3NE6A

Rb69 dna polymerase (s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 322
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3ne6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3ne6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ne6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3ne6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3ne6A03
2ZE2A 1S9GA 4CF2A 1ZBLA 2IAJA 3P5JA 5CZ2A 2G8WA 1T7PA 1WSEA 2HHVA 1XWLA 4IFYA 4K8ZA 4AILC 2HHSA 4FLWA 2P51A 1WLJA 4E89A 4W5QA 4RW6A 1HNVA 3LANA 1VSMA 1ASVA 5HLFA 4Z0UA 5C24A 5KI6A 4DTSA 2FBTA 3NH0A 3KLEA 4RW4A 5CYQA 5SZTA 4DU3A 3D0PA 4FZXC 4MFBA 3S9HA 4IKFA 4CEDA 1NK4A 1U48A 1SL0A 4N76A 3AVAA 3JYTA 4FJNA 1Z26A 2GBZA 3NF6A 4AHTA 4AHRA 3T3FA 2ITGA 1TKDA 1TKXA 2JGUA 4CECA 4CJFA 1B9DA 3K59A 3LWLA 4TSXA 3LWMA 1IKYA 4E7JA 3U6FA 3VQQA 1LWFA 4Z4CA 3O3HA 2R7YA 3KD1E 5HRRA 2KW4A 4FLZA 1U47A 1RT7A 4EP5A 3DOLA 3MXIA 4CHYA 4FLTA 1TKZA 1VSEA 2XY7A 4Z4IA 4BWJA 1VRTA 3NF7A 5K14A 1UOCA 2B6AA 3V1QA 1IH7A 1JLQA 2B5JA 3CYMA 4CJSA 3OYFA 2ATQA 1BL3A 4NYFA 4FJ9A 1WAFA 3K5NA 3RRHA 3O4NA 3PUFA 4OPJA 3RMAA 1TK0A 2PYLA 4FW2A 4CJ4A 1FXXA 2FBYA 4F3OA 1D9FA 1IG9A 4B8CA 4DSLA 3P1GA 4FCYA 1NKBA 4CHNA 3NGIA 2P5GA 4CGGA 1RT4A 4N47A 1QSYA 3NHGA 1DLOA 3OYDA 4NCBA 3MAQA 3K58A 3EYZA 3K2PA 3AVKA 3AVHA 1JLFA 5FROA 3TAMA 1KRPA 4IDKA 2KTQA 4CCHA 3KKRA 4J2AA 1D5AA 1TL1A 1QQCA 4JLHA 1LWCA 1KCFA 2XY5A 4KO0A 3HJFA 3BGRA 3VQEA 1O1WA 1RBTA 3IAYA 1NOZA 1WN7A 4CJQA 4KFBA 4LSLA 5CZ1A 3EZ5A 2PY5A 3M8PA 4CIGA 3KD5E 2X74A 3QLHA 4H8KA 1TVRA 4CIEA 1U04A 4DSEA 3V1RA 3ITHA 1QHTA 1RILA 3LP0A 4YNQA 4C8KA 1YTUA 4CHQA 4KPYA 4R5PA 4CJTA 1QS4A 1SKRA 2DFHA 3I0SA 3QINA 4OGEA 4FJXA 1DTQA 4I9LA 5KRTA 4RW9A 3KLHA 3SI6A 2Z1IA 1ZBHA 3TAEA 4BDZA 1IKXA 2G8IA 3UIQA 2EX3A 4JS5A 1J5OA 3PO4A 4DTRA 4RG8A 3ZT0A 4M3TA 1C1CA 3DI6A 3HPOA 3PO5A 4FZYA 3DRSA 3V9SA 1Q9XA 1VSLA 4FJMA 1FKPA 