4J2DA

Rb69 dna polymerase l415k ternary complex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSKYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Role of L415 in the Replication of RB69 DNA Polymerase
rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2dA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2dA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2dA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2dA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2dA03
3OYJA 1BI4A 4O0IA 4AHVA 3HPOA 4EZ9A 1W0HA 1VSJA 4BWMA 3M8QA 4ID1A 3OY9A 1HQEA 4CGDA 3OYIA 4KRFA 3L2QA 4DTMA 1HPZA 4IKFA 3QESA 3RRHA 1NK7A 4F2RA 4FJMA 2P5GA 4FLXA 2QXFA 4FVMA 3NE6A 1JKHA 4IG3A 1J5OA 3HO1A 2P5OA 4I7FA 3HPHA 5J1EA 3OYCA 1TAQA 4DSKA 1X9MA 4OJRA 3EYZA 4PQUA 4BE0A 4CJFA 1SL1A 2OYQA 4CEOA 4Z0UA 3QNOA 3C6UA 4YNQA 3VQBA 4LSNA 1ASVA 2EX3A 3KK3A 3NBPA 1TK5A 3ZT3A 4KO0A 1UWBA 3HXMA 3FFIA 1HJRA 1FK9A 1RCHA 1BIUA 1ZYQA 1SV5A 1JLCA 1WNSA 2B6AA 1L5UA 3M8PA 4W5TA 1RT2A 4DMNA 4B9TA 2G8IA 3L8BA 4FW1A 3HP6A 1KTQA 3QIOA 1GOBA 1TVRA 4Q0BA 4CFBA 4ZTJA 3EZ5A 1HMVA 1JL1A 1RT7A 1NOZA 3CYMA 4FLUA 3NHGA 2E4LA 1X9SA 4IFYA 1QSLA 2D0BA 4JS4A 3NH2A 1IKXA 4CGGA 1U47A 3AVGA 4FJHA 3VQ7A 3SUOA 1S9EA 3DM2A 4CEQA 1U4BA 2VWJA 1B9FA 2DFEA 4J2AA 1TKXA 2X74A 3LZJA 3AO4A 1TK8A 1QSSA 3PO4A 4AH9A 4OLAA 4CERA 1SKWA 3T19A 1JLAA 1NK8A 4Q5VA 3RMDA 1WSEA 2IGIA 5FROA 3AVCA 1RTJA 1F21A 2VG7A 3LP3A 4GMJB 3DI6A 4CGIA 2PYLA 3ZSXA 2XHBA 1EKEA 4IFVA 4LD0A 3OYGA 1VSLA 3G10A 2G8UA 4DTOA 4YFUA 3NGYA 3CFOA 1A5VA 3SQ0A 4RW6A 1HNIA 4H4MA 3WNEA 1EETA 2DY4A 3AVKA 4CK2A 1C0UA 3S3MA 1BCOA 1JLBA 4RW9A 3MEEA 2ZQBA 2PZSA 2P51A 4CIFA 3VQ8A 3RMAA 3LALA 1KRPA 1KFDA 2RPIA 3LPTA 3OYAA 1BCMA 1RNHA 