3SQ2A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite 2ap (at rich sequence)
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sq2A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sq2A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sq2A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sq2A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sq2A03
4C8MA 1QSYA 3AVLA 1B9FA 4CJKA 4CE9A 4E1NA 1QQCA 4CF0A 3V4IA 2XY8A 1WSIA 4O55A 1REVA 5HLFA 1WLJA 3AO3A 2YHBA 3O4NA 3TAQA 4BDZA 3FFIA 4DQIA 1EX4A 1EKEA 1QHTA 3CG7A 4J2BA 1JLGA 4CHPA 4N41A 1RDDA 4FZXC 2FBVA 1X1PA 4QOZB 3EZ5A 2GUIA 4FYDA 4B9TA 4FJ9A 4AHUA 3ULDA 4CF1A 3JSMA 1U49A 5HP1A 1ZBHA 1BIZA 5J2QA 3LAMA 4KKOA 1G15A 2IC3A 3LP0A 4CGHA 4H4MA 4CEBA 2HHVA 3HP6A 1WN7A 4CFAA 1TKDA 3TAFA 3C94A 3OYIA 1ASUA 1KFSA 2FC0A 1S1VA 1TV6A 2IAJA 1NOYA 2BDPA 4FJIA 2BGGA 4DTUA 1L5UA 1UOCA 5KGXA 2KQ2A 3O4QA 1NJXA 3ISNC 4KB0A 1C1AA 2QKKA 4CHNA 3AVJA 2RKIA 1WAFA 3V9UA 4CHOA 5J2PA 3ZT2A 3OYGA 3NH1A 4B9VA 1VSMA 2HHUA 1SKSA 4C8LA 4KHNA 1NJYA 3ZSXA 1Q9YA 3K58A 2KFNA 2G8WA 1ZBFA 2ZE2A 1BIUA 3AO2A 5DK5A 4KTWA 1VSLA 2G8VA 4CK1A 4CGIA 1X9WA 3K59A 4RG8A 2WOMA 3V9ZA 1S5JA 4IDKA 4CGGA 3QEXA 3K5LA 4EP4A 3LP1A 5E41A 4OPKA 3QEPA 1XWLA 3TAGA 4UQGA 4Z0UA 1NJWA 2G8UA 1O1WA 2O4IA 1WNSA 3LPTA 2PYLA 1W0HA 4CEQA 3RMBA 2B5JA 4CF2A 5C24A 3K2PA 3QERA 4F8RA 4C8OA 1LW2A 1LWCA 3TAPA 3DLEA 2DTUA 1D9FA 2F8SA 1GOBA 4CJRA 4IBNA 3QIOA 4AHCA 5HRPA 2ZQBA 3HPOA 1L3SA 4KO0A 4Z4EA 1NOZA 1BHLA 2YHAA 2YNGA 4BDYA 4GVMA 1GOCA 1S9GA 4J2AA 5HBMA 4B8AB 3SV3A 4Y1DA 4DFMA 1ZBLA 1EXQA 1X9SA 3HK2A 2AJQA 4DWIA 4FLVA 1VSJA 1I3AA 1RT7A 4B8CA 1S1UA 4Q5VA 4O0JA 1YTUA 1ZBIA 3MEDA 2KTQA 4FLYA 4PY5A 1BCMA 2HB5A 3CFRA 3HJFA 5C42A 1RBRA 4CFBA 1RBVA 3AVKA 4C8NA 4BACA 3RR7A 4KTQA 1UA1A 4PWDA 3L2UA 3SUQA 3TABA 2PYJA 3ZSRA 4YNQA 1JLQA 1ZBUA 3V1OA 4W5RA 4FW1A 3KK3A 1NK0A 2KZMA 2BANA 3VQ6A 3DYAA 1KCFA 4E3SA 1DLOA 4JRPA 4OLBA 1IKYA 3MXJA 1J54A 3DRPA 3MAQA 2G8FA 4CJ4A 2Y1JA 3OY9A 3C95A 1WSFA 3M8PA 1QE1A 2P1JA 3IAYA 4E89A 3BDPA 3OYCA 4DS5A 3V1QA 4CJQA 1NJZA 4M3RA 4FLWA 4OKJA 4M3TA 1JLEA 3WNEA 3V9XA 1J5OA 2DY4A 3QLHA 1YVUA 