3RMDA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to dna containing thymine glycol
Total Genus 283
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
283
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A crystallographic study of the role of sequence context in thymine glycol bypass by a replicative DNA polymerase serendipitously sheds light on the exonuclease complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 283
structure length 902
sequence length 902
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rmdA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rmdA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rmdA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rmdA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rmdA03
4ZTFA 1BIZA 4FLWA 5C24A 4NYNA 1S1UA 2VG7A 2PZSA 2G8WA 1RTDA 4FJNA 2X6NA 4Z0UA 5T7BA 3HPGA 3QNNA 4KHNA 4DFKA 2IOCA 1RBVA 3ZT4A 3CFRA 3ZCMA 1LV5A 4NCBA 3G0ZA 4PY5A 3RWUA 3HPOA 4FW1A 4E89A 1HYVA 2VG5A 1LWCA 1VSHA 2XY6A 1RDCA 4RW7A 3VA3A 4CGHA 4DU4A 4K8ZA 1CXQA 3ZSWA 1WAJA 4DTXA 4CJLA 3OYMA 4W5NA 3ZT2A 1U45A 3V9ZA 1SKWA 4ID5A 3DLHA 3P1GA 4AHUA 3MEGA 4KPYA 4E0DA 4EP5A 2GUIA 1QS4A 3TR8A 3K58A 4O44A 2X78A 4BWJA 3IS9A 5SZTA 3QIPA 2HHQA 1FKOA 1ZYQA 3DRSA 4CFBA 1B92A 1VRUA 1C0UA 4OGCA 4LD0A 3QESA 2XO7A 1SL2A 4FM1A 3T19A 4O0IA 3V9WA 1RT7A 1BQNA 1TL1A 3QLHA 2E4LA 2OPSA 1EKEA 3L2VA 3SZ2A 2B5JA 5E41A 2KFZA 3KD5E 2HNDA 4CEOA 3PX4A 2D0AA 1KRPA 4O55A 4CFAA 1U04A 4CHYA 3QEWA 1D9FA 1TL3A 3CM5A 2HHVA 3DLGA 3CFOA 1FKPA 1C0TA 2RPIA 2XY5A 1U48A 2OA8A 5DMRA 1S5JA 4FJ7A 4OKEA 4FJGA 1I3AA 2RKIA 2O4IA 3AVBA 4F3OA 3K5OA 1SKRA 4EZ9A 3KK3A 1JL2A 4CHOA 4CHPA 4Z4HA 1TK8A 4Z4EA 4DFJA 1NK5A 1KFDA 1NJZA 1NK0A 3DLKA 2PYJA 1JLAA 1RDAA 4M3XA 1VSEA 4E7JA 3L2UA 1XC9A 4FLXA 1RT1A 4KV8A 1A5XA 2RF2A 3NFAA 4R5PA 3TWHA 2D0CA 1RBRA 1YVUA 3AA5X 3KKSA 4FXDA 3AV9A 4B08A 3V6DA 3WNHA 4IFYA 4LSNA 4AHSA 4UQGA 1X9MA 2VG6A 3QERA 3VQ9A 4IFVA 1BI4A 