3RMBA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to dna containing thymine glycol
Total Genus 274
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
274
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A crystallographic study of the role of sequence context in thymine glycol bypass by a replicative DNA polymerase serendipitously sheds light on the exonuclease complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 274
structure length 903
sequence length 903
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rmbA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rmbA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rmbA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rmbA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rmbA03
4OKJA 4AHCA 1G15A 1HYZA 1D9FA 4M3ZA 4DS4A 4M45A 1C1BA 4FJXA 4DFKA 2FBTA 2ZQBA 3EY1A 4OKKA 5EU7A 3ASMA 5HBMA 1ZBLA 2G8HA 5HRRA 1WN7A 1C6VA 3LANA 3K2PA 3F9KA 3HL8A 5HLFA 3OJSA 2DFHA 3D0PA 4BDZA 4AHUA 3CG7A 1JLGA 4JS4A 1NKCA 1UOCA 4O0IA 3B6OA 3LZJA 1LWCA 3MEEA 3HPOA 4FJGA 1KTQA 4E7HA 1TL3A 3U3YA 1N6QA 1Q8IA 1Y97A 4KV8A 4N56A 3QEIA 4AHTA 4OLBA 3CQ8A 3AO1A 1NOZA 4EP5A 3OS2A 2DTUA 1BCOA 3OY9A 4HVJA 1NKBA 2FBXA 4FJMA 3OYDA 1TGOA 3OYMA 3SQ2A 4FLWA 1S1VA 3NAEA 1S1UA 1L5UA 4C8OA 1REVA 2HNDA 3C6UA 3NGZA 3ZSZA 1JLBA 3AVKA 3AA4A 4OGCA 3RWUA 3M8QA 3VQ4A 3OYEA 1BISA 3H08A 2HHTA 3NE6A 1BQNA 2VG6A 2YHAA 3LWLA 4CGDA 3VA3A 3AA5X 3KD1E 3AVBA 4AHVA 4B3OA 2YV0X 1LW2A 4W5RA 4DQQA 3RMDA 3OYLA 3OYNA 3VQQA 3L3UA 4FM1A 2E4LA 3O4QA 1UA1A 3KK1A 1TL1A 3ZSYA 2W42A 1HPZA 3AA2A 4E89A 3KKSA 1TKDA 5KRSA 3NHGA 1GOBA 3V9XA 3AVJA 4QAGA 1X9WA 2DFFA 4FJNA 3QNNA 2P5GA 3V9WA 4DTPA 4PUOA 3KD5E 2Q3SA 3CYMA 3MXJA 1A5WA 1LAVA 3F73A 4Z4FA 3V9SA 1CXUA 1R0AA 3CM5A 3DLEA 