4J2DA

Rb69 dna polymerase l415k ternary complex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSKYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Role of L415 in the Replication of RB69 DNA Polymerase
rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2dA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2dA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2dA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2dA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2dA03
4CIGA 4CE9A 1Y97A 2ZD1A 3L2VA 4DTPA 4KTQA 3LAMA 1DTTA 3AVLA 2GV9A 3HP6A 1NK5A 2OPPA 1VSHA 3TAFA 3VQBA 5DMRA 4CJWA 5I3UA 1IKXA 2D0BA 2Q3SA 4CEDA 3EY1A 2DFHA 3OYDA 4F3TA 3CFRA 1D8YA 4GVMA 1FXXA 4HUGA 2Z1IA 2KFNA 2P5GA 3VQ8A 1TKDA 4IFYA 3CQ8A 1EKEA 1LAWA 3HYFA 3A2FA 4NYNA 4DFMA 4EZ9A 1I3AA 4KB0A 1RT3A 4CGDA 4CJ3A 4ELVA 2KZZA 3V9SA 3PO4A 2O4IA 3AVGA 1ZYQA 1JLEA 3RMCA 2HHWA 4DTJA 1XWLA 1QE1A 3ZT0A 3TAPA 4O0JA 3CG7A 3ZSOA 3V1QA 2XO7A 3U3GA 4BE2A 1KSPA 2OZSA 4FJ8A 1N6QA 3OY9A 1U47A 2IGIA 3QIOA 4FLTA 4B9NA 2F8SA 3OYBA 1Z25A 4LSNA 3ITHA 3OYGA 3SV3A 1RTHA 3BDPA 1WSJA 3CM6A 4Y1CA 3EYZA 1C0UA 3RR8A 1EP4A 3HVRA 3S3OA 1RT6A 1QTMA 4Z4CA 4KTZA 3OYHA 4CHNA 2HHTA 4KHQA 1TGOA 1SL2A 4B9LA 4JRPA 3LAKA 1VSMA 1HQUA 5HLFA 3PX6A 3OYCA 3T3FA 5SZTA 5J2NA 2P1JA 1UOCA 3LP3A 3RMBA 1DLOA 1R0AA 4CJRA 1S1XA 3K5NA 2HNZA 1C0TA 1RT1A 3L3VA 3WNGA 3KTQA 4CJVA 3AVIA 2RF2A 1HPZA 3ZSRA 3OJUA 2X6NA 3IG1A 1D5AA 2KTQA 3KD5E 4O55A 1RDCA 3KLHA 4BACA 1TK8A 4Z4GA 1JXBA 3OYMA 1S1TA 4B8AB 3KIOA 2DFEA 4ELTA 2BDPA 3I0RA 3I8DA 4K8ZA 3MAQA 1NJXA 1L3UA 4OLAA 4M3TA 3LALA 2XY7A 3DLBA 1NK4A 2FBXA 3PX4A 3V9UA 3MEEA 3SQ1A 1JLQA 4CJFA 3QO9A 1WSHA 3RMAA 1TKZA 4F2SA 4N47A 3ZSVA 3THVA 4R5PA 4FLYA 3F73A 