2DTUA

Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of rb69 gp43 in complex with dna containing an abasic site analog
Total Genus 297
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
297
sequence length
896
structure length
896
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVGEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural and biochemical investigation of the role in proofreading of a beta hairpin loop found in the exonuclease domain of a replicative DNA polymerase of the B family.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*(3DR)P*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP
total genus 297
structure length 896
sequence length 896
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2dtuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2dtuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dtuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 2dtuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2dtuA03
3DLRA 1KLNA 3QEXA 4G1QA 3SNNA 4OGCA 3ZCMA 3HO1A 3HP6A 2FBTA 4B08A 1L3SA 3HYFA 4W5TA 3OYFA 4B9TA 3IG1A 2YHBA 4LD0A 3KKSA 1IKVA 3ZSVA 3HVRA 4AHRA 3SV4A 3V9WA 3KLFA 1N5YA 4KV8A 4DQIA 2WONA 4KB1A 4N76A 3RMAA 1TKZA 1HPZA 3OVNA 3TAMA 4FJMA 4E7JA 2HMIA 4RG8A 1YTUA 2GBZA 1FK9A 3TAQA 1NK0A 1QSSA 5EU7A 1QTMA 2G8HA 3KD1E 2E4LA 4DSEA 1CZ9A 1SV5A 1TKTA 3WNHA 3OYJA 3KLGA 3ALYA 3DRRA 2BDPA 1S1VA 3LPTA 4E3SA 1LAVA 4JRQA 4PY5A 4K8ZA 3F9KA 2HHTA 1BQNA 1RT5A 2B6AA 3L2WA 4CJEA 3RTVA 4HUEA 4DQRA 2DTUA 2HW3A 3KK1A 1A5XA 4DG1A 5HP1A 1HYZA 2HHQA 4J2BA 1I3AA 1TK0A 3AVFA 3SV3A 4C8LA 4ELVA 3HJFA 1XHZA 4FJ7A 4FM2A 3OS2A 1BGXT 4BACA 4DTJA 1RILA 4EZ6A 3A2FA 3AVCA 4FJIA 4E7HA 1Q9XA 4I9LA 3LP3A 4O0JA 1HJRA 5CY4A 2VWKA 4DLGA 1DTQA 4ZHRA 1YVUA 1KSPA 4BDPA 2OZMA 1JLQA 4CGIA 4DFJA 2OPQA 2RPIA 3T3FA 4DSIA 2XO7A 2BGGA 3WNFA 3HPHA 4CEFA 1DTTA 1QQCA 4CGJA 2PYLA 4CF1A 1XHXA 5J2PA 3LP0A 5D3GA 2X6NA 3C95A 1N6QA 1KFDA 4KHSA 2ZE2A 3NAEA 3TR8A 3OYLA 4O4GA 1RTDA 3MXIA 4KI4A 4CHYA 3JYTA 