3RWUA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with datp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Hydrogen-Bonding Capability of a Templating Difluorotoluene Nucleotide Residue in an RB69 DNA Polymerase Ternary Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rwuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rwuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rwuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rwuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rwuA03
4KHSA 2HVHA 3ITHA 3F73A 4FJKA 4DFJA 1HQUA 3QEIA 4CK2A 3SPYA 1JLQA 2DFEA 4M3UA 4GVMA 1D8YA 4KHYA 3AVHA 3KKSA 3QEWA 1VSHA 4RW6A 3ZT3A 3DOKA 4OJRA 1EP4A 3LPTA 3HJFA 2Q3SA 1CXQA 4DWIA 4CJKA 3KD5E 3HYFA 1A5VA 4W5OA 1BIUA 3DOLA 2OPSA 4EP5A 2QKKA 3VQQA 4CF1A 4E89A 4FK2A 2OPQA 5HRPA 1U4BA 1BIZA 3ZSVA 4CJUA 4HCBA 2XO7A 5FDLA 4CHZA 4FJGA 2VWJA 2A1RA 4FJ7A 4CEAA 1C1CA 1KFDA 1RTDA 1LWFA 4CEZA 1KVCA 3C94A 4KFBA 1BHLA 4I9LA 2JLEA 3V1QA 5J2NA 4DU3A 1WAFA 3M8SA 1JXBA 2G8VA 5J2QA 2XY5A 2YHBA 1HQEA 4MFBA 3KKRA 1U04A 4CECA 4OLBA 1GOAA 3D45A 2XY7A 1SL1A 2OPRA 5HRRA 2HHQA 3DM2A 1TAUA 1GOCA 3SI6A 1C0UA 1RT3A 1LW0A 3HP9A 3IAYA 3SZ2A 1IKXA 2P5OA 5T7BA 3K59A 1ASVA 1WAJA 3AVKA 4NCGA 1JLGA 1HRHA 4I2PA 5JS2A 3OYEA 4DF8A 1DLOA 1LWCA 3DI6A 4O0IA 2O4GA 1LAWA 5HP1A 3VA0A 3QIOA 2DFHA 2YNHA 3SUOA 2Y1JA 4TSXA 2YKNA 4KB0A 1KVBA 4CJSA 4KO0A 3AVBA 4PWDA 4IDKA 4F2RA 4FM0A 3L2UA 3VQ5A 2KFNA 3QEXA 2QXFA 1QSSA 2IS3A 4DLEA 3LWLA 3TR8A 3VN5A 4IKFA 2X78A 3VQPA 1BQMA 4CHQA 3HK2A 1EETA 3DLBA 4DQPA 1JLEA 4I7FA 4BWMA 2Z1JA 1HYVA 1TL3A 2LSNA 3ZT4A 4M3XA 4CFDA 5D3GA 3NHGA 1BQNA 2ZE2A 4DLGA 3SPZA 2WOMA 4CJQA 3DRRA 1S5JA 3LWMA 1QTMA 2RKIA 1XI1A 1TK5A 4RW9A 4UQGA 1T8EA 2BDPA 3DLKA 3C6TA 1GOBA 4CF8A 4YNQA 3TI0A 3TAMA 4CHNA 4B9NA 2E6MA 2PZSA 1JL2A 4DTMA 4KHUA 3ZSQA 4CERA 4KAZA 3V9SA 4PQUA 1B9FA 1HPZA 3DLEA 1EKEA 3P1GA 1T03A 3AO1A 1S1VA 3SJJA 4FLZA 1WSHA 4Z4HA 1NK7A 4M3WA 4FK0A 3AVGA 5DMRA 3VQ4A 4CEOA 1UA1A 1D9FA 4B8AB 3CFOA 1NKCA 3NGZA 5I3UA 4CJ3A 4ZTJA 3K5NA 2OYQA 1RCHA 1YTAA 4M3TA 3DRPA 3TARA 3DMJA 3G0ZA 5KGXA 4GMJB 4Y1DA 4BDPA 3CQ8A 1S1XA 2BANA 1RTHA 5C42A 2PY5A 3WNGA 4B9TA 2KFZA 1VSDA 