3RMDA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to dna containing thymine glycol
Total Genus 283
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
283
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A crystallographic study of the role of sequence context in thymine glycol bypass by a replicative DNA polymerase serendipitously sheds light on the exonuclease complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 283
structure length 902
sequence length 902
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rmdA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rmdA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rmdA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rmdA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rmdA03
3RMDA 4AHTA 5CZ1A 5FRMA 1HQUA 4HTUA 1DLOA 4B9VA 3LANA 4PY5A 3OS0A 4FK4A 1TKTA 2YNHA 1KLMA 3AV9A 4BE0A 2HHSA 2XHBA 4C8MA 3V1RA 2HHXA 3TANA 1JLFA 4E7JA 4CJPA 3DM2A 4KV8A 3AO4A 2EHGA 4BDYA 1B9DA 4CEDA 2FBYA 3U3GA 1B9FA 4CEAA 1IKYA 1JXEA 3S9HA 4CF1A 4CECA 2W42A 4FM0A 2HW3A 3BGRA 4YNQA 5C25A 1KVAA 1KVCA 4HHTA 1JKHA 3AVLA 4RW6A 4E0DA 4M3RA 3SI6A 4IG3A 3NBPA 1RILA 4CHNA 4E1MA 3AA3A 3KD1E 3SPZA 3V9XA 1C6VA 3HP9A 3QERA 4CHQA 2RN2A 1B92A 3FFIA 3VQBA 4E7IA 1R0AA 4DSJA 1ZBIA 2VWKA 2KFNA 2YHAA 4KB0A 2F96A 4AHSA 1KSPA 4Z4FA 3NF9A 3KK1A 2PYJA 2JLEA 3ZT1A 3OYLA 4FJHA 4CEBA 4OJRA 2XY8A 1T05A 1D9DA 4CK1A 3VQ7A 4J2DA 4JRQA 4LD0A 2RF2A 3CYMA 1U4BA 3DLHA 4B9TA 2OPPA 3K58A 4FJKA 1J5OA 2KFZA 2B5JA 3DOKA 4OKJA 3D0PA 4Z4HA 2DY4A 1JLAA 3HYFA 4WE1A 4Q0BA 2WONA 5J2NA 3QO9A 3ZSQA 1QTMA 1BIZA 3AO1A 3OYAA 1SKWA 1NKBA 2QXFA 3AVBA 3OYGA 1XC9A 1KFSA 2HVIA 1JLEA 1NK6A 1CZ9A 1LWFA 3ZT4A 4CIFA 1BHLA 3O3HA 3L2UA 3V81A 4C8LA 1U45A 4B9SA 4NCAA 4EP5A 3G0ZA 3TR8A 