3KD5E

Closed ternary complex of an rb69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic gmp terminated primer template pair and phosphonoformic acid.
Total Genus 296
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
296
sequence length
905
structure length
905
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKWVSQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQMALKVTCNSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFSA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C
publication title Phosphonoformic acid inhibits viral replication by trapping the closed form of the DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 296
structure length 905
sequence length 905
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
E PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3kd5E05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3kd5E01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kd5E02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3kd5E06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3kd5E03
1TVRA 4G1QA 4O4GA 2QKBA 3IAYA 3OYLA 4KHQA 5CZ1A 1REVA 1XHZA 1RBTA 3KLIA 1L3VA 1KSPA 2OPSA 4E3SA 4FK2A 3IS9A 4Y1CA 2QK9A 2HHXA 2G8KA 2DY4A 3AVJA 1RBVA 4M3XA 3AVLA 4W5NA 1RT4A 1UAXA 4FJXA 4XIUA 3HVRA 4CIEA 4KB1A 3DLGA 3DYAA 4F2RA 3RRHA 1FKOA 3ZSWA 4M41A 1CXUA 4ICLA 3QEWA 4FLZA 4FLXA 2O4GA 4DWIA 4KB0A 1R0AA 4ZHRA 4CJTA 4CFDA 1WSIA 3LP1A 4FJ7A 4CIFA 1SL2A 1C0UA 2IDOA 2ZD1A 3AO4A 2Z1GA 1O1WA 1BQMA 1JKHA 3C6TA 4CK1A 3AVAA 3O4NA 3VA3A 3MEDA 3G0ZA 3AVKA 3KKSA 1ASVA 4H4OA 4Y1DA 2Y1IA 1GOCA 1S6PA 4DTNA 3MXJA 2DFEA 4Z4FA 2YNFA 3H08A 4PQUA 4FJJA 1YTAA 1D9DA 3HP9A 2DFHA 2PYJA 2RPIA 4AHVA 3HPHA 1YTUA 4DF4A 2HHQA 5HRSA 4E7JA 1BGXT 1RTJA 2ATQA 1RTHA 1VRUA 1NK8A 4DSFA 1ZBLA 4FJKA 3TWHA 1TKDA 4FZYA 4ID1A 1YVUA 