1S1TA 4NYNA 3AVJA 1CZ9A 4CGFA 4FLYA 3H08A 4Z0UA 4DSFA 4CEEA 4GW6A 4CGDA 3QNNA 1VSFA 1UA0A 2DY4A 4KPYA 3RWUA 3VQCA 1WLJA 3CFRA 1C6VA 2XRIA 1N5YA 4FK4A 4J2DA 4HVJA 4FJXA 4QCLA 4FJMA 1J53A 1RT1A 1WSIA 3JYTA 3I0SA 2E6LA 2G8WA 1TGOA 1S1WA 4JRQA 4FXDA 2HHWA 4KI4A 3MEEA 4Q0BA 2FBXA 3SV3A 1RBUA 1XC9A 3OS0A 2QK9A 1J5OA 1IKYA 3B6PA 4E1MA 3EY1A 2FBVA 3OYBA 5C25A 3KLGA 1ZYQA 2OPPA 2OZSA 1J9AA 2Z1HA 4FLWA 3EZ5A 1T7PA 2AJQA 3PO5A 2FC0A 4JS5A 4BE1A 3M8QA 3L2VA 1X9SA 1IH7A 1NKBA 3LP2A 3LAMA 3ZT2A 3ISNC 4DSLA 4IFYA 4DMNA 1A5XA 1KLMA 1NK6A 5FRMA 3CYMA 4C8OA 1S9EA 3VQ7A 3D0PA 2HHVA 2ATQA 4B9SA 1RDDA 4C8KA 4OKKA 4AILC 1LW2A 3L3VA 4PY5A 3QEVA 5E41A 1R0AA 4F3OA 4CFAA 2HHSA 3AVMA 2F8SA 2PYJA 2P5GA 1G15A 1TL1A 1U47A 3VQBA 2YNGA 4F8RA 1BL3A 4CJWA 3LDSA 3CM5A 1T05A 3AVLA 4FM1A 3LPUA 4DSKA 5HROA 1KFSA 1YTUA 2JGUA 1ZBFA 4OKJA 4LSNA 4ZTFA 4AHUA 3V9XA 1NJXA 3AA5X 1RDBA 2DTUA 1VRTA 3I0RA 3ZT0A 2YHAA 4E3SA 1SKRA 4R5PA 2P1JA 1QS4A 4E7IA 1JKHA 5KRTA 3DLHA 5C24A 3NE6A 3SUQA 2YNIA 4ID1A 1W0HA 1TKDA 4HUFA 4CCHA 3QERA 3V81A 1FK9A 3DRSA 1LWEA 2RN2A 2O4IA 4CJRA 2QKBA 2HW3A 3TABA 3PO4A 3S3OA 1JLBA 3AA2A 3QETA 4HUEA 3MXIA 4KKOA 3RR7A 5KI6A 1D9DA 4BACA 1VSMA 3NGIA 4Z4CA 5J2PA 4FZZA 4G1QA 3OVNA 4CEBA 3O3FA 2HHUA 1U45A 3C6UA 2XY6A 3WNHA 3OYCA 4LH5A 4IG0A 4CF9A 3K2PA 4AHSA 3NBPA 4FM2A 3O3HA 3CM6A 4RG8A 3T19A 1RT5A 3SQ1A 4CF2A 3HVTA 3THVA 4CIFA 4DFMA 1KTQA 4Q5VA 3OYNA 3MXMA 4NYFA 3NF8A 1TK0A 3RMCA 2IC3A 4E7JA 4EZ6A 1IG9A 4F4KA 3OS1A 4LY7A 4B08A 2KZZA 1NK5A 3K5OA 5K14A 3TAFA 4IG3A 3UIQA 3KTQA 4ICLA 4HTUA 1IKVA 1VSEA 3V9UA 3HPHA 1SL2A 1WSGA 1NK4A 1BCMA 4CJTA 1O1WA 2P51A 4CGIA 2XY8A 4DQSA 3AVAA 1C1BA 1QE1A 4M3RA 4CEQA 1KCFA 1KRPA 3P5JA 1RILA 3AO5A 4AHCA 1FKOA 1WSJA 4FZYA 4L8RB 4CGHA 2RPIA 1RDCA 3MEGA 3PY8A 3CFPA 3MAQA 1VSKA 1RT4A 3HSTB 3AO4A 1BGXT 4OPJA 4HCCA 3RTVA 1ZBHA 3KJVA 1UOCA 3SUNA 1S9GA 2KW4A 2YKMA 1I39A 3V9WA 4CHOA 1EX4A 4CIGA 4FJJA 3VQ8A 3SQ4A 3S3MA 1SKSA 4DTXA 1LV5A 4EZ9A 3K5MA 1TK8A 2NUBA 4O5BA 1IKWA 3NH1A 1NKEA 4C8LA 4DQIA 4ELVA 3OYGA 3TAGA 1RBTA 1NOZA 1KVAA 1ZBUA 3V1RA 3OYKA 1L3UA 3RMAA 4JRPA 3TWHA 4O44A 4B9VA 3L2WA 4FJLA 3VQDA 1TKZA 4I9QA 2VWKA 2B4JA 2IGIA 4EP4A 4NCBA 3WNEA 