3RWUA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with datp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Hydrogen-Bonding Capability of a Templating Difluorotoluene Nucleotide Residue in an RB69 DNA Polymerase Ternary Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rwuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rwuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rwuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rwuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rwuA03
3NH0A 4DQSA 3UIQA 4CEQA 4Z4GA 2HHWA 2HNZA 3HPHA 1D9DA 1JXEA 2E6LA 1NK6A 2JGUA 2WONA 3AVGA 3HPGA 1ZBLA 1C1AA 4C8KA 3TABA 3TWHA 4MQ3A 3AVBA 1B92A 4CJFA 3AA2A 3HVRA 3VQQA 2G8FA 4J2EA 3DLHA 2OA8A 1DTTA 5J2MA 3QERA 3LAKA 3U3GA 1UA1A 1NJYA 4B9UA 4I2PA 5FDLA 4CHOA 3C6UA 4QCLA 3S3NA 4AHTA 4IKFA 4Q0BA 5I42A 4DTJA 3CQ8A 1ASWA 1KCFA 1LWEA 3ZT4A 4E1MA 3O3FA 1RTHA 4FLZA 1QTMA 2VWKA 4I9QA 4RG8A 3MXIA 2BE2A 4HVJA 4KHNA 2RF2A 3OYHA 1TKDA 4DTRA 1LV5A 5FRNA 4HCCA 4CF1A 1NK5A 4CFBA 4FLUA 1IKYA 3C95A 3QETA 1VSEA 3RMBA 3WNHA 3RTVA 3I0SA 3NDKA 1BIUA 2EHGA 1MU2A 2I5JA 1HJRA 4DQIA 3RR7A 3DYAA 1HPZA 4B9NA 4DF4A 4EZ9A 3SUNA 2QKBA 4FCYA 5HROA 3KK2A 1KLNA 3V9UA 4CHNA 2FBXA 2GBZA 4C8MA 1GOAA 1T05A 1RBVA 2NUBA 2FC0A 4DQRA 3LALA 4DQQA 1T7PA 2HHTA 4AHRA 3KJVA 3NE6A 3KD1E 4CEAA 4CJQA 3VA0A 3MXJA 3ASMA 4KAZA 2FBYA 1U45A 2KW4A 4CGHA 4K8ZA 2D0BA 3M8QA 4ZHRA 1TK0A 2B4JA 4AHSA 4KHQA 2KFNA 1NK9A 4FJ7A 3NH2A 1VSFA 3SJJA 4E19A 5KRTA 1X9MA 1UAXA 3WNEA 4B9LA 2RKIA 1VRTA 2BGGA 4OLAA 4FJNA 2XO7A 4FJXA 3QIOA 3LWMA 3OYCA 4CJSA 4DSFA 3OJUA 1VSDA 2XY7A 1TVRA 1CXUA 1IO2A 5CZ1A 5HRSA 3NGYA 5I3UA 1KSPA 5KTQA 3OVNA 3P83D 3OY9A 3S3OA 4CHZA 1YTUA 1RTDA 4KB1A 1EP4A 1Y97A 3KLIA 4DS4A 3S3MA 2Z1HA 3K57A 4HUFA 1WNSA 4H4OA 2YHAA 1R0AA 1UA0A 4KFBA 3QINA 2QK9A 3V9WA 1C0MA 1RTJA 3QLHA 3LP1A 3VQBA 4CGFA 4DLGA 1XWLA 3KKRA 3F9KA 4FK4A 4RW7A 4EP4A 4M3WA 1S1WA 1HNVA 4Z0UA 3RMAA 2XRIA 3NFAA 1NKCA 4ELVA 4F2SA 1KFDA 5KGWA 2AJQA 1RBRA 5HP1A 2A1RA 4M3TA 2XY5A 1RDCA 4KO0A 4ELTA 2G8IA 4E7HA 2RPIA 2HHSA 3MAQA 2KTQA 4M3YA 4UQGA 4NCBA 4R5PA 4KKOA 1TK5A 1JLEA 3A2FA 2YKNA 4DU1A 4JS5A 4IBNA 2HHVA 4KREA 