3QEWA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with ddtp opposite dt
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qewA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qewA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qewA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qewA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qewA03
4AILC 3SYZA 1I3AA 3TWHA 4HUGA 4YNQA 4Z4GA 2VWJA 1IKWA 1NK5A 2FBXA 5CY4A 3P83D 3LANA 3PY8A 2BGGA 3I8DA 2G8IA 3RWUA 3G0ZA 4FLTA 4FJKA 5KRSA 3WNFA 1GOBA 2OPQA 4OJRA 3M8QA 1U48A 2B5JA 4H4MA 4HUEA 1T03A 3V1QA 3HVTA 4CGHA 3C94A 5KRTA 3KLHA 1X9SA 1S5JA 1YTUA 3V9WA 3OYFA 5HP1A 1NJWA 4F3OA 3HO1A 3DLRA 1C0TA 4FLXA 3LWMA 4DG1A 4DSFA 2DFHA 1U49A 1JLEA 3FFIA 5JS1A 1UOCA 3M8PA 2G8VA 1YT3A 3M8SA 2QXFA 4C8OA 3SPYA 3SV4A 4LD0A 3AO5A 4CFCA 1FK9A 1T7PA 3TABA 1SKWA 3PO5A 4I2QA 3OYLA 4ELUA 4B08A 4CJTA 1RCHA 1XC9A 2GUIA 4CJ5A 4FK2A 1KRPA 2XY5A 3HYFA 1L3SA 3HP9A 1RT3A 4W5TA 1Q8IA 3OYKA 2HHXA 3OYIA 1U4BA 4RG8A 1JLCA 3TANA 1B9FA 4CEDA 1EP4A 2IC3A 3NBPA 3SCXA 4GMJB 1JL1A 4PY5A 1JLGA 4BWJA 3AVNA 3VQ6A 1TAQA 2YKNA 1XHXA 2GBZA 2OA8A 4DSLA 5HRSA 4FJIA 3QEPA 1ASVA 3KJVA 3TAFA 4FLWA 4J2AA 4Z4CA 3ZT3A 3RR7A 4KI4A 1WSHA 4IDKA 3NFAA 3NCIA 1KVCA 4IFVA 4F3TA 2DY4A 4IFYA 3ITHA 5K14A 4BDZA 4PWDA 1B9DA 2BE2A 4JRPA 4FCYA 3IRXA 2Z1HA 3LAKA 4DSJA 4KV8A 3P1GA 3JYTA 3SQ2A 1LW0A 4K8XA 1IKVA 1BI4B 3QINA 4B9NA 4BACA 3RTVA 1BI4A 3ALYA 1HQEA 4R5PA 3L2RA 4M45A 4Y1CA 5KTQA 3AVGA 5KGWA 3QLHA 4DS5A 3PV8A 1RTIA 1J5OA 4GW6A 4FK4A 3T3FA 3NH0A 2HMIA 2P51A 1NJXA 1F21A 2B6AA 3T1AA 4CECA 4CJLA 2EHGA 2BDPA 3CFPA 3AVJA 5FROA 4DLEA 4DQSA 4DF4A 3RRHA 2OZSA 1HRHA 1REVA 1DTQA 3O4NA 4LH4A 4DTPA 4DU3A 3ZSOA 2XRIA 3LP0A 4AH9A 3KLEA 4B9TA 2EX3A 4IKFA 4NCAA 4B9SA 3K5LA 1WAJA 2E6LA 2RF2A 4E0DA 4BE0A 3C95A 4CHQA 3DOKA 2VG5A 1T8EA 3RRGA 1HJRA 3NGIA 1KLNA 4ZTFA 2F96A 1VSJA 3ZSQA 4M3TA 3VQBA 5KI6A 