3QERA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with datp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 330
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
330
sequence length
903
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQNRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Basis for Differential Insertion Kinetics of dNMPs Opposite a Difluorotoluene Nucleotide Residue.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 330
structure length 902
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qerA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qerA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qerA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qerA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qerA03
4DTJA 1YTUA 2HHSA 4H4OA 3VQQA 1B9FA 3B6PA 3PO5A 1L3VA 4B3OA 4RW8A 4CJTA 4KI6A 4B9SA 1QE1A 1LV5A 3TAEA 3THVA 4KPYA 3BDPA 4DU4A 3AVFA 1KVAA 3MECA 1CXQA 4IKFA 3QEWA 3WNFA 1UAXA 3TAGA 4OJRA 3V9XA 3F9KA 2HVIA 2BE2A 1C0TA 4DTOA 4K8ZA 1SKSA 4CHNA 4OLBA 1REVA 3RTVA 5C25A 1W9HA 1QTMA 2O4IA 4E3SA 3DRSA 4ZTFA 1G15A 4B9UA 2RKIA 4FJ9A 4TSXA 2HHXA 1S9GA 2X6NA 1EETA 5T7BA 4DTXA 2HMIA 1TL3A 4XIUA 3RMAA 1RDBA 1WSJA 4FYDA 1QQCA 4DF8A 4Q5VA 1Z25A 2G8FA 1VSEA 5HRSA 3SI6A 2D0AA 4IFVA 4FJGA 2XY5A 1RTIA 4QAGA 1NKBA 4DFMA 2XY8A 2HHWA 1IKVA 3LAMA 1ASVA 4E7IA 4DS5A 3CM6A 2B4JA 1DTTA 1JLGA 4J2AA 3HVTA 2JGUA 4FJHA 2F8SA 4DQSA 2IGIA 3LZJA 2YNGA 3KK2A 4DQPA 2EX3A 3VQ8A 1J9AA 1S6PA 1IKYA 3C6TA 4I9LA 3CG7A 3KKSA 3VQAA 5KRTA 3OYCA 3L2QA 1N5YA 2IC3A 3DI6A 3EZ5A 1QSSA 4B9MA 4CJRA 5JS1A 1BCMA 4BWJA 5HRNA 3NH2A 1SL0A 3PUFA 3VA0A 1XHZA 1SKWA 4CHOA 1NK4A 3AA3A 5FRMA 3RMBA 1I39A 1JLEA 1T03A 4CEZA 3OVNA 4BACA 3LWMA 2KTQA 1TKTA 4B08A 4FK4A 2HVHA 4O5BA 3VQEA 3KIOA 