4FJJA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dc
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjjA03
3KKRA 3K5LA 4DSEA 4FJ5A 2VWJA 1ZBUA 2PY5A 1A5XA 4B9NA 1ASVA 4QOZB 3ZSZA 2HHVA 4Z0UA 2E4LA 4FLUA 1IKVA 5J2MA 4ZTJA 4CJ3A 1BQNA 3V9WA 2YV0X 3AVLA 4KI6A 1WSGA 1S1VA 3TAMA 4AHRA 3VQ9A 4LH5A 5DK5A 3TWHA 1QHTA 2Y1IA 4OKJA 1UWBA 4HUFA 4KHNA 2JGUA 1RDAA 3TR8A 4KHUA 4E7KA 2KTQA 1RT7A 4B9TA 3LP1A 4ELUA 1BI4B 2G8KA 3TANA 4I2QA 2G8IA 1D5AA 1JLCA 1EP4A 2DTUA 2Q3SA 3NF7A 1BI4A 1NK9A 4KKOA 2BDPA 2IOCA 4HUGA 1ASWA 1HYSA 2ATQA 3K59A 1RT4A 3LANA 3DRSA 3HO1A 3AA3A 3SNNA 4K8ZA 1S1UA 4MQ3A 1D9DA 4O0IA 2HMIA 4C8OA 1JXBA 1RT1A 2Z1HA 3TAPA 1J53A 2G8UA 3KJVA 4KPYA 4DTSA 4M3TA 4B8CA 3SQ1A 4BDZA 4F2RA 1I39A 4DFJA 3VQBA 4W5QA 4YFUA 4IBNA 3M8PA 1TL1A 3DLGA 4KTZA 3PUFA 2VG7A 1KFDA 3HVTA 4NYNA 4CFBA 4RW8A 1T05A 1WSFA 4C8KA 3P1GA 1XI1A 3T3FA 4CIGA 4JLHA 3AV9A 1ITGA 1Y97A 1KRPA 4J2DA 1BIZA 1JL1A 3OJUA 1TK5A 2HHQA 4CEFA 4H8KA 3ZCMA 1CZ9A 1D8YA 4BDPA 2D0BA 1U49A 3ISNC 1SL2A 4CHNA 3NBPA 3MEEA 4CEOA 3U3GA 4F4KA 4FJ9A 4DTNA 5CY4A 3TAEA 4CJRA 4KTWA 3S3OA 1WSIA 3RRGA 3O3HA 4CK1A 4CF0A 3O3GA 2VWKA 4IFYA 3RTVA 3VA3A 3ZT1A 1SKWA 1I3AA 3MEGA 3M8QA 1BL3A 1LW2A 3SPYA 5SZTA 5JS1A 4FLWA 4CHOA 3OYIA 2P5OA 3EYZA 1NJZA 5CZ1A 1B92A 3VQ6A 4CFDA 4KFBA 1RT3A 5T7BA 3OYGA 3HPOA 2PYJA 3K2PA 5J2PA 1NKEA 1LWCA 3OYNA 5KGXA 2ZE2A 1S1WA 4AHSA 1A5WA 3HPGA 3NHGA 3KKSA 3OYCA 2OA8A 3DOLA 3KLIA 3DMJA 1C1AA 3VQAA 1SUQA 4RW9A 1Q8IA 3D0PA 1B9DA 4AHVA 4HCBA 2XY5A 3SV3A 4RG8A 3JSMA 4FJ8A 4HHTA 1QE1A 4OLBA 3HP9A 1FXXA 3KD5E 1EX4A 1TAUA 3CQ8A 2D0CA 3OYAA 3L2RA 4QCLA 1WSJA 4B9MA 1S1XA 1S9EA 5SWMA 2X78A 2Z1GA 1S1TA 4BWJA 4N56A 3MXMA 3BGRA 4LH4A 1JLGA 1C0UA 2OPRA 2PYLA 3L3VA 3SV4A 3AA5X 1HYZA 1TKXA 4DS5A 3O3FA 4EP4A 4OLAA 1IKWA 3QO9A 2HVIA 4OPJA 4FJGA 3L2VA 3HK2A 3THVA 5D3GA 3AA2A 3OYDA 1RILA 3AVJA 2QK9A 4F3TA 4DS4A 3F73A 1NK4A 4WE1A 2DFEA 3VQ8A 1VSJA 4DSFA 1Q9YA 5J2NA 2VG6A 1U4BA 1QSLA 3DLBA 1NOZA 3SJJA 1BIUA 1Z25A 3HYFA 5I3UA 4JS4A 3QEVA 2QKKA 4NCBA 3VQPA 3K57A 4FW2A 4CGJA 4CEDA 4FJ7A 4HUEA 4CJQA 