4M3ZA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-2 of primer/template duplex
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3zA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3zA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3zA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3zA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3zA03
3DYAA 3K2PA 1BL3A 4CGHA 4ZTJA 1KCFA 1ZBFA 4DFPA 1UA0A 1Q9YA 1S6QA 4CEDA 4BDZA 3SV4A 1NK6A 4Q5VA 1IG9A 1WSHA 2X78A 2YNIA 4OVLA 1U48A 4M42A 4CHQA 3SQ1A 3H08A 3O3HA 1ZBHA 1Z26A 3HVTA 4I7FA 3KLHA 3NAEA 3TAGA 1JXEA 3OYEA 4HUGA 4M45A 3QEXA 4W5NA 3NE6A 5HP1A 4FVMA 3DRRA 4M3UA 2BANA 1J54A 3LZIA 3VQ9A 2YHBA 4CGDA 3RR8A 3AVCA 1ITGA 1L3UA 2FBXA 1RT2A 5CZ2A 1JLBA 1NK0A 3VA0A 3SQ0A 2JGUA 5JS1A 1T7PA 4KTQA 1NJWA 2QXFA 1NK7A 4OKEA 4CERA 3CFRA 2A1RA 4O55A 4HUEA 3LZJA 4DF8A 2ETJA 3VQ5A 3SCXA 1RBRA 4FJLA 1I3AA 3AV9A 3QINA 3WNHA 4XIUA 3AO2A 5DK5A 3KLGA 4DTMA 5HLFA 1RDBA 3OJUA 4O44A 2O4GA 3QEVA 4W5RA 4Z4IA 4E7HA 2XRIA 1XHXA 1J5OA 2KTQA 3U3GA 4LY7A 3DLKA 3RRHA 4FW1A 1U47A 2D0AA 1WN7A 1HPZA 2YV0X 3NDKA 4DSJA 2JLEA 3QIPA 4BWMA 2HW3A 1BI4A 4G1QA 1BI4B 1I39A 3VQ8A 3VQQA 3KD5E 3ZT0A 4RW4A 4CEZA 4K8XA 1SL2A 4KI6A 2IOCA 3DLGA 3AVBA 1U49A 3T3FA 1UOCA 4KAZA 3NGIA 5CYQA 4HVJA 2ZD1A 1SKSA 2HHXA 3T19A 1VSJA 3ZSRA 4GW6A 3TABA 1RDDA 3NFAA 1SL1A 3AVNA 4J2EA 3M8RA 2YKMA 1QSSA 1W0HA 1C0TA 1KVAA 3HP9A 4CJKA 3TWHA 3ITHA 4BE2A 3L2VA 1VSDA 3RR7A 1RBSA 1HMVA 2P51A 3NF6A 4FJ7A 3ULDA 3QLHA 5D3GA 3G0ZA 1QE1A 5FROA 2P1JA 4DTXA 4H4MA 4FLXA 5HRNA 1HRHA 3HT3A 2Z1GA 1ASVA 1NOYA 3LAKA 4DFKA 2YHAA 1A5VA 1T03A 1KVBA 1S1UA 4EP5A 5J2NA 3BGRA 5J2MA 4CF9A 1VSKA 3AA4A 1LAVA 4B9VA 4OLAA 1TK8A 4IG3A 4FJIA 3K59A 1TK5A 4ZTFA 3ZSOA 3LP2A 3HK2A 3G10A 3WNEA 4N41A 4M3RA 1CXUA 3DOKA 3QIOA 1LWCA 1QHTA 1F21A 4KHWA 4OKJA 4CJPA 3S3MA 3DLBA 3B6PA 3K5MA 3V1OA 1EKEA 1LW0A 2X6NA 3LAMA 3VQAA 1VK0A 4N5SA 3F73A 4AHVA 4O0JA 3TAFA 1YTUA 2OPQA 4CK3A 2OA8A 5J2PA 4B9LA 3TI0A 1IKVA 4KI4A 1RBVA 2HNZA 3DRPA 5T7BA 3KKSA 2IAJA 4FJ8A 3NGZA 1RT5A 3OY9A 4HCCA 3QESA 3C94A 3T1AA 3OYKA 2HHWA 3HL8A 4DFMA 2KZMA 1FXXA 4B9TA 3AVAA 3PX4A 