3OS1A 3SUPA 3SPYA 3QINA 4JLHA 1NK0A 1ZBIA 4PWDA 3VQ4A 4Z4EA 3I8DA 3PX0A 1QS4A 2OPQA 3BGRA 3AVKA 3MXJA 3PV8A 3KLHA 4FVMA 4E0DA 4FZXC 5SZTA 1D9DA 1F21A 4H8KA 4ELUA 4C8MA 4OVLA 3KD1E 2D0BA 4I7FA 1KFDA 3L2VA 1JLCA 3OY9A 3ZT2A 3K59A 4E7HA 3HT3A 3UIQA 3AVAA 4KHNA 4GMJB 3K5OA 4FJ8A 4CFAA 4O44A 3M8RA 4E7KA 1SL1A 3U3YA 1ZBHA 4W5OA 4Z0UA 5J1EA 1RTJA 4CFDA 3VQ7A 5J2MA 1LW0A 2VG5A 1C1BA 4CF8A 5CYQA 1LAWA 1FKOA 3HXMA 4FK0A 4LH4A 3KLEA 4HUFA 4KTZA 5D3GA 1MU2A 4DWIA 4CGHA 4BDPA 3L8BA 3WNGA 1IKXA 3K5NA 3ZCMA 1HYSA 3F73A 1RBVA 4CGDA 2OPSA 3QIPA 4DLEA 1QSLA 3VQ5A 4OLAA 4AHSA 4W5NA 2HHUA 3RMCA 3D0PA 3SQ4A 3VQBA 3AVLA 1I3AA 3KLGA 3K5LA 4HUEA 4BE1A 3VQPA 2HB5A 1HYVA 3QEVA 3VQ6A 3L2WA 5KI6A 3I0RA 4DSEA 3SZ2A 1IG9A 1L3UA 1J54A 4QOZB 1BCOA 4DTPA 2XO7A 2HNDA 3T3FA 4CIEA 3SQ1A 2PZSA 1RBUA 4N5SA 2YNIA 3S3NA 1NJWA 4JRQA 5HLFA 3K58A 2G8VA 2Q3SA 4FJLA 1Q9XA 2ZE2A 3SUNA 3M8SA 4C8NA 4E89A 3IG1A 3NF6A 4B8CA 5JS2A 1TK8A 5C42A 2IS3A 4HCCA 4CF1A 2LSNA 2XHBA 4CJEA 1SUQA 3DLRA 2HNZA 1BI4B 1UA1A 2W42A 1RDAA 3G0ZA 4CGIA 3SNNA 1NK8A 3AO5A 3KKRA 4YFUA 1ASWA 1S1TA 4OGEA 1JXEA 1NJZA 1WAJA 4JRPA 2DTUA 1TAUA 4B9TA 1KLMA 4CJ4A 2I5JA 3HPOA 4IBNA 1NOZA 4LSLA 4DSIA 3EYZA 2E6LA 4CEEA 4CF9A 3NHGA 2D0CA 4NYNA 3RRGA 4KHQA 1UA0A 4NYFA 1HNIA 3NH0A 4FJ7A 1ZBFA 2WOMA 4CHYA 1WAFA 2FBYA 3A2FA 1CXUA 1JLAA 1RT6A 1NK7A 3SV3A 1L5UA 5DMRA 4DTNA 4EZ9A 3V4IA 3SQ2A 4KFBA 1VSKA 4F2RA 3DLEA 5SWMA 3PX4A 4N41A 1KVBA 4PY5A 1KFSA 1GOCA 5HBMA 1IO2A 1J5OA 3MXIA 4E1NA 3DLKA 3PY8A 2AJQA 3OYEA 3OYMA 3KLFA 3RR7A 1U45A 3ALYA 4DQRA 4H4MA 2HHTA 5J2QA 3ZSVA 3V9ZA 1HNVA 4Z4CA 3IS9A 3SYZA 4M3XA 3OS2A 4KREA 3VQDA 1WLJA 2KQ2A 3FFIA 3TR8A 4CE9A 4QCLA 3NDKA 1CZBA 1A5XA 3RWUA 1LW2A 3JSMA 1NOYA 3OS0A 3QIOA 4E7JA 3AVHA 4M3TA 5E41A 2KW4A 3OYBA 1RTHA 2QKKA 1BL3A 4DU1A 3KTQA 