2D0BA 4CK2A 3VQEA 3V9UA 1JLBA 3KLFA 3LWMA 3TARA 4KHWA 4O55A 4R5PA 5KRTA 1B9FA 3OYDA 1WNSA 4AHRA 5J2QA 1CLQA 5EU7A 1N5YA 3ZT4A 3PX6A 3ASMA 3SQ0A 3M8QA 4F3TA 3B6OA 1DTQA 2ITGA 3ITHA 3LP2A 4M42A 1KVBA 4E7KA 4IG3A 4GVMA 4C8KA 2G8IA 1HQUA 4DQIA 3LAMA 3RTVA 4HUGA 4AHUA 3PO5A 1VSJA 4IBNA 1VSDA 4E89A 4KI4A 3DI6A 2HNZA 1NKCA 2GV9A 3KTQA 3CYMA 1DTTA 4OKKA 1T05A 1HYZA 4FYDA 4HTUA 1RNHA 1ZBHA 1NOZA 3SUNA 3HT3A 4DSLA 3TABA 1HMVA 3K58A 4HCBA 2YKMA 4CF2A 3OS2A 4CEQA 3QEIA 3KD5E 1KTQA 4CHPA 1HYSA 3LP0A 3FFIA 3AO5A 4F3OA 1IH7A 1F21A 1K6YA 5HRRA 1QQCA 5I3UA 3OYMA 1A5XA 3PX0A 4E7HA 3TAEA 3SPZA 3DLRA 2I5JA 1S1TA 3CQ8A 3OYFA 4DTRA 3AO2A 2B5JA 2P1JA 4RW9A 2D0AA 1B92A 2G8VA 3V4IA 4AHCA 3WNGA 1ZYQA 1IKVA 2VG5A 3P5JA 4LSLA 4K8ZA 4HUEA 4M3TA 1C1AA 3M8SA 4CJFA 1RT7A 2XO7A 4HCCA 2VG7A 2HHUA 1KFDA 4FLVA 1FKPA 1UOCA 3AVHA 2IGIA 1VSIA 1WAFA 2BANA 3VA0A 4Q5VA 3DLHA 1S6QA 1J53A 3A2FA 2VWJA 4OPKA 1D5AA 3M8PA 4FJMA 4DFJA 4M3ZA 4C8OA 1WAJA 3RRGA 3U3GA 4Z4EA 5HROA 1VSKA 3MECA 1C1BA 2EX3A 2DTUA 1NK5A 5FRMA 3C94A 4N56A 1UWBA 3EYZA 3SUQA 1WN7A 2KW4A 1LV5A 3NE6A 4FJ9A 3RR7A 3AO3A 4Z0UA 4DSKA 4KHUA 4MQ3A 4CFCA 1SKSA 2IOCA 4BDZA 1XC9A 1L5UA 1RTDA 3DRSA 4O5BA 1YT3A 4FVMA 4KPYA 3SI6A 1WSJA 4OLAA 4CJKA 3O3GA 4W5QA 3DLBA 4KTQA 3HSTB 4PUOA 1C6VA 4ELVA 3BGRA 1HYVA 3CM5A 2P5GA 2BE2A 4BE2A 1T7PA 2HHTA 3KLGA 4FJHA 3HJFA 3NAEA 4CERA 3NBPA 4CHOA 3AO1A 4WE1A 3D0PA 1NKEA 2HVIA 3RMBA 3DRRA 3JYTA 3AVFA 1TKXA 5FROA 2F8TA 4FK4A 2X78A 3OYBA 3KK3A 4QAGA 1D8YA 5J2NA 4KAZA 1QSLA 3E01A 3QINA 4Q0BA 3LZIA 3SPYA 5DK5A 2PY5A 3VQ4A 4DS5A 4F2SA 5CYMA 2G8UA 2HB5A 4KTWA 3VQDA 1KRPA 3G10A 3I0SA 3ZSVA 3KK2A 1WSGA 5JS2A 2OA8A 4ZTFA 3TAQA 2E6LA 3HK2A 4FZXC 2Z1HA 1XWLA 1Q9XA 4C8MA 3ZCMA 4CEFA 1SL0A 3RMCA 3VQQA 2XY5A 4B3OA 1D9FA 2KFZA 3OYEA 3T1AA 4B9SA 4CJSA 3SJJA 1RILA 1S1UA 2OZSA 2A1SA 3B6PA 1HRHA 3HXMA 1QSSA 4CFBA 