3SCXA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 316
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 316
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3scxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3scxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3scxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3scxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3scxA03
3KLIA 1NK9A 4CJTA 4DTXA 3KD1E 3I0SA 1J5OA 4KI4A 4FLUA 4AHRA 4FCYA 4NCAA 2HHQA 1RNHA 5HRRA 1LAVA 1JLAA 1YVUA 4B9VA 3D0PA 5KRTA 4EZ6A 2G8KA 3PX4A 1C0TA 2VG5A 2E6MA 3SQ2A 4DLEA 1ZBUA 1T03A 2ATQA 1NOZA 4AHCA 2G8HA 4CJSA 3NBPA 2HHWA 3S9HA 3QEVA 1LW0A 3ALYA 3ZCMA 3K5OA 2IDOA 1WSJA 1X9WA 1O1WA 1JLFA 1BCMA 1NK6A 3CM5A 2P5OA 3S3OA 1S1XA 2DY4A 4FLXA 4Z4EA 1HYVA 3SV3A 1NK8A 4B9NA 1TKXA 3QESA 4FLZA 1FXXA 2HNZA 4B9LA 4FJ7A 1IO2A 1KVAA 4CJ3A 1S9GA 2I5JA 4GMJB 4MQ3A 1IKXA 4OGCA 3HM9A 4KAZA 4CK1A 4C8NA 4FJXA 5C25A 4IDKA 4CF1A 1FK9A 4CK3A 4FK4A 3DOKA 1A5WA 4CHZA 4CHPA 1NKEA 1BGXT 1J54A 2RN2A 1X9SA 1VRUA 3M8QA 1DTQA 2QK9A 2Y1IA 4PY5A 4N56A 3AO1A 4BE0A 1VSKA 4O44A 4DMNA 2BDPA 4FXDA 2YKNA 3DM2A 3V9SA 1HRHA 4W5RA 3SYZA 4I7FA 1JLGA 3TAPA 3DLRA 2DFEA 1JL1A 1YT3A 3NH0A 2ETJA 2HHUA 4M3UA 2BGGA 4FJJA 3L3UA 5T7BA 3TAGA 1GOAA 3AO2A 3KK2A 4L8RB 4CHYA 3K5NA 5HRNA 3TAFA 1WNSA 4FM0A 1VSHA 4DFMA 4OVLA 4JRQA 3QIOA 3K5LA 4DF4A 4AHVA 2WOMA 4O0JA 3NH1A 3LALA 3SJJA 3SNNA 1RBRA 1R0AA 1REVA 2FBXA 4DQSA 3RWUA 5I42A 2YHAA 3DLBA 4M3YA 4CIEA 4B9MA 2VWKA 4NYNA 1NKBA 4BDPA 3SQ4A 3EYZA 3L2QA 3S3MA 3O4NA 1B9FA 4KFBA 1BIUA 2VG6A 2VG7A 1NKCA 4H4OA 4QOZB 1B9DA 3BGRA 3LAKA 2JGUA 2D0AA 3WNGA 2BE2A 4DSJA 1BQNA 4J2AA 1RDDA 5J2MA 4GW6A 3HVRA 1KVBA 2OPPA 4Z4GA 1LAWA 4W5QA 3ZT1A 1RTDA 3VQ4A 2YHBA 1TK5A 4HCBA 1RTHA 3AO3A 3NF9A 4LH5A 3L2RA 1MU2A 2Z1IA 1S6PA 2Z1JA 4EP5A 3L8BA 1EP4A 1SL2A 1L3SA 2HW3A 4E19A 3HVTA 4KHSA 1RT1A 3NCIA 3OYAA 4CK2A 3QNOA 4C8OA 4B8AB 3LANA 1D9DA 4FK2A 4FM2A 3HT3A 3RR8A 1KTQA 2OPRA 4CJQA 1WSFA 3K57A 3VQDA 4IFYA 3O3HA 1ASWA 2HHXA 1NK7A 4FJ9A 3SCXA 1KFSA 2YNGA 1U45A 3OYJA 3VQPA 4DTMA 3HL8A 2DFFA 1VRTA 4F3TA 5HROA 2X78A 3VQEA 4Z4CA 4BACA 