3UIQA

Rb69 dna polymerase ternary complex containing dupnpp
Total Genus 318
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
318
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Bidentate and tridentate metal-ion coordination states within ternary complexes of RB69 DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 318
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3uiqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3uiqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uiqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3uiqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3uiqA03
1RT7A 3ZT1A 4JRPA 4BE2A 4DTXA 4CFAA 1TL1A 2ZD1A 4I9QA 3S3OA 1HNVA 4DTPA 1RDCA 3AO2A 3OYIA 1KLNA 4IG0A 1TKTA 2YHBA 5I3UA 5DK5A 4CGDA 1RT5A 4B9NA 3ITHA 3L3VA 3VN5A 4F2RA 1TVRA 3L3UA 4CCHA 2B6AA 3EY1A 1X9WA 3OVNA 4N76A 4CJFA 3RRHA 1C1AA 1Q8IA 2G8FA 1BHLA 1NJYA 2KFNA 2HHWA 2PYLA 1SKRA 3KIOA 3RMDA 4DLEA 4DSFA 2P5OA 3AVFA 2QKBA 1WSGA 2HNZA 1S9EA 4E89A 4FJJA 4CIFA 3KK1A 3HM9A 4I7FA 1ASWA 1IG9A 4M3WA 1S1VA 4KB1A 1CZBA 3ZT3A 1SL0A 4RW6A 1WAFA 4AH9A 4CJWA 4HVJA 1S9GA 5D3GA 3SPZA 1NK4A 4CGHA 5HRNA 3PX6A 1WSEA 3QIPA 5I42A 4AHCA 1DTQA 4RW4A 4CF1A 2YNHA 3F9KA 4DQRA 1LWEA 4GW6A 1RT6A 3LANA 4M3TA 3KK2A 2R7YA 3QNNA 4J2EA 1HNIA 4KFBA 3AVHA 1KLMA 4C8LA 1J54A 1NKBA 4E0DA 4H4MA 2OPRA 3QEPA 4CEZA 3KKRA 1J53A 4CGJA 1BI4A 2E6MA 3VQ4A 3OJUA 1X9MA 4CESA 4DTUA 1MU2A 4J2DA 4BE1A 4E7KA 4E7JA 4FLZA 2JGUA 1W0HA 3P83D 3TANA 3RRGA 2HNDA 2BE2A 4FLUA 4Q5VA 4DS5A 3AVMA 4DTOA 3ZSVA 4CIGA 2PY5A 4I2QA 4CHOA 2FC0A 2OA8A 3WNGA 4H4OA 2VWKA 4FJNA 3OYNA 1FXXA 3LAKA 2ZQBA 1JLGA 4LSNA 3ZSXA 4CIEA 5KRSA 3NE6A 2E4LA 1W9HA 4CEFA 4DTNA 4JS4A 3HYFA 1D8YA 1XC9A 1TK5A 2YKMA 1VK0A 4E1MA 4OJRA 