3SQ2A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite 2ap (at rich sequence)
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 324
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sq2A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sq2A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sq2A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sq2A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sq2A03
4RW8A 1WSHA 1NJXA 3AV9A 4E0DA 3KK3A 1W9HA 2IC3A 4CE9A 4H8KA 4KHNA 4K8XA 1JLFA 2YNIA 3CFRA 4Y1CA 3SPYA 3HPOA 4FLZA 1TVRA 3IG1A 3SQ2A 3EZ5A 3CFOA 4FJLA 4FJMA 1RDAA 4C8MA 4JS5A 3CYMA 4M3XA 2HHQA 5C25A 3NF9A 1KRPA 5C24A 1NK7A 2HHVA 1NKBA 3QNOA 4CJ5A 4IG0A 4OGCA 3C94A 3K5OA 4OKJA 3CQ8A 1N5YA 4FLUA 4ZTJA 3NGYA 3HJFA 3H08A 4CJPA 4FM2A 4I9QA 2XRIA 2F8SA 3SQ4A 1S9EA 1NOYA 4OPJA 3OYKA 3THVA 4RW4A 1JLBA 4FW2A 3DRPA 1LWCA 3CM6A 4CIEA 4FJNA 1BHLA 1X9MA 2QKBA 4CF8A 2XHBA 1VRUA 3AO3A 4OJRA 5K14A 3O3GA 2HHWA 1TGOA 5FDLA 3S3MA 1LW2A 3SQ1A 3L8BA 3ZT1A 2VG7A 3I0RA 3QO9A 5FROA 5KGWA 4M3UA 2YKNA 4C8NA 1D9FA 1EX4A 4DQSA 1MU2A 2VG6A 4F2RA 3CFPA 3ZSRA 3ZSYA 3SYZA 4DQPA 3TAEA 4OGEA 3OYJA 2OPPA 2KTQA 3AVGA 3V6DA 1CXQA 4KTZA 3L2UA 4M3RA 1YT3A 2YNGA 1SKSA 3AVNA 4DQRA 4FZZA 3MAQA 1BIZA 1KLMA 1HJRA 1UAXA 3WNFA 1KVAA 4CFAA 4HTUA 3V81A 1T8EA 4OLAA 1RBUA 3NDKA 4DS4A 3SCXA 4Q5VA 5DMRA 4KPYA 1DTTA 3C6UA 2G8FA 1N6QA 3HPGA 1Q9YA 3UIQA 1BL3A 1KFDA 2G8HA 4DQIA 3QETA 4M42A 5JS1A 3QESA 3HVTA 1Z25A 3VN5A 5KRTA 3OJSA 3NFAA 2DFEA 1NK5A 3LP0A 3L2WA 2X6SA 4CK2A 4ELUA 4LY7A 3OYAA 4CHOA 2Z1HA 4ICLA 3ZT2A 1ZBFA 4E7IA 3P83D 4IDKA 3VQAA 4CGFA 3T19A 3RMDA 4CEBA 1F21A 3F73A 3KLIA 4DS5A 4DFJA 2XY6A 1QE1A 2D0CA 3QEPA 2OZMA 3OYFA 4IKFA 4OLBA 4QOZB 4AHTA 3RRGA 3F9KA 4JS4A 2E4LA 4ID1A 3QIOA 4E3SA 1I39A 5C42A 3KK2A 2FC0A 1TK0A 1L3VA 1BGXT 3OS1A 1TL1A 4M45A 5J2NA 3AVJA 3AVFA 5E41A 5SZTA 1QQCA 2A1SA 5I42A 4FM0A 4DLGA 4Y1DA 4Z4IA 1K6YA 1Z26A 3OYIA 1TK5A 3EYZA 3QEXA 4CJKA 1RT7A 4KHYA 1BQNA 4CJWA 1VSHA 5JS2A 1TAUA 3IAYA 2HHSA 1VSMA 3L2RA 3RTVA 1S1XA 1UOCA 2VG5A 4CFCA 1TAQA 3VQCA 4E89A 2D0AA 3NBPA 3HT3A 4DTPA 2B5JA 1X9SA 4L8RB 1IH7A 4DG1A 4JRQA 3NGZA 2GV9A 