3C95A

Exonuclease i (apo)
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
470
structure length
446
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAESDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein stimulation of exonuclease I.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 158
structure length 446
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2008-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3c95A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3c95A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3c95A01
4B9VA 1ZYQA 3RMCA 1Q9YA 1RILA 4AHVA 2RPIA 1HQEA 2BE2A 3OYCA 4CESA 4QOZB 4M42A 3SJJA 3K59A 2VG6A 3AO4A 2B6AA 4F4KA 1J9AA 4KHSA 3K5NA 1IO2A 3V1QA 2XY8A 3L3UA 4CJTA 3HO1A 1HYVA 2DFEA 3NGYA 4FZXC 3AO3A 1BGXT 1DTQA 3TANA 3S3OA 2X6NA 2A1RA 1JXEA 2XRIA 4BE1A 3QIOA 4JRQA 2E4LA 4DF8A 1UA0A 3DI6A 3PUFA 3ZT4A 3KK3A 4M3TA 4BE2A 4IFYA 4CJPA 4CJSA 1MU2A 3SPYA 4CHQA 2RKIA 1C6VA 3LZIA 3SUOA 4CFBA 1HPZA 3MXMA 2Y1IA 4KHUA 1B92A 1WSHA 4LH4A 3ZSYA 3MXIA 3PO5A 1S9EA 4CF2A 3QNNA 3LAKA 1KRPA 1HJRA 3NDKA 1CLQA 3QERA 1TK8A 4OLBA 1S1TA 4FVMA 4ICLA 3NF6A 1KFDA 4Z4HA 1EP4A 3V9UA 3OY9A 1B9FA 2ZD1A 3B6OA 1WAJA 2HHUA 2OZSA 3KLGA 4DSLA 1RDBA 3V81A 2VG5A 4M3RA 5J2MA 3S3NA 3C95A 1BI4A 3QIPA 3TR8A 4CK2A 4CJVA 3O3GA 1FK9A 3KK2A 2HHTA 2HHWA 1ZBIA 1U04A 4B9SA 4HUFA 3VQ7A 3H08A 1A5VA 4I9QA 1S5JA 4PY5A 1RTJA 4E19A 3CM6A 4EZ9A 4M3XA 1Y97A 1VRTA 1RT5A 1J53A 3VN5A 3K5LA 4DTRA 3ZSWA 1WSIA 4CJFA 4OGCA 4CIGA 4EZ6A 2YKNA 4H4MA 2P5GA 1QE1A 4KTWA 1NOZA 4C8MA 2DFHA 4CEBA 4FJHA 3TAMA 1HRHA 3QLHA 4OKEA 4QAGA 2Q3SA 1NJXA 4FLZA 1DTTA 3AVNA 1YT3A 1B9DA 1LWFA 4RW9A 2FBVA 1VRUA 3QEIA 1SL1A 1Q8IA 3U3GA 4DSFA 4O4GA 3IRXA 4LH5A 4DLGA 2ZE2A 4DU3A 