3KD5E

Closed ternary complex of an rb69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic gmp terminated primer template pair and phosphonoformic acid.
Total Genus 296
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
296
sequence length
905
structure length
905
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKWVSQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQMALKVTCNSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C
publication title Phosphonoformic acid inhibits viral replication by trapping the closed form of the DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 296
structure length 905
sequence length 905
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
E PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3kd5E05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3kd5E01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kd5E02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3kd5E06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3kd5E03
3BDPA 2GV9A 4CK3A 3QEWA 1VSEA 1QS4A 1DLOA 4OKJA 5J2QA 1QSYA 1VSIA 4FJ5A 1GOBA 1RT3A 3HPOA 1ZYQA 4JRPA 1CXUA 5JS1A 3ZSXA 4DMNA 5HRPA 1TK5A 3NE6A 1RBTA 2IGIA 3K58A 1L3VA 3WNGA 3HJFA 3MECA 4CJKA 1KRPA 4M45A 1JKHA 1JLEA 4GW6A 2BDPA 1XHZA 3QEIA 3HVTA 2YKNA 3THVA 4FLYA 1T03A 4NCBA 3SPZA 3DLEA 2ZQBA 4IG3A 4KHYA 2XRIA 1U4BA 4BWMA 5CYQA 3TAGA 2D0BA 4CGFA 2KZZA 1X9MA 3S9HA 4JS5A 4KV8A 3OS2A 1WSEA 3M8RA 3OYHA 1KCFA 5KGXA 5J2MA 2YNIA 3K2PA 3TAFA 5KTQA 2HHQA 4DTMA 3JSMA 1BISA 4J2EA 3OYJA 1BL3A 3VQ5A 1FKOA 2YNFA 3CFPA 3QNOA 2D5RA 1VRTA 4CJSA 4KFBA 4FCYA 4FJ9A 3AO2A 3ASMA 5KI6A 5FROA 3ZSRA 2X74A 4CHOA 1WSGA 3TI0A 1XHXA 4CEBA 1RTDA 5K14A 3NFAA 2KTQA 3T1AA 2RKIA 3M8PA 3EYZA 4DSKA 4KO0A 3KLHA 1U47A 4EZ6A 4Q5VA 2VWKA 3KLGA 3PX4A 4FJJA 1TK8A 3OYEA 3WNEA 4MQ3A 