3SCXA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 316
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 316
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3scxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3scxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3scxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3scxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3scxA03
4CEDA 2ATQA 1R0AA 2WOMA 3I0RA 5KRSA 1B9DA 4DTRA 1I3AA 1ZBUA 2ZQBA 1TAUA 3OS2A 3PY8A 4CHZA 2HHUA 2BE2A 1HYVA 3TAQA 1JLQA 3NGIA 1B9FA 1REVA 3SYZA 1S6QA 3K5NA 2HHWA 1HNIA 3K5LA 3NH1A 4DS5A 1EETA 3L2VA 5J2NA 1ZBIA 4EZ9A 4F3OA 1U04A 4BDYA 1KVCA 3D0PA 1QSLA 4IFVA 1DTTA 4Z0UA 3M8SA 4FLZA 1VSLA 5JS2A 3LPUA 3MXMA 2PYLA 3VQEA 4IDKA 3KLIA 4CHPA 4CJQA 3L2UA 4CGHA 3OYKA 4CF2A 4FZXC 4I9LA 2ITGA 2OPSA 3HVTA 1D5AA 3SI6A 1HNVA 4HCCA 3VQDA 2OPQA 3MECA 2F8SA 3C95A 1JLEA 2KZZA 2YNGA 3G0ZA 1X1PA 4M3ZA 1J9AA 4B3OA 2Z1JA 3KLHA 1WAJA 1XHXA 3SPYA 3KD5E 4M3XA 3ZT1A 1QSYA 3NH2A 2Z1GA 4I7FA 5CYMA 2W42A 1ZYQA 2HVIA 1NK0A 4CGFA 2G8WA 3A2FA 1SV5A 3MEGA 2IDOA 3ZSYA 4CEZA 4BDPA 1XHZA 1LWCA 3AVCA 4RW7A 5HRSA 3SQ1A 4PA1A 3O3HA 4KB1A 4KI4A 1HYZA 4DTUA 4DWIA 3T3FA 3ISNC 5DK5A 4K8ZA 1HJRA 1LAVA 1O1WA 2RKIA 4H4MA 3ZT2A 5E41A 3SUOA 3HK2A 4ZTJA 3OYAA 4ID5A 1LW0A 3RMBA 1RDCA 4J2EA 4E7KA 4B8AB 3NH0A 3TANA 3LALA 2DFFA 1VSEA 4Z4CA 4DFMA 4KTZA 5J2QA 3QNNA 4Y1CA 1CXUA 4E7IA 5EU7A 1BQNA 3K59A 3ZT4A 1CZBA 4O0JA 1VSIA 3VQ4A 4J2BA 5CZ1A 5C25A 1C1AA 3SCXA 4AHCA 3V9WA 4DTJA 4CJEA 2G8KA 4DFJA 4LSNA 2XO7A 4L8RB 4FJNA 4FLUA 2BANA 2RN2A 4J2AA 4RW9A 1UA1A 3QEXA 2B5JA 3NF8A 2FBVA 2YHBA 3LAMA 1WAFA 4MFBA 4CEEA 3WNHA 1FXXA 1RCHA 3OYEA 4F3TA 4CGGA 3AA3A 1X9SA 2ZE2A 4KRFA 3PO5A 3DMJA 3S3NA 3DRRA 1GOBA 2R7YA 2Q3SA 3HPGA 1Q9YA 3NBPA 3VQ5A 1XC9A 2PYJA 4DTMA 3SNNA 3LDSA 1NOZA 3NF9A 3PUFA 3AO1A 1RBVA 1TKTA 4BE0A 3KTQA 3SUPA 4NYFA 3DRSA 4CJ4A 1JKHA 4RW4A 3K58A 4OPKA 2HHTA 4B9MA 2X78A 5SWMA 2X6NA 4FK4A 1C1CA 2YKMA 4I2QA 4O44A 3VA3A 4OJRA 1T05A 3RRGA 3F9KA 2Z1HA 3VQCA 3OYGA 3AA2A 4GMJB 4E7JA 3LP2A 1L3UA 1RTDA 2D0CA 4QCLA 1VSJA 1WNSA 3AO2A 4OKKA 3OYJA 4BDZA 5C42A 4W5TA 1SKWA 5HROA 