3TAPA 3ZCMA 3RMDA 2EX3A 4CGIA 1TGOA 2FBTA 3OYJA 3MEDA 2OZSA 1TVRA 1KLNA 4Z4CA 4CHYA 1RT1A 4R5PA 2HVIA 4JS4A 4CEQA 3OYCA 4I9LA 4FLVA 3THVA 1EXQA 1U45A 3P83D 4K8ZA 1BISA 4FM0A 1NJXA 4DTNA 1EETA 2BGGA 4FK0A 5FDLA 3ISNC 4DQQA 1NKCA 2ZQBA 4WE1A 4CF0A 4CE9A 1JL1A 4OGEA 3QNNA 5CYMA 1RBTA 4B9MA 1WSGA 4B08A 2D0CA 4CIEA 3BDPA 2G8VA 2EHGA 2RPIA 4CJTA 4N76A 3M8SA 1KLMA 4ZHRA 4AILC 3LP0A 1S9GA 3QEPA 3AVLA 4LD0A 4DQIA 1NK5A 1HNIA 4CFBA 3ZSVA 3M8PA 2RF2A 3TAEA 2X74A 1NK9A 3MEGA 3PX6A 4CF2A 1B9DA 1X9MA 4FZXC 3F9KA 4FLYA 5SZTA 4NYNA 4MQ3A 2YNHA 4DSEA 1DTTA 1UWBA 2B4JA 3I8DA 3LWMA 2E6LA 4LSNA 5C25A 4B8AB 3RMBA 1QS4A 3TAMA 5J1EA 2VG6A 4LH4A 1RTDA 3NCIA 5C24A 4M3YA 4UQGA 2XY6A 3ZT4A 4DWIA 2HHTA 3HSTB 4CESA 2Z1HA 1L3VA 2XO7A 2HVHA 4CIFA 1NKEA 4CHOA 4FW2A 3VQPA 2AJQA 1IO2A 2LSNA 2HHUA 4DTJA 3AA2A 3IG1A 1TKXA 3L2RA 4CCHA 1IKWA 2GV9A 4LH5A 1MU2A 3CG7A 1FK9A 1RILA 1LV5A 4ELUA 3OYNA 3KK3A 3SNNA 3ZT1A 4BDYA 5I42A 3EY1A 4F3OA 2VG5A 4F3TA 1LWFA 5KRSA 1YT3A 1WSJA 3VQCA 3O3FA 3KKRA 4CJUA 2OPSA 3I0RA 4W5QA 2OYQA 3SYZA 4CFCA 2WONA 1BQMA 2DTUA 3VQDA 4F2SA 1GOBA 3DOLA 4PY5A 4CGGA 3LALA 2NUBA 2HHVA 1X1PA 2DY4A 4N47A 4CHNA 3PO4A 4CJ3A 2OPPA 1Y97A 4KTWA 4CIGA 1HYSA 2KFZA 3AO5A 3VQ7A 3OJSA 4RG8A 1VSLA 4RW7A 4Y1DA 3A2FA 3V6DA 3RRGA 3QO9A 1X9SA 1C0MA 4CF1A 4LSLA 3EYZA 3L3VA 3HM9A 3FFIA 2YNFA 4Z0UA 4KB0A 4DG1A 2XHBA 4I2PA 1BIUA 5HRPA 1HYZA 1LW2A 1BHLA 4IFYA 1KSPA 3VQBA 3AO3A 2GUIA 2B5JA 2P5GA 4KHSA 4DQSA 1KFSA 4CJRA 1VSHA 4PWDA 3K58A 1RT4A 4FJHA 1QQCA 3OS2A 1WAJA 1C6VA 4E3SA 1D9DA 4DU1A 3CFPA 3KLIA 1C0UA 3VQEA 1X9WA 4CGJA 3PO5A 4CFAA 2ATQA 3QEIA 4BE0A 1NKBA 3NBPA 4JS5A 5DMRA 4DS4A 4FLTA 4EZ6A 4DF4A 1VSIA 1S9EA 4CHPA 4F2RA 3AVFA 4YFUA 4N56A 3SUNA 3K57A 1QTMA 2RN2A 1C1AA 4CJVA 1RCHA 3AVGA 4DTSA 1WSIA 5EU7A 1SKWA 4JRQA 2D5RA 2VWJA 2RKIA 4FZZA 4CEAA 3SPYA 1N5YA 1S1WA 4KHNA 2HNDA 4CJ4A 2BDPA 3OS0A 1L3SA 5HBMA 3HPGA 3IS9A 3OYFA 4FYDA 3HXMA 1BIZA 1DTQA 4M3WA 5CZ1A 4PQUA 1RTIA 1XWLA 4HCBA 3DLEA 4Z4EA 4E1MA 1TAQA 3UIQA 3S3NA 3K5NA 4ID1A 4QCLA 1RDAA 3SJJA 3AA5X 1HNVA 3MEEA 4AHUA 4DSLA 3OYGA 1Q8IA 3NH1A 1VSEA 4BE1A 4ELTA 4OLBA 4NYFA 2G8KA 4FK4A 2F8TA 