3SQ2A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite 2ap (at rich sequence)
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sq2A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sq2A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sq2A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sq2A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sq2A03
1IKYA 4OGCA 1RBVA 1WSFA 4O0IA 4KTQA 3RMBA 4CK1A 1RBTA 3HL8A 4FJKA 4O5BA 4AHCA 5J2PA 3THVA 4CEDA 3QESA 3AO1A 4CHPA 1U4BA 5E41A 1TGOA 3CFOA 1HNVA 4JRPA 2ETJA 5J2NA 4GMJB 3KLEA 1ASWA 1JXEA 4FJNA 2O4IA 3ISNC 1ZBFA 1JLQA 1RCHA 4MQ3A 3LDSA 3V9UA 2AJQA 3DRPA 3PO5A 4NCAA 2RN2A 1HRHA 1RT4A 4CJQA 3O3FA 1TKXA 1C1CA 2IC3A 2QKBA 1GOCA 4LSNA 5CZ1A 3ALYA 4M45A 1QSYA 2Z1JA 1C0MA 3SPZA 1BCMA 1VSMA 2RF2A 2X6NA 4BACA 4H8KA 5KRTA 4DLGA 3DOKA 4HVJA 4YFUA 2VG7A 3OYIA 3C6UA 3T1AA 1ITGA 3LWMA 3V81A 2F96A 4BDPA 1LW2A 1RTHA 3CYMA 4IFVA 3HPOA 4CJTA 4DS4A 3QEPA 1RILA 3LAKA 4DQRA 4CCHA 1VSKA 1B92A 5DMRA 4CGHA 5K14A 3OJUA 4CERA 4DLEA 1NKEA 3IAYA 4CGGA 3I8DA 4NYNA 4FLYA 1A5XA 3AVJA 1SKWA 3DLBA 4KFBA 2QK9A 1UA0A 1UWBA 4C8NA 4CJWA 4O0JA 4CJKA 1NK4A 4CJ5A 1L5UA 1LWFA 4IG0A 5SWMA 1WSJA 4H4MA 1C1AA 4ID5A 3OYHA 4EP4A 4CHNA 1EX4A 3KK3A 4LH4A 2EHGA 2HHWA 3SUQA 1LW0A 1WSEA 3NGZA 2HMIA 3KLIA 4EZ9A 2HNDA 3NCIA 3VQ9A 4FK4A 1RBRA 3SQ2A 1YT3A 1JLBA 2YNIA 4CEOA 3SV3A 2Y1IA 2F8SA 4QOZB 2XY5A 4PQUA 2P51A 4DFPA 4BDYA 3QEIA 4EZ6A 3VA0A 5HRSA 2HB5A 3OYJA 1ZBIA 2GBZA 4OKKA 3ZSZA 4E7JA 3S3NA 1GOBA 1BISA 3HVTA 4DMNA 3F9KA 1LAVA 4CGJA 3NF8A 1TL3A 1NJXA 1TK0A 3D0PA 1A5VA 1J53A 3NGYA 3QETA 3PY8A 4F2SA 2KW4A 3LPTA 4R5PA 4GW6A 3L2QA 4CFAA 3DLKA 1U04A 4CECA 4ICLA 3L8BA 3M8SA 3TAPA 4DTJA 3RMCA 2X74A 4JLHA 3HT3A 3V9SA 2DTUA 4CJ4A 4Q5VA 4DSFA 3RR8A 3TAMA 3AA2A 2VWKA 4NCGA 1CZBA 1RT7A 3E01A 1Z25A 4KTWA 4IKFA 2LSNA 3A2FA 1Q9XA 5J2MA 4CK3A 2XY6A 1D9DA 4DTMA 3PUFA 4CEFA 1YVUA 1IO2A 1KVBA 4PA1A 2PYJA 3NE6A 1W9HA 1O1WA 2YNGA 4N47A 3NDKA 4HHTA 3ZT2A 2XRIA 4CF8A 4DQPA 4FJMA 3HJFA 4B8AB 1DTTA 5KTQA 4CHZA 3RMDA 1BQNA 1XC9A 4FM2A 4OJRA 3RWUA 4DQQA 2HHTA 3AA5X 3DRSA 1B9DA 4AILC 4I2PA 3ZSRA 5J2QA 3S3MA 3H08A 