3SCXA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 316
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 316
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3scxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3scxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3scxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3scxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3scxA03
4FJXA 1X9SA 2KFZA 2VWKA 3TR8A 4E19A 4DQPA 4M3YA 1JLBA 2E4LA 1SV5A 3C6TA 3NGYA 1HNVA 1RTHA 3AVNA 4CJVA 4HCBA 3AO1A 3SV3A 3ITHA 5CZ2A 3AO4A 4CK1A 1T05A 1D9DA 2G8HA 3RR7A 3LP1A 1NK4A 4DQSA 3SV4A 2A1SA 4DFJA 4F3OA 3ZT0A 2PYLA 1WN7A 1D5AA 4FZZA 4BDYA 3SCXA 4J2DA 1TKTA 3MXMA 3BGRA 1RT3A 4AILC 1BL3A 4Z4EA 4FJJA 4RG8A 2XY6A 3V4IA 2IC3A 4ZTFA 3NBPA 4KRFA 1VSEA 4FM0A 1WSIA 2E6MA 4CEFA 4DF8A 2IS3A 4E7JA 4DQQA 4E0DA 3OYHA 3NDKA 3L8BA 3ZSXA 1LWCA 2IOCA 1TL3A 1KTQA 3DM2A 4CJ4A 4OLBA 3F9KA 1RDDA 4PY5A 1S1UA 4Y1DA 3OYDA 1VRTA 4EZ6A 4M45A 2HW3A 4M3UA 1NK8A 4FLZA 1TGOA 3A2FA 4C8OA 4RW8A 1MU2A 4LY7A 4C8NA 3PUFA 4FW2A 3VQCA 4DSEA 2Y1IA 3ZSOA 4C8LA 4ELTA 2O4IA 1XI1A 1JKHA 4OKKA 4CE9A 3OY9A 4FJ5A 1FKPA 2ETJA 2IGIA 1BIUA 1RILA 4N56A 4N5SA 4N47A 3KLEA 4DF4A 1QSYA 1YTAA 3KKRA 2FBTA 5HP1A 4EP4A 3U3YA 3RWUA 3O4QA 4DTXA 4AHSA 3HP9A 3ZT3A 4DFKA 1D9FA 3PX6A 4E7HA 4ZHRA 2X6SA 1ZBHA 4KI4A 4KTQA 1C1CA 1ASUA 4FZXC 1RT4A 4CGHA 3VQQA 1Y97A 1WSHA 4KV8A 4B9MA 1BCOA 1LAWA 2DFHA 3PX0A 3VQDA 4CFBA 4FJMA 4FLYA 1RBUA 1ZBUA 4CEBA 1IKWA 1FKOA 3KK2A 3KLHA 4B9NA 4CJUA 3ZCMA 4CF9A 1HNIA 5HRNA 4OPJA 3TI0A 1KVCA 4DSFA 3KTQA 4Z4FA 4W5OA 5FRNA 2WONA 4CHPA 1SKRA 4B9SA 3AA4A 1U45A 3ALYA 5D3GA 4CERA 1RBSA 3OYNA 4CHOA 5SWMA 1QTMA 2G8KA 1HPZA 3QINA 5E41A 3DLRA 1NJYA 1CXUA 2D0AA 2Z1IA 3OYLA 4FZYA 3SQ1A 3V9ZA 3S3NA 3LWLA 4OLAA 4I2PA 4QAGA 2ZE2A 3QIOA 3OYMA 4B9LA 4Z4IA 4KREA 1S6QA 4O0IA 4M41A 1ZBLA 1T03A 3O4NA 2PYJA 3F73A 1TAUA 4ELUA 3AVCA 4FJHA 3AVAA 5DMRA 4W5TA 4HVJA 3OJSA 3K59A 4QCLA 2QK9A 1RDAA 5HRPA 1NK7A 3AVGA 4DU3A 4CESA 1Z25A 2OPQA 3B6PA 3AA2A 3V9UA 3SZ2A 4Z4CA 2BGGA 3ZSZA 1Q9YA 3LZIA 3AO5A 3AA3A 3T19A 5JS1A 2HNDA 3G0ZA 4NYNA 4OJRA 3VQ5A 4JLHA 4E1MA 3LANA 4BE1A 