4M3XA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3xA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3xA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3xA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3xA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3xA03
2IGIA 1BL3A 2HNDA 3ZSXA 3K2PA 2BE2A 2ZD1A 4DU4A 1HNVA 4BE2A 1EETA 4BE0A 3VQ6A 1EKEA 3P5JA 4C8NA 3MXMA 3AVCA 4C8KA 1IO2A 2Z1IA 4OLBA 2QKBA 4FJHA 3T19A 1S6QA 3NF9A 4M3XA 1NJYA 4EP4A 3L3UA 4KV8A 4Z4IA 1JXBA 2DFFA 2HNYA 3VQ4A 1QE1A 4CEDA 1LW0A 2Z1GA 3TR8A 1JLGA 3SQ1A 1TV6A 4KTZA 1U48A 4BDZA 2HHVA 2G8IA 4QCLA 2DFHA 4E1NA 4FM0A 3QEXA 4E7HA 1RBVA 4EZ6A 1IKWA 1S1UA 3NF7A 1J54A 1EP4A 3D45A 1NJXA 1DLOA 4DSLA 1D5AA 1L3UA 3LDSA 2YNIA 4M3WA 4CEBA 2KFNA 4ZTJA 2KFZA 4FZYA 4N56A 2DY4A 4HUGA 3T3FA 3TI0A 1XHZA 3TAFA 5CZ2A 1C0MA 3AVNA 5C42A 4FJ9A 3C94A 1S1VA 4FJMA 2VWKA 3DRSA 4E89A 4AHUA 3LAMA 1FKOA 3MECA 3V1OA 1J5OA 3VN5A 3ZT0A 1VSLA 3QEWA 4I7FA 3ZSRA 1HJRA 4CF1A 2Y1IA 1R0AA 3WNFA 4CEZA 4N76A 4R5PA 3DRRA 4IG0A 1LAVA 3MEEA 2X6NA 3ZT2A 3HP6A 3VQQA 1VSKA 3V9WA 4ZTFA 2FBTA 1SKRA 4DQIA 3P83D 1IKYA 1UA0A 2HW3A 2KW4A 4CGHA 3OS1A 4DTXA 1S5JA 3NE6A 3U6FA 3OS0A 4KREA 2Z1JA 4ID1A 1BIUA 4KTWA 2VWJA 3JYTA 2PY5A 4FM2A 2FBXA 3AVMA 4DQSA 1KSPA 3L8BA 3PO5A 5FRNA 2HHSA 1C0UA 4I2QA 3OYEA 3HT3A 3ULDA 4OJRA 4CEOA 3AV9A 4M3YA 4Z4FA 1WNSA 4CK3A 1TAUA 3TAPA 2HHWA 3PO4A 3NDKA 4CE9A 2O4GA 3OYFA 4KB1A 1U47A 2D5RA 4CFCA 3SI6A 1ASWA 3SUOA 1VSIA 3KKSA 5J2PA 3NCIA 4CIFA 3HVTA 4DTOA 1JL2A 4Y1DA 1Y97A 4NCAA 3PUFA 3ZSZA 4FLWA 4MQ3A 1KFDA 4OPJA 1WSFA 4KO0A 3O3FA 4JS5A 1T03A 3LANA 5CYMA 1KVBA 1RILA 1WSGA 4KHWA 2IOCA 3K5OA 3OYKA 4DLEA 4DMNA 3S3MA 4FXDA 3QIOA 3NHGA 3OS2A 1CZBA 1JKHA 2PZSA 4CEQA 3PX0A 3NFAA 1RBTA 1RDCA 5FROA 4CHZA 3PV8A 1NK9A 2XRIA 2E6MA 4DF4A 3VQAA 4DG1A 4CCHA 3HK2A 4CF8A 4CHPA 