4BWJA 3NH2A 5HLFA 3KK1A 3DOKA 4B9LA 1EX4A 4DSIA 1Z25A 1X9SA 4DMNA 1ZBUA 4N41A 2EX3A 4AHRA 4OKKA 1K6YA 2HW3A 1T8EA 4E7KA 2Z1GA 4RW4A 4H4OA 2ATQA 2IS3A 1VSFA 3KLEA 4FJNA 3OYEA 4NCBA 3HPOA 1QTMA 4RW6A 2OPQA 4JRPA 2P1JA 4YNQA 4DTOA 4CK1A 1RTHA 4E1NA 3HM9A 1HYZA 3L8BA 1TL3A 4DQPA 4FM0A 4KB0A 1D8YA 4ELTA 1IKWA 1RT7A 3ZT1A 4DWIA 4NYFA 3ZT3A 4J2DA 1BISA 3DRPA 4DFMA 4CFAA 2HNDA 4B3OA 3VQEA 3LDSA 1KLMA 3SUPA 4E7HA 4CEQA 4RW8A 4FYDA 1TGOA 1TAUA 1LV5A 3EYZA 1QSYA 1RTDA 4FLVA 3UIQA 3OYJA 4CHZA 3ITHA 3NGZA 3HJFA 2E6LA 1TL1A 4CF0A 3NGIA 4DTSA 4CJQA 2XO7A 1HQUA 1W0HA 4CGHA 3NCIA 3G10A 5CYQA 4W5OA 5EU7A 4B9MA 1HYSA 3OYKA 1LAVA 3I0SA 1IKYA 2HNZA 2ITGA 2BGGA 4DTJA 1NK7A 2W42A 2IDOA 3O3HA 4FLWA 3P83D 2YNHA 4DS5A 3QESA 2XY5A 2PYJA 5JS2A 3RR7A 2QK9A 3SYZA 1BIZA 4ZHRA 4OJRA 5C25A 3D45A 3K57A 5C42A 3U6FA 1D9DA 4E7IA 3KKSA 1UWBA 1TV6A 4ZTFA 4B9NA 4KHNA 1S9GA 1BI4B 4OKJA 1NJWA 4DFPA 1REVA 3ALYA 4OVLA 3VQ4A 3ULDA 1F21A 3DOLA 1HNVA 1I3AA 3TAQA 1TAQA 3QETA 3TAPA 1O1WA 3LPUA 1RT6A 4LSNA 4N47A 3PX6A 4FJGA 4FJ7A 2AJQA 4K8ZA 2Z1HA 2XY6A 3LAMA 4QCLA 1C0UA 1DLOA 2YNIA 3VQ9A 4CF8A 5J1EA 2E6MA 4RG8A 3LZJA 4K8XA 1XI1A 1J54A 1JLAA 1WSFA 3DRSA 4IG3A 1JLBA 2IGIA 2JLEA 4MFBA 2HHSA 4CF1A 1YVUA 4WE1A 4G1QA 4Y1CA 1NKEA 4TSXA 4FZYA 2DY4A 1FKOA 3JYTA 4F3OA 1X1PA 1S1WA 3M8SA 1A5WA 3DLRA 3OYLA 3RMDA 3M8RA 4M45A 3AVGA 3NH0A 3LWMA 4BDZA 1X9WA 2GV9A 4CEZA 3KLIA 3NF9A 2Z1IA 4DQIA 3AVBA 4GW6A 2PZSA 3C94A 1D5AA 1NK5A 1L3UA 2QXFA 3MAQA 2GBZA 4DLEA 5I3UA 5FRMA 2OZMA 4ZTJA 3T3FA 1KCFA 4O0JA 3HT3A 2QKKA 4DSKA 1RBTA 3KIOA 4CJUA 1J5OA 1RBUA 4FLUA 2VG7A 2WONA 3ZT0A 1LW2A 3AO2A 1VSIA 3HP6A 4FJ8A 2OA8A 4CJ4A 1KVAA 3SCXA 4CJ5A 3TAGA 3DLBA 4E89A 3SZ2A 4CEEA 3NAEA 1WLJA 2ETJA 3VA0A 3TABA 3V1RA 3VQPA 4HCCA 