4J2DA

Rb69 dna polymerase l415k ternary complex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSKYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Role of L415 in the Replication of RB69 DNA Polymerase
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2dA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2dA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2dA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2dA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2dA03
1RT3A 2O4GA 3OS1A 1W0HA 2OYQA 4C8OA 4W5TA 4WE1A 1ASVA 3NH0A 3ZSQA 1S5JA 4DSEA 1SL2A 2HNZA 2D0AA 3O3FA 3L2RA 3L3VA 1S9EA 1D8YA 1TAUA 1TL3A 5J2PA 4ZTJA 3MECA 4NCBA 1UAXA 1EETA 3KJVA 3AVNA 4PUOA 2NUBA 4ID5A 1U48A 3OYKA 4BDPA 2HB5A 5HLFA 2KFZA 4YFUA 4O0IA 1GOBA 3E01A 3I0RA 2HNYA 4Y1CA 1U49A 5FROA 3SV4A 4KHUA 1BI4B 5KRSA 2PZSA 2F8SA 1G15A 2FBVA 3VQCA 3T3FA 1ZBLA 1Q9YA 1RDBA 1S9GA 3ALYA 1WN7A 5KRTA 3EZ5A 1WLJA 1DTTA 2R7YA 4CFCA 3V81A 3IRXA 1JXEA 1YT3A 4CFBA 4NCAA 2B4JA 1QQCA 1IKXA 1NKEA 3RMBA 1BISA 4KO0A 4M45A 3KD5E 4K8ZA 4CIFA 1VSJA 2VWKA 4KB0A 3ZT1A 1A5WA 4OVLA 3NBPA 4KFBA 3KK3A 4CESA 4DLGA 4F8RA 1SV5A 1I39A 2PYLA 4FW1A 3OYGA 4FXDA 1NJZA 2KZMA 1EKEA 1LWCA 1DLOA 1RTHA 4LY7A 3V4IA 5JS1A 1EXQA 2WONA 4CEEA 1KFDA 1VRTA 4M3YA 1KLNA 3AVGA 3MAQA 3DM2A 5D3GA 1TKZA 1WSGA 4NYNA 1SKRA 4EP5A 1S6PA 3VQ8A 2OZSA 3NDKA 1X9MA 5CZ1A 1TL1A 3TAGA 4RW6A 3DYAA 4RW4A 2XY5A 4H8KA 3ZSOA 1LAVA 4DFKA 2LSNA 1IO2A 3HPGA 4IDKA 3ULDA 3NCIA 3RWUA 1S1TA 1BI4A 1SKSA 4HHTA 4CGHA 2RF2A 4CK1A 4OPJA 1T03A 1QSYA 4DQPA 1B9FA 3H08A 4CGDA 2FBYA 4CFAA 2Z1HA 1FK9A 2OPQA 2ATQA 3A2FA 1C0MA 1L3SA 2P1JA 4CK3A 3ZT2A 4E3SA 2OPSA 3OYEA 2Z1JA 3WNHA 3KKRA 3HK2A 1N6QA 3NE6A 5KTQA 5HRNA 5K14A 3VQAA 2X6NA 2X74A 3OYCA 3PO5A 3AA2A 4FCYA 4HUFA 1TVRA 4KV8A 3JYTA 4NCGA 4CEFA 1ASWA 2VWJA 1XI1A 1C0UA 2IAJA 5CZ2A 4B8CA 4DTNA 3AVFA 3THVA 1TKXA 4Z4CA 1VSIA 4JRPA 4I2QA 1KCFA 4AHCA 4I9LA 2KW4A 1T8EA 3JSMA 3PY8A 1RBRA 