5HRSA 2YNFA 3LP3A 4B9NA 3DM2A 2HHTA 3U3YA 3OS1A 4FJ8A 4ZHRA 2OZMA 1UOCA 2YKNA 1TV6A 5HP1A 1IKXA 1RDDA 4FJLA 2DY4A 2P5GA 4FLTA 3OYFA 1Y97A 2KQ2A 2Z1IA 1CXUA 4HUFA 4L8RB 5J2QA 2Y1JA 4KKOA 1Q8IA 4OPKA 4DFMA 4DU1A 1Q9YA 1HMVA 1L3UA 1O1WA 3AO1A 4M3UA 4ID1A 3RMCA 1S1VA 5FRMA 3O3GA 4OPJA 3OYIA 3QEXA 3V9UA 1LAVA 4DF4A 1KSPA 4CF8A 3QNOA 3NGYA 3S3MA 1IH7A 1RT5A 2DTUA 2E6LA 3C6UA 5CZ1A 3HVTA 1TKDA 1X1PA 3T1AA 4KFBA 1GOBA 1L3VA 4KTZA 3HP6A 1SL1A 4CJTA 4DQQA 1KTQA 4IG0A 3ISNC 3U3GA 1SL0A 1X9WA 3F73A 1A5WA 2ZD1A 2FBYA 3DLEA 2HVIA 5I3UA 1N5YA 3ITHA 3ZSQA 4KAZA 1BISA 4YFUA 3HP9A 1WSGA 4DTOA 4B3OA 3I0RA 4CHQA 1VSLA 1NK4A 4Z4IA 4CESA 2DFHA 4DF8A 3B6OA 3SPYA 2ETJA 1L3TA 1NJYA 4KREA 3AVLA 4B8AB 4BACA 3AVNA 4FM2A 1J5OA 1TK5A 1QTMA 1QSLA 1TKZA 4KTWA 1ZBUA 4ICLA 4OKKA 3D45A 4KHWA 1KLNA 3RR7A 2HHSA 4FJ9A 1RCHA 1C6VA 3DOKA 4CHNA 3LZJA 3OY9A 3OYDA 4J2EA 3ULDA 1NKEA 5EU7A 3D0PA 3CQ8A 1TAUA 4CE9A 1C1CA 3K5LA 5JS1A 2IAJA 3V1RA 4KHYA 4OJRA 4CEZA 4IKFA 4F2RA 2P1JA 5I42A 2IS3A 1ZBLA 1F21A 4RW9A 4Y1CA 3CM6A 4CJ4A 4J2AA 3WNGA 2YHAA 2XHBA 4JLHA 3P5JA 3BGRA 2VWJA 1RDBA 1NKBA 5K14A 1KVAA 3RTVA 1WSFA 3KD1E 4M45A 4FJKA 4M3ZA 1NOYA 1LWFA 4O5BA 3L2WA 2EX3A 3KLGA 1U4BA 3V9SA 1U47A 3ZSYA 4KTQA 3ZT0A 2GBZA 3OYJA 3KLFA 3PX0A 3VQBA 2XY8A 1BCOA 1VSJA 4K8XA 1IKVA 4RW8A 1S9EA 3LP1A 4DSEA 4DTPA 1JXEA 2FBVA 1W0HA 3OYKA 3OJSA 4BDZA 1SV5A 4FW2A 4FLYA 3PY8A 4E1NA 3LPUA 4F3TA 1RT2A 3TAQA 1RT3A 4PA1A 4CFCA 3I8DA 1NOZA 1K6YA 4CJFA 1L3SA 4CF2A 3OS2A 4HCBA 3K2PA 1XI1A 1N6QA 1TGOA 1T7PA 2PYLA 1KVCA 3RR8A 1IKYA 4CJWA 1VSDA 1NJXA 1HJRA 4N56A 3VN5A 5FDLA 4AHCA 3O3FA 3OYNA 1WSIA 1JLFA 5SWMA 3VQPA 4CJQA 3JYTA 1X9SA 2BDPA 4PWDA 4J2BA 3DLBA 1TAQA 1C0MA 3NHGA 3TAFA 3V81A 4FM0A 2BE2A 4H4OA 1NK7A 1XHXA 2A1SA 1HNIA 2ZQBA 3OJUA 1BHLA 2RN2A 4FJMA 4FZYA 1JLGA 1HQEA 3HSTB 4N5SA 4E7LA 1HNVA 3PX6A 2IDOA 1SKSA 3KLIA 1S6QA 3L2RA 3NGIA 2GV9A 3HPHA 3C6TA 3L3UA 4DS5A 4CCHA 4DQPA 2WONA 4CJ3A 4B9SA 1IG9A 1YT3A 4QAGA 2Q3SA 1T05A 3SV4A 