4I9LA

Crystal structure of the d714a mutant of rb69 dna polymerase
Total Genus 308
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
308
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWAMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Remote Palm Domain Residue of RB69 DNA Polymerase Is Critical for Enzyme Activity and Influences the Conformation of the Active Site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase, transferase
molecule keywords DNA polymerase
total genus 308
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4i9lA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4i9lA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4i9lA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4i9lA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4i9lA03
1A5VA 4RW4A 2GUIA 2OA8A 1S9EA 4FLTA 2XHBA 3IG1A 2Y1JA 1CXUA 2HHSA 3S3NA 3HPGA 1C1CA 1RBUA 3ZT3A 3O3HA 2O4GA 4KHNA 4FXDA 3NF7A 4CEAA 3K5MA 2Z1IA 4CF1A 1A5WA 1LV5A 1CXQA 5CZ2A 1SV5A 3NH1A 3OS2A 1TKDA 3ZSOA 1NK0A 4O4GA 1EKEA 4FLWA 1S1UA 3LAKA 4ZTFA 4W5NA 5KGXA 1RTIA 4HUFA 2KFZA 3C95A 4UQGA 4JS4A 1S5JA 1XC9A 3K57A 4Z4EA 4FLVA 4E1NA 1RDBA 4J2BA 4AHCA 1ITGA 1VSHA 5DK5A 3RRGA 3CYMA 1T7PA 3OYMA 4H4OA 2OZSA 1UAXA 4HCBA 5C25A 3HM9A 2Y1IA 1KLNA 3OYJA 2G8WA 1JLAA 1WLJA 2Z1GA 2YKNA 1VSFA 4FJXA 2QK9A 3HJFA 3LWMA 4L8RB 1S1VA 3AO5A 3DLEA 1HQEA 3DLRA 4CK3A 1RILA 4H4MA 3OS1A 4FW2A 4CJUA 3VQ7A 4DS4A 4M3TA 4ZTJA 1QSYA 1TKTA 2PY5A 3K5OA 1WSGA 3QINA 3V9XA 1C0MA 3VQQA 3TAPA 4B8AB 4CJFA 4F3TA 3L3VA 4HUGA 4FZYA 4LH5A 3TARA 2RF2A 4Z4CA 4CECA 4C8OA 4C8KA 3I0RA 4CJRA 4KI6A 4PWDA 1NK6A 3VQEA 4KHSA 4DSJA 3SI6A 1X1PA 4QCLA 4ID1A 1NJZA 3KLIA 4DFKA 3MEDA 4CIGA 4FVMA 1NOZA 2ZQBA 2O4IA 1JLBA 2ZD1A 2BE2A 3TAEA 2P5OA 1I3AA 1BIZA 1BQMA 4CERA 4N5SA 4FM1A 3M8PA 3V1QA 2NUBA 3RR7A 1RDCA 1S1WA 4C8NA 1IKXA 4FK4A 4AH9A 3OJSA 1VRUA 4BWJA 3AA5X 1KVCA 4KFBA 4CJLA 3L2RA 2HHTA 4HUEA 4CEEA 3TAFA 3JYTA 2XY7A 3LP1A 1QSLA 