3DYAA 4FM0A 4CJSA 4JS5A 3U6FA 4CF0A 4W5OA 1LW0A 3KLHA 3SQ4A 4FW2A 2XO7A 3LWLA 1Y97A 3SCXA 1NJZA 2LSNA 3TI0A 3KD1E 1NK5A 4OGEA 3TAMA 1J9AA 3AVFA 1L3VA 4DF8A 4DTUA 1ASWA 1U48A 2OPRA 2FBTA 2QKBA 3HJFA 3OJSA 1U45A 1RBVA 4DQQA 4M3RA 1HNVA 3AVNA 3K57A 1SKSA 2X6NA 5HRPA 1WN7A 4B9MA 2OPQA 2P1JA 5HRSA 3SI6A 3RMBA 3LZIA 3ZSRA 4JRQA 3MXJA 4CHQA 3HVTA 1X9WA 1WSJA 3HK2A 1IH7A 4AHUA 4QAGA 5J2NA 3RR8A 4AHCA 3OYHA 3QEPA 4BDYA 3HVRA 4J2DA 4CFAA 5HBMA 3RRGA 1CZBA 4DTXA 1Z26A 3OJUA 4FJJA 1Z25A 1DLOA 4ELTA 3TARA 4DSEA 3PX6A 3PUFA 3VQEA 3HPGA 1XI1A 4DQIA 3LWMA 4FM2A 3SQ1A 3UIQA 4O5BA 3M8RA 4FLZA 2I5JA 1UA0A 4EP5A 1G15A 4FLTA 1BISA 1CXUA 4CHNA 3K59A 4KTQA 1C1AA 1VSKA 1WSFA 4FJXA 4QCLA 2FBYA 4OPJA 1LWEA 2OA8A 4DQPA 1CXQA 3MECA 4M3ZA 3V1RA 3L2VA 4B9NA 3TAFA 3QO9A 1NJWA 3VQ9A 4FJGA 2A1SA 4R5PA 1BQNA 4JLHA 1T05A 4F2SA 4CK1A 4RW8A 3RTVA 3VA0A 3HYFA 2ETJA 4FJ8A 4CJVA 4DFMA 3IS9A 4F4KA 1C6VA 2Z1HA 3L3VA 5KGWA 4WE1A 4CJUA 4CEEA 2AJQA 1WSIA 4NCBA 1IKWA 2ZE2A 4QOZB 1TAUA 3IG1A 3DRPA 3TABA 3HM9A 4FM1A 4CHPA 3D0PA 1WAJA 1NK9A 5JS2A 4IDKA 4K8ZA 4OPKA 3TAPA 4CJPA 2HHSA 1YT3A 3NF9A 4CE9A 1S1XA 3T3FA 4KI6A 2G8FA 3BDPA 1RT1A 1NK6A 2Y1IA 1RDAA 3C94A 3AVLA 4E7HA 1Q8IA 5K14A 4IG0A 5CZ2A 1S1UA 4DFPA 2DFHA 2DFFA 5EU7A 3ZSYA 3TAGA 4KHSA 3PX0A 5HROA 4F3TA 4CF1A 1J53A 3KIOA 1YTUA 1D5AA 4CESA 2F8SA 4CGHA 1NJXA 1T8EA 3PY8A 4G1QA 3OS0A 1L3TA 1RT5A 1ITGA 1XWLA 4KHWA 1HRHA 2HNZA 3SJJA 1VSFA 4LY7A 3LAMA 4O44A 4N56A 4BDZA 2IS3A 4E7JA 2PY5A 2KZZA 1CZ9A 3LANA 3JSMA 4E7KA 4DTSA 1REVA 3TAQA 2W42A 4MQ3A 3SYZA 3ZSQA 4KPYA 4DWIA 3L2RA 2B5JA 1S5JA 1RDBA 2BANA 2IDOA 3NFAA 4ELVA 2F96A 4M3TA 3AO1A 2GBZA 4M3WA 3AO5A 1SKRA 4B9UA 3SPZA 1B92A 3K5LA 1XHXA 5C25A 3O4NA 3NCIA 4KHUA 2OPSA 3ZSOA 5CYMA 