3SPZA

Dna polymerase(l415a/l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupcpp opposite da (ca2+)
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3spzA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3spzA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3spzA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3spzA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3spzA03
3AVLA 1RT1A 1TK5A 2QK9A 3LAKA 4IFVA 3ZSYA 3NF6A 1RT5A 1IKYA 5C24A 3KK3A 2A1RA 2HNZA 1LWEA 3HP6A 4KRFA 3SQ1A 1HYZA 4KTZA 5KGXA 4I9QA 1MU2A 3HM9A 3V9SA 1JLQA 1T03A 1L3SA 4FZZA 4FLYA 1IG9A 4CJVA 4FJ9A 4NCGA 3AO3A 2YNFA 4DQRA 1WSHA 1RDAA 4DSFA 1NKEA 4HUFA 1RT7A 1X9WA 1ITGA 3CFPA 3AO1A 3DLKA 3NDKA 4J2BA 3O4QA 3TARA 4DWIA 1RTHA 4Z4EA 2F8TA 1IKWA 3ZSVA 3QEPA 4CIGA 1C1AA 1L3TA 3KKRA 4DQPA 1WSGA 4F2SA 4CJKA 4F8RA 3QLHA 4Q0BA 4M3YA 4CHZA 3QERA 1WSIA 4FK2A 3OYCA 4DFMA 4CHQA 2ATQA 4AILC 4CF2A 3MAQA 1L5UA 1WAFA 5HROA 3HPOA 5HLFA 3KD1E 3V1RA 5JS1A 3A2FA 4AHCA 1FXXA 2KTQA 4DLEA 1TK8A 4K8ZA 3LPUA 3WNEA 4HTUA 1C6VA 3P1GA 3NH0A 3WNGA 3TAPA 4BE1A 4AHRA 2HHWA 3CFOA 3SQ4A 4DG1A 3SV4A 2YNGA 4BDYA 4Z4FA 4CEQA 1J9AA 3VQBA 2BGGA 3IS9A 3UIQA 1VSJA 2NUBA 1GOCA 4DU1A 3MEDA 4KHWA 4FJ7A 1FKOA 4IBNA 4M3UA 4FJJA 3HT3A 4TSXA 4E7HA 2O4GA 1Y97A 4DFKA 3V4IA 2Y1IA 5HRRA 1DTQA 1KFSA 1ZBHA 5EU7A 3CM6A 2RKIA 4YFUA 3SUQA 4FLXA 1C1BA 3K59A 4O4GA 3JYTA 1HJRA 3V9ZA 3AA2A 3HYFA 4CJ3A 3RR8A 1SL2A 3LZJA 3V1OA 4DFPA 2HHSA 2I5JA 1XC9A 3OYLA 1IH7A 3TAEA 4PQUA 2KFNA 3QIOA 3MEEA 1RT4A 3CFRA 4FM1A 4DTXA 1NK5A 1RBRA 1TKXA 2IAJA 3KLGA 3SJJA 1S1VA 3RMBA 3H08A 4CGGA 1RBTA 3L2WA 1TL1A 3AVGA 3PX0A 4M3TA 1RCHA 4FJLA 1WLJA 2D0AA 4E1NA 4EP5A 1QE1A 1VSFA 4E7IA 3C6TA 3QESA 3QNNA 