3AA4A 4PUOA 5HRSA 3V1RA 3SUQA 3QESA 4DSIA 1YT3A 4FM1A 1Q8IA 4N41A 2ATQA 3ZT4A 2HNZA 3AVJA 4DTSA 4PQUA 1S9GA 4KPYA 1QHTA 1BQMA 1ZBFA 3AVKA 3U3YA 2ITGA 1RTHA 4NYFA 2OPSA 2PYLA 4HTUA 1X9MA 1SKSA 4W5NA 4KKOA 1GOAA 4LH4A 4H8KA 1CXQA 3O3HA 5I42A 5HRNA 1J53A 4KRFA 1VSMA 3NGIA 3L2QA 2HHQA 4CF0A 3QERA 1LWFA 1TAQA 4E7IA 4PWDA 4FZZA 2B6AA 4FJIA 1RDAA 1T7PA 1RBSA 3HJFA 4PY5A 3PY8A 2OPRA 4DFMA 4AHVA 1SUQA 4KHQA 4CJSA 1JL1A 3AVBA 1RT1A 1TVRA 2RPIA 3I0RA 4DTMA 2P5OA 1VSHA 1T05A 1A5XA 4Y1CA 3IG1A 2YHBA 3QLHA 4HUEA 3JSMA 3QO9A 4CGIA 5J2NA 4FJJA 2B5JA 3CFOA 1TKDA 4IKFA 2VG7A 4CGDA 2YHAA 4K8ZA 2XHBA 4XIUA 4ELVA 1BCMA 3SV3A 3PX6A 1C6VA 3SQ2A 1L3SA 3ZT3A 4DWIA 1Q9XA 3SCXA 3IAYA 4FYDA 3TAMA 4IDKA 3CM5A 4B9MA 1KLNA 3DI6A 3DMJA 1O1WA 1JLFA 1W9HA 2DFEA 2RF2A 3CM6A 4CESA 4YNQA 5C24A 4CERA 3VQ5A 3KLGA 3HVRA 4CJQA 1U49A 1NJWA 3KTQA 4DS5A 3WNEA 3THVA 3HL8A 4FLUA 4M41A 5J2QA 4FW2A 4DTRA 4OKEA 4FW1A 2BANA 3NH1A 4Q5VA 4FK4A 4O55A 1RTJA 4JS4A 2HHTA 4CJWA 3DOKA 2OZSA 1BCOA 1KLMA 2JLEA 2R7YA 1UAXA 4IG3A 1NKBA 1B9FA 3RTVA 3IRXA 4DLGA 3M8PA 3RR7A 1NOZA 3PX4A 3KK1A 4DSJA 4F4KA 3K5MA 3OVNA 4DTNA 3L2RA 3RR8A 4C8OA 1WAFA 4E3SA 3ZT1A 1ASVA 4HUFA 1VSFA 1HPZA 5KGWA 2XY5A 3L3VA 3F73A 3ZCMA 2GUIA 2BGGA 5HP1A 4KHYA 1KRPA 3ZSQA 1S1TA 2IDOA 1QS4A 1RDBA 1DTQA 3KLIA 4LSNA 2Q3SA 4I9LA 4OKJA 3V6DA 3S9HA 4B9NA 3HXMA 1BHLA 1VSJA 3M8QA 4CJRA 1Z25A 3RMCA 4RW9A 3EY1A 4KI6A 1QSSA 5CYQA 2OYQA 3QEIA 1ZYQA 1NJZA 4B9UA 4JRPA 4KHSA 3TAQA 4KI4A 1C1AA 4CJLA 1L5UA 4DSKA 4BDPA 2XO7A 2PYJA 3U3GA 3CFRA 1SV5A 1B92A 3AO4A 1BI4B 1CXUA 2B4JA 1K6YA 4JLHA 3G10A 4WE1A 4E1MA 4BACA 3ALYA 1TK0A 4F2RA 2EX3A 4CK1A 3QINA 4Z4CA 1RT3A 3K5LA 2OZMA 4OGEA 3NGYA 4O5BA 3P1GA 3V9SA 2HVHA 4KHUA 4O4GA 3C6UA 1IKVA 4CECA 3A2FA 1MU2A 1W0HA 4B9LA 2HHUA 3CQ8A 3AO3A 3AVHA 1JLCA 3DLRA 1UA1A 5J1EA 2E6LA 2XY7A 3HPOA 1KTQA 2ZE2A 