3SPZA

Dna polymerase(l415a/l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupcpp opposite da (ca2+)
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3spzA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3spzA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3spzA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3spzA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3spzA03
4RW8A 4DU1A 1U48A 3LDSA 2E6MA 3LPTA 4JS5A 4Y1DA 4FJHA 1WSHA 1HJRA 2YNGA 1SKWA 1L3SA 3TWHA 4KHUA 4CGDA 1RT7A 4ID5A 4CEAA 1TK0A 1GOCA 4RW4A 5J1EA 2ZD1A 2D5RA 3PO5A 2DFHA 4E7JA 4E0DA 4DTPA 1S1XA 1NKCA 1C0UA 1RT5A 1S6PA 3DOKA 3F9KA 3H08A 4Y1CA 4B08A 1YT3A 3TAEA 2F8SA 3SV4A 3F73A 3NBPA 4GVMA 1R0AA 3L2UA 4Z4CA 1HMVA 1D9FA 4BDYA 2JLEA 4KTWA 2OA8A 4PWDA 3AVAA 4DQSA 3KD5E 4AILC 3EY1A 3I0RA 1N6QA 3K58A 4J2BA 4I2QA 4AHCA 1RBVA 1TVRA 2FC0A 4KB1A 2O4IA 2ITGA 3HXMA 1NJZA 4W5RA 5D3GA 4IBNA 1C1BA 4I2PA 1BI4A 3HPGA 3HJFA 2ZQBA 4CK1A 3ASMA 4DS4A 4CEQA 1L3UA 1Y97A 3JSMA 1QHTA 1IH7A 4FK2A 1S9EA 3CFRA 1WLJA 4F4KA 4DQQA 3VQ6A 1TAUA 2RF2A 4FLWA 4Z4EA 3SNNA 3V81A 4KPYA 1WAJA 3ZSVA 1QSYA 2G8VA 3C94A 4KV8A 1S6QA 1WSFA 2YNHA 2OPSA 3V1RA 3SCXA 1UOCA 1BI4B 3AO2A 3NH2A 1JLEA 1ZBHA 4FVMA 3NE6A 3NAEA 3L8BA 4FLYA 1RDCA 3ZSRA 3PO4A 1EX4A 3DLRA 3TABA 4FJ5A 1QS4A 2B4JA 2BGGA 4AHVA 4DSFA 1Z25A 4CERA 4E3SA 2B6AA 3G10A 1CLQA 1J54A 1O1WA 2FBYA 4CJEA 3OYAA 4BWMA 4RW6A 4W5NA 4YNQA 4KAZA 4KHYA 1ASWA 1VRTA 3KLFA 3KLEA 4BDZA 4N47A 3QNNA 3U3YA 1VSLA 1BQMA 4TSXA 1NJXA 4CIFA 4OKKA 4ELUA 4IFVA 3IAYA 3TAGA 4CJKA 3ITHA 4FYDA 4CEBA 2F8TA 2E4LA 1S9GA 1YVUA 2XO7A 4CJUA 5HP1A 1LAWA 2GBZA 3VQPA 3I8DA 3L2RA 1TKDA 2KZZA 1D8YA 1JLFA 4OKJA 3VQAA 4DF8A 4CEDA 1U47A 5FRMA 3SQ0A 