3NE6A

Rb69 dna polymerase (s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 322
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3ne6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3ne6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ne6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3ne6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3ne6A03
4B9VA 1TK5A 1TK8A 3G0ZA 1TVRA 4AHVA 4RW7A 4ELVA 3D0PA 1O1WA 4KHWA 3HL8A 3NHGA 4DTOA 4H8KA 1ASWA 1KFDA 4I7FA 3NF6A 1NOZA 2G8WA 5CZ2A 3LP1A 3WNHA 4Z4FA 5JS1A 2RPIA 2D5RA 5CYQA 3QERA 1NK5A 1X9SA 2OPRA 1NK0A 1RBRA 3TAPA 2VG7A 1KTQA 2ETJA 3ZSOA 3ZSVA 3PV8A 3AVNA 1ITGA 4J2EA 3TABA 4KO0A 5HRNA 4OVLA 3T1AA 4DFKA 4O44A 3MECA 4EZ9A 5CY4A 4M3WA 3VQ8A 4EP5A 5D3GA 3S3NA 4Y1DA 1SL2A 3L2RA 3WNGA 5EU7A 3LDSA 3LP0A 4K8ZA 4CJPA 4PWDA 1B9DA 3ALYA 4F3OA 2G8HA 2D0CA 4XIUA 4LSNA 3C94A 3VQQA 4LH4A 3HXMA 2YKNA 1KFSA 3ZT1A 3QEIA 5KRTA 2OPPA 3OS0A 3MXJA 3SI6A 5C25A 1I3AA 4CJ4A 4CJ3A 4YFUA 4B3OA 4H4OA 5KGWA 4FJ8A 4B08A 1VSIA 2D0AA 1NKCA 1ASUA 3QNOA 2BANA 4NCGA 2IC3A 3L2WA 1YTAA 1YTUA 1YT3A 1RT6A 1SKSA 1U47A 1HRHA 5FDLA 3A2FA 2YNGA 1UOCA 4N5SA 2G8VA 4LH5A 3MEEA 4TSXA 3VQ5A 4CGJA 4KTQA 1Y97A 3TANA 1HNVA 1QTMA 3C95A 3FFIA 1NK4A 4N56A 1WSJA 4CEZA 1RTJA 2KQ2A 3AA5X 3VA3A 1UA0A 4C8LA 1LWCA 2IDOA 3RRGA 5KI6A 4E7LA 4CECA 2KZMA 2KFNA 4CJSA 2FBTA 3ZT4A 3RMDA 4FJ5A 4I9QA 3LP2A 4ELTA 3CM6A 4CHZA 4E7KA 1S1UA 4DU1A 3RR8A 4CIFA 4FM2A 3KJVA 4ID5A 3V9WA 3M8PA 2E6LA 4FLTA 2HB5A 4HCBA 3VQDA 3NF9A 2VWJA 4OKEA 1RCHA 4AHTA 3P83D 3T3FA 3DYAA 1U45A 3CG7A 1TKXA 1IKYA 4B9TA 1BIZA 4E1NA 4I9LA 3VA0A 3KK2A 1QSYA 4IFYA 3QO9A 3OYNA 3SQ0A 4CEOA 3NH1A 3CFOA 1T05A 3HYFA 2QKBA 3HK2A 4E19A 4AHCA 1C0TA 3ZSWA 1VSEA 4FW1A 3SUQA 3JYTA 1JXBA 1VSFA 2YHBA 3VQ7A 3V9XA 3V4IA 1REVA 4CFBA 2KTQA 1NOYA 3DMJA 3ITHA 4JLHA 1SKWA 3ASMA 2RF2A 2X74A 4OGEA 