4J2DA

Rb69 dna polymerase l415k ternary complex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSKYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Role of L415 in the Replication of RB69 DNA Polymerase
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2dA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2dA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2dA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2dA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2dA03
3AO2A 4K8ZA 4KRFA 1TL3A 4FLWA 1UOCA 4OVLA 4W5OA 3OYJA 4HCCA 4R5PA 2VWKA 3CFPA 3ZT4A 3SUPA 4JRPA 4KKOA 3TAEA 4HUGA 1D9FA 3IAYA 1QTMA 1A5VA 2XY6A 4KHSA 3QNNA 3AO4A 4LH5A 3TAFA 1TKDA 4E7LA 2VG5A 4FLTA 1VK0A 4NYFA 5CZ2A 4AHRA 1G15A 4ID1A 1KSPA 2HNYA 1T03A 3RR8A 3MEEA 3MEDA 4LSNA 4CF8A 2BE2A 4DQSA 3ALYA 1T8EA 4M3YA 1JKHA 3AA5X 1MU2A 3V81A 4CFDA 2G8KA 1WAFA 5C24A 3OYIA 4DQIA 1C0UA 4RW8A 3PX6A 1B9DA 1WSFA 3TARA 4DTOA 1XI1A 1RCHA 3T1AA 5KRSA 3V9UA 1NK0A 4KHQA 4RW6A 1FKPA 4M45A 4KHNA 5HRSA 2FBVA 4ICLA 3FFIA 1WSEA 3SYZA 4FZXC 1FKOA 3WNFA 3RTVA 2B4JA 2VG6A 2OPSA 3PO5A 4BACA 2RKIA 1NK4A 4CJ4A 4KI6A 4DTUA 2GV9A 1LWEA 3BGRA 3DRSA 4Z0UA 1S6QA 5KGWA 4DTJA 4Q5VA 4NCAA 4B9NA 1HQEA 4F3OA 3MEGA 5J1EA 3KLFA 1JLFA 4NCBA 4EZ9A 4E7IA 4Z4FA 4IBNA 4Y1CA 4B9UA 4ELTA 4K8XA 1HPZA 2O4GA 2YNGA 1JLCA 1ASUA 2YNIA 1RNHA 4C8OA 4PWDA 2IGIA 4CGIA 4KFBA 3A2FA 1S1VA 4EP5A 1RDCA 2HHXA 3OYNA 1RTJA 4O44A 3DRPA 3M8SA 1WSHA 4FK4A 2X78A 5KGXA 4CJ3A 3K5MA 2KFNA 4FJJA 1C1AA 1TAUA 3LP2A 3VQAA 1TV6A 4BDYA 2ITGA 4E7KA 2HHWA 3OS1A 3OYHA 4KB1A 4H8KA 3SUNA 1KFDA 3QEVA 4YFUA 1RT5A 2P5OA 1IKYA 4PA1A 4ZHRA 3OYMA 2KTQA 1VRTA 3NE6A 3T19A 3PY8A 4KAZA 4KHYA 4N56A 3HO1A 1BI4B 4FJMA 2HHTA 4M3ZA 3AVGA 