3K5NA 3DMJA 4DG1A 4CGGA 4KHWA 3P5JA 1TKXA 4RW8A 2G8KA 4DTJA 1ZBHA 4AHCA 1EP4A 3KLEA 2D0BA 3AVIA 1TV6A 5HROA 1RDAA 4I2QA 4FK2A 3SV3A 3B6OA 2X6SA 1DTQA 4FJIA 4B3OA 4ELTA 1HMVA 3OY9A 4Z4IA 3SCXA 3SQ0A 3NGIA 4CFCA 4FK0A 1NK4A 3VQDA 1T8EA 1YTUA 2F8TA 2E6LA 4EZ9A 3SNNA 2HNYA 3E01A 1CXQA 1QHTA 3A2FA 1X9MA 1L3VA 1JLGA 3B6PA 1Q8IA 3LALA 4O44A 3K5OA 1J54A 2HNZA 4Z4EA 1KVBA 5DMRA 1KCFA 3ZSWA 1XHXA 3KLIA 4F3OA 1KFDA 1L5UA 4KHUA 4BDPA 2Q3SA 4CF8A 4DFMA 1REVA 4LSNA 4O0IA 3NF7A 1TL1A 2RKIA 4OVLA 3DRPA 2GBZA 3KTQA 3TAMA 3DYAA 1BQNA 3QEVA 4FM1A 1RCHA 1LAWA 4N47A 3VQQA 4GMJB 5HRPA 5KGXA 4FJJA 1HYZA 3NCIA 4IG0A 4JRPA 5SWMA 4FJGA 4KHQA 4KHYA 3OYMA 4PA1A 4DTPA 1HJRA 1NKCA 4OPJA 3LP2A 2G8VA 1C0TA 1NJYA 3I0RA 3ZSVA 4IKFA 3IG1A 3MEGA 5FRNA 4Z4GA 2P5OA 3KLFA 3T3FA 5J2PA 3LAMA 2EX3A 4CHYA 5DK5A 4ZHRA 2GUIA 3OYHA 2GV9A 4DS4A 4CGHA 2ITGA 4YFUA 3NH0A 4CGFA 3L2QA 4OGEA 3AVCA 4CEOA 1X9SA 1IKXA 1C1CA 1IKWA 1O1WA 2P1JA 2YNGA 1I39A 1UA0A 1QSYA 4FYDA 4ELVA 4OPKA 2Y1IA 2VG7A 1RTJA 2G8FA 5HLFA 1D8YA 3RRGA 3K2PA 4M41A 3MXJA 4CJTA 3V9UA 2AJQA 4DFKA 1BIUA 1WAJA 1IH7A 3VN5A 1NJWA 1HYSA 3UIQA 2F8SA 3HXMA 1UAXA 3VQCA 1RBSA 4DTOA 4DSKA 1VSFA 3SJJA 3RRHA 4FLXA 1D5AA 3K59A 2IC3A 1Q9YA 4CCHA 5HRNA 1BQMA 4QAGA 3KK2A 4CIEA 3NGYA 4CJ5A 3DI6A 3QNNA 3OYCA 3SUPA 4CHOA 4UQGA 4CEEA 3KLHA 1ITGA 1BL3A 3AO5A 4FJLA 3OYNA 3K57A 3QESA 4FLWA 3AVFA 4DLGA 4B9MA 4MFBA 4CESA 1KTQA 1QE1A 1A5VA 1NK7A 3KKSA 4HUFA 2BDPA 4E89A 2X78A 4TSXA 1WSGA 3HPGA 4FJ9A 5JS2A 3L3UA 5KGWA 2ZE2A 3AVJA 3SZ2A 3RTVA 4HCCA 3VA3A 1KRPA 4CJEA 4KHNA 1Q9XA 3P1GA 5KRTA 3MECA 1C0MA 4CFBA 4BDZA 1DTTA 3V9WA 4C8KA 3IAYA 3AVKA 1S1UA 3NFAA 2DTUA 2KW4A 3WNGA 1J9AA 1NJXA 1VSIA 4W5RA 1T7PA 2QKBA 3HO1A 4BE1A 1ASVA 2HB5A 3VQPA 3MXIA 2DFFA 3ALYA 3PO5A 1BCMA 3M8QA 2R7YA 1FXXA 4CJFA 3PO4A 