4FLVA 2B4JA 3QETA 2HNYA 1ZBFA 4AHSA 1XI1A 4CF9A 4FLTA 4B9VA 2LSNA 1WSGA 4FYDA 2NUBA 2HW3A 3NF8A 2BDPA 3QINA 2WOMA 1WLJA 2ZE2A 3VQBA 3PX4A 1NK8A 1RTDA 1QTMA 4HHTA 1RT6A 3LDSA 3TAMA 3ZSQA 4CHYA 4HUGA 4M3WA 1TK0A 1N5YA 3VQAA 1D9DA 2O4IA 5SWMA 3OYGA 1CLQA 2PZSA 3PO4A 4N47A 4F2SA 4BDPA 4W5TA 5KRTA 1CZ9A 4I9LA 3AA3A 4DSJA 3RRHA 4CJ5A 1HQEA 2GUIA 3L2UA 1YVUA 3OYKA 1TV6A 2RF2A 3RR7A 4DFJA 2G8IA 4CJKA 4DSKA 4F2RA 4F8RA 1D8YA 4M3RA 2D5RA 3MEDA 3QIPA 2HVIA 4RW7A 3AO2A 4NYNA 1TKTA 4CJQA 4DFPA 5SZTA 4DFMA 1U49A 1HQUA 4KAZA 4DG1A 2G8UA 4CF8A 1HRHA 1NK7A 4H4OA 2IGIA 3KLFA 3M8RA 4NCAA 1I3AA 3I0RA 2VWJA 3DMJA 4CECA 4UQGA 1RDAA 3NCIA 3IRXA 5KTQA 1WSFA 3OYIA 1U48A 1RBVA 3HT3A 1S1TA 4FW1A 2X74A 3KJVA 4N76A 4E3SA 4OLAA 4O5BA 1UA0A 3DLRA 5C25A 2B6AA 4F3TA 3SYZA 3QIOA 2WONA 3ZSRA 4IBNA 4CEBA 4DS5A 3V1RA 3ISNC 5J2NA 1K6YA 4EP4A 1VSIA 4IFYA 5CZ2A 4HUFA 4EZ9A 3LP3A 3HP9A 4CHPA 2Z1JA 4Z0UA 1VK0A 2IAJA 4IDKA 4E1MA 2EX3A 3DOKA 4JRPA 2G8KA 4B9MA 4FLYA 2YKMA 3AVIA 2IS3A 5CYMA 1C1AA 4RG8A 4ZHRA 4Z4CA 4E7IA 1NJXA 1C0UA 3DOLA 1J9AA 1HMVA 3ULDA 3TAPA 4HCBA 4KHWA 4FJHA 4Y1CA 4DSIA 4CEQA 4H8KA 3OS1A 4E7LA 3KIOA 2HHXA 1GOCA 1TKZA 3JSMA 4DF4A 4FK2A 4DQPA 1QQCA 1VRTA 4DTXA 1RDDA 2IDOA 1DTTA 1JLEA 1RDCA 1KRPA 1SKSA 1VSFA 4DQRA 4IKFA 3ZSWA 3EYZA 2D0CA 4CHZA 3V9UA 2Z1IA 3VQCA 3QEPA 4CEEA 3NH0A 3HM9A 1WNSA 3HVRA 2PYLA 1YTUA 4YNQA 1DLOA 3HP6A 3VQ9A 3NH2A 3KLHA 3S3MA 5JS1A 4FM2A 4CFCA 4CFAA 1RT7A 4CF1A 4DU3A 4FJJA 3V1OA 4Z4EA 3TABA 3L8BA 4KI6A 4FLUA 4K8ZA 2E6MA 4E1NA 2PY5A 3ZCMA 2YHBA 1BIZA 3KK2A 3L2RA 2P5OA 1SUQA 4OPKA 4JS5A 4TSXA 1BCMA 1TVRA 1KCFA 4BDYA 4FJ5A 3K5OA 3NGYA 4FXDA 2XY8A 1IKVA 2HB5A 3OYBA 4CESA 2ATQA 2D0AA 2F96A 4YFUA 5E41A 4DQSA 3ZSOA 4AILC 2I5JA 3DLHA 4PWDA 3QLHA 1RT3A 1WSJA 4CEOA 4DTJA 2DFEA 4NCGA 1NJZA 1UAXA 