4FJJA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dc
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjjA03
2DFEA 3TWHA 3D45A 1W9HA 2BANA 4I2QA 2OA8A 4CJLA 1L3UA 3MEEA 1BI4A 1TV6A 4M3XA 5T7BA 4DFJA 3TABA 1N6QA 2NUBA 4EP5A 3E01A 3VQ9A 4KHSA 4CHQA 2ZQBA 3VQ4A 2IAJA 2OPRA 1S1VA 4KREA 2IS3A 2A1SA 4IKFA 3K5LA 4E19A 4BE0A 3VQ5A 3P5JA 1HRHA 2O4GA 4DSFA 3AV9A 3HSTB 4LSLA 4JRQA 2YHAA 1TKDA 4R5PA 4ELUA 1FK9A 5C25A 4CEBA 3ALYA 3AVIA 2VWJA 3ZSOA 4CJWA 5HRSA 1Z25A 3C95A 3OYLA 2KQ2A 1EP4A 1REVA 1C1CA 4IBNA 3VQDA 2YV0X 4HUEA 3LDSA 4CGHA 4BDYA 4FZZA 1JLQA 3AVBA 5HRNA 4DFKA 4CEDA 1SKWA 3F9KA 3KJVA 4CJPA 3O3HA 3L2RA 3OYMA 2X74A 3OYIA 4CESA 1W0HA 4CGIA 4CIEA 3ULDA 3V9UA 4ZTFA 1S6PA 2QKKA 4IFYA 2VG6A 3OYNA 4B9NA 1Q9XA 2G8VA 4FJMA 4I7FA 3QESA 3ZT0A 4BE1A 2O4IA 4FJNA 3CM6A 3ITHA 3OS2A 5HRPA 2Z1IA 4NYFA 2KFNA 2VWKA 3DI6A 4O4GA 3NAEA 2Q3SA 1UWBA 4BACA 3LWMA 1C1AA 3NGIA 5SWMA 1L3VA 3PX4A 1JL2A 3MAQA 2E4LA 4HVJA 3NH2A 1L3TA 3KIOA 4KI4A 5J2QA 3HO1A 4HCCA 4DTOA 4ID1A 3DOKA 4FJ5A 3HT3A 3S9HA 1RTJA 4M3RA 2VG7A 4B9UA 1EETA 4N41A 4FLYA 4OKKA 4DU1A 3VQ7A 4IFVA 3VQEA 5KGWA 1VSJA 1NK6A 3SCXA 1TGOA 5CYMA 1T8EA 1BGXT 2QXFA 4CF8A 4CJUA 1U49A 3MXMA 3RR7A 3QINA 1HNIA 1S1TA 2ZD1A 1GOCA 1JLCA 4CJTA 4W5QA 3H08A 3V4IA 4FZXC 1KTQA 4LSNA 1T7PA 4QCLA 2D0AA 1NOYA 4Z4GA 3F73A 4QOZB 1IKVA 2RKIA 3FFIA 4CJSA 4DTRA 3QEPA 1RT7A 1TL1A 2ZE2A 4CGGA 4Z4CA 4N56A 4KO0A 4W5OA 3NCIA 1TL3A 3OYCA 2GUIA 2W42A 4LD0A 3WNFA 1CXUA 4FK4A 4CEQA 3SQ0A 1RBTA 5EU7A 2B6AA 4FYDA 3O4NA 4E7JA 4PUOA 2HB5A 2WONA 4W5RA 3SV4A 2RN2A 1HNVA 4DWIA 3MXIA 2OPQA 2X78A 3M8SA 3VA3A 3OYFA 4OKEA 3CG7A 4Z4FA 4KHUA 2RPIA 4CEOA 3LANA 3NGZA 4E1NA 1NK0A 2OYQA 4BWJA 3AVKA 4CJKA 1JLGA 1HMVA 4E0DA 2HHTA 1RT6A 4N47A 3M8RA 3RR8A 4BDPA 4QAGA 1B92A 4CJQA 2BGGA 3AVGA 2HNYA 3C6TA 5D3GA 1XHXA 1NOZA 4CHPA 3ISNC 3AVLA 2OZMA 3I8DA 3HP9A 2B5JA 4DF8A 4I9QA 4CEAA 1T05A 1BIZA 2EX3A 1S1XA 3SUOA 3QNOA 2DFFA 4KHWA 1NK5A 2ETJA 4KTWA 4KTQA 2FBVA 2F8SA 2QK9A 4Z4EA 1VSKA 1X9SA 3P83D 4LY7A 3EYZA 3CYMA 4CGFA 3S3MA 1NK4A 3OYEA 1G15A 3DRRA 4JRPA 1DTQA 