3SPZA

Dna polymerase(l415a/l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupcpp opposite da (ca2+)
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3spzA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3spzA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3spzA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3spzA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3spzA03
3PY8A 4FJHA 3AV9A 3DYAA 4M3ZA 2B5JA 4IFVA 1IKXA 4YNQA 3NH0A 3K5MA 5KGWA 4LY7A 2KW4A 4CHYA 4DQIA 3P5JA 1QTMA 1TKTA 3G0ZA 4O44A 4CGDA 4CJFA 1JXEA 2XO7A 1W9HA 4RW9A 3VQ7A 3OY9A 2E6LA 2EHGA 2O4IA 4W5NA 3K5LA 1A5WA 1XWLA 4FM0A 4J2BA 4B9TA 4KAZA 3NDKA 2G8IA 4E7JA 3PX6A 3HPHA 4DF8A 3U3YA 4B9UA 1KVCA 4RW4A 4ELTA 1RBSA 2D0BA 4KRFA 1HYSA 3OYCA 4CGJA 1WSFA 2RN2A 4CJ4A 4FJGA 3NH2A 1J54A 3VQ8A 1RBRA 4KO0A 4FW2A 2QKKA 4Q0BA 1N5YA 4CJQA 4CJVA 4E3SA 4GW6A 4CHQA 3VQ9A 1NJXA 4OKKA 3DMJA 4DQRA 4KHYA 4KB1A 3LALA 4M42A 4DTMA 5J2QA 1YVUA 4M3YA 1UWBA 3BGRA 3LANA 2YV0X 5FDLA 3ZSYA 3F73A 3HJFA 1RT6A 2PZSA 1RTJA 1VSKA 4FK4A 1VSIA 1JLGA 1QQCA 1YTAA 3TAGA 2Y1IA 1TKDA 2WONA 1B9DA 4B3OA 1U48A 2G8FA 4B9LA 4Z4IA 3V1QA 1SL0A 4FM2A 1N6QA 4ZTJA 3DI6A 3OYBA 2F96A 4E89A 5J2PA 4O55A 3CQ8A 3VQCA 3ZCMA 1KRPA 4Z4GA 2RKIA 4FJJA 3V9UA 2HNYA 1IKVA 3TI0A 1FXXA 2FBXA 2YHBA 2IGIA 4FZZA 3SJJA 3OJUA 4CHOA 1NK0A 1RTHA 1C0UA 2A1RA 1A5VA 4KHWA 2Z1JA 4CESA 4AHCA 4E1MA 4ZTFA 1JXBA 1DTQA 3V9XA 4FJLA 3B6OA 4F3TA 4CJUA 4BE2A 5FROA 1GOAA 3ZT1A 2I5JA 4OVLA 3C95A 4ICLA 4CF8A 3SV4A 4CCHA 2QK9A 2IOCA 3DLGA 1ZBFA 4FJ5A 4RW7A 5E41A 4AHSA 2KFZA 1D8YA 1QSLA 1SKWA 2YNGA 4ID1A 4DTUA 2EX3A 2P51A 4CFDA 3QNOA 3QEWA 3NF9A 2IDOA 4LSLA 3P83D 4CJ5A 3ASMA 4FJMA 4Z4CA 3RRHA 4DTNA 3V81A 1LW0A 