3CQ8A

Ternary complex of the l415f mutant rb69 exo(-)polymerase
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA (5'-D(*DAP*DCP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DGP*D
publication title Characterization of a replicative DNA polymerase mutant with reduced fidelity and increased translesion synthesis capacity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage
molecule tags Transferase/dna
total genus 309
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3cq8A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3cq8A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cq8A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3cq8A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3cq8A03
1W0HA 4B9MA 4FM1A 2IGIA 3AVGA 4I2QA 1KCFA 2X6SA 4ID1A 1I3AA 4M41A 4OPKA 1JLAA 3RRHA 2QKKA 4BE0A 3RMDA 1TV6A 2GUIA 1WLJA 3QEVA 2Z1JA 1WSJA 3LWMA 2G8HA 1QS4A 4M3TA 4CFAA 3OS2A 2Z1HA 1LWFA 1JLFA 4TSXA 1NKCA 3S9HA 4FJMA 3OS1A 2XY5A 3RRGA 5KRSA 1RBSA 4Z4HA 4IBNA 4FK2A 3L2QA 5J2QA 1IG9A 3LP0A 4B8AB 1VSLA 3L3UA 2HNZA 4O0JA 5HBMA 1J9AA 1RBRA 1XHXA 3QNOA 3TABA 2F96A 4AHCA 2NUBA 3U6FA 4DLGA 1YT3A 5DK5A 1YVUA 4KHSA 3SUQA 4FJHA 1KVAA 2XY8A 1RNHA 3C94A 1K6YA 3LALA 5KGXA 2AJQA 3OYIA 3SQ2A 4FLYA 4CJ4A 4HHTA 3S3NA 4CEZA 5I3UA 4IFYA 2P5OA 5HRSA 1G15A 1YTAA 4AHVA 4HUGA 1RBVA 1UA0A 4E7LA 2ZD1A 5JS2A 3HP6A 1YTUA 3AV9A 3SPYA 1NK6A 3RTVA 2YNIA 3OVNA 2F8SA 4ELVA 1ZYQA 1GOCA 3H08A 3SV3A 2FBYA 3K5NA 1HYVA 1UWBA 3DLKA 1S6QA 4DFKA 1RT6A 3C6TA 4CIGA 1IKYA 3V1OA 1U4BA 1BQMA 3VQPA 4EP5A 1Q9XA 3HVRA 1IO2A 1RTDA 1ZBLA 4NCGA 3QESA 1KFSA 4FZYA 1VSDA 3LAMA 3SQ4A 3NF7A 3O4NA 4KV8A 4CFDA 1NK9A 4FJ8A 1LWCA 4C8NA 1RDDA 1SKRA 1S1VA 2D0BA 3DRPA 4M3YA 1BHLA 1QSYA 4JS5A 3NF6A 5FRNA 1ZBIA 3DYAA 4KHQA 