3P5JA 3DRSA 4CFDA 4E7KA 1L5UA 3WNFA 1ZBUA 4H8KA 1KVCA 1RDDA 2WONA 3AO1A 3M8SA 3HO1A 4HTUA 4I9LA 1FKOA 4KREA 4CHPA 4B9TA 2YKMA 3B6OA 3NDKA 5CZ2A 4ICLA 1A5XA 3OYFA 4FM1A 1RT5A 3KK1A 3L2UA 4E7HA 3SQ2A 1WNSA 2Z1HA 2HHSA 2P51A 3VQ5A 1NK8A 2NUBA 4E89A 2YHAA 4M3UA 1VSDA 2VG6A 3AVBA 3ZSWA 3ZT2A 4C8MA 4I7FA 3TWHA 2QKBA 4CHOA 2BGGA 1RBSA 4YNQA 1FK9A 1ZBIA 4KKOA 3DLRA 3TAEA 2HHUA 3TABA 4DS4A 3PX0A 4KPYA 4N56A 4DTOA 4OLBA 2ZQBA 1Z26A 3CYMA 3TAMA 4FJJA 4EP5A 3NH1A 1YTUA 3NF8A 2IS3A 4CGIA 1XC9A 1T7PA 4CGGA 1X9WA 4FLZA 2HHQA 1NKEA 3G0ZA 4FK0A 1DTQA 3U3YA 1IH7A 4KHUA 4AHCA 1LW0A 3SUPA 4DLEA 4FK2A 4ID1A 1HNVA 4DTMA 3AVMA 4IFVA 4HUFA 2Y1IA 2G8KA 3TANA 1BI4B 3DRPA 4E3SA 2D5RA 1B92A 1SUQA 1HJRA 3O3HA 1S6PA 4DFJA 4FJIA 1VSFA 1T05A 4RW6A 4FJXA 4M42A 3DRRA 4DTUA 1TV6A 3AA2A 3ISNC 2YHBA 4BDZA 3RRHA 3NGZA 2IAJA 3QESA 2RKIA 3SUNA 1RT4A 3DM2A 3OYLA 4Z4IA 1NK9A 1ZBLA 4DSFA 1ASVA 3ASMA 3ZCMA 4H4OA 3E01A 5K14A 3K58A 4RW8A 5FDLA 5EU7A 4ZTFA 1TK5A 1XI1A 1RBVA 4CEAA 1BCMA 2B6AA 1NKBA 1J5OA 3K5LA 4AHVA 3RWUA 1SKWA 3QEIA 3ULDA 1BCOA 4JS4A 2DFFA 5KI6A 4KHSA 3NH2A 4CJKA 2VG5A 2HB5A 3AA3A 1C1CA 3MXMA 4DU3A 1NJYA 1LV5A 1ZBFA 4L8RB 4Q0BA 3MXIA 4WE1A 3KKRA 5SWMA 4CCHA 3DLKA 4CJTA 1JL2A 3LWLA 3O4QA 3SQ0A 4AILC 3QNOA 3SQ4A 1WLJA 1NOZA 3BGRA 4B08A 4CERA 4FCYA 3VA0A 2ATQA 1HYVA 1S1UA 4O44A 3NF9A 3C95A 2YNIA 3SPYA 1CZBA 1XHZA 4CEEA 4KI6A 4FVMA 1CXQA 1TAQA 1S5JA 3QEXA 1RILA 1Q9XA 1REVA 3UIQA 1YT3A 4CF1A 1X9MA 2BANA 3NBPA 3CFOA 1RBUA 2YNGA 3M8PA 4DMNA 4DSIA 4CJ4A 1TK0A 3SI6A 2X74A 2P5OA 3QERA 1CLQA 1IO2A 3OVNA 4RW7A 4KB1A 4OPKA 4OKJA 5C42A 4Q5VA 1WSIA 3NE6A 4LY7A 4J2EA 2OPSA 5HRPA 4DFKA 4QCLA 1J9AA 4DF8A 1TKXA 2PYJA 1KFDA 4CHYA 4CJQA 1WAJA 4FK4A 2ZE2A 4IDKA 4RW9A 2G8WA 1TL1A 