1W0HA 4HVJA 4CF1A 3V81A 3CFRA 1J9AA 2DFEA 3M8RA 3NAEA 3U3GA 4FJHA 4E7KA 2Z1IA 1VRUA 4FJJA 2DTUA 4J2DA 3IS9A 1RT5A 3AO4A 3OVNA 1RBTA 5CYMA 5JS2A 1NK8A 2ZD1A 3VQ7A 3PO4A 4CJ3A 4DQRA 1NK9A 4Z4FA 3NF7A 4I9QA 3L2UA 4HCBA 3I0SA 4IBNA 3IG1A 1UAXA 2VG7A 4FJ7A 2ATQA 3NGYA 1JLAA 3HL8A 4DU4A 4O4GA 1HQUA 1JXBA 4OKJA 4CEFA 3AO2A 5CZ2A 1D5AA 3SI6A 1W9HA 3LP1A 1XHZA 2QKBA 3SUPA 3NE6A 3AVHA 3PUFA 4ZTJA 3HK2A 4N76A 4AHVA 1RILA 2DFFA 4OGCA 5FRMA 1G15A 4M3RA 1NK4A 5HRRA 4FLVA 4F2SA 1BCOA 3L2QA 3BGRA 4B8AB 3HPHA 4KTZA 4KB0A 1VSLA 1FKOA 2Q3SA 4PUOA 4C8LA 1BL3A 4M3YA 3OJSA 3K5NA 4CF9A 1SL1A 4Z4HA 2KW4A 1NOYA 2BANA 3OJUA 5FRNA 3QERA 1ZBHA 4DSKA 1TKZA 3ZSWA 4E7IA 1EKEA 3ZT2A 4ID1A 4CHZA 3U3YA 3AA3A 2QK9A 3SUQA 3OYEA 2HHTA 3AVKA 1U04A 1C6VA 3QESA 3LALA 4AHTA 4N5SA 4B9UA 4AHSA 1IKXA 4DFPA 4BDPA 4OLAA 3VQEA 3O3FA 4PA1A 2Y1JA 4L8RB 4HUFA 2O4IA 3CQ8A 2OPRA 3V9SA 3NHGA 4KHUA 4CERA 3DLHA 3THVA 4LSNA 3DRPA 3DYAA 4FLYA 4KHYA 4DTUA 1QQCA 1LW2A 3AA5X 2R7YA 1U47A 3K58A 4FZYA 3L3UA 2KFZA 4WE1A 4CJUA 5J2MA 1TAUA 1C0UA 4CK1A 1A5WA 1RT4A 4XIUA 2OPPA 4JRQA 4CGIA 3S3MA 1Q9XA 3OYNA 3LWLA 1X9WA 3F9KA 1JLFA 3QO9A 3NF9A 4DTXA 3DMJA 4IG3A 4FYDA 3L8BA 3L2VA 5T7BA 1TK8A 1KFSA 3LZIA 2KZZA 1N5YA 4CE9A 1KCFA 5KGXA 3C6UA 4CEQA 1L5UA 1HYVA 2YNIA 2W42A 2PZSA 3RMAA 4YFUA 3QEXA 3HPGA 3SZ2A 1RBUA 1BISA 4KRFA 1RT7A 1ZBUA 4CEAA 1SL0A 4DU1A 3MEEA 1JKHA 2HNZA 1TKDA 3QNNA 5SZTA 4BE2A 2RN2A 1NK6A 3U6FA 2AJQA 4CIEA 2PYJA 1T05A 4J2BA 1TL3A 4Y1DA 3ZSRA 4JS5A 2FBVA 3ISNC 1CZBA 4NCBA 4KAZA 4BDYA 5DMRA 5HLFA 1WLJA 3I0RA 4Z4IA 3AO3A 4E7HA 1RTDA 3HSTB 3TI0A 4FM0A 1WSIA 1ITGA 3HVRA 1D8YA 1BIZA 4W5OA 4CGDA 5I3UA 4EZ6A 1KVAA 4DQPA 3MECA 1NK0A 3LAMA 2G8FA 2WOMA 3AVCA 4HCCA 3AO1A 2XHBA 4CIFA 4G1QA 3B6OA 2D5RA 4FW1A 1HYSA 1RNHA 1GOAA 2HVHA 1VSDA 4OPJA 3HT3A 3K59A 4CF8A 3VQQA 3ZSXA 3KK2A 5SWMA 3HXMA 4Z4EA 1TGOA 4CFBA 2HHUA 5C25A 4FZZA 3KKRA 3SQ0A 4KHSA 1VSIA 