3PX0A 3VA3A 3NF7A 3NGYA 4E1NA 4FLWA 3V9UA 1D8YA 1ASUA 4FCYA 4CGFA 3AVMA 4FJ5A 1JLQA 3M8QA 3KLEA 3MAQA 2W42A 1NK8A 3S9HA 3LANA 3CM5A 4MFBA 4KO0A 3V1QA 3NH0A 3OYLA 3L2QA 4E19A 4CEEA 3RMCA 3SUOA 4DS5A 4C8KA 4CJQA 5SWMA 1SKRA 1FKOA 3AVIA 4ICLA 4H8KA 1QSLA 3HPOA 2WOMA 3HO1A 4JLHA 4JRPA 3HYFA 4HTUA 4O5BA 3O4NA 3QETA 4DSKA 3KLFA 4HUFA 4FXDA 3K5OA 1JLFA 3SUPA 2D0BA 4M3XA 2IGIA 4C8MA 4AHTA 1BGXT 4DLEA 2HNYA 1O1WA 4KB1A 1RT3A 1VSFA 4IBNA 4KV8A 1TL3A 3TR8A 4FJXA 1LAWA 1ZYQA 1J9AA 3RWUA 4CFDA 1SL0A 3AVHA 1K6YA 1JL2A 2BE2A 2FBVA 3P1GA 2KQ2A 4KFBA 3KK1A 4B9UA 3KTQA 3DM2A 3AVKA 3SQ2A 1LWEA 4RW6A 4OPJA 5FRNA 4BWJA 2FBYA 3VN5A 3DRSA 3CM6A 3SPZA 1RT7A 4B9SA 2PZSA 2OZMA 1S1XA 4AHRA 4TSXA 3CYMA 4CECA 3DLHA 3KIOA 2KFNA 4OJRA 3SZ2A 1FKPA 2R7YA 1Q9XA 4J2DA 4QAGA 3O3GA 1D9FA 4E0DA 2FC0A 2YNGA 3AO4A 5HROA 2F8SA 4E7JA 2A1SA 4BDPA 4GMJB 3OYIA 1WSEA 1SV5A 3QERA 4BACA 4M3ZA 4IFVA 5C42A 4E7IA 1QSYA 3L3UA 3HJFA 3HP6A 4HHTA 4J2AA 4CK1A 4O4GA 4W5TA 1R0AA 1TAUA 5JS2A 3TAQA 1CXQA 4KPYA 2PY5A 3PUFA 1A5WA 1L5UA 3RMAA 2IS3A 4OGCA 4CHZA 1ASWA 3LP1A 4J2BA 2OPRA 5FRMA 4KREA 2G8WA 1VSMA 5KGWA 2HHSA 1KFDA 4CEOA 3CFOA 4AHSA 4DQPA 4L8RB 1RNHA 4KRFA 3MECA 3JSMA 4DTUA 1BCOA 1SUQA 3SQ4A 3LP3A 3JYTA 3QNOA 1HYVA 4B3OA 1KRPA 3SI6A 1XI1A 2G8HA 2G8IA 4FK2A 4FM2A 5KGXA 4M41A 2E4LA 3C6UA 2G8FA 4DQRA 4C8NA 4EZ9A 2DFHA 2IC3A 5KI6A 1RTJA 4CJLA 4RW8A 4C8OA 2I5JA 1EX4A 2PYLA 4F8RA 4DU4A 4FZYA 1C1BA 3VQ6A 4DMNA 3HVRA 2VG7A 3V81A 2HHQA 3DMJA 4KHYA 1KVCA 4CJWA 1XHZA 3KJVA 4DLGA 3TARA 1IKYA 4GVMA 4KHUA 3NH2A 2QKKA 4DTPA 1NK4A 3V9SA 1GOAA 4CF8A 3L2UA 1HQEA 5CY4A 4E7LA 4O0IA 5J2QA 1KTQA 3S3OA 3NF8A 3QEWA 1BCMA 1RBUA 1UAXA 3VQ4A 3EZ5A 1TKDA 3V9WA 4FJKA 4E89A 4NCAA 4FJJA 3O4QA 3OYMA 1WNSA 2VWKA 4FM1A 4CJ5A 2XY8A 1S1VA 3LPUA 4CJFA 3U3YA 2PYJA 3ZSXA 1C1CA 2E6MA 4E7KA 4F4KA 2HB5A 3HPHA 1D5AA 4I2QA 3IRXA 1JKHA 2Z1JA 1N6QA 1CZ9A 2QK9A 3IAYA 3P5JA 3ZSYA 1T8EA 1L3TA 3AA3A 4Z4FA 3V9ZA 2Z1IA 4Z4GA 3ZSZA 2XY7A 4ID5A 1JLGA 3ZT3A 4B8CA 1YTAA 3OVNA 4CJEA 4EP4A 1IH7A 1TKTA 4Q0BA 1WSFA 2DFEA 3AVJA 1JLAA 1Z25A 4PA1A 3V1RA 1TL1A 2GBZA 2DFFA 4IKFA 1RT6A 1CZBA 2HMIA 4YNQA 2Y1IA 2YKNA 