1YT3A 1X9MA 1CLQA 4M42A 1LV5A 3DLHA 1S1XA 4KB0A 3L2QA 2YKMA 4H4MA 1JL1A 3KK3A 1UAXA 1T05A 3OYAA 4E7LA 2GV9A 4N41A 3VQCA 5I3UA 4BWMA 3IRXA 3ZT2A 4HHTA 2BE2A 1FXXA 1X1PA 4FJHA 3S3NA 2XY5A 3TAEA 1HMVA 2WOMA 4Z0UA 4DTRA 1A5VA 3ZSWA 2OZSA 3HPGA 3BDPA 2AJQA 1TAUA 3S3OA 4FJ9A 1WSEA 2IAJA 3DRSA 4DFPA 1HYVA 4MQ3A 3ZSYA 1SKWA 3O4QA 3S9HA 4ELTA 4H4OA 1WLJA 3LPUA 1BCOA 5JS1A 1HYSA 1ZBIA 1KVBA 4O44A 3I0RA 2B4JA 3OYCA 1NJWA 2NUBA 1IKXA 3AO3A 4IDKA 2LSNA 1WNSA 2YNHA 1BL3A 4FW1A 1JXBA 4CESA 1KLMA 1NK7A 3AO2A 4DMNA 2PYJA 4LH5A 1Q9YA 4E7IA 3L2UA 2F8TA 2XY8A 3CFOA 1JLEA 1EXQA 5CZ2A 4IFYA 1S1UA 2P1JA 1FKOA 4CJ5A 4EZ9A 3AVBA 5FRNA 1K6YA 2RF2A 3T19A 4JLHA 1T7PA 4O5BA 3QNNA 1Z26A 1WSGA 4L8RB 4E1NA 4M3RA 4DQSA 5C42A 4KHNA 1REVA 4RW6A 3AO5A 3TAGA 4CEEA 4DF8A 4AHTA 3OYEA 2I5JA 5HRSA 4Z4EA 4FJJA 2Q3SA 3SQ4A 4E0DA 3SZ2A 1WSFA 5CYQA 2RKIA 3HM9A 1RDAA 4CJVA 3U3GA 3KLEA 3D0PA 2HVIA 1EETA 4RW8A 1EP4A 3SQ0A 3OJSA 4E89A 4HVJA 2G8WA 3QESA 3AA5X 1W0HA 3AV9A 3NHGA 2XHBA 4DWIA 1RT1A 3AO1A 4W5QA 2QXFA 4CGFA 2G8KA 1IG9A 1LW2A 2P51A 1J5OA 1WAFA 1VSHA 3TARA 4I2PA 3CM5A 2GUIA 2KFNA 2Z1GA 2DFHA 3F73A 2FBYA 4CK1A 4FLZA 4HCCA 3E01A 3SQ2A 2FBVA 1EX4A 4FZYA 1LAWA 1BHLA 4FJ8A 3AO4A 4LH4A 3VQ8A 1JLAA 3ZSZA 4E7KA 2X74A 1NK8A 4F8RA 3AVMA 2KTQA 4Q5VA 3LAMA 4RW4A 4R5PA 5C24A 1U45A 1L3UA 4CGDA 3P83D 3OJUA 4AILC 3QIOA 1RT6A 4BDYA 3OYGA 1RBUA 4DTNA 3ZT1A 3HK2A 4CHOA 3TABA 1X9SA 3T1AA 4XIUA 4DSLA 4B8AB 5JS2A 1VRUA 4OKEA 2EX3A 4HUGA 4CEQA 3LP1A 4B9UA 4F2RA 3AVJA 3KLIA 4CERA 1BIUA 3QIPA 3OS1A 4CGGA 2KZZA 4OLAA 4NYNA 3RWUA 4B9LA 3OYDA 4IG3A 1JLFA 4GW6A 1C0UA 4F3TA 4CJPA 1TV6A 1VSIA 3I8DA 3KJVA 2DFEA 3JSMA 3LZIA 3HT3A 4NYFA 4W5NA 3RMBA 3G0ZA 2HHXA 4CE9A 4BE2A 5HROA 4KHUA 1LWCA 1C1CA 3NF7A 3AVKA 4DQPA 3VQQA 2HNDA 4MFBA 3ZSOA 4NCGA 5KGWA 4FJXA 3C94A 3NGYA 4CEDA 3SUPA 4JRPA 4TSXA 4IKFA 3DLGA 4OJRA 4OKKA 2XRIA 1U04A 1NJYA 1T8EA 1KRPA 2IC3A 2KQ2A 3QLHA 5HBMA 3NCIA 4M3UA 1JL2A 3NE6A 4CEBA 4E1MA 2HHWA 5C25A 4CF2A 5J2NA 4CJQA 4FM0A 3QEIA 4KTQA 5KGXA 4CHZA 4CHNA 3MECA 3OYBA 