4J2DA 3VQ4A 4FM0A 3CFOA 1FK9A 3OYGA 1S6PA 3RRGA 4CF2A 2Z1GA 1WAJA 1YT3A 2DFFA 3NBPA 3OYBA 3THVA 2PYLA 4IFYA 2OYQA 1Q9YA 3ZSVA 4CGGA 1NKEA 2KZZA 3AA5X 4DQPA 2IS3A 4O44A 4CEBA 4OPKA 2WOMA 1GOCA 4RW9A 3EYZA 1TKXA 4AH9A 1K6YA 2YNFA 4OKKA 4FYDA 4MFBA 1O1WA 4DTSA 3B6PA 4NYFA 2E6MA 4FJ9A 2PZSA 4DTOA 2D0CA 1VSKA 2G8WA 3SUQA 3OJSA 4KHYA 4DSIA 2X78A 3V81A 4E7JA 2HHQA 1S9EA 1I39A 2HNDA 3KLGA 3ITHA 4DWIA 1EETA 2HNYA 4I2QA 1SKWA 3DRSA 4I7FA 4CFCA 3T3FA 1TAUA 4DS5A 4CESA 4XIUA 4E7LA 3IG1A 1BIZA 4B9VA 5D3GA 4IFVA 5DMRA 1QHTA 3D45A 4CF9A 3V9ZA 3TAPA 4Y1CA 2KQ2A 1SL1A 4HCBA 1HQUA 1S1TA 3P5JA 1KVCA 1QE1A 1LWCA 4O4GA 4CEEA 3TARA 2ATQA 3MEEA 4CGIA 3AV9A 3G0ZA 1IG9A 3SPZA 4EP5A 3NHGA 4IG0A 4BDZA 3G10A 4Z4HA 3O3HA 4LSNA 2IGIA 1NJXA 5T7BA 2P5GA 1A5XA 1LWFA 2A1SA 4DF8A 1TKZA 3FFIA 5CY4A 2GUIA 1REVA 3K5MA 2OPRA 3SQ0A 3TAFA 3HP9A 4G1QA 3E01A 2BDPA 4E7KA 1FXXA 5J2PA 2DFHA 4FK2A 4OGEA 4CIGA 4E7IA 1J5OA 4CJUA 1DLOA 1VSMA 1TAQA 4DMNA 4CIFA 4GMJB 4O0JA 3LP0A 1J9AA 3T1AA 1WN7A 1RBSA 2X6SA 1N5YA 3BDPA 4FXDA 4PQUA 2B5JA 3SPYA 1TL3A 4CEOA 3KLFA 3K58A 3ULDA 3NF8A 4ID5A 4CF0A 4KI6A 3OYJA 1SL0A 4KB0A 5KGXA 1Z26A 4PY5A 2ZD1A 4PA1A 1LW0A 4O55A 4QAGA 3OYMA 2PY5A 3SQ1A 4FJLA 1RBUA 4J2BA 1EXQA 2P5OA 3O4NA 3VQ8A 4NCGA 3RMDA 4KI4A 5K14A 4FLVA 4IG3A 5HRPA 2HVIA 4FLWA 4J2AA 2QXFA 1YVUA 1ITGA 3DOKA 4DSKA 4PUOA 3SUPA 4E1NA 1IKXA 1ASUA 3CFRA 1RT1A 3HL8A 4JRPA 1HNIA 2B6AA 1HYZA 3LP2A 4H4MA 3ZCMA 5SZTA 3HP6A 3M8RA 4OJRA 3EY1A 3AVHA 4CFDA 3ZSWA 1NJZA 3HK2A 3DM2A 3KLEA 4LD0A 2YNIA 1RILA 2Z1JA 3NF6A 3HVTA 4FW2A 4ID1A 1N6QA 4OKJA 1JLBA 3QESA 3SCXA 1U47A 1QQCA 3SQ2A 1RNHA 1ZBHA 3O3GA 1RCHA 1JL1A 1S9GA 1C1CA 4M42A 4BE2A 2D5RA 5J1EA 3VQ6A 5CYQA 4AHVA 1TV6A 4FW1A 1BI4B 1KVBA 4QOZB 1JXBA 4B9TA 3C94A 1L3TA 1BQMA 3DI6A 2G8HA 3AO1A 1SL2A 2G8UA 1B9DA 4CGJA 3L2WA 1A5VA 3ZSYA 4KHUA 4CJKA 1U49A 3VQPA 1KRPA 1Q8IA 4DFPA 3HM9A 2W42A 3DLBA 1KLMA 1S1VA 2YNGA 2HW3A 1GOBA 2IC3A 1WSIA 4FVMA 1NK4A 3OYEA 1RDDA 3K59A 1NOZA 1RT7A 1D9FA 3PX0A 4N47A 3PO4A 4Y1DA 3TAMA 3SV3A 4ELUA 4JLHA 4ZTJA 3NGIA 4CJTA 3NCIA 2VG7A 4O5BA 1SV5A 3EZ5A 3PO5A 2OZSA 3ZSRA 1HRHA 4DG1A 5J2NA 4GW6A 3AVKA 1ZBUA 4L8RB 3TR8A 4FM2A 