3RWUA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with datp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of a Templating Difluorotoluene Nucleotide Residue in an RB69 DNA Polymerase Ternary Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rwuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rwuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rwuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rwuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rwuA03
1I3AA 4L8RB 3OS2A 4FJJA 3L2VA 4RW8A 4CECA 1X9WA 3HP6A 1EX4A 3NDKA 3L2RA 2HHUA 4DSLA 4M3XA 3ZT0A 3D0PA 1TV6A 1LV5A 3AVMA 5D3GA 1NKBA 5FRMA 3AVIA 1TGOA 3MEDA 4ELVA 1EETA 2HHSA 4LD0A 3WNFA 4JS5A 3PX0A 3SUQA 1S9EA 3QIOA 3SV3A 4O0JA 3L2UA 3ITHA 2OZSA 2RN2A 4CGDA 4CJ4A 1TAUA 4FJ8A 4W5QA 1B9FA 5HROA 4FJHA 1Z26A 2HMIA 3KD1E 1S1XA 1KFDA 4KI6A 1VRTA 2IC3A 2PYJA 4N76A 4B9TA 3OYCA 5HRPA 3D45A 4BE1A 3FFIA 5I3UA 2QKKA 2WONA 1RT5A 1GOCA 3CM5A 3HYFA 2JGUA 3DLGA 3KJVA 4N56A 1NK9A 4Z4GA 1CZBA 4Z0UA 4BDYA 1Y97A 1U47A 2QXFA 3LAKA 4CHZA 3EZ5A 1S1TA 3T1AA 1RT4A 1U45A 4IDKA 1L3UA 4CERA 4DSIA 3SJJA 5K14A 4DFPA 3KLFA 5C24A 3WNHA 1NKEA 4E7LA 1J9AA 1BCMA 1JXEA 3S9HA 4FXDA 4FJIA 2XY6A 4B9UA 1VSLA 4ELUA 1D8YA 1JXBA 4DQIA 4AILC 2HB5A 4CJRA 2XY5A 3SI6A 2QK9A 4B9NA 1VSEA 4DTMA 2P1JA 2XY8A 4C8OA 4DTOA 4FYDA 1S9GA 3TWHA 1VSDA 1HQEA 4B9MA 3KLEA 3LAMA 4J2AA 2YV0X 3NGYA 4KV8A 4F4KA 4DU3A 2RPIA 3LPTA 2B6AA 3KLHA 1RBVA 4CEOA 4F3TA 4CK1A 1BIUA 4AHTA 4AH9A 1W0HA 4B8AB 4JLHA 3OVNA 3VN5A 4HUGA 2E4LA 3O4QA 3V1QA 1SL0A 1N5YA 5KI6A 1UA0A 1IH7A 1LWFA 1RBUA 4ICLA 3P5JA 3DMJA 4CHOA 4O55A 1DLOA 4B8CA 1KRPA 3AO4A 3I0SA 4C8LA 3NGIA 4K8ZA 1HNIA 1RT3A 4FK0A 1RTHA 3VQ6A 4DFMA 3TANA 4UQGA 1XC9A 4QAGA 1RTDA 5FRNA 3HPGA 4O0IA 3A2FA 3CFOA 4IBNA 1TKDA 4GW6A 4DTPA 1TVRA 5J2QA 3SQ0A 4KREA 3LP1A 1HPZA 1BISA 1TKZA 4FJLA 3PV8A 3IRXA 5CYQA 4HUFA 4IKFA 4OPJA 3M8RA 3K59A 3E01A 3QESA 1BGXT 4OGCA 4Z4FA 2Z1GA 3RR8A 2ETJA 2QKBA 1UAXA 4EP4A 4HTUA 1Z25A 1I39A 1S1UA 3AVAA 4FLYA 2DY4A 1UA1A 2YKMA 2G8IA 5FROA 2ITGA 2HNDA 1REVA 2DFEA 1IO2A 1C6VA 4M3UA 1U04A 4CHYA 2DTUA 1U4BA 1S1VA 1D9FA 1D9DA 2WOMA 1FKOA 3AO3A 3AVCA 4M3ZA 4DG1A 