3NE6A

Rb69 dna polymerase (s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 322
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3ne6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3ne6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ne6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3ne6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3ne6A03
1TV6A 3SYZA 1L3UA 2PYJA 3NH2A 3HP6A 2D0BA 2IAJA 4FJ5A 3QEIA 4HTUA 1FK9A 1RT3A 3ZT4A 3LWMA 1K6YA 3AVCA 3K59A 4IFYA 3VQ4A 3NGZA 4CK3A 3OYKA 1NOZA 5FRMA 1C0TA 3ZSYA 4KB1A 1C1CA 1LAVA 3TAFA 1RTJA 1ZBUA 3V1RA 3OJSA 1WSIA 2IGIA 4CFDA 4Z4HA 4E7KA 3CQ8A 4F2RA 1ZBFA 4FLUA 1XWLA 4LH5A 2B4JA 3K5NA 3BDPA 2EX3A 4DQPA 1D5AA 1IO2A 4RW9A 3LWLA 1ZYQA 3SUOA 3C94A 4W5OA 3KLGA 1QE1A 4FLVA 5CZ2A 2RN2A 4DQSA 5J2QA 3SQ2A 1O1WA 1S9EA 5HRRA 1QSSA 1BIUA 3QO9A 2BANA 3QERA 4FYDA 3VQAA 1JLCA 4PY5A 1BI4A 3SPZA 4I2QA 1W0HA 4ID5A 4W5QA 1VSLA 1X1PA 5T7BA 1IKVA 2OZMA 5KRTA 1J54A 4CGIA 4N5SA 3KLIA 3OYFA 1EP4A 1KSPA 3LPUA 4EZ6A 1RTIA 1JL2A 4CEOA 3U3GA 1YVUA 3HXMA 1G15A 3P83D 3WNEA 3QEVA 3SUQA 1VSHA 3G10A 5KGWA 4C8OA 1VK0A 4WE1A 3MXJA 3NF7A 3F9KA 4Z4CA 1HYSA 4BWMA 4BE2A 3LP3A 4LSNA 3S3MA 3NHGA 3KK1A 4J2AA 4H4MA 3TAGA 3QEXA 4FM2A 3ZT0A 3LDSA 1JLFA 2P5GA 3QINA 4BDZA 3PV8A 4FLTA 3ZSWA 1B9DA 4OLAA 3QLHA 5HLFA 4DTSA 4I7FA 4N47A 4AILC 4DMNA 2E6LA 2Z1HA 4E7JA 3M8PA 2Y1JA 4FJGA 1R0AA 3SNNA 4ZTFA 4GVMA 3OYIA 3U6FA 3E01A 1RT1A 4KB0A 3RWUA 4FLYA 4Q5VA 3V9UA 4W5RA 3RMDA 3OYGA 1RT4A 4IKFA 3WNHA 3OYMA 1RT6A 3NFAA 1QQCA 2BE2A 4HCCA 2E4LA 4DQRA 3NAEA 3PO4A 1YTAA 4IDKA 3AO3A 1JXBA 5CY4A 3B6PA 2XY6A 3NGYA 4QOZB 1TVRA 3TANA 4E3SA 3LP1A 1NOYA 4CHPA 2JGUA 4O0JA 4DG1A 1QSLA 4DTUA 1UA0A 1JLEA 3OS2A 2YNIA 4B9VA 4DF8A 1RBVA 4KREA 1ASVA 4DF4A 4B9SA 4CJ5A 4DLEA 1VSEA 1ASWA 1QTMA 4FLZA 4CHYA 1IKXA 5CZ1A 2Y1IA 1NK8A 4DSIA 1U48A 4CFBA 4AHUA 