4DTMA 2OPQA 2YNHA 3P1GA 3VN5A 4CJVA 4YFUA 1NKBA 3ZT0A 4TSXA 3HO1A 4W5QA 4BACA 4F2RA 2HHUA 1A5WA 4IDKA 3VQEA 2IOCA 4HUEA 2BANA 4CHQA 2HHXA 1S6QA 3QNNA 4FLXA 1CXQA 3MEGA 4Q5VA 4C8OA 3VQAA 3AVJA 4CJ4A 3TAQA 1T8EA 1HYSA 4BWJA 3U6FA 4KTZA 4DFMA 2HVHA 4FJ5A 1W0HA 1RT4A 4CEDA 4CEZA 3K5NA 4M3UA 1BCOA 3L2UA 4FK0A 1BQNA 1W9HA 3SYZA 3IS9A 3C6TA 4AILC 2RN2A 1U4BA 3AVNA 2O4IA 3L8BA 4F8RA 1XHXA 4HTUA 4B9SA 4KV8A 4CJWA 3LP3A 1WSFA 4DU4A 1VSJA 1XI1A 4DTNA 3QO9A 2QKKA 2XY6A 1TL1A 2G8VA 4CERA 4F4KA 1WLJA 4M3XA 3V6DA 1BGXT 3QEWA 4CHPA 4CCHA 2ZE2A 1X9WA 4K8XA 1BHLA 4BE0A 2ITGA 4OVLA 2XHBA 4ICLA 4N76A 5KI6A 4N41A 2DTUA 4AHCA 4BDYA 3HXMA 2Q3SA 2YHBA 1NJWA 4CJ3A 1TGOA 3H08A 2XY8A 2IDOA 4RW8A 4CIEA 3VQ5A 3QNOA 3RWUA 1FKPA 1ZBFA 1WAFA 1RTIA 3WNFA 4DSLA 2YV0X 4W5RA 3V1OA 2OPPA 4GVMA 4W5TA 4O0IA 1VK0A 4YNQA 3NH1A 3SV4A 1QSLA 4JRQA 3JSMA 3QEIA 2YKMA 1XHZA 3IAYA 4Z4CA 4M3RA 3SUOA 1X1PA 1F21A 4HUGA 1I3AA 1BCMA 3CFPA 1U48A 4B3OA 4M41A 4DFKA 3DRRA 3IRXA 4I9LA 4NCAA 4Z4IA 3NGZA 1LAVA 1QSYA 3AVCA 4NYNA 4CJ5A 3TANA 3LPTA 3AVAA 3TAGA 1KTQA 4LH5A 4B08A 3T19A 2VG5A 1KVAA 3OYIA 1BL3A 4KTQA 1RBTA 4DLEA 5JS2A 4LSLA 1WSJA 4CE9A 2KZMA 3PX6A 4DTXA 1Q9XA 4FZXC 4BDPA 5C42A 4DTUA 4CK2A 4LY7A 2ETJA 3DLKA 1CLQA 3LANA 5DK5A 3KD5E 4FLYA 3KIOA 3ZT3A 3QEVA 1ZYQA 4DFJA 2KFZA 1BI4A 4N5SA 1VSIA 4DSJA 3RMCA 4C8NA 3OS2A 3KK1A 3AA4A 1D8YA 3F73A 3L2VA 1C0TA 1BISA 4CJLA 5JS1A 3KKSA 4CF8A 1J54A 3JYTA 3NF7A 4CGDA 3AO2A 3LAMA 4CFAA 3VQ7A 4HHTA 5HLFA 1C6VA 3ALYA 4KHSA 3DLRA 3I8DA 1DTQA 4Z4EA 2FBTA 3PV8A 2DFEA 2F8SA 1S1XA 1VSHA 3QEXA 2IAJA 3ZT1A 3RR8A 4PWDA 5C25A 1JL2A 3OYLA 4AHUA 3MXMA 3B6OA 1L3UA 1U04A 4FZYA 4OLBA 1NK0A 3M8PA 1HMVA 4KPYA 4FJ8A 2EX3A 2Y1IA 3OS0A 1CZBA 2F8TA 3VQDA 3RRHA 4W5NA 3ZSZA 3ISNC 5HRNA 3L2RA 3AO3A 1RT6A 1ASVA 3V9SA 1L5UA 1T03A 4CEFA 3AO5A 4FLTA 3KK3A 2X74A 3V4IA 4KRFA 3S9HA 5FROA 1JLAA 3OYAA 2OZMA 1HQEA 3TAEA 3K5OA 1EX4A 3V1RA 4M3ZA 4DTPA 1B9FA 1NOYA 3DMJA 3DLGA 5KRSA 4FJHA 4FJKA 1RT3A 1G15A 3CM6A 3V9XA 1J53A 2P51A 4FJGA 4CK3A 4EZ6A 3OYKA 3LWLA 1JKHA 1VSLA 2DY4A 3HJFA 1JLGA 4CHYA 2Y1JA 3HPOA 4LH4A 2F96A 2P1JA 1RT2A 3ZSQA 1TKTA 3NAEA 4CJPA 1QS4A 5CYMA 1XC9A 1FKOA 3AVMA 