4HVJA 1S1TA 2VG5A 4CJLA 4KTWA 1T03A 4CJWA 4J2BA 4B9VA 1NKCA 3C6TA 1U49A 3SUPA 2D0AA 1HYVA 1BHLA 1VSDA 2X78A 2IAJA 4Z4FA 2E6LA 5HRNA 3AVIA 4CEDA 1TL1A 5I3UA 3E01A 4CJRA 3KKSA 3ZT1A 1C1BA 1RT4A 3B6PA 4PA1A 3KLEA 1JLFA 4OKJA 3ULDA 4L8RB 4HUEA 3ITHA 4AHTA 3K5OA 2RF2A 3ZSZA 1QTMA 4EZ6A 1TKZA 4M3UA 2EHGA 2HHTA 2HHQA 3ZSVA 1FKOA 5SWMA 4XIUA 3QEXA 3AO3A 4FJNA 4Z4GA 3QNNA 4FJKA 1ZBUA 3QEVA 3DLHA 3VQ6A 3OS2A 3O3GA 3OYLA 4DSFA 2JLEA 2YV0X 1D8YA 4FZZA 4Z4HA 3LP1A 4BE1A 1VSHA 3OYNA 1BL3A 1UA1A 2HVHA 1JXBA 3B6OA 2HMIA 4CJ5A 3V9UA 3OYMA 3CG7A 4FLVA 3K5NA 5CZ1A 1SL2A 3P83D 5J2MA 1LAWA 1LV5A 4E89A 4FXDA 3SQ2A 3QETA 1U04A 1ZBFA 1IO2A 3OYDA 3T1AA 3L2UA 3NH1A 3I8DA 3TANA 3ZCMA 3NF6A 4FJ7A 1DTQA 5KRTA 4B9SA 4KAZA 2KFZA 1JLQA 2GV9A 1EXQA 1VK0A 3VQCA 3V9ZA 3NF8A 2XY6A 5SZTA 1S1VA 4FJ5A 4CIEA 2BDPA 4DTPA 3OYEA 3KLFA 4JRPA 4I9QA 3P5JA 3KK2A 4HHTA 3VQDA 5FRMA 4CF8A 1WSHA 3QERA 4HCBA 4M3YA 2HB5A 4B08A 1NKEA 2G8HA 4CECA 3VQAA 1S6QA 2KW4A 4OGCA 4DU4A 1GOAA 1X1PA 3VQ5A 4E19A 3CQ8A 2Y1JA 3S9HA 1I39A 3AVAA 2E6MA 4RW4A 4CJEA 2KQ2A 1RTDA 1EP4A 4KHYA 2FBXA 5DK5A 4LH4A 4Y1CA 5D3GA 3DLRA 3F9KA 4KB1A 1W9HA 3VA3A 4LSLA 4BE2A 3NDKA 1RBRA 1KVBA 1FKPA 5E41A 3MXMA 2GUIA 3V9WA 3U3YA 1N6QA 3VN5A 1TV6A 4DFJA 3SZ2A 4FZYA 1TGOA 3KLGA 1KVCA 4BDPA 3QINA 4DU3A 4K8XA 4NCAA 4DS4A 4DQRA 1A5XA 4DSIA 4CHYA 3CFRA 1A5WA 1DTTA 3JYTA 1S9GA 2IC3A 3A2FA 3G0ZA 1MU2A 4OKEA 2G8KA 3SNNA 3V9XA 1GOCA 3AVHA 2HW3A 3C95A 4CEAA 3TAEA 4CHOA 4DU1A 1KLMA 3HT3A 3SUNA 4FJLA 1RT6A 1CLQA 3OVNA 3V81A 4Z4CA 4CF9A 4C8MA 2KFNA 1ASUA 3DLEA 4CJ3A 2X6SA 3I0RA 3DOKA 2OPPA 4FYDA 4DSJA 1KSPA 5FDLA 2RN2A 3CM6A 3QLHA 3AA5X 1VSEA 3OS1A 4E1NA 3DLBA 4Y1DA 1HQUA 1NJYA 4BWJA 1S6PA 2BGGA 4N5SA 1NK4A 3SPYA 1VRUA 2RKIA 2QK9A 