3NE6A

Rb69 dna polymerase (s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 322
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3ne6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3ne6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ne6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3ne6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3ne6A03
1QSSA 3PO4A 2D5RA 4FLUA 1NK8A 3LDSA 3VQBA 4CJFA 4W5NA 4O0JA 3DLKA 4DLGA 3SZ2A 3TAEA 3PY8A 1S9EA 3PV8A 2QK9A 4F8RA 1RDDA 3DLRA 4KAZA 4E1MA 3PO5A 4E7KA 1NKBA 3QEVA 4FLVA 3RR8A 4B8CA 2G8IA 2B4JA 4DSJA 2QXFA 3FFIA 5CY4A 1WSGA 3OY9A 3MXMA 4DQQA 3JSMA 4YNQA 1C1AA 2O4IA 1KTQA 3P1GA 3S3MA 2X6NA 1FKPA 1I3AA 3AVAA 2OPSA 3V1RA 3NGYA 3U6FA 1Q9YA 3CFPA 3TABA 2D0AA 4H4MA 1JL1A 3JYTA 1R0AA 4F2SA 3SJJA 1VSIA 1RT6A 4GMJB 3V1QA 4DSLA 3S9HA 4FJNA 2VWKA 4FJ7A 4ID5A 3ZSXA 1KLNA 4BACA 3HYFA 3T3FA 1XHXA 3HVRA 1VSFA 2X74A 4CFAA 1GOCA 1RDCA 1VSMA 4DTXA 3QINA 2IDOA 4FW1A 1JXEA 3VQ6A 4DF8A 2XY5A 4NCAA 4DSIA 4FYDA 5SZTA 1NK9A 3QEPA 2F8SA 3PX4A 2KZMA 3AVKA 1SKSA 2E6MA 4O44A 3ZCMA 3V9UA 1QS4A 1T8EA 1C6VA 1TKDA 4CEOA 3V9WA 4N76A 4FVMA 4DLEA 2IOCA 3OYMA 4LD0A 4DQPA 4ZHRA 4CEAA 1BI4B 4QAGA 2KQ2A 3DRPA 4E89A 3SV4A 1TKZA 3CYMA 1BGXT 2EX3A 3NDKA 4JS4A 1W9HA 2D0CA 2YNFA 3D0PA 4DQRA 3RWUA 2WOMA 1KLMA 3QIOA 5HRNA 2YNHA 2W42A 4BE1A 1J5OA 5K14A 4B9LA 1LW2A 3VA0A 4CF0A 3AVMA 4AH9A 4NCBA 4FXDA 1Z25A 1KVCA 3G0ZA 3KLIA 4DFMA 2P51A 3ZT1A 4CFCA 4I9QA 4LH5A 4BWJA 1CZ9A 4CJ3A 3IAYA 4FM1A 4CFBA 5HRSA 2F8TA 2YV0X 2JLEA 4CK1A 2PYJA 4B3OA 4FZYA 3DOLA 4KHQA 1SKRA 1TAUA 1EXQA 3HO1A 4DS5A 5JS2A 4OGEA 4J2BA 3K2PA 3O3HA 1HNVA 5D3GA 4KI4A 1ZBFA 5KI6A 2E6LA 3VQ7A 4DTJA 4IFYA 4DSEA 3V4IA 1D9DA 1IKWA 2P1JA 5CYMA 4B08A 1VRUA 3ZSQA 1U04A 4O55A 5HROA 4Z4HA 1C1CA 4KKOA 1ZBHA 4M3XA 3LP2A 3DLBA 4DSFA 2HVHA 4CJKA 3KD5E 4IDKA 3QO9A 3SQ4A 1S1XA 1RBRA 4B9SA 4C8NA 4EZ9A 1T7PA 1G15A 3KKSA 3AVFA 3I8DA 4KHWA 4AILC 1EP4A 1S6PA 1B92A 4KREA 4CF9A 4CHYA 2YHAA 3ZSYA 4CHQA 3LPUA 1EKEA 1B9FA 3O4QA 5HBMA 4CE9A 1WNSA 3K5MA 3V9XA 2HHWA 1T03A 3OYLA 4CEQA 4N47A 2IGIA 3ZT4A 3O3GA 1B9DA 1BHLA 3NBPA 3NF6A 3AVNA 4CECA 4BDZA 