3LWMA 3RWUA 3OYHA 5KI6A 4BACA 2X74A 1JLCA 4B9LA 2Y1JA 4EP4A 3SUQA 4NCGA 1SL0A 3K57A 1RT2A 1SL2A 1ZBHA 3K58A 3RR7A 2IDOA 1BCMA 3ZCMA 4NCBA 4J2DA 1LWFA 4FVMA 1IKXA 3ZT4A 3C95A 4DMNA 3D0PA 2XY8A 4B9UA 4FK0A 3ISNC 3ZSZA 3G0ZA 4KO0A 3ZSQA 1GOCA 2HNZA 4DFKA 4DWIA 4MQ3A 1NJWA 3WNHA 4AH9A 4JLHA 1SKWA 4Q0BA 2HVHA 4E7LA 4CEOA 4HCBA 1EP4A 1O1WA 3QEWA 4BWMA 4I2PA 5CYMA 2DFHA 3SI6A 3U6FA 5EU7A 1XHZA 1WAFA 1TKDA 3AVCA 3RMAA 1BI4B 3QEIA 1IO2A 2Z1JA 4E1NA 4I9LA 1WSGA 3NF8A 4LSLA 3OYMA 4CK1A 3S3OA 1R0AA 3B6OA 4DTXA 3JSMA 3V4IA 4N76A 2G8IA 4N56A 3AVHA 5HRNA 2PZSA 4ELTA 2QK9A 4FLTA 3OS2A 3HK2A 4C8OA 4MFBA 2IOCA 3SQ0A 1CZBA 1KVCA 4KB1A 4GW6A 4NYFA 3SPZA 1BI4A 1HNIA 3TR8A 4KTWA 1RTIA 1JL1A 1S9GA 1NJZA 4W5NA 3NF7A 1Y97A 4FJ8A 3DOKA 4CGDA 3LAMA 1S1VA 1QSSA 3DLGA 5FRNA 3OYBA 4UQGA 1HQUA 2DFFA 1S1UA 1S5JA 4M3WA 1FXXA 4O4GA 4B8AB 4CERA 1T05A 4C8LA 4M41A 3DI6A 2IGIA 3PV8A 3RR8A 3AVIA 3OY9A 3L2QA 3TAFA 1BCOA 4AHCA 5SWMA 4CIFA 3V9SA 1J9AA 3TAQA 4KKOA 4FZYA 1XI1A 3SUNA 3AA5X 1KSPA 3LANA 3V1RA 3IRXA 2G8UA 4DTMA 1NKCA 1VK0A 1VSKA 2WONA 4M3ZA 5HP1A 1U48A 4NYNA 3NCIA 4AILC 2BDPA 1XC9A 4B8CA 4CJFA 2I5JA 1WNSA 3K5MA 1I3AA 1ITGA 1HNVA 3AVKA 3NF6A 3ZSWA 3G10A 2E6LA 3VQPA 2F96A 4Z4FA 2HW3A 3AVBA 3HXMA 1WLJA 4W5QA 4QAGA 3NH1A 1JLGA 2HNDA 2Q3SA 4CGGA 4JRPA 4DFMA 3KLFA 4B08A 4PY5A 1GOBA 1C0UA 5KGXA 3ITHA 1XWLA 3AA3A 3M8SA 1WAJA 1L3SA 4KFBA 4KAZA 2P51A 1BIUA 2Z1IA 4J2EA 4FJ9A 4FK4A 3AO4A 4FXDA 3L2VA 4FW1A 4FJKA 1RT1A 4IBNA 1SKRA 1IKWA 2ATQA 1D5AA 2OPRA 2XY7A 3LPUA 3PX4A 1J54A 4HUFA 3ZT0A 3P1GA 3PUFA 4KI6A 3DLKA 3KD1E 4FJHA 1WSJA 2OPQA 4OKEA 3K2PA 4OKKA 1JLQA 1TKZA 3K59A 4B9NA 1NK9A 1C1BA 3MXMA 1S6PA 1RDDA 2RN2A 4BE0A 4LD0A 4Z4HA 3KLHA 4ZTFA 5HBMA 2ZQBA 2HMIA 1Q8IA 3MXIA 3DOLA 3FFIA 4CJ4A 3ZSOA 4CJTA 3BDPA 3O3HA 1JXEA 1RBSA 4DTUA 3O4NA 1RT5A 2IAJA 1NJYA 3SV4A 2G8WA 1S1TA 4FLXA 4KREA 3V1QA 3NH0A 4FJ7A 4KHUA 2ITGA 4E7HA 4E7KA 4KHQA 1DLOA 3OYDA 3SZ2A 2B4JA 3K5LA 2P5OA 1L3UA 3KKSA 5CZ1A 3TAGA 3VQQA 2IS3A 4DSEA 4LH5A 3NH2A 1IKYA 3O3FA 4O5BA 4KB0A 2OPSA 4B9VA 2F8TA 3ULDA 3HO1A 3NAEA 4O55A 4CEAA 4CK3A 2KW4A 3HL8A 4CGIA 4FLWA 3DLRA 2YKMA 1RBTA 4CF1A 4B3OA 1U04A 2PY5A 