3CQ8A 1RBTA 1RT3A 4DF8A 3O4NA 3NDKA 3SV4A 1WN7A 3CFRA 1EXQA 3KK3A 1KLNA 2OZSA 5CYMA 3VQEA 4F2RA 3ZSXA 3S3NA 4Y1CA 3OJSA 3SQ2A 4DFPA 2KZMA 3AVAA 3PY8A 4KPYA 3ZSRA 1LV5A 4RW9A 3TABA 3U6FA 3L2VA 3VA0A 1RT4A 3JYTA 4DU4A 4CJKA 1JLCA 3PUFA 3LPUA 1TK8A 4N56A 2HHWA 3PX4A 4KI6A 1NKEA 4DQIA 3ZSZA 4ZTJA 1LWCA 1RDDA 3CFPA 3DLKA 4FCYA 4CJVA 1VK0A 3RR8A 1HQEA 4CHPA 3O3GA 1F21A 1UA1A 1LAVA 4NCGA 2P5GA 4NYFA 4F4KA 4KRFA 3NE6A 1W0HA 2YNIA 2G8IA 3U3YA 1S9GA 4CJWA 1NOYA 4G1QA 2D0AA 2VG5A 1EX4A 3T19A 3T1AA 3C94A 3TI0A 4DSLA 3OJUA 3O4QA 4CJQA 4F8RA 2Z1JA 4FJ8A 1NOZA 1C1BA 4W5QA 1RTDA 1W9HA 4ZTFA 4N41A 1RT1A 2OPQA 3LZIA 2XO7A 3RMCA 4W5NA 1VSEA 5E41A 1LWEA 1JL2A 4CEFA 4HUGA 5I3UA 4AHVA 3L2RA 3C95A 4DTRA 4CFAA 4E3SA 5CYQA 1CLQA 3LP0A 2QKKA 1RT7A 4AHRA 3K5LA 4C8NA 2B6AA 4EZ6A 4IBNA 3ASMA 3TAQA 3HT3A 2P51A 4F3TA 2FC0A 4FM2A 1S5JA 2OYQA 4NCBA 3AA2A 1RDCA 3ZT0A 1C1AA 1LW0A 2Z1HA 5C42A 3KLGA 2JGUA 1RT2A 4B9UA 2FBTA 2NUBA 2YV0X 3CM6A 4AILC 4CGDA 4CF9A 2XY7A 1U48A 1IG9A 1TK5A 2PYLA 1IKVA 1NK8A 1UOCA 4FVMA 2G8HA 1QSSA 3M8SA 1D9FA 1TVRA 4Z4CA 4QCLA 4FJNA 1LW2A 1CXUA 1ZBUA 2DFEA 3L2WA 1N5YA 2IAJA 4OKEA 4BACA 4QOZB 3THVA 1K6YA 4CJ3A 2DFHA 3SUOA 4IDKA 2HVHA 3TARA 4GW6A 3TAPA 4DU3A 5D3GA 2O4IA 4Z0UA 5HBMA 1RT5A 4LSLA 2HMIA 2OPRA 4FLYA 3QIOA 1MU2A 3OYBA 4FZYA 3V9SA 2E4LA 3AO3A 4HCBA 1RBUA 2ZQBA 4DU1A 4M42A 1S6QA 3QIPA 4DTMA 2IOCA 4MQ3A 4M45A 5EU7A 4W5OA 1TAUA 4LH5A 1QS4A 1XI1A 2YHBA 4PWDA 3DLGA 3VQ9A 1JL1A 4O0JA 4Y1DA 3BDPA 2I5JA 4CJUA 4E7HA 5J2QA 4KHSA 5SZTA 5CZ2A 1GOCA 2FBXA 1VSMA 1SKRA 1TKDA 3SUQA 3P83D 1S6PA 3TAEA 4I9QA 4DSEA 1ZBLA 1TK0A 5JS1A 5HRRA 3SPYA 4J2AA 3F9KA 3NGZA 3V6DA 3SQ4A 2HHTA 3LDSA 4DS5A 3DLBA 4KREA 4B8AB 1WAFA 2QK9A 1X9WA 4KTWA 4K8XA 4OGCA 4I2PA 3HK2A 1L3SA 1I3AA 4KAZA 2RPIA 3G10A 3LWMA 4H4OA 3WNEA 