1ITGA 2HB5A 3KLIA 4LH4A 3LP1A 4Y1CA 4HHTA 2G8FA 1Q9XA 3MEDA 1QSLA 2XHBA 2G8HA 3NFAA 5SZTA 3TAQA 2ITGA 3NCIA 1RT2A 3O4QA 4LD0A 1QHTA 3LANA 3ZSYA 3PX4A 5HLFA 3IG1A 1RNHA 5DK5A 4IFVA 1HNIA 4N56A 4AHTA 4DG1A 4BE2A 4KRFA 4E7LA 3V6DA 4CK3A 3RRGA 1BISA 4FLXA 4OGCA 3LP3A 3OYAA 4FJIA 4YFUA 1L3VA 3IS9A 1S6PA 4ELUA 3LZIA 4Z4GA 1UAXA 2GUIA 1WNSA 2FBTA 4CJPA 4OLAA 1SV5A 2X6SA 1F21A 3ZSOA 5J2MA 3CG7A 3ZCMA 1CLQA 4DS4A 1NOYA 3DLGA 3L2QA 4RW4A 4FJ8A 4H8KA 5FROA 3V1OA 4M3ZA 1YT3A 2GBZA 1JLFA 1ASUA 2HNZA 1JXEA 3ZSZA 1NK0A 4H4MA 1X9WA 3ALYA 3NDKA 2OZMA 4DSJA 4M3YA 1ASWA 3E01A 3K5LA 3PUFA 3P83D 3IRXA 3NH2A 4IBNA 5HRSA 3V4IA 2G8KA 1BI4B 4F2SA 3SCXA 3BGRA 3LALA 4E1NA 4M45A 1B9DA 1Q8IA 3ULDA 1W9HA 2F96A 4CEDA 1U48A 3BDPA 3VQ6A 2B6AA 1RTIA 4H4OA 3F9KA 4OGEA 4AH9A 1L5UA 1X9MA 1TV6A 4KHWA 1Z25A 3OYJA 1KSPA 4N41A 4FLVA 4Z4FA 3O3GA 1SUQA 3TAEA 2D0BA 2Y1IA 4DU4A 3VQ9A 4KHQA 2X74A 1S1UA 2IOCA 4M41A 4FJNA 3NF9A 3AVNA 3QINA 3VA3A 3WNFA 3OYFA 4CGGA 1B92A 5FRNA 1N6QA 1A5WA 2BE2A 3HL8A 2D5RA 5J1EA 2B5JA 3OYDA 4M42A 3RMDA 4CJVA 4B8CA 4FJ5A 3QNOA 1C0MA 3KLHA 2HHXA 4KV8A 5HBMA 4CHYA 3KIOA 5KTQA 4FZXC 5KGWA 3OYLA 4FLUA 2DFFA 3AA3A 4CJ5A 3KK3A 3TANA 4ELTA 3TAPA 3C95A 4O4GA 3HPGA 1XHXA 4KREA 2FBYA 1NK8A 3U6FA 4F3TA 5CYMA 1DTTA 1VK0A 3DLRA 1RBSA 4O55A 5CY4A 4J2BA 3HPOA 3K58A 2HMIA 2Z1IA 1TKXA 4DTOA 3KLEA 4B3OA 3L2RA 1ZBIA 4BWJA 3AO3A 4QAGA 4PUOA 3NF6A 4CFCA 1SL0A 1VRUA 4CIEA 3SV4A 4BDZA 4DQQA 1FKPA 1JL1A 3AVIA 4W5TA 3O4NA 2EX3A 1SKWA 1JLAA 3KD1E 3SNNA 1CXUA 1HYZA 1VSJA 1VSIA 4LSLA 4CJFA 4PA1A 3RR8A 3U3GA 1X1PA 4DTNA 1C1AA 5HRNA 1BI4A 4N76A 1XHZA 3KK2A 2E4LA 4ID5A 2EHGA 4DU1A 3ZSWA 1VSLA 3RMBA 2WONA 4E19A 4KHNA 3OJSA 4DTSA 1DTQA 1TVRA 3OYHA 2KTQA 3OS2A 1HJRA 4DF4A 1HNVA 4CE9A 2HVIA 3SQ2A 2VG6A 4NCAA 3ASMA 3QLHA 1RT6A 2HNDA 5CYQA 1RBRA 1Z26A 3ZSXA 1MU2A 4W5RA 3T3FA 4RW8A 3FFIA 4FLTA 3NH0A 1REVA 4KB1A 3QEPA 4FJ9A 1Q9YA 3AVFA 4K8XA 1CZBA 3MECA 4OKEA 4C8MA 3JSMA 3LZJA 4W5QA 1U49A 2ETJA 3T1AA 3L8BA 5I42A 1XWLA 1WN7A 4JS4A 4CFBA 4HUGA 1TAQA 3HO1A 1EXQA 1RTJA 3KK1A 3VQAA 2X6NA 4Z4IA 4KI6A 4DTPA 2YV0X 5CZ2A 4ZHRA 3HT3A 4FCYA 2IDOA 4CJLA 1NJWA 4CK1A 5EU7A 3AV9A 1KLNA 1HYSA 3A2FA 2IAJA 