3RMDA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to dna containing thymine glycol
Total Genus 283
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
283
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title A crystallographic study of the role of sequence context in thymine glycol bypass by a replicative DNA polymerase serendipitously sheds light on the exonuclease complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 283
structure length 902
sequence length 902
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rmdA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rmdA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rmdA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rmdA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rmdA03
3AO4A 1HQEA 3C6UA 3THVA 1BIZA 4KFBA 4OKEA 5K14A 4E7JA 2IC3A 4FZZA 3DLGA 4NCGA 4HUFA 2GUIA 1VK0A 4KB1A 1KLMA 4FLUA 1IG9A 1HJRA 3V1RA 1X9SA 3OYBA 3KLHA 4DQSA 2WOMA 3L8BA 1T7PA 3OJUA 1QE1A 3ASMA 2D5RA 4IG3A 3CFRA 3OYFA 2P5OA 1IKWA 3U6FA 3F73A 4AHTA 5DK5A 1JLGA 1NK5A 2ZQBA 4KI6A 1I39A 4M3XA 3DM2A 4CFAA 1NOZA 1TV6A 3AA5X 3VA3A 3MEEA 1RT5A 1HRHA 2DFHA 1CLQA 4AILC 4O5BA 1WSIA 4W5RA 1YVUA 3K5NA 4H4MA 3ZT4A 2GV9A 1NK4A 4W5NA 4Z4EA 2P1JA 3AVJA 4FJJA 1G15A 2IOCA 4IFYA 4QAGA 4B8AB 5HROA 3T1AA 1HYSA 3NF8A 1RBRA 3V9XA 4C8KA 3SPYA 2F96A 1JKHA 4FJ9A 1RTHA 1TKZA 2GBZA 5HLFA 3KLIA 4DSIA 2G8UA 4R5PA 4CECA 4RW8A 1RTJA 1W9HA 1Q8IA 4KV8A 4DTSA 4AH9A 2OA8A 3NGYA 2E4LA 4LH5A 4LSLA 4E7LA 1F21A 2Y1JA 4ZHRA 4EZ9A 2DFEA 1JLEA 1U04A 2BGGA 1TK8A 4N56A 4O0IA 3BDPA 1T03A 4IFVA 3L2QA 3EY1A 2Z1GA 2OYQA 4E3SA 4KHYA 5J2PA 3O4NA 4I7FA 4CK3A 3V6DA 3TWHA 2A1RA 1R0AA 1RT7A 4F3OA 1D9FA 1BISA 5FRMA 4FK4A 1XC9A 3D45A 1FXXA 3V9WA 4CFCA 3KK3A 4GVMA 3OYAA 4F2RA 1GOBA 2D0CA 4LD0A 2OZMA 3U3GA 2IGIA 1J9AA 4FJIA 4Z0UA 3HJFA 4CJTA 3HYFA 3EYZA 4PWDA 1ZBHA 2XRIA 2F8TA 2D0BA 5I3UA 3JSMA 4DFMA 3PV8A 1JLFA 1L5UA 1IKVA 3ZSXA 2RPIA 3SZ2A 3KLEA 1L3UA 1U47A 3M8PA 3RMAA 4M3TA 3SCXA 1VSIA 4EP4A 1Q9YA 4DU4A 4Q0BA 1WAJA 3CYMA 3DRPA 4IG0A 2OPRA 3VQ4A 3ZT2A 1KFDA 3VQQA 1TK0A 2HHTA 3RWUA 3VQ6A 3VN5A 4C8MA 4KTZA 1RNHA 4K8ZA 3KIOA 2AJQA 5JS1A 4DF8A 3A2FA 4AHUA 1LAVA 3ZSYA 3RTVA 2DY4A 2XO7A 2PYJA 1HNIA 1S1TA 