2DTUA

Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of rb69 gp43 in complex with dna containing an abasic site analog
Total Genus 297
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
297
sequence length
896
structure length
896
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVGEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural and biochemical investigation of the role in proofreading of a beta hairpin loop found in the exonuclease domain of a replicative DNA polymerase of the B family.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*(3DR)P*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP
total genus 297
structure length 896
sequence length 896
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2dtuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2dtuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dtuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 2dtuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2dtuA03
1BI4B 2X6NA 3U6FA 1L3SA 1B9DA 3V9SA 5EU7A 3QIPA 2OPSA 2KFZA 3RWUA 1TAQA 1TGOA 3ZSWA 4CJFA 4Z4HA 3OYEA 1D8YA 3DMJA 5D3GA 1C0TA 4F2RA 1CZ9A 4B8CA 3RMDA 3NF9A 4CECA 3NF6A 3RMAA 4M41A 1ASWA 3LWMA 3OJUA 5J2QA 4B9MA 4KI6A 4AILC 4O5BA 4DQPA 2G8VA 3HL8A 1IKVA 2OPRA 2VG6A 4KTWA 3KIOA 4KO0A 4CIFA 4HHTA 4H4MA 2G8UA 2YHBA 1WNSA 1NK5A 4ID1A 3DRSA 4DMNA 1LAVA 4M3RA 2VWKA 2OPQA 2D0AA 3JSMA 5FRNA 4DTXA 2D5RA 2XO7A 3OYMA 4CHOA 3L2QA 1NJXA 5HROA 3ZSRA 2RKIA 4IBNA 3JYTA 2G8WA 2HNYA 1C1CA 4I9LA 1UAXA 4DTUA 3AV9A 5CYMA 3ZCMA 4OLAA 3NF7A 4MFBA 1RDDA 4KHQA 5DMRA 5C24A 1UWBA 5KI6A 4XIUA 2D0CA 3V9WA 3ZT0A 3NE6A 4CF1A 2AJQA 4M3UA 3FFIA 4B9TA 4BE1A 4FVMA 4KKOA 4CFCA 4QOZB 4E1MA 1KTQA 3CG7A 3K2PA 1ZBIA 2DFHA 4RW8A 3AO1A 5FROA 4KHSA 1BHLA 4BDZA 4CJKA 4M3XA 2KZMA 4FJ9A 1VSHA 3HPHA 3QEIA 2A1SA 