1DTQA 2Z1IA 3CQ8A 4NCAA 3ALYA 4DQPA 1J9AA 5C24A 4M3ZA 4KKOA 4FJ9A 4M3WA 1NJYA 3VA3A 3RTVA 4CGFA 2HNZA 3VQDA 4KHQA 3D45A 4KI6A 4CFDA 1Z26A 4DTUA 3OYHA 1HQUA 4HVJA 4HHTA 5HLFA 4B9SA 2OPQA 4B3OA 3ZSZA 4Z4GA 2HHQA 2ATQA 2QKKA 4DTOA 1TKXA 1WSEA 2P51A 4EZ9A 4B9LA 3QERA 5J2QA 1QSSA 2YNIA 3AO1A 3AV9A 2XHBA 1TL1A 3E01A 5CZ2A 1VSHA 4W5QA 4M3XA 3K5MA 2HHWA 5SZTA 2Y1IA 4DQRA 3RMAA 1JLGA 3P1GA 1LW0A 1W9HA 3C6UA 1JLCA 3OYCA 3RMBA 2D0AA 2D0CA 1JLBA 4LH4A 2DFFA 3CM5A 4OPJA 1DLOA 4GMJB 3QINA 4CJWA 3OYFA 1L3TA 3SPYA 1HYZA 3S3OA 4HUGA 4FJ8A 4DMNA 2OPPA 4CCHA 4N76A 2FBVA 1NKEA 3D0PA 4E7IA 1XHZA 3KLGA 3HPOA 1BL3A 2FBTA 2P5OA 1T7PA 4FJMA 3LPUA 4Z0UA 1CXQA 2R7YA 1NK9A 4DQIA 1EXQA 1NKBA 3ZT1A 1A5XA 1RT3A 2IC3A 1NK8A 3LWMA 4DWIA 4LD0A 3AO3A 1D9DA 3DRSA 3OJSA 2HMIA 1RT1A 4E7KA 4DFKA 4FK0A 1RDDA 4MQ3A 3PX4A 4C8MA 4DSJA 4DTJA 1IO2A 2Z1JA 3U6FA 4ELTA 4FM1A 3MXIA 2QKBA 2HHVA 2JGUA 4IDKA 4LSNA 1T8EA 3IRXA 2VG7A 2KFNA 1SV5A 3OVNA 3V9ZA 2G8WA 4DTRA 3UIQA 2HB5A 2RPIA 3HSTB 3AVJA 4IKFA 4Q0BA 3KK2A 3HPHA 3VQ8A 1VSJA 3VN5A 1RTJA 3RRHA 3V4IA 1LV5A 3SQ1A 1RT4A 3PV8A 3AVMA 3S3NA 4E89A 5J2NA 4RG8A 1FXXA 4DFJA 2G8KA 1CXUA 3MEGA 5J2PA 4M3UA 2XY6A 4CJPA 4B8CA 2IS3A 3AVBA 2YNFA 2AJQA 3LP0A 1KTQA 2EX3A 1VRUA 1KVBA 3IS9A 4DTMA 1BIUA 4KHNA 1C1CA 3TAMA 4JRPA 1XI1A 3RRGA 1TL3A 3TAPA 1S1UA 1YTAA 1IKVA 2XY8A 1JXEA 2HNYA 3DRRA 3V1OA 1X9SA 4NYNA 4CEFA 3LALA 4J2EA 4DF4A 5JS1A 3O4NA 4DTXA 4FW2A 4FJIA 4N56A 1LWEA 4DLGA 2G8FA 4FZXC 4DTNA 3RMDA 2OPRA 4Z4HA 3RR8A 2X6NA 1BHLA 4OGCA 1RT2A 1RTDA 1B9FA 4B9NA 1RBRA 1MU2A 5KRSA 1WN7A 3THVA 3PX6A 3T1AA 1I3AA 3O3HA 3VQ7A 4FJLA 3NGYA 3HP9A 1QQCA 2VWKA 2GUIA 4HCCA 3DRPA 2ETJA 1HYVA 3ZT4A 4CF8A 1KFDA 4O44A 4ICLA 4W5OA 3SJJA 