4FLXA 4KI6A 3IAYA 4RG8A 5CYMA 1HMVA 4FM0A 3LPTA 4CJ4A 3WNFA 5KGXA 3NFAA 2YNGA 3RRHA 2JGUA 1JLQA 3VN5A 2X6SA 3QEPA 4ICLA 4FJ9A 1LV5A 1Q9XA 1JLEA 4DSLA 4E0DA 1ZYQA 2DY4A 1BHLA 3OYHA 4OJRA 4M3TA 1C1BA 3VQ5A 1XC9A 1UA1A 5KI6A 3CM5A 4FLZA 3LZJA 4HUGA 2OPRA 5DK5A 1KVBA 4FLWA 4LSLA 3V9WA 1CZBA 2A1SA 2JLEA 3VQPA 1NOZA 2YNFA 4BWJA 1HQUA 1U45A 2YNIA 4N5SA 3L2QA 1S1UA 4EP4A 3MEDA 2YKNA 4CGFA 4M3WA 3SUQA 1KSPA 3OYMA 3MXIA 3DOKA 4CJSA 2DFEA 4CHQA 3MXMA 1X9WA 2G8WA 3ZSWA 2DFHA 4Z0UA 2W42A 3BDPA 3OS0A 2G8KA 3NAEA 3CM6A 4N47A 4KAZA 3FFIA 3LP2A 1FKPA 1NK8A 2X78A 3HJFA 4FK0A 3HPOA 1I3AA 2F96A 3HVTA 1ITGA 4FJHA 3NF9A 4G1QA 3UIQA 3F73A 1EP4A 1GOCA 5HBMA 1HQEA 2HHSA 1RDAA 3VQ6A 4FJ8A 3ISNC 1LWEA 3MEEA 1YTUA 2QKKA 4DF4A 4CIGA 4ZHRA 1JKHA 3BGRA 3VA3A 3P1GA 5CYQA 3AA3A 4DFMA 3QO9A 3EYZA 3NH1A 1RCHA 1RTJA 3HSTB 2HHUA 1RT1A 4DFJA 3MXJA 2EHGA 2PYJA 2HHVA 3LDSA 2B6AA 3TAFA 1JLAA 4Z4EA 1D9FA 1QSSA 5FDLA 1RBSA 1LW0A 4OPKA 3ZSZA 2XY8A 4E1NA 3C6UA 4DG1A 3TWHA 1HYSA 3RMAA 3OYFA 4KREA 4B9LA 2G8HA 4J2BA 2B5JA 4DSKA 4KTQA 4XIUA 3TAPA 2DFFA 4O55A 3I0SA 4ELTA 3QETA 1NJWA 5EU7A 3OYBA 1VSHA 1Z25A 3TABA 2IDOA 1SUQA 1S1WA 3NF8A 4BDYA 4DF8A 2ITGA 5KGWA 2IC3A 2YKMA 4R5PA 2HHXA 2ZE2A 2PY5A 4KPYA 3HXMA 1RTIA 1EX4A 2HMIA 4I2PA 4AHUA 1HYZA 2FBXA 3AVAA 4O44A 3L2UA 3S3OA 3B6OA 4FJKA 1JXBA 4M3ZA 3L3UA 5C24A 3ZSRA 4PY5A 1GOAA 1VK0A 4DTSA 3QEVA 2P5OA 5JS2A 3AVBA 4CJKA 4UQGA 4FVMA 3DRRA 1L3VA 4KB1A 2I5JA 3CFRA 1WAFA 3LPUA 4B3OA 3AO5A 2Y1IA 1NKBA 4DU1A 4Q5VA 1KTQA 4JRQA 4GW6A 1S1XA 1RDCA 3C95A 2IGIA 4B08A 1RT6A 3TANA 2XO7A 4TSXA 1IKWA 3KK1A 3DLBA 3PUFA 4CHYA 3DLRA 4N56A 4KTZA 2RKIA 1IKVA 3IG1A 3QIOA 3K57A 3P5JA 4BACA 3S3MA 4E7LA 4FZZA 4CHNA 4IFVA 2Z1GA 4CJEA 4DFPA 1QHTA 5FRMA 3G10A 1REVA 1TK8A 2XHBA 1QE1A 4CJ5A 4H4OA 2OA8A 1KVCA 4W5NA 4OLBA 2HW3A 3HP6A 2VG5A 4E7KA 5SWMA 1BCMA 4DTPA 4CEDA 1J53A 1NK7A 3OJSA 4BDZA 1RT4A 1IG9A 2KQ2A 4OKEA 4AHSA 4IFYA 4HTUA 4O5BA 1K6YA 3P83D 3AV9A 4QCLA 4IBNA 