3ZSVA 4W5QA 3OS1A 1RT4A 1CLQA 2EX3A 2OPSA 3LWLA 2G8HA 3NHGA 5T7BA 3OYJA 4RW7A 3SPZA 3DOLA 4CJ5A 3HVRA 4NCAA 1TAUA 1VSFA 2Q3SA 4KFBA 2W42A 2KW4A 3HPGA 4DTSA 5FRNA 4QAGA 4FM0A 2X6NA 4E7IA 4OKEA 4O44A 1JLAA 3HXMA 4FM2A 1KVBA 3B6OA 4M45A 4CHZA 2IGIA 4IG3A 3SJJA 4CJEA 3MXMA 4DU3A 3ALYA 3ZSYA 1SUQA 1U4BA 2YKNA 3T3FA 1WSJA 1Y97A 2F96A 3M8SA 4E1MA 3O3GA 2DFEA 3AO1A 3S3OA 4MQ3A 4DFPA 2HNDA 2VG7A 3VQDA 4ZHRA 1RTIA 2Y1IA 3RMAA 1LAVA 3KK1A 2JLEA 2ZD1A 3OYNA 4KB1A 2HVIA 3NH2A 4DTXA 2HNZA 5HRRA 1HRHA 3SNNA 1HJRA 5CYQA 4HVJA 1TKTA 5D3GA 2ITGA 4H8KA 3SUPA 3O3FA 3T1AA 1XC9A 1RILA 3OVNA 3OYMA 3VQ4A 3NDKA 1RT1A 3B6PA 1RBUA 4FJNA 4CEFA 3AVNA 5HROA 3HYFA 2RN2A 4M3ZA 3RTVA 3AV9A 2OZSA 1DTQA 2YNHA 1Q9XA 3VQQA 4B9SA 1HYZA 4DQQA 1B92A 1S6PA 2E6LA 2VG6A 4BWJA 4FJKA 4ELTA 4B3OA 1RT6A 3P83D 4F2SA 4FXDA 4I9QA 1VSEA 3LAKA 2YV0X 3VQ8A 4LSLA 4CJSA 5CZ1A 1UA0A 1HPZA 4PA1A 2A1RA 3RMCA 3NGYA 1A5XA 1SV5A 3H08A 3RR8A 3KLEA 5J1EA 5JS2A 4HCCA 3KKRA 3SQ1A 3LALA 3AA4A 3PX0A 2G8IA 1RBSA 3F73A 4HHTA 2R7YA 3LP3A 1IG9A 4O4GA 4B9UA 4N76A 4L8RB 4F3TA 2HVHA 4CJ3A 4CJVA 4Z4FA 3CYMA 3S3NA 1W9HA 3NE6A 4LD0A 2QKBA 4Z4GA 4CIFA 3TAEA 4CF9A 1N6QA 1BI4A 3OS0A 3MXIA 3CM6A 3NF8A 4CGJA 4DTMA 3S3MA 1KLMA 1LWEA 1UWBA 5DMRA 3SV4A 4DS4A 3MEEA 3VN5A 4K8ZA 3KJVA 4FJMA 1NK8A 1BQNA 1WSEA 2O4GA 4DSLA 1C0TA 4IKFA 1NK5A 2QXFA 1NK4A 5KRTA 3LDSA 3DLGA 3DLBA 3I8DA 1NKEA 1WSHA 2XY6A 4HTUA 4RW6A 4CFCA 4KI4A 4E0DA 1LV5A 4NYFA 4DQSA 4CESA 4Q0BA 2RF2A 4DTNA 4M3WA 5KTQA 1C6VA 2IS3A 2ATQA 5KI6A 1TK0A 3PO5A 3QEWA 1ITGA 5SWMA 1J53A 1RDAA 3VA0A 4E7KA 4Z4IA 1GOAA 3PUFA 3I0SA 3IG1A 4EZ6A 4FJLA 1S1WA 3P5JA 4IG0A 1X9MA 4KHQA 1J9AA 1TKZA 4FLTA 4PUOA 1S9EA 3V9SA 3K5OA 4OGEA 2HHQA 4J2DA 1A5VA 3VQBA 4DU4A 1NK7A 3OJSA 3KKSA 5J2NA 1IH7A 4DQRA 1RBTA 4DTRA 1C0MA 1HQUA 3ZSOA 4B9MA 1TKXA 4AH9A 3MECA 3L2QA 1VRTA 5CY4A 4CIGA 4DMNA 3ZT1A 5CZ2A 1RNHA 1CXUA 1FKPA 1MU2A 3NBPA 2X74A 1KFDA 4FK4A 4DTOA 4N56A 3NCIA 3CFPA 3SQ4A 4K8XA 1TK5A 2P51A 4BE2A 4KV8A 3ASMA 4Z4HA 4CERA 1WSGA 1ASVA 3AO4A 4CEEA 4O0IA 5FRMA 2JGUA 3ZT3A 1U48A 2YNFA 2I5JA 3OYFA 4FLZA 4CFDA 1RCHA 2VWJA 1ASWA 3EYZA 4DSIA 1C0UA 1JXEA 4R5PA 2PY5A 