4FK0A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dg
Total Genus 317
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
317
sequence length
900
structure length
900
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 317
structure length 900
sequence length 900
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fk0A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fk0A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fk0A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fk0A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fk0A03
3VQDA 1NJXA 2PYLA 3LPTA 4NYFA 3ZSVA 3DMJA 1EXQA 3ULDA 3VQ7A 1HYZA 3L3VA 4DTRA 5DMRA 3TI0A 3ZSZA 3M8PA 3L2QA 1XC9A 5HRSA 2G8WA 2FBVA 2Y1IA 3AA2A 4DQPA 4KRFA 1BIUA 1KVBA 3CG7A 3QIOA 4DF8A 4AILC 4DFKA 4FJMA 4DSEA 3OY9A 1GOAA 4B9VA 4O0IA 5E41A 1ASUA 3MEDA 1IG9A 4IBNA 2IAJA 4CEQA 3SQ4A 4Z4GA 1DLOA 2YNIA 4CHPA 2Z1IA 3OS1A 5I42A 4W5RA 1C1BA 1ASWA 2DFHA 4CGGA 4DSIA 3ZT3A 1IH7A 4YNQA 1NKEA 1DTQA 3SQ0A 3U3GA 4CERA 3CYMA 3OYIA 1QQCA 4HUGA 4FJHA 1BCOA 4CJLA 4Z4FA 4CJ5A 2HHXA 2QK9A 2IC3A 4FCYA 4FLWA 3VQ9A 4HTUA 1UA1A 1WSGA 1TVRA 3DI6A 3O4QA 4RW9A 1JLBA 4CCHA 4B3OA 3NFAA 3DLEA 4FJLA 1YT3A 1W0HA 2IOCA 1JL2A 1KVAA 4KO0A 1DTTA 3V1OA 1VRUA 5HP1A 4NCGA 1XI1A 2OPRA 3P1GA 3ZSQA 3KLGA 4PUOA 3AA5X 4DTJA 4RW4A 3WNGA 2E6LA 3ZSYA 1RTDA 4Z4EA 4FJKA 1D9DA 2PZSA 3F73A 4E7IA 2EHGA 4DU4A 3ZT2A 3DOKA 1WAJA 2FBXA 4AHRA 3V9UA 1T7PA 1QSLA 3T3FA 1J9AA 3SI6A 3T19A 3VQCA 4CF1A 1U45A 3AO3A 3CM6A 1BISA 3RMDA 1HJRA 4E1MA 3IRXA 4FK4A 4FLUA 3TANA 4NCAA 4DLGA 1YTUA 3CFPA 5CZ1A 3MXIA 3RMCA 2RN2A 2IGIA 4E7KA 3TWHA 4CFCA 3EY1A 3NH2A 3NBPA 1CZ9A 3HYFA 3VA3A 1KLNA 3KLEA 1HPZA 4LSNA 1SUQA 3P5JA 5SWMA 3ITHA 4CECA 5KRTA 1T03A 5J2QA 1GOBA 