3SQ1A 3D0PA 3SNNA 1JLBA 4BWMA 4CEEA 2ETJA 4DQQA 2G8HA 2HW3A 4CJQA 4HCCA 1S1VA 1Y97A 3TR8A 4B08A 4ELTA 4ZTFA 1TAUA 1HQUA 2O4IA 4J2EA 4E3SA 3M8RA 4BDPA 3QESA 3E01A 1IO2A 3QIOA 1SKWA 2BDPA 4DQIA 4CK1A 1TKDA 3AVKA 4DFPA 3V1RA 4AHSA 1S1UA 2G8KA 3SQ2A 3DLBA 3BGRA 4W5NA 4F2SA 3RR8A 3AVJA 3PV8A 3A2FA 4CF0A 3OVNA 3SPYA 1U45A 4KFBA 2KFNA 3QEWA 1WN7A 4DU4A 4ICLA 1G15A 4C8MA 3T1AA 4FK2A 4AHRA 1KVAA 3DLKA 5HRSA 3LZIA 4DQSA 3P1GA 1VSDA 5J1EA 3RTVA 4Y1DA 4KHUA 4E7IA 4Z4EA 4ZHRA 5I42A 1C1BA 3KJVA 3SV4A 1ITGA 4FZXC 3KLFA 4HUEA 4CJTA 2KZZA 3VQAA 3V81A 4Z4FA 4RW9A 2QK9A 1XHZA 5HBMA 1JLGA 3AVAA 3OS2A 4F4KA 1QE1A 3V9XA 3PO4A 1D9DA 1J5OA 2O4GA 1U47A 1BIZA 4B9NA 3PX4A 1VSKA 1CLQA 4CF9A 3OS1A 1RT2A 4JS5A 4FYDA 1J54A 4CGFA 5HRNA 4DF4A 4RW4A 1EXQA 3KD1E 1FK9A 4J2DA 2RPIA 1REVA 3LP0A 2WOMA 3LPUA 2XY6A 4DTJA 4DSFA 3SYZA 2HHQA 4DTPA 4EZ9A 3THVA 2OZMA 1TK5A 1T7PA 2F8SA 1MU2A 1RT4A 4CESA 1SKSA 4Z4GA 4OKEA 4O44A 1TK0A 4KTZA 4QAGA 3KKSA 4O0JA 3DLGA 3DOKA 4CK2A 1S1TA 1DLOA 1W9HA 3DOLA 3WNEA 5CYQA 5SWMA 4RG8A 4QCLA 1IG9A 3L3UA 3V1OA 2NUBA 2HHVA 3DLEA 3OYAA 4JLHA 1IKWA 3KD5E 1BQNA 2Z1JA 4CHZA 3KLHA 4CJUA 4CE9A 4FJIA 3OYDA 4C8KA 5E41A 3WNGA 4FLWA 1CZBA 2G8FA 3K5LA 3NGYA 1DTTA 5CY4A 3AO3A 3I8DA 1J9AA 4FZYA 1IKXA 3O3GA 4DWIA 1FKOA 2BANA 2HNDA 3IRXA 4H8KA 3AA4A 3KK2A 1WAJA 3C6UA 3NH1A 4BDYA 1T03A 4E7HA 1RDBA 3QETA 1TL1A 3L3VA 2ZD1A 4Y1CA 4EP4A 3VN5A 1KLNA 3DLHA 2IGIA 1ZBHA 1C0UA 3V9UA 1QHTA 1KSPA 1L3TA 4NYNA 3SQ0A 3QO9A 4N5SA 4HUGA 3QLHA 1HYVA 1UOCA 3H08A 3DRPA 1Q9YA 3G10A 5KGWA 3TANA 2Z1GA 3HVTA 4WE1A 1A5XA 4FLTA 3M8PA 2JGUA 3AVHA 3PX6A 1S6QA 1SL1A 1L5UA 4FW1A 2YHAA 3AO4A 4IFYA 5K14A 3F73A 1KLMA 3VQ9A 3WNFA 4CFDA 4KV8A 3VQDA 3AVFA 4UQGA 3OYFA 3EYZA 4CJSA 1S9EA 1S1XA 4OPKA 2FBXA 2GBZA 2YNFA 3ZSVA 2HVIA 3K57A 3G0ZA 1JLEA 1T05A 1UA0A 2IDOA 3MAQA 3QERA 3V4IA 1SKRA 