2X6SA 4DF4A 3AVCA 1JL1A 3RWUA 3QNNA 3KK2A 4CGFA 3L2VA 4OLAA 1TAQA 4J2EA 4ICLA 4AHSA 2X78A 4CEOA 4Z4CA 3SYZA 3HM9A 3P1GA 4KI6A 1TK8A 4CJFA 2IDOA 1NK9A 3AA3A 3V1RA 3CQ8A 2HMIA 2DFHA 1YT3A 2P5GA 1EETA 4FW2A 3SQ0A 4ID5A 4OKKA 2XY5A 3AA5X 4DQPA 4YFUA 1TGOA 3AVAA 4QCLA 2KZZA 1BL3A 4LSNA 4CHYA 3HT3A 4JS4A 4JS5A 4DTPA 2D0AA 4HCBA 1RDCA 2XY7A 1RTDA 4ZTJA 1UAXA 3DLRA 3QIPA 3LPUA 3RRHA 4B9NA 3DLHA 3PO4A 3PX4A 4KHWA 4O5BA 1RT3A 3L2WA 3L8BA 1BGXT 1T03A 4DSKA 1HQEA 1VSHA 3VQCA 1ZYQA 4ELVA 1S6QA 4RW8A 3KLHA 4FJ5A 4C8KA 3NF6A 1K6YA 4W5OA 1CZ9A 1I39A 1S1XA 3NAEA 3BGRA 1SL2A 1Z25A 4FJGA 1VK0A 4RW4A 1Z26A 1VRUA 3ZT0A 4CJTA 2GBZA 4CHQA 2OA8A 4NCBA 2F8TA 3KD1E 5CYMA 2DFFA 2WONA 2Z1GA 3KLGA 4DU1A 3PX6A 3TANA 1KVCA 4FJ8A 3VA3A 4HUEA 3T19A 1TVRA 4FJJA 4PQUA 2HHXA 1NKBA 4BE1A 4FJXA 1T8EA 3QETA 1D5AA 2OYQA 1KLNA 4I2PA 3SZ2A 3O3HA 4FJHA 4KHUA 4CGDA 3V9WA 1C1CA 3AVBA 4M42A 4EP5A 2P5OA 4N47A 4DLGA 1NK6A 4CEAA 3QEIA 3V6DA 4B08A 2E6MA 2OPRA 5C25A 1NKCA 1KSPA 3HSTB 3U6FA 3LZJA 2FBYA 1KTQA 2IOCA 4OGCA 2FBTA 5FROA 3VQPA 4GMJB 3K5MA 4F3OA 2E4LA 2Z1IA 4CJUA 3LZIA 3OYAA 2D0BA 4IFYA 3OJUA 1QS4A 3EY1A 1R0AA 1IKWA 2B4JA 4HUGA 3K5NA 1FK9A 3CFOA 4CK2A 1EP4A 4FZYA 3HO1A 3VQ9A 4DSFA 1Q8IA 4BE0A 1U04A 3NF7A 3M8RA 4FM1A 4F4KA 2ETJA 2XHBA 2Z1JA 2A1SA 3ZT4A 3KIOA 3IS9A 4KRFA 3RMDA 2OPPA 4CEDA 4AHVA 3TARA 1F21A 2D5RA 3DLKA 1VSIA 4FK0A 4KREA 4F2RA 3VQ5A 1U45A 1BI4B 2LSNA 4BWMA 4EZ9A 4M3UA 1YTAA 3AVFA 4DLEA 3QO9A 3OYHA 1LW0A 4E19A 2NUBA 4FVMA 1JLBA 4ZTFA 2HHSA 1BISA 1HYVA 1KVAA 4OVLA 3DMJA 3SPYA 1B9DA 4TSXA 2HW3A 1FXXA 2G8KA 1L3UA 5K14A 4CJPA 4KAZA 3SUNA 4FLXA 2XO7A 3AVMA 4LH5A 1FKOA 2D0CA 1XHZA 1IO2A 3LWMA 5HRSA 3G0ZA 1XHXA 4E7LA 3NF9A 3OYLA 1HNIA 2OPQA 4WE1A 3I0RA 1JKHA 2PZSA 3G10A 4AHRA 3QEVA 3M8QA 3QNOA 3HVTA 1IKVA 5FDLA 1SKRA 3AVGA 4CF8A 1L3TA 4CCHA 3PY8A 4FK2A 5SZTA 1TL3A 1SL0A 3KLIA 3TI0A 1HYSA 2HHWA 4DG1A 3OYBA 1BQMA 1VSDA 4W5TA 4DSJA 1S1TA 4GW6A 3QINA 3OYKA 4CECA 3ZSWA 1IKXA 1QSLA 2RPIA 5I3UA 3PV8A 5J2MA 3C6TA 1HMVA 3TR8A 1D8YA 1JLFA 3TAMA 2BE2A 4M3XA 4I2QA 2VWKA 4CJLA 4HUFA 1U47A 1SL1A 1QSSA 3UIQA 1N5YA 1RDBA 1DTTA 2VG5A 4I7FA 4RW9A 1BCOA 