4M3XA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3xA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3xA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3xA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3xA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3xA03
3VA3A 1JXBA 4CE9A 3SZ2A 4DU4A 4C8KA 4N76A 3AO3A 4KKOA 4O55A 4FLTA 4J2AA 2VG7A 1ASWA 2IS3A 4AH9A 1U48A 4CECA 3T1AA 4CEEA 4KPYA 4M42A 4FK2A 4CF2A 2G8UA 4ELUA 1J54A 2DTUA 2DFHA 1HYSA 2WOMA 4KFBA 4ZHRA 4CHNA 1LAWA 3KLGA 5CYQA 4DTNA 3O3HA 3M8PA 1WNSA 3MXIA 3NH0A 3EZ5A 3ISNC 1WAJA 2OPQA 5DMRA 1Y97A 2IOCA 3T19A 3SCXA 3KJVA 4IG3A 4CCHA 3M8SA 4OKKA 3NGYA 2D0CA 3VQEA 4L8RB 4CJ3A 2GV9A 1YVUA 4N5SA 4W5TA 4B9UA 3G0ZA 3HPGA 3C6TA 3ZSRA 4CJRA 1WSJA 1BI4B 4FK0A 1KLMA 3PX0A 4MQ3A 1UAXA 4OJRA 1BL3A 3QEVA 3AO4A 4M3RA 1NJZA 4DTRA 3OYJA 4DSFA 4KAZA 3SV4A 1L3UA 4RW9A 4FLWA 1EX4A 3KLEA 1CXQA 4QCLA 1TL1A 1RT5A 2P5GA 1VSEA 4YNQA 4B3OA 4ID5A 3U3GA 3HK2A 4E7IA 4B9SA 2YNFA 4AHUA 4CGDA 5KGXA 1NK5A 4FJGA 1WN7A 1X1PA 3QNNA 3L3VA 4CJKA 3OS0A 3K59A 1L3SA 5HRRA 4DTOA 4H4MA 4DQIA 5SZTA 2QKKA 3PO5A 4PWDA 4LD0A 1NJWA 4FJKA 1JLQA 4FJ9A 1RTHA 1ZBLA 4LSNA 2KFZA 1B92A 1S9GA 3PY8A 1BI4A 4FLXA 3ITHA 3EY1A 4FM1A 4KHSA 3DRSA 4CJPA 2VWJA 2NUBA 4FYDA 3SUNA 3C6UA 3S9HA 1RT3A 4CHOA 3CQ8A 3BGRA 3KLHA 1VSJA 4Y1DA 4M3ZA 1R0AA 2G8IA 4KRFA 1TV6A 5JS2A 1J9AA 4CFBA 4B9NA 3KTQA 4ELVA 2D0BA 1SL2A 1L3VA 2HNDA 3NF7A 4FVMA 3KLIA 4E3SA 4IFVA 3CG7A 4G1QA 3VQ9A 3VQ8A 3WNFA 4DQSA 1NJXA 1RTDA 1KFSA 2BGGA 2OZMA 4HCCA 3VQ6A 4CF1A 4K8XA 4CK3A 1EP4A 3DI6A 2RF2A 1L5UA 4AHRA 4CFAA 4F4KA 4KHWA 3SUOA 5C24A 4DTPA 4M3WA 2A1SA 4GMJB 4OPJA 4J2DA 1RNHA 3ZCMA 3OS1A 3V9SA 4EZ9A 3NCIA 4I2QA 1KSPA 4FJLA 3DOLA 3DM2A 3LAMA 3MECA 2G8FA 1Q9XA 3M8RA 4Z4EA 3I8DA 4Q0BA 2F96A 4OPKA 2O4IA 1TGOA 1KVBA 1RT7A 2O4GA 2YKNA 3L2RA 4DQPA 4CEQA 3QEWA 1DTTA 1YT3A 5KRTA 1ASVA 2VG5A 4FJJA 1JL1A 2Z1HA 3OYCA 4XIUA 3HYFA 4DQRA 2G8WA 3JSMA 4DU1A 5HP1A 2G8KA 4OLAA 1FKOA 3QO9A 1A5VA 3SQ1A 1FXXA 5CY4A 3LP1A 4Z4CA 4FK4A 3V9UA 3AV9A 3P83D 5HRNA 4E1NA 5C42A 1VK0A 1LV5A 1HPZA 3KD5E 4BE2A 1KFDA 3L8BA 4PQUA 2VWKA 