4EZ9A 3WNHA 2DFHA 4M3XA 3ITHA 4OPJA 3ZSRA 3NDKA 3OYKA 3G0ZA 2PYJA 3RMCA 1RT2A 2G8UA 2IOCA 3C95A 1XWLA 4WE1A 3OS1A 3DRSA 5FDLA 1Z26A 3AVKA 1HYZA 4N47A 2G8VA 1UWBA 1EKEA 4NYFA 1S9EA 3VQ7A 4F8RA 4HCCA 4OLAA 1EETA 4M3TA 4K8ZA 4Y1DA 3KIOA 4CEBA 4IKFA 2HMIA 3LWMA 1RTJA 1X1PA 2YKMA 3C6TA 4FJLA 3DLEA 3LP2A 3ZSQA 4KHNA 2E4LA 2IS3A 1ZYQA 1U48A 3HPGA 3M8PA 3ZT0A 5KTQA 2YNHA 3AV9A 4N41A 3NGIA 2XHBA 4ID1A 5KRSA 3LP0A 4CHOA 1SUQA 3U6FA 1JLQA 4C8LA 1U49A 1WAFA 3TAEA 3V9UA 3TWHA 1JXBA 2IAJA 3SQ0A 2ITGA 1EX4A 3QIPA 4DSKA 1UA0A 2KFZA 3SUQA 3EY1A 1TKDA 3CFPA 2B6AA 2YV0X 4FLYA 3LPTA 5K14A 4LH4A 4OKJA 2X6SA 3AA5X 1NK4A 2ZD1A 3VQQA 3WNEA 4HUGA 1NK0A 3KTQA 5FRNA 4KPYA 2KW4A 4CHQA 4E7HA 3QETA 3T1AA 1JKHA 1JXEA 3OJSA 1L3VA 3V9ZA 2P51A 2F96A 3ZSVA 3B6PA 3IRXA 3CQ8A 1JL2A 4CEDA 4CGFA 1UA1A 1BIZA 3HPHA 4DQRA 1B92A 2A1SA 3VQ6A 3LWLA 4H4MA 4ELVA 4DTUA 5HRPA 1TV6A 4KTWA 1K6YA 3O3GA 4DQIA 1C1BA 1C1AA 2RKIA 1TAUA 1HYSA 2FBTA 4DTJA 1TVRA 4FLVA 4CJVA 1BQMA 4RW8A 5JS1A 3VQ8A 3A2FA 4KO0A 3AVGA 1S1VA 4CEEA 3AA2A 4E1MA 5SZTA 3ULDA 3MXIA 1BISA 4PWDA 3KK3A 3KLGA 4DF8A 1KLMA 5EU7A 3RRHA 4O55A 3SZ2A 3SI6A 3KKSA 3HP9A 3P83D 3AVBA 3ASMA 3CYMA 4BWMA 2PZSA 1U04A 3QEPA 1ZBHA 1HNIA 4CJEA 4OKKA 2D0CA 4DSLA 1IH7A 1RT6A 3S3NA 4E0DA 4DFJA 3SQ1A 1J53A 3AVHA 4KKOA 4JS4A 4FJIA 4PQUA 3K2PA 1I39A 1F21A 1VSMA 3RMBA 4XIUA 4H8KA 2P5GA 3LP1A 4LY7A 1YTAA 4C8MA 3K58A 5J2NA 2XRIA 3MXMA 1Q9YA 2EHGA 4CEFA 3TAQA 2AJQA 3KK1A 1T7PA 3C94A 1C0UA 4CF2A 4M3WA 3DMJA 2E6LA 1DTTA 4FJ8A 1W0HA 3SV4A 3K59A 3PUFA 4E7IA 2G8FA 4UQGA 3HSTB 4I2QA 5CYMA 4LD0A 4DLGA 4F2RA 1Q8IA 4ID5A 2VWJA 5JS2A 3V9WA 3HPOA 2O4GA 4RW9A 4JS5A 3NF8A 3SPYA 4CGHA 1XC9A 3L2UA 1WSEA 4CGDA 4NCGA 3RMDA 1RBVA 1QSLA 1TK8A 3HXMA 2YNIA 3PO5A 1HJRA 1NK5A 3ZT4A 2GV9A 3VQBA 1KVCA 3HYFA 3AVAA 4DSEA 4I9QA 3CFOA 3QINA 3M8SA 2ZQBA 3OYLA 3V1QA 3BDPA 4CF9A 1BI4A 2Q3SA 3PX0A 3P5JA 1SV5A 4M3RA 1SKRA 4W5OA 5I3UA 3TANA 4J2DA 1N6QA 4M42A 5KGXA 4CERA 2Z1HA 4DTSA 2QKBA 2X6NA 4FVMA 3AA4A 3ZSXA 4CHNA 1LW2A 3TARA 3KLEA 3AVNA 5DK5A 2HHTA 1RBSA 2XY8A 3OJUA 3AO5A 3TABA 1WN7A 1VSJA 4FM1A 4F2SA 3AVIA 4EP4A 4CCHA 4LSLA 1LWEA 1QSYA 4QCLA 