3DYAA 4FZXC 4CERA 4CEOA 5I42A 3NH0A 2HHWA 5JS2A 1ZBHA 4DLGA 4FW1A 4FLUA 4FVMA 3CG7A 3SV3A 1SV5A 3RRHA 1KFSA 3ZSYA 1RBVA 4FK0A 2EX3A 4ICLA 3LPUA 3V6DA 1JLAA 1RT1A 3C6UA 2YHAA 4KI4A 2KW4A 4OGEA 1HYVA 5KGWA 4CCHA 4ZTJA 1SL0A 5J1EA 2PYLA 2WOMA 3B6PA 5CZ1A 4CFBA 1T8EA 3V9WA 1NK9A 3QETA 3TAMA 1GOCA 4HUGA 1S1UA 1KVBA 4C8NA 4KTQA 4E1MA 1REVA 3V9ZA 4FJ8A 1SL2A 4CEFA 3ZT2A 4DSIA 4KPYA 2OPPA 1IKXA 3AVFA 3KD5E 3AVGA 5KRSA 4Z4CA 4I7FA 1KTQA 1ASWA 3NF9A 3O3FA 1D5AA 1I39A 4OVLA 5CYMA 3SUPA 4B8AB 4CIFA 4DSLA 3IRXA 1S1TA 4M3RA 3AVKA 3TWHA 4BDPA 3OYMA 1RNHA 1NK6A 3CFOA 4DLEA 2OA8A 2HNZA 3SYZA 4B8CA 4DTJA 3ZSWA 2HHXA 3F73A 5HROA 2X6NA 3OYLA 1NOYA 3UIQA 3OVNA 1G15A 1S6QA 1MU2A 3DOKA 3NAEA 3QIOA 1J9AA 3ZCMA 4CJWA 1EX4A 3VA3A 4ELUA 4OLBA 2HMIA 2YNHA 3QEVA 2FBTA 3V1RA 3MXMA 3QLHA 4FJIA 3HP9A 1KLMA 4DSJA 4KREA 4NYFA 3O4NA 4DQQA 2FBXA 4CJRA 2XY5A 1IH7A 2VWJA 1J53A 4OKEA 4CGJA 4BDYA 4CJEA 2E6MA 3O3GA 4B9NA 2QKKA 3TARA 3LP3A 2XY7A 3O4QA 2P1JA 1JLFA 4YNQA 1RT6A 3LP1A 4LH5A 3LWLA 3MEDA 5DK5A 4DS5A 1BCMA 4W5OA 3MAQA 4O4GA 1KVCA 2F8TA 1B92A 3PY8A 3S3NA 1UA0A 3ZT1A 5SZTA 1WSIA 3SNNA 3OYKA 4O0JA 3VQBA 1VK0A 4H4OA 4BE1A 5J2PA 4DQPA 4CJ4A 1JLQA 4LSLA 4FLTA 3ZSZA 2JLEA 3NF7A 4B9UA 3C94A 3LZJA 1NK5A 4EP4A 3DOLA 3C95A 4NCAA 4BDZA 3LDSA 3S3MA 1LAWA 2O4GA 3LAMA 3O3HA 3V9SA 2WONA 2HNYA 4K8XA 4DTUA 3AO3A 1T05A 4M41A 4CIGA 3KKRA 3LP0A 1RDDA 5J2NA 4CF2A 4PY5A 4B3OA 4B9TA 4CF0A 4W5QA 3QEXA 3QO9A 4E7HA 1FXXA 3SJJA 2EHGA 5EU7A 1ZBIA 4Y1DA 2PY5A 3AVJA 3M8SA 1S9GA 3PX0A 1U49A 2GBZA 2XHBA 1X9SA 3NGZA 2G8KA 2KZMA 1ASVA 3LANA 4DQRA 4KHSA 2IS3A 4QCLA 1UA1A 4FJNA 1HYZA 4CHNA 4W5TA 4HCCA 3KK3A 4OPJA 1RBRA 5T7BA 1Q9YA 1JLCA 3KJVA 4E0DA 4UQGA 1K6YA 4M3XA 4HUFA 1NK4A 2HHVA 3AVNA 3DLHA 3PX6A 3VQEA 4O55A 1YTUA 3QESA 4DS4A 4DF4A 4FM0A 3V4IA 1VSKA 4F2SA 1BI4B 3NH1A 3L2QA 4KB0A 4KHNA 1IG9A 