3AA5X 2X78A 3RMAA 5KRTA 3AO2A 1HYVA 1KCFA 4CJKA 1VSEA 2NUBA 3VQPA 4O0IA 4EP5A 3DLEA 4NCGA 4CFBA 4Z4HA 2P51A 3TAEA 1LV5A 3LP0A 2HMIA 4M42A 1UOCA 4B08A 3TARA 4CJFA 4E7LA 3OYJA 2OPQA 2Z1HA 2YNFA 2XY6A 2O4IA 4CK2A 1VRTA 4M3RA 4O44A 2LSNA 2FC0A 3MAQA 1RCHA 4H4MA 3SV4A 3QEPA 1BI4A 4FJ5A 1WSIA 1ZBIA 1XC9A 3V81A 3L2WA 1ASUA 4CGJA 3SYZA 5KI6A 4J2DA 4HCBA 3AA2A 3C95A 1ZBHA 1A5WA 2RKIA 3KLFA 2HB5A 4G1QA 4CEFA 2P1JA 5HRPA 1D9DA 1UWBA 2YNGA 2ETJA 2BDPA 4M45A 3IS9A 3LWLA 3OYAA 4B9VA 2QKKA 3VQEA 3C6TA 3SUPA 1WSEA 3RRGA 1RNHA 4DS4A 4C8LA 4L8RB 3AVFA 5FRMA 4F3TA 3M8RA 2P5GA 1TGOA 1N6QA 4JRQA 1JLEA 1TKZA 4BE1A 4NCBA 4W5TA 1U4BA 3MXJA 4B8AB 1RBUA 3AO1A 5HLFA 3NH0A 3OYHA 1RTDA 4DQQA 1YTAA 3EYZA 2XY8A 4FK2A 1B9DA 3RMBA 2I5JA 4I9QA 3V4IA 3AVGA 1BGXT 1KVAA 3LAKA 4FLXA 3NH2A 3KK3A 3OYDA 3KJVA 3K57A 3V9UA 1T8EA 1BISA 3AVIA 4CFDA 3L2UA 1SKWA 3LP3A 1VRUA 4LH5A 3KLEA 4KB0A 1LW2A 1RDDA 5D3GA 2HHXA 2G8VA 2GV9A 4IFVA 3HP9A 4HVJA 1HYSA 4E7JA 4FLVA 5FDLA 2KZZA 5HBMA 3O4QA 5JS2A 4FJGA 4CF9A 4FLYA 3E01A 4J2BA 2JGUA 3DOLA 1TK8A 1IG9A 3DLKA 2G8FA 4FJXA 4AH9A 3OYGA 4B3OA 1BIZA 2VG5A 2RN2A 1HYZA 1X1PA 4BWMA 2FBVA 4W5QA 4RG8A 3DLBA 1I39A 4LY7A 1JLAA 3V9XA 5DMRA 3F9KA 4FJLA 4CHYA 1RT2A 3QETA 4FJNA 2X74A 3DYAA 4CJTA 4KHNA 4DTJA 4NYNA 4CGGA 4FJ7A 1IKXA 5EU7A 1RT4A 3DRPA 2WONA 3KKRA 5KGXA 2F8TA 3HM9A 2KTQA 1REVA 2IS3A 3LPUA 3I8DA 4DFPA 2G8WA 3NF6A 1GOCA 3KK2A 1HQUA 3CFPA 4CJUA 4KAZA 1L3TA 5CY4A 4CGFA 4FCYA 5I3UA 5E41A 4M3TA 3OY9A 3HO1A 5SWMA 3VQ8A 1L3VA 1D9FA 3O3GA 4GW6A 4RW4A 2A1RA 4Z4EA 2D0BA 3VQBA 2F8SA 1XHXA 1C1CA 2YNHA 4CJ5A 1I3AA 1QQCA 4KFBA 3K5NA 1J9AA 1C0TA 1JXEA 3V1QA 3OYNA 2ZQBA 1HMVA 4RW7A 4B8CA 3LZJA 1TKXA 1LWEA 3VQCA 4K8XA 2Y1JA 1QSYA 4FK0A 3LP2A 3BDPA 4HCCA 2VG6A 3QNNA 4OPKA 4CJEA 2FBYA 1TL3A 2IAJA 5SZTA 3ZSWA 1FKPA 4BDYA 4DQPA 4OVLA 4OGCA 4AHTA 4ELUA 