3QERA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with datp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 330
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
330
sequence length
903
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQNRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Basis for Differential Insertion Kinetics of dNMPs Opposite a Difluorotoluene Nucleotide Residue.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 330
structure length 902
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qerA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qerA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qerA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qerA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qerA03
3V1QA 3KK2A 5HRSA 3V4IA 3KK3A 4CHZA 3C6UA 4Z4FA 1B9DA 4FW2A 1RDAA 4E7HA 1L3SA 4C8LA 3I0SA 3IS9A 1ZBUA 1RNHA 2KW4A 4OGEA 1S1TA 4LY7A 1D5AA 3QLHA 4B9LA 3O3HA 2FBTA 3LANA 2IAJA 3QIPA 3TABA 2YNIA 1U4BA 2OZSA 5CZ2A 1C1BA 4CHQA 3NDKA 1LAVA 1JKHA 4CGJA 3VA3A 4Z4HA 4H4MA 3QNOA 3IAYA 3SYZA 4CHYA 4Z4EA 4CHPA 3CYMA 1O1WA 4DU4A 1ASVA 3ZSZA 3VQQA 4NCGA 3OJSA 4BDPA 1KFDA 4NYNA 3CFPA 1QHTA 1JLCA 1WSIA 3QEVA 4M3YA 2YNHA 1U49A 3OJUA 1L5UA 2QKBA 1HRHA 4PUOA 1KVCA 2Y1JA 2EHGA 4DF4A 1NK8A 2HNYA 1JL2A 1NKEA 4F8RA 1SL1A 3VQBA 1QSYA 3KK1A 3DOLA 4FJMA 4DTNA 1LWCA 3MEDA 3V9SA 1WAJA 4CJEA 4DQRA 4RW6A 4DSFA 4FJIA 3KD1E 1QE1A 4O0JA 4BWMA 3VQEA 3HT3A 4AHCA 1TAUA 1XC9A 5J2NA 5DMRA 2RPIA 1HQUA 3HP9A 3V9WA 1HYZA 1QSLA 2DFHA 4ZTFA 4L8RB 3MXJA 5EU7A 3L2WA 4ZTJA 2ATQA 2DFFA 1WLJA 4C8KA 3VQDA 3NHGA 3QEIA 2G8IA 4FJNA 3LPTA 4G1QA 1VSDA 4HCCA 3TARA 2HHUA 3SUNA 4DSIA 1YTUA 1TL3A 3PV8A 1FXXA 4TSXA 4ZHRA 2Z1HA 2ZQBA 5C25A 4Y1DA 2BANA 4GW6A 3HPOA 3HVRA 4F2SA 1SL0A 2KFZA 4FK4A 4CF0A 2OZMA 3OYCA 3RR8A 1U45A 3QESA 3TAGA 1VRUA 3WNGA 4E7JA 1J54A 4RW8A 3RRHA 3AVLA 4CFDA 3S3NA 3VA0A 1RT5A 4FJ8A 4M45A 3AO1A 1DLOA 3NH0A 1X1PA 1X9WA 1TK0A 3TAEA 3OYKA 