3QERA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with datp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 330
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
330
sequence length
903
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQNRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Basis for Differential Insertion Kinetics of dNMPs Opposite a Difluorotoluene Nucleotide Residue.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 330
structure length 902
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qerA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qerA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qerA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qerA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qerA03
4FJ9A 1JLGA 5HBMA 1RT3A 3NAEA 2B4JA 3DRPA 3LZJA 4CFBA 4OGEA 1C0UA 3VQDA 3L3VA 4JRPA 3V81A 3OYEA 2XY6A 4HVJA 4E1NA 1TAUA 2OZMA 3QEWA 3MEEA 1J9AA 1TGOA 3AA3A 4E19A 1RTIA 3M8PA 1IH7A 2RN2A 5K14A 4RW6A 4CJLA 4MFBA 1NJYA 4Z4CA 2X78A 4C8NA 4RW7A 2Y1IA 4FZXC 5J2MA 5HRNA 2YNFA 3ULDA 3CQ8A 4AH9A 4B9UA 1RT7A 4CESA 3O3FA 1EETA 3VQ8A 4FM1A 4CF8A 3QIOA 3SYZA 2QXFA 3AA4A 1I3AA 3M8QA 2YHBA 3V9XA 3S3NA 2QKBA 4KHQA 1JXBA 5HRRA 4B08A 3EY1A 4EP4A 3S9HA 4C8LA 4O55A 1RTJA 3HPGA 1D9FA 1ASWA 3NGIA 1SL1A 1NKCA 2OPRA 4WE1A 2O4IA 3QNNA 3DOLA 3WNEA 2KFNA 1I39A 5FROA 4CGFA 3OJUA 3VQ6A 4DTPA 3KK3A 1ITGA 2I5JA 3KKRA 3OYGA 3ZT0A 4M3TA 1T8EA 4FM2A 1NJXA 4N41A 4F3TA 4KREA 1K6YA 3LP2A 3L2VA 1SUQA 2Z1JA 4ELVA 3HJFA 3ZSZA 4N5SA 3C95A 2B5JA 3DM2A 1BISA 3KLIA 4HCCA 2OPSA 1C1AA 1KCFA 3ZSQA 3ZSVA 1RDAA 3QIPA 4DSLA 1BQNA 4CEOA 1NOZA 3ZSRA 4DG1A 4OPJA 3M8SA 2YKMA 2IOCA 4DQPA 4CF2A 2OZSA 1KRPA 4CHNA 1TKXA 4Z4HA 4Y1CA 4DF8A 3IAYA 1YT3A 4AILC 4CEQA 2PZSA 4F3OA 3AVJA 4QOZB 1RBTA 2FBYA 1IKVA 1WSJA 4FW2A 1QTMA 4YFUA 3QEPA 3OS2A 3LP3A 4M3YA 3LWMA 2A1RA 2HMIA 1Z26A 4FJ7A 1A5VA 2EHGA 3VQ5A 3VQ7A 1NJZA 1TKTA 4QCLA 1FXXA 2G8VA 4OPKA 1RT4A 3LP0A 1XHZA 1NOYA 1BCOA 4Z4GA 1C1BA 4NYFA 3CM6A 3SPZA 4IFYA 4BDZA 2HB5A 1LWFA 1KFDA 1L3VA 2PYJA 4KHWA 3OYCA 1BIUA 2NUBA 4DFJA 3PUFA 4CEAA 2X6SA 4XIUA 4R5PA 5J2PA 4CJUA 2E6MA 1N6QA 3VQCA 5KGXA 2PYLA 2Z1HA 4CEEA 1TK0A 2HNDA 2KFZA 4CIGA 3OYMA 4W5QA 3WNGA 3V9WA 