4FJJA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dc
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjjA03
4C8OA 3ISNC 3TI0A 2ITGA 4PQUA 2E6MA 3VA0A 4JRQA 1LV5A 3RRHA 4CGFA 4E1MA 1KLMA 4J2DA 1RBSA 2FBVA 4PA1A 2FC0A 2NUBA 5J2NA 1U45A 3VQ4A 4O44A 4TSXA 1BIZA 1WSEA 1KVAA 3AA2A 4LH4A 4CGHA 4B8AB 3AVFA 3H08A 3VQPA 1U49A 4Y1DA 4CJ3A 4IFYA 3QETA 1WAFA 2AJQA 3AVIA 3OYLA 4RW4A 4OKEA 4CJ4A 3VQ5A 4FLXA 2P1JA 3OYIA 2G8HA 3QO9A 4E7JA 3AVLA 1DTTA 4PY5A 3T1AA 5J2MA 3EY1A 4BDPA 3O3GA 1IG9A 2B6AA 4DTJA 1CZ9A 3NF7A 4M3WA 3U3GA 1XI1A 5E41A 4F3OA 3QIPA 4KB1A 4HVJA 1T8EA 3SV3A 2XHBA 4AHSA 3HPHA 3ZCMA 4FM2A 3MXMA 1BQNA 3K2PA 2BANA 2YV0X 1LAWA 3CFPA 2GUIA 1XC9A 4J2EA 4CIFA 4E7IA 3O3FA 4E19A 1X9WA 1W0HA 3SUOA 1DLOA 4DSJA 2BGGA 3OYBA 2IAJA 1TKTA 4FXDA 4UQGA 4CJRA 4LD0A 1ZBUA 4ELUA 4IKFA 2QK9A 4AILC 4DTNA 4DQRA 1RTIA 4DTRA 4HTUA 2HHQA 2EX3A 3QEWA 4KI6A 1J53A 4IG3A 4M42A 3KKSA 4E7LA 3RR7A 3SPZA 1RT2A 1F21A 3P83D 4O0IA 3ZT0A 4N5SA 4DSEA 5J2QA 1QTMA 3KK1A 5KI6A 4CJQA 1IKXA 1CZBA 2OA8A 2JGUA 4M3TA 3NH1A 3OS2A 3NF8A 1EP4A 4LSLA 1S9GA 3IG1A 3L2VA 4KHNA 4W5QA 4OLBA 4DFJA 1KVCA 3PV8A 3RR8A 3ZSZA 4FK4A 3DLKA 5KGWA 2KZMA 1D8YA 1C1BA 3S9HA 4BE0A 4FW2A 4I2QA 1Q9XA 4AHTA 3L8BA 3SUNA 3AVJA 1JXBA 4MFBA 3ZT4A 3HXMA 3PX6A 3SNNA 1U4BA 2E4LA 4CJKA 4DFMA 1NJXA 1RTHA 4CGDA 1ASVA 1EX4A 2YNIA 4CJWA 1TAQA 2D0CA 2R7YA 4BDZA 3LDSA 4KFBA 3VQAA 3ULDA 2HMIA 1C1CA 4CF9A 1HRHA 2D0AA 1RBVA 2BE2A 1RT6A 1NK8A 3CG7A 1RT1A 4CF1A 2FBTA 1VK0A 4O0JA 3ZSQA 4OGEA 1HJRA 1FKPA 2D5RA 3AVAA 2XRIA 1D5AA 3CFOA 4FJ5A 3A2FA 4HUFA 3AO4A 4K8ZA 4E89A 3DLBA 4FZXC 4H4MA 4M3RA 4KV8A 4DQSA 4DU1A 3RMCA 4I9QA 3DRPA 2BDPA 3OYEA 4RW8A 3BDPA 1XHZA 1L3SA 1NK6A 1VSJA 3KLEA 1TK5A 1KFDA 2HHUA 1HPZA 1HNIA 2PY5A 4FM0A 1YVUA 1HYZA 3I8DA 3V81A 1KVBA 1VSEA 3AO5A 4YNQA 4JS4A 1TGOA 4CK1A 2Z1JA 3QEPA 3I0SA 3MXIA 3NHGA 4AHCA 1KLNA 4C8MA 4F2SA 