3SCXA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 316
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 316
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3scxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3scxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3scxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3scxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3scxA03
2VWJA 3WNEA 4ZTFA 4NCAA 1EP4A 4CF2A 2D0BA 2HMIA 2OA8A 3ZT4A 4DSKA 4CERA 4DTRA 1YTUA 4CJKA 4Z4EA 4H4MA 1RBVA 3RMDA 2OPQA 1QQCA 4CGJA 1XC9A 1NKCA 3NFAA 3CFOA 4O55A 4M3TA 1LWCA 2IS3A 3TR8A 1CZBA 2BGGA 3SI6A 1TKXA 4RW7A 3U6FA 3OJSA 1RT4A 2IGIA 3TAEA 3IG1A 5J2MA 4FK2A 3AA4A 3LP3A 3RMCA 3C6TA 3P1GA 2HHTA 4RW4A 1TKDA 1U45A 3PUFA 1TK5A 1KVAA 4NCGA 1WSEA 3OVNA 4FJ5A 5J1EA 3WNFA 1LV5A 1CXUA 4FJIA 2Z1HA 1N5YA 3B6PA 4CHOA 3PX6A 4PWDA 4OPJA 4G1QA 4CHZA 4HUGA 3PV8A 1NJWA 3NGZA 1VRUA 5HLFA 4CCHA 4OGEA 3JSMA 1WSFA 3NF8A 4BE2A 4KRFA 1D8YA 2QKKA 4DTNA 4CJVA 2HHUA 4LH5A 5HRSA 1ZBFA 4CJFA 1IH7A 3B6OA 5I3UA 1X1PA 1SL0A 3AVJA 1UA1A 2YNGA 3O4NA 3TARA 3K5NA 4OLBA 2JLEA 3HPOA 3ZT2A 2HHVA 4I2PA 4OJRA 1BCOA 4KV8A 3AA3A 4DU3A 1S5JA 3F9KA 4JLHA 3ZSWA 1EX4A 3LP2A 4CJRA 3ISNC 4N56A 3P83D 2PYLA 4F2RA 4O0JA 3V9ZA 4MFBA 4N76A 4CGIA 1B9FA 3CFPA 3HVRA 5I42A 4KAZA 1BI4A 2PY5A 4AHVA 4JRPA 1TKZA 3OYAA 3QETA 4HVJA 4FJ8A 1JL2A 1Y97A 5J2PA 1C1CA 3MAQA 3DLRA 1KFDA 2Z1IA 3AVMA 1RBTA 1RT5A 3IAYA 4E3SA 4GMJB 5T7BA 4N41A 3HK2A 2BE2A 2ETJA 1MU2A 1SL1A 4FM1A 3HL8A 3RWUA 3ZSRA 1KTQA 1NJYA 3QINA 3NDKA 3RMBA 1C6VA 2A1RA 4B9VA 1HJRA 2G8VA 3HP6A 1Q8IA 2X6NA 2OZSA 4KTWA 3NGIA 3KK1A 2G8KA 1LWFA 2YNIA 2P5GA 4Z4GA 1VSDA 4RW9A 1WSJA 1TV6A 1HRHA 3M8SA 2IDOA 4CF9A 4IG3A 3P5JA 1SKWA 3K5LA 2YNHA 3CFRA 1C1AA 5SWMA 1RT7A 1BGXT 4M45A 2QXFA 2Z1JA 4IFYA 3V1OA 1X9MA 1J5OA 4E89A 1S1WA 1N6QA 4HCBA 4Z0UA 3L2RA 2XY8A 1ZBHA 3PY8A 1D5AA 2XY5A 2HVHA 1RBUA 4ID1A 3M8PA 4AHSA 3NE6A 1J9AA 3V9UA 1KFSA 2D5RA 3PO4A 4FK0A 5DK5A 4DSJA 1RTHA 1RDDA 2YV0X 4GVMA 1QHTA 4CEZA 3TABA 3OYKA 3TAQA 4B9UA 2P5OA 4FJNA 4B9LA 4CJQA 3VQ4A 4DSEA 4FYDA 4CEAA 3OYEA 3LP0A 1L3VA 4PA1A 1EETA 3DYAA 2GV9A 1WAFA 1S9EA 