4EP5A 1S1WA 1JXEA 1HYSA 1BIZA 2RKIA 3ISNC 3OYAA 1X9MA 4I2QA 1XWLA 1HYZA 1U4BA 3D0PA 3DOKA 4FLUA 1TAQA 3MXIA 2DFHA 3K58A 4CGDA 4CFDA 3DLEA 3SI6A 2FC0A 1WSIA 4K8XA 4QAGA 4M3ZA 2YNHA 3SV3A 4E1MA 4OLBA 4NYNA 4BDPA 1Q8IA 5JS2A 1KFSA 3I0SA 4DU4A 3OVNA 4CGIA 4BWMA 1W9HA 3IG1A 4F2RA 4CK2A 3S3MA 2ZQBA 4CEBA 5HLFA 4W5OA 3O3HA 5D3GA 3OYLA 4FM0A 2ATQA 4FLYA 4IG3A 5KGWA 4CECA 3V6DA 2AJQA 3AVKA 2RPIA 4FJGA 4CCHA 3VQQA 3K2PA 4ICLA 4DLEA 4ELTA 4F2SA 3PY8A 4OKKA 1SL0A 2FBTA 3DYAA 3SCXA 4AHVA 3H08A 3VQPA 1RDCA 1JL2A 1WSEA 5C24A 3OYBA 1RBSA 1XHXA 3K5OA 5FDLA 4FJMA 1EX4A 2P5GA 1NK5A 3RR8A 2VWKA 1VRTA 4LH5A 1L5UA 4KB0A 5E41A 3O3GA 2DTUA 3OYKA 1S1XA 5HROA 4DQQA 4FLVA 2HHTA 3ZT4A 3P5JA 1TVRA 1QHTA 2E4LA 3HP6A 3LAKA 3OYIA 5I42A 1DTQA 3RMAA 4KPYA 2F8TA 3LALA 3NHGA 1TV6A 4DTRA 1B9FA 1W0HA 3ZSYA 4CJWA 2OA8A 4I9QA 1JKHA 5CZ1A 2YHAA 2WOMA 4FK2A 4HUFA 4EZ9A 1ZBIA 5I3UA 1X9SA 4FK0A 3TAMA 3QEVA 3KLGA 2X6NA 3VN5A 4CJ5A 4KHYA 4FZYA 4F4KA 1QE1A 2JGUA 2HHVA 4KO0A 4RW9A 4CK1A 4FZZA 4ID1A 1Z25A 3HO1A 1HQUA 4H4MA 4DS4A 5HRPA 1F21A 3HL8A 3CFOA 1S9GA 3RTVA 1U47A 3O4QA 4FW1A 4CJVA 4KTQA 1FKOA 1HQEA 3HVTA 2HNYA 4CIEA 2XO7A 1A5XA 4JS5A 3RR7A 1D9DA 3ZCMA 4DTJA 4CJEA 3DLKA 3RMDA 1KTQA 1D8YA 4OVLA 4Q0BA 4OKEA 1LV5A 2P5OA 2DFFA 4N47A 4CHZA 1BI4A 4KV8A 3A2FA 4BWJA 3KJVA 3AVNA 3S3OA 1SKWA 3L2UA 5HP1A 1KLNA 3CG7A 4AHSA 5SZTA 1HPZA 2XY5A 1Q9XA 4C8MA 2YKNA 3TAGA 4B8AB 4E89A 4I7FA 1B92A 3OYJA 3V1QA 5J1EA 3HT3A 4DTNA 3SPYA 4B9VA 4I9LA 4FLWA 1T05A 3NFAA 3NH0A 4DFMA 3V9UA 4CGGA 2IC3A 2OPPA 2ZD1A 3V1RA 1KVBA 4PUOA 1SV5A 4KTZA 4CJSA 4W5RA 3KD1E 1ZBUA 2OPQA 3LZIA 2DFEA 1S1VA 2HW3A 3L8BA 3AA5X 4RW8A 4CGHA 3NDKA 1LWEA 3VQ9A 3RMBA 2XRIA 4JRQA 3VA0A 1T03A 3T1AA 4FVMA 3AVMA 4CJPA 1C1CA 4HUEA 2GV9A 1BL3A 2D5RA 1LW2A 4M45A 3NF8A 1WN7A 1LAVA 4CEDA 2D0BA 1HNIA 3L2WA 4PQUA 1JLFA 3DLRA 5KRTA 3NH1A 3K5NA 1VSJA 2FBXA 1SKRA 3KTQA 4C8KA 1BHLA 4FYDA 3CYMA 2X74A 1IKWA 2G8IA 2KZZA 4ELUA 3HP9A 3SNNA 5DK5A 3ZSWA 3QEXA 3TAEA 3SQ2A 3U3GA 3NE6A 1VSMA 4UQGA 2A1SA 4HHTA 2HNZA 3SV4A 1S5JA 4AHUA 1CZBA 1IO2A 4CJ3A 1MU2A 4DQRA 2IAJA 4PA1A 1WLJA 3OYHA 4DLGA 3THVA 1JL1A 2VG6A 3HSTB 1RTDA 1ZBFA 4CGJA 5J2NA 1KVAA 4Z4EA 4DTUA 1VSKA 4J2DA 4CF0A 5CYQA 2W42A 2HHWA 1QQCA 3QINA 1XI1A 1NKEA 4B9SA 4HCBA 