3SCXA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 316
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 316
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3scxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3scxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3scxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3scxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3scxA03
3FFIA 2G8FA 1S1VA 3NF9A 1VSHA 2GUIA 1D9FA 4FYDA 2HHWA 1X9WA 5FROA 1Y97A 3SZ2A 4DLGA 3VQAA 1RTHA 3AO3A 1RBVA 3K5OA 1CXQA 4N41A 3L2UA 4O5BA 3RRGA 1REVA 3WNHA 3WNGA 4I7FA 1DTTA 2FBTA 4CJ4A 4DFKA 4F2SA 1LWFA 5KI6A 2IDOA 5J1EA 3KK2A 4DTSA 5C25A 3V81A 4F4KA 3AVKA 4O0IA 2E6MA 4I9LA 3RMCA 3L3UA 4DQPA 1RT3A 3DYAA 4B8AB 2KZMA 3V9SA 2G8HA 2G8UA 1HNVA 2OPSA 1BQMA 1S1WA 3AVNA 2P5GA 5KGXA 4W5QA 3V9ZA 2OPPA 3U3YA 3IG1A 1U48A 2FBYA 3IRXA 3OYAA 1L5UA 4CJFA 4AILC 3S3OA 3QNOA 5I42A 1IKXA 4CHNA 1CZ9A 1BQNA 1EXQA 4NCGA 1CZBA 4IG0A 2RF2A 2OZSA 1EETA 4OPJA 2DY4A 4E3SA 1RT6A 2I5JA 2KW4A 2PYJA 4DTPA 2D0AA 4CJ5A 4DFJA 2HHSA 3PY8A 4M45A 1VRTA 3KLHA 2XRIA 4N47A 3SJJA 1UOCA 3PO4A 4IBNA 4FJKA 4N76A 3B6PA 3LWMA 1VK0A 1BHLA 2E4LA 3L3VA 4N56A 3RMBA 2XY7A 1LAVA 3DI6A 5CYQA 3S3NA 1SKWA 3TR8A 4Z4HA 5HRNA 2X6SA 4CFDA 1QSYA 3MECA 1J5OA 1Q8IA 3BGRA 1C0MA 4CJRA 2X78A 4Q5VA 3BDPA 4CCHA 4M3ZA 3HP6A 3QEVA 1ZYQA 1CXUA 3LANA 1JLGA 1QQCA 1KVBA 4CECA 4FJGA 4I2PA 3V1QA 3HT3A 3HVRA 2QKBA 4AHVA 4AHTA 4CGIA 1QS4A 3TANA 1ITGA 1CLQA 1IKYA 3VQ8A 1T05A 4PY5A 2E6LA 3AVMA 3RRHA 4FJLA 1X9MA 4CERA 2YHAA 3TI0A 4CIEA 3SV3A 1T7PA 3OYMA 4BWJA 4CIFA 3TAPA 2RKIA 3CM5A 4KTQA 2EX3A 3SUQA 1R0AA 2F8TA 3OYKA 4ZTJA 1WSFA 1HPZA 1SL2A 3QEXA 1SL1A 4LSLA 3PO5A 1A5WA 1BI4A 1B9FA 4HUEA 2RPIA 2D5RA 3MXIA 4FZXC 2ATQA 3H08A 4FLUA 1BL3A 1VSLA 3HPGA 3OY9A 1KVAA 1QSLA 2PY5A 3ZSOA 3ZT4A 1T03A 3KD5E 4M3WA 1YVUA 1TKZA 4CJVA 1NJYA 4GVMA 4RW6A 3KKSA 3RMAA 3DM2A 4DLEA 3TABA 1LV5A 3OS2A 1S6QA 2YNGA 5K14A 3LWLA 2HHXA 4FLTA 2DFEA 3PX6A 3RWUA 1I3AA 3KTQA 1C6VA 2FBXA 4C8MA 3DLBA 3NDKA 4K8ZA 4J2EA 1S9EA 3AO1A 2BANA 3OYJA 1RBUA 1BISA 3LZJA 4HVJA 4F8RA 4QCLA 3CYMA 4EP4A 4ZHRA 3LDSA 4HUFA 3ZT0A 