4KHNA 2VWKA 4FJMA 4Y1DA 3S9HA 2WONA 3K2PA 4OLBA 1T8EA 3AVJA 1LAWA 3DMJA 3QIPA 3NF9A 4KO0A 1KCFA 3HPGA 2VWJA 4CESA 4M3WA 4CK2A 2QXFA 1QHTA 4BWJA 4FJ7A 4B9LA 4FZYA 2OPPA 4M3UA 1HRHA 3HYFA 3HPHA 3VQDA 2HHVA 4LY7A 1VRTA 3ALYA 3T3FA 3VQEA 4DTOA 3OYCA 3SUPA 1RDDA 1VSDA 1Z25A 2B5JA 5SWMA 4DQQA 4BE1A 4PWDA 4KHWA 4JS5A 3KD1E 5HROA 1EETA 2X6SA 1ZBLA 4CJ4A 1WLJA 4MQ3A 4CGHA 4CJQA 4HVJA 3VQPA 4DFMA 2G8FA 2ETJA 3D45A 4FXDA 4JRPA 2OZSA 3NGIA 3TAPA 1RBTA 3AO5A 1KTQA 3O3GA 1SKWA 3CG7A 4DFPA 2KW4A 2KZZA 3CFRA 1FXXA 3S3NA 2B6AA 3ISNC 3AVAA 5SZTA 1FKOA 3UIQA 1C6VA 4O5BA 2ZD1A 3L8BA 3ULDA 3V1OA 3L2VA 4C8KA 3DRRA 4O4GA 3HSTB 5HBMA 2NUBA 1N6QA 1F21A 3SPYA 1HYZA 1VSIA 3KJVA 3OYNA 2OYQA 3QETA 4E1MA 2Z1GA 1CXQA 3RR7A 3HK2A 1Q9XA 2A1SA 2HNZA 3LP0A 1CLQA 2DFFA 3JYTA 2WOMA 2YHAA 1BHLA 4O55A 4N76A 2P5OA 3EZ5A 1WAJA 4DSFA 4OKEA 1RT5A 4DFJA 4ELUA 4I9QA 4L8RB 2R7YA 1XHZA 4B9NA 1RT2A 2EHGA 4H4OA 4FM0A 1HQUA 3NF6A 3VQ9A 2F8TA 2XY8A 3HJFA 3SUNA 4KHYA 1DTTA 4FW2A 3ZSRA 4CERA 1S6QA 5DMRA 1BI4B 3CFPA 4J2DA 1X9MA 3M8QA 3VQ6A 5HRNA 1NK9A 3KLEA 3OYDA 1RBRA 2ZQBA 4RW8A 1NK4A 2F8SA 4OGCA 3WNGA 4O0IA 2YKNA 1JLQA 1T7PA 4CFCA 1D9DA 3VA0A 2GBZA 5CYQA 4CGDA 4QCLA 4CJPA 4HUEA 1U47A 3PX0A 1BQMA 4B9TA 4OKKA 2AJQA 1RT7A 4B9MA 3NDKA 4C8MA 4AHSA 4KHUA 4IG3A 4XIUA 2OA8A 1IKYA 1B92A 3LANA 1LV5A 1NKEA 4CK1A 4MFBA 3DLHA 3AA2A 3AVGA 1T05A 1TKXA 4LD0A 5HRSA 1SL2A 1KRPA 3PX6A 3I0RA 1ZBHA 1RILA 3DRSA 1WSFA 1DLOA 1KVCA 2VG5A 3MXIA 1XHXA 3AVMA 4CFAA 3HPOA 4HCBA 3LALA 3AO1A 1UWBA 4CGFA 4ZHRA 1NJWA 1S1XA 2GV9A 3VA3A 1SL0A 4OKJA 1L3VA 3SCXA 3L2UA 3ITHA 4B9UA 1WN7A 3MEGA 2JLEA 4F3OA 1RDBA 1REVA 1VSFA 1D9FA 4DTPA 4DSKA 3SQ4A 2P1JA 3SQ0A 4CJKA 3OYJA 4F4KA 4DFKA 4KRFA 1RTHA 3IRXA 4CJLA 3IG1A 4F2SA 3CM5A 4E7LA 3ZT3A 2Z1IA 2F96A 1ASUA 4FK2A 4CJRA 2LSNA 4NCBA 1BGXT 2OPQA 4KAZA 3V4IA 5KRSA 3L2QA 1YTUA 3V9XA 2RF2A 1TGOA 