3LAKA 4PY5A 1RTHA 4GVMA 3L2VA 4PQUA 3AVKA 3IG1A 3HPHA 5KI6A 2R7YA 2DTUA 1VSKA 2X6SA 3D0PA 1LV5A 3QIOA 3HXMA 2QK9A 4RG8A 4CF9A 2VG6A 2P1JA 4E1NA 3JSMA 3G0ZA 1X9MA 4DQIA 4KAZA 1SL2A 3SQ4A 1XHXA 3PO4A 2XY8A 3T3FA 3ULDA 2HHXA 1JXBA 3OY9A 1S5JA 4W5TA 3LP0A 3S9HA 2JLEA 4OPJA 1D9DA 4O0IA 1TKDA 2B6AA 1S6PA 4KKOA 1KFSA 3LP3A 3M8SA 1DTTA 3DMJA 2G8WA 1SKSA 3BDPA 2E6LA 4N47A 4YNQA 4CJQA 2KQ2A 3OYHA 4FLZA 1BQMA 3HYFA 2JGUA 1L3VA 3TAFA 1HYSA 3V9ZA 1B92A 4C8MA 3DOKA 1EX4A 4I2PA 4J2DA 4PWDA 4FM2A 1VRTA 3CFRA 4FJ9A 4FLUA 4IFVA 3OYJA 2G8VA 4W5OA 4BE1A 4CJVA 2XY5A 4B9TA 4QOZB 1IKXA 4R5PA 4FYDA 1S1VA 1RBSA 4NCAA 3OYBA 4M3ZA 3PX4A 3S3OA 3V1OA 3VN5A 1ZBHA 2G8FA 1ZBFA 4KB0A 3L3UA 3AVJA 4IBNA 5SZTA 1C1CA 4FJLA 4DQSA 4CEQA 1XWLA 3TR8A 3ITHA 3L8BA 4FJJA 1EXQA 5J2PA 2HHVA 2W42A 4BE0A 1IKVA 3ISNC 1U48A 4FK0A 4WE1A 3OYLA 1L3TA 1TL1A 4I2QA 4EZ6A 5I42A 3OYDA 4F2RA 3DM2A 2HHQA 4CJKA 1WNSA 4FJKA 4FJ5A 3ZT0A 5E41A 1RT6A 1NOZA 4KHNA 1W0HA 4FCYA 4HUFA 1RT7A 4E7LA 1D8YA 1BISA 1YTAA 2BDPA 1HJRA 3NFAA 1J5OA 4E89A 3KD5E 3AVGA 4JLHA 2OPPA 4LH5A 2F8SA 1ZYQA 4CF8A 3NGZA 4DFPA 4Z4GA 1QS4A 4DF8A 3IRXA 4CIEA 4KTWA 4EP5A 1BGXT 3KTQA 1JL1A 1ZBIA 2G8HA 3SQ1A 3EY1A 1G15A 4DTXA 2F8TA 4O55A 4B8CA 3M8QA 4KRFA 3HP6A 4F3TA 1RT4A 2YNGA 4MFBA 1NK6A 4ELTA 3HVTA 4CJTA 4IG0A 1QSSA 1C1AA 2HHWA 1A5WA 3RMBA 3AVNA 2KZZA 1WN7A 3DLKA 4KI4A 2YHAA 5FDLA 3NBPA 4CK3A 3VQPA 3U3GA 4PA1A 3HPGA 1EKEA 4FLYA 4FM0A 4OLBA 3CG7A 2NUBA 3KLIA 4KPYA 1C0UA 4CIGA 1LWFA 4CFBA 3ZT3A 3KLFA 3SV4A 2PZSA 3LPUA 1VSJA 4FW1A 1TGOA 3QERA 1C0MA 4DTSA 3K59A 3QETA 3OYNA 1U04A 2ITGA 3ZSYA 4N41A 2KTQA 3L3VA 1VSIA 3NF7A 4QAGA 4F4KA 3MEGA 4DS5A 4DTRA 3TAMA 3AA2A 3VQ7A 3LWMA 1T8EA 3KLGA 3V81A 3MECA 1VSFA 3MEEA 1NJWA 1NKCA 2VG5A 3CQ8A 3ZT4A 3OS2A 3ALYA 3OYAA 4CEZA 1J9AA 4B9SA 2YV0X 3LWLA 3ASMA 2D0AA 4FLXA 1HNIA 1UWBA 3LAMA 2HB5A 5CYMA 3KKSA 1N5YA 1NJXA 1JLFA 3AVBA 4K8XA 3SCXA 3C95A 2D0BA 2PYLA 3DLGA 3VQ8A 2HVHA 1YT3A 1EP4A 2YKMA 4FLTA 4CEFA 3VQCA 1FKPA 4Q5VA 3NE6A 