4OPKA 2YNHA 4DTNA 3QNOA 5JS2A 3VQAA 3DLEA 2BDPA 4KO0A 3ZSRA 3HPHA 3WNEA 3G10A 1TKXA 2E6MA 2X74A 4O55A 4J2EA 4E1MA 5FROA 1WSFA 3DRRA 4CJQA 3OS2A 4E7IA 1VSJA 1JL1A 3KD5E 4M3UA 4CF0A 4DU3A 2ZD1A 1RT1A 2G8FA 3VQEA 4ICLA 4CJFA 5KRTA 1NK7A 4FZXC 1U4BA 4NCBA 4F3TA 3EZ5A 2O4IA 1RBUA 4FVMA 5CY4A 4OKKA 4B9LA 4FXDA 2YHAA 3M8QA 4M45A 3HM9A 2HHXA 4KB0A 4FJLA 4AHCA 3CFPA 1HNVA 4CGIA 4HCCA 4RW9A 4CHZA 4FLWA 3SQ2A 3CM5A 4Z4HA 4OKJA 4E7KA 2XY6A 2KFNA 4DQIA 1N5YA 3HP9A 3QERA 2KTQA 1X9MA 4FK2A 1NK0A 4N47A 1BHLA 3HP6A 3K58A 4HHTA 3C95A 4Y1CA 3VQ5A 1S6QA 4M3RA 4J2DA 4EP5A 2HHWA 1EX4A 1EP4A 2PYLA 1BQMA 4W5TA 2BANA 3OYNA 3M8RA 4DSLA 4B08A 4OGEA 3LPUA 5CYMA 1RBVA 3AV9A 4BDPA 3MAQA 1LW0A 3NFAA 1SL0A 3HPGA 4O0JA 3HO1A 3HVRA 4DSKA 4OJRA 3O3FA 3HPOA 3D0PA 1NJZA 1VSLA 3WNGA 3K57A 3M8SA 3MEGA 3K5LA 3PX6A 2DFFA 4ELVA 1X9WA 3L3VA 3KTQA 3SQ4A 2YHBA 3QINA 4KI4A 3E01A 4BACA 4CHPA 1LV5A 1B9FA 4JRPA 3TANA 1NKBA 4N76A 4FLXA 1NK8A 1DTTA 2VG7A 4C8NA 4JRQA 4FYDA 4DU1A 3HT3A 3MXMA 4HUEA 1BGXT 2QXFA 3LP3A 2FBTA 3S3NA 1ZYQA 3MECA 4N41A 4O4GA 5DMRA 3I0SA 4CJRA 4KHUA 1B92A 2RF2A 2IAJA 3RMDA 5J2QA 2G8VA 3CM6A 4NCAA 1VRTA 4ID5A 4LY7A 3OS0A 4KTQA 3UIQA 1VSEA 3NGZA 3V4IA 4NYFA 1TKDA 1C1BA 4QCLA 1VSKA 3K5OA 3LP1A 4GW6A 2E6LA 5SWMA 5FRNA 3LZIA 3VQ8A 3ZT1A 3VQ9A 1A5WA 1RCHA 4CF1A 2HVIA 4CK2A 2OPSA 1GOAA 3VQPA 3LWMA 1NKCA 4B9VA 2BE2A 1HPZA 4CJ4A 3FFIA 1CXUA 5SZTA 3SV4A 2ATQA 4FLTA 4Z4CA 1VSFA 3ALYA 4AHVA 1IKYA 2FBXA 1L3SA 2QKKA 5C42A 4CJPA 3DLRA 1UA1A 4FJ8A 1NK9A 3U3YA 1N6QA 3AVFA 1BI4A 3I0RA 4OVLA 4CJVA 3V9UA 3IS9A 3L2RA 4DSFA 5J1EA 4CGGA 3HSTB 1JXBA 1CZBA 3BGRA 1KSPA 4IKFA 3WNHA 3L2WA 3NDKA 4CESA 3TAFA 3ZSZA 4CHNA 1XI1A 4ELTA 3LAKA 4BE1A 1I3AA 1C1CA 4DQPA 2F8SA 5HRRA 1QQCA 4FLVA 1BI4B 4MQ3A 3PY8A 4JLHA 4J2AA 4RW7A 4F2SA 3T19A 3SUOA 5KRSA 3F9KA 4CJKA 3MEDA 3QNNA 1GOCA 3NF9A 3QIPA 3SNNA 4CEZA 3LWLA 5KI6A 2OPQA 4E89A 3SQ1A 1RT2A 1C0MA 1KLNA 2YV0X 3VQCA 4CF2A 4B3OA 3NE6A 5E41A 1LAWA 3QESA 2KFZA 4DTJA 3NF6A 3VA0A 1WSJA 3SUNA 1J54A 1UWBA 2A1SA 2B5JA 2RKIA 2WONA 4CCHA 3QEVA 1C0TA 1ITGA 1JLCA 4BWMA 3DLHA 1NK6A 1Z25A 3ISNC 4J2BA 3AO1A 3DLKA 3DLBA 1RBSA 3ZCMA 4CEDA 1S9GA 1RT4A 2YKMA 1CXQA 3RMCA 4CJEA 1TGOA 4FW2A 3PX4A 2HMIA 2YKNA 2W42A 4F8RA 3HK2A 4IBNA 3QLHA 4CEQA 