4Z4GA 2IOCA 3BDPA 4G1QA 5FDLA 3OS0A 4DTSA 3TAQA 1IG9A 1ASVA 1LAWA 4CK2A 4CJRA 1MU2A 2P51A 2YNHA 3SJJA 3MXMA 1SL2A 4KHYA 1C0TA 2DY4A 3QESA 3O4NA 3VA0A 1IKWA 4CJ3A 4B9SA 1HYSA 3OYCA 3T19A 1C0MA 3EZ5A 5J1EA 1EXQA 3VQ5A 2OZSA 2P1JA 1KVBA 3PV8A 1NK0A 4FZXC 4LSLA 4I2QA 4DMNA 4DSFA 1ZBIA 4MFBA 4KREA 1LW0A 1YT3A 1QHTA 3DLKA 4GMJB 4CERA 3LZIA 1CXQA 1ITGA 3S3NA 4CJLA 2RKIA 1GOAA 1NK9A 1QE1A 1S5JA 1RDBA 2BANA 3V4IA 1LWEA 4I7FA 3QEWA 1Q9YA 1ASWA 4W5QA 3RMBA 4KTQA 1FKOA 4FZYA 1J53A 3ZT3A 2JLEA 1JXBA 1RBTA 3S3OA 3PUFA 3WNFA 4DTUA 4CHOA 4FJKA 2VG7A 4BACA 5HROA 3K5LA 3SV3A 2G8WA 3P5JA 2FBVA 4W5OA 1TAUA 2RN2A 3OVNA 4OPJA 3IAYA 1XC9A 4F4KA 4CGJA 1WSEA 4CCHA 3G0ZA 1T05A 3P83D 5HRSA 3SUNA 1VRUA 2GV9A 4E7JA 4QCLA 3AV9A 4LH5A 1JKHA 2YNGA 5CZ1A 1SL1A 3VQDA 2QKKA 3M8SA 3RRGA 1Z26A 5J2QA 3QEVA 4W5NA 4CJ4A 3L2QA 3SNNA 4FK0A 1UWBA 4GW6A 1TK5A 3K5MA 3TWHA 4ELTA 4LH4A 3V81A 3TANA 5K14A 2X6NA 2D0BA 3SI6A 4KHSA 5C24A 4ELUA 1A5VA 4KB0A 4E19A 1FXXA 3CM6A 4FZZA 3THVA 3RMAA 3S9HA 1XHZA 1ZBUA 4CIEA 3NDKA 4B8CA 1HNIA 3LPUA 1NKEA 5FRNA 2KFNA 4FJIA 3SCXA 3SQ0A 1D5AA 1KLMA 1J54A 1RILA 1JL1A 3HYFA 4C8MA 4CJTA 3TAFA 3OYJA 4RW6A 4Q5VA 4CJSA 2OPRA 1NK4A 4DTNA 3M8PA 3HXMA 1EP4A 3AVCA 2OZMA 4C8NA 4CEDA 3V6DA 2Y1IA 1KSPA 2KFZA 3VQ7A 5FRMA 1JXEA 3AO5A 3D45A 4DF8A 4FLZA 3C6TA 3CFRA 1Z25A 3ALYA 3AVGA 2Y1JA 1TKXA 2A1RA 1NK5A 1IKYA 2OA8A 4C8LA 3AVAA 4C8KA 5KGXA 4B08A 3CFPA 1LWFA 2HNZA 4CJVA 4CJPA 1B9FA 1NOYA 5DK5A 2HHWA 4Z4IA 2OYQA 1WAJA 4KKOA 4ZTJA 4JLHA 1VSLA 4DU1A 4GVMA 3A2FA 3LAKA 3SUPA 4O44A 4PQUA 3ZSXA 4L8RB 4AH9A 4PY5A 1YTAA 4E0DA 2R7YA 3LAMA 5KI6A 3G10A 2OPSA 3MEGA 1VSKA 4H4MA 3VN5A 3E01A 4XIUA 3JYTA 3ZT2A 4ELVA 4HTUA 2XY7A 4N41A 5HRPA 4ICLA 4MQ3A 3AO4A 2HHVA 3V9ZA 2G8FA 1W9HA 1RCHA 3DRSA 3KK3A 1DTQA 3NGIA 1JLCA 1ZBHA 4J2AA 