4FJ7A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dt
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj7A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj7A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj7A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj7A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj7A03
4IG3A 4O55A 4KPYA 4M3RA 3IG1A 1TAUA 3OYCA 4FM0A 4CIFA 5KTQA 4FLZA 3PX6A 1NK8A 4FM1A 4B9NA 4FJLA 5HRRA 4C8OA 4DQPA 1KRPA 4CHOA 3OYMA 3U3GA 3C6UA 1C1BA 3AVMA 3LWLA 1Z26A 3OYNA 1XHZA 3IS9A 1SL2A 2HMIA 4JRQA 1A5WA 1LW2A 4CIEA 3S3OA 3S3MA 1L5UA 4FM2A 4BACA 1C0TA 4Z4EA 2XRIA 1TV6A 4ELVA 3M8PA 2KTQA 1NJZA 2D0BA 3DLHA 5KRSA 2OPPA 3HVTA 1RT3A 4FW2A 4BDYA 1YTUA 3OYJA 4FLUA 3P5JA 3U3YA 2G8IA 3AO5A 3ZSRA 4E7LA 4NCBA 1WAJA 3ZSQA 4YFUA 1J54A 3NF6A 2X74A 2VWKA 4DMNA 1NOZA 4FLXA 4MQ3A 3AVJA 4W5RA 2G8WA 1TK8A 2PY5A 3AA2A 3NE6A 4O0JA 2R7YA 2OYQA 4BDPA 1Z25A 4CK3A 2IC3A 3OS2A 4OPJA 3SPYA 3AVCA 2FBVA 3OYLA 4E0DA 2JGUA 2X78A 4E7IA 3WNGA 3SUNA 1S1XA 3SUPA 1ASWA 1HYVA 2ETJA 2DY4A 3O3FA 4HUEA 1U48A 2HHWA 3DOKA 3KKSA 2QK9A 4C8NA 4NCAA 3QNOA 4H4OA 4BE2A 4IFVA 4CERA 2PYLA 2YV0X 4CFDA 4LSNA 1X9MA 3HM9A 4FJXA 3DM2A 5J2MA 2G8VA 3HT3A 4DQIA 1JL2A 1UA0A 2XHBA 4C8KA 1TKDA 5FRMA 4DSIA 3AA5X 4FYDA 2P1JA 1SKSA 1NJXA 5C42A 4NCGA 1VSLA 4E7HA 2FC0A 4B9UA 3L3UA 3NGZA 4FJIA 1GOAA 4CF2A 1S1TA 1B9FA 4B9LA 2HW3A 1FK9A 3P83D 3VQ8A 1QQCA 4DFPA 2KFNA 1KVAA 2RF2A 2RPIA 4E7JA 2WOMA 1RTJA 4KKOA 4XIUA 4LY7A 3KKRA 4E19A 4E7KA 1KSPA 4Z4IA 4N5SA 3SV3A 5I42A 3VQQA 3KLGA 4CEZA 1XWLA 3CQ8A 2X6SA 1VSEA 1CXUA 2GBZA 4DFJA 1UWBA 4LSLA 4N76A 3O4QA 1JXBA 2F96A 4BE1A 3PO5A 2VG6A 1F21A 2ZE2A 3TAMA 2O4IA 4FW1A 2Z1JA 4HTUA 2F8TA 1VSIA 2KW4A 2HNZA 2YNGA 3DLRA 3HPGA 4IG0A 1VSHA 1DLOA 4R5PA 3TAGA 3MXIA 1CXQA 1SKRA 2EHGA 2FBYA 4OKKA 4AHRA 4FCYA 3PUFA 3NGYA 1X9WA 1CLQA 3B6OA 4HUGA 2IAJA 2PZSA 1IG9A 1ZBIA 3SPZA 4KO0A 3ASMA 1D9DA 1RCHA 3HK2A 4DF8A 1D5AA 2KZMA 4CJWA 2IS3A 2LSNA 4F3TA 1LWEA 5C25A 2B5JA 2D5RA 4AHTA 3V6DA 3TAFA 1LV5A 3VQBA 1K6YA 3V1QA 2G8FA 1VSFA 1NJYA 1RBTA 4FLWA 2G8HA 5I3UA 4I2PA 4CJKA 3V4IA 4QOZB 4WE1A 4CJSA 2BANA 