3LWMA 3KLIA 3RRGA 3AO2A 1ASUA 4JLHA 2RN2A 4DS4A 1VRUA 3SI6A 1NOYA 4OGCA 4CFDA 3QNNA 1XWLA 3DLKA 4KTWA 3G0ZA 3OS2A 2HVHA 2HNDA 4M42A 4E7JA 4O0JA 4DQSA 3T19A 4YNQA 3KLHA 1WSFA 4N41A 1WSIA 1L3UA 2QKBA 3OYIA 4FJJA 4B9TA 4KRFA 2O4IA 2YNHA 1QTMA 2EX3A 1VSMA 2D0BA 1J9AA 4Q0BA 3U3GA 3ZT0A 3OVNA 5C25A 1W9HA 4FK2A 1D5AA 4QOZB 3VQ9A 4DTXA 4CEZA 4OGEA 1S1VA 4FJ7A 5HP1A 4CCHA 3OYDA 1IH7A 3WNEA 3V9XA 3DLEA 3SQ4A 1HYVA 3AA4A 4O4GA 3TAEA 3AVIA 3V1RA 4CGGA 3OYLA 3KLFA 3HM9A 3PX0A 2KZZA 1BIZA 3ZT3A 2YV0X 4JS4A 1JLCA 3MEGA 3QNOA 1C1CA 1RBUA 2D0CA 2E6LA 3D0PA 1BL3A 1U4BA 4DSIA 4DMNA 4Z4FA 4FYDA 2HVIA 1Y97A 3CFPA 3LP3A 3M8RA 4DSFA 1SL0A 3AO3A 2KFNA 3VQQA 3KD1E 1RT5A 1RBTA 3V1OA 1JLFA 4BE0A 1SKWA 1KFSA 4CF0A 3ZSVA 5CY4A 1QSLA 4FM1A 4CF2A 4Z4IA 4ELUA 3LZIA 1LAWA 4KI4A 4Z4HA 3NHGA 1TGOA 3K59A 1RBVA 2IS3A 4CJ3A 3SV3A 4CGIA 1T7PA 3SPZA 2RPIA 3V9ZA 1DTQA 4EZ6A 4I9QA 2BGGA 4CJQA 4OKJA 3K58A 4LSNA 3RMCA 4B9VA 3QEWA 3SPYA 3HT3A 3PX6A 1J5OA 4DTOA 1LWFA 4RW7A 4W5OA 4M3UA 5HROA 1D9DA 1HJRA 1WSHA 1CLQA 4E1MA 1BIUA 1C0TA 1RNHA 3LAKA 1U47A 3K2PA 1NK6A 4OLAA 1FKOA 4C8KA 3SCXA 1CZ9A 2IOCA 5J2QA 2P51A 3C6TA 4ZTFA 2DTUA 1VSDA 3HL8A 3QLHA 3TR8A 1Q8IA 3RMDA 2OZMA 4FW2A 3LP0A 4CE9A 3SNNA 4BWMA 4CF8A 4DQQA 3S3NA 4IKFA 1UOCA 1HNIA 4FJGA 4PWDA 2E6MA 3M8QA 3SUOA 1CXQA 1KRPA 3NF7A 5E41A 2BDPA 4F2SA 2QK9A 4M41A 2XRIA 5FRNA 4L8RB 1VSFA 3QINA 2OPPA 1U04A 3U6FA 3NH2A 3SJJA 4AHTA 4FJLA 3VQ7A 3ZSXA 5J1EA 1T05A 3D45A 1A5XA 1BQMA 3DRPA 4LH5A 4KHSA 1KLMA 1VSEA 2FC0A 3O4QA 1TKDA 3TAMA 4PQUA 1ZBUA 2ETJA 3VA0A 5SZTA 3SUPA 4IG3A 4CJUA 3OYNA 1UWBA 1LW2A 2XY7A 2Y1JA 3L8BA 1UA0A 1KVAA 3AVLA 4FJNA 4FJMA 3VQEA 3OYJA 1NK4A 1MU2A 3DOLA 3L2VA 3K5LA 3M8PA 1BCOA 1TV6A 3LALA 3ASMA 4CHOA 1BGXT 4AHVA 3IS9A 4NYFA 4E89A 3M8SA 3L2WA 1S6QA 1SL1A 4CJLA 5HRSA 1ZBHA 3CG7A 4W5RA 3RR7A 2A1RA 3V9UA 3KK2A 3KLEA 4CEOA 3NGIA 2ZQBA 3AVHA 3PV8A 1NKCA 4QAGA 3DLGA 4DQRA 4AHRA 3VQ4A 4FJ5A 1NJXA 1C1AA 3QERA 3ZCMA 1X9SA 4FLUA 