1UWBA 3G10A 1C0MA 3F9KA 4GW6A 4NYFA 2IOCA 5KTQA 4ID5A 1NKCA 4AHRA 1Q9YA 4F8RA 5J2QA 4M3YA 1WSFA 4FLUA 4CK2A 3JYTA 4FJ5A 3DI6A 1VSJA 4CEZA 3AVAA 4K8XA 3S3NA 4HCBA 5KGWA 3H08A 4HUEA 4CESA 3JSMA 1NK7A 1LWFA 4J2AA 3K5OA 3OYIA 4O4GA 4KTWA 4C8NA 1A5VA 3D45A 4KO0A 4BWMA 4DQSA 3PY8A 4CF9A 3NGIA 3OYKA 4E7JA 2EX3A 4IBNA 4FLVA 3L2RA 3SV4A 2FBTA 4I9QA 4CF0A 4CJPA 2OA8A 2Z1JA 4DLGA 4CF2A 4NCAA 3HT3A 4AHSA 4PWDA 4FYDA 5DK5A 4CGJA 3M8RA 3V9XA 3HXMA 3EZ5A 2E6MA 3C94A 3ZSYA 3NH0A 4NCBA 4G1QA 3ZSQA 4FJMA 1QQCA 2FBVA 3IS9A 4CJSA 3RR7A 4E7LA 4CEQA 3VQEA 4KV8A 1BGXT 3I0SA 2QKKA 4CEFA 4CEBA 4KAZA 3QEWA 2JGUA 5HRRA 4F2RA 3SCXA 3HP9A 3HPHA 4F3OA 2HNDA 3QEVA 1KVAA 4I2QA 1BI4A 4FJLA 1RT2A 2F8TA 3TAGA 3KK2A 3KLEA 4BDPA 3OYAA 4GMJB 1HNIA 3DLEA 4J2BA 4RW4A 2YKNA 4FJGA 2RN2A 3HPOA 4W5RA 4J2DA 5CYMA 1EETA 4BWJA 4CECA 2PY5A 3WNEA 2RPIA 5HP1A 3NF7A 5HRSA 2OYQA 5KRSA 1U49A 2YV0X 3FFIA 3DOLA 2B5JA 1LAVA 4DSLA 4W5OA 3RTVA 3OS2A 3L3UA 1JLAA 1RNHA 4OKKA 2FBYA 3V1OA 3IAYA 1RBTA 4FZYA 4PA1A 1UA1A 2HHVA 4EZ6A 3LDSA 2KFZA 1VSEA 1KTQA 4XIUA 3DLHA 4CIFA 3VQQA 1MU2A 4Z4FA 4AHTA 4N41A 3AV9A 1W9HA 3TAQA 4N76A 1O1WA 3QETA 4CGFA 1L3TA 2G8IA 1IKWA 3DOKA 2R7YA 1YVUA 5HBMA 2A1RA 3QLHA 4Y1DA 1JL1A 5J2PA 4FJ7A 1NOYA 2B4JA 1ZBHA 2E6LA 4MQ3A 4PY5A 1HQEA 4HCCA 2Y1JA 1SL0A 4TSXA 3S9HA 3HSTB 3IRXA 2PZSA 2DY4A 3VQ4A 3V9WA 4DWIA 2ITGA 4B9VA 1J54A 1JLBA 1ASUA 3AA5X 2X78A 2XY8A 2A1SA 2O4GA 3P83D 3V6DA 1QSLA 4FZXC 4CIEA 1LWCA 3VQCA 1BQNA 1NK6A 1RBRA 2XY5A 3KJVA 1IKVA 3HL8A 1NJWA 3ZT3A 1TAUA 3LPUA 4O5BA 3AVJA 3K2PA 3ZT1A 3VQDA 4BDYA 1SKRA 4M41A 1RTIA 3LP0A 3T19A 1FKPA 3AO3A 4OJRA 1U45A 1D9DA 4ELUA 4OKEA 4CJLA 1WSEA 3MECA 1JLFA 3HM9A 4B9UA 3VA3A 4DQIA 1LW2A 4FJNA 4E7IA 1SKSA 4CJEA 3AVFA 