3RWUA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with datp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of a Templating Difluorotoluene Nucleotide Residue in an RB69 DNA Polymerase Ternary Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rwuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rwuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rwuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rwuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rwuA03
3DLGA 3O3GA 1TKXA 3TI0A 4KI6A 2FBXA 4KTWA 4CF2A 4H4MA 3KJVA 1VSFA 2D0AA 4CEDA 3I0RA 1HPZA 1VSDA 1JLQA 2GBZA 4Z4FA 1KFDA 2XY8A 5HRSA 1NJYA 4FJ5A 5DK5A 3K5LA 3MEGA 4KB1A 3AV9A 4BDPA 4DU4A 4CF0A 4NYFA 4WE1A 4O55A 3HL8A 5JS2A 3CQ8A 5HLFA 1KFSA 1U4BA 4KPYA 4FLTA 4KV8A 3K5MA 4M3ZA 4FCYA 3I8DA 1C6VA 3HO1A 3F9KA 3NF6A 3LZIA 3SPZA 4J2BA 5HRRA 3KIOA 1LWEA 4RW4A 3MECA 3QO9A 4B9VA 1NJXA 3C95A 3NGYA 1HRHA 3G0ZA 4CJTA 1RT7A 2ATQA 4ZHRA 3D0PA 3SZ2A 3M8QA 4M3RA 4XIUA 3EYZA 3RRGA 3QEVA 1YVUA 5FDLA 4DFJA 5FRNA 3ZSZA 3NF7A 4CECA 4NCAA 2ETJA 4CHQA 1Q8IA 4CEBA 1Z25A 3P83D 3TAMA 1JLBA 3L2WA 3S9HA 3NH2A 1C1CA 1WSEA 3AVKA 3DOLA 1RT1A 3SQ1A 4LSLA 1S9EA 4CEEA 4OPJA 4B9LA 1JKHA 1JLFA 3OJSA 3V9ZA 3HPHA 4K8ZA 2PYLA 3KLFA 1L3VA 1BL3A 3ALYA 4KO0A 2PY5A 3KLEA 1FKOA 4HCCA 1S1UA 3L3UA 2HMIA 1RDAA 3VQ7A 5I3UA 4EZ9A 1CXUA 4CGFA 4DFMA 1C0UA 1Y97A 4O0JA 3SCXA 2VWJA 3ZSOA 3TR8A 4CJVA 2BDPA 4DTXA 3L2VA 3LZJA 2E6LA 2HNYA 1SL1A 4DTSA 4DTUA 1VRUA 2F96A 5KI6A 5KRTA 5FRMA 3QETA 4AHVA 3VQ5A 2HVHA 1QE1A 1C0TA 4DTOA 2ZD1A 2PYJA 3SQ2A 4AHRA 1NKCA 3LDSA 4OPKA 4TSXA 1S6QA 4EP4A 4LY7A 3OS0A 3HVRA 4F4KA 4FJ9A 1A5VA 3SI6A 3EY1A 1L3UA 2NUBA 4CJ3A 3AVMA 3LAMA 3DLHA 4LH4A 3M8PA 4IG3A 4FJGA 3OYGA 2XO7A 3I0SA 4E7LA 4CHZA 3LWMA 4FJKA 2EX3A 2G8HA 2DFFA 4CE9A 2QKKA 4CGHA 4H8KA 4DSLA 5EU7A 4IFVA 4FW2A 4FLZA 1J5OA 2D0CA 4AHCA 3QEIA 1NK0A 3HYFA 5KTQA 2KW4A 3ZSYA 5J2QA 1X1PA 3OYHA 4DTMA 3PX6A 3L2UA 1VSLA 3OYMA 4DFPA 2LSNA 4C8KA 4OGEA 4I7FA 1GOAA 1S1WA 1VSJA 2FC0A 3AVNA 3TAFA 4CJWA 2P51A 1W9HA 3TWHA 1EP4A 4CESA 4ELVA 4GMJB 2D0BA 4N76A 5C25A 3QESA 1QTMA 3DLRA 4IG0A 4E7KA 1UWBA 3LAKA 4FZXC 3ASMA 4LH5A 3ITHA 4AHTA 4FJHA 