1CLQA 1KCFA 3AV9A 1U48A 1BISA 3DLGA 4CIFA 1Y97A 3TANA 3IRXA 3NF8A 4LD0A 4BE2A 1U04A 4OGCA 4G1QA 2OA8A 1S9EA 1NK6A 3ULDA 2Y1IA 1A5VA 4DG1A 4KHYA 3V81A 4M41A 1J53A 4W5RA 1RT5A 1RT7A 1Q9YA 1RBRA 2DY4A 5EU7A 5C24A 4I2QA 4MQ3A 1SV5A 4RW7A 5KTQA 4FJKA 2BANA 4UQGA 1JKHA 3K2PA 1VSLA 2YNFA 1RTDA 4J2BA 2KZZA 3HL8A 3LP1A 4OKEA 3OYDA 4R5PA 3CFPA 4CJQA 1SL2A 1KTQA 4C8OA 4F3OA 4DFJA 3I0SA 3HVRA 3OJSA 3LAKA 4CIGA 1S1XA 4Z4IA 3AA4A 1DLOA 2DFHA 3ISNC 5KGXA 3ZSYA 3DYAA 4ELVA 1JL1A 1LWEA 3V6DA 2FBVA 3HP9A 3SUQA 3HM9A 3LANA 3AVBA 2IOCA 2ZD1A 4LH5A 4N56A 1RT1A 3AA2A 3DM2A 3P5JA 5FROA 3K5MA 1X9SA 2HNYA 3NAEA 4FLYA 1WSFA 4CJUA 1TVRA 4F8RA 2QK9A 4Q0BA 4NCGA 3V1QA 4M3ZA 3LP3A 3WNHA 4FW1A 4CFCA 1S6QA 2OZSA 1JXBA 5K14A 1S1VA 3V9SA 4FJ5A 1RILA 2YNHA 3M8PA 4CHZA 4B9VA 1NJXA 3RMDA 4AHCA 1IKWA 2EHGA 4RW9A 4DMNA 4K8XA 2X6SA 4FXDA 5KGWA 1ASUA 1RT2A 4CJFA 4BDYA 3AO1A 4IDKA 4ELTA 4PA1A 1HPZA 1T8EA 1Q8IA 4JS5A 1Z26A 4DTRA 3OYGA 1HMVA 1WSEA 3TABA 3CFOA 4CEFA 1FKPA 4HTUA 2XRIA 4FJXA 2YHAA 1TGOA 5DK5A 2PYJA 4FZZA 2FC0A 4KTWA 1VK0A 1QSYA 4KB0A 3HJFA 1UOCA 3P83D 3OYFA 3VN5A 2VWJA 1RT3A 4RG8A 3OYJA 3EY1A 1KSPA 2HHQA 3TWHA 3CQ8A 4CJ5A 4YNQA 3SPZA 4O4GA 4NCAA 3C6UA 3HYFA 3NF7A 4AHTA 3PX6A 4MFBA 4KHUA 2F96A 4F2SA 4HVJA 2E6MA 4RW6A 4DFPA 1TK5A 3C95A 4AILC 3TAPA 4L8RB 4E1MA 2D5RA 3QERA 2RN2A 2F8TA 1JLFA 4FLZA 4BWMA 4ZHRA 2OPPA 3NGYA 4PQUA 4BDZA 4Y1DA 1ZBLA 3TAFA 1XC9A 4M42A 2X78A 1VRUA 3JYTA 1U49A 1KVCA 3P1GA 4IFYA 2G8WA 4CJVA 1EX4A 4CECA 4AH9A 2WONA 4O55A 4W5QA 3V9WA 3CM5A 1L3TA 5FRNA 1WSHA 1BGXT 2Z1GA 2OYQA 3AVGA 3T19A 1LWFA 4DSFA 3TI0A 2P5OA 1GOBA 1O1WA 4ID1A 2FBXA 4DQQA 1U47A 4KHWA 4FLWA 4KKOA 1D8YA 4WE1A 1L3SA 2BGGA 1S5JA 4FM2A 1VSIA 4F4KA 3O3HA 4FM0A 1C1CA 1TV6A 3TAMA 4M3YA 1NKCA 5KRSA 2RPIA 3DLHA 3MEDA 4KHSA 2X74A 2QXFA 