2LSNA 1SUQA 4O5BA 3HT3A 4CEBA 3HPHA 4YFUA 4JRQA 3C6TA 3V4IA 1TK5A 4B9SA 1LAWA 3CFOA 3KJVA 3OJSA 3LPTA 4DTNA 3B6OA 4GW6A 4KHNA 2X6SA 1VSKA 4ZTFA 3P83D 3QERA 1WSFA 3TABA 2E6LA 4CK2A 4CEZA 4LH4A 1LW2A 3SQ4A 5EU7A 3HP6A 1TL3A 3LZJA 4FM0A 3C6UA 3AO1A 3LP2A 4OKKA 2IC3A 2OYQA 3ZT4A 3AVLA 2RPIA 4EP4A 1D8YA 3HP9A 1KFSA 3O4QA 1RT6A 3OS0A 4FZZA 2Z1JA 1C0UA 1GOAA 1I39A 3NCIA 3OS2A 1VK0A 4OGCA 1U4BA 2HHXA 4FK0A 3KLFA 4HTUA 1CZ9A 3KLGA 2NUBA 3NAEA 4DFPA 1XHZA 4DFJA 1RTIA 4BDYA 1RBUA 4FLYA 4KB1A 1RBRA 4K8XA 3AVNA 3DLGA 3VQ8A 1ITGA 1TV6A 4CF8A 3HL8A 5J1EA 3EY1A 1HJRA 4OKEA 3AV9A 3O3GA 1BCOA 1HMVA 3HXMA 4CJLA 5J2NA 1KVBA 2XY6A 1J54A 5CYMA 3PV8A 3U3YA 4E7HA 3IRXA 1T05A 1EXQA 4FXDA 4CF1A 1XC9A 1SV5A 4OPKA 4M3YA 3QEWA 3MEGA 4IBNA 3OYGA 4C8MA 3SJJA 1CXUA 1S6QA 4B08A 1VSDA 2XHBA 3OY9A 3MEEA 5JS2A 4AH9A 3LPUA 4CJWA 1UA1A 3OYCA 4CK3A 3SPYA 2FBVA 1WNSA 3QESA 2YKMA 1QSLA 4ICLA 4M45A 2AJQA 2E6MA 3OYMA 1X1PA 4B3OA 1JL2A 3ULDA 5T7BA 1FKOA 1MU2A 4CERA 2FC0A 3OVNA 4MQ3A 3RTVA 3AVBA 1S1WA 4CK1A 2KFNA 3NF9A 1RNHA 1BIZA 4Y1CA 2OPPA 3VQ4A 4DU4A 1BGXT 1YT3A 2HHUA 1RTDA 5JS1A 3OJUA 1RDDA 4H4MA 2KQ2A 1HYSA 4DQPA 3SQ2A 3AO5A 4EZ9A 3DLEA 5HRPA 3HVTA 2Q3SA 4IG0A 4HUFA 4DFKA 1EETA 1VSFA 3VN5A 3NH2A 4F4KA 2O4IA 4J2DA 5KTQA 1C0MA 4CGHA 3ISNC 4AHVA 2YV0X 3L2UA 4DSIA 4N5SA 4DS5A 4DTOA 1T8EA 3OYNA 3ZSVA 3QO9A 2HNDA 3TI0A 2HW3A 4DTXA 3LAKA 1EX4A 4KB0A 1C6VA 4I2QA 1KFDA 3TARA 2DFEA 2EHGA 2FBXA 4H4OA 3VA3A 4DFMA 1W9HA 1G15A 1WSIA 2D0CA 3RMDA 2HNZA 2VG5A 4KAZA 2HVHA 1CLQA 3M8RA 3DRPA 1C1BA 2G8UA 4B9MA 4Z4FA 3K57A 3TAGA 1RDBA 4CIFA 2BGGA 4NCAA 3HSTB 1BIUA 2GV9A 3S3NA 3WNFA 2PZSA 4KKOA 3QNNA 4CJUA 3C94A 3VQ6A 1L3UA 4B9TA 1Q8IA 1NKCA 4HCBA 2D0BA 1IKVA 1JXBA 4E3SA 4PA1A 2VG6A 3V9XA 1QTMA 2XRIA 2P5OA 3S3MA 3TAPA 4KI4A 3K5MA 1NJWA 1UAXA 3KK2A 1N5YA 3JSMA 5HBMA 3MXMA 3VQAA 3HYFA 4CF0A 4FLVA 3TWHA 4FJ5A 1X9WA 1NK6A 4OLBA 4O0IA 4ELVA 