4CJQA 2O4GA 1RNHA 1TGOA 3NF8A 4CJVA 5CYQA 1FK9A 1Q9XA 4KTZA 2IGIA 4CF0A 4EP5A 3NFAA 3MAQA 3LP1A 2KTQA 4B9UA 5C25A 4E19A 3QEVA 3AA3A 4DSKA 4OGEA 4RW7A 2PYJA 4FJ7A 1IKYA 2G8HA 4AHTA 3KJVA 1RBTA 1NK5A 4DU4A 5T7BA 3DLBA 4AHRA 1FKOA 1ZBFA 3VQ4A 3OYDA 3CYMA 3K57A 2YKNA 4KFBA 5C42A 3KD1E 1DTTA 3SUQA 3DLEA 5SWMA 1S5JA 4AHUA 3DM2A 3EYZA 3NGZA 3HL8A 5HRSA 4IG3A 4RW9A 5E41A 2W42A 4DFPA 4O5BA 1LAVA 1X9WA 5FDLA 4QCLA 1JLAA 3SUNA 2WOMA 1NK0A 1RBUA 3DYAA 1RTHA 1EETA 3HVTA 3U3GA 3LWLA 1Q8IA 4K8ZA 3AVKA 1RILA 1WSIA 3NGIA 3AVIA 4I7FA 4O55A 1TKTA 1VSKA 2D0BA 5CYMA 1U45A 1NOZA 3QIOA 4ZTJA 1VSDA 3SYZA 1FKPA 3ZSQA 2A1RA 4AH9A 1U04A 3NF7A 3AVCA 4GW6A 3OYJA 3V9SA 4E7LA 4B9MA 3M8PA 1X1PA 4C8LA 4KHSA 2Z1HA 4AHSA 4CJ4A 4BACA 4L8RB 4DS5A 3KLHA 4FK4A 4C8NA 5CY4A 4W5TA 3T19A 2XY5A 1VSMA 1JL1A 2VG5A 1BCOA 4KI4A 3SQ4A 4FJJA 1WSGA 1BCMA 1NK7A 1T05A 3SPZA 4BDPA 3C95A 5FRNA 4H8KA 4F8RA 3TI0A 4KREA 3OYKA 4E7HA 4ZHRA 2OYQA 4F2RA 3KK1A 5KGWA 1HRHA 4FJNA 4CEZA 1KSPA 1VSIA 4CFCA 2DFEA 3QEIA 1VSFA 3V1QA 2NUBA 3QEPA 3OYGA 5JS2A 3VQQA 2KFZA 4G1QA 3OYEA 3MXMA 4PUOA 4B9TA 3LAKA 4M45A 4K8XA 4E1MA 1QTMA 1KRPA 4CF9A 4R5PA 3ULDA 3HYFA 4ZTFA 1A5VA 3SUOA 2Z1GA 4FLUA 4CJLA 4CJTA 1VK0A 1EKEA 4CECA 2HHXA 4BE2A 4O4GA 4WE1A 3L3VA 3IG1A 1LW2A 3LP2A 4JS4A 3AA4A 1ASVA 1S1VA 3SQ2A 3MXJA 1W0HA 3VQEA 4BWJA 4CGGA 3PX0A 1GOAA 3OY9A 1TK5A 3OS2A 3NCIA 4LH5A 3PY8A 1HYSA 1EP4A 2OZSA 3G0ZA 3AO5A 3FFIA 3I0SA 3ZT0A 5CZ1A 2RKIA 3OS0A 3AVHA 3OYNA 4DU3A 3V9WA 4FLZA 4HCBA 1KVCA 3LP3A 3CG7A 1ZYQA 4JRQA 1RCHA 4DG1A 3M8QA 1NK6A 3AO4A 3L2WA 4DTSA 2X78A 4H4OA 3QO9A 1KFSA 2G8IA 3AVFA 2BDPA 1RT6A 4JLHA 3VQ5A 3QETA 4NCGA 3L2VA 1L5UA 2HNDA 1C1AA 2E6LA 3M8SA 4HTUA 3L3UA 3K59A 4BE1A 3CFPA 2ZE2A 