1VSMA 3ZSOA 3SUPA 4Z4EA 3KIOA 2XHBA 3P5JA 4Y1DA 3M8SA 3RWUA 3IS9A 3V4IA 2G8HA 4QAGA 3OS2A 1NKBA 4DQPA 2F8SA 4GVMA 4CJVA 4LY7A 1G15A 1X9WA 1WSEA 3CFOA 4E3SA 1VSEA 3LPTA 3OYHA 3SYZA 4FJXA 1L3UA 1QTMA 1CLQA 1HPZA 4DU1A 1HNIA 5JS2A 1WAFA 4CESA 3L2QA 4M3WA 4CGGA 4ZTFA 4PQUA 3K58A 4CJLA 4Z4IA 1ZBHA 3RRHA 3BDPA 1CZBA 3KK1A 4DTMA 5C25A 2FBXA 2NUBA 4M45A 4B8AB 2JLEA 3F9KA 3DOKA 1JLAA 2BANA 4BWMA 1L3SA 4M3RA 3AVKA 3QEIA 4FLYA 2HNZA 3MXJA 3NH1A 4Q5VA 4DF4A 1RTJA 2LSNA 5CYQA 2YKMA 3RR7A 1BISA 3ZSVA 4KTQA 3L2WA 4FYDA 2HNYA 4H4MA 4CFCA 1RBSA 1TKTA 4FK0A 3ZSWA 4FJHA 4FJIA 3DRRA 4OGEA 1W0HA 3ZSQA 3RMCA 1FKOA 4GW6A 3M8RA 1J5OA 4IFVA 3WNEA 2YNHA 3NH0A 3NGIA 1YT3A 4IDKA 3V1RA 1R0AA 1JLFA 3AVCA 4B9SA 4C8MA 4DFPA 4J2BA 2FBYA 1TVRA 3AO5A 2HW3A 3LP3A 4CIEA 3ALYA 4CJKA 4JS5A 2KZZA 4M42A 2IGIA 2B6AA 3DLRA 3AVGA 4PA1A 1IO2A 3NF6A 3V9ZA 1NK8A 1UOCA 2XY8A 4KHSA 3DRPA 1TL3A 4UQGA 2ZD1A 4AHUA 4FXDA 4LD0A 1S5JA 3D45A 1RTDA 5HLFA 4KHWA 1C1BA 1XHZA 3VA0A 4FM1A 4W5TA 3CM6A 2VG5A 4DG1A 4CF2A 3LZIA 2YNFA 3AO4A 3KTQA 5KRSA 1EETA 2RKIA 1REVA 1TKZA 4CF1A 4TSXA 3KD1E 4OKEA 2QXFA 4CHQA 1RDCA 3L8BA 4JRQA 1Z26A 3B6PA 1DTTA 5CZ2A 2B4JA 4CFAA 4LSLA 4KHQA 1YTAA 2ZQBA 4IKFA 5K14A 4F3OA 4IG0A 3VQDA 3V6DA 4E7IA 3TAQA 1RT5A 3L2UA 3NF9A 3WNFA 3EY1A 3TARA 4OGCA 3MXIA 3ZT0A 3OYKA 2IS3A 1VSHA 3OYEA 3HT3A 4BE1A 4BE2A 2IDOA 1TK0A 5FROA 4E19A 1NK6A 3AVIA 3HP6A 1ZBFA 3AVHA 3U3YA 4Y1CA 5KTQA 2I5JA 4M3UA 4DTUA 1JLEA 4O0JA 1SL1A 4DSJA 3DLHA 4CEQA 3ZT2A 1NK5A 4E7LA 3LWMA 3ASMA 3A2FA 3SUOA 4CERA 4OPKA 3OYBA 2G8FA 2EHGA 1GOBA 1IH7A 3AVAA 3V1QA 4CF8A 4HTUA 3HJFA 2HHUA 4DTPA 1BCOA 2ITGA 4OJRA 1ASUA 1WSHA 3MAQA 3DLEA 3VN5A 4K8XA 5C42A 4CHZA 3QEWA 3VQQA 2P5GA 1S9GA 3AA4A 3V9XA 4FM2A 5EU7A 4JRPA 4FJNA 2DFHA 1VSFA 2A1SA 1FK9A 2HVHA 3QEXA 2OPSA 3V81A 1B9FA 2P51A 1U45A 1KCFA 4RW7A 4I7FA 1RDBA 4MFBA 3ZT3A 1VSIA 2O4GA 3T1AA 1CXUA 1RNHA 1VSKA 3G0ZA 3ULDA 2KFZA 1RBVA 3OY9A 4O44A 3PO4A 4J2AA 2B5JA 3I0SA 3QNOA 1XHXA 4KO0A 4CE9A 4DLGA 1TK8A 1RBTA 2GUIA 2A1RA 1QSYA 3VQEA 4AHTA 1QSSA 2OYQA 4CEBA 3NAEA 3SQ0A 1XWLA 4R5PA 