1TL1A 2HVHA 1SL2A 3NH0A 2P5GA 2WOMA 1TL3A 4BE0A 4FZYA 4FM1A 4DTNA 4B8CA 2HNYA 3HL8A 1LV5A 4M3UA 2FBTA 5K14A 3OYJA 2HHUA 3PO5A 4BE2A 3QEVA 4KV8A 4DU1A 1RT2A 2HNZA 1ZBHA 1J5OA 3SUOA 2I5JA 3PX6A 4JRPA 1S1WA 3NF9A 3ZCMA 3OYLA 3AV9A 5FRNA 3VQ6A 4FZXC 1NK7A 5J1EA 1NJYA 4FJ5A 2Z1GA 2D5RA 3VN5A 4EP5A 2JGUA 2OZMA 4B9NA 1WSFA 5I3UA 4Z4IA 3QEXA 4QCLA 3TAFA 3OYNA 3TARA 2XY7A 3KKSA 1JLCA 4GMJB 4N56A 4JRQA 1TGOA 3IAYA 4CJKA 1VRTA 1J54A 3MECA 4CF8A 4KREA 3CFRA 1QHTA 3NH1A 3SQ1A 4DTOA 4Z0UA 4CK1A 4CEAA 4PQUA 3LP0A 1C0UA 3LAKA 2G8HA 4M3ZA 1FK9A 2HVIA 2X74A 3RRGA 1NOYA 4F4KA 3EZ5A 1U4BA 1SKWA 4DTUA 3P83D 1L5UA 4KHWA 5JS1A 5EU7A 2YNHA 1T05A 4I2PA 3QIPA 4H8KA 2KZMA 2G8IA 3G10A 2IS3A 1S9GA 1Y97A 4ELVA 1Q9YA 1VSDA 3OYHA 5FRMA 4HHTA 4BDYA 4DTMA 1IKVA 1RNHA 4M3TA 3AVFA 3PX0A 3QLHA 4F2SA 3UIQA 1X9WA 2KTQA 2P5OA 1WN7A 1RT4A 3PO4A 1VSHA 1B9DA 4M3XA 3D45A 1L3SA 1X1PA 4IFVA 2XHBA 5C25A 3AVJA 1LAVA 1U04A 3QESA 3KD5E 1VSJA 3B6PA 5FROA 3KD1E 3AO2A 4DWIA 2VWKA 3AVHA 1CZBA 3I0RA 4W5OA 4FM0A 1JLGA 3QERA 5KGXA 3VQQA 4DG1A 1SL1A 1ZYQA 4N5SA 2OPQA 2ATQA 1RT7A 2EX3A 3G0ZA 1XHXA 1D9FA 4FJNA 4KTQA 1S9EA 1N6QA 3V81A 4MQ3A 1TKDA 1U48A 1KSPA 1C1CA 3RWUA 1RT6A 3LANA 3S3OA 4LD0A 4BDZA 4M42A 4LSLA 3HSTB 1S1VA 2KW4A 3O3FA 2OA8A 1TAQA 3HP6A 4E0DA 5CYQA 4DQSA 1JLQA 4B9UA 1NK6A 2HNDA 5C42A 3HJFA 3LWMA 4F3OA 4KHQA 2XY8A 3NHGA 3OYBA 3V9SA 2JLEA 2GUIA 1YTAA 3VQ4A 4N41A 2P51A 4DMNA 3OS2A 3PX4A 3MXMA 4E89A 3QNOA 3PV8A 1I39A 1LAWA 4FJIA 3ZSWA 2E6MA 2XY5A 3NF8A 2LSNA 4O55A 3LP2A 2RKIA 3C6UA 3LP3A 3HP9A 4DSJA 4DSKA 5HRNA 1BL3A 4OPKA 4RG8A 1UWBA 4I9LA 4O4GA 3SQ2A 2O4IA 2YV0X 4DQQA 2OYQA 4I7FA 4CF2A 1NJZA 3WNFA 2F8TA 3CFOA 4MFBA 5KGWA 3JSMA 3MXJA 4UQGA 3F9KA 4DSFA 3QETA 3RR7A 3L2UA 4K8ZA 3C94A 1I3AA 