2HHSA 1QSLA 4Q0BA 2G8VA 1VSDA 3I0SA 4DLGA 1S9EA 1JLAA 3TARA 4O0JA 4CEFA 5KGWA 3O3FA 3U3GA 3SUQA 3AVHA 4B9NA 4DTRA 2EHGA 4M41A 1J5OA 3KTQA 4F3OA 1JLQA 4CEAA 2VWKA 1SV5A 4K8XA 4BE1A 1LV5A 4KPYA 1TK8A 4QOZB 1QS4A 1RT2A 4J2EA 3HVTA 4FW2A 1T8EA 1KLNA 2YKNA 4BE0A 3HJFA 4M3UA 4O4GA 1I39A 4O55A 4BE2A 3DLBA 2AJQA 4LD0A 1KVCA 3DLGA 4CF2A 3PX0A 1T03A 3NFAA 1RBUA 3ZSVA 4CIFA 1CZBA 1S6QA 1QSSA 1FK9A 2XY5A 3LALA 4DU4A 4RW4A 3TAEA 3HPHA 2KZMA 4CJEA 4CJWA 4M3XA 1HNVA 3DRRA 4KB1A 2OPQA 4OVLA 1S1XA 3C94A 4KRFA 1FKPA 1U04A 4CE9A 2GBZA 3KKRA 3KLGA 1X1PA 3PY8A 4PA1A 4CIGA 4J2BA 4E7KA 3VQ6A 3VQPA 4KHNA 4DTOA 3QNOA 2F8SA 3IG1A 4N5SA 1BI4A 2ETJA 4CGHA 4IG0A 1WSIA 4AHRA 4CGIA 1IO2A 3TAGA 4B9UA 4IFVA 2ITGA 1A5XA 3MXIA 3LPTA 5D3GA 2HVHA 3AVMA 1IKXA 3SUOA 3ZT1A 4M3TA 4RW8A 3MECA 3QO9A 1RBRA 4KI4A 4CJUA 3C95A 2ZD1A 2RPIA 4DSLA 4WE1A 2KW4A 3WNGA 3VQEA 3ZT4A 3ZT0A 4CFDA 1L3TA 1QSYA 1VSHA 3P1GA 4CGGA 2QXFA 3AVLA 4OGEA 4CJFA 3QEXA 1KVAA 4B9TA 3SQ4A 4I9QA 1ASUA 3DI6A 3ITHA 4FK4A 3T3FA 5I3UA 3WNEA 2BGGA 1BI4B 3OYAA 3K59A 2HHQA 1WSHA 1BL3A 4JRQA 1L3VA 5T7BA 3LWMA 1EX4A 1S9GA 4CHNA 1RBSA 3NF7A 2QK9A 3PX6A 5CY4A 3I8DA 4EZ6A 4CF0A 4FJ9A 3CFOA 2XO7A 4CEZA 4KFBA 1X9SA 4Z4HA 1XHXA 4DTMA 2JGUA 1KFSA 3HO1A 1L3UA 1BGXT 1HYVA 1BIUA 2YNIA 4DLEA 1SKRA 3RTVA 2X78A 3HK2A 3SZ2A 1RT1A 3NF9A 1IH7A 4IG3A 3AO3A 4ZTFA 3DM2A 4FJ7A 3TI0A 3O3HA 3PO5A 4B8AB 3UIQA 5I42A 3RMCA 1B9DA 4CK1A 1B92A 3VQ8A 4KHUA 2KZZA 3LP0A 1NJYA 3SV4A 4Y1DA 3WNHA 4DSEA 2B5JA 5JS2A 2F8TA 1S6PA 1JLFA 2QKBA 4KTWA 3K57A 1Q9XA 4FJLA 1BHLA 4NYFA 1S1WA 4BWMA 3OYHA 3U6FA 2HHUA 1VSJA 2FBYA 3K5NA 4LSNA 3HSTB 3NBPA 1HJRA 4M3YA 4HUEA 2Z1HA 4OJRA 2XY6A 3HPGA 2O4GA 4CGFA 3L3VA 4RW9A 1X9MA 3RR8A 4FJ8A 1VSMA 1U45A 1NJWA 1RT5A 1JL2A 2E6LA 4ID1A 4KO0A 1RTJA 1VSEA 1RT4A 2HMIA 1RTHA 