3QEWA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with ddtp opposite dt
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qewA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qewA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qewA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qewA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qewA03
5CZ1A 4Z0UA 3PX0A 1CZBA 3VQ8A 4CGJA 4DF4A 3V9UA 4DQIA 3V1RA 4K8ZA 1RBVA 3L3UA 1S1WA 4GVMA 4OVLA 1NOYA 4H8KA 2D5RA 1ZYQA 3HO1A 4FJ9A 4AHCA 5K14A 3SQ4A 1BIUA 4B9LA 3LWLA 2D0AA 4E7IA 4BE0A 1U4BA 1HNIA 3SQ2A 3DM2A 4CK1A 1JKHA 2Q3SA 4KO0A 1RBRA 2HNZA 3NH2A 1NKBA 1D9FA 1JLGA 3VQBA 1NK4A 4JRPA 3OYEA 4DTMA 4F2SA 2BANA 1NJWA 4HCBA 1VSHA 3KK3A 3SZ2A 3VN5A 2YNGA 3TAEA 1LWEA 4CEBA 1SKSA 4W5TA 4LY7A 3VQAA 4AHVA 3SPZA 3CFOA 4CJQA 1KTQA 4DFKA 1U45A 1FK9A 2D0CA 3RMBA 4FM0A 3OYMA 4Z4GA 3KLGA 4PQUA 4DU4A 4N5SA 2VWJA 5I3UA 4FCYA 5J2NA 3MXIA 1VSFA 2FBTA 4F8RA 3O4QA 2IOCA 3MEGA 4CGGA 4DFMA 4CFBA 5J2PA 1L3VA 4B9SA 1TKDA 1LW2A 1BI4B 2P1JA 4R5PA 2OA8A 1VSJA 1RT1A 1VSDA 4CJ5A 4CJ4A 4CF9A 3HL8A 3NGZA 3OYDA 1QSSA 4JS4A 2G8HA 5KRTA 3WNEA 2HW3A 4FJMA 2Z1JA 3BDPA 3KJVA 1J53A 1ASUA 1RDCA 4ICLA 4E19A 3PV8A 4M3XA 4RW9A 1VRUA 1DLOA 2KFZA 4CEZA 3AA5X 4CHQA 3OYAA 4QCLA 4H4MA 1O1WA 3QINA 4CHYA 3OYBA 1VSKA 4E7KA 3LWMA 4FW1A 1W0HA 3V9SA 4KHUA 4OLBA 1BCMA 1UAXA 3B6PA 3MEEA 4I2QA 3QETA 3SV4A 1L3UA 4ELTA 1BQNA 3SQ1A 4CECA 4HCCA 1EETA 2D0BA 4DQPA 4O55A 4CERA 4DTXA 4DTJA 1BCOA 2KW4A 4KFBA 3T3FA 3PUFA 2ZE2A 3TR8A 1TAQA 4M41A 3SCXA 1DTTA 1NK9A 2ETJA 4Z4EA 3O3GA 4BDZA 5KRSA 3LZJA 3TAFA 4W5RA 1T03A 2BGGA 4CFAA 1U04A 2OPRA 3DRRA 4C8NA 2RPIA 4DFJA 1CXUA 3ISNC 4N41A 2F8SA 1W9HA 4E1NA 2YHBA 4IG0A 2QKKA 3HXMA 3U6FA 5FDLA 4CK3A 1Z25A 3AO1A 3DI6A 1NK7A 4J2DA 3L2WA 1D9DA 2AJQA 1JXBA 4TSXA 5FROA 3LAMA 2OPQA 4CHNA 5SZTA 3D45A 3AVJA 3SUPA 