3S3MA 2YNHA 4QCLA 3MXMA 1LV5A 3PV8A 1XHXA 3A2FA 2VG6A 4B08A 1TK5A 3OYHA 3SCXA 4DTRA 3LAMA 1RBUA 4DSKA 3H08A 2LSNA 3ZSXA 2KTQA 3DM2A 4CEDA 4HTUA 1ZBUA 1XI1A 1X1PA 4F4KA 3I0SA 5D3GA 4DTSA 3D45A 5CZ2A 5J2NA 4Z4EA 4BACA 3G10A 2Z1HA 5JS2A 1VSLA 1FKOA 5CYMA 4Q5VA 3K5OA 3VQ6A 3LP0A 2XY7A 1C0TA 4B8CA 3O3HA 3K59A 3SYZA 4OPJA 3M8QA 4W5OA 1SL2A 5CYQA 1EETA 4I9QA 4JLHA 4RG8A 1JLCA 4CHZA 1T05A 2HHQA 4HUFA 3NF6A 4DWIA 2P1JA 3V9WA 4CEEA 3HT3A 4CF0A 3DLHA 5J2MA 4FM1A 3TAPA 3ZSVA 5DK5A 1NKEA 2HHSA 3ZSRA 3TABA 1CZ9A 5HRPA 1TK0A 1CXUA 1EKEA 1ASUA 3TAFA 2FC0A 2GBZA 1VK0A 3MAQA 3ZT2A 3V9ZA 3DRSA 4I2PA 4NCBA 3DLBA 1WSHA 4LH5A 1S1UA 4Z4HA 4O0IA 1VRUA 5HRNA 3KTQA 2D5RA 1S1TA 5DMRA 4EZ9A 1XHZA 3TARA 4H4MA 3SUOA 3DLRA 4O4GA 1RTIA 3OYAA 3VA0A 1RCHA 3U6FA 3QEXA 1VSFA 3ZT3A 3RR7A 3OYGA 4CFBA 3SZ2A 2Y1JA 4BWMA 4CERA 3I8DA 4EZ6A 1ASWA 4FLWA 4PY5A 4F3OA 5EU7A 4C8MA 1HPZA 4KREA 4KV8A 1T7PA 3AA2A 3RR8A 2F8SA 3AVIA 3NE6A 1BIZA 3ZSOA 3ZT4A 4I2QA 4CJ3A 1D9FA 4DTOA 3DRPA 1Q9YA 1IKWA 3TR8A 3OYDA 5HLFA 3NCIA 3L8BA 1WN7A 4H4OA 1KFDA 1J53A 2KZZA 1NKBA 1TL3A 3QEIA 2PY5A 1S6QA 2HNDA 4CJRA 4AHVA 2X74A 2HHVA 3OYNA 3K58A 3DRRA 4O5BA 3NH1A 4DQSA 2QXFA 1Y97A 1NJWA 1L3VA 1QS4A 2OZSA 1WSGA 3KK2A 3M8PA 2OYQA 1KCFA 3AVFA 3HPOA 3LWLA 5SZTA 1C6VA 1TGOA 3D0PA 4ELUA 4HVJA 4DS5A 1WAJA 3QNNA 2JGUA 3SQ4A 2XHBA 4E0DA 2FBYA 4CK1A 1BI4B 3AVJA 4FJNA 1SUQA 3OS1A 1LAWA 2YNFA 3OJSA 2JLEA 4MFBA 4CEOA 1CLQA 1BI4A 3SQ2A 2HHXA 3OYIA 4Z0UA 3MEDA 1FKPA 3LWMA 4N56A 5KRSA 2HHTA 5FRMA 4NYFA 2KFNA 4N41A 1J9AA 3HPGA 1VSDA 4WE1A 4CFCA 4FZYA 4CIEA 4R5PA 4FLXA 4KHQA 1L3TA 2HMIA 3PO4A 2GV9A 4E7HA 1G15A 1UA0A 2NUBA 3CM5A 4J2AA 3DLEA 1CXQA 1BL3A 1TV6A 1SKSA 2G8UA 3T19A 1Z26A 2A1SA 3NAEA 