4CIFA 4CJPA 3KD1E 3SV3A 4E7LA 1HYZA 4Z4GA 4K8ZA 2OPQA 4FJLA 3AO4A 4QCLA 2RF2A 3O3FA 4CJ4A 1NJWA 1IKVA 3SQ2A 3F73A 1CXQA 1C0MA 4M3RA 4CGJA 4KV8A 4FJKA 4N56A 4KFBA 3WNHA 3HP6A 4CERA 1RBVA 1A5VA 1RILA 3HM9A 3AVGA 3K59A 1HNIA 2KTQA 4IFVA 4PUOA 4M3TA 1TV6A 3TAFA 4IKFA 3MEEA 3V9ZA 4FZZA 1S9GA 3KK2A 3RMCA 1NK4A 4PQUA 2Z1JA 4DU4A 3SPZA 1S6QA 4CHNA 1JXBA 1RT4A 1SUQA 3NH0A 2XY7A 3AO5A 3LALA 4CEZA 1SL2A 2YKMA 4Y1CA 4KHUA 1YVUA 1JLQA 3L2RA 3LP3A 4Z4IA 4M3WA 2RN2A 1D8YA 1UA1A 3QEXA 3OS2A 3OYBA 3TWHA 1L3VA 4E0DA 3WNGA 1F21A 3VQAA 4W5QA 3NGZA 4CGFA 3OJSA 1KFSA 3LP1A 1ZBIA 1EETA 3K5NA 3U3GA 3OYGA 2Z1GA 4DTMA 3OYHA 3ITHA 3H08A 1YTUA 2YHBA 4H8KA 4CHPA 2DFFA 3SUNA 4DS4A 2KFNA 3AVCA 1WAFA 2I5JA 2A1SA 4JRQA 3MEGA 3HVTA 2A1RA 1WN7A 1L3SA 2KZZA 3M8QA 2G8FA 3OYIA 1RCHA 3DM2A 3I0SA 3VQEA 4E19A 4CEFA 1FKOA 3IS9A 1KFDA 1Q9XA 3AA2A 2HHUA 4ELVA 1BQMA 4CJLA 4KPYA 4O0IA 4GW6A 1RBUA 1X9SA 4J2DA 4Y1DA 4CJRA 3EY1A 3LWMA 2FBTA 3MECA 4B9TA 2HHXA 5C25A 4CGIA 4Z4CA 3AV9A 3K5LA 1JLGA 2G8VA 4FLWA 2DTUA 3M8PA 4UQGA 4M3YA 1L3TA 3E01A 3NF9A 3HXMA 3TARA 2O4GA 2PY5A 4ZTJA 4H4OA 1TAQA 1VSJA 1KVAA 1WSHA 2LSNA 4CIEA 1S1VA 1X9MA 4BDYA 4E7HA 1RT2A 2FBYA 2IC3A 3LZIA 3K5OA 4DFPA 4FJ8A 1CZBA 2OZSA 1U4BA 1U47A 5I3UA 1XWLA 4BDPA 1QE1A 4OLBA 5FRNA 2XRIA 3KLFA 3EYZA 4B8AB 4FJHA 4B9VA 1XHZA 3LAKA 3LP0A 2BANA 3AVBA 4I9LA 3O4NA 4FM2A 1HPZA 3ZSWA 1VSHA 2GUIA 1J9AA 1S1TA 4Q5VA 3SQ0A 1TGOA 4DG1A 4B9MA 4QOZB 4KHYA 3G10A 2HHTA 3TR8A 4K8XA 3M8SA 1IKYA 1UWBA 4AHVA 4HVJA 4DWIA 1BL3A 1U45A 1ZBLA 1TL1A 3CFRA 3AA5X 4CJTA 1A5WA 2ETJA 3HK2A 1ITGA 3KLHA 4OKJA 4OKEA 1GOAA 2KW4A 4EP4A 1RT5A 2HNDA 2FBXA 4FJIA 3RMBA 1TKTA 5KTQA 2YKNA 3KIOA 2Y1IA 2X78A 4WE1A 4AHSA 3F9KA 3L2WA 4L8RB 4CHOA 1EX4A 3C95A 4PWDA 5C42A 1QSLA 3V1OA 1TVRA 1LAWA 4CK3A 2GV9A 3SUOA 4FJ9A 3CG7A 3OYJA 3L2VA 1C0TA 4RW7A 1UAXA 3V9SA 4ICLA 3ZT3A 4O5BA 4E7IA 4KB0A 2Q3SA 3VQ5A 4R5PA 2ZD1A 2AJQA 4C8MA 3VQDA 4CK2A 1WSIA 1O1WA 3VA3A 4HUFA 1BIZA 2G8WA 4KTQA 1LWCA 2PYLA 3BDPA 4CJ5A 5CZ2A 2F96A 4HUEA 2IAJA 3DLHA 4CFDA 1BISA 1IH7A 1I39A 4CGDA 5SWMA 4FM0A 5HP1A 1DTTA 1RT1A 4RG8A 3MAQA 3RTVA 3THVA 4EP5A 1SL1A 1KSPA 4C8KA 4CEEA 