LWFA 2ZQBA 2Y1JA 4ID5A 4DSJA 3NF6A 3UIQA 3HP9A 1WSIA 2Z1GA 3ITHA 3KJVA 3K59A 4N5SA 3SQ0A 3RRHA 2FBVA 3VQBA 4DSLA 4O44A 3HK2A 4FM2A 4DQQA 3V81A 3SPYA 4OGCA 3T19A 3RMAA 1O1WA 1KFDA 4I9LA 3ZT1A 3BGRA 3L2UA 4FJLA 3DLEA 4BDYA 3CFRA 4CERA 1FK9A 4M41A 1S6PA 1UA0A 3NH0A 4EZ9A 1BCMA 1L3TA 3QEPA 4E7JA 4FLVA 3SNNA 4Z4GA 2BGGA 1T7PA 3FFIA 3SI6A 1Z26A 3M8QA 4C8KA 3NE6A 1HQEA 2IDOA 3DOLA 3L3UA 4F3OA 4DQIA 4N41A 4Z4FA 1JLGA 4CF9A 4KTZA 1ZBIA 4CFAA 1EP4A 3V9UA 1L3VA 3MXIA 5J2QA 1NK8A 1RTIA 4E19A 3LWLA 2D5RA 3WNHA 3VA0A 4FLZA 1JLAA 1S5JA 3MECA 3ZSVA 1SKRA 3WNGA 4W5TA 1HYVA 4J2EA 4LH4A 4E7IA 3MAQA 4FZYA 1K6YA 1RBUA 4E7HA 4HHTA 2YKNA 3PUFA 1UA1A 3DMJA 1BHLA 2YV0X 4DFMA 2I5JA 3V6DA 3HM9A 1KTQA 2D0AA 3VQ5A 4CJ3A 3QIPA 1ASUA 4CK1A 1Z25A 3KK1A 1HRHA 4ICLA 4O0JA 5KGWA 1X9SA 1IKVA 3QESA 4FJKA 4CJVA 1N6QA 2PYJA 2YNFA 1RT6A 4CHOA 1WNSA 1WN7A 1MU2A 3OYDA 3QLHA 3HPHA 4K8XA 4DLEA 2KTQA 3D0PA 1IKYA 3TAGA 3SYZA 3MEEA 3VQDA 3K5LA 4DG1A 3CFPA 1IKXA 2BANA 3I0SA 3BDPA 3PY8A 4B9VA 3EY1A 3DYAA 4I2QA 3K5MA 5HRPA 1TKZA 1GOAA 2HNDA 3AA5X 3ZCMA 4C8LA 3PV8A 4M3YA 1LW0A 4IBNA 1L3UA 4WE1A 4KHSA 5D3GA 1VSKA 5FDLA 1TAUA 4OPJA 4CJ5A 5HRNA 3CFOA 3OS2A 2YKMA 5KRSA 3KLGA 2HHQA 1JXEA 4DS5A 1UAXA 3WNEA 4HVJA 1S1UA 3AO1A 4KFBA 5T7BA 2QKKA 2HHUA 3OY9A 4CECA 2BE2A 3RRGA 3LAKA 4W5QA 4DF4A 3PX4A 5HP1A 1BI4A 3TAFA 3U3GA 1Q9XA 4LY7A 3HYFA 3V4IA 4DFJA 4DF8A 3LDSA 2OZMA 1YT3A 1X9WA 4KHQA 2KZZA 3OYBA 4CHPA 3SV4A 1RBRA 4F8RA 1VSLA 3RTVA 2ITGA 5FROA 3L2QA 2IC3A 4HUGA 1LWEA 1B92A 2HNYA 1BIZA 1EXQA 3VQAA 1U4BA 2AJQA 4DSEA 4CGJA 3LZIA 1XHXA 4BE0A 3S9HA 1JXBA 2O4GA 3OS1A 1WAFA 2VWKA 1SV5A 4KO0A 3RR7A 5I42A 4TSXA 5HLFA 5HBMA 1TGOA 2YHAA 1NJWA 2HW3A 4EP5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1LW0 A;  4IBN A;  1L3U A;  4WE1 A;  4KHS A;  5D3G A;  1VSK A;  5FDL A;  1TAU A;  4OPJ A;  4CJ5 A;  5HRN A;  3CFO A;  3OS2 A;  2YKM A;  5KRS A;  3KLG A;  2HHQ A;  1JXE A;  4DS5 