4E0DA 1QS4A 4DSKA 4B8AB 3HXMA 4E7LA 1NK8A 3DYAA 4EZ6A 1K6YA 3SI6A 4FLUA 2FBYA 3O4NA 3AO5A 2YNHA 5FDLA 2PY5A 4FLXA 1VSIA 3HYFA 1D5AA 2BGGA 3ZT2A 4E1NA 4CHPA 3QEVA 3CQ8A 3MEDA 5CZ2A 2QKKA 1S9GA 1BGXT 1RTHA 3LALA 4JS4A 1JLCA 1IH7A 1RDAA 4CHNA 3MECA 3OYBA 4DTMA 4DFJA 3I0RA 3SPZA 1EETA 3NFAA 4OGCA 2KQ2A 3VQCA 1GOCA 4GMJB 1X9WA 1HYSA 2HB5A 4FXDA 4LY7A 1T8EA 2OA8A 1YTAA 3P83D 3O3HA 4E19A 1NJWA 4J2BA 1C6VA 1WSFA 1ASVA 4FLYA 5HRRA 4CJ4A 1N5YA 3SUOA 3O3FA 3T19A 4K8XA 4CEDA 3DLRA 4ZTJA 3LDSA 1ZBFA 1Z26A 4FLVA 4AH9A 1JLAA 4PY5A 1RBUA 4AHCA 1RT5A 4DG1A 1JLFA 4NYFA 3ZT3A 1F21A 3K59A 4BE2A 1QSLA 1CXQA 3KLIA 5C42A 4DS5A 3NGIA 1TKZA 4OPJA 1BQMA 4BWJA 4DQRA 3PX0A 1U4BA 1SL2A 1RNHA 1VSMA 1NK7A 1BI4A 3MEEA 1HQEA 1R0AA 1U48A 3EZ5A 2VG5A 1BISA 3L2RA 1HYZA 4R5PA 4I7FA 4M45A 4KHWA 4DTOA 2E6MA 2D0BA 4LSLA 1UA1A 1BIUA 4N56A 2I5JA 1VSEA 1WSEA 3HK2A 3TAMA 3VQPA 5J2PA 1VSFA 3V6DA 1HNVA 1JXEA 1KVCA 2HMIA 2FBVA 2XRIA 3RR7A 4M3YA 3ZSZA 2ATQA 1RCHA 2HNZA 1ZYQA 1RTDA 1KFSA 4FM0A 1TL3A 4W5OA 4IG0A 3AVIA 4Z4IA 3AA3A 4CGGA 4GW6A 3LP2A 4AHUA 3B6PA 3OJSA 4DS4A 1X9SA 1GOBA 1CXUA 3L2VA 1TVRA 3AVMA 1JXBA 3U3GA 4OLBA 4FK0A 3TAFA 4PUOA 2R7YA 1IKYA 2DFFA 3OYHA 4CEZA 3LAKA 5J2MA 2Z1HA 4Q0BA 4F3OA 1FXXA 4KB1A 4F8RA 4N41A 2VG7A 3M8QA 4DSIA 2X78A 4CHQA 4CJ3A 4IG3A 2IAJA 2DFEA 4DTNA 1VK0A 3NBPA 1U04A 4GVMA 2DTUA 3C94A 4LSNA 4IFVA 3VQ5A 4EP5A 1JKHA 3KTQA 4CJWA 5FRMA 4KREA 2GUIA 1KFDA 1NOZA 3L8BA 3EY1A 3TI0A 3NF8A 4FZZA 4CFBA 2HHTA 2E6LA 2P51A 1WSGA 3K5MA 2FBTA 3MXJA 4W5QA 1LWFA 4JRPA 3UIQA 1B92A 2Q3SA 3SV3A 3NDKA 3U3YA 4DSLA 4FJLA 4FJGA 1NK9A 4CGIA 4DTRA 4C8OA 4KHNA 3QINA 1NKEA 4FCYA 2GV9A 4E7KA 1RBSA 1Q8IA 1WSHA 2YNIA 3AVCA 3D45A 1HJRA 1B9FA 3OY9A 4Q5VA 3LZJA 1SUQA 3IS9A 1LAWA 5J2NA 3VQEA 1NK6A 3RRGA 4FJHA 4H4OA 3QNNA 3HT3A 1ASUA 3S9HA 1LW2A 1A5WA 4M3TA 3I0SA 3RMCA 