1NK0A 4ELVA 1T7PA 1RDBA 3SNNA 2XO7A 2AJQA 3F9KA 4CHNA 1RTDA 2PY5A 1NK9A 1LWEA 4M3RA 3ZT1A 1NK7A 3S3MA 1RTJA 4CEBA 3HK2A 5K14A 1T05A 3OYMA 4DTUA 1BCMA 2GUIA 4O5BA 3KLHA 1KSPA 4KI6A 2I5JA 1Z25A 2YNFA 3KIOA 4CJ4A 3DLHA 2LSNA 3A2FA 2RF2A 3KJVA 3PO5A 2IC3A 4KHYA 4FVMA 4CEDA 2IOCA 4HUEA 3AO4A 1JLQA 1RILA 4OVLA 1CZBA 1WSFA 1B9FA 4CJFA 1SUQA 4DS4A 5T7BA 1HPZA 2YKNA 1RDDA 1DTQA 4AHSA 5SWMA 3HM9A 3DRRA 5FROA 4HUGA 5HP1A 3HSTB 4DLEA 2OYQA 1BQNA 4CGHA 3TWHA 3UIQA 3DRPA 4O4GA 1VSMA 3C6TA 4CHOA 5DK5A 4Z0UA 1LW2A 1VSLA 3NH2A 3QEPA 1WSEA 4DFKA 3V9UA 1JLGA 4E7IA 4JRPA 4DFMA 3RMDA 4KREA 3PX6A 4DWIA 3THVA 3SUQA 4JS4A 5J2QA 5KGWA 4CF2A 2XY7A 3QEWA 4FM1A 3AVMA 4OPKA 3TAQA 1GOAA 2G8UA 4OKEA 3L2QA 1J53A 1LW0A 2VWKA 1S6QA 3LP2A 4OJRA 2HW3A 3P5JA 4QCLA 2O4GA 4JS5A 4N76A 4CERA 1KVAA 1RDCA 3AVAA 4CJSA 2X78A 3F73A 1REVA 3SUOA 1NOYA 1IKWA 3T19A 1HYVA 3AO3A 5KRSA 3OS0A 1RBVA 4ID1A 1I39A 4C8NA 4DU1A 4BE2A 3SPZA 1C6VA 3AA4A 3SI6A 1XI1A 3ZSXA 4M3WA 3OS1A 1LAWA 3B6PA 4FJHA 4CK1A 4OGCA 4I9LA 3DLRA 3TAPA 1RBUA 3LALA 4M3TA 3L2RA 3SQ2A 5HLFA 3TI0A 4CJ3A 5HBMA 1CXUA 3AVHA 3TANA 2HNDA 3B6OA 3KLEA 3K5MA 4KFBA 3RMAA 5C24A 1SKWA 3VQ5A 4NCBA 4CEEA 1FKOA 1RT3A 2WONA 2KZMA 1BL3A 4CJ5A 3DYAA 3SV3A 3PY8A 4LH4A 2E6MA 2YHBA 5HROA 4CECA 4CJWA 1S1UA 3RRGA 4F3OA 4RW9A 4B3OA 3ZCMA 5FRNA 2P5OA 1A5XA 1UA1A 1BHLA 4BDYA 1A5VA 5CZ1A 1RTIA 4CFCA 4ICLA 3QO9A 4IFYA 4KHWA 4OKJA 2OPRA 1NK4A 3AO5A 4BDZA 4DG1A 3AVFA 3OVNA 3EYZA 2VWJA 1EETA 3E01A 4CK2A 2ETJA 4Q0BA 2XHBA 2D5RA 3LZJA 1ZBLA 1UA0A 1T03A 1KRPA 1MU2A 4Z4IA 2OPQA 1VSHA 3NF8A 4CJLA 3U6FA 1QTMA 2ZE2A 1IKYA 4E7KA 4H8KA 3JYTA 4FLWA 3OYEA 3I8DA 1KLNA 1ASUA 2G8KA 3PUFA 3QINA 4GMJB 1BI4A 4OKKA 3VQ4A 1Q9XA 1TAQA 4JRQA 5CYQA 1C0TA 3MXMA 3C94A 1ASWA 4CGGA 3VQ9A 4E0DA 2A1RA 2F96A 3H08A 4NYFA 2EX3A 2Z1JA 4DU3A 3O4QA 2HNZA 4AHVA 2ZD1A 4KV8A 4E19A 4BWJA 1XHZA 1CZ9A 1TV6A 5J2MA 4DSKA 3ZSOA 5HRRA 1JLAA 1JLBA 3ZSVA 5C42A 1TVRA 2Z1IA 5KGXA 4O44A 3ZSWA 3OYFA 1VK0A 1TK8A 4Z4CA 4J2EA 5I3UA 