4W5TA 3O4NA 4E7IA 1NK4A 4DQRA 4B9SA 1SKRA 2I5JA 4G1QA 5HRRA 4DF4A 2DFFA 4DTUA 1KFSA 1SL1A 3KK2A 1WSIA 4DF8A 4FJJA 1D8YA 4OLBA 1O1WA 4CJPA 4AHVA 2DFHA 3K59A 1ZBFA 3U3YA 1QSSA 1DTQA 3OYLA 2AJQA 3AO3A 4CHQA 4CEZA 1QHTA 2XY5A 3QIOA 4EP5A 3P83D 3KLHA 5CYMA 2YNIA 4CJ5A 2FBYA 4EZ9A 1BQNA 4KB0A 1L3SA 4Z4IA 4CJSA 2E6LA 5FRMA 3SQ4A 1WSEA 3LP2A 1QTMA 4FLXA 4CGGA 2OPPA 1XHXA 3O3FA 3KLGA 2XRIA 1HMVA 2HNYA 4GMJB 3HPOA 4LD0A 4LY7A 3VQ5A 3T3FA 4DLEA 4E1MA 1RNHA 2X6NA 4IFYA 2YHBA 3L2VA 2B4JA 5HP1A 2PYJA 2BGGA 5D3GA 1BISA 1HYZA 2F8TA 1Q9XA 4M3RA 1Q8IA 3K58A 2HHVA 2WOMA 2D5RA 1LW2A 3ZSXA 1C1AA 4CJ3A 4I2PA 3S3OA 4DQPA 4FJ8A 2F96A 4IG0A 4O0IA 4BDZA 3OYAA 3S3MA 4M3UA 1F21A 1GOBA 2G8IA 3EZ5A 4FZZA 1EX4A 1LAWA 1IG9A 4NYNA 1KTQA 4CFCA 4IBNA 3AVLA 5HROA 3CFOA 1B9FA 4DTPA 3SQ0A 4O0JA 4HVJA 3KK1A 4QOZB 1ZBHA 3LPUA 3U3GA 3TABA 2HW3A 3LPTA 2W42A 4DSLA 4DMNA 2PYLA 4GW6A 3QERA 4ICLA 4DFJA 4DU3A 5JS2A 5HRPA 4DTMA 3L2QA 1L3VA 1D9DA 4N41A 3SUOA 3E01A 4B08A 3SCXA 3OYBA 1SL2A 4OGCA 3IS9A 3AA3A 4W5QA 3AVJA 1IKVA 1HNVA 3NBPA 4JLHA 4FJ9A 4CF9A 3KKRA 4O44A 1KCFA 1SUQA 4HHTA 3DRSA 1BI4B 2IC3A 4CJKA 5HRSA 1L3TA 1QS4A 4Z4GA 2YKMA 3QESA 3KD1E 5SZTA 5C42A 4YNQA 3OYHA 3TAQA 4M3WA 2OPQA 4CEBA 5KTQA 4B9UA 3OYCA 3K5LA 4IKFA 3L8BA 3A2FA 3DOKA 1U49A 4CJQA 3TWHA 1C1BA 1HPZA 3DMJA 4DQQA 4DWIA 4CFDA 4K8ZA 3SNNA 4FW1A 3IRXA 1SL0A 3BGRA 4B9LA 1RDAA 4FK2A 4EP4A 1Z25A 4KHUA 3OY9A 2HVHA 4CHPA 4C8MA 3L2WA 1FKPA 2IGIA 1EETA 3DRPA 3LZJA 4E3SA 1CZBA 5KGWA 4CE9A 4KV8A 3M8RA 3SV3A 4BDYA 1IKYA 1VSEA 3ITHA 3V1OA 4OVLA 2FC0A 2P51A 1RTJA 4OJRA 4H8KA 3L3UA 2JLEA 4KTWA 2YNFA 1L3UA 1MU2A 3ZSWA 4B8CA 3OS0A 3RRHA 3FFIA 3M8SA 3U6FA 3V6DA 4Z4FA 3LWLA 1ZYQA 3OYDA 4CHZA 3NGZA 3WNGA 4FJ5A 1JLCA 4AHSA 4FJ7A 4JS5A 4J2AA 3RR8A 3HVRA 3AVNA 5HBMA 1ASWA 2Q3SA 4DTJA 1WAFA 4XIUA 4HCCA 4OLAA 1C6VA 1REVA 3K5NA 3ASMA 3M8QA 5J2PA 2RKIA 2QKKA 1JL2A 3TANA 1R0AA 4RG8A 1ASUA 4RW6A 2KW4A 3HP6A 4DTRA 3VQ4A 3TR8A 1B92A 4RW8A 4ELTA 3QETA 2HHWA 