4FK0A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dg
Total Genus 317
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
317
sequence length
900
structure length
900
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 317
structure length 900
sequence length 900
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fk0A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fk0A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fk0A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fk0A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fk0A03
3RRHA 2HMIA 1W9HA 3DMJA 3VQ9A 2W42A 3AVMA 1QQCA 3QNNA 3NF7A 1CZBA 3HPOA 2PYJA 1RTHA 3K58A 4RW9A 3SQ0A 2PYLA 1CXUA 4ID1A 2RF2A 1L3UA 2RN2A 3DRRA 3VQDA 4FLYA 3F73A 3HYFA 3LZIA 3IS9A 1QSSA 5HROA 4CCHA 5HLFA 2QKKA 2VG6A 3C94A 1LV5A 4CIFA 4HCCA 3H08A 4KTQA 3KD1E 4BE1A 1JLQA 1IKYA 4NCBA 3HP9A 1L3TA 1TKZA 4CK2A 3LWLA 3T1AA 5DK5A 3CFOA 3WNHA 4ELTA 3CM6A 4I9LA 4W5OA 2G8VA 4QCLA 1JL1A 3KIOA 3M8RA 4LH5A 4OLAA 4DTUA 3DOLA 4Z4CA 1QSYA 4RW7A 1KFDA 1WSEA 1Q9YA 3HM9A 4KAZA 5FRNA 3V6DA 3AO2A 1I39A 4IKFA 1KVAA 1GOCA 5KI6A 2OPSA 2OYQA 1BQNA 3TARA 3S3MA 5HBMA 5CZ2A 4E7IA 3AO5A 3D0PA 1TAQA 3AVAA 1SV5A 1HMVA 4KB0A 3HP6A 1UA1A 1IO2A 4FJ5A 2VG7A 1RT4A 4GW6A 2Z1JA 4FJXA 3ZSZA 1RBRA 4FLWA 3TR8A 3I0RA 3S3NA 2HHQA 4CHYA 3NH1A 4DFJA 3VQQA 1W0HA 1XWLA 4AHCA 1GOAA 3SCXA 3TI0A 4FJ9A 3K5OA 2HHWA 3ITHA 1XC9A 4CFCA 4CJUA 3OY9A 1NOZA 1VSIA 1ZBFA 3P5JA 3QIOA 4ELUA 3CFRA 2ZD1A 4CIEA 2E6MA 2OPRA 4W5NA 3U3GA 4FLUA 2HHSA 4FM2A 1TGOA 3CFPA 2O4IA 4FLZA 3SQ2A 1SL0A 3PUFA 1IKWA 3SJJA 2ITGA 4KHUA 4FLTA 2DFHA 1BHLA 4C8NA 4KRFA 1S9EA 3L2RA 3NGIA 1KVCA 2GBZA 1VSDA 3QEVA 4O55A 4RW8A 1F21A 4FJNA 3V9UA 1J5OA 4FK2A 3V81A 3OYDA 2EX3A 3QO9A 3OYKA 1T05A 4G1QA 5C25A 4XIUA 3EY1A 4F2SA 5FROA 5FRMA 2JLEA 4KI4A 2PY5A 1A5WA 1FKPA 1RBTA 5KGXA 3LAKA 2F96A 4DTRA 3LWMA 4CESA 5CY4A 3VQ6A 3RR8A 2P51A 4Z4IA 4F3TA 1VK0A 4FZZA 3SQ1A 4CE9A 3NCIA 3U6FA 4DTOA 2D0BA 3DLGA 3IG1A 1NJXA 4CJWA 3PX4A 4CK3A 1SL1A 2Q3SA 1DTTA 3ZSYA 3KLIA 2ETJA 1BI4B 5J1EA 4DS4A 1SKSA 4E1MA 1SL2A 4KB1A 4Z4EA 3SZ2A 3OYFA 3ZT4A 3SNNA 1TKXA 3SUQA 4CHNA 1VSHA 4B08A 3T3FA 4J2EA 4GMJB 3CQ8A 4CJ3A 3OS2A 