3QEWA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with ddtp opposite dt
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qewA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qewA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qewA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qewA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qewA03
3C95A 4B9MA 2NUBA 4CJLA 3RRGA 4CERA 4BDZA 2X74A 4OVLA 4KV8A 2HB5A 2Y1IA 4AILC 2HHWA 3K2PA 3ZSRA 4W5TA 2OPPA 1RT4A 1Z25A 3L2WA 1I3AA 3LDSA 2GBZA 4FLUA 1IKVA 1C1AA 2OPRA 1EKEA 3AA2A 3QEWA 3C94A 3VQPA 3PX0A 2G8WA 4FYDA 3ALYA 3H08A 1NK4A 3KIOA 4TSXA 4CIEA 4E7JA 1BIUA 1L3SA 2KFZA 3RR8A 4CGIA 4IBNA 3SCXA 2IGIA 1REVA 4W5RA 1QSYA 2B5JA 3KKSA 3TWHA 2HNDA 3S9HA 1Q9XA 3PO5A 3MXIA 2ITGA 4FK0A 1RDDA 1BL3A 3WNHA 1VSMA 5CZ1A 3AA5X 3DOKA 1VSIA 2OZMA 1ASVA 4KTWA 2XHBA 4FK2A 3QEPA 1NJXA 4J2AA 3V1OA 1IH7A 4FJMA 4N47A 1U47A 1RBRA 1Q8IA 5KI6A 4R5PA 1L3UA 1RT1A 3SNNA 4CEDA 3UIQA 3MECA 3KLGA 2PZSA 2A1RA 3NF6A 3NH1A 4FJIA 1JL1A 1JLGA 4LH5A 2BANA 3RMBA 1UOCA 3TAMA 3CFRA 4CJ4A 1ZBFA 3VQCA 2P5GA 3DLBA 4C8KA 1K6YA 3MEGA 2AJQA 1ASUA 3AO4A 3TANA 2KW4A 1ASWA 4YFUA 1TL3A 1VSFA 4FJ8A 4G1QA 4CECA 1C0UA 3K58A 3AVMA 4DQQA 5DK5A 3HVRA 1T05A 2HHVA 2EX3A 2PYJA 1EX4A 3AO2A 4I7FA 1YT3A 4E7KA 4FM1A 4RW6A 1TK8A 2X6SA 1T03A 3OYHA 4PY5A 1RT2A 4ZTFA 5I42A 4Q0BA 2XY7A 1QS4A 1WAFA 3ZT1A 5E41A 1KVAA 3HPGA 4LSNA 3RMCA 4MQ3A 1IG9A 1UAXA 2LSNA 4ID1A 3TAQA 4E0DA 3CQ8A 1BI4A 3DRPA 4KAZA 3KLEA 4M3XA 4K8ZA 4IG3A 5I3UA 4EP5A 3ZT2A 3EYZA 3HJFA 4E3SA 3RMAA 4ELVA 3L2QA 3FFIA 1CXQA 3DI6A 4GMJB 1NJZA 4OPJA 3MXMA 3ZCMA 4KTQA 2F8SA 1LV5A 2OA8A 4B3OA 2KZZA 1B92A 2YNGA 3NCIA 4CF2A 2G8FA 1UA0A 1X1PA 1C1BA 1U45A 1GOCA 5CY4A 3LPUA 3KLIA 4JRQA 3SUOA 4FM2A 3TI0A 1KFSA 4FLYA 4J2BA 3HO1A 1HRHA 2Q3SA 3SV3A 2E6LA 1NK5A 3ZSYA 3OYFA 3SPYA 3KD1E 3SUQA 1S9EA 5D3GA 4QCLA 4DTPA 4FJKA 2D0BA 4C8LA 3V9SA 3SYZA 4JS5A 3B6OA 3IRXA 4E7IA 1TKZA 1HYVA 2WOMA 5DMRA 4CK3A 3RTVA 1WSEA 2FC0A 3VA0A 2GUIA 3VQAA 2E4LA 2DTUA 3AVJA 1X9SA 4PUOA 2HVHA 4FK4A 3AV9A 1N5YA 3RMDA 2RPIA 1SL2A 1MU2A 3LP0A 5KGWA 2OPSA 3VQ9A 2X78A 3OS2A 1ZBIA 4AHUA 