3LP1A 1RBSA 3QEXA 4CF1A 4XIUA 2D0BA 3K5OA 3I0RA 3VQAA 1RCHA 1Q9YA 1VSLA 3VQ6A 1IO2A 5J1EA 3C6UA 1ZBUA 4BE2A 5HROA 4FXDA 4F3TA 3SQ4A 4FJ8A 1ZYQA 1KVAA 3AA5X 4DTNA 4FJKA 3RMBA 4I2PA 4OPKA 1C1BA 1TVRA 2YHBA 3LP3A 4LH4A 1Q8IA 3L8BA 4KB1A 3NF8A 1C0TA 3LWLA 4CECA 4YNQA 4YFUA 3D0PA 4KRFA 4RW6A 4DTPA 4AILC 3G0ZA 1LW0A 1RBRA 3ZSZA 2ITGA 1CXQA 3AA3A 1D9FA 2HMIA 1WSFA 2JGUA 1UOCA 2WOMA 3AO4A 3C94A 3OVNA 1RT1A 4DMNA 3DRSA 3KLHA 3HPOA 1JLEA 4UQGA 4OJRA 3ZT2A 3K57A 3KTQA 4F4KA 3PUFA 4DTXA 2XY5A 1SKRA 1F21A 1LWCA 3AVNA 3QIOA 1S1UA 1TK8A 4PY5A 3SZ2A 4CHZA 4DTMA 3SV3A 4DQSA 1D8YA 1A5XA 3NF7A 3PX6A 3TARA 1VSEA 1WSGA 1JLAA 1VSMA 4C8LA 4F2RA 1B9FA 4F2SA 4CJVA 3AVJA 1KVBA 3K2PA 3O3FA 1WNSA 1KLMA 5FDLA 4DSEA 2HHSA 1UAXA 2G8WA 4KI6A 4AHTA 3KD5E 1RILA 4CK2A 4CHYA 4HUFA 1CLQA 2P5OA 3KLFA 3THVA 2HVHA 2HW3A 2YNHA 3ZT1A 1D9DA 3DOLA 3PY8A 1J53A 3HK2A 2FBXA 2PZSA 2KZMA 3BDPA 2XY8A 3LAMA 1QSLA 3NGYA 1RTDA 4OPJA 4FM1A 3ZT4A 2PYLA 4DTUA 4EZ6A 3SJJA 4FJ9A 1MU2A 1RT4A 1IKYA 4N76A 4Z4HA 3HL8A 1RBVA 3EZ5A 1B9DA 1DTTA 1JKHA 4C8NA 4E7IA 1HPZA 4FLVA 4M3ZA 4CJ3A 2F96A 4RW8A 5CYQA 4EP4A 5I3UA 1BQMA 3KKRA 4CIGA 3I0SA 4JS5A 1UA0A 4E7KA 4Q0BA 1TK5A 4CEFA 4W5NA 1GOBA 4C8MA 1TKTA 3RMAA 3DM2A 4CHOA 3S3NA 1ZBHA 3VN5A 1RDCA 1Z26A 2G8HA 1FKOA 4DQRA 3CFPA 3OJUA 2YNFA 4ELVA 4F3OA 1CZ9A 3CFRA 4B8CA 3V9XA 3TAQA 4M3WA 5KRTA 4E89A 4ZHRA 3AVHA 1NKEA 1IG9A 4AHRA 3DLHA 1YT3A 3NHGA 1KFDA 4H4MA 4FLXA 4E7HA 3CFOA 4GVMA 3V1RA 3MEGA 3V81A 2Y1IA 1WAFA 4M3UA 3ASMA 3DLKA 3IRXA 3DRPA 4C8OA 4FW1A 1RT2A 5FRMA 4RW7A 4AHUA 1NK7A 3WNGA 2YKNA 4CE9A 3AA2A 4FLUA 1I39A 3SI6A 3SUQA 4CERA 4JLHA 4M3YA 1VSHA 2RF2A 1QSYA 3OJSA 3DYAA 3V1QA 2BE2A 1IKXA 1U48A 4DSIA 1TKZA 3AO1A 2DY4A 5SZTA 1NJXA 2Z1HA 1WLJA 2YKMA 4GMJB 3IS9A 4CF9A 3VQPA 3QETA 1BHLA 1ZBLA 2G8KA 4PQUA 4BDZA 1HQUA 4DLGA 4DFMA 3KK3A 4HUGA 1ASWA 3HP6A 4E7LA 5CY4A 1BI4B 3CQ8A 3LAKA 4K8XA 4FLZA 5DMRA 3QNNA 4M45A 3O4QA 1X9MA 3G10A 5CZ2A 2G8UA 3V9WA 1EX4A 4CCHA 4FK2A 4CHNA 1ITGA 2OPPA 4I9LA 4ZTJA 4E3SA 1S9GA 1KLNA 3AO3A 1QHTA 2IGIA 1U4BA 1HYVA 1RDBA 3AO5A 3TANA 1Y97A 