2NUBA 3NF7A 2HMIA 4PY5A 3EYZA 2YKNA 5D3GA 3DRRA 4ZTFA 1CXQA 2R7YA 3IS9A 4CJRA 3QNNA 1HNVA 3LDSA 3CQ8A 4FW2A 4LY7A 3V1RA 3VQ5A 4H4OA 4N47A 4CGDA 5T7BA 2E4LA 4KB0A 1IKWA 4HCBA 2BGGA 3C6TA 1RBUA 1EETA 4O5BA 3SNNA 3QEIA 2O4GA 2VG5A 3NAEA 1LWFA 3NGYA 4C8LA 1D5AA 1KVCA 1JL1A 3K5MA 1TKXA 4ID5A 1SL0A 3KLFA 1WNSA 1CXUA 3M8RA 1Q9XA 4CEDA 1C1AA 5KI6A 4CJFA 4F8RA 4BWMA 4OLBA 2HB5A 4RW7A 4E7HA 3S3NA 1TK0A 4NYNA 4CEBA 5FDLA 3HT3A 1Z25A 3OS0A 3HM9A 2QKBA 4CIFA 2OPSA 4KTWA 4PA1A 4Y1CA 3OYDA 4KFBA 3CM5A 1HRHA 3VQEA 4CHNA 4XIUA 4B9SA 2PY5A 3I0SA 1LWCA 4F2RA 4KHUA 5J2NA 2D0AA 5J2MA 4M3RA 3AVLA 4HUFA 1K6YA 3M8SA 1JXEA 4Q5VA 3SZ2A 4FK2A 3SUPA 4HVJA 4FJ7A 4B9MA 1J53A 1RTHA 1YVUA 2A1SA 1HNIA 2DFEA 4CEOA 3FFIA 5CY4A 1BHLA 1RBVA 3A2FA 1WSIA 2G8UA 2B4JA 3HPGA 5HRRA 1ZBIA 4FLTA 4CJUA 1D8YA 2YHBA 1S1UA 2RPIA 1NK8A 4FLYA 2YKMA 4FZZA 2VG6A 3RMAA 4FJGA 4W5QA 2KZZA 4CHYA 4CHZA 2BANA 5CZ2A 2WONA 4TSXA 3TAEA 4RW8A 1KCFA 4YFUA 1JLFA 3HPOA 2GBZA 3OVNA 3TABA 1IKYA 1QSYA 1RDBA 4OKEA 3L2RA 1RTIA 3DLGA 1L3VA 3DLBA 1ASVA 4JS4A 3KKRA 4EZ9A 5DK5A 2OPPA 2P1JA 3DOLA 4G1QA 4DQIA 1VSMA 2VG7A 3AVAA 4IG0A 3SPZA 1HMVA 1LWEA 4DTSA 1TV6A 4IG3A 1A5VA 2KFNA 3RRHA 3ZT1A 4FLVA 4AHTA 3ALYA 1C0TA 4BWJA 4KAZA 3I8DA 2F96A 1NK9A 3RR8A 4QOZB 1G15A 4FW1A 1EX4A 4C8KA 4OKJA 4BACA 4CIGA 3SUQA 2X6SA 3L2VA 3QO9A 2G8VA 2HHTA 4O0JA 3K5NA 1O1WA 2HW3A 4LH5A 4BE1A 1KTQA 3DM2A 4B9TA 4CHQA 1SKRA 3OYCA 4B9LA 1BIZA 3K59A 1CLQA 4L8RB 4KHYA 4M41A 3H08A 3RMBA 3VQ8A 1RDCA 4DS5A 5J2PA 2YNFA 3BDPA 4W5NA 4Z4CA 1NJWA 4KI4A 2Y1JA 2D0CA 4E1NA 2HHSA 2HHVA 1TK5A 3SJJA 2XO7A 1RBTA 3DLHA 4J2EA 1RDDA 1RBSA 2Z1HA 3D0PA 3PY8A 3HK2A 2Q3SA 3S3MA 2ZD1A 4CK2A 1XHZA 2XRIA 2B6AA 3LP1A 1WSHA 3SCXA 4LH4A 3HPHA 2QXFA 3OYMA 3AO4A 1RT3A 4N76A 