3LP3A 3AA2A 4PQUA 3OS1A 1DLOA 4HTUA 2ATQA 1KLMA 4FJ7A 2X78A 1T03A 1WLJA 3T19A 3BGRA 4W5QA 2XRIA 3AO3A 4AH9A 3OYIA 4BE0A 1KVBA 4DFPA 4CJVA 4CFBA 2NUBA 4E7HA 3HO1A 4E0DA 2B6AA 4EZ9A 3QIPA 4CJLA 1WAJA 3AA5X 2F8SA 3QEIA 3B6PA 3F9KA 4IFVA 2HHTA 3L2VA 4DTJA 4CF9A 1WN7A 3PO5A 3VQCA 4MQ3A 4CJ4A 1CLQA 3QINA 3KLFA 4KHSA 3AVBA 2D0AA 3B6OA 1EKEA 4HVJA 1MU2A 4AILC 2HNDA 3ASMA 4BWMA 3AO1A 4CEDA 5J2PA 1LWFA 5DMRA 3LDSA 3MECA 1NK6A 3HXMA 1RT1A 2P5OA 3KLHA 1VSLA 3QLHA 1NK8A 1A5XA 3NF9A 3O3FA 3KJVA 1FXXA 4CJFA 4B8AB 3QESA 2XHBA 2ZE2A 1NK5A 1L3VA 2EHGA 4E1NA 1S5JA 1RDDA 3AVNA 4CGDA 4CHPA 2KFZA 1SUQA 4ICLA 1QHTA 4C8MA 3L2QA 3P1GA 4FZYA 3HVTA 3V4IA 3O4NA 4E7LA 1JLGA 2Z1GA 1QE1A 3PX0A 4PA1A 1Q9XA 3SUPA 4CEZA 1ZYQA 4ZHRA 1B9FA 3TAQA 2YNIA 3K5NA 1WNSA 1LWEA 1U49A 2P5GA 2YHAA 4FM0A 1CXQA 4M42A 4DF4A 1JLBA 4EP4A 1N5YA 4EZ6A 3SPZA 5D3GA 3TWHA 4DQSA 4OKJA 3MEGA 1NKBA 4NCGA 2IAJA 1UOCA 3DLKA 1C1BA 3ALYA 4E7JA 1TK8A 2Y1IA 2AJQA 4O5BA 1JLCA 4J2AA 1HJRA 2D5RA 2OZSA 4DU3A 5CYQA 5KGWA 3VN5A 4QAGA 2PZSA 2BE2A 4LY7A 4PY5A 4CK1A 4CGJA 3K59A 1JKHA 2LSNA 4KI6A 3RMCA 2A1RA 3TANA 4Q5VA 4KREA 1BQMA 3SI6A 3KK1A 3V9WA 1LAVA 4LH4A 5JS2A 4CGIA 4CJSA 3TABA 3MEEA 4YFUA 4Z0UA 2VG5A 4N41A 3U3YA 1ZBUA 4CJPA 3ZCMA 5EU7A 3L3VA 2XO7A 4F3OA 4K8XA 3SUOA 1BGXT 4CJQA 4OPJA 1NJYA 1JLEA 4CF0A 4BE2A 4C8OA 3OJUA 3RTVA 2KW4A 3NDKA 3MXJA 3EZ5A 4OLBA 2HHXA 2DFEA 1U45A 3DLHA 1HNVA 4FK0A 5K14A 3K57A 4CHOA 1XI1A 1BL3A 1YT3A 1C1AA 2IOCA 3CYMA 3E01A 4B3OA 3OYNA 1HQUA 5HP1A 3G10A 1KRPA 3HJFA 3TAFA 3P83D 1Z26A 2DTUA 1RILA 3OS0A 1RT7A 4AHUA 1QSLA 3EYZA 1L3SA 1BCOA 1X9WA 2FBXA 4OGCA 2GUIA 4DG1A 3M8PA 2I5JA 4B8CA 4DSEA 4DQRA 1NK4A 4KTWA 4OVLA 1EP4A 2XY8A 3LZJA 4DF8A 1Y97A 4CF8A 4FJMA 3IRXA 4NCAA 1LW2A 2E6LA 3OYGA 4BWJA 4DMNA 3QEWA 4O4GA 1VSEA 3AVKA 3AVFA 1HPZA 3DRSA 4CEFA 4CEQA 2X6NA 1NK0A 4IFYA 1CZ9A 1IKXA 4KTZA 3V1OA 4DSKA 2XY6A 1TK5A 4I2PA 2IGIA 2IS3A 1XHXA 4DU4A 1JLFA 1BCMA 4JS5A 1VSKA 3RRGA 4ZTFA 4O0IA 3PO4A 4B9VA 2P1JA 2O4GA 4DTNA 3OJSA 5I42A 2FC0A 1WAFA 4M3RA 2Z1IA 4IG3A 3SYZA 4BDPA 2YNHA 3BDPA 1NOYA 1S6QA 4B9NA 4O0JA 3NGZA 1N6QA 1HYZA 3K2PA 1TAUA 1KTQA 3AVGA 5HRSA 1L5UA 1RTIA 3DLEA 4BDYA 3DI6A 2RKIA 4LD0A 1D8YA 3RR7A 