3DLHA 4FJIA 1XHXA 4CECA 3DM2A 2HVIA 1WN7A 4N41A 1HMVA 3C6TA 1ASUA 4FJGA 1D9DA 3SJJA 4Z4CA 1VSEA 2LSNA 3S3NA 3RRHA 4DSFA 1ZYQA 4B9MA 3LWLA 3HVRA 2O4GA 1B92A 1TV6A 3PY8A 2VWKA 2X6NA 1QSYA 2HHXA 2EHGA 2JGUA 3VQDA 3M8RA 4ELVA 1VSJA 4CIGA 2G8KA 4ID5A 3KK1A 2GUIA 4BE1A 2PYJA 4XIUA 2DTUA 3MECA 1QTMA 2BGGA 1YTAA 3QNNA 5HRPA 5J1EA 1NK0A 2E6MA 1C1AA 1CXUA 5CYQA 3VQ5A 2EX3A 3V9UA 1NKEA 3PO5A 1LAWA 4FLVA 3LP1A 1VSIA 2BE2A 1RT3A 4CESA 5J2QA 1HYVA 3DMJA 4F3OA 3SUPA 2B6AA 1DTQA 3AO5A 3D45A 4N5SA 1X9WA 3SNNA 4FM1A 1QSLA 3BGRA 2PYLA 2FBVA 3VQ6A 3VQ7A 3VQEA 4CJUA 4KHSA 4C8KA 1JLAA 3AVMA 4CFBA 1X1PA 1ASWA 1RCHA 3B6PA 2RKIA 3QLHA 3LPTA 1EETA 4CJSA 3A2FA 3M8PA 4HHTA 1C6VA 1CZ9A 1RNHA 1WSEA 4AHRA 3LP2A 1IKVA 3MEGA 1NK6A 3V9ZA 3V9WA 1VSFA 4E7JA 1WSIA 3DRRA 4CF9A 4CJ3A 3ASMA 1L5UA 1REVA 2DY4A 4KV8A 2NUBA 4B9SA 2FBXA 4CEZA 5D3GA 2ZE2A 1ASVA 1RTJA 3O4QA 1FKOA 3LAKA 4I7FA 4R5PA 3QERA 3DYAA 4DF8A 1FK9A 1WSFA 2YNFA 4BDPA 4E19A 3LP3A 4FJXA 4RW6A 3OYLA 4GVMA 2YHAA 4CHZA 2QXFA 4F4KA 3ALYA 3AO1A 3AVLA 3KJVA 4CGJA 1JL2A 3QINA 4HUEA 2QKKA 1LAVA 1S1WA 4DQQA 4DTSA 4CCHA 3E01A 1W0HA 3CM5A 3HPHA 4PUOA 3VQ9A 3I8DA 2HHTA 1RT6A 1RBRA 4TSXA 4F8RA 3AVAA 5DK5A 4GMJB 3KLEA 4KI4A 1KLNA 2ETJA 5HRSA 2Y1IA 3OYNA 3KD5E 1NK8A 1D8YA 2R7YA 1KTQA 2G8VA 4YFUA 1UA0A 1IG9A 1VRTA 2RPIA 4CHYA 4W5RA 3K5NA 3TARA 3ZSVA 4CJEA 4QCLA 3DLEA 1U47A 4DF4A 2P5GA 3PO4A 4EZ6A 1LW0A 3L3UA 3WNEA 5HLFA 3U3GA 3LALA 3NGIA 4EP5A 4E1MA 3V9XA 4DFPA 1RDBA 1U45A 2ZD1A 3DRSA 4IFVA 5CZ2A 4CJVA 5KRSA 1NOZA 1BISA 4DSKA 1HRHA 5HRRA 4CHNA 4J2AA 2HHUA 2KZZA 5T7BA 5J2MA 3V1OA 3VA0A 3VQBA 4I2QA 4IG3A 4YNQA 3LZIA 4HCCA 1RBVA 4CHQA 4CEFA 1UA1A 4CFDA 2FBTA 4DU3A 4DLEA 3MEEA 4HVJA 3IS9A 3AA4A 4KRFA 3SUOA 2YHBA 3T1AA 3OJUA 4LH4A 3SV3A 4CEQA 4DTNA 1JLEA 4IFYA 3DLBA 3MXJA 3KIOA 4W5OA 4HUGA 3ZT3A 3NE6A 4AHUA 4CJQA 3VQ8A 1ZBLA 4CHPA 1U4BA 3TABA 3TAPA 4DU4A 4BDZA 2OA8A 1VSLA 3T3FA 3VQ4A 4PQUA 1TK8A 3RMBA 4N47A 4H4MA 3L3VA 2W42A 1ZBIA 4FJ5A 5CY4A 3TI0A 3AO2A 4CEDA 1L3TA 3S9HA 4ZHRA 1J5OA 4NCAA 5I3UA 3AA2A 2HNYA 1A5WA 1A5XA 4DTRA 4EZ9A 1LWEA 3HM9A 3EY1A 3TANA 3PX6A 2JLEA 2KZMA 1QS4A 1JXBA 3OVNA 4LSNA 4WE1A 4RW7A 2VWJA 