1JLQA 4LSNA 4CEFA 4CHNA 3MECA 4YFUA 1RT7A 5EU7A 2R7YA 1I39A 4DTNA 2EHGA 2YHAA 3CFRA 4CJTA 4B9VA 3KK3A 3S9HA 4I9LA 3SQ2A 1LW0A 4KO0A 1HRHA 1HJRA 4AHUA 4Q0BA 2BANA 3VQCA 3KLEA 4KPYA 3RTVA 3OYNA 4PY5A 3QEVA 2ZE2A 1LAVA 2G8HA 3ZSVA 3PO4A 3RMAA 3DYAA 4DSEA 4CESA 4IDKA 4Q5VA 2ATQA 5FROA 1VRTA 5I3UA 1NKCA 1HYSA 1WSHA 4BDPA 3NAEA 2IDOA 3HVTA 4DSFA 4CIFA 4QAGA 4ELUA 1CZ9A 1N5YA 1RBVA 3KKSA 1UA0A 4JRQA 3PUFA 2FBVA 4NYFA 3SQ1A 4BE0A 4E7KA 3TAMA 2B6AA 3VQAA 2FBTA 1FXXA 2HB5A 5C24A 2WONA 4W5RA 3QLHA 2VG5A 3DLGA 3LDSA 3VQ9A 3LP0A 4JRPA 3NHGA 1CLQA 4CJVA 4R5PA 1VSDA 1VSLA 4KHYA 3NH2A 2FBXA 2OPRA 5J2QA 4N47A 3VQ6A 5HLFA 3AV9A 3PO5A 2RN2A 5CYQA 4PUOA 1TK0A 3HP9A 4Z0UA 3H08A 1YVUA 1KSPA 1XWLA 3CG7A 2EX3A 1U45A 3DRRA 5FRNA 3KD5E 4DQSA 4B9NA 4CJWA 3NE6A 3QEXA 2DTUA 1KVBA 1FK9A 4CFBA 3PY8A 2VWKA 2D0CA 3TI0A 4E19A 1JLEA 4BE1A 1KFDA 3VQDA 5HRNA 4E0DA 3NF9A 5KRTA 3V81A 3D0PA 3TAGA 2ITGA 4WE1A 4BE2A 1NKEA 4FJHA 3PX0A 1Z26A 2PZSA 2Z1JA 2YNGA 1NJXA 4FLZA 4F4KA 3NF8A 1G15A 4CFAA 1B9DA 3KJVA 1RBTA 1IO2A 4FJMA 4FJKA 1S6QA 3CM5A 3D45A 4FLUA 1UA1A 1T05A 2E4LA 4DS5A 1L5UA 1DTTA 1BI4A 4I2QA 3WNHA 3G10A 3AVCA 4CEOA 4ELVA 4KREA 2QKBA 2HNDA 4NCBA 1WN7A 1Q9YA 4DU4A 3CQ8A 1HNIA 4E7JA 1JXEA 1S6PA 3AA2A 3MXMA 4FZXC 2DFEA 1QQCA 5T7BA 3I8DA 4FLYA 1RDDA 1TL3A 4O55A 5KI6A 4M42A 2GV9A 4M3XA 2XY8A 4E7HA 3QEWA 4DFMA 5J2NA 3PX6A 3JSMA 3DLBA 4CHOA 4DTSA 3AA4A 3VN5A 1X9SA 1VSKA 4DLGA 1RBRA 3V9WA 1RT2A 3B6OA 3EY1A 3B6PA 3AVFA 3SPZA 3WNEA 1ASVA 3HPHA 1BIUA 1NOYA 1U04A 1J5OA 1C0UA 2HNZA 3AVBA 3T1AA 4W5OA 2KZZA 1BHLA 4CHYA 1YT3A 2HVIA 1NKBA 1RBSA 1LWCA 4M3YA 4CF0A 4CIEA 1KVAA 2QXFA 3QO9A 4E7LA 1X9MA 4F8RA 5J2MA 4C8LA 4N76A 3SUNA 2IS3A 3NCIA 1KLMA 1ZBUA 2VG6A 1RT1A 4B9MA 4CCHA 2F8SA 1EP4A 1TK8A 5KRSA 1UWBA 4FM0A 3SYZA 4MQ3A 2OZMA 3RMBA 1T03A 1RTDA 2JGUA 4CJEA 1SKWA 3NGYA 3SUPA 3AO1A 4CEDA 3OYKA 2HMIA 4KRFA 4CK2A 2VG7A 3SV4A 3V4IA 3KTQA 4F3OA 1S1XA 1J9AA 3AVGA 3DM2A 4AHTA 3LZIA 4KHQA 2IAJA 3DLHA 4IG3A 2D0AA 