3RWUA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with datp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of a Templating Difluorotoluene Nucleotide Residue in an RB69 DNA Polymerase Ternary Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rwuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rwuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rwuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rwuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rwuA03
4CEBA 1RT6A 1VSHA 4M3YA 4J2AA 4PWDA 2DFFA 3PO4A 3QEIA 3DLEA 3SUQA 3VQ7A 1GOCA 4IFYA 1CZ9A 4KKOA 5CY4A 4DMNA 3RRHA 4ZTFA 1NJXA 1WN7A 1L5UA 2HHSA 1U04A 4FW2A 4RW6A 4CEAA 1D9DA 3OVNA 3DRRA 4MFBA 3KTQA 4C8OA 4DSKA 4YNQA 2WOMA 4LSLA 4FM1A 3DM2A 3OS2A 4CHYA 4DS4A 1L3SA 3EY1A 3NGIA 4QOZB 3DI6A 4IDKA 4HUGA 4CFAA 3QNOA 4DLGA 3DLBA 4FLYA 4W5TA 5C25A 4FZXC 3SZ2A 4OGCA 4CJ5A 1VSMA 3AVAA 5DMRA 3WNFA 4ELVA 3CM6A 1LWCA 2OPPA 1C1CA 4HHTA 4CE9A 1NOYA 2XY8A 1FK9A 2YHBA 3OS0A 4C8KA 2RF2A 3AO1A 2P51A 3V81A 2B5JA 1EP4A 4E19A 3OYCA 1BI4A 4FK0A 2AJQA 3G0ZA 3QERA 5KI6A 5HRRA 4EP5A 1JXEA 3F9KA 1ITGA 2HNDA 2HW3A 4BDZA 1TK0A 3A2FA 4CGIA 4R5PA 4DSFA 1JLQA 3T19A 1BL3A 3MEEA 3OYKA 2YKNA 1U4BA 3U3YA 3JYTA 1TKTA 4O44A 1EXQA 1FXXA 4FJJA 4DSEA 3V9UA 1RTJA 1SKWA 4AH9A 3VQ6A 3NDKA 2ITGA 1NK5A 1RCHA 1BIZA 4E0DA 3S3NA 5HRPA 4AHRA 3OY9A 3LWLA 1BCOA 4CJRA 4DQQA 4F8RA 4KHNA 2G8IA 3U3GA 1LAVA 4FJ9A 3F73A 1DLOA 3NAEA 5EU7A 4H8KA 2PYJA 1WSFA 3C95A 4BWMA 3LZIA 3KD5E 2IC3A 4DTSA 5J2NA 1NK6A 4ID1A 5I3UA 4HCCA 4E7LA 1HNIA 3O4NA 2RN2A 1ZYQA 4LH5A 3VQCA 1IKVA 4CCHA 4Z0UA 5JS2A 4HUFA 2HHQA 4CESA 3VA0A 1NJYA 3EZ5A 1NJZA 1SL1A 3OYFA 2Q3SA 1XC9A 4DSJA 3OYMA 3M8SA 3AVMA 4LD0A 2XY7A 1B92A 1S6QA 3OYDA 1TKZA 2Z1IA 3NGYA 1CXUA 1WSJA 2A1SA 2YNIA 3L2VA 4AILC 3ULDA 4I2PA 3RR7A 1ASVA 1KVCA 1RT7A 2Z1JA 3IG1A 3PO5A 3HL8A 1BQMA 1Y97A 4OJRA 4BDPA 4FLXA 1L3UA 