3DLBA 4CF9A 4CF8A 5HLFA 4BE1A 1IH7A 3OYFA 1KVAA 3NGYA 4CGGA 1LAWA 4YNQA 3MXMA 3DRPA 4MQ3A 4M3TA 1BHLA 4K8XA 2OPSA 3AVMA 3V9ZA 2G8FA 4QCLA 2BE2A 3L3VA 4CEAA 2XY5A 1WSGA 4B9UA 3V1OA 1RBUA 1Q9YA 1HJRA 2DFFA 3V81A 1ZBFA 1U4BA 1QQCA 2W42A 1S6QA 3AVJA 3WNFA 1QS4A 2XY8A 2QXFA 3WNEA 1UWBA 3L2VA 3QEPA 1Q8IA 1RTIA 1WSIA 2IS3A 2WOMA 3MAQA 2F8SA 3KK3A 5J2PA 4Y1CA 4BWMA 1BL3A 4Z4GA 2Q3SA 3LZIA 3TARA 1VSJA 4O0IA 3LWMA 1Z26A 1J54A 5E41A 2RN2A 3SUNA 4BDZA 2PYLA 1C0UA 2R7YA 3NFAA 2OA8A 3K58A 3SCXA 1TL3A 3U3GA 4BE0A 3TI0A 4CJEA 1I39A 2G8UA 5C24A 1S9EA 1S9GA 2ZD1A 1KLMA 1XC9A 3PY8A 4E1MA 1TAQA 2XRIA 4R5PA 3HT3A 1N5YA 2OZMA 3QNNA 2B5JA 4B9SA 1SL1A 2G8IA 4CGIA 4I2QA 4IBNA 4CJWA 4CHOA 1QSSA 3BDPA 3OYDA 4DF8A 2X6SA 4M3RA 4DQRA 4PUOA 4CHNA 2FBYA 2PY5A 4Z4EA 1L5UA 3NH2A 4KHSA 3HO1A 1RT5A 4KTWA 1HMVA 2EX3A 2FBXA 5HRPA 3HPHA 4O5BA 4DTNA 4W5OA 4F2SA 3AVCA 3HSTB 3AV9A 1EX4A 1JL2A 4BACA 2QKKA 2E6MA 4NCBA 3ZSYA 2JLEA 1CLQA 1FKOA 1VK0A 2IOCA 1D5AA 3SQ4A 3IRXA 2G8KA 2DY4A 3RWUA 4FLWA 1EETA 4CJTA 2HHUA 2YNFA 3DRSA 1LWEA 3OYMA 3M8RA 1FK9A 4I2PA 3O4QA 4O55A 4WE1A 2ZE2A 4KI6A 4DSLA 4DTRA 4FJ7A 4B9MA 2HNYA 2P1JA 3KLGA 1HNIA 4CGFA 4W5RA 2Y1IA 1B9FA 4M42A 4CHQA 1ASVA 5CZ1A 3QETA 4PY5A 2HHVA 1TKTA 1BI4B 1KLNA 3LAMA 2PYJA 2X6NA 4FK2A 1WSHA 3NH0A 4BWJA 1L3UA 2HNZA 1YVUA 3V6DA 1T7PA 1A5VA 4AHSA 3RMAA 4FK4A 1C0MA 1TV6A 3NGZA 3KD5E 1WN7A 3HVRA 1UA1A 1L3SA 3K5LA 3AVBA 1S1XA 3OYJA 2Z1HA 1KRPA 3HJFA 1R0AA 1BCMA 4EP4A 1GOCA 1CZ9A 3DOKA 3ZCMA 4JS5A 1SL0A 4CJVA 1EKEA 3SJJA 2E4LA 3AO1A 4RW9A 4PQUA 3DLEA 3S3OA 1DTTA 1BIUA 2YV0X 4CEEA 1T03A 3KLFA 4F4KA 4Z4IA 4O4GA 4FCYA 1NKEA 2Z1JA 2GBZA 3I0RA 4DTSA 4DF4A 1NK9A 2YKMA 1WNSA 3G10A 4KAZA 4FJIA 4CJFA 1RDBA 4LY7A 5J2MA 3QEVA 3AVAA 1TK0A 4FLYA 4HTUA 4W5TA 1GOBA 4CJRA 4DTMA 1FXXA 4M41A 2GV9A 5FRMA 2YNHA 4ID1A 4OKJA 5KRSA 4DTJA 1FKPA 4FZYA 3AA4A 5J2NA 3OYIA 