3WNFA 1QQCA 2R7YA 1RT3A 1GOBA 4I9LA 3SUNA 1N6QA 4Z4CA 4Q5VA 4CFDA 2FC0A 1QSLA 1RTIA 3AA3A 4ID5A 5E41A 2VWJA 3V9WA 3DMJA 3DLGA 3LPTA 1KLNA 3OS0A 2QKBA 1NK6A 2FBXA 4DSJA 3S3MA 4CCHA 4DTPA 2D0BA 4FK4A 4M41A 3AO1A 4NCAA 5SZTA 3WNEA 1BCOA 3I0RA 3AO5A 4CHYA 1L3TA 1UOCA 4IFVA 4MQ3A 1SKSA 3K5MA 4C8OA 3KLFA 3JSMA 1RBVA 3NBPA 4CK3A 3IAYA 4JS5A 1RBSA 4RW7A 3I8DA 4DFKA 1JL2A 4FLYA 3V9XA 3SV4A 3AVMA 2X6SA 3CFOA 1NK0A 1CXQA 3CQ8A 1XHXA 3SQ1A 4E7JA 1WSGA 4B9TA 4FK0A 4KTQA 2D0AA 4KI4A 3MXJA 4Z4EA 4PQUA 4HCBA 3SI6A 1RT2A 1LWEA 3ZSZA 3NE6A 3BGRA 4W5RA 3HXMA 4DSEA 1U4BA 4CE9A 2FBTA 3DYAA 4EP4A 3VQ5A 4KFBA 2D0CA 3TI0A 1Q9XA 4FZZA 1JKHA 3B6PA 3K58A 4M3YA 5KI6A 1BQMA 4LD0A 3WNHA 4DTMA 4FJ9A 5KGWA 4OPKA 4DTUA 4FJMA 3QEWA 3HSTB 4CHNA 2KW4A 1TKTA 5FRNA 4DTXA 4KI6A 1TK0A 1L3SA 3K5OA 1CXUA 1SUQA 2HHVA 1IH7A 1YTAA 3KKRA 3OYBA 2G8IA 1JXBA 3OYIA 4FM2A 3V9SA 4DF4A 3OYMA 1RCHA 2YKMA 3QEXA 1S6PA 1N5YA 4F3TA 4FK2A 5CY4A 5DMRA 2PYLA 1CZ9A 4NYNA 4CEOA 2IOCA 2GUIA 3CG7A 1NOYA 5HRSA 3L2VA 1QS4A 4CERA 4W5NA 1LWCA 3KD1E 1RBRA 4I2PA 3P1GA 1RT4A 3OYHA 4FW1A 5C24A 3PV8A 4W5QA 3FFIA 2YNGA 4KHQA 3V4IA 3SQ2A 1ASWA 1S1VA 4PA1A 3PY8A 3TAEA 5HBMA 4KRFA 3IS9A 3G0ZA 4IBNA 4AHCA 3V1OA 4AHTA 2KZMA 2OPSA 1L3VA 1ITGA 1GOCA 3ZCMA 4KREA 1JLGA 2O4IA 3HL8A 3RRGA 5CZ1A 2OPRA 4NCGA 4DU4A 1XC9A 4M3WA 4LY7A 4DQQA 3CM5A 4C8KA 1UA1A 4KAZA 1C0TA 2X78A 3SQ4A 3SUQA 2Z1JA 4DFJA 4O0IA 2HNYA 2JGUA 3QEVA 4FJLA 3HPHA 4FJ5A 3ZSVA 1NK4A 1ASVA 2YHAA 2HB5A 4CF9A 3CFRA 3HK2A 2Y1JA 1ZBLA 1KSPA 1LW0A 4B8AB 2KZZA 4CJLA 1IKXA 4CIFA 3NH1A 4JS4A 4CIEA 5J2NA 1RDAA 3RTVA 4FJKA 4ELUA 2P51A 1HNIA 1KVCA 3OYDA 2HHQA 3DLHA 3LWLA 1D9FA 1C1AA 5JS1A 3LP2A 1GOAA 2IAJA 1BHLA 1SKWA 2HVHA 2KFZA 4IG0A 3OJUA 1JL1A 1Z26A 4FJXA 1QHTA 1KVBA 