1LV5A 1UOCA 5K14A 1L3VA 3T19A 3KD1E 1WSHA 4CERA 1NJXA 3SUNA 4EZ9A 1ITGA 4CECA 3QNOA 1NK5A 4CHZA 2G8KA 4F2SA 4KAZA 3LPTA 4C8KA 3JSMA 3ZSQA 1WSIA 1XHZA 1HYSA 2LSNA 3P5JA 1HJRA 1RTIA 4M41A 3DYAA 3WNFA 1JL2A 4CEEA 3L2QA 1I3AA 2ATQA 1IKWA 1EX4A 4EZ6A 1FK9A 1REVA 4O5BA 3OYLA 3ZT2A 4ZTFA 4DMNA 1ZBUA 3SPYA 3RR8A 2KQ2A 4ID1A 3KLGA 1KRPA 2EHGA 4UQGA 3NAEA 1JLCA 3LWMA 1B9DA 4MQ3A 4NCBA 4PQUA 3DRPA 3F73A 1X1PA 4Z0UA 2ZE2A 3NH0A 4KB0A 3TAGA 4PY5A 3DLEA 1L3TA 4M42A 3EZ5A 3SV4A 5SZTA 4E19A 5HP1A 4NCGA 2KZZA 4B9TA 1BGXT 4BWJA 4N41A 3LAMA 4AHUA 1SL1A 1RT2A 3WNHA 3AV9A 4IFYA 4HUFA 3KLEA 3L2VA 4FM1A 4DQQA 4CK2A 3HO1A 1TK8A 4B9UA 3VQAA 3FFIA 4BDPA 2E6LA 3AA2A 3B6PA 4RW7A 4CF9A 3NGYA 4O0JA 2HHUA 3NF7A 5EU7A 3ZSOA 1HMVA 1U04A 3O4QA 4CFDA 3OYEA 3MAQA 3VQEA 1U47A 1Z25A 3V1OA 4DLGA 4B9LA 3HPGA 3IG1A 2ITGA 3V9ZA 4DFJA 2WOMA 4ICLA 3I0SA 1QQCA 4FM2A 2Q3SA 1A5XA 4K8ZA 3T3FA 3ALYA 3U3GA 4F3OA 5CYMA 1I39A 4CEBA 2YNFA 3AVNA 2XY5A 4KKOA 1S1XA 2BANA 4NYNA 4DU4A 3RR7A 3PO4A 4B9MA 4DF4A 4KPYA 3QESA 2KFZA 3AA3A 4DS4A 5KI6A 1NK7A 2WONA 4NYFA 2X6NA 2I5JA 3S3MA 5C24A 4Y1CA 1K6YA 1TKDA 2FBXA 1NK9A 4FXDA 1EETA 2XRIA 3VQ7A 2HVHA 2DFHA 1LWFA 4DSJA 4ELVA 4CEDA 1VRTA 4CJ4A 4FZZA 4Q0BA 1QSSA 3CQ8A 3ZSYA 2A1SA 3LP3A 1KSPA 3I0RA 3ZSWA 2XY8A 3TI0A 1NOZA 3LDSA 1C0UA 1SL2A 3CFOA 1HPZA 3V4IA 5HRSA 4M3ZA 1VSMA 1EKEA 3G0ZA 2G8HA 4KHNA 4W5RA 3SQ1A 1S5JA 3HP6A 1LAVA 3QLHA 4CEOA 4EP5A 5J2MA 3DLGA 4ELUA 4CJLA 1S1UA 1YVUA 1X9SA 1RTHA 3AA5X 4KV8A 4WE1A 4RW9A 1QS4A 4LY7A 2OPPA 3NFAA 1QSYA 2Z1JA 4BACA 5CYQA 3H08A 4KREA 3TAMA 1A5VA 3PX0A 2HHXA 2HHVA 2KZMA 4CFBA 1CZ9A 1JXEA 4Z4FA 1LWCA 4FW2A 4ID5A 4N56A 4DF8A 4TSXA 2EX3A 1YTUA 3SUOA 2O4GA 3TAEA 2IGIA 4Z4CA 4Z4HA 1BI4B 2QKKA 4J2BA 1VSJA 4HTUA 1LAWA 3K5LA 3ZT0A 3C6TA 