1RTIA 4CGHA 4CJFA 4CHZA 5I3UA 2HHUA 2A1SA 3DI6A 3V9UA 3QEXA 3SZ2A 1NJWA 3QLHA 3LAMA 4IG0A 3KIOA 2KQ2A 2B5JA 2WONA 3ZSYA 4PQUA 3ZSXA 4NYFA 3OYLA 3HM9A 2VG6A 4DSLA 2QXFA 2GV9A 4IFYA 4OPKA 3O4QA 1Q9YA 3AA2A 3TAQA 2X6SA 4CIGA 2HHSA 1D5AA 3O3GA 2BANA 4CGJA 2XRIA 4CJ5A 3K2PA 3HO1A 1CZBA 1HNIA 1IKXA 1F21A 1K6YA 4CFAA 2RN2A 4KB0A 4N5SA 4EZ6A 2HW3A 3EZ5A 4F3TA 1QE1A 3K5LA 4HUEA 4YFUA 3VQCA 3V9XA 3KKRA 1YTUA 4Z4IA 4BE0A 2VWJA 3B6OA 3DLKA 3QNOA 2LSNA 1UA0A 1I39A 1X9MA 1SKSA 4CFBA 4I9QA 4CGIA 4KTQA 2IAJA 3CM6A 1SKRA 3HK2A 3ZSOA 1ASUA 1KLMA 3B6PA 1RDAA 2DTUA 1GOBA 3T3FA 4MFBA 3QEWA 4CHOA 1RDBA 1TKZA 2BE2A 2KW4A 3WNFA 4E1NA 4CHYA 3TANA 2PYLA 3BGRA 1BISA 2QK9A 4KHWA 3LANA 2G8UA 1JLQA 3SUPA 1XHXA 5HRPA 4J2AA 2YHAA 2XY7A 4FJKA 4M41A 3MECA 3ZCMA 1BGXT 4O0IA 1TK8A 1BIZA 3KLIA 3QESA 4FW1A 4M3YA 1TV6A 3NF9A 2Q3SA 3M8RA 5DK5A 4CJRA 2Y1JA 4CE9A 4HUFA 5KI6A 1UA1A 3RWUA 2IOCA 1B9DA 4FCYA 1N5YA 4C8OA 1REVA 1J53A 1L3VA 1IKWA 4KO0A 5KGXA 1WNSA 3NF6A 1SL1A 4Z4FA 1XC9A 2IDOA 3KKSA 4FLVA 3AVNA 1XWLA 4M42A 3K5NA 4FM0A 4OLBA 3VQBA 4LSLA 3NHGA 1CZ9A 1UWBA 1IG9A 2YV0X 3AA5X 1J5OA 3NH0A 3OYBA 1HQEA 2KZMA 3ZT3A 4CESA 4Q5VA 3O3FA 1ZBIA 4OKEA 3L2QA 5DMRA 1QSLA 3WNGA 3OJUA 1C0MA 2F96A 3WNHA 1WAFA 3S9HA 4F2SA 4FM2A 4LY7A 4I9LA 3S3MA 4DFMA 4J2DA 5J2MA 4FZYA 3ZT2A 3RMCA 1LWCA 4M3RA 4UQGA 2OZMA 5HRNA 1SUQA 1TAQA 2FBXA 3OYIA 4CF1A 3V6DA 4CF2A 2YKMA 3A2FA 1U4BA 3BDPA 3RR7A 1SL0A 4DSEA 3SI6A 1JXBA 2X74A 1G15A 1C0TA 4KRFA 4O0JA 3KK3A 3C6TA 1S1TA 4XIUA 1ITGA 1A5WA 4ID1A 4CJ3A 5I42A 1LWFA 3HT3A 2PZSA 4ELVA 4PY5A 4OLAA 4CEOA 1VSEA 3TR8A 2I5JA 3PUFA 1U49A 1KCFA 4OVLA 3ISNC 2EHGA 3HP6A 3CFOA 4CK2A 4CHQA 1HPZA 4CJSA 3AVGA 3TARA 1KVAA 4FLTA 1UAXA 3VQ9A 3P5JA 