4KV8A 5KI6A 4CJTA 1KCFA 3V6DA 4I2QA 4C8KA 4IBNA 1WLJA 4CEZA 3ALYA 2D5RA 2YKNA 4DLEA 4DFKA 1ZBIA 1ZBHA 4CJKA 1TKTA 1TL3A 3AA4A 3DRSA 4M41A 2YHAA 2VG6A 2Q3SA 1L3UA 3PO5A 3M8SA 1NK0A 4FZXC 4DF4A 2HNYA 3H08A 5HRRA 3LP0A 3O3HA 4RG8A 1RBUA 4N47A 5J2PA 4M42A 3CM5A 4E1MA 4CF2A 3OYKA 3EY1A 3O4QA 4F3OA 3DMJA 3HL8A 3DOLA 2F8TA 3NF7A 4M3XA 1LWFA 3VQ4A 4CIGA 4FLYA 3AVMA 4DTJA 1QE1A 3D45A 4NYFA 3KK1A 1IKVA 1BIZA 4B8AB 5T7BA 3CFPA 3WNFA 4ICLA 3OYFA 3U3GA 2BE2A 2ITGA 4HUFA 5C42A 4KFBA 4HTUA 4GW6A 1QHTA 4KHNA 2WOMA 2ATQA 2HVIA 5JS1A 4FLWA 4ID5A 2O4IA 4H4OA 4KI4A 3ASMA 5C24A 4HCCA 3LDSA 4OLBA 1D9DA 4FJ9A 1IKYA 3NGZA 4Z4IA 4B9LA 1FXXA 3V4IA 4CCHA 4PY5A 1RTHA 4FK4A 4DTRA 1RDCA 1UOCA 4CK3A 2R7YA 3F73A 1C1CA 1LAVA 4KHQA 4TSXA 4I9LA 4O0JA 3NH0A 1RBTA 2YKMA 4J2EA 1R0AA 4W5NA 3HP9A 1SL0A 2VWKA 3S3NA 3K58A 1TK0A 2DTUA 3LAKA 2PYJA 3QEIA 1LW2A 3P1GA 4W5QA 4E7LA 3LPUA 3THVA 4N76A 1ZBLA 4E0DA 3O3FA 4E7IA 4O4GA 1BGXT 1LWCA 1N5YA 3KTQA 3ZSWA 1S1WA 4PUOA 4B3OA 4DS5A 2QKKA 3V1QA 3MXIA 4LH5A 2NUBA 2KZMA 3VQPA 2OZMA 1VSIA 3DRRA 3WNGA 3K2PA 2YHBA 3SUQA 4B8CA 4KREA 3DLGA 4ELUA 4MFBA 1JLGA 1RDDA 4EP4A 4AHRA 5J2QA 4CFDA 4UQGA 3L2WA 3S3OA 1QS4A 3KLIA 2HHWA 2Z1IA 1KVAA 1D9FA 2FBVA 2ZD1A 5KRSA 1BI4B 1TKDA 4GVMA 1YVUA 4OVLA 4CGJA 2HHVA 2XY7A 1IG9A 4DQSA 4O55A 1Q9XA 2HNDA 3VQQA 3RR7A 4Z4EA 1NKBA 1QSYA 2XY5A 4KTZA 1L3SA 4AHSA 4HUGA 3LP2A 4FK0A 4CGFA 3TR8A 2B4JA 5KGXA 2D0CA 5I42A 1WAFA 4C8OA 1NOYA 1RILA 4AILC 2XY8A 5CY4A 3PX4A 3KJVA 4BACA 3AA3A 3K5MA 2JGUA 2HHUA 4F8RA 4OKKA 5HP1A 4CEFA 2O4GA 4CJ4A 2A1RA 1J54A 1RT3A 4CFCA 1C0MA 1I3AA 1VSMA 4I2PA 4H8KA 3SV4A 4W5RA 3RWUA 2G8VA 3OYBA 3AVJA 4FK2A 1XHZA 1SUQA 1B9DA 3ZT2A 4M45A 4CHZA 3V9SA 3ZT0A 3PV8A 3ZT4A 3QIPA 2YNGA 4E3SA 