4WE1A 3KJVA 2OZSA 4FYDA 3V1OA 4E19A 2ATQA 3HO1A 4E7LA 3KD5E 3OS1A 3RTVA 4KTZA 3L2RA 2QXFA 4CIFA 4ZHRA 3LPUA 4DSLA 1S5JA 1KRPA 4GVMA 2FC0A 1DTQA 4QCLA 2O4GA 2FBYA 3KK1A 3MAQA 3HP9A 4M3YA 1VSEA 4DFJA 4CESA 3OYGA 3KLHA 1TKTA 5FDLA 2IS3A 1IKVA 4CF0A 3HPHA 3QNNA 1KFDA 3DRRA 1R0AA 1CXUA 4CGIA 5HRNA 4CJFA 3OJSA 4DTSA 3UIQA 4B9NA 4LSLA 1RT2A 4I7FA 3ITHA 3OYFA 4B9UA 4F3TA 4F4KA 1J9AA 1XI1A 2VWJA 2VG5A 3OYEA 2OPPA 3L3VA 1JLFA 4E7HA 1WN7A 4B8CA 1BCOA 5C42A 1KFSA 1EP4A 2YV0X 3OYDA 1ZBLA 4CEEA 2ZD1A 3DMJA 4TSXA 4CEBA 4CIEA 1VSIA 1VK0A 1VRTA 3QEXA 3CFRA 3S9HA 1RDDA 2YHBA 1TVRA 4I9QA 3VQQA 1S1XA 1KVCA 3QINA 3VQ5A 3WNHA 2BE2A 4CHYA 3EYZA 1T8EA 3RR7A 3QNOA 2X78A 2IDOA 3NH1A 1NKBA 1CLQA 4CHOA 2G8KA 1T7PA 3V9ZA 2XHBA 4OPKA 1KLNA 3KLGA 4FJ9A 3EZ5A 4ELTA 5J1EA 3QERA 4KV8A 3U3YA 3AO5A 4J2EA 4Z4IA 3TR8A 4N5SA 4M3WA 5KRSA 3M8RA 3NH2A 5I42A 4FXDA 3TANA 1NJYA 4CIGA 1N6QA 5HROA 4OKJA 3ZT1A 3K5MA 2I5JA 1EXQA 4KHNA 3K5OA 4IFYA 4LH5A 4LY7A 4MFBA 1IG9A 4CE9A 4CF2A 4FK2A 2R7YA 1HQEA 4JS4A 1TK5A 4DSKA 3ZSYA 1YTUA 1WSGA 3AVKA 3VA3A 3VQPA 4RG8A 5EU7A 4N76A 4E89A 4DTXA 1BGXT 3HPGA 4FLVA 4E3SA 4FLUA 2D0CA 1RT1A 3O4NA 1KSPA 5KGXA 4Q0BA 1IKWA 3IS9A 3KIOA 3OYKA 1ZYQA 2YHAA 1SL0A 2IAJA 4O44A 1T03A 3K2PA 2ITGA 4CJRA 1KVAA 2E6LA 3K5LA 4E0DA 2HHSA 4E1NA 4IG3A 2DFHA 3QEWA 1X9MA 1NK5A 1S9GA 1JLAA 2PZSA 1SL2A 3MXJA 3RRHA 3AA4A 1EKEA 2EX3A 3NBPA 4FM1A 4DTUA 2FBXA 1L3VA 3WNFA 5T7BA 4DU4A 4W5OA 3AO4A 3ZCMA 1U45A 1YTAA 5KGWA 4O55A 4ZTFA 4CK2A 3IG1A 3DLRA 4OGEA 4DG1A 1QSLA 2E4LA 2BDPA 2DFEA 4B9VA 1J54A 2HHQA 4FJIA 3B6PA 4QAGA 3SQ1A 3P83D 3WNGA 1BHLA 1X9WA 1D5AA 3AVIA 2HHXA 4KREA 3KKSA 1HYZA 1XHXA 3FFIA 2HVIA 1VRUA 3ZT0A 4DSJA 4CEAA 4AH9A 2KTQA 1G15A 3BGRA 1NK9A 3ZSOA 4YNQA 1C0UA 3AVBA 3OVNA 1KLMA 4W5QA 3LAMA 2G8VA 4Z4EA 1HYSA 4Z4HA 4XIUA 4KRFA 4CFBA 3DLHA 3K57A 4FZXC 3KLFA 4FJ7A 4F2RA 3DLGA 5HRPA 1D9FA 4O4GA 1LWCA 1U49A 3DI6A 1JXBA 3I0RA 2E6MA 4DU3A 1KCFA 4M3XA 3VQBA 4FCYA 4NYFA 4IDKA 1UAXA 4CGFA 5I3UA 1S1WA 3VQ4A 4ELVA 2OPSA 1B9FA 3VN5A 2XO7A 2F8TA 3VQAA 4CJUA 2JGUA 4CFDA 1KTQA 1U48A 5KI6A 4RW6A 3QIPA 3RRGA 3TAEA 4CHQA 1BI4A 2FBVA 3SCXA 4M41A 1C0TA 1ASUA 