1U47A 1ITGA 3NF6A 4CIEA 1NK5A 4GW6A 4B08A 4ZHRA 2BDPA 3T1AA 3K58A 2ZE2A 3K57A 3SV3A 3V4IA 3QEWA 3TAMA 4DTXA 4FJXA 3SPYA 2BE2A 3ZT0A 3NE6A 5HROA 1N5YA 4FM2A 4R5PA 2FC0A 4DF4A 4DU3A 4OLAA 3KIOA 2GV9A 3ZSOA 3MEGA 1KFDA 4EZ6A 3K5OA 4KKOA 4J2AA 3TAGA 1WSEA 3VQAA 4ZTJA 1FKOA 4EP4A 2B5JA 3KJVA 2HHQA 3LPUA 1RT5A 4AHVA 4CEZA 3HVRA 3SV4A 2F8SA 4CK3A 3JYTA 4IKFA 4OGCA 3THVA 4Q0BA 1VK0A 1BI4A 2Z1JA 4GVMA 1RTJA 4CJSA 4OPJA 2QKKA 4E7LA 3HO1A 4CFBA 3LZJA 1VSKA 3KK2A 3RTVA 3S9HA 2HHWA 4FYDA 2YHAA 3IG1A 4QAGA 4OVLA 3ISNC 3LAMA 4IDKA 4ELTA 5HLFA 3L2WA 4DTPA 3AA4A 4KPYA 1RT1A 1B92A 4ICLA 4DFMA 3LZIA 4C8NA 1HQUA 1SV5A 4FJ9A 1ZBFA 4J2DA 2VWJA 3DLRA 3TR8A 3V9WA 1KFSA 5CYMA 4CE9A 3ZSRA 4NCBA 2YNGA 1KRPA 3OYKA 4OJRA 3U3YA 2D0BA 2X6NA 3TAQA 1F21A 2IDOA 4CJ3A 3KLIA 1R0AA 3BGRA 1NKCA 3AVGA 4C8MA 1S1XA 4KTZA 4E19A 4CHOA 4CJVA 3DRPA 4AHUA 4DFJA 1BQMA 3KK3A 1KLMA 3AVBA 4CEEA 1C6VA 4O44A 2X78A 4DS4A 3SYZA 4PWDA 1BI4B 4CF0A 1TKZA 5KTQA 2ETJA 3VA0A 1NK0A 1RCHA 1BCMA 4FJ8A 4ELUA 1EP4A 2G8KA 1S5JA 1JLEA 1TKTA 4CFAA 4CJPA 3M8QA 1X9MA 1RBRA 1UAXA 3WNHA 4JS5A 2OZSA 1EKEA 1RILA 4Z4HA 3QINA 4ID1A 1FKPA 1BQNA 4AHCA 5SZTA 2FBYA 2ITGA 3ASMA 1WLJA 4AHSA 4RW6A 5KRSA 4KB1A 4M3WA 3LALA 3O4NA 3AVMA 4CJEA 1HQEA 2DTUA 1S1TA 3E01A 5JS2A 4E7JA 3AA3A 3DRSA 5HBMA 1X9SA 3NGZA 1NK4A 1LW2A 2G8FA 3NCIA 3V9ZA 4H4MA 4CGIA 1A5WA 3L8BA 1W9HA 3AO5A 3O3HA 3TAPA 4M45A 3WNEA 1L3TA 3L3UA 1MU2A 4CFDA 4KHSA 1RDAA 1S6QA 1VSFA 3VQBA 1IO2A 4DSLA 2W42A 4DQRA 3V9XA 4FLXA 4M3YA 4CJTA 2XY6A 1ZBLA 3OYEA 3O3GA 3AVKA 3DLKA 4DLEA 3KK1A 3AVNA 1JLAA 4WE1A 1SKSA 1QE1A 4Y1DA 4AH9A 1HYSA 1S6PA 1B9FA 1VSLA 1ZBUA 4E3SA 4CGHA 3K2PA 4HUEA 2ZQBA 4J2BA 4W5TA 2KQ2A 3B6OA 4IFYA 4I9QA 1JKHA 3U6FA 4CGFA 1WAFA 4FXDA 3KLHA 1NKBA 3SUNA 3K5LA 1BGXT 4FK0A 4K8XA 3ZT4A 3ZSXA 3HXMA 2KFZA 1FXXA 1UOCA 3MEEA 3PUFA 4CJWA 1T8EA 4DFPA 4C8OA 3NDKA 2DY4A 1Z26A 4FVMA 1UA0A 4BDPA 4FLZA 3OYFA 3C95A 4JLHA 4CGJA 1QTMA 2PYJA 2DFFA 5C24A 1TK8A 4KI6A 4CESA 4FJJA 1WSJA 3OJUA 4HCCA 1NOZA 1QSSA 4F3TA 4CJ4A 3OYAA 1REVA 2RF2A 4OKKA 1A5XA 4CEFA 1QS4A 3V1QA 3VQPA 4B8AB 1IKXA 1LW0A 1VSIA 3QEPA 1Q8IA 1VSEA 3AVCA 3HVTA 3AVIA 1XWLA 4CJQA 3MAQA 3DYAA 2A1RA 3KTQA 2AJQA 3AO1A 1JXBA 5HRPA 1HYVA 4CF9A 3OYGA 1L3UA 1GOCA 3NGIA 3OJSA 1U49A 3V6DA 1C0MA 4OGEA 1TAUA 4KHNA 4I2QA 3LWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5AQWA 3WQUA 4DV7K 3JXUA 1T6DA 4JKBA 2ASPA 4HHTA 4WQ5A 4JK7A 3OA9A 4DTMA 3AVFA 1ATRA 5GAHP 3EKUA 1WN7A 1VSHA 1X1PA 3HOSA 2HSTA 5FROA 3QESA 2GWKA 3AO2A 2E20A 3AVHA 1FZ5E 5KQ8A 3AARA 1KAXA 4BGBA 2OPQA 2EX3A 2NNWA 3G0ZA 5M1PA 4FJNA 4DV0K 1S9EA 3NMUA 1U6ZA 1U48A 4YY3K 3LANA 4LD0A 4LSLA 1SZ2A 2FSKA 4B9UA 4YDUC 3UKUA 2HNDA 5C42A 3VGMA 4B9QA 4CZGA 4F3OA 2XY8A 2JH8A 1M1KO 2JLEA 2GUIA 1J6ZA 3PX4A 3MXMA 3QNOA 1RFQA 3CC2N 2RKIA 4H03B 4RG8A 3QFUA 1NGBA 4I9LA 4JI0K 2O4IA 4DQQA 3R6MA 3WNFA 4DHYA 3CFOA 4JKGB 4BR5A 2OCEA 2VJ4A 3MXJA 2DPNA 3J80O 3NF7A 3EYZA 2QA4N 3ENHA 3SK3A 1XMGE 3V1RA 4HCBA 1NGHA 3P39A 4N47A 2BGGA 1IKWA 3Q7BA 4O5BA 2O4GA 3EKSA 4OPAA 3K5MA 1TKXA 4H0PA 1FZ0E 3TTDA 4BWMA 2HB5A 4RW7A 3TL8B 3O9UA 3HT3A 4KTWA 4PA1A 4Y1CA 3VQEA 1LWCA 5AQMA 4JNEA 5J2NA 3HOTA 5TKYA 3VTHA 3CPWM 4B1XB 2OVRB 1NGGA 1JXEA 3SZ2A 3SUPA 4O8UA 1J53A 1TUUA 2A1SA 4CEOA 1NM1A 1T44A 3DXKB 3EL2A 1ZBIA 5HRRA 1T3VA 2YHBA 1NMDA 4XEIA 2RPIA 4X66K 4FLYA 2YKMA 4A2AA 4FZZA 3RMAA 4FJGA 4EPHA 1YAGA 4PL7A 3MN9A 2F7TA 3G25A 1ZXOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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