4F2RA 1S1WA 4OKJA 4N47A 1BIZA 1U04A 4FM2A 1RT1A 4CGJA 3LWMA 4DS4A 4FLVA 1QSYA 1LWFA 1IO2A 2Q3SA 2HHWA 3O4QA 4IFYA 3RWUA 4B9TA 1Z25A 4JRQA 1RT6A 2RKIA 4RG8A 4CGFA 3VQQA 3NH1A 1NK7A 1NKEA 1RTJA 4FJ5A 1RBVA 4E0DA 1C1AA 2FBYA 2KW4A 1W9HA 5J1EA 3V9WA 1LW0A 3P1GA 4KHUA 4C8NA 3AVAA 3VQCA 4DG1A 2HVHA 2XO7A 1WSGA 1VSHA 3K58A 4CJSA 2D0AA 4HVJA 1VRUA 4HCBA 4LSLA 5FDLA 4JLHA 2BE2A 3RR8A 3AVKA 3HT3A 4Z4GA 1X9SA 2IAJA 4Z0UA 2XY5A 4NCGA 4CEFA 4DFPA 1EXQA 3I0SA 4NCBA 3LZJA 1HRHA 1Z26A 1B9FA 4E1MA 4Q5VA 4PUOA 1SL0A 1J5OA 1D5AA 1TKXA 3JYTA 4DTXA 4CFDA 4CHQA 1NK0A 1VSMA 5KTQA 3LWLA 1GOBA 2G8HA 3SQ4A 3K5OA 2E6LA 3SPZA 4FJMA 3M8QA 4E7KA 2HMIA 3SUQA 2HHTA 4M3YA 4KTWA 4BDPA 3NFAA 4CK1A 4CIFA 1TKTA 2E4LA 1VSDA 2HHXA 1XHXA 4CJVA 4EZ6A 4E7HA 2YHBA 3F9KA 2XY7A 3AVHA 1D8YA 4AHTA 3K5NA 3QEPA 3FFIA 4DSKA 3NAEA 2QXFA 2YNIA 3CFOA 3KKSA 4Z4HA 3T3FA 1NJYA 5KRSA 2X6NA 2HHQA 1RILA 4CJUA 2F8SA 4C8LA 1RBSA 4E7JA 4PY5A 2X74A 4FLYA 1ZBFA 4I9QA 1VRTA 4CF0A 4NYFA 3ASMA 2W42A 4DTJA 3TAEA 4IBNA 3KIOA 3LPUA 4RW8A 4JS5A 4DFMA 1NKCA 3VA0A 4CEZA 4E7LA 1NOYA 4DU3A 1BQMA 1C1CA 1S6QA 3HPHA 3DLEA 3OYDA 4DFKA 4KREA 2RPIA 1NK8A 1DLOA 3NF9A 1HQUA 2D5RA 4RW7A 3RRHA 1T03A 1LW2A 3TAGA 2OYQA 3OVNA 4WE1A 1YTUA 5KI6A 4W5QA 3AVFA 1BIUA 1VSIA 4EP5A 4FJXA 1KCFA 3RMAA 1WLJA 1TKDA 2ATQA 3AVIA 1YTAA 2HNYA 1TKZA 1SUQA 4DSEA 3TAPA 4CJ5A 2ETJA 4M41A 1IKXA 1QHTA 1WSHA 3AA4A 4DTMA 1K6YA 1TK0A 1IKYA 4FXDA 2KTQA 3CM6A 2ITGA 1EKEA 4W5NA 4I7FA 4IDKA 1C0MA 2EHGA 1T7PA 1JLBA 1NOZA 3WNEA 2XY6A 3HPOA 5J2MA 1FK9A 2DY4A 1HMVA 1JKHA 3KK1A 1LAVA 3NGZA 1UA1A 1ZBHA 3MXMA 4B9VA 1RDCA 3G10A 4DS5A 1BQNA 4F3OA 3PX4A 3AO1A 1U45A 3TAMA 3DLHA 2VG6A 3AVJA 1C6VA 4O0JA 4AHSA 3NH2A 2QK9A 4CHZA 4W5OA 3LANA 4FJ8A 4DTSA 4M3UA 2YKMA 3ZSXA 4DSIA 3S3NA 1S6PA 2BANA 3LP0A 4CGHA 4DF4A 1HJRA 2I5JA 4GW6A 2FBTA 4CEAA 3RMCA 5T7BA 1U4BA 3QNOA 3VQ4A 4KI4A 4E89A 2YHAA 2FBXA 4KTQA 1JLFA 4CF8A 1HYZA 3SQ2A 3HP9A 5SWMA 1NKBA 3QETA 5CZ2A 4FM0A 3RRGA 3KK3A 1IG9A 1A5WA 1S1TA 3VQDA 3IRXA 5FRNA 2Y1JA 3OJUA 1BCMA 2OZSA 1LWCA 2JGUA 3V6DA 4FJ7A 1JXEA 3MEEA 2OPPA 3HM9A 3K57A 3NE6A 3V4IA 1NK4A 1KRPA 1F21A 