4RW8A 3NBPA 4OKKA 1UAXA 2RPIA 3V9XA 1NJZA 4C8OA 4PA1A 1TAUA 1T7PA 4HCBA 4C8NA 4M3YA 1RBRA 3RMAA 3P1GA 1WNSA 2OPQA 4ZTJA 2IOCA 1C0TA 4AHRA 3L8BA 1VSIA 1G15A 4FJLA 3MEDA 2XY6A 4FJ7A 3SYZA 4DTMA 5FROA 4E3SA 4DTJA 4R5PA 2HW3A 3RMCA 4LH4A 4W5TA 3OS0A 4FLTA 3IAYA 4W5OA 2G8IA 3WNEA 1JL1A 4CEQA 3SCXA 4RG8A 1LW0A 3OYJA 3B6OA 3OYAA 4KTQA 2HHQA 3PUFA 3OY9A 4DTRA 3AO4A 4HUGA 2QXFA 1LW2A 1NJWA 1FKPA 1TAQA 2YKNA 3HJFA 4CJPA 5FRMA 3KLIA 2X78A 3TR8A 3VQCA 3OYDA 5C25A 4KHQA 3V1RA 3ASMA 1S1TA 1RNHA 3PV8A 4LSLA 3HPOA 3O4NA 3TAQA 4PWDA 3C6UA 3HPHA 5JS2A 4KI4A 4YFUA 2IAJA 5KTQA 1KVBA 4K8XA 2FBTA 4YNQA 1WLJA 4KTWA 4KHWA 1BISA 3HL8A 3PO5A 4CJKA 4E1NA 4OGCA 1L3SA 1HRHA 5JS1A 3CM6A 3NF6A 4FW1A 3VQ8A 3HSTB 3SZ2A 1SUQA 3VQPA 3SQ2A 1J9AA 1RT3A 4OKEA 3CG7A 1C0MA 1VSEA 4CGGA 4W5QA 3VQDA 3HT3A 2JLEA 3A2FA 1ZBHA 2KW4A 1S1WA 4DU1A 3DLBA 3AO5A 5HRRA 4B8AB 1U45A 2GUIA 1VSDA 1DLOA 4KTZA 5FDLA 4KO0A 4JLHA 1NK6A 3ULDA 3TARA 4CJUA 3SUQA 1IH7A 3NGIA 3AVCA 4B08A 3KD5E 3D0PA 4CHPA 4E7IA 1BIZA 4ELTA 1ZBIA 4HCCA 5J2PA 4AILC 1GOCA 2VG5A 3AVLA 3DM2A 3QIOA 4OKJA 1Q9XA 3PY8A 4DTSA 1U4BA 4IDKA 4LD0A 3OS2A 1KCFA 3DLKA 1O1WA 1T8EA 2RKIA 4FJXA 4CJSA 3L2WA 4DSKA 2FBYA 3LP2A 4IFVA 1JKHA 3AO1A 3I8DA 1ZBFA 4CEAA 4FJGA 4B9SA 4FJKA 5J2QA 5KRTA 4CJEA 4C8MA 1EXQA 3V1QA 4OPJA 3SV3A 4CF8A 2P51A 1BCMA 2PYJA 2HHTA 3KTQA 4W5NA 1XHXA 4O55A 3VQBA 5E41A 3U3YA 3SQ0A 3AVIA 1S6PA 3O3HA 1TKXA 1FKOA 2B4JA 3IS9A 1D9FA 3QERA 3DOLA 4G1QA 1JLFA 3KJVA 3MXIA 1ZYQA 3RTVA 1BQNA 3K5MA 1T03A 5C42A 1JLEA 4Z4IA 5CZ1A 3VQ5A 4FJHA 1VSLA 1HQEA 1RDAA 1KFDA 2DFFA 4CF2A 3DRRA 4O0IA 2DFEA 2D0CA 3RMBA 4OGEA 1RDDA 3VA3A 1NK8A 4CJVA 3V9WA 1JLQA 2DTUA 1VSFA 4E7HA 3M8QA 3G10A 4FM0A 3KLFA 3UIQA 3AVKA 1CLQA 4O44A 1BCOA 4KHSA 3HK2A 3BGRA 3V9UA 1SKSA 