3AA2A 1T7PA 2HHTA 1LV5A 1TKZA 2FBYA 1FK9A 2ATQA 2Z1JA 1NOZA 1NK7A 4OJRA 3PO5A 1LAVA 4I9LA 1BQMA 5HP1A 1KLNA 3NBPA 1HJRA 3TAPA 3DRSA 1TV6A 3D45A 4E89A 3DLKA 4F3TA 4F8RA 4FXDA 3VQPA 1HQEA 1W0HA 2HB5A 4H4MA 1KSPA 4JRQA 4FZYA 4N56A 4WE1A 4DTRA 3HYFA 4N5SA 3HT3A 3SCXA 1BHLA 1EXQA 2R7YA 3AA5X 2D0AA 4CHPA 1JLBA 3RMCA 3TAEA 4DWIA 1I3AA 4DFKA 1TL1A 1WNSA 1BCOA 4CJ3A 3M8QA 3MXIA 1UWBA 3HVRA 3OYAA 1NKCA 5KRTA 4FLXA 5FDLA 1XI1A 4L8RB 1ASUA 3L2UA 3SUOA 3QNNA 3NDKA 1S1WA 1RDBA 1WSJA 3SQ2A 1C1BA 4CJQA 3OYDA 4HVJA 2Z1GA 1F21A 1FKPA 5C25A 4CHQA 2BGGA 2HHUA 4Z4FA 1LWFA 4M3YA 2NUBA 4FJLA 5HRSA 2X78A 1N6QA 4DU3A 4RW8A 4F3OA 2OZSA 4Z4EA 1C6VA 3T3FA 1ZBFA 3DI6A 4E19A 4CGDA 2VG5A 3ZT4A 2ETJA 2OPQA 1S9EA 3SZ2A 2G8VA 4M42A 4RW6A 2KFNA 4AHCA 1S5JA 1EETA 4FLVA 3L2RA 3AVMA 3DRPA 3VQ6A 2HHSA 2IC3A 4FJMA 4I9QA 1YTAA 3VN5A 3VA0A 3U3YA 1LW2A 4CJLA 1HRHA 1TKDA 4DQIA 1RT2A 3DLBA 1ZBLA 3ALYA 4IDKA 2DFFA 4G1QA 3FFIA 4W5NA 3HP6A 4Y1CA 4J2BA 4CIEA 4KB1A 5DMRA 3RWUA 4BE2A 5CZ2A 3QIPA 4AHTA 3TR8A 4CFCA 1SKRA 4F2RA 1TAUA 2D0CA 2OPSA 4ID1A 4F4KA 1BGXT 3AVBA 3HK2A 1VSHA 3CFRA 4FJXA 1U04A 2JGUA 4W5RA 3NF8A 3U3GA 2DFEA 4B9MA 4FLZA 3LP2A 4LD0A 3CM5A 1BQNA 3RR8A 3L2WA 2OPRA 4AHRA 4NCGA 3RMBA 3QINA 1O1WA 3ZSQA 3SQ1A 2PYJA 2DTUA 4OGCA 2BE2A 4CJVA 4DU4A 2F96A 3V1QA 3HM9A 1VSJA 3S3OA 1U45A 1NK8A 3AO1A 1HMVA 5CY4A 3WNFA 1IKYA 3HSTB 1JLGA 3H08A 4LY7A 4BACA 2P5GA 3SV4A 4B9SA 3NH2A 3K5OA 2YNGA 3LALA 2FC0A 4KTWA 3SPYA 4CK2A 4QAGA 1A5VA 1RILA 3P1GA 1NJXA 2P5OA 5FRMA 1DTTA 4CECA 2G8HA 2IDOA 4ELVA 3AVAA 1B9DA 4CJUA 3EY1A 3KK2A 4DF8A 1HPZA 4H8KA 4CEAA 1YT3A 4CGGA 2HNDA 2RN2A 3LPTA 4NYNA 3VQQA 4DFPA 4FK4A 4KHUA 4BE0A 4KRFA 3I0SA 1WAFA 4J2DA 4E3SA 4KHWA 1ZBUA 2B6AA 1C0TA 2GUIA 1RT5A 3AV9A 2VG6A 3L3UA 1EKEA 3ZT0A 4C8KA 3IS9A 2Y1JA 4RW4A 1C1CA 1LWEA 4C8OA 4CGIA 3A2FA 4ID5A 3NHGA 3HPHA 