3CG7A 2BDPA 1J5OA 2OA8A 4RW6A 3NH2A 3IAYA 2XHBA 4CF0A 4E7LA 3O3HA 1T8EA 4PWDA 2HVHA 2A1SA 3KTQA 4ID5A 3VN5A 3RRGA 3WNHA 3HXMA 1YVUA 1UA0A 4CJTA 3SPYA 3VA3A 4FLTA 3LALA 4C8NA 3THVA 2D5RA 1N6QA 3HJFA 4E19A 4CEOA 2KZMA 2YNHA 4DTPA 3L2RA 3U6FA 2YHAA 4DF4A 1NK7A 3ZSRA 3VQQA 3O3FA 3L2VA 4QCLA 1SKSA 1YTUA 3TWHA 2JLEA 2P51A 1BIZA 3TAFA 3HSTB 3KJVA 4DQIA 4EZ6A 4K8XA 3P5JA 2P5GA 4B08A 3NAEA 3I0SA 1BHLA 1XI1A 5C42A 4OKEA 1U4BA 4OJRA 4AHUA 1SL0A 1RT6A 4FJIA 4BWJA 2IS3A 4CEFA 3LPTA 1NKCA 3T19A 3K5LA 1QSYA 4CEBA 4J2EA 4PY5A 3NF7A 4O55A 1ZYQA 3SQ2A 1B9DA 3TAQA 4B9NA 1KSPA 4KFBA 3SNNA 1LAVA 3LZIA 4E7KA 2R7YA 5J2MA 4GVMA 1C0MA 4ZTFA 3LAMA 4KHUA 3PUFA 1A5WA 4NCAA 1RDCA 1VSIA 2RF2A 3ASMA 5DK5A 1TKZA 1RTJA 4CK1A 3OYIA 2VWKA 3DI6A 1JXEA 4M45A 4RW9A 5KI6A 4DTMA 4B9LA 1Q9XA 2P1JA 3ULDA 1U47A 2HMIA 1HRHA 1BQMA 4DTRA 3AVHA 4I2PA 4FLUA 1WSFA 2XRIA 1D9FA 1D9DA 3HPGA 4E1MA 4FCYA 4FW1A 5C25A 2VG7A 2ZQBA 4RW8A 4OKKA 4FJKA 1N5YA 3NGZA 4DTUA 3M8SA 4CJ5A 3DMJA 4I7FA 3TANA 4LY7A 3TABA 4FLVA 3LWMA 3HL8A 2VG6A 3AO5A 1XHXA 3I0RA 4KTWA 2VG5A 3OY9A 4E7JA 3LP2A 1RT2A 4CGDA 4CHYA 3KK2A 5J2PA 4E0DA 4FM0A 3QO9A 4ELUA 4HUEA 2GV9A 3AVNA 4C8MA 1VSMA 5J2NA 1WNSA 3PY8A 1QS4A 1W0HA 4CJRA 3D0PA 1WN7A 2B5JA 4IFYA 1EKEA 1S1WA 1Z25A 5FRNA 4ELTA 4FK0A 2YNIA 1YT3A 1UWBA 4N76A 1LWCA 1XWLA 5HRPA 5CYQA 3S3MA 3NGIA 4DQQA 1LWFA 4GMJB 4OGCA 4Z4IA 3ITHA 4OLAA 1D5AA 1RBSA 4AH9A 4F3OA 1QHTA 1REVA 3V9XA 1T05A 2AJQA 1SUQA 1SV5A 1C1CA 4CECA 3OYJA 5HRNA 1FK9A 1RNHA 3ZT1A 4F2RA 2P5OA 3KK1A 3HK2A 1K6YA 1KLNA 1EP4A 4DTJA 3DLBA 1UAXA 3U3GA 4KB0A 1EETA 2X74A 4NYNA 1VSKA 3F9KA 1T7PA 2YHBA 1WSJA 3MXIA 4OKJA 3KIOA 1LV5A 3AVIA 1NK4A 3VQ8A 3BGRA 2IOCA 1F21A 1CZ9A 3VQ5A 2G8WA 4CESA 