4RW9A 3OS0A 1CLQA 3TAMA 2Z1GA 4M3TA 1C1CA 1S6QA 1G15A 2X78A 4H4OA 4W5TA 1HYSA 2AJQA 1SL1A 1TKXA 3M8QA 4O0JA 4FJJA 3QEVA 1GOAA 2RF2A 1C0MA 2OZSA 1EKEA 4M3YA 1RTHA 1SUQA 3OYGA 1U49A 3HSTB 4AHVA 4BDYA 3PX0A 4F3TA 2P1JA 2O4IA 1J53A 1RT4A 4DTOA 4CEEA 1KCFA 1KFSA 3OYEA 1C0TA 5J2PA 1FKPA 4DSIA 5HROA 4CJRA 2KFZA 4DTJA 1HYZA 1UWBA 4B9TA 2YV0X 3JYTA 4OVLA 3KLGA 4FZXC 1B9DA 1QHTA 2YNHA 1RILA 2KQ2A 3MEDA 1JKHA 4K8ZA 1HQEA 1HPZA 1B9FA 3HYFA 4RG8A 4BWJA 3HP6A 1LV5A 4F2SA 4CJLA 1VSDA 3LDSA 1RTDA 4Z4EA 5FRMA 1EXQA 4FYDA 4CGHA 4CF0A 3I0SA 4Z0UA 3WNGA 5KTQA 2A1RA 3P5JA 4PWDA 1NK4A 1TKTA 4O0IA 4FK2A 3HP9A 3KTQA 2GBZA 4DU1A 1Q9XA 1T03A 2KFNA 1ZBUA 4KTQA 4KHWA 1RDCA 4OPKA 1YTUA 2D5RA 3QIPA 2WOMA 3ZSXA 4FCYA 3NHGA 2XY5A 4Z4GA 3KKRA 2BANA 4O44A 1KVBA 2FBYA 1SV5A 4G1QA 4PA1A 4AHSA 1A5VA 4CF2A 3OYCA 4DSJA 4DSLA 3TWHA 1BQMA 3LZJA 4FLYA 1TL3A 3CG7A 3U3YA 2OYQA 2HB5A 2XO7A 3VA3A 4J2BA 2D0BA 1T7PA 4BE2A 3RMCA 1YVUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2HVHA 4E7LA 2FSNA 1O1WA 3QEWA 4FWOA 4B1WB 3AVCA 3RMAA 1IO2A 2E2NA 4GKJK 4LF9K 1QQMA 3V4IA 5AQPA 2CGJA 3AVHA 2PZSA 4ELTA 1NGEA 1K8AO 3CMEN 5M1PA 3R9PA 1YUWA 2QW9A 3GBTA 4DKWA 5C2DA 1CZBA 4FVUA 5H37A 3ULEA 4NYFA 5AZJB 3OGLB 3E4WA 3LDBA 1Y97A 1FZ3E 3DOKA 3LAMA 1S1VA 5FRNA 4BC5A 3SAGA 1S5JA 4M3WA 4O4GA 4C8LA 4Z94A 4I6MB 4M41A 3DI6A 3AVIA 3OY9A 2HD0A 1BCOA 3C7NB 5SWMA 2E8AA 4FZYA 4A5AA 3V1RA 3JAMO 1KSPA 4BRDA 1XVCE 1NKCA 1VK0A 5HP1A 3HZ6A 4BGAA 3J27A 3VEYA 4CJFA 2I5JA 1OKJA 3O9RA 4A61A 5AJ3K 1HNVA 4CZLA 4MO5A 4IWVA 3NH1A 1VQPN 4CGGA 3KLFA 4PY5A 3ITHA 3AA3A 4EHUA 3A5OC 4KAZA 2J4RA 3ENOA 3OHRA 3L0QA 3MN7A 4FK4A 3VESA 3CCQN 3L2VA 4IBNA 3VEZA 4BRNA 1SKRA 3SMSA 2ATQA 3D2FB 3LPUA 2I7NA 1J54A 3P1GA 4KI6A 3IDHA 5BREA 4OKKA 3K2PA 4LF8K 1NK9A 3BVOA 1S6PA 4BE0A 1IJJA 4CJ4A 3ZSOA 3CXCM 4PHTX 4DTUA 3O4NA 5AQOA 3L1NA 4BR2A 1RT5A 1OH5A 3NVKA 3V1QA 4E7HA 4FJ7A 4KHUA 2ITGA 3SZ2A 5AQYA 5CZ1A 2IS3A 1IV0A 4LH5A 4O5BA 5LL6Z 4CEAA 3HBTA 2UXBK 2KW4A 4CGIA 5LJVA 4FLWA 3ZETB 3J7ZO 4X66K 1K8KB 3O1WA 3DM2A 1WN7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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