3G10A 1S1WA 4CGHA 2P51A 3K5NA 2D0BA 3S9HA 1RDAA 4FM0A 1Q9XA 3P5JA 4KHUA 5K14A 3JSMA 4LSLA 4FXDA 1Z26A 4FLXA 3KJVA 4I7FA 2X6SA 3RMDA 2XO7A 1Q8IA 4O5BA 4F4KA 3AVMA 3HP6A 4FJ5A 1D8YA 4DSFA 3KLHA 3V6DA 3ZT2A 4BE1A 4F3TA 3HT3A 3AA2A 3V9WA 1WAJA 3LWLA 2JGUA 4DTXA 1DTQA 4CHZA 4KPYA 4CJ5A 3VQ6A 1VSFA 4CJPA 1RBTA 3KK1A 4AILC 1RBRA 3ZSWA 1X9SA 4I2QA 1DLOA 3SQ0A 3RRGA 1RBVA 3ZSRA 2P5GA 3LANA 1U48A 2WONA 3D45A 3NF7A 1RDBA 5KRTA 2FBXA 1U47A 4TSXA 4W5RA 4Z4GA 3DLBA 4E7JA 5CZ1A 4FJLA 3LP1A 4XIUA 4DSKA 3IS9A 4HTUA 1ZBIA 4DSJA 1Z25A 2RF2A 1KLNA 3OYKA 1C0MA 1CXUA 3AVKA 1IG9A 1WN7A 5HROA 1X9WA 4RW4A 2QXFA 5SWMA 5JS2A 1A5WA 3OJSA 3DOKA 3S3NA 1GOCA 4CGDA 1QSYA 4IG3A 3RWUA 1VSJA 4CE9A 3KLEA 1NK6A 3OYDA 4DQPA 4CEAA 3PV8A 3RMCA 1KFSA 4Z4HA 3DLEA 4CF2A 3OYLA 3HXMA 4OPJA 2G8FA 1RTDA 1BL3A 4DQRA 3D0PA 3SZ2A 4CJUA 4AHCA 3CG7A 1HJRA 1RTHA 1WLJA 4E7HA 4CCHA 4CHOA 4EP4A 1LW2A 4DQQA 4FJHA 4F8RA 1XWLA 3VQ8A 4M3RA 4CHNA 1L3UA 2QKBA 1J54A 2A1RA 3NBPA 1S1UA 3MXIA 1B9FA 4FM2A 1K6YA 1RT1A 4NCGA 1BCMA 3NCIA 3ISNC 3L8BA 3SUOA 3L2UA 1SL2A 3ZT0A 2FBYA 4CFAA 1BCOA 4IKFA 4OLBA 2E4LA 1TGOA 1VSDA 1U49A 4KHWA 2B5JA 2DTUA 3DMJA 3VQ7A 4RW7A 5J2QA 1T05A 3T3FA 3CFRA 2OPRA 4PQUA 4FJXA 4IFYA 4JLHA 3VQDA 3CM5A 3NGYA 4CEBA 4CJRA 5HRRA 3ZCMA 3EZ5A 3V4IA 1NJZA 1W9HA 4J2BA 3OVNA 3AA3A 3DYAA 1D5AA 3HL8A 4OGCA 4OJRA 3DLKA 4FVMA 3THVA 3VQBA 4ELUA 3LP0A 3SNNA 4QAGA 1XHXA 1TL1A 2HHQA 3AVNA 4CJLA 3VQ5A 5HP1A 4CIFA 3M8RA 3ZSOA 2G8HA 1TK0A 4J2AA 1KTQA 3AVHA 4KB0A 2RN2A 3ZSVA 1WNSA 3F9KA 1HYSA 2FC0A 4KTQA 4OLAA 1NOYA 4CJVA 1ZBUA 3B6PA 2ETJA 1SL1A 2YKMA 2XY5A 4KTWA 2EX3A 4QCLA 2OA8A 1NK8A 5HLFA 2YNFA 3MECA 4DTSA 4O55A 1RILA 4FYDA 4O4GA 5FDLA 1ZBLA 2VWJA 2D0CA 4M3UA 1UAXA 3LZJA 4OKEA 1RT6A 3CYMA 