4HUFA 1BCOA 3ZSVA 3OYAA 1NK9A 4FZZA 2HW3A 4Z4IA 4DMNA 3VQ5A 1X9MA 1ZBIA 3LDSA 3TAFA 4AHCA 2HB5A 3O4NA 1BHLA 3VQAA 4M3XA 4CK2A 3OS2A 1RCHA 3WNGA 1T8EA 3DLBA 4KB1A 2GUIA 3DYAA 1ITGA 4DQQA 1BGXT 1WSEA 2OA8A 5C25A 4C8MA 3MAQA 2F8TA 2IDOA 1TK8A 3HVRA 3CYMA 3QIPA 4OKEA 3H08A 5CZ1A 4DSJA 2X6SA 3I0RA 4CEDA 2YNHA 3AVCA 5HRSA 4HHTA 5FROA 3DRRA 3V1OA 4HTUA 2YNGA 4CJ4A 3TARA 1IH7A 1IKVA 4MFBA 1C0TA 5KGWA 4GVMA 3OYFA 5HROA 4CFCA 1ASUA 3K2PA 1SV5A 4FLZA 3LZIA 1NK6A 3V9XA 4O4GA 1N5YA 4CIEA 1WAFA 3HO1A 3L3UA 3OJSA 4KO0A 3MEDA 3NHGA 4FLUA 4CERA 1U49A 3NF6A 3LP3A 4CJTA 1D9DA 1I39A 4KB0A 3PUFA 4IKFA 3DMJA 5I42A 3B6OA 4ICLA 4QOZB 4IG0A 4FCYA 4RW4A 1RDAA 3OYIA 3HL8A 1EETA 3MEGA 1Q9YA 4N56A 3TWHA 3S3OA 2KZZA 3QEIA 1A5XA 3B6PA 2DFFA 4BWJA 3V81A 4OLBA 2PYJA 3SPYA 3SJJA 3IAYA 4LH4A 1CXUA 5FRMA 4QAGA 3AA5X 4DWIA 1ZBUA 2AJQA 4NCAA 3VQPA 3SUPA 2IC3A 3MXJA 5CYMA 3ZT4A 1XC9A 3AVNA 1VSKA 4FJIA 3O3GA 5HBMA 3VQBA 1XHZA 2OPRA 2WONA 3WNHA 2EX3A 2ZQBA 2XRIA 3SQ0A 1REVA 5J2QA 1I3AA 4BACA 4OVLA 3AO5A 4DTUA 5EU7A 3OYEA 1CZ9A 3C95A 3VN5A 1HNIA 4KHQA 1X9WA 1U47A 2B5JA 4KHNA 3KKRA 3ZSYA 3OYMA 1S5JA 4H8KA 5HRPA 5JS1A 3OYGA 3L2VA 1JLGA 2X78A 3TABA 5J2NA 3AA3A 4BWMA 3OYBA 4YFUA 4CJWA 4F3TA 4BDZA 1O1WA 2KQ2A 1LWEA 3LAKA 3RR7A 3L2WA 2P1JA 1QQCA 4J2BA 4B8CA 1GOAA 4TSXA 4B9LA 2KZMA 3ZSWA 4O44A 3ZSOA 3HP6A 4CESA 4DFJA 4KI6A 4Z4FA 4K8ZA 1UWBA 3BDPA 4H4OA 3ZT3A 5HLFA 3QLHA 5D3GA 1S1XA 3DLRA 3IG1A 1BISA 4O5BA 5I3UA 1CZBA 3QEXA 3ZT0A 4FZYA 2R7YA 4BE0A 2PYLA 1GOCA 3C94A 4CJFA 3EYZA 1SKSA 1TL3A 4CGGA 1KTQA 2JLEA 3UIQA 2BDPA 1W0HA 5DK5A 1XI1A 1JLAA 1SL1A 2DFEA 3ZSQA 1B9DA 1S1UA 3TANA 2Y1IA 3RTVA 1RDBA 2B6AA 3QINA 4EP4A 5J2PA 3OYHA 3SI6A 1CLQA 1S9EA 1VSFA 4C8OA 2B4JA 3QERA 2YV0X 1FKPA 4CEOA 3SNNA 2Z1JA 3DLKA 3TI0A 4FW1A 3LALA 2IGIA 5K14A 1UA0A 3RMDA 1C1BA 1QS4A 3U3YA 3U6FA 4PA1A 1S1VA 4OGEA 1J53A 4BE1A 2FC0A 3HVTA 4DSLA 3QESA 4CF9A 3DRPA 3HSTB 3O3FA 2HHUA 1C0UA 1WSIA 3P5JA 3HXMA 1KVCA 2KFNA 3ZT2A 3AVLA 3CFPA 3V1QA 3KK2A 3AVMA 2OPSA 1MU2A 4UQGA 3SYZA 3TAQA 2GBZA 3CFRA 1JL2A 3ZT1A 1WSFA 4B08A 3D0PA 2FBVA 3NBPA 4FW2A 4ZTFA 1HNVA 1QSLA 4CGIA 