A;  1UAX A;  3WNE A;  4HVJ A;  1S1U A;  3AO1 A;  4KFB A;  5T7B A;  2QKK A;  2HHU A;  3OY9 A;  4CEC A;  2BE2 A;  3RRG A;  3LAK A;  4W5Q A;  4DF4 A;  3PX4 A;  5HP1 A;  1BI4 A;  3TAF A;  3U3G A;  1Q9X A;  4LY7 A;  3HYF A;  3V4I A;  4DFJ A;  4DF8 A;  3LDS A;  2OZM A;  1YT3 A;  1X9W A;  4KHQ A;  2KZZ A;  3OYB A;  4CHP A;  3SV4 A;  1RBR A;  4F8R A;  1VSL A;  3RTV A;  2ITG A;  5FRO A;  3L2Q A;  2IC3 A;  4HUG A;  1LWE A;  1B92 A;  2HNY A;  1BIZ A;  1EXQ A;  3VQA A;  1U4B A;  2AJQ A;  4DSE A;  4CGJ A;  3LZI A;  1XHX A;  4BE0 A;  3S9H A;  1JXB A;  2O4G A;  3OS1 A;  1WAF A;  2VWK A;  1SV5 A;  4KO0 A;  3RR7 A;  5I42 A;  4TSX A;  5HLF A;  5HBM A;  1TGO A;  2YHA A;  1NJW A;  2HW3 A;  4EP5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WSH A;  3O4N A;  4J2D A;  1YTA A;  2JWL A;  4CJ4 A;  2RCU A;  1RTH A;  1ZBU A;  2D1K A;  1QVF M;  4BR9 A;  1OH5 A;  3AVF A;  1JL1 A;  5FRN A;  3OA9 A;  4FLX A;  4CIE A;  3SUN A;  4DR4 K;  2NZT A;  4FWK A;  5I9E B;  5C42 A;  1DGK N;  4ZTJ A;  4DB3 A;  2YX6 A;  3VGM A;  3UO2 A;  3SAF A;  4IXC A;  4AI6 A;  4CJT A;  1GLL O;  1I94 K;  1TYQ B;  1YXQ A;  4JI2 K;  3H45 C;  3LDB A;  4DSI A;  4H4M A;  1EWQ A;  2A1S A;  4A57 A;  3R1X A;  3PO4 A;  4LC9 B;  2QXL A;  3ID6 A;  1MTY G;  3LM2 A;  3O80 A;  2FF6 A;  1QZ5 A;  4B9U A;  4OPA A;  1WBD A;  1VQ9 N;  2CGL A;  2QWO A;  3HZ6 A;  2FBX A;  3TAE A;  4HCB A;  4Z4I A;  1RCH A;  4JEP A;  2ZD1 A;  1LAV A;  3SBG A;  3U6F A;  4JKG B;  3O8M A;  4EP4 A;  4ADN A;  1WSE A;  3AVM A;  1U48 A;  1NJX A;  4JYA K;  1JLE A;  4B3M K;  3MMV A;  5CYM A;  1VSI A;  3J27 A;  4JRP A;  4OGE A;  3ASM A;  3RWU A;  4RW9 A;  4DTJ A;  2VWB A;  5HRO A;  1TK0 A;  3P39 A;  3SJJ A;  1S9G A;  4L3Q A;  5EU7 A;  4DLG A;  4C23 A;  2P9N B;  2NLX A;  3P83 D;  3MED A;  2O8F A;  4H0Y B;  4H4O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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