2HW3A 4DTJA 4KB0A 2KFNA 3NGZA 3NBPA 3OS1A 3KK3A 5CYQA 4RW9A 1S6PA 4DSIA 3SI6A 2D0AA 4I2QA 1RDCA 4DSEA 1KLNA 3AO5A 3ZSWA 4CEAA 4OGEA 1NK9A 2YHBA 3VQDA 4CHZA 1NK8A 3SQ1A 3HT3A 4OKEA 1D9FA 4F4KA 4HCBA 4CJFA 1R0AA 1TVRA 2ATQA 3G0ZA 4XIUA 4HUEA 4DS4A 4OGCA 4I2PA 1YTAA 4N76A 4DSLA 4DFPA 4BWMA 3O3GA 1IKXA 4DFKA 2DFHA 3AVNA 4O0JA 3KKRA 1KFDA 4N41A 5HLFA 1HNVA 2HHTA 3QEIA 3AA3A 3A2FA 2F96A 2XO7A 3WNFA 2VWKA 3QETA 4W5QA 3NGIA 4M3YA 2P1JA 2VG5A 5FROA 4JRPA 3U3GA 1SL0A 3SUNA 4DSFA 4NCAA 4CEQA 4FJHA 5KGXA 3RR7A 3KD5E 1U49A 3OYDA 4DQSA 4ZHRA 1DTQA 4DS5A 3ZSVA 4KO0A 3DRSA 4CJWA 1RT7A 3AA4A 3T3FA 4CFDA 4DTNA 4Z4IA 1ZBHA 3NHGA 3OVNA 1U4BA 3OYNA 4KREA 4CIFA 3SQ2A 4DTUA 3V6DA 5HRSA 2YNFA 4RW7A 1A5WA 1LAVA 4BDYA 3VQEA 4OKJA 4CJ5A 1SKWA 1UA1A 4F2RA 2HHXA 2HHSA 3NF8A 4DLEA 4CGDA 1D8YA 4KHSA 2FBYA 5J2QA 3LANA 4KHYA 4KFBA 4RW8A 4CHYA 3QERA 4FLXA 4E1NA 4BE2A 1C0TA 3TABA 1B9DA 4B9NA 2YHAA 2E6MA 3V9UA 4DMNA 2QKKA 1CZ9A 4DQRA 1LWCA 3PV8A 3QIOA 3CFPA 2QK9A 4DU4A 2ZE2A 2Y1JA 2D5RA 3OYCA 3HM9A 3HYFA 4CFAA 3ZSQA 2I5JA 4O44A 2PY5A 1EXQA 2OZSA 3OYAA 3L2RA 4ICLA 4M45A 2JGUA 1KVBA 1S1UA 2RF2A 1D5AA 1SUQA 3HL8A 4H4MA 3BDPA 1LWFA 4B9TA 3B6PA 3VQBA 4AHSA 3DLHA 4CGFA 3AVGA 2RKIA 4CESA 4FJ7A 4KI4A 4FLTA 3OYEA 1NJWA 1Z26A 2BE2A 3O4QA 4H4OA 2X6NA 3E01A 1W9HA 1VSHA 4CEBA 3NAEA 5T7BA 1BIZA 4J2DA 1VRTA 2FBXA 3CM6A 4CF8A 1S1TA 2QXFA 4Z0UA 4HHTA 3DRRA 3C6UA 3O4NA 3VQQA 4RG8A 3ULDA 4BACA 1KSPA 3KTQA 4F3OA 4NYNA 4J2EA 4FJ9A 2O4GA 3M8RA 1IKWA 5CYMA 2W42A 4ZTJA 4LSLA 3PUFA 3QEXA 4FLZA 1G15A 3G10A 3OYGA 4YNQA 5HP1A 1N6QA 1WSGA 3PX6A 1QTMA 4FZXC 4FJJA 3LWMA 3HVTA 3TARA 3ZSXA 1RBTA 4HTUA 1BCOA 1XC9A 1RTJA 2EHGA 3KLFA 1JXBA 3LZIA 4CEEA 2HMIA 4DG1A 4OPKA 2F8TA 3DLGA 4BDPA 1XWLA 3DMJA 3LP2A 4M41A 1TL1A 1WSJA 1S1VA 4GVMA 3NH0A 1TK5A 1RTIA 3NF7A 1LAWA 5HBMA 4B08A 4CJ3A 3K5LA 2XRIA 1ZBLA 1BQNA 3VQ5A 1UWBA 4KHNA 1S9GA 4FZZA 4FZYA 2BGGA 4JLHA 3SZ2A 4M42A 2XY8A 2HNZA 2YNHA 3ZT4A 1KRPA 4B9SA 3HK2A 1NOYA 4RW4A 4IFYA 4CFCA 3OY9A 3CFOA 3O3FA 1NK0A 3AVLA 3TR8A 5C25A 1XI1A 4DTMA 2KZMA 3AVAA 1HYSA 5C42A 1QSLA 1QQCA 1C0MA 1B9FA 3IG1A 4CIGA 5JS1A 4KB1A 3L2VA 3DM2A 4FW1A 1RDAA 