3BDPA 4DTXA 3KTQA 1TL3A 4CFDA 4OVLA 3ZSOA 4CK3A 2HHTA 5KGWA 1BHLA 3HPHA 4CJWA 2IS3A 3HVTA 3AA4A 4OKEA 3HXMA 2YNFA 2YKNA 4W5RA 1JLGA 1DTTA 3RMBA 2HHQA 3SUNA 3IS9A 1HYZA 2A1SA 4CJFA 4RG8A 5HRNA 1T8EA 1QTMA 2YHAA 3K2PA 1L5UA 3V4IA 2GUIA 1SV5A 2IDOA 1MU2A 4FJXA 1JLCA 4IFYA 4EZ6A 4NCAA 3V9UA 4GMJB 4FJ7A 4KHUA 3B6OA 2XY7A 3PUFA 4DWIA 3LP3A 2KZZA 1WNSA 5FDLA 3RMCA 2X6NA 1NOYA 3RTVA 3UIQA 1WAJA 3ASMA 4MFBA 3V9SA 4N47A 3AVHA 4FLUA 1ZYQA 3TAPA 1T7PA 3SV4A 4JS4A 1RT2A 3HK2A 4CFBA 4CJUA 3DOKA 1WN7A 4KFBA 3VQEA 1NJWA 3V81A 4CIFA 2D0AA 4OKKA 4FM2A 2EHGA 4EP5A 4CF8A 3SQ1A 4CEDA 4IFVA 1TKTA 2LSNA 4I2PA 4DLEA 3PX4A 4KB1A 5J2NA 3LANA 3DI6A 3TI0A 4FM0A 3KKSA 4CEAA 3F9KA 3RRGA 4DTNA 1RDBA 1WSGA 2F8TA 1L3TA 4LSLA 4OKJA 1NK5A 3NAEA 4B9VA 3KKRA 5DMRA 3OYAA 3U3GA 4CIGA 1KLMA 4C8KA 4HUEA 1NJZA 5KGXA 3K5OA 3SPYA 4FJ9A 4BWMA 3ZSRA 4NCGA 1KFSA 2F96A 4CJ5A 1YTUA 3SNNA 3DLKA 2E6LA 4FW2A 4QCLA 4W5OA 1HNVA 3NH0A 4DTUA 4ZTJA 1JLEA 1FKPA 3B6PA 4BE2A 4O4GA 1VRUA 4ZTFA 3LP2A 1KSPA 4FJGA 3MXJA 3AVJA 4DSJA 1UWBA 4AHCA 4E1MA 4PQUA 2FBYA 1SUQA 1TK8A 1CLQA 1WSFA 3VQPA 2IOCA 4BDPA 4FK4A 3TR8A 1A5VA 3NE6A 1ZBLA 3QERA 3VQQA 1YVUA 1CZ9A 1BCOA 1IKXA 3MECA 1RBSA 3NFAA 4KHWA 3ZT2A 1RDAA 1A5XA 2X74A 3EY1A 3K57A 4B3OA 1FXXA 3SQ2A 3L8BA 4FJMA 3AA3A 4I9QA 3C6TA 3O4NA 1LWEA 4IG3A 1RT1A 4M3YA 4AHRA 3ZSZA 4XIUA 5HP1A 1X9SA 4E19A 2XO7A 1RTJA 1SL2A 4CFCA 1HJRA 3TAFA 4FLTA 2Z1IA 1NK7A 3LWMA 3C95A 3VQDA 4E7KA 1LW2A 3OYGA 2FBXA 4FJKA 4BWJA 1DTQA 3CFRA 2KTQA 5KRSA 1XHZA 4CEBA 3P83D 4DTJA 3O3GA 4DLGA 3VQ5A 3DRRA 3MXMA 3OJSA 1NK0A 2JLEA 2G8UA 3TAQA 4E0DA 1XHXA 1NJYA 1C1BA 1D5AA 1KVAA 1HYSA 4Y1DA 2OPPA 3LPUA 4CJLA 4Z4HA 4H4MA 4LY7A 4KAZA 3RR7A 4E7HA 1RDDA 4C8MA 1NK4A 3DRSA 4YNQA 4PUOA 2VG6A 3DLRA 3LP0A 4MQ3A 1UOCA 2GV9A 1RT7A 4KO0A 3JYTA 1NJXA 2Z1JA 5CYMA 3V1RA 3VQ8A 2HHVA 4B9LA 3TARA 1EKEA 1YTAA 2G8WA 3K5LA 3DLBA 1ITGA 2RF2A 4CJTA 2BANA 5J1EA 4DF8A 4M42A 3ISNC 2BDPA 4KHSA 4B08A 3M8SA 4K8XA 1BQMA 4FM1A 1B9DA 4FJ5A 4CCHA 4KTQA 1O1WA 4CF9A 3CQ8A 3KK3A 4E3SA 2ZQBA 4HVJA 3SUPA 1C1CA 3ZT3A 4CJVA 2HW3A 1C0MA 3L3UA 2G8FA 3NF6A 5CY4A 1ASVA 1BQNA 3LALA 3KK2A 4LH4A 4Z4EA 1KVBA 3OYIA 3PO5A 4F8RA 4FZXC 3SUOA 