2KTQA 3SQ0A 3NF9A 4DS4A 3NDKA 4M3XA 1RTJA 4CHOA 1SL2A 1N6QA 3DM2A 3JSMA 3OJSA 4DLGA 1T05A 4FJKA 5FDLA 3OYMA 3V9XA 1J54A 5KRSA 4L8RB 1ZBIA 4DTSA 4M45A 1HQEA 4FLYA 3HP6A 3T3FA 3O4QA 3AA5X 3ZSYA 1U04A 4DF8A 3T19A 4CJLA 5KRTA 2F96A 1IKYA 3VQ8A 3OYGA 3PX0A 1Z25A 3K5LA 1J9AA 2B4JA 1JXEA 4CJVA 4HHTA 4B9SA 2A1SA 2Z1HA 3LANA 1A5WA 3LP0A 3NCIA 4IDKA 4B9NA 3QESA 2Q3SA 4DLEA 4KB0A 4DTUA 1ZBHA 3SV4A 4B08A 3QIOA 1RDDA 3RWUA 4ELVA 1BCMA 3CM5A 4HCBA 5FRNA 3NGZA 3TANA 1D9DA 3JYTA 1NJZA 1NOYA 3CM6A 3DLHA 4FK2A 3TAPA 3VQ9A 3IAYA 4CIEA 3DYAA 3K5OA 1NJYA 1BIUA 5HRSA 4M3YA 3HO1A 3ITHA 1BI4B 3HK2A 1JLCA 4Z4IA 4Z4CA 4Z4EA 4Q0BA 1CLQA 3SJJA 4DU4A 4LSNA 1WN7A 2X6NA 3ZSXA 4K8XA 1R0AA 3VQQA 4FJIA 4NYNA 5J1EA 4BE1A 1VRTA 2X6SA 3OYCA 1S1TA 4OPJA 5CZ1A 4F4KA 1RBRA 1FK9A 4CECA 4H8KA 3EZ5A 4HUGA 5HLFA 4CEQA 1L3VA 5C24A 4KPYA 2YKMA 2YHBA 1NKBA 2HHXA 4CJSA 3NAEA 1B92A 2E6LA 2RPIA 4MQ3A 4F2RA 4CGGA 4CFBA 3HPGA 2ZE2A 4B9VA 4NCBA 4KO0A 3RMDA 1JLEA 2IGIA 4CESA 4KI4A 1B9FA 4QOZB 3NFAA 3PX4A 4B9UA 4N56A 1ZBLA 3PY8A 5FROA 5DMRA 4DS5A 1NK9A 4EZ9A 4E3SA 3QINA 1IKWA 2OZMA 1HMVA 1LAVA 4BE2A 3SZ2A 4ZTJA 1RTDA 4DFPA 3ASMA 4C8NA 1TK0A 3L3VA 4CGIA 4FVMA 5FRMA 4CGJA 2XY5A 2HVIA 1W9HA 1Q8IA 1WNSA 3ZT2A 2P5OA 1ZYQA 3DOLA 1KRPA 2DTUA 1HYVA 2KQ2A 4HUEA 3V9WA 3F9KA 4CCHA 3LWLA 4M3UA 1WAJA 3AO3A 4O55A 2PYJA 4NCGA 3KJVA 1EKEA 1GOAA 1NOZA 1HQUA 1J5OA 4N76A 4CE9A 3TABA 4DF4A 3TAQA 1S1VA 1KCFA 3SQ4A 4OKJA 4M3ZA 2HHSA 1S5JA 3AO2A 1KFSA 4OPKA 3OJUA 3AVGA 4M41A 4NYFA 4LH5A 4W5NA 3MECA 4CERA 3V9ZA 3WNEA 1TKZA 3OY9A 4ZHRA 1SKRA 3S3OA 3QEVA 2DFFA 1SKSA 5HRPA 4OGCA 3OYJA 2F8TA 2HVHA 2HW3A 1S1UA 3SPYA 5HP1A 3ZT1A 1WLJA 5HRRA 3HPOA 1QHTA 3OYHA 4GMJB 2Y1IA 1TK8A 2QKKA 1S1XA 3AVMA 4NCAA 3HVRA 4DSIA 4EP5A 1NJWA 2HNZA 3L2RA 1Q9YA 3IS9A 1BI4A 1JLQA 1SV5A 2IC3A 1SL0A 2QXFA 4B3OA 3KLHA 3CQ8A 3LALA 4KREA 1SUQA 3RMAA 1VSMA 4CHQA 3VQBA 4DQPA 