4I9LA

Crystal structure of the d714a mutant of rb69 dna polymerase
Total Genus 308
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
308
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWAMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title A Remote Palm Domain Residue of RB69 DNA Polymerase Is Critical for Enzyme Activity and Influences the Conformation of the Active Site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase, transferase
total genus 308
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4i9lA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4i9lA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4i9lA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4i9lA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4i9lA03
5KRSA 3TAQA 4E7KA 5JS2A 2QKKA 3L8BA 2IC3A 3ZSVA 3TAPA 3QEPA 1FKPA 4OLAA 4CERA 4DTSA 3L2WA 3EY1A 4FM0A 3TABA 1LW2A 2D5RA 3HPHA 4Z4EA 4O55A 4CJPA 3O3GA 4E19A 2XY7A 2KZZA 5C24A 1QE1A 3VQCA 3P5JA 1XHXA 1X9SA 2G8VA 1VSEA 4PUOA 4I2PA 3QNOA 1VK0A 3PO4A 1TK5A 1LAVA 3CQ8A 1JLFA 4E7HA 3JYTA 3VQ6A 2BDPA 2VWKA 1JL2A 5K14A 4CHNA 4O44A 4CIFA 4BACA 3M8QA 1RTDA 2BANA 3SV3A 4CECA 4GMJB 4O4GA 2YHBA 3SV4A 2ITGA 3P1GA 1J9AA 4E1NA 1XI1A 1HQUA 1TK8A 1D9FA 3MEEA 2G8UA 2O4GA 2B4JA 3VQ9A 2XY6A 4XIUA 4J2EA 1YT3A 3K58A 2QK9A 1FKOA 3SCXA 3I0SA 4GVMA 2FBYA 3G0ZA 1NOZA 4LD0A 4KV8A 4DLEA 4OGEA 1HMVA 4RW6A 2HVHA 3OYJA 3THVA 4Y1DA 4M3XA 2P5OA 1O1WA 1JLEA 4DQIA 1BI4A 3NH1A 1WAFA 4BDZA 3VA3A 1I3AA 1RBRA 2YV0X 1EP4A 4FZZA 4ZTJA 3C95A 3V9ZA 1CXUA 2Z1JA 4MFBA 1A5XA 4CEAA 3HJFA 5J2PA 1C1BA 2DFHA 4OPKA 3K5NA 1ITGA 2VWJA 2DTUA 2HNDA 3DRPA 3L2VA 4CGHA 3TWHA 1ZBUA 4WE1A 3KK2A 3K59A 2B5JA 3F73A 2RN2A 5HRNA 3T19A 4HTUA 3LDSA 4W5QA 3OYIA 4ZHRA 4FZYA 1YTAA 4CJ3A 3ZSYA 