2DFEA 4AHTA 3JYTA 4NYNA 4IKFA 1GOAA 4FVMA 2GUIA 5CYQA 4JRQA 4CHNA 3PX0A 4M42A 3K5OA 3VQ8A 1S9GA 1TGOA 3KK3A 4BACA 4DQPA 4FZXC 3AVFA 3BGRA 3L2QA 3HM9A 4L8RB 1KCFA 1CXQA 4FLWA 2FC0A 2B5JA 1LW2A 3NH2A 3OYMA 3PO5A 4DS5A 4KREA 4ZTJA 3SCXA 3OYCA 3QEXA 1KVCA 4DQSA 4B3OA 3RR7A 2I5JA 4FK4A 2R7YA 1UOCA 1ASUA 5HRRA 3RRHA 4CK1A 5EU7A 3S3MA 1WNSA 3VN5A 1C0MA 3T3FA 2WOMA 3OYFA 4CGHA 1QSLA 4N47A 4KI6A 4KHWA 4KB1A 3OYDA 2W42A 2X6SA 3QERA 3LAMA 3RR8A 3NHGA 3DOKA 5KRTA 1XI1A 2FBTA 1C0UA 4CJTA 1SKRA 3H08A 5FDLA 1VSMA 1VRTA 2P1JA 2PYJA 2O4GA 2HNDA 2EHGA 4KHYA 3AO3A 1JLCA 1RT3A 3SV3A 3TI0A 3NBPA 4FLUA 1JXBA 3DLEA 1IO2A 1GOCA 3G0ZA 3V9XA 1IKVA 1Z25A 2KQ2A 2OPRA 3MECA 1TAUA 3ZSQA 3LANA 4OKEA 1D9FA 3MXMA 2FBXA 3ZSXA 4DSFA 3KLEA 3ULDA 4M3ZA 1FXXA 1RCHA 2P51A 3T19A 3V1QA 4R5PA 1QTMA 1JLEA 3T1AA 1NK7A 2GBZA 4DLGA 1RT1A 1WSGA 3WNHA 1U48A 2E4LA 2ZE2A 3AO1A 3LPTA 4H4OA 4CHYA 4OKKA 4HUFA 1QSSA 2Z1GA 3OS0A 4RG8A 4EP5A 1LW0A 3UIQA 3SYZA 4HTUA 3OYLA 4KO0A 2G8UA 4OLAA 3OYBA 5E41A 4RW8A 4C8LA 3SUOA 3OS1A 3NF7A 1KLNA 4CEOA 3KD1E 4O0IA 4E19A 1Q9YA 1RTJA 4O44A 3V9SA 3HSTB 4JS4A 4DLEA 3TAMA 3O3FA 1UA0A 3SNNA 2XY7A 3QEWA 4J2EA 1RNHA 1HNVA 4PUOA 4MQ3A 2QK9A 4DTXA 4ELVA 4DFKA 3KKSA 3OY9A 1XWLA 4E1NA 1BI4B 3DRPA 3DOLA 4CIEA 3S3OA 4CJEA 3KTQA 3SQ1A 1W9HA 3VQEA 4C8OA 1ZYQA 1ZBLA 4KTQA 3KK2A 1JLBA 3LZIA 2YNFA 4CGFA 3S9HA 4KHUA 2ITGA 4B08A 5JS1A 3CYMA 4KHQA 2X78A 4J2DA 1BQMA 1J54A 3ITHA 2NUBA 2OZMA 3LPUA 3MEGA 3OYGA 3SPYA 3QIOA 3NCIA 4FM2A 3ZSOA 2X74A 3DI6A 1VSLA 1BIUA 1G15A 4PY5A 4OPKA 3DRSA 4CGGA 3EYZA 1ASVA 4B9MA 1BISA 1TKTA 1NOYA 4FM0A 1HQUA 2F8TA 3L8BA 3VQCA 5CYMA 4FZZA 2B6AA 3I0RA 3NH1A 2AJQA 4DFJA 2DY4A 3ASMA 4BWJA 5HROA 4IBNA 3EZ5A 3KKRA 1JKHA 1C1BA 3L3UA 1NK6A 4J2BA 3DRRA 4J2AA 1I39A 1U47A 3VQAA 3OYJA 4KI4A 4DQIA 4QCLA 4DU1A 1KRPA 3TAFA 4FLXA 2FBYA 3C94A 3C6UA 3IS9A 4AHUA 4CHQA 3HT3A 4B8CA 1VSIA 3VQ9A 1X9SA 1BCMA 4DTUA 1T7PA 1YVUA 3HPHA 4F3TA 3AVNA 3DLKA 4EP4A 3SQ2A 1IKYA 4DMNA 3MXIA 3DLGA 3KD5E 3AVIA 3AO4A 3ZT0A 3K57A 1NKEA 1EKEA 3NGYA 3V4IA 5KRSA 2F8SA 3HP9A 3AV9A 3VQ6A 4DFPA 1FKPA 3KIOA 4DTJA 4CF8A 1FK9A 1NK5A 4AHCA 4DU4A 4NCBA 4CGDA 1EXQA 5HBMA 