3ZSWA 3ZSQA 2Z1HA 1WLJA 1KVBA 3B6OA 4CFBA 2Z1JA 5CZ2A 1VSMA 1B9DA 3SI6A 4KKOA 4LH4A 3NF7A 3ULDA 4BDZA 4PUOA 4IDKA 4FM0A 1VRUA 3OYJA 3PO4A 4CFDA 4CF9A 4K8XA 4B9MA 1NJYA 3NH0A 1LWEA 2FBYA 4DLGA 4JS5A 1IKXA 3C6TA 3S3OA 1ZBLA 3AVBA 2VG5A 3KLFA 3WNFA 4FK0A 2X6SA 1LW2A 1L3TA 1QTMA 3DYAA 3O4QA 3I8DA 3LZJA 3RR7A 3AO3A 2R7YA 2YNFA 1EKEA 1X1PA 3KKSA 1ZBUA 1O1WA 3O3HA 2IS3A 4HTUA 1RT6A 3DOLA 4CEAA 2VWJA 3L3UA 3KLGA 1BL3A 2I5JA 3MXJA 1S6PA 4G1QA 3AA2A 4CEFA 1JLAA 4RG8A 4KAZA 4DTOA 2Q3SA 3OJSA 3PX0A 1S1UA 2P51A 4CGHA 1S5JA 3NH1A 2B4JA 4DWIA 1RILA 2YNGA 4CHYA 3DMJA 1U48A 1SKWA 4DTPA 1LWFA 2KZZA 1SV5A 1WSEA 3VQDA 4QOZB 2Y1IA 1TKTA 3V9ZA 3JYTA 4FM1A 2YNIA 3QETA 3AO2A 4ZTFA 4CHQA 1TL1A 4B9TA 1XHZA 2HB5A 4E19A 3AA4A 3ITHA 1HQUA 3KKRA 3QEIA 1MU2A 1TL3A 2HNYA 2KW4A 5CYQA 3P83D 2XHBA 1K6YA 1QSSA 1BQNA 4H4OA 2HVHA 3LPTA 3OYHA 1VSHA 1FKOA 4CF8A 4CIEA 3TAQA 3LALA 2VG6A 4CERA 5HBMA 4FZYA 3AVGA 2G8IA 5KGWA 3TAPA 4N5SA 2DTUA 4MFBA 4Y1DA 1RTIA 4WE1A 3OS1A 3V9SA 4DS5A 1J5OA 1TK5A 3OYGA 4B8CA 4YFUA 4KHQA 3L2VA 4E1NA 3K5MA 4CIFA 1NJXA 4I9QA 5FDLA 4KTWA 1D5AA 2KQ2A 3CFOA 4DQRA 1SL2A 1HYZA 4GMJB 4CHOA 4KRFA 4I2PA 1LWCA 1Q9XA 2X6NA 4FJXA 3L2UA 3ZSOA 4BWJA 4CGFA 1D8YA 3RRGA 4M3ZA 3SJJA 1EXQA 2OPPA 1BCMA 2XY7A 5I42A 1YT3A 2VWKA 1JLBA 2Z1IA 3QEXA 2JLEA 3OYMA 1HMVA 4DTUA 1WAFA 4KHNA 1A5XA 1IH7A 4FJNA 4M3WA 1RDBA 3IG1A 4H8KA 4CEBA 4OPJA 4DLEA 2EX3A 4CGJA 3OY9A 3QO9A 3G0ZA 2ZE2A 4HUGA 4CJ5A 4O44A 4DTMA 4CEOA 1ASUA 2G8KA 2G8HA 2G8WA 2HNZA 4W5QA 5J2NA 4ELUA 3KD1E 4C8LA 1NJWA 1RDCA 1RTDA 2HHQA 1SUQA 4DMNA 5C25A 1SKSA 2LSNA 2PZSA 3V1OA 3TAMA 3OYCA 3DRSA 5C24A 4DF4A 1T05A 2OZSA 3AA3A 3SUQA 2EHGA 3IRXA 2QKBA 4DFPA 3PUFA 3OYDA 3NAEA 2XY5A 4EZ6A 2FC0A 2HNDA 1Z26A 1IO2A 3O3GA 1WSGA 4OLBA 1TVRA 1YTUA 5HRSA 3NBPA 1ZBIA 2ITGA 2HHUA 3ZT3A 1SKRA 4Z4IA 4FJMA 4F4KA 3NHGA 2FBVA 3KK1A 3OYIA 3AVMA 3S3MA 1W0HA 1ASVA 1WSHA 3LP0A 2IDOA 1RDAA 3C94A 1XHXA 1QHTA 1SL1A 4FW1A 4Q5VA 1UOCA 3RR8A 4KPYA 3ZSVA 3IAYA 4Z4GA 1BCOA 3AVIA 4CJLA 3VQBA 3SYZA 3P1GA 1WNSA 3HVTA 1KTQA 4YNQA 3OYLA 3DI6A 1UA0A 5D3GA 4CGDA 3CQ8A 1RDDA 3K2PA 5HRPA 5T7BA 3SV3A 4I9LA 1KVAA 3PO5A 3SPZA 1S9EA 4ZTJA 4DSJA 4DQQA 3LANA 4HCBA 3HXMA 3AVNA 1WN7A 1UAXA 5EU7A 1Y97A 4CJ3A 1CZ9A 3QEWA 1KFSA 1A5VA 1HYVA 