4HCBA 1B9DA 1S1TA 2DY4A 2BANA 3OYCA 2Z1HA 3MEDA 4IBNA 4N5SA 4CERA 3OYMA 3AVIA 3O3HA 3SUNA 2FBVA 3L2UA 4C8LA 5HRRA 5JS1A 4FLVA 4M3UA 3RWUA 3RMAA 3LPTA 4F4KA 4N56A 4H4OA 1RTJA 4K8ZA 4E7KA 1BISA 4CJTA 4DSJA 1TKTA 1RDCA 1X1PA 3MXMA 1HNIA 3KKRA 1GOBA 3KLGA 1RT2A 4M3WA 4I7FA 3VQAA 4FJJA 1KSPA 2HHVA 4UQGA 1J54A 3I8DA 4E3SA 2JGUA 2OA8A 4WE1A 1RBSA 4CFDA 3NH0A 1C0MA 3AVLA 3C6TA 3NBPA 3K5LA 3LPUA 4RW4A 1G15A 1UWBA 3DM2A 2KQ2A 3CG7A 3HSTB 4HHTA 1HYSA 3JSMA 2KTQA 4CHZA 3CM5A 3RMDA 4IG0A 4DSIA 4CEBA 4B9UA 5C42A 5SWMA 2HVHA 2E4LA 4Z4GA 2D0CA 4FJGA 4HUFA 5E41A 1RTDA 5HRPA 3O4QA 3HPGA 4CF1A 1RDBA 4Z4HA 3MXIA 1S1XA 3D45A 3SV3A 2HNZA 3HK2A 1EETA 2YNGA 3L3UA 3LALA 3LP0A 4B9TA 2OZMA 1VSMA 2HB5A 4CJEA 4FJIA 3FFIA 4CJKA 1VSJA 4DTMA 2VWKA 2FBTA 4DWIA 4FW2A 3HVRA 4CEOA 4BACA 4FXDA 1NKEA 4CFAA 3ISNC 4FM1A 1FK9A 3NFAA 1RT3A 3ZSQA 3TAPA 2YNFA 1QTMA 4PUOA 4M45A 1IKVA 2WONA 1R0AA 4KHWA 3G0ZA 1X9SA 1C1CA 3VQ5A 3WNGA 4DSLA 1HQEA 4FJLA 4DFMA 4DTSA 1I3AA 1D9FA 1A5VA 1RBVA 4CJ5A 1J9AA 5J2NA 5FDLA 1RT6A 3KLEA 1HRHA 3LP2A 5T7BA 3OYEA 3WNEA 3HT3A 4HUEA 1NJZA 2YHBA 3PX6A 3OVNA 2F8TA 4KHNA 1TV6A 3TAMA 1YTAA 1RNHA 3NF8A 1LW0A 3QEPA 3LAMA 4KV8A 4H8KA 1ASUA 3LANA 4CECA 4AHSA 4E19A 4R5PA 3VA0A 4NYNA 2XY5A 4B9LA 4OJRA 1BI4A 3ULDA 4DQPA 2HNYA 4RG8A 1VRTA 4AHRA 3V9ZA 5C24A 3KK3A 3S3OA 4N76A 4FW1A 4OKEA 2KZMA 3MAQA 4FJKA 1FKOA 1KLNA 1C6VA 3PV8A 3KTQA 4FLXA 1C0UA 4JRPA 3L2WA 3SV4A 3C6UA 3OYBA 4FJ8A 3QNOA 3AVJA 5KRSA 4LSNA 3NAEA 3C95A 4OKKA 4I9QA 4J2DA 4CEEA 4OPKA 4DSFA 3OYHA 1UAXA 1UA0A 3ZT3A 3V1QA 4Q0BA 3DLRA 5KRTA 4KO0A 4JRQA 4CF2A 2G8UA 4F8RA 4M3TA 4KHYA 3ZSVA 2G8FA 1BIZA 2A1SA 1WSGA 1T7PA 3ZSOA 1U4BA 1RCHA 4CGFA 4W5RA 4IDKA 4FYDA 4F2RA 1U04A 2G8KA 4CEAA 5CZ1A 1EXQA 1B92A 1ASVA 4Z4FA 2OPPA 3DLBA 4DS5A 1WSJA 2RPIA 3NE6A 4JS4A 4AHTA 3ZT0A 1ZBIA 3HL8A 4E89A 3AA3A 2XY7A 4DTXA 4GVMA 4CIGA 3VA3A 5KTQA 4C8KA 1XHZA 2YV0X 4FZXC 1REVA 4B9MA 1LAWA 3KKSA 4W5TA 1S1UA 4CJRA 1JLAA 1IH7A 3DOKA 3WNFA 1WSFA 1SKRA 3NGYA 3M8SA 4KPYA 1TK0A 5HRNA 3NH2A 3L8BA 4QOZB 2HHUA 4DQQA 4DTPA 4FJHA 3THVA 4M3XA 1U47A 3QERA 3NHGA 3AVHA 1TKDA 2VWJA 2FBYA 4O44A 3S9HA 1HYVA 3ZT2A 5J2QA 1C0TA 3RMBA 4PWDA 1D5AA 3V9XA 1ASWA 4I2QA 