2ATQA 4DS4A 4B9VA 3QLHA 1X9WA 3LP0A 3V9SA 1C1BA 3U3GA 4FJ7A 1QSSA 4DWIA 4DTMA 4MQ3A 2OA8A 4CEOA 5CYQA 3QEXA 3SNNA 4YNQA 2EHGA 2QXFA 5DK5A 3RTVA 1F21A 3K2PA 3DLGA 3K57A 1S1XA 4ELVA 3DLKA 3QNOA 3JYTA 3C6UA 2AJQA 3HXMA 2P1JA 3KLGA 1HRHA 4FLUA 4N76A 1ZYQA 2YNGA 5I3UA 1BQMA 3TABA 1U4BA 4CHYA 2QKKA 1RBVA 4DSKA 1GOBA 1JXBA 2IAJA 3ASMA 4CF0A 3T3FA 4KFBA 1HQEA 3TAMA 1TK5A 2HNYA 3DLEA 4CHZA 3QNNA 4FLXA 3L3VA 3MECA 4CJRA 5KRSA 2PZSA 4F2RA 4DTRA 1RDCA 4OGEA 3ZT2A 1RTDA 4L8RB 3LP2A 4KO0A 5CYMA 1K6YA 1XHZA 3TAGA 2D5RA 1TKZA 1WSFA 3SUOA 5T7BA 3CFRA 4CFAA 4HHTA 3TANA 4F2SA 1X9MA 4OPKA 4HUEA 3ZT1A 2OZMA 4I7FA 3D45A 2KFNA 4I9QA 3ZSRA 2LSNA 3SI6A 4FJNA 3T1AA 1R0AA 4EZ9A 4PWDA 1EXQA 2FBXA 2YNFA 3NF6A 3PO5A 4KAZA 4F3TA 1S1VA 1RBTA 4NYFA 3VA0A 5JS2A 4M3ZA 4CJ5A 4WE1A 2BE2A 2P5OA 4FW1A 3VQPA 2XY7A 2OPSA 3K5OA 1TKDA 4CIEA 2G8WA 4DSLA 1LV5A 2HHSA 3NH1A 3VA3A 3MEDA 2VWJA 1S9EA 4O0JA 3K5LA 4F8RA 1JLQA 1Q8IA 1RT5A 3TAFA 3RRGA 1HQUA 4CJ3A 4HCCA 3HJFA 3NE6A 2G8UA 3KJVA 4CFDA 1JLCA 1VSIA 3LP3A 1U49A 1L3SA 4B8AB 3HPOA 4DQIA 1VSDA 2VG5A 4FK2A 4ID1A 5FDLA 2HHXA 3I0SA 2R7YA 3HK2A 3QEIA 3RMDA 4DTOA 2B5JA 3NF8A 5C25A 1SL0A 5KRTA 4DTJA 2HHTA 3AVIA 5KGWA 3THVA 3DI6A 3DLBA 3QEVA 1CLQA 1TV6A 3TARA 3B6OA 1B92A 4CHNA 5CY4A 1GOCA 3TAPA 4FJIA 3H08A 1RT7A 4CGJA 1NJZA 3CG7A 1T8EA 3QESA 2HHUA 3L2QA 1QQCA 1U47A 4J2EA 3SYZA 4Z4GA 4FLWA 1EX4A 1TK8A 4DTUA 1A5XA 3FFIA 4CEQA 3ISNC 2RN2A 1J5OA 1U04A 2X6NA 3HSTB 3LDSA 3NF9A 3OYKA 4M3WA 3MXJA 1NK9A 1KLNA 3KK3A 1W0HA 2HHWA 1ITGA 3KKSA 1NOYA 1C0UA 4HTUA 1TKXA 3KD5E 3OS1A 3V81A 4FCYA 4AHUA 3HM9A 4DSIA 1S1TA 3VQ6A 3QEWA 4J2AA 3EY1A 4E3SA 1L3VA 4CF1A 2Y1JA 1VSKA 2D0BA 3TAEA 5J2QA 1KSPA 3M8SA 3KK1A 2KZZA 4PA1A 2A1RA 4QOZB 3SUNA 4NCAA 4KHSA 1SL2A 3AVBA 3ZSQA 1L3TA 5SZTA 3RMCA 1LW2A 1JLAA 4DFMA 4H4MA 4KPYA 3IRXA 2HMIA 3HL8A 1GOAA 3NGIA 5FROA 4JS4A 4KB0A 1WLJA 1DLOA 3O3GA 4GMJB 4MFBA 2GBZA 4K8ZA 4RW7A 4E7IA 3I8DA 4DU1A 4H4OA 4CGGA 4FYDA 3CYMA 4LD0A 1QS4A 3KIOA 3DOKA 3KD1E 1B9DA 4DMNA 3AV9A 1RDBA 4LH5A 1JLGA 2ZD1A 1KVBA 3G10A 4CJEA 1G15A 3AA5X 4ZTJA 1WAFA 1S9GA 2Z1HA 4BDZA 2JLEA 4CEZA 4PQUA 1C1AA 4CIFA 4IBNA 4E7LA 2JGUA 1S6PA 