3LP1A 1HYVA 3TABA 3QEXA 3NF9A 3M8RA 3QEWA 3QETA 2GBZA 5SWMA 3NDKA 1SV5A 1CXUA 3M8PA 3OS1A 1ASUA 4ZHRA 2HNYA 2ETJA 4FZYA 2YV0X 3DMJA 3BDPA 1JLBA 3MXJA 4CGFA 1UA1A 1U48A 3K57A 4LH5A 3MXMA 4FYDA 4QOZB 1T05A 3E01A 4F4KA 4NCAA 3QINA 4CK3A 3V6DA 1ASVA 5T7BA 1A5WA 2BDPA 1NK0A 1Y97A 3DLRA 1C1BA 2P1JA 1HYZA 4FJ5A 3LZJA 4BE0A 4B9VA 2P5GA 4HHTA 4B3OA 1Q9YA 2YHAA 2IDOA 3OYMA 3LALA 4DFKA 3K5OA 2GV9A 1HQUA 1QHTA 1RT1A 3NHGA 3SJJA 4GMJB 1TL3A 5HBMA 4FJMA 4FLXA 1WSJA 3DI6A 3VQQA 1RCHA 4AHSA 5KGXA 2D0AA 3K58A 4CJRA 1XI1A 4OVLA 5CZ2A 3IRXA 2PZSA 3SNNA 3AVAA 3L2RA 3DLHA 4BWMA 2OPSA 4DFPA 3LZIA 3RWUA 3VQ6A 4FZXC 3CFRA 4QCLA 3TWHA 3KK3A 4FK0A 1L3UA 1RDBA 3HVRA 5HLFA 3C95A 2G8VA 4GVMA 1L5UA 4CJQA 3TAPA 4CHYA 3TAFA 3MECA 5CY4A 4DFMA 3ZT4A 1U49A 1SKWA 3SUPA 1KVAA 3O3FA 4CE9A 3NH1A 2O4IA 2XO7A 1CXQA 1GOAA 3QO9A 2G8WA 2YNGA 1VSHA 1RILA 2DY4A 1VRUA 3OYBA 4FK4A 3LP0A 1NKCA 4Z4GA 4OLAA 2IC3A 2VWJA 2X74A 4HUEA 3HXMA 1GOBA 3THVA 1J5OA 2Z1GA 2HHSA 1B92A 4CHNA 3AO3A 5KGWA 3OYFA 1R0AA 1S6QA 1RBTA 3ZCMA 3DOKA 4KRFA 1D9DA 1IKXA 1UWBA 3NF8A 3JYTA 2W42A 3SQ4A 5J1EA 4FJ9A 4FVMA 3NGZA 1TGOA 2OYQA 4FJIA 1BQMA 4B8CA 1JLAA 1C6VA 1IKVA 2IS3A 3KKSA 4CK1A 4KI6A 4H8KA 4OPKA 2FBVA 1QE1A 4JRQA 3S3NA 4DSIA 3S9HA 4N5SA 1Z26A 2NUBA 1N5YA 2HB5A 4CFCA 3OYGA 5HROA 4E7LA 4F8RA 4FK2A 3C94A 4CJTA 2KTQA 2F8TA 2D0BA 2D5RA 3M8SA 2G8UA 3MEGA 3V81A 4JS5A 4F3TA 3HVTA 1RBVA 4XIUA 3NH2A 2HVIA 4IG3A 2X6SA 4I9LA 1WSFA 3AA4A 1BIUA 3OJSA 2BGGA 4IBNA 1F21A 3K2PA 2F8SA 2Y1JA 4CHQA 1B9FA 4FCYA 1WAJA 5J2NA 2Y1IA 3D45A 4FJ8A 2VG7A 2A1RA 4KHUA 4DSEA 3NCIA 4DQSA 4BDYA 4M3UA 1BL3A 2OZMA 1NKEA 3QEIA 3OYCA 3V9SA 1TKZA 5FRNA 4AHVA 4M3RA 4KHYA 2YNIA 1YT3A 4CJ3A 1IKYA 1YTAA 4EP4A 3LWLA 3EYZA 1QSLA 2QK9A 2AJQA 3VQ9A 4CJ5A 1KVCA 4DQIA 