3AVBA 2HHXA 4ID1A 5C24A 4BACA 3TAMA 1BCMA 4FW1A 5I3UA 2BGGA 1EX4A 3KTQA 4OVLA 3RRGA 4NCGA 3AVNA 3DLEA 3KKSA 2IDOA 3D0PA 3OYAA 4CECA 3L2RA 1XI1A 1VSKA 1C0MA 3V81A 2XY5A 1WAFA 4M3RA 3TAEA 2IOCA 2PZSA 2HVIA 1D8YA 1EXQA 4M3ZA 4N56A 1NJZA 3RRHA 1CXUA 1LWCA 2XHBA 2YV0X 2Z1JA 1VSMA 5CYMA 4CJWA 4KTWA 2RPIA 3AVFA 5EU7A 3PX4A 1NK5A 1CZBA 3TABA 4DS4A 1HNIA 1U45A 3V9ZA 1L5UA 4AH9A 1C0UA 2YNHA 1TKDA 3OJUA 1UA1A 4CEEA 3KLFA 2D0CA 2XRIA 3K57A 4CEDA 3QIOA 4ICLA 3DI6A 2PYLA 4M41A 4DTMA 4J2EA 1YT3A 4FJ9A 4OJRA 3C6TA 2G8HA 2HMIA 3AVLA 2FBYA 5J2PA 3FFIA 4FLWA 3RMCA 3SJJA 3TWHA 1GOAA 3ZSXA 1NKBA 3OS0A 1S9GA 3L3VA 3OY9A 4O44A 1HPZA 3ZSOA 1N5YA 4KKOA 1KFDA 2O4IA 3KK3A 4DTRA 1HNVA 2O4GA 4EP4A 1WNSA 3H08A 2XO7A 1BISA 1A5WA 1TK8A 3ZT2A 2HW3A 3AA5X 3P5JA 1BIZA 1Z26A 3DLRA 3HM9A 3NH1A 4DSJA 3NF8A 3LPTA 4CGGA 4HUGA 2A1RA 2YHBA 1KLNA 3OYLA 2GUIA 2X6NA 4G1QA 4UQGA 3M8SA 2XY7A 1TK5A 4DLGA 4CF8A 3NH0A 3AO2A 4I2PA 5J2MA 2OPSA 4GW6A 1U4BA 4Y1CA 1NJXA 3SV3A 1WSGA 2P51A 1X9WA 3ZSVA 4PUOA 1RBUA 4QAGA 3AV9A 5K14A 2FC0A 1IKWA 4Z4GA 3DRPA 3NBPA 4FJXA 5HRPA 1ZBIA 3QEPA 1UOCA 4FK0A 4J2BA 4AHCA 1J9AA 1U04A 4IFVA 4FM1A 4RW6A 2FBTA 4C8LA 4DU1A 2HNDA 3AVHA 3I0SA 4AHVA 4CF2A 4I9LA 4FJ8A 1UAXA 4CEBA 4CIEA 2HHQA 1RDCA 1VSJA 1KLMA 4RG8A 4CIFA 5D3GA 4KI6A 3VQ7A 4FCYA 3U3YA 4FLXA 4FJHA 4Z4FA 3O3FA 4Z0UA 1JLAA 2KFZA 1I39A 4KTQA 5JS2A 3HVRA 1KVBA 3KIOA 3B6OA 4CEZA 4N41A 3I8DA 1T03A 4B8CA 4Q0BA 3SI6A 1SKRA 4GMJB 1RNHA 3G0ZA 4Z4IA 1MU2A 1RBSA 3KD5E 2QKKA 4KTZA 4CJTA 1HQEA 3CM6A 1VRUA 2OPRA 3TARA 4M3YA 1J5OA 2D5RA 2HHTA 2X78A 1NJYA 3A2FA 3OYEA 5JS1A 3LAKA 3M8RA 3DOKA 1TK0A 3T19A 1XC9A 1RTDA 4W5TA 4ELVA 4CHNA 3AA3A 3LAMA 2DTUA 4EP5A 1W9HA 1RDAA 2YNGA 1WSJA 2KFNA 4B08A 4CF0A 1LWEA 4KV8A 4CHOA 2HHWA 4CHZA 4FK4A 4FJJA 1TL3A 2W42A 1HMVA 1C1BA 3AA4A 1U49A 4DU3A 2HB5A 3KK2A 2X74A 2HVHA 2HNYA 3EYZA 3OVNA 1TL1A 