2DY4A 4QCLA 4CIEA 3M8RA 4OKJA 4CFAA 1Q8IA 3AVNA 2XY8A 1YTUA 1EETA 4DSFA 1D8YA 4DTXA 3ZT2A 1WAJA 3AA2A 3AVBA 4JS4A 4DFMA 1U04A 5I42A 1DTQA 4E89A 3AVJA 2P5GA 5HROA 2VG5A 4NCBA 1J5OA 4CK2A 4TSXA 1RTJA 3LALA 2G8KA 1U4BA 4IDKA 2DFFA 2B6AA 4N5SA 2A1SA 3WNFA 3OS1A 4HUEA 4M3RA 4KHNA 4O5BA 4DU1A 2FC0A 4OVLA 3OJSA 4FJKA 5E41A 3LAMA 5KGXA 3AVLA 2JLEA 3QLHA 4NYFA 2F96A 4FJHA 4AHSA 2OPQA 1KFDA 1Q9XA 1HNVA 4FJGA 4FLZA 4CEBA 2HHSA 1XC9A 2X6SA 4H8KA 3OYNA 4M3TA 1WSJA 3LP1A 1BIZA 3S3MA 1B9DA 2G8FA 4IKFA 1C1AA 1JKHA 2WOMA 1IKYA 5HP1A 4L8RB 4KB0A 2XO7A 4FLVA 1BL3A 4FJ9A 4W5RA 3WNGA 4AH9A 4FJNA 4DS4A 4KAZA 3QEVA 1ZBFA 4HCCA 4JLHA 1KRPA 1CZ9A 4J2BA 5HBMA 3PX6A 4KHWA 4CJVA 3O4QA 4FK2A 3T3FA 1IKWA 1W9HA 4FJIA 3VQPA 3V9XA 3SPYA 4C8OA 4CGIA 1J53A 2QXFA 3ZSOA 4PWDA 3VA0A 3LPTA 3V4IA 2W42A 2HHTA 3RR8A 1FK9A 4IG3A 3AA4A 3L2RA 4B9UA 1TAUA 3DLBA 4NCAA 1WNSA 1VRUA 3K5OA 4HUGA 4I2QA 1R0AA 1JXBA 3P83D 4LSNA 3HVRA 4E1MA 3AVIA 3HSTB 2X78A 4DG1A 1RT1A 4CHPA 4DQPA 4F3TA 4FJMA 3IS9A 3CM6A 4LH5A 4CEOA 4Z0UA 1TKXA 1X9MA 3D0PA 1L3VA 3V9SA 2JGUA 4FLUA 4FXDA 1S1VA 1GOCA 1U45A 3QEXA 1RBUA 4B9MA 4FJJA 2ZD1A 3LZJA 1BIUA 1RT6A 3ZT3A 1NK8A 3SUOA 1KCFA 1ASUA 4BDYA 5CZ2A 1DLOA 1S5JA 1X9WA 1HQEA 1A5WA 4IG0A 4C8NA 3HYFA 4O0JA 4JS5A 3CFPA 2OZMA 4J2DA 1S1TA 4H4OA 3V1OA 4CJ5A 3NGZA 3OYKA 1SL1A 5FRMA 4YNQA 4KHSA 3NHGA 1JL1A 4DF4A 3OYLA 2NUBA 2RF2A 2OA8A 3KLFA 1ZBLA 5KI6A 2GV9A 4IBNA 4DTNA 3OY9A 4FYDA 4FW1A 4M3WA 3SQ1A 3V9WA 3QINA 4DMNA 2VG7A 4FK4A 3FFIA 4JRQA 1QHTA 3TAFA 4DTRA 4AHTA 1S1UA 4KI4A 1NK4A 4J2AA 1NKBA 4LH4A 1VSJA 3VQBA 2F8TA 4FJ8A 2Z1IA 4FW2A 3AVAA 4ELVA 4B9LA 4CHYA 4CEZA 3LWLA 5SZTA 3VQ4A 3DRRA 1HYZA 3ISNC 4EZ6A 5J2NA 1ASWA 4CF9A 1WSEA 4E7JA 3B6OA 4CJWA 1RCHA 5SWMA 4PQUA 1TKZA 1SL0A 3OJUA 2DFEA 2ATQA 3OYGA 3CFRA 3K2PA 5HLFA 