4C8OA 3ZCMA 1L3UA 3SQ1A 4M3YA 1RT6A 1VSHA 3C6TA 3OVNA 1ASWA 1TAQA 3HVRA 2HHVA 1RTIA 3HPOA 4CGIA 3ISNC 3LAKA 1EKEA 1RBVA 1RTHA 4OKKA 1VSJA 1FKOA 3LPTA 3NH1A 3IRXA 1Z26A 4RW4A 1SL2A 2BGGA 1JLBA 4M3XA 3HSTB 3VQ5A 4FLZA 1HRHA 1VRUA 1XHZA 1HNIA 3PX0A 3PX6A 3KD5E 3O3FA 1ZYQA 3DRRA 3RMBA 4CJ4A 4E19A 4ELUA 4BWJA 3QNOA 3VQ6A 1WSFA 4ICLA 4FZXC 3JSMA 4FLUA 3AVNA 1ASUA 2BANA 2LSNA 4CF2A 4PUOA 3V1OA 4CERA 3ITHA 2E6MA 4CF0A 1NJZA 4FZZA 3HL8A 4RG8A 4XIUA 4DQPA 2X6NA 5J2MA 2FBVA 3IS9A 5FDLA 3S3MA 4FLVA 4CJLA 2B4JA 3MEDA 3TWHA 3LWLA 4BE2A 3H08A 3NF8A 1G15A 3WNHA 3F73A 1VSKA 2XY6A 4M3ZA 2PZSA 4DWIA 4DTNA 3RMAA 1VRTA 2IDOA 3V1QA 2OPSA 1S1WA 3WNFA 3QINA 3PV8A 4FLTA 3ZSYA 4J2BA 1WSEA 3NF6A 1HYVA 4BWMA 2OZMA 4I7FA 3NAEA 3RWUA 4CJRA 4CK2A 5HRSA 4FW2A 4DFJA 4DQSA 1WSJA 2KZZA 1BCOA 1TKZA 3ZT2A 2YNFA 1U47A 5CY4A 4PQUA 2HHQA 4N76A 4CEQA 2XY5A 3EY1A 4W5TA 4OLBA 3I0SA 3OYDA 4FJXA 4H8KA 2BE2A 4F2SA 1FK9A 1YT3A 2ATQA 4EP4A 1X1PA 1RNHA 5FROA 3OYFA 2IGIA 3AVHA 4FJMA 4CFDA 4DQQA 1N6QA 5J1EA 4Q5VA 1S9EA 2HNDA 4O4GA 3NH2A 4E7KA 3S3OA 1EETA 1YTAA 4DMNA 4KB1A 1QSLA 3HJFA 5I42A 4GVMA 4JLHA 3EYZA 3NHGA 2Y1JA 2A1RA 1SKSA 1WSIA 2KTQA 3OS2A 4IFYA 3M8RA 4B8CA 4N5SA 4FJ7A 4B9NA 4DTUA 4DTSA 1Y97A 3DOLA 1GOAA 1S1XA 1WNSA 3ZSOA 4I9LA 3TAGA 2ETJA 3DRSA 4R5PA 1JXBA 3QEIA 3C6UA 4HVJA 4DLEA 4E7LA 2VWJA 1JLQA 3MXMA 4DF4A 3AVMA 1YVUA 1HPZA 1BI4B 3OS1A 3ULDA 3SUNA 1FKPA 1TL3A 2VG6A 3D45A 2PY5A 3OYEA 1NK9A 5HP1A 4JS5A 1S1VA 3MEEA 5T7BA 4FXDA 3AA5X 3HVTA 3LP1A 4M3TA 3CFOA 4M3WA 3RR7A 4DTXA 3DLRA 1U04A 4LY7A 2G8WA 1WLJA 1CZBA 4FW1A 4CJSA 1ZBFA 3HM9A 4E1NA 3OYKA 4CHZA 2HHUA 4CGJA 3OYIA 4DSIA 1A5WA 1C0UA 2D0CA 1SV5A 1VSLA 3LZJA 4JS4A 4B9LA 1VSDA 1TGOA 1UWBA 4O5BA 3L8BA 2Z1GA 3OYJA 3V9ZA 2ZD1A 4KTQA 4OLAA 4KI4A 5KI6A 3HP6A 1IO2A 1SL1A 3TAFA 