3SUQA 1RDCA 3CQ8A 3I0SA 1JLCA 3WNFA 3SV3A 5I3UA 3MXIA 4Z4HA 4C8LA 1GOCA 1ZBUA 4AH9A 3ZSWA 3OS1A 1WAFA 4FJGA 1HJRA 4DFJA 4DTOA 4FJNA 1B9FA 1TV6A 2ITGA 2Q3SA 4Y1CA 4CJSA 5KTQA 1TK0A 4DSFA 3DLRA 4KHQA 3KD1E 4QOZB 3B6OA 3OYAA 3V9XA 4H4OA 1TKZA 3PV8A 4FJ9A 5HRRA 3PY8A 1BQNA 2O4IA 2KW4A 3AO1A 1NJZA 1WLJA 3TANA 4I9QA 4IG0A 3E01A 3MXMA 3ZSQA 4FLZA 3C6TA 1A5XA 1J53A 2X6SA 3NF9A 2XY5A 1G15A 4FLUA 5HRSA 1S5JA 1RTHA 4M3TA 3DI6A 1EP4A 5E41A 3OYDA 2G8UA 1S6PA 4RW9A 1VRTA 3LPTA 1DLOA 2IDOA 2ZE2A 1ZBLA 4DU3A 4AHCA 1U04A 3ZT2A 1ZBIA 2KZZA 4FJMA 4KKOA 4CEBA 3V4IA 4PUOA 3L2WA 1YVUA 4NCGA 4W5OA 3LWLA 2B6AA 3D45A 3D0PA 1B92A 4OPKA 4NCBA 3C95A 3NHGA 1IKXA 1JXBA 2F96A 3LDSA 3MXJA 1UA1A 1T05A 4B9NA 1VRUA 1NOZA 2P5OA 3U6FA 1JLEA 4OKKA 5KRTA 1HQUA 2QKBA 3RTVA 3OYBA 2Y1JA 1XC9A 1S1TA 1W9HA 3KK2A 3L8BA 4DSIA 3OYHA 1REVA 4KTZA 5K14A 3WNGA 1CLQA 4ELVA 4IDKA 1NJYA 3ALYA 1U4BA 3K5LA 3ASMA 4CK2A 4CEFA 4DTRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGHA 1BL3A 4ZTJA 1KCFA 3VPZA 3WEEB 1Q9YA 1S6QA 2MZWB 4Q5VA 2GWKA 3WQTA 1FJGK 4DR2K 3BF3A 3A5MC 3OW2M 2QWNA 3H08A 3ZX0A 2UXCK 1JXEA 1NGAA 3ZETA 4M45A 3QEXA 2JWLA 5TKWA 3MKSB 4M3UA 1FZ9E 3LZIA 3GDQA 2YHBA 1YITN 3L2OB 1L3UA 1NK0A 3VA0A 4ADNA 3CQXA 2QXFA 2Q0RA 2A1RA 4O55A 4H0XB 3U8XA 3WNHA 3QINA 4DV4K 3HOSA 1VQON 2Q36A 1RDBA 3OJUA 3KZBA 1HLUA 4IO9L 1V4TA 4IDHA 3U3GA 4LY7A 3NDKA 2D4WA 4G1QA 1BI4B 3VQQA 1ATSA 1ZBSA 3NGIA 5CYQA 4HVJA 1SKSA 2HHXA 4B1YB 4GW6A 1RDDA 4YOTA 4BR4A 4J2EA 1QSSA 5I9EB 2Q1NA 4BR7A 4CJKA 3ITHA 2GTDA 3L2VA 3ULDA 2AP1A 3VMFB 3G0ZA 3W3DA 5FROA 2P1JA 3F2KA 5F2RA 4M7XA 3NMUA 1XMGE 3LAKA 4BRAA 4EP5A 1HKCA 1NEXB 1RFQA 1VSKA 4WQ4A 4IG3A 3ZSOA 1GLAG 1FZHE 3G10A 2E88A 5C0YA 1CXUA 3DOKA 3BZKA 5AQWA 3S3MA 3B6PA 4H5VA 1NU0A 3O8MA 1EKEA 2X6NA 3K5MA 4N5SA 3F73A 4LF7K 4AHVA 3MN9A 5CR4A 1DKGD 4RL5A 3MCAB 5AQRA 2IAJA 2F9TA 4H0PA 4FJ8A 3CPWM 4M63C 4HCCA 4A59A 3OY9A 2HHWA 4DFMA 3TAPA 3WUHA 4CGIA 1TGOA 4JKBA 1T44A 3KHYA 2HVIA 3UE5A 3AAPA 2GEMA 3OYCA 3THVA 1BISA 4FM0A 1NJXA 4LFCK 4FK0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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