4NCGA 2KFZA 1RT3A 3DOKA 4GVMA 2G8VA 5KGWA 2WONA 1RBUA 3LPTA 4AHUA 4KKOA 3WNHA 3CM6A 4KI4A 2HW3A 2KZMA 4DFKA 4DTNA 4DF4A 1C1BA 4FK2A 3K58A 4PUOA 1TK8A 1RTIA 3PX4A 3DLBA 2R7YA 2KZZA 3B6PA 4Z4EA 4DMNA 4I9QA 2Z1JA 2DFHA 1VSHA 4O4GA 2OZMA 4I2PA 5J1EA 2XY7A 3TAPA 3U3GA 4CJUA 5J2NA 3RR8A 3B6OA 4E1NA 1S1VA 3OYCA 4F3OA 1BI4A 2HHTA 2YV0X 3HPOA 2KFNA 4FLXA 4B9SA 4IFYA 2VWKA 4DF8A 3HSTB 1NK4A 1I39A 3ZSVA 1KLNA 3VQ9A 3HK2A 1ZBIA 4B8CA 3VN5A 3K5OA 1U47A 1N5YA 5KRSA 2PZSA 1HQUA 3MAQA 4JS4A 2XRIA 1C0MA 2DY4A 1LAWA 1WSGA 2Y1IA 3THVA 3NDKA 3C6TA 1RT2A 3OJUA 4CJ4A 2IS3A 1J53A 4HUFA 3HJFA 1K6YA 4L8RB 4DQRA 3AVGA 4CEOA 5HRNA 1ZBFA 1ZBHA 4FLWA 2HB5A 1HYVA 1SV5A 2GUIA 2G8FA 4FZYA 4DTJA 3ZT4A 3NCIA 1F21A 4FW1A 3T3FA 3NFAA 3SV3A 1QS4A 4DSJA 3K5NA 4Z0UA 3S3MA 5KGXA 4DSEA 3OYEA 3DI6A 4FM0A 5J2MA 3QINA 5CZ1A 3RMAA 4ID1A 3V6DA 3QIPA 1KRPA 1MU2A 1RNHA 3AVIA 1KVBA 2HHUA 3OYAA 2A1SA 4CJKA 1TKDA 3PO4A 4C8OA 4ID5A 4FM1A 4RW8A 3AVFA 3K2PA 4RW6A 3NGZA 3ZSXA 4QOZB 4JRQA 4OLBA 3QIOA 1NJWA 1RTJA 3CFPA 3DLEA 3VQPA 4CJSA 4CK2A 5HRPA 1QSLA 4DSFA 2O4IA 3HM9A 5D3GA 2EHGA 4CEAA 3C6UA 1EX4A 3LALA 3V1QA 3WNGA 3SPYA 1BCMA 3M8SA 5HP1A 4DS4A 1NK8A 4CK1A 4KHYA 4M3TA 4CEZA 3NBPA 3KK2A 1FKPA 3RTVA 1BHLA 1IKYA 1RILA 3M8RA 2A1RA 1BQMA 4KAZA 1J9AA 3NF9A 4DSKA 1UAXA 3CFOA 3SQ4A 1KTQA 3V4IA 3HT3A 5JS1A 4K8XA 3NHGA 2Z1IA 3QNNA 4B9NA 2QK9A 3PUFA 3V9XA 1A5XA 4QCLA 3QNOA 4CIFA 3NH1A 1HMVA 4KRFA 4RW7A 1KVCA 4DS5A 2JLEA 1X9SA 2AJQA 1NK5A 2G8UA 3HPGA 1BIZA 3OYDA 3HXMA 4DTPA 3VQ6A 4CJQA 4HHTA 2YKNA 4OKKA 4B9UA 4FJNA 4LSNA 1TAQA 3SUNA 3D45A 3VQDA 4F3TA 2FBVA 1U49A 4F2SA 4KTQA 1VK0A 3HVTA 4M42A 4KHQA 1L3SA 4M3XA 1XHZA 3VQ8A 1T05A 3RMBA 1SKRA 2F8TA 1WLJA 3MXJA 4O44A 2BE2A 4C8LA 3NF8A 4FJIA 1JL2A 1KLMA 3ULDA 4PWDA 3L3VA 3ZSQA 4HUEA 1JLGA 4BDYA 2YHBA 3VQ4A 3OYNA 3ZCMA 4KTZA 3U3YA 1TK5A 3O4NA 4DQIA 4FJXA 1UOCA 2YNHA 4Z4CA 4DLGA 1RBTA 4FK4A 1GOBA 3SNNA 4FK0A 4JS5A 2JGUA 3V81A 1NKBA 4BACA 4J2AA 1XHXA 2HHWA 2IGIA 3BGRA 1CZ9A 4CFCA 2G8KA 3JYTA 3L8BA 2YNIA 2RF2A 4CF1A 4CHOA 2IOCA 4KHSA 5CZ2A 2HHSA 4PY5A 3QLHA 1IKXA 1JL1A 4CFBA 3KK3A 1B9FA 2OPRA 2ITGA 1SKSA 2ZE2A 1L3TA 1RBRA 3SUPA 3TAQA 2X6SA 4B08A 3NGIA 1ASWA 