4ELTA 4B9UA 3V9ZA 1RBUA 2RN2A 2OZMA 1JLAA 1VSMA 3HP6A 3LANA 1U4BA 3AVCA 4IFYA 3TANA 1QTMA 2BGGA 2BDPA 4CGGA 3L2QA 4IKFA 3CFPA 1NK7A 1LWCA 1T8EA 1JLQA 2FBXA 4CHQA 3HO1A 1J9AA 1BIZA 1VRTA 1EP4A 4DTOA 2ETJA 2P51A 3NHGA 4KHSA 3K5OA 3LAKA 1ASWA 4GMJB 4DSEA 2PZSA 2KZMA 3AVNA 3KKRA 1Z25A 3MXMA 1TK0A 3LZJA 2E4LA 1S9EA 3NF7A 4E19A 1L3SA 3AVBA 2HVHA 3ZSXA 3QNOA 4CHZA 4W5RA 1NOYA 3TI0A 2IAJA 3NF9A 4DG1A 1W0HA 1SUQA 1RBRA 4DQPA 1HJRA 1KVAA 1Y97A 5HP1A 1IKXA 3MXIA 4N41A 4W5OA 3OYHA 2OPQA 3V9SA 3UIQA 3AA3A 4TSXA 4CEOA 4B9NA 4E1NA 3C6UA 1CXQA 1GOAA 3AVIA 4E7IA 2GBZA 3TAGA 1TAQA 2W42A 3L3UA 3SQ4A 2IS3A 5J1EA 3CFOA 2Z1IA 4M3WA 3P83D 4KFBA 3KD1E 3VQAA 2B4JA 4B8AB 1WSEA 4CF9A 2D5RA 3OS0A 4F4KA 2FC0A 4FM2A 1LWEA 2G8FA 3VN5A 3BDPA 5J2PA 4DQQA 1RDDA 4FM1A 4K8XA 3SV4A 1JXBA 4BWJA 3ZT1A 1NJYA 3V1RA 1VSLA 1HPZA 4AHTA 4Z4HA 3OJSA 2QKKA 1S9GA 4FJIA 3IG1A 3ZSQA 3VQ6A 4DTMA 1BCOA 4EP5A 3CFRA 3QESA 1RCHA 4OKJA 3NDKA 1ZBUA 1Q8IA 4B08A 4DLGA 2YNGA 4DFKA 1RDBA 3VQ9A 3OYGA 1JL1A 2X74A 3I8DA 3L2VA 2KFNA 3SQ1A 3OYCA 3QEPA 3V6DA 3K59A 4PY5A 3DLEA 3T19A 4EZ6A 3MEEA 3O3HA 4PWDA 4MFBA 3NF6A 4CHYA 3K57A 1QHTA 4BDYA 3VQPA 3NGIA 2YHAA 4J2BA 3K5LA 4CJPA 4DU4A 1BL3A 2Q3SA 4CGJA 2XY8A 4CF1A 3SCXA 1NK9A 3QLHA 3TAMA 4KO0A 4E1MA 1CZBA 4J2DA 5KGWA 4FJGA 4JS5A 3VQBA 3L8BA 3ZSRA 1U47A 3NF8A 4CGFA 1CZ9A 4RW6A 2HHWA 3K5MA 3I0RA 2YNHA 4HVJA 2A1RA 1TK5A 5FDLA 2NUBA 5C24A 4E0DA 5KRSA 1JL2A 4ELUA 1A5VA 3LWLA 5KTQA 1FXXA 1B9DA 1BI4A 3THVA 1XHXA 3MEGA 4LH4A 3VQ7A 1NJZA 4ZTJA 3LPTA 2Z1JA 2GUIA 3AVGA 1RT5A 1LAWA 3P1GA 5CY4A 3RR8A 4B9LA 1WSFA 3DOLA 4CEAA 3L3VA 4H4MA 1RT2A 2YNIA 4DLEA 4M3YA 4E7LA 4OPJA 4DF8A 1NK4A 3DRPA 4CEEA 5E41A 3K5NA 1KVCA 3KLHA 3NH1A 2Y1JA 4CGDA 4DQRA 4CJ4A 5HLFA 2YV0X 4M3UA 2YHBA 4HUFA 2HNYA 3OJUA 4OGCA 4DQSA 1S5JA 2E6MA 1NJXA 3KLEA 2VWKA 1RT1A 4CJRA 4BE0A 1KCFA 3HPGA 2IC3A 3PX4A 