1C1BA 1KTQA 1S1UA 4BE0A 3V9ZA 3V6DA 4ELVA 3DLKA 2IC3A 3LP0A 4M3ZA 4CFCA 3M8QA 3TAFA 1ASUA 4E1MA 4J2BA 1RDDA 4CHOA 1WSJA 3K2PA 3KJVA 3SQ0A 4ID1A 5DK5A 3AV9A 2ZQBA 4Z0UA 1S1XA 3ISNC 2G8UA 3SPZA 3AVLA 3MEDA 1FXXA 1RDCA 1SL0A 4I7FA 5J2QA 2X74A 3VQQA 5HRNA 4HTUA 1TKDA 2D5RA 1I39A 3VQAA 4OLAA 4KO0A 4CGFA 1JLQA 1JLEA 1HMVA 4AH9A 3HYFA 3L2RA 4HHTA 4FLTA 5K14A 1WNSA 4N56A 3IG1A 3HVRA 2XY7A 3AVCA 3T19A 3VQ6A 4Q0BA 1VSJA 2FBYA 2G8FA 1A5XA 4CGGA 3DM2A 4EP5A 4PWDA 3F9KA 2KQ2A 3LALA 2NUBA 2YV0X 3VQBA 5KRTA 4OPJA 4DTNA 1L5UA 3QO9A 1TKZA 1UAXA 3CFPA 1T05A 3VQ8A 2OYQA 3OS1A 2PY5A 4E0DA 2BANA 2KFNA 4KKOA 2B4JA 4JLHA 2RN2A 4Y1DA 4CEDA 4B08A 3OYAA 3L2UA 1IG9A 3O4QA 3HVTA 4BDYA 5I42A 1KFSA 1RT1A 3A2FA 4KV8A 4DS4A 1YTUA 2VWKA 3D0PA 3AVJA 4J2EA 4BWMA 3THVA 4OGEA 4CGDA 5SWMA 4BACA 4F2SA 4KTZA 1X9MA 1NK9A 1WAFA 3ZSRA 4FW2A 2G8HA 1LAWA 1TVRA 3OJSA 4FCYA 3L3VA 4CJWA 3LP1A 4GMJB 2G8VA 1ZBFA 3NF7A 3L2QA 4O55A 4M3UA 1EKEA 1NKCA 1QSSA 3HPGA 3SNNA 5FROA 2LSNA 1VSMA 3AVHA 4R5PA 1TK5A 1FKPA 3PO4A 2DTUA 3L2WA 3KD5E 3KTQA 4AILC 1U45A 1VSEA 4HUEA 3RWUA 4BDPA 2B5JA 4N5SA 3QEPA 1SV5A 4LSLA 1C0MA 1TKXA 4O5BA 2OPPA 1NK8A 4PUOA 3WNGA 3OS2A 1VSDA 3RR8A 2G8KA 4CEAA 4AHUA 1XWLA 3LP3A 3O4NA 2A1SA 3C6UA 3NFAA 4DG1A 4E7LA 3ZSQA 5FDLA 4J2AA 4F2RA 2O4GA 2F8SA 3T1AA 1BQNA 4GVMA 2BDPA 1BIUA 1VSHA 5D3GA 1VK0A 4HVJA 2EHGA 2YNFA 1T03A 4Z4FA 4CJEA 3SV3A 5KGXA 3DRRA 3EY1A 3AA4A 4CGIA 5HRPA 3KLHA 3PX0A 4CGJA 4DQRA 1JLCA 3VA3A 4CECA 2HVIA 1T7PA 1U47A 3OYGA 4L8RB 2KTQA 5CZ2A 4O44A 3RRHA 1BL3A 1EETA 4CJKA 4KHWA 2P5OA 3RMBA 1BCMA 4FM1A 1W9HA 4FLXA 4FXDA 1S6QA 1VSLA 3ZSXA 5KTQA 3AVAA 3C6TA 3TARA 2I5JA 1NKBA 4FJIA 3F73A 1RNHA 3NF8A 1NJZA 1SKRA 3U3YA 1ZBHA 2F8TA 3VQCA 3ZSOA 1SL2A 4E3SA 4Z4IA 4IKFA 3CYMA 