4Z4CA 3ZSRA 3CM5A 4ELUA 4KB0A 1U45A 3MECA 2P5OA 2X6NA 4CHPA 4B9TA 3V9SA 3V9ZA 3QESA 4FLWA 1BI4B 1U47A 1T05A 2B6AA 1KLNA 3SV4A 4KTWA 2D0BA 3BGRA 4J2DA 4NCGA 2KQ2A 3HT3A 2E6MA 3HYFA 4KO0A 3AO4A 4O4GA 4CHZA 1HQEA 2HNZA 3OYBA 4JRQA 3TR8A 4FCYA 4DQRA 1QSLA 3OYJA 1F21A 2F8TA 4H4MA 3ZSQA 1VRTA 1WAFA 4DTPA 1VK0A 4CGFA 3LP1A 3UIQA 2F8SA 4IG3A 1SUQA 1RBSA 4JS5A 3QEPA 1S1TA 2WONA 1FKOA 4CEDA 3DLKA 4CJLA 4FJHA 5HRSA 4K8XA 3HSTB 1KVAA 1TKXA 2DFHA 2Z1HA 1U48A 1LAWA 4OKJA 4BE2A 4IKFA 4NYFA 5FROA 3JSMA 1X9WA 4ID5A 3L2QA 3TWHA 1N5YA 4DQIA 1QSSA 1MU2A 3SV3A 4OKEA 4FJXA 1LW0A 4W5RA 3K5NA 5HLFA 1KFSA 1C0TA 1HYZA 1S1XA 3NF6A 1Q9YA 3TARA 3SUPA 4O55A 5HRNA 2HHWA 3SUOA 3K5OA 3AVGA 3L3VA 4E7JA 2IAJA 1S9EA 4FLUA 3AA2A 2HHXA 4HVJA 5KGXA 2F96A 1BISA 4NYNA 1T03A 3CFRA 1JLGA 3AO5A 1C0UA 3AO3A 1A5VA 3OYAA 4BWJA 2EX3A 4KHSA 1C1AA 3ALYA 4KB1A 3U6FA 4CIEA 2DFEA 2YKMA 3QO9A 3KJVA 4F3TA 3VQBA 3M8PA 4FVMA 1RTHA 1J53A 4M3RA 1RNHA 2GV9A 1SV5A 1YVUA 4FLZA 4CJPA 1J9AA 1IO2A 4DFPA 2KZMA 1QHTA 3D0PA 1NK8A 1A5XA 2O4IA 3VQ5A 1HPZA 3S9HA 4FJMA 3B6OA 4CJTA 1JLCA 4FLTA 2G8HA 4Q0BA 2FC0A 2BE2A 3DYAA 3ZT1A 4J2EA 3QETA 5FDLA 3C6TA 4DLEA 3NBPA 4FM0A 3KLFA 4B9NA 2HB5A 3LP2A 1JL2A 1KVBA 5J2MA 4AHCA 1NKCA 2OYQA 2D0CA 1ZBFA 3VQ4A 1NK9A 4K8ZA 1WSEA 3L2UA 2OZSA 4C8NA 4B9VA 1KCFA 4H4OA 3NHGA 1IKXA 1EKEA 2JGUA 1VSDA 5KTQA 3PV8A 3SJJA 2BANA 3IRXA 1TL1A 4CJKA 1CLQA 1TK5A 2OPSA 4F2SA 2OA8A 3LAKA 3MEDA 4DFMA 4FJNA 4BDYA 5J2QA 1HYSA 3K58A 2HHVA 1SKSA 4Z4EA 1TAUA 4E7IA 2KFNA 2VG5A 3QEWA 4B8CA 4CGJA 3TAGA 4CGDA 4E7KA 3AA5X 1DTQA 2X6SA 1NKEA 3LDSA 2D5RA 4DF4A 3TAFA 2E4LA 4KV8A 2QKKA 4AHTA 1D8YA 2JLEA 1K6YA 3O3GA 1ZBHA 3O4QA 3L2WA 1VSEA 4KTQA 4B3OA 3AVCA 3PY8A 4DTUA 3LWMA 1QSYA 4CK2A 3DOLA 4B9MA 3HJFA 4DTJA 3OJUA 3TI0A 1BHLA 4FK4A 2FBVA 2BGGA 3K57A 1BIUA 3BDPA 2O4GA 2P5GA 1Q8IA 3IS9A 3VN5A 3NH2A 3E01A 4RW7A 4N47A 3I8DA 4Z4IA 1C0MA 3KKRA 5CYMA 