1IKVA 2PZSA 3QERA 3KLFA 4DQSA 2A1SA 1C0MA 1QHTA 4M3TA 1VSFA 3DMJA 1EP4A 3MEGA 3AA4A 4O44A 3K5MA 1J5OA 4OLAA 3TABA 4LSNA 2I5JA 3K57A 4DSEA 4I2QA 1NJWA 4FJ7A 4CJ5A 3C6TA 1D9FA 1RTHA 4E7LA 2Z1HA 4FM2A 3B6OA 1BIUA 4CEZA 5E41A 4PUOA 3L8BA 3AA3A 4DTXA 1S6PA 4CHYA 1L3TA 4B08A 1D8YA 2KFZA 4FK2A 1NJZA 3PO4A 4EZ9A 2VG7A 3PV8A 1RDAA 3SUQA 4TSXA 4LH4A 4DTPA 4XIUA 3NF6A 1JXEA 3L2VA 3ZT3A 4Z4GA 1RTIA 2QXFA 4CF8A 2O4IA 3ISNC 2E6LA 3NGYA 4N76A 4Q0BA 4CEDA 3TAQA 1CZBA 4K8ZA 3OYFA 1RT7A 1Y97A 1HNIA 2G8IA 2RPIA 4M3UA 3E01A 5C24A 3LZIA 3OS0A 4CJFA 4HCBA 3RTVA 4CHZA 3P83D 1RCHA 2F8SA 2IAJA 2RF2A 2E4LA 4E7IA 3TANA 4CEEA 4CJTA 2AJQA 3DLGA 3RR7A 4PA1A 3OYCA 4M3WA 3ZSVA 2Y1IA 1WAJA 3RMAA 3KKSA 3ITHA 4CF1A 4DFMA 4DU1A 1LW0A 3VQ7A 4EP5A 2HW3A 4O5BA 4AH9A 4FJHA 1TL3A 3HO1A 1U48A 4Z4IA 4CESA 1QSSA 4N41A 3OY9A 1VSLA 4OKKA 4PQUA 2XY8A 4CJPA 1QE1A 3AVLA 3PUFA 3CQ8A 3OS1A 3K5LA 2B4JA 1CZ9A 3V9UA 2QK9A 2BANA 2Q3SA 4RW9A 3OJSA 1QSLA 3AVCA 3KIOA 1TKXA 2ZE2A 3JYTA 2DY4A 4MFBA 3V1OA 3HXMA 5I3UA 4DG1A 3WNHA 4KTZA 2XO7A 4FYDA 3MXJA 5HLFA 4J2AA 3VQAA 2G8FA 2Z1IA 4AILC 4DTSA 4GVMA 3OYNA 1A5WA 3G10A 4FM1A 4M3ZA 1CLQA 1WSFA 3LAKA 3BGRA 4RG8A 4DTOA 4R5PA 1VSMA 1X9WA 3RMDA 1RT4A 5HRRA 3IG1A 5C42A 4KAZA 3SQ0A 3AO4A 3DLRA 3RRGA 5D3GA 2YV0X 3CYMA 1RDCA 5FRNA 4CF9A 1SKWA 2QKBA 2G8UA 3D0PA 1C0UA 1X1PA 4DSFA 3VQCA 1C1AA 5HRNA 3T19A 1R0AA 4BWJA 3KK1A 2YKMA 1QTMA 1NKEA 3NGIA 4AHUA 1NKBA 1A5XA 4E1NA 1Q9XA 3ZSOA 1JXBA 3OYGA 4FW2A 1BIZA 4N47A 3OJUA 1IO2A 1TVRA 4HUEA 4E7KA 4IFYA 1WSHA 3SI6A 4B9LA 4FZZA 2HVHA 1IKWA 2W42A 1GOAA 3SUNA 1WN7A 4AHVA 1B9FA 3KLEA 4CE9A 4FLWA 1BI4A 2DFHA 3OYIA 4KI6A 4JLHA 1TKTA 3DM2A 1UAXA 3VQ4A 2OZMA 1LWCA 3HL8A 4RW7A 1W9HA 4CFAA 4ZTFA 3AVIA 3VQDA 1SUQA 3CM6A 2OYQA 4CEQA 3I8DA 3ULDA 1SL1A 3LWMA 4E7JA 2IOCA 1NJYA 1VRUA 3L3VA 1TAQA 3P5JA 3KTQA 4IKFA 4DTNA 3KD1E 