5HP1A 3HL8A 4LH5A 1C1BA 2XO7A 4WE1A 1QSSA 1LWEA 1U04A 4CFCA 4DF4A 3M8PA 1QTMA 3U6FA 3PX0A 3DRSA 1GOCA 4CK1A 1T8EA 4JS5A 4O44A 2BDPA 3DOLA 1YTAA 4KB0A 4E7KA 1RDDA 4EZ9A 4M42A 4FK2A 4FJHA 1HJRA 4NYNA 4CHZA 3LP1A 4CK3A 1RT4A 3SI6A 1FK9A 1ASUA 1W9HA 3OVNA 1ZBLA 3IAYA 3K59A 1SKSA 2IS3A 2QKKA 4DSEA 3DLRA 3VQBA 1NK4A 3K5NA 3HP9A 4KI6A 1KLMA 3ZSYA 4BE1A 1ZBHA 3AV9A 3VA3A 2YNFA 4NCAA 2KFNA 4HCCA 2WONA 4KREA 5SZTA 4CEFA 4O0JA 3SPYA 2YNIA 3AVCA 4KPYA 1RTDA 4Y1DA 4CJ3A 4DS5A 5J2NA 3C94A 4E19A 3OJUA 3PX4A 3LAMA 1LW0A 4CGFA 4DU4A 3CM6A 1YTUA 4M3RA 3VQDA 4KHWA 2HHUA 1L3TA 4AHCA 4FM1A 3F73A 4CFAA 3HM9A 3M8SA 1UWBA 3NH0A 4DTOA 3IS9A 1WSHA 4C8KA 4DTRA 3QEPA 1S6PA 3T19A 4CHYA 3AVJA 1WAFA 4OKJA 1RDAA 3VQ5A 1IG9A 5J2PA 1VSMA 4Z4FA 1QHTA 3HYFA 4B9NA 3QNNA 2Z1GA 1VSEA 2DTUA 3KLEA 2A1RA 1HQEA 3LAKA 1KFDA 5FDLA 3SUOA 4FJJA 4H4MA 2XY6A 2F8SA 2VG7A 4LH4A 5CZ2A 1BIUA 2B4JA 4W5OA 2HB5A 1EX4A 4GMJB 2DFFA 3EYZA 5HRSA 3T1AA 3JSMA 4B9SA 3CFOA 1JLQA 4KO0A 3NGZA 3AVGA 4JS4A 3DRRA 3P1GA 4BE2A 5CZ1A 1FKPA 5HRRA 3SV4A 2KFZA 4H8KA 3HPHA 4AHSA 4M3XA 1BIZA 3THVA 1TK5A 2VG6A 4C8LA 1Z26A 3VQPA 2IGIA 4FLYA 4JLHA 4O4GA 3L2QA 1J54A 2D0CA 1RT5A 3QINA 5HLFA 2OA8A 4CIGA 2VG5A 4CJSA 4M41A 4DSKA 3VA0A 3P83D 4E7IA 3MEDA 4FZYA 4FJ9A 3K2PA 3AO2A 3WNEA 1UA1A 1J53A 4AH9A 4B9TA 3QEWA 1RT1A 3NAEA 2HMIA 3EY1A 2KZZA 4KHUA 1SV5A 2NUBA 3VQEA 4DFPA 1TKTA 3CQ8A 1HYSA 1JKHA 4MQ3A 4M3YA 3SQ1A 3QLHA 3ZSRA 3AVBA 2OZMA 2G8KA 1RT7A 4KRFA 2JGUA 1RNHA 3OYCA 1IKWA 1JLEA 4RG8A 4Z4EA 4G1QA 2OYQA 1ASWA 4CJPA 4CGHA 1KRPA 4FXDA 4CHPA 3KK3A 1L3SA 3I0RA 3NH1A 3O3HA 5I3UA 4CK2A 4FJNA 1WLJA 3QERA 4KTZA 2FC0A 4KHYA 1U45A 3S9HA 1WSIA 2RN2A 3EZ5A 3NHGA 4HCBA 4FK4A 2Y1JA 1KTQA 1JL1A 3NF8A 4Z0UA 4E1NA 4E1MA 4OJRA 3M8QA 1F21A 4LSNA 4BDZA 4FJ5A 1KCFA 3G10A 3NGYA 4DSLA 1C0UA 1JXEA 2B5JA 5HROA 4J2BA 1S9GA 1ZBFA 4CEZA 4FJXA 3OYIA 1KLNA 3O4NA 4HUGA 1U4BA 4KKOA 1WSGA 4KV8A 1N6QA 3LPUA 3KK1A 1VSJA 2YKMA 3SPZA 4E7JA 4ICLA 1WN7A 2HW3A 2IOCA 3OYGA 2F96A 1NJXA 1HYZA 3AA2A 5FRNA 5SWMA 1DLOA 3PV8A 1TKXA 1VSDA 1L3VA 4XIUA 3ZSZA 3E01A 5DK5A 5T7BA 1VSKA 4UQGA 4B9LA 3AVLA 3B6OA 4KTWA 2IAJA 4FLXA 4NYFA 