4Z4EA 1KLMA 3HP6A 1CXQA 3EY1A 3BDPA 1YTUA 2HVHA 3SQ0A 3KLEA 4F2SA 4CJSA 3S3MA 2D5RA 4XIUA 3HM9A 3CFOA 1TVRA 1VSHA 4CK3A 4M42A 3VA0A 4PWDA 4CF1A 3AVJA 1ITGA 2E6LA 4B9SA 3RTVA 4FK0A 4KHQA 4ICLA 4IG0A 3U6FA 4CGDA 3MXIA 2OPPA 4WE1A 4CHOA 4KKOA 4FJ8A 3DM2A 3VQBA 2HW3A 3K2PA 1UA0A 2YHAA 4NCAA 1RTHA 3OYCA 1TK0A 4W5NA 1C0TA 4OVLA 2ETJA 4W5OA 2B6AA 3OYFA 1S6PA 3SUQA 4M3YA 3QESA 4OKEA 1WN7A 4W5QA 3KKSA 4F8RA 1BI4B 3DLKA 4FK2A 3L2QA 3HVRA 1W0HA 2KFNA 3AO3A 3DLBA 4DSJA 4Z4GA 3ZT0A 3LAKA 4EP5A 1NOYA 2D0AA 2EX3A 3ASMA 1C1BA 3C6UA 1QS4A 3RR7A 3QNOA 2YKNA 1TKZA 1BCOA 2QKKA 3NAEA 3SZ2A 3NDKA 4DFPA 4F2RA 2HHXA 3F73A 2HNZA 3DLGA 1KLNA 3SUNA 3AVBA 1L3VA 2FBXA 1WSEA 4JS5A 4CECA 2OYQA 1TL3A 3M8QA 4H8KA 4FJXA 3B6OA 4JLHA 3SQ2A 1S5JA 4CHQA 2XY5A 3VQAA 1A5VA 3LP1A 1S9GA 4OPJA 2G8UA 1NKEA 3LANA 4DSEA 1RBSA 4KTWA 3VQ7A 4DU3A 3TABA 4FLXA 3AVMA 3AO4A 3SPZA 4DTSA 3D45A 3LP3A 1YTAA 4CE9A 4RW6A 1DTQA 1D9DA 1BGXT 4Z4IA 1CZ9A 4DTNA 4KB0A 1S1XA 1S1TA 2ZD1A 3P1GA 1J54A 3O3GA 3HXMA 5HRNA 4YFUA 3TR8A 4O0IA 3T1AA 3CYMA 1QQCA 4AHSA 3IS9A 3VQ8A 4CGIA 1Z25A 3TAPA 4YNQA 3TWHA 1T8EA 4R5PA 3DLHA 4DLGA 3RMDA 3AVGA 4NCGA 1FKOA 1VSMA 4ID1A 4CJ5A 4PY5A 1NJYA 4HUFA 4ZHRA 4CJ3A 1RT6A 2EHGA 3V81A 4CHYA 3HP9A 3ZSXA 4FJIA 2O4GA 3QEVA 4CJVA 4M45A 3RRHA 2XY7A 2HB5A 2VWKA 4MQ3A 3OYMA 1HRHA 1RT4A 2PY5A 5HLFA 4KHNA 5K14A 5I3UA 4CFAA 3DOLA 4W5RA 3P83D 4CJPA 4C8LA 2G8IA 1BHLA 5FDLA 3EZ5A 1XWLA 2X6SA 3V9UA 4DF8A 1RBRA 2G8VA 2A1SA 1ZBHA 3ULDA 1Z26A 4AHTA 1NK6A 3NGZA 4C8KA 1WSJA 2D0BA 3K57A 2AJQA 1BISA 3AVAA 1RBTA 1KVBA 2A1RA 5I42A 1KVAA 4Y1DA 3IRXA 3NF7A 3DLRA 4DG1A 4CJFA 1J53A 1U45A 1RTIA 4KREA 2F96A 4RG8A 4N56A 2LSNA 2RPIA 3QLHA 4DSLA 3PX4A 1ZBLA 1IG9A 1RTJA 4FLWA 4B9UA 3O4QA 4QOZB 3MXJA 4E3SA 4FM0A 4DLEA 4CK2A 1BCMA 4FW1A 5J1EA 2GUIA 3QIOA 2YV0X 4BWMA 1TK5A 1FK9A 1LW2A 1I39A 2YNHA 1NK7A 3K5MA 1WLJA 1RDDA 1SL0A 1QHTA 1WSFA 1NJZA 1EXQA 1JL1A 5T7BA 4HVJA 4CFBA 3AVFA 4CF9A 1QSSA 4FJ7A 3QEPA 1VK0A 3IAYA 3OYLA 1SL1A 3VQPA 2DTUA 4UQGA 4CK1A 3HT3A 4FW2A 3C94A 2DFHA 3LZIA 1IKYA 1HMVA 3U3GA 3M8RA 2Y1JA 3BGRA 3DLEA 1QE1A 1BQMA 1U47A 3B6PA 1JXEA 4E1MA 2F8TA 2JGUA 1VRUA 5FROA 3AVIA 