3V6DA 3L2QA 1T7PA 4IFVA 1RILA 1Y97A 4AILC 1TK0A 4M41A 5C25A 3HM9A 3S9HA 4Q5VA 3D45A 2YKMA 4H4MA 4DFJA 4CGJA 5CY4A 2XRIA 1L3SA 2GUIA 1QSSA 1NKEA 3VQEA 3I8DA 3WNEA 3TARA 3DI6A 4DQQA 4FLYA 2KZMA 4CJFA 4CFCA 4BDPA 4M3YA 3KIOA 1TVRA 5J2QA 4DSKA 4FVMA 1G15A 4Z4CA 2YKNA 4ID5A 3QNNA 3PX4A 3S3OA 2KTQA 2RPIA 2OPPA 3NAEA 3AVGA 1KLMA 2D0AA 4C8MA 2HHUA 1RDAA 3HPOA 3DLRA 3MEGA 5KGWA 4B9VA 1N6QA 4C8LA 3DLEA 4CJQA 1L5UA 3QEIA 2OPRA 3RMAA 1NJYA 3C6UA 1TV6A 2PZSA 4CK3A 3CG7A 1KFSA 5FRNA 2IGIA 3ALYA 4CEQA 3DMJA 3T1AA 4E3SA 1IKVA 3IG1A 4KB1A 1NK7A 4QAGA 3KK1A 1RBVA 4ICLA 3SUQA 1RT2A 1B9FA 2YNHA 2WONA 3KLHA 3M8SA 1S6QA 2KQ2A 4AHRA 3NBPA 1SKWA 4KREA 4UQGA 1HYSA 2BE2A 4AHCA 1VSHA 2E6MA 4PA1A 1TGOA 1KTQA 4DSIA 2O4IA 3PY8A 3AO4A 4CEDA 2A1RA 3SPZA 4EZ9A 3LANA 2KFZA 4N56A 4RG8A 1SV5A 2Z1HA 5FROA 3U3GA 1NJXA 1RNHA 4DFKA 2HW3A 1RT7A 1J54A 4RW9A 5HRPA 1VSMA 4HUFA 4DU3A 3BDPA 4FZXC 1QQCA 1RBSA 3LP2A 1QSLA 4DFPA 3S3NA 2HHVA 1IG9A 1MU2A 4M45A 3KKRA 2HMIA 1HYVA 3SI6A 1VSIA 3K5LA 2XY5A 1T8EA 3DLHA 3NF7A 3KLGA 2E6LA 4MQ3A 1XHZA 3K5MA 4DQSA 1RT5A 3NGYA 3F9KA 3ZSZA 4RW4A 3HXMA 1JLAA 3PX0A 3VQAA 1BQNA 2FBVA 1SUQA 1EX4A 4CGGA 1WN7A 1VSFA 3HP9A 1BCMA 4CJSA 3JSMA 3U3YA 4CJUA 3B6PA 3IRXA 5FDLA 1ZYQA 2HNZA 1JLGA 3H08A 3NH0A 4HCBA 3DM2A 3PO5A 1S9EA 4I9QA 3TAMA 4DS5A 2FBTA 4AHUA 3SUPA 3QIOA 4F2SA 2PY5A 3HP6A 5CYQA 3OYHA 4K8XA 3TAGA 1WSFA 3NF8A 3RTVA 4M42A 1YVUA 3HVTA 3SZ2A 4F3OA 1JLCA 1FXXA 1ASVA 1BHLA 1GOAA 2D0BA 3VQ5A 1ZBIA 3OYFA 1NK9A 1QSYA 5J2MA 3EYZA 4ELUA 1LWFA 3G10A 3QEWA 3M8PA 4CESA 4KKOA 5T7BA 1JLQA 2X74A 2ETJA 3KLIA 2QKBA 4LY7A 3HK2A 4KO0A 1LWCA 4CGFA 4ID1A 4M3UA 1BGXT 2OZSA 1LV5A 1RT3A 4M3ZA 1LAWA 4FM2A 1C6VA 4B9SA 3C94A 3DLGA 3O3FA 2P51A 4DTPA 1KVCA 2G8IA 4KRFA 1LWEA 4CGDA 1IH7A 3ZSQA 4CEEA 3DOKA 1S9GA 4DF8A 3U6FA 