1RT3A 3TAEA 1TAQA 4LSNA 1S1WA 3KJVA 4B9UA 5CZ1A 1RBTA 2RN2A 3AVAA 3OVNA 3CG7A 3TARA 4DFKA 3OYEA 4KHSA 1NOYA 1XWLA 1ZBFA 3ZT0A 1KRPA 1FKPA 3KK2A 4FJ5A 1U49A 4BE0A 4PQUA 4AHSA 5KGXA 3NH2A 2X78A 4BE2A 3RRHA 5HP1A 3MXIA 2XY8A 4DTRA 4JS4A 4FJ7A 2NUBA 2KZMA 4CE9A 4XIUA 5J2MA 1JLQA 4FLZA 4KREA 3T3FA 3AVLA 4DSEA 3AVCA 1C0UA 4TSXA 2JGUA 4W5OA 1U45A 2HHVA 2B6AA 1QSLA 4B9SA 1BIUA 3K59A 3P5JA 1QSYA 1C1AA 4RW6A 4NYNA 2O4GA 1KVCA 3V1QA 1JXEA 4B9NA 1TAUA 4FJGA 1ASWA 3LP2A 4FJHA 2ETJA 1T8EA 4FJKA 4DS4A 2HHSA 3SQ0A 2HW3A 4Z4FA 3LAMA 1DLOA 1REVA 3TR8A 5KTQA 1D9DA 3B6PA 3LDSA 1JL2A 4I2QA 4BDYA 1FK9A 4DG1A 3SUPA 3S9HA 1J53A 4CJSA 3TI0A 3VQ7A 1L3VA 2P5GA 3AVKA 4OGCA 2QK9A 1NKEA 3NCIA 4E7HA 4E0DA 4FCYA 3OYKA 4PA1A 1C6VA 4CJWA 1YTAA 4DFJA 4DTXA 4HVJA 4M42A 4CJUA 4ID1A 3V81A 1KCFA 3AVHA 5HRNA 3AO5A 4M41A 1DTQA 3HL8A 3RMBA 3TABA 4KHWA 4M3YA 2PY5A 4CIGA 1QS4A 4FLYA 2D0AA 3NGIA 4PY5A 3QEPA 4FM2A 1S1VA 4CK1A 1VSDA 3TAGA 3QIOA 3H08A 4OLAA 3DOKA 4AHRA 1S1XA 4UQGA 4CEEA 1EETA 4C8OA 4RW4A 4L8RB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AO4 A;  4OKE A;  4KFB A;  2IC3 A;  3AAP A;  3DLG A;  4NCG A;  4KB1 A;  2GUI A;  3OGL B;  3F2K A;  1HJR A;  5M1Q A;  3OYB A;  3KLH A;  1QQN A;  2WOM A;  3ASM A;  2LF6 A;  3OYF A;  1IV0 A;  1HR0 K;  1NK5 A;  2ZQB A;  1I39 A;  3FFK B;  4CFA A;  5BPL A;  1RT5 A;  4FWK A;  4W5R A;  3K5N A;  1VQ5 N;  1DT9 A;  3CCM N;  4Z4E A;  1OKJ A;  5HRO A;  3DXM A;  3T1A A;  3NF8 A;  4BRQ A;  1TUU A;  3BY5 A;  4C8K A;  3T1H K;  1JKH A;  2Q1N A;  4IOX A;  1TKZ A;  3IFR A;  2GBZ A;  4R5P A;  4XH1 A;  4RW8 A;  2P9N B;  2D4W A;  2E4L A;  5B8H A;  3ZET A;  1U04 A;  1YJ9 N;  2P9P B;  3ULE B;  4N56 A;  5LMU K;  2E1Y A;  2Z1G A;  3O8M A;  3E4Y A;  4I7F A;  4CK3 A;  2P9K B;  4F3O A;  2QXL A;  1D9F A;  5FRM A;  5GAE P;  2D0C A;  2OZM A;  3U3G A;  4FJI A;  1G99 A;  2GWK A;  4WFA L;  1ZBH A;  5I3U A;  3K9K A;  1L5U A;  3ZSX A;  1U47 A;  3RMA A;  4EP4 A;  1Q9Y A;  1WAJ A;  3CYM A;  2HBL A;  1TK0 A;  3VQQ A;  3VQ6 A;  4KTZ A;  4BRL A;  5JS1 A;  4DF8 A;  4B1Z A;  4CD1 A;  2DY4 A;  1VQ6 N;  1FZ4 E;  1HNI A;  4WQ5 C;  3AGK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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