2A1SA 1NK6A 3LAMA 3M8QA 3IS9A 3P1GA 4L8RB 2ETJA 5KTQA 1HNIA 2DFEA 4KTZA 4LH4A 3D0PA 3F9KA 2G8HA 2HHQA 1WSHA 1JLEA 1RDBA 3QEVA 4E7HA 2YV0X 4C8MA 3TAGA 4CF9A 1WSIA 3SV4A 1WLJA 3QO9A 1VRUA 4CHQA 1RBVA 1T8EA 3LALA 1J53A 2ZD1A 4B9VA 4B9LA 1TGOA 3LP3A 3OJSA 2VG6A 1TKDA 1JLBA 2G8UA 3L3UA 4BE0A 1TKXA 3THVA 3AVCA 3M8PA 4IG0A 5SZTA 1T7PA 3TAEA 1KVCA 5J2MA 1LW2A 3ZSOA 4IDKA 4DTOA 1JLCA 1LWEA 2VG7A 4N5SA 4Z4CA 3OS0A 4CJVA 2HVIA 1HMVA 1VSLA 1BGXT 1VSKA 3QESA 2FBTA 3WNEA 3AVKA 3CG7A 4CGGA 2G8VA 1U04A 4DFJA 1EP4A 3AVFA 5HRRA 3JYTA 3HXMA 1L5UA 4CCHA 3MEDA 1HJRA 3OYLA 3P83D 2IDOA 1SV5A 3VN5A 3L2UA 4IFVA 4O4GA 2PYLA 1NJYA 3I0SA 4Z4EA 2YNIA 4CJKA 2OPQA 1CZBA 1C6VA 2IOCA 2YKMA 3OYKA 1J54A 4DTSA 3ITHA 4FJXA 1WNSA 3KLHA 1Y97A 3M8SA 4W5OA 3K5MA 3EZ5A 3SUPA 1EETA 4FJGA 1RBUA 4IKFA 4E7LA 4CJQA 5CZ2A 2WONA 3NGYA 4NYFA 4DQIA 1S1WA 3F73A 4PQUA 1JXEA 2ZQBA 4OLAA 4I9LA 4B9UA 4AH9A 1FKOA 3L3VA 4CEZA 3OJUA 2HNYA 3K5NA 5EU7A 3U3YA 5J1EA 4DQPA 4OLBA 3RWUA 4KHQA 1KTQA 4CK1A 4HCCA 3LP1A 3K57A 1QHTA 2VWJA 2R7YA 4QOZB 3OYBA 4FJLA 2Z1JA 3TAPA 4CE9A 3V1QA 4CJTA 3D45A 2Z1HA 1TK0A 3NE6A 1U48A 4ELUA 4B8AB 2Z1IA 1BI4B 1HQEA 3VQ8A 3NFAA 4O5BA 4M3WA 4FCYA 1TKTA 3IAYA 4O55A 1S6QA 1J5OA 4FJ5A 3ZT3A 2RN2A 4CF0A 4C8NA 4E19A 4KPYA 4FW2A 4AHVA 1RTDA 4DTRA 1GOAA 1QSSA 3VQ6A 5KRTA 3V81A 1GOBA 5FDLA 4AHTA 3S3NA 3OYIA 3V9WA 2OYQA 4DF8A 2O4IA 5HRNA 1W0HA 4DU1A 4M3UA 1RT5A 3P5JA 4CJPA 3KK2A 5J2PA 1D9DA 3OYJA 1SKRA 2D0CA 1RNHA 1FK9A 4CGHA 3AVIA 3LAKA 3QNOA 3L8BA 3AVBA 4CJSA 3NH2A 3ASMA 1WN7A 3KJVA 1HYZA 3CYMA 4F2SA 4M3ZA 1J9AA 2B4JA 4Z4HA 1JLFA 1RTHA 5SWMA 4DWIA 2DFFA 1BQMA 1WAJA 1F21A 4EZ9A 3K59A 4MFBA 2GV9A 4FM0A 4CFBA 4CHPA 1FKPA 4CJUA 3PX4A 3NDKA 3VQ4A 1S1XA 1ITGA 4F3TA 1QE1A 3WNGA 5HRPA 2IC3A 2FBVA 2BDPA 2IS3A 3DLRA 4BWJA 3T1AA 3DOLA 1RT3A 1XHXA 1NOZA 2B6AA 1NKEA 2G8IA 3BGRA 2YKNA 1TV6A 4DSJA 1CXUA 3AVHA 1YVUA 4HVJA 5K14A 4CEOA 4CHNA 4F8RA 1ZYQA 3AO1A 2P51A 1IKYA 1IO2A 1BCMA 4CJRA 3HPOA 3KK1A 2XY5A 1NKBA 5J2NA 2KQ2A 1RT6A 2DY4A 4H8KA 4LD0A 4CJEA 4Y1DA 3SJJA 1KLMA 1LW0A 1RILA 4WE1A 4UQGA 5FRMA 3V4IA 4M3RA 1NKCA 3SPZA 1DLOA 3MXJA 1L3VA 3TAFA 5HROA 1NK7A 4AHRA 