4LH4A 3ZSXA 3OS0A 1U45A 4PUOA 1S9EA 4Y1DA 2IAJA 3VA3A 1Q9YA 1QSLA 5FRNA 2D0AA 4HUEA 1I39A 1NKBA 4FW2A 4PY5A 2HNZA 4CJTA 4OGEA 1UWBA 5FRMA 4CJEA 4CF0A 4M3XA 4NYNA 3V1QA 4CK2A 4DU4A 3BDPA 4FLVA 3NF6A 5CYQA 1BISA 3SUQA 3VQQA 4CEQA 4W5QA 3TABA 3SQ2A 4O0IA 1U4BA 2Y1IA 4CF1A 3PX0A 1TK5A 3AVJA 1L3VA 1BI4A 1YTUA 1JLQA 3CFOA 5I42A 2Z1GA 3U3GA 4KV8A 3LWMA 4CEDA 2ZE2A 3DLGA 3HP9A 5HRPA 2HVIA 3TAQA 3QLHA 4CJWA 3E01A 5T7BA 2Z1IA 3AVIA 4E3SA 1JLGA 2OZSA 3KK3A 1KRPA 1JL2A 2LSNA 4CGGA 3KLIA 2XY7A 3SQ4A 1LAVA 4DG1A 2ATQA 3SI6A 3P1GA 1ITGA 3IG1A 3JYTA 1SKWA 1NKCA 1LW0A 2HHSA 4DSLA 3OYCA 3HM9A 4B8AB 4F2RA 4FLZA 4AHVA 3KK2A 4DU3A 3VQPA 4B9TA 3KKSA 3AO3A 1U04A 3I8DA 4DTMA 4I2PA 3MAQA 1EXQA 3G0ZA 1CZ9A 3UIQA 1KCFA 1LWFA 3F73A 2VG7A 4DWIA 1J9AA 4DTPA 1IKWA 2RPIA 3SPYA 2P1JA 4HUFA 1IKXA 2QKKA 1W0HA 4JRQA 4CK1A 1F21A 1C0TA 1JLEA 2F8SA 3ZT1A 4C8NA 2DFHA 3DOLA 4CHPA 1TK8A 3M8QA 4M42A 2WOMA 4OKJA 3VQ4A 4ZTFA 3OS2A 1BGXT 1RDDA 2I5JA 3DLRA 4JS5A 3V9ZA 2KFZA 4Z4IA 1RBUA 3P83D 4FJKA 3K59A 1CZBA 3TAGA 2HHVA 5I3UA 2G8VA 4BWJA 4CEZA 4KREA 4Z4CA 1R0AA 3OYGA 3QEWA 4FJGA 3IRXA 3L2VA 2GUIA 3TR8A 2W42A 1NK5A 4C8KA 5EU7A 4FJ8A 5KI6A 3ZSYA 1RT2A 3RRHA 4FW1A 4DSIA 5HBMA 3MXMA 3ZSQA 3OYFA 3C94A 4M3TA 3RMAA 1HNIA 2Z1HA 4LY7A 4MQ3A 2YHBA 4BE0A 1FXXA 1RT7A 2PY5A 1HMVA 1TAQA 3C6TA 3L3VA 4DFMA 1EX4A 3QESA 1X9MA 3NDKA 4DSEA 3V9XA 4HCBA 4E19A 3QETA 1JXEA 1VSLA 3LALA 2YKNA 1LV5A 4J2DA 4KO0A 4DS5A 3SQ1A 4E1MA 1B92A 1TKTA 4FLUA 4B9SA 4N5SA 1O1WA 3PUFA 1IH7A 2HB5A 2Q3SA 2YV0X 3HYFA 3LAMA 4CHYA 1X1PA 3NH0A 4FZZA 5KTQA 4DFKA 1S9GA 4ZTJA 1J5OA 1D9DA 1KVBA 1C1CA 3DRRA 1SKSA 1BQMA 2PYJA 2JLEA 4CERA 3B6OA 4FM1A 1IO2A 1FK9A 3OYBA 4BDZA 1CXQA 1JXBA 4E1NA 4N47A 3LZIA 2R7YA 3U6FA 1NJXA 