3KD5E

Closed ternary complex of an rb69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic gmp terminated primer template pair and phosphonoformic acid.
Total Genus 296
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
296
sequence length
905
structure length
905
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKWVSQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQMALKVTCNSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C
publication title Phosphonoformic acid inhibits viral replication by trapping the closed form of the DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 296
structure length 905
sequence length 905
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
E PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3kd5E05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3kd5E01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kd5E02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3kd5E06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3kd5E03
3QEWA 1TKTA 3L2UA 1HRHA 1JLAA 4Q0BA 3RRGA 4ZHRA 4DTRA 1GOAA 1WLJA 4YNQA 4N5SA 1KTQA 1NKEA 3RTVA 3QEVA 4ZTJA 3DRRA 3L2QA 1KCFA 4K8XA 2WOMA 4CJ3A 4CHYA 3AVMA 1IG9A 3WNFA 4UQGA 2XY5A 3OYFA 4KHQA 4OJRA 3KK3A 4FK2A 2E6LA 4JS5A 2PZSA 4F2RA 1UA1A 2ZE2A 2G8UA 4F2SA 4KHNA 1S1VA 1Y97A 3FFIA 3MEEA 5KI6A 1S1WA 4FJNA 4CECA 1YT3A 3IG1A 4I7FA 5C24A 4NCGA 4CEQA 4FJHA 4CHPA 3K59A 4R5PA 1XWLA 3AVLA 2XY8A 3NF7A 2X6SA 3QO9A 3VQ9A 5DMRA 3NF6A 1MU2A 4W5RA 4G1QA 3DMJA 5HBMA 1LW0A 2P51A 2VG7A 2YKMA 4H8KA 1ZBLA 1NKBA 4OGEA 3OYDA 1C1BA 1KLMA 3G10A 3V9XA 1BCMA 1J54A 2DFFA 4CHQA 4LSNA 4KHSA 3O3HA 2PYLA 4AHTA 1C1AA 3ZSXA 4KI6A 4DTMA 3HSTB 3NF9A 4CF8A 1YTAA 2VWJA 4DTJA 1TV6A 3VQCA 4F8RA 4B3OA 3AVGA 1LV5A 4DQIA 1BQNA 1X9MA 1KVCA 4C8KA 4QCLA 3OYNA 3LWMA 1FK9A 4N47A 5HLFA 1VSKA 4DTNA 5J2NA 1QQCA 3HM9A 3L3UA 3SJJA 2OA8A 1RT6A 2OPRA 5J2PA 4FW1A 3ISNC 2G8VA 1SKRA 3AVBA 1W0HA 3LZJA 1CZBA 4FLYA 1CXUA 5EU7A 1VSEA 4FZYA 1EKEA 1EETA 4QAGA 4CJQA 3V9UA 