1WN7A 3LPTA 3M8QA 2Z1GA 3L2QA 4Z0UA 3LP0A 4L8RB 4KHQA 4Y1CA 3OYJA 3QO9A 3KK2A 3K5MA 1U45A 3SQ2A 1C0UA 2OPSA 1ASVA 4J2BA 4RW4A 4M42A 5KI6A 2FC0A 1VRUA 2F8TA 3MECA 4FK0A 1NKBA 4KV8A 3NE6A 4CJEA 4DS5A 3LZJA 4CK3A 4FJJA 4MFBA 3ZCMA 4DLEA 3ZSQA 4J2AA 3O3GA 4J2DA 3RWUA 5HRRA 5C42A 3AVCA 4DF4A 1BCMA 3L2VA 1KCFA 1TK0A 2HHQA 1XHZA 3K58A 4AHCA 4KFBA 4O55A 4B3OA 3QEWA 1YTAA 3DLBA 5JS2A 4CEEA 4OVLA 1VSIA 5KTQA 3WNEA 1SL0A 3LP2A 1SL2A 1RTIA 4CFDA 5FROA 4CJFA 4O5BA 3SUPA 4DG1A 3RTVA 1X9WA 2BDPA 1TAUA 5E41A 4C8KA 1EKEA 3NF6A 3V1OA 4OLAA 4M3TA 3DMJA 3SPYA 4J2EA 4CFBA 4B08A 4O0IA 2B4JA 3VA0A 2P51A 1A5VA 2D0CA 3PO4A 1S6QA 4CJ5A 1LAWA 3HPHA 4CF0A 3KLEA 3NH1A 4DSLA 5J2PA 3TAEA 2IC3A 3SPZA 1VSDA 5KGXA 1VRTA 3TAGA 2YNIA 4KTZA 1JLBA 2LSNA 1HJRA 3P1GA 1U04A 4CGDA 3RRHA 4F8RA 4KB0A 4CFAA 1HYZA 5C24A 1IH7A 3L2UA 1KSPA 4Y1DA 1SKSA 4B9TA 3WNHA 2GBZA 1BCOA 1NK9A 3SNNA 2OZSA 1D5AA 3AO2A 1XWLA 3LALA 1WSJA 3ZSXA 5HLFA 5KRSA 1NK8A 4NCAA 4TSXA 3TAPA 4HTUA 4KHNA 1SUQA 4IG3A 2XY7A 4KPYA 4B9SA 4NCBA 2JLEA 4RW9A 1JXBA 3SQ1A 3IG1A 3CM5A 3LPUA 4WE1A 3QIPA 3ZT3A 4N5SA 4DU4A 4FJIA 4DFPA 1NJYA 4LH5A 4H4OA 1NJZA 1JXEA 1EXQA 3AA4A 4CEZA 1RDAA 4AH9A 4MQ3A 3S3OA 3T3FA 1A5WA 3AVMA 1NKCA 1HYSA 3ZSRA 5J2NA 1L3SA 2HHXA 3OS1A 1CZBA 3BGRA 3ZSVA 4FJLA 1SL1A 3PX0A 1QTMA 4Z4IA 3NBPA 4KKOA 3U3GA 1GOAA 1XC9A 3LZIA 5HP1A 5K14A 1IKWA 4ID5A 4O44A 4FJ7A 4O0JA 4CJ4A 2XY6A 3OY9A 2A1RA 1BIUA 1YTUA 3DLGA 3TAFA 4ICLA 1YVUA 2KFZA 5I42A 3HXMA 3B6PA 3L2WA 4B8AB 3VQBA 4HCBA 1XI1A 2DTUA 3L3VA 3RMCA 1UA1A 2PY5A 1LAVA 2KZZA 2EHGA 1RBUA 3NFAA 1VK0A 4IDKA 3VQCA 2IDOA 4M41A 2XO7A 2HNZA 1RDDA 3RMDA 1C6VA 4DQPA 4FJXA 3OYGA 3KLGA 4FJGA 3JSMA 1RT3A 4FW2A 4KAZA 2E6MA 2YNGA 4RG8A 1T03A 1BL3A 3A2FA 2P5GA 3SYZA 3HJFA 5JS1A 3M8PA 3TI0A 2GV9A 1QE1A 1J5OA 2DFHA 4DTSA 4FJHA 5FRNA 1I3AA 4DS4A 1C0MA 1ZBFA 4PA1A 2HHUA 4H8KA 3K5NA 2X6NA 1KRPA 1LWFA 4FM2A 1QQCA 4CIFA 4KHYA 1FXXA 5DK5A 1WSIA 1LV5A 4AHVA 3V6DA 3HVTA 3KKSA 3OYDA 3HPGA 1S9EA 1JL1A 2QKBA 3ZSWA 3JYTA 4OKJA 3HYFA 4DTJA 3V9ZA 3B6OA 4BWMA 3U3YA 4B9VA 4EZ9A 2G8IA 2G8FA 2ATQA 