3PX4A 1X9SA 4IKFA 1JKHA 1GOAA 2Z1GA 3VQ7A 4CF9A 2HNDA 2VWJA 4DQSA 4HHTA 1TAUA 4E89A 3OYDA 2DTUA 1TGOA 2EHGA 3V6DA 4PUOA 4KTQA 4ID1A 1VSEA 3VQ9A 4CGFA 1JXBA 1KVBA 1NK8A 4H8KA 5HRSA 4J2DA 1HQUA 4W5RA 4DSJA 2IDOA 1R0AA 3VQCA 4KI6A 4DSKA 3ZSZA 5J1EA 4OPKA 3K57A 4NCBA 3LANA 4FXDA 1DTTA 3AA4A 4CEZA 4CF8A 1ASVA 3LWLA 1RTDA 4IG0A 5I3UA 4CJLA 1KLMA 4IG3A 1S1UA 2KW4A 4CJPA 3HVRA 3VQPA 4B9TA 2DFEA 4DF8A 3ALYA 3OVNA 3S3NA 2G8UA 3RWUA 1CXQA 1WAJA 3LP0A 1BCOA 1HPZA 3EY1A 2PY5A 4N5SA 3T3FA 4CJEA 1TK0A 4KHYA 3KLHA 4CEAA 4BACA 1NOYA 1O1WA 1BIUA 3LP3A 2X78A 4LSLA 1VSDA 1VRTA 4CEEA 1ASUA 2HB5A 4CJWA 4B9UA 4KB1A 4KAZA 4FJMA 4LSNA 4CFAA 1ZBLA 4B9MA 1JLAA 3ZSXA 1RTIA 3NFAA 2IGIA 1WSEA 3B6OA 3WNFA 4FM2A 3MECA 4CFBA 1J54A 1IKVA 3AVAA 2Y1JA 3DRPA 4C8LA 3SUNA 2WONA 1A5XA 1I3AA 3MXJA 4ICLA 4OGEA 4FJGA 3C94A 3ZT3A 3MEGA 4PA1A 3PX6A 4M3XA 1ZBUA 4N41A 4QOZB 3HVTA 4CK2A 4H4OA 3AA3A 4KO0A 4C8KA 3KKSA 5KRSA 3SUPA 2QKKA 1XHZA 3HPHA 3QEIA 1QSLA 1KTQA 4CHOA 1HYVA 3C95A 1D8YA 4AHTA 1BI4B 2D0BA 1UA1A 1S9GA 3LP1A 1QTMA 4GW6A 2HHVA 2X6SA 4KKOA 4CERA 1RDDA 3QEVA 4CJFA 4AHVA 2XY8A 2XY6A 3VQ4A 5HBMA 3SUOA 4KHNA 1FKPA 3L3UA 3ZSOA 2G8KA 2HHUA 4DLGA 3PV8A 3SYZA 1BCMA 1NJYA 3E01A 4Z4HA 3CM5A 1DLOA 3OS0A 2DFFA 5CY4A 3OYAA 1NK9A 1NJWA 2OZSA 2X6NA 1HQEA 3HO1A 2W42A 4HCBA 3QNOA 1RILA 3RR7A 1TKTA 1A5VA 2XY7A 1QSSA 1SL1A 3OYBA 1JLEA 3OYHA 2Q3SA 3RMCA 4W5NA 3DOKA 3EYZA 3AVCA 3CQ8A 5T7BA 1GOBA 2LSNA 2JGUA 4Q5VA 3OYKA 4BE2A 4FYDA 3ZSQA 2OPQA 4OVLA 4CK3A 1IO2A 2OZMA 3KD5E 4WE1A 2G8VA 4E3SA 4O44A 2RN2A 1TV6A 1VK0A 3QEXA 4EP4A 3MXMA 1RT3A 1QQCA 4M42A 1RDBA 2Z1IA 4Y1CA 3ISNC 4FJHA 3OYMA 4W5OA 3ZCMA 3AV9A 2HW3A 1HNVA 3NH1A 3OYGA 3G10A 4F3TA 2B4JA 2WOMA 4O0IA 3FFIA 1CZBA 