1C0TA 4OGCA 1SL2A 2RKIA 3AO5A 2KFNA 1C0UA 3VN5A 3QERA 4OLBA 3RWUA 4QOZB 1LW0A 3E01A 3K57A 3MAQA 4NYNA 2FBXA 4PY5A 4HVJA 1EKEA 3BGRA 4BWMA 3ZSRA 4EP5A 4DSLA 3HPGA 4OJRA 1UOCA 4W5NA 2ZE2A 4DTMA 1BI4B 4KHUA 3IAYA 1BQMA 3OYDA 1NKCA 2EHGA 3DOLA 1K6YA 1S1XA 3V1QA 4DSJA 4KTQA 1KVAA 3VQ8A 3HL8A 1T05A 2OPSA 1KSPA 2G8HA 4CIGA 4KI6A 3LPUA 3LWMA 4HHTA 3SNNA 2R7YA 4FLTA 3AVKA 3NF6A 4BE1A 3CM5A 4JRPA 4G1QA 4FLXA 4DQRA 4FM1A 4F4KA 1TAQA 1RDCA 2OYQA 1CZBA 1NOYA 3DLKA 1UAXA 3VQQA 4EP4A 5C42A 4CJRA 3EZ5A 1F21A 4CEFA 4CF1A 1QTMA 3HT3A 4FK0A 1TKDA 4C8KA 4KHQA 3V9UA 3SJJA 1Z26A 3AVFA 3OS2A 3DYAA 3AO3A 3NGIA 4FJ7A 1VSKA 3ITHA 1DTTA 1D5AA 4DSEA 3AVHA 1HPZA 2HHXA 2VG6A 3KD1E 2YHAA 3MXJA 4OKEA 3NCIA 1CLQA 5DMRA 4O0IA 3RR7A 3TI0A 1A5VA 2YNGA 4DWIA 2X6NA 4GW6A 4RW7A 4E0DA 4Q0BA 4B8AB 4Z4FA 3O4NA 4B9NA 3KD5E 3A2FA 1RDDA 3SYZA 3MXMA 3AVCA 1B92A 1S1WA 2IOCA 4I9LA 3VQ7A 4R5PA 1HRHA 4DLGA 2E4LA 3AO2A 3QETA 3TAEA 1W0HA 2XHBA 4K8ZA 1VSDA 1X1PA 3I0RA 3LP0A 4CHZA 2PYLA 3DRSA 3OYEA 3ASMA 3LAKA 3SQ4A 4BWJA 1L3UA 1KLNA 4FJ5A 3RRGA 1RBTA 5D3GA 2Z1GA 3ZT0A 3LZIA 4FJLA 3O3HA 1NJZA 1RTHA 4KTWA 3V1RA 2I5JA 4FLWA 1EXQA 2EX3A 1RTIA 3NFAA 2HNYA 2PYJA 2F8SA 4KHYA 4CF0A 4CHQA 1BCOA 2HHQA 2HHWA 4CJLA 1IO2A 1JLBA 1JXEA 2ZQBA 5CYMA 4ZTFA 4LSLA 4B9TA 4B8CA 1GOBA 3OYCA 1C0MA 4I7FA 3OS0A 1L3TA 5DK5A 4KPYA 1HNIA 4DTJA 5KTQA 1NJWA 1WSHA 4ELTA 4IFYA 3QO9A 3ZSWA 1T03A 5CZ1A 3VQDA 4CJ4A 4CJKA 4OKKA 3TANA 3AVMA 2AJQA 1REVA 1XWLA 3ZCMA 1RDBA 4W5OA 1VRTA 4FCYA 2Y1JA 3OYMA 4F2RA 1I39A 3TR8A 3NF9A 3RMDA 4Z4GA 3V81A 3SUNA 1QS4A 4CJEA 4CK1A 3RRHA 3ULDA 2D0CA 1NK5A 1NK6A 4DU4A 3WNHA 3AA5X 4CF8A 3L2UA 1ZBHA 3NDKA 4Z4HA 1WLJA 4FJXA 4CHOA 3NH2A 3KK3A 4BE2A 3OYBA 1VSLA 3AV9A 2LSNA 5KRTA 1NK0A 1IKXA 5I3UA 3AO1A 4KTZA 2IS3A 2YNFA 2YNIA 3ZT1A 3KLEA 4N41A 