3AO2A 3AVNA 3MEGA 2WOMA 3T19A 3HVRA 3LP1A 4CJVA 2G8WA 3JSMA 3HYFA 5DK5A 3NHGA 2XY8A 3AVFA 5HP1A 3V4IA 4B9SA 2HW3A 1LAWA 1SKRA 3SI6A 4DF8A 1S9EA 3CG7A 3VQDA 3ZSWA 3ZT4A 1VSLA 4OPJA 4BDZA 4Z4GA 1F21A 1JLCA 2KQ2A 4RW8A 3V1RA 3KTQA 3QO9A 4J2BA 4OKEA 4ID1A 1RNHA 3F73A 3TAGA 4DQSA 1JL2A 2Y1JA 2QKKA 1EETA 4B3OA 1L3UA 4C8LA 1S6QA 4DTRA 3QEVA 1HJRA 3OYCA 4DF4A 3NF6A 3M8QA 5SZTA 1RT6A 2P1JA 4KB0A 2HHVA 1FKPA 1HNIA 3OY9A 4KI4A 4AHRA 3O3GA 1QHTA 4B9TA 4AHUA 4HUFA 1NOZA 3SQ0A 2PY5A 4ELUA 2RKIA 3AVMA 1TK8A 3MXIA 3TABA 4DTNA 1S1TA 4C8OA 3OYBA 1JL1A 4LD0A 4E7IA 3O4QA 3MXMA 1RTDA 3DYAA 3HXMA 4Z4CA 4J2AA 2OPRA 3SQ4A 3LP2A 4B9LA 1UA1A 4PUOA 2BANA 3TWHA 2ZQBA 3OYAA 4EP5A 4M3TA 5JS1A 2G8UA 1HMVA 3NGIA 2ZE2A 4W5RA 1NJZA 1QTMA 4J2DA 3RMAA 3MEDA 1NJWA 4N41A 3PX6A 1CZ9A 1BIZA 4FVMA 2B6AA 1RTIA 3L3UA 4RW7A 3DM2A 2D0BA 5C25A 1NK6A 1LWEA 4Y1CA 1TKZA 4IBNA 1IH7A 4AHSA 1WNSA 3LP0A 3SJJA 2B4JA 3U3GA 4KHYA 4Z4FA 1Q8IA 3SUOA 4FM0A 3VQCA 4F3OA 3HSTB 2P5GA 1I3AA 5JS2A 3S3OA 2G8IA 1TV6A 4DFMA 1NKCA 2KFNA 4FZZA 1QE1A 3K59A 3AVLA 5CYQA 3L2WA 1TAQA 3C95A 1RDCA 2D5RA 3ZT3A 3PX4A 3I0SA 3AA3A 1WSIA 4M3RA 3AVGA 4M3UA 3CM5A 4KPYA 3PV8A 3SNNA 2DFFA 4KO0A 2HNYA 1VSJA 1JKHA 3NF7A 4FLTA 1RTJA 4BWMA 4AHVA 2BGGA 4FJHA 1CXQA 4CJ3A 3SPYA 1WLJA 1FK9A 4CJEA 1BQMA 3MECA 5HRRA 4FZYA 2KZMA 1W0HA 3V9WA 2XY7A 1S1VA 1IKXA 1SL1A 1WSHA 4OLAA 4NCBA 3AVAA 1TAUA 4FLXA 1MU2A 4KHUA 3SZ2A 3PX0A 1JLEA 4AHTA 3BDPA 1NK8A 4KHQA 3QIOA 3TI0A 2A1SA 3LWLA 3O3HA 3JYTA 1QSSA 3IRXA 3MEEA 3SUNA 4E1MA 3L2UA 2D0AA 3HM9A 1T05A 1TL1A 1RT3A 3V1QA 1SV5A 4CEZA 1BI4B 1REVA 4E7KA 3P1GA 4L8RB 1A5WA 2X6SA 3SV4A 2NUBA 3LP3A 3VQ7A 3V6DA 2P5OA 1XHZA 2W42A 2OPQA 1HQUA 4H4OA 3NFAA 4DS5A 4FW2A 3CFPA 3L2VA 4B9MA 3CM6A 1S6PA 1ZBUA 2WONA 4BWJA 3G10A 3WNEA 1RBSA 3TARA 3AVHA 3HP6A 4CJSA 2OZMA 2VG6A 4M42A 4I2QA 2YKNA 4RW9A 1D8YA 4KI6A 5FROA 3KK2A 4PY5A 3ULDA 1TKDA 4FLZA 3VQ6A 1C6VA 4CJPA 4BE2A 2G8HA 4BE0A 1HYVA 4JRQA 1WAJA 2DY4A 3LANA 2PYLA 1RT5A 3ZSXA 3U6FA 4CGDA 4DTPA 5HBMA 2FBTA 4C8MA 5FRMA 3ZSQA 3B6OA 3K5NA 1BL3A 3PO4A 5CZ2A 2KFZA 2OA8A 2IGIA 2Z1HA 1QS4A 1X1PA 4FW1A 3OS0A 2KZZA 4Y1DA 2Q3SA 4DQIA 