3UIQA

Rb69 dna polymerase ternary complex containing dupnpp
Total Genus 318
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
318
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Bidentate and tridentate metal-ion coordination states within ternary complexes of RB69 DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 318
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3uiqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3uiqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uiqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3uiqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3uiqA03
3OYJA 4Z4CA 1RDAA 1RDDA 1SV5A 4EP5A 4BDZA 3OYKA 4OLBA 3NE6A 2DY4A 1IG9A 4BDYA 4Z4IA 1WN7A 1B9FA 1YTAA 4DWIA 1WAJA 5HRSA 1SL0A 1CXUA 5J2MA 3MECA 2G8FA 4DSLA 3KLEA 3SZ2A 4B9TA 5FDLA 4CGIA 3KK2A 2QKBA 2QKKA 1D9DA 3S9HA 1BHLA 1LAVA 4FLTA 2W42A 3SUNA 2YKMA 4FJNA 5KGWA 3V9UA 3DLBA 1FKOA 3ZSXA 1C0UA 2D0BA 1ZYQA 4MFBA 4ID5A 3ZSRA 4FYDA 1X9MA 1TVRA 3HJFA 4CEEA 3HP9A 1EETA 3SYZA 5C24A 3TI0A 4QOZB 4DFKA 1HJRA 4E7JA 1RT1A 1D8YA 4GMJB 3HO1A 4AHVA 4LH5A 3HPOA 4QAGA 3NF8A 5JS2A 1UA0A 4FLXA 2DFEA 2ATQA 3BGRA 4Y1DA 1LW2A 1IKXA 4E3SA 1DLOA 1ZBFA 1IKWA 3HPGA 1RT2A 3LPUA 3P1GA 3V4IA 4Z4EA 4FLUA 1RNHA 4CGJA 4KKOA 4H8KA 1U04A 3K5MA 3MEGA 3QINA 3C95A 2XY7A 4C8LA 2VG7A 1KLMA 3VQBA 2G8IA 4J2DA 4AHCA 3LWLA 1XHXA 3L2WA 4F3TA 4DTUA 4FJJA 3K5LA 1TKTA 4OKJA 3TAMA 3VQ5A 4BDPA 4AHSA 1LWEA 4DTXA 4DTJA 5CYMA 5HRNA 4CFDA 2YNIA 2KFNA 1J9AA 2ITGA 4DG1A 1CZBA 1BISA 3NGYA 1R0AA 4CHOA 3DLKA 3OYBA 3RRHA 1VSHA 4FZZA 1HQEA 3P83D 1S1VA 3LP1A 4Y1CA 2DTUA 4CIEA 3UIQA 3ZSOA 4CJTA 3PX0A 3KJVA 4I2QA 3L2RA 3VQ7A 4F2SA 4Z4GA 1EP4A 3U3YA 2YV0X 1Q9XA 4FJHA 1WSFA 1TV6A 2F96A 1HYVA 1ZBIA 4TSXA 3HSTB 4B9NA 2OPSA 2D0CA 3QLHA 4N47A 1QS4A 4CERA 1I39A 3VQDA 2FBVA 5KGXA 3MXMA 1JLBA 2KZZA 4LSLA 3HM9A 1KFDA 2WONA 1S9GA 4CJ5A 3DOLA 2X6NA 3TAEA 2PYLA 2GBZA 4FVMA 3QEIA 2IGIA 3QEWA 5CZ2A 4FJ9A 2KTQA 1IH7A 