4JRPA 3K57A 4HCCA 4FJGA 2OPPA 2X78A 3C94A 3OYNA 3K59A 3RMBA 5I42A 1BL3A 3AVKA 3K5NA 2IOCA 1TV6A 2KFNA 4CJUA 2HB5A 3MXJA 1LWCA 1BGXT 4G1QA 4PUOA 1O1WA 4EZ6A 5KGXA 4KHQA 1TKXA 3UIQA 4KHSA 2A1RA 1YTUA 3CYMA 3DLEA 4AHUA 4XIUA 2B5JA 3TAEA 1ZBFA 3AA3A 3SYZA 1TL3A 4CFDA 2YNHA 3NBPA 3OYKA 3C6UA 4CEFA 4FLWA 3HJFA 4FJJA 4KHYA 2YHAA 1TVRA 3QEXA 4KHWA 3ZSVA 1VSHA 4N41A 2KZZA 3DLGA 1X9SA 1NK0A 3LPUA 1Y97A 4CEEA 1MU2A 1EETA 4OJRA 1T7PA 3C95A 2FBXA 1D9FA 1WSIA 1NKEA 4CHPA 4O4GA 1WSHA 3K5MA 3OYFA 3P1GA 4ICLA 3KLGA 1VSKA 1ITGA 1K6YA 2IDOA 4CHZA 5T7BA 3OYDA 1YT3A 4AHVA 4CFCA 3LP2A 1IKVA 2F8SA 3CFRA 1S6QA 1VRUA 3SI6A 4I7FA 4QAGA 1JLFA 4KTWA 4CK3A 3MAQA 1U47A 3AO1A 4JLHA 1WSFA 4DU3A 4DTOA 4RW7A 4ZTFA 1XWLA 4CHNA 1BHLA 4Y1CA 2Y1JA 2HHWA 1RCHA 4CJPA 4CEZA 3OS0A 1LW2A 3M8RA 1QSYA 3QNNA 3QLHA 2VWKA 2ZD1A 2G8KA 2HNYA 3PUFA 4Z0UA 1CXQA 1RBTA 1C0TA 1RT7A 5C25A 4DSKA 1RT5A 1UA0A 4IFVA 3WNGA 2RKIA 4E7KA 5HRNA 1LWEA 2P5GA 1REVA 3SCXA 4DMNA 2X74A 2YNFA 3AV9A 5HROA 4FLUA 1I39A 4CIGA 4JS5A 4FLZA 1LW0A 5CYQA 4AH9A 1BCOA 4I2PA 3WNFA 2OZSA 1X9MA 5KTQA 1XHXA 4CEBA 2D0BA 4CJEA 1UA1A 3LP3A 3SUQA 2LSNA 5JS2A 5CZ2A 1KSPA 3M8SA 4DQIA 1LWFA 1RDBA 3M8QA 1ASWA 3V1OA 3ZSRA 4W5TA 5D3GA 4W5RA 4CF2A 3G0ZA 3VQ7A 3LWMA 1RDCA 4DSLA 2HNDA 3VQEA 3NH0A 4Q5VA 1VSLA 3EYZA 1S9EA 3AVHA 2WONA 3V6DA 1HYSA 4FM1A 4E7HA 5CYMA 1RBUA 4BWJA 2IS3A 1A5VA 5SWMA 3SUPA 3U3YA 1ASUA 1IO2A 2DFHA 3KK2A 2XY7A 2VG6A 4CK2A 3LAKA 4B9LA 1VSIA 3BGRA 3S3MA 2Z1GA 2VG7A 2VWJA 1Z26A 2ZQBA 4N47A 5I3UA 3KKRA 3P5JA 3VN5A 4DTMA 1IH7A 3ZT3A 2ATQA 1JKHA 2GBZA 3I0RA 1L5UA 4RG8A 1RILA 2HHTA 4FJ8A 4FLTA 3AVNA 2G8FA 3VQ6A 3ALYA 3DRSA 4FJNA 1BQMA 2OPQA 3NF6A 4DTXA 4FJ7A 5JS1A 2XY8A 3TAGA 4KKOA 2QKBA 3PO4A 1JLAA 1FKOA 2VG5A 3KD5E 3DI6A 2DY4A 1C1AA 3DRRA 3HL8A 4IG0A 4I9LA 3THVA 3B6PA 4O5BA 4OKKA 4B8CA 2OYQA 3DMJA 1UAXA 5DK5A 4Z4HA 3F73A 1WSJA 4CEDA 2W42A 