4M3ZA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-2 of primer/template duplex
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3zA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3zA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3zA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3zA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3zA03
1QE1A 3ZSOA 5FRNA 3DLBA 4PWDA 2XY6A 4J2DA 1LW0A 3PX6A 1Z25A 3QETA 4DFJA 2HHVA 4XIUA 2Z1HA 3NGZA 4Z4GA 4Z4IA 3RMAA 1KFDA 1NKBA 4BDYA 4AHSA 2YNFA 2E6LA 3AVFA 2F96A 5I42A 3AVGA 1U47A 3V1QA 3ZSWA 3C95A 3RMCA 3AV9A 3SQ4A 1GOBA 3RTVA 1X9WA 1L3VA 3PX0A 4KHUA 2Z1GA 2X78A 3V9UA 4JS5A 2AJQA 2HNZA 1CZ9A 4BDPA 1LAVA 4OKJA 1WSJA 5FDLA 3VQBA 4JRQA 1SL2A 4PY5A 4FLVA 2DFHA 3IG1A 1LWEA 3HP6A 4ICLA 4FJHA 1QQCA 1VSEA 1L3UA 3NF7A 1YT3A 4O4GA 4I9LA 1RDAA 2O4IA 4EZ6A 4Q0BA 3OYJA 3T19A 3HJFA 4W5TA 3WNGA 4FK2A 4I9QA 4FJ5A 4FK4A 1QHTA 1C0MA 1FKOA 4B3OA 4CERA 3QLHA 4FVMA 4CHPA 3KK1A 4ZTJA 1JLBA 2IOCA 4N41A 4AHRA 1SL1A 1NK0A 4FK0A 3SYZA 4E0DA 2WONA 1VSHA 3SUPA 1LWFA 2D5RA 3O4QA 4O55A 4FLWA 4ZTFA 4FJLA 1KLNA 4KAZA 5FROA 3RMBA 2D0CA 3K58A 1UA0A 4RW6A 4CJKA 1RTHA 1GOAA 2RF2A 1NK9A 1DLOA 3M8PA 1W0HA 2B4JA 4M3TA 4KKOA 4LH5A 1VSLA 4OKKA 1IH7A 1RT3A 2G8HA 4Z4EA 3KK2A 4IG3A 1R0AA 2OPRA 3LPUA 4CEDA 2QKKA 3MAQA 3NGIA 1JLEA 2D0AA 1ZYQA 3HL8A 3VQCA 3SCXA 3D0PA 3OY9A 4BE2A 5J2MA 2HMIA 4Z4FA 2YV0X 3PX4A 4DTXA 4HCCA 1HNVA 1ZBHA 4CJ5A 1RDBA 3A2FA 3HXMA 5CYQA 3NFAA 3VN5A 4DFPA 4KRFA 4J2BA 1S1WA 3L2WA 1RCHA 3ULDA 1S5JA 4M3XA 4H4OA 3C6TA 4O0IA 4Y1DA 3L2UA 1HPZA 4DWIA 1U4BA 1KFSA 1NK7A 1LAWA 3NDKA 4M41A 3AO3A 2HVIA 3ISNC 3DMJA 4DG1A 4E7LA 3QEPA 4CEQA 3I0SA 4DU1A 2IS3A 3HVTA 5KI6A 3QIPA 3TAFA 3DOKA 4HUFA 3PO4A 4B9VA 1ZBFA 2F8TA 4DTNA 1BHLA 3VQEA 1JLFA 4M45A 1ZBLA 1TL1A 1YTAA 1WSEA 1KRPA 1U45A 5CZ2A 3CM6A 4CJVA 4O44A 1X1PA 5SWMA 4KHSA 4OKEA 3HM9A 4DSFA 4FJJA 3PO5A 3K2PA 2W42A 4CFCA 1L3TA 5T7BA 1YTUA 3LALA 1IKYA 3L2VA 1ZBUA 2XRIA 3OYLA 1HMVA 3V1RA 4NCBA 2Q3SA 1ASUA 3PUFA 2X74A 3AVMA 3CQ8A 2YHAA 2XHBA 3S3OA 1W9HA 1U04A 2F8SA 2BE2A 4CJEA 2KTQA 1C6VA 3OVNA 1WLJA 2G8VA 4FLXA 2YNGA 4E7KA 4Y1CA 