4PA1A 1W9HA 1RDCA 4Z4HA 4B3OA 3OYNA 3AVFA 3TI0A 2IGIA 5FROA 4ZTJA 4J2EA 3DLHA 1SKSA 2WONA 5HBMA 2Z1GA 3NFAA 3B6OA 4M45A 3OYGA 3RR7A 1S1TA 1RT3A 2FBYA 3EZ5A 3O3FA 1KFDA 4CGGA 4AHSA 3OYDA 1LV5A 2G8IA 4C8KA 4KB1A 5J2QA 1CLQA 1C6VA 1RBUA 3DYAA 4E1NA 3HP6A 4DFKA 1TGOA 3P1GA 1ITGA 1BCOA 3DLKA 3DRPA 4BE1A 2PY5A 2HHSA 2W42A 2HVIA 5E41A 3PO4A 4CESA 1YTUA 3NAEA 2KZZA 5CY4A 3MXJA 4KHUA 3VN5A 3QEXA 3SPZA 5SWMA 4NCBA 3T19A 1A5XA 4B8CA 4J2BA 1IG9A 4DU3A 3ZT3A 4FJKA 4Z4IA 3CG7A 3OYFA 3LDSA 3FFIA 4IFVA 4KTZA 1CZ9A 3IAYA 3OS2A 3VA3A 3PX6A 3RRGA 2ZE2A 5CZ1A 1FKPA 2NUBA 1L3TA 1BL3A 1RCHA 3PY8A 4KRFA 4OPKA 1TK0A 2R7YA 2Y1JA 2D0BA 3NHGA 3WNFA 4BE2A 1BHLA 1GOBA 2RF2A 3C6UA 4CJLA 4DS5A 1KCFA 1X9MA 1TKZA 2KTQA 4CFAA 1QHTA 4HVJA 1NJXA 4CEAA 1RILA 2F8TA 4FLTA 3DOLA 4HUEA 4FJHA 1TAQA 4CFDA 2XY6A 1RT7A 3V9XA 2OPSA 1CZBA 4E7JA 5HRSA 3VQCA 3ZSZA 4N5SA 1QTMA 4CJUA 3LZIA 1ZBIA 4AHTA 4ELTA 2LSNA 1NJYA 4DTPA 2HNDA 3NGZA 2B4JA 3F9KA 3HO1A 1BI4B 4M41A 3V1RA 4CJ4A 4ZHRA 1GOCA 2OPQA 2OZMA 1DLOA 4DS4A 1CXQA 3O4QA 3NE6A 4FW2A 3V1OA 2OA8A 4CFBA 1VSFA 2GBZA 3OYIA 4KHYA 4AILC 3CFRA 1ASVA 1WSGA 3LZJA 1VK0A 4AHUA 3M8RA 4DWIA 1WSIA 4I2PA 2EX3A 3H08A 3TR8A 4AH9A 4DTNA 3L3VA 3AVJA 4E89A 3T3FA 4G1QA 2OZSA 3JYTA 1XHZA 4O5BA 1NOYA 4IG3A 4CFCA 3V81A 1T05A 4CJPA 1QE1A 4Q0BA 3MAQA 4CEQA 2JLEA 5KI6A 3TAMA 3LPUA 4K8XA 3KLFA 2BANA 3V4IA 1KRPA 2P1JA 1SL0A 4FJNA 3SUPA 1QS4A 3OYCA 4B9SA 5CYQA 4JRPA 3NF6A 1XI1A 4ELUA 4CJ5A 4DU1A 3UIQA 3MEDA 1S6QA 2XY7A 1J9AA 5DMRA 4KI6A 2KQ2A 4IBNA 1S1WA 2HHVA 3SUOA 4RW4A 1Y97A 5HP1A 3CM6A 3G10A 1U47A 2G8WA 1WLJA 3VQ5A 2X74A 5FRMA 2GUIA 4BWJA 1EXQA 3ISNC 4JLHA 3NH2A 4RW6A 3AVCA 4Y1CA 1JLBA 1WSHA 3QEIA 1RDAA 3OYHA 1D5AA 3VQ9A 3AA3A 1VSEA 1G15A 1CXUA 1S1UA 1JLCA 1IKWA 4OKEA 3AO4A 1D8YA 3OY9A 4DG1A 1I3AA 2KZMA 4W5TA 1U4BA 1HQEA 1UOCA 4YNQA 4CF0A 1SL1A 3QLHA 4I9LA 3DI6A 3AVLA 1TL1A 3D45A 5CZ2A 3OYEA 2A1RA 4KHWA 3SUNA 1VSLA 1VSDA 4DTOA 3OYMA 4CEZA 5D3GA 4FJMA 4CJFA 4KB0A 1KLNA 4ICLA 1Q9XA 1C0MA 4DQQA 4YFUA 3L2WA 5HLFA 2B5JA 3RTVA 4M3ZA 1RTIA 4O0IA 2HVHA 1L3UA 1ASUA 1RDBA 4IG0A 3V6DA 3PV8A 4FZXC 2D5RA 4OJRA 1NJZA 3AVMA 4FW1A 2F8SA 4B08A 