3AO4A 3WNFA 3ZT0A 4DQIA 4FYDA 3SZ2A 1W0HA 1YTUA 3DI6A 4FJLA 3ZT4A 4FJGA 3ISNC 4M45A 1BGXT 3I0SA 2OYQA 1RT4A 1JLGA 3AVKA 4KKOA 3ALYA 4RW7A 4M3ZA 4E89A 3P1GA 2A1RA 3NGIA 2RPIA 4OKJA 4OPKA 1TAQA 1T8EA 1S1TA 2KTQA 5FDLA 1GOCA 4ID5A 1TK5A 4B3OA 2X6SA 3MXIA 3RMDA 3NF6A 3KIOA 4DFPA 4AILC 3OJUA 3CFPA 1K6YA 4CK1A 3UIQA 2P1JA 1TL1A 4ZHRA 1U47A 3AVHA 4FM2A 1SKSA 2KQ2A 1UOCA 1BCOA 1GOAA 4EZ6A 3O4QA 3BDPA 3OYFA 3K2PA 4KHWA 2D0BA 1JL1A 3V9SA 1ZBIA 4FJIA 2IOCA 3ZT2A 3HYFA 3VQ8A 3HXMA 3QEPA 3ZSRA 1KRPA 2HHUA 4OGEA 4DTOA 5I42A 3HL8A 4DTXA 2A1SA 3EYZA 1LWFA 3AVMA 4AHRA 1VSJA 3HT3A 4M41A 3RWUA 2B5JA 3MEGA 2X74A 5CZ1A 4CGFA 5JS1A 3LANA 1ZBLA 5K14A 3OVNA 5CY4A 4CJ4A 4DSKA 3PX4A 4CGJA 1S9GA 4DU1A 1N6QA 3VQBA 1NK7A 4LSLA 3KLFA 3NH0A 4PQUA 3QNOA 1LWEA 3MAQA 3OYGA 4B9TA 3QIPA 3V1RA 4NCAA 1BCMA 4F2SA 4LH4A 1TKXA 1NJYA 2G8VA 1A5XA 3C6TA 1NK9A 4CF8A 4K8XA 1TV6A 1WSFA 4IFVA 3AVAA 3QEIA 4OKEA 1XHZA 1NK8A 2HHXA 4OKKA 4O5BA 3C94A 3VQPA 2KZMA 4NCGA 1VK0A 2HHQA 3LALA 3L2UA 3HO1A 1QE1A 3OYEA 3HK2A 4KAZA 3ZSYA 4HTUA 2OPSA 2ETJA 3G0ZA 4PA1A 2BDPA 4CEQA 3RMCA 3DLKA 1EXQA 3P5JA 2XY6A 2G8KA 3ZCMA 1C0TA 1WAJA 2P5GA 1TVRA 2XO7A 4CGDA 3V9UA 2G8FA 3MXJA 3ULDA 3PV8A 3SUQA 1JKHA 3AVIA 1U48A 4KI4A 1Y97A 1RCHA 2LSNA 3ZSQA 3F73A 1JLFA 4Z4HA 3QNNA 2DY4A 1NJWA 2Z1HA 4CF2A 1JXBA 1IH7A 4FK0A 4Y1CA 5SWMA 3ZSZA 1XI1A 3IAYA 3O3GA 5E41A 4N56A 2G8UA 4OPJA 1FKOA 3OYIA 2KFNA 1RT3A 3NFAA 1VSMA 3LAMA 4GVMA 4F2RA 3AO2A 1IKWA 1J53A 2E6MA 2YV0X 1X9WA 3DOLA 5DMRA 4J2EA 4I7FA 3VA3A 3V9ZA 1BL3A 1RT5A 4MFBA 2GBZA 3HSTB 4KTZA 4FCYA 3F9KA 1YTAA 1U4BA 5J1EA 1HQUA 4RW9A 1TGOA 2YNHA 1VSIA 1WSJA 4CGHA 3ZT1A 2X78A 4BACA 3VA0A 1NK5A 4I9QA 4CGIA 3THVA 4J2DA 3CM6A 3C6UA 1TAUA 4KB1A 4BWMA 2VWJA 1D9FA 1J54A 4Y1DA 4DSIA 1DLOA 3MEEA 3T19A 1D5AA 1W9HA 1HYVA 1RTHA 4DG1A 1WNSA 4KTQA 4TSXA 3SPYA 4FJNA 3NDKA 1TKZA 3LP3A 1RT6A 3SJJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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