1CXUA 4FXDA 1RDDA 3ASMA 4CEFA 1JLQA 3MXJA 1SL2A 3K57A 1NJWA 2KW4A 1HMVA 4CJRA 4KAZA 2HHSA 3JYTA 2VG5A 1RILA 3TR8A 1U45A 4I2PA 3QETA 3PV8A 4KHSA 2HVIA 1UA0A 2OYQA 3WNFA 3OYDA 4CK3A 1ZBHA 3EZ5A 1CXQA 3AO2A 1LW0A 4CJFA 1RT6A 1VSHA 3JSMA 4KB1A 2VG7A 4CHYA 1U48A 4ZTJA 3HYFA 5J2QA 2KZMA 1YTAA 3OY9A 1KLMA 1HJRA 4M3XA 4O0IA 1IKYA 1GOAA 1NK7A 1DTTA 4DTSA 3MAQA 3AVLA 1C6VA 3IRXA 3P83D 3V1OA 4C8OA 4PY5A 4DSKA 3QESA 4GW6A 1IKXA 1L3SA 4DTXA 4DSFA 3SUNA 3NH2A 4PWDA 4FJNA 2GBZA 3C6TA 4DSEA 4IFVA 1O1WA 1WSGA 3D45A 1VK0A 3QLHA 3VQBA 4KFBA 4E7JA 4IKFA 4JS4A 1WSFA 1KSPA 4NCAA 4CEZA 3KIOA 4DQSA 4IBNA 3B6OA 4KHNA 3K5MA 1RNHA 1XC9A 4ZHRA 2QKKA 3AVAA 2P51A 4FJHA 4KI6A 1D5AA 4BE2A 5CY4A 3TANA 1NK8A 4CIFA 4DWIA 4FLTA 1J5OA 4CHOA 1RBUA 4FJJA 3DRSA 5CYMA 4CJQA 2KTQA 1QS4A 2LSNA 3SJJA 1VSDA 1U04A 2KQ2A 4LY7A 3OJSA 1JLCA 3TI0A 2R7YA 3L2RA 3TAFA 3BDPA 4CE9A 4B8CA 5HRSA 4FCYA 4FK4A 3K59A 3TWHA 3PO4A 3ZT3A 3KLEA 4E0DA 4J2AA 2D0AA 4DQIA 2BANA 4KHUA 4AHTA 3HXMA 3OS0A 4AHCA 3P1GA 1HRHA 3RMCA 3KKSA 5JS1A 2WONA 3QNOA 2DY4A 1RBVA 2ITGA 3IS9A 3L3UA 4FJIA 1Y97A 3RRGA 4DF4A 3SQ0A 3NGYA 4TSXA 5C42A 4EZ6A 3OS1A 4O4GA 3O4NA 1LAWA 3TAQA 4BACA 1G15A 5FRMA 4Z4IA 1UAXA 5SWMA 2Z1IA 3RRHA 4Q5VA 5FRNA 4CERA 2EX3A 4O5BA 4BE0A 4E7HA 3SUQA 3I0RA 3CFRA 2JLEA 4H4OA 4F8RA 4CJ4A 3I8DA 1KVCA 1U49A 3SUOA 2PY5A 4DTMA 1VSIA 3MECA 1X1PA 3HPHA 4CHQA 3KLFA 3V9ZA 5CZ2A 3KLHA 1EP4A 3NF9A 4DU3A 3LP1A 3HM9A 1BQMA 3VA3A 3WNHA 3QERA 4DU1A 1HNVA 1REVA 5DMRA 4B3OA 2YV0X 2IGIA 4JLHA 3AO4A 3ZT2A 4M3UA 4M42A 3LDSA 4MQ3A 1HYVA 1TKZA 2YNGA 3AVBA 3F9KA 3VQAA 3OYFA 3L2QA 4E7KA 2G8FA 5KRSA 5KTQA 1UOCA 1S6QA 3ALYA 4W5TA 4BDYA 3SQ1A 1TL1A 1SKSA 1TK5A 4N76A 4KI4A 1RT5A 3K5LA 4L8RB 4FJXA 3T19A 4DFPA 3AVIA 1L3UA 4KTWA 4LD0A 3CM5A 3E01A 4FJKA 1JLAA 3NF6A 1RTHA 1ASUA 2HVHA 3AVFA 4ID5A 1YVUA 1QSSA 1RT2A 1YTUA 4FLZA 4DFKA 1S9EA 1B9DA 2G8WA 3M8RA 4DSJA 3NGZA 1X9WA 1FK9A 4H8KA 2F96A 1WNSA 3NBPA 4LSNA 3F73A 3ZSOA 1UWBA 2ETJA 4DMNA 4E7LA 2O4GA 1N5YA 2D0CA 4CJKA 1GOCA 2IDOA 3KK2A 3HVRA 3PX6A 1EKEA 1RDBA 1WSHA 5EU7A 4AHRA 1S6PA 3MEGA 4J2BA 4LSLA 2QK9A 1VSLA 1VSFA 4O44A 1TK8A 2G8UA 2BGGA 2E6LA 3AO5A 4GVMA 3DRRA 4E7IA 4HUGA 4NCGA 2VWJA 3AV9A 1NK6A 4ZTFA 2XHBA 2XY8A 1NK4A 3PX0A 1L3TA 4FJ8A 1C0MA 1VRUA 