1VSIA 4FW1A 3WNHA 5T7BA 3PX0A 4Z4GA 3VQPA 1S5JA 4CK1A 4E1NA 3VQDA 2Y1IA 2ZE2A 4ZHRA 3VQ8A 2BDPA 3LPUA 3LZJA 2PY5A 4ICLA 1UAXA 4KRFA 4LH4A 4OLBA 4OKKA 1RBRA 4L8RB 1XHXA 4NCBA 3VQAA 2QXFA 1J5OA 4G1QA 4CGHA 4CF8A 4M3TA 4LY7A 4Z4HA 4QCLA 1QTMA 1RT5A 3KLEA 4DG1A 3SQ4A 3KD1E 4CF2A 1NK4A 4B9LA 1RDCA 4CEFA 3KKSA 3SQ2A 3ZSXA 3TANA 3MXIA 2KFZA 4KI6A 4CECA 1RTIA 1JKHA 4FZZA 4DSIA 2LSNA 2VG7A 3MXJA 3QEVA 4QAGA 3NCIA 4DTOA 2D0AA 2FBTA 3LP3A 2G8VA 2HHUA 1S1WA 3RMBA 4J2BA 4IBNA 3RRGA 3SI6A 1SL2A 4CF0A 3K59A 2DTUA 1G15A 4DTMA 3SPZA 4M45A 3TAMA 1C6VA 2RKIA 1UA0A 1VSLA 4M3ZA 2E6LA 4BE1A 3HPGA 2HMIA 4KHQA 4KREA 4KHUA 2KW4A 1C1BA 3TABA 4B08A 5KRTA 3L2RA 1KSPA 1KRPA 4CEEA 3H08A 3SUNA 4Y1CA 1I39A 3AA4A 1FKPA 3HVTA 1TKDA 1KFDA 1IKYA 4ELTA 3ITHA 4CF1A 4FJKA 1W9HA 3L8BA 1NK7A 3KLIA 4CGGA 1IG9A 1BCMA 4FXDA 4CJ4A 2KZZA 1Q9XA 2VG6A 3P1GA 3OYEA 1HJRA 4CJQA 1O1WA 1KTQA 1A5WA 1YTUA 1RT4A 1RDDA 4IG0A 1Z26A 4CK3A 3PX6A 2OPRA 4RW9A 3ZT2A 3QIPA 4N56A 1XHZA 3DLRA 1I3AA 3B6PA 3ZT4A 4CHQA 2PZSA 4NCAA 4W5NA 3HPHA 3NE6A 5CYQA 2ZD1A 3NF9A 1Z25A 4RW8A 4M41A 2FBYA 2I5JA 2P1JA 1RT1A 4I7FA 4MQ3A 4DU1A 3ZSWA 3RWUA 4F3OA 1KLMA 3NH0A 4CERA 4CJFA 4CEZA 4CFBA 4F2RA 3OYHA 3V1OA 4DF8A 4OLAA 3NFAA 1RILA 1S9GA 3QLHA 2QK9A 3CQ8A 3CYMA 3HPOA 1X9MA 3IAYA 1GOAA 4OGEA 2G8FA 1SKRA 3V1RA 4KAZA 4DSLA 3QEXA 4JLHA 1BQNA 3KIOA 4DFKA 3AVIA 2YNGA 1B9FA 1RTDA 2ATQA 4BACA 3LP0A 4AHUA 1GOBA 4I9QA 3SYZA 3TAQA 2A1RA 3FFIA 4W5QA 4C8MA 1EETA 4E7HA 2HVHA 2RPIA 4W5OA 4M3WA 4CJUA 3T3FA 4CEOA 2PYLA 1WSGA 2G8WA 2YV0X 2W42A 1HMVA 3HP9A 3VQQA 1ASWA 1U49A 4WE1A 5D3GA 3PUFA 3SCXA 4LSNA 3I0RA 1NK0A 4Y1DA 4DWIA 3SQ0A 3SQ1A 5FRNA 1W0HA 3HVRA 5HROA 4FJLA 1JL1A 2ZQBA 2YNFA 1S6PA 4E3SA 4CJ3A 2G8UA 1YTAA 1LW2A 1ZBIA 1WSHA 1LWEA 1X1PA 4IFVA 3WNEA 3LANA 4I2QA 3QINA 3DOKA 4O5BA 1R0AA 4FJ7A 1NOZA 4B9UA 3K2PA 3ZSOA 3LAMA 4EZ9A 1JLEA 5C42A 3DLHA 4O0JA 4RW4A 3O3HA 1D5AA 