1UAXA 3HL8A 3AO2A 2O4GA 3QO9A 3VQ5A 3WNEA 3KLIA 4DU1A 5KGXA 4BWJA 1NK6A 3LDSA 5I42A 1SKRA 1HYVA 4MQ3A 3TAQA 4CJTA 5FRNA 1W0HA 1RILA 4IDKA 1DTTA 2AJQA 4AHTA 4CK2A 3WNFA 1HQEA 2KQ2A 3B6PA 4E1NA 4CHNA 1J5OA 3AA5X 4PUOA 1S9GA 1NKCA 4F2SA 3AVLA 2RPIA 5C25A 3RMBA 2RF2A 3NHGA 1HNVA 3F9KA 3NFAA 5HRSA 4OPKA 3V4IA 2HNZA 4FLZA 3WNGA 3SI6A 4CF2A 3KLHA 3KLFA 3T3FA 4PWDA 1JKHA 1S1WA 1ITGA 4CECA 1Q8IA 4F2RA 4DFMA 3RMCA 3RMAA 1RT5A 1CZBA 4W5QA 3OS0A 2ZQBA 5CZ1A 3HM9A 1NK5A 1D9DA 3EZ5A 4OJRA 3OYKA 4N76A 3CFRA 3JSMA 1RDBA 3NGYA 1XC9A 3EY1A 1U4BA 4BDPA 4FVMA 4CEBA 1BIUA 3DOLA 1L3SA 3LPTA 2BANA 1KVBA 3V9SA 4HCBA 3OYEA 4KB0A 3V1RA 4FZXC 2HW3A 3AO1A 2P5GA 2HHUA 2DFHA 3C94A 4KTZA 1I3AA 3QEPA 1LWEA 1TL1A 4NCAA 1LAVA 2IC3A 2ETJA 2Z1GA 2HHWA 1ASVA 4DFPA 1ZYQA 3O4QA 3SUPA 4FLTA 3VQEA 3LP3A 2YKNA 3L2RA 4BE1A 4QOZB 4M45A 2HVIA 1RNHA 4N5SA 2E6MA 4ID5A 4G1QA 1IKYA 4OKJA 4W5RA 3IG1A 4J2DA 3U3GA 4GMJB 1TKZA 3ZSQA 4BDZA 1VSHA 1LWFA 1F21A 3V1OA 1U47A 3HVRA 4FJ8A 4Y1DA 3VQBA 4DFKA 3VQ4A 1Z25A 3FFIA 1TK8A 4CJEA 4FW1A 4PA1A 1HYZA 1U04A 4UQGA 1I39A 3AVHA 4N47A 4W5TA 2Q3SA 1TAQA 3QESA 2XRIA 3HSTB 4DG1A 4CHPA 2PYJA 3IRXA 3AO4A 3TAEA 2X78A 1QSSA 1VSJA 4CGHA 5KRTA 4K8XA 3OYLA 4B9SA 3DLKA 3OYMA 5HRRA 4TSXA 4LD0A 1ZBIA 4DSFA 1WSEA 4IG3A 4RW8A 4CE9A 4I9LA 4DTPA 1BCOA 2XY8A 3NBPA 4HUEA 3QETA 1KFSA 3HO1A 4CJWA 4DLGA 3AVGA 3C6UA 1JLEA 4LH4A 1JLBA 3HP6A 2PYLA 3MEGA 4ELVA 1ZBHA 4PQUA 3CFOA 3SQ1A 4AHUA 3TWHA 4NYNA 4M3XA 4C8NA 2XY5A 3S3NA 2ITGA 3QINA 3KLEA 3SPZA 1NK8A 4CEFA 2ATQA 4OGCA 3KD5E 1JLFA 4CEAA 3OYJA 3O3GA 3O3FA 1C1BA 4CGFA 1SL1A 1RT1A 1GOBA 4B9NA 1S1XA 3HK2A 4DQQA 1Q9XA 2FBVA 4KPYA 1EX4A 3AO5A 5C24A 2P5OA 2DTUA 1D5AA 3E01A 1FK9A 2D0CA 1HQUA 1KSPA 1S1VA 