3QERA 4BWJA 3BGRA 1ZYQA 1SL0A 2FC0A 4KTZA 5J2MA 4B9LA 2BE2A 4FLXA 4OKEA 1U4BA 3SQ1A 3FFIA 5DMRA 3LP2A 4FCYA 4LY7A 3NF6A 3KLEA 4HCCA 5FROA 4I2PA 1TAQA 4DQIA 5J2PA 1W0HA 3OJUA 3K58A 3TR8A 1SKWA 1C1CA 3B6PA 4M42A 4FM0A 1EKEA 1KFDA 3DYAA 3V1QA 3AVFA 2KTQA 4CK3A 4ID5A 1RTIA 3OYFA 5HRNA 3IS9A 3NH1A 1RNHA 3DRPA 4KHQA 1L3SA 4R5PA 2PYJA 5C42A 4CHQA 3SPZA 3MAQA 2Z1GA 1T7PA 3O3GA 3SPYA 5HP1A 1XWLA 2OPPA 2KQ2A 3L2WA 4NCBA 3T1AA 4FVMA 2XRIA 3L2VA 1WAFA 2X6SA 2A1SA 1F21A 4J2DA 2IC3A 2YNFA 5CYQA 4DWIA 1BQMA 1EETA 1U47A 4CFBA 1O1WA 3AVNA 2XHBA 3KLIA 2VG5A 1NK6A 3LP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4BR9A 5JLHA 4LF8K 5KQ8A 1K6YA 1FZ5E 4EP4A 5GIPA 4HUFA 4NO7A 2Z1JA 4BC2A 2IAJA 4NLBA 4JRPA 2G8KA 2EWSA 4E7IA 2IS3A 5CYMA 4RG8A 2CGLA 2HD0A 3ULDA 4ILGB 4H8KA 4E7LA 1KD1O 1TKZA 4JKCA 1QQCA 1P8ZA 1VRTA 3VGMA 3RSEA 4BR4A 1KRPA 1SKSA 3P31A 5AQWA 3MX5A 4LC9B 3IKMA 3V9UA 2F9TA 3QEPA 3V7DB 3NH0A 2PYLA 2FW3A 3MMVA 3VQ9A 3VEYA 1NGDA 3NH2A 3KLHA 3S3MA 5JS1A 4CFAA 1RT7A 2E32A 4CF1A 4DU3A 3TABA 4KH6A 1ZXOA 4YOYA 3ZETA 2JPNA 1K8KA 1SUQA 3CC7N 1BCMA 1W97L 2UXDK 3MN7A 3HGLA 3BEXA 3NGYA 2FSKA 2HB5A 4X65K 2D0AA 4YFUA 3DLHA 4K41A 4FWNA 3QLHA 4CEOA 4Z4GA 4A5AA 1VQON 3BZKA 1IG9A 1ASVA 1LAWA 1MU2A 4H0XB 3SJJA 1C0TA 3QESA 4KH5A 2OANA 4NLCA 3PSFA 3OYCA 5AQXA 3A5LC 5EX5A 3VQ5A 4FZXC 2F4VK 1K8KB 1LOTB 3WXMB 2P1NB 3IUCA 1ITGA 4H0TB 1GOAA 1NK9A 2BANA 3V4IA 1LWEA 4MO4A 2J4RA 3QEWA 4W5QA 3RMBA 3WT0A 3WXIA 3VEVA 1FKOA 1ZC6A 4FZYA 3WNFA 3RSEB 4CHOA 1DKGD 4BG9A 3K5LA 1XU5E 4W5OA 2RN2A 2Q36A 3E9LA 3IAYA 1XC9A 4CGJA 5AQQA 3WSOA 4CCHA 3G0ZA 3P83D 3SUNA 2O8CB 2P9UB 1QZ6A 3AV9A 1JKHA 1SL1A 2QKKA 4EHTA 5J2QA 3FR0A 3QEVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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