1X9SA 3OS1A 2JLEA 2GV9A 3TI0A 4KHWA 4CK1A 3SNNA 3U3YA 1UWBA 4H8KA 5EU7A 5C24A 3OYFA 1NK7A 4FZZA 1ZBIA 2LSNA 1RDAA 2E4LA 2G8KA 3DOLA 1LW2A 4FJMA 4B8AB 3HSTB 3LZJA 4OPJA 4E89A 4DU3A 3OYNA 1TK8A 3VQ9A 1QSSA 4RW6A 3QIPA 1C1BA 5CZ2A 2D0AA 4F3TA 2O4GA 4W5OA 3LDSA 3AVIA 5HBMA 3ZSXA 4KTWA 5FRMA 3L3UA 1IKWA 1WSHA 3AO4A 1CZ9A 3MEDA 1L3SA 3ZT2A 1SUQA 3KLHA 1IKVA 3K5LA 3O4QA 1UOCA 3I0RA 1KFSA 2R7YA 4M45A 2VWJA 1YTAA 2Z1IA 1S5JA 3AVFA 3PUFA 1SKRA 4BWMA 3DLEA 1C0UA 4CJRA 1RT5A 4WE1A 3AA3A 3HT3A 4FM1A 4E0DA 2VG6A 1VRUA 2X6NA 3PX4A 5SWMA 1SKSA 3VA3A 2PYJA 1HYVA 3SI6A 3OYDA 4E3SA 1RDBA 3CM5A 3K2PA 3AVLA 5E41A 1JLQA 4B8CA 3HYFA 1WSGA 1WSEA 2OPSA 3MECA 4RW4A 3LZIA 4CJEA 4ZTFA 3LPUA 3BGRA 3PY8A 4DSEA 1IH7A 3CG7A 1D5AA 3V1QA 4JS4A 1Z25A 3WNGA 3ZSOA 4CECA 2FBVA 3SZ2A 3NF9A 4OKEA 3M8SA 3KTQA 1JLFA 4BE1A 3L3VA 4Z4FA 2ZQBA 3QEPA 2HB5A 1L3VA 1S1UA 2HMIA 1JLCA 3VQCA 1EKEA 4OGCA 3DRPA 5J2QA 3D0PA 4FJIA 4B9MA 3SQ4A 4FJJA 4N56A 3L2QA 1NK8A 4C8LA 5HRRA 1LAWA 3CYMA 4F3OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YDU C;  2FW3 A;  3ULE B;  2HF3 A;  2HNZ A;  3HPH A;  1D9D A;  2E6L A;  3TSQ A;  3LDN A;  2WON A;  1VQ8 N;  4CD3 A;  3TWH A;  2QA4 N;  1FZ0 E;  4BG9 A;  4J2E A;  5J2M A;  3QER A;  3LAK A;  4H0P A;  3U3G A;  1UA1 A;  4QS9 A;  4QCL A;  5I42 A;  1FZ5 E;  4KRF A;  1ASW A;  3O3F A;  4MO5 A;  4YOT A;  1TKD A;  4WFA L;  5FRN A;  3C65 A;  2P9I B;  5AFU H;  3KHY A;  1IKY A;  3HTV A;  2QWN A;  2AP1 A;  3NDK A;  2EHG A;  1HJR A;  2HF4 A;  4DQI A;  3RR7 A;  3DYA A;  4MLH A;  3T7Z A;  4DF4 A;  2QKB A;  1N36 K;  1KLN A;  3V9U A;  2QXL A;  4C8M A;  1GOA A;  4H5N A;  4GNI A;  1IBL K;  3NE6 A;  3MXJ A;  1VQL N;  2FBY A;  1U45 A;  1TK0 A;  2ZGY A;  4ZHR A;  3MCP A;  4H5W A;  2OVR B;  1NK9 A;  4FJ7 A;  3NH2 A;  1VSF A;  3D7E O;  4E19 A;  1X9M A;  3WNE A;  1FZ8 E;  3BF1 A;  5BRD A;  4DV0 K;  3QIO A;  3S41 A;  3OYC A;  1HNW K;  4DSF A;  1CXU A;  1IO2 A;  5CZ1 A;  4FSV A;  5I3U A;  3C6A A;  4IEI A;  3OY9 A;  4CHZ A;  1RTD A;  3DXK A;  3CPE A;  3S3M A;  3CQY A;  4X65 K;  1UA0 A;  2NZT A;  3V9W A;  1RTJ A;  3VQB A; 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