3RTVA 4DTJA 2IAJA 3ISNC 4JS5A 1DLOA 1R0AA 2QKBA 3LAKA 1U49A 3CG7A 4FLVA 3LPUA 2R7YA 3KD1E 4EP4A 1BCMA 1QE1A 3AVBA 3KJVA 5KI6A 4L8RB 1RDDA 1KLNA 3CM6A 5JS1A 1C0MA 1JL1A 2OPQA 4KTQA 1RDAA 1VRTA 1NOYA 4DF4A 2XY6A 4DMNA 4OLBA 1TAUA 1RBVA 1NK7A 2F8TA 4XIUA 1NOZA 4M3UA 3SNNA 1GOCA 1BQNA 4FK0A 1C1CA 4AH9A 4KI6A 3IAYA 3L3VA 3O4NA 1IO2A 1WSJA 5HROA 3NGIA 1YTUA 1K6YA 3PX4A 4M3WA 4CJSA 3SPYA 3DOKA 4CF9A 4YFUA 2B4JA 2GUIA 3KKRA 1JLAA 3ITHA 4IKFA 2X6NA 3CYMA 1RDCA 1B92A 3OS2A 2G8VA 2HB5A 2YNIA 1HMVA 1BQMA 1NK9A 4KHSA 3L2WA 1ZBLA 1IH7A 3SV3A 5J1EA 1TKXA 4Y1CA 3VQDA 1QHTA 3TANA 4DSIA 3SUQA 4B9VA 4FJKA 1EXQA 2OPPA 3LZJA 3M8RA 5I3UA 1HJRA 1QSYA 3KLGA 2YKMA 2VWKA 4FLYA 4NCGA 3NF8A 1T03A 2G8WA 3VQQA 3VA3A 4DSEA 3PUFA 3PO5A 4QAGA 2ZE2A 3ZSZA 3SQ0A 1RT4A 4OGEA 5K14A 3IS9A 2DFEA 4CIGA 1JL2A 3L2VA 5C42A 4JRQA 4HHTA 4E7IA 3THVA 4FLUA 3LP1A 3AA3A 3L2UA 4OLAA 4E7KA 1B9FA 3PX0A 3VQAA 2HVHA 4CGGA 1VSEA 2DY4A 2FBTA 3MEEA 3ULDA 4AILC 4M3RA 1REVA 4KI4A 3UIQA 5KTQA 3K2PA 1L3UA 3CFPA 3NF7A 4CJPA 3ZT0A 4CEQA 1X9WA 1BHLA 4IFYA 1S9EA 3S9HA 4B9MA 4DSJA 4DFJA 2B6AA 3HP9A 1T8EA 4M3TA 3QIPA 1HRHA 1S6PA 1VSMA 1KVAA 1WAFA 4RW6A 1RT7A 1LW2A 4FK2A 1NK4A 2OPSA 4FJ7A 2BE2A 2DFFA 2VWJA 4FCYA 4Z4FA 2OZMA 1UOCA 4AHRA 3MECA 4CK3A 4F8RA 3ZSWA 3M8SA 3SUNA 4CEZA 4FJXA 2Z1IA 4ZHRA 1UA1A 3HYFA 3JYTA 2D0AA 4DS4A 3BDPA 3AA4A 3KK1A 2YHAA 4CGIA 4C8LA 1L5UA 2VG5A 4KHNA 3HVTA 1RTDA 4IBNA 4J2EA 5HBMA 2G8KA 4OKEA 3LP2A 4CF1A 4CJKA 1WNSA 1X9SA 4H8KA 4C8OA 1RT3A 3V6DA 3OYFA 4EP5A 2BGGA 1WSIA 4IG0A 1C1AA 1RBTA 2E4LA 3QLHA 2W42A 4C8KA 1NJYA 3T1AA 2G8HA 2OA8A 3RMDA 3VQPA 1U45A 4CIFA 4KHUA 4BE0A 4FJIA 1TVRA 2X6SA 3AVNA 1S5JA 1BISA 3AO3A 4CFAA 4CJLA 3EYZA 2OPRA 1A5XA 3AVAA 