3LP3A 4DQPA 3JSMA 3QO9A 1WAJA 4BDZA 3VQAA 4QAGA 4KHQA 3I0RA 4BDYA 3K5MA 4B9UA 1HQUA 3QERA 3THVA 4FK0A 4R5PA 4OLBA 3NF7A 4TSXA 2RPIA 4Z4FA 1HMVA 4Q5VA 1SKWA 3KKRA 1LWFA 1XHXA 4OGEA 2FBVA 4F4KA 1TKTA 4E3SA 3OS0A 5KGWA 4CJKA 1JLEA 3E01A 4RW7A 2XO7A 1ZBLA 1KSPA 4CGJA 3ZSYA 3QEWA 4N76A 3MEEA 1FKOA 4CIGA 3ZSWA 4FLWA 4CEOA 1TL3A 4CJWA 3KJVA 2O4IA 4CE9A 3MEGA 1D9FA 1QSSA 3QNNA 4O4GA 1LWCA 4KV8A 3HJFA 4HTUA 4CF8A 2OYQA 1UAXA 4GVMA 4CGIA 4ZTFA 4DU4A 1A5VA 4DSFA 4LSNA 4FJ5A 1RT5A 4FZZA 1IKVA 1NJWA 3OVNA 2QKKA 1S5JA 4CIFA 1ZBFA 4HUFA 1T8EA 3NGYA 4DTRA 3RMAA 4E7KA 4FJGA 4KTQA 4PUOA 2QXFA 2YNFA 1Z25A 1RBTA 4FYDA 3ZT2A 1VSIA 3MECA 3KD5E 2FC0A 3LAMA 4F3OA 2KFNA 3DLGA 3U3YA 2PYLA 1IKYA 4DFPA 1HPZA 3U3GA 5J2PA 1RT4A 4Z0UA 3DRRA 2DTUA 1C1CA 4W5NA 2HB5A 3OYBA 2IC3A 4RG8A 3I8DA 4E7LA 2HNYA 1QQCA 5J1EA 1N5YA 1L5UA 4FZYA 4KREA 3VA0A 2XY5A 4CJRA 4HHTA 3L2VA 3KLHA 4MFBA 4B9TA 3IG1A 4DSIA 4CECA 3IS9A 3HK2A 1HNVA 5C42A 5C24A 3ZSOA 3F73A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BRN A;  5GAH P;  3LDN A;  4DTX A;  3KD1 E;  4X62 K;  4FLU A;  4NCA A;  1JCE A;  2PAV A;  1ATN A;  2OTJ N;  3LDQ A;  4B9V A;  5DM7 L;  2VG5 A;  1T03 A;  1NOZ A;  4PL8 A;  4CJS A;  1T3V A;  2F7T A;  2HHW A;  3S9H A;  3D2E A;  1NGJ A;  1WSJ A;  5GAE P;  4HTL A;  3O6W A;  1T44 A;  4O5F A;  1TKX A;  4ILJ A;  5C15 A;  4B9L A;  2YI1 A;  4FJ7 A;  2FXU A;  4OX9 K;  4CJ3 A;  1S9G A;  4GMJ B;  3HM9 A;  4BC4 A;  4KAZ A;  2JWK A;  4JI2 K;  1EQY A;  3UKR B;  4CHZ A;  3THY B;  3M8Q A;  1DTQ A;  3ATV A;  3DM2 A;  4OPA A;  3TSP A;  3NH0 A;  1YJ9 N;  3WEE B;  2BGG A;  4B1X B;  4A59 A;  3QBX A;  1WNS A;  4DF4 A;  3K5L A;  3GL1 A;  3CJ7 A;  2O8C B;  3EO3 A;  2FBX A;  2GWK A;  3DLB A;  4B9M A;  4NYN A;  4BDP A;  3QB0 A;  3EYZ A;  3O4W A;  1B9F A;  3LAK A;  2BE2 A;  5BRD A;  1RDD A;  4GW6 A;  4Z4G A;  1LAW A;  3ZT1 A;  3P31 A;  1RTH A;  3L2R A;  1Q18 A;  2P9K B;  2Z1J A;  1L3S A;  2HW3 A;  4KHS A;  3EE8 A;  1FZI E;  3TSU A;  3OYA A;  1J6Z A;  1FPO A;  3QNO A;  4ISE A;  3LAN A;  2UUA K;  1D9D A;  4BQZ A;  1YI2 N; 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