3BGRA 3IRXA 2IOCA 3AA2A 1XC9A 3HSTB 1RBSA 4DG1A 1JXEA 5HLFA 4DSLA 3SV3A 3L3UA 1YTAA 4ZTFA 4FCYA 1JLEA 1RTIA 1HYSA 1HYZA 3RMCA 1UAXA 1VRTA 4C8LA 5FRNA 1C0TA 3I0SA 4FJIA 4N41A 1QQCA 1Q9YA 4CJQA 3KD5E 1BQMA 3KKRA 2Z1GA 2OZSA 2WONA 3MEGA 2KTQA 1K6YA 5KTQA 2XRIA 4PWDA 2YNHA 1T7PA 3AO2A 3TWHA 1KLNA 1JL2A 1O1WA 1EX4A 3V1OA 1WSGA 4ZHRA 2YNIA 2HHXA 3DLKA 3ISNC 4KKOA 3AVBA 3NGIA 2Z1JA 4NYNA 4DTNA 5CYQA 3MEDA 5DMRA 4C8NA 3WNHA 4CEBA 3AV9A 2G8WA 1KFSA 4KB0A 3MAQA 4DLGA 3NAEA 3IAYA 2YNFA 4NCGA 4RW7A 3QEWA 2FC0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3TARA 3HPGA 1MWMA 3UIQA 4WCEL 4IT5A 4FLZA 2I5JA 1UA0A 2E31A 1G15A 4B3MK 3UO2A 4KTQA 4GV3A 2HOEA 1K9MO 1VSKA 2F9TA 2W6KA 1LWEA 1CXQA 4J8FA 3FZKA 3TAFA 3F5TA 1NJWA 2ZGYA 4R5PA 3EE8A 4DFMA 3HYFA 4FJ8A 3IS9A 4F4KA 3L3VA 5GIPA 3VEOA 1IKWA 3IG1A 4FM1A 1WAJA 1VQ6N 4CJPA 2GTDA 3QBXA 3NF9A 3HOTA 4CE9A 3T3FA 2WUSA 3SAFA 1MWKA 4QS7A 3C94A 4U67L 2QEXN 1SZ2A 3DXKB 3ZSYA 2NRRA 1IBLK 4ILJA 1J53A 1D5AA 4CESA 4LC9B 2F8SA 1NJXA 1T8EA 3PY8A 5M1KA 3OS0A 1QVFM 1LCUA 3HRGA 3CCVN 3LAMA 1FZIE 5AJ3K 1VQ4N 1GLFO 2NRHA 2KZZA 1CZ9A 4FWKA 2JHCA 3TAQA 3SYZA 4KPYA 4DR1K 4DWIA 3NFAA 4ELVA 2BANA 4WQ4A 4M3TA 2J4RA 3AO5A 1XHXA 5C25A 3WQTA 4MLEA 3UKUB 3AARA 3AAQA 3DWLA 2HBLA 1NKCA 1U49A 1JJ2M 1HYVA 1BHLA 3ENOA 4CEDA 4ADNA 4X5MA 1C1BA 3B6PA 3KLEA 4L8RB 2F9WA 3VERA 3QDKA 3K5OA 3ZSZA 1ZXOA 3ZSVA 4JKAA 3QEXA 3J27A 2O8EB 4FJKA 3LDBA 3THWB 3VQ6A 3OYLA 4Z4HA 1YXQA 4BE1A 3W0LA 1VSHA 1BL3A 4XH5A 1JXBA 3B6OA 4CJ5A 3R8EA 2YB5A 2IVNA 3CG7A 5MLCQ 3FGUA 2JWLA 1KC8O 4DCHA 3SMSA 1U04A 1IO2A 3NH1A 4LF8K 3WQUA 4FJ7A 1DTQA 1JLQA 4I6JB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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