4N5SA 4CJUA 2ZD1A 3FFIA 1ZBIA 4FJ9A 1VSEA 4BWMA 1BQNA 1SKSA 1HYSA 4FJLA 2OPSA 1VSJA 1VSHA 4CJLA 3CQ8A 4I7FA 1DTQA 4FW2A 3ZT3A 3RTVA 1WAJA 2BANA 4EZ6A 4ICLA 3ZSVA 1Q9XA 1DLOA 3WNGA 4RW6A 4M3XA 2KZZA 2KFZA 4E7HA 2HHWA 1NJZA 5CY4A 1VSFA 3BDPA 1KLMA 1JLAA 4AHRA 2HW3A 4CJ3A 5J2QA 4KHNA 2YKMA 1HYZA 3SQ4A 1SUQA 2E6MA 4Y1CA 4KB0A 4DTMA 1LWEA 3AA2A 4DTSA 2HHSA 1F21A 5FRMA 3HJFA 4CJWA 3I8DA 2RPIA 2Y1JA 2HHQA 3MEDA 3VA3A 3C95A 5KTQA 4Q5VA 3D45A 4DF8A 3RMAA 1TL1A 2HB5A 4O4GA 4AILC 2VG5A 3QEPA 4DS4A 4E7LA 2HHXA 2LSNA 3CM5A 4CEDA 1HQEA 4Z4FA 3CM6A 3AVGA 5KI6A 3V9WA 4K8XA 3V1RA 4F2SA 2IC3A 3ZSYA 1FKOA 3VQBA 3OS2A 4FLTA 1BL3A 4W5RA 1BHLA 4LH4A 5HRNA 1RTDA 4FW1A 1YTAA 3KJVA 2QKBA 3SZ2A 1WSIA 2Y1IA 5KGXA 4F8RA 2YHAA 4FLZA 3AVCA 1T8EA 3QEVA 3SJJA 4NYFA 3ZT1A 4DG1A 2G8HA 4DTPA 4CFCA 2Q3SA 4BDYA 1JXEA 2KTQA 4CF0A 1D9DA 4B9SA 4FZYA 4DQRA 1B9DA 4ELTA 4EZ9A 4OVLA 4ID5A 2KFNA 1IG9A 5CZ2A 4CJSA 2PZSA 1I3AA 2A1SA 1RDAA 5DMRA 2KW4A 3HO1A 3VQ7A 3G10A 3QLHA 3K58A 3AO2A 1L3TA 1NK9A 5KGWA 5C25A 3U3YA 1B92A 4FJXA 3TAGA 4IDKA 4FXDA 3O3HA 2IOCA 1RBSA 4CFAA 3TANA 1U04A 2ZQBA 1L3UA 4CJ5A 3OYHA 4CFDA 3NF9A 4O5BA 1JL1A 1S1TA 2D0AA 3HXMA 1TK8A 1L3SA 1HYVA 4YNQA 1CLQA 4HCCA 4C8KA 3QNOA 1RDBA 1S6PA 4HHTA 4LSNA 1T03A 3AVAA 4W5TA 2OYQA 3U3GA 4PQUA 1JLFA 4C8MA 4DWIA 1RBRA 4Y1DA 3LDSA 3AVKA 3A2FA 1U49A 3L2UA 2G8WA 4F4KA 5C24A 4M3UA 1IKXA 3O3GA 3QNNA 5J2NA 4Z4HA 1LAVA 3VA0A 3NH0A 4FLYA 4DFMA 3V6DA 4CK3A 3AO5A 2WONA 3LWMA 4Z4IA 4IFVA 1GOBA 4H8KA 1S1VA 4B9NA 1TVRA 2YKNA 4GW6A 3SUQA 5SZTA 4BDZA 1JLQA 5FROA 2XHBA 4BE0A 4FJJA 3MEEA 3RRGA 1K6YA 1ASWA 3AA5X 1T05A 1WLJA 1WSHA 3I0SA 4UQGA 1HNIA 4FJ7A 3HVTA 4JS5A 3IRXA 3VQQA 1YT3A 3SUNA 3M8QA 5HRPA 1S1XA 4ZHRA 3LP1A 4F3OA 1SV5A 4KHSA 4CEQA 4CJ4A 3AVHA 2VWKA 4BDPA 1NK0A 2HNYA 4I9LA 1NJXA 4Q0BA 2O4IA 1S1UA 4OGCA 3OYIA 4M41A 5HP1A 3EY1A 1TK0A 1KSPA 4W5QA 3K5MA 3V81A 4E7KA 3NAEA 1A5WA 3CG7A 4LD0A 4YFUA 3DLHA 1NOZA 4TSXA 4M3WA 2OPPA 2DFFA 3MXJA 1RTIA 1TAQA 4E0DA 2XY6A 1BIZA 4Z4CA 1XHXA 3SV4A 1VK0A 4E7IA 3KLIA 3F73A 1QE1A 3AVBA 4FJHA 1HMVA 3VQPA 3THVA 4KTZA 3S3NA 2BDPA 1W0HA 1QS4A 4FJKA 1X9WA 1IKWA 4DSLA 4CIGA 3PX4A 3D0PA 