4FLWA 2Z1GA 3V81A 4PY5A 2HW3A 4M45A 2ETJA 5C42A 4CEAA 1QTMA 4B9SA 3AVBA 1IKVA 2KFZA 1U48A 2OPPA 3AV9A 1S1UA 1VSFA 3S3OA 1WSJA 4CHZA 1TL1A 3B6OA 2Z1JA 4OKKA 5DMRA 4L8RB 4N41A 1BQNA 2Y1IA 3G10A 2P5OA 4RW8A 4E19A 2PY5A 4DU4A 3SUQA 1W9HA 5HROA 4HUGA 4MQ3A 3EZ5A 2HHTA 4KV8A 4M42A 3SQ1A 2E6MA 1RBSA 1XWLA 3NF6A 4CEZA 4W5TA 3CQ8A 4DTRA 3PV8A 1UA1A 4E7LA 2Y1JA 1J5OA 4RG8A 4C8KA 4PWDA 1T7PA 1D9FA 3DLHA 1BI4B 3KK1A 3TAFA 1C0MA 3O3HA 3AVCA 4M3RA 3OYAA 4W5NA 3TAPA 4C8MA 2VWKA 1BCOA 4E7IA 3DMJA 1RTJA 4YNQA 3A2FA 1TK8A 3HYFA 4JRPA 1L3SA 4N5SA 5HP1A 1N5YA 1EKEA 1JLAA 4C8NA 2P1JA 1NKEA 3RWUA 2NUBA 3TR8A 3O3GA 3OYEA 4O5BA 3LAKA 3M8PA 5HLFA 1U49A 4IG0A 3SV4A 1L5UA 3HK2A 5I42A 1YVUA 1KVCA 1WSHA 3EY1A 3T3FA 4OJRA 1BGXT 4M3TA 3U6FA 1T05A 2KZMA 4CEDA 1KVAA 5I3UA 1GOAA 2X78A 3DRSA 4CEFA 3RRGA 3DRRA 4DSJA 1RT3A 4RW6A 2P5GA 1MU2A 4M3XA 3VQ4A 4CJ4A 4JRQA 3TANA 1NJWA 2OA8A 4B9UA 4QCLA 2YHAA 1U47A 4FJGA 4O44A 4O0IA 4EZ9A 3LWMA 2XY8A 4EP4A 1UAXA 3KLHA 3SCXA 1TK0A 4FJXA 2B5JA 4PQUA 4ZTJA 1ZBHA 3SQ2A 2XO7A 4CEBA 4CJRA 1JKHA 2IS3A 4CK2A 3VA3A 1S1TA 4O0JA 2ZD1A 3ZSVA 4W5RA 4F2RA 2F8TA 2RF2A 3NFAA 3NAEA 4WE1A 4ZTFA 1GOBA 4DLGA 3L2UA 3RR8A 2VWJA 4CFAA 3C6TA 1Y97A 3OYHA 4B9LA 4DTNA 2HHVA 3F9KA 5HRPA 1X9WA 2HHXA 2YNFA 4KHQA 4Z4FA 1W0HA 3QEVA 1JL2A 2JLEA 1ZBUA 4JLHA 1HPZA 4DQIA 4H4MA 2QXFA 4CK1A 3L2QA 5E41A 2A1SA 4KO0A 4AHRA 1Z26A 4CHQA 4DQSA 3EYZA 3SV3A 4DQQA 1A5WA 4CEOA 5KI6A 4CJSA 4KHYA 5J1EA 4OPJA 3ASMA 4W5OA 1NK8A 4Q0BA 1DTTA 1QE1A 3LP3A 3DI6A 4I7FA 4O4GA 3PO5A 3OS1A 1SL2A 4KHSA 1TAUA 3CFRA 4DU3A 2FBYA 3NH1A 2RPIA 2I5JA 3DLGA 3VN5A 5DK5A 1YTUA 1KRPA 3K58A 3LZIA 4F3OA 4CJUA 1YT3A 3OYCA 4B9MA 4CJWA 4FK0A 3OYGA 3RTVA 2B6AA 5FRNA 3ZT4A 3HP6A 3I0SA 4BE2A 4KRFA 3NDKA 4KPYA 3TWHA 4DTMA 3V1RA 1WSIA 2IDOA 5HBMA 1XI1A 3K5OA 3M8QA 3V6DA 1QHTA 1C0TA 5EU7A 4CESA 1QSYA 4KI6A 4Z4HA 1NKBA 3ZSQA 4EZ6A 5D3GA 3C6UA 4FJ8A 1VRTA 3KKRA 4PA1A 2Z1IA 3AA5X 2E6LA 1NJZA 4CJQA 4DMNA 1JLGA 2HVHA 4CCHA 3QESA 