5CY4A 3HL8A 4CHNA 3BDPA 2E6MA 3SNNA 4FJGA 4AHUA 5T7BA 3QIOA 2XY7A 3SUOA 4Q5VA 3I8DA 3LAMA 3QEIA 4FLVA 2HB5A 3AV9A 3AO4A 4CJ4A 4KV8A 4CJ5A 3CFRA 1KVBA 1RDAA 4FJ5A 1T7PA 3L2WA 4DTRA 1HRHA 1U4BA 2KZZA 1RBUA 3MEGA 4MFBA 3HPOA 1D8YA 2OPSA 1TAQA 2ATQA 4NYNA 1TK5A 2YKMA 1W9HA 1QE1A 4I2QA 1J53A 5DK5A 1FKOA 1TKTA 3KLIA 1NOYA 2F8SA 4J2DA 4CFBA 1BISA 3NFAA 2HNYA 3K5MA 3OYFA 1CZBA 4KTWA 1RTHA 1NK9A 3PY8A 2VG7A 1RT5A 3LDSA 3DYAA 1EETA 1RT4A 3OJSA 4LD0A 1GOBA 4PWDA 3C95A 1LAWA 4M42A 1A5VA 1HYSA 1IKXA 3I0RA 3RMBA 1CZ9A 1BGXT 1RT2A 1EX4A 3ALYA 4PA1A 1S1UA 3JSMA 2JLEA 3K5LA 1NJWA 1NKBA 1TKZA 3LAKA 4CJPA 4DS5A 3SV4A 3U6FA 1VK0A 3ZT0A 3OYGA 3QO9A 1NKEA 1RT1A 2FBXA 2HVIA 4B9VA 2HHTA 4W5TA 4E89A 1L3UA 1HNIA 5SZTA 3F73A 4B9MA 4H8KA 3ZCMA 1RT7A 4KHSA 4Z4FA 3QEXA 3TAEA 1LW0A 1U49A 1ZBHA 3LP3A 2BE2A 2E4LA 2VG5A 3VQ6A 3O3GA 1S6PA 3LPUA 4CFAA 3KTQA 2BGGA 1IKYA 2ZQBA 1JXEA 5FROA 3E01A 1HPZA 1WN7A 3VQPA 1RDBA 3HPHA 2KQ2A 3TARA 1FXXA 3QEPA 1LWCA 2OZSA 2P51A 5CZ1A 3EZ5A 3RRGA 4M45A 1ZBFA 1EKEA 1TL3A 2E6LA 3L8BA 3NCIA 3KD5E 1VSKA 4CEOA 1TVRA 3O3HA 4DU3A 4FXDA 4OVLA 1WSIA 3K58A 1XC9A 4B8AB 2HHXA 3ZSXA 2Y1IA 1T05A 4OJRA 3QETA 4KREA 4ELUA 4M3ZA 2A1RA 4FJJA 3WNEA 3KJVA 4PQUA 4FLYA 1HMVA 1JLAA 3C94A 1BQMA 1WSJA 1QS4A 4KHUA 1SUQA 4CF1A 2XY5A 4EZ9A 1ZBLA 4BWJA 2YHAA 4IBNA 4DSJA 4RW9A 3V9ZA 4QCLA 4CGJA 4E3SA 1KLMA 3CYMA 2XO7A 5D3GA 4CJEA 4KHYA 3DLEA 4M3XA 1BCMA 1REVA 2YNFA 3AVNA 3KLFA 4W5OA 3AVLA 2IDOA 3HXMA 4CEQA 4IKFA 4CGHA 3VA0A 4CF8A 4RW7A 1X9SA 3PX4A 5J2PA 5J2QA 4CHPA 4K8XA 4B9SA 4CHQA 4ELTA 2HHVA 2HHSA 2I5JA 3T1AA 1JKHA 5FRNA 1O1WA 2P5GA 5EU7A 1SL1A 3QLHA 4DFKA 1JLFA 4DTSA 1DTQA 4BE0A 4KB1A 4CGGA 4FJ9A 2IGIA 3DLGA 4O5BA 3ZSVA 3HP6A 4CJRA 1BQNA 1KCFA 4DSKA 2HNDA 1JLEA 4B08A 4Z4GA 3DLBA 2QKBA 5K14A 3TAQA 4DG1A 1Q8IA 4CHYA 2QXFA 4H4MA 3OYKA 4DU1A 4CF9A 1NK0A 1VSJA 3RMDA 3DRSA 4Y1CA 4KI6A 4F4KA 3S9HA 4CJUA 4DLGA 3MXJA 3DRPA 1BL3A 2HHQA 1A5XA 3F9KA 3VQ5A 3O4NA 2G8UA 3AVHA 5HROA 4OKJA 4KTQA 3TANA 2Z1IA 1HQUA 5CYQA 4DTOA 3ZT4A 3ULDA 4O44A 4CEBA 3OS0A 3KK2A 3RMAA 4B8CA 1YT3A 3KLEA 4DS4A 4BWMA 4I9QA 1C0UA 4KI4A 3B6PA 4CJFA 1RBRA 3NBPA 3V9XA 