1UA1A 1QTMA 4QAGA 2FC0A 3LALA 2YNIA 3LANA 1S1TA 3ZSYA 3DMJA 3SQ0A 4DLEA 3C95A 4IDKA 3HVTA 1NJYA 4M45A 1WN7A 1GOBA 3CQ8A 1X9SA 3VQ4A 2G8IA 3CM5A 3ZSQA 1KLMA 3HYFA 1VSEA 3VQ9A 2P5GA 2FBYA 4DSEA 3OYLA 4LD0A 3HPHA 1TAUA 4JRQA 5CZ2A 3K2PA 2I5JA 5KI6A 3PY8A 4DTUA 1LAWA 4RW8A 1ITGA 3B6OA 4AHTA 3H08A 5HP1A 5E41A 2Z1GA 1NKCA 1D5AA 2P5OA 2X6SA 4O5BA 1HQEA 5CYQA 3OYGA 3TAPA 5C42A 3HJFA 3T1AA 4Q5VA 4CEOA 2RKIA 4G1QA 3M8PA 4NCGA 5CY4A 3A2FA 1XWLA 3DLGA 4FJ7A 2OYQA 4E3SA 4M3UA 5DMRA 4CHZA 3EY1A 3PX4A 4N47A 5T7BA 3M8RA 1KCFA 4CJLA 3LP3A 3S3NA 3QLHA 1L5UA 2B5JA 4HVJA 1RBUA 3RR7A 3LP1A 3K58A 2BDPA 1J9AA 1TK0A 3RMCA 4H4OA 4EZ6A 3HK2A 3CYMA 3OYNA 2HHQA 3NF8A 4CEQA 2WOMA 3VQ5A 2G8VA 3P1GA 2XHBA 1BL3A 1JL1A 3AVFA 1TL3A 4CHOA 3OJUA 3L2RA 4HUEA 4PA1A 4FLZA 3OYCA 4DLGA 3EYZA 1SKRA 1JLQA 3AVGA 4M3TA 4CJFA 4B9UA 3OVNA 3THVA 3C6TA 1BGXT 4IFVA 3VQ6A 3WNFA 5HROA 2A1RA 4RW4A 4ELVA 3S9HA 4FJKA 3DOLA 2F8TA 3KKSA 2FBXA 4N56A 5DK5A 3ZSZA 2DY4A 1JLFA 3QEIA 1K6YA 2YKMA 1LV5A 4OJRA 2HHUA 4DTRA 4LH4A 2A1SA 4RG8A 3QEPA 1HMVA 1RDDA 4CJRA 1YTUA 3L2VA 1IO2A 1HJRA 1RCHA 4GW6A 2BE2A 3K5LA 2G8FA 3NH0A 1S5JA 4XIUA 2ATQA 4DF8A 4DSLA 3S3MA 3SV3A 1U49A 1QSYA 2F96A 2XY7A 3IS9A 5SWMA 3NH1A 3RRHA 1WLJA 1Q8IA 1RILA 2Z1IA 4KHWA 2G8KA 2Y1IA 4CK2A 1MU2A 3OJSA 3DLBA 5C24A 3LPTA 1G15A 1VSMA 4DTPA 1FXXA 3HP6A 2FBVA 4FZZA 3NDKA 4CJKA 2VG6A 4BDYA 2PYJA 5JS1A 4ZTFA 4HHTA 3PX6A 3KTQA 2HVHA 2JGUA 3SPYA 3FFIA 4F3OA 4ZTJA 2Y1JA 4DU1A 2KQ2A 3HVRA 3PO5A 1RT4A 2XRIA 3QNNA 2PYLA 3QNOA 2VWKA 1WSIA 5J1EA 3V9XA 2PY5A 2IGIA 2IS3A 4FJNA 2OZMA 1QS4A 2X78A 4CF0A 4CF1A 4DQQA 1ZBLA 1SKWA 3CG7A 4BDPA 2Z1HA 4KTQA 1L3SA 2ITGA 4FJLA 3VA0A 5C25A 2KTQA 3G0ZA 3OS0A 2KZMA 4AHSA 3AO2A 2OPPA 4B9MA 4DTOA 2IDOA 1TKZA 4YFUA 3AVMA 3TAMA 4BACA 3O3FA 4CESA 4FJJA 1CXQA 3AVKA 2HHWA 4KV8A 4CGDA 3NGIA 2VG5A 3RMAA 1DTQA 2XY5A 1KFSA 4F4KA 4FJ8A 