3P1GA 1TKXA 4DTJA 1KVBA 1VSEA 1W9HA 2D0CA 2P51A 2RKIA 3VQAA 4YFUA 3K58A 5HRPA 3DLBA 4CCHA 4CF1A 1IH7A 3G10A 3NH1A 4DSEA 4DSJA 3CFOA 4M3UA 4FXDA 3AA3A 3WNEA 3AA5X 3M8PA 2B4JA 1L3UA 4KHUA 3QNNA 1RBTA 2Z1GA 2HHSA 4K8ZA 1Q8IA 3DI6A 4AHRA 3ZT2A 4W5RA 3O3GA 3V9XA 1SKRA 2Y1IA 3NF6A 4ID5A 4CE9A 4DSLA 1S1XA 3NGYA 1KLMA 4CEAA 3RWUA 1HMVA 3SUPA 4FJXA 1RT2A 1CLQA 2RN2A 2HHTA 2HMIA 1KTQA 1UOCA 1YVUA 2IS3A 4HVJA 4CJPA 5KRTA 4B9NA 2DY4A 4FLVA 1RT1A 3V6DA 1HNVA 2QKKA 3SPYA 4AH9A 4W5NA 2WOMA 1RCHA 3I0RA 4J2AA 4DTOA 3WNFA 4IG3A 4ELUA 4N5SA 4M42A 1Z26A 3T1AA 4KTQA 1S9GA 4EP4A 4BACA 4RW7A 3PX0A 4CGDA 1GOBA 3K2PA 2OPSA 3M8RA 2HVIA 4CIFA 4CJUA 1NJZA 4B8AB 4KHQA 3U3YA 1NKBA 3SJJA 1WSJA 2FBXA 1BIZA 3HJFA 5JS1A 4HTUA 1UAXA 1TKZA 2O4IA 4UQGA 4FJGA 4M3XA 1F21A 2VG7A 4KO0A 3DRSA 3LZIA 4LSNA 4CGIA 4DFJA 2A1SA 2XRIA 2GV9A 2BGGA 3K5NA 1R0AA 4N56A 1BIUA 4LSLA 1QQCA 1FK9A 1WSHA 3LP1A 2B5JA 4LD0A 1S1WA 1N6QA 1D9FA 1WSGA 4H4OA 3NCIA 4XIUA 1BCOA 5J1EA 4FZXC 4IDKA 4KTZA 3D45A 5KTQA 4B9MA 3LDSA 5JS2A 4AILC 3L2UA 4OLAA 2GBZA 3RTVA 3K57A 4DQQA 3AVIA 3OYGA 2IDOA 1WAFA 4CJRA 4W5QA 2BE2A 4RW4A 3CM6A 1GOCA 2OA8A 3AVCA 3FFIA 5FRMA 1Q9YA 4FK2A 3K5OA 3EZ5A 1IG9A 1Y97A 1NK5A 1SV5A 4DLGA 1U47A 2DFEA 1IO2A 3HL8A 4FZZA 4B08A 3HO1A 2E4LA 2X6NA 3NAEA 3ZSQA 4CEOA 1JLEA 3SZ2A 1BI4B 3AO2A 3CM5A 3P83D 4DTPA 1K6YA 4CESA 4E1MA 4B9VA 3ZSRA 4KB1A 2KFNA 4DTMA 4E3SA 3AV9A 1TK5A 2IGIA 4M41A 4I9QA 4I7FA 3SQ0A 4HCBA 3QEXA 1RBRA 4CFAA 4KHSA 2FC0A 2FBYA 4AHUA 3KKRA 1NJYA 4B9UA 1JXEA 3DLEA 1TKTA 4HHTA 1CXQA 3MXIA 1I3AA 3O3FA 2Q3SA 3BGRA 5CY4A 1HQEA 3NGIA 2XY6A 4CGFA 1KCFA 3MAQA 4J2BA 2P5GA 5D3GA 1X9SA 3RMCA 4Y1CA 4AHTA 1S9EA 2QXFA 4MQ3A 3NF9A 3K5LA 2PYJA 4IKFA 3WNHA 2X74A 4DMNA 4DQPA 4EZ9A 3OYIA 1ITGA 3VQ6A 4FZYA 2FBVA 5HRNA 4C8OA 3O4NA 3RR7A 3V1RA 4FJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1NK5 A;  1SV5 A;  4DLG A;  1U47 A;  2DFE A;  1IO2 A;  3HL8 A;  4FZZ A;  4B08 A;  3HO1 A;  2E4L A;  2X6N A;  3NAE A;  3ZSQ A;  