1ZBIA 4CGJA 4FK4A 4CJVA 4M3RA 3K5OA 3O3HA 3SQ2A 2YHAA 1L3TA 3AVCA 4GMJB 1TKTA 1YVUA 2Z1IA 4IG0A 4CJTA 2P5GA 4J2DA 3LWLA 4C8NA 3AO4A 1NK0A 2G8FA 4HCCA 4CHZA 4Y1DA 3PO4A 4B9UA 3TARA 4J2EA 2QXFA 3AVKA 3QIPA 1CXUA 4LH4A 3QEIA 4DQIA 3ZSYA 4KHYA 4KHQA 3B6PA 3HYFA 2GV9A 4LD0A 4E19A 1ZBFA 2VG6A 4CK2A 5T7BA 1R0AA 4CJRA 4DLEA 4HVJA 4AILC 4K8XA 3NGYA 4PA1A 4CEQA 4CIEA 3V6DA 1HPZA 3ZT4A 2D5RA 1RILA 4H4MA 4ELVA 3VQDA 3CFOA 1JL2A 5HRPA 4F3OA 1Z26A 4FM2A 3HVRA 2F8TA 4B8AB 3NGZA 3ITHA 3SZ2A 2AJQA 4ID1A 4FZYA 3VQBA 4CF9A 3S9HA 1HRHA 4DWIA 3KIOA 3DI6A 1B92A 2HHWA 2BANA 4EZ9A 2HHTA 2KTQA 4FLTA 3KLGA 4DTMA 1HNVA 4M3XA 3AVJA 5DMRA 4W5QA 1F21A 3OJUA 2XY6A 4CEBA 4FLVA 1VSLA 5HRRA 3DLHA 4N76A 2VG7A 1RT7A 3AA5X 3HPHA 3KTQA 3RR8A 4F4KA 3LANA 3SYZA 4CJWA 4DS5A 1WAJA 4MFBA 4MQ3A 3SQ0A 3HO1A 1BQNA 4FZXC 1A5VA 3C94A 1RDDA 1WSEA 2GBZA 4FLYA 3LAMA 5J2MA 3TI0A 4AH9A 4CF1A 3K5NA 1TK0A 1RTDA 4KHNA 4F3TA 3NF6A 4Z4GA 3CYMA 3K5MA 5I42A 2HHQA 2FBTA 4RW9A 4GVMA 3U3YA 2G8UA 2GUIA 4DSJA 1IKYA 2G8VA 1J54A 3CQ8A 5J2NA 2WOMA 4C8MA 3DMJA 1YTAA 3AVMA 3QEXA 3V1QA 4FJIA 2BE2A 4KKOA 4BE2A 4B9NA 4DTRA 1NK9A 3RTVA 1NJYA 4E7HA 1L5UA 4E7IA 4CERA 1O1WA 2Q3SA 3I8DA 4JS5A 3HP9A 5C42A 4RW8A 2ZD1A 4J2AA 4CJFA 1B9DA 1JL1A 2YHBA 4B9SA 1NK5A 4CHPA 4HUEA 1FXXA 3DRSA 3TAQA 5I3UA 1QS4A 4I7FA 1WNSA 4OKKA 3WNGA 1C6VA 3SUNA 3F9KA 1TK5A 1JLGA 3T1AA 3OY9A 4BE1A 4DTUA 1JLBA 1XHXA 1TAQA 4F2RA 4C8LA 3V9SA 1VSKA 3EY1A 3O3GA 4DU3A 3LP1A 4CECA 4DU4A 3OYAA 2G8IA 4FJXA 3KKSA 4CEAA 4HCBA 1WSJA 4KHWA 3O4NA 4CJPA 3QESA 3SQ1A 1X1PA 1RT2A 2E4LA 3AO1A 1XHZA 3PX4A 4DTJA 4B9MA 1N5YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3O80A 3VN5A 5AQQA 3QEPA 5AFUH 3UKUA 4FOEA 1LV5A 2DY4A 2IVOA 5C2DA 4OJRA 2HBMA 5M1KA 3CM5A 2P9LA 4HUGA 3CETA 1KVBA 4FLWA 1YHQN 2JLEA 3MDQA 4BG9A 2YNFA 2LF3A 4N5SA 4WFBL 3MEDA 4QNCA 4M3WA 4NLCA 2I7PA 3OYMA 2ZWHA 4RL5A 4LF4K 2G8KA 4ILGB 1WBBA 1DGKN 4BRGA 1TUYA 3LM2A 3HPOA 5KQDA 3DAWA 3RVCA 