3PX4A 1NK8A 3EYZA 1BGXT 4DSEA 4QAGA 3V9SA 4PA1A 3M8SA 4HCCA 2XHBA 3SV3A 3LP3A 1WSFA 4CJKA 1LWFA 3C6TA 4DTPA 5HRRA 4BE2A 2AJQA 2Z1IA 4C8OA 4FZZA 5I3UA 1EXQA 1RBTA 1SV5A 1ZBIA 2D0BA 4G1QA 4KI4A 4FJNA 1CXQA 1ZBHA 1IO2A 1SKRA 3NBPA 4HUGA 3VQAA 5HROA 4RW4A 4M3ZA 3LPTA 4OPJA 5J2QA 3AVLA 4DQPA 2I5JA 4CFAA 2P51A 1WLJA 4NYNA 5C42A 5SWMA 2KFZA 2A1RA 3TAGA 5DK5A 4CE9A 2ATQA 1HPZA 1NJXA 1ZBUA 1RT3A 3AVKA 3V1RA 1U04A 3SYZA 4FLUA 3SQ2A 1JKHA 3NF8A 4CJQA 4KREA 1G15A 1RTHA 3LPUA 1K6YA 3BGRA 3DOLA 3K5OA 1KVCA 2OYQA 5KTQA 1U49A 1TGOA 3TWHA 3OYEA 3MXIA 2BDPA 4B9LA 3LZJA 4J2BA 4DQSA 4KHNA 3V1QA 4JS4A 4FK0A 4FLVA 2DFEA 3T19A 3PX6A 4N76A 1B92A 2XY7A 5I42A 4W5QA 3IG1A 4CHYA 3PO5A 4F8RA 1Q9XA 3K5MA 2VG5A 3M8QA 4MFBA 4FJHA 3OS1A 4KKOA 4W5NA 2HNDA 1JLFA 3NDKA 1JLCA 3CM5A 4FJKA 3KKSA 3QINA 4HHTA 4JRPA 4CHPA 3RRHA 3QEWA 4Q0BA 3AO4A 4UQGA 3K5NA 1KVBA 3E01A 3OVNA 3PO4A 4FJ9A 1W0HA 4CK2A 4KHUA 4CK3A 1S1WA 4DSJA 4DS5A 4DSFA 4B9NA 3QIOA 4N47A 1SUQA 3ULDA 3RR7A 4IG3A 3JSMA 4OLAA 2HHQA 3KIOA 4L8RB 1TKZA 3P1GA 3LANA 3OYKA 1DLOA 3VQ4A 3B6OA 5FROA 5JS2A 2HHTA 2YNIA 1LW0A 4J2DA 2DFHA 1CZBA 1RT7A 4OJRA 1NKBA 2Z1GA 2F8TA 5T7BA 3LWLA 3QLHA 4J2AA 4M3UA 4AHUA 4Q5VA 2P5OA 1EP4A 1NJYA 1QSLA 4FLXA 1XI1A 3F73A 3OJUA 4ZTFA 2A1SA 4DTUA 4CFDA 3ISNC 4CEFA 3KLHA 1L3TA 3QESA 1JLBA 4E7HA 2GUIA 4KV8A 4E7JA 4CESA 3NAEA 2FC0A 1XHZA 1L3VA 1UAXA 1IG9A 2PZSA 4FM1A 3S3MA 1VRUA 3OYHA 3ZSRA 1D8YA 2XO7A 4KRFA 3KTQA 3NCIA 4ICLA 5J1EA 3HPOA 3SPZA 3AVIA 4M3XA 3OYAA 4CJ5A 3TAQA 4DQIA 4E7IA 1S1VA 4DWIA 2HHXA 1S5JA 3AA3A 3SQ1A 4E3SA 3IS9A 3U3YA 3RMCA 4DU3A 1S6PA 5CYMA 4CEBA 3OYLA 4OLBA 3H08A 4CGDA 1KSPA 1HYSA 4C8NA 2BGGA 3P5JA 2EHGA 1IKWA 3QIPA 1RT1A 1RBVA 3HPGA 3O4NA 3VQPA 4DFMA 4KHYA 1J53A 1LAVA 1HYZA 3EY1A 4DSIA 3SUOA 2VWKA 1HQEA 1C1AA 3DM2A 3KLIA 3ZSXA 4HVJA 2LSNA 2O4IA 4F3TA 3SZ2A 4DMNA 4ELUA 2HVIA 3AVHA 1TL1A 