2DTUA

Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of rb69 gp43 in complex with dna containing an abasic site analog
Total Genus 297
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
297
sequence length
896
structure length
896
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVGEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords 5'-D(*CP*GP*(3DR)P*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP
publication title Structural and biochemical investigation of the role in proofreading of a beta hairpin loop found in the exonuclease domain of a replicative DNA polymerase of the B family.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 297
structure length 896
sequence length 896
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2dtuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2dtuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dtuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 2dtuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2dtuA03
3C6TA 1RT7A 4DS4A 3OS0A 4CF2A 5T7BA 4CEFA 3ZSVA 2KZZA 2QK9A 1UAXA 3C6UA 4F3TA 1CZBA 4KHWA 1SKSA 4KKOA 3DRPA 4W5RA 2Z1GA 5KRSA 4CEBA 3KK2A 1D9DA 4CGJA 3NH1A 4FLTA 4FJ7A 2IC3A 3DLRA 1U48A 1L3TA 4N41A 3T1AA 3SYZA 3VQ8A 2BE2A 4DTRA 3QNNA 4FW2A 2P5OA 1IKWA 3S3NA 2W42A 2YHAA 4DLGA 4DSLA 3V6DA 3QNOA 4M3XA 1LAWA 4O55A 5HROA 1KFDA 1JLBA 4DSEA 3DLGA 3IAYA 1EP4A 1RILA 3C95A 4M3TA 5HRSA 4Z4GA 2GBZA 3M8PA 2QKKA 4OLAA 3ZT4A 1KTQA 2OYQA 4HCCA 4E7IA 3ZSRA 1U49A 3KD5E 1QS4A 4BE1A 4GVMA 3HPHA 3ZSOA 5SZTA 3OYIA 1G15A 2RPIA 4AH9A 4CJ4A 4FM1A 2ETJA 3WNFA 2D0CA 3TAMA 4CHZA 3VA3A 1C1BA 2HHXA 3HSTB 4AILC 2DFEA 1RCHA 3SQ2A 1HYVA 2DTUA 3B6OA 4YNQA 2OA8A 2F8SA 2P5GA 1B9FA 2HHWA 1JXEA 3RWUA 3SQ1A 3LWLA 3V1RA 4NCAA 4KB1A 4H8KA 2X78A 3DLHA 2G8IA 4EP4A 3AVCA 4KTWA 1IG9A 