3RMCA 1HYZA 2EHGA 4CGDA 4W5NA 4ELVA 3ULDA 3ZSZA 4DSKA 3KK1A 3DLKA 4CIEA 3ZSQA 1UWBA 1N5YA 1NK0A 4KHWA 2VG6A 4FJGA 4CJ5A 2X6NA 2G8HA 2HW3A 3SUPA 4RW4A 3QLHA 3JSMA 2RF2A 3CYMA 1TKXA 3QESA 1CLQA 3AA2A 4RW7A 3AA3A 4CGGA 5KRTA 2HVIA 3OS2A 4XIUA 3NAEA 4WE1A 1RILA 4KHUA 1Q8IA 1TL1A 3OYLA 3IRXA 4CCHA 5K14A 3HO1A 3M8QA 3KKRA 1VSDA 3M8SA 4HUGA 4IDKA 3T19A 3LZIA 2DY4A 1EX4A 1S6PA 3DLEA 4QOZB 2D0AA 1UOCA 3K5LA 1NK5A 1C6VA 1XHXA 3MECA 3WNHA 1C0MA 4AH9A 3ZSYA 3EZ5A 3U3YA 4AHVA 3SZ2A 3VQ4A 4BDPA 1TK0A 4E1MA 4CIFA 3OJUA 4KI4A 4W5OA 1T05A 4E0DA 1NJYA 3D0PA 1A5WA 3V9SA 1S1TA 4DTXA 3CFPA 1D9DA 3VQDA 1Q9YA 1S9EA 4BDYA 3OYCA 1RDCA 4AHCA 3AVCA 1NK7A 1XI1A 4DQQA 2HHWA 5I42A 4KKOA 4DU1A 4OPKA 4C8NA 4BE0A 3KLEA 3QEXA 1R0AA 4CGFA 2G8WA 4HUEA 5T7BA 3V9WA 4F4KA 1B9FA 3V1RA 1JLQA 4B9LA 1NOYA 4DSLA 1Z25A 1A5XA 4KB1A 1QSSA 4M3ZA 4B9MA 2DFHA 1KFDA 4YFUA 3HL8A 3ZSVA 2X78A 4RW6A 1SL1A 4FJIA 1RT1A 3SQ2A 3O3FA 3KLGA 4DQRA 1L5UA 1CXQA 2DFEA 4B9SA 4KAZA 1DLOA 4EP5A 4CEBA 1RT4A 1KLNA 1WSEA 3TAMA 2HVHA 3B6PA 3K5MA 4H4OA 4ZTFA 2I5JA 4IFVA 3DOLA 1RCHA 4IG3A 3OYIA 4Z0UA 3V1OA 5J2QA 1L3UA 1IKXA 1NJXA 2WONA 2NUBA 2HHSA 1RNHA 2G8KA 3LANA 3NGIA 2Z1GA 4JRQA 3HVTA 4CERA 5KTQA 1RTIA 1C0TA 3L2VA 4IG0A 4IFYA 3SV4A 2PY5A 4F3TA 3S3OA 1RTHA 3AVHA 3I0RA 1XHZA 3VQ5A 4DWIA 4E7HA 2E6MA 2Z1JA 4CJSA 3TI0A 4DFKA 4JRPA 4KRFA 1BISA 1VRTA 3H08A 2XY6A 3HXMA 1NJZA 1QSLA 2Z1IA 3QEPA 3V4IA 1U48A 4CJUA 3M8PA 4HTUA 4FJ7A 5C25A 3LDSA 4J2AA 4BWMA 4PA1A 2OYQA 2JGUA 3NGYA 4AHSA 1L3SA 2YHBA 1VSFA 1RT3A 1WSHA 3TABA 2QK9A 1HJRA 3ZT1A 4B9TA 4KHYA 1U4BA 3QERA 1ZBUA 1NKCA 4E7KA 4I9LA 1SL2A 2F96A 2BGGA 4K8ZA 4Y1DA 1DTQA 4J2BA 1BIUA 3ZSWA 4PWDA 3MXJA 4E89A 5HROA 1RBVA 2IC3A 2ZD1A 3ZSRA 4CJ4A 2FBTA 3PX0A 3KLHA 3OJSA 3VQPA 3PX4A 4ELTA 4CJRA 3A2FA 1TVRA 3LAKA 3P1GA 4O0IA 3BDPA 3V9ZA 4CJPA 5D3GA 3CFOA 5HP1A 1WSGA 3C94A 2HNZA 2D0BA 3S9HA 2OZSA 1VSHA 3KIOA 3K5OA 4CF0A 4CF1A 3K58A 1NK6A 3RR8A 1ITGA 3L2WA 4NYNA 4CJVA 4HHTA 2YNFA 3QETA 1ZBFA 2YV0X 4CGHA 2KFNA 4B8AB 1JLFA 3ALYA 4LD0A 4CEAA 1L3TA 