2XY7A 1A5XA 2A1SA 3QEXA 1S9EA 4CK1A 5SZTA 2YNHA 3TANA 4RG8A 4HCBA 4KB0A 4IBNA 1JLGA 2KQ2A 2KW4A 2GBZA 1RT1A 3AVKA 4CGHA 4E7JA 3V9ZA 4CJWA 4GVMA 2HW3A 1IKXA 3F9KA 3K59A 5C42A 4AILC 2O4GA 4DFKA 3NAEA 5HLFA 4CJQA 1J5OA 4F4KA 3HYFA 4DTSA 4ID1A 1O1WA 4B9LA 2LSNA 3AO1A 4CEBA 3AVNA 2XO7A 3TARA 3SZ2A 1L3SA 3H08A 1A5WA 3V9WA 5D3GA 3OYDA 3RR7A 4DQIA 1ITGA 1I3AA 4E1MA 3DOLA 4RW8A 3V9SA 3VQ9A 3QEIA 1XWLA 3DM2A 5JS2A 1KVAA 3E01A 3M8RA 4CEOA 1N5YA 2P5OA 2OZMA 4CE9A 5KGWA 1B9FA 1HJRA 1QSLA 4PUOA 2VG6A 3NF8A 3FFIA 2E6MA 3C94A 4DF4A 4LD0A 1SKSA 4J2AA 2RKIA 1CXQA 4KO0A 3AO2A 3ZCMA 3SPYA 3KKRA 2KZMA 3QESA 3ZT4A 3AA4A 4G1QA 3TAEA 3MEGA 3KKSA 3L3UA 3O3HA 3OYGA 1QS4A 1NJZA 1RT6A 1CXUA 3NF6A 2FBYA 1CZBA 3HO1A 4FJGA 2HHSA 3QEWA 1IO2A 1VSJA 4CIGA 1NJXA 4C8NA 1WSIA 4DU4A 3AVBA 3I0RA 4CF2A 3SI6A 1VRUA 3NH0A 2VG7A 1C0UA 4K8ZA 1C1CA 1J9AA 1EETA 2ZQBA 3MXJA 4FLTA 2OPSA 4B08A 4CGJA 3AA5X 5HRSA 3HVRA 4M3YA 1TV6A 4AHUA 4DTRA 1KTQA 1C1BA 1XHXA 3O4NA 3L2QA 4O0JA 3C6UA 4W5RA 3V81A 1L5UA 2G8WA 4FCYA 2HHTA 2PYLA 4EZ9A 4OLAA 5K14A 4DQPA 3TABA 5E41A 3RRGA 3JYTA 3LP3A 3EYZA 4ELTA 2P51A 1TAUA 5J2PA 3QNOA 4CIEA 3EY1A 1JLAA 4DFMA 4KHNA 3M8QA 4B8CA 3OJUA 4N47A 1RNHA 3DRRA 3VQQA 4CIFA 3RRHA 2JLEA 1EP4A 3AVCA 1NKCA 3DI6A 2G8KA 4NYFA 1IKVA 1S9GA 1JLQA 3OYHA 4LSLA 4KHYA 4QOZB 4JLHA 3LANA 3HPHA 4DSEA 2PYJA 3O3FA 4CEFA 3ZSRA 4YFUA 3G0ZA 3OYKA 3OYCA 3WNFA 2XY8A 3LP2A 3TI0A 4JS4A 3AVHA 2VWKA 3UIQA 4CGIA 2KZZA 4FW1A 3VQPA 3VA3A 1YVUA 1KVBA 1REVA 3KLEA 3NCIA 4E7HA 3KD5E 5DK5A 4C8KA 5HRPA 3SQ1A 3ZSXA 1WNSA 1Z26A 1D9FA 4KTWA 4BWJA 4NYNA 4HHTA 1RDDA 1RBUA 3OYBA 3NHGA 3SQ0A 4FJKA 2DTUA 1D8YA 4KI4A 1S1VA 5J2QA 3K5NA 1RILA 4B9TA 4DSLA 4NCAA 4W5QA 2QXFA 3RMDA 4DTPA 2KFNA 4N5SA 4JRPA 3KTQA 3CFPA 4CHOA 4OPKA 3BDPA 1TKTA 1JL2A 1HYVA 3LZIA 3OJSA 2DY4A 3HPGA 4BE1A 4E7IA 1XC9A 3ZSYA 1BI4B 2B5JA 5HBMA 3VQ6A 4IFVA 3KLHA 4DLEA 3L3VA 4DTMA 3DLGA 4CGGA 3LPTA 3CFRA 3AA2A 1BISA 1HNIA 1N6QA 4J2EA 2P1JA 3G10A 2HVHA 2HHUA 1RBRA 5DMRA 3OYIA 4FM2A 1EXQA 1C1AA 1RTIA 4CF0A 3QEVA 1NKEA 4AHTA 1HRHA 1HQEA 1TK8A 4MFBA 4ELUA 3F73A 1MU2A 3OS1A 3THVA 3OYEA 4DLGA 3AVIA 3DRPA 4GW6A 1FXXA 