4E19A 3L2QA 4HUGA 3OVNA 3LZIA 4I7FA 3QERA 4KTWA 3QEVA 3I0RA 4KFBA 1NJZA 2ZD1A 4DSLA 5CY4A 3ALYA 1EP4A 4BDYA 4FJ9A 1BGXT 3P1GA 2KZMA 5T7BA 5SWMA 1JLQA 4DU4A 1KLMA 4E7LA 1RT2A 1X9MA 1KTQA 4M41A 1HNIA 3KIOA 3AVCA 4O0JA 3K57A 3S3OA 1YT3A 3AVMA 2VG7A 4LSNA 3VN5A 3AVKA 2IS3A 3RWUA 4K8ZA 4KKOA 4FYDA 2WOMA 3KK3A 3K5NA 1O1WA 3QIOA 3KKSA 4JRPA 2BDPA 4B8AB 1SV5A 1IG9A 4DQPA 4HCCA 4FXDA 1LWCA 3NGZA 3WNHA 4JS4A 3MXIA 3L3UA 3C6TA 5HP1A 1MU2A 3RRGA 4DLEA 4DU3A 4DTXA 3HXMA 3MXJA 1WLJA 3TAMA 4GVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJHA 4M3ZA 2KW4A 2D1KA 4DQIA 4O44A 1J5EK 3VQ7A 3OY9A 3K5LA 1K8KB 3FZFA 3PX6A 3HPHA 1YJNN 4WYBA 2D0BA 3EEQA 2UXDK 5EXWA 4FW2A 2JH9A 3AARA 2QKKA 4Q0BA 1U2VB 1KXPA 3C7NB 5J2QA 4M3YA 2QWMA 3BGRA 3LANA 1NGFA 1VQ9N 1VSIA 4FK4A 1TKDA 1IG8A 4FOIA 1U48A 4B3OA 3DI6A 3TSQA 3OYBA 4E89A 1E3MA 3ULEA 2MMBA 1XMHE 1R59O 4FJJA 1HPMA 1P8ZA 1RTHA 1C0UA 3CPWM 4KHWA 1X3NA 1BOTO 1JXBA 3A0IX 3DXMB 4BE2A 3JAMO 2I5JA 2QK9A 3CETA 2Q97A 3DLGA 4IJNA 5E41A 4X66K 4CZFA 1QSLA 5C0YA 2YNGA 4ID1A 3KK7A 2OVQB 3QNOA 3NF9A 2E1ZA 2YJEA 3C6OB 3GL1A 3OGKB 4FJMA 4WF9L 3V81A 4GY2B 3S3MA 2E2PA 3PV8A 1XHXA 2E1YA 3O08A 2VG6A 4K42A 3VPZA 3SCXA 4BR5A 1VQNN 4CEDA 2NNWA 1XI1A 1X1PA 4JI5K 3J7ZO 5AQVA 1NGDA 4H0YB 3H3NO 4YOXA 4JKGB 3ZETB 4OPJA 3M8QA 4W5OA 4I9QA 4JLHA 1JLCA 3T1HK 3NF6A 3IMXA 3HT3A 4FM1A 4KH6A 2HHSA 3ZSRA 1ASUA 1BDGA 4AF1A 1VK0A 3ATVA 3A5LC 4H03B 3CJBA 3DLBA 4ICGC 3BF1A 4A62A 3O9TA 4KH4A 1NGHA 1RTIA 4O4GA 3OYAA 2ZJPL 1VSFA 3ZT3A 1FZ5E 1QQNA 3EE9A 1FZ9E 1VQ6N 1FZ0E 4KREA 4KV8A 4C23A 2F8SA 3ZSOA 4CJ3A 4BR9A 4I2QA 2RCUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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