1EKEA 1LW0A 3I0RA 4FJJA 1BQMA 3P83D 1U47A 1TV6A 1CXQA 2BE2A 3VQ5A 4KV8A 1NK7A 3AVNA 1LAVA 1SKRA 4CJUA 2DFFA 4DTRA 3PX6A 1X9MA 1KLNA 4B9LA 4EZ9A 1T7PA 3LALA 3DLKA 1JLBA 3OYMA 4EZ6A 1HQUA 1C0MA 2YHBA 3V1OA 4CIFA 3K5MA 4LSNA 4DQIA 2QKBA 3I8DA 1W9HA 1QS4A 2P1JA 1SKSA 3SQ4A 4I9QA 1T03A 3V9SA 1RCHA 1NOYA 3OS1A 5HRSA 3HM9A 1Q9XA 4E1MA 1IG9A 1VK0A 4M3ZA 4CCHA 4DFMA 3LDSA 4IG3A 1KVAA 3LPUA 3QINA 3KLGA 4PWDA 5J2QA 4FZYA 4CEEA 5HRNA 3SCXA 1NJXA 4KB0A 2HHSA 1T8EA 4O55A 4CJEA 4CJTA 1JXEA 3NFAA 2KFNA 4CJFA 4CK2A 4FJKA 3MEDA 4HVJA 4F8RA 3NGYA 4CEAA 4FM0A 1NJYA 4M3YA 1S6QA 3FFIA 3QEPA 4B08A 3OJSA 3OVNA 3QETA 3LP0A 1WNSA 4DQRA 4CJSA 3QLHA 3C6TA 4BDYA 4DSLA 3LP2A 3ITHA 1YTUA 4CGIA 2HHTA 4FLZA 1VSLA 1BCMA 3K5OA 4O5BA 4L8RB 4DU3A 4CK3A 2HHWA 1N6QA 4FW1A 1HJRA 2RF2A 3KLFA 4DSIA 3QIOA 5HRPA 2F96A 4N5SA 3OS0A 3HXMA 4J2EA 4CGFA 1HYVA 3VQ7A 3EZ5A 4RW4A 4G1QA 1EXQA 3AO1A 1IKXA 3CFRA 3NGZA 2R7YA 4W5OA 3B6OA 5FRMA 2PZSA 3SI6A 2X74A 4AH9A 3TI0A 2HNDA 2E6LA 3LAMA 4ICLA 4NCAA 2XY6A 4FK4A 1C6VA 4DLEA 4I2PA 1L3TA 1J9AA 2OZMA 2GV9A 1S6PA 3WNHA 3H08A 4KHYA 4DWIA 2IAJA 3OYJA 5HP1A 4C8LA 1IKYA 1RT6A 3QESA 1VSDA 2YKNA 1SV5A 2X6NA 4HCCA 3UIQA 1VRTA 3C95A 4DQQA 3AO3A 2WONA 4M3XA 1GOAA 1K6YA 4CJ5A 3RR8A 5HRRA 1KVBA 5KGWA 4CJ4A 1U04A 3MECA 3LZJA 4GMJB 3SQ2A 1U48A 2OZSA 4B9VA 4PY5A 4AHCA 3L3UA 2W42A 1C1CA 3S3NA 1YVUA 1JLQA 3KK3A 2XO7A 1J54A 3AVMA 3OYLA 1X9SA 4FLVA 3NE6A 3NF8A 4XIUA 2Z1IA 2OPPA 3NDKA 4CHPA 2ETJA 3NCIA 3DYAA 4Z4CA 4DQSA 3ZSXA 2HB5A 3TAGA 3S9HA 5C24A 3PO5A 4FZXC 1L5UA 2FC0A 2KQ2A 2YHAA 2Y1JA 4B3OA 1KSPA 3RMBA 3T19A 3IAYA 1DTQA 1LWEA 4CHYA 4E7JA 4CF9A 2G8VA 1C0TA 1RBUA 2RN2A 3CYMA 4M41A 3IRXA 4FJMA 1RBRA 3RMAA 3PX0A 3DI6A 4N41A 2DY4A 4ID5A 4FK2A 3O4NA 5E41A 3G10A 3PV8A 1NJWA 1F21A 3PX4A 2IC3A 3QNNA 1KFSA 3KK2A 3DM2A 4W5RA 3U6FA 1UAXA 4DFKA 4CEZA 3HPHA 4C8NA 2EX3A 4ID1A 5HROA 4FJLA 4AILC 4E7HA 1ZBIA 3QERA 1MU2A 4H4OA 2HHXA 3SUQA 1JKHA 1LWFA 1RDDA 4EP5A 1UA1A 1WAJA 1DLOA 3HVRA 4Q0BA 3KLEA 3OYFA 1BGXT 2OPQA 1X1PA 2FBVA 2O4IA 3VQCA 3ZSRA 4I9LA 4FCYA 3LAKA 3CFPA 4DMNA 2F8TA 