1C0MA 1RDDA 3ZT1A 4HUGA 4DF4A 2GV9A 4F3TA 4FLXA 4J2EA 3IAYA 3AO3A 1RCHA 4FJIA 2DFEA 3DRRA 4KI4A 3LWLA 3VA3A 1HQEA 1BQMA 4E19A 5I42A 2VG6A 4CJLA 3ITHA 4ICLA 4CJWA 4PUOA 2KFNA 3V1RA 2OZMA 1ITGA 1EXQA 1HYZA 1RBSA 3S9HA 1VSHA 4FW2A 3KD5E 4RW4A 3V1OA 4DLGA 2Z1IA 4CESA 3OYLA 4DFKA 2G8KA 3OYKA 3WNEA 1VSJA 3LZIA 2Z1HA 3H08A 5FDLA 1KRPA 3SQ0A 3CFRA 1S1WA 3KLIA 3ZSOA 4CEQA 2QKBA 4KAZA 3TARA 2P1JA 4EP5A 1EKEA 4AHUA 2IDOA 2G8UA 2E4LA 1VSDA 1UWBA 3PO4A 1XWLA 1C6VA 1R0AA 3DLBA 2HHVA 2GBZA 1VSMA 1BHLA 3B6OA 4GVMA 5CYMA 1W0HA 3L2RA 3MXMA 4CJ3A 3M8QA 2RF2A 3QNOA 3SUOA 3OYIA 4CJSA 3L3UA 3RR8A 1D5AA 4CEBA 2YKMA 4FJJA 3ZSRA 4EP4A 2PYLA 4AHVA 3QEPA 4FLUA 1K6YA 3LPTA 3KK1A 4M45A 5J2NA 4CCHA 4ZTJA 4KRFA 1BIUA 4LY7A 4CF0A 4HHTA 4E7LA 1LWCA 3LPUA 4IG0A 4KV8A 4EZ6A 3S3OA 3S3MA 4Z4GA 4B9LA 3HPHA 5HRPA 1BI4A 3ZSQA 4OKKA 1JLBA 1TAQA 4DTMA 2GUIA 4CEAA 1TKXA 3U6FA 1FXXA 4Y1CA 3AA5X 4KO0A 2Y1JA 4CGFA 4J2DA 3AO2A 5I3UA 2NUBA 1DTQA 1X9WA 4GW6A 2P51A 4AHRA 4CFBA 4CF2A 2ITGA 3C94A 3NGIA 1RNHA 3LP2A 3LP0A 4CGJA 3TAQA 4DQIA 3ZT4A 4DSLA 3VQ9A 3QEIA 4FCYA 3ZT3A 3OYHA 4CJKA 3NE6A 3V9UA 4O0IA 2DFFA 1CZ9A 1ZBUA 1HQUA 4FZYA 3ZSZA 3MEEA 1TKZA 4N76A 4LSNA 3NF9A 3ASMA 4BE0A 1HJRA 4CEOA 3OJUA 2A1RA 1C0UA 3DOKA 4Z4FA 3AVNA 4OKJA 1C1AA 3K57A 2G8IA 1ZYQA 4ID5A 3AVCA 2ETJA 2O4GA 5HRRA 3OYAA 1WN7A 3KK3A 3SCXA 3U3GA 5CZ2A 1YVUA 3HPGA 4CJPA 1WNSA 4CK3A 2VG7A 1RDCA 2A1SA 1JLQA 4DU3A 2YHBA 3ZSWA 2R7YA 2OPRA 1RBTA 3DOLA 1LAVA 5HROA 1TK0A 3QO9A 3QLHA 4DSJA 3T1AA 4CERA 4CGGA 3NFAA 4JS4A 2B5JA 3ZSXA 4CK1A 3SV4A 1T7PA 4C8KA 4M3RA 1WSGA 1VSFA 1S1UA 1WSIA 4I9QA 4Z4HA 3VQCA 4W5TA 3LALA 3DRPA 5CZ1A 3HO1A 2HW3A 3OYNA 2B6AA 3HSTB 3AVJA 2PY5A 3AVIA 1YT3A 4B8AB 3NCIA 4O0JA 3LDSA 4OPKA 1NK5A 2KZMA 1IH7A 2P5GA 4CEDA 3AVMA 4HCBA 4DTUA 1EP4A 1FK9A 1HRHA 