4PQUA 1SUQA 3LAKA 5CZ2A 3AO5A 4BE1A 1NK6A 1T8EA 4CEBA 4H8KA 3HJFA 4LY7A 3VQAA 2F8SA 5HBMA 4I9LA 3KK1A 2HMIA 1CZBA 1LAWA 1BCMA 4IG3A 4Z4GA 3IAYA 1EETA 1I39A 3AVFA 2WOMA 3H08A 5KGWA 4CF1A 5HRNA 1VRTA 1GOCA 3IRXA 1UA0A 4EZ6A 3OYGA 2OPRA 4CIGA 4HHTA 4DSKA 3F9KA 1CZ9A 3V1QA 2DFEA 4HTUA 2F96A 1RTIA 3RRHA 4YNQA 3ZSVA 3OYCA 4JS5A 4QOZB 1G15A 3AA3A 2LSNA 4RW4A 3MXIA 4CERA 3LANA 4RW6A 1JLCA 3QETA 1QQCA 2HW3A 1WSHA 1KFSA 1TVRA 4GVMA 3S9HA 1EP4A 3KJVA 3AVIA 4CK1A 3SYZA 1LW2A 4CK3A 3OYHA 1Z25A 4C8OA 4DG1A 5HROA 1JLEA 1C1AA 4MQ3A 3AVMA 4DTMA 3AA2A 3VQQA 2EHGA 4N76A 3VQ8A 4KHSA 3OS0A 3QINA 4WE1A 4CEDA 2XRIA 3NBPA 3G10A 3HT3A 4DTNA 3SUNA 4CK2A 1NKCA 2YNHA 4B9MA 4HUEA 4DTJA 3HM9A 1UA1A 4E3SA 3KKRA 4JRPA 1JL1A 5HRPA 4DWIA 1WAFA 4F8RA 1TKXA 3OYAA 3OVNA 1Z26A 1WSJA 4LSLA 1IO2A 2BGGA 4KI4A 1RTHA 4N41A 1TKTA 3VQ5A 3KLHA 1Q9XA 2Z1HA 1S9GA 3L3VA 3LZIA 3QEIA 3LWMA 3DOLA 2AJQA 3SQ4A 5KGXA 1DTQA 4H4MA 3K57A 4DTRA 2I5JA 3QEPA 4OGEA 3SQ0A 4B9UA 3PO5A 4LH4A 5J2NA 1L5UA 2OZSA 1NK8A 2QKKA 4CGJA 3NAEA 3NH0A 3SQ1A 1CLQA 3KTQA 3AO2A 4KB0A 1VSKA 3B6PA 5CYMA 1HPZA 2OPQA 4FZZA 2Y1IA 2QXFA 2YKMA 4PUOA 4M3TA 1UAXA 4NCAA 2YHBA 4M3RA 1S6PA 4FLUA 1T03A 4DTSA 5CYQA 1LW0A 2JLEA 4DSFA 1KVBA 5KRTA 1XWLA 2G8UA 3MEDA 3RMBA 1EX4A 3DMJA 3NF7A 4EP4A 4BE2A 3O4QA 3IG1A 3C95A 4AHVA 4CJPA 1R0AA 4QCLA 3UIQA 3DYAA 3U6FA 3QEVA 4I2PA 4B9LA 4ELUA 1J9AA 4OLAA 3HVRA 3K5NA 4LH5A 4I2QA 3VQ7A 4CIEA 4AHRA 4FK4A 3VQEA 4KHUA 4KI6A 4CFDA 3HYFA 1RT6A 3JSMA 2B4JA 4C8LA 3SJJA 4DQRA 2YV0X 3DRPA 4W5QA 2KZMA 1EXQA 2HHUA 3K5MA 4E7HA 3OYEA 4CJSA 1S1WA 3QO9A 4FYDA 4CEFA 3C94A 4KB1A 4FJIA 3AVHA 3TAMA 3LWLA 4FLVA 3RMAA 2E6MA 3HL8A 4C8MA 3EZ5A 3PV8A 4XIUA 3NH1A 3V4IA 4FJJA 3NDKA 5KI6A 3S3NA 3ZSRA 2IC3A 1RILA 4O0JA 3VA0A 1JLQA 4CJVA 1JLBA 3OYBA 4AHTA 4BDYA 3V9XA 4NCGA 2KW4A 4CEQA 5C25A 2NUBA 1RTJA 2ZE2A 3LP0A 3LDSA 3WNFA 3NF6A 2DFFA 2HB5A 4DLEA 4FVMA 2HNYA 1FXXA 4F4KA 3VQDA 3HXMA 3SCXA 1ASWA 1D8YA 1HRHA 4BDPA 1S1XA 1BL3A 4CECA 5KRSA 