3AA3A 3HPGA 4EZ9A 4FZXC 4W5OA 3WNHA 2GBZA 1NK8A 4DU1A 3MEDA 1ITGA 4W5RA 3VA0A 3K58A 4O0JA 4CEEA 1NK7A 4HHTA 3I0SA 3M8SA 4ELTA 3OYIA 3KIOA 5K14A 1ZBUA 4CJPA 3MXIA 2G8HA 1KVCA 3LPTA 2A1SA 1HNIA 3LALA 4DSFA 1GOBA 3G0ZA 4CJ3A 1YVUA 4AHRA 5KRSA 2OPPA 3OYCA 4RW8A 4ZHRA 4DTPA 3KLHA 3OYBA 3FFIA 1QSLA 3TABA 1HRHA 4KTQA 3VQDA 3MEGA 3CYMA 3LZIA 4FLZA 1WLJA 3SPYA 3OYLA 2OA8A 1TK5A 3O4NA 3ZSVA 3DM2A 3ITHA 4DSEA 1JLBA 4I2PA 2QXFA 4IBNA 3TWHA 4DFJA 4FJ8A 2YV0X 4H4OA 4AILC 3TANA 2G8KA 3SPZA 3LWMA 3BGRA 5HROA 3OJUA 4E0DA 2D0AA 2KQ2A 1NKEA 3S3NA 2AJQA 1RT5A 4CHOA 1F21A 1DTTA 2YKNA 1SL2A 1NK0A 2IC3A 1IH7A 4CJVA 2HVIA 1LWCA 1WSJA 4J2EA 2EHGA 4DF8A 2G8UA 1LAWA 4QOZB 1U04A 4LD0A 3ASMA 4AHSA 4Z0UA 2W42A 3S3OA 3SQ0A 3KD5E 4Z4GA 2F96A 5CZ1A 1X9WA 4J2AA 4M3UA 3ISNC 5DK5A 1U45A 4N47A 4M3ZA 1RTIA 4OLAA 4CF2A 5JS1A 5KTQA 3KD1E 1CLQA 4CIGA 1NK6A 1FXXA 3DLGA 3OYMA 1HQEA 5HRRA 3CG7A 4YFUA 1KFSA 3ZSYA 3H08A 2QK9A 1FK9A 3SQ4A 1S6PA 3VQ9A 3QEVA 1NK4A 1SL0A 3T1AA 1CZ9A 3B6OA 1VSDA 4MFBA 3B6PA 4TSXA 4Q0BA 4GMJB 3AVAA 3LP1A 4CIEA 1RBRA 3AO5A 1NKCA 3SJJA 1Q9YA 1A5VA 3TAGA 1JLQA 4DTUA 4FJKA 2DTUA 1BQNA 3NBPA 4ICLA 3NAEA 3QIPA 1S9EA 3NF8A 5C25A 3DLHA 4FVMA 3V9ZA 5J2MA 2KZMA 4LSLA 1TKTA 4RW6A 4OKKA 3VA3A 3AVLA 1EX4A 4GVMA 4PA1A 2WOMA 3ZSOA 4QAGA 4CEAA 1NOYA 4AHCA 5T7BA 3D0PA 1WN7A 3QNOA 4FLTA 4ID5A 4BWJA 3K59A 3HYFA 1RT6A 3SZ2A 4E7KA 4F3OA 1D8YA 1G15A 4DU3A 1S1WA 3EZ5A 3SNNA 1RT7A 1NK5A 4DQRA 1QTMA 4B9TA 3RMDA 1Z26A 4DFKA 1C1BA 3RWUA 2E4LA 4CHNA 4CFAA 4F8RA 1ZBLA 4CJ4A 1N5YA 1S1XA 1EXQA 1XWLA 4F2SA 1YTUA 4E19A 3HSTB 4B9SA 2X6SA 4UQGA 4C8MA 4N5SA 2D0CA 1TL1A 3NGZA 1VK0A 2YKMA 1X9SA 3L2VA 4IFYA 3WNGA 4CHQA 3UIQA 3RRHA 1XI1A 3SUNA 1WSHA 3VQ7A 3OJSA 1SL1A 3HPHA 1WAJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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