4DG1A 3O3GA 1GOCA 1UAXA 2HW3A 1KCFA 1RDBA 4B9SA 2OPQA 3V4IA 1IG9A 1JLCA 1G15A 4FXDA 3WNHA 5CY4A 2XRIA 4F4KA 2OZMA 4EP4A 3NF6A 3ZSXA 4FLWA 4FW1A 4RG8A 4DSJA 2KZMA 2Z1GA 5JS1A 5CYQA 3HVTA 1HMVA 4FJ9A 4FM2A 1JXEA 2X6SA 3HJFA 4H4MA 4DS5A 3PO5A 1U04A 1TVRA 3PUFA 4HVJA 3KLFA 2HMIA 2VG7A 3O4NA 2ETJA 1W0HA 5C25A 1TL3A 2F96A 4DF4A 1C1BA 1ASWA 3VQ6A 3SJJA 1BIUA 1S1WA 3QNNA 3L2WA 4HHTA 4DSEA 3LP2A 5C24A 4JLHA 4DTNA 3LZIA 1QSYA 4CHQA 3LP1A 4M3ZA 2OPRA 4KHWA 1QS4A 4W5QA 4LD0A 5T7BA 2D0AA 5J1EA 4OGEA 5JS2A 4W5TA 4M45A 3O3FA 3V9ZA 4DQRA 1L3VA 1WSGA 3SUOA 4DTSA 3AA4A 4PQUA 4DTRA 3ZSZA 2QK9A 4FLXA 3LZJA 4FJHA 4FJKA 2VWKA 1BISA 3ALYA 3QINA 1QSSA 1KFSA 4E19A 4CJUA 1B9FA 5D3GA 4KI4A 3TR8A 1VRTA 4QAGA 2VWJA 3AVHA 4JS5A 1J53A 2YNFA 1K6YA 3LWMA 1U4BA 4CK1A 2HNYA 2G8HA 1VSLA 3HK2A 3AVNA 2BE2A 4MFBA 3OYJA 1KVBA 3NAEA 2JLEA 1D9FA 1NK0A 2W42A 1NJZA 4DSKA 3MEDA 1BQMA 1U48A 3KD1E 1JKHA 1C1AA 1I39A 2GUIA 3QEPA 5FRNA 4LH5A 3RRGA 5KGXA 1T8EA 1WN7A 3LANA 4DQQA 4KHYA 3ZT4A 4IG3A 1SV5A 3C6UA 3OS1A 4LH4A 5FROA 1Q8IA 4FW2A 4O0IA 4M3RA 4I2PA 4DFPA 3U6FA 1SL1A 2AJQA 1LWEA 3CM5A 3OYNA 3HPGA 2FC0A 1BL3A 3NHGA 1HRHA 1S1VA 4M3WA 1A5WA 1N5YA 4C8LA 4IG0A 3VQ9A 4Z4HA 2G8VA 1F21A 5FRMA 3DLGA 1RTDA 3VQPA 4CHZA 1RCHA 2EHGA 4N5SA 3L8BA 1VK0A 4CGHA 2G8UA 1WAFA 3V1RA 1VRUA 4LSLA 4W5NA 1CXUA 3AVCA 4CF8A 4KRFA 3P1GA 1ITGA 3AO2A 4DU4A 1JLGA 4B8CA 4CEOA 1KRPA 1VSKA 1HYSA 2HHXA 4FM0A 5J2MA 4CFCA 1L3SA 1BIZA 1RDAA 1KLNA 3SZ2A 4C8OA 4IKFA 3L2QA 3VQ7A 1IKYA 3SUQA 4DU1A 4CFAA 3D0PA 4E1NA 3OYEA 3DMJA 2HVHA 3SNNA 4B3OA 4JRQA 1XHXA 1S6QA 2PYLA 4AHUA 3TARA 3C6TA 3OJSA 3MXJA 4QOZB 3AO4A 4E1MA 2GBZA 4CJ5A 1UA0A 2DTUA 1KLMA 3KLIA 4CK3A 3OS0A 2I5JA 2HVIA 4UQGA 3V81A 1BHLA 1C6VA 2XHBA 1YTAA 1T03A 