2EHGA 1RDAA 1RT2A 4FJGA 3AV9A 5CZ1A 1QE1A 3RMCA 4KHWA 2R7YA 2G8KA 5DK5A 4KHYA 3ISNC 2YHAA 3K5MA 4FYDA 3QNNA 3ASMA 4FK2A 1JLBA 3O3FA 1UOCA 1S1UA 4CJEA 1L3TA 4CFCA 5J1EA 1NJWA 4N41A 3MAQA 4Q5VA 5JS1A 3OJSA 4EZ6A 1WLJA 2Z1GA 3OS1A 3C6UA 3KK3A 1YT3A 4EP4A 3V6DA 1LWFA 2GBZA 4CJSA 4FZYA 3ZSZA 3HO1A 5I42A 5KGWA 4XIUA 5C24A 5J2PA 3WNGA 1T7PA 3S3MA 1TL3A 3RTVA 2XY6A 3CG7A 1BGXT 5KRSA 1D9FA 1EX4A 3KLHA 1VSJA 3T1AA 4CF9A 4GMJB 1ZBUA 1ASUA 1ZBLA 4KFBA 1WAJA 3NH1A 5FRMA 4CJWA 3KK1A 3SPYA 4N76A 2XHBA 5SZTA 3HM9A 1QQCA 4FJ8A 2VWKA 3DRSA 3RMAA 2IS3A 3AVLA 3DLGA 1DTTA 1J54A 3AVNA 4CEQA 3MXMA 2KTQA 4ZTJA 2FBXA 1UWBA 2YNHA 2Y1JA 3L3UA 1LV5A 4M42A 4FJIA 5SWMA 4UQGA 2HNYA 3M8RA 1RDBA 3VQEA 1VSKA 2QKBA 3V1QA 3THVA 4B9SA 4CHOA 3RMDA 3MEGA 1JLAA 4TSXA 3CFOA 1B9DA 2OPQA 4OPJA 2DY4A 4DFJA 2ETJA 3ZSVA 3AO2A 4JS4A 3HXMA 2B4JA 3SNNA 1VRUA 3AA3A 3ZCMA 3EYZA 5CZ2A 4DU3A 5K14A 1HYVA 1WSIA 4CIGA 4FM2A 4AHVA 1HRHA 1VSFA 3C94A 3AVJA 4CIFA 4BE0A 3QIOA 2IOCA 4DQSA 3V4IA 1TV6A 4DS5A 3K5LA 2XRIA 1RBTA 1CZBA 4KI4A 2GUIA 3ZT3A 4OPKA 4HCBA 5E41A 4F4KA 3G10A 4GW6A 1TK8A 2HVIA 4DTXA 1X9SA 2IGIA 2VWJA 3P5JA 3V9XA 5HP1A 1CXQA 1XWLA 4OVLA 1TAQA 3D45A 3P83D 1QS4A 3ZSYA 4AHSA 1JXBA 3OYNA 3VA3A 1UA1A 4RG8A 2X78A 3VQ9A 1XI1A 4HTUA 3NGZA 3LALA 1IH7A 1RBUA 3M8QA 1SL0A 3AVBA 2XY5A 3PX4A 3DMJA 4KTZA 3V9WA 3CFPA 2NUBA 1T8EA 3NF8A 1TGOA 3TAEA 1TVRA 4DTNA 2IDOA 4PQUA 4C8LA 4GVMA 3ZT0A 2OZMA 4B8AB 3RR8A 1RBVA 2X74A 3AVKA 4I9LA 4CFDA 4M3UA 3S3OA 4YFUA 4PY5A 1JLFA 3AVFA 2XO7A 4CHNA 4CJVA 4E1MA 3OYGA 4Z4FA 1HNVA 4O0IA 1N6QA 4DU4A 1REVA 3OYIA 3HK2A 3AVHA 2HHTA 4M3XA 4JRPA 4DTRA 4N5SA 3KK2A 4HUEA 1HQUA 1S1VA 3LPTA 4PA1A 4E89A 3I0SA 3TAPA 4DQPA 4KPYA 3NF7A 4PUOA 3HP6A 1WNSA 3KLGA 1RT3A 5HBMA 3DRPA 1NKBA 4FLVA 3OYLA 1IKWA 4FJ5A 1L3VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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