1TAUA 3AA4A 3LP1A 4RW6A 3OS1A 4FJHA 3VA3A 1SKWA 3LZJA 3V1RA 1A5XA 4AHRA 3D0PA 3G10A 4CFAA 3V4IA 4EP4A 2PZSA 3LPTA 3KLIA 1S6PA 5K14A 3C6TA 4BACA 4ELTA 3M8PA 4FLVA 1NK7A 3O3HA 4KHUA 1X1PA 3LZIA 3L2QA 1T03A 3TWHA 3HYFA 3OYAA 4DTPA 3HP9A 3V9SA 4FJMA 1QQCA 1C6VA 4FZYA 2ETJA 4OLAA 2OPSA 3D45A 4QCLA 4FCYA 3QERA 1NK5A 3E01A 3KIOA 4LY7A 2PYLA 4B9MA 1JL2A 3WNHA 3K58A 4OVLA 4E1NA 4B9TA 4BDYA 3QNOA 4FW1A 4YFUA 4GW6A 2G8WA 1QSSA 1RNHA 4CHYA 1JLBA 1RDAA 5CY4A 3QEIA 2RF2A 4CJ5A 3TARA 5HBMA 4DSFA 3B6OA 2Z1IA 1QE1A 4R5PA 3DOKA 3ZSOA 3L2UA 2KFZA 4H4OA 1B9DA 1SL1A 3VQDA 3VQCA 2EHGA 2DFEA 4CF0A 4DG1A 1TKDA 1VSFA 3L3UA 3MEGA 4KRFA 1JL1A 2YKNA 3DLRA 2HHVA 1S1WA 3L2WA 1NK4A 1U48A 2GV9A 4KTQA 3RRGA 3SQ1A 4J2BA 1RT4A 5J2PA 3PO5A 3NGIA 4J2AA 4DWIA 1KTQA 2YNGA 5SZTA 4BWMA 3SQ2A 3V9UA 1L3TA 3LAMA 1NKCA 2G8VA 1GOBA 2P51A 1YTAA 3HT3A 2JLEA 1EXQA 1RT3A 3TAFA 3KK3A 4C8KA 4ID1A 1C0MA 4PWDA 2FBYA 4CEAA 2G8UA 4DFKA 4C8LA 4KAZA 3S3NA 4DQQA 1G15A 1GOCA 1QS4A 3MEEA 3V1QA 3HVTA 4CF8A 3HM9A 1N5YA 2KW4A 2I5JA 4E0DA 3KLFA 4ID5A 3U6FA 1QSLA 1I3AA 3TAMA 4W5OA 4CJTA 1TL1A 3IRXA 4IBNA 1L3UA 1WSGA 2XY6A 4FK0A 3HSTB 3NE6A 2XO7A 4F8RA 2O4GA 3TR8A 4CEOA 4Z4GA 3KD1E 3MEDA 1C0UA 4FJLA 1UWBA 4KTZA 1DTQA 2OPRA 3OVNA 1JLGA 4GVMA 1HNVA 4FYDA 4RW9A 2G8IA 4Z4FA 3NGYA 4CJFA 1FXXA 3KTQA 1CXUA 3AVBA 3O4NA 5C42A 4FJXA 3ZSWA 2O4IA 1VSDA 3NH2A 1BISA 3RTVA 3FFIA 4FJ9A 3AVCA 4WE1A 1UOCA 5EU7A 2WOMA 4FZZA 2RN2A 4F3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1VQ4N 3O4QA 4BRCA 2P1QB 2YCHA 5H37A 5KRTA 2OTJN 4ADOA 1SS6A 3VQ8A 1RFQA 4ILGB 4IOAL 3CCQN 2A1SA 3GG4A 1NG9A 5M1FA 4B9NA 3QESA 2HOEA 3O08A 2UXDK 5IREA 1GLDG 3QIOA 3RWUA 4LFAK 2PFVA 5FRNA 1D9DA 1NJZA 3VQ9A 3SJHA 1NJYA 1FZ4E 1N1CA 2JH9A 4M3YA 3FZMA 3HO1A 5AQUA 3VENA 1BI4B 1JLCA 1NNEA 1Z6RA 4CJ7A 1CLQA 1SZ2A 4BY9C 4DU4A 3ZSXA 4K8XA 4CZFA 1QHAA 3N4QA 4BE1A 3OYCA 1OH6A 