1S1VA 3DRRA 4C8MA 4CGHA 4CFDA 3G0ZA 4FJKA 1YVUA 1HNVA 1RTJA 1J54A 4AHSA 2FBVA 3V9XA 1HQUA 4CK1A 4DFJA 4I2PA 1ITGA 1KFDA 4C8LA 3K59A 4KHQA 2P51A 1D9DA 4HTUA 4YFUA 1CXQA 2LSNA 4Z0UA 4ZHRA 1QQCA 3I0RA 4IBNA 3VQ8A 4OPKA 1JL2A 1RBSA 4IG0A 1NK0A 2X6SA 2YHBA 4GMJB 3EZ5A 1Z25A 2KQ2A 5HBMA 4HHTA 1SKSA 4IFVA 4FJGA 1TGOA 1RBUA 3AO5A 2XY6A 3QEPA 2A1RA 1XWLA 3MEEA 4KKOA 3K5NA 4PWDA 1VSDA 3F9KA 2B5JA 1L5UA 1UOCA 1HYSA 1Z26A 2G8WA 3SQ4A 1L3UA 1XC9A 4JS4A 4QOZB 3KLIA 2ITGA 1TK0A 3V81A 2ZD1A 1DTQA 3VQ9A 1KVAA 4Z4HA 3OYBA 2HVIA 3HPGA 1Q8IA 4ELTA 4B9VA 1WLJA 5SWMA 3NCIA 3IAYA 1N5YA 4O0IA 1JL1A 1L3SA 3U6FA 1S1XA 3AVHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3OYKA 4NXMK 4BE1A 3J7YP 5J2PA 2VCPA 4FWSA 1JLQA 4FLTA 2I7NA 2JLEA 3ZSZA 4DUZK 3C94A 4EP4A 3A5NC 4BDZA 3LAMA 3V9SA 1FZ6E 2A6AA 3AO3A 4WYBA 4FL9A 1T05A 4CIGA 2I7PA 3KKRA 4PY5A 4B3OA 5FPEA 5AQWA 1FXXA 1VQ8N 2EHGA 5EU7A 2PY5A 3M8SA 1U49A 1H1VA 4YOWA 3CPWM 2QEXN 1HNWK 5AFUA 4IFEA 4DQRA 3CF5L 1UA1A 3KK3A 3GBTA 3U8XA 4OPJA 2WUSA 4E0DA 1Q9YA 3CQYA 2OTLN 4M3XA 3LDOA 3DLHA 3H46O 3QBXA 4O55A 3EEQA 2QWNA 3CHWA 4DS4A 3V4IA 4F2SA 4K0KK 3L2QA 4KHNA 1EQYA 1SAZA 1LV5A 5BRFA 2W6LA 4BR4A 1NOZA 1NK7A 5GAHP 1KXPA 4OJRA 4X64K 3PO5A 1LAVA 4FWQA 4BR5A 4GV6A 3KVGA 5CR4A 1NEXB 1TV6A 3D45A 4K42A 3ZETB 2Q0RA 4V19S 1KSPA 4JRQA 3HYFA 4M7XA 2V51B 1RDWX 4N5SA 2R7YA 4CHPA 2D0AA 4DWIA 3C6AA 4IO8A 1TL1A 4FWNA 3OYAA 1NKCA 4L8RB 2J4RA 3GG4A 3L2UA 3NDKA 1S1WA 1RDBA 3OYDA 2HHUA 3I55N 5C25A 5M1KA 2CH6A 2NUBA 4FJLA 4JKGA 1N6QA 2ZM6K 4RW8A 4F3OA 4EYWA 5KPZA 2G8VA 2ETJA 2OPQA 1S9EA 4RW6A 4FLVA 2AA4A 3QDKA 3DRPA 3VQ6A 5A2QO 3VN5A 2HBMA 1RT2A 2FSNA 4BG9A 3ALYA 2DFFA 4K41A 3JS6A 4YORA 4Y1CA 4CIEA 3CXCM 1VQMN 4BE2A 3A5MC 2NZTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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