4CJ3A 1FXXA 2VWKA 4CHNA 1Q8IA 4DTXA 1RTIA 3IG1A 2LSNA 1HNVA 3I0RA 1IH7A 3HL8A 2YKNA 2XY8A 2GUIA 3P1GA 2HHVA 5JS1A 3U3GA 4DSFA 5FRNA 3RMBA 4CFDA 3B6PA 5CYQA 4FJJA 1C0MA 3KIOA 3JYTA 4DLEA 4CJLA 4FLZA 4BE2A 3KTQA 3PO4A 2BANA 1HRHA 3AVMA 2OPSA 4CJ5A 2YHBA 4FK2A 3NH0A 2XY7A 5KTQA 3EYZA 4CGHA 1UA1A 1RT3A 1HYZA 1GOCA 3RRHA 1TK5A 4M3ZA 4JLHA 4CIFA 1J9AA 1BL3A 2VG5A 4FJ8A 1I39A 1UWBA 5KGWA 4C8MA 3L8BA 3SCXA 3LP0A 4YFUA 4FJXA 3AO1A 4M3UA 1JLEA 5CZ2A 1WSFA 4JRPA 3KD1E 3AA4A 3RTVA 4QCLA 1RDBA 3VQEA 4E1NA 3NH2A 3V9SA 1XHZA 4KO0A 1RTDA 4FJGA 3OYJA 4DQPA 4BDPA 1HMVA 4O0IA 3QEIA 1RTHA 3QETA 4HUFA 3PX4A 3RR7A 4Y1CA 3EY1A 4FJ5A 1S1XA 5C42A 4FZXC 1BI4A 1S1UA 1VRTA 3QO9A 3K5MA 4CK3A 1NJXA 4W5NA 2KW4A 3S3OA 3ZSZA 1DTQA 4WE1A 1BI4B 1S6QA 2PZSA 3MXMA 4K8XA 4IG0A 5HRRA 1NJWA 1KLNA 3ASMA 2G8VA 1HYSA 4IFVA 5CYMA 4FJMA 3NDKA 1SV5A 3LPTA 3NE6A 4J2EA 3C94A 5HBMA 4N5SA 3E01A 3KLIA 4M3WA 5EU7A 1TGOA 2E6MA 4FK0A 4CE9A 4OLBA 4FLXA 2JGUA 3AVIA 3O3HA 2E6LA 3DOLA 3U6FA 3V9ZA 5C24A 4I9QA 5KI6A 1NK0A 3NCIA 4KHSA 1BISA 3VQ9A 3KKRA 3VQDA 1QSLA 4B3OA 4HUGA 4DSJA 4FCYA 3SNNA 4KTZA 1QSSA 3QINA 1ZBUA 3KKSA 1VSMA 1A5WA 3AVFA 4CJFA 4DWIA 3ISNC 1L3UA 2HHQA 3NBPA 2HMIA 4PY5A 4J2DA 4CJWA 2B4JA 3L2QA 3TAEA 4B08A 4FJIA 2FBXA 3DRSA 1RBTA 1Q9YA 2OPPA 3VQCA 3OYBA 4HUEA 2G8FA 4CJTA 4FM2A 4DSKA 4F2SA 2OPQA 3M8SA 3AVGA 4HTUA 3ZSWA 4CK2A 2R7YA 2ZD1A 1QSYA 3DYAA 3OS2A 3I8DA 3T19A 1LWEA 1TL3A 3OYNA 4DU3A 4PA1A 4ZHRA 3AO3A 1BHLA 3CG7A 4FW1A 1FK9A 1KVAA 3L2WA 4Z4CA 3MEGA 4RG8A 3ZSXA 3TWHA 4ID1A 3NHGA 3ITHA 4LH5A 3VQQA 3V81A 3CM6A 1ZBIA 3PUFA 4CJRA 1NK6A 3HP6A 2Y1IA 3S3MA 1JL2A 4Z4FA 3KK3A 1KRPA 2HHTA 1O1WA 2DFHA 3SUPA 4B9NA 3MEEA 4IFYA 1KVCA 2RKIA 4LSLA 4IG3A 5DK5A 1VSEA 2D0BA 2P1JA 4OGEA 3DMJA 3VQ5A 4E7HA 1NJYA 4NYFA 3L2RA 4DSIA 4NCBA 2DY4A 2HHSA 4CHOA 5J2PA 1LV5A 3AA5X 1REVA 4DMNA 1ZYQA 