4B3OA 2KTQA 3QIOA 4RW4A 3I0SA 1FXXA 4CJWA 2QK9A 2G8WA 3AVAA 2Z1JA 4E7HA 1GOAA 1RT2A 4B9MA 1TAQA 1NJZA 2Q3SA 3L8BA 2P1JA 4AHUA 3KLIA 2G8VA 3U3GA 4E0DA 4GW6A 3L2WA 2ZE2A 3JYTA 3QO9A 3LALA 3VQ7A 4OKKA 4DQRA 1VRUA 3LP3A 3WNFA 1HYVA 3HO1A 1HMVA 1NKCA 3OJSA 1RDCA 4KB1A 4OLBA 4DS4A 3OYEA 1O1WA 3NBPA 4KFBA 2BE2A 2D0BA 1ZBUA 5CY4A 4JRQA 5KRTA 3MXMA 4DTMA 3HK2A 2HNYA 2HHVA 4H4OA 4I2QA 1DTQA 1HRHA 4TSXA 3NH2A 4BDYA 2HVHA 4F2RA 3ISNC 2VWJA 1HNIA 2YKNA 1S1TA 3ZT1A 1RBRA 3DMJA 1IH7A 1RTJA 3V1RA 4DSIA 5JS1A 4RW9A 3ULDA 3AO5A 3QESA 1RILA 3NE6A 3KLFA 3K57A 3K58A 4J2DA 3NFAA 2HNZA 2G8IA 4OLAA 3ALYA 1WSJA 4CJEA 4DMNA 4YNQA 3TAEA 1ASVA 3QETA 3VQ4A 1S1XA 3V4IA 3TAGA 2LSNA 5JS2A 4FW1A 4CEBA 3DLGA 4FM0A 3V9WA 1W0HA 4IKFA 2HNDA 3ZSXA 3O3GA 4DF8A 4DU3A 1Q9XA 3UIQA 4F3TA 4FLVA 4FJIA 1B92A 3SCXA 4DFMA 3AVFA 3DOKA 1KFSA 4E89A 4KAZA 2YHBA 1YT3A 2Z1HA 4CGGA 4YFUA 2A1SA 4CJUA 4CGJA 3OYFA 3T3FA 3NCIA 1S5JA 1QE1A 3C6UA 4CESA 5KTQA 4DQSA 1SUQA 3A2FA 1BCOA 2PZSA 4FW2A 2BGGA 1NKBA 1WAJA 3O4QA 4LY7A 3HSTB 3MXJA 1LW2A 3S3MA 4HTUA 1NK0A 4BWMA 1K6YA 2EHGA 1BI4B 2ITGA 3HVTA 4CF1A 1U49A 4C8OA 3AA3A 3CFPA 1JXBA 1X1PA 1Q9YA 2OPQA 1NOYA 3C95A 4KHSA 4CF0A 3V9UA 4LD0A 4F3OA 2O4IA 1A5VA 4CF8A 2KQ2A 1C0TA 4ELUA 2W42A 3LP0A 4E7LA 1TKDA 2QXFA 4RW8A 5C42A 1NK6A 3K5LA 2Z1IA 4IG3A 3ZSVA 5HRPA 2X74A 3MEGA 4J2AA 1BGXT 1RTIA 2XY8A 4PQUA 4FZZA 1VSIA 2P51A 3AA4A 4DTNA 4I9QA 3NF6A 1L3UA 5KGWA 4O55A 3AO4A 3ZT2A 4ID5A 1C1AA 2JLEA 3OYDA 1BCMA 4CFBA 1NK9A 2HHTA 3V9XA 1TGOA 1JL2A 4ID1A 4OGCA 1XI1A 3OS1A 4KHNA 1G15A 4Z4GA 4CEEA 3SQ0A 3RMDA 1RCHA 3VQCA 4ELTA 4OKEA 1KVCA 4OPKA 4JRPA 1XHZA 4CF2A 3SUNA 5J2QA 4KHQA 1JLFA 1XHXA 1UA0A 2O4GA 3SQ2A 3M8RA 1IO2A 4CEOA 4FJ7A 2OPRA 5J2MA 3CFRA 1NK7A 1JLBA 2ETJA 4CE9A 3G0ZA 4BE0A 1TV6A 4CHQA 3VQQA 4N5SA 3OS0A 2X6NA 4M3TA 2B6AA 4DQQA 4W5NA 4DTXA 1IKVA 1NOZA 2IC3A 3AVHA 3KD1E 3LP2A 4EZ6A 3HJFA 1N5YA 3RR7A 3KKRA 2YV0X 5CYMA 3TAFA 4FLWA 4DTJA 4FVMA 1JLAA 1TVRA 3TAMA 4BACA 3QIPA 4MFBA 1U47A 2GBZA 4DU1A 1I39A 3C6TA 4CJQA 3V1OA 1RBTA 4CEAA 4DTUA 4CGDA 3D0PA 4OVLA 4FM2A 3I8DA 1UAXA 1RDBA 3ZSWA 2HHQA 4QAGA 3RR8A 4W5TA 4IDKA 3OYBA 1D8YA 2R7YA 