3VA0A 3NDKA 3QINA 1NJXA 4QAGA 4FLUA 3PO4A 3RMDA 2BANA 3HL8A 3AA2A 4KI6A 4FJKA 2IGIA 3MEEA 1LWEA 5J1EA 5HRNA 3OYNA 4FK2A 3THVA 1SL2A 1HQEA 4AHCA 1FKPA 3L2RA 4B3OA 3CFPA 2G8FA 1U48A 3SI6A 1HQUA 4HCBA 4KTZA 4CJUA 4W5RA 3VN5A 4CCHA 4PUOA 4FYDA 1ZBUA 2Y1IA 3CG7A 1ZBHA 1GOBA 1J54A 4Y1CA 1WAJA 3SUQA 3SPZA 3ISNC 1JLGA 2Y1JA 2F96A 1KFSA 4Z4HA 1HNVA 4FK0A 1S1WA 2EHGA 3VA3A 1ZYQA 3QEVA 3KIOA 4J2EA 4DQQA 3MXMA 4FZXC 4KHYA 4DTOA 4M41A 1IO2A 3V81A 4CJFA 1A5WA 3DM2A 3TANA 2KW4A 3RR8A 1TVRA 4AHVA 2IOCA 5KRSA 4CJLA 3LP2A 3HSTB 5E41A 2D0BA 1HNIA 3KK2A 3LDSA 4Y1DA 2X6SA 3NGIA 2ITGA 3O3FA 5J2QA 3V6DA 1NKEA 4KRFA 4CFAA 1RT2A 3LALA 3V1RA 1NK4A 1T03A 1U4BA 4C8KA 4JS4A 3ZT4A 3K5MA 3PX0A 1LWFA 4ICLA 3ZSRA 1YTAA 1DLOA 1QE1A 4Z4CA 1BIZA 3DOLA 4GVMA 3QO9A 4RW9A 4Z4GA 3OYIA 1NK5A 3MXJA 3S3MA 4FLTA 4E19A 3VQAA 1XI1A 1SKSA 4I2QA 1U47A 4OPKA 4CJSA 1D5AA 1TAQA 2HHUA 1G15A 4AHSA 4LY7A 2JGUA 1HRHA 1QS4A 1J9AA 3NF6A 1XC9A 1UA1A 4C8OA 4FXDA 1B9DA 4CHPA 3EZ5A 1ZBLA 1C0MA 3DLEA 1BCMA 2VG6A 4PA1A 4DTUA 4C8MA 3PV8A 1L3TA 4PQUA 2OPPA 3D45A 4Z4IA 4YFUA 3CFRA 4CFDA 4N56A 3HXMA 3V9ZA 4CK2A 4HTUA 2B5JA 3RMCA 3MEGA 5FROA 1NKCA 4AHUA 2ATQA 2P5OA 4DTMA 1GOAA 4O0IA 4BE1A 3U3YA 1SKRA 3DLBA 4KTWA 2A1SA 4CIGA 2Z1HA 3AVNA 4CIFA 4AH9A 4FVMA 4CEOA 1RT4A 3KTQA 1GOCA 3O4NA 2VWJA 1JLBA 5DK5A 2DFFA 1WSHA 3M8PA 4DSKA 1CXUA 2ETJA 2X78A 1D9FA 4KPYA 3LWLA 4CECA 2W42A 4CF0A 1JKHA 4CEAA 3QETA 3RR7A 2DY4A 3ITHA 1KTQA 5CYMA 4DTPA 1S9GA 1IH7A 1KCFA 1RBSA 3DI6A 3H08A 3HVTA 1ITGA 1O1WA 1C0TA 4J2AA 3BGRA 4ID1A 5KTQA 3V4IA 2KFZA 5J2MA 3DRPA 4I7FA 1U49A 4FJNA 3SCXA 3K5OA 4CFBA 1JLCA 1RTJA 3DMJA 3L8BA 4OPJA 3VQ7A 1C6VA 1BI4B 1BQMA 1CXQA 4FLWA 5KRTA 4Z4FA 2VG5A 1LW0A 3ULDA 2HB5A 2VG7A 1BISA 4DU1A 2O4IA 3TI0A 3ASMA 3DLKA 4CIEA 5K14A 1RDBA 1SL0A 3KKRA 4DSFA 1JXEA 1SL1A 5FDLA 4RW7A 4CEZA 2E6MA 2A1RA 1QSYA 3NH0A 4DFKA 3CQ8A 5CZ1A 3VQEA 4CFCA 1VSDA 2HHVA 4DU3A 4FLVA 4F4KA 2D5RA 3IS9A 1ASUA 1Z25A 4UQGA 3K5LA 2XY6A 4J2DA 4DTXA 4YNQA 2D0AA 4NCAA 4ELUA 3TAFA 3LAKA 4DLEA 5HRRA 3VQ6A 