3QETA 2FBTA 5J2PA 3QESA 1NK9A 3L2UA 4IG3A 4NCBA 3ZT0A 3RRHA 1T05A 2JLEA 1JL2A 1VRTA 4N47A 2VWKA 1YTAA 3AO4A 1B92A 4I2PA 5HP1A 4FM1A 1RT4A 1X1PA 3O4QA 2YKNA 3L3VA 3NH1A 3KJVA 4DTSA 3QEXA 1TKDA 3NGZA 4FLTA 3D45A 1NJYA 1NKEA 3E01A 3DMJA 4M3UA 2ZQBA 3NBPA 4CK2A 2XY6A 4DS4A 1KLNA 4OPJA 3O3FA 1SKRA 4KB1A 3SJJA 1TL1A 3QNNA 4FJMA 1A5WA 1B9DA 3HK2A 2KFZA 2G8HA 2BDPA 2ATQA 3CYMA 1D9FA 1BIZA 1GOAA 4FJNA 2Z1JA 3HP6A 3O4NA 1U4BA 4CHPA 1X9MA 4B9NA 4DSKA 3O3GA 4FLVA 1N6QA 3G10A 4FK2A 4M3WA 1XHXA 3MAQA 3MEGA 1BQNA 2YV0X 5CY4A 1QHTA 4CHQA 2XY7A 1XI1A 4C8LA 2IAJA 4KTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5C10A 1NGEA 3KKRA 1JXEA 1XMGE 3MX2A 2JWLA 2DTUA 1TAUA 3E4WA 4LSLA 3EYZA 3VEXA 4NYNA 3RRGA 3E9OA 3CMAN 1HNIA 1ZBFA 2CH5A 1RT6A 4DCHA 1IBKK 3WXKA 3EZWA 4DTNA 3H3NO 4F2RA 3Q7CA 1KVBA 1KFSA 4GV9A 3O9RA 4E1NA 1GLFO 3KLFA 3IUCA 4DB3A 4DQRA 4H4MA 1N8RO 3GBTA 3V9ZA 3IS9A 3SYZA 4BRHA 1YAGA 3VQDA 1WLJA 4IEEA 3J8AA 3RWUA 3VETA 4CW7B 1LW2A 3OTOK 4EP9A 1RTHA 4DU1A 2A3ZA 3AV9A 4CIFA 2HF3A 5JMVA 1Y97A 3IRXA 3P39A 2YHYA 4LD0A 3WXLA 2Y1IA 3UO2A 1OKJA 4GKKK 1RT7A 2MW2A 3ZYYX 4MQ3A 4RW7A 3OHRA 5KTQA 4GVEA 2KZZA 3HL8A 3LP1A 3BF3A 1SL2A 3I0SA 3OJSA 4CIGA 1S1XA 2DFHA 1XNQK 3K9KA 3VEZA 2FBVA 3AVBA 1RDWX 3OGLB 2WBNA 3DM2A 4FLYA 4F8RA 5HL7L 3V1QA 3LP3A 2JH8A 4LFBK 3CCLN 1JXBA 5K14A 3KWIA 4ILGB 3E66A 4FJ5A 2YJEA 3A5OC 2GWKA 3HOTA 1Q82O 3RMDA 4DMNA 4K8XA 2WTUA 1ASUA 3MN5A 4CJFA 4BRAA 1HLUA 4PA1A 2I7PA 1XVCE 1HMVA 3CFOA 1FKPA 4HTUA 3DAWA 2FSNA 3VEVA 3RSEB 2PYJA 4FZZA 1XMFE 4ISGA 4KTWA 5JVHL 1NJIO 5AFUA 1I94K 1QSYA 1UOCA 2YHWA 1BUPA 2VWJA 3AAPA 2QEXN 3U9DA 4BRNA 1KSPA 2HHQA 2O8BA 3FFKB 1YF5L 4CZHA 4A5BA 4AHTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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