3HPHA 1JLQA 3V1OA 2X74A 3VQ6A 4E7HA 3MXIA 3QNNA 1NK4A 4B8CA 3ITHA 4CGFA 3WNEA 2F8SA 3AO5A 4I9QA 1X9SA 3ZT0A 1S6PA 3NF7A 4J2AA 4AH9A 4CJFA 4B9VA 2QK9A 4M3UA 1HNVA 2DFFA 1A5XA 2YNGA 1RBUA 1EXQA 3KIOA 4FJLA 1ITGA 4OGEA 3ZSZA 4CFBA 3OYFA 4BE1A 4DS5A 3DRPA 1J53A 3RMDA 4DTPA 5HRRA 1Z25A 3KLFA 5FROA 2EHGA 4AILC 2OYQA 1DTQA 4DFMA 3WNHA 1JLFA 2WOMA 4KTZA 1BCMA 1BL3A 3LDSA 3CFOA 3DM2A 2EX3A 4CIGA 4I9LA 1JL1A 1GOCA 4KFBA 4DFPA 1NK0A 4OLAA 3NBPA 4KREA 1BIUA 2Q3SA 3O4NA 4CHYA 1FK9A 3AA2A 3V9ZA 1KLNA 4E1MA 4CJVA 3ZT3A 1N6QA 3MEEA 1KSPA 5J2NA 1NK7A 5KTQA 3LANA 4HVJA 3D45A 4CJKA 1SKWA 1RBRA 1C6VA 1WLJA 4CF8A 2O4IA 3VQEA 3IS9A 4C8OA 4LH4A 3NCIA 1WSGA 1VSKA 5CY4A 4E0DA 4ELVA 1NOYA 3VQCA 3NGIA 3RMBA 3IAYA 2IOCA 4NYFA 1RILA 3BDPA 3MEDA 1RCHA 1U4BA 2HHQA 3ZSYA 1SKSA 3KKSA 1LV5A 1WNSA 1HNIA 2ZE2A 3ZCMA 1HMVA 1F21A 4NCBA 1G15A 1VSMA 3SJJA 2GV9A 3P5JA 4J2EA 4KB1A 3AVJA 3AO1A 3SPYA 1J54A 4I2PA 5CZ1A 4CJPA 1LAWA 3OY9A 4DLEA 1RT6A 4ZHRA 4JS5A 3V9SA 3QERA 3KD1E 1IKYA 4CFCA 3CG7A 2HNZA 1VSLA 3G0ZA 3L3UA 1LW0A 2FBTA 3MAQA 4CK3A 1RT7A 1EX4A 4IDKA 2PZSA 3AO2A 2Z1HA 1S1XA 2E4LA 2OZSA 3LALA 3KLGA 4RW4A 4N76A 3CM5A 4BE0A 2VG5A 3AVNA 3KD5E 4F4KA 4CEQA 3PX6A 4KTWA 3AA3A 1KFSA 3V1QA 4BWMA 3O3FA 4HTUA 3HL8A 4FW1A 4KI4A 1D5AA 3H08A 4FJIA 3VA0A 1KTQA 2BE2A 3QIOA 1XHZA 4KAZA 3OJUA 2R7YA 3VQ9A 4CIFA 1L3UA 1C1AA 1VSEA 4G1QA 3JYTA 3SNNA 2HNYA 4RW7A 3DLEA 4OPKA 5J2PA 1C1BA 1K6YA 4IBNA 4AHTA 3IRXA 2GUIA 4ICLA 3QEPA 1RBVA 4CJLA 3TABA 1B92A 2KW4A 3WNGA 4IKFA 5FRMA 3SQ4A 3QETA 3AO3A 2XY5A 1SL1A 4FW2A 4IFYA 4GW6A 1O1WA 1RTIA 1X1PA 4CF1A 4PUOA 4KB0A 2HHUA 4W5QA 3U3GA 1XC9A 3RR7A 3ZSWA 4DS4A 3LZJA 3OYLA 3LP2A 4FM2A 1RBTA 3OS0A 4FCYA 3O4QA 3QNOA 4K8ZA 3E01A 4E7KA 2OPRA 3OVNA 1TL3A 4IG3A 3C94A 4Z0UA 4ELUA 2HHSA 1CLQA 3OJSA 4B8AB 1TKZA 1JLCA 5T7BA 1TAQA 4FM0A 1L3TA 4KHNA 4FK4A 3F73A 3PUFA 1ASWA 1RDBA 3K5NA 1SKRA 2OZMA 4FLVA 4HUFA 3VQAA 3KK3A 4NCGA 4LY7A 1I3AA 3ISNC 4GVMA 1BQMA 2HNDA 4DQPA 1TK5A 2BGGA 1RDCA 