2YNFA 4XIUA 4FVMA 3OYMA 2BGGA 3EYZA 3MXJA 1ZBLA 3ZT1A 3OY9A 4K8ZA 3U3YA 1RBVA 4E7KA 4KTWA 2G8IA 4N47A 1IO2A 3OYIA 4CEFA 1WSFA 1NK9A 4AHVA 1JLCA 3V9ZA 2GV9A 3QIPA 2OA8A 3NGYA 1NJYA 1C0TA 1WSEA 1QSYA 4DTRA 3AO2A 4B9UA 5CZ1A 4BDYA 2I5JA 4O0JA 1BCOA 1FXXA 2Z1GA 1QQCA 4MQ3A 3ZSRA 3SUPA 3HVRA 2ZQBA 4W5NA 1YVUA 1LAVA 2VG5A 3AVCA 4DTJA 1K6YA 3QO9A 3K57A 4OPKA 2G8UA 1RDAA 4AHRA 4DFKA 4FYDA 4CJEA 4B9LA 4DSEA 3SQ0A 3VQEA 4CGJA 2D0CA 3AA4A 4OVLA 1NJZA 4J2EA 4FJHA 4DTUA 3L3UA 3HP6A 3HXMA 1L3TA 1S6QA 4B9MA 3DYAA 3OJUA 3B6OA 2W42A 2A1SA 3S9HA 4CHPA 3M8RA 3PX0A 1UWBA 4QOZB 4J2AA 4N5SA 4JLHA 3I8DA 4RW7A 4KTZA 2R7YA 3PX6A 2VG7A 4CESA 3LP0A 4BE0A 3RRHA 4E0DA 4DFPA 1RT7A 4FW1A 1I3AA 5KRSA 2PYLA 4FW2A 3HM9A 4I2QA 3SYZA 4DQRA 3PV8A 3LAKA 4DSIA 3QESA 1D5AA 1TKTA 4E7HA 1L3SA 2HHTA 2HNYA 2KQ2A 3G10A 4CF0A 3S3NA 1HMVA 4KTQA 2RF2A 4WE1A 2KZMA 1J54A 2F8TA 5SWMA 4CJ4A 3NAEA 1Y97A 5JS1A 3NF7A 4C8NA 2ZD1A 4Z4EA 3KLFA 2D0AA 3M8PA 4DS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2JQT A;  3F73 A;  2QA4 N;  4DFJ A;  1HQU A;  3QEI A;  1JLQ A;  5FLX O;  4GVM A;  3KKS A;  4BR7 A;  5AQK A;  4OJR A;  3OBY A;  1E4G T;  4DWI A;  2E31 A;  4CJK A;  3HYF A;  5HL7 L;  2OPS A;  3GBT A;  2O8C B;  2QKK A;  2P9K A;  1U4B A;  3WQU A;  4CJU A;  2NRX A;  4X64 K;  3SK3 A;  5FDL A;  4CHZ A;  2VWJ A;  2A1R A;  2E5L K;  1C1C A;  1KVC A;  1BHL A;  5J2N A;  1MWM A;  3UKR B;  4DU3 A;  4YOV A;  1WAF A;  4ISF A;  1JXB A;  4JD2 B;  1SQK A;  3J8A A;  2HHQ A;  4H0T B;  1TAU A;  2QW9 A;  3HGL A;  3HP9 A;  1LW0 A;  4JHD B;  1FS1 A;  3SZ2 A;  1RFQ A;  2P5O A;  2NRW A;  3MCP A;  4NCG A;  4BG9 A;  1HRH A;  5JS2 A;  1FZ3 E;  5AFU A;  3DI6 A;  1LAW A;  3SUO A;  4GV3 A;  3U8X A;  4PWD A;  2NZT A;  3QBX A;  1C0F A;  2QXF A;  1GLB G;  2JWK A;  1U6Z A;  3LWL A;  3J2P A;  5AQP A;  3MX2 A;  5GIN A;  4CHQ A;  4BC5 A;  5AQZ A;  2YHW A;  3E66 A;  3J27 A;  4BWM A;  4KH5 A;  3HI0 A;  3NHG A;  1BQN A;  4DLG A;  2WOM A;  3VF2 A;  4CJQ A;  3O9R A;  4BR0 A;  4B9Q A;  1TK5 A;  4RW9 A;  3CER A;  4UQG A;  1U2V A;  2ASP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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