4M3YA 1S6QA 1RT6A 3LWLA 1J53A 1JLGA 3TWHA 4I9QA 4CEEA 4DF4A 2DTUA 4FJMA 1A5XA 1ITGA 4LY7A 1U4BA 3VQ5A 3DLBA 2HVIA 1VSKA 4XIUA 3L2VA 4B8AB 1WN7A 2FBVA 3QO9A 1NK4A 3O4QA 3L2WA 3ALYA 4CF1A 1Z26A 4FCYA 2F96A 3TAPA 1REVA 2VG6A 2YHBA 4CEBA 4FJGA 4E7JA 4FLVA 4ELUA 1DTTA 3M8RA 5K14A 4CE9A 1NK8A 5C42A 4KKOA 4B9TA 2RN2A 3KLHA 1R0AA 1XHZA 3HYFA 5D3GA 4W5OA 4CECA 1L5UA 4AH9A 3SUPA 3LALA 3K59A 1O1WA 3LZJA 1RILA 1UWBA 2ATQA 3KLGA 1LAWA 4KPYA 5FRNA 4QOZB 2HNZA 4DTOA 4CHPA 1QSYA 3VQDA 2G8FA 3K2PA 3NF6A 2G8IA 4K8ZA 1HPZA 3HPGA 2KZMA 4OKJA 3DM2A 4DQQA 2XRIA 4IG0A 5JS2A 4CK2A 2JGUA 1ZBUA 2VG7A 2IAJA 3QESA 1CZ9A 2DFHA 2RF2A 3E01A 4BE1A 4DSIA 4CEFA 4CESA 3ZSZA 4C8NA 3AVLA 3ZCMA 1SL2A 3SPZA 4HUEA 3DMJA 4I2QA 2EX3A 4E1MA 1TL3A 3SQ0A 4LSLA 3OJUA 4W5NA 3QIPA 1KVBA 4KFBA 2XO7A 1RDCA 2B4JA 2RKIA 2D0CA 1C0TA 3QEIA 1A5VA 4CIFA 1RT2A 3LAKA 1UAXA 4QAGA 3OYNA 4CJPA 3L3VA 5CZ1A 4M3RA 3KLFA 1NKBA 4WE1A 4CFBA 2E6LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3VERA 3VENA 3VGLA 3T7ZA 3TSUA 2WOMA 4CGHA 4KI6A 1VQ5N 2GTDA 4QNDA 1QQMA 4DCHA 1SKRA 3M5RA 3CHWA 2HNDA 3EL2A 1HNWK 3TI0A 3NBPA 1JXBA 3DLEA 3G0ZA 1VQMN 3J2PA 1Z25A 4PL7A 2PBDA 5C2FA 1D9FA 3WEEA 4M3ZA 3V1QA 2QWPA 4QNCA 1QTMA 1JCFA 2GBZA 3O9TA 4JKAA 1U48A 4DB3A 3AO1A 3OS0A 4H5VA 4EP5A 3UIQA 1XU3E 2OCEA 1XVDE 5JVGL 4JK7A 3OS1A 3NF7A 3KD1E 3WSOA 4BC3A 4JS4A 3HSTB 3D2FB 1DKGD 4CZIA 4PUOA 4IOXA 3AGKA 2MMBA 4NXMK 3KKSA 1XWLA 3M6GA 1BI4B 3DOLA 3S3OA 1GLFO 4OO1J 4KHQA 4J2DA 3WXKA 3NCIA 3O9QA 2X74A 3DI6A 1VSLA 4L3QA 3CJCA 3WXJA 4ILJA 4IT5A 1NOYA 3ZYYX 4FM0A 5H1SQ 1HQUA 2F8TA 2OVQB 3NH1A 4FSVA 4FPBA 4DFJA 4BRCA 3C7NA 3EZ5A 4L8RB 5TKYA 1U47A 4A2BA 4KI4A 3A8YA 3KK7A 4DU1A 5AQLA 3S41A 2QWOA 3TAFA 4FLXA 3HT3A 5FLXO 4AHUA 4CHQA 3Q7BA 1T7PA 2A42A 4F3TA 1IKYA 3KD5E 3K57A 3VGMA 2QI2A 3VQ6A 4DFPA 4CF8A 5M1PA 3EEQA 4JI8K 3CIPA 4FWOA 1ZBIA 1BQNA 1VSJA 3U9DA 3THYA 3OHRA 1DTQA 4FW2A 3ZT3A 1N8RO 5BREA 3ULEB 3RSEB 3I55N 4RW6A 1VQ4N 4E7HA 1W2BM 2HHWA 1NJZA 1OH6A 1E4FT 3SMSA 1JLAA 4CJ3A 2YKMA 3SQ4A 2E6MA 4Y1CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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