3QEVA 4IKFA 4AHTA 3T1AA 2OZSA 1XWLA 3LPUA 2RN2A 4CF0A 2VG6A 1UA0A 4PUOA 3AVGA 4MFBA 1QTMA 2Z1HA 3K59A 3HP9A 3O3GA 3ISNC 4QAGA 1KFSA 1RT4A 4OLBA 4M3XA 4FLYA 4FLVA 1RBSA 3CM5A 2XY7A 5HRPA 4J2AA 2F96A 4Y1DA 4CGIA 3ZSZA 3OYHA 1WN7A 4M45A 4DU3A 3AVBA 3U6FA 3PX4A 3VA0A 2Z1IA 1KTQA 4L8RB 3MEEA 4N47A 1DTTA 4DSLA 3AVJA 1RTJA 2B5JA 1RBUA 1IO2A 3DRSA 1RTDA 4BDZA 1TV6A 2RF2A 4DQPA 4DWIA 1TK0A 4Z4EA 2XHBA 3CYMA 1ZBLA 3L2UA 5DMRA 3KLHA 1VSKA 1EP4A 3OYKA 4O4GA 3CFPA 1JXBA 1N6QA 1C1CA 1D5AA 4I2PA 3ZSRA 3K5NA 4FLWA 2HMIA 4DG1A 1NOYA 3SI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5CYMA 3AVNA 1QQMA 4PL7A 4KKOA 2XY5A 2BANA 4K0KK 4NYNA 4DU4A 3H3OB 3QESA 4U67L 2P9IB 2X6NA 3S3MA 3ZEUA 4Y1CA 3E9PA 1NK9A 4FXDA 2IVOA 1VRTA 4FZZA 1XQSC 3CQ8A 3LP3A 1KSPA 2YHWA 1WUAA 5I9EB 1QHAA 3ATUA 1QVGM 1C0UA 1HLUA 1SL2A 3CFOA 1HPZA 1BUPA 1GLLO 3G0ZA 5KPRA 4CEOA 2QM1A 1S1UA 1Q82O 4RTFD 3AA5X 5M1KA 2E88A 4WE1A 5AZIB 5AQZA 1QSYA 3TAMA 3PX0A 2KZMA 1CZ9A 1JXEA 4FVUA 1LWCA 4FW2A 2EX3A 1BDGA 2O4GA 3J80O 3H6EA 3MMVA 1OH6A 4HTUA 3C6TA 3M1FA 2V52B 4OKKA 1NJZA 3RSEB 3DJCA 1R59O 4X65K 4M3YA 2GELA 3I56N 1RBRA 4BRHA 1WNSA 2OPQA 2IOCA 4AHRA 3O08A 1VSIA 4ILGB 3J8AA 4FJLA 2OCEA 5FROA 4YOVA 1XMQK 4E3SA 4DTJA 3RMCA 4O8UA 3IUCA 3J81O 4W5TA 3OS0A 2JPNA 4FLTA 4CZLA 2G8IA 4JI3K 3O4WA 3WNEA 1XVFE 3SCXA 3O9TA 2AP1A 2ZGYA 5TKYA 4BR7A 3ULEB 4YY3K 5BRHA 1TAQA 2YKNA 3HJFA 3KZBA 3TR8A 1ATNA 2O8DB 1VQ5N 1FS1A 3VQCA 3OYDA 4B1VA 5CR4A 2NRTA 4KHQA 3V1RA 3J7ZO 1S1TA 1Y64A 2H4TA 3PV8A 3HPOA 3O4NA 3TAQA 4IOCL 2VJ5A 4H0YB 5KTQA 4YNQA 1WLJA 4KTWA 3L4QA 1BISA 3O9UA 4E1NA 4OGCA 3JS6A 2E2QA 3UKRB 2JHPA 4BR9A 3CM6A 3NF6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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