3ULDA 4DTSA 2DFFA 3M8QA 4W5TA 3RRHA 4H8KA 1VSFA 3LZJA 3C6UA 3HPOA 4DTRA 3DM2A 3QO9A 3G10A 3OYJA 3SZ2A 4J2EA 4NYNA 4M41A 3WNEA 1J54A 4CF2A 4DQQA 1VK0A 3U3YA 4N41A 3NCIA 1ZBIA 2B4JA 2P51A 4AHSA 4BE0A 1RDCA 2D5RA 5HBMA 3K58A 4E7IA 2FC0A 2P5OA 3OY9A 3NF8A 4I7FA 3OS1A 4F3OA 4R5PA 4CE9A 3OYHA 1WAFA 1LAWA 3KD5E 3HL8A 4DSEA 4FK2A 3PO4A 3WNGA 1L3SA 1QE1A 3TABA 1KVCA 3OYFA 4CEZA 3C94A 1GOBA 3CYMA 1RTIA 1VSHA 4I2QA 3ZT4A 4KHQA 2X6SA 3QEWA 3QIPA 2PY5A 4O5BA 3OJUA 3KK1A 2O4GA 3ZT1A 3HO1A 5E41A 1S6QA 2G8KA 1SKRA 3CFPA 4I9LA 3ZSVA 1JLFA 3OYNA 3MAQA 2PYLA 2BE2A 3G0ZA 4M45A 4CHPA 1RBRA 2Y1IA 4KTZA 1QSLA 2AJQA 4CGIA 4LSNA 2OPRA 1QSYA 3NHGA 1CXUA 2YNHA 4YFUA 4CJEA 4DF4A 3TAEA 3ZSWA 2YHBA 4CHNA 1TKXA 3DYAA 1LAVA 3ZSYA 4J2BA 1QHTA 4RW7A 2KW4A 4KHNA 3CG7A 4ZHRA 2VWJA 1ASWA 4KRFA 4WE1A 1TL1A 3HJFA 4CEEA 2FBVA 4CGJA 2Y1JA 1SKWA 1WLJA 4Q5VA 3AVBA 1IG9A 3OYLA 1CXQA 3CM6A 2KFZA 1IKYA 4C8NA 3VQCA 1QS4A 2O4IA 4JRQA 3S3NA 4FJNA 1A5WA 2FBTA 3VQAA 3MEGA 3NH2A 3OS0A 3THVA 5I42A 4KI4A 1WSEA 2HNZA 3HSTB 4DFJA 3MXIA 4DSKA 1VSMA 4FZZA 3IAYA 1JKHA 3NH1A 3K5NA 3V9WA 2D0BA 3AV9A 2BGGA 5HLFA 1RCHA 3L3VA 1RILA 2Q3SA 5HRSA 4LH5A 1TK5A 3AA5X 4Q0BA 2W42A 4RW4A 2GBZA 1QQCA 3AVLA 3SCXA 1SKSA 1BIZA 1LW0A 5SWMA 3DOLA 3TAGA 1T05A 5KRTA 3MEEA 1NKCA 1K6YA 1J5OA 5T7BA 1VSJA 2X78A 2HVIA 4NYFA 4Y1CA 4ID5A 2HVHA 2HNYA 3M8PA 2VG7A 4NCBA 2VWKA 4CF1A 3VA3A 2OYQA 3QINA 3TAMA 4EZ9A 4M3RA 2HHWA 4IG0A 3QLHA 4FLVA 4GVMA 1HRHA 1BL3A 5HRRA 1ZBUA 5C25A 3OYEA 2HHXA 1ZBFA 3VQ7A 4CJQA 4E7JA 3EYZA 1FK9A 3LWLA 2KQ2A 3DRPA 3OYBA 3S3MA 4ELTA 3ALYA 1F21A 3VQ4A 3KIOA 2NUBA 3ZSQA 3VQ9A 3K5MA 4DS4A 1NOZA 5J2MA 2IGIA 4CGHA 2RKIA 3KLGA 3SQ4A 3VA0A 4DFKA 2YNGA 4FVMA 4CK2A 4E1NA 3QETA 2ZD1A 2F8SA 2B5JA 3IG1A 4CF0A 4E89A 4Z4CA 3OYDA 1Q9XA 3V9ZA 4HCCA 1ZBHA 1KLNA 3OYKA 2EX3A 4ID1A 2PZSA 1WSHA 1TK0A 2KZMA 4KTWA 2E6MA 3RMAA 4CEQA 1G15A 4F2RA 1C0TA 4PWDA 1N6QA 2DFHA 4DQSA 1JLBA 1EXQA 4OJRA 4CESA 3LZIA 3L2WA 4F2SA 5J2PA 1JLQA 4DU1A 1VSKA 1WSIA 4RW9A 3S3OA 4TSXA 4H4OA 3LDSA 1X1PA 4O44A 1U48A 4FZYA 4N5SA 1WSJA 3H08A 3OYMA 4OLAA 4J2DA 2IAJA 1XI1A 3AVGA 3HP9A 4QOZB 4JRPA 2XHBA 1ASUA 3HT3A 3O3HA 2G8VA 1HQUA 2Z1HA 4BDZA 1S1WA 