1HYVA 3OYDA 1K6YA 1BQNA 4DMNA 3L2QA 1NOZA 4TSXA 1HJRA 4FJMA 4KHNA 3CFOA 3HPGA 5HRRA 3WNFA 4AHTA 4M42A 4ELUA 1C0UA 3SQ1A 1RT7A 5DK5A 3AO2A 4CJWA 1CXUA 3SCXA 1L3UA 4OLAA 4CHZA 4AHUA 1DLOA 1VSKA 3U3YA 3NCIA 2Y1JA 3RMAA 4DTRA 1LW0A 4M41A 3T1AA 3TAMA 3KK1A 4DTPA 3ZSVA 1D5AA 2Z1IA 3NF7A 3S3OA 4HTUA 4CJEA 4DFJA 1WLJA 3L2UA 4F3OA 4DTUA 2X6SA 3DRRA 3QNNA 2HNZA 2VG5A 3VQCA 1TK8A 4OPJA 3NGIA 2VG7A 1BIUA 4LY7A 4J2EA 1VSDA 4C8LA 4CEDA 2HHVA 3ZT2A 2P5GA 1JLCA 4ID1A 2OZMA 1REVA 2DFEA 2XY6A 4CF8A 4E3SA 5FROA 5HRPA 3TI0A 1QSYA 1WSFA 2XY8A 4KI6A 1VRTA 3PX6A 1RTDA 5KRSA 1TL3A 3QIPA 3WNEA 4FZXC 4ZTFA 3UIQA 3AO3A 4OKKA 5T7BA 4W5OA 3LWLA 4CEBA 1NK0A 3OS1A 2OA8A 1WSEA 2RPIA 1ZBUA 4FK0A 4EZ6A 2PZSA 4KTZA 2BE2A 3K57A 3ZSOA 3TAQA 3QETA 3P83D 3VQ9A 1SL0A 4KB1A 3CQ8A 2FBVA 3QEIA 1W0HA 3VQ4A 1MU2A 4LH4A 4RW8A 4FJGA 4KHSA 1HMVA 1RNHA 2HNYA 4FW2A 2BGGA 2G8UA 2G8KA 4FCYA 1HYSA 3KK3A 3DRSA 4W5RA 3C94A 3RRHA 3LPTA 4OGCA 1RBTA 1FXXA 3AVIA 5DMRA 3A2FA 4YFUA 3HPOA 3AA4A 3ISNC 1JL2A 3EZ5A 1NJYA 1D9FA 3TANA 1J53A 3HSTB 4CJUA 1NK5A 4I7FA 4OJRA 3S3NA 4FK2A 3PUFA 3KLGA 4KRFA 3PX0A 2ZE2A 3P5JA 1BCOA 1LWFA 3QESA 3B6PA 5CZ1A 4XIUA 1KRPA 3ULDA 2KFZA 1YTAA 1VK0A 3NE6A 4CCHA 3QLHA 4RW9A 1BI4A 3AVLA 3DLEA 4CJQA 4N41A 1ASVA 4PY5A 3C6UA 4LSLA 5CYQA 1GOBA 3DLGA 1TKXA 4Z0UA 4F4KA 5J2MA 3CM6A 2ATQA 1VSLA 3ZT0A 2HW3A 3OJUA 4HCBA 1QHTA 1T05A 3KTQA 2ZQBA 3OS0A 1TK5A 3MXJA 2IS3A 2OPPA 2JGUA 2Z1HA 3C6TA 4BE0A 3DI6A 2RKIA 4HCCA 2HHSA 2WONA 2B5JA 1HQUA 1NKCA 1U49A 3VQQA 5J1EA 1Z26A 3KKRA 3NF8A 1Y97A 4BWMA 5J2QA 4FJXA 3KJVA 3V6DA 4DU3A 3OYEA 4NYNA 3RR7A 1KCFA 3NFAA 4I2QA 4CJSA 4CIGA 4E1NA 4Z4EA 4DTSA 2G8HA 3L3UA 4CF2A 1ASWA 4RW6A 3HJFA 1WAJA 1SV5A 3SUPA 4N5SA 2BDPA 1DTQA 5C24A 2B6AA 4M3ZA 4M45A 2GBZA 4I2PA 1FK9A 3L3VA 3SUQA 4C8OA 1JLAA 2QKBA 5J2NA 3NAEA 3HT3A 3K58A 3I0RA 1NK7A 4DU1A 4AHCA 3IG1A 4JLHA 1SKWA 5FDLA 4FJ5A 3LAMA 3VN5A 3RMDA 2P5OA 1S1UA 1A5XA 1HQEA 4HHTA 2ITGA 2OYQA 3OYAA 4OVLA 3MXIA 4FJJA 3DMJA 4IG0A 2R7YA 3QNOA 4DSKA 5J2PA 1N6QA 2HMIA 4JS5A 1JLFA 4DQIA 3LANA 3NH2A 4E7JA 1JLBA 4ELTA 3AVHA 3HL8A 5KRTA 1ZYQA 1C1BA 1Q8IA 3M8RA 4FLXA 4DFKA 1U48A 1RTIA 