4J2BA 4KTQA 4IFVA 4FLZA 3AVLA 2KQ2A 4DSIA 4FJ7A 4CF0A 1T03A 4CHNA 1JXBA 2BANA 1S1WA 4OVLA 3OYIA 1ZBLA 2B4JA 1JXEA 4B08A 4DQRA 2G8WA 3WNFA 1S5JA 3LPTA 3QEXA 1QSSA 4DTOA 2OPQA 2G8KA 3HXMA 1NOZA 1S9EA 3AVKA 3TARA 3FFIA 4CJEA 5JS1A 4CGDA 3PX4A 4OGCA 2YNHA 4FJ5A 4DFJA 3DYAA 1WAFA 1IO2A 3B6PA 3AVFA 4CHPA 2YKNA 2YHBA 1JLEA 3K59A 1RTDA 1TGOA 3OYMA 3KTQA 3RMCA 1HQUA 2ZQBA 3OYDA 3ZT1A 3I8DA 2P51A 4M41A 1ASVA 3VQ8A 3V9XA 1TKXA 2G8VA 2G8UA 3SUOA 2JGUA 2D5RA 2DFHA 3CYMA 3QO9A 1VSJA 1S6QA 4YFUA 2HMIA 3CFPA 4NYNA 1UWBA 3KLIA 3OS2A 3I0RA 3K57A 3JSMA 2FC0A 3TAGA 3OYNA 1NK9A 4DSKA 3MXJA 3D0PA 3ULDA 1Q9YA 4DSFA 2XHBA 2G8HA 2AJQA 4KHUA 3QIPA 1NJYA 4M3ZA 1SUQA 3NH0A 3S3NA 3ALYA 2HHWA 3CM6A 4F8RA 3THVA 4CJ3A 4HHTA 4B3OA 4K8XA 1VK0A 2IC3A 4O55A 4LD0A 4UQGA 3PY8A 4CE9A 1HYSA 1B9DA 1QSLA 3AO4A 3T1AA 3AVIA 4CF9A 1FKPA 1RT5A 4CGGA 4FLYA 5SZTA 4HCBA 1CZ9A 4ELTA 2BDPA 4FJMA 1CXQA 1KCFA 3AVMA 1HRHA 3SUPA 1LWCA 2FBXA 5CYQA 4DF8A 4OKEA 3HVTA 1BI4A 1FXXA 4XIUA 2VG6A 4HUEA 4KHWA 3S3MA 4DU1A 3ZT2A 4JS4A 1VRUA 1A5VA 4DSEA 4ID1A 1BIZA 4CGHA 3DOKA 4RW9A 3L2VA 1VSDA 2A1RA 3PO4A 3SI6A 4LSNA 3T19A 3L3VA 3SQ0A 3VQQA 4Q5VA 1VSIA 3DLRA 1L3VA 2RN2A 3RMAA 4FK2A 2LSNA 3M8SA 1T8EA 3VQPA 1RTHA 1WSEA 4FXDA 3LAMA 1LWFA 1HYZA 3HVRA 1NK5A 4BACA 1NK6A 3V9WA 3TAQA 3NF9A 5SWMA 3IG1A 3HT3A 4DTSA 4E1NA 2XRIA 3NH2A 4FZXC 3AA4A 2PYJA 3SPZA 1REVA 1TKDA 3K2PA 2O4GA 2X6SA 1Q8IA 3AVHA 4H4OA 2HB5A 2XY6A 4FM1A 4FJKA 4HCCA 4M3WA 1UOCA 4CECA 1NKCA 5K14A 1QQCA 4M3YA 1NJXA 4DF4A 5KRTA 3AVGA 1KVBA 4BWJA 2HVIA 3NGZA 4N56A 1ASUA 1U45A 5C25A 3NHGA 5J2QA 4NCAA 3LP0A 4E89A 2RKIA 3L8BA 1RT4A 2IAJA 3AVAA 4AHUA 5KRSA 4CF2A 1C1CA 4R5PA 3M8RA 4FZYA 2D0AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1L5UA 1VQ8N 4AKIA 1KVCA 1WSHA 1YVUA 4M3TA 3VEZA 4BR9A 4LF9K 1GOAA 2X78A 4H0OA 5AJ3K 4DSJA 1RT3A 3VQ4A 2P5GA 4IEEA 4BQZA 3TANA 1KD1O 2WFBA 1NNEA 4QCLA 3LWMA 2HBKA 4BR0A 3S41A 2VIXA 4FJXA 3CCRN 1K8KB 4ZTJA 3SQ2A 1S1TA 4F2RA 2RF2A 