4HCCA 4KRFA 4CEEA 3NH2A 1U45A 1TKXA 4CJ3A 3S3NA 1WSHA 1TL1A 4F3OA 4RW4A 4M3YA 3LWMA 5FDLA 3SQ0A 2Y1JA 1XI1A 2BDPA 3AA3A 3DI6A 2D0CA 2IOCA 3LANA 5JS2A 3TR8A 1VSDA 4CCHA 4AH9A 4UQGA 4JLHA 4Z4CA 3K5NA 4EP5A 4W5QA 3EYZA 3HSTB 4CJLA 4M41A 4FJ8A 1YTAA 3RTVA 1UA1A 1BCOA 4BDZA 3L2QA 4N56A 3SUQA 1S9GA 4FJ7A 3AVKA 3SQ1A 4CIGA 4KTZA 2EX3A 1N5YA 4ZHRA 1KLNA 4CJVA 1QSYA 1RDDA 4DTMA 3D45A 3RWUA 3QERA 3VQDA 4O0IA 1N6QA 3HVRA 3UIQA 4KB0A 3WNFA 4JS5A 1NK7A 1BHLA 4DSEA 4DTUA 3ZT2A 3MECA 3VQEA 1S1WA 3VN5A 2NUBA 1QHTA 3IAYA 4FZZA 4OLBA 1S9EA 4E1NA 3RRHA 2O4GA 4DTJA 1L3SA 4CEAA 5JS1A 1WAFA 4CHZA 5HLFA 3CFPA 3HJFA 2X6NA 4L8RB 3LPTA 4CGFA 3M8RA 4YNQA 1IKWA 4FJMA 3L2VA 1HNVA 1ZYQA 5E41A 3RR7A 1JLCA 2XY8A 3OVNA 3SQ2A 1BIUA 1RTDA 3DOLA 1IKVA 4EZ6A 1KVCA 4JS4A 1W0HA 3AVAA 2W42A 1C1AA 3M8SA 3SZ2A 4Z0UA 4DTXA 1S5JA 4DLEA 1RT6A 3AVGA 4KHNA 1J5OA 4DSLA 3H08A 1JLBA 2OPRA 4DTNA 3K5OA 1QSSA 3PO4A 4QAGA 5KRTA 4FZXC 4OKEA 2RKIA 4DQSA 1C1CA 5HRNA 3NGIA 4CFCA 5KI6A 2AJQA 4W5NA 4TSXA 3AVIA 3ZSOA 2HHUA 4NYFA 2DFHA 4CGIA 4JRPA 3WNHA 4FZYA 2GV9A 3LZJA 1WSFA 3AO2A 3NAEA 4N47A 4CGDA 4FJKA 4I9LA 4FJNA 4CK1A 4HVJA 2OA8A 1WSEA 3M8QA 4I7FA 1T03A 2Q3SA 4F2SA 4FVMA 1G15A 1RBVA 4DFMA 3MEDA 3THVA 3HO1A 4RW8A 3PX0A 3MXMA 1B92A 3TAPA 3G10A 1TK0A 1SKWA 1HJRA 4J2AA 1YVUA 3L2UA 2PYJA 1HYZA 3LP0A 4G1QA 1WNSA 1BIZA 1SL0A 4Q0BA 1JL1A 4KHWA 3KK1A 3NF7A 4FK4A 3HYFA 4HHTA 3A2FA 2HVHA 2XY6A 3NH0A 3P1GA 1XHXA 1R0AA 1RBSA 1VSMA 3D0PA 5HP1A 4ZTFA 1RNHA 3DLKA 3QINA 4Y1DA 1U47A 4ZTJA 3QNNA 3OJUA 4DQQA 4CK2A 5HRPA 4OGCA 4KHQA 4AILC 3AO3A 3KK3A 1KFDA 1NK5A 4AHSA 1KTQA 1S1VA 4C8MA 1RTIA 4PY5A 1KFSA 1TGOA 3AA4A 3TABA 3NH1A 3L3VA 2P5OA 1BI4B 2ZD1A 3LP1A 4CEFA 4F2RA 4KAZA 2YKNA 3OYAA 4AHCA 4B3OA 1RDCA 1L3VA 3LZIA 2A1SA 4OGEA 2KFZA 4CJQA 3ISNC 1JLGA 3ITHA 1EP4A 3VQ9A 4M3UA 1UAXA 2WONA 1EXQA 1WLJA 3ZSWA 5SWMA 4KFBA 1LWFA 1UOCA 4CEDA 3NF8A 4FLTA 2DTUA 4DF4A 4FK0A 1S6QA 3V1RA 3TWHA 1C0MA 4LH4A 1RILA 3OYDA 1FKPA 4EP4A 4FJHA 4K8ZA 4RG8A 3CM5A 3L2RA 2ITGA 3OYEA 1MU2A 1Y97A 3QEWA 1NK4A 1ZBUA 3SJJA 1I39A 3HP9A 1Q9XA 4ID1A 1Q9YA 1ASVA 4OPKA 1ITGA 2YNIA 4CE9A 3ZT1A 3V9SA 3QESA 4LH5A 