5CZ1A 2KQ2A 3K5MA 1X1PA 1S9EA 5HROA 3PV8A 3TI0A 3VN5A 1VSIA 4OVLA 2E4LA 4OGCA 3LPTA 4Z0UA 3KK3A 3SYZA 1X9SA 2G8FA 4B9MA 1GOAA 1CZ9A 1S9GA 2LSNA 5KRTA 1RTJA 4Z4EA 3K57A 4ZTJA 2YNHA 2D0CA 3S3MA 2QXFA 1EXQA 3B6PA 3MEGA 3NGYA 4OPJA 2KW4A 3CFPA 1GOBA 3KKSA 4FZZA 1TKTA 3T1AA 3NFAA 4DQPA 4AH9A 5HRNA 2IDOA 3M8QA 1B9DA 1HYZA 3RMDA 2IC3A 4PUOA 4C8KA 1QHTA 3DYAA 3AVKA 4KFBA 4NCGA 3NCIA 3QIPA 4M3XA 3K59A 4E0DA 4ZHRA 2WOMA 4DTXA 1EX4A 4BE0A 3KLGA 4YFUA 4KHNA 3AO5A 4CFBA 3VQAA 2XY6A 3SPZA 1RT7A 5E41A 5I42A 4BE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2O8CB 1HJRA 3ZLJA 3CHWA 2UYTA 4X5MA 4FJIA 2A40A 4FJXA 1YJWN 4DTUA 1E4GT 3AA2A 3D7EO 1VQMN 3G71N 3SUNA 1RT4A 4IO9L 1TYQB 1ASVA 3ASMA 3THYA 3E01A 3K58A 2RE2A 4RW8A 1TK5A 4IO8A 1BCMA 2B6AA 5GAEP 4AHVA 3ULDA 3LDOA 4JS4A 2F9WA 4DB3A 4DCHA 3AA3A 1ZBFA 1K8AO 3VENA 3WXIA 3KVGA 3A5OC 3KKRA 3CD6N 4BRQA 3QNOA 1G99A 3E9PA 3C95A 2E2NA 3EZWA 1CZBA 4CEEA 4FVMA 1CXQA 3QEXA 4CF1A 3CJ1A 2BANA 3WQUA 1RBUA 4DMNA 2JWLA 4CJ4A 4JI0K 2P5OA 3OVNA 4KB1A 4OPKA 1BU6O 4Q5VA 1WSIA 2NZTA 4LY7A 5HRPA 5AQIA 1TUYA 2KLAA 5F2RA 5AFUH 4CJQA 4DUZK 4IDKA 4RW9A 1TL1A 3LDBA 4NYFA 4EHUA 5KTQA 4ID5A 2O8FA 4JYAK 1Q9YA 4YOYA 3WSOA 5J2QA 4M3YA 1WSFA 4FJ5A 1VSJA 3AVAA 3TU5A 2HHHK 3JSMA 4MO5A 4C23A 2GWJA 2VGNA 4O4GA 3D45A 4IOCL 4AKIA 4JI6K 3L2RA 4CJPA 2OA8A 1BDGA 4NCAA 3HT3A 4FYDA 4IEIA 5DK5A 4BRMA 3H3NO 3M8RA 1QHAA 3EZ5A 3U9DA 2ASOA 3NH0A 2WBNA 3ZSYA 4NCBA 3VEXA 4KV8A 3I0SA 2RCUA 4JD2A 4KAZA 2JGUA 5HRRA 2Q0UA 1N32K 2HBMA 4I2QA 4C1NK 2HMPA 1E3MA 2YKNA 1EETA 3J7YP 3MWTA 5BRFA 2RPIA 3C7NB 2OYQA 1MMOG 4JKBA 3FFIA 2B5JA 4DSLA 3RTVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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