4DQSA 5FRNA 4W5OA 3BDPA 5JS2A 3S3OA 4NYFA 3A2FA 4OKJA 2O4GA 2G8FA 1MU2A 2FC0A 3ASMA 4DSIA 5HRRA 5FROA 3VQ4A 3ZT3A 4JRQA 2P5OA 1JXBA 3THVA 4F2SA 3PUFA 4FK0A 3KLEA 2QK9A 4GW6A 2G8IA 3HK2A 1B9FA 3SUOA 3M8SA 4MFBA 4DLGA 1REVA 2HHXA 2D5RA 1NK9A 4CJEA 3MAQA 2KZZA 3K59A 3ALYA 1A5VA 1YTAA 3KK2A 3NE6A 4FZXC 4IDKA 1D5AA 3SUQA 3SI6A 3LP2A 4CGDA 1D9DA 4B9TA 4FK2A 1DLOA 2F8TA 4Q0BA 3AVGA 4CEAA 4CEEA 2HHWA 4KRFA 1WLJA 2FBXA 2X6SA 1FK9A 5J2PA 4B9VA 2R7YA 1BQMA 3I0SA 2YNIA 4OVLA 4C8NA 4DU3A 3L2QA 4DS4A 1QSYA 4HCCA 3NF9A 3LPTA 3P83D 3ZSOA 4M3WA 4W5TA 4E19A 1J53A 4N47A 3AO3A 2QKBA 4DQIA 4KHQA 3HO1A 3SUPA 1ITGA 4E7IA 2KTQA 4FLZA 3O4NA 4CJRA 3ZT1A 1U49A 4CJUA 3OYLA 2VWKA 4BE0A 3NGZA 1C1BA 3T3FA 4AH9A 4Y1DA 4I9QA 4M3YA 3TI0A 2P51A 1YTUA 4B8CA 3SNNA 2B6AA 5C42A 3ZSXA 3AVAA 3SQ2A 1RBTA 4CJKA 3CG7A 3MXJA 3NF8A 4DFPA 3TANA 1QSSA 1WNSA 3KIOA 3NCIA 3TAGA 4W5RA 2JGUA 4M42A 1VSMA 3CFPA 5CY4A 3M8PA 2XY7A 4BWMA 3ZSZA 3TAPA 2ITGA 1HYZA 4M41A 1GOAA 3TAEA 1BI4B 3LALA 2X74A 5J2MA 1BGXT 1QE1A 3TARA 4FJHA 3VQCA 4J2DA 2HVHA 3NH2A 3WNEA 1J54A 5KTQA 4DSLA 4ELVA 4I7FA 5DK5A 4DSJA 2FBTA 4Q5VA 2PY5A 4JS4A 3DI6A 1ZBFA 2G8KA 1KLMA 3QIOA 3PO4A 3O3HA 4DMNA 1IKWA 1RT4A 4ZTJA 2IGIA 1RBSA 4KO0A 4CIFA 4DTUA 3AA4A 3AO4A 1DTTA 3E01A 2G8VA 3SV3A 1XHZA 3MEEA 1WSEA 4E1MA 2OPPA 2YNGA 3L8BA 3RRGA 2OYQA 1VSFA 1VK0A 3FFIA 3V1OA 4Z4FA 5J1EA 1TK0A 1BIUA 4Z4CA 3DRRA 4ELTA 3M8QA 4HUGA 4RG8A 1KCFA 4C8KA 3SPZA 1B9DA 2W42A 1HYSA 2G8HA 4TSXA 3CYMA 3EYZA 3EY1A 5HLFA 1ZBIA 3VQ6A 4OLBA 1WN7A 4CGFA 4GMJB 3M8RA 2BANA 2KFNA 4CF0A 4FCYA 2Z1GA 3MXMA 4HVJA 1ASUA 2HNZA 3DLRA 2D0BA 4AILC 2Z1JA 4CGGA 1RBUA 4CF9A 1UWBA 2ATQA 4FJXA 1LWEA 3AVKA 3AVJA 4CJ5A 1ZBHA 3AVCA 3MECA 1S1TA 3LAMA 4E7KA 4FJ5A 1ASVA 1VSIA 3TABA 1W9HA 1QHTA 4O4GA 4CHZA 1RNHA 2A1RA 3RMDA 1HQUA 4G1QA 4CGIA 1JKHA 1NJWA 5D3GA 4IBNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4DTU A;  3AA4 A;  3AO4 A;  1DTT A;  3E01 A;  2G8V A;  3SV3 A;  1XHZ A;  3MEE A;  1WSE