4CJTA 3OVNA 1U48A 3KJVA 5EU7A 4DTUA 3RMCA 1SKSA 5J1EA 2G8WA 3KKSA 3MEDA 3QIPA 4CF2A 1BISA 1CXQA 3C6TA 2HB5A 4NCGA 4CFBA 4W5TA 1U47A 2GBZA 3L3UA 1UA0A 3PUFA 2HVIA 1S6PA 1UWBA 2P1JA 2KW4A 1UA1A 4DTOA 3LP3A 3UIQA 4BE0A 4Y1CA 4RW8A 1SKRA 1C1CA 3ZSXA 4OPJA 1TKTA 2Q3SA 3NE6A 1WSIA 4Z4IA 1KVBA 3SQ2A 4F8RA 1Z25A 3RMBA 1N5YA 3HO1A 5HRRA 1U49A 5HRSA 3CYMA 3KTQA 4E7LA 2IDOA 4YFUA 5JS1A 4KFBA 4N47A 4N76A 3ZT4A 1WSGA 3MECA 2Y1IA 3QESA 2BGGA 3CFOA 4CE9A 3SQ0A 4CFDA 3MXIA 3AA3A 1TL1A 4B3OA 4E7IA 1HJRA 1D9DA 2IAJA 1TL3A 4AHVA 1Q9YA 4B08A 4CCHA 1RT4A 3OYAA 3PV8A 3L3VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GKKK 2QXLA 3TPQA 3L8BA 3ZSVA 1FKPA 4DTSA 3EY1A 1XVEE 1QQMA 2XY7A 3J8AA 3VQCA 1FZ5E 3P5JA 4PUOA 1VK0A 2JQTA 3PO4A 1XVFE 1TK5A 3ATVA 3N4PA 2B1EA 2VWKA 1JL2A 5K14A 3PIPL 1RTDA 2OTLN 3M8QA 1LDKE 2BANA 2P9SA 4CBUA 3V7DB 3SV4A 3TSUA 4KBOA 1HQUA 2G8UA 4CZJA 4XIUA 2ZJRL 5AQWA 4GVMA 4CW7B 4I6MB 1SZ2A 3G0ZA 2O8FA 4LFBK 1NOZA 3CF5L 4OGEA 4BC5A 4M3XA 1O1WA 1BI4A 4V19S 3IUCA 2CGJA 3C95A 3O5BA 1K8KA 1M1KO 3E9PA 5ADXH 4OPKA 1Q82O 1XMFE 2DTUA 2VWJA 3C6AA 3CCJN 4WE1A 3KK2A 4JKGA 3K59A 5HRNA 2KLAA 3LDSA 3OYIA 4QS9A 1DEJA 4BREA 4A57A 4ZHRA 4QCLA 4CJ3A 3ZETA 3M8RA 4CFAA 1Q8IA 3C7NA 4WFBL 2E1ZA 5BRHA 1D8YA 1RGIA 1WAJA 3AA2A 3AVBA 1FZ9E 1XQSC 4AM6A 1XMGE 4IWVA 3LDQA 4FWOA 1GLCG 3K2OA 3M3ZA 1U4BA 2DFFA 2B6AA 4N5SA 4CZFA 4LF6K 4HUEA 4M3RA 4O5BA 4OVLA 1BA1A 2E2PA 3OJSA 3G71N 3LAMA 2JLEA 2B7MA 4B1ZA 5KPTA 2YCHA 1WSJA 3Q7CA 3S3MA 2G8FA 1E4FT 4IKFA 1JKHA 5AQRA 5HP1A 2JHAA 4KB0A 5I9EB 4FLVA 4W5RA 5GINA 4AH9A 4FJNA 1HKGA 4DS4A 1KRPA 3RSEA 4X5MA 5TKYA 3O4QA 3LDBA 1T44A 1NMDA 2F9TA 4FWNA 3SPYA 3GOIA 1XC3A 1J53A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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