3K5LA 4M3TA 3NF8A 3VQ7A 3AVGA 3V9ZA 3HJFA 4AILC 1G15A 1TAQA 4M45A 4FJNA 1QE1A 2Z1IA 4ELTA 3AVBA 1DTQA 3LPTA 2HHVA 1HQEA 2ZD1A 4N41A 3AO2A 4HUGA 2XHBA 1Q8IA 4I9LA 3F73A 3OYKA 3D45A 4FJHA 4I2PA 4CJLA 3K5MA 3THVA 1SKWA 2QKBA 1RTIA 2XY8A 3PO4A 3V1RA 3TR8A 1TVRA 4CHYA 1RBUA 3NGIA 3DOKA 4E19A 4DLEA 4ZTJA 1QSSA 1RBRA 4B9MA 2PY5A 2HHSA 4HUEA 4DLGA 1IKWA 4KTZA 1TAUA 4Y1CA 3S3MA 3L2QA 3QIOA 3RMBA 3KD1E 1T05A 4KHYA 3ULDA 4NYNA 3KLFA 3ZSZA 3OYLA 2HNZA 3AA2A 4RW6A 2E6MA 3IS9A 4CHPA 3A2FA 4CEBA 4JS4A 3PV8A 1D9FA 2LSNA 4B8AB 4W5RA 1UOCA 4AHVA 3E01A 1RT2A 2PZSA 1ZYQA 4F8RA 1JLEA 2P5OA 2Z1GA 4R5PA 4BDYA 1N6QA 4O0IA 4DF8A 1SKRA 2HVIA 3L2UA 1TK5A 4KV8A 2G8VA 4J2EA 4CJQA 3NDKA 1RT4A 1L3TA 1RDDA 1XWLA 3OYNA 2RN2A 4JRPA 3ALYA 4F2SA 3OY9A 1QTMA 4ID1A 1RBTA 4CJEA 1KVAA 3DLGA 3CM5A 1HYVA 4OGCA 4FZXC 4LY7A 5E41A 1JLCA 3SV3A 2P51A 1VSLA 1KLNA 4CIGA 2A1RA 2ZE2A 4LH5A 3LP2A 3PX6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1QSYA 1LWFA 3GE1A 4IFYA 4JRQA 4CGFA 3NH1A 4E0DA 1C1AA 5J1EA 1LW0A 3P1GA 4KHUA 4DG1A 2HVHA 1VSHA 4MLEA 3K58A 2B1EA 2D0AA 4HVJA 4LSLA 2NRHA 5FDLA 2BE2A 4JKBA 1XVDE 1BOTO 5AFUH 4B9QA 4LFBK 1VQON 3NVKA 1EXQA 1Z26A 1HRHA 3FFKB 1EO1A 4FL9A 1TKXA 3JYTA 4DTXA 1NK0A 1VSMA 5KTQA 1GOBA 3CXCM 4AKGA 2NNWA 3K5OA 5C2FA 3SPZA 3VEWA 4M3YA 3FZKA 2A5XA 4CK1A 2E2NA 3CJ9A 3R3LA 3EO3A 4AHTA 3FFIA 2NLXA 4X66K 2PBDA 3CCSN 3BZKA 4WFAL 1VRTA 4NYFA 2YCHA 3TAEA 4IBNA 1EQYA 3KIOA 2FLOA 3LPUA 3L0MA 2V7ZA 3E9OA 3H6EA 4FPAA 2O8FB 1C1CA 3T7ZA 3HPHA 3OBWA 4BRAA 2QWNA 3TTFA 2RPIA 3EEQA 1WBDA 1RDUA 1DLOA 3OVNA 5KI6A 4BRFA 1WLJA 4B1XB 1SUQA 3O5BA 3TAPA 4M41A 3AA4A 4DTMA 1TK0A 5LY3A 4FXDA 4DR1K 3CM6A 3CHWA 1C0MA 3HZ6A 1BUPA 3HPOA 2Q31A 1FK9A 2DY4A 1DT9A 1HMVA 1LAVA 5GIPA 1FZ9E 5ELZA 4F3OA 3O08A 3E66A 3AVJA 4O0JA 4AHSA 3G71N 5GAGP 3ZSXA 4DSIA 1QVGM 4YOTA 2Q36A 3MK6A 4CGHA 2I5JA 4GW6A 5IT9O 2FBTA 3RMCA 2JH9A 3D2FA 3VQ4A 1JLFA 3CIPA 3SQ2A 5SWMA 3QETA 3THWB 4FM0A 1FZ5E 3CPWM 5E26A 1EWRA 2OZSA 4BRPA 2UXCK 2P9NA 3K57A 1NK4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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