1RCHA 1S1UA 2ZE2A 3FFIA 1NKBA 2G8KA 4OLAA 3AO1A 2Z1GA 3C94A 5T7BA 1FKPA 2HHXA 4CF1A 3T3FA 3DI6A 3MEDA 3VQ4A 4OJRA 3U3YA 1UA1A 4OKJA 2BDPA 3LANA 4Z4FA 2FBVA 1RBRA 1JLBA 1BGXT 3DLGA 3QEIA 4N56A 1WAJA 4YNQA 1J53A 4B9LA 4J2EA 3ZT1A 3QO9A 1Q9YA 4NCBA 3LPTA 1T7PA 3LWLA 3DLBA 2HHQA 4W5NA 1NK9A 3B6PA 3DMJA 4FJ5A 1C0TA 4RG8A 1TKDA 4CFCA 2IS3A 1WAFA 2B6AA 1GOBA 3BGRA 4LH4A 4OGCA 1NK0A 3C6UA 4E3SA 3PO5A 4B9MA 3AVHA 1ZYQA 4M3WA 2HHUA 3HK2A 3TABA 4M41A 1ASVA 3ITHA 4KRFA 3UIQA 4FLXA 4FJLA 1CZ9A 3TARA 4B9NA 1CLQA 1QSLA 1A5WA 4B9TA 3AVCA 1LWCA 2RF2A 2G8HA 3TAPA 1TL3A 3G0ZA 4IDKA 3CFPA 1JLEA 3V4IA 4KKOA 3HPOA 4Z0UA 3VQEA 2F8SA 1J54A 1QSYA 3LAMA 1IG9A 4GMJB 3SQ4A 1VSEA 3KD5E 4CHPA 3ZSXA 3NF7A 3RWUA 3LPUA 4G1QA 4CFAA 1EXQA 1S1TA 4DS5A 1BI4B 4CF9A 3U6FA 1DLOA 5C25A 4IG0A 4O0JA 3SUPA 3AVGA 2YNIA 3MXMA 2Q3SA 3AA2A 2GUIA 4K8ZA 4DSIA 4HTUA 3OYNA 4BE1A 5KI6A 4DTOA 4CJTA 3SZ2A 2XY7A 2P1JA 1RT1A 4Y1DA 2Y1JA 3DLHA 3G10A 3KK1A 1ZBLA 1BCMA 3PX4A 3V9SA 3AO3A 1R0AA 3EYZA 3NCIA 4M3RA 4RW4A 2BE2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AGR A;  2E8A A;  2OVP B;  4CFB A;  3CMA N;  3MX2 A;  2A40 A;  3L3V A;  3OYE A;  3UO2 A;  5ADX A;  5LY3 A;  2OZM A;  3QEW A;  3I8B A;  3MEE A;  1J9A A;  3ZX3 A;  2HBJ A;  1TGO A;  4E19 A;  3L1N A;  3O9T A;  1RTI A;  4OPA A;  4CJL A;  1NJY A;  4Z4C A;  4FZX C;  2VGN A;  3TU5 A;  4IEI A;  4B9U A;  3CQ8 A;  3WXK A;  1VQ7 N;  1RT7 A;  3FE1 A;  5LL6 Z;  2FLO A;  2PBD A;  3KZB A;  2UYT A;  3IKM A;  4X64 K;  3M8Q A;  3S3N A;  3V9X A;  1XU5 E;  4KHQ A;  1HJO A;  3QBW A;  4JV5 K;  3O9S A;  3W3D A;  3HM8 A;  2QA4 N;  4E4B A;  1S22 A;  3DOL A;  3WNE A;  2KFN A;  1I39 A;  3KK3 A;  1ITG A;  2I5J A;  3ZT0 A;  4M3T A;  4FO0 A;  4KRE A;  1NJX A;  4F3T A;  3LP2 A;  4ELV A;  3HJF A;  1SUQ A;  2Z1J A;  1GLF O;  3RSE B;  3SBT A;  1Q7Y O;  1BIS A;  1C1A A;  5AQX A;  4PHT X;  1RDA A;  4YOY A;  1BQN A;  3ZSR A;  3OGK B;  4YOU A;  5C2D A;  3M8S A;  3CF5 L;  1KRP A;  4Z4H A;  3R1X A;  4CEQ A;  4AIL C;  4HWI A;  4WFN L;  4FW2 A;  4FWK A;  4YFU A;  3FZK A;  3LP3 A;  4M3Y A;  3EE9 A;  1Z26 A;  1A5V A;  2EHG A;  3ENB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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