3WXLA 3UKRB 1RDAA 3VQ6A 4LF5K 4H5VA 2GWKA 3ZX3A 4ZHRA 1JKHA 3BGRA 4DCHA 3P1GA 5CYQA 3D2EA 1T44A 3LDOA 3O6WA 5ADXH 3EYZA 3AAPA 1RCHA 2WTUA 1RTJA 4H5WA 2HHVA 3LDSA 5BPNA 2JHAA 4QS7A 1QSSA 3KWIA 1RBSA 2E2NA 1LW0A 2V7YA 4A5BA 4OPKA 4BVPA 3C6UA 2A5XA 2FYOA 2B5JA 3CMAN 2DFFA 2VIXA 1XU5E 3EZWA 1BA1A 1S1WA 4DF8A 2ITGA 2IC3A 4R5PA 5GAEP 2QW9A 3VEVA 1WB9A 1NGGA 3S3OA 1HYZA 3AVAA 3FZMA 4O44A 3B6OA 3L3UA 4M3ZA 2QTDA 4U7BA 1GOAA 4DTSA 2P5OA 4CJKA 4FVMA 3DRRA 1L3VA 4KB1A 1WAFA 3CFRA 3LPUA 3AO5A 4JRQA 2OANA 3CJBA 5GINA 3C95A 4CZMA 4TSXA 1RGIA 5BRFA 3DLBA 2PAVA 3QIOA 4YDUA 2UXDK 4FZZA 1E4GT 5AQXA 3G10A 2XHBA 4CJ5A 2QWMA 1KVCA 2HW3A 2VG5A 5SWMA 4DTPA 1FYZE 4FL9A 1RT4A 1IG9A 2P9NA 4OKEA 4O5BA 4LFAK 3D2FA 4PL8A 4IBNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RT3 A;  5GIO A;  1VQP N;  1W0H A;  4FWN A;  4W5T A;  4EP9 A;  1QQN A;  3NH0 A;  3ZSQ A;  2HNZ A;  3FZF A;  1S9E A;  3P39 A;  1TL3 A;  5J2P A;  4ZTJ A;  2UUA K;  5AQV A;  4ISF A;  1EET A;  2BH1 A;  4M7X A;  3KJV A;  4PUO A;  1U48 A;  3QBX A;  2HB5 A;  4YFU A;  4H0P A;  4JKD A;  4O0I A;  4A61 A;  4FZY A;  5FRO A;  3HOT A;  2F8S A;  4WCE L;  2FBV A;  3T3F A;  1Q9Y A;  1S9G A;  3ALY A;  3ATV A;  1VQN N;  2FSN A;  3RSE B;  1YJN N;  1Y64 A;  1TYQ B;  4YOW A;  4CFB A;  1YT3 A;  2NLX A;  1IKX A;  4BR2 A;  3LDQ A;  4B3T K;  1IJJ A;  3KD5 E;  3O1W A;  1C0G A;  4IXC A;  4KB0 A;  3B8A X;  1A5W A;  4OVL A;  4AI6 A;  1OH7 A;  1W97 L;  3VF2 A;  2O8C A;  4B1V A;  3J8A A;  3WXM B;  1DLO A;  5LY3 A;  4JK8 A;  1DKG D;  1VRT A;  3ATU A;  5FPE A;  4M3Y A;  1KLN A;  2FSJ A;  5D3G A;  2OCE A;  1U2V B;  1SKR A;  4CD1 A;  3NDK A;  3HM8 A;  1X9M A;  5CZ1 A;  3DYA A;  2D1K A;  4IEE A;  1WOQ A;  3H45 C;  4PKI A;  3CJA A;  1QZ6 A;  3RWU A;  1S1T A;  2PBD A;  1BI4 A;  5AQK A;  4F4K A;  2JH8 A;  1QSY A;  1SZ2 A;  5AQR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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