2IOCA 4N5SA 4ZTJA 1CZBA 4N76A 4CGHA 3PO4A 4B9SA 4W5TA 4AHSA 1S1UA 1RT1A 4DSJA 1A5XA 4I9QA 1NK7A 1RTHA 4FLTA 1HRHA 1RT2A 1TL3A 1KTQA 3T1AA 3OY9A 1R0AA 1NJZA 3AO4A 4F4KA 3BGRA 2OZSA 3AVFA 3SI6A 3DMJA 4DQIA 4CEOA 4NCAA 3OYFA 4PQUA 4I9LA 4FM2A 1CXUA 1JXBA 4O5BA 4HCCA 4FJLA 3E01A 4FJ5A 4PWDA 2HHSA 4KI6A 5CZ1A 2G8IA 3K57A 1NJWA 1KSPA 1RT5A 1NK5A 2DFEA 3VQ7A 3F73A 2E4LA 3ZCMA 4DLEA 2WONA 4W5QA 3CFRA 3DI6A 4HCBA 2HVIA 1VSJA 4CF0A 4DTOA 3MEGA 2KW4A 3ZT3A 1WN7A 1TKDA 2Y1IA 3KLIA 1RT4A 4DU4A 1JL2A 4ZHRA 1MU2A 2DFHA 5HRNA 4DSFA 1NJYA 2G8WA 1RBTA 1NOZA 1BGXT 2ITGA 4OKJA 1VSKA 4BWJA 4M3ZA 3HP9A 4MFBA 3JYTA 4KB1A 3HSTB 1LW2A 2JLEA 4CJEA 4E1NA 5J1EA 2G8VA 4OLAA 3NAEA 1RDAA 3RMCA 3ZT4A 3ISNC 1ZBHA 1QTMA 3LZIA 1WAFA 2A1SA 3MEDA 4CESA 3VA3A 1VSIA 3DOKA 3MXJA 4O44A 2YHBA 4CJKA 2I5JA 1TK0A 4F2SA 3LDSA 1NKBA 1I39A 4DSIA 5KTQA 3QEXA 1BQNA 4C8LA 1O1WA 3IS9A 5T7BA 4LH5A 1BIZA 1QSLA 1EXQA 3AVJA 3P5JA 1D9DA 3KIOA 1BISA 1EETA 4ID5A 5SZTA 2F8TA 5J2PA 4DTSA 4CHPA 1SUQA 4FJJA 4Z4EA 3OYMA 2VWJA 3RR8A 2GBZA 1HYZA 3IRXA 4IG0A 4CJPA 3L2WA 1NJXA 3SV4A 3NDKA 4CJQA 4BE2A 3K2PA 1LAWA 4ZTFA 3HVTA 4KO0A 3WNFA 4NYNA 4DS5A 4QOZB 3LANA 1SL0A 2FC0A 3I8DA 1T05A 3OYNA 4HTUA 4FZXC 4N41A 1FK9A 4OVLA 5HLFA 5E41A 4CEAA 4DSLA 3VQ5A 1KRPA 4LH4A 3L2RA 4CGIA 1EP4A 1L3TA 1TK8A 2O4GA 2Z1IA 3VQDA 4OGEA 1FKOA 3DRSA 3MXMA 1B92A 1WSHA 2QK9A 4FJ7A 4IKFA 4LY7A 1S1WA 1S6PA 2B5JA 2YV0X 4CEBA 3RMBA 3PV8A 3KLEA 1VSMA 4KHUA 1RCHA 1CXQA 1UOCA 4M45A 3D45A 2ZQBA 5FRMA 5HRRA 3ZT2A 1XI1A 3P1GA 1T7PA 3M8RA 4CHNA 4CJFA 2HHVA 4FJGA 4JS4A 1XWLA 4W5NA 1S1XA 3CFPA 4B9NA 4DWIA 2HW3A 3PX0A 4RG8A 4R5PA 3OJUA 4BE1A 4FJ9A 2A1RA 3NH2A 4J2BA 4DTXA 1RT7A 4DTJA 3NF8A 4JRQA 4DSEA 2HB5A 3CQ8A 1RTIA 2B4JA 3HPGA 3PX6A 4HUEA 3AVMA 1Y97A 2VWKA 2RKIA 4BDYA 1QHTA 1J5OA 