1S9EA 1YVUA 4OKEA 4W5QA 1GOAA 3OYIA 3MXJA 3KD5E 4KHNA 2XY8A 1NJXA 4O44A 3NF9A 4LH5A 5EU7A 4CHPA 1J5OA 4PWDA 4BE2A 4Y1DA 2RN2A 4DMNA 2HVIA 4RW7A 4DS5A 1Z26A 1SL1A 4I7FA 4FJHA 3VQEA 4Z4HA 4F3TA 3SUOA 1RT7A 3WNGA 1F21A 3U3YA 4KRFA 4B9NA 4CF8A 4CJVA 5FRMA 2ZD1A 2QXFA 3AVCA 1IKWA 3ASMA 3DOKA 2RF2A 1NJZA 3AV9A 1KVAA 3LP0A 1A5WA 4AH9A 4DS4A 3AVNA 3L2UA 3VQCA 2HHVA 1WSGA 4CEAA 4B3OA 4C8LA 2B6AA 4DG1A 5KTQA 3NCIA 4CGHA 2O4IA 1RBSA 4HUGA 3S3OA 3OYFA 1RT5A 3MAQA 1RTDA 1ZBIA 3BGRA 1JLBA 4KTZA 1RT6A 3V9ZA 3CFRA 1I39A 1RBTA 1SL2A 2B4JA 3AA2A 4FYDA 1ASVA 4E1MA 1CLQA 2JLEA 3ITHA 2G8UA 1VSIA 3V81A 4CEEA 4O0JA 3O3HA 1BIZA 1J54A 1WAFA 4CJUA 3TWHA 3U3GA 2QK9A 2GV9A 1N6QA 4OPKA 4DQSA 3KK1A 4DSKA 5HLFA 1EP4A 1VSLA 3ZSVA 1ZBUA 3QEXA 3HPGA 1YT3A 4CEDA 3KLEA 3TARA 3L8BA 1NOZA 1NK5A 3ZT2A 2HNDA 2KZZA 2HHTA 3KD1E 1JL2A 4AHRA 4ID5A 3T19A 3MXMA 4CFDA 4C8OA 3M8QA 4FXDA 4KB1A 3MEDA 4L8RB 4CJ3A 1NKEA 3ZSRA 2GUIA 1HYVA 3KIOA 3ZSOA 5HRPA 4FM2A 4NCBA 4IKFA 4B8AB 4KHSA 3RR8A 4DSJA 2OZSA 3AVHA 3RWUA 3ALYA 1JXEA 3QO9A 1NK0A 2G8WA 4ELUA 4ID1A 1HRHA 3TABA 4J2AA 1KLNA 3VQDA 5FRNA 4CEFA 4EP5A 4CJWA 2P51A 2YNHA 4I9QA 3IRXA 3QESA 1HPZA 4M3YA 1S1UA 1ZBFA 4I2PA 4Y1CA 3ZSXA 1U47A 4NCAA 5CYMA 3HT3A 1BQMA 4OLAA 1C0MA 2OPSA 3NF7A 4KTWA 1Q9XA 4FLYA 1JLCA 1UWBA 2PZSA 4M3WA 5KGXA 3K57A 4NYNA 4F2RA 3NBPA 4CGIA 4KKOA 3P5JA 1R0AA 3AVIA 1IKXA 2DFFA 1KVCA 4OKKA 3VA3A 3V9WA 4CIGA 4J2BA 4E7LA 3DRPA 5J2QA 1UA0A 4CIEA 3LP2A 4YNQA 3OYKA 3AO3A 1RT2A 3O4NA 3ZSWA 1REVA 3CFPA 1EXQA 4GMJB 4CGFA 3D0PA 1IH7A 1GOCA 4BWMA 3PO4A 2WONA 4DTNA 2HHSA 1S9GA 4CJPA 3OY9A 4FJXA 1WSHA 4FLWA 4PUOA 4Z4CA 4DTSA 3K59A 4M3RA 1A5VA 1Y97A 4FZYA 1HQUA 1QSLA 3KKRA 4J2EA 3C6UA 2X74A 1RDAA 1C1BA 1TKXA 3WNHA 1ZBHA 1QE1A 2DTUA 1RNHA 1TL1A 3AO5A 3DYAA 3L3VA 2YKNA 3OYJA 4BE1A 1EX4A 5KGWA 4FLTA 3K5NA 4CFCA 3TAQA 1A5XA 1UOCA 1T8EA 1RDBA 1HYSA 