2KZMA 2BE2A 3IS9A 4FJJA 3AVMA 1WSJA 3T19A 4UQGA 2D5RA 4CJKA 3K5LA 3S3OA 4L8RB 1A5VA 5FDLA 1BISA 3KK1A 3V9ZA 1X9SA 2BANA 3ZSXA 1BHLA 4LD0A 2RKIA 1VSHA 4FJ8A 4C8OA 4CFBA 2Z1GA 3DLKA 4Q0BA 3NGZA 4GVMA 4FJLA 4W5NA 3RR8A 1NJXA 5C42A 1NOYA 3TANA 4CHZA 3BDPA 4M3RA 3MECA 3OYLA 1J9AA 1S1UA 1ZBIA 4CEAA 5HP1A 2QKKA 1REVA 2F8SA 3LDSA 4B9VA 1HNIA 2ZD1A 1QSSA 3NF8A 2KFZA 2D0AA 1KLMA 3VQPA 3U3GA 4CFCA 5I42A 3L3VA 1J53A 4O0JA 4F8RA 4HVJA 1BI4A 4NYNA 5DMRA 1HQUA 3RMCA 1JKHA 1KTQA 4Y1DA 1NK5A 1BI4B 4CF9A 3ZT3A 1L5UA 4I7FA 2A1RA 4E7IA 1JL1A 1XI1A 3AVCA 1WAJA 4W5RA 1T03A 3M8SA 4CJPA 3QEPA 1IKWA 4OKJA 4CJ5A 4DSFA 2YHAA 2YHBA 1RBVA 4F3TA 1S6PA 3T1AA 5HRNA 4O44A 1LW0A 4ZHRA 1RDAA 3OYIA 1K6YA 4M3UA 3KLIA 4PY5A 3CM6A 4HUEA 3B6PA 3NE6A 4KHQA 1S1TA 1RT1A 4Z4GA 3F73A 3SQ1A 3DLBA 4F2SA 3QEXA 5DK5A 4M41A 1SKWA 2YNIA 1RTHA 4B9LA 1D9DA 3VQ7A 1JLEA 3SNNA 3OS1A 3PY8A 3SQ0A 1ZBUA 3CQ8A 3I8DA 1NK9A 2HHTA 4I9QA 4E7LA 4PUOA 1BQNA 4FJKA 1U45A 3ASMA 3DMJA 4BACA 5CY4A 2KZZA 4FJGA 4CEQA 2G8HA 1GOBA 2YNGA 3SUPA 2HMIA 4LSNA 3A2FA 4LY7A 4CHPA 1WSHA 3OYEA 4IG3A 3OYKA 1NK7A 2IDOA 5J2MA 4M3ZA 3ZSZA 3L8BA 4CGDA 4DMNA 1C0TA 3AA2A 3NH1A 4DS4A 3SCXA 4M3XA 3WNEA 1S1XA 1UA0A 4KHUA 4CFAA 3DM2A 4BE0A 1TK8A 4AHCA 4E19A 1Z25A 4CESA 4Q5VA 3OYBA 2QK9A 1KVCA 2P1JA 1Y97A 4BDPA 4KTWA 4KTZA 4CHOA 3V6DA 2XY8A 2W42A 4DTUA 3G0ZA 3RRGA 3E01A 1RT3A 3K5OA 4PQUA 1YVUA 2QKBA 3NFAA 4OVLA 4J2EA 2RF2A 3O3FA 4DF4A 3FFIA 3VQ5A 2RN2A 2PYJA 3ZSQA 5FRMA 1I3AA 1JLAA 3C95A 2F8TA 4DG1A 4DU1A 1JXEA 1EKEA 3AVJA 4W5TA 4FK2A 1JLGA 5J2QA 1BQMA 3F9KA 4DQQA 5FRNA 1F21A 3VQ9A 1HPZA 3DRRA 3OYAA 2YNFA 3CFRA 3DYAA 3CFPA 4DTPA 3RWUA 4KV8A 3LZIA 1HYVA 3AO2A 4OLAA 3DOKA 4NCGA 5HROA 1NJZA 4DF8A 3DLRA 3SUQA 2G8VA 3LAMA 3QIOA 5KRSA 1S5JA 4RW7A 4EZ6A 4E7KA 1HYZA 3ZSYA 1SL2A 4E1NA 2HHWA 3AO3A 2HNYA 3ZSWA 4ID5A 1RT5A 3V9WA 4KRFA 4E0DA 3KTQA 3SV3A 3KKSA 5C25A 4O4GA 1RDCA 4GMJB 