2OPQA 4E0DA 4B3OA 3AVFA 2Y1JA 4DU1A 1HNVA 1NKEA 3NFAA 4G1QA 1SUQA 2D5RA 1NK9A 3OJUA 1NJWA 4IDKA 3AVLA 3I0RA 1T7PA 1CLQA 1N6QA 1LWCA 1VSHA 2KW4A 3VQ9A 2XHBA 2DFFA 4CFCA 1GOAA 1QQCA 4ELVA 1L3SA 4M3WA 1I3AA 1VRUA 3K5LA 3S3MA 1QE1A 1REVA 4GW6A 1BHLA 5CYMA 4Q0BA 2KZMA 4HHTA 3H08A 3WNEA 5C25A 4YNQA 3NGZA 3NHGA 3EY1A 1HQUA 2A1SA 3QEXA 1QHTA 1NK7A 4H4OA 4CJSA 4BWMA 4CIEA 2KQ2A 2G8WA 3ASMA 1RT3A 2X6NA 5SZTA 3SPZA 4Z4EA 2EHGA 3AO1A 3O4NA 3QO9A 4WE1A 4DMNA 3OY9A 3HPOA 1VSKA 4FJ7A 4J2EA 3L3UA 4FZYA 1EP4A 2OZMA 4KTZA 3ZSZA 4AHUA 5FROA 4CEEA 3NH2A 3HK2A 4B8CA 1YVUA 2KZZA 4GMJB 5JS1A 4DTRA 3AVCA 3TWHA 3KTQA 3QEIA 2DY4A 3AV9A 3K58A 1YT3A 3VA0A 3ZT3A 2E6LA 4M41A 3KD5E 1EETA 1VSIA 4CFBA 3TAPA 1KLMA 3C6UA 4DFJA 1BIZA 2G8UA 2B6AA 3LDSA 4DFPA 2PZSA 3NF9A 3RMBA 4CK3A 3OYAA 1LAWA 2GBZA 1ASVA 3CM6A 4CECA 2IOCA 4CEOA 3K2PA 4CHQA 4DTNA 2XRIA 4CJKA 3TI0A 3LPUA 4MFBA 3QIPA 1EKEA 1C1BA 4CGJA 4I9QA 2IDOA 5DK5A 4CJQA 1GOBA 5D3GA 2IC3A 3AVAA 2FBTA 3V1OA 2OPPA 2QK9A 3DLHA 4H4MA 2OYQA 3O4QA 4FCYA 1L3TA 4W5NA 1A5XA 3O3FA 1C6VA 1QSSA 3KLGA 1S1XA 3NH1A 3HSTB 2BDPA 2HHUA 1ZYQA 2HMIA 1QS4A 3LP3A 4DF8A 4B9MA 1UA0A 3S3OA 3SJJA 4CEFA 3HPGA 3V9SA 3QNOA 4CJFA 1WSJA 4C8MA 4FK0A 4CGFA 1HRHA 2DFEA 1VSMA 2HW3A 4KI4A 4AHSA 3VQEA 3OYEA 1YTAA 3K57A 1RTIA 1S1TA 1TVRA 3LAKA 3NF8A 1WSIA 3KIOA 3ULDA 3QIOA 4BE2A 1XC9A 2YHAA 1SV5A 2AJQA 4CIGA 4L8RB 1JL1A 3TAMA 3V1RA 4QOZB 1J53A 3NAEA 1KVCA 3MXJA 3QERA 3RR7A 2BANA 5J2MA 3PX4A 3DI6A 1VSEA 4DS4A 4ID5A 2Z1JA 4AHTA 3L2RA 4BDPA 3KD1E 3LPTA 4DF4A 4C8LA 4UQGA 3VQCA 1KVAA 3O3HA 3ITHA 4JS4A 4B08A 1S6PA 3NGIA 1SL0A 4FJ9A 4B9VA 4W5TA 4N76A 4FLYA 3L2WA 1L5UA 4FJNA 1ZBFA 3U3YA 4FK2A 3I0SA 4IG0A 2F8TA 4IFVA 2O4IA 2E6MA 4GVMA 1TKXA 4O0JA 3VN5A 3L2QA 