4RW7A 3K57A 2X6SA 2YHAA 1A5VA 4DTNA 4BWMA 4CIGA 2XY7A 4F8RA 4F2RA 3O4QA 4FJLA 3DI6A 3KD1E 1UWBA 1WN7A 1WSFA 3AVIA 3G10A 3KK1A 5J2NA 2B4JA 3S9HA 2HB5A 4CHOA 1JLQA 1O1WA 4FW2A 1SKRA 2G8HA 4E89A 3RR8A 3TAMA 2O4GA 1LAWA 4M3UA 4OKEA 4O44A 4B8CA 3VA0A 4B9MA 3OY9A 3KLGA 3QIOA 3MEDA 2KQ2A 4DTJA 5D3GA 2OYQA 1VSMA 4CHPA 4E3SA 3TAQA 3A2FA 1QE1A 1VRTA 3OS1A 1KFDA 3D45A 2YV0X 4FXDA 1FXXA 3WNGA 4CGJA 4E7JA 4CFAA 1QTMA 4KFBA 1R0AA 1C0MA 1SKSA 3AVBA 4JS4A 1IG9A 1L3TA 4JLHA 1RBSA 4DWIA 3MXJA 4KO0A 5J2PA 2X74A 1HYZA 4CEOA 2ZQBA 4J2EA 4FVMA 1YTAA 2ITGA 3DOLA 4RW6A 3TAGA 3VQ8A 4CJPA 1U45A 2XO7A 5C24A 2HW3A 1S1UA 4CHYA 3PX0A 4FM1A 4CEBA 4DFJA 2LSNA 4FJ9A 4ICLA 2FC0A 3ZT4A 3KKSA 1JL2A 2FBYA 3OYBA 3EY1A 1NKCA 5HBMA 4GVMA 4CGGA 3DLBA 1DLOA 5EU7A 4LY7A 2I5JA 1S6QA 1ZYQA 1VSFA 4OGEA 4CF2A 2ETJA 4E19A 2HHSA 3F73A 3NF8A 2IOCA 2G8KA 1QHTA 4FJ5A 1CXQA 3AVAA 3NF6A 3CM6A 1UA1A 3TAEA 4O0JA 1NK7A 3RMCA 1HPZA 1RT6A 1IKYA 1C1BA 2F8SA 4FJXA 1S1WA 2JGUA 1BIUA 3ZSVA 1SUQA 2YNHA 3ZCMA 3LP3A 4M42A 3O3GA 4C8NA 1BQNA 4DLGA 3V9XA 4FLUA 4DFMA 3KLIA 2HVIA 4KI6A 1KLMA 1TK0A 1C1AA 4O55A 4Q0BA 1S9EA 3O3HA 3WNHA 1NJYA 4AHUA 4ELTA 4CHNA 4MQ3A 4O5BA 4RW8A 4E1MA 4M41A 1J53A 1FKPA 1WSGA 3VQAA 3VQ9A 3S3NA 4FJGA 2WONA 2P5OA 4Z0UA 3AVMA 3QNOA 2GV9A 4UQGA 3DRSA 5HRPA 4DF8A 3B6PA 3DLGA 3QEIA 4CJVA 4CEEA 3KIOA 1IO2A 3CM5A 1HNIA 3OYCA 3IAYA 1BQMA 1LWFA 1RDAA 3CG7A 4I7FA 1RTHA 3CYMA 4ELVA 3DM2A 3SQ1A 3VQCA 3OYHA 3QETA 1CZ9A 1WSJA 1C1CA 5DK5A 5E41A 4N41A 4CFDA 1N6QA 4KTQA 1RT2A 1TL1A 3VQ5A 4IG0A 3VQPA 3NGZA 3KLFA 3S3OA 3QEWA 1HNVA 1TV6A 3ZSYA 2ZE2A 3V9ZA 4DFKA 3DLKA 2Y1IA 5I42A 2FBTA 1S1XA 1RT1A 3SV3A 1A5XA 3VA3A 2HHQA 2KFNA 3TAPA 4FJ8A 1QSYA 3CFOA 4HHTA 4EP4A 1VK0A 5HRNA 3V1RA 2VG6A 4NCGA 1L3VA 4O0IA 1CXUA 1XWLA 3NDKA 4M3WA 1LWEA 3LPUA 4H4OA 3ZSZA 4OVLA 3K2PA 4CJEA 4RW4A 2QKKA 2A1SA 3DLEA 3VN5A 4KTWA 2OPSA 3C6TA 2PYLA 4MFBA 3LP2A 1UA0A 4FZXC 