4EZ6A 3QNNA 4NCBA 1JKHA 4FXDA 3V1RA 3CM5A 3OYMA 4FVMA 4Z4GA 1Q9YA 4KKOA 4BE1A 1O1WA 3JSMA 4O0IA 3HSTB 1YTUA 4ID5A 3DLEA 1KCFA 4HUFA 2HHUA 3RRHA 3QINA 1ZBUA 4FLVA 4DF4A 4KI6A 4GW6A 4QAGA 4LY7A 1HQUA 4CF1A 1VSDA 1CLQA 1DTTA 1SKSA 3LZJA 1C1CA 4E89A 2JLEA 2Z1GA 3LWLA 3S3OA 4FLWA 1TAUA 3HPHA 4Q5VA 4NCGA 1VSEA 4B8CA 1TAQA 4CHOA 4EP4A 3V9XA 4CEFA 4W5NA 4AHCA 3NF9A 3V9ZA 3HP9A 5JS2A 1WSFA 5KRSA 3ZSZA 3EY1A 3SQ0A 3VA3A 4JS4A 3PO4A 3O3HA 5C24A 1X9MA 1BHLA 1BISA 3QIPA 4KRFA 4DSKA 4OKKA 3T19A 3DLKA 2XY6A 1A5XA 4OJRA 4KHUA 4M3TA 4PWDA 2KTQA 1XHZA 4CK2A 3AO3A 1A5VA 3K5OA 4Y1CA 1HPZA 4DTXA 3LPTA 1I39A 4KHWA 4PA1A 3VQ7A 5FRNA 1VSJA 1JLQA 1S5JA 1SL1A 3MAQA 1X9WA 4Z4FA 2IAJA 2P5OA 3MEEA 3U6FA 4ELTA 4C8OA 3ZT0A 1JL2A 4K8XA 3ISNC 3S3MA 3QLHA 4DLGA 1RBSA 3DYAA 4CGJA 3PY8A 4N56A 4E1MA 1RCHA 4FJNA 1FXXA 1JLAA 2G8KA 3C6TA 4I9QA 3I0RA 1VK0A 4DFMA 3I8DA 2QKBA 3HP6A 1L3TA 3SQ4A 4DU3A 4HUGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CJL A;  3J27 A;  4BDZ A;  4JI7 K;  4OVL A;  4KV8 A;  5LY3 A;  2VJ5 A;  2HHW A;  1R59 O;  1OH5 A;  2P9U A;  3L2W A;  2GBZ A;  3LDS A;  3AA2 A;  1I94 K;  2G8W A;  5AQZ A;  4TSX A;  4CIE A;  4CGI A;  4W5R A;  3LDN A;  5AQW A;  1Q9X A;  3MXI A;  4FK0 A;  2FSJ A;  1BL3 A;  1VSM A;  3AA5 X;  3UO2 A;  1VSI A;  4CZG A;  2YB5 A;  2XHB A;  4FK2 A;  3T1H K;  4J2A A;  3UKU A;  1IH7 A;  4FJM A;  1Q8I A;  4R5P A;  3NF6 A;  2B1E A;  3IDH A;  3NH1 A;  4FJI A;  2BAN A;  5F0X A;  3TAN A;  3AO4 A;  3VEO A;  1T6D A;  1OKJ A;  3P4I A;  4DQQ A;  4WQ5 C;  2HHV A;  3ID8 A;  2EX3 A;  1VQO N;  3AO2 A;  3FZM A;  4M7Y A;  1FZ5 E;  4FM1 A;  1HKG A;  1TK8 A;  2DEB A;  1YJ9 N;  4BR4 A;  4MQ3 A;  4ID1 A;  4AQY K;  4E0D A;  3KLE A;  4M3X A;  2HBL A;  4E3S A;  4OPJ A;  3MXM A;  2F8S A;  4FVU A;  4B3O A;  2KZZ A;  4WCE L;  2A40 A;  1C1B A;  4NLC A;  2I7P A;  5CY4 A;  3K9K A;  4JRQ A;  2JHA A;  1HRH A;  3SV3 A;  4QS9 A;  4FOI A;  5AQL A;  2ZJR L;  4QCL A;  4PL8 A;  3C65 A;  4DQ8 A;  3K9J A;  3MCP A;  3VPZ A;  3IRX A;  4E7I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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