3NAEA 5AQHA 4DLGA 4EFHA 4CFAA 3DWLA 1Y97A 5CR4A 4DTNA 3WXKA 5HRPA 1X9WA 2P9IA 5AQZA 3M1FA 5GIPA 3B8AX 1JL2A 4B3RK 2PZSA 4KO0A 3ATVA 1ILYA 4CHQA 3WT0A 2P9PA 4E4BA 1A5WA 4CEOA 5J1EA 5IWAK 4I7FA 5CHIA 5AQNA 1SL2A 4JI0K 2LF6A 1TAUA 2VCPA 4DU3A 2E2OA 3VN5A 3CCQN 3DJCA 1KRPA 2VQEK 3LZIA 4F3OA 3LM9A 3OYCA 1W2BM 4CJWA 3IUCA 4KRFA 3TWHA 1T44A 1WSIA 5HBMA 1XI1A 3K5OA 2HHHK 5AQPA 1C0TA 4CZEA 4CESA 3M6GA 3MN7A 1QSYA 5D3GA 4WQ4A 3C6UA 2FSKA 2E1ZA 2HVHA 2KKZA 2IVPA 2IVOA 3AY9A 3QNNA 4PKHA 3SVIA 1IBKK 2ZM6K 2QW9A 4RL5A 2P1MB 4J2AA 1HUXA 2DFFA 4N5SA 3KIOA 3ZSZA 4BE1A 3DRPA 1J53A 3QMLA 4DTPA 3UKUB 2EHGA 1QHAA 4F9OA 3WNHA 1ATNA 2WOMA 4CBXA 4KTZA 1BCMA 1BL3A 3LDSA 3LDOA 2Q1NA 4FPAA 4LF4K 4CIGA 4I9LA 4BG8A 4GAMC 4KFBA 4DFPA 4FWKA 1DT9A 3ZETA 1FK9A 3MDQA 4CJVA 1NGBA 4EP9A 3ULEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DEJ A;  3OYJ A;  4Z4C A;  1RDA A;  4EP5 A;  5BRH A;  4Z4I A;  4JK9 A;  5ADX H;  3SAF A;  2G8F A;  4CZI A;  1VQ5 N;  3TTF A;  2O8F B;  3S9H A;  1LAV A;  4FJN A;  2ZGZ A;  1ZYQ A;  1BOT O;  1N34 K;  1TVR A;  3MCA B;  4QOZ B;  5C24 A;  4DFK A;  3TTC A;  3UE5 A;  1D8Y A;  4GMJ B;  5AQI A;  3H45 C;  3CJA A;  3BGR A;  5GAD P;  1IKX A;  3E66 A;  4E3S A;  1ZBF A;  4JKG B;  4DB3 A;  2FW3 A;  3LPU A;  4CGJ A;  4KKO A;  3MEG A;  2XY7 A;  1VQN N;  1YVN A;  1KLM A;  2G8I A;  4J2D A;  4AHC A;  3CPW M;  5C10 A;  4FJJ A;  1TKT A;  4XH1 A;  5HRN A;  4DG1 A;  3THY A;  3NGY A;  1R0A A;  4FWS A;  3P83 D;  1S1V A;  3LP1 A;  4OPA A;  2RKH A;  3UIQ A;  5AQR A;  4F2S A;  4ILJ A;  1TV6 A;  2F96 A;  2HST A;  4CER A;  1X9J A;  3EO3 A;  5KGX A;  2QA4 N;  3AGK A;  1YJW N;  3SAG A;  1GLB G;  3QIC A;  3TAE A;  3SK3 A;  2PYL A;  4CZG A;  4FVM A;  3QEI A;  2IGI A;  5CZ2 A;  5BRD A;  2KTQ A;  1KXP A;  2A6A A;  5IT9 O;  3FR0 A;  4M45 A;  3A0I X;  3CCL N;  3UO2 A;  3PIP L;  1IKV A;  1U48 A;  2VJ5 A;  3AV9 A;  1S1U A;  1VSF A; 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