1JXBA 3SUOA 4CJWA 4N5SA 3OYDA 1XI1A 1HNVA 4E7HA 3AVIA 1KRPA 2HHTA 2KFZA 3F9KA 3E01A 3JYTA 1L3VA 4OJRA 3ITHA 4DF8A 5JS1A 4BDPA 3S9HA 3L3UA 4CEZA 3L2RA 2XRIA 3NGIA 4KHYA 3ZSQA 3OYEA 3VQAA 1LAWA 2YNIA 3DRSA 2HNYA 2B6AA 2YKMA 4NCGA 3C6UA 3L3VA 3RRGA 4I9LA 3WNHA 3DOKA 5KGWA 3U3GA 2FBXA 3K57A 1A5WA 3DRRA 2QK9A 4Y1CA 4M41A 1RT5A 4G1QA 5HRNA 3AO5A 3MEGA 3THVA 4B9LA 3IRXA 1LWFA 3LP2A 4DTJA 1JL2A 1RT2A 3SI6A 4CK3A 3ZCMA 1TL1A 3AVHA 4FZZA 4KPYA 4KHSA 4ID1A 3VQ7A 1RTJA 1T7PA 3D45A 3HL8A 4LY7A 4DFJA 3DM2A 1CXQA 4AHTA 3KTQA 5KRSA 4XIUA 1JLCA 3OS2A 2OZMA 3A2FA 3NH0A 1WAJA 4FJ7A 1SKWA 4ELUA 3NGZA 3SQ2A 3NFAA 1RTHA 2GV9A 3QESA 4OPJA 3VQEA 1VSKA 4DFKA 3SCXA 5I42A 1QTMA 1D9DA 3DI6A 3WNFA 1CZBA 1T05A 4FLUA 4LH4A 4KTZA 3CM5A 4DSEA 4FCYA 4CIEA 2EHGA 3AA2A 3HP9A 4NYNA 3U3YA 2Z1HA 3LANA 3HPHA 4M3YA 4IFVA 4AILC 4JRQA 4E7JA 4JLHA 1C1BA 3KLFA 3TWHA 4W5NA 5EU7A 4H4OA 4MFBA 3D0PA 3V81A 3KD5E 3ZSZA 3WNGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4J8FA 4BGBA 1VQON 3M8SA 1FW6A 1N33K 4MQ3A 2HNDA 4H0TB 4ZHRA 2O8CB 3RMAA 1LAVA 2V51B 4DTXA 3FZFA 3HTVA 5CYQA 2QEXN 4I6MB 1XC9A 1RILA 3OYMA 1BO5O 4JKAA 4FJNA 3RTVA 4QS9A 3THWB 3VQQA 1Q9XA 2NNWA 3JAMO 1HYZA 1B92A 1S6PA 1FZ9E 2VG6A 4EIAA 4ELTA 5IBKB 1RT6A 3FLCO 3AARA 4KH6A 4FOIA 4I9QA 4FXDA 3VQ8A 4LSLA 1GLLO 3UB5A 1HKBA 3RR8A 5J1EA 3K2OA 3TTDA 3PX0A 4X5MA 3F73A 4N76A 1NBWA 4AQYK 4L8RB 3ZEUB 4CJ3A 5AQYA 4XH5A 3WXIA 3J8AA 4LD0A 5EX5A 4Z4GA 3TAEA 1N6QA 4JK8A 4DTMA 2MMBA 2P9NA 3M3ZA 5DMRA 4DS4A 3VN5A 3K9KA 4K8ZA 1Q86O 4PL8A 4F3OA 5KRTA 1NKEA 1WSHA 4BC4A 5GAHP 2QWMA 5AQSA 3W3DA 5BN9A 4NYFA 4DQSA 3IDHA 2A5XA 3G71N 1NGEA 4GKJK 1C6VA 3VA0A 1J53A 3TTCA 1GOAA 4JKGB 3OGKB 5ADXA 3LD8A 3I0SA 5EVZA 4EZ6A 4FJLA 1S1WA 1X9MA 4CZMA 3H3NO 4PUOA 1S9EA 3HRGA 1VQNN 1V4TA 3RSEA 4OGEA 3J7AP 2HHQA 4J2DA 3TU5A 3VQBA 4B1WB 4DQRA 1RBTA 1C0MA 3MECA 4CIGA 4IJAA 5CZ2A 1RNHA 4N56A 1TK5A 3KWIA 3CFPA 3SQ4A 2P51A 1WSGA 4CEEA 4A57A 5FRMA 2JGUA 2B8IA 3ZT3A 4NLBA 3CMEN 3QFUA 4DSIA 4YDUA 2OVPB 1JXEA 4JKBA 4R5PA 2X6SA 2JHPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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