5KGXA 3OYNA 4CF1A 1X9WA 4CESA 4NYFA 4Q0BA 3ASMA 3OYFA 4HUGA 1YT3A 3MEDA 1RTHA 4PA1A 3OYKA 3VQ8A 2FC0A 1JKHA 3LZJA 1S1WA 1S5JA 1IG9A 3T19A 1TK0A 3DYAA 1NKEA 4CJVA 3SI6A 5FRMA 3IRXA 1IKXA 3QERA 1WSJA 1CLQA 4FLYA 4FLZA 3HP9A 4NCGA 4W5TA 2VWJA 1LV5A 1QTMA 4Z4FA 3BGRA 2HVIA 3TAPA 4GVMA 1UOCA 1ASUA 1XC9A 4JRPA 5JS1A 4AHRA 1RTJA 3QEWA 4DTOA 4FK4A 1X1PA 2XO7A 4F2RA 1JLEA 1NJXA 3SNNA 2E4LA 5HLFA 3DOKA 4RW4A 2HB5A 2DFHA 1QQCA 1RBSA 1VSEA 3VQPA 5E41A 1HRHA 4IG3A 1IO2A 1LAVA 1N5YA 3CM5A 3HPHA 4DQSA 4J2AA 1LWEA 1XI1A 4B9NA 1NK6A 1J54A 3SYZA 2NUBA 3OVNA 2QKKA 2OPRA 4G1QA 1L5UA 4MFBA 5EU7A 3NHGA 3AO1A 4CGHA 3SPYA 4B9UA 1RDBA 3RRGA 3TAGA 2DY4A 5KGWA 2XHBA 5I42A 2D0BA 1RT3A 4IBNA 3AA3A 3ZSRA 1RDAA 3ALYA 3L8BA 4DF4A 4BE2A 2YNGA 4M3UA 3ZSZA 3V81A 1NOYA 2YNIA 4O4GA 2EHGA 1NJZA 4DTNA 4KO0A 3B6OA 1BCMA 4OPKA 4MQ3A 4KTWA 2HHQA 3KLEA 3OYCA 3AVJA 4LSNA 1UA0A 2VG6A 4CGGA 3NH1A 4FLTA 1KVBA 4F3TA 3D45A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E26A 3PO4A 1KAZA 3LDSA 4CJFA 4O0JA 3GDQA 3PY8A 1W97L 4PL7A 3SJHA 2DPNA 4WQ4A 3PO5A 2O8BA 2FSKA 4B8CA 4BQLA 3CCSN 1N32K 3OY9A 1WSGA 1FS1A 3IUCA 3S3MA 1I3AA 3NGYA 4FWNA 3CFPA 2P9NB 3DWLA 4H4MA 3SAHA 4F2SA 3SJJA 1FZ1E 3V1QA 4BRKA 2VWKA 1KLNA 4BG9A 2VJ5A 3ENBA 2PFUA 3HVRA 4ILGB 1RDCA 1VSMA 3VQ6A 4DTXA 3QINA 1JXEA 4FYDA 5TKWA 1NK9A 2E88A 3ZCMA 3V9UA 1RGIA 5ADXH 4EYWA 4JEPA 1D4XA 2RCUA 3DRPA 4LF8K 1JJ2M 4JS4A 3LDNA 2WOMA 1KLMA 4B9LA 1K8KB 4JI3K 4CF0A 4BRLA 5AQFA 3G0ZA 4CFCA 3ZT1A 3EZWA 1CZ9A 1BWFO 1E4FT 4B3OA 1SKRA 3IDHA 5D3GA 4J2BA 1HNVA 4KI4A 4IFYA 4DSEA 3RSEA 2UUCK 1XVCE 1IKWA 1XMQK 2ASMA 1C1CA 2A6AA 3IMXA 1O13A 3C6NB 3SQ4A 1S1XA 1RBRA 3VEYA 1XNRK 1G15A 4IZ9A 1IBMK 5FLXO 4FPBA 4IDHA 4B1YB 1Z05A 4CHQA 5HBMA 2P9UA 4X62K 4CZFA 1T03A 2F9WA 4B3MK 1H1VA 4N47A 3ZT4A 1VQMN 1B9DA 1BHLA 2FYOA 1OH8A 4E7LA 4QCLA 2RF2A 1GLDG 4CZKA 4R79A 4M3RA 4ILJA 1FZ3E 5AQKA 1FJGK 4YOXA 2P9UB 4BRCA 3HM9A 3K59A 1HNIA 4PUOA 2VWBA 2UXBK 4FZZA 3RMCA 1BUPA 1VQON 1NK4A 1OVQA 4JV5K 4JYAK 1XVEE 3SPZA 1JCEA 3NH0A 3AO5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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