1RDCA 4DU1A 2KZZA 3SNNA 3KKSA 3QEWA 1C1AA 3SUPA 1L5UA 2G8UA 4OPJA 1JXEA 3TWHA 1KVCA 1JLGA 3L2UA 2FBXA 3DLHA 2RN2A 2P1JA 5KGWA 3QERA 4ELUA 4W5RA 4QAGA 1KLMA 3V1QA 4CEEA 3V9UA 1C0TA 1WAJA 2BANA 3LWLA 3OS0A 3ZSZA 5DMRA 4CGFA 2KQ2A 2O4IA 2IAJA 3TAPA 3RMAA 3NGYA 4E7JA 3VQ8A 2EX3A 1U45A 3AVKA 4O55A 1BI4A 1JKHA 4CE9A 3U3YA 1WSIA 4RW9A 4KHYA 3AA5X 2P51A 3EY1A 3VQ6A 1RDBA 3HYFA 3NFAA 1Q9YA 4Z0UA 1ITGA 2XO7A 4KAZA 4FZZA 2JGUA 1DTTA 4CGJA 1X9WA 4PA1A 2OA8A 5K14A 4WE1A 1HQUA 2XY7A 3UIQA 3ALYA 3VQQA 1Z25A 1A5VA 1FXXA 3WNEA 3AO1A 2HVHA 4LD0A 4KREA 2IC3A 1D8YA 1NK4A 3WNHA 2PY5A 4N56A 2HHWA 3DLGA 4B8CA 3KK1A 1D9FA 4NYFA 4O4GA 1B9DA 4F2RA 3V9WA 4CJWA 2Y1JA 4CK3A 1HQEA 3M8QA 3SZ2A 3AVBA 3L2VA 2WOMA 1TL1A 1C0UA 1WSEA 5FROA 3KK2A 4FLVA 2OPPA 4RW6A 4OLBA 3A2FA 1EKEA 4Z4GA 3DLEA 4DU3A 2R7YA 3MXIA 4CHOA 4M3WA 5HP1A 4DTMA 4E19A 4ELTA 1RTJA 1IKXA 2YNHA 1X9MA 3CM6A 3AVCA 1C1BA 1KFDA 4ICLA 4CIFA 3KLHA 3HM9A 4FK4A 3QIPA 3CFOA 4KI4A 1C0MA 3OYLA 3KLGA 4E7KA 3QETA 3AVNA 3ULDA 4HUFA 4DTNA 4GW6A 3V9SA 3OJSA 3SCXA 3VQEA 4CGDA 4FLXA 3M8PA 3LZJA 1CLQA 4H4MA 4KFBA 3TAMA 3K5MA 1Q8IA 3DLRA 5KRTA 2FBVA 1QE1A 3AO3A 2PZSA 1TAUA 1WSGA 2X74A 2YHAA 4E0DA 2X6NA 4K8ZA 3MEEA 2YNGA 1B9FA 3AVIA 4OKEA 2W42A 4C8OA 1JLEA 1SKSA 3VA0A 1QSSA 1EX4A 4DSKA 3NCIA 4CECA 4EP4A 1SKWA 3PO5A 3V9ZA 1D5AA 2IDOA 1SL1A 3KKRA 4KTZA 5J2MA 1VSFA 3SJJA 3C6UA 4G1QA 4HVJA 4EZ6A 4N47A 4PUOA 3LAKA 3KK3A 4CHYA 4FJNA 2Q3SA 1N5YA 1ASVA 1BIUA 1LV5A 4CJ3A 1IKVA 4E7IA 4FJKA 3WNGA 3OYHA 3P83D 4DTUA 4AILC 4DFPA 4CGGA 1HJRA 3ZSXA 3NGIA 3F9KA 1LAVA 4FCYA 4K8XA 4OJRA 3C95A 4CJUA 1TVRA 2HHTA 3CM5A 3VN5A 3QLHA 5CZ2A 4E89A 3IG1A 2G8FA 3T19A 1S9GA 3HPOA 2BDPA 4CHQA 5CY4A 1J54A 3V1RA 3V4IA 4KPYA 5I42A 4J2AA 4M42A 4OKKA 2XHBA 4E1MA 1L3UA 4F3TA 3ZSRA 4FVMA 3K5OA 