4OPJA 1RBRA 4IO8A 4HUGA 4JN4A 4CEQA 4CJSA 3NAEA 2ASOA 2E6LA 4MQ3A 4CGGA 1HLUA 3T69A 2IGIA 2HSTA 2UUAK 3PX4A 4N56A 3PY8A 3QBXA 5FROA 5DMRA 4DS5A 4EZ9A 2UUBK 4E3SA 3WSOA 3CHWA 2QWMA 3SZ2A 2OZMA 1RTDA 1LAVA 3FR0A 3ASMA 4AKHA 2FLOA 4CGIA 3KZBA 2HVIA 1W9HA 5B8HA 2WC9A 1KRPA 3V9WA 4CCHA 4M3UA 1WAJA 3L0QA 4NCGA 3F9MA 1BUPA 1XVDE 1NOZA 4QNDA 4PL8A 3TABA 3TAQA 4GV9A 3K9JA 3SQ4A 4OKJA 4M3ZA 1IBLK 2HHSA 1S5JA 3SVIA 4ICGC 4LH5A 1TKZA 1SKRA 3S3OA 2DFFA 1SKSA 2F8TA 4FSVA 2HW3A 1S1UA 5JVGL 1WLJA 3VF6A 2VQFK 1TK8A 2QKKA 3IKMA 4EP5A 2HNZA 2HF3A 3IMXA 4B3OA 4H03B 2QXFA 3CQ8A 1P22A 1U6ZA 3DXKB 2OPPA 4MO4A 2X78A 3OYNA 5I42A 1TV6A 1LWCA 4ISFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EEQ A;  1MWK A;  3UO3 A;  2E6M A;  2E2N A;  4XH4 A;  1KLM A;  4PA1 A;  2NUB A;  1KVA A;  3AA2 A;  4RNG A;  3AVF A;  3VQP A;  3MWP A;  1X3N A;  4Y1D A;  2ITM A;  1BA1 A;  4RW4 A;  4OKE A;  3ZET A;  3VQ5 A;  2P1J A;  4JYA K;  2E2P A;  1YVN A;  1DTT A;  1K9M O;  4YDU C;  1YXQ A;  3O9R A;  3E1Y A;  3NF7 A;  4M3W A;  3E4W A;  1S3X A;  2VIX A;  4FWK A;  3OTO K;  1WBD A;  3SV3 A;  1JW2 A;  1QVF M;  1S22 A;  3ZCM A;  3OBW A;  4FM2 A;  3K2P A;  2BAN A;  3IFR A;  1XC9 A;  3A5M C;  1YJ9 N;  1HNX K;  1KAZ A;  4E19 A;  1X9W A;  1DLO A;  3QIC A;  4JKG B;  4ELU A;  1ZBU A;  4AIL C;  4DTN A;  4DQR A;  4H5V A;  1RTI A;  3BZC A;  3QDK A;  1J53 A;  3D2E A;  2Q31 A;  4E7L A;  3MX2 A;  3PSF A;  1ZBS A;  4DSE A;  1F21 A;  5AQX A;  5J2Q A;  1W97 L;  5KI6 A;  4OPA A;  1IKX A;  1CZB A;  4YY3 K;  2OA8 A;  2UUC K;  2JGU A;  4M3T A;  5C10 A;  4CZE A;  1NGJ A;  4KHN A;  4NXM K;  4DKW A;  3ZSZ A;  4FK4 A;  5KGW A;  2KZM A;  3LDL A;  4JD2 A;  3L8B A;  4MFB A;  3PX6 A;  4YHH K;  3HXM A;  3SNN A;  1RTH A;  2YNI A;  3J7Z O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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