3OYGA 3LAKA 1VSJA 4QOZB 4DFPA 4CEAA 3P83D 3AVLA 1X9MA 4OKEA 1UOCA 4CFAA 3K5NA 1TK0A 4Z0UA 3HT3A 4PQUA 1S1WA 2KZMA 1C1AA 4Y1DA 1JLAA 4CEEA 1W9HA 1RBSA 3V9XA 2P51A 4CGGA 3LWMA 1LW0A 3AVJA 1RBVA 1NOYA 3P5JA 3O4NA 1LW2A 4DTSA 3L3VA 3TABA 2A1SA 3WNEA 3RMAA 1Q9XA 1Z26A 4KHYA 2YNFA 4CGFA 3SI6A 1ZBFA 3OJUA 3SUQA 1IKVA 4ZTFA 4Q0BA 4KRFA 1HNIA 1ASVA 4KI4A 2RF2A 3K59A 4KHQA 2PYLA 3DLBA 3OYLA 3WNHA 3PV8A 3V9UA 3K57A 4N47A 3TAQA 4KTQA 4H4OA 3CFPA 1YTAA 1S1TA 4Z4HA 2BDPA 1WSEA 2NUBA 3T3FA 3AVBA 4M3RA 1VSKA 5HRNA 3OYDA 3ZT0A 1RTJA 2A1RA 4EZ9A 1L3VA 4R5PA 1L5UA 1HPZA 1WSHA 3SPZA 3QEXA 1WSJA 2B5JA 2I5JA 3DLKA 2Y1JA 1QHTA 4FVMA 4RW8A 4HVJA 3V4IA 1NKEA 4PUOA 1CZ9A 3OYCA 4KB0A 4FJKA 3HYFA 1BQMA 1UA0A 4CJVA 4O4GA 1TL1A 3NF6A 5C25A 1VSIA 1SUQA 3M8QA 3OY9A 3QEWA 1VSHA 4Z4IA 4DQQA 4FXDA 4DU1A 2IS3A 2ZE2A 3AVKA 1JLCA 2O4IA 4HCBA 1GOAA 3L2UA 1YTUA 4QAGA 3CM5A 3VQBA 1T8EA 4B9UA 4FK4A 3I0SA 3VA0A 4FZYA 5SWMA 4ELUA 3QERA 1VRUA 4NYNA 3NF8A 1HQUA 2QXFA 3ZT3A 4JS5A 4IBNA 4I2QA 3SV4A 3M8RA 4E19A 1DLOA 4M42A 1RDDA 4OJRA 4FJ9A 3TAFA 3V1QA 4CHPA 5I3UA 1N5YA 4F8RA 3H08A 4DTOA 1BQNA 3TARA 1T7PA 1ITGA 2XRIA 4O5BA 2YNIA 4EZ6A 3SJJA 3KLEA 4BE0A 1RBRA 4CJPA 4IDKA 4DQSA 1TVRA 1NK8A 2X74A 3AA3A 3SQ0A 1LWFA 2IDOA 1TAUA 1B92A 3BGRA 4KHNA 4LY7A 4L8RB 4OVLA 4DG1A 3NGIA 1VSDA 1ZBHA 4LD0A 3EZ5A 4CIEA 3HVRA 1YT3A 4DQRA 5D3GA 2F8TA 1SL2A 4RW6A 2HW3A 1TAQA 3LP3A 3OYKA 4BDYA 1KCFA 1X9SA 1SL1A 1WLJA 4KV8A 4C8NA 4E7LA 1CXUA 2IAJA 1NK7A 2ZQBA 1SL0A 2Z1HA 4CECA 3RRGA 4J2AA 3HM9A 2ATQA 4F4KA 1JLFA 1Y97A 5HRPA 3CFOA 3DRRA 4CJKA 4CF9A 1T03A 1QTMA 1RT4A 4CJSA 3MECA 1T05A 3LP1A 1FKOA 2OZSA 2DFFA 4OKKA 1X1PA 2Z1IA 4E89A 4CJEA 5J1EA 4E7JA 4LH4A 1S6PA 1SKWA 1J5OA 1A5XA 1KFSA 4E1MA 1WNSA 4B9MA 4W5TA 3VN5A 4EP5A 3NGZA 3KK1A 2YNGA 4CGIA 4BACA 2PY5A 2JLEA 4RW7A 1FKPA 3NAEA 2FC0A 4MQ3A 3ZT1A 