4KPYA 3AVFA 4PY5A 3L2QA 1VSIA 3DLEA 3AO2A 1JL2A 1C0UA 1RT6A 3HM9A 1Q8IA 4PA1A 5SZTA 3T3FA 4HHTA 3VQBA 4FW1A 5JS1A 1RBTA 3AVNA 3V9XA 3I0RA 3NGZA 1KCFA 4DMNA 1T03A 4G1QA 5JS2A 1U49A 2VG5A 3V1OA 1KTQA 4HCBA 2KFNA 2OA8A 1IKVA 2YNIA 4DSFA 4M3WA 1BI4B 3DLHA 4OLBA 3QEXA 2ATQA 1W9HA 4DQRA 3HVRA 1TAQA 3U6FA 4FLXA 4RW6A 1L3VA 3PY8A 1RNHA 1BI4A 1J53A 3O3FA 4CHQA 2ZE2A 1C1AA 3QNOA 3AO5A 3NBPA 4CJKA 3SYZA 5KTQA 3QNNA 4CJPA 4AHUA 4CJ3A 2I5JA 3I8DA 1X9MA 4DQPA 1HYVA 3F73A 4M3TA 1SL1A 3SPZA 2XRIA 3V6DA 1JLAA 5CZ1A 3ZCMA 1NK6A 4CIEA 2OZMA 1EP4A 2A1RA 2G8HA 1XWLA 3P1GA 1Q9YA 3JSMA 1R0AA 5CZ2A 4BACA 3AO1A 5DK5A 1LWCA 1HMVA 3PX6A 4FLWA 3QEPA 4CGFA 1S6PA 2OPQA 4AHVA 3QEVA 4FCYA 3KLIA 4W5NA 1GOAA 3RMDA 3NF7A 5EU7A 3AVKA 4CJSA 4OPKA 1YT3A 2OPSA 2R7YA 1S5JA 4OGEA 4FLZA 4CEFA 1QSSA 3T19A 3ZSXA 4CFAA 4Z4IA 1NK8A 4DU4A 4KHYA 5C42A 3AA2A 3BGRA 4CGGA 2D0CA 1JL1A 3QEIA 3RWUA 4DS5A 4B9SA 1IKWA 4KB0A 4KKOA 2P5GA 3NF9A 1B92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QBW A;  4FJJ A;  1X9W A;  2ZGZ A;  3CER A;  3HP6 A;  1EX4 A;  1LOT B;  3O9S A;  4B3T K;  1NMD A;  2HHU A;  4DSL A;  1K8K B;  3D0P A;  1TV6 A;  1IBK K;  4IEI A;  3WNF A;  3SUQ A;  1ZXO A;  1S9E A;  3L2U A;  3BY5 A;  2RN2 A;  3ITH A;  4LF9 K;  3IDH A;  2PFU A;  1Z26 A;  1S1X A;  3N1E A;  1KFD A;  2F9T A;  5HRP A;  5AQO A;  3C6H A;  2P9N B;  3J7Y P;  4ICG C;  2RCU A;  4BDY A;  2A5X A;  2QXF A;  2P9N A;  3LAK A;  1GLF O;  1QQM A;  3CPW M;  4DSI A;  3G6E N;  3CCE N;  1NKE A;  1XU3 E;  1JXE A;  1JXB A;  4DQI A;  4AIL C;  2HB5 A;  4CJR A;  2PAV A;  4B9N A;  4DTM A;  4C8O A;  3TWH A;  1RDU A;  1VSD A;  3KLE A;  3NGY A;  1KAX A;  4F4K A;  4DU3 A;  2RPI A;  5EOY A;  3UB5 A;  1BIU A;  1W0H A;  4JYA K;  3OVN A;  3O4Q A;  1NGI A;  2YCH A;  1N5Y A;  5KI6 A;  1VQL N;  3VEW A;  3P5J A;  5C10 A;  3P39 A;  4O55 A;  1DLO A;  1KRP A;  1T3V A;  3K0S A;  1VQ9 N;  3C7N B;  2O8C A;  1RT3 A;  3VQ6 A;  4FK0 A;  2W6K A;  4C23 A;  3C6A A;  3C7N A;  3E1Y A;  4X64 K;  5J2Q A;  1TVR A;  2RE2 A;  2FLO A;  4FJL A;  4CD1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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