4F2SA 1S6PA 1VK0A 1NKBA 3CYMA 1TL3A 3M8RA 1KVAA 3VQ5A 3V9XA 4I9QA 2YKNA 3OYHA 1QSLA 4FW2A 1UOCA 3C6UA 3I0SA 2RN2A 3ZT0A 1S5JA 3M8QA 1RBTA 1VSMA 4NCBA 3MEDA 4CF8A 2F8SA 1VSKA 3VQDA 1WSIA 3NF9A 4LSLA 3QEWA 3QEPA 2QKKA 4B9VA 3O3GA 1RTIA 4HUFA 4QOZB 3NGZA 4KFBA 2YV0X 2G8VA 1NK6A 1VSFA 1Y97A 4FJGA 2D0CA 2ZQBA 3OS0A 1MU2A 2HNYA 4DU4A 4BE0A 1ASWA 2PY5A 1TKDA 1NOZA 3VQ4A 1RNHA 3PX4A 4WE1A 3VQBA 3KD5E 4M3WA 2XY7A 3RRHA 4DF4A 1X9WA 1NK9A 3NBPA 4DFMA 1TL1A 4IFVA 5FRMA 2HNZA 1RBVA 3PY8A 2OYQA 3KLHA 5HLFA 3AVGA 3ZSXA 4OVLA 4CGHA 3OYMA 4DS4A 2HHSA 1XWLA 3SQ1A 4IG0A 3L2VA 1VSLA 5SZTA 4F3OA 2OA8A 4DS5A 4QCLA 3SJJA 1NJZA 3HPOA 1TK8A 3NH1A 2FBXA 3L3UA 1D8YA 3RRGA 3LZJA 4OLBA 1RCHA 1L3VA 4GMJB 4CF9A 3AVLA 3V1OA 3DOKA 4B9SA 2KZMA 4M3TA 4CJ3A 4CJWA 2O4GA 3K2PA 3VQPA 4DSJA 4N47A 4O55A 4K8XA 2YNIA 1IKWA 1Q8IA 1UWBA 3B6PA 3PUFA 3CM6A 4FK4A 3IAYA 4KHQA 2YNGA 3V1QA 1J53A 3K5NA 3SYZA 1CZBA 3PX6A 1TK5A 3EYZA 2PZSA 1NOYA 5T7BA 4B9NA 3SUOA 4KHWA 2OPSA 1WN7A 2Z1IA 3WNGA 2Z1JA 2QK9A 4FLYA 4FM1A 3OY9A 4OKJA 1S9EA 1VSJA 3SPYA 2OPRA 5SWMA 4FLXA 1L5UA 3FFIA 3LANA 3AVHA 1B9FA 1S6QA 4CJKA 3C6TA 2YNFA 2QKBA 4B8CA 4Q0BA 4CJ4A 1RT7A 4CJRA 4OGEA 5I42A 4ZTJA 4M3XA 4PWDA 3AA4A 1ZBFA 1RBRA 3AVIA 3NFAA 4ZTFA 1VSEA 1TGOA 4IBNA 3WNEA 3TAPA 4DTSA 1SUQA 3QERA 3B6OA 3G10A 4C8NA 4W5OA 3PO5A 1R0AA 4B9MA 4KREA 1IKYA 2FC0A 5DMRA 4KKOA 3UIQA 3VQ9A 3SUNA 4CHQA 1UA0A 2IS3A 1C1BA 1S1TA 5HRPA 2HVHA 5KI6A 3K59A 1C1AA 4KO0A 1KVCA 4CK3A 4M3YA 1BI4A 4EP5A 3MAQA 1I39A 4BWJA 3K58A 1B92A 3HP9A 4EP4A 1ASVA 2P5GA 2JLEA 1RDCA 4H8KA 3ZT3A 4M3ZA 1QHTA 3ZSQA 2G8IA 3NH2A 1WSJA 3EY1A 3TWHA 1EKEA 3AVAA 3LWMA 4BDZA 3V9UA 4KAZA 4FJLA 4LSNA 1W9HA 4N5SA 2E6LA 2R7YA 3V9SA 1RTHA 3NF8A 4CJTA 1RDDA 2IDOA 4ID5A 3QNOA 1VRTA 3K57A 2G8UA 3DYAA 3U6FA 4FZZA 3OYKA 4JS5A 1TKXA 3P1GA 3AA3A 3P5JA 3O3HA 1D9DA 1RT3A 4FCYA 4FJ5A 3L3VA 2ZD1A 4M45A 3M8SA 1F21A 2YHAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3QER A;  3B6O A;  3G10 A;  4C8N A;  4W5O A;  3PO5 A;  1R0A A;  4B9M A;  4KRE A;  1IKY