1NK5A 1XI1A 3AVHA 3OYFA 3TAGA 1CLQA 3MEDA 3SUOA 3OJSA 4I7FA 1CXQA 3K2PA 1NKBA 1D5AA 5K14A 1IO2A 2IOCA 4RW4A 4B9VA 1XWLA 3V1OA 1VSLA 4B8CA 3S9HA 1WAJA 1C1CA 3NF7A 4AHTA 4DTNA 3HPGA 2OZMA 1S5JA 3HVTA 4KFBA 3K5LA 3THVA 5HLFA 1HQEA 4DTMA 1BCOA 4E3SA 2HNYA 3HO1A 2HNDA 4CF8A 3WNGA 1D8YA 4GMJB 4CIGA 3LDSA 3OS1A 2KFZA 3IRXA 3KLHA 2ITGA 1TKTA 2X6NA 4DFJA 3LZJA 3TAPA 4DTJA 4CJUA 5E41A 1TKZA 3AV9A 3DOKA 4N56A 1EXQA 1BIUA 2E4LA 2KQ2A 1A5VA 4OGCA 1NOZA 4AHRA 4CHYA 2XO7A 3PX6A 4KPYA 4BDZA 4DF4A 1U45A 2KFNA 3MXIA 4K8ZA 3VQPA 1U47A 3CQ8A 4O44A 3ZSQA 1D9FA 4H4MA 3KLFA 3FFIA 2VG7A 3KJVA 1KLMA 3VQ4A 1S9GA 4FLWA 3RR8A 1EETA 1MU2A 1RBUA 3VQ6A 4M3YA 1I3AA 3VQ7A 3VQAA 4NCGA 3OYEA 2XY5A 4AHUA 1L3SA 3UIQA 3F9KA 4PWDA 4Q5VA 1SKRA 4B9LA 4F3OA 4CEQA 3LP2A 1TKXA 3LPUA 1HJRA 3V9WA 3QIPA 4DFKA 5J2NA 3G10A 1ZBLA 4M41A 4FJNA 1J54A 2YKMA 3MXJA 4CFBA 2YV0X 4C8KA 5DMRA 4DFMA 4FYDA 3TANA 1WSGA 1NK4A 2G8HA 3RMCA 1U4BA 3LALA 3HXMA 4DQIA 1IKXA 1JXBA 4G1QA 1XHXA 1JL1A 4CF0A 2G8WA 4J2BA 1RT5A 2EHGA 3AO2A 3AA2A 2XHBA 4FLVA 1KSPA 3CYMA 4FJLA 3OYMA 3SZ2A 1TK8A 3O4QA 4E7KA 2WONA 4FJHA 4CESA 5JS2A 4UQGA 1W0HA 2HB5A 4B9SA 1C0UA 1JLQA 3OYHA 1GOBA 1VSFA 3AVAA 3L3UA 3AO4A 3DLEA 2EX3A 4CK1A 4AHSA 4W5OA 3L2VA 3K58A 4IKFA 3G0ZA 3HJFA 2G8UA 4CFCA 1R0AA 5FRMA 4ICLA 2PYJA 3HPOA 4N76A 4M45A 3QESA 1J53A 4CERA 3TI0A 3D0PA 4O0JA 2FBTA 3HP9A 1WAFA 4FZZA 4B9TA 1QQCA 4F2RA 3QEVA 5CY4A 1IKYA 3KLGA 1NK9A 4ELVA 3MAQA 1YVUA 2VG6A 3QIOA 4FLUA 1BGXT 5FDLA 2HVHA 4ZTJA 2HHUA 1WN7A 4OPJA 4CEOA 4KI6A 1JKHA 1TKDA 1RT1A 1U04A 3JSMA 3CFRA 3NGYA 1N6QA 1KVBA 2BGGA 1NJZA 4CGDA 4DS5A 4DTUA 4C8OA 2GV9A 1DTTA 1QE1A 1BIZA 4C8LA 4CCHA 1RDCA 1C0TA 3DI6A 4OKJA 4W5QA 3PY8A 2QKBA 3LANA 3ZCMA 2D0AA 4OPKA 4KAZA 1LWCA 4I2PA 1C6VA 4I9LA 3NFAA 4GW6A 4B8AB 2KTQA 3O3GA 3AO5A 4MFBA 5KGXA 1EX4A 3BDPA 3IS9A 4ID5A 4Z4EA 2VWJA 