4YNQA 3HJFA 5KRTA 4HUFA 4E7JA 2HHWA 1HPZA 4FJJA 5KGXA 1LWEA 3HPOA 1L3VA 4KB0A 3ZT4A 1JL2A 2F96A 2XY8A 1WLJA 3VQBA 4KTQA 3NHGA 2X74A 4N47A 1DTQA 3V9ZA 1RBRA 4OVLA 4MQ3A 4E89A 3TAEA 4DTSA 1BCMA 1W0HA 2OZSA 1WSIA 4CHYA 1TK8A 1RTJA 2XHBA 1NOYA 4CGDA 4CIGA 4Z0UA 3HP6A 4C8LA 4CEQA 3DM2A 3CFRA 1RT1A 3NH0A 1SL0A 2G8IA 4K8ZA 3ITHA 2A1RA 4LH5A 4DLGA 3T3FA 4HCBA 3ZSXA 2YV0X 3MXIA 4PA1A 2IOCA 5DK5A 2Z1IA 4BE0A 3P5JA 1NKBA 3ZSQA 2PYLA 4B9UA 2KTQA 2BE2A 3HVRA 4TSXA 4M42A 3TABA 2QXFA 1Z25A 3VQ8A 5HP1A 1JL1A 1RBTA 4M3WA 2P5OA 2YKMA 3V1QA 4Z4CA 3S3NA 1NJYA 2P5GA 4HTUA 2ZQBA 3LANA 2XY5A 2LSNA 2OYQA 1ZBUA 4JRQA 1NK0A 1KCFA 3ASMA 3NGZA 1TKXA 3PUFA 3WNHA 3O4QA 2PYJA 3K5NA 3SUNA 1YT3A 3SUPA 3KKRA 4KPYA 4FJ8A 1GOAA 1KVBA 1RILA 4B9LA 2VWJA 3SJJA 3C6TA 1WSJA 1RT3A 1NK4A 1HRHA 4DLEA 4KRFA 3NCIA 1TKTA 2W42A 3ZSYA 2HHUA 5JS2A 1X9MA 3K5OA 3L2UA 2IS3A 4RW7A 3MEGA 1EKEA 1S6PA 4CF2A 4CK3A 1X1PA 4FJKA 4OJRA 1LW0A 1RTIA 3LPTA 4OKJA 3CFPA 3KK1A 2HHSA 3CM6A 2B5JA 4LD0A 3M8SA 4W5RA 4PQUA 2RN2A 1RBVA 1BCOA 3AO2A 4KI4A 2P1JA 3VA0A 1O1WA 4NCAA 4J2AA 4LH4A 4G1QA 4FJNA 4FJ5A 2ZE2A 3TAPA 4CJ5A 1QSYA 3VQ6A 3SUQA 3B6OA 3HO1A 1S1WA 1TV6A 4FLZA 4CEAA 4DSEA 3ZT1A 3MXMA 2Y1IA 4DFKA 5CZ1A 4C8NA 4FJ7A 3OYLA 4BACA 3QNOA 1C1AA 3VQQA 3OYCA 4OKKA 1SV5A 4CF8A 1ZBLA 4ID5A 1WAFA 1C0MA 4O55A 4F3TA 1Q9XA 3SQ4A 1A5VA 3NAEA 4FM1A 3ISNC 3PY8A 3NH2A 3OS0A 2B4JA 1J53A 3F9KA 2Y1JA 3RRHA 3BDPA 1VRUA 4CEOA 3ULDA 2IC3A 2YNGA 3DI6A 1QTMA 3AVBA 4CERA 2PZSA 1KRPA 4CJEA 4HVJA 4DSJA 5HLFA 4AHVA 4KHYA 1QSSA 4O4GA 2QKBA 4RW6A 3S3MA 1RT6A 3DRRA 1FKPA 4CGJA 3OYKA 4CEFA 3QEXA 2XY7A 1QQCA 4NCGA 3HSTB 3KK3A 3AVLA 3LAMA 4YFUA 3HPGA 4I2QA 3OYIA 4CJLA 5I3UA 2B6AA 3RMBA 4FK4A 2YKNA 3VQ7A 3CYMA 3LP1A 4DU3A 4FW2A 4CEBA 4B9SA 3ZSOA 3IAYA 1YVUA 5T7BA 4FJMA 3CM5A 4O0IA 3CFOA 1LV5A 1L3UA 4DU1A 4PWDA 3KLEA 5JS1A 