2PYLA 3RMDA 1VSHA 3U6FA 1TV6A 2YKNA 4FW2A 4CGIA 4EP4A 3VQ5A 5K14A 5HRNA 1ITGA 1TK8A 4DSIA 3OY9A 4LSNA 5SWMA 4FLWA 1LW0A 4L8RB 3HYFA 2F96A 4N5SA 3ZT3A 4DFMA 3AVMA 4CEBA 4CJQA 4ID5A 3OYJA 1IG9A 1TKTA 3AA5X 3OYAA 4CJLA 4CJWA 4OGEA 1W9HA 4NCBA 2KQ2A 1RT6A 1IKWA 2JLEA 2JGUA 3ZT2A 2LSNA 3AA2A 1I3AA 1C0MA 4IDKA 3O4QA 5CZ2A 4JRQA 1EKEA 4KRFA 3VQ8A 3QERA 1N6QA 2RKIA 3DOKA 4CFAA 2AJQA 1RDAA 1IKYA 4DSJA 1VK0A 4QCLA 4RW7A 4DFPA 1NJWA 5SZTA 4JLHA 3QIPA 2OPRA 4OKEA 5HBMA 3PO4A 4B9TA 3WNEA 2O4IA 4H8KA 3V1QA 1BISA 4BDPA 4CCHA 4DS4A 4OVLA 1RBSA 1DLOA 1NK6A 5D3GA 3ALYA 3AV9A 2D0CA 4CJEA 1HNVA 1JLFA 1RTIA 4NYFA 2B6AA 4NYNA 2FBYA 3V1OA 5KGXA 4AHSA 1BCMA 1JLCA 4FCYA 1XI1A 4DTPA 1KFSA 4FJ8A 4KHYA 4QOZB 1BIUA 1JXEA 3RMAA 4RG8A 4CJ3A 2X6SA 4CEZA 3OYIA 3EZ5A 1U48A 3SZ2A 2ZE2A 4J2EA 4I7FA 1BI4B 5DMRA 4KV8A 1S1WA 1NKBA 2OPPA 1RDCA 4BE1A 3S9HA 3SNNA 4FJLA 1QS4A 3RWUA 1VSEA 2KZZA 4O0IA 1J5OA 1A5WA 1L3TA 3NH0A 1QE1A 1KLNA 5KI6A 3SV3A 1X9SA 4F8RA 3CM6A 5I42A 1IO2A 3SUPA 4I2PA 3QETA 3TAPA 4OJRA 2HMIA 3TAFA 4CGHA 1S1VA 2RF2A 1HNIA 3L2RA 4DTJA 2FBTA 3LDSA 3LP3A 3MAQA 2ZQBA 5C42A 3OS1A 3M8RA 1GOBA 4N76A 1JLEA 4JS4A 4PA1A 1EX4A 4FK0A 4Z4IA 1TL1A 3AA4A 3DLKA 4CF0A 3HL8A 1T03A 1TL3A 3T3FA 1X9MA 1QSYA 3NGYA 4CK3A 2QXFA 3PY8A 1TKZA 2XY6A 4KTZA 4FLTA 4M3RA 1FK9A 1C1CA 5J2MA 3SUOA 4IFVA 3V81A 3ISNC 3L2UA 4I2QA 1C0TA 3LPUA 3D45A 4RW8A 4B9MA 1LWFA 4CJ5A 3OYNA 2DFFA 1TGOA 3WNFA 4CECA 3OYKA 2G8WA 1U04A 1UA1A 2KTQA 4W5TA 3F9KA 3V9WA 3ZSOA 4RW4A 1ZBIA 4FJ5A 4FLUA 2P5OA 2XRIA 3ULDA 3QEVA 2EHGA 2G8HA 4I9QA 4DTXA 4CJUA 4DU3A 1EXQA 4KHNA 3OVNA 3HVTA 3O3FA 3S3OA 2XHBA 3QNNA 4DU1A 4IG0A 4N47A 4KI6A 3TR8A 4CESA 2R7YA 1EETA 3K2PA 4AH9A 3ZSZA 1WSHA 5HRPA 3NGZA 4GW6A 3DM2A 2OYQA 1WLJA 4HHTA 4I9LA 1JLGA 4Z4GA 4KKOA 4O44A 3NFAA 1UA0A 1LAVA 1J54A 3LALA 4CIGA 4KREA 4LH5A 4FW1A 4J2AA 4AILC 4OLBA 