4CHQA 5HP1A 1RNHA 4LSNA 1NKCA 3RMDA 3LAMA 1BCMA 4DF8A 2HNZA 3O3FA 2D5RA 4RW9A 2WOMA 1X9WA 3K5OA 3QLHA 2B6AA 2X6SA 5CZ1A 4AHVA 4CEZA 1Z25A 5J2QA 4JS4A 3SQ4A 3ZT2A 5KRTA 3SPYA 3NF9A 4XIUA 1B9DA 3SUNA 5J2MA 4KHUA 1ASWA 3ZSYA 2HVIA 2FBVA 1WSIA 3OYAA 4CEDA 2YNHA 4DTPA 2FBYA 3OVNA 4AHCA 2OPRA 3PX0A 1TV6A 4BWJA 5I42A 1RDAA 3LZIA 1RT6A 4BWMA 4TSXA 3ALYA 4KREA 1JLGA 1S1VA 2Z1JA 1VK0A 3TR8A 4JRQA 1LAVA 4ELTA 3PO5A 1ASUA 3D45A 3HK2A 1RT2A 2F96A 1S9EA 3QEPA 4FLYA 1EKEA 2IGIA 3U3YA 5FROA 4CF1A 3SV3A 4DU4A 3A2FA 1K6YA 1F21A 2O4GA 2Q3SA 2RN2A 3DM2A 4CJQA 4HHTA 1XC9A 3F73A 3ULDA 2G8KA 2XY6A 3AVNA 4E0DA 4FM0A 2AJQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3N1EA 3CJAA 1ZBUA 4BRKA 4CJFA 1A5WA 4PY5A 4J2DA 4CJWA 3L2QA 2FBXA 1VQ7N 2BTFA 3CJBA 4CJTA 4HTUA 3I33A 2FYOA 4FVUA 4B1UB 3T19A 4PA1A 1VQPN 3AO3A 3OW2M 1BDGA 2P9NA 3CG7A 1KVAA 3UO3A 2FSKA 4YDUC 3DAWA 3L2WA 3J7AP 2AA4A 5GAGP 4RG8A 4H0XB 2ZJPL 2CGJA 2P9PB 2B8IA 4AI6A 5C15A 3KK3A 1KRPA 1FZ2E 2DFHA 2YHXA 3SUPA 4M7YA 4IFYA 1HX1A 3A0IX 2RKIA 1ATRA 2NRRA 3H1QA 4NYFA 2ASOA 5M1OA 4NCBA 3TTDA 3HOTA 1LV5A 1XC3A 1ZYQA 3C7NA 3DXMB 3UO2A 5JMVA 1J6ZA 4CEAA 1HLUA 3AVLA 1UOCA 4M7XA 1QQMA 4Z0UA 1JLAA 4CEEA 1H1VA 4BG8A 3LWMA 4CD3A 4YOXA 1SS6A 3P5JA 1MWMA 4H0YB 4IZ9A 3RMAA 3CCSN 4CGFA 4Q0BA 4KRFA 1HNIA 1ASVA 4KI4A 2RF2A 3QFPA 1E3MA 3PV8A 3WSOA 3MCAB 3SK3A 3CFPA 3QICA 1GLDG 1FYZE 2P9KB 4CZHA 2NUBA 4IO8A 3AVBA 1VSKA 3E9OA 1BO5O 2F9WA 4R5PA 2VJ4A 3SPZA 4IFEA 2I5JA 3DLKA 4FWPA 2Y1JA 1QHTA 4RW8A 3KWIA 1CZ9A 2OVPB 1U2VA 3HYFA 1BQMA 2F7TA 4KH5A 4O4GA 3MX2A 3NF6A 5C25A 1SUQA 2E1ZA 2V7YA 4JYAK 4DQQA 4FXDA 4JKDA 1VQ9N 1Q86O 3WXJA 1GOAA 1YTUA 3VQBA 4JK7A 3VA0A 4JAXA 1MHZG 1WBBA 3NF8A 3LD8A 1RGIA 1DT9A 4WQ5C 3SV4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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