4YNQA 4EP4A 2VG5A 4B9NA 1VSKA 4HTUA 4AHVA 3NGYA 4CJSA 3VQDA 1K6YA 3VA0A 4PA1A 1XHZA 4ELVA 5JS1A 3PY8A 3M8SA 5HRRA 3SV4A 1LW2A 2OA8A 2FBVA 4B9MA 3NF9A 4DMNA 1TGOA 1I39A 4FYDA 4N76A 3V6DA 1VK0A 4EP5A 4F3OA 4W5NA 4FXDA 3SJJA 1Y97A 2EHGA 1DTQA 3LAMA 3LWLA 5KRTA 2YKNA 3HT3A 3CYMA 2G8UA 3KIOA 5KRSA 3LP0A 1SKWA 3JSMA 3MEEA 4RW7A 1FK9A 3TR8A 4CHZA 1VSIA 4UQGA 4DTJA 4TSXA 4CHYA 4CFBA 1LV5A 2G8FA 3AVAA 4ID5A 2XY5A 5I3UA 3DRSA 3RR8A 3P83D 4I7FA 3TAGA 3ZSQA 3ZT3A 3LZJA 3MEDA 3VQ7A 3OYAA 2R7YA 1BQNA 4DQQA 1NJYA 4CK3A 4FLUA 4DTOA 1HYZA 3L2RA 4FZXC 4M3ZA 4B9SA 3K5OA 4IFYA 4CJRA 4MQ3A 1UOCA 4R5PA 4IG0A 1J54A 3DLKA 3L8BA 4DU3A 2HB5A 2YNIA 3AA3A 1J53A 3KD1E 3AO5A 1EX4A 4KV8A 1KCFA 1TKZA 3RWUA 1BL3A 3B6PA 4I2QA 4ZHRA 3WNHA 2HNYA 4IKFA 3QO9A 4FJ8A 1TVRA 3QIOA 2WOMA 4CJFA 5J2NA 1S6PA 4DS5A 3TAPA 1TKXA 1UAXA 2ZE2A 3SUOA 4CESA 3OYNA 1T7PA 2QK9A 3B6OA 3IAYA 4RW9A 3OS2A 3DLHA 1NK8A 2HHWA 3AVLA 2JGUA 3I8DA 3EZ5A 4CEZA 1S1UA 4CJ4A 2BANA 3NH1A 5HROA 2IC3A 1RTJA 1D9DA 4CF8A 3LWMA 4FZZA 4FLYA 2I5JA 3SUNA 3ZT1A 3DYAA 2YKMA 3ZT0A 4DF8A 1VSFA 1ZBIA 4DTUA 4FLZA 1KVCA 1WSGA 4E3SA 1RBTA 1WSFA 2ITGA 3NH2A 4FJXA 1JXBA 4B8AB 2G8IA 1WN7A 2KFZA 1BIZA 4CGFA 4F2SA 3IS9A 4I2PA 4M3RA 1NOYA 2P5GA 4KB1A 1Q8IA 4KREA 4OGEA 3SQ2A 1UWBA 1BCMA 4DSJA 1WAFA 4E1NA 2BGGA 3LAKA 4B9UA 5J1EA 1JKHA 3ZSZA 2HHQA 2YHBA 3OS0A 1RTDA 4OVLA 4FM1A 4C8OA 5KTQA 4KHWA 4CJ3A 4FW2A 3U6FA 1G15A 4HUEA 1QTMA 1LWCA 2Z1IA 4HUGA 3MXIA 5FRMA 1BGXT 2OZSA 2E4LA 1RT5A 2RN2A 5CZ1A 2VWJA 3U3YA 3P5JA 2FBTA 4CCHA 3HSTB 1C0TA 3CG7A 1F21A 2FBXA 4CHQA 4BACA 3T3FA 4KHQA 1B92A 4KPYA 4AHCA 5EU7A 1T03A 5C25A 1NK5A 3P1GA 4DQSA 1VSMA 4FJ9A 4QCLA 1JL1A 1QSSA 5CY4A 4CHNA 3K5LA 5C24A 1BCOA 3KLIA 3TAMA 4DS4A 4BWMA 4L8RB 2RPIA 3HK2A 3ITHA 3S3NA 3MECA 4CF9A 1SUQA 3K5MA 1IKWA 4FJ7A 3DLEA 3ZT2A 3KJVA 4BE0A 4RW4A 1D5AA 3OYFA 3TAQA 4CF1A 3PV8A 2Y1IA 1Q9XA 1S1TA 4LH4A 3LDSA 3VQ4A 3TWHA 1U49A 1U48A 2HNDA 1NJWA 1IG9A 4CJPA 1JLCA 4QAGA 4H8KA 4E19A 3KLGA 4DSKA 1RT7A 2Y1JA 1RT4A 4WE1A 3ASMA 1FKPA 2Z1JA 1BQMA 1DTTA 4LY7A 4O5BA 2D0BA 4HVJA 2PY5A 4F2RA 2EX3A 2B6AA 2X6SA 3NE6A 2FC0A 3ALYA 3QINA 4CFAA 1WSHA 4CJTA 