1X9SA 2YNFA 3K58A 4CEQA 4DSIA 1VSHA 4Z0UA 4UQGA 1L3TA 4KAZA 2HHUA 1HPZA 3VQEA 1ZBHA 3SYZA 3OYMA 1SKSA 1ASVA 2OYQA 4FJJA 1JLGA 2HNZA 3EY1A 4BE1A 3TAFA 4FJ5A 1GOAA 4K8XA 3TAQA 5HLFA 1LV5A 3CQ8A 1VSDA 3P5JA 1J5OA 2IOCA 3OYLA 5D3GA 3VQ8A 2B5JA 4KHSA 4KKOA 3LZJA 1L3SA 4C8KA 4CFCA 2Z1IA 4DTOA 1I39A 1VSFA 4DSEA 5CY4A 4PWDA 2HVHA 4HCCA 4JS5A 3NF9A 4KB1A 1RDAA 3C6TA 1DLOA 4B08A 2JLEA 4HCBA 4FJXA 4CF9A 2A1RA 1U47A 4W5TA 4FJGA 1Y97A 3DLEA 3HK2A 3ASMA 1RDBA 3QLHA 1Q9YA 3NAEA 3SUPA 4N56A 3OS2A 3V9XA 3ZSVA 3D45A 1UOCA 4CJLA 3AV9A 3KKRA 4DFKA 4ZTJA 2GV9A 1NOYA 4KHWA 2RPIA 5CYMA 4FJ8A 4HUGA 3M8PA 4FLWA 1QQCA 3NH0A 3OYNA 2G8FA 4G1QA 1S1UA 4RW4A 4HUEA 4I9LA 3C94A 1NK0A 5FRNA 1RBUA 4FJLA 1K6YA 3LZIA 4K8ZA 1C1BA 1NK7A 2YNHA 1Z26A 1N5YA 1FXXA 4DWIA 1WAFA 4CF1A 1XWLA 3AVCA 4HTUA 4OVLA 3AO3A 4OLBA 4W5NA 3DOLA 3KD1E 1SUQA 2Z1GA 3T3FA 4F8RA 4FK0A 3LALA 2GUIA 4DU1A 3G0ZA 2YKMA 4M3ZA 1BIUA 5C24A 1FKOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3ZSRA 1HX1A 2NRZA 3H08A 4JI2K 5AQZA 5M1QA 3CCRN 4LF4K 1ESVA 2ATQA 3RVCA 3OS1A 4BQLA 4PHTX 1HKBA 2IVNA 4ZHRA 4DSLA 5KPZA 1KRPA 5ADXH 5FPMA 2FBYA 3MAQA 3HP9A 4CESA 2YCHA 1IKVA 3HPHA 4JYAK 2P1PB 5IBKB 1KFDA 1KQSM 4KHPK 3UIQA 4LSLA 3OYFA 4B9UA 1BOTO 4IEEA 1J9AA 1OH7A 2OPPA 3EE9A 2GX9A 4MO5A 4B8CA 5GAHP 1KFSA 2ZD1A 1WBBA 3SAGA 4CIEA 1XL3C 1VRTA 1RDDA 3E9LA 1TVRA 3WNHA 4JI1K 5AQWA 1EWRA 3SVIA 2X78A 4BC5A 4CHOA 3V9ZA 2ZJPL 4LF5K 3QERA 3CD6N 3U3YA 4BVPA 1J5EK 1YHQN 3AO5A 4JI8K 3NH2A 5I42A 4CIGA 1VHXA 3B8AX 4OKJA 3ZT1A 4H0PA 2I5JA 4MFBA 3K5OA 1N32K 4JS4A 4FK2A 3BVOA 1WSGA 3EO3A 3VQPA 5EU7A 2VGMA 4DTXA 3HPGA 4FLVA 4E3SA 1NGDA 2B7MA 2KLAA 5KGXA 3WT0A 2P9SB 3VEOA 2P1MB 1ZYQA 3SMPA 3VESA 4CD1A 3J7AP 3K2PA 4R79A 2E6LA 3H1VX 3EKSA 1X9MA 3ATVA 1NK5A 5B8HA 5C15A 4JI0K 2O8DA 1SL2A 3RRHA 4C1NI 1EKEA 3R1XA 4DTUA 2FBXA 1L3VA 4LFCK 4O8UA 1FZHE 1U45A 4O55A 4BQZA 4ZTFA 3IG1A 1MHYG 1QSLA 4QAGA 4BROA 5KQDA 1N36K 4I6JB 2F4VK 3R3LA 3I55N 3ZT0A 3TSPA 1NMNA 4DSJA 4CEAA 4AH9A 4YNQA 4H0YB 4W5QA 5EXWA 4CZJA 2HF3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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