3KD5E 1BHLA 4CF0A 4M3XA 4CEZA 4DTOA 3EZ5A 3ZT1A 1LV5A 5FDLA 1KVBA 3V4IA 1TKXA 3RMDA 3ULDA 1TKTA 3AA4A 3OS0A 1EETA 3VQDA 1Q9YA 2NUBA 3LPTA 4ID5A 1QSLA 1B92A 1GOCA 2RPIA 3V6DA 3JSMA 1YVUA 2X6NA 4CJRA 1RDDA 2P5GA 4DQIA 1BGXT 3OYAA 4EZ9A 1RBVA 3OS2A 3LDSA 5C42A 1KSPA 2X78A 4FK0A 4W5NA 1CLQA 2D0BA 4Q5VA 2D0CA 4KREA 4BE1A 4TSXA 3VQ4A 4FJNA 3K5OA 1ASUA 4DTMA 1JXEA 3WNEA 4AHRA 1WSEA 1NKBA 1IH7A 3SJJA 3SNNA 4CESA 4RW9A 2KZMA 1DTTA 3QIPA 2YNFA 3ASMA 3P5JA 2RKIA 1SL2A 1Z26A 3SPZA 3K5MA 1K6YA 4QCLA 1S6PA 4CJQA 4B9VA 1L3UA 4B9LA 3ZT0A 4NYNA 4DSEA 3L3VA 1Z25A 2IAJA 2PY5A 4OPKA 3D0PA 2KTQA 4H8KA 4DQQA 1J54A 2YKMA 3OYJA 4CGFA 1TK5A 4KB1A 1KTQA 2Z1GA 4CJFA 4KHQA 3DRRA 4DSIA 4C8MA 5J1EA 4ZHRA 1EX4A 4M3ZA 2Z1JA 4LH5A 3OYMA 1TVRA 3BDPA 3PX6A 3PX4A 2HNYA 4DS4A 4N47A 4FM2A 4CK3A 3KTQA 1NKEA 3MXMA 1Y97A 2XY8A 4KHNA 3E01A 4I2PA 4W5RA 4F4KA 1EXQA 1JLBA 3MXIA 5HROA 2P1JA 4I9LA 4KHWA 4AHCA 1XI1A 4CCHA 4CJSA 1D9DA 1HMVA 3L2WA 3LZJA 3SUNA 2HNDA 1WNSA 1VSHA 3H08A 3TR8A 3NH1A 3HM9A 5J2QA 3HJFA 3TARA 1ZBIA 1RDBA 1MU2A 4K8ZA 3KK3A 1BCMA 3AA2A 1SV5A 1VSEA 1I39A 1X9MA 1QSSA 1NJZA 4KPYA 4QOZB 3MEGA 2A1RA 2YHBA 2G8UA 1X1PA 1NOZA 4W5QA 3OYDA 4DTSA 2OZMA 1S1VA 2IGIA 2YNGA 3V1OA 3SUOA 4HTUA 1ZBFA 2XY6A 4LSLA 3MAQA 4C8KA 1VSKA 2IS3A 4CJ4A 3EYZA 1ZBLA 3SQ4A 5CYQA 4KKOA 3HPOA 2E4LA 5CZ1A 4CJKA 4EP5A 2VWKA 3AVFA 4CK2A 3AVLA 2D0AA 2IDOA 3OYGA 4E7LA 4OLBA 1RDCA 1LWCA 4NYFA 1RBRA 1S9GA 3HP6A 3T19A 3V9UA 2E6MA 3RMBA 4FLZA 1WAFA 2HHVA 1S1TA 4DMNA 4N56A 4FJMA 3AV9A 1LAVA 4OKKA 2HHWA 4QAGA 1D9FA 4CJWA 3NH2A 4DTRA 3QEVA 1RTJA 2JLEA 2F8TA 4PQUA 2G8WA 4E1NA 4B3OA 3UIQA 1ASWA 1QS4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3TAR A;  1ZBI A;  1RDB A;  1MU2 A;  4K8Z A;  3KK3 A;  1BCM A;  3AA2 A;  1SV5 A;  1VSE A;  1I39 A;  1X9M A;  1QSS A;  1NJZ A;  4KPY A;  4QOZ B;  3MEG A;  2A1R A;  2YHB A;  2G8U A;  1X1P A;  1NOZ A;  4W5Q A;  