3KKRA 5KRSA 4K8ZA 5KTQA 3LP3A 2IS3A 1RBRA 2O4GA 3I8DA 4CE9A 3L3VA 4AH9A 3QEXA 4J2EA 3AVGA 4DSFA 2WOMA 4ID5A 2XRIA 3M8PA 4HUEA 1GOBA 2Z1IA 4O55A 3HPHA 5C24A 3MAQA 1U49A 1SL0A 4KTZA 4B08A 1Z25A 2X74A 3QETA 3KIOA 3DLEA 1HNVA 5K14A 3QEWA 1QQCA 2KQ2A 1NK0A 1BGXT 4M3UA 3CG7A 1J53A 1SUQA 2YKMA 2D5RA 3KJVA 2OA8A 3ZT3A 3AO2A 4KFBA 1RDBA 4RW7A 4CEZA 4CK3A 1T03A 4IFVA 4CIGA 4L8RB 3K5MA 4NYNA 1XWLA 2YKNA 4KKOA 4LH4A 1S1TA 3VQ4A 3SYZA 4FJ5A 4KO0A 1WSHA 1NK5A 4H4MA 4DQRA 1L3TA 2A1SA 1A5XA 3QEPA 1BI4A 3VQ8A 4ID1A 4AHUA 3EZ5A 3AA4A 3QLHA 3V4IA 2G8UA 1BISA 3CM5A 3VQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2VG7A 3CD6N 3K2PA 2O8BB 1XVDE 4AKIA 1IH7A 2YHWA 3VQCA 4RCHA 3FFKB 3THYA 4DR6K 4FWMA 4YOVA 1XVCE 5HRNA 1BQMA 1VQLN 4AKGA 2KHOA 4UQGA 1BL3A 3AO5A 5AFUH 4FLWA 3H1VX 4MFBA 4B3OA 3WSOA 2X78A 5AQIA 4B1VA 5KGWA 2PFVA 4HCCA 3THWB 1BUPA 3N4QA 2NRWA 1Q9XA 3P1GA 5KRTA 3ZLJA 3NVKA 1HNZK 1MA9B 1XNRK 2DTUA 1T7PA 3HO1A 4I6JB 2O8EB 3ID8A 4BE1A 4DKWA 3CCVN 2FXUA 2W6KA 4B1XB 3T1HK 4JYAK 5AQZA 3CFRA 3KK3A 5CYMA 1Q81O 3OJSA 3SQ2A 4A2AA 4DFPA 3PY8A 3TABA 2O8BA 1RDUA 2YHXA 4PKHA 5BR8K 1RT4A 2HHWA 3PUFA 1XMQK 1NKEA 3TTCA 1VK0A 1YF5L 2VWBA 4G9ZA 3SAFA 3NE6A 2CGLA 2YNIA 1L3VA 3T19A 1EX4A 4X62K 4PKGA 2RHKA 2NRHA 3O4QA 1NGBA 1NLVA 5GAHP 4W5QA 5CHIA 1Q86O 1RDWX 4O8KA 1RT1A 2OPQA 3LZIA 3CCMN 1LWEA 3THWA 4BRMA 4E3SA 3LP0A 4AHRA 3K5LA 1NMDA 3O80A 4IBNA 2QEXN 2FC0A 2UXDK 2E20A 2O8EA 3CC2N 3IFRA 1NK8A 1UOCA 2G8HA 1HKCA 5AQYA 4JNEA 3QBXA 1CXUA 2YI1A 2P9SB 4BACA 1XMGE 3SUOA 2GWKA 2HVHA 4FL9A 3TARA 1VHXA 1RT5A 1J6ZA 1FYZE 4FZYA 1S6QA 4MQ3A 3CJ9A 4ICGC 1P8ZA 2F4VK 3TL8B 4PWDA 1QZ6A 2A42A 3VQ9A 2FF6A 1QHAA 2I5JA 4E7HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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