1RDCA 4E89A 4Z4HA 3O3GA 3AO4A 4KTZA 4Z0UA 4CECA 4OLBA 3KLFA 1NK6A 4IDKA 4KI6A 1S1XA 4OPJA 1UA1A 4FJIA 3ZSVA 2DFFA 3KK3A 4PQUA 3OYMA 1TAQA 1SKRA 3SPZA 1B9DA 1KLMA 1GOCA 1T8EA 1XI1A 2HHXA 1VSDA 1Q9YA 3S3MA 3K57A 1TK0A 3MXMA 2OPPA 3HPOA 4M42A 1NOZA 4CJLA 3WNEA 1CLQA 4KTQA 5CYMA 2GUIA 4CEAA 5HP1A 2A1RA 1ASWA 4OJRA 5KGXA 3S9HA 1VRTA 4F3TA 3LP1A 1NK4A 4M3WA 4CGDA 4Q5VA 4C8LA 3T1AA 3CM5A 4KFBA 1HYSA 1ASVA 4CEEA 4DSIA 4Z4CA 1T05A 4FM0A 4H4MA 2BDPA 3U3GA 1BI4A 1SL0A 4M3UA 4CJUA 1TK5A 3VQAA 3BGRA 3SV3A 4F8RA 1TKDA 3NBPA 3DLRA 1SV5A 2QKBA 3SUQA 2IGIA 4DQRA 3SNNA 1S6QA 3HP9A 4GMJB 3V1OA 4BDZA 1RBSA 4C8MA 1EKEA 2ATQA 1TL3A 2IAJA 1X9SA 4FJNA 2OYQA 4K8XA 1JXEA 4N56A 4AH9A 4CFDA 3VQ5A 4OGCA 3IRXA 1A5VA 4FZYA 1BIUA 4CK2A 1X9MA 1RBVA 2PZSA 2IDOA 3CFOA 3D45A 2DFEA 3V4IA 1WAJA 2ETJA 1KSPA 1RT2A 4FJMA 2X6NA 2GV9A 2ZD1A 1HQUA 4NCGA 1QSYA 3QNNA 3QERA 5HRNA 3V9XA 3VQ8A 3AVJA 2OPQA 2NUBA 4LSNA 4W5OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3TSPA 4A62A 3AVKA 4E7JA 1BA1A 3V9ZA 4GVMA 4B9LA 3K59A 4F4KA 1RGIA 4ID1A 2NLXA 4C23A 2P9NB 4U7BA 4QNDA 5AZJA 4FPBA 3OYDA 4E1MA 2JH8A 4H5RA 2E1YA 3V9SA 3R3LA 4DV5K 1HJRA 3NF8A 3FFKB 3FFIA 4OPAA 3C94A 5C15A 2RHKA 4DHYA 4J2AA 3TL8B 1CXQA 1FZ2E 4JD2B 3E4YA 5JLHA 1VHXA 3AA4A 3V7DB 3ZT4A 1W2BM 3NF6A 2FBYA 4YDUA 1VSJA 4DV1K 4JNEA 1MDUB 3I0RA 4QS7A 1C0UA 4K8ZA 3WUHA 2ZQBA 4B08A 3MXJA 5HRSA 3K9KA 1TV6A 3VF6A 1C1BA 1MHYG 4O0JA 3C6UA 5E84A 4FCYA 4CZHA 1Q7YO 3RRGA 5J2PA 4DFMA 1JLAA 4X64K 1GLFO 4B1WB 1EP4A 1KXPA 3DXKB 3DI6A 3C6PB 1S9GA 3OYHA 3PSIA 3FLCO 4CVNE 4JD2A 3O3FA 4DV3K 3WNFA 3LP2A 4IEIA 2UUCK 3FE1A 1N8RO 3UIQA 5AQRA 4XH1A 3VQPA 1YVUA 1KVBA 3KLEA 2A6AA 3R8EA 3KD5E 4DV2K 1QZ6A 1FZ3E 1RILA 4NCAA 4W5QA 4N5SA 1JL2A 2DY4A 4DR2K 3BEXA 5HL7L 5DM7L 1XC9A 4CD1A 2B5JA 2CGLA 3VQ6A 3L3VA 3DLGA 3DXKA 3W0LA 3SAFA 4OO1J 2QTDA 5AQMA 4DCHA 5AJ3K 4J2EA 1N6QA 2HVHA 3OYIA 1XC3A 4CF0A 1FZ0E 2I7PA 4KH4A 3VGLA 3DRPA 2RKHA 4KBOA 4EP4A 4FVUA 2VG5A 3MX5A 4AHVA 3VQDA 3VA0A 3AARA 5JS1A 3PY8A 1VQ9N 4DMNA 1P22A 1TGOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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