2BE2A 2XY6A 1TKTA 3OYGA 2YKNA 1TK5A 3NHGA 4IFVA 4CFCA 4NCBA 1S5JA 5HRPA 3HK2A 2YNFA 3I0SA 3PX4A 3TR8A 1DLOA 1IKWA 3OYEA 1TGOA 3V81A 4O0IA 3O3GA 1BI4B 4GMJB 3AVAA 5D3GA 4BDPA 4DQRA 3AA4A 4B9TA 3CYMA 2EHGA 1RBUA 4JRPA 2QKBA 2HHXA 1VSHA 4DFJA 2KZMA 4DG1A 5J2NA 1LWEA 4Y1CA 3K59A 1XC9A 4CK1A 1HYSA 4LSNA 4FLUA 5C24A 4C8MA 3PY8A 1JLCA 1ASWA 4IG3A 3LPUA 2VG6A 3O4QA 4CHZA 2E6MA 4C8KA 4FM0A 3NH1A 4DTRA 3NF9A 2OPQA 4CEQA 3OYAA 3MAQA 2RF2A 3NE6A 3TAEA 4CEFA 1NK8A 3ITHA 3SUOA 2ZE2A 4CJRA 4CEDA 2DY4A 2RPIA 3AA3A 4DFMA 5C25A 2VG7A 1X1PA 3VQ9A 2D0CA 3OYDA 1U49A 4OGCA 4J2EA 1C1CA 1SV5A 4M3UA 2Z1GA 3B6OA 3I0RA 3NGZA 3KJVA 3AO5A 3SUNA 1HNVA 4AH9A 4F3OA 3O3FA 4GVMA 1U04A 3AVLA 3SQ0A 5FDLA 3SYZA 4FK0A 4CF2A 1NK0A 2XRIA 2PYJA 3RR7A 4B9LA 1TKXA 2VG5A 4CFBA 3RWUA 3DRRA 5CYQA 3HXMA 4MQ3A 1UAXA 3U3GA 4KTWA 4CF9A 4RW7A 3L3VA 1J53A 4BWMA 4E7HA 1IH7A 4Y1DA 4CF1A 1TKZA 4CK2A 3OYJA 3CG7A 1N6QA 4E3SA 1RILA 4AHRA 3HJFA 4M3XA 1BL3A 3K58A 1NOYA 3ZSQA 4Z4CA 4I7FA 4Q5VA 3AVHA 3B6PA 2LSNA 3QINA 2GV9A 3ZSOA 2KTQA 4RW4A 4W5OA 1GOBA 4DMNA 3D0PA 4CJ5A 4B9VA 1A5WA 2D0AA 3AO2A 3OYKA 4RW8A 4AHUA 4I2PA 4F8RA 3LP1A 4FJXA 4DQQA 2HHUA 3SPZA 1REVA 3TANA 4KHNA 1ZBUA 4YNQA 1VRUA 1L3VA 3TARA 2IS3A 4CCHA 4B9UA 1WSFA 1X9SA 3G10A 4IDKA 3ZT1A 1HPZA 3QO9A 3HPHA 1T8EA 1F21A 4CJVA 4CF8A 2FBTA 3KTQA 3HL8A 3EZ5A 2QXFA 1U48A 2D5RA 4EZ9A 4FXDA 1RT3A 4DF4A 5SWMA 4Z4IA 3EYZA 3QEPA 4XIUA 2P5GA 1HMVA 4H4OA 2X78A 3V9XA 3T3FA 1T03A 4FLZA 1HNIA 3QIOA 4CERA 3V6DA 2HNDA 3TAFA 4FLWA 1W9HA 3O3HA 2HMIA 3VQAA 2HNYA 1CZ9A 1FKPA 1KVBA 3HT3A 1UA1A 1BCOA 3THVA 4DQPA 1TAQA 4B3OA 3KD1E 4CJSA 3MECA 1JLQA 3K5LA 4J2DA 4FW2A 3NH0A 4BACA 1XHZA 2OZMA 3ZSVA 2ATQA 3KD5E 3IAYA 1S1TA 1Z26A 4KKOA 4CJLA 4KB0A 1VRTA 4M3RA 3JSMA 1KLNA 3BDPA 2KFZA 4CJTA 3DLBA 5C42A 