A;  4E1M A;  2OPP A;  2YNG A;  3L8B A;  3RRG A;  2OYQ A;  1VSF A;  1VK0 A;  3FFI A;  3V1O A;  4Z4F A;  5J1E A;  1TK0 A;  1BIU A;  4Z4C A;  3DRR A;  4ELT A;  3M8Q A;  4HUG A;  4RG8 A;  1KCF A;  4C8K A;  3SPZ A;  1B9D A;  2W42 A;  1HYS A;  2G8H A;  4TSX A;  3CYM A;  3EYZ A;  3EY1 A;  5HLF A;  1ZBI A;  3VQ6 A;  4OLB A;  1WN7 A;  4CGF A;  4GMJ B;  3M8R A;  2BAN A;  2KFN A;  4CF0 A;  4FCY A;  2Z1G A;  3MXM A;  4HVJ A;  1ASU A;  2HNZ A;  3DLR A;  2D0B A;  4AIL C;  2Z1J A;  4CGG A;  1RBU A;  4CF9 A;  1UWB A;  2ATQ A;  4FJX A;  1LWE A;  3AVK A;  3AVJ A;  4CJ5 A;  1ZBH A;  3AVC A;  3MEC A;  1S1T A;  3LAM A;  4E7K A;  4FJ5 A;  1ASV A;  1VSI A;  3TAB A;  1W9H A;  1QHT A;  4O4G A;  4CHZ A;  1RNH A;  2A1R A;  3RMD A;  1HQU A;  4G1Q A;  4CGI A;  1JKH A;  1NJW A;  5D3G A;  4IBN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FWS A;  4JK8 A;  4ZTF A;  3BUZ B;  4FLW A;  3FR0 A;  2PZS A;  2G8W A;  1RTD A;  4Z0U A;  3HPG A;  4DR5 K;  1LV5 A;  3MX5 A;  1HYV A;  1GLC G;  2XY6 A;  3VA3 A;  1XMQ K;  4B1W B;  1WAJ A;  2BUP A;  4GV3 A;  4FWQ A;  3LM2 A;  3N4P A;  1SKW A;  2HST A;  3RSE B;  4E0D A;  4H5T A;  4DUZ K;  3M1F A;  3CI5 A;  1WBB A;  2X78 A;  3TPQ A;  2V51 B;  5EY4 A;  5SZT A;  3QIP A;  3OGM B;  4CFB A;  1VRU A;  4FM1 A;  3T19 A;  1BQN A;  3KD5 E;  3VF4 A;  3WXI A;  2HND A;  3PX4 A;  2D0A A;  1NGH A;  4CFA A;  4EHT A;  1TL3 A;  4PHT X;  2HHV A;  3CFO A;  3VES A;  3Q7C A;  5DMR A;  3WXK A;  4FWM A;  4OKE A;  1XVC E;  4IOX A;  2UUB K;  2NRX A;  1SKR A;  2JPN A;  1YAG A;  4CHO A;  4CHP A;  1J5E K;  4Z4E A;  1TYQ B;  1NJZ A;  1RDA A;  1NM1 A;  2PFT A;  3L2U A;  4LF8 K;  3BEX A;  2V52 B;  1RBR A;  1YVU A;  4FXD A;  2WBN A;  3AV9 A;  3L2O B;  4IFY A;  2MW2 A;  1BI4 A;  5AQY A;  1NGF A;  1VQ6 N;  1TV6 A;  5HP1 A;  4WYB A;  3WEE A;  1VQO N;  2DY4 A;  2P5G A;  4L8R B;  4BG8 A;  2KQ2 A;  3Q7B A;  5BRF A;  1XMG E;  1CXU A; 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