3L2RA 5KGXA 2XRIA 1UA1A 1CZ9A 1BCMA 1ASWA 3CFOA 3LALA 1J54A 1NOZA 3L2VA 1ASVA 1BQNA 1NKBA 4RW4A 1WSJA 1A5WA 5EU7A 2YHBA 4OGCA 4CECA 4CHQA 1N6QA 4CGDA 2OPRA 2OPPA 1NK6A 1TAQA 1IO2A 4FM2A 2FBYA 1EKEA 1S1WA 1W9HA 3AVLA 4I2QA 3OYEA 1RNHA 1VSJA 1N5YA 2WOMA 2I5JA 3NHGA 3VQBA 3IAYA 2DY4A 1CZBA 1LAVA 4CJFA 4K8XA 3OYAA 3WNFA 3SPYA 5HBMA 3PY8A 4NCBA 2G8VA 2IDOA 1VSFA 4B9UA 3NAEA 3QEPA 3HO1A 4XIUA 4DU4A 1NKEA 2YV0X 4CEDA 3RR8A 1NJWA 4KKOA 3V9WA 4DTSA 2Z1JA 4CJSA 1EP4A 1U48A 3OYIA 4DTPA 1C0TA 4CK2A 4DFPA 3K5MA 4LSNA 1ZBIA 1D8YA 3EYZA 4CF2A 2W42A 5HROA 3L2UA 1BISA 3HT3A 5CZ1A 1XWLA 4H8KA 1DTQA 1VK0A 1ZBFA 1LWEA 1LWFA 1NK5A 1SL1A 1IKYA 1VSHA 5C42A 2E6LA 1KFDA 3ZSVA 3OYFA 3VQ4A 3V1OA 4CJTA 4B3OA 1BI4B 3SUQA 3L3UA 3WNGA 4KB1A 4GW6A 2YNIA 3AVJA 4ID5A 4Z0UA 2DFFA 5HRSA 4CCHA 1HYZA 1RTJA 4W5NA 4ICLA 1FK9A 4M3RA 1HMVA 2B4JA 3AVHA 3OYCA 1A5VA 3O3HA 4IG0A 1CXQA 2RKIA 3AVMA 4O55A 3DRSA 4OVLA 2KW4A 4FLVA 4JRPA 4Q0BA 4O4GA 1O1WA 3DRRA 3C95A 1J9AA 2Z1GA 5J2PA 4LH4A 3MXIA 3NF7A 4FJKA 3TWHA 1WNSA 4C8KA 4JS5A 3NH2A 1BHLA 4DTNA 4KI6A 1RT1A 3V9XA 2P5GA 4TSXA 2B6AA 3V6DA 2RF2A 1C6VA 1Q9XA 4M3TA 4LSLA 4KHQA 1IH7A 2YKNA 1UWBA 4CGIA 1KLMA 3S3MA 4M3XA 3I0RA 2OZSA 3NGZA 1HYSA 3DOLA 2F96A 3AO3A 1QE1A 1DTTA 4FJ9A 3S9HA 3HVTA 1B9FA 4FJ8A 1J53A 3AVKA 4IDKA 1S5JA 3P1GA 3K58A 1NKCA 4BDPA 4FLTA 3KLFA 1TL1A 4B08A 1RT2A 3CFPA 3VQEA 4AHVA 3HP6A 3HPGA 2BANA 3CM6A 4O44A 4AH9A 3OS0A 3OVNA 5KI6A 4BACA 1SKWA 3VQ9A 4B9TA 5J1EA 1UA0A 1WAJA 3CQ8A 5J2MA 5HLFA 2QKBA 2YHAA 4AHRA 4PUOA 3DMJA 3P5JA 3V1RA 3OYBA 1YTUA 4G1QA 3S3OA 5J2NA 3IG1A 2X74A 4O5BA 3U6FA 1BIZA 3L2WA 3OS2A 2GV9A 4DLGA 3PX4A 3DRPA 1BI4A 1NK0A 1JL2A 4N41A 2GUIA 3QIPA 4RW6A 1IKXA 2X78A 1HYVA 3V1QA 1IG9A 5K14A 3OYGA 2BDPA 3AO2A 3EZ5A 4AHCA 1JL1A 3SQ4A 1JLEA 1I39A 1HJRA 2HNZA 4IFYA 2RPIA 3OYJA 1WSEA 2XY8A 4W5RA 2KQ2A 4FJLA 3NFAA 4CIGA 3D0PA 4Y1CA 3MEGA 4DS5A 4NCGA 3RRHA 2D0CA 1T7PA 1YVUA 2G8FA 4CEEA 4FM1A 4F4KA 4DLEA 3M8QA 1VSMA 2P51A 1TK0A 4CJQA 3SPZA 2KZMA 1VRUA 2DTUA 3LPTA 3ZSYA 4OKEA 3LAMA 4KTZA 5FRMA 4J2BA 3BDPA 4I9LA 2HB5A 4FVMA 3LWMA 3K5NA 1RTIA 2EX3A 2YNHA 3HPHA 1LW0A 4FJGA 5I42A 3QETA 4YFUA 3NH0A 