4CEO A;  1JLE A;  3SZ2 A;  1BI4 B;  3AO2 A;  3CM5 A;  3P83 D;  4DTP A;  1K6Y A;  4CES A;  4E1M A;  4B9V A;  3ZSR A;  4KB1 A;  2KFN A;  4DTM A;  4E3S A;  3AV9 A;  1TK5 A;  2IGI A;  4M41 A;  4I9Q A;  4I7F A;  3SQ0 A;  4HCB A;  3QEX A;  1RBR A;  4CFA A;  4KHS A;  2FC0 A;  2FBY A;  4AHU A;  3KKR A;  1NJY A;  4B9U A;  1JXE A;  3DLE A;  1TKT A;  4HHT A;  1CXQ A;  3MXI A;  1I3A A;  3O3F A;  2Q3S A;  3BGR A;  5CY4 A;  1HQE A;  3NGI A;  2XY6 A;  4CGF A;  1KCF A;  3MAQ A;  4J2B A;  2P5G A;  5D3G A;  1X9S A;  3RMC A;  4Y1C A;  4AHT A;  1S9E A;  2QXF A;  4MQ3 A;  3NF9 A;  3K5L A;  2PYJ A;  4IKF A;  3WNH A;  2X74 A;  4DMN A;  4DQP A;  4EZ9 A;  3OYI A;  1ITG A;  3VQ6 A;  4FZY A;  2FBV A;  5HRN A;  4C8O A;  3O4N A;  3RR7 A;  3V1R A;  4FJ7 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3V4I A;  2UXC K;  3KK3 A;  4LF6 K;  4Z4F A;  1B9D A;  2NZT A;  3SAH A;  2ZM6 K;  2P9L A;  4OGE A;  4LY7 A;  1D5A A;  4B9L A;  3O3H A;  3LAN A;  2IAJ A;  5AZJ B;  2YJF A;  3VGM A;  5CZ2 A;  1C1B A;  4CZL A;  4CGJ A;  2KHO A;  3VA3 A;  4H4M A;  5F2R A;  4K0K K;  4Z4E A;  4CHP A;  3OBY A;  4NCG A;  4BR2 A;  4NLB A;  3FZL A;  3OJS A;  3CFP A;  2FXU A;  1WSI A;  3QEV A;  4PUO A;  2Y1J A;  4IOC L;  2H4T A;  1JL2 A;  1SL1 A;  3CPE A;  3T7Z A;  2VIX A;  4FJM A;  3V9S A;  4DSF A;  4LF5 K;  5J2N A;  5DMR A;  2RPI A;  1HQU A;  2DFH A;  5EU7 A;  2PAV A;  4M7X A;  2FYO A;  2ZJP L;  2O8F B;  2A3Z A;  4FJN A;  2A40 A;  2HHU A;  1YTU A;  1TL3 A;  4ZHR A;  4GW6 A;  2KFZ A;  1SL0 A;  2OZM A;  3RR8 A;  3BZC A;  3QES A;  1VRU A;  3O9S A;  4E7J A;  1J54 A;  4A62 A;  1GLE G;  4FWN A;  3S3N A;  3AO1 A;  3I8B A;  3T69 A;  3NH0 A;  1N36 K;  3OYK A;  1WB9 A;  1RTH A;  3VGK A;  2JHA A;  1SAZ A;  4V19 S;  2NRT A;  3HXM A;  2QK9 A;  4IO8 A;  2P1J A;  5MLC Q;  3VTH A;  1X9M A;  3PO4 A;  4CVN E;  2XY8 A;  3T3F A;  4C23 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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