1S5JA 1JLQA 4NCBA 1XC9A 1EX4A 2F8TA 3AA5X 1VRTA 4CJPA 4OGEA 2KW4A 4W5TA 2RF2A 3AVGA 5KTQA 3PO5A 1I39A 1XI1A 1N6QA 4I2PA 1YTUA 1XWLA 3LP3A 4B9VA 4ELVA 4M3ZA 1XHXA 3KLGA 1NKCA 2FC0A 1HNIA 2JLEA 1VSLA 3TAQA 4FM2A 4L8RB 2DY4A 2OPPA 1BL3A 4IDKA 4CFAA 3K58A 4IKFA 3VA3A 2WONA 5C25A 4N76A 4DFMA 3TWHA 3TAGA 5KRSA 3AA2A 3LWLA 3AVNA 3S3OA 3L2WA 3OYNA 4ELUA 3IG1A 3VQ4A 4KAZA 4CGHA 1I3AA 2E4LA 2X6SA 1D9FA 4FJXA 1HMVA 1LWCA 2EHGA 1RDCA 2ITGA 1RT7A 1U49A 4DF8A 3OYGA 3C95A 2EX3A 4B3OA 5HRPA 3HM9A 4AHTA 3SZ2A 4CIEA 1NJZA 4CJRA 3ALYA 1VSJA 3TARA 3QEPA 2HHXA 1EP4A 4CJVA 3OYJA 5SZTA 3HP9A 4CCHA 2HVHA 4I9QA 3SCXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3KKSA 2QWLA 2P1NB 2E2OA 1BDGA 3DOLA 1NGCA 1IG9A 1MDUB 3V1OA 2NUBA 4JLHA 3KLHA 4B1ZA 4CHZA 2ZWHA 3VTIA 4CJUA 4C8KA 3WNGA 2BANA 1WAJA 2GX9A 3NH1A 4BDYA 4K43A 3QETA 3I8BA 4Y1CA 2F4VK 1KLNA 4BG9A 2IGIA 4DR1K 3V9UA 1QHTA 5I9EB 4N5SA 2P9LA 4ISEA 3H08A 1UOCA 1P90A 3G10A 1KD1O 5KGWA 3BZCA 3TANA 4JI7K 3HVTA 1A5XA 4M7XA 3S41A 1L5UA 5K14A 3AO4A 4IFYA 1P8ZA 3A8YA 3WNFA 4UQGA 3VQDA 4C1NK 3ULDA 4BY9C 1S1XA 2NNWA 5IREA 1OH7A 3ZSVA 3SBTA 1SKRA 1QS4A 3T7ZA 3HXMA 4BRMA 4EZ6A 4LFBK 4FWOA 3VGKA 4E1NA 3QEVA 3MEDA 1ATSA 2QKKA 1BGXT 3LALA 1RDAA 4BC3A 4DFJA 3I0RA 1EETA 3VQCA 2HBJA 2YB5A 2OA8A 5JVHL 2E2NA 5CE3A 4E19A 3VEWA 4J2BA 1C6VA 4FLYA 2IVPA 4CI6A 4K8XA 3DLRA 3O1BA 1RBUA 4AHCA 4CVNE 1QSLA 3L4IA 5C42A 3NGIA 4OPJA 1BQMA 1SL2A 4IEIA 4JNEA 1R0AA 2VG5A 3C6PB 4BGAA 4AM7A 3L2RA 4XH4A 3K2OA 4BROA 1FPOA 2FLOA 4ILGB 2I5JA 5J2PA 1KVCA 3H45C 1RCHA 1KFSA 1TL3A 3N1BA 4CZIA 3AVIA 4GW6A 3ZLJA 5AQGA 4DS4A 1X9SA 3HSCA 3D6RA 3TAFA 2R7YA 2V7ZA 3THXA 4Q0BA 5J2MA 4F3OA 1X3NA 1Q86O 4CJ3A 1JW2A 2DFEA 4GVMA 3O6WA 2DTUA 4LSNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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