5C24A 1S1XA 3TABA 2RN2A 4Y1DA 3IRXA 2XY6A 1TKZA 3QERA 3AO5A 5FROA 2FBTA 3MXIA 2OZSA 3K59A 1RT5A 3AVCA 5SWMA 2GV9A 5J2PA 3RMDA 1UA0A 3AVAA 5E41A 1S1TA 2P1JA 4JRPA 1C1AA 3AA4A 3AO1A 3MEEA 3LP2A 4O5BA 1IH7A 1WAJA 1T03A 4CJLA 4B9MA 1BISA 3NH0A 3UIQA 4BE2A 3KD1E 1RCHA 3VQBA 4DSIA 3LP3A 4CEFA 4DU3A 4M3UA 1VSMA 3DYAA 1ASVA 1T7PA 4CF9A 4AILC 4HCBA 1B9DA 2WOMA 2KQ2A 5CY4A 4CJPA 3RMCA 2YNFA 3ZT0A 1BCOA 3CFRA 4CJEA 3OS1A 1S9GA 3AO4A 4FLUA 1NJZA 4FJJA 4CJRA 2ZQBA 4KHUA 5C42A 1BIUA 1RT6A 2B6AA 5SZTA 4I9LA 1NOZA 4OLAA 1Q9XA 1KVAA 3V9SA 4OJRA 1R0AA 4ELUA 3SQ0A 1YTUA 4DWIA 1RT4A 4FZZA 1W0HA 4YFUA 2QXFA 4W5NA 2F8SA 3ZT3A 3O3FA 3AO3A 1QHTA 4YNQA 1HJRA 3CM5A 4CK3A 4W5OA 4ICLA 3U6FA 5HROA 2E6MA 4M45A 4Z4IA 3QEWA 3OYFA 1XI1A 1CLQA 1WN7A 3KD5E 2YHAA 1IG9A 1LW2A 1D9DA 4E7HA 4E7JA 4G1QA 3KK1A 4M3YA 2XHBA 1REVA 1HYZA 4C8NA 1WAFA 4AH9A 3MEDA 3VQCA 3EZ5A 1LV5A 3AA3A 3JSMA 3SUQA 4B9TA 2IAJA 4RG8A 4OKEA 1QSSA 3KLGA 4BDZA 2B4JA 4DTRA 3WNFA 3ZSWA 4JLHA 4E19A 2VG6A 1RTDA 3V1OA 4C8MA 4FJ7A 4DQPA 4DQQA 3T1AA 1RTHA 4CJFA 3HP6A 3SV4A 2Y1JA 1CZBA 1JLAA 1TL3A 4FLVA 4ZTFA 1X9WA 3NE6A 1JXBA 1RDBA 2Z1HA 1WSJA 3F73A 1A5WA 1RBVA 5CYQA 4HTUA 3S3OA 3L2RA 3AVLA 3LPUA 1KCFA 4PA1A 4MFBA 1TL1A 1LW0A 4HUGA 4BE1A 4H4OA 4N47A 4Q5VA 3TARA 1BQNA 3V9UA 3OYLA 1YT3A 4FVMA 4E0DA 3ZSRA 3TAGA 3IG1A 3V9WA 1NK6A 1I3AA 1BGXT 3CG7A 5CYMA 1Q9YA 1GOCA 4FYDA 3AVBA 2X74A 3OVNA 3PO5A 4W5TA 4GW6A 4BWMA 4J2DA 4KHNA 2OPPA 5I42A 3AA2A 1XWLA 4FJ8A 2VG5A 4DQSA 3DRPA 4EZ6A 3AVJA 2G8WA 4CGJA 1TV6A 1VSIA 2OPSA 1HYSA 2E4LA 4E1MA 1XC9A 4W5RA 3WNEA 4CIGA 3DM2A 4J2EA 1RBSA 4CFAA 5K14A 2W42A 2DFEA 1L5UA 3VQEA 4CGGA 4N41A 2VG7A 1HNVA 3SJJA 3AA5X 4DLEA 1FXXA 3T19A 2OYQA 3RRHA 4F8RA 3NAEA 2B5JA 1VSEA 5HBMA 4M3WA 1JLEA 4AHSA 3VQQA 1ZBLA 3A2FA 2QKBA 1Z26A 4NCBA 2IDOA 4IKFA 4OGCA 1UA1A 3V1RA 3DRSA 3VA0A 4UQGA 3AO2A 3OY9A 2KTQA 1LWCA 1NK9A 1D5AA 2P5GA 3IS9A 4N56A 4M41A 3OYJA 3VA3A 1NK7A 3DMJA 2P5OA 3LWLA 1VRTA 1TGOA 3PX0A 4EP5A 3PY8A 3PV8A 1S6PA 3ISNC 1T8EA 1TK0A 2G8IA 3AVHA 3TANA 4N5SA 2HNZA 1LAVA 1G15A 1WSFA 1NOYA 1B92A 1EETA 4IBNA 3ZT2A 4CF8A 4KB0A 1WSHA 4FXDA 3KLHA 2FBYA 1TKTA 3RR7A 4CJ5A 3OYKA 2HHXA 4CGIA 4CIEA 3K57A 