4CFCA 1S1WA 2I5JA 4Q5VA 2AJQA 4OGEA 3NH0A 4IG0A 4DQQA 2Z1JA 5HBMA 1L5UA 1U47A 1K6YA 1LW2A 4FVMA 2KTQA 1WAJA 4W5TA 4DU3A 2XHBA 3MXJA 1WSEA 3L3UA 4GW6A 1R0AA 3T1AA 3QEVA 3KD1E 4AHSA 3U6FA 4JS4A 3V9SA 4PWDA 4FLWA 3KK1A 3OYBA 4K8ZA 3IAYA 2D5RA 1DLOA 3ZSYA 1TAQA 3NF9A 3T19A 3MEDA 3HVRA 3DLRA 2HHVA 1S5JA 1ASUA 3VQQA 1J9AA 2Y1JA 4ELTA 1LWEA 4DSKA 1KFSA 3SUNA 1SV5A 1NJWA 1QSSA 2P1JA 4B9LA 2X6SA 1TKXA 1X1PA 3HM9A 5CZ1A 3QEIA 1BQNA 4CGJA 4E1MA 3OYHA 2PYJA 4CF2A 4CK1A 2VG5A 4B9MA 3KLIA 1RT5A 1QS4A 1ZBIA 1FKPA 4FZYA 4DSJA 4OGCA 3EY1A 1JLFA 2R7YA 3QERA 3OYAA 1N5YA 4OLBA 4NYNA 3UIQA 4CJRA 2E6LA 2XRIA 4DQIA 3TR8A 1KVCA 4FM0A 3DLEA 2HVIA 2FBYA 3QLHA 3PV8A 1HQEA 3PO5A 2FBTA 3AVFA 3TAMA 1O1WA 1BISA 2IOCA 2KW4A 1J54A 5J2MA 3K59A 4HHTA 1VSFA 3AVAA 1RTHA 4NCGA 3OS0A 4FCYA 4G1QA 4FLTA 3NDKA 3OYKA 3RRGA 1RNHA 2HNDA 2HHWA 1WSHA 3VQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4BVPA 3OTOK 1Q9YA 2NNWA 4EFHA 1ZBUA 4BE2A 4FXDA 3VGLA 2E1YA 3RMBA 1Q8IA 4Y0WA 4BRCA 1VQLN 1CXQA 3THXB 3LDPA 1UOCA 4L3QA 1GLAG 4DMNA 4OJRA 5EX5A 3KTQA 1JCGA 3JAMO 3CJBA 5FPDA 4CHZA 1NGDA 4KH4A 3SV3A 4DQSA 5AQYA 1A5XA 1NGBA 3PX6A 2Q2RA 3P38A 3TARA 1VSEA 2A42A 3TTDA 3WQTA 4F2SA 4F2RA 3K2PA 3L0MA 2HHSA 5AQMA 2UYTA 4YOXA 1HX1A 4CK2A 3THVA 1BUPA 4BR5A 2YNHA 2HW3A 5IZ7A 3DOLA 5C10A 1V4SA 1NGIA 2XY8A 2E2PA 3ATUA 3NGYA 1RTDA 4OPJA 5AJ3K 3CJAA 3ZT4A 1OVQA 4DTUA 4Z4HA 3EZ5A 1DTTA 3O8MA 1JKHA 4I6MA 5AQGA 4E7IA 4M3ZA 2F96A 4RW8A 5I3UA 4BRDA 3E9LA 3BZKA 3DM2A 4CHOA 3E66A 2PAVA 2ZGZA 1RDCA 1Z26A 2G8HA 4ISGA 4DQRA 3CFPA 3QDKA 2YNFA 5M1FA 3OJUA 4ELVA 4A5AA 4F3OA 4B8CA 5KRTA 4E89A 4AHRA 2JQTA 5LJVA 3V1RA 3V81A 3MEGA 5H37A 4BR9A 4M3UA 3ASMA 4DUZK 1TYQB 4FW1A 4CI6A 3VESA 5FRMA 4H5TA 3FLCO 1NGEA 3VOVA 3AA2A 2QEXN 4JNEA 4FLUA 1Z05A 4IO9L 3V1QA 1EQYA 3AO1A 5SZTA 4GMJB 3VQPA 1BHLA 1VQNN 2E88A 1BOTO 3KK3A 4LFBK 1ASWA 3HP6A 4FLZA 3J27A 3N4QA 3EL2A 2ZJRL 5H1SQ 4DV3K 4CHNA 5AQZA 5C15A 1SAZA 2IGIA 4IWVA 1HYVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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