A;  2FC0 A;  5DMR A;  4KKO A;  3UIQ A;  3VQ9 A;  3SUN A;  4CHQ A;  1UA0 A;  2IS3 A;  1C1B A;  1S1T A;  5HRP A;  2HVH A;  5KI6 A;  3K59 A;  1C1A A;  4KO0 A;  1KVC A;  4CK3 A;  4M3Y A;  1BI4 A;  4EP5 A;  3MAQ A;  1I39 A;  4BWJ A;  3K58 A;  1B92 A;  3HP9 A;  4EP4 A;  1ASV A;  2P5G A;  2JLE A;  1RDC A;  4H8K A;  3ZT3 A;  4M3Z A;  1QHT A;  3ZSQ A;  2G8I A;  3NH2 A;  1WSJ A;  3EY1 A;  3TWH A;  1EKE A;  3AVA A;  3LWM A;  4BDZ A;  3V9U A;  4KAZ A;  4FJL A;  4LSN A;  1W9H A;  4N5S A;  2E6L A;  2R7Y A;  3V9S A;  1RTH A;  3NF8 A;  4CJT A;  1RDD A;  2IDO A;  4ID5 A;  3QNO A;  1VRT A;  3K57 A;  2G8U A;  3DYA A;  3U6F A;  4FZZ A;  3OYK A;  4JS5 A;  1TKX A;  3P1G A;  3AA3 A;  3P5J A;  3O3H A;  1D9D A;  1RT3 A;  4FCY A;  4FJ5 A;  3L3V A;  2ZD1 A;  4M45 A;  3M8S A;  1F21 A;  2YHA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DLR A;  2FBT A;  4W5T A;  3CJ7 A;  3E9P A;  3IG1 A;  3H46 O;  4B1U B;  4YOX A;  1OVY A;  4YOR A;  3UKU A;  2E88 A;  2JWL A;  2QTD A;  2WON A;  3GOI A;  4KV8 A;  3KLF A;  1YJ9 N;  1N5Y A;  3RMA A;  4KB1 A;  1YVN A;  1HPZ A;  3CC4 N;  2GBZ A;  3TAQ A;  1NK0 A;  4PL7 A;  1GLF O;  5EU7 A;  1QTM A;  2E4L A;  4BVP A;  3VF4 A;  4V19 S;  1XMQ K;  4IEI A;  1NGJ A;  4PY5 A;  2O8E B;  1FZ6 E;  2DTU A;  1NGH A;  4JK9 A;  4DG1 A;  1XVB E;  1HYZ A;  4MO5 A;  2HHQ A;  5AFU H;  3ZX0 A;  4BRQ A;  5BRD A;  4BRO A;  1RIL A;  5AQN A;  4E7H A;  4EZ6 A;  4I9L A;  4B3M K;  3ENB A;  4DV6 K;  5CY4 A;  4WCE L;  5AQW A;  3VEO A;  2OPQ A;  2RPI A;  3T3F A;  3ID6 A;  3ZEU B;  3HPH A;  4JKA A;  1QQC A;  4CGJ A;  5J2P A;  4KHS A;  3OYL A;  3MX5 A;  4O4G A;  4KI4 A;  1YT3 A;  4KB0 A;  4CZF A;  3KK3 A;  3DAW A;  4EPH A;  5LY3 A;  2GV9 A;  1KC8 O;  4N41 A;  2JHC A;  5TKY A;  4BWM A;  4HHT A;  1FXX A;  4FJH A;  1X1P A;  2GX9 A;  3BP8 A;  3K9J A;  2AJQ A;  2OZS A;  1T3V A;  3BDP A;  3BZK A;  1Q7Y O;  1WSE A;  4DFP A;  4BVO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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