3OS1A 5C24A 3OYIA 3KLHA 1I3AA 3BGRA 3RR8A 4FK2A 4F8RA 4J2EA 1JLQA 1T8EA 4DSFA 4DQRA 2YNHA 1L3TA 4DU4A 3KIOA 5HRSA 3C6TA 3QIPA 1D9FA 1DTTA 3SCXA 5CZ2A 3V1OA 3AVFA 3G0ZA 1NK6A 4PUOA 1HQEA 3LP2A 1LAVA 4DTPA 3ZSYA 1U04A 4ICLA 4B9TA 3DRRA 3DMJA 2B4JA 1QSLA 3NDKA 2DFFA 3V9UA 3MAQA 3CG7A 4CESA 1QTMA 5HBMA 1VRTA 3VQ4A 1GOCA 3FFIA 3T19A 3I0SA 3K2PA 3OY9A 1IO2A 2GUIA 4GW6A 3K59A 1ASUA 3LALA 5J2NA 4AHVA 1NKCA 3VA3A 1VRUA 2B6AA 4ID5A 3VQCA 1IH7A 4CJTA 2G8KA 5DMRA 3OYHA 3VQAA 3CM6A 4Z4HA 4RW6A 3KD1E 3ZT3A 3PV8A 5CYMA 3TI0A 2Z1GA 3OYBA 4M3TA 3T3FA 5J1EA 2DFEA 4DWIA 3SQ4A 3V81A 4E1MA 3NHGA 1B9DA 2OPQA 4IFYA 5KGXA 3K57A 4O4GA 3CFOA 4CECA 1SV5A 3AO1A 3IRXA 2OZMA 4M3WA 3MEEA 4GMJB 4GVMA 3EY1A 3SI6A 1C6VA 3SYZA 3ZSZA 1J9AA 3RMCA 2QKKA 4C8LA 4HCBA 5KGWA 2VWJA 3VQ7A 3QEVA 2Z1HA 3NF9A 4N41A 2FBTA 2D0AA 4HUFA 1BI4A 4CF0A 2YHBA 4OLAA 3AVBA 4J2BA 2RN2A 1WSGA 4IDKA 1X1PA 3V9WA 3JYTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IG3 A;  4KPY A;  4M3R A;  4WQ5 C;  4CIF A;  4B9N A;  2CGL A;  3P4I A;  4BQL A;  4DQ8 A;  3C6U A;  3AVM A;  3LWL A;  2VJ5 A;  3FLC O;  3S3O A;  1QZ6 A;  4DV4 K;  4H0X B;  4WQ4 A;  4BAC A;  4ELV A;  3THX B;  5M1P A;  2D0B A;  4H0Y B;  1VQ9 N;  3DLH A;  1MWK A;  1RT3 A;  2I7N A;  3P5J A;  4EIA A;  1BO5 O;  4E7L A;  2ZWH A;  4IOC L;  1NOZ A;  3A5M C;  3AVJ A;  1TK8 A;  5AR0 A;  4OPJ A;  1GLB G;  2D4W A;  1HYV A;  2P9P A;  5AQV A;  3O3F A;  1U48 A;  2V7Z A;  2QK9 A;  5IZ7 A;  4PKI A;  5AQF A;  5ADX H;  4X5N A;  1X9M A;  4FJX A;  1EQY A;  5J2M A;  2G8V A;  3HT3 A;  1UA0 A;  2P1J A;  4DUY K;  4CF2 A;  3C6O B;  3M3Z A;  4DFP A;  1KVA A;  1HKB A;  4LY7 A;  4E19 A;  1JCG A;  4IZ9 A;  3SV3 A;  3VQQ A;  3KLG A;  3WQU A;  4BRO A;  4BE1 A;  2F96 A;  4E1J A;  3PO5 A;  2ZE2 A;  3MK6 A;  5F0X A;  1VSI A;  5HOO A;  3HPG A;  4DHY A;  1CXQ A;  1DEJ A;  3SJH A;  4KO0 A;  3A0I X;  4I6J B;  3CCQ N;  4JI7 K;  2IS3 A;  4F3T A;  1LWE A;  2D5R A;  3J2P A;  3H1Q A;  3I8B A;  2Q2R A;  1P90 A;  5I3U A;  5JLF A;  4QOZ B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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