4DSIA 4DQSA 4H4OA 4CFDA 4KHWA 3OYDA 1X9MA 3VQ9A 2HMIA 4BWJA 3MEEA 1KFSA 3THVA 3S9HA 4HCBA 2IC3A 1CLQA 5KRTA 1X9WA 5KI6A 1IKVA 4O55A 4CF8A 1SKSA 2HNYA 1BIUA 4CESA 4CEQA 4M41A 1RT2A 1JLAA 4FJJA 2DY4A 4I2PA 4FJMA 2DFEA 3OYBA 4B9LA 5HRRA 1JL2A 1U4BA 4AH9A 4E19A 3PX6A 4KPYA 4F4KA 3KLGA 2NUBA 1ZBFA 4AHRA 4FJGA 2Z1IA 4EP4A 1C0MA 4FVMA 2E4LA 1LWEA 4CIFA 3CQ8A 5FRMA 4CJWA 3SJJA 4M3UA 3AVHA 3UIQA 1NKBA 5CYQA 3QEWA 2P5OA 1Q8IA 5HP1A 3L3VA 3O3FA 4KAZA 2OPRA 4Q5VA 4HUGA 4DSKA 2P1JA 5J2MA 4KHYA 2IOCA 4N47A 2E6MA 1T7PA 1RBUA 1D8YA 3KD1E 2KTQA 4DTOA 4O5BA 4Z4FA 1TGOA 3NHGA 1S9EA 4IKFA 4FCYA 2JLEA 2WONA 1SL2A 4QAGA 2IGIA 4IFYA 4E7HA 5FRNA 3QIPA 3ZSRA 2B4JA 3ITHA 1WSGA 3WNEA 4FXDA 3NFAA 4FM2A 2HHVA 3L2WA 4IBNA 4M3RA 3MEDA 2VWJA 4C8MA 4OLBA 1B92A 4C8NA 1UAXA 4CF0A 3ZSVA 4CERA 4BE1A 3SV3A 3LWMA 1QTMA 2KW4A 3ZSWA 2O4IA 1RT5A 3IG1A 1ASVA 1EP4A 2VG5A 4B9TA 4FLTA 1Y97A 3KIOA 4DQPA 1SKRA 4LY7A 2IS3A 3VQQA 2RF2A 3V9ZA 4Q0BA 4CHNA 4OKJA 1TKDA 3RR8A 1T03A 3HPOA 2I5JA 4KHUA 3QEIA 3DI6A 1HPZA 2GBZA 4FJKA 4M3TA 5JS1A 1Q9XA 1K6YA 1VSFA 4B8CA 3EYZA 1A5XA 1YT3A 3V1QA 1TAQA 3TI0A 3OYHA 1JLFA 4LH4A 1IKWA 2IAJA 1RDAA 1UWBA 3OJSA 4B9NA 4DTXA 1FKPA 5C24A 3HO1A 1HQUA 4FLYA 3NGYA 3V1RA 3OY9A 3E01A 4JS4A 1YVUA 1NKCA 4FYDA 2FBYA 3JYTA 3I8DA 1VRTA 1JLGA 4KHSA 5HBMA 3DRPA 3OYIA 4DTPA 5HRPA 4DQQA 4CCHA 3RMCA 1TK8A 3S3OA 2PZSA 3ZSOA 3AV9A 1RDBA 3ZSQA 4I9QA 1LWFA 3G10A 1S1UA 2YNIA 3AVLA 3PO4A 1UOCA 1VSKA 4E0DA 4PQUA 4CEBA 3TARA 4KTQA 4NYNA 1A5WA 4ELVA 4LSLA 1RNHA 2FBTA 3L2RA 2OZSA 5KGWA 3VQ6A 2GV9A 4GW6A 1IO2A 2XRIA 4G1QA 2Y1IA 3KK3A 4BACA 4E89A 1GOCA 3KKRA 5KTQA 2YNFA 1G15A 1SUQA 3QINA 3WNFA 3CM5A 1KFDA 3HYFA 4KO0A 3U3YA 2FC0A 4CFCA 1N5YA 2OA8A 5D3GA 2VG6A 4CJTA 3KLFA 1L5UA 1TV6A 3TAFA 1RT7A 4DFKA 3TAEA 2HHSA 1U49A 4B9VA 1BI4A 4DQRA 1NK9A 4ELUA 3QETA 1EX4A 3O4NA 3ZT3A 1U48A 3RMAA 4EZ6A 4FJ5A 4J2DA 1MU2A 4FLVA 3LPTA 1RT3A 4ELTA 5CZ2A 4FZYA 1KCFA 4CGJA 1NK8A 1KRPA 2QK9A 2XY8A 1NK4A 1L3SA 1D9FA 2HHQA 2KZMA 1L3TA 1HQEA 4CEOA 3PV8A 3V4IA 1W9HA 2QKBA 3KK2A 3CM6A 3ZCMA 4ZTFA 3AA4A 4TSXA 4NCBA 3H08A 2QXFA 1WSIA 2KFZA 1NJXA 2XHBA 4DQIA 1N6QA 3V1OA 5SZTA 4AILC 4CJRA 4PUOA 