2BANA 4IDKA 4DU1A 2OPQA 4NYNA 2Q3SA 1JXEA 2OA8A 1IKWA 4BWJA 1HQEA 1KSPA 4I2QA 1TAUA 3HP9A 2IC3A 4DG1A 2I5JA 3OYBA 4BE0A 4R5PA 1SL2A 2XY5A 1SL0A 1SUQA 3LANA 5DMRA 4CHNA 3IAYA 4MQ3A 2HNDA 3SYZA 4ZTJA 4Y1CA 1HNIA 3KKRA 2DTUA 3OS2A 1D9FA 1FK9A 1EKEA 4RW9A 3QEXA 2RPIA 3C94A 3BDPA 4LD0A 4E7IA 3MXMA 1RDCA 3VQAA 2YNGA 4B8AB 1J54A 2X6NA 3O4QA 3G10A 1S5JA 1CXQA 1IKVA 1WSIA 2BGGA 1DTTA 2RKIA 4CCHA 5T7BA 4PQUA 3P5JA 3S3NA 3LP1A 4E89A 1SKWA 4CHYA 3LP0A 1DTQA 3SUOA 1BI4B 3CYMA 2Z1GA 3KLIA 4QAGA 1QSYA 3P1GA 3L2QA 4CGDA 1O1WA 4FLYA 1YTAA 4F2RA 1VSKA 4HVJA 4CERA 2HHVA 1IO2A 4Z4GA 3TAEA 2O4GA 4CFDA 3QEPA 1U48A 4Z4HA 1QQCA 3OYIA 4B3OA 1DLOA 1JLCA 3FFIA 1U04A 3DLKA 3O3HA 2HHQA 3KKSA 4KREA 3DRRA 1ASUA 1WNSA 4Q0BA 1ITGA 1X9MA 4ELTA 2X78A 4E3SA 1N6QA 2YKMA 3E01A 1ZBUA 4OVLA 4FJMA 3RWUA 4CHPA 1U45A 1LWFA 4O0IA 3ZT1A 1NKEA 4CEQA 4FJLA 1EXQA 3H08A 4W5QA 2D5RA 2HVIA 1TVRA 4KFBA 4OKJA 1ZYQA 4KHWA 3KTQA 1RDDA 1D8YA 4FM2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DLG A;  4FO0 A;  1TKX A;  4KI6 A;  1K8K B;  2RE2 A;  3D6R A;  4KTW A;  5AQW A;  4CED A;  3I0R A;  4DR4 K;  2GBZ A;  1KFD A;  4UY8 O;  1NJY A;  3OGK B;  4FJ5 A;  4K43 A;  3QBW A;  4CF0 A;  4DQ8 A;  3HL8 A;  4WQ4 A;  1BO5 O;  5HLF A;  4H5T A;  1C6V A;  2P9P B;  3HO1 A;  5HRR A;  4J2B A;  3T1H K;  2GEL A;  4B9V A;  1ESV A;  3GOI A;  3O5B A;  4K25 A;  1RT7 A;  2ATQ A;  2ASM A;  1IG8 A;  2VYP A;  2OVR B;  4CEC A;  2ETJ A;  4NCA A;  4CHQ A;  4LF6 K;  2JWL A;  5JIC A;  3PLA A;  3L2W A;  3S9H A;  1NWK A;  3AVK A;  4BRD A;  1NGD A;  1JLF A;  1HPM A;  3V9Z A;  3A5O C;  3KLF A;  1BL3 A;  2HF3 A;  2PBD A;  3N1E A;  3CHW A;  1S1U A;  2HMI A;  4CGF A;  4DFM A;  2VWJ A;  1GLE G;  3G25 A;  3C6N B;  1YIJ N;  4CJV A;  2MW2 A;  1E4G T;  2E6L A;  3ID6 A;  1VRU A;  3QET A;  4FVU A;  4RTF D;  3VQ5 A;  1C0T A;  4XEI A;  4DTO A;  3SQ2 A;  4AHR A;  3CF5 L;  1NKC A;  3HVR A;  4LY7 A;  4JI1 K;  5AQF A;  3LAM A;  4CBX A;  4IG3 A;  1Q86 O;  2YX6 A;  5E26 A;  4FJK A;  2EX3 A;  3LWM A;  2DFF A;  5KPT A;  2QKK A;  3CCL N; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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