2ZD1A 1DTTA 1S5JA 1BIUA 2BGGA 2G8IA 3KKRA 4DLEA 4N41A 3WNGA 4FJIA 1JLBA 4OKKA 1SKRA 3DM2A 3AVBA 4E89A 1XHZA 3CQ8A 1RT4A 3AA4A 2NUBA 5C42A 3EYZA 3K5OA 3SV3A 2F96A 4AH9A 1NJYA 3SCXA 5E41A 3HVTA 1NOZA 3QEPA 5DMRA 1JLAA 3AO5A 1UA1A 3PO4A 4OPKA 3HVRA 3TANA 4F2SA 3O3GA 3HPHA 1RBSA 2HVHA 1HYZA 4CF9A 1ZBHA 4RG8A 1ASWA 4RW9A 3WNHA 2HNDA 3M8PA 3C95A 4CESA 2IS3A 5J2NA 3SV4A 1N5YA 5CY4A 4DLGA 3HJFA 2YNHA 2XY8A 1WSGA 5J2PA 1Y97A 4EZ6A 3QINA 1TKZA 4HVJA 2X74A 5HRNA 2PYLA 4B9LA 4I9LA 1BQNA 1HYVA 2ZQBA 4LD0A 1IKVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4BR5A 4AHCA 4CJUA 3SZ2A 4JI7K 4NXNK 4RTFD 4K25A 4DQQA 2QW9A 1LCUA 2ZM6K 4AM6A 1B9FA 1T6DA 4FM2A 1K6YA 5KPRA 1YJ9N 1BCMA 2NRWA 2FBYA 2ZF5O 4KHPK 1TGOA 1VSDA 3W3DA 4YOVA 3QBXA 4CD3A 4GVEA 4RW7A 2HD0A 3T3FA 3CD6N 2OPRA 3VQDA 4JLHA 4CJRA 3CM5A 4BRFA 5BREA 3CMAN 3IUCA 1W9HA 3ULEA 4G9ZA 1D5AA 4OJRA 4FVMA 3PIPL 3SNNA 1TL1A 3EO3A 3QFPA 4IOCL 1XU5E 4BG8A 3VQ5A 5BPLA 3ZSOA 3SAFA 3F9KA 4OLAA 3LM2A 1NOYA 4IOXA 1SL1A 4K42A 2QA4N 4QS8A 3VEWA 2YNFA 5AQOA 1XVDE 3R1XA 5A2QO 1RILA 5AQJA 2VWJA 3E9PA 2D0CA 4M3UA 3ZSXA 3CYMA 3OS0A 4BC3A 3VA3A 1Q9YA 3O9QA 1QSLA 2D0AA 3U9DA 5AQSA 4CJTA 1UWBA 3J7AP 1SZ2A 3UB5A 4M3XA 1NGBA 4CK2A 1HNZK 3BDPA 4FLVA 3SQ2A 3EZWA 5H1SQ 2A42A 3PX0A 2ITMA 1L3VA 1YTUA 3CFOA 4WQ5A 3K9JA 3P31A 1C0FA 3U3GA 4MDBA 2P9IB 3CETA 3LWMA 3DLGA 4A2AA 1QZ6A 5HRPA 3TAQA 4CJWA 4KH4A 2NRHA 4E3SA 3KK3A 1JL2A 4FWSA 3PLAA 5C0YA 3SAHA 4QNCA 1LAVA 2ATQA 3JYTA 3VTHA 4I6MB 1FPOA 3OYCA 3H1QA 4FLZA 3VESA 3AO3A 1U04A 5ADXH 4DTMA 4I2PA 3I8DA 1EXQA 1VHXA 1KCFA 1LWFA 3CI5A 1E3MA 4DWIA 2VG7A 4DTPA 1IKWA 2GWKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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