1X1PA 3IRXA 2HW3A 3EY1A 1HQEA 1ZBFA 2WOMA 3PUFA 4BWMA 4CJVA 1RT3A 4DMNA 3S3NA 3S3MA 4EZ9A 4YNQA 4BACA 4NCAA 2F8SA 3KIOA 4O0JA 3DMJA 4UQGA 4FM0A 5CYQA 4CE9A 3SQ2A 4FJNA 3QO9A 2VG6A 4NCGA 5C25A 5T7BA 1TAUA 4B8CA 1S1XA 3NCIA 4C8NA 1BHLA 1SV5A 1ASUA 3JSMA 3QIOA 3VQCA 2X6NA 4CEDA 1KLMA 3NH2A 1Q9YA 1BQNA 1VSFA 3L2WA 4CHNA 2XY7A 3ZT0A 3HM9A 1U49A 3V9XA 3KK1A 1I39A 2HHVA 1SKWA 1SL1A 1G15A 4LY7A 4DTSA 4DTUA 1Z26A 1SKRA 5JS1A 3C95A 4CF8A 3HPOA 4FZZA 4JRPA 1U45A 1LW2A 3KJVA 1L3UA 5FRNA 4FXDA 2FBVA 4B9VA 1MU2A 4YFUA 4FLYA 2WONA 3F73A 3ZSYA 1X9WA 4M45A 3QEXA 3SYZA 4LD0A 3WNHA 2HNDA 4Z4CA 3CG7A 3PV8A 1NK0A 3U3YA 2HHSA 4C8LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5AZIA 4MQ3A 1SKSA 1L5UA 1RTDA 2RE2A 4FVMA 1T3VA 4CJKA 3GG4A 3CCEN 4PUOA 3HSTB 1C6VA 1HYVA 4MO4A 3CPEA 3CM5A 1M1KO 2P5GA 3O6WA 2HHTA 1U6ZA 1NGBA 4B9QA 2MMBA 1XUPO 2VYPA 3WEEA 3HJFA 4CHOA 3AO1A 4R79A 3JYTA 4LF9K 4GAMC 4FK4A 3OYBA 4QAGA 3HTVA 3HSCA 3SPYA 3VQ4A 4DS5A 2HB5A 4FPBA 2E6LA 4JKEA 3FFKB 3ZCMA 3M5RA 5ELZA 1SL0A 4A5BA 1D9FA 3SBGA 2Q31A 3T1AA 3O9UA 2W40A 3U9DA 1RILA 1S1UA 2OZSA 1R59O 2Q0RA 1P90A 2OZMA 1JLAA 1VSMA 4IFYA 3LDOA 2BDPA 4CGGA 3CFPA 2MW2A 2FBXA 4YOVA 2P51A 5MLCQ 4DTOA 2ETJA 4MDBA 3NHGA 1OH6A 4GMJB 2E2PA 3NF7A 2YJFA 4CHZA 1VHXA 3P38A 3MCPA 4DR7K 1Y97A 1EQYA 1HKGA 3MWPA 3UIQA 4FO0A 3LD8A 2W42A 3TAGA 3OGKB 3L3UA 3CMAN 2F9WA 2Z1IA 2WFBA 3ATUA 4M3WA 5FPNA 4B8AB 3OS0A 3AAQA 2FC0A 4JEPA 5AQWA 2QWOA 4CZKA 3EKUA 3VN5A 3THXB 2G8FA 1RDDA 4FM1A 3K9KA 3SV4A 4BWJA 3V1RA 1VSLA 4Z4HA 5AQHA 4FJIA 3IDHA 1RCHA 4OKJA 4DLGA 4FZZA 3UKUB 4DFKA 4B08A 2X74A 1JCFA 3VTIA 4PY5A 3ENOA 5CHIA 3TSUA 1OH8A 1QHTA 4BDYA 2ASPA 3UKRB 2ZJRL 5IBKB 4CJPA 3TAMA 4O8KA 2JPNA 3L8BA 2J4RA 4CGFA 2D0PA 3I0RA 2Q0UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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