3DLHA 2KTQA 2AJQA 3NDKA 1KSPA 2RPIA 1TAUA 5CZ2A 2HB5A 1NK8A 1T7PA 3V6DA 4M41A 3TAGA 3LP2A 1TKZA 3SNNA 2YNIA 3S3MA 1RBUA 4JLHA 4N76A 3RMAA 4CEZA 1SUQA 3V81A 4C8LA 4BE2A 5JS1A 3VQ7A 3P83D 1RBRA 1DTTA 3PO4A 4CF9A 1RDAA 2BANA 4W5QA 2F8SA 4BE1A 1TKDA 2GUIA 2KZMA 4OKEA 3AO4A 4TSXA 4FXDA 3NCIA 3NGZA 3SQ0A 4FJJA 1D5AA 3V1QA 3SPZA 3ZCMA 4OLAA 3KK2A 1BI4A 1JLGA 4L8RB 1ASVA 4ELUA 5CYMA 1ASWA 2P1JA 1NK9A 1T8EA 4CFBA 1SKSA 1Z26A 3OYGA 3OYAA 3I8DA 4CHNA 3VQAA 1HQEA 4O4GA 5HRNA 2P5GA 4LH5A 2ETJA 3AO5A 4CJEA 3LWLA 3MXMA 4E1NA 4DSJA 3CQ8A 2HNDA 3IAYA 5FDLA 3O3GA 3HP6A 4DTSA 3DRPA 4FJLA 3RWUA 4N56A 1BI4B 3AO1A 1SL0A 4CFAA 3NH0A 4BACA 4Y1CA 1GOBA 4I2PA 3U3GA 3TWHA 1NOZA 4M3WA 4FCYA 4PUOA 4DLEA 2GV9A 3NH2A 4I9QA 1ASUA 1LW2A 3MEDA 3QEIA 4J2EA 4GVMA 4OVLA 4CEOA 3OYJA 2W42A 1X9SA 4DQPA 4KTWA 1FXXA 4DU3A 4DTOA 3CM6A 3ZT2A 2E4LA 3L3VA 4DSIA 5C42A 1JKHA 2BDPA 1JLCA 4CK3A 4DS5A 4DFMA 3THVA 4HCBA 2RN2A 3K5NA 2HMIA 4RG8A 1HMVA 4FZZA 4CJFA 2OZMA 5FRNA 2G8IA 1I39A 4FW2A 5CYQA 3AVNA 3AVAA 2IAJA 1HQUA 4B08A 4FLTA 1VSIA 1T03A 1ZBHA 4CFDA 3SV3A 3QIOA 2A1RA 3OY9A 1ZBIA 3WNEA 4DTUA 3OS1A 3HVRA 4GW6A 1JLEA 3KD5E 4FM1A 2EX3A 2YNGA 2VG5A 3HJFA 1TGOA 3UIQA 1TAQA 3ASMA 3D45A 2ZQBA 4DLGA 1EXQA 4CJTA 1U04A 3AVJA 3O4NA 3NF8A 4Z4HA 1BGXT 3HP9A 4C8OA 4O44A 1TK5A 4CEEA 2XRIA 3F9KA 3OYKA 3AVIA 5CZ1A 3TAEA 4KTZA 1ZYQA 4NCAA 1LWFA 3MEGA 2B6AA 1UA0A 1K6YA 4CGIA 1RT5A 3SUQA 1IH7A 3ZT4A 4CHOA 3BGRA 1S5JA 2D5RA 3SQ4A 3DRSA 1B92A 3LP3A 4B9UA 4M3UA 1O1WA 3VQEA 3L8BA 1WAJA 1HYSA 4OGCA 4E19A 1VSLA 4FJ9A 1HYVA 1BCOA 1HPZA 3HPHA 3M8RA 2HHQA 3QNNA 4FJXA 1WNSA 4O55A 4M45A 4CF2A 3OS0A 3EY1A 4Z4EA 4M3YA 3SQ1A 1LAWA 3NHGA 1A5VA 3LP1A 3QIPA 2D0CA 1I3AA 3TR8A 3SYZA 1U45A 1L3VA 4Q5VA 3PO5A 3KKSA 3DOKA 3MXIA 1SV5A 4CE9A 4DFJA 2DTUA 4E7IA 3EYZA 1RDBA 4B8CA 2JLEA 4JS4A 4CJWA 3C6UA 3VA3A 3AV9A 1QSYA 3AO3A 2Y1JA 4M3XA 5KGXA 3SI6A 1RBSA 3HPOA 1NJWA 5HRSA 4FJKA 3KJVA 1YTUA 2FBYA 2Y1IA 3ITHA 4FJ5A 1VSJA 4DSEA 4B9VA 3QINA 3KLFA 5J1EA 1C0UA 1UAXA 1JXBA 3O4QA 4J2DA 4ID1A 2Z1HA 