5DMRA 4CGHA 1RDCA 2OZSA 1VSLA 1BQMA 2WONA 3QEXA 3SUPA 1QE1A 4HUEA 3DLKA 3HP6A 3ZSQA 2HW3A 4CJLA 4ZHRA 4CEQA 4DLEA 4DFPA 1BISA 1JLAA 3TAEA 2RKIA 2ITGA 4RW6A 4Z4HA 1LV5A 1RDDA 3AVGA 3O3FA 1S1TA 1X1PA 1ZYQA 4GVMA 1RDAA 4LSLA 1J9AA 5K14A 3VN5A 4CERA 1RTDA 1N6QA 2HHWA 1VSDA 3D45A 4ZTJA 1NJWA 3DLHA 4M45A 4DTXA 3C6UA 4CJUA 4C8KA 3KK1A 3LAKA 3SPYA 1BQNA 2F96A 1WAFA 3LALA 4OGCA 1RBSA 3RTVA 4KB0A 3AA2A 4FJXA 3PUFA 3OJSA 4FJGA 3B6PA 4DFJA 4FZXC 4KFBA 3RMBA 5HRSA 1J5OA 1BCOA 4CF1A 1VSMA 4FLZA 1RNHA 2X78A 1JLGA 3K57A 2Y1JA 1IKVA 1LW2A 4FW2A 4IDKA 4DSKA 4FVMA 1KCFA 1WSEA 4HUFA 1D9DA 3I0SA 4GW6A 3DLGA 3AO5A 3OYBA 3KLEA 4E89A 3VQBA 4AH9A 4KTZA 3NE6A 3O3GA 2QK9A 3S9HA 1X9WA 3L2UA 2IGIA 3HP9A 3L8BA 4EZ6A 4AILC 5SZTA 2HVHA 3VQ9A 4FJJA 1QHTA 3ZT3A 4DG1A 4Z4CA 4OPKA 4H4MA 1X9MA 1MU2A 1JL1A 3CYMA 4E0DA 3SNNA 1NK7A 4DU4A 4CF0A 4LD0A 3OS2A 3SV4A 4IKFA 1DTQA 2OPQA 2XY6A 3AO3A 3AO2A 4FJMA 4IFVA 1NK6A 1XWLA 3OY9A 1A5XA 1RT4A 4BDYA 2JGUA 3PX0A 3L3UA 1TKDA 3HVTA 4DS4A 4CIEA 3CQ8A 3DLRA 1JLEA 1VSKA 4CCHA 2IAJA 4FM0A 3I8DA 3L2QA 4B8CA 4GMJB 3DRRA 1BI4A 3TAMA 5HP1A 4O0JA 3TAFA 3MEDA 3ZT0A 3V9UA 5FRNA 1JXEA 4M3YA 3KD1E 2B4JA 3F9KA 2ZQBA 5HBMA 3NF7A 3OYGA 4F2RA 3NGIA 4FYDA 1ZBLA 3ZT2A 4AHRA 3K2PA 1WAJA 4DLGA 3THVA 1C6VA 4KHQA 1Z25A 4IG0A 4KB1A 2DTUA 4N41A 3UIQA 4FXDA 1IKXA 1T8EA 4C8MA 4KPYA 1F21A 2KW4A 2VG6A 3VQEA 2O4GA 2KZZA 4CEDA 4FJLA 4NYFA 2YHAA 4QOZB 4CFCA 3AVFA 4B8AB 3O3HA 3HM9A 1HYVA 5KGXA 1XHXA 4OKKA 3OYCA 1HQUA 4DQQA 4CF2A 1C1CA 4JRQA 4RG8A 1TAUA 2B6AA 1GOAA 4RW8A 4Z0UA 3MEGA 3DI6A 2HMIA 1CXUA 1A5WA 2P5GA 4CK1A 1D9FA 2HHSA 3CFRA 3IAYA 3ZSZA 3U6FA 3K59A 1RT2A 2FBVA 4CIGA 3CFPA 4NCAA 3KKRA 1VRTA 1W9HA 1NJZA 3VQ6A 2NUBA 3EZ5A 3TR8A 1JLQA 1C1BA 1U48A 1RILA 4BDPA 3VQCA 1VSHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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