1ASWA 1KFDA 1LW0A 2E6MA 3JYTA 3F73A 4KHQA 3DLHA 4KAZA 4CJSA 3UIQA 3KLIA 4B08A 3NAEA 4JLHA 3SYZA 4FJIA 2E6LA 4RW6A 4FZXC 1TVRA 4KPYA 1SL0A 1WAJA 3ZT3A 3HM9A 4LSLA 2YHAA 3HP9A 1RTHA 2ZQBA 3ZCMA 4DQRA 1VRTA 4Z4IA 3VQPA 5HRSA 3V4IA 4JS5A 4Q0BA 4FLUA 4OGEA 1EKEA 3SJJA 2VG7A 2XO7A 2R7YA 3NHGA 4I9LA 2E4LA 3E01A 4FJ5A 3AVAA 2DFEA 2EX3A 4KHYA 3NF6A 4OGCA 3C94A 3NGYA 1C1AA 1QQCA 2HB5A 3P83D 3I8DA 4AILC 5I42A 4FK0A 4B9VA 1FKPA 1C1CA 1WSJA 3V1QA 1XHXA 1X9MA 3QIPA 1U48A 3QIOA 3ZT4A 1X1PA 4C8MA 1NK8A 4DSIA 1HYZA 3AVBA 3CM6A 3VQQA 1T05A 1TGOA 4BWJA 2DFHA 5D3GA 5J2MA 3EZ5A 3ZT0A 1WSEA 4FJGA 1I3AA 1S1VA 2QKBA 1D8YA 1Q9YA 3MECA 1KVBA 3QEVA 4M3ZA 1FKOA 4MFBA 4PY5A 1TKTA 2HMIA 1TK5A 1LWFA 1SV5A 4CF2A 1LWCA 3QEWA 1B9FA 1WSFA 3DLKA 2KFNA 3V1OA 4KI4A 3TI0A 4K8XA 1YTAA 3TANA 4FLVA 4DFPA 4DWIA 3DLEA 4B8CA 1BISA 4IG3A 1WNSA 3IG1A 3LDSA 1IG9A 4W5OA 2XY6A 4FK2A 3KLFA 4DSFA 4DU3A 1T7PA 3M8SA 4N76A 3RMDA 1IKVA 3AVLA 4UQGA 3RTVA 1SUQA 1QHTA 5HRRA 4CCHA 1RTIA 4KB0A 3HSTB 2HHXA 4C8KA 3LAKA 1XHZA 3SI6A 4FK4A 3SUNA 5JS2A 3LPUA 1XI1A 4KREA 3F9KA 2IAJA 4O4GA 4LSNA 1IKYA 1NK6A 1KSPA 4KI6A 4AHUA 4OPJA 4FLXA 2YNFA 3IAYA 3I0SA 3OS2A 4MQ3A 4O0IA 3TAGA 3JSMA 3V6DA 4E0DA 1C0UA 1JLEA 1LAVA 1S6QA 3NE6A 1B9DA 3DLRA 4WE1A 3VQ7A 1S1XA 2IC3A 3NFAA 3ULDA 1XC9A 4Z4FA 1VK0A 4QOZB 4M42A 3SUQA 4IBNA 4CE9A 1BHLA 1TV6A 4NYFA 4EP4A 3HPOA 3K5MA 1C0TA 2W42A 3OS1A 2O4GA 3LZIA 3I0RA 4E7HA 4OKJA 3DRSA 4CJTA 5HRNA 1L3TA 2X6NA 1C6VA 4E89A 3KLHA 1TK8A 3RRGA 4FW2A 5HBMA 3QERA 2GBZA 1B92A 4FM1A 4IFYA 3G10A 1RTJA 1BI4A 4CJEA 4FVMA 3K5OA 3AO4A 2EHGA 4W5NA 1KRPA 4HUFA 4B9TA 1S6PA 3ZT1A 1CZ9A 2HNYA 2YV0X 3AA4A 1X9WA 1N5YA 3AA3A 1RT3A 3OYHA 3KK2A 4HTUA 4EZ9A 4ZHRA 4E7JA 1JLAA 3L2QA 4CIFA 3SNNA 2LSNA 2NUBA 1HNVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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