3V9UA 1YTAA 1NK0A 3KIOA 4RW8A 2Y1JA 3AO4A 2OPSA 2DTUA 1BCMA 4I2PA 1JLBA 4CJVA 2DY4A 1CZBA 4ELUA 3LP3A 4FW1A 3L2VA 3V81A 3OYJA 1QE1A 1DTTA 3NDKA 4FK4A 1N6QA 4AHSA 4J2BA 2ETJA 5D3GA 3MEDA 5KGXA 3CG7A 3PX0A 1KLNA 3RR7A 1A5XA 4KI6A 3AVIA 1S1VA 2I5JA 1RCHA 3QETA 1A5WA 2IOCA 4QOZB 3HO1A 2HB5A 2OPQA 3QEIA 1S9EA 3CM5A 2VWJA 1VRUA 1NK8A 4F2RA 1NKEA 4PWDA 1KVAA 3IG1A 1UWBA 3NBPA 4B9NA 4FM2A 5KGWA 4DTMA 4CE9A 1FK9A 2X78A 2E4LA 1ASWA 3QIPA 4IFVA 3ZSRA 3VA0A 4KHYA 1ASUA 3L2WA 4C8LA 3ALYA 2WOMA 1L3TA 5SWMA 4DQIA 2GUIA 3V1OA 4AHUA 2VG7A 4KHSA 4Z4EA 3RMBA 4BE1A 4B9UA 3M8QA 3VQCA 3QNOA 1CXQA 2OPRA 4OJRA 1L3VA 4B8AB 3AA3A 3SUNA 1XHXA 3LALA 3VQBA 4Z4HA 3SZ2A 3VQDA 4G1QA 2DFFA 4FJIA 3D45A 3TR8A 4CGFA 4JS4A 2QXFA 4CEFA 1W0HA 4DLGA 4FM1A 1U49A 4HHTA 3SUOA 1X9MA 4DQRA 4HCCA 2OZSA 1TGOA 3L3UA 1VSJA 3WNHA 3QEVA 4DLEA 2YNHA 4ID1A 1B9FA 3AVGA 3H08A 4N56A 4XIUA 4QAGA 1SKSA 4ELTA 2A1SA 4M3WA 2OA8A 2BDPA 5E41A 3L2QA 3OYHA 4FJ7A 3PX4A 4CJRA 4FLUA 3ZT2A 2JLEA 2HVIA 2XO7A 1RTJA 3L2RA 4JRPA 2IGIA 2X6NA 3HPGA 1TKTA 1RT2A 3NGYA 3PX6A 2VWKA 3AA5X 4E1MA 4WE1A 4CGJA 4DTJA 2ZQBA 3SYZA 5J2PA 1R0AA 4KREA 3ZCMA 3TAQA 1RBSA 2Y1IA 1NJYA 4BE2A 2G8KA 1KSPA 2WONA 4QCLA 2YKNA 4FJHA 1B92A 4BWMA 4CFDA 4O55A 1ZBFA 4FYDA 3HVRA 1TAQA 4KTQA 2HHQA 1LWEA 3HM9A 3WNGA 3THVA 2OZMA 4DSJA 4C8NA 4N41A 4KHWA 4HUGA 2G8FA 3HK2A 1WSGA 2O4GA 1HQEA 4LH5A 4ZTJA 1LV5A 3G10A 3SPZA 1VSIA 4CEOA 1IO2A 1SL1A 1L3SA 2F96A 3I0RA 1TAUA 2B4JA 1LAVA 3TAFA 3KK3A 3ZT1A 3AVFA 3LP1A 1C1AA 1ZYQA 3DLHA 1EP4A 5I3UA 3ZSOA 4FLXA 4DWIA 2Z1HA 4CEEA 4CGIA 4DQSA 4W5OA 1HRHA 1Q9YA 3AA4A 4FVMA 4CJ3A 5HRSA 4CJEA 3SV4A 3MXJA 4M42A 1GOCA 2IS3A 1JLCA 4DSKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3PX6 A;  2VWK A;  3AA5 X;  4E1M A;  4WE1 A;  4CGJ A;  4DTJ A;  2ZQB A;  3SYZ A;  5J2P A;  1R0A A;  4KRE A;  3ZCM A;  3TAQ A;  1RBS A;  2Y1I A;  1NJY A;  4BE2 A;  2G8K