3OYD A;  4DTS A;  2OZM A;  1S1V A;  2IGI A;  2YNG A;  3V1O A;  3SUO A;  4HTU A;  1ZBF A;  2XY6 A;  4LSL A;  3MAQ A;  4C8K A;  1VSK A;  2IS3 A;  4CJ4 A;  3EYZ A;  1ZBL A;  3SQ4 A;  5CYQ A;  4KKO A;  3HPO A;  2E4L A;  5CZ1 A;  4CJK A;  4EP5 A;  2VWK A;  3AVF A;  4CK2 A;  3AVL A;  2D0A A;  2IDO A;  3OYG A;  4E7L A;  4OLB A;  1RDC A;  1LWC A;  4NYF A;  1RBR A;  1S9G A;  3HP6 A;  3T19 A;  3V9U A;  2E6M A;  3RMB A;  4FLZ A;  1WAF A;  2HHV A;  1S1T A;  4DMN A;  4N56 A;  4FJM A;  3AV9 A;  1LAV A;  4OKK A;  2HHW A;  4QAG A;  1D9F A;  4CJW A;  3NH2 A;  4DTR A;  3QEV A;  1RTJ A;  2JLE A;  2F8T A;  4PQU A;  2G8W A;  4E1N A;  4B3O A;  3UIQ A;  1ASW A;  1QS4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SYZ A;  1I3A A;  3TWH A;  2VWJ A;  4YHH K;  2FBX A;  3P83 D;  1T6C A;  3FLC O;  2BGG A;  1DKG D;  1ATR A;  2RE2 A;  5KRS A;  2DPN A;  2B5J A;  4H4M A;  4BR0 A;  1X9S A;  5HP1 A;  3J2P A;  1JLE A;  4WFB L;  2O8F B;  1YT3 A;  3SPY A;  3OW2 M;  4MDA A;  3AO5 A;  4LD0 A;  3SV4 A;  2OAN A;  2B8I A;  3BF1 A;  2GUI A;  4RL5 A;  4BRC A;  1L3S A;  2ZJP L;  3OYI A;  4RG8 A;  1JLC A;  2YX6 A;  1EP4 A;  5EVZ A;  4PY5 A;  2NRV A;  3VQ6 A;  1TAQ A;  2YKN A;  4I6J B;  1XHX A;  2GBZ A;  3HTV A;  5HRS A;  4EHU A;  1NGD A;  4Z4C A;  3NCI A;  1KVC A;  3GBT A;  1FS1 A;  4IFY A;  3ITH A;  4BDZ A;  1S22 A;  1B9D A;  3IRX A;  4DSJ A;  4KV8 A;  3JYT A;  4LFA K;  3SQ2 A;  3OGM B;  4B9N A;  4BAC A;  5IWA K;  2ZWH A;  4GV9 A;  3QLH A;  3PV8 A;  4FWS A;  5BRD A;  5LJW A;  5MLC Q;  2HMI A;  1ZXO A;  2P51 A;  4CJL A;  3T1A A;  4CEC A;  1MWM A;  4DLE A;  4DQS A;  4O8K A;  1DTQ A;  3O4N A;  4DTP A;  2XRI A;  1KC8 O;  2QWM A;  4NCA A;  1GLB G;  3K5L A;  3AY9 A;  4E0D A;  3CJ9 A;  2UUB K;  2VG5 A;  3RRG A;  4ZTF A;  1VSJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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