4JRPA 1S6PA 2Z1HA 4CFCA 4MFBA 5JS2A 1U49A 4CJQA 3D45A 4Z0UA 1ASWA 4J2AA 1KVAA 2OPRA 4Y1DA 3V9UA 2HHXA 3NF9A 1BISA 1S6QA 4OLBA 4BE0A 3RTVA 1L3VA 5SZTA 1TAQA 1C0TA 4R5PA 3K58A 1UOCA 4CCHA 4ZHRA 3BDPA 4HUGA 1RBUA 3AVBA 3QEWA 3AVKA 4M3ZA 2ETJA 2YV0X 3NCIA 1JLCA 2GBZA 3NF8A 3DOLA 4CE9A 1CXUA 5CZ2A 3ZT2A 1NJXA 2FBTA 1X9MA 4FZYA 5FROA 4BDPA 1Q9YA 4HCCA 2PYJA 2KZZA 4LH4A 1JLFA 4Z4CA 2PYLA 4DU3A 2O4IA 2DFHA 1VSLA 3AVJA 4CEDA 3VQDA 2BE2A 4FJNA 4H4MA 1I39A 5SWMA 3O3GA 2QXFA 4XIUA 3OS1A 3NE6A 2YKMA 4CIEA 4W5TA 4DSIA 3OYNA 4L8RB 1IKXA 4DTSA 4MQ3A 1U45A 3TR8A 3L8BA 4DTNA 3OS2A 2QKBA 2HHQA 1JLBA 1S1TA 1NK6A 3OYEA 1NOZA 2F8SA 3SPZA 3AVMA 2FC0A 4CJ4A 4KHSA 2HNYA 1S1XA 1U48A 3DYAA 3DLHA 2E6LA 4CGIA 4B8AB 3IRXA 4CFDA 4JRQA 4DMNA 3SI6A 1G15A 4M3RA 1LAWA 2E6MA 3K5OA 4B9SA 2OPSA 4JLHA 1JL2A 4I9LA 1X1PA 1NJZA 2ZD1A 2XO7A 3G0ZA 4DTOA 5KRTA 2HHTA 3L3VA 4O0JA 3CYMA 3O4NA 3L2UA 4ELVA 5HP1A 4UQGA 1ZBFA 3DLRA 3EZ5A 2D0CA 3S3OA 4O5BA 4BDZA 1LW2A 1L3UA 1JL1A 1SKRA 4RW7A 4W5QA 2Z1JA 2DY4A 4RG8A 1RBVA 3QIPA 2KFZA 2YKNA 5FRMA 3AA5X 4QAGA 4CHPA 4KREA 3IG1A 3AO4A 4FJ5A 4FLZA 4FJ8A 4RW4A 2KQ2A 1KFDA 3TAMA 1J53A 4LH5A 3RMDA 4FJXA 1KVCA 4M3WA 3C6UA 4NYFA 4F4KA 2RPIA 4G1QA 3OJUA 4N56A 1BQNA 3SCXA 3M8QA 4AHSA 2FBXA 5E41A 3DLEA 3KLEA 3V9WA 4DS5A 4ZTJA 2G8FA 1HYSA 3VA0A 4CGJA 3JSMA 4DS4A 4JS4A 4OPJA 2HVIA 3SQ0A 1KRPA 1B92A 1KCFA 2FBVA 4DU4A 1SKWA 3KLIA 1VRUA 5K14A 3VQ6A 1CLQA 4IDKA 3OJSA 3HP9A 1U04A 4C8OA 4EZ9A 3AO2A 3AVFA 4YNQA 3M8RA 3TI0A 3RMAA 1S5JA 1EX4A 3S9HA 4FVMA 4B8CA 1ZBIA 1YTAA 5D3GA 1TL3A 4DFJA 2ZE2A 4KHQA 3L2QA 4JS5A 2BANA 2IC3A 4KI4A 1Q8IA 1VSHA 4CF1A 3T1AA 3K5MA 5FDLA 2E4LA 4KV8A 4HVJA 4DSEA 3V81A 3NGYA 3VQAA 2FBYA 3PO5A 5CZ1A 1S9EA 