A;  1KSP A;  2WON A;  4QCL A;  2YKN A;  4FJH A;  1B92 A;  4BWM A;  4CFD A;  4O55 A;  1ZBF A;  4FYD A;  3HVR A;  1TAQ A;  4KTQ A;  2HHQ A;  1LWE A;  3HM9 A;  3WNG A;  3THV A;  2OZM A;  4DSJ A;  4C8N A;  4N41 A;  4KHW A;  4HUG A;  2G8F A;  3HK2 A;  1WSG A;  2O4G A;  1HQE A;  4LH5 A;  4ZTJ A;  1LV5 A;  3G10 A;  3SPZ A;  1VSI A;  4CEO A;  1IO2 A;  1SL1 A;  1L3S A;  2F96 A;  3I0R A;  1TAU A;  2B4J A;  1LAV A;  3TAF A;  3KK3 A;  3ZT1 A;  3AVF A;  3LP1 A;  1C1A A;  1ZYQ A;  3DLH A;  1EP4 A;  5I3U A;  3ZSO A;  4FLX A;  4DWI A;  2Z1H A;  4CEE A;  4CGI A;  4DQS A;  4W5O A;  1HRH A;  1Q9Y A;  3AA4 A;  4FVM A;  4CJ3 A;  5HRS A;  4CJE A;  3SV4 A;  3MXJ A;  4M42 A;  1GOC A;  2IS3 A;  1JLC A;  4DSK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2FYO A;  3ID6 A;  1T7P A;  1XWL A;  2O8E B;  2HHS A;  3LAN A;  1ASV A;  2FBT A;  5CYQ A;  4JKC A;  5AQR A;  4DU3 A;  5AQF A;  2CH5 A;  1DGK N;  3OBW A;  4CD3 A;  5JLH A;  1HX1 A;  4BR0 A;  2PFU A;  1W97 L;  3TSU A;  2GBZ A;  4PKH A;  2Q0U A;  2Q31 A;  2JGU A;  1B9D A;  4TSX A;  3FZL A;  3U6F A;  4Z4C A;  1BG3 A;  1OKJ A;  1U47 A;  5FPE A;  1VRT A;  1Q7Y O;  3CJB A;  4AQY K;  4FJ9 A;  2PYL A;  3O4N A;  3TPQ A;  5IZ7 A;  2FBY A;  1NGA A;  2UXB K;  4B8C A;  1VQ4 N;  4DSL A;  3BVO A;  4FCY A;  4K0K K;  3NGI A;  1RT4 A;  3A5O C;  4RNG A;  2V7Z A;  3OYD A;  4NCB A;  4KH5 A;  3MAQ A;  5AFU A;  3K2P A;  4IJN A;  3AVK A;  1JLF A;  2O8B A;  1IJJ A;  1KRP A;  4YDU C;  3J7Z O;  5EOY A;  3OGK B;  1OH5 A;  2KTQ A;  3THX A;  2UUA K;  4X64 K;  4J2A A;  2CGK A;  4CZF A;  1QQC A;  3DXM B;  4FOI A;  4KO0 A;  3ZX0 A;  4YOX A;  1NOZ A;  1WN7 A;  5AQQ A;  2PY5 A;  4LSL A;  3EZ5 A;  4NLC A;  1FZ9 E;  2X74 A;  3VGM A;  1TVR A;  1U04 A;  3H6E A;  4DV7 K;  1YAG A;  3LP0 A;  4RTF D;  3CCS N;  4NO7 A;  4CJT A;  5AQW A; 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