3TAGA 3HJFA 3RWUA 1WSHA 4N41A 4CEFA 4CIEA 3QERA 4LD0A 3KK1A 2G8FA 3SQ4A 1C0UA 3AVNA 4DSFA 1NJWA 1S1VA 3OYNA 2BGGA 4IG3A 4AHVA 1KTQA 3I0SA 1S1WA 3L3UA 3V9SA 3JSMA 3AO5A 1ASWA 3MAQA 3PX0A 1LV5A 3CG7A 4KV8A 4FZZA 4OLAA 1HYSA 3T19A 2OZMA 1TKXA 4E7LA 4N76A 1NK5A 3OS1A 4B08A 3CFPA 1JLBA 3K5OA 3KJVA 3V6DA 4HTUA 1ASUA 3VN5A 3WNGA 3SV4A 1RILA 2VG7A 3LZJA 4JRQA 4AHUA 3ALYA 3C6TA 3NF6A 3DYAA 4JRPA 1TL1A 3M8PA 1J5OA 4E1NA 4HUEA 4OGEA 4C8OA 3LP0A 2XY6A 4BE2A 4CJKA 3OS0A 4CJUA 3P5JA 2HNDA 3FFIA 3AA5X 2P51A 3NE6A 3DOKA 4RW8A 2X74A 1BL3A 4OGCA 4KI6A 4FJLA 3AVKA 1C6VA 4DS4A 4FJHA 3ZSZA 1JLCA 4DU4A 4HHTA 4CJLA 5J2PA 1XI1A 4DF4A 5DMRA 4GVMA 1IH7A 3CFRA 4FJ9A 5KGXA 1BIZA 4N5SA 1LAWA 4Z4HA 1IKXA 3OJUA 1KSPA 4FM1A 3LWLA 3L8BA 4DU1A 4K8XA 1F21A 3HSTB 4KFBA 4O4GA 2KQ2A 3TAMA 3HPHA 3OVNA 3NCIA 1GOAA 3QO9A 2G8HA 4CEAA 1VSDA 2BDPA 1JXBA 4CIGA 1DLOA 3HL8A 4M3WA 2P5GA 1EKEA 1RT1A 5CY4A 4DMNA 4LH5A 3V9XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2F4V K;  3BZC A;  5AFU A;  5JLF A;  1I3A A;  2ZQB A;  2E32 A;  3OS2 A;  1REV A;  3SJH A;  3SYZ A;  3K5N A;  1XMF E;  3K5L A;  1EET A;  1XVF E;  3L2V A;  4EZ9 A;  3E4W A;  1QSL A;  2O8B A;  1NGJ A;  4OO1 J;  4ILG B;  5JS2 A;  3LPU A;  2PYL A;  3TTF A;  4B1X B;  3KLI A;  1EWR A;  4A5A A;  4FWN A;  3MEC A;  5AQL A;  2B1E A;  4L3Q A;  1JLE A;  3THW A;  3G0Z A;  2Z1J A;  1XHX A;  4JKA A;  3KD5 E;  3ZT1 A;  1QSY A;  2W42 A;  3U9Z A;  2O8C A;  2G8W A;  3R1X A;  3A2F A;  3MEG A;  4XH5 A;  3WQT A;  3MWT A;  1T3V A;  4X5M A;  3CET A;  3SUO A;  1NEX B;  1X9J A;  3CC2 N;  4B8A B;  3FGU A;  2DFF A;  3KZB A;  4GV3 A;  4KTZ A;  3THX A;  4E7I A;  3CCQ N;  4J8F A;  3SCX A;  1BA0 A;  3FFK B;  3V9W A;  3LM2 A;  2XO7 A;  2I7N A;  4FLU A;  2IVO A;  1Q86 O;  4J2A A;  4RW9 A;  5TKW A;  3QEX A;  4YOX A;  3E1Y A;  2YHB A;  3LAM A;  1WAF A;  2A3Z A;  1FXX A;  3WNH A;  5HOO A;  4DUZ K;  1X9S A;  3WXJ A;  2QA4 N;  1N34 K;  2ZE2 A;  1N1C A;  4I6M B;  4BRE A;  4EYW A;  4K43 A;  3S3N A;  2ZF5 O;  1XMO K;  2Q3S A;  4BRQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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