4B3OA 1HNIA 3K2PA 3SZ2A 5J2QA 1TKDA 1B9FA 4I2QA 2B6AA 2PZSA 4BWMA 3NHGA 4CJUA 3DLGA 1Z26A 1NK0A 3B6PA 4M41A 4N47A 2G8HA 1BL3A 4DSLA 2OPPA 5DMRA 3VQEA 3LDSA 4FK4A 1TVRA 3DM2A 3ZT4A 4B9VA 4FW2A 2G8IA 4CJSA 3QINA 3QETA 1BI4A 2F96A 3M8PA 2OYQA 5CYMA 4CHNA 1EXQA 1HMVA 4CGHA 1W9HA 3F73A 3RRHA 2XY5A 3ZSWA 5I42A 4KPYA 3TAGA 1JLGA 2EX3A 1C0UA 3K5NA 4FZXC 3P83D 5KTQA 3I8DA 1BGXT 4CIFA 5KGWA 3U3YA 2GUIA 2ITGA 3DRRA 3PO4A 3SV3A 4Z4GA 1LW0A 4FLWA 3NBPA 4LD0A 3ZT0A 3OYFA 3KLFA 3DRSA 1NKBA 3V1QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVLA 4RWTA 1TK5A 3ZSYA 1RT5A 4BRNA 5AQOA 3HP6A 5JLFA 5CHIA 1HYZA 4I9QA 1L3SA 1IG9A 4BC3A 4FJ9A 3MN5A 1WSHA 2QWOA 3VEOA 1BUPA 5EXWA 1NKEA 4U7BA 1RT7A 3DLKA 3CCLN 3S41A 3NDKA 3A0IX 3O4QA 4DWIA 2WC9A 4JD2A 1IKWA 2GX9A 3M5RA 3IMXA 1L3TA 1WSGA 1HJOA 5AQGA 4M3YA 4CHZA 3CCJN 4B3TK 4JV5K 3MAQA 2FW3A 4B3RK 3EZWA 1E4GT 3V1RA 3A2FA 4AHCA 1CZAN 1C6VA 2YHWA 5HOOA 3SAGA 3K2OA 1YITN 3SV4A 2YNGA 5LY3A 4Z4FA 3MN9A 5AQXA 3VQBA 3VESA 3IS9A 3MEDA 1GOCA 2ZF5O 5M1KA 4FJ7A 4IEEA 4TSXA 4E1JA 2HMPA 3WQUA 1OH5A 5EU7A 1VHXA 3G71N 4LF7K 1C1BA 4DR4K 3JYTA 4BGAA 5FPMA 3TAEA 2OCEA 2D0OA 4EHUA 1RBRA 2IAJA 5AQVA 4BVPA 4LFAK 1S1VA 5EY4A 1SS6A 4NLBA 1RBTA 2CGLA 3AVGA 2A41A 1RCHA 2D0AA 1QE1A 1VSFA 5E26A 3TJYA 3F5TA 2JWLA 4E7LA 4YOWA 2A1SA 2JHCA 1YVUA 3U9DA 1KC8O 1N8RO 2YNHA 4B1WB 4JEPA 2ZM6K 1NK7A 3ZSRA 3VQQA 2OTJN 2JLEA 3HSTB 4EZ6A 4CVNE 2P5GA 3VMFB 2P9SB 3JXUA 1MWKA 1SL0A 4FJIA 2IS3A 2QXLA 3UO3A 4H0VB 2A5XA 3GBTA 3CIPA 1ZYQA 1Q7YO 1KSPA 4KFBA 3GOIA 4GVMA 1C0MA 2D4WA 4NCAA 1RDCA 1SAZA 1VSIA 2RF2A 4CK1A 1RTJA 4Y0WA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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