3QIPA 1KTQA 3K5NA 4OKKA 4Z4HA 1SL0A 1A5VA 3C6UA 1ZBLA 2RPIA 3HL8A 3AO2A 3C94A 3O4QA 5FRNA 1TGOA 1UA0A 4KREA 1WN7A 1N5YA 1KVCA 4DTJA 3PY8A 2KZMA 1GOCA 2YNIA 2E6MA 1HQEA 3IG1A 4CJWA 3S3MA 5HBMA 3SUNA 4E0DA 4NCGA 3JYTA 4ELVA 3TABA 1KLMA 3AVBA 1ZYQA 1LAWA 5KRTA 3RMDA 3WNGA 4BE0A 4NYFA 4B9UA 4KRFA 1RT2A 2Z1JA 5I42A 4CGHA 1NKCA 4FLXA 3V9UA 4N47A 4CGDA 3AVFA 5KI6A 1HMVA 1QQCA 2YNGA 3HSTB 4OVLA 4E1NA 4YNQA 1LV5A 5DMRA 4DF8A 4ELTA 3NH2A 5FDLA 3SZ2A 3E01A 2G8WA 4FZZA 2XY7A 2XRIA 4Z4GA 4KI4A 4O4GA 3CM5A 1HRHA 2X6SA 1WLJA 4E89A 3TAFA 2KW4A 4CECA 2D0AA 4DTOA 1HNVA 1NK0A 4DSKA 4F2SA 4BACA 4FVMA 4ZHRA 3KLHA 4FLTA 4Z4FA 1L3VA 4N76A 1VRUA 5J1EA 3SPZA 3ZT4A 2AJQA 4PUOA 4KAZA 1O1WA 4DU4A 1D9FA 1FKPA 1RTIA 4DTXA 4W5NA 1TKDA 1XC9A 1RTHA 1BHLA 4RW6A 5CYMA 3VQ4A 2FBTA 4KB1A 3ZSYA 3LWLA 2WOMA 1JL2A 2BGGA 1TAQA 2D5RA 3CG7A 4CJPA 2GBZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4BR2A 3SUPA 3LDQA 2XHBA 3M8SA 3CJ1A 4RNGA 4IXCA 1M90O 1G15A 2UXCK 1L3UA 1DEJA 2P9LB 2DPNA 1HPZA 1HNIA 3T1HK 4XH5A 4PQUA 3K58A 2A5XA 3E1YA 1ZBHA 3RRHA 1CZBA 3WT0A 2NUBA 4B8AB 4CZMA 2VGMA 3F9KA 3E4WA 4LF8K 2BANA 2P9KA 3AVKA 5AZIB 3VPZA 4Q5VA 3K0SA 1BISA 5FPDA 1MMOG 2HNYA 4WQ4C 5C15A 3QICA 4FJHA 4FJIA 3TSPA 3M8RA 4XEIA 2YNHA 2BUPA 1YT3A 4JKDA 3V1RA 3L4IA 4MLEA 4C8MA 4B9SA 3J27A 3AO5A 3LP3A 3E9OA 1Q81O 4CIEA 3ALYA 4CJKA 4IZ9A 2RCUA 4DV2K 1U2VB 4FWQA 4AHUA 4FXDA 3D45A 1VQLN 5HLFA 2E1YA 5AFUH 4BREA 1FYZE 1BA0A 2BTFA 4U67L 4BR4A 3LZIA 1ZC6A 3KTQA 3M6GA 3GOIA 2HMPA 5ELZA 1RDCA 5IT9O 3B6PA 1NGGA 4ADOA 4LSLA 1N34K 3OBWA 4F9OA 3BF3A 3CCUN 1NEXB 2HD0A 3TAQA 1RT5A 4DV5K 3OYKA 2IS3A 2PAVA 2UXBK 3WXLA 1LOTB 1TK0A 5FROA 1XVEE 1NK6A 3HP6A 3AVHA 3FGUA 2F4VK 5KTQA 3UKRA 5ADXH 3AAPA 4O0JA 5AQXA 2MMBA 2I7PA 3ZT2A 3ULEB 3LWMA 2OTJN 3ASMA 4LF5K 2HHUA 4HTUA 3HJFA 4JN4A 3VN5A 1S9GA 4FM2A 4JRPA 3ZLJA 2DFHA 3O1WA 2A1SA 3MCAB 3O80A 3PIOL 1N36K 3EKUA 2OANA 1RDBA 1YXQA 2O8EA 1VSIA 3K9KA 3ID6A 1CXUA 4QS7A 4O44A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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