1RBSA 2AJQA 1LAWA 1TL3A 3AA5X 3AVIA 4BDPA 1XWLA 4IFVA 3KLGA 1S1UA 1NKEA 4CJTA 3V6DA 2P5OA 5E41A 1SKRA 3CG7A 3HXMA 1SL0A 3ZSQA 4W5RA 4DG1A 1D9DA 4FLZA 5DMRA 1HQUA 3ZT3A 4R5PA 1JLCA 5EU7A 4EP5A 1MU2A 1C1CA 2FBVA 5C24A 1LWCA 4CEDA 2Y1IA 4K8XA 3TAQA 2WOMA 1WNSA 1J9AA 3DLHA 3LPTA 4CEQA 5HBMA 1EP4A 2YNHA 2GV9A 3O3FA 3F9KA 3NGIA 1Z25A 2XY5A 3SUPA 4B08A 3ASMA 3ITHA 3K5MA 1NK8A 4RW7A 4Z4IA 3DLEA 3VQ9A 3OYHA 3NF7A 2DFHA 4CJKA 3MAQA 3MEEA 3SYZA 1D5AA 1B9DA 4Y1CA 5KRSA 3SQ4A 4FK0A 1EKEA 3D45A 1KSPA 3TARA 3L2RA 1ZBIA 4NCBA 3DLKA 4Z4CA 3OYLA 1VSFA 4FCYA 3DRPA 3HPOA 3RTVA 4B9UA 4M3UA 5FRMA 4Q0BA 1X9SA 4AHRA 4CJLA 2ZQBA 4B8CA 1TL1A 3TWHA 4FJMA 4PA1A 3QEIA 4IFYA 4PWDA 4PUOA 2XHBA 1WSEA 5D3GA 3OYNA 4DQIA 4FJ8A 2PYLA 3P5JA 4CHOA 4CF9A 4C8NA 4QOZB 3SNNA 1FKOA 1TAUA 1NJWA 4DSJA 4L8RB 1TK0A 1GOBA 3VN5A 4KI4A 4DWIA 4ELVA 2VWKA 1A5XA 3PUFA 4HHTA 4B9VA 3ZCMA 1TK8A 3LZIA 3L2VA 1XC9A 2ZD1A 4DSFA 3VQ6A 4ZTFA 2HVIA 4OGEA 3KJVA 1NK5A 3KIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PSI A;  5AQZ A;  2WUS A;  3N1B A;  4FYD A;  1D9F A;  5AZI A;  3WXL A;  2HHW A;  2O8D A;  1RGI A;  3SZ2 A;  2YHY A;  3G6E N;  5MLC Q;  2ZGZ A;  3FZM A;  1VQO N;  3RRG A;  5KI6 A;  5J1E A;  1QQN A;  3KK2 A;  4DTS A;  4F4K A;  4IEI A;  4DR2 K;  4DQP A;  3MDQ A;  3OGK B;  1RT3 A;  4W5Q A;  5AQP A;  3AVN A;  4BRQ A;  2OPP A;  5AQJ A;  2LF3 A;  1VQK N;  4H0O A;  3QNO A;  4O8U A;  5I42 A;  2D4W A;  4NCG A;  4BRM A;  5JMV A;  2OZS A;  2QWL A;  3KHY A;  4H5T A;  5KPR A;  1BWF O;  1RT6 A;  2ASM A;  2I5J A;  1JCE A;  2OVP B;  4CJ5 A;  3CPW M;  2J4R A;  1KAY A;  2QW9 A;  1V4T A;  2RHK A;  2XRI A;  3SJJ A;  4N47 A;  3PO4 A;  5BRF A;  3ID8 A;  4BY9 C;  1GLJ O;  1T6C A;  3LWM A;  4LFA K;  1BHL A;  2E4L A;  2XY7 A;  1LAV A;  1LDK E;  3DI6 A;  3CF5 L;  1QSY A;  1J5O A;  3BGR A;  4CJR A;  1ZYQ A;  1CXU A;  1JLG A;  1QQC A;  1KVB A;  4CEC A;  3OBY A;  4I2P A;  4AHT A;  3TAN A;  4DV7 K;  3L6Q A;  3E66 A;  4FJL A;  2JQT A;  2YHA A;  4EHT A;  1HR0 K;  4CIE A;  3FZK A;  3OYM A;  2VYP A;  1WSF A;  1HPZ A;  1VHX A; 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