5SZTA 3CM5A 2HHTA 1IKVA 1VSMA 3AA4A 4FK4A 2OPQA 3DM2A 3HPGA 1RT2A 1C1CA 4FLXA 1KVBA 1WSFA 1IKWA 4CESA 3VA0A 5J2MA 1HNVA 1QS4A 4FLUA 2IDOA 1QTMA 1RT7A 3HK2A 2ATQA 3LPTA 3KLIA 4C8MA 3U6FA 1TL3A 3PV8A 2IS3A 4AILC 3I0SA 4CJLA 1NK4A 4DFPA 4FZXC 4OLBA 4LY7A 1F21A 2FBXA 4GMJB 3K2PA 1BQMA 4F3OA 4DF4A 2FC0A 3DYAA 4HUFA 1D8YA 4DS4A 1BIZA 1WN7A 3TAQA 3K57A 3T3FA 4N41A 4FM0A 4OKKA 1WSJA 4CEDA 5HRPA 2BE2A 3WNGA 1LWCA 2IGIA 4LSLA 3S3NA 3L2RA 4CEFA 2O4IA 2F8TA 1SKWA 1D9FA 1Q9XA 1WSIA 3PX6A 2KQ2A 1IKYA 3LAMA 1J53A 5KGWA 3AVFA 3NH1A 2XY7A 4OPJA 2HHUA 4PQUA 3E01A 5JS2A 4W5TA 2QKBA 4MFBA 3F73A 3AO2A 3OYMA 3RMBA 3RRHA 5HRRA 3IS9A 2X74A 3VQQA 1LWEA 3B6OA 3LALA 1RDDA 3OVNA 4RW9A 4BDZA 4KPYA 4FVMA 4E7LA 1KRPA 4FYDA 5CY4A 3SCXA 3DLRA 2LSNA 1BL3A 2R7YA 1VK0A 3DI6A 3ZT3A 3TANA 3PY8A 4B9NA 4DG1A 4PY5A 1JL1A 2YHAA 1KFSA 4OKJA 4CIGA 5SWMA 3P5JA 1JL2A 4DQSA 3OYBA 2G8FA 1CZ9A 3KD1E 2OPPA 1LAVA 4DU4A 3HT3A 4EZ6A 3QNOA 4KFBA 4FLZA 3MAQA 2XHBA 3OYHA 1G15A 4DSFA 1QE1A 2ITGA 2GBZA 4EP4A 4KREA 3NBPA 2HNYA 3AA5X 4CFCA 3HYFA 4M42A 1VRUA 2HHVA 3PUFA 2KW4A 1JXEA 1RTJA 4FK0A 4CK2A 1J5OA 4MQ3A 4HVJA 3C95A 1KVAA 4E3SA 3VQ8A 5FRMA 1GOCA 2RKIA 2VWKA 4IBNA 3RR7A 1HNIA 1X9WA 2QKKA 1TK8A 4M3RA 4DTPA 1QHTA 1S1XA 2A1SA 3C6TA 3CG7A 1FKPA 2XO7A 4HCCA 1XC9A 4O0JA 3VN5A 5KRSA 1IO2A 4CGJA 4CHZA 4FM2A 3RMDA 1YVUA 2IOCA 1N6QA 4Z4CA 1J9AA 1W9HA 4CK1A 4Z4GA 1B9DA 4LH4A 2Q3SA 4E7JA 2KFZA 3SPYA 3NE6A 1S6QA 2YKNA 4ICLA 1S1UA 3T1AA 4Z4FA 1EP4A 4KO0A 4O5BA 4BWJA 4AHRA 4KV8A 3NFAA 4ID5A 3SUOA 2P5OA 4FLWA 1FKOA 1S9GA 1RBTA 3DLGA 5FROA 3VQBA 3OYEA 4AHUA 2QXFA 3AVKA 2B5JA 4H4MA 4KB0A 2YNHA 5DK5A 1REVA 5E41A 3TAPA 4IKFA 3LPUA 4M3TA 4I2QA 3KTQA 4RW8A 4EZ9A 4KTQA 4NCBA 3SUNA 5I3UA 2B4JA 1U47A 4FLVA 1BHLA 4Z4IA 3TARA 2OPSA 1X1PA 3LP0A 4NYFA 3ZSOA 1U49A 1WAFA 3CFRA 4CJKA 2PYJA 2O4GA 4DF8A 4DMNA 3DLBA 3ZT0A 2HHXA 1JLBA 3TAFA 4FJ8A 4FJMA 3G0ZA 3JYTA 2FBVA 1RTDA 2KZZA 3VQ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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