4CEFA 5KRSA 3QINA 4H8KA 3NHGA 3PX4A 2G8WA 1CZBA 1VSKA 3O3FA 1XHZA 4B9UA 3AVIA 4CJRA 4XIUA 1U48A 2HHXA 3M8PA 3OVNA 5T7BA 5CYMA 2YHBA 4N76A 4KHYA 4DU1A 4C8LA 3AA2A 3OYFA 1IKVA 1NJYA 4FJJA 4IDKA 3S9HA 3OYNA 2XHBA 3ASMA 1WN7A 4UQGA 3E01A 1C1CA 3TWHA 3AVKA 4KB1A 4AHSA 1G15A 3AVFA 5HRRA 3QNOA 4KPYA 2WOMA 2F96A 3HP9A 1EXQA 4CHPA 3AA5X 4C8NA 3VQDA 3MEGA 1U49A 4Z4GA 3LANA 4I2QA 4F8RA 3MECA 2RF2A 4DQSA 2DFFA 1R0AA 1WSEA 3DLEA 3EZ5A 4CJ3A 5HROA 5J2PA 3ZT2A 3BDPA 4HUGA 3RMAA 1JLFA 4B8CA 4YFUA 2HMIA 4W5TA 3MEEA 3P5JA 5HP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C92G 1ZYQA 2HHHK 1VQLQ 2EW3A 3GNFB 5KYUB 2AKKA 2MOXA 2RPIA 3OYCA 1AZEA 4X64K 1GL5A 5I21A 2CGJA 1WBDA 1NJIU 1RAGB 3MJXA 3AO4A 2P9PB 3E9GA 4KHSA 5CE3A 4L5GA 1BKBA 2EAYA 3K5NA 1BI2A 3L3UA 3IFRA 4HCZA 4RUGA 2O8BA 2DFEA 2CZ0B 1WOQA 3HM8A 3NGYA 3TANA 4FZXC 4RG2A 1T3VA 4JRQA 1BG3A 2V1QA 1U5SA 3QIOA 3VTHA 4DF8A 2WBNA 3PUFA 2X9HA 2GQIA 1C0FA 4M3TA 3EGDA 4CRIA 3ZT4A 2EYQA 3FB9A 4J9FA 1YJNQ 4CJPA 2EWNA 1MU2A 1YUWA 4NXNK 2UUBK 2KROA 3I56A 1S72T 1ZX6A 4D6WA 3CCQN 3MXMA 5AQHA 4FWKA 4KHUA 2Y1IA 1UDLA 1WSHA 5GMKj 4XH5A 3WXJA 3ID6A 3X25B 4JD2B 4N0AA 1RABB 3HRUA 1CKBA 5GAOm 1UGQB 3UA7A 1HJRA 1ZLMA 2V26A 3RUXA 2RI2A 1GLBG 3CPFA 1H92A 4FVMA 3G71A 1FMKA 1NWKA 4LDYA 2ZPBB 4MMKA 1KC8U 3CBOA 3OY9A 4DA4A 1B9FA 4DEYA 3OYYA 3KLGA 4BR4A 3V81A 5CR2A 4CJVA 3TR8A 3QIPA 2HHWA 3O3GA 2H8HA 5CKHA 3ZL7C 3GBTA 3Q7CA 1GFDA 3CCEQ 5FU6B 4ESRA 1RTJA 1E6GA 4EZ9A 3QG1A 1VRTA 2RO0A 5IHNA 1WSIA 3VYHB 3X24B 2K4YA 4K25A 1Q7YR 2P9SB 1M2OA 4EYWA 4FJHA 3SVIA 2MF2A 3TAMA 3VPZA 3BY5A 4OKEA 4DR2K 1ATRA 1XVBE 1JBMA 2K3YA 3HTRA 3KBGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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