4KTWA 1QSLA 2F8SA 3PO4A 2F8TA 1RT6A 3JSMA 4OKJA 1KCFA 3CM5A 3WNEA 1NJXA 3IS9A 2NUBA 4B8CA 1SUQA 1FXXA 4RW9A 3UIQA 2XHBA 1WSGA 4CFCA 4CEAA 4Z4HA 4R5PA 2XY5A 1YT3A 3VN5A 3MEEA 4Q5VA 2Q3SA 4BE2A 2HVIA 3RMAA 3RMBA 4CJPA 1Z26A 5HRRA 2OYQA 4FK0A 4KHYA 1EETA 5KTQA 3VQ7A 4BE0A 2HVHA 2ITGA 3M8RA 1UAXA 1IKVA 1REVA 1UOCA 4E1NA 4JRQA 1JLFA 3QO9A 4GVMA 4AHTA 3DYAA 3LPUA 1XHXA 2VG7A 3LAKA 3OJUA 1RCHA 4HUFA 4UQGA 3LZJA 1SKSA 1JXEA 4HUGA 3O3FA 3QERA 1KFSA 3VQAA 2HHVA 4BWJA 1C0MA 3AVFA 3C94A 1KRPA 4M42A 4DG1A 3DLHA 4KHUA 1VSLA 1KVAA 4CJLA 1X1PA 4CF8A 2FC0A 4C8MA 4CJWA 3SQ0A 3HYFA 1BGXT 4W5QA 3ZSWA 4IFVA 4DQRA 3PV8A 1XC9A 4IG3A 3ULDA 4KHWA 3VQ8A 3TAQA 3ZT4A 3KLIA 2HHQA 5C24A 1L5UA 4FK4A 3SUPA 1RBRA 4E89A 3SJJA 3HVRA 3MAQA 4CJKA 2PY5A 4IKFA 2XO7A 2FBVA 2KTQA 2ZQBA 3E01A 3M8PA 4DSJA 4KHNA 4EP5A 1L3UA 2G8IA 1QHTA 4CK3A 2O4GA 2YKMA 4CGFA 4FXDA 4E7KA 3NCIA 1I3AA 2DFEA 1TVRA 3SQ2A 3WNHA 2VG6A 4BWMA 3P83D
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJXA 4BRGA 1X9SA 4M3YA 4FWNA 1JLBA 2E4LA 4B1ZA 1SV5A 3C6TA 3NGYA 3AVNA 4BRMA 3ITHA 2D0PA 3O1BA 2ZGYA 1FZ4E 2LF3A 1XMHE 4JI5K 1QHAA 4IDHA 4B1WB 4DV2K 4F3OA 2PYLA 4BDYA 4J2DA 3VF2A 3EN9A 2FF6A 2CH6A 4RG8A 4FJJA 3V4IA 2UUBK 1VSEA 4FM0A 3C6AA 4GY2B 2F9WA 4DQQA 1JJ2M 3ZSXA 2IOCA 1TL3A 5C2DA 4JK8A 2UXDK 1RDDA 1DKGD 1TUYA 2P9IA 3OYDA 1VRTA 1QQOA 3MN6A 3A2FA 4EHUA 1XI1A 4CD1A 4BR5A 5AQHA 4DF4A 5IREA 1YTAA 5HP1A 1GLAG 1FZ6E 1TUUA 4EIAA 4E1JA 3O4QA 4ADNA 3PX6A 5C10A 3WUHA 1CZAN 1ZBHA 4JAXA 4BG9A 4CGHA 1WSHA 3FFKB 2DFHA 2A40A 3VQDA 1T3VA 1RBUA 1E4FT 4CEBA 1FKOA 3VGLA 2OTLN 3ZCMA 4OPJA 2UUCK 4G9ZA 3FZLA 4W5OA 2WONA 4C1NK 4B9SA 1U45A 3QICA 3ALYA 5D3GA 3THXB 4CERA 1RBSA 4CHOA 5SWMA 1QTMA 3MN5A 4CZKA 5BRDA 4BGBA 3OYLA 3LWLA 1BUPA 3LM2A 3QIOA 4BR2A 4B9LA 4WQ4C 4BR7A 3F73A 4ELUA 3AVCA 5DMRA 4XEIA 3F5TA 5EX5A 1EWQA 3AVGA 4DU3A 1Z25A 3B6PA 3AA2A 4JI3K 3V9UA 3K9KA 3VF6A 4O5FA 1N32K 4H5NA 2QI2A 4NYNA 4OJRA 3SJHA 3QLHA 3V9SA 4FJ7A 5CYQA 1G99A 1HJOA 1GLJO 3L0MA 3MX5A 3RTVA 4CZGA 3K57A 2ZJRL 4ELVA 1YVNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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