2KTQA 4CJEA 3V9WA 3T1AA 1S1UA 3HT3A 4KHQA 2PY5A 1HYVA 4DWIA 4FJNA 3TR8A 4BE0A 4JLHA 1X9SA 2Q3SA 1KVAA 3O4QA 3ZT1A 3PY8A 3L3UA 5J1EA 3DLGA 3ZCMA 1NK6A 2VG7A 4E0DA 3V9SA 2HHSA 4CJSA 2HHUA 5I42A 1GOCA 3AVKA 3VQ5A 4KHSA 2YNFA 3RMBA 1JXEA 5J2NA 1JLBA 4IBNA 4TSXA 4E7HA 4CJFA 3QNNA 4H8KA 1JKHA 3L2WA 3SV4A 4R5PA 4CF9A 4E7IA 3CFOA 2G8WA 3OYHA 2E6MA 4M3TA 4NCAA 2QK9A 1S1TA 4DU4A 4DS5A 2G8VA 4F3TA 1SUQA 4E1NA 1S6PA 2FBXA 2RKIA 4OPKA 4FZZA 3VQCA 1ITGA 1NK7A 1A5XA 3SZ2A 1NKCA 4DTJA 4DTNA 2FBVA 3HVTA 4CCHA 2DY4A 4HUFA 4CJVA 2IS3A 4E19A 4OPJA 4AHRA 4AHTA 2DFEA 4OGEA 2G8UA 3AVIA 4W5NA 3K58A 1Q8IA 4FJIA 3RMAA 1DTQA 2DFHA 4FJKA 4DTXA 3S3OA 3NCIA 3PO5A 3DLKA 4CIGA 4BDYA 4KI4A 4CEQA 4CHQA 3DLBA 4ZTJA 1WSHA 3DM2A 3HL8A 3ZSQA 4CJ3A 3C6UA 3K5OA 4F8RA 4JRQA 5KGXA 5FDLA 3CYMA 1JLGA 1TAQA 1SV5A 3MEDA 5KTQA 4RW4A 1SL1A 4LH4A 1QS4A 4YFUA 4FJLA 1EKEA 1IG9A 3IAYA 3MECA 4EZ9A 3O4NA 1JL1A 4HHTA 4C8NA 4ELTA 3OYBA 1BQNA 2YKMA 4KPYA 3SQ1A 4K8XA 2KZMA 5C42A 1LW0A 5DK5A 4YNQA 3LZJA 1GOBA 3F73A 4CE9A 1L3SA 3MEEA 4PA1A 3V1QA 3P1GA 4RW7A 4BDPA 3VQBA 3K5LA 3VQ8A 1B9FA 4B8AB 4CEAA 1NK0A 4NYNA 4CEFA 3VN5A 2ITGA 3RTVA 1QSYA 1IH7A 3LP2A 1TAUA 4B3OA 3NE6A 3C95A 4M42A 1J53A 3K5MA 3TAQA 3ZSZA 2IC3A 3PUFA 4JS4A 2VG6A 3DYAA 4IG0A 1FKPA 3AO4A 3MXMA 4DSEA 2ATQA 3HO1A 3THVA 1L3TA 3MAQA 4CGJA 1LW2A 1TKZA 3LZIA 4NYFA 4DQIA 4Z4EA 4LSLA 4E89A 3O3HA 3OS1A 3V6DA 1S5JA 1LWFA 4CJUA 3QEWA 3QESA 5FROA 4FVMA 5E41A 3ASMA 1S1VA 2I5JA 3DOLA 1I3AA 1Q9YA 1HJRA 1A5VA 4FZXC 1TKTA 1Y97A 1BL3A 4K8ZA 2QKBA 2G8KA 4M3XA 5KI6A 3TI0A 4DSLA 3JSMA 3RR8A 1BCOA 1C1AA 4M45A 3BGRA 3KLHA 2BDPA 1CZ9A 2ZE2A 3IS9A 4CF1A 2G8IA 3HP9A 1S1WA 4KFBA 5C25A 3KKRA 3EY1A 3WNFA 1RCHA 2KQ2A 3VQQA 5HP1A 1SKSA 5FRNA 2D0AA 3QNOA 4PQUA 1WSEA 1KFSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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