4FXDA 1C6VA 3ZSWA 4QAGA 3WNEA 3OYMA 3NH1A 1BQNA 2PY5A 4EP4A 3DLGA 1SL2A 3VA0A 5K14A 4N41A 2P5GA 2DY4A 4FZZA 3MEEA 3AVLA 4NCBA 3P83D 4QOZB 1HNVA 4B8AB 5HRRA 3QIPA 5KRTA 3HVRA 4M3TA 3LZIA 3KTQA 4FJXA 1JL2A 1RBSA 1WSJA 3JYTA 5FROA 1ZBLA 4FLXA 4DSIA 3K5OA 2P1JA 4OJRA 4PA1A 3DOLA 5KTQA 3OS1A 5HROA 3DMJA 4DLEA 4FJGA 5EU7A 2HVHA 4CIEA 2HHTA 2HVIA 1B92A 3MEDA 1T03A 3NDKA 4CEEA 1KLNA 1ZBUA 4CHPA 1NOYA 3DLHA 1S1WA 5HBMA 1JKHA 4CK3A 3LZJA 4B9VA 3TAFA 1NK4A 4C8KA 3SV3A 4CHNA 4F3OA 4H4MA 2YHBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3TPQA 3FE1A 3AO3A 2GTDA 3LL3A 2OTLN 4E7KA 3L2OB 5TKWA 3L1NA 4I6MB 1IO2A 2QEXN 2Z1JA 4ILHA 3WXIA 2JGUA 1T8EA 4A5AA 2CGLA 3DXKA 1SV5A 5AQMA 3V9ZA 2FSNA 2RPIA 1RDWX 4Q0BA 3VQ8A 1VSJA 4XH4A 1RTJA 3SAHA 3A5LC 3V4IA 2OVRB 2P1MB 1RT4A 2D0PA 3PV8A 1EQYA 4CI6A 3DXKB 3H1VX 4DFJA 2G8KA 2XY6A 1KTQA 1XC3A 1XI1A 1YTAA 1IKVA 1JXEA 3VEOA 5CHIA 3GOIA 4I6JB 1LWEA 5KQDA 4DTNA 1U2VA 1BHLA 1RT2A 1WN7A 1I3AA 4BRLA 3FZLA 4HCCA 2YJFA 2ETJA 1U2VB 3ZT4A 4PKHA 4JKAA 4CJQA 1MA9B 3FLCO 3P39A 1FK9A 2KTQA 3UKRA 4BRQA 4OGEA 1IKYA 3MN6A 5BRDA 3ENHA 5AQLA 4AHRA 1OH8A 2HOEA 4C1NI 1ESVA 4BR4A 5EY4A 1YJNN 4KFBA 4DR6K 4EAHD 1DTTA 3UKRB 3EYZA 3DM2A 3NGZA 4MO4A 1HX1A 3QFPA 4RW9A 1J6ZA 4O5BA 3SUNA 4XH1A 1Q8IA 1XNQK 3AVKA 1E4FT 1RILA 1WSIA 3O5BA 1XVGE 4I7FA 4RNGA 4RCHA 4YDUC 5CYMA 1NOZA 3BP8A 3J80O 2A1RA 4AH9A 3F2KA 2I7NA 4GW6A 3MWTA 4AHSA 4L8RB 3WXLA 4FK4A 4C8NA 1VQ6N 4W5TA 4AKIA 2JWKA 1BCOA 4FJJA 1WSGA 2VJ5A 4BDPA 1WOQA 1W2BM 4F8RA 3DAWA 3U8XA 3P31A 1HRHA 4DB3A 3GE1A 1MWKA 3V1QA 2NUBA 3OYGA 4BRIA 3JS6A 5JS2A 3VF6A 2H4TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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