1ASUA 5KI6A 2HHQA 5EU7A 3ZSWA 1L3SA 3KLFA 3ZT0A 4DF8A 4KTQA 5JS1A 3TAGA 1C6VA 3HO1A 1S9EA 3OYBA 4BDZA 2OYQA 3ZSYA 3S3OA 2OPRA 1LW0A 3LP3A 1JLBA 3M8SA 4AHTA 3QEIA 3NBPA 2G8KA 4Z4FA 2DTUA 1JL1A 4QCLA 1GOAA 3VQ4A 2DFFA 4DS4A 2PYLA 1VSEA 4L8RB 4LSLA 2BGGA 3OYCA 4H8KA 4KRFA 2YKMA 3DM2A 1U47A 3L8BA 3QNNA 5CYMA 4YFUA 4DQSA 4FW1A 1SL2A 1DTQA 3S3MA 2ETJA 4PY5A 3TI0A 1WNSA 3LP2A 1VK0A 3PUFA 3TAQA 1BCMA 3SQ1A 3FFIA 3G0ZA 4UQGA 1NKEA 3ASMA 4DTPA 5HROA 1ZBFA 2E6LA 3LPTA 4KHWA 2OPSA 3VQBA 3VQCA 3AA2A 1QQCA 4JLHA 2KFNA 4CIEA 4FYDA 3DOLA 4Q0BA 4B08A 2B6AA 4FJIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1W7AA 1B92A 3LDOA 2DEBA 2QK9A 4FJ7A 3QFUA 2B5JA 3QDKA 1VSMA 4KHUA 4PKIA 3KWIA 4BR5A 1J6ZA 2OVRB 3M8RA 4CHNA 4FJGA 1XWLA 1KD1O 3OGKB 3CCEN 3CFPA 2HW3A 4W5NA 2QWQA 2HF4A 2A1RA 4PKHA 4J2BA 1RT7A 3OHRA 3CQ8A 4JKGB 4NXNK 2B4JA 3PX6A 1XC3A 3QMLA 1Y97A 3SNNA 2A5XA 3KKSA 3MN7A 4I6JB 3MCPA 2G8UA 3TWHA 3G25A 3V1QA 1ATSA 1WAJA 3LWLA 2P9PB 1VQNN 3CXCM 2KQ2A 5KPZA 3G6EN 2O4IA 4C1NK 3NGYA 2FF6A 2EX3A 3AVKA 1BI4A 2IVPA 3U3YA 3SVIA 5AQFA 4GY2B 2RE2A 3LM9A 1DTTA 3EE9A 3LDPA 4WFAL 5K14A 1IBMK 3UIQA 3WNEA 3LD8A 3AO1A 2YHYA 4EHTA 2IC3A 1D8YA 2Y1JA 2F9TA 3AVBA 3L2VA 2WOMA 3P39A 1WSEA 2OPPA 4RW6A 3VF2A 3CCMN 3A5OC 4BRQA 2R7YA 4CHOA 4AM6A 1YJWN 3IMXA 2NNWA 1C1BA 4CZLA 4B1VA 3NVMA 3KLHA 5F2RA 4FK4A 5BR9A 3QIPA 3CFOA 3BZCA 3QETA 4GKKK 4HUFA 3O80A 5H37A 3EO3A 4DB3A 3OJSA 3F2KA 1KQSM 1CLQA 3IUCA 4AKGA 3RSEA 1Q8IA 2PAVA 1NGFA 1MHZG 1MA9B 4CD1A 1M90O 1TAUA 1R59O 3QB0A 1NGGA 4LF7K 4C8OA 1QSSA 4EP4A 1SKWA 1SL1A 3FZFA 1VSFA 4G1QA 4XH5A 3LAKA 3KK3A 4CHYA 4FJNA 2OVPB 1LV5A 1ASVA 2GWJA 4FJKA 3P83D 3FGUA 4XH1A 3NGIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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