1U48A 3ZSRA 3OYAA 4FVMA 3NF6A 4EP5A 2R7YA 1WSHA 2GV9A 1SKWA 1NK9A 2KFNA 1S1VA 3OYLA 2HW3A 1Q8IA 4ZTJA 1JL2A 4ELVA 4JLHA 1S9GA 4ID5A 3VQBA 2ZQBA 4M3ZA 3VQ4A 3KK2A 2HVIA 3PY8A 3TAEA 2YKMA 4H4MA 4TSXA 1YVUA 1D9DA 4LSLA 3AA4A 1K6YA 1KFSA 1RDAA 4FK4A 3UIQA 4CGGA 3KD5E 4MFBA 2B4JA 2X74A 2QK9A 3SPYA 1S6PA 1T8EA 2KZZA 3V1RA 3M8QA 1JXBA 1LWCA 4Y1CA 3DRPA 3K5MA 5I3UA 4KKOA 4FCYA 1KCFA 3HPHA 1VSFA 1TVRA 1IG9A 1QS4A 4DFKA 3SQ4A 4Y1DA 1ZBLA 3VQPA 4BDZA 4DLGA 1J53A 4HUGA 1VRUA 3DYAA 1WSIA 3TAGA 1YTUA 3AVCA 4M3YA 1ITGA 1NJWA 1S1WA 1O1WA 3AV9A 4J2BA 2QKBA 1EX4A 3VQ8A 4DQIA 1TL3A 1TL1A 2QXFA 1Z25A 4CHQA 5J2MA 3LP1A 4KFBA 1RBUA 2DFFA 2IC3A 3ZSWA 3QETA 3JYTA 3I0SA 1X9MA 3VQEA 3AO4A 1DTQA 4YNQA 3O3GA 2Y1JA 1NKCA 2IDOA 2G8HA 4B9SA 4NYFA 3IAYA 3VQ7A 2B5JA 2G8WA 2X6SA 5CYMA 4DU1A 4DLEA 2BDPA 3QEXA 2G8IA 3ZSXA 3OYJA 4L8RB 3ZT1A 2OPQA 2WOMA 4CGHA 1JXEA 1NK7A 2YKNA 4N47A 4RW6A 3A2FA 1RT5A 4OGEA 4AHVA 4KHQA 3V9SA 1BIUA 1ZBHA 5SZTA 2BGGA 4M41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IEE A;  4BC4 A;  3AVM A;  1QQC A;  3GBT A;  3NF7 A;  2ZGZ A;  2MMB A;  3HPO A;  3ZET A;  3K58 A;  2HOE A;  1HKC A;  3O9R A;  4ID1 A;  2RF2 A;  1S72 N;  3VQD A;  2AP1 A;  4NLC A;  3LZI A;  1DKG D;  4CCH A;  3C94 A;  4CIF A;  1GLL O;  4BE1 A;  1YXQ A;  4NCB A;  3HP9 A;  3OW2 M;  3LWL A;  2DEB A;  5DK5 A;  5B8H A;  1W2B M;  3CM6 A;  1BA0 A;  3CJC A;  4BQZ A;  3MCP A;  2G8V A;  3KIO A;  1DGK N;  2YB5 A;  4Z4C A;  1QSY A;  5FRN A;  1KFD A;  4FL9 A;  1Q9Y A;  3HM9 A;  1I39 A;  5JIC A;  3CME N;  2Q0U A;  1GOC A;  3TSP A;  3TAR A;  3L6Q A;  5HBM A;  3AVA A;  1SV5 A;  3C65 A;  3HP6 A;  1UA1 A;  1IO2 A;  2VG7 A;  3CCV N;  5JVG L;  2Z1J A;  4FOI A;  3TTF A;  1RBR A;  1KAY A;  5BR9 A;  1S22 A;  4DB3 A;  4DFJ A;  5HL7 L;  1OH5 A;  3KWG A;  4ELU A;  3QIO A;  2WBN A;  1RDW